CARACTERIZACIN IN SILICO Y MODELAMIENTO ESTRUCTURAL DE

LA ENZIMA DEGRADADORA DE CIANURO CYND DE Bacillus pumilus

Aldhair Mdico1, David Pabn1, Cristian Bustamante1, Roberto Pineda1, Santiago Justo1
1: Laboratorio de Computo Avanzado, Grupo de Bioinformtica y Sistemas Complejos,
Facultad de Ciencias Biolgicas, Universidad Ricardo Palma.
E-mail: aldhairmedico@gmail.com, sanjusare_712@hotmail.com

INTRODUCCIN RESULTADOS
La electrodeposicin de metales
con cianuro es un mtodo
corriente para su extraccin; sin
embargo, en los residuos mineros
existen cantidades muy elevadas.

El cianuro resulta ser una

sustancia altamente txica para Fig. 1: Resultados del anlisis de los plots de Ramachandran de los 12 modelos
todos los seres vivos ya que inhibe generados empleando la herramienta RAMPAGE
la respiracin celular y por ello
resulta una amenaza para la
diversidad y el ecosistema. Los A B
tratamientos actuales de cianuro
son ineficientes y caros adems
de usar otro compuestos txicos.

La biorremediacin de cianuro basada en el diseo

de protenas recombinantes se perfila al futuro
CN- como una opcin econmica y sostenible para el
tratamiento de zonas contaminadas con cianuro.

Mostramos avances en la investigacin que tiene como objetivo general la

bsqueda de conocimiento de los factores estructurales que determinan la Fig. 2: Plot de Ramachandran del modelo Robetta 1 obtenido de la herramienta
actividad cataltica del oligmeros de 18 monmeros en Bacilllus pumilus. Rampage (A). Resultados del anlisis de los plots de Ramachandran de los 3 mejores
Debido a que an no existe la estructura cristalogrfica de la enzima CynD modelos generados empleando la herramienta PDBsum/PROCHECK (B)
de Bacillus pumilus debemos realizar un modelamiento estructural y buscar
los mejores modelos para su posterior anlisis, con ello se busca a futuro A
disear enzimas recombinantes de gran actividad cataltica para aplicarlas
en sistemas biolgicos como las bacterias en la biorremediacin de
ecosistemas contaminados por cianuro.

METODOLOGA Fig. 3: Resultados del

anlisis de los 3 mejores
Modelamiento estructural modelos generados
Enviando las secuencias a los usando la herramienta
Obtencin de Secuencia ModFold6 (A). Grfico de
servidores en lnea
A partir de la base de errores por residuo de
datos del GenBank-NCBI toda la protena (B)
B
(AAN77004.1)

CONCLUSIONES
Basndonos en los resultados de las herramientas de validacin observamos que el servidor
Robetta gener modelos con aminocidos en mejores posiciones respecto al resto de
servidores de modelamiento. El servidor ModFold6 nos arroj unos resultados que nos
hacen pensar que los modelos 1 y 5 de Robetta son los ms adecuados. Adems este
ltimo servidor nos muestra un grfico de error por residuo individual que nos muestra la
Eleccin de modelos gran flexibilidad o heterogeneidad del extremo C-terminal respecto al resto de la secuencia.
Basado en los mejores
resultados de la Validacin de modelos PERSPECTIVAS
validacin, con estos Basado en caractersticas
qumicas empleando El estudio pretende continuar con la caracterizacin de los modelos generados aplicando
modelos se pueden minimizaciones en solvente y dinmicas moleculares de larga duracin seguido de un
realizar minimizaciones herramientas en lnea docking o acoplamiento molecular simtrico para lograr simular el oligmero in silico. Con
de energ y dinmicas ello comprenderamos mucho mejor las superficies de interaccin de cada monmero.
moleculares
REFERENCIAS BIBLIOGRFICAS
JANDHYLA, D.; Berman, M.;Meyeres, P.; Sewell, B.; Willson, R.; Benedik, M. cynD, the
Cyanide Dihidratase from Bacillus pumilus: Gene Cloning and Structural Studies. Applied
and Environmental Microbiology. Vol 69, No. 8. Aug. 2003. p 4794 - 4805