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Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores iniciacin
Caractersticas del cdigo elongacin
terminacin
tRNA y aa-tRNA-sintetasas regulacin
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y Procesamiento post-traduccional
tipos Plegamiento
Interaccin codn-anticodn: Modificaciones covalentes
Hiptesis del balanceo
Distribucin de protenas a orgnulos.

Estructura de los ribosomas


Recambio y degradacin
Papel del rRNA
Ubiquitinacin y proteasoma
Tipos y mecanismos generales
Lisosomas

Para Enrique Castro


Los trabajos de terceros
2011 Enrique Castro retienen su licencia original 1

Descodificacin:adaptadortRNA
Descodificacin:adaptadortRNA
Papeles del RNA
mRNA
Enrique Castro, 2003
rRNA
tRNA

Caractersticas del cdigo


tripletes
no solapado
no puntuado
degenerado
universal

2011 Enrique Castro 2


Elcdigogentico
Elcdigogentico
Degeneracin
origen evolutivo 2 primeras bases significativas
no aleatoria tercera posicin hipervariable

Seales de control
Codones inicio
Codones stop

ventajas de la degeneracin
resistencia a mutaciones
independencia secuencia/composicin
2011 Enrique Castro 3

Marcosdelectura
Marcosdelectura

Enrique Castro, 2003

Mutaciones de
cambio del marco de lectura

2011 Enrique Castro 4


Mutaciones:cambiosdebases
Mutaciones:cambiosdebases

2011 Enrique Castro 5

Variacionesdelcdigomitocondrial
Variacionesdelcdigomitocondrial

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro 6


Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores iniciacin
Caractersticas del cdigo elongacin
terminacin

tRNA y aa-tRNA-sintetasas regulacin

Estructura de tRNAs Procesamiento post-traduccional


aa-tRNA sintetasas: mecanismo y Plegamiento
tipos Modificaciones covalentes

Interaccin codn-anticodn: Distribucin de protenas a orgnulos.

Hiptesis del balanceo


Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Estructura de los ribosomas
Lisosomas
Papel del rRNA
Tipos y mecanismos generales

2011 Enrique Castro 7

Latraduccinesunadescodificacinbifsica
Latraduccinesunadescodificacinbifsica
Reconocimiento del tRNA
Formacin del aminoacil-tRNA
Aminoacil-tRNA sintetasas
Enrique Castro, 2003

Reconocimiento del codn


Apareamiento codn-anticodn

2011 Enrique Castro 8


EstructuradeltRNA
EstructuradeltRNA

2011 Enrique Castro 9

Balanceo:apareamientosexticosen3base
Balanceo:apareamientosexticosen3base

Enrique Castro, 2003

Lodish, Figure 4-27


2011 Enrique Castro 10
FuncionesdelaaminoaciltRNAsintetasas
FuncionesdelaaminoaciltRNAsintetasas
Reconocimiento del tRNA
brazo aceptor
brazo anticodn/microhlice/brazo DHU

activacin aa
Enlace anhdrido

Correcin Todos
Varios
hidrlisis mal-esterificado Uno

2011 Enrique Castro 11

AminoaciltRNAsintetasas:activacinyunin
AminoaciltRNAsintetasas:activacinyunin

Enrique Castro, 2003

EachtRNAmoleculeis
recognizedbyaspecific
aminoacyltRNAsynthetase

Figure429
2011 Enrique Castro 12
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores iniciacin
Caractersticas del cdigo elongacin
terminacin
tRNA y aa-tRNA-sintetasas regulacin
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos Procesamiento post-traduccional
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del Plegamiento
balanceo Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.
Estructura de los ribosomas
Recambio y degradacin
Papel del rRNA
Ubiquitinacin y proteasoma
Tipos y mecanismos generales Lisosomas

2011 Enrique Castro 13

Ribosomestructureinprokaryotes&eukaryotes
Ribosomestructureinprokaryotes&eukaryotes

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro Figure432 14


Estructuraderibosomas:RNAvs.protena
Estructuraderibosomas:RNAvs.protena
rRNA
bases exticas
alta estructura secundaria
cataltico

Proteina
pequea L19(50S)
estructurales

rRNA16S(30S)

2011 Enrique Castro 15

ImagereconstructionofanE.coliribosome
ImagereconstructionofanE.coliribosome

Enrique Castro, 2003

Figure434

2011 Enrique Castro 16


SitiosdeunindetRNAenelribosoma
SitiosdeunindetRNAenelribosoma

2011 Enrique Castro 17

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico
Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores
Caractersticas
iniciacin
Enrique Castro, 2003 del cdigo
elongacin
tRNA y aa-tRNA-sintetasas
terminacin
Estructura de tRNAs
regulacin
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
balanceo Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Estructura de los ribosomas Modificaciones covalentes
Papel del rRNA Distribucin de protenas a orgnulos.
Tipos y mecanismos generales
Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

2011 Enrique Castro 18


Iniciacinenprocariotas
Iniciacinenprocariotas

Seleccin codn inicio (procariotas)


AUG internos (mltiples, policistrnico)
AUG precedido Shine-Dalgarno

Shine-Dalgarno

GDP + Pi

2011 Enrique Castro 19

Factoresdeiniciacin
Factoresdeiniciacin

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro 20


Etapasdelaelongacindelacadenapolipeptdica
Etapasdelaelongacindelacadenapolipeptdica

2011 Enrique Castro 21

EntradadelaatRNA:funcindeEFTu/EFTs
EntradadelaatRNA:funcindeEFTu/EFTs

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro 22


Formacindelenlacepeptdico
Formacindelenlacepeptdico
rRNA=peptidil-transferasa
Alta conservacin rRNA
Actividad PT tras inactivar protenas
Mutaciones de resistencia a antibiticos ocurren
en rRNA, no protenas

Reaccin espontnea (ster -> peptdico)


G invertido en especificar secuencia

2011 Enrique Castro 23

Translocacin:papeldeEFG
Translocacin:papeldeEFG

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro 24


Terminacindelatraduccin
Terminacindelatraduccin

2011 Enrique Castro 25

Antibioticos(1)
Antibioticos(1)

Enrique Castro, 2003

Bloquea unin del [baja]: impide comprobacin Bloquea translocacin


aa-tRNA al sitio A bases 1-2 del codn
[alta]: bloquea C. iniciacin
2011 Enrique Castro 26
Antibioticos(2)
Antibioticos(2)
H
O N O
O
NH C CHCl 2
Eucariotas, 60S
O N CH CH
2
OH CH2 CH2
2 HO C H
OH
O
Cloranfenicol

H3C CH3

Cicloheximida

H C CH3
3
N

H C CH3 N
CH3 3
Procariotas, 50S N
N OH
O
HO CH N
CH3 2 O N
H C
3
OH H H
HO
O O CH3
H H
HO
NH OH
H3C CH3
C O
H2C CH3
O
O O CH3 H N C H
CH3 2
H3C
CH2
O O
OH
Inhibe peptidil-transferasa Terminacin prematura:
CH3 reemplaza a aa-tRNA
2011 Enrique Castro 27

O
Eritromicina CH3

Puromicina

Factoresdeiniciacin
Factoresdeiniciacin

Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro 28


Procesosesencialeseniniciacindeeucariotas
Procesosesencialeseniniciacindeeucariotas

Activacin del mRNA:


Formacin del PIC 43S: unin de caperuza / poliA
unin subunidad pequea
y complejo ternario

Formacin de PIC 48S: Reconocimienro del inicio:


reclutamienro del mRNA activado unin AUG-tRNAi
escaneo 5'UTR GTPasa de eIF2

Reclutamiento de 60S:
GTPasa eIF5B
2011 Enrique Castro 29

FormacindelPIC43S
FormacindelPIC43S

Enrique Castro, 2003

recycled

Ayuno/hambre
Estrs
Virus
2011 Enrique Castro 30
ReconocimientodelmRNA
ReconocimientodelmRNA
Nutrientes
Insulina Actividad helicasa eIF4A/eIF4B
elimina Est. secundaria 5'UTR
avance 50-100 nt

eIF4F =
eIF4E (unin 5'Cap)
eIF4A (helicasa)
eIF4G (andamio)

mRNA circularizado
(iF4E-5' / PAB-3')

Regulacin
eIF4-BP inactivado por fosforilacin (mTOR)
eIF4E activado por fosforilacin (MNK1)

2011 Enrique Castro 31

DelPIC48Salcomplejodeelongacin80S
DelPIC48Salcomplejodeelongacin80S

Enrique Castro, 2003

Actividad helicasa eIF4A/eIF4B

elimina Est. secundaria 5'UTR


avance 50-100 nt Reconocimiento AUG (Kozack)
Primer AUG desde 5'CAP, Kozack
-3 +1 IRES internos
GCCA/GCCAUGG
secuencia de Kozack eIF5 estimula GTPasa eIF2
alivia inhibicin eIF1 liberacin Pi
doble comprobacin de apareamiento
eiF5B recluta 60S
eIF5B reclutado tras eiF2GDP
eIF5B es GTPasa (60S=GAP)

2011 Enrique Castro 32


Elongacinyterminacineneucariotas
Elongacinyterminacineneucariotas
Elongacin
EF1() = EF-Tu () + EF-Ts ()
EF2 = EF-G
EF2 inactivado por fosforilacin

Terminacin
nico eRF1 reconocimiento de codn
(=RF1+RF2). GTPasa.
eRF3: unin a eIF4G (circularizacin)
eRF3 (disociacin)

Traduccin mltiple simultnea y reciclado rpido


son las claves de sintesis eficiente de protenas

2011 Enrique Castro 33

ToxinasinhibidorasdeTrad.eucariota
ToxinasinhibidorasdeTrad.eucariota

EF2 + NAD+ nicotinamida + E2F-ADPR


T. diftrica
Castro, 2003
Enrique

A (cataltico) B (transporte)
ADPribosilacin de EF2
Bloqueo de translocacin
(eucariotas)

Cicloheximida
Inhibicin peptidil- tranferasa

Ricina
Despurinacin A en 23 S
(cataltica)
Inactivacin de 60S

2011 Enrique Castro 34


Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores iniciacin
Caractersticas del cdigo elongacin
terminacin
tRNA y aa-tRNA-sintetasas regulacin
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
Procesamiento post-traduccional
balanceo Plegamiento
Estructura de los ribosomas
Modificaciones covalentes
Papel del rRNA Distribucin de protenas a orgnulos.
Tipos y mecanismos generales
Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

2011 Enrique Castro 35

Plegamientoasistido
Plegamientoasistido
Chaperonas HSP70 ubicuo (citosol/RE)
unen zonas hidrofbicas HSP 90 (citoslico)
Enrique Castro, 2003
evitan agregacin/plegamiento
prematuro

Chaperoninas
Complejo con cavidad de plegado
Dependiente de ATP

complejo HSP60 (exclusivo citosol)

Enzimas auxiliares
Proteina-disulfuro-isomerasa (PDI) (exclusivo ER)
Proteina-prolil-isomerasa (PPI)

2011 Enrique Castro 36


ProcesamientoPT:modificacionescovalentes
ProcesamientoPT:modificacionescovalentes
Generacin de extremos
N-terminal: eliminacin Met (+hidrlisis)
N-terminal: acetilacin (50%)
C-terminal: hidrlisis

Anclaje a membrana (citosol)


miristoilacin N-terminal
palmitoilacin Cys
prenilacin C-terminal (Cys)

Procesamiento ER/Golgi
Eliminacin Secuencia seal
Glucosilacin (N-, O-) Unin de cofactores
Insercin en membrana Enzimas
Puentes disulfuro
Proteolisis/maduracin Modificaciones funcionales
Fosforilacin constitutiva (casena)
Hidroxilacin Pro, Lys (colgeno, desmosinas)
Metilacin Lys, Glu
-carboxilacin Glu (F. coagulacin)

2011 Enrique Castro 37

Distribucindeprotenassintetizadas
Distribucindeprotenassintetizadas

Enrique Castro, 2003

Ruta Ruta
citoslica secretora
2011 Enrique Castro 38
PapeldelRE/Golgienlasntesisdeprotenas
PapeldelRE/Golgienlasntesisdeprotenas
Plegamiento
plegamiento inducido por chaperonas
formacin de puentes disulfuro

Insercin en membrana
todas las transmembrana

Glucosilacin
ER: N-glucosilacin estndar
Golgi: O-glucosilacin, especfica

Maduracin proteoltica
Golgi y grnulos de secrecin

Ensamblaje de complejos multiproteicos



2011 Enrique Castro 39

Secuenciaseal:DestinoRE
Secuenciaseal:DestinoRE

Enrique Castro, 2003

Seal N-terminal con corte:


protena N-terminal extracitoslico (secrecin)

Seal interna sin corte: segmentos transmembrana


Longitud: 13-36 aa
1 bsico (+) en lado N-terminal
Tramo central hidrofbico (10-15 aa) Seal reconocida
Corte: R pequea, neutra (opcional) por partcula de SRP
reconocimiento RNP
de la seal poli-Met en p54
2011 Enrique Castro 40
ImportacinalRE:SRP
ImportacinalRE:SRP

peptidasa
de seal
SRP-R
Reconocimiento SRP
GTPasa. GTP hidrolizado

Translocn
Une secuencia seal (N)
Transferencia ATP-dependiente
2011 Enrique Castro 41

Insercindeprotenasdemembrana
Insercindeprotenasdemembrana
Seales topognicas
secuencia seal N-terminal
Enrique Castro, 2003
secuencia seal interna
secuencia de parada de
transferencia

secuencia seal: parada de transferencia:


Bsico + 10-15 hidrfobos 20-25 hidrfobos (transmembrana)

2011 Enrique Castro 42


PlegamientoasistidodeprotenasenER
PlegamientoasistidodeprotenasenER

(anclada a
membrana)

(luminal)

Asistentes de plegado
chaperonas: HSP, calnexina, calreticulina
(retencin en ER)
Protena-disulfuro isomerasa
Prolil-isomerasa (cis/trans)

Control de calidad:
Slo protenas plegadas correctamente
abandonan el ER

2011 Enrique Castro 43

Glicosilacinestndard
Glicosilacinestndard
Oligosacrido estereotipado
Construido ntegramente sobre Dolicol-P
Tranferido ntegro sobre N-Asn
Enrique Castro, 2003
Bloqueable por tunicamicina

-N-X-S/T-

2011 Enrique Castro 44


Maduracinporproteolisis
Maduracinporproteolisis
va de secrecin constitutiva va de secrecin regulada
Proinsulina

Proalbmina

en el Golgi Albmina

en grnulos
de secrecin

Insulina
circulante
2011 Enrique Castro 45

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico Sntesis ribosomal de protenas
El proceso general: adaptadores iniciacin
Caractersticas
Enrique Castro, 2003 del cdigo elongacin
terminacin
tRNA y aa-tRNA-sintetasas regulacin
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos Procesamiento post-traduccional
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del Plegamiento
balanceo Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.
Estructura de los ribosomas
Papel del rRNA
Tipos y mecanismos generales Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

2011 Enrique Castro 46


Mecanismosdedegradacindeprotenas
Mecanismosdedegradacindeprotenas

Citoslico
sustratos:
Ubiquitina/proteasoma
Dependiente de ATP Protenas T1/2 corto (seales)
Regulado por seales en sustratos Protenas defectuosas

Lisosomal
sustratos:
Hidrolasas lisosomales (acdicas)
Protenas T1/2 largo
Independiente de ATP
Muerte por necrosis Protenas de membrana
Protenas extracelulares

Ca2+-proteasas
Citoslico sustratos:
Muerte por necrosis inespecfico

2011 Enrique Castro 47

Recambioreguladodeprotenas:ubiquitina
Recambioreguladodeprotenas:ubiquitina

Enrique Castro, 2003


Genes de Ub:
Fusin (Ub-L40, Ub-S27)
pequea, 76 aa Locus poli-Ub
muy conservada
7 Lys (aceptoras) proteasa de procesamiento

Ubiquitina= etiqueta de destruccin


C-terminal Ub
se une a -N-Lys

poli-Ubiquitinacin:
Ub-COOH --> N-Lys-Ub

2011 Enrique Castro 48


Mecanismodeubiquitinacin
Mecanismodeubiquitinacin
Una E1 (enzima activadora de ubiquitina)
Pocas E2 (UBC enzima conjugante de ubiquitina) E1:
Muchas E3 (protena-Ub ligasas) activa Ub (AMP)
(reconocimiento del sustrato) Transfiere a E2 (SH)

E3:
Transferencia al sustrato E2:
Determinante de especificidad reserva de Ub activada
de sustrato Donador de Ub
2011 Enrique Castro
(reconocimiento de seales) 49

Sealesdeubiquitinacin:especificidadE3
Sealesdeubiquitinacin:especificidadE3
N-Terminal
mecanismo bsico (procariotas)

Enrique Castro, 2003


D-box
ciclinas

KEN-box
Securinas

Secuencias PEST
F. transcripcin hometicos
Enzimas metablicas
Protenas de sealizacin
Seales ledas por E3
(especificidad de unin)

Dao molecular
Oxidacin/desplegado
2011 Enrique Castro 50
Proteasoma26S:degradadordeprotenas
Proteasoma26S:degradadordeprotenas
19S:
Complejo 26S: impide acceso inespecfico
Barril 20S: cataltico Unin poli-Ub
Tapa 19S: reguladora Isopeptidasa (liberacin Ub)
ATPasa: transferencia a cavidad

20S:
Centro activo interno
(N-terminal de beta)
Procesiva, intermedios no
liberados
Producto:pptidos 7-9

nucleofilo interno:
previene ataque inespecfico
2011 Enrique Castro 51

Enrique Castro, 2003