El museo est encargado de recolectar, investigar y exhibir organismos y muestras
representativas del patrimonio natural del Per y de la humanidad en lo concerniente a flora, fauna y geologa. Como tal, es el primer museo en mostrar colecciones de zoologa, botnica, ecologa y geociencias del pas. Fue creado el 28 de febrero de 1918 en sesin extraordinaria de la facultad de ciencias de la Universidad de San Marcos, siendo entonces rector el Dr. Javier Prado y decano de la facultad el Dr. Enrique Guzmn y Valle. Inicialmente, desde 1918 hasta 1934 se ubic en el segundo piso de la facultad de letras en la Casona de San Marcos, all lleg a recibir la valiosa coleccin del investigador italiano Antonio Raimondi. En 1934 todas las colecciones se trasladan al local en Jess Mara, donde se ubica hasta la actualidad como una dependencia del rectorado de la Universidad de San Marcos.