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ESTRUCTURA Y FUNCION DEL DNA

L DNA: pasado y presente 1


2. La estructura primaria 3
3. La doble hlice 8
4. Desnaturalizacin y renaturalizacin 13
5. Tamao 17
6. Fonna 21
7. Composicin de bases 25
8. Funciones 27

1. ONA: Pasado y presente1-2


La historia conocida del ONA puede dividirse en tres periodos:

1869 -1943. Esta era se abri con el descubrimiento de un nuevo


compuesto fosfrico orgnico, en las clulas ricas en materia
nuclear. Llamado primeramente nucleina y luego cromatina, se
demostr luego que este compuesto constaba de cido desoxirri-
bonuc1ico (ONA) y de protena. A este le siguieron otros
descubrimientos. El anlisis del ONA mostr que contena cuatro
clases de unidades estructurales, llamadas nucletic\s. El ONA se
distingue del cido ribonuclico (RNA) por tener un azcar
diferente, la desoxirribosa, en lugar de la ribosa, y una base
distintiva, la timina, en vez del uracilo.

1. Froton. J. S. (1972) Molecules and Lile (Molculasy vida)John WiJeyand Sons, N.Y.
2. McElroy, W. D. y Glass, B. (eds.) 1975. The Chemical Ras/s 01Heredity (La base qu-
mica de la herencia), J ohn Hopkins Press, Baltimore
2 Aunque haba razones para cree:!!"que el DNA podra ser el de la estructura complementaria y bifilar (duplex) del DNA y con 3
CAPrrULo 1: material gentico, haba an ms razOlnespara asignar este papel a ello el reconocimiento de cmo poda replicarse esta molcula. El SECCION 2 :
Estructura y las protenas. Se pensaba que cada molcula de DNA era un apareamiento complementari~ de los constituyentes del nucleti- La Estruetura
Funcin del polmero repetitivo de una clase de unidad tetranucleotdica. do de una cadena con los de la segunda cadena fu postulado para Primaria
DNA Como existen solamente 256 posibles ordenaciones de las cuatro explicar, de una forma sencilla, como un DNA duplex puede
bases en un tetranucletido, solo podra haber 256 clases de dirigir el ensamblaje de dos molculas idnticas a l mismo. Segn
molculas de DNA. Cmo podra ,entonces ser expresada la este modelo, cada cadena del duplex sirve de molde sobre el cual
complejidad de los genes, usando una capacidad de informacin se fabrica la cadena complementaria.
tan limitada? Las protenas, con un tamao mayor y compuestas Estos descubrimientos y otros importantes que les siguieron,
de veinte aminocidos, parecan ms aptas para desempear un condujeron al conocimiento de que el DNA tiene dos funciones
papel gentico. Y es preciso tambin recordar que, en la dcada de principales, separadas entre s. Una consiste en transportar la
1930, el DNA era todava llamado cido timonucleico y exista la informacin gentica que conlleva el fenotipo especial de la clula;
creencia ampliamente difundida de que se encontraba solamente el DNA es transcrito a RNA y el RNA es luego traducido al
en las clulas animales. El RNA habatsido aislado solo de clulas lenguaje de los aminocidos de las protenas. La otra funcin
vegetales y era denominado cido rimonucJeico, De hecho, las principal del DNA es su propia replicacin. Para duplicar el
clulas vegetales y las animales se distinguan a veces sobre la base genotipo de la clula, el DNA acta de molde para convertir un
. de esta caractersticaqumica. '
cromosoma en dos cromosomas idnticos.

1944 - 1960. Este periodo se inicia con la primera evidencia 1960 - el tiemoo presente. El comienzo de esta poca no est
importante de que el DNA es la sustancia gentica: el descubri- marcado por ningn suceso especfico. Es una poca en que los
miento realizado en 19443 de que el JDNA preparado a partir de conceptos generalmente sostenidos, tanto en relacin con la
una cepa de neumococo, poda "transformar" a otra cepa. El DNA estructura como con las funciones dobles del DNA no han
purificado transportaba un mensaje gentico que poda ser promovido ningn reto, sino que ms bien van ganando terreno. A
asimilado y expresado por clulas de otra cepa. Posteriormente se pesar de que no haya descubrimientos que marquen esta poca, la
admiti que el DNA era una molcula mucho ms compleja que la justificacin para distinguir un tercer periodo se basa en un cambio
repeticin de un tetranucletido y que variaba su composicin de radical del punto de vista en relacin al DNA. La gentica y el
unos organismos a otros4. Sin embargo, como las trazas de DNA se han convertido en una rama de la bioqumica. A pesar de
protena no podan ser excluidas como contaminantes del DNA su complejidad qumica, el DNA est siendo modificado, disecado,
transforman te, quedaron algunas dud31Sacerca de si el DNA era el analizado y sintetizado en el tubo de ensayo. Empieza a
material gentico y el impacto de estos descubrimientos genticos vislumbrarse el dinamismo metablico del DNA que no haba sido
result relativamente pequeo. anticipado. El DNA sufre lesiones y es reparado. Las molculas de
Se hicieron luego dos descubrimtientos muy persuasivos. El DNA intercambian entre s partes de las mismas. Las molculas de
primero fu la demostracin en 1952'5 de que la infeccin de E. DNA son degradadas y modificadas, retorcida~.! y relajadas, de
coli por el bacterifago T2 implicaba la inyeccin del DNA del forma especfica; son transcritas en reverso a partir' de RNA y
virus dentro de la clula huesped. Las estructuras proteicas del tambin directamente en RNA. El DNA ejerce su funcin no solo
virus parecan no servir ms que para inyectar el DNA en el en el ncleo, sino tambin en las mitocondrias y en los
interior de la bacteria y luego eran en $Umayor parte abandonadas cloroplastos. Hay ahora un estmulo para determinar la secuencia
fuera de la clula. El DNA del virus diriga por tanto a la clula total de bases del DNA y para volver a sintetizarle. Existe tambin
bacteriana, hacindola producir muchas copias idnticas del virus confianza en que los giros metablicos del DNA en la clula
que la haba infectado. Este experimento expuso, de forma podri'n ser comprendidos con tanto lujo de detalles como por
dramtica, el papel del DNA como portador de informacin para ejemplo los de la glucosa.o el cido glutmico.
producir las protenas propias del virus y para duplicar su DNA
muchas veces.
Un segundo hecho notable'fu t:i1descubrimiento en 19566, 2. La Estructura Primaria 7

3. Avery O.T., McLeod,C.M.,yMcCarty,H. (1944)J. Exp, Med. 79,137.Hotckiss,R. Las dos clases de cido nucleico, los cidos ribonucleicos,
D. in McElroy, W.D. y Glass (eds) (1957) The Chemical Basis of Heredity. (La base RNA, y los cidos desoxitribonudicos, DNA, son polmeros de
qumica de la herencia)Johns Hopkins Press, BaJltimore,p. 321
4. Chargaff, E. (1950) Experiel;ltia6, 201 nucletidos.
5. Hershey, A.D. (1953) CSHS 18,135
6. Watson,J.D. y Crick, F.H.C. (1953) CSHS 18, 123
4 TABLA 1-1 s
CAPITULO I : Nomenclatura de los cidos nucleicos SECCION 2 :
Estructura y La Estructura
Funcin del Primaria
DNA Base Nuclesidoa Nucletidoa Acido nucleico
H'N/H
Punnas

O
". H
base
L~)-H
N N Adenina Adenosina Adenilato RNA
Desoxiadenosina Desoxiadenilato RNA
-o-~-o---s:YH2 I fJ
Guanina guanosina Guanilato RNA
- .'c O,C" Desoxiguanosina Desoxiguanilato DNA
losla'~ ~\i::-(;lH
3" 02' Inosina Inosinato
OH H 1""""""
2',desox, adenilato y
azuea, Idesoxi,,;bo.a} guanilato
",,"'W, dol!
Deoxiadeno.ina 5',lo.lato
Nucle.ido Ide,xiadeoo,;na)
Pirimidinas
Nuele1li<to Ide,oxiadeno.;na 5',fo,lato)
Citosina Citidina Citidilato RNA
H'N""H o o H'N/H Desoxicitidina Desoxicitidilato DNA
N:?'i N H, CH3 H'N N H Timina Timidina Timidilato DNA

o H~
1'2:~1:~H
N N O O.?::-N
[]c
7; :,
H ~-:--~/l.:i:::
GIC
I~ :, :~H
~ N O O~~
1~':,
J( H
Uracilo Uridina Uridilato RNA

~ ~
11 11 11 H 11

~
'0- P -0-CH2 '0- P-0-C 2 '0 -P -0-CH2' -O- P-0-C 2 a, Nuclesido y nuclerido son trminos genricos que incluyen tanto formas ribo-como
R:J
I O I O I O I O desoxirribo. Los desoxirribonuc1esidos y los desoxirribonuc1etidos se designan como
'0 '0 '0 '0 desoxinuc1esidos y desoxinuc1etidos, respectivamente, para hacer los nombres menos
complicados. Los nucletidos de hipoxantina van entre llaves porque son precursores de
~ ~ ~ ~ los purinnucletidos, pero no son componentes comunes de los cidos nucleicos.

Desoxiadeno.ina De.oxitimidina Desoxiguanonina Desoxieitidina


monolo.lato monolo.fato, 2 dTMP monolo,la"", dGMP monolo,lato, dCMP Tabla 1-1. En cuanto a la composicin de bases, solo hay una
FIGURA 1-1 diferencia entre RNA y DNA: el RNA contiene uracilo, en tanto
que el DNA contiene timina (S-metil uracHo). Excepciones a esta
Un nucletido (Fig. 1-1) tiene tres componentes: (i) una base regla pueden encontrarse en el RNA de transferencia y en los
DNA de ciertos fagos. El significado de las estructuras de las varias
prica o pirimdica, unida a travs de uno de sus nitrgenos, bases se hace patente al considerar la estructura secundaria de los
mediante un enlace N.glicsido, a (ii) un azcar cclico de cinco
carbonos (la combinacin de la base con el azcar se denomina cidos nucleicos (vase la seccin siguiente). La otra nica
nuclesido) y (ili) un fosfato, esterificado con el carbono en distincin entre RNA y DNA est en el esqueleto de azcar-fosfa-
posicin S del azcar. Los nucletidos existen tambin en formas to: el RNA contiene solo ribosa y el DNA contiene solo
2-desoxirribosa.
activas, tipo di- y trifosfato, en las que uno o dos grupos fostato La designacin de los nuclesidos y nucletidos que contie-
estan unidos al nucletido por enlaces de anhdrido fosfrico
(pirofosfato ). nen desoxirribosa con el prefijo deoxi- desoxi-ribo ha sido
aceptada en todos los casos excepto para aquellos que contienen
En cada una de las dos clases principales de cidos nucleicos timina. Como se pens originalmente que la timina solo se
hay solo cuatro tipos de nucletidos. Estos se distinguen por sus encontraba en el DNA, pareca una redundancia utilizar el prefijo
bases: adenina (A), guanina (G), uraciloo (U) y citosina (C) en los y se aceptaron los trminos de timidina, monofosfato de timidina
RN A Y adenina, guanina, timina (T) y citosina en los DNA. Las
y timidHato. Sin embargo, una vez que ya se ha conflfmado la
bases y sus formas como nuclesido y nucletido aparecen en la existencia natural del ribotirnidilato como uno de los nucletidos
7. Sober, H.A. (ed) (1970) Handbook of BiochemistJry. Selected Data for Molecular Bio.
poco corrientes en el RNA de transferencia y ahora que ya se
logy, (Manual de Bioqumica, Datos seleccionadas para Biologa molecular) 2.a edi. puede conseguir el ribonucletido (y el ribonuclesido) por
cin. The Chemical Rubber Co., Cleveland (Secci&n G.) sntesis qumica y enzirntica, ha surgido una confusin en la
extremo s'
6 7
CAPITULO 1 :
Estructura y
Na+.O I H 'N/H fosfato/5' azcar3~ resCato/5' azcar3~ fosfato SECCION 2:
La Estructura
Funcin del
DNA , H-II X;I
-1=0 N ""'N A
El enlace importante es el puente 3', 5'-fosfodiester. Este
Primaria

enlace es especialmente vulnerable a la rotura hidrolftica, tanto

"pO ~"
por mtodos qumicos como enzimticos. Y conviene dejar claro
que esta rotura, dependiendo de que lo que se rompa sean los
enlaces de tipo fosfato, puede dar origen tanto al fosfonucIesido
Na+-OI H'N/H 5' que ocurre naturalmente, como a su ismero 3' (Fig. 1-3),
-r=H
I e
JC:'-':N
ROTURA S' ROTURA 3'

~ifo
-o-p=o
I . ,
I
O f
5'H..t':
0-[=0
I
Na+.O -P=O 'l/';j Base1 5'Hc
I O

? H-<::f =L N~H

I
G ~o
"h:--t" 2V';j
');:-('
Base
1
HzC. 5' N N'AN/H I o

~
'o-p=o I
. HI I 'o-p=o
o ~ ..> I
5'H e
I - --- ~ o
I
Na+. 0 -P=O O
I
O
IH3C N~H '~-' ""'V"'J-'
H265'H )L
I ~ T
~o
I
"b-f'1
o
'o-p=o I
~o
O s'~A
p'"

p 3'
,,.
5'H2c
,
o
,
'o-p=o

.
,
o
,
N+- I
a O-p=O
1"
O
I
extremo3'
pApCpGpTp
S'~C
S'~G
S""'--?
...
p 3'
T
~ -,
I
-o-p=o
o "Y'l
'~I '-,
o
I
FIGURA 1.2 I .o-p=o
Segmento de un polidesoxinucletido, como sal sdica, o I
1 o1
nomenclatura. En la prctica ordinaria, los trminos timidina y FIGURA 1-3
desoxiITibotimidina (desoxitimidina) se usan indistintamente y el Roturas de las cadenas polinucleotdicas. La rotura en 5' libera S'.mononucletidos
ribonuclesido y los ribonucletidos de timina llevan el prefijo (S'.fosforil termini); la rotura en 3' libera 3'-mononucletidos (3' fosforil termini).
ribo.
Debido a la libre rotacin en tomo a los enlaces de tipo
Las cadenas polinucleotdicas son largos polmeros sin fosfato, las cadenas de polinucIetido se consideraron en un
ramificaciones y con enlaces entre d fosfato 5' de un nucletido y principio como altamente flexibles y capaces de adoptar confor-
el hidroxilo en posicin 3' del azcar del siguiente (Fig. 1-2). El maciones esencialmente al azar. Sin embargo, estudios8 ms
diagrama esquemtico de cadenas de nucletidos (Fig. 1-2, abajo a detallados han indicado ya que los principales grados de libertad
la derecha) resulta con frecuencia de utilidad y puede visualizarse
tanto en direccin horizontal como vertical Por tanto, la columna 8. Lewitt, M. (1972) en Polymerization in Biological Systemil. (Polimerizacin en siste-
mas biolgicos), Ciba Foundation Symposium 7, EIsc:vier, N.Y. p. 147.
vertebral del polmero es una cadena de: .
8 de rotacin estn limitados a los dos enlaces O-P en la unin 9
CAPITULO I : fosfodiester y al 'enlace glucoslico entre la base y el azcar. Por Timin. Adenin.
SECCION 3:
tanto, existen una serie de restricciones impuestas sobre la I--Z.S5 H
Estructura y
/ La Doble
Funcin del
DNA
columna vertebral del cido nucleico que le permiten adoptar
relativamente pocas conformaciones y 'que le confieren una CH3
-1i O"""""""'H-N . N
Hlice

~ Y
'
H
considerable rigidez. Considerar a la cadena nica de polinucle- I--Z.90A--.
tido como algo que puede plegarse al azar. no ofrece garanta.
" l' '-"""""""",.r '\ ~,
d'~N-../ )=N "",
3. La Doble Hlice9-1 O

i>v
# f/
t ,l;50"
----
l.
~ --------- "
11.1A - _: I ~.... '\
~
Hay que distinguir dos cosas entre las bases nitrogenadas de
los nucletidos, que son cruciales para la estructura secundaria de
los cidos nuc1eicos. Una de ellas se basa en la presencia de grupos Citosina
\
H I--z'S3 Gu.nin.

cetnicos y amnicos, que ofrecen la oportunidad de que se


formen puentes de hidrgeno. Sobre esta base, T U, ambos -H N-H"""""""o
compuestos cetnicos, pueden :aparearse con A, un compuesto
amnico, mediante un enlace de hidrgeno. G y C, que tienen
H

/.--Z.S6--.
N

Y H

tanto grupos cetnicos como amnicos; pueden formar dos " l' ~"""""""'H_'~'\i
puentes de hidrgeno. De hecho, puede formarse un puente de /-(1-'--'-;)=. ".
hidrgeno adicional entre los nitrgenos del ncleo en el par A-T y
tambin en el par G-C (Fig. 1-4).
La segunda importante diferencia ,entre las bases es que
tienen distinto tamao: las pirimidinas T U y C son ms
, '~~~
v'5Z.'
i>1/1' O"""""""H-N
- '".-\ - - - - - ""\
-- -.- - - - 10.SA
I I .
~o~~

pequeas que las purinas A y G. Sin embargo, los pares de ,bases


A-T y G-C resultan tener un tamao idntico, mientras que un par FIGURA 1-4
Pares de bases unidas por hidrgenos. Las distancias interatmicas y los ngulos
de pirimidinas sera mucho ms grande. Y resulta adems que los
son casi los mismos para las parejas A-T y G-C.
pares de bases A-T y G-C, no solo tienen el mismo tamao, sino
tambin la misma forma.
Estas caractersticas del apareamiento de las bases en los
nucletidos son las responsables del apareamiento de dos cadenas (Fig. 1-7). Las bases estn en el interior y la columna vertebral en
para formar un duplex rgido, fuertemente estabilizado (Figs. 1-2, la parte externa. Los planos de dos pares de bases vecinos estan
1-6). Cuando dos cadenas se auto alinean de esta manera, adoptan separados 3,4 A . Hay diez pares de bases dentro de cada paso de
la estructura de una doble hlice, tal como han puesto de rosca de la hlice, de tal manera que cada par de bases est rotado
manifiesto con todo detalle los estudios de difraccin de rayos 36 en relacin con su par vecino y cada paso de rosca completo
Xii por fibras de DNA y la construccin de modelos. La doble tiene una longitud de 34 A .
hlice del DNA tiene una serie de notables caractersticas. (ili) El apilamiento de las bases, a pesar de las interaciones
(i) Las columnas vertebrales azcar-fosfato de las dos cadenas hidrofbicas entre sus superficies planas aromticas (Fig. 1-7),
estabiliza la estructura helicoidal frente a la fuerza electrosttica
forman hlices que giran hacia la derecha, con las mismas
dimensiones en cada hlice y un eje de hlice comn. El dimetro de repulsa que existe entre los grupos fosfricos cargados
de la hlice es 20 A . La hlice tiene dos surcos, uno profundo y negativamente. Esta energa estabilizante puede ser igualo mayor
otro poco hondo. que la que establece puentes de hidrgeno entre las bases de dos
cadenas.
(ii) Las columnas vertebrales de azcar-fosfato de las dos
cadenas estn conectadas por enlaces de hidrgeno entre las bases, (iv) Las dos cadenas son antiparalelas. Desde el punto de
cuyos planos superficiales son perpendiculares al eje de las hlices vista qumico estn dispuestas en direcciones opuestas, es decir
que la estructura... poS' azcar-3' P... se opone a la estructura...
P-3' azcar-S'-P. Cuando las cadenas se trazan desde el extremo 5'
9.Watson.J. D. yCrick, F.H.C. (1953) CSHS 18,123 al extremo 3' (5' -7 3') la direccin es ascendente en una hlice
IO.Amott, S.. Wilkins,M.H.F.,Hamilton, LD. y Langridge,R. (1965) JMB 11.391.
11.Amott. S., Wilkins.M.H.F,Hamilton, L.D. y Langridge,R. (1965) JMB 11,391. y descendente en la otra (Fig. 1-8).

h"'i<'.~
10 (v) Los nicos pares de bases que permiten esta estructura 11
son A-T y G-C. Todos los pares de bases tienen la misma forma y SECCI0N 3 :
CAPITULO I :
el mismo tamao. Los enlaces glicosdicos tienen las mismas La Doble
Estructura y
Funcin del posiciones y orientaciones en estos pares. Las bases modificadas Hlice
DNA (vase Captulo 2, Seccin 10) pueden entrar tambin en la
formacin de pares, siempre que formen puentes de hidrgeno con
su pareja correspondiente.
(vi) Un importante elemento de simetra en la hlice es un
doble eje de rotacin (diada) que pasa a travs del plano de cada
par de bases y relaciona los enlaces glicosdicos N-C. La rotacin
de un par de bases 1800 permite a los grupos correspondientes, el
azcar y el fosfato de las dos cadenas antiparalelas, tener la misma
conformacin. Como resultado de ello, la conexin entre los o

tomos de carbono glicosdicos puede hacerse a travs de


cualquiera de los cuatro pares de bases A-T, T-A, G-C y C-G,

34A extremos' extremo 3'

Esqueleto p
azcar-fosfato
5'/ "Ai -"T~'
/3' "'-0 """-" 345'
5' P
5' / .
.
'C'. =-::"'>G
.
"'.
h5'
~!i>..,-,,.
P 3'

Surcomayor
5./ 't_~~
/ 3' -""", h5'
P
3'
13.4A
5' /'~~.
P
, :ro. =:::?Zg -. H5'
5' .
5' / I.1:::.-Jf'.
/ 3' ~, ~ h5' P
OH
extremo 3' extremo 5'

FIGURA 1-8
Segmento de un DNA duplex mostrando la orientacin
FIGURA 1-6 antiparalela de las cadenas'complementarias.
Modelo en el e!!paco de la doble hlice del DNA

(vii) Debido a que los cuatro pares de bases encajan


FIGURA 1-5 igualmente bien, es posible una secuencia cualquiera dentro de la
cadena, y la doble hlice sigue teniendo un dimetro uniforme en
Superficie aromtica
toda su longitud.
(viii) La rotacin en torno al enlace N-glicosdico permite
establecer varias relaciones geomtricas entre la base y el azcar. El
rango de conformacin designado como anti ocurre con mayor
frecuencia que las conformaciones opuestas 1800, designadas
como sin (Fig. 1-9)12.
Base
FIGURA 1-7 (ix) Las dobles hlices antiparalelas pueden formarse tam-
Modelo esquematizardo de un dinucletido. Este bin entre una cadena de DNA y una cadena de RNA. Estas se
modelo muestra las superficies aromticas planas
de las bases. la rigid\ez de la columna vertebral y llaman cadenas hbridas DNA-RNA. Ejemplo's de pares de bases
los principales gradms de libertad de los enlaces.
Ribo.. (Cortesa del Dr.l\LlLevitt) 12.Sundaralingam, M. (1969) Biopolymers 7, 821.
.."" " acontecimientos que ocurren para la expresin de las funciones 13
12
genticas.
SECCION 4:
CAPITULO 1 : Existe una interesante excepcin a la regla de que el DNA Desnaturalizacin y
Estructura y que existe de forma natural es bicatenario (duplex). El DNA de Renaturalizacin
Funcin del
DNA
ciertos virus bacterianos pequeos, tales como el <{Ix 174 Yel M13
forma un lazo cerrado monocatenario, con una longitud aproxi-
mada de 2 Jl Yconteniendo unos 6.000 residuos. Sin embargo, una
vez que penetra en el huesped, E. coli, el DNA viral se convierte
en una doble circunferencia. Subsiguientemente la cadena comple-
mentaria sintetizada sobre el DNA del virus como molde, es
utilizada a su vez repetidamente como molde para la produccin
de cadenas virales para nuevas partculas de fago. Aunque el DNA
monocatenario puede encontrarse en solucin formando un
repliegue al azar, ciertas partes de estos plegamientos pueden
formar duplex helicoidales (Fig. 1-11). La resistencia del uno por
ciento aproximadamentede los DNAsde <{Ix 174YM13 frente a
las nucleasas especficas de cadenas sencillas, indica la presencia de
una ms porciones duplex en forma de horquillal4, conteniendo
cada una de ellas unos veinte pares de bases. Esto puede resultar
muy importante en la replicacin de estos cromosomas vricos
(Captulo 8).

4. Desnaturalizacin y Renaturalizacin
FIGURA 1.9
Modelo de rotacin en tomo al enlace ]!/..(; glicosdico. Una de las ms notables caractersticas de la hlice de DNA y
La conformacin a"ti se ve favorecida amte la sin. (Cortesa del que adems es crucial para sus funciones durante la replicacin y la
Prof. H. Sundaralingam)
transcripcin, es la facilidad con que sus cadenas componentes
hbridos son desoxi A. ribo-U, desoxi T. 000 A, desoxi C. ribo G y pueden separarse y volverse a juntar. Son muchas las tcnicas que
desoxi G. ribo C. Estos pares de bases existen en los hbridos de se han encontrado para medir esta conducta de fusin y
transcripcin generados por la RNA poJiiimerasa(vase Captulo "reannealing" (reasociacin). Sin embargo, quedan por resolver
10). importantes cuestiones acerca de la cintica y la termodinmica de
Una significativa consecuencia de esta estructura es que la desnaturalizacin y la renaturalizacin y acerca de como estos
cualquier secuencia de bases es tolerada d!rentro de una determina- procesos pueden estar influenciados por otras molculas, tanto en
da cadena. DNAs de. idntica composicin de bases pueden tener el tubo de ensayo como en la clula.
secuencias de bases totalmente diferentes. Sin embargo, una vez
dada la secuencia y la orientacin de una <cadena,el apareamiento Desnaturalizacin
de bases se ajusta a las reglas y el antiplaralelismo determina la
secuencia y orientacin de la cadena compllementaria. Las cadenas del DNA duplex se separan cuando se rompen los
La ms importante consecuencia del modelo duplex para la enlaces de hidrgeno existentes entre las bases. Esta fusin de la
estructura del DNA es la introduccin del concepto de comple- estructura secundaria puede llevarse a cabo en solucin, aumentan-
mentariedad 13, el cual proporciona la explicacin para una precisa do la temperatura bien por titulacin con cidos lcalis. Los
replicacin de una cadena muy larga (Fig:.. 1-10). Esta caractersti- cidos protonizan los nitrgeno s del anillo de A,G y C; los lcalis
ca inherente a la estructura del DNA es la base no solo de su desprotonizan los nitrgeno s del anillo de G y T. La poco
replicacin, sino tambin de su capacidalld para transmitir infor- corriente labilidad de los enlaces glicosdicos de la purina a b,ajo
macin. La complementariedad ha venid@ a explicar la transcrip- pH hace que la utilizacin de cidos no sea conveniente para' los
cin y la traduccin y de esta manera 1msecuencia completa de experimentos de desnaturalizacin.

I4.Schaller, H., Voss, H. y Gucker, S. (1969) 1MB 44, 445.


13.Watson,J.D. y Crick. F.H.C. (1953) CSHS 18, 123.
14 La estabilidad del duplex es una funcin directa del nmero 15
de pares G-C que contiene unidos por un triple enlace de SECCION 4:
CAPITULO 1 :
hidrgeno; cuanto mayor es la fraccin molar de pares G-C, tanto Desnaturalizacin y
Estructura y
Funcin del ms elevada es la temperatura o el pH de la fusin. Adems de los Renaturalizacin
DNA enlaces de hidrgeno, las otras fuerzas que dan estabilidad a la
hlice son el apilamiento de las bases y las interacciones
hidrofbicas con l relacionadas y tambin la neutralizacin de las
FIGURA 1-10 fuerzas electrostticas de repulsa de los grupos fosfatos por las
Mode!lo propuesto para la replicacin del sales, los iones de metales divalentes y las poliaminas.
DNA<{WatsonI.D. y Crick, F.H.C. (1953)
esas 18, 123). I 100
A B

u poli d lA - T)

..
~ 1.4-
> DNA CI
+
".e
f C')
- 50 3o
~
.r
1.2- ~
..

1.0 -
I , I I I ,
viejo nuevo nuevo viejo
60 Tm 100 80 100
TEMPERATURA en e Tm:C
FIGURA 1-12
Curvas de fusin de DNA (a la izquierda) y dependencia entre Tm y contenido
de G-C(a la derecha).

En la fusin por calor (Fig. 1-12)15 el desenrollado de las


cadenas se inicia por las regiones ricas en los pares de bases A-TI6
y continua hacia regiones de contenido cada vez ms elevado de
pares G-C. El proceso de fusin se puede monitorizar convenien-
temente mediante el incremento de la absorbancia (efecto hiper-
crmico) que resulta al alterarse el apilamiento de las bases. La
temperatura correspondiente al punto medio de la fusin del DNA
(Tm) est determinada por su contenido en G-C.

Renaturalizacin

La desnaturalizacin es reversible incluso despus de que las


dos cadenas han sido totalmente separadas. Cuando se incuban
cadenas complementarias a una temperatura de 250 por debajo de

FIGURA 1-11 15.Marmur, J., Rownd, R. y Schildkraut, c. L. (1963) en Prog.N.A. Res. and Mo/, Bio/.
Estrucutra secundaria en un DNA monocatJenario. Los duplex se forman 1,231.
por annealing (asociacin) de regi'mes compIcnentarias. 16.Inman, R.B. (1967) 1MB 28,103.
16 la Tm' empiezan a reasociarse y llega mmmomento en que vuelven Las "curvas Cot" para virus y bacterias (Fig. 1-13) se 17
a formar la hlice original. La renatuuralizacin suele medirse en aproximan a la cintica de segundo orden esperada y a valores de SECCION 5 :
CAPITULO 1 :
Estructura y
funcin del descenso en la absorbancia (efecto hipocrmico), por N que son iguales al nmero total de bases en el cromosoma. Hay Tamao
Funcin del su comportamie;lto durante la sedimentacin bien por su falta muy pocas, si es que hay alguna, secuencias que se repiten. Por el
DNA de susceptibilidad frente a las nucleasas especficas para cadenas contrario, la cintica de la renaturalizacin del DNA eucaritico
sencillas. muestra, generalmente, una curva compleja que refleja la presencia
Un ejemplo de la precisin de la renaturalizacin se encuentra de varias clases de secuencias. Parte del DNA, caracterizado por
en el "annealing" (asociacin) de una cadena de DNA del tipo sedimentacin como un satlite de la banda principal (Captulo 1,
salvaje del fago A con la cadena comp1!ementaria de un mutante de Seccin 7) tiene una secuencia sencilla repetida 107 veces o ms y
A que 'lleva una delecin de 100 mas residuos. El producto parece se renaturaliza muy rpidamente. La mayor parte del DNA es
ser normal al microscopio electrnico. excepto en que, en la parte nica y se renaturaliza lentamente; el valor de N es muy elevado.
Pares de nucletidos
correspondiente a la delecin, el trozo de cadena sencilla del
tipo salvaje que no ha: podido aparearse forma un asa que sirve de 102 104 106 108 1010
puente entre las dos regiones duplex 17'"Tales molculas hetero-du- i
plex permiten realizar un refinado rapeo fsico de la localizacin o o
o
cteTos genes en el cromosoma. ~
La cintica de la renaturalizacim proporciona una medida
O
precisa y sensible de la complementari~dad (o diversidad) existente ti)

en una poblacin de molculas de DNA- La renaturalizacin es un w
cr 0.5
proceso que se realiza en dos pasos y que comienza con una lenta Z
O
nucleacin durante la cual pequeas :secuencias de bases que se
complementan forman pares. Esto va seguido de un rpido "cierre U

en cremallera" de las secuencias vecilMlspara formar el duplex. El cr
u.
ritmo del proceso total esta gobernadID por la cintica de segundo 1.0
orden de la reaccin de nucleacin. La constante de este ritmo ~;! 102 104
debe ser inversamente proporcional al nmero de pares de bases N,
.

FIGURA 1-13 Col (molxseg/lit'o)


en el DNA, cuando el genoma no tiene: regiones repetitivas en su
Reasociacin de DNAs fundidos, como funcin del tiempo y de la concentracin.
secuencia18 :
El DNA recortado fu aproximadamente de una longitud de 400 nucletidos (Bri-
Uen R.I. y Kohne. D.E. (1968) Science, 161,529. Editado en 1968 por la Ameri-
1 can Association for the Advancement of Science (Asociacin Americana para el
K2 o: N progreso de la Ciencia).

Las tasas de renaturalizacin pu.eden representarse en una


grfica (Fig. 1-13)19 relacionando C/C con ellog de Co( segn la s. Tamao2 O
ecuacin de segundo orden: <>
El DNA es largo y sin ramificaciones; su longitud ha sido
C medida directamente en el microscopio electrnico y por autorra-
diografa. Una rigurosa medida del tamao de los duplex que
Co 1 + K2C",~t contienen hasta 50.000 pares de bases se ha conseguido marcando
con 32P cada uno de los extremos 5'21. Tambin se ha calculado
C es la concentracin de cadenas simples de un tipo complemen- el tamao a partir de las medidas de velocidad de sedimentacin,
tario en el tiempo t y Co es la concentracin cuando t es igual a viscosidad y dispersin de la luz. .
cero. Cuando la fraccin reasociada CICo es el 50 por ciento, Cot Los organismos ms complejos requieren un DNA ms
=1/K2' Este valor, denominado (Coth/2 es proporcional a N y es complejo (Tablas 1-2, 1-3). El cromosoma ms sencillo, tal como
una medida directa de la complejidad diel DNA. el de los virus del polioma el SV40, lleva informacin para solo
cinco o diez genes, a lo largo de su longitud de 1,7 micras. Otros
i 7.Davis, R. W. y Davidson N. (1968) PNAS 60, 24'3. Westmoreland, B.C., Szybalski, W.
y Ris, H. (1969) Seienee 163, 1343. 20.Sober, H.A. (ed) (1970) Handbook of Bioehemistry. Seleeted Data for Molecular Bio.
18.Wetmur,J.G. y Davidson, N. (1968) JMB 31,34'9. logy. 2.a Edicin. The Chemical Rubber Co. Cleveland (Seccin H).
19 Britten, R.J. y Kohne, D. E. (1968) Scienee 161" 529. 21.Weiss, B. y Richardson. C.C. (1967) JMB 23, 405.
18 TABLA 1-2 19
bacterias o los animales, es proporcionalmente mayor. El cromoso-
CAPITULO I : ma de E. coli tiene ms de 1 mm., de longitud (1.000 veces la
Equivalencias aproximadas masa-longitud del DNA SECCION 5 :
Estructura y longitud de la bacteria), y contiene 4 millones de pares de bases. Tamao
Funcin del
DNA
Longitud Puede calcularse de forma grosera que en E. coli pueden formarse
Pares de basesa cm J.l Peso molecular 4.000 genes, si se admite que 1.000 pares de bases (que codfican
una protena de unos 40.000 daltons) es el valor medio de la
DNA duplexb (Na-l; forma B) 3 x 103 JI,Ox 10-4 1.0 2 x 106 longitud de un gen y que hay solo una copia de cada uno de ellos.
Es difcil obtener y medir cadenas muy largas de DNA,
aEI peso r:olecular medio de un par de bases es 660 debido a su sensibilidad a sufrir deterioros durante su aislamiento.
b Ix 10-1 g (un picogramo) de DNA duplex contiene~.l x 108 pares de bases y tiene
30.9 cm., de longitud. Hacia 1960, los DNAs aislados de fagos, bacterias y clulas
animales, medan todos unos 15.000 pares de bases (10 X
106daltons). El tamao del DNA estaba delimitado por la tcnica
TABLA 1-3 experimental, es decir por la presin uniforme del dedo pulgar
sobre una jeringa al depositar (y en el mismo proceso al cLzallarse)
Tamaos de molculas de DNA y de genamas el DNA a travs de una aguja. Cuando este efecto de rotura se hizo
evidente y se tuvo cuidado de evitarle, aument mucho el valor de
Tamao del genom.. las medidas del tamao del DNA. En el microscopio electrnico
Nm. de pares de Lomgitud pudo verse DNA de fagos con una longitud de 50 J.L Y por
bases (miles) t~taIa autorradiografa pudieron visualizarse cromosomas bacterianos
Organismo (Kb) (mun) Forma circulares, de 1 mm. de longitud. El fragmento ms largo de DNA
VIRUS animal medido fu tambin de lmm., aproximadamente. Sin
embargo, los cromosomas humanos contienen entre 48 y 240
Polioma, SV40 5.1 Q..fi017 Circular duplex millones de pares de bases (con pesos moleculares entre 32 x 109 y
",X 174 5.4 OJOOl8 Circular monocatenaria; 160 x 109 daltons) y su DNA si es continuo, debera medir entre
forma replicativa duplex 1,6y8,2cm.(Fig.1-14).
.MI3(fd,fl) 5.74 0J1i)019 Circular monocatenario
forma replicativa duplex
P4 15.0 Oci)OSl Lineal
T7 35.4 OJ!iU20 Lineal
P2, P22 40.5 0ci)138 Lineal
A 49 0ci)166 Lineal
T2' T4' T6' P1 180 t!D.061 Lineal
Vacuna l:; 118.062 Lineal

BACTERIAS

Mycoplasma hominis 760 026 Circular


Escherichio coli 4000 1.36 Circular

EUCARIOTAS

N cramasamas (haploide)
~n~m l~OO 4.6 17
Drosophila (mosca de la fruta) 165,000 56 4
Hombre 2,900,000 <990 23
Pez pulmonado 102,000,000 34.7700 19

a longitud =(Kb) (3,4 x 10-4) mm.


FIGURA 1.14
virus ms grandes, como A y el de la vacuna, por ejemplo, tienen
Micrografa electrnica de un cromosoma hu.
un DNA que es diez y cincuenta veces !11I:!!yor,
respectivamente. La mano. Cromosoma XII de un cultivo de clulas
longitud del DNA en organismos ms complejos, tales como las He.La (Cortesa del Dr. E. Du Praw).
Peso molecular
20 Especie Estirpe Cromosoma
ms g"nde del DNAde Ciertos anlisis que hacen uso de las propiedades 21
la escalal mayor tamao viscoelsticas del DNA, han revelado ahora la longitud intacta del SECCION 6 :
CAPITULO 1:
DNA de los cromosomas de muchas clulas animales y bacteria-
Estructura y
Funcin del
D.melanogaster
'ipo silvestre -- 41 x 109
nas22. El DNA tiene la medida del cromo soma. Se han medido
Forma

DNA DNAs cromosmicos hasta de cuatro centmetros de longitud,


Inversin --- 42x109 correspondientes a pesos moleculares hasta de 80 x 109. Existe un
notable acuerdo entre la longitud del cromosoma ms grande de

'"nslocacin - 58x109
Drosophila que se ha medido por esta tcnica y la masa de DNA
determinada cito lgicamente (Fig. I - 15). Las molculas Corren a
lo largo de toda la longitud del cromo soma sin que haya
discontinuidad en el centrmero. La continuidad se conserva a lo
largo de todo el ciclo de la clula. Estos datos son la ms completa
D.hydei 'ipo ,ilvestre -- 40x 109 confirmacin de que un cromosoma animal, del mismo modo que
un cromosoma bacteriano v{rico, esta compuesto por una sola
molcula de DNA en forma de filamento o cadena.
del,eein ...-.. 24x 109

6. Forma

D.virilis 47 x 109
El DNA extendido sobre una rejilla del microscopio elec-
<1
trnico aparece como un crculo duplex (un lazo cerrado) y como
una varilla (Fig. 1 - 16). En la naturaleza sin embargo, el DNA est
condensado en el cromosoma de una clula o en la cabeza de un
D.americana --+"- 79 x 109 virus23, despus de replegarse miles de veces.
Es lamentable que se conozca tan poco de la disposicin del
DNA en el cromosoma24. En la estructura del cromosoma
FIGURA 1-15 eucaritico las protenas histnicas tienen una importante influen-
Longitud del DNA en el cromosoma ms grande <dedivetSasespecies cia; las protenas no histonas y el RNA pueden jugar tambin un
de Drosopllila. determinadas por viscosimetrial (Kavenoff, R, y
Zimm, B. H. (1973) Chromosoma 41, 1; (1973) CSHS 38,,1). cierto papel. La nica molcula de DNA duplex de un cromosoma
eucaritico est en forma de complejo con estas protenas,

o
formando una sola fibra de cromatina enrollada sobre s misma.
Como resultado de ello, la longitud del cromo soma resulta mucho
ms reducida que la del DNA contenido dentro de l.
Los duplex circulares aislados de virus, bacterias y mito con-
drias aparecen como plegados sobre si mismos25 (Fig. 1 - 17).
Estas formas se denominan superplegadas (superenrolladas o
superhelicoidales) debido a que contienen un nmero mayor del
DNA circular
standard de pares, adecuado a su longitud duplex y consecuente-
mente poseen en compensacin un nmero extra de vueltas nega-
tivas. Se piensa que los superenroIlamientos se originan durante el
DNA lin,al
proceso de cerrado del crculo duplex, cuando en parte de su
longitud las bases no estn apareadas sino formando el complejo
con las protenas. La subsiguiente eliminacin de la protena al
aislar el DNA, deja el crculo desenrroIlado.

22. Kavenoff, R. YZimm. B. H. (1973) Chromosoma, 41, 1; (1973) CSHS. 38, 1.


FlGCRA 1-16 23. Richards, K.E., Williams, R.C. y Calendar. R. (1953) 1MB 78. 255.
Diagramas de reJillaS circular y linear de DNA y ""icrografa electrnica de plsmidc, 24. The Organization of Genetic Material in Euk:aryotes (La organizacin del material ge-
de E. folio (A dv, el plsmido del raga defectivo A;arriba y el miniplsmido 15 T abajo)
ntico en los eucariontes) (1973) CSHS 38.
(Micrografa, cortesa del Dr. Tom Broker)
25.Vinograd.].. Lebowitz.]. y Watson. R. (1968) 1MB 33. 173.

J
22 La molcula superenroIlada desplegada puede tener un 23
CAPITULO I : nmero extra de pares de bases distribllJiidosal azar a lo largo de su
Estructura y longitud, de acuerdo con un punto de:vista26, o bien localizadas SECCION 6 :
Funcin del Forma
como si fueran una burbuja desnaturalizada, segn opinin de
DNA
otros27. Este ltimo modelo ofrece una ms obvia, aunque no
necesariamente ms correcta explicacoon para la observada capa-
cidad del DNA viral superenroIlado pmraligarse o. soltarse de una
. regin especfica, por protenas con mna gran afinidad por DNA
monocatenari028. A travs de cualquiiera de estos dos puntos de
vista resulta claro que en el DNA <cerrado covalentemente y
superenrollado negativamente, hay almacenada energa libre positi-
va, que es liberada cuando el DNA se desenrolla y queda relajado.
El retorcido extra del superenroIDI.amientopuede relajarse de
varias maneras. La rotura de una cadellila,como si fuese mediante
una escisin endonucIeoltica, permite el desenroscamiento favore-
cido desde el punto de vista energtico; la ligazn enzimtica de
los extremos rotos restaurara el crcUilo covalente. Los lcalis y el
calor relajan el, superenrollamiento. Y hay an otra manera, al
lograr intercalar, entre los pares de bases apilados2 9, una molcula
plana como la del bromuro de etidio- Se ha calculado que cada
molcula de bromuro de etidio desenroSlCa 120 el superenrollamien-
to, por lo cual se requieren 30 molcuillasde bromuro de etidio por
paso de rosca. Despus de la descarga 'completa del superenrolla-
niento negativo, la posterior adicin debromuro de etidio hace que
el DNA se superpliegue y se superenmille de nuevo, pero esta vez
con revueltas en sentido positivo.
El DNA procaritico esta organillado como un cromosoma
pero sin histonas. En su lugar, todo desrcansa sobre el RNA, de una
sola manera. Los intentos realizados para ver el plegado del DNA
en el cromosoma de E. coZ se deben: ,al reciente xito logrado al
aislar la estructura intacta3 0-31. Est"eroplastos preparados por
degradacin de la pared celular con lisozma, son lisados posterior-
mente con un detergente no inico, en presencia de una elevada
concentracin de sales O d una poliarnina (por ej. espermidina).
Los cromosomas intactos, plegados, permanecen unidos a fragmen-
tos de membrana, si la temperatura se mantiene por debajo de los
100 (vase Captulo 7, Seccin 12.). El cromosoma contiene
alrededor de unos 50 lazos retorcidos, cada uno de unas 20.u de
longitud, organizados en una estructIura con mltiples enrosca-
miento s (Fig. 1 - 18a). La rotura de U!J11 solo filamento de un lazo,

26. Bauer, W. y Vinograd,J. (1970) JMB 47, 419: ilIavidson, N. (1972) JMB 66, 307.
27.Kato, A. C., Bartok, K., Fraser, M.J. y Denharde;. D.T. (1973) BBA 308,68.
28.Beard, P., Morrow, J.F. y Berg, P. (1973) J. vr11'ol,12, 1303; Morrow,j.F. y Berg, P.
(1973) J, Virol. 12,653.
29.Crawford, L.V. y Waring,M,J. (1967) JMB 25, :!3. DIMERO PARCIALMENTE SUPERENROLlADO
30.Stonington, G.o. y Pettijohn, O,E. (1971) PNAS 68, 6, Pettijohn, D.E. Miles, E. y FIGURA 1-17
Hecht, R. (1973) CSHS, 38,31. .
3l.Worcel, A. y Burgi, E. (1972) JMB, 71, 127: W\orcel,A., Burgi,E., Carlson, L.y Ro- Formas superenrollada y relajada del ONA mitocondrial de clulas de riiin de
binton,J. (1973) CSHS 38, 43: Delius, H. y Wom:el,A, (1974) JMB 82,107. hamster muy joven, transformadas por el virus del polioma. La lomgitud del
oontorno del monmera es de unas 5 micras (Cortesa del Praf. J. Vinograd).

f
7. Composicin de bases32
24 mediante la acci6n de una DNasa permite el relajamiento de ese 25
CAPITULO 1:
lazo en particular, sin afectar a los otros (Fig. 1 - lSb). Los anlisis del DNA realizados, establecen que todas las SECCION 7 :
Tratamientos con RNasa A, que actua sobre RNA monocatenario, Composicin de
Estructura y especies tienen una equivalencia de A para T y de G para C. La Bases
Funcin del o con RNasa H, que acta sobre el RNA de un hbrido DNA- proporcin del contenido de bases amnicas se ajusta a la de bases
DNA RNA, despliegan el cromosoma (Fig. I .- ISa, b). Estos resultados cetnicas. El nmero de purinas es igual al de pirimidinas. Esta
sugieren que las columnas vertebrales del RNA forman el ncleo notable caracterstica de la composicin de bases del DNA no se
que organiza los lazos de DNA dentro del cromosoma condensado comprendi hasta despus de haberse descubierto, cuando la
de E.coZ. construccin de un modelo demostr el apareamiento de bases A
con T y G con C mediante enlaces de hidrgeno. La amplia e
inmediata aceptacin del modelo de bases apareadas, para el
DNA, no fu sin embargo universal y tres aos despus de su
a) publicacin fu propuesto un modelo "en el que dos cadenas de
DNasa
polinucletidos estan unidas a un polipptido, de tal manera que
15005 12005 8505
cada grupo carbonilo del pptido est ligado por un enlace de
hidrgeno al grupo amnico en posicin 6 de la adenina o de la
cf@ citosina y cada grupo amnico del pptido se une al grupo cetnico
RNasa
en 6 de la guanina o del uracilo (o de la timina)"33.
El contenido (fraccin molar, frecuencia) de cada una de las
cuatro bases standard (A, T, G YC) en el DNA duplex establece el
/ contenido de cada una de las otras tres. La composicin de bases
de los DNAs se expresa generalmente por su contenido en G ms
C. En un duplex esta es la fraccin molar de pares G-C (es decir el\
nmero de pares G-C dividido por el nmero total de pares de
bases). La regla de la complenentariedad dicta tambin que el
1555 contenido relativo de G-C en el duplex es igual en cualquiera de los
dos filamentos.
La composicin de bases puede determinarse por sedimenta-
cin hasta equilibrio en cloruro de cesio; la densidad de flotacin
medida es una funcin directa del contenido en G-C32. Las
b) medidas de la estabilidad del DNA duplex, tales como el punto
medio de la fusin trmica, pueden tambin coITelacionarse
RNasa H directamente con el contenido G-C. Las cadenas individuales
con composiciones de bases distintivas pueden separarse por
Lazo 1 sedimentacin de un duplex desnaturalizado.
El contenido G-C es el mismo en todas las clulas de una
RNasa A especie, pero vara considerablemente de una especie a otra,
Lazo Z
especialmente entre las bacterias, donde oscila entre 0.3 y 0,7; el
contenido de G-C en los organismos superiores es generalmente
inferior a 0,50 (en el hombre es 0,40).
Las bases pueden estar o no distribuidas uniformemente en
FIGURA 1.18
toda la longitud del DNA. El DNA procedente de especies bacteria-
Un esquema para el cromosoma replegado de E. co/i. El cromosoma nas (procariticas) fragmentado en varios cientos de pedlzos, todos
contiene unos 50 superenrrollados, organiZados porun ncleo central
de RNA. La accin cortante de las DN relaja lazos individuales y
ellos de un tamao aproximado coITespondiente a 104 pares de
reduce progresivamente el valor de 'sedimc:ntacin (S) desde 1550 a
155. El tratamiento con RNasa despliega ;por completo el cromoso- 32.Sober, H.A. (ed) (1970) Handbaok af Biochemistry. Selected Data for Molecular Blo.
ma para darle la forma que sedimenta lenttamente. Los resultados de logy (Manual de Bioqumica. Datos Seleccionados para Biologa molecular) 2.a Edi.
la accin de la RNasa A (sobre regiones de cadena nica) y de la cin. The Chemical Rubber Co. Cleveland (Seccin H).
RNasa H (sobre RNA hidridado con DNA) sugiere un modelo de dis- 33.Chargaff, E. en McElroy, W.D. y Glass, B. (eds) (1975) The Chemlcal basis of Heredi.
posicin del RNA en el cromosoma ple;gado (Segn Worcel, A y ty (La base qumica de la herencia) Johns Hopkins Press, Baltimore, p. 521.
Burgi, E. (1972) JMB 71,127).

26 bases, sedimenta hasta equilibrio en un gradiente de densidad en Una banda satlite principal :ue representa el 11 por ciento del 27
cloruro de cesio, formando un pico simtrico. Por el contrario, el DNA de la rata canguro posee la siguiente secuencia repetitiva de SECClON 8:
CAPrrULO 1 : un decanucletid038.
Estructura y
DNA fragmentado de organismos superiores (eucariticos) est Funciones
Funcin del
DNA
con frecuencia distribuido de manera asimtrica, con uno o ms
picos ms pequeos separados del pico principal (Fig. 1 - 19)34. El
5' - GGACACAGCG -3'
DNA del pico ms pequeo o correspondiente a los hombros del Una medida cuantitativa de la fraccin total de DNA que esta
pico principal se llama DNA satlite y puede tener un contenido fuertemente reiterada, puede lograrse facilmente determinando la
en G-C, considerablemente diferente del correspondiente al DNA velocidad con que se reasocia (reanneal) el DNA fragmentado que
principal. ha sido desnaturalizado.
I
1.0- ,- ~~~pal - Aunque la funcin gentica de los DNAs satlites esta en su
mayor parte indeterminada, los genes para el RNA ribosmico se
han encontrado en una banda satlite bien discreta y con
frecuencia all se hallan reiterados muchas veces. En una banda

> satlite de DNA de cierto sapo sudafricano (Xenopus laevisJ los
:
genes para el RNA ribosmico estan repetidos cientos de veces a lo
..J
w
a: 0.6- largo del DNA; los genes 18 S Y 28 S para el RNA estan separados

j por segmentos (espaciadores) de relativamente alto contenido en
z c-c3 9.
o:
lO
a: Un interesante aspecto de la secuencia del DNA, que le puede
O
en
lO

conferir importantes caractersticas estructurales secundarias,
Satlite
es una simetra rotacional de 1800 con sede en estas cortas se-
0.2 - cuencias. Ejemplos de tales secuencias se encuentrn en los sitios
de restriccin y modificacin del DNA (Captulo 9, Seccin 5) y
I en un sitio potencialmente regulador cerca del gen de un tRNA
1.68 1.70 1.72 (Captulo 11, Seccin 4).
DENSIDAD Un aspecto de la composicin de bases, pobremente
FIGURA 1-19 comprendido pero sin embargo casi invariable, es la' modificacin
DNA nuclear embrionario de Drosaphila melanogaster de ciertas bases, generalmente C, por metilacin (Captulo 2,
(Cortesa del Prof. D.S. Hogness). Seccin 10)4o. En los DNAs de vegetales y animales, ms del 10
por ciento de los residuos de C llevan un grupo ~' -metilo y un
En un satlite de DNA de ratn35 pueden reiterarse ciertas pequeo porcentaje de los residuos de purinas tienen grupos
secuencias hasta 106 veces. Un satlite poco corriente, hallado en N-metilo. Hay tambin modificaciones de bases y sustituciones por
varias especies de cangrejos, es esencialmente un copolmero de A anlogos en los DNAs bacterianos y de fagos, las cuales se cree que
y T alternantes, con solo un tres por ciento de residuos de G y C protegen al DNA frente a las nucleasas intracelulares (Captulo 9).
distribuidos entre ellos36. El poli d (A-T) semejante al del satlite
(vase Captulo 4, Seccin 15) puede constituir hasta una cuarta
parte de DNA total. En una especie de Drosophila se han deter-
8. Funciones
minado las secuencias de las tres bandas satlites, comprobndose
En ltimo trmino, la estructura del DNA debe'comprenderse
que se trata de un particular heptanucletido repetido unas
107 veces3 7. Las secuencias alineadas como se mUestra a conti- de acuerdo con todas sus funciones y lo inverso es igualmente
cierto. Debemos resolver y reconstituir cada una de las funciones
nuacin, estn estrechamente relacionadas:
de la clula y comprender su localizacin y regulacin dentro de la
5' - ACAAATT - 3' clula. Sin embargo, como admitimos que hay un creciente
5' - ACAAACT - 3' nmero y variedad de funciones del DNA y como conocemos que
5' - ATAAACT - 3'
38. Fry, K., Poon, R., Whitcome, P., Idriss,J., Salser, W., Mazrimas,J.,y Hatch, F. (1973)
34.Schachat, F.H. YHogness, D.S. (1973) CSHS 38, 371. PNAS, 70, 2642.
35.Pyeritz, R.E., Lee, C.S. y Thomas, C.A. Jr. (1971) 'Chromosoma. 33, 284. 39.Brown, D.D., Wensink, P.C. y Jordan, E. (1972), JMB, 63. 57; Brown, D.D. (1973)
36.Swartz, M.N., Trautner, T.A. y Komberg, A. (1972) JBC237, 1316. ScL Amer., 229, nm. 2,21.
37.Gall, J. (1973) en Symp. Mal. Cytogen (Hamkalo, B. y Papaconstantino,J. eds) PIe. 40.Evans, H.H., Evans, T.E. y Littman, S. (1973) JMB 74, 563.
num Press.

I
28 el nmero de enzimas que se necesitan para catalizarlas se TABLA 1-4 29
CAPITULO 1 :
multiplica, esta meta podra parecer inalcanzable. Otra barrera Funciones del DNA y enzimas SECCION 8 :

Estructura y posterior para resolver el problema sre basa en artefactos de Funciones


Funcin del organizacin acadmica, ms que en la maturaleza de la organiza- Funciones Esquema Enzimas implicado:
DNA cin celular. La estructura del DNA es estudiada por qumicos, su
funcin por bilogos y los enzimas por biioqumicos. Replicacin n(dNTP) + DNA-+ (dNMP)n.DNA 1, 3,4, S, 6
DNA
Puede resultar de utilidad en este primer captulo, enumerar 3
Transcripcin n(rNTP)- (fNMP)n
las ideas actuales acerca de las funciones del DNA y los enzimas RNA
que actuan sobre l (Fig. l - 20, Tabla l - 4). Como en los Transcripcin inversa n(dNTP)~(dNMP)n
2
captulos sucesivos se consideran con ms detalle las funciones y Recombinacin t DNA +DNA -DNAs 1,4,5,6
los enzimas, se irn sugiriendo funciones fisiolgicas para cada uno a+b-t+ a-b+ c-~a+b+c+ + a-b-c-
de los enzimas. Pero a medida que vayan surgiendo, se har -ra+b-c++a-b+c-.
hincapi en las limitaciones para asignar a cada enzima sus Reparacin DNA (con defecto ~DNA (reparado) 1,4,5
funciones. Modificacin DNA~DNA meti!ado o glicosilado 7
1) La actividad enzimtica medida in vitro es solamente una Restriccin 5
DNA -fragmentos de DNA
estimacin grosera de su actividad en la clula y no necesita estar
relacionada con sus funciones in vivo. El hecho de hallarse un nivel .Enzimas
enzimtico alto o bajo, e incluso ningun nivel de enzima, no
prueba su estado de actividad en la clula. La naturaleza especfica 1. DNA Polimerasas (dirigidas por DNA dependientes de DNA).
de la accin de un enzima y su control pueden ser diferentes in 2. Transcriptasa inversa (DNA polimerasa dependiente de RNA).
3. RNA polimerasas (RNA polimerasa dependiente de DNA).
vivo. 4. Ligasas.
II) Los estudios genticos proporcionando mutantes con 5. Exonucleasas y endpnucleasas.
errores, sin sentido y con deleciones,pueden proporcionar in- 6. Protenas desenrollantes.
formacin crucial para evaluar el papel de las actividades 7. Meti! y glucosiltransferasas.

t a+ b -t representan la disposicin de estos genes en un segmento de DNA.

1. Replicacin
enzimticas in vivo. Sin embargo, los mutantes errneos y sin
~IIIIIIIIIIII sentido pueden tener prdidas, y bajos niveles de determinada
actividad enzimtica en la clula pueden ser suficientes para man-
2. Transcripcin
tener la tasa de crecimiento y una conducta fisiolgica buena. La
actividad enzimtica perdida por completo por delecin de un gen
~IIIIIIIIIIII puede tambin ser remplazada por un sistema enzimtico
R- mensajero auxiliar.
3. Transcripcin
inversa
- -
RNA
11" I11111-11111111
hibrido DNA
III) Las funciones, definidas a grosso modo, incluyen muchos
pasos individuales, y muchas funciones diferentes pueden tener
pasos individuales en comun. Por tanto, diferentes funciones
a+
pueden implicar a muchos de los mismos enzimas. Por otra parte,
4. Recombinacin
las actividades enzimticas que parecen similares in vitro, pueden
=:::::::::~::::::::::::
a- c- b+
tener en la clula localizaciones y papeles completamente diferen-
tes.

5. Reparacin
lllli 1.LLolil 1I11111111I
RotUra J)
desajustes
'-.hueco

FIGURA 1-20
Algunas funciones del DNA