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Protenas:Plegamientoyconformacin

Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Estructuras secundarias
Principios generales Rigidez del enlace peptdico
Tipos y clasificacin Restricciones C: Ramachandran
Estructura general Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos Conformacin tridimensional
Propiedades cido-base Estructura micelar: Interac. Terciarias
Caractersticas qumicas Modularidad: motivos y dominios
Aa y pptidos no proteicos Complejos: interacciones cuaternarias
Plegamiento asistido
Plegamiento Amiloides y priones
Niveles de organizacin
Desnaturalizacin y renaturalizacin
Dogma central del plegamiento
Enlaces dbiles y estabilidad
Para Enrique Castro
Los trabajos de terceros
retienen su licencia original

Principiosgenerales
Principiosgenerales
Enlace peptdico
Polmeros lineales de aa Direccional N C
Lineales, no ramificados ni anudados
Autoplegado: secuencia determina forma y funcin Dogma central protenas
traduccin 1D 3D

Surtido de grupos funcionales


Reactividad qumica variada Enzimas

Modularidad Mdulos repetidos en


Dominios funcionales protenas diversas

Interacciones macromoleculares
Construccin de estructuras Orgnulos, citoesqueleto
Mquinas moleculares
Unin a ligandos

Flexibilidad Calmodulina
Calmodulina libre
Dinmicas unida a su diana

2010 Enrique Castro 2


TiposyClasificacin
TiposyClasificacin
N de cadenas
Monomricas
Oligomricas: Subunidades/protmeros/oligmeros

Estructura
Fibrosas
De membrana
Globulares

Composicin no-aa
Simples: slo aa
Conjugadas: grupo no proteico
Holoprotena =
apo-protena + grupo prosttico

2010 Enrique Castro 3

Estructurageneraldeunaprotena
Estructurageneraldeunaprotena

Superficie
interacciones

polar

Carga y Forma

Enrique Castro, 2003

Bucles
superficiales

Centro activo mviles

pocos aa

posicionados por el resto

Corazn
enterrado

hidrofbico

2010 Enrique Castro 4


Tamaosdeprotenas
Tamaosdeprotenas
Protenas
extracelulares

IgG
151 kD

Lisozima

Insulina
5.7 kD

Mioglobina Hemoglobina
16.7 kD 65 kD
Protenas Glutamina
intracelulares sintetasa

Citocromo c Ribonucleasa
2010 Enrique Castro 5

Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general Dogma central del plegamiento
Enrique Castro, 2003
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos
Conformacin tridimensional
Rigidez del enlace peptdico
Propiedades cido-base
Restricciones C: Ramachandran
Caractersticas qumicas Estructuras secundarias
Aa y pptidos no proteicos Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias

Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones

2010 Enrique Castro 6


Aminocidos:estructurageneral
Aminocidos:estructurageneral

Grupo -carboxilo
Ionizable
cido.
Grupo -amino pKa 2,2
Ionizable
Bsico
pKa 9,4
Carbono
Soporta cadena lateral
Quiral

Cadena lateral
Clasificables: variable
Tamao numeracin de cadena lateral
propiedades qumicas letras griegas: sin COOH
Forma
Carga num. romanos: desde COOH
Formacin pdH
Polaridad/Hidrofobicidad Mltiples clasificaciones
Reactividad qumica

aminocido Lisina
2010 Enrique Castro 7

Aminocidos:quiralidad
Aminocidos:quiralidad
Carbono : L-aa (S-aa)
Protenas siempre L (S)
D-aa slo en pptidos no proteicos

Enrique Castro, 2003

L-Alanina D-Alanina

Configuracin absoluta: S

L-Gliceraldehdo D-Gliceraldehdo

2010 Enrique Castro 8


Aminocidos:Ralifticosapolares
Aminocidos:Ralifticosapolares
Hidrfobos: ncleo interno
Ramachandran estndard

No hidrfobo
Muy Flexible (Ramachandran)

Orden de hidrofobicidad
Iminocido Gly polar
pKa2 elevado Pro
Muy rgido (Ramachandran) Ala
Met
Val
Leu
Ile
hidrfobo
2010 Enrique Castro 9

Aminocidos:Raromticos
Aminocidos:Raromticos
Hidrfobos: ncleo interno Reconocimiento de protenas
Ramachandran estndard R. xantoproteica (cualitativa)
R. de Folin (cuantitativa)

Enrique Castro, 2003

Zona de absorcin Zona de absorcin


de . nucleicos de protenas

+ His
Anillo hidrfobo / grupos polares
Absorbancia UV
Tyr: pdH / ionizable carga
Trp : pdH

Trp: max 280 nm


Tyr: max 275 nm
Phe: max 260 nm

2010 Enrique Castro Nelson & Cox, 4 Ed, p. 80 10


Aminocidos:Rpolarsincarga
Aminocidos:Rpolarsincarga
Hidrfilos: superficie
Ramachandran estndard
Dadores-aceptores pdH
Reactividad qumica SH ionizable carga
puentes disulfuro
SH reactivo
Cisten-enzimas
OH fosforilable
OH reactivo
Sern-enzimas

N-glicosilacin

2010 Enrique Castro 11

Cysypuentesdisulfuro
Cysypuentesdisulfuro

2 Cys-SH Cistina

oxidacin
Enrique Castro, 2003

grupos tiol puente disulfuro


libres (covalente, estable)

reduccin

Hidrfobo
Cys polar
SH ionizable carga No reactivo
SH reactivo

2010 Enrique Castro 12


Aminocidos:Rpolarescargados
Aminocidos:Rpolarescargados
Hidrfilos: superficie
Bsicos Ramachandran estndard
Carga Carga elctrica

His: (aromtico)
pKa neutro
Carga variable
Catlisis cido-base

cidos
Carga

2010 Enrique Castro 13

Clasificacionesdeaminocidos
Clasificacionesdeaminocidos

Enrique Castro, 2003

AA esenciales AA no esenciales
Leu His Ala
Ile Arg Asp
Lys (en jvenes) Asn
Met Cys
Phe Glu
Thr Gln
Trp Gly
Val Pro
Ser
Tyr

2010 Enrique Castro Taylor (1986) J.Theor. Biol. 119:205-218. 14


Aminocidos:propiedadesqumicas
Aminocidos:propiedadesqumicas

2010 Enrique Castro Nelson & Cox, 4 Ed, p.78 15

Hidrofobicidaddeaminocidos
Hidrofobicidaddeaminocidos
Criterio
G transferencia agua:orgnico
aa individual (no resto)
Escala Gly = 0 (referencia)
Enrique Castro, 2003

Distinto a hidropata
No aplicable al
comportamiento en protenas

2010 Enrique Castro Devlin 7e Fig. 3.22 16


Propiedadescidobase
Propiedadescidobase
Zwitteriones
anfteros
carga dependiente del pH: pI

Zwitterion No ionizado
>99,9% <0,1%

100%

completamente
forma zwitterinica
desprotonado
% forma

completamente
protonado

pH

2010 Enrique Castro 17

TitulacindeunaaRnoionizable.pI
TitulacindeunaaRnoionizable.pI
carga +1 carga 0 carga -1

2 zonas tampn
2 pKa
Enrique Castro, 2003

punto isoelctrico
pH al cual carga=0

pH < pI carga

pH > pI carga
pI

1
pI = pKa 1pKa 2
2

2010 Enrique Castro 18


Titulacindeunaacido
Titulacindeunaacido
carga +1 carga 0 carga -1 carga -2

3 zonas tampn
3 pKa

punto isoelctrico
pH al cual carga=0
pI cido

pH < pI carga

pH > pI carga

1
pI = pKa1pKa1
2
pI

2010 Enrique Castro 19

Titulacindeunaabsico
Titulacindeunaabsico
carga +2 carga +1 carga 0 carga -1

3 zonas tampn
3 pKa
Enrique Castro, 2003

punto isoelctrico
pH al cual carga=0
pI bsico

pH < pI carga pI
pH > pI carga

1
pI = pKa1pKa1
2

2010 Enrique Castro 20


Aminocidosproteicosmodificados
Aminocidosproteicosmodificados
Modificacin pre-traduccional
Seleno-Cys

Modificacin post-traduccional
HO-Pro
HO-Lys
P-Ser, P-Ther
P-Tyr Hidroxi-Pro
-carboxi-Glu Desmosina

Fosfo-Ser

-carboxi-Glu Asn-N-glicosilado
2010 Enrique Castro 21

Aminocidosnoproteicos
Aminocidosnoproteicos
D-Alanina
Estructura
D-aminocidos
-aminocidos

Enrique Castro, 2003 -Alanina

Funcin
Metabolismo -aminobutrico, GABA
Pptidos (neurotransmisor)

Ornitina

Ciclo de la urea

Citrulina

2010 Enrique Castro 22


EnlacePeptdico:pptidos
EnlacePeptdico:pptidos
H2O

condensacin
Enlace peptdico
covalente
estable
asimtrico: direccional

Mr(aa) 128 Da (%frecuencia)


-1 H2O
Mr (restos) 110 Da Restos o residuos
Restos o residuos
cadenas
laterales

esqueleto
hidrocarbonado

N C
Polmero direccional
2010 Enrique Castro 23

Pptidosyprotenas
Pptidosyprotenas
oxitocita
Ribosomales: por proteolisis
Pptidos TRF (3)
n < 50 Oxitocina (9)
Mr < 6 kD (Insulina) Vasopresina (ADH) (9)
Bradiquinina (9)
Glucagn (29)
No ribosomales:
Enrique Castro, 2003 enzimtico ACTH (39)

D-aa POMC: pro-opiomelanocortina


ciclados
CLIP MSH
fuertemente modificados Glutation (Glu-Cys-Gly)
antioxidante MSH ACTH (39) -LPH
Antibiticos:
Vancomicina MSH LPH Endorfina
Ciclosporina
Actinomicina
Gramicidina
Glutation: Glu-Cys-Gly Toxinas: -amanitina

Protenas
mnimo: 40 aa (autoplegado, unin ligando)
mximo: errores de traduccin
promedio: 200-350 aa

2010 Enrique Castro 24


Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin
Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general
Dogma central del plegamiento
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos
Propiedades cido-base
Conformacin tridimensional
Caractersticas qumicas Rigidez del enlace peptdico

Aa y pptidos no proteicos Restricciones C: Ramachandran


Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias

Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones

2010 Enrique Castro 25

Protenas:Nivelesdeorganizacin
Protenas:Nivelesdeorganizacin
Estructura Estructura Estructura Estructura
Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Enrique Castro, 2003

La secuencia lineal La estructura local La estructura La disposicin


de aa de la cadena del esqueleto tridimensional de una espacial e
polipeptdica, peptdico, sin cadena polipeptdica, interacciones
incluyendo las considerar la enfatizando las entre cadenas
modificaciones conformacin de las interacciones NO locales individuales de
post traduccionales cadenas laterales (en secuencia) y entre una protena
cadenas laterales que oligomrica
determinan el
plegamiento 3D
2010 Enrique Castro 26
Estructuraprimaria
Estructuraprimaria
Co-linearidad gen-protena
Misma direccionalidad

Secuencia es Informativa
Secuencia determina plegamiento: Estructura 3D

Secuencias repetidas: modularidad

Secuencia como seal Calmodulina:


secuencias de localizacin estructura a partir de 4
secuencias de ubiquitinacin repeticiones internas degeneradas
secuencias de reconocimiento
secuencias de glicosilacin
Sec. localizacin
Sec. glicosilacin Sec. reconocimiento
NLS

Sec. Seal
Exportacin RE

Sec. Ubiquitinacin
Sec. fosforilacin
vida media
2010 Enrique Castro 27

Protenas:estabilidadydesnaturalizacin
Protenas:estabilidadydesnaturalizacin
Desnaturalizacin Protena desnaturalizada:
Cadenas desplegadas y entrelazadas
Prdida de estructura 3D nativa = desplegamiento
Sin rotura de Enlaces covalentes (no 1)
Cooperativa
Irreversible (salvo condiciones controladas)
Enrique Castro, 2003

Transicin rpida:
Cooperatividad

Tm

Desnaturalizantes
Calor (todos, pdh) Protena nativa:
Extremos de pH (ionizacin, salinos, pdh) Red de enlaces dbiles mantiene
solventes orgnicos estructura tridimensional plegada
efecto hidrofbico
detergentes
caotrpicos (urea, guanidinioCl) (pdh)
2010 Enrique Castro 28
Plegamientodeprotenas:interacciones
Plegamientodeprotenas:interacciones
Energa de interaccin:
Estabilidad termodinmica Intracatenaria
con solvente
Entropa E. hidrfobo
Interacciones intracadena
Interacciones con agua

Efecto hidrfbico +
Int. intracadena:
van der Waals (miles) pdH, van der Waals
Interacciones dbiles
puentes de hidrgeno
determinan plegamiento
puentes salinos
puentes disulfuro
-
Balance energtico Efecto hidrfobo:

42 kJ/100 aa Agua repele apolares

0,42 kJ/resto (<kT)

Estabilidad marginal: fcil desnaturalizacin


Fusin local: movilidad y flexibilidad

Solvatacin de
cargas y dipolos
2010 Enrique Castro 29

Plegamientodeprotenas:DogmaCentral
Plegamientodeprotenas:DogmaCentral
El Dogma Central del plegamiento Estados metaestables:
varias conformaciones
Secuencia determina unvocamente el plegamiento Chaperonas:
Estructura determina funcin enzimas de plegamiento

Enrique Castro, 2003


Evidencias ribonucleasa desnaturalizada
Secuencias similares adoptan estructuras anlogas
re-plegada, scrambled
Renaturalizacin espontnea (Anfinsen)

mal plegada
n forma metaestable
ci
liza
ura
e snat 1 oxidacin
d
2 dilisis
Urea 8M
-mercaptoetanol Trazas -ME
(catlisis S-S)
Renaturalizacin
espontnea:
ribonucleasa nativa ribonucleasa
desnaturalizada
Nativo es mximo
1 dilisis
desplegada 2 oxidacin de estabilidad

2010 Enrique Castro ribonucleasa nativa 30


Plegamientodeprotenas:mecanismo
Plegamientodeprotenas:mecanismo
Fersh & Daggett Cell 108:573-82 (2002)

Cintica del plegado


Cooperativo
Secuencial, por etapas
Modelos complementarios plegamiento secuencial por
nucleacin-condensacin retencin de intermediarios correctos
colapso hidrofbico (glbulo fundido)
Entropa, TS
Efecto hidrofbico domina el proceso
Est. secundaria por interacciones locales
Estabilizadores internos:
puentes de H
puentes salinos
puentes disulfuro

Determinantes del plegamiento

% restos bien plegados


Energa libre, G
Rigidez del esqueleto peptdico
Interaccin de los aa con agua (E. Hidrofbico) Glbulo
fundido
Impedimentos estricos
Interacciones entre cadenas laterales de aa
electrostticas
pdH
van der Waals
Estructura Nativa
2010 Enrique Castro Dill et al. Nature Structural Biol. 4:10-19 (1997) 31

Elembudoenergticodeplegamiento
Elembudoenergticodeplegamiento

Proteins fold into their correct


minimal-energy configuration
because of the physicochemical
properties of their
Enrique Castro, 2003 amino acid
sequence. Proteins fold rapidly
because amino acids interact
locally, thus limiting the
conformational space that the
protein has to explore and
forcing the protein to follow a
funnel-like energy landscape
that allows it to fold quickly.

Dobson, C. M. Protein folding and


misfolding. Nature 426, 884890 (2003)
doi:10.1038/nature02261

Protein Misfolding and Degenerative Diseases


By: Enrique Reynaud, Ph.D. (Instituto de Biotecnologia, Universidad Nacional Autonoma de Mexico) 2010 Nature Education
2010 Enrique Castro Citation: Reynaud, E. (2010) Protein Misfolding and Degenerative Diseases. Nature Education 3(9):28 32
Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general Dogma central del plegamiento
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos Conformacin tridimensional
Propiedades cido-base
Rigidez del enlace peptdico
Caractersticas qumicas
Restricciones C: Ramachandran
Aa y pptidos no proteicos
Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias

Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones

2010 Enrique Castro 33

Enlacepeptdico:restriccionesestricas
Enlacepeptdico:restriccionesestricas
Estructura plana
6 tomos en el mismo plano
N, CO: hibridacin sp2 (triangular)
Doble enlace parcial: rgido (ngulo )
Dipolo permanente
Enrique Castro, 2003
formas resonantes
trans (=180) > cis (=0)

estabilizacin por resonancia


Gres= -88 kJmol-1
CA

O
125 123 1.46
1.24 1.32
N 114
121 C
1.08 doble enlace deslocalizado
114 123 dipolo permanente
1.51 H

+
CA

Distancias y ngulos de enlace en el plano peptdico

2010 Enrique Castro 34


E.peptdico:formascistransyngulo
E.peptdico:formascistransyngulo
=180

=0

forma trans forma cis


sin impedimento impedimento estrico C
estable menos estable

imino: no existe en aa normal


impedimento estrico
con cadena lateral aa-1

peptidil-Pro
ambas formas poco estables:
peptidil-Pro interconvertible cis-trans

2010 Enrique Castro 35

ImpedimentosestricosC:ngulos
ImpedimentosestricosC:ngulos yy

Esqueleto limita conformacin ngulo fijo, rgido.
Restos emparedados entre planos ngulos , muy variables
interacciones intra-esqueleto limitan ,
Rotacin C-N: ngulo Interacciones con R (C) limitan an ms
Rotacin C-CO: ngulo
Rotmeros
Enrique Castro, 2003 por esqueleto
R H

C
N C
O
C C

H R H R

Muchas combinaciones causan colisiones entre tomos: repulsin estrica

Rotmeros con ciertos valores de , son ms estables que otros

=0, =0 =0, =180 =180, =0 =-60, =180

colisin
O-O
sin colisin
colisin colisin giro 120
O-HN NH-HN aleja CO de R
radio de vdW
radio de vdW
2010 Enrique Castro 36
ngulos
ngulos yy
:: Diagrama
Diagrama de
de Ramachandran
Ramachandran
energa conformacional esqueleto-C
G = (,)
Conformacin permitida
G < 0

G > 0
ngulo

Impedimentos estricos C
Zona prohibida
Sin repulsiones
C R-esqueleto

Choque estrico
CR-esqueleto:
Energa de repulsin

ngulo
Gly no tiene CR: Sin impedimento.
La presencia de R limita la En cualquier lugar de Ramachandran
flexibilidad conformacional

2010 Enrique Castro 37

Estructurassecundarias
Estructurassecundarias
Caractersticas Est. Secundaria
Interacciones locales, corta distancia
Interacciones intra-esqueleto (no laterales) Estructuras reales levemente
Repetitivo, regular distorsionadas: ms estables
Puentes
Enrique de Hidrgeno
Castro, 2003

Elementos secundarios levo


ngulo

Hlices
-Hlice
Colgeno
dextro
, 310, 610
Lminas Estructuras secundarias se
Hojas hallan en las regiones ms
(paralelas, antiparalelas, mixtas) estables de Ramachandran:
Giros Autoplegado espontneo
Giros (tipo I, tipo II)
Giros

lecture-03-sep09.pdf p.23 ngulo


2010 Enrique Castro 38
Estructurassecundarias:Hlice
Estructurassecundarias:Hlice
Estructura en -Hlice i i+4

ngulos :-59; ngulo :-47 (dextro)


direccional: dipolos orientados
Enlace pdH axial, n n+4 i i+4

Parmetros de la hlice
dextrgira
C-terminal
Estructura muy estable: paso de rosca: 0,54 nm

plegado espontneo
aa por vuelta: 3,6

giro por aa: 100 0,54 nm
3,6 aa

avance por aa : 0,15 nm
pdH
alineados
Estabilidad estructural
ngulos , en pozo de potencial
Dipolos de pdH alienados
Radio de la hlice permite interacciones de 0,15 nm
van der Waals tranversales
Cadenas laterales hacia fuera y escalonadas:
reduce impedimentos estricos N-terminal

2010 Enrique Castro Garret & Grisham (1999) 39

Hlice:cadenaslaterales
Hlice:cadenaslaterales

Compacta.
Interacciones trans-axiales

Enrique Castro, 2003

Cadenas laterales
hacia afuera

Cadenas laterales
escalonadas

3,6 planos por vuelta


Hlice dextrgira

2010 Enrique Castro 40


Hlice:secuenciayestabilidad
Hlice:secuenciayestabilidad
Restricciones a la estabilidad
Int. electrosttica entre aa i, i+1 Cadenas laterales adyacentes:
poco espacio para ramificacin
Impedimento estrico R aa i, i+1
ramificacin en C: Val, Ile, Thr

Competicin de R por pdH


polares sin carga: Ser, Asn

Interacciones R aa i, i+3(4)

Presencia Pro, Gly

Estabilizacin dipolo terminal


aa R estabilizantes
R desestabilizantes

aa R desestabilizantes
R estabilizantes
2010 Enrique Castro 41

Otrasestructurassecundariasenhlice
Otrasestructurassecundariasenhlice

Hlice2003
Enrique Castro, 310 Hlice
(4,416)

Sin phH

Hlice de colgeno

=-54 =+155

levgira
aa por vuelta: 3,3

cinta n+2 n+4 n+5 avance por aa : 0,29 nm

Patrn de conexin de puentes de Hidrgeno


2010 Enrique Castro 42
Estructurassecundarias:hojas
Estructurassecundarias:hojas
Estructura en Hoja
ngulos : -120 -140; ngulo :+113 - +135
esqueleto extendido
Mltiples hebras
Enlace pdH intercatenario, transversal

cadenas laterales
opuestas
0,35 nm
Parmetros de la hlice
aa por vuelta: 2


giro por aa: 180

avance por aa : 0,35 nm

Hebra
Conformacin
Estabilidad estructural
ngulos , en pozo de potencial amplio:
distorsiones, entropa
Cadenas laterales opuestas: mnimo
impedimento estrico

2010 Enrique Castro 43

Tiposdelminas
Tiposdelminas

C N
Parmetros
=-139 =+135
Enrique Castro, 2003
avance por aa : 0,35 nm
Antiparalelas

N C

0,70 nm

Puentes H intercatenarios Mixtas en cualquier


0,65 nm
disposicin

N
C
Parmetros

=-119 =+113 Paralelas

avance por aa : 0,32 nm

N C

2010 Enrique Castro 44


Alabeodelminas
Alabeodelminas
Torsin de la hebra
CO gira alejndose del R
-25
Torsin levgira

Vista de frente
Vista lateral
Zona amplia. Lminas Hexoquinasa, dominio I
admiten muchas distorsiones
Pleiotrpicas

Barril beta
en la protena ligadora
de cidos grasos
2010 Enrique Castro 45

Estructurasecundaria:Giros
Estructurasecundaria:Giros
Giros
4 aa; C < 7
pdH, i i+3
8 tipos segn conformacin
Enrique Castro, 2003

Tipo I

acodamientos de cadena
enlazan hebras Tipos II, II':
bucles superficiales i+2 slo Gly

i i+3
i+1, slo Pro
Giros Tipo II

3 aa;
pdH, i i+2
i+1: Pro

i i+2
2010 Enrique Castro 46
Probabilidaddeestructurasecundaria
Probabilidaddeestructurasecundaria
Gly: flexible, lugares prohibidos
pro-hlice anti-hlice; pro-lmina
giros
pequeos (A)
polares (S)
ramificados (V, I, T)

alifticos sin carga (L, F)


Pro: rgido
cis: giros

2010 Enrique Castro 47

Estructuramodulardeprotenas
Estructuramodulardeprotenas
Est. Supersecundarias / Motivos
combinaciones de elementos secundarios Bucle --
autoplegado
pequeos,
no estables por si mismos
Enrique Castro, 2003

Esquina -
Motivo:
3. m. En arte, rasgo caracterstico que se Mano EF
repite en una obra o en un conjunto de ellas.

Dominios
Autoplegado independiente
Estables por si mismos
Estructura modular de la Calmodulina

4 esquinas -, Manos EF

2010 Enrique Castro 48


Estructuraterciaria:conformacintridimensional
Estructuraterciaria:conformacintridimensional
Plegamiento Definicin:
La estructura tridimensional de una cadena
organizacin de estructuras secundarias
polipeptdica, enfatizando las interacciones NO
colapso hidrofbico locales (en secuencia) y entre cadenas laterales
optimizacin de interacciones entre cadenas que determinan el plegamiento 3D
laterales
Muchos elementos secundarios
resulta una estructura 3D
Mltiples motivos
estabilidad marginal; 0,4 kJ/mol/aa Uno o ms dominios

Estructuramicelardeprotenas Estructuras3Dsurgendeinteracciones
solubles delargadistancia(nolocales)

Plegamiento dominado por AGUA
Int. Electrostticas
(efecto hidrofbico) puentes de H

Ncleo hidrofbico
Int. van der Waals

aa distribuidos asimtricamente
Unas interacciones en ncleo,
otras en superficie
Homologa
100% 17% 16%
de secuencia

Estructuraterciariamejor
conservadaquelasecuencia

mutaciones conservativas

Hemoglobina humana Mioglobina humana leghemoglobina altramuz


2010 Enrique Castro (cadena ), sangre msculo 49

Estructuramicelardeprotenas
Estructuramicelardeprotenas
Mioglobina muscular de cachalote

Vista de superficie Vista Est. secundaria


(van der Waals) (transparente, aa internos)

Enrique Castro, 2003

pocos aa apolares
expuestos al solvente

aa apolares
enterrados
Resultado del
Efecto hidrfbico

aa polares
en superficie Empaquetamiento compacto
fraccin de volumen 0,72-0,75


van der Waals
Vista en corte
(van der Waals)

2010 Enrique Castro 50


Interaccionesterciarias
Interaccionesterciarias
Int. Inicas (puentes salinos) Puentes de H
grupos cargados

esqueleto/cadenas laterales
omnidireccionales

baja energa (estabilidad)
interacciones terciarias
dependiente del pH

direccionales

cadenas laterales
En superficie, en el interior
(pKa cambia en interior) no locales

En superficie y con agua

interacciones secundarias:
locales, esqueleto

Puentes disulfuro Int. Hidrofbicas

Cys cadenas laterales apolares


Fragmento de lmina de la Lisozima

limita flexibilidad
omnidireccionales

Catalizado enzimticamente
ver der Waals
(redox)
no depende del pH
Protenas extracelulares En el interior
2010 Enrique Castro 51

Plegamiento:Dominios
Plegamiento:Dominios
Dominio
"Within a single subunit [polypeptide chain], contiguous portions of the polypeptide chain
frequently fold into compact, local, semiindependent units called domains." (Richardson, 1981)

Enrique Castro, 2003

Inmunoglobulina G (IgG)
4 cadenas (2H+2L)
Dominio tipo Ig:
Unidad independiente
repeticiones internas
de plegado
no idnticas: dominios
Unin por p. disulfuro

Variable:
unin a antgeno

Estructuraconservada
puentes
Secuenciadegenerada
Constante: disulfuro
estructural
2010 Enrique Castro 52
Dominios:funcionesmodularizadas
Dominios:funcionesmodularizadas
Unin protena-protena Unin a DNA
Dominios SH2: unin fosfo-Tyr Dom. en dedos de Zn
Dominios PTB: unin fosfo-Tyr Dom. cremalleras de Leucina
Dominios SH3: unin poli-Pro Homeodominios
Dominios Death (DD): unin homotrpica

Funcin de protena =
Suma de funciones de sus
dominios

Unin a membrana Catalticos (u. al sustrato)


Dominios PH: unin a PIP (membrana) Dom. quinasa (S/T, Y)
Dominios C2: unin a PS (membrana) Dom. GTPasa

2010 Enrique Castro 53

Dominiosproteicos:ejemplos
Dominiosproteicos:ejemplos
Constante:
estructural

Enrique Castro, 2003


pptido pY
PIP

Dominio SH2: Dominio PH:


Unin a fosfo-Tyr Unin a PIP

Leu:
dimerizacin Zn une la
Unin a estructura
diana DNA

hlice de
reconocimiento
D. Cremallera de Leu de DNA D. Dedo de Zinc
Unin a DNA Unin a DNA
2010 Enrique Castro 54
Estructuracuaternaria
Estructuracuaternaria
Ensamblaje de subunidades Definicin:
va enlaces no covalentes (raramente -S-S-) La disposicin espacial e interacciones
Homo/heterotrpico entre cadenas individuales de una
protena oligomrica
protenas solubles / estructuras macromoleculares

Interacciones cuaternarias
K tpicas: 10 -10 M
-8 -16
d
G asoc
50-100 kJ/mol
Entropa por ordenamiento de cadenas

(desfavorable)
Entropa por ocultamiento de apolares
(muy favorable, y vdW)
interacciones
no covalentes
puentes
disulfuro
Ventajas de la estructura oligomrica
Estabilidad: reduccin ratio S/V

(ocultamiento de hidrofbicos)

Economa y eficiencia genticas
(sntesis rentable, reusabilidad)
Reunin de sitios catalticos: eficacia
Inmunoglobulina G (IgG) Cooperatividad: respuestas todo o nada
4 cadenas (2H+2L)
Alosterismo: regulacin

Unin por p. disulfuro
(HH y LH)

2010 Enrique Castro 55

Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general Dogma central del plegamiento
Enrique Castro, 2003
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos Conformacin tridimensional
Propiedades cido-base Rigidez del enlace peptdico
Caractersticas qumicas Restricciones C: Ramachandran
Aa y pptidos no proteicos Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias

Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones

2010 Enrique Castro 56


Plegamientoasistido:chaperonas
Plegamientoasistido:chaperonas
Familia Hsp70/Hsp90: chaperonas HSP70 ubicuo (citosol/RE)
HSP 90 (citoslico)
Bajo Mr
Unin a zonas hidrofbicas
Previene agregacin/plegamiento prematuro Chaperona Hsp70/Hsp90

Familia Hsp60: chaperoninas


Complejo macromolecular: cavidad de plegado
Plegamiento asistido (catlisis)
ATPasas: plegado ATP-dependiente

Enzimas coadyuvantes (RE) Chaperonina Hsp60


(exclusivo citosol)
Protena disulfuro isomerasa (PDI)
Peptido-Prolil cis-tras isomerasa (PPI)

2010 Enrique Castro 57

PlegamientocatalizadoporGroEL/GroES
PlegamientocatalizadoporGroEL/GroES

Enrique Castro, 2003

Catlisis del plegamiento


plegado en recinto cerrado

restringir la libertad

conformacional

Gasto de ATP
inversin de G
para aumentar S

2010 Enrique Castro 58


EstructurayfuncindeGroELGroES
EstructurayfuncindeGroELGroES

2010 Enrique Castro 59

Problemasdeplegamiento:amiloides
Problemasdeplegamiento:amiloides

Enrique Castro, 2003

Conformacin alternativa

Agregacin espontnea

Formacin de fibras

2010 Enrique Castro 60


Problemasdeplegamiento:priones
Problemasdeplegamiento:priones
Estados metaestables conformaciones alternativas
Conversin interconvertibes
polimerizacin
irreversible
asociacin
polimerizacin
fibrilognesis

PrP PrPsc
dao
celular

Seccin de cortex cerebral


Encefalopata espongiforme
Creutzfeldt-Jakob
Conversin inducida de PrP endgena
2010 Enrique Castro 61

Enrique Castro, 2003

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