Está en la página 1de 9

microbiologa

La
De sus inicios a la genmica

Beatriz Eugenia
Baca

HISTORIA

Las primeras observaciones con relacin a las causas de la enfermedad


datan del siglo XIII, cuando Roger Bacon postul que la enfermedad era
producida por criaturas invisibles. Ms tarde Fracastoro de Verona
(1483-1553) postul que los grmenes eran transmitidos de una perso-
na a otra. En 1658 el monje Kircher reconoci el significado de los
microbios en la enfermedad llamndolos gusanos invisibles. Von
Plenciz, en 1762, propuso que diferentes grmenes producen dife-
rentes enfermedades; sin embargo esos hombres no presentaron
prueba alguna de sus aseveraciones.
Anthony van Leeuwenhoek, nacido en Delft, Holanda, en 1632, al
construir microscopios con lentes de aumentos entre 200 a 300,
logr la observacin directa de los microorganismos, que report
cuidadosamente con dibujos que an ahora es fcil reconocer. Si
bien el estudio de los microbios se inici en el siglo XIX, principalmen-
te en un contexto mdico, sus reportes exactos de la ubicuidad de los
microorganismos facilitaron a los posteriores microbilogos de la Edad
de oro de la microbiologa, 200 aos ms tarde, el descubrimiento de
su asociacin con la enfermedad infecciosa, su implicacin en la
reacciones de fermentacin, la produccin de compuestos para com-
batir las infecciones, entre otros aspectos.
Los primeros estudios de Pasteur (1822-1895) se relacionan con
la produccin de vino, en la ciudad de Lille; estaba convencido de que
la fermentacin es un proceso biolgico en donde intervenan fer-
mentos, como l llam a las cosas vivas que observaba en el micros-
copio. Los vinicultores tenan serios problemas con la fermentacin
perjudicial del vino. El anlisis de los toneles de vino le permiti
demostrar que la acidez, neutralidad o alcalinidad del medio, tena un
efecto profundo en la actividad de los diversos fermentos. Encontr

Elementos 49, 2003, pp. 3-11 3


estril permanecer estril. Como resultado de estos conoci-
mientos desarroll tcnicas de destruccin de microorganis-
mos como la pasteurizacin, la cual consiste en esterilizar
varias veces a temperaturas altas y por tiempos cortos.
Pero quizs los estudios que ms notoriedad le dieron,
fueron los relacionados con la infeccin. Para cultivar el agente
causal de la enfermedad concibi la idea de inocular tejidos
de animales de experimentacin, en lugar de soluciones es-
triles; el concepto de selectividad de condiciones de cultivo
fue simplemente cambiar medio de cultivo por clulas recep-
toras. En estas condiciones aisl el bacilo que provoca el
FIGURA 1. Experimento de Pasteur del matraz cuello de cisne. Un matraz clera de las gallinas, lo mantuvo en el laboratorio durante
de cuello alto con medio de cultivo fue doblado por calor y esterilizado. Lo un verano, al cabo del cual inocul a un lote de gallinas con
mantuvo sin colocarle un tapn y el matraz permaneci por varias semanas
sin crecimiento de microorganismos, siempre y cuando permaneciera verti- este bacilo; sorprendentemente las gallinas no murieron. Pero
cal. Si el matraz era inclinado el polvo con los grmenes caa al medio y se
observaba el crecimiento de los microorganismos del polvo.
si los animales eran inoculados con un bacilo recin aislado
de las gallinas enfermas de clera, stas moran; si inocula-
ba a las gallinas previamente inyectadas con el bacilo ate-
que en la fermentacin alterada del vino estaban presentes nuado, y posteriormente con un bacilo aislado de animales
otros fermentos diferentes a la levadura, que producan alco- con clera, las gallinas no presentaban la enfermedad y
hol isoamlico, lo que le daba al vino un sabor desagradable. sobrevivan al clera. Posteriormente obtuvo tambin el ba-
Cuando se cuid la fermentacin con un inculo libre de cilo del ntrax atenuado, y desarroll una vacuna, la cual
contaminantes la produccin del vino mejor. Como un coro- comenz a ser aplicada al ganado bovino y caprino en mayo
lario de este trabajo se interes en estudiar y cuestionar el de 1888. Continu con los ensayos de vacunacin con el
dogma de la generacin espontnea. agente causal de la rabia. La primera fase de esas investiga-
A su regreso a Pars inici sus experimentos sobre el ciones las realiz utilizando la espina dorsal de conejos muer-
tema. En esa poca las opiniones cientficas se dividan entre tos por rabia, y expuesta por dos semanas al aire estril,
las que consideraban que los microorganismos se originaban sta podra ser escasamente virulenta. Posteriormente ino-
espontneamente en materiales fermentables y putrefactos, y cul a perros con la espina dorsal cada vez menos atenuada
aceptaban que la vida se creaba continuamente a partir de y logr finalmente proteger a los animales de la enfermedad.
materia inerte por generacin espontnea, y las que soste- Otro de los cientficos que, junto con Pasteur, puede ser
nan que la vida deriva de cosas vivas con caractersticas considerado uno de los padres de la microbiologa, fue Ro-
similares. De forma relativamente sencilla, Pasteur demostr bert Koch (1843-1910). El ntrax era una enfermedad impor-
que el desarrollo de un microorganismo ocurre slo si existen tante que aquejaba a animales domsticos y que
microorganismos preexistentes; para lo cual dise un matraz ocasionalmente afectaba a la gente. Koch inici sus investi-
especial (figura 1). Como resultado de sus observaciones for- gaciones como un pasatiempo, sin imaginar que llegaran a
mul la teora de los grmenes: la fermentacin y putrefaccin ser un modelo para el estudio de la naturaleza bacteriana en
son causadas por microorganismos que son ubicuos. Consta- su relacin con la enfermedad infecciosa. Sus anlisis mi-
t que la vida microbiana no aparece en un medio que ha sido croscpicos de muestras de sangre de ovejas infectadas le
esterilizado y protegido de contaminacin posterior. Los micro- permitieron descubrir el agente causal de la enfermedad,
organismos no emergen del material en descomposicin, sino describindolo como un bacilo grande que presentaba pun-
que vienen del exterior; un lquido estril expuesto al aire tos translcidos (que posteriormente identific como espo-
ras, dauersporum). Con este material inocul conejos en la
4 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a oreja; el animal muri luego de 24 horas. Emple el humor
Franz Ziehl (1857-1926) y Friedrich Neelsen (1854-1894), con-
virtindose en una herramienta diagnstica invaluable. La par-
te crtica de las investigaciones sobre la tuberculosis la prueba
del ojo del animal como un medio de cultivo artificial para de que el cultivo puro obtenido del material tuberculoso cau-
hacer crecer la bacteria, obteniendo, as, un cultivo puro del saba la enfermedad, la realiz en cobayos, animales que
microorganismo que llam Bacillus anthracis; esto implicaba son susceptibles de padecer la enfermedad. Debemos consi-
que el ntrax era causado por un organismo especfico. derar estos trabajos de Koch como la base para sus famosos
Otra de sus importantes contribuciones fue la adaptacin postulados sobre los agentes causales de la infeccin. Aos
exitosa al microscopio del condensador descrito por Abbe ms tarde continu con el estudio del agente causal del cle-
(que permite obtener una iluminacin ptima a lo largo del eje ra, epidemia que afectaba de tiempo en tiempo a la poblacin
del microscopio), los lentes de inmersin con aceite y las tincio- europea. Debido al fracaso de los estudios de inoculacin del
nes de las preparaciones para la observacin de las bacterias. bacilo del clera a los animales, Koch se interes en explorar
La tcnica del frotis que se usa actualmente difiere muy poco aspectos epidemiolgicos, los cuales aportaron la evidencia
de la descrita por Koch; esta tcnica la us durante sus inves- faltante que apoy la tesis del agente causal del clera, el
tigaciones y descubrimiento del agente causal del clera. Sus Vibrio cholerae, y dieron datos sobre el vehculo por medio del
detallados experimentos sobre el uso de colorantes y mtodos cual el patgeno es llevado al humano el agua. Usando el
de tincin fueron el fundamento para su trascendental descu- cultivo y aislamiento del vibrio a partir de contenedores de
brimiento del bacilo de la tuberculosis. Quizs la mayor contri- agua en la India, los estudios de Koch demostraron claramen-
bucin al desarrollo de la bacteriologa y la microbiologa como te que el clera era una enfermedad contagiosa cuya disemi-
ciencias independientes fue la introduccin de la tcnica de nacin podra controlarse por medio de medidas que evitan el
cultivo puro empleando un medio slido (placa de Koch). Esto uso de el agua contaminada.
posibilit que otros investigadores aislaran y caracterizaran El estudio de los microorganismos ha contribuido a fines
los microorganismos causales de casi todas las enfermeda- muy importantes y quizs menos obvios. Su relativa simplici-
des infecciosas. La tcnica tambin se emple para valorar el dad y, en algunos casos, la rapidez de crecimiento y repro-
nmero y clase de microorganismos presentes en muestras duccin, los hace modelos experimentales idneos para el
ambientales: aire, suelo, alimentos y objetos manufacturados. estudio de los intrincados procesos de funcionamiento de la
Por el xito de sus investigaciones le fue otorgado un puesto clula. Muchos cientficos han recibido el premio Nobel por
de investigador en la Oficina Imperial de Salud, en Berln, sus aportaciones en la fisiologa, gentica y metabolismo mi-
donde trabaj en compaa de Friedrich Loeffer (1852-1915), crobiano. Publicados en 1946 por Avery, McCarty y MacLeod,
descubridor de la bacteria Corynebacterium diphtheriae, ger- los experimentos de transformacin bacteriana con el neu-
men causal de la difteria, Georg Gaffky (1850-1918), y Bern- mococo demostraron que el material gentico de la herencia
hard Proskauer (1851-1915). es el DNA. La prediccin del modelo de Watson y Crick de la
replicacin semiconservativa del DNA fue determinado en la
DESCUBRIMIENTO DEL BACILO DE LA TUBERCULOSIS bacteria Escherichia coli por Menselson y Stahl. Fue la bio-
qumica microbiana la que contribuy a la apreciacin que
Al tiempo que Koch inici sus investigaciones, una sptima tenemos de la unidad de la bioqumica de la clula. Los
parte de la muertes reportadas se atribuan a la tuberculosis, y sistemas bacterianos fueron el punto de partida para la des-
si se consideraba la etapa productiva, esta cifra alcanzaba un cripcin del cido ribonuclico que lleva el mensaje gentico
tercio de la poblacin econmicamente activa. Ocho meses (RNAm), la solucin del cdigo gentico, y el discernimiento
despus de haber iniciado sus experimentos, Koch report el de los procesos que regulan la expresin gentica por Jacob
aislamiento de la bacteria, la tcnica de la tincin fue la llave y Monod. La nocin de los virus latentes y el concepto de la
que abri la puerta para del misterio de la enfermedad. Una transferencia horizontal (la transferencia de genes entre las
vez que el bacilo se demostr fcilmente en los tejidos infecta- bacterias mediada por plsmidos), fueron desarrollados prin-
dos, la microscopa se us para seguir las inoculaciones ex- cipalmente en sistemas bacterianos.
perimentales y como ayuda en el anlisis de los cultivos.
Posteriormente, el procedimiento de tincin fue mejorado por La microbiologa. De sus inicios a la genmica 5
TABLA 1. PRODUCTOS DE MICROORGANISMOS DE INTERS INDUSTRIAL, ALIMENTICIO Y TERAPUTICO.

MICROORGANISMO PRODUCTO USO

HONGOS
Ashbya gossypii Riboflavina Vitamina. Farmacutico
Aspergillus terreus Lovastatina Inhibidor enzimtico. Farmacutico
Cephalosporium spp Cefalosporina Antibitico. Farmacutico
Eremothecium asbyii Riboflavina B2 Vitamina. Farmacutico
Penicilium notatum Penicilina Antibitico. Farmacutico
Taxomyces andreanae Taxol Anticancergeno. Farmacutico
Gibberella fujikuroi Fitorreguladores Agricultura
Aspergillus nger cido ctrico Industria alimenticia y farmacutica
Saccaromyces cerevisiae Etanol Industrial

BACTERIAS
Corynebacterium spp cido glutmico Industria alimenticia y farmacutica
Lactobacillus lactis Cianocobalamina B12 Vitamina. Farmacutico
Pseudomonas denitrificans Cianocobalamina B12 Vitamina. Farmacutico
Streptomyces griseus Estreptomicina y Cianocobalamina B12 Antibitico y Vitamina. Farmacutico
Serratia marcescens Biotina B6 Vitamina. Farmacutico
Bacillus thuringiensis Txinas Insecticidas. Agricultura
Clostridium acetobutylinicum Solventes acetona , butanol Industrial

MICROBIOLOGA INDUSTRIAL monas denitrificans produce 100,000 veces ms de la vitami-


na B12. La cepa Oxford original de Penicillum notatum, pro-
Desde los primeros aos de la investigacin sistemtica de duce 5 mg/L de penicilina, actualmente se emplean cepas
los microorganismos se tuvo conciencia de su enorme po- que sintetizan hasta 60 g/L. Zimomonas mobilis sintetiza 10-
tencial de uso. Los microorganismos son ampliamente utili- 12% (V/V) de etanol en un medio ptimo, en cinco das de
zados en la industria (tabla I), entre otras razones, por la crecimiento. Una cepa modificada de E. coli que porta los
enorme variedad de reacciones que son capaces de realizar, genes de la piruvato descarboxilasa y la alcohol deshidroge-
por la posibilidad de adaptarse a varios ambientes, desde el nasa de Z. mobilis sintetiza el 95% (V/V) de etanol en slo
matraz hasta el fermentador a gran escala, y bajo diferentes 18 horas. Otra estrategia empleada es alterar los procesos
condiciones de cultivo. La manipulacin gentica y ambiental de regulacin normales de la biosntesis de un metabolito,
relativamente fcil posibilita el aumento de productividad; la como ocurre en Serratia marcescens, cuya biosntesis de la
capacidad de sintetizar enantimeros especficos, en los ca- biotina es reprimida por la 5 adenilato biotina; una cepa
sos en donde la sntesis qumica convencional desarrolla modificada que no responde al mecanismo represor es ca-
una mezcla de enantimeros activos e inactivos. En algunos paz de producir hasta 600mg/L de biotina. Esta produccin
casos la velocidad de duplicacin en tiempos cortos y la es competitiva frente a la produccin por va qumica.
captacin de nutrientes a tasas elevadas, les permiten man- Las plantas han sido una fuente privilegiada de com-
tener elevadas velocidades de metabolismo. puestos empleados en la teraputica humana, el anticancer-
En el pasado, los microbilogos desarrollaron progra- geno taxol es una de estas sustancias, obtenido de la corteza
mas de investigacin para mejorar la produccin de un com- del tejo y cuyo costo de produccin asciende a 5,000-6,000
puesto dado, modificando las condiciones de cultivo, dl-USA/g. El desarrollo de una fuente microbiana para obte-
obteniendo mutantes, o bien, actualmente, usando la meto- nerlo podra bajar considerablemente ese costo. Un progra-
dologa de DNA recombinante. Estas tcnicas han ayudado a ma exhaustivo de investigacin sobre hongos endfitos (que
mejorar significativamente la produccin de un metabolito se encuentran en el interior de la planta), aislados de los
determinado. Por ejemplo, una cepa modificada de Pseudo- rboles productores del taxol, condujo al aislamiento de va-
rios gneros de hongos que lo sintetizan; uno de ellos Pesta-
6 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a lotiopsis microspora produce niveles de taxol significativos,
na. Esta estrategia novedosa presenta algunos retos que
ser necesario resolver, pero muestra la posibilidad de hacer
investigacin relevante y prometedora, sin necesidad de ais-
especialmente cuando inhibidores de la sntesis de esteroi- lar y caracterizar previamente al microorganismo.
des se incorporan al medio de crecimiento, cambiando as el
flujo de carbono del ergosterol al taxol, proporcionando de ESTUDIOS FILOGENTICOS DE LOS MICROORGANISMOS

esta manera una va alternativa del taxol.


El suelo es un hbitat de muchos microorganismos, ex- Inicialmente, los microbilogos se fascinaron por la diversidad
plotado intensamente para la obtencin de compuestos natu- de microorganismos que encontraron en la naturaleza. Sin em-
rales que incluyen los antibiticos como las tetraciclinas, bargo, de 1950 a 1980, el campo de la microbiologa fue domi-
eritromicina, vancomicina, -lactmicos, cefalosporinas, rifam- nado por el concepto del microorganismo paradigma. La idea
picinas y aminoglucsidos (kanamicina, gentamicina, estrep- de que pocos microbios podran servir como buenos modelos
tomicina, etctera). Los microorganismos del suelo tambin para el estudio de los procesos bsicos perdur, pero lo que
son productores de otros compuestos como lipopptidos, lipo- hace ms fascinantes a los microorganismos es lo extraordina-
protenas, glucolpidos y lipopolisacridos con propiedades rio de los arreglos de reacciones metablicas que catalizan. A
surfactantes, as como protenas: celulasas, amilasas, protea- partir de los aos 1990 el concepto de biodiversidad volvi a ser
sas, y lipasas; que se usan ampliamente en la industria textil, considerado, pero de una forma nueva y excitante, gracias en
farmacutica y en la fabricacin de detergentes. Otras enzi- parte a los microbilogos ambientales, quienes guardaron viva
mas necesarias para la investigacin bsica y biotecnolgica la flama de la biodiversidad durante los aos de los microorga-
son las enzimas endonucleasas de restriccin, las utilizadas nismos paradigma. Pero, por qu la diversidad es un tpico
en la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), las cuales se de actualidad? La revolucin molecular nos ha demostrado
emplean en los laboratorios de investigacin que realizan es- cun diversos son los microbios, y nos ha indicado un reto que
tudios con la metodologa de DNA recombinante. no hemos sido capaces de superar lo limitado de los microor-
En el pasado, la investigacin microbiolgica de la in- ganismos cultivables; slo sabemos cultivar alrededor de 5,000
dustria farmacutica se orient principalmente al combate de especies, lo que representa 1% o menos de la poblacin total.
problemas agudos, infecciones bacterianas y fngicas, anal- Igualmente relevante es la evidencia de la presencia de micro-
gsicos, hipertensin y otros desrdenes mdicos. Actual- bios en hbitats tan extremos como la profundidad de los oca-
mente se enfoca a problemas crnicos y complejos, nos, los polos del globo terrqueo, los vientos hidrotermales,
desrdenes degenerativos del sistema nervioso, inflamacin etctera. Pero la biodiversidad no es el campo nico de los
crnica y autoinmune, cncer, inmunosupresin, infecciones microbilogos ambientales, las infecciones emergentes apare-
virales, etctera. Adems de las estrategias empleadas para cen en ambientes hospitalarios donde no se ha solucionado el
el escrutinio sistemtico de nuevos compuestos, se ha inicia- problema de la resistencia a los antibiticos por bacterias que
do una nueva metodologa de frontera, la cual se enfoca al producen infecciones recalcitrantes. Enfermedades tan diver-
anlisis del metagenoma (DNA aislado del suelo). As, un sas como la arteroesclerosis, la artritis reumatoide, los autis-
nmero importante de especies desconocidas de microorga- mos, entre otras, estn siendo reconsideradas en su probable
nismos no cultivados del suelo son accesibles y constituyen relacin causal con los microorganismos.
una fuente prometedora de productos naturales tiles. En Cul fue la metodologa que permiti constatar tales
1998, un grupo de investigadores de la compaa farmacu- aseveraciones? En los aos setenta, Carl Woese analiz una
tica ARIAD iniciaron un programa para acceder al metageno- molcula de distribucin universal a nivel molecular, el cido
ma del suelo, aislaron el DNA de una muestra de suelo, lo ribonuclico ribosomal (RNAr ), la regin que codifica para el
clonaron en un vector especial capaz de portar fragmentos RNAr de la subunidad pequea del ribosoma (SSUrRNA); el cual
largos de DNA , lo introdujeron a E. coli, y realizaron un tiene las caractersticas de presentar un grado alto de conser-
escrutinio de varias clonas, detectando algunas con activida- vacin en su secuencia; aunque contiene regiones pequeas
des interesantes; una de ellas result tener una actividad muy divergentes, es refractario a la transferencia horizontal de
antibacteriana, la sustancia se aisl y caracteriz resultando
un compuesto con actividad antileucmica llamado indirrubi- La microbiologa. De sus inicios a la genmica 7
FIGURA 2. Representacin esquemtica del rbol de la vida basada en el anlisis de las distancias de las secuencias de los genes RNAr de la subunidad perquea
del ribosoma SSUrRNA. En negro, los filotipos y linajes que han sido estudiados erxclusivamente por amplificacin directa de sus SSUrRNA del ambiente (tomado de
Moreira y Lpez Garca (Trends. Microbiol. 10: 31-38 2002).

genes, de gran tamao, y puede ser aislado fcilmente. Woese atribuido al fenmeno de sintropismo (la interdependencia de
obtuvo un sistema adecuado para definir la relacin evolutiva dos o ms microorganismos). Mavin Bryant y Ralph Wolfe, en
de los microorganismos. El anlisis de la secuencia proporcio- 1960, describieron varias especies que transfieren hidrgeno
na la posibilidad de cuantificar las distancias genticas entre y cada una se localiza en una cadena, de tal manera que no
los organismos a nivel de nucletidos y provee un medio para es posible aislarlas independientemente sino en forma de con-
la identificacin taxonmica de los organismos. Woese espe- sorcio o grupo de microorganismos. La sintropa es probable-
raba que las secuencias de los organismos se ubicaran en mente una caracterstica comn en los ecosistemas
dos grupos fundamentales; sin embargo, esto no fue as, en- microbianos. La biologa molecular proporciona las vas de
contrndose tres grupos. Para explicar esta aparente discre- estudio de los microorganismos de diversos entornos sin ne-
pancia, propuso que hay tres lneas primarias de evolucin cesidad de cultivarlos. Desde 1987, los investigadores han
descendente o dominios, llamados Archaea (Arquibacterias), catalogado al menos 13 nuevas divisiones filogenticas en
(eu)Bacteria y Eucarya (Eucariotes), en lugar de la clsica el dominio de las bacterias y ms de una tercera parte son
divisin Procariotes y Eucariotes. Estudios posteriores con microorganismos conspicuos y no cultivados. Tambin se
otros genes han confirmado definitivamente esta hiptesis. En han propuesto dos reinos en las arquibacterias: Crenarchaeota
pocos aos, el anlisis de SSUrRNA de secuencias amplifica- y Euryarchaeota. Adems, se propone un tercer candidato,
das por PCR directamente de muestras ambientales, ha cam- Koarchaeota, en donde se agrupan varios filotipos hiperter-
biado nuestra percepcin de la bioesfera. Los estudios mfilos (figura 2). Ms recientemente estos estudios se han
realizados han indicado que los microorganismos que son aplicado a microorganismos picoeucariotes (de tamao pe-
cultivados fcilmente, no son representativos de la poblacin queo, 1-2 m) localizados en el plancton, en diferentes
de un hbitat dado. De hecho, los microorganismos que tien- regiones de los ocanos. Varios de los filotipos (secuencia
den a ser ms abundantes en un ambiente, tpicamente son SSUrRNA ambiental representando un linaje no cultivado) de
recalcitrantes a los esfuerzos de su cultivo. Este fracaso se ha la zona ftica (la regin donde la luz solar penetra, mxima
profundidad 200m), se afilian en grupos fotosintticos de una
8 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a amplia diversidad y muchos de esos filotipos (secuencia de
y por tanto limita la fijacin de CO2. N. europea es tambin
capaz de degradar una variedad de compuestos orgnicos
halogenados, incluyendo tricloro etileno, benceno y cloruro
SSUrRNA ambiental representando un linaje no cultivado) apa- de vinilo, por lo que es un microorganismo atractivo para la
recen en regiones geogrficas distintas. Estos estudios ini- biorremediacin, adems de ser un participante importante
ciales sugieren que una amplia diversidad de microorganismos del ciclo biogeoqumico del nitrgeno. Su hbitat es el suelo,
eucariotes sern descubiertos y no slo en los ocanos, sino agua, y paredes de monumentos, especialmente en ciuda-
tambin en otros ecosistemas. des contaminadas, donde el aire contiene una gran cantidad
de compuestos nitrogenados. El segundo microorganismo
EL INICIO DE LA GENMICA MICROBIANA que fue secuenciado por esta agencia fue Prochlorococcus
marinus; se especula que los miembros de este grupo de
En julio de 1995, J. Craig Venter y Hamilton O. Smith, de la cyanobacterias son los ms relevantes organismos fotosint-
compaa Celera Genomics, y Claire M. Fraser del The Institut ticos del planeta, siendo responsables de una importante
for Genomic Research (TIRG), publicaron la primera secuencia fraccin de la fotosntesis (del 30-80%) que se realiza en los
completa del cromosoma de un microorganismo: Haemoph- ocanos de climas templados y tropicales. Esto lo hace tener
ilus influenzae cepa Rd. Este hecho marc un hito en la histo- un papel significativo en el ciclo de carbono global y en el
ria del estudio de los microorganismos. El anlisis de la clima del planeta. Otro aspecto interesante es su contenido
secuencia mostr algunas sorpresas. De 1,743 ORF (open de los pigmentos particulares esenciales para el proceso
reading frame, por sus siglas en ingls, o fase abierta de fotosinttico, la zeaxantina y la ficoeritrina, que emplea en
lectura, es decir secuencias que son susceptibles de codificar lugar de la clsica clorofila. La descripcin del genoma com-
para una protena), slo 1,007 pudieron ser asignadas a una pleto de este microorganismo permitir un gran avance en la
funcin basndose en la similitud con secuencias de prote- comprensin de importantes procesos geobioqumicos glo-
nas previamente descritas. El grupo de Fraser continu con la bales del planeta. Rhodopseudomonas palustris es una bac-
secuencia del genoma de Mycoplasma genitalium, bacteria teria fototrpica capaz de convertir la luz solar en energa
que tiene el genoma ms pequeo de las especies bacteria- celular al fijar el CO2 , el N2 y el H2. Tambin degrada y recicla
nas conocidas. Les interesaba conocer el nmero y calidad de una variedad de compuestos aromticos. La bioenerga pue-
genes esenciales de la clula. Posteriormente continuaron de ser un medio prctico para obtener una fuente de energa
con el genoma de Methanococcus jannaschii, una extraordi- barata limpia e ilimitada, por medio de la utilizacin de estos
naria arquibacteria aislada de las costas de Mxico a 2,600 microorganismos.
metros de profundidad, a 200 atmsferas de presin, que Actualmente han sido publicadas 15 secuencias de ar-
crece a 85C, y es capaz de transformar el CO2 a metano y quibacterias, 59 de bacterias y slo una de eucariotes. En
generar la energa para su metabolismo. La secuencia arroj curso, no concluidas: 11 de arquibacterias, 261 de bacterias
los datos siguientes: alrededor del 50% de genes no se rela- y 3 de microorganismos eucariotes. Ejemplos de ellas son
cionan con secuencias previas, sugiriendo que codifican para las secuencias de protozoarios como Entamoeba hystolitica,
mecanismos fisiolgicos inexplorados. Ese mismo ao la se- Leishmania chagasi, Gardia lamblia, Plasmidium falciparum,
cuencia del genoma de S. cerevisiae, el primer eucariote se Plasmidium vivax, Toxoplasma gondii, de hongos como As-
complet; se encontraron aproximadamente 6,000 genes, y al pergillus fumigatus, Aspergillus nidulans, Candida albicans,
menos 2,000 de funcin desconocida. Cryptococcus neoformans.
A partir del anlisis de estas primeras secuencias, varias La velocidad con que un genoma microbiano es secuen-
agencias internacionales iniciaron programas sistemticos ciado actualmente es muy grande, gracias a dos metodolo-
de secuenciacin de microorganismos. Como una parte de gas que han acelerado notablemente el proceso: el empleo
las iniciativas para explorar la contribucin de los microorga- de nucletidos marcados con reactivos fluorescentes y las
nismos en el secuestro global del carbono, el Instituto JGI poderosas herramientas computacionales utilizadas en la re-
(The Joint Genomic Institute) secuenci el genoma de la solucin de la secuencia.
bacteria Nitrosomonas europea. Este organismo tiene un
papel central en la disponibilidad del nitrgeno en las plantas La microbiologa. De sus inicios a la genmica 9
POSTGENMICA

A raz de la consolidacin del programa gentico en los ltimos


aos, la postgenmica es el punto de partida para las investiga-
ciones en el futuro. Al estudio del transcriptoma (el repertorio de
las molculas de RNA mensajero que se expresan) y el proteo-
ma (el anlisis de las protenas y su condicin, ya sea normal o
patolgica), se le ha llamado comnmente postgenmica.
El conocimiento de los genomas de los microorganismos
nos facilitar la tarea de su estudio; sin embargo, su conoci-
miento no reemplaza la necesidad de conocer las funciones
que realizan en la clula. El nmero de genes importantes
FIGURA 3. Microscopa electrnica de barrido (SEM) de una raz de trigo
sin caracterizar subraya el hecho de que contar con el geno- inoculada con Azospirillum brasilense Sp7, en la cual produce un aumento del
ma de un microorganismo es justo el punto de inicio para su desarrollo del sistema de raz, incremento de los pelos radicales, lo que trae
como consecuencia un mejor estatus nutricional en la planta hospedera.
comprensin y estudio. Por lo tanto, el gran reto para el
futuro es definir las funciones de las protenas del genoma y
descifrar las redes funcionales de regulacin. Los datos apor- sin sobre las prioridades y objetivos en la seleccin de los
tados actualmente indican que un microorganismo puede genomas que sern secuenciados; en este aspecto el proceso
contener alrededor de 1,000 a 5,000 genes, de los cuales es un tanto catico y requiere de una coordinacin; debera
20-70% de ORFs son consideradas protenas putativas que presentarse una lista de los genomas microbianos que deben
son descritas como de funcin desconocida. Algunas de la secuenciarse. Los fondos para esta investigacin son aporta-
protenas reguladoras pueden tener una docena de funcio- dos por agencias gubernamentales, por ejemplo, en los Esta-
nes celulares que pueden variar de una clula microbiana a dos Unidos estn involucrados los departamentos de defensa,
otra; adems, una protena puede contener varios dominios de energa, de agricultura, los institutos de salud y la agencia
funcionales lo cual complica el anlisis estructura-funcin. The National Science Fundation, as como compaas como
Desde luego, la genmica es slo el primer paso para discer- TIGR, JGI y Celera. En Europa participan The European Bioinfor-

nir los procesos fundamentales que gobiernan la vida. El matic Institut, The Sanger Center, el Instituto Pasteur, as como
gran reto en el futuro es definir la funcin de las protenas universidades europeas. Los microorganismos que deben ser
codificadas por el genoma, incluyendo el gran nmero de considerados para ser secuenciados son los patgenos para el
nuevas protenas de funcin desconocida, y descifrar las humano, los patgenos de inters agrcola, los que son impor-
redes funcionales de los genomas. Integrar los resultados de tantes para la produccin de energa o para la remediacin de
los esfuerzos de secuenciacin con la informacin existente contaminantes, los que son interesantes por el hbitat que
y con una base de datos bien desarrollada producir un colonizan o por su peculiar estilo de vida. Cundo y cmo las
panorama amplio del metabolismo celular y de la funcin secuencias deben publicarse? Algunas agencias o consorcios
gentica. de investigadores proponen que los datos de la secuencia no
sean publicados inmediatamente, con el fin de que aquellos
CONSIDERACIONES TICAS que han generado la informacin tengan la oportunidad de
analizar los datos y su significado y estar seguros de que stos
En 1999, la Academia Americana de Microbiologa (AAM) convo- son correctos. Al parecer, existe una regla no escrita: los gene-
c a una reunin para analizar el estado del arte de la genmi- radores de la secuencia pueden utilizarla de una manera exclu-
ca en la investigacin microbiolgica y redactar un reporte con siva por al menos una etapa del anlisis global. En cuanto a la
algunas observaciones: la informtica, es necesario formar recursos humanos entrena-
La organizacin y la diseminacin de la tecnologa y los dos en esa rea, pero con conocimientos profundos en biolo-
datos es azarosa. Se seala la ausencia de una amplia discu- ga molecular, que desarrollen herramientas poderosas para
ordenar e interpretar los datos obtenidos.
10 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a
FIGURA 4. A, Microscopa electrnica de barrido (SEM) de un tallo de caa de azcar colonizado con Gluconacetobacter diazotrophicus, microorganismo fijador de
nitrgeno. B, SEM de clulas de G. diazotrophicus mantenidas agrupadas por medio de un material mucilaginoso en el interior de la caa de azcar. Cortesa de la
doctora Christina Kennedy de la Universidad de Tuczon Arizona.

escala y sin fines comerciales; estudiar la expresin de los


CONSIDERACIONES FINALES genes y las interacciones in situ, crear las bases de datos y
herramientas informticas necesarias para poder interpretar el
Desde los das de Leeuweenhoek, los microbilogos han enorme flujo de datos que se est generando; por lo que ser
reconocido que nuestro conocimiento del mundo microbiano indispensable incorporar cientficos en computacin y bioinfor-
depende fundamentalmente de los avances tecnolgicos. Las mtica, con amplios conocimientos en biologa molecular. Este
expresiones macroscpicas de la microbitica existen desde es el reto al que se enfrentan los microbilogos del siglo XXI.
luego, en la forma y color de las colonias, biofilms (figura 3),
que representan las agregaciones naturales de la vida micro- N O T A S

biana. Pero es obvio que la expresin de la biota microbiana 1


Amann, R., J. A. Breznak, R. R. Colwell, J. Davis de Lorenzo, V., Crystal
no puede comprenderse sin un reconocimiento de sus deta- ball, Environ. Microbiol., 4: 3-17, 2002.
lles microscpicos. Sabemos oler y gustar los aromas mi- 2
Brock, T. D., Robert Koch, A life in medicine and bacteriology, ASM Press,
crobianos con espectrmetros de masas, microelectrodos, Washington D. C., 1999.
3
Demain, A. L., Microbial natural products: alive and well in 1998, Nature
avanzadas tcnicas cromatogrficas y el empleo de isto-
Biotechnol, 16:3-4, 1998.
pos. Observamos el universo microbiano con el microscopio 4
Dubos, R., Pasteur and modern science, ASM Press, Washington D. C., 1988.
electrnico (figura 4). A nivel subcelular, las intrincadas redes 5
Moreira, D. and Lpez-Garca, P., The molecular ecology of microbial
metablicas son analizadas usando una serie de herramien- eukaryotes unveils a hidden world, Trends. Microbiol., 10:31-38, 2002.
6
Osburne, M. S., Grossman, T. H., August, P. R. and MacNeil, I. A., Tapping
tas bioqumicas y biofsicas. Los mecanismos de la herencia
into microbial diversity for natural products drug discovery, ASM News,
y la genealoga de la vida misma son expuestos por la gen- 66:411-417, 2000.
tica avanzada y la tecnologa genmica, pero un acerca- 7
Pace, N. R., A molecular view of microbial diversity and the biosphere,
miento profundo a los ecosistema naturales representa uno Science, 276:734-74, 1997.
8
Strobel, G., and Long, D. M., Endophyte microbes embody pharmaceuti-
de los grandes retos en la biologa microbiana.
cal potential, ASM News, 64:263-329, 1998.
La tecnologa, por s misma, no proporciona un entendi- 9
Venter, J. C., Smith, H. O., and Fraser, C.M., Microbial genomics in the
miento sustantivo del universo microbiano, pensamos que beginning, ASM News, 65: 322-327, 1999.
vivimos la edad de la informacin, con excesivos genes, Beatriz Eugenia Baca es investigadora del Centro de
secuencias, reacciones, y datos, los cuales debemos de in- Investigaciones Microbiolgicas del ICUAP. ebaca@siu.buap.mx
tegrar para lo cual es necesario desarrollar rpidamente la
bioinformtica necesaria para organizarla.
La ecologa microbiana necesita de proyectos para culti-
var nuevos microbios, describir la composicin y dinmica de
las comunidades microbianas, hacer la metagenmica a gran La microbiologa. De sus inicios a la genmica 11