MICROBIOLOGA

AMBIENTAL

MICROBIOLOGA GENERAL
2006-2007
 Cmo crecen los microorganismos en la naturaleza?

En qu fase de crecimiento estn?

Qu tipo de cultivo se ajusta ms a las condiciones naturales?

Qu valores de T, aw, pH, y condicin redox

encontramos en la naturaleza?

Qu tipos de microorganismos encontramos?

(Bacterias, hongos, virus)
Tema 23.- Los microorganismos en la naturaleza.
El microorganismo y su microambiente. Superficies y
biofilmes. Mtodos de ecologa microbiana. Mtodos de
enriquecimiento y aislamiento. La columna de Winogradsky.
Identificacin y cuantificacin de microorganismos usando
sondas de cidos nucleicos, anticuerpos fluorescentes y recuentos
de viables. Medida de la actividad de microorganismos usando
istopos estables. Ambientes acuticos. Ambientes terrestres.
Formacin del suelo. El suelo como hbitat microbiano.
Microbiologa de la subsuperficie profunda. Metagenomas
 individuo poblacin

Comunidad 2 Comunidad 1

Gremios Comunidad 3
 Zona xica

Distancia

Zona anxica
(mm)

Distancia (mm)
microcolonias
 Columna de Winogradsky
Mtodo de enriquecimiento

Papel de aluminio

Agua de charco
o estanque Algas y cianobacterias

Bacterias prpura

Barro Bacterias del

suplementado azufre verdes y
con nutrientes prpura
orgnicos y con
CaSO4
Descomposicin anxica
y reduccin del sulfato
Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel
natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199-
204
Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel
natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199-
204
Universal tree of life
Uso de istopos estables para detectar actividad biolgica

(muestra 13C/12C) - (estndar 13C/12C)

X 1000
(estndar 13C/12C)
 Ciclos biogeoqumicos.
1. Ciclo del carbono.
2. Metanognesis y sintrofa.
3. Ciclo del nitrgeno.
1. Fijacin del nitrgeno.
2. Desnitrificacin.
3. Nitrificacin.
4. Ciclo del azufre.
5. Ciclo del hierro.
1. Lixiviacin.
 Fotosntesis oxignica

Ciclos C y O

Reservorios muy estables

 Ciclo del carbono

luz
 Produccin de metano a partir de celulosa

metano

Origen Efecto
biolgico invernadero

Condiciones metangenos
anaerobias

arqueas

Respiracin
anaerobia 4 H2 + CO2 CH4 + 2 HO2

sintrofa

El consumo de H2 es necesario para

que se produzca la fermentacin

fermentadores consumidores de H2
 Produccin de metano a partir de celulosa

metano

Origen Efecto
biolgico invernadero

Condiciones metangenos
anaerobias

arqueas

Respiracin
anaerobia 4 H2 + CO2 CH4 + 2 HO2

Produccin total de metano

350 800 x 108 kg/ao
1. Bigena 80-85% total
1. Rumiantes
2. Termitas
70 %
3. Humedales
4. Pantanos
2. Abigena 15 -20 % total
1. Combustin
Aumenta con aporte
de protenas
Inhibidores de
nitrificacin Ciclo del nitrgeno
Suelos bien drenados nitrapirina
a pH neutro
Alto
requerimiento
Compuestos
energtico
muy solubles

85% del N2 fijado

es bigeno

60 % terrestre
40 % mar

Prdidas a la
atmsfera

15 % NH3
 Interconexin de ciclos biogeoqumicos
Oxidacin anaerobia de CH4
Aire
O2 O2 CH4 O2

O2 O2 O2
Agua contaminada
con fertilizantes
NH3 NO2- NO3- CH4 CO2

Zona aerobia
Bacterias nitrificantes Bacterias consumidoras de metano

Interfase
NO2- NO3- NO2- / NO3-

NH3 N2 CH4 CO2 + N2

Zona anaerobia
Planctomyces
Celulosa y otro
CH4 + CO2 + NH3
material vegetal

Bacterias anaerobias Bacterias no cultivadas ni clasificadas (80%)

Protozoos Arqueas relacionadas con las metanognicas (10%)
Arqueas metangenas

Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921

 Interconexin de ciclos biogeoqumicos
Oxidacin anaerobia de CH4

Ciclos del carbono y del nitrgeno

5 CH4 + 8 NO3- + 8 H+ 5 CO2 + 4 N2 + 14 H2O

G0 = - 765 KJ mol-1 CH4

3 CH4 + 8 NO2- + 8 H+ 3 CO2 + 4 N2 + 10 H2O

G0 = - 928 KJ mol-1 CH4

Eubacteria desconocida no cultivada (80%)

Biomasa del cultivo
ARN 16S
enriquecido Arquea prxima a metangenas (20%)

Proceso llevado a
> 1 mes
cabo por un consorcio

La desaparicin del metano en

Proceso extendido y con
ambientes contaminados con
importancia ecolgica
NO3- es frecuente

Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921

 hidrosoluble gas

H2S HS- S2-

Ciclo del azufre
pH bajo pH neutro pH alto
 Interconexin de ciclos biogeoqumicos
Oxidacin anaerobia de CH4

Ciclos del carbono y del nitrgeno

5 CH4 + 8 NO3- + 8 H+ 5 CO2 + 4 N2 + 14 H2O

G0 = - 765 KJ mol-1 CH4

3 CH4 + 8 NO2- + 8 H+ 3 CO2 + 4 N2 + 10 H2O

G0 = - 928 KJ mol-1 CH4

Desnitrificacin

Ciclos del carbono y del azufre

CH4 + SO4-- + H+ CO2 + HS- + 2 H2O

Efecto txico del HS-

Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921