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En busca de las protenas humanas perdidas

Un equipo internacional de cientficos con participacin espaola pretende caracterizar aquellas


biomolculas de nuestro organismo que nadie ha conseguido localizar y configurar un mapa equivalente al
del Proyecto Genoma Humano

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Los
investigadores buscan aquellas biomolculas que nadie ha conseguido localizar en el organismo. -
NATUREEPMadrid - 19/01/2016 a las 12:48:15h. - Act. a las 13:01:21h.Guardado en: Ciencia

Un equipo internacional de cientficos con participacin espaola ha desarrollado una herramienta para
buscar las protenas humanas perdidas de las que, por el momento, no existen pruebas directas de su
existencia, como parte del Proyecto Proteoma Humano.

De manera similar al Proyecto Genoma Humano, que permiti secuenciar por primera vez el genoma, esta
iniciativa pretende realizar un mapa de todas las protenas humanas, para lo que diferentes grupos
investigadores estn buscando aquellas biomolculas que son tan escurridizas que nadie ha
conseguido localizar en el organismo.

En concreto, segn informa la Universidad Complutense de Madrid (UCM), uno de los centros espaoles
que ha participado en el desarrollo de dicha herramienta que describe la revista Journal of Proteome
Research, se estima que estas protenas perdidas representan entre un 15 y 18 por ciento de todo el mapa
protico.

Son protenas de las que se supone su existencia por los datos obtenidos de la secuenciacin del
genoma y de los estudios de transcriptmica (transcripcin de genes), pero de las que no se tiene evidencia
desde el punto de vista experimental, ha explicado Concha Gil, directora de la Unidad de Protemica de la
UCM.

Los autores reconocen que la importancia de estas biomolculas perdidas est por ver, ya que
depender de la funcin que desempeen y de su actividad biolgica, pero es fundamental ser capaces de
identificarlas y cuantificarlas para tener una imagen completa del proteoma humano (conjunto de protenas)
y tener herramientas necesarias de estudio en caso de que cualquiera de ellas tenga que ser utilizada en el
diagnstico, pronstico o evolucin de una enfermedad, ha aadido.

El consorcio espaol de dicho proyecto, liderado por Fernando Corrales, de la Universidad de Navarra, se ha
encargado de caracterizar todas las protenas codificadas por los genes del cromosoma 16, que suman 836,
incluyendo tanto las 743 conocidas como las 93 'perdidas'.

Suero, orina y tejidos


Los investigadores han desarrollado herramientas para buscar estas biomolculas en muestras biolgicas
como suero, lquido cefalorraqudeo, orina, lneas celulares y tejidos.

La novedad de esta aproximacin radica en que, en lugar de realizar una bsqueda a ciegas de las
protenas, partimos de la informacin obtenida de una protena sinttica, de forma que conocemos qu
es lo que tenemos que buscar antes de enfrentarnos a una muestra biolgica, detalla Gil.

Estos datos se cruzan con otros procedentes de numerosos estudios y repositorios pblicos de datos de
protemica para tener informacin de clulas, tejidos y lquidos biolgicos donde es ms probable encontrar
cada una de estas protenas.

Resultados online
Adems, para facilitar la bsqueda de esta cantidad ingente de informacin se ha creado el portal web
dasHPPboard, que recoge resultados experimentales provenientes del proyecto y tambin de otros
proyectos como ENCODE e Illumina Human BodyMap.

Estos resultados se han procesado y filtrado utilizando algoritmos muy novedosos y unificando su
formato, ya que lidiar con diferentes identificadores de genes o protenas, y formatos de ficheros suele ser
un quebradero de cabeza a los investigadores experimentalistas, destaca Carlos Garca, cientfico de la
facultad de Informtica de la UCM y uno de los autores de esta herramienta.

De este modo, introduciendo el nombre de la protena en el buscador permite navegar por la lista de
resultados hasta que encuentren un tejido o lnea celular de su inters. Poder aunar gran cantidad de
resultados de expresin gnica para intentar comprender qu protenas estn produciendo esos mismos genes
nos parece un proyecto apasionante, ha explicado.