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Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Estructuras secundarias
Principios generales Rigidez del enlace peptdico
Tipos y clasificacin Restricciones C: Ramachandran
Estructura general Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos Conformacin tridimensional
Propiedades cido-base Estructura micelar: Interac. Terciarias
Caractersticas qumicas Modularidad: motivos y dominios
Aa y pptidos no proteicos Complejos: interacciones cuaternarias
Plegamiento asistido
Plegamiento Amiloides y priones
Niveles de organizacin
Desnaturalizacin y renaturalizacin
Dogma central del plegamiento
Enlaces dbiles y estabilidad
Para Enrique Castro
Los trabajos de terceros
retienen su licencia original
Principiosgenerales
Principiosgenerales
Enlace peptdico
Polmeros lineales de aa Direccional N C
Lineales, no ramificados ni anudados
Autoplegado: secuencia determina forma y funcin Dogma central protenas
traduccin 1D 3D
Interacciones macromoleculares
Construccin de estructuras Orgnulos, citoesqueleto
Mquinas moleculares
Unin a ligandos
Flexibilidad Calmodulina
Calmodulina libre
Dinmicas unida a su diana
Estructura
Fibrosas
De membrana
Globulares
Composicin no-aa
Simples: slo aa
Conjugadas: grupo no proteico
Holoprotena =
apo-protena + grupo prosttico
Estructurageneraldeunaprotena
Estructurageneraldeunaprotena
Superficie
interacciones
polar
Carga y Forma
Bucles
superficiales
pocos aa
Corazn
enterrado
hidrofbico
IgG
151 kD
Lisozima
Insulina
5.7 kD
Mioglobina Hemoglobina
16.7 kD 65 kD
Protenas Glutamina
intracelulares sintetasa
Citocromo c Ribonucleasa
2010 Enrique Castro 5
Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general Dogma central del plegamiento
Enrique Castro, 2003
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos
Conformacin tridimensional
Rigidez del enlace peptdico
Propiedades cido-base
Restricciones C: Ramachandran
Caractersticas qumicas Estructuras secundarias
Aa y pptidos no proteicos Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias
Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones
Grupo -carboxilo
Ionizable
cido.
Grupo -amino pKa 2,2
Ionizable
Bsico
pKa 9,4
Carbono
Soporta cadena lateral
Quiral
Cadena lateral
Clasificables: variable
Tamao numeracin de cadena lateral
propiedades qumicas letras griegas: sin COOH
Forma
Carga num. romanos: desde COOH
Formacin pdH
Polaridad/Hidrofobicidad Mltiples clasificaciones
Reactividad qumica
aminocido Lisina
2010 Enrique Castro 7
Aminocidos:quiralidad
Aminocidos:quiralidad
Carbono : L-aa (S-aa)
Protenas siempre L (S)
D-aa slo en pptidos no proteicos
L-Alanina D-Alanina
Configuracin absoluta: S
L-Gliceraldehdo D-Gliceraldehdo
No hidrfobo
Muy Flexible (Ramachandran)
Orden de hidrofobicidad
Iminocido Gly polar
pKa2 elevado Pro
Muy rgido (Ramachandran) Ala
Met
Val
Leu
Ile
hidrfobo
2010 Enrique Castro 9
Aminocidos:Raromticos
Aminocidos:Raromticos
Hidrfobos: ncleo interno Reconocimiento de protenas
Ramachandran estndard R. xantoproteica (cualitativa)
R. de Folin (cuantitativa)
+ His
Anillo hidrfobo / grupos polares
Absorbancia UV
Tyr: pdH / ionizable carga
Trp : pdH
N-glicosilacin
Cysypuentesdisulfuro
Cysypuentesdisulfuro
2 Cys-SH Cistina
oxidacin
Enrique Castro, 2003
reduccin
Hidrfobo
Cys polar
SH ionizable carga No reactivo
SH reactivo
His: (aromtico)
pKa neutro
Carga variable
Catlisis cido-base
cidos
Carga
Clasificacionesdeaminocidos
Clasificacionesdeaminocidos
AA esenciales AA no esenciales
Leu His Ala
Ile Arg Asp
Lys (en jvenes) Asn
Met Cys
Phe Glu
Thr Gln
Trp Gly
Val Pro
Ser
Tyr
Hidrofobicidaddeaminocidos
Hidrofobicidaddeaminocidos
Criterio
G transferencia agua:orgnico
aa individual (no resto)
Escala Gly = 0 (referencia)
Enrique Castro, 2003
Distinto a hidropata
No aplicable al
comportamiento en protenas
Zwitterion No ionizado
>99,9% <0,1%
100%
completamente
forma zwitterinica
desprotonado
% forma
completamente
protonado
pH
TitulacindeunaaRnoionizable.pI
TitulacindeunaaRnoionizable.pI
carga +1 carga 0 carga -1
2 zonas tampn
2 pKa
Enrique Castro, 2003
punto isoelctrico
pH al cual carga=0
pH < pI carga
pH > pI carga
pI
1
pI = pKa 1pKa 2
2
3 zonas tampn
3 pKa
punto isoelctrico
pH al cual carga=0
pI cido
pH < pI carga
pH > pI carga
1
pI = pKa1pKa1
2
pI
Titulacindeunaabsico
Titulacindeunaabsico
carga +2 carga +1 carga 0 carga -1
3 zonas tampn
3 pKa
Enrique Castro, 2003
punto isoelctrico
pH al cual carga=0
pI bsico
pH < pI carga pI
pH > pI carga
1
pI = pKa1pKa1
2
Modificacin post-traduccional
HO-Pro
HO-Lys
P-Ser, P-Ther
P-Tyr Hidroxi-Pro
-carboxi-Glu Desmosina
Fosfo-Ser
-carboxi-Glu Asn-N-glicosilado
2010 Enrique Castro 21
Aminocidosnoproteicos
Aminocidosnoproteicos
D-Alanina
Estructura
D-aminocidos
-aminocidos
Funcin
Metabolismo -aminobutrico, GABA
Pptidos (neurotransmisor)
Ornitina
Ciclo de la urea
Citrulina
condensacin
Enlace peptdico
covalente
estable
asimtrico: direccional
esqueleto
hidrocarbonado
N C
Polmero direccional
2010 Enrique Castro 23
Pptidosyprotenas
Pptidosyprotenas
oxitocita
Ribosomales: por proteolisis
Pptidos TRF (3)
n < 50 Oxitocina (9)
Mr < 6 kD (Insulina) Vasopresina (ADH) (9)
Bradiquinina (9)
Glucagn (29)
No ribosomales:
Enrique Castro, 2003 enzimtico ACTH (39)
Protenas
mnimo: 40 aa (autoplegado, unin ligando)
mximo: errores de traduccin
promedio: 200-350 aa
Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones
Protenas:Nivelesdeorganizacin
Protenas:Nivelesdeorganizacin
Estructura Estructura Estructura Estructura
Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria
Secuencia es Informativa
Secuencia determina plegamiento: Estructura 3D
Sec. Seal
Exportacin RE
Sec. Ubiquitinacin
Sec. fosforilacin
vida media
2010 Enrique Castro 27
Protenas:estabilidadydesnaturalizacin
Protenas:estabilidadydesnaturalizacin
Desnaturalizacin Protena desnaturalizada:
Cadenas desplegadas y entrelazadas
Prdida de estructura 3D nativa = desplegamiento
Sin rotura de Enlaces covalentes (no 1)
Cooperativa
Irreversible (salvo condiciones controladas)
Enrique Castro, 2003
Transicin rpida:
Cooperatividad
Tm
Desnaturalizantes
Calor (todos, pdh) Protena nativa:
Extremos de pH (ionizacin, salinos, pdh) Red de enlaces dbiles mantiene
solventes orgnicos estructura tridimensional plegada
efecto hidrofbico
detergentes
caotrpicos (urea, guanidinioCl) (pdh)
2010 Enrique Castro 28
Plegamientodeprotenas:interacciones
Plegamientodeprotenas:interacciones
Energa de interaccin:
Estabilidad termodinmica Intracatenaria
con solvente
Entropa E. hidrfobo
Interacciones intracadena
Interacciones con agua
Efecto hidrfbico +
Int. intracadena:
van der Waals (miles) pdH, van der Waals
Interacciones dbiles
puentes de hidrgeno
determinan plegamiento
puentes salinos
puentes disulfuro
-
Balance energtico Efecto hidrfobo:
42 kJ/100 aa Agua repele apolares
0,42 kJ/resto (<kT)
Solvatacin de
cargas y dipolos
2010 Enrique Castro 29
Plegamientodeprotenas:DogmaCentral
Plegamientodeprotenas:DogmaCentral
El Dogma Central del plegamiento Estados metaestables:
varias conformaciones
Secuencia determina unvocamente el plegamiento Chaperonas:
Estructura determina funcin enzimas de plegamiento
mal plegada
n forma metaestable
ci
liza
ura
e snat 1 oxidacin
d
2 dilisis
Urea 8M
-mercaptoetanol Trazas -ME
(catlisis S-S)
Renaturalizacin
espontnea:
ribonucleasa nativa ribonucleasa
desnaturalizada
Nativo es mximo
1 dilisis
desplegada 2 oxidacin de estabilidad
Elembudoenergticodeplegamiento
Elembudoenergticodeplegamiento
Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones
Enlacepeptdico:restriccionesestricas
Enlacepeptdico:restriccionesestricas
Estructura plana
6 tomos en el mismo plano
N, CO: hibridacin sp2 (triangular)
Doble enlace parcial: rgido (ngulo )
Dipolo permanente
Enrique Castro, 2003
formas resonantes
trans (=180) > cis (=0)
O
125 123 1.46
1.24 1.32
N 114
121 C
1.08 doble enlace deslocalizado
114 123 dipolo permanente
1.51 H
+
CA
=0
peptidil-Pro
ambas formas poco estables:
peptidil-Pro interconvertible cis-trans
ImpedimentosestricosC:ngulos
ImpedimentosestricosC:ngulos yy
Esqueleto limita conformacin ngulo fijo, rgido.
Restos emparedados entre planos ngulos , muy variables
interacciones intra-esqueleto limitan ,
Rotacin C-N: ngulo Interacciones con R (C) limitan an ms
Rotacin C-CO: ngulo
Rotmeros
Enrique Castro, 2003 por esqueleto
R H
C
N C
O
C C
H R H R
colisin
O-O
sin colisin
colisin colisin giro 120
O-HN NH-HN aleja CO de R
radio de vdW
radio de vdW
2010 Enrique Castro 36
ngulos
ngulos yy
:: Diagrama
Diagrama de
de Ramachandran
Ramachandran
energa conformacional esqueleto-C
G = (,)
Conformacin permitida
G < 0
G > 0
ngulo
Impedimentos estricos C
Zona prohibida
Sin repulsiones
C R-esqueleto
Choque estrico
CR-esqueleto:
Energa de repulsin
ngulo
Gly no tiene CR: Sin impedimento.
La presencia de R limita la En cualquier lugar de Ramachandran
flexibilidad conformacional
Estructurassecundarias
Estructurassecundarias
Caractersticas Est. Secundaria
Interacciones locales, corta distancia
Interacciones intra-esqueleto (no laterales) Estructuras reales levemente
Repetitivo, regular distorsionadas: ms estables
Puentes
Enrique de Hidrgeno
Castro, 2003
Hlices
-Hlice
Colgeno
dextro
, 310, 610
Lminas Estructuras secundarias se
Hojas hallan en las regiones ms
(paralelas, antiparalelas, mixtas) estables de Ramachandran:
Giros Autoplegado espontneo
Giros (tipo I, tipo II)
Giros
Parmetros de la hlice
dextrgira
C-terminal
Estructura muy estable: paso de rosca: 0,54 nm
plegado espontneo
aa por vuelta: 3,6
giro por aa: 100 0,54 nm
3,6 aa
avance por aa : 0,15 nm
pdH
alineados
Estabilidad estructural
ngulos , en pozo de potencial
Dipolos de pdH alienados
Radio de la hlice permite interacciones de 0,15 nm
van der Waals tranversales
Cadenas laterales hacia fuera y escalonadas:
reduce impedimentos estricos N-terminal
Hlice:cadenaslaterales
Hlice:cadenaslaterales
Compacta.
Interacciones trans-axiales
Cadenas laterales
hacia afuera
Cadenas laterales
escalonadas
Interacciones R aa i, i+3(4)
aa R desestabilizantes
R estabilizantes
2010 Enrique Castro 41
Otrasestructurassecundariasenhlice
Otrasestructurassecundariasenhlice
Hlice2003
Enrique Castro, 310 Hlice
(4,416)
Sin phH
Hlice de colgeno
=-54 =+155
levgira
aa por vuelta: 3,3
cadenas laterales
opuestas
0,35 nm
Parmetros de la hlice
aa por vuelta: 2
giro por aa: 180
avance por aa : 0,35 nm
Hebra
Conformacin
Estabilidad estructural
ngulos , en pozo de potencial amplio:
distorsiones, entropa
Cadenas laterales opuestas: mnimo
impedimento estrico
Tiposdelminas
Tiposdelminas
C N
Parmetros
=-139 =+135
Enrique Castro, 2003
avance por aa : 0,35 nm
Antiparalelas
N C
0,70 nm
N
C
Parmetros
=-119 =+113 Paralelas
avance por aa : 0,32 nm
N C
Vista de frente
Vista lateral
Zona amplia. Lminas Hexoquinasa, dominio I
admiten muchas distorsiones
Pleiotrpicas
Barril beta
en la protena ligadora
de cidos grasos
2010 Enrique Castro 45
Estructurasecundaria:Giros
Estructurasecundaria:Giros
Giros
4 aa; C < 7
pdH, i i+3
8 tipos segn conformacin
Enrique Castro, 2003
Tipo I
acodamientos de cadena
enlazan hebras Tipos II, II':
bucles superficiales i+2 slo Gly
i i+3
i+1, slo Pro
Giros Tipo II
3 aa;
pdH, i i+2
i+1: Pro
i i+2
2010 Enrique Castro 46
Probabilidaddeestructurasecundaria
Probabilidaddeestructurasecundaria
Gly: flexible, lugares prohibidos
pro-hlice anti-hlice; pro-lmina
giros
pequeos (A)
polares (S)
ramificados (V, I, T)
Estructuramodulardeprotenas
Estructuramodulardeprotenas
Est. Supersecundarias / Motivos
combinaciones de elementos secundarios Bucle --
autoplegado
pequeos,
no estables por si mismos
Enrique Castro, 2003
Esquina -
Motivo:
3. m. En arte, rasgo caracterstico que se Mano EF
repite en una obra o en un conjunto de ellas.
Dominios
Autoplegado independiente
Estables por si mismos
Estructura modular de la Calmodulina
4 esquinas -, Manos EF
Estructuramicelardeprotenas Estructuras3Dsurgendeinteracciones
solubles delargadistancia(nolocales)
Plegamiento dominado por AGUA
Int. Electrostticas
(efecto hidrofbico) puentes de H
Ncleo hidrofbico
Int. van der Waals
aa distribuidos asimtricamente
Unas interacciones en ncleo,
otras en superficie
Homologa
100% 17% 16%
de secuencia
Estructuraterciariamejor
conservadaquelasecuencia
mutaciones conservativas
Estructuramicelardeprotenas
Estructuramicelardeprotenas
Mioglobina muscular de cachalote
pocos aa apolares
expuestos al solvente
aa apolares
enterrados
Resultado del
Efecto hidrfbico
aa polares
en superficie Empaquetamiento compacto
fraccin de volumen 0,72-0,75
van der Waals
Vista en corte
(van der Waals)
interacciones secundarias:
locales, esqueleto
limita flexibilidad
omnidireccionales
Catalizado enzimticamente
ver der Waals
(redox)
no depende del pH
Protenas extracelulares En el interior
2010 Enrique Castro 51
Plegamiento:Dominios
Plegamiento:Dominios
Dominio
"Within a single subunit [polypeptide chain], contiguous portions of the polypeptide chain
frequently fold into compact, local, semiindependent units called domains." (Richardson, 1981)
Inmunoglobulina G (IgG)
4 cadenas (2H+2L)
Dominio tipo Ig:
Unidad independiente
repeticiones internas
de plegado
no idnticas: dominios
Unin por p. disulfuro
Variable:
unin a antgeno
Estructuraconservada
puentes
Secuenciadegenerada
Constante: disulfuro
estructural
2010 Enrique Castro 52
Dominios:funcionesmodularizadas
Dominios:funcionesmodularizadas
Unin protena-protena Unin a DNA
Dominios SH2: unin fosfo-Tyr Dom. en dedos de Zn
Dominios PTB: unin fosfo-Tyr Dom. cremalleras de Leucina
Dominios SH3: unin poli-Pro Homeodominios
Dominios Death (DD): unin homotrpica
Funcin de protena =
Suma de funciones de sus
dominios
Dominiosproteicos:ejemplos
Dominiosproteicos:ejemplos
Constante:
estructural
Leu:
dimerizacin Zn une la
Unin a estructura
diana DNA
hlice de
reconocimiento
D. Cremallera de Leu de DNA D. Dedo de Zinc
Unin a DNA Unin a DNA
2010 Enrique Castro 54
Estructuracuaternaria
Estructuracuaternaria
Ensamblaje de subunidades Definicin:
va enlaces no covalentes (raramente -S-S-) La disposicin espacial e interacciones
Homo/heterotrpico entre cadenas individuales de una
protena oligomrica
protenas solubles / estructuras macromoleculares
Interacciones cuaternarias
K tpicas: 10 -10 M
-8 -16
d
G asoc
50-100 kJ/mol
Entropa por ordenamiento de cadenas
(desfavorable)
Entropa por ocultamiento de apolares
(muy favorable, y vdW)
interacciones
no covalentes
puentes
disulfuro
Ventajas de la estructura oligomrica
Estabilidad: reduccin ratio S/V
(ocultamiento de hidrofbicos)
Economa y eficiencia genticas
(sntesis rentable, reusabilidad)
Reunin de sitios catalticos: eficacia
Inmunoglobulina G (IgG) Cooperatividad: respuestas todo o nada
4 cadenas (2H+2L)
Alosterismo: regulacin
Unin por p. disulfuro
(HH y LH)
Protenas:Plegamientoyconformacin
Protenas:Plegamientoyconformacin
Macromolculas proteicas Plegamiento
Principios generales Niveles de organizacin
Tipos y clasificacin Desnaturalizacin y renaturalizacin
Estructura general Dogma central del plegamiento
Enrique Castro, 2003
Enlaces dbiles y estabilidad
Aminocidos: sillares
Estructura y tipos Conformacin tridimensional
Propiedades cido-base Rigidez del enlace peptdico
Caractersticas qumicas Restricciones C: Ramachandran
Aa y pptidos no proteicos Estructuras secundarias
Estructuras supersecundarias
Interacciones terciarias y cuaternarias
Problemas de plegamiento
Plegamiento asistido
Amiloides y priones
PlegamientocatalizadoporGroEL/GroES
PlegamientocatalizadoporGroEL/GroES
restringir la libertad
conformacional
Gasto de ATP
inversin de G
para aumentar S
Problemasdeplegamiento:amiloides
Problemasdeplegamiento:amiloides
Conformacin alternativa
Agregacin espontnea
Formacin de fibras
PrP PrPsc
dao
celular