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Qu es Mendeley?

Elvira V. SantamariaAdd comments

Mendeley es un gestor de referencias bibliogrficas, una herramienta gratuita y


multiplataforma (Windows, Linux y Mac) que combina una versin local con una
versin web, pudiendo sincronizar ambas, permitiendo de este modo que se
pueda consultar la informacin desde cualquier ordenador con conexin a
Internet. Dispone tambin de aplicaciones para iPad y iPhone.

Con sede en Londres creado por Jan Reichelt, Victor Henning y Paul Foeckler, fue
adquirido en abril de 2013 por Elsevier. La primera versin se public en 2008 y
hace unas semanas se lanz la versin 1.10.3.

Mendeley combina caractersticas de un gestor de referencias tradicional con


las de gestores de referencias sociales, ms an, con caractersticas propias de
una verdadera red social para investigadores, en su versin web.

Empezar a trabajar con Mendeley es tan sencillo como crear una cuenta
registrndose en www.mendeley.com, descargar e instalar la versin de
escritorio, Mendeley Desktop.
Desde el punto de vista de un gestor clsico de referencias, Mendeley Desktop,
permite crear, mantener, organizar y dar forma a las referencias bibliogrficas
de artculos de revista, libros u otros documentos, y generar ms de 6780
formatos de salida para insertar las citas bibliogrficas en el estilo adecuado al
trabajo de investigacin, artculo o revista en el que deseemos publicar.
Qu ofrece Mendeley Desktop?
La posibilidad de aadir informacin de forma sencilla desde diferentes
fuentes y de varios modos:
Al igual que otros gestores se pueden aadir referencias de forma manual,
importar registros procedentes de otros gestores en formatos como EndNote
XML, RIS, BibTeX y Zotero Library (zotero.sqlite) o a partir de identificadores
como DOI, PMID, ISBN o ArXIv ID

Una de sus ventajas es la de incorporar referencias desde PDFs, arrastrando y


soltando los archivos PDF en Mendeley Desktop, de esta forma recupera
automticamente los metadatos del documento. Adems dispone de las
opciones: Add Folder que aade a Mendeley todos PDF contenidos en una
carpeta y Watch Folder que permite que se aadan automticamente los
nuevos PDFs incorporados a la carpeta o carpetas seleccionadas. Esta
funcionalidad permite integrarlo con Zotero para importar automticamente las
referencias contenidas en la biblioteca de Zotero.

Tambin es posible la importacin directa desde sitios compatibles, instalando


el botn Save to Mendeley en la barra de herramientas del navegador. Desde
cualquier navegador se incorporan referencias desde sitios como PubMed,
Google Scholar, ScienceDirect, Scopus, SpringerLink, OvidSp o Plos entre otros.
Al incorporar las referencias tambin se incorporan los PDFs si el documento es
de Acceso Abierto o si la institucin tiene suscripcin y navegamos desde sus
IPs.
Trabajar con referencias ordenndolas, eliminando las duplicadas y
organizndolas fcilmente creando carpetas y subcarpetas; especialmente til
es la posibilidad de asignar etiquetas (tags) a cada documento para poder
establecer filtros.
Una de las caractersticas ms valoradas de Mendeley es que dispone de
un visor de PDF propio, que permite copiar texto, subrayar, hacer anotaciones
y exportar el PDF con estos comentarios para compartirlo con otros colegas
envindolo por email o compartindolo en grupos privados. Cada vez que se
aadan nuevas anotaciones sern vistas por los dems miembros del grupo.
Adems cuando se realiza la bsqueda entre las referencias contenidas en la
biblioteca tambin busca dentro del texto completo del documento resaltando
los trminos utilizados en la bsqueda.
Qu diferencia a la versin Web?
La versin web (Mendeley Web) se convierte en una verdadera red social para
investigadores, y en un autntico descubridor de investigacin al permitir
compartir documentos en grupos, seguir y contactar con otros investigadores,
buscar en el catlogo de Mendeley entre los ms de 300 millones de artculos y
disponer de estadsticas de actividad de los usuarios. Adems de poder
gestionar el curriculum compartiendo y promocionando las publicaciones
propias con el resto de usuarios de la red de Mendeley.
En Mendeley Web se accede a los distintos contenidos a travs de pestaas:

Dashboard. Similar al muro de Facebook, es la primera pantalla que aparece


una vez identificados con usuario y contrasea. Destacan los siguientes
elementos:
Newsfeed. Para mantenerse al da con los contactos, viendo sus
actividades y publicando actualizaciones propias.
Account settings. Desde esta seccin se cierra sesin y se gestiona la
configuracin de la cuenta
Edit profile. Completando nuestro perfil podremos mantener el
curriculum actualizado, compartir y promocionar las propias publicaciones para
las que existe una carpeta propia My Publications, cualquier referencia o
documento aadido desde Mendeley a esa carpeta se incorpora
automticamente a nuestro perfil de usuario. Se aconseja consultar las polticas
de copyright de los editores antes de aadir el texto completo.
My Library. Esta pantalla replica el contenido de la biblioteca de la versin de
escritorio (Mendeley Desktop).
Papers. Seccin desde la que es posible buscar entre los 300 millones de
documentos contenidos en Mendeley, (1.836.875 de medicina), pudiendo
establecer un filtro para recuperar artculos con texto completo en Acceso
Abierto. Tambin se puede configurar el resolvedor de enlaces de la biblioteca
de la institucin para consultar la disponibilidad de texto completo.

Groups. Desde esta pestaa se accede a la parte colaborativa de Mendeley,


permitiendo compartir referencias y textos completos con otros investigadores,
iniciar grupos de discusin o listas de lectura para un grupo. Pueden ser:
Privados (Private), en los que se pueden compartir referencias y textos
completos, slo los miembros pueden ver el grupo. Es una buena opcin para
trabajar con documentos en privado, corrigiendo un manuscrito, una
monografa, o compartiendo los resultados de una bsqueda bibliogrfica con
usuarios de la biblioteca.
Con invitacin (Invite-only), slo permiten compartir referencias,
cualquiera puede seguir el grupo, pero el contenido slo lo pueden aadir los
miembros del grupo. Alternativa interesante para listas de lectura o compartir
referencias
Abiertos (Open). Para compartir referencias slo, cualquiera puede ser un
miembro o seguir el grupo. Los 96.039 grupos pblicos (12.388 de Medicina)
ofrecen una oportunidad interesante para promover publicaciones, como puede
ser la actividad cientfica de una institucin, el contenido de una revista o una
recopilacin de recursos web como el grupo VideosBibliosade
(http://www.mendeley.com/groups/791591/videosbibliosaude/papers/) que
recoge una seleccin de vdeos sanitarios.
People. La ltima pestaa de Mendeley Web nos conecta con otros
investigadores, desde este directorio se puede buscar entre ms de 1 milln de
investigadores (por nombre, intereses de investigacin, ubicacin o palabras
clave), localizar colegas y aadirlos a nuestra red.
Por qu uso Mendeley?
Aunque algunas de las caractersticas descritas son compartidas con otros
gestores bibliogrficos, personalmente me inclino por Mendeley por: la facilidad
para instalarlo gratuitamente; su interfaz intuitiva; los 2 gigas de
almacenamiento para espacio personal en la Web; poder usarlo desde cualquier
navegador; su capacidad para gestionar, anotar, subrayar y leer los PDF; las
funcionalidades de descubridor de investigacin y red social para seguir,
colaborar con otros investigadores y difundir la propia investigacin y
adems es posible su integracin con Zotero!.
Reference Managers: Zotero vs Mendeley
12 Apr 2012

Previo a comenzar la etapa de investigacin del estado del arte nos propusimos investigar

posibles herramientas a utilizar como Reference Manager. Un Reference Manager (RM) es,

como su nombre indica, un gestor de referencias, o en definitiva una herramienta que

permite mantener un repositorio centralizado de recursos de investigacin el cual puede ser

accedido y modificado por mltiples usuarios, ayudando as a organizar la investigacin en

desarrollo. Por recurso de investigacin nos referimos a papers, videos, artculos de revistas,

libros o sitios web que tratan sobre temas especficos del rea a investigar. En nuestro caso

las principales reas de investigacin sern Gesture-based Interaction, Multitouch

Interaction, Natural Interaction y Human-Computer Interaction en general. Adems, una de

las caractersiticas ms relevantes de un RM es que en las etapas posteriores de

documentacin permite generar de forma casi automtica la bibliografa utilizada como base
para la investigacin y el agregado de citas bibliogrficas en las distintas partes del

documento. Todo esto en base a la informacin que se encuentra en la librera de recursos

mantenida por el RM, y con solo unos pocos clicks.

What a mess!

Los Reference Managers que, en principio, por recomendacin de nuestros tutores decidimos

investigar fueron cuatro:


1. Bookends

2. Zotero

3. Mendeley

4. Papers

Esta lista se redujo a dos luego de constatar que 1 y 4 no tienen disponibles todas sus

funcionalidades en sus versiones gratuitas, por lo que nos propusimos entonces probar por

un lado Zotero y por otro Mendeley que son gratuitos (aunque tienen versiones de pago que

incrementan la quota de storage, etc). Este post no pretende ahondar en el funcionamiento

y/o manejo de estas herramientas, sino simplemente compararlas presentando de forma lo

ms objetiva posible los pros y contras de cada una para luego utilizar la que mejor se

adapte a nuestras necesidades. Comencemos entonces por Zotero!

Zotero (zoh-TAIR-oh)

Zotero es un RM open source que permite gestionar recursos durante cualquier tipo de

investigacin que requiera el manejo de documentos, videos, sitios web y muchos otros

recursos. Permite mantener un repositorio organizado con todos los recursos analizados

durante la investigacin, pudiendo asociar a cada uno notas, discusiones, ficheros adjuntos,

entre otros, para luego en base a estos generar automticamente citas o una seccin

bibliogrfica en los pocesadores de texto ms usuales como por ejemplo OpenOffice o MS

Word. Zotero viene bsicamente en dos sabores: como extensin de Firefox (desde su

origen), y como un cliente de escritorio recientemente. n el ltimo caso suele combinarse

con un pequeo plugin para Chrome o Safari para agregar elementos directo desde el

navegador, pero toda la gestin de los recursos se realiza desde la aplicacin standalone.

Adems puede accederse a la librera directamente desde el sitio web de Zotero.


Algunas de sus ventajas son las siguientes:

En cualquiera de sus versiones permite agregar elementos a la librera

directamente desde el browser con un solo click, soportando mltiple cantidad de

sitios. Al agregar un elemento a la librera extrae informacin del recurso agregando

automticamente ttulo, autores, ao de publicacin, entre otros metadatos que pueda

obtener.
Si en una pgina hay mltiples referencias a diferentes papers, libros o

recursos, con un solo click podemos sensarlos todos juntos indicando cuales nos

interesa agregar a la librera. Esto es muy til por ejemplo para agregar a la librera en

un solo paso varios papers o recursos que se muestran como resultado de una bsqueda por

cierto tema.
Se puede agregar practicamente cualquier tipo de recurso a la librera, ya

sea un sitio web, un video, un paper, un libro, entre muchos otros. Cada elemento tiene

asociado cierto tipo de metadatos que de ser posible se almacenarn automticamente al

agregar el elemento a la librera.


Es compatible con gran cantidad de los formatos ms comunes de estilo

bibliogrfico (IEEE, Chicago, Vancouver, etc)


Se integra con OpenOffice/LibreOffice y Word mediante plugins para agregar

bibliografa y citas. Para hacer una cita, footnote o endnote en un documento Word,

OpenOffice o incluso un Google Doc o un email, basta con hacer D&D (drag and

drop) de el(los) item(s) deseado(s). De esta forma permite armar una bibliografa de

forma sencilla con unos pocos clicks, o agregar una cita especificando nicamente el nmero

de pgina a citar del elemento en cuestin.


Permite asignar tags a los elementos de la librera para aplicar futuros filtros

de bsqueda en los recursos de investigacin.


Se pueden armar grupos privados o pblicos y compartir una librera, notas,

y discusiones, gestionndola entre varios usuarios de forma colaborativa.


Para papers accesibles desde Google Scholar, JSTOR y EBSCO, que son algunas

de las bases de datos de publicaciones acadmicas ms usuales y en las que basaremos

nuestra investigacin, la importacin de recursos a la librera funciona sin problemas.


Permite incluir elementos de tipo Pgina web, pudiendo as marcar y agregar

comentarios sobre los elementos de una pgina, lo cual es escencial en muchos casos

para resaltar puntos importantes. Esto lo hace guardando un snapshot de la pgina que

luego es modificado localmente como HTML esttico.


Sincroniza todos los elementos de la librera a una tasa muy rpida, de modo

que se acceda a lo ltimo en cualquier dispositivo donde sea que nos encontremos.
Permite crear bsquedas avanzadas inteligentes sobre los elementos de la

librera. Este tipo de bsquedas son similares a las colecciones pero se le indican ciertos

criterios de bsqueda (ao, autores, tags, etc) y al agregar elementos a la librera, aquellos

que cumplan los criterios establecidos quedarn organizados automticamente bajo esa

coleccin.
El PDF de un artculo o paper agregado a la librera se agrega

automticamente como fichero adicional asociado al artculo si el mismo est disponible

gratuitamente.
Se puede agregar directamente un PDF a la librera mediante D&D desde una

carpeta local, y luego rellenar sus metadatos automticamente con un solo click si el fichero

es encontrado en alguna base de datos acadmica.

Pero como todo, tiene algunos puntos en contra:

En su versin gratuita posee una limitante de solo 100MB de almacenamiento para

adjuntar archivos a los elementos de la librera. Este es uno de los puntos ms crticos, ya

que suponiendo que cada papers tiene un promedio de 2MB se podran almacenar no ms de

50 papers por cuenta. Los snapshots de pginas no pesan prcticamente nada por lo que

casi no afectan la quota en el storage.


En la versin standalone no se incluye la opcin "Crear un item nuevo a partir de la

pgina actual" presente en la versin para Firefox, que sirve para guardar en la librera un

sitio no soportado con un solo click. As, para guardar un sitio en esta versin standalone se

debe hacer manualmente, agregando el elemento deseado y rellenando los metadatos que

se conozcan. [Actualizado 16/04] S es posible grabar un snapshot de un sitio en la

versin standalone mediante los conectores para Safari o Chrome, simplemente haciendo

click derecho sobre la pgina en el navegador y seleccionando "Save Zotero Snapshot from

current page" en el men desplegable. De todas formas, no es posible marcar el sitio

almacenado directamente desde alguno de estos navegadores; para esto hay que utilizar

Firefox.
Como consecuencia del punto anterior, la funcionalidad de marcado y comentado de

pginas web tampoco est disponible en la versin standalone.


En la versin para Firefox s es posible marcar y comentar pginas (documentos

HTML) previamente almacenadas en la librera, pero no se permite la anotacin de ficheros

PDFs, la cual es otra de las grandes debilidades de la herramienta. De todas formas, como
veremos, Zotero se puede integrar de forma sencilla y casi transparente con herramientas

que permiten la modifiacin de este tipo de ficheros.

Conclusin: Zotero es una herramienta bastante amigable y relativamente completa, que se

puede utilizar de forma eficiente en cualquier de sus versiones, ya sea la versin integrada a

Firefox o la versin standalone de escritorio. Para usuarios de este navegador sin duda debe

ser una de las mejores opciones a utilizar como herramienta de gestin de recursos de

investigacin.

Una de las caractersticas carentes pero importantes de Zotero es la imposibilidad de anotar

y comentar ficheros PDF, aunque esto se puede solucionar utilizando alguna herramienta

adicional para la visualizacin y modificacin de este tipo de ficheros. Una solucin que nos

result muy prctica fue la de combinar Zotero con la versin gratuita de la

herramienta PDF-XChange Viewer (Windows only :(, aunque tambin funciona sin problemas

sobre Wine en sistemas basados en UNIX), la cual se debe descargar y setear como visor por

defecto de ficheros en formato PDF. Hecho esto, desde Zotero podemos abrir cualquier PDF

que tengamos almacenado en la librera y modificarlo agregndole comentarios, marcas, etc.

Al ser stas copias locales del fichero PDF, al modificarlo y guardar los cambios, stos

tambin se reflejarn automticamente en la librera.

Otro factor de preocupacin es la limitante de storage por cuenta en su versin gratuita, pero

este punto tambin es solucionable utilizando N cuentas de forma colaborativa

(compartiendo colecciones de recursos entre ellas) para obtener un storage global de

N*100MB. En nuestro caso creamos una cuenta para cada integrante del grupo, y al tener

divididos los temas a investigar cada cuenta comparte con las dems un nico grupo privado

correspondiente a ese tema especfico. Brindando acceso de lectura/escritura a los dems

integrantes se permite que todos vean y puedan modificar todos los grupos, logrando as

extender el storage global a 300MB entre las 3 cuentas. Esta cifra tampoco es demasiado

grande, pero suponemos que nos basta ya que podramos almacenar un total de 150 papers

en el caso promedio.

Finalmente, uno de los puntos ms favorables de la herramienta es que, gracias a que puede

gestionar cualquier tipo de recurso, puede servir no solo para esta etapa de investigacin del

estado del arte sino tambin como reemplazo a documentos de enlaces que contengan links

a videos o tutoriales importantes en otras etapas ms avanzadas (desarrollo, etc), ya que es

ms manejable y por sobre todo prolijo tener los enlaces organizados en categoras con

Zotero.
Zotero lacks pdf annotation, which is its main drawback. But I still prefer it for its ability

to save copies of web pages and store everything in my own server. This way I have

almost no data restriction

-- Zotero user

Mendeley

Mendeley es una herramienta similar a la ya presentada pero tiene la caracterstica de estar

ms enfocada al manejo explcito de papers, principalmente en formato PDF, presentando

funcionalidades especficas para esta tarea. Viene nicamente en versin de escritorio, la

cual se complementa con algunos agregados al navegador mediante bookmarklets para

poder agregar elementos a la librera directamente desde el browser. De todas formas,

tambin puede accederse a la librera directamente desde el sitio web de Mendeley.

Algunos de sus puntos fuertes son:


Incluye complementos para Word, OpenOffice y varios otros procesadores de

texto, que permiten crear bibliografas y citas directo desde el procesador en base a la

informacin incluida en la librera de Mendeley.


Permite seleccionar entre una gran cantidad de estilos para el agregado de

citas y bibliografas, incluyendo los ms conocidos (Harvard, IEEE, etc)


El manejo de PDFs es muy bueno y flexible. Principalmente porque con un solo

click (o un D&D desde el escritorio) permite guardar el PDF en la librera con los datos sobre

su autor, el ttulo del documento, el ao, y otros metadatos que pueda obtener.
Una de las caracterstcas ms interesante es que permite anotar, marcar y

comentar PDFs. Luego se puede descargar el PDF modificado, incluyendo las anotaciones y

comentarios al final y todas las marcas (highlights).


Brinda 500MB de almacenamiento en recursos personales ms 500MB de

almacenamiento de recursos compartidos, lo cual suma un total de 1GB de

almacenamiento.
Incluye un Web Importer mediante un bookmarklet que permite importar

documentos y referencias desde un amplio rango de bases de datos

acadmicas (Scholar, JSTOR, ACM Portal, etc) con un nico click. Esto lo hace de cierta

forma similar a Zotero, ya que as se podra importar a la librera casi cualquier tipo de

pgina, aunque en estos casos rellena la metadata solo para las reconocidas bases

acadmicas y las pginas almacenadas no se pueden anotar.


Es Zotero-compatible en el sentido que permite importar la librera desde Zotero.

Al importar un paper a la librera, si existe su versin en PDF de forma

gratuita la descarga automticamente, sino agrega solo la referencia.


Incluye un catlogo propio de investigacin bastante extenso en el que

buscar papers, y en el cual se pueden buscar por ejemplo solo aquellos papers para los que

se tenga la versin en PDF y realizar bsquedas con mltiple filtros.

Pero al igual que en el caso anterior, presenta algunos puntos dbiles:

No permite marcar ni comentar una pgina previamente guardada en la librera.

Est enfocado principalmente al manejo de papers en versin PDF. Para guardar

pginas u otros recursos se debe utilizar el Web Importer, el cual no es del todo eficiente. Por

ejemplo, demora bastante en importar una referencia a un paper, y al importar una pgina

web en muchos casos no se almacena correctamente en disco, haciendo que se presenten


algunos problemas al abrirla una vez guardada. Esto hace poco til el almacenamiento de

sitios genricos no soportados.


El Web Importer presenta algunos problemas de sincronizacin con el cliente de

escritorio, ya que para cada importacin desde el browser hay que hacer una sincronizacin

manual de la librera desde el cliente.


El importado de varios papers a la vez como resultado de una bsqueda en una base

de datos de investigacin es bastante complejo y poco eficiente.


Carece de una vista de rbol para visualizar y abrir de forma sencilla los ficheros

adjuntos a un elemento de la librera. Esto hace que agregar un fichero adjunto a un

elemento no sea tan natural.


Maneja el concepto de tags o etiquetas, pero es poco intuitivo. Por ejemplo, no se

puede hacer D&D de un recurso a un tag sino que siempre hay que etiquetarlo manualmente

escribiendo el tag.

Conclusin: es una herramienta muy buena para cuando se pretende solo mantener

referencias o manejar papers en versin PDF, ya que provee gestin, marcado y agregado de

anotaciones a los mismos desde la propia interfaz. El espacio de almacenamiento es bastante

amplio, incluso en su versin gratuita. De todas formas, tiene una limitante bastante grande

al no permitir agregar otros tipos de recursos como sitios web, videos, etc. Dado que hace

bastante hincapi en la parte social referente a armar un profile con todas las publicaciones

que hayamos hecho (como forma de CV), un repositorio de investigacin y luego compartirlo,

puede ser ms til para investigadores dedicados a esa tarea y quizs no tanto nicamente

como herramienta de gestin de recursos para una investigacin concreta.

Entonces cul elegimos?

Realizado el anlisis, finalmente optamos por utilizar Zotero, principalmente debido a que,

adems de actuar como gestor de referencias, permite manipular cualquier tipo de recursos

(sitios web, videos, PDFs, etc) de forma muy flexible y sencilla, no estando restringido

prcticamente solo a papers en formato PDF como en el caso de Mendeley. Adems, se suma
el hecho de que logramos incorporar de forma eficiente en Zotero la funcionalidad faltante de

marcado de documentos PDF utilizndolo en combinacin con PDF-XChange Viewer.

Finalmente, otro punto que nos llev a decidirnos por Zotero fue que pudimos mitigar en

cierta proporcin el riesgo de que el espacio de almacenamiento gratuito provisto no nos

baste para almacenar todos los papers y documentos a leer durante esta etapa. Como

mencionamos previamente, esto lo logramos trabajando colaborativamente con varias

cuentas que manejan grupos compartidos unas con otras para aumentar el storage global.

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