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Transcripcin del DNA:

Esto tiene que ver con la sntesis del RNA (en especial del RNA mensajero
[mRNA 12%], habiendo tambin RNA de transferencia [tRNA], RNA ribosomal
[rRNA], y RNA nuclear pequeo [snRNA]).
Ya sabemos que existe el Dogma Central (flujo de informacin), que tiene el
DNA con toda la informacin que la clula requiere (funciones celulares,
mantencin de especie) almacenada. El DNA se transcribe a RNA, el cual se
traduce en la formacin de protenas.

Bases moleculares de la transcripcin:


El DNA sirve de molde para la transcripcin. Las hebras se separan,
quedando una hebra molde (a partir de la cual se crea el RNA) y una
hebra codificante (con una secuencia equivalente a la del RNA formado
por la hebra molde).
La sntesis de RNA ocurre de 5 a 3, siendo catalizada por la RNA
polimerasa. Ahora los nucletidos son ribonucletidos (no
desoxirribonucletidos, como en el DNA).
La reaccin est descrita a la derecha. Con la transformacin de
pirofosfato (PPi) a dos fosfatos inorgnicos (2P i) se produce energa para
la formacin del RNA. El RNA tiene en su extremo 5 a los tres fosfatos, y
en el extremo 3 un grupo OH, al igual que el DNA.
La hebra molde de DNA, para la sntesis de RNA, debe ir en la
direccin 3 5. La enzima RNA polimerasa cataliza la
sntesis de RNA. Esta enzima tiene un sitio cataltico
para permitir la sntesis de RNA, un tnel (embudo) por
donde entran los nucletidos uno a uno (ribonucletidos
y desoxirribonucletidos, la enzima reconoce los que
necesita y los usa, descartando el resto).
Un gen es una unidad transcripcional. Hay un
punto de inicio de la transcripcin de un gen, al cual
llamamos +1. Lo que est hacia el lado negativo se
llama ro arriba y hacia el lado positivo es ro abajo
(hacia donde se mueve la RNA polimerasa es ro abajo).
El lugar donde empieza la sntesis de RNA se llama
promotor (5), y el lugar donde termina es el terminador (3).

Transcripcin en bacterias:
La RNA polimerasa bacteriana tiene 5 subunidades:
dos , dos (una y una ) y una . La subunidad sigma
puede estar o no unida a la enzima. Si est se llama
holoenzima, y si no est es simplemente la enzima core. La
diferencia entre ambas, es que la enzima core no identifica el
promotor, por lo que puede catalizar a partir de un lugar que no es el +1. La
holoenzima siempre parte en el promotor (sitio correcto en el DNA para sintetizar
el mRNA). Hay muchas subunidades (se adaptan a cambios ambientales) que
responden a distintos estmulos para unirse a la RNA polimerasa.
La transcripcin del DNA se realiza en tres etapas:
Iniciacin:
Comienza con el promotor. Siempre una purina
es el primer nucletido de la secuencia (adenina [+] o
guanina). Hay una secuencia de bases ms o menos
en el -10 (secuencia consenso TATAAT) y otra en el
-35 (secuencia consenso TTGACA). La secuencia
TATAAT se conoce como caja pribnow en bacterias y
caja TATA en eucariontes. El promotor est ro arriba
del inicio de la transcripcin.
La subunidad tiene en su extremo carboxilo un
reconocimiento de la secuencia -35, y en su extremo amino un
reconocedor de la caja TATA. Segn la distancia entre los dos
sectores, la RNA polimerasa se unir de manera afn o no afn al gen.
Cuando la distancia es correcta, hay una gran afinidad por la unin, lo
que hace que la eficiencia de transcripcin sea ptima.
Una vez que se ha constituido el complejo cerrado (unin de
RNA polimerasa al DNA), se constituye el complejo abierto, donde se
denatura el DNA por accin de la RNA polimerasa. Cuando se produce
este fenmeno comienza a sintetizarse el RNA. Una vez que se han
sintetizado entre 7 y 10 nucletidos se libera la subunidad ,
terminando la iniciacin de la transcripcin.
Elongacin:
Comienza con la disociacin de la subunidad
de la RNA polimerasa. A medida que transcurre la
transcripcin, la cadena de RNA formada por la
RNA polimerasa choca con una muralla en la
enzima, y se separa de la hebra molde de DNA
para salir por el sitio de salida de RNA de la RNA
polimerasa.
El DNA es lo que se mueve cuando entra a la
RNA polimerasa, pues esta enzima est anclada al
citoesqueleto nuclear.
Si el RNA queda mal transcrito, NO se puede
reparar. Con esto se sintetizan protenas errneas.
Terminacin:
Depende en algunos casos de la protena Rho. Es un hexmero con seis
subunidades idnticas. Existe tambin un mecanismo que es Rho independiente.
El RNA es una monohebra que se puede plegar. Esto es el plegamiento
intracatenario, y antiparalelo. Para ello se unen los repetidos invertidos. Las
estructuras que se generan son las llamadas horquillas. De este modo la hebra
de RNA no es una estructura lineal, sino que se pliega para formar las horquillas.
Luego de la formacin de una horquilla podra haber un sector con muchas
adeninas, desde donde se transcribirn uracilos. Esta unin es ms dbil que la
unin de guaninas con citocinas, lo cual determina que la cadena de RNA se
separe de la hebra de DNA. As ocurre la terminacin Rho independiente. Las
horquillas formadas son los terminadores de la transcripcin.
El mecanismo Rho dependiente se produce por el enrollamiento de la
cadena de RNA a la protena Rho. Esto permite que Rho hidrolice ATP en ADP.
Con esta energa, la protena Rho es capaz de separar la cadena de RNA formada
de la hebra molde de DNA.
Regulacin de la expresin gnica:
Significa determinar la cantidad de RNA que se sintetiza. Esto se determina
segn algunos mecanismos. La expresin constitutiva (genes housekeeping)
depende de la arquitectura del promotor (dbil o fuerte), segn sea como el
consenso o diferente del consenso.
El tiempo de vida media de una clula es el tiempo que se demora en
cambiar la mitad de un componente (por ejemplo, protenas). La clula invierte
energa para sintetizar molculas. Las molculas pequeas en general tienen una
vida media corta (rpida renovacin, promotor cercano al consenso fuerte),
mientras que las grandes tienen una vida media larga (renovacin lenta, promotor
lejos del consenso dbil).
La expresin regulada, con productos gnicos con niveles que varan en
respuesta a una seal, son de represin e induccin. Esto es mediado por
interacciones protena-DNA especficas. Un factor transcripcional es una molcula
que interacta con el DNA para inducir activacin o represin. Un activador puede
unirse a la RNA polimerasa de manera directa o indirecta (a travs de otras
protenas [subunidad por ejemplo]). Un represor puede bloquear la unin de la
RNA polimerasa al DNA, haciendo una especie de efecto pantalla en el promotor.
Un represor tambin puede anular el efecto de un activador (indirecto sobre la
enzima), anulando la funcin del activador por cambiar la afinidad que las
protenas tienen para los sitios de reconocimiento.
La seleccin de genes a ser transcritos y la eficiencia del proceso de
transcripcin son afectadas por la regulacin de la expresin gnica.
Un ejemplo de la represin est
representado por el opern lac. Este se
compone de tres genes: lacZ, lacY y lacA.
stos transcriben para la produccin de beta
galactosidasa, permeasa y transacetilasa.
Se transcribe un solo RNA mensajero para
los tres productos, determinando un RNA
policistrnico (codifica para ms de un gen).
En ausencia de lactosa, el lacI sintetiza un
represor que impide que se expresen los
genes del opern lac, unindose a una
regin del promotor para que no se pueda
unir la RNA polimerasa. Esto ocurre porque
si no hay lactosa no hay necesidad de
sintetizar beta galactosidasa.
Cuando hay lactosa, sta inhibe el
represor que genera el lacI, por lo que este
represor no se puede unir al DNA para
bloquear la zona de unin de la RNA
polimerasa, permitiendo la expresin de beta
galactosidasa, permeasa y transacetilasa.
La lactosa induce los genes del opern lac.
Transcripcin en eucariontes:
El RNA se transcribe a partir del DNA y luego se procesa para producir RNA
maduro. El mRNA maduro sale al citosol a travs de poros nucleares, y es usado
como sustrato para la sntesis de las protenas. Todo lo que tiene que ver con la
sntesis del mRNA ocurre dentro del ncleo.
Todos los genes eucariontes son individuales, teniendo una organizacin
monocistrnica. Esto hace que no haya operones.

Hay tres RNA polimerasas con especificidades distintas. La RNA polimerasa


I se encuentra en el nuclolo, y tiene como funcin sintetizar exclusivamente el
rRNA. La RNA polimerasa II est en el nucleoplasma y tiene por funcin sintetizar
exclusivamente mRNA. La RNA polimerasa III est en el nucleoplasma y tiene por
funcin la sntesis exclusiva de tRNA, rRNA 5s y snRNA.
Nos centraremos en la RNA polimerasa II pues es la que sintetiza mRNA.
La RNA polimerasa II tiene 10 a 12 subunidades, siendo un heptapptido (siete
aminocidos que se repiten varias veces, especie-especfico; 36 en el humano, 42
en la levadura, etc.) en CTD (dominio carboxilo terminal, subunidad de 200 Kd), y
que es fosforilable. Las dos subunidades grandes que tiene, se asemejan a las
subunidades de la RNA polimerasa bacterial. Esta enzima por si sola no puede
transcribir.
A diferencia de las bacterias, en las que exista un promotor conservado
para cada subunidad sigma, en las clulas eucariontes hay promotores diversos,
que varan en nmero, naturaleza y localizacin. En cada elemento de promotor
se une una protena llamada factor de transcripcin. La caja TATA est ubicada
aproximadamente en el -30, estando el promotor proximal en el -200 (lugares
donde se empiezan a unir factores de transcripcin).
Hay muchos tipos de factores de transcripcin. Los basales o generales son
los encargados de identificar la regin del promotor. Los transactivadores
proximales o distales permiten que se facilite la entrada de otras molculas,
unindose al DNA en elementos del promotor. Los coactivadores comunican al
transactivador con la RNA polimerasa II, sin unirse al DNA.
El DNA est estructurado en nucleosomas, por lo que para poder diponer
del DNA hay actividades que permiten que las hebras se suelten o aflojen del
nucleosoma para la transcripcin. Un mecanismo es la acetilacin de histonas
ricas en lisina, para una menor unin del DNA a la protena nucleosomal.

Modificaciones post-transcripcionales: procesamiento transcrito primario:


Son de tres tipos: capping, poliadenilacin y splicing.
Capping:
Proceso en el cual se introduce una molcula (Cap) en forma inversa al
extremo 5, para que la molcula de RNA quede 3 3.

Poliadenilacin:
Es la seal de trmino que indica a la RNA polimerasa
que active un factor basal para que se produzca una
actividad endonucleoltica, que rompa el RNA que se est
sintetizando. Se agrega una cola de polinucletidos (poli a)
(adeninas) que determina una seal de trmino.
Splicing:
El DNA tiene exones (que codifican) e intrones (que no
codifican). Cuando se transcribe el RNA, el transcrito
primario contiene la informacin de los exones y los intrones.
Para deshacerse de la informacin de los intrones ocurre el
splicing.
El mecanismo de splicing reconoce el inicio (adenina 3)
y el trmino (guanina 5) de los intrones, aproximando lo
exones para que se unan una adenina con un guanina por un lazo,
interaccionando, empalmndose los dos exones y eliminando el intrn.
Los spliceosomas son complejos especializados de RNA-protena: los
snRNP. Cada uno tiene un tipo de snRNA.

Procesamiento alternativo:
Hay varias seales de poliadenilacin y varias seales de splicing. Un gen
crea ms de una protena diferente. Esto explica que 150.000 protenas sean
codificadas por slo 30.000 genes en el ser humano.
Una manera de splicing alternativo es la eliminacin de algn o algunos
exones junto con los intrones del transcrito primario (RNA). Un mismo gen produce
la calcitonina (tiroides) y un neurotransmisor (cerebro), dependiendo de los exones
que son sacados luego del splicing de un mRNA.