Steg PRINCIPIOS DE BIOQUIMICA % DAVID L..NELSON MICHAEL M. COXxiv Indiee 66 mates indice general Prologs V 1 Fundamentos de bioquimica 1 TESTRUCTURAY CATALISIS 45 Hoga a7 ‘Aminoscidos, péptidos y proteinas 75 Estructura tridimensional de las prateinas 116 Funcién de las proteinas 157 Enemas 190 Ghicides y glucobiologia 238 Nuclestidos yacidos nucteicos 273 Tecnologias de la informacion basadas: enel DNA 208 10 Uiides 343 11 Mombranas boligicas y transporte 369 12 Bloseflzaciin 425 sesseeen Il BIOENERGETICA Y METABOLISMO 13. Principio de bloenergética 489 14 Glucolsis, gluconeogenesis y uta de las pertosasfosfato 522 15. Principios de rguacién metabéiiea: lueosa y glueégena 560 16 Eciclo del Sido cities 501 17 Catabolism de los deldas grass 634 418 Oxidacién de aminodcidns y produccién de urea 656 Fosforlaciin oxidatna y fotofasforaeién 690 Blosintosts de ghicidas en plantas ybacterias 751 Biosintests de lipldos 787 Biosintests de aminoacidos, nuctestidos Yymoléculae relacionadas £33 Integracin y regulacién howonal del Ietabolismo de las mamiferos. 981 B BE Bs Ml LAS RUTAS DELA INFORMACION 921 24 Genes y cromesomas $23 25 Metabolismo del DNA. 948 26 Metabolismo det RNA. 995 27 Metabolismo de las proteinas 1024 ‘28 Regulacin de la expresingéniea 404 Apéndice A Abrevituras communes en la Heratura clontiicabioquimlea At Anéntice & Solvelones abreviadas 6 los problomas. Skt Giosaria 1 Provedoncia de is lustaciones Pt Inalie atfabétiea 4 _ INDICE DE MATERIAS 1 Fundamentos de bioquimica 1 1k Fundamontes celulares 3 ‘Las elulas son las unidades estructurales y funcionales de todos los argasiarnas vives 3 Las dimensionos colulares ests limitads por a capacidad de difusiin del oxigeno 4 Los seres vivos se clasfican en tres dominios 4 Escherichia coli es la ella procaridtica mejor estudinda 5 ‘Las células eucariéticas poseen diversos organulos rmembrangeos que pucden aslarve para saestudio. 6 Bl ctoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesallamente dinimico 9 las eélulas construyen estructras supramoleculares. 10 Laseestudios n vitro podran no detectar interaeciones Tinportantes entre moléculas. I] 41.2 Fundamentos quimicos 12 Las biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales 13 Las macromoléculas son les principales constituyentes de las eélulas. 15 Reeusiro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las unidsdss (we deben utlizarse 15 La estructura tridimensional se describe en términos de configuraciin y conformacién 16 Recuadro 1-2 Louis Pasteur y la actinidad dptica: in vino, voitas 19 Las interaceiones entre las biomoléculas son estereoespecifieas 20: 1.8 Faundamentostsieos 21 Las arganismes vivos existen en un estado estacionaria dindmnico y no se encuentran munea en equilibeio con su entomo 21 ‘Los organismos transforman energia y materia 22 BBI Myjo de electrones proporciona energia para los organismos 22 Grear y mantener el orden requlere trabajo y energia 23, El acoplamiento energética conecta las reacciones bioligicas 23 Recuadro 1-3 Entropia: las ventajas de estar desorganizade 24 Koy AG? micen la tendencia de una reaccion Para transcurrir esponténeamente 26 Los enairias faeilitan las seeuencias de reacciones quimicas 26 EI metabolismo est regulado para conseguir equilitrio yeconomia 27 1.4 Fundamentos genéticas 28 ‘La continuidad genética reside on las moléeulas de DNA. 29) {La estructura del DNA hace posible sa replicacion, yreparacién con fidelidad cas perfecta 29 La secueneia lineal del DNA eodifica proteinas con estrueturas tridimensianales 29 4.5 Fundamentos evolutios 31 [Las cambios en las instnucciones hereditarias hacen posible Inevolucién 31 Las primeras biomoléculas aparecieron por evehucién quimica 32 La evolucién quimica puede simularse en el iaboratorio 32 Los primeras genes y calalizadores podrian haber sido rmoléculas de RNA o precursores relacionados. 32 La evolucidn biolégica empeaé hace mis de tres mil quinientos millones deaiios 341s primera célula fue probablemente quimiahetersirofa 24 1s e€lulas eucaridticas evoluctonaron a partir de las procaridticas través de diversas fases 35 a anatomia molecular revela relaciones evolutivas 96 ‘La genéimica funcional permite deducir Ia correspondencia entre genes y procesos celulares espectficos 38 ‘La comparasién de genomas tendré una importancia cada vex mayor en labiologia y medicina humanas 38 I ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Elagua 47 2. Interecionesdébites ens sistemas apuoses. 47 ‘Los puentes de hidrigeno confieren al agua sus propiedades extraordinaries. 47 El agua forma puentes de hicrégeno con los sohutos polares 49 El agua interacciona electrostaticamente con los solutos targidos 5 Laentropis aumenta cuando se disuelve una sustancia censtalina 51 ‘Las gases apolares se disuelven mal en elagua £2 {Los compuestes apolaresfuerzan camiosdestavorables ‘nergéticumente en la estructura del agua 62 Las interacelanes de wan cer Waals son atracciones interaidmioas débiles 54 Las interaceiones déhiles son crucisbes para la estructura y funcién de las macromoléculas 54 Los solos afectar a las propiedades colgativas de las disoluctones acuosas 56: Recundro 2 Respuesta ctl en plantas: un fenéimena samitice 58 2.2 lontacién del agua, deidosdebles ybases déiles 60 Bl agua pura ests ligeramentefonizada 60 la ionizacion del agua se expres mediante una constante de equilibria 61 [a escala de pH representa is concentraciones de H* OH" GL Recundro 2.2.8 producta inten del agua: dos problemas lustrathos 62 los tccosy bases debiles tienen constantes de disociacién caracteristicas 63 ‘as eurvas de titulacién proporcionan el pk, de ls écielos debiles 6 2.3 Tamponamiontas contra camblas de pH en los sistemas Diatogicos. 65 Los tampones son mezclas de écidos débiles y sus bases conjugadas 6 ‘Una expresién sencilla relaciona pH, pK ¥ concentracién de tampdin 68 Los dcidos o bases débiles tampanan eelulas y tejidos contra carbine de pit G7 Rocuadra 2-3 Resaluclin de problemas con la ecuaclén ‘de Henderson-Hassalbalch 67 ‘Recuadro 2-4 Sangro, pulmonesy tampén: el sistema tampén dal bicarbonate 68 24 Elagua comoseactio 69 25 La séecuscién del amblente acuose a les organismas vives 70, hneice de matedas aw 3 Aminodcidas, péptidos y proteinas 75 3. Aminadcitos 75 ‘Los antinodcidos tenen caracteristicas estructurales comunes. 76 ‘Los residuos arinodcidos de las proteinas son sterenistmeros 1. T7 Los aminodcicos se pueden elsiicar segtin su grupo R 7B {Los amminodcicos ne esténdar tienen también importantes funciones ‘Los aminodcidos pueden actuar coro dcidos y bases BI Reouaco 3-1 Absorcién del uz per las maeulas: ley de Lambort-Beer 82 {Los aminodcidos tlenen curvas de titulcion earsetersticas $2 Laura de titulacicn predtice la carga eléetrics de los aminocldos 34 ‘Los aminoicidas dfteren en sus propiedades dcio-base 84 3.2 Péptidesyproteinas. 85 Los péptides son cadenas de aminodcidos 85 Los peptides pueden distnguirse por su comportamiento de ionizacion 86 [Existen péptidos y polipéptices biolégicamente actives de una gran variedad de tamanos 86 Los polipéptidos tienen una compasicién de aminodcidos -caracteristica 87 Algunas proteinas contienen grupas quimices diferentes alos aminodcidas 68 Existen varios niveles de estructura de las proteinas 88 2.3 Wobalar can proteinas 89 Las proteinas se pueden separar y purificar 89 as protefnas pueden separarsey caracterizarse ‘por electroforesis 2 £85 posible canntificar las proteinas no aislacas 94 43.4 Estructura covalent de tas protainas. 96 1s fncign de una proteina depende de su secuencia de aminoscidos “98 Se ha determinado la secuencia de aminodcidos de millones deproteinas. 6 Los patipéptidos eortos se secuenctan utilizando procedimientog autoraaticns 7 Las proteinas grandes deben secueneiaese partir de fragmentos ms pequanns 90 las nccuencias de amninodcidos ve pueden dechicir también mediante ois métodas 100 Recuadre 3-2 Investigacion de tas protonas mediante ‘is ospectromeiia de masas. 102 Puede sintetizarse qurnicamente péptidos y protetnas equerias 104 ‘a secueneia de aminofcltes proporciona infarmacidn bioguirica imperarte 108 3.5 Sacuencias de protoinasy eoluelén 108 ‘Las secuencias de proteina permiten deducir la historia dela vidaen la Tierra 107 4 Estructura tridimensional de las proteinas 116 “4.1 Visin general sobre la estructura protolea 416 La conformacion de una protein est estabilizada principalmente por interaceiones débiles 117 Elenlace pepticico es plano y rigia. 118wi Indice de materias 462 Estructura secundaria do las proteinas 120 La helice es una estructura secundaria habitual fen proteinas 120 La secuencla de aminodecidos afecta ala estabiiad delabélcea 121 RRecuadro 4-1 Céme distingur destrigr do lovigo 122 1 conformcin f onganiza las cadenas poipeptidias ‘envforma dehoja 123 Loa giro son frecuentes en las protelnas 123 Las estrocturas secundarias comunes tienen argues de enlace y un contenido de arinaieidos caracterisico 124 44.3 Estructura torelaiay cuaterara de las protinas. 125 {as proteinasfibrosas estan adapiadas a una funcion estructural 126 Recuadro 4-2 La ondutaciin permanente es un elemplo de Ingenieria biguimlea 127 [las proteis slobulares ia diversiad estructural reieja la diversidad funcional 129 ‘Reeuacro 43 Razaos para que los marinero, exploraresy ‘stolantes unertarlos consuman futaywerdras esc 130 La mioglobina proporcion6 las primeraselaves acerca dela ‘complejdad de las estructarasproteicas gobulares 132 [Las protein globulares tienen estructurastereiarias ‘diversas 134 Recuadro 4-4 Mtodos para doterminar ts estricturatdimenslanal de una protein 136 Bl andlsis de mumerosas provenas globulares revel patrones estructurales comune: 130 Las motivos proteicos constituyen la base de I clasificacicn estructutal de las proteinas. 14 {as estructuras cuaterarias de las prteinas comprenden desde dimeros sencilos hasta grandes complejos 144 [Existen limites al tamafio de las protefnas. 146 4A Desnaturalizachny plegamlento de proteins 147 La pérdida dela estructura conduct a a péitida defancién 147 Lasecuencia de aminedcidos determina la estructura terciaria 148 ‘Los polipéptios se piegan répidamente y segan un proceso de varias etapas 148 Recuadro 4-5 Muerte por un plegamlonto ncoreet: las ‘enfermedades piateas. 150 ‘Algunas proteinassufen un plegamiento asistido 161 5 Funcién de las proteinas 157 5.1 Unidn rerersible poteina-ligande:proteinas ounién a exigeno 158 El oxigeno puede estar unido a un grupo prostético hemo. 188 Lamioglobina tine wn tnieo sitio de flsci6n para elaxigeno 159 as interacckones protefinsligando se pueden describir cuanttativamerte 160 Lnestructura proteica afecta al modo de unién del igando 162 El oxigeno es transportada en la sangre porla ‘mioglabina 162 Las subunidades de la hemoglobin son similares ‘estnucturalmente ala igglobina 163 La hemogiobina experimenta un cambio estructural al unirse aloxigena 164 Lahemoglobina une oxigeno de manera cooperativa 168 ‘La union cooperativa de lisando puede ser deserita cunntitativamente 167 Existen dos modelos que explican los mecanismos de la ‘unién cooperativa 167 Recuadio 5-1 Monéiida de carbono: un asesina sllencioso 168 La hemoglobina también transportaHH” y CO, 170 La unién de oxigeno a la hemoglobina est regulada por el 2p-hisfosfoglicerato 171 La anemia faleiforme es una enfermedad molecular de la hemoglobina 172 5.2 Interscetones complomentaras entre prteinas y igandas: ‘ol sistema inmnitaioy las inmunogiobutinas 174 [La respuesta inmunitaria os ol resultado dela aceiém de una serie de celulas y proteinas especializadas 175 Las células distinguen lo prope de lo ajeno exponiendo éptides en su superficie 176 Los anticuerpos pascen des sins idénticas de union. aantigeno 178 Los anticuerpos se unen fuertemente al antigeno de una. manera especifica 150 ‘Las interacciones antigeno-anticuerpo som ia base de diversos, ‘Procesos analiticos importantes 180 5.3 Interseclones proteleas moduladas por energia quimic: acting, miasina y motores moleculares 182 Las principales proteinas del misculo son la actina ‘yla miosina 182 tras proteinas adicfonales organizan los Mlamentos delgado ‘y grueso en estructuras ordenadas, 184 Los flamentos gruesos de miosina ve deslizan alo largo ‘de los filamentos delgadios de actina 185 6 Enzimas 190 6.1 Introducelén alos onzimas 191 Lamayoria de-ercimas son proteins 19% Los enimas se clasifican segin las reacciones que catalizan 192 {62 Cémofuncionan os eaximas? 193 Los enzimas alteran las velocidades de reaccién pero no los equilibrios 193 Las velocidades de reaccién y lo equilibros tienen ‘dofiniiones terrmodindandeas precisas 195 ‘Unos pocos principios explican el poder catalitico yy ln espectficidad delos encimas. 196 Las interacciones détiles entre enzima y sustrato ‘son dptimas en el estado de transicién 197 ‘Los encima utilizan la energia de fijaci6n para proporcionar especificidad de reaccion y catilisis 198 ‘Grupos catalitioos especificos contnbuyen alacatdliie 200 6.3 La cinitica eruimética come métode para comprender mecanismo 202 Laconcentracion del sustrate afecta ala velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas 202 1a relaci6n entre concentracién de sustrato y velocidad de reaceién se puede expresar de manera cuantitativa 204 Para comparat Ins actividades oraimatieas se ullizan los pandmetros einétieos 205 Reeuaéro 6-1 Transformaciones do la eeuacion ‘de Michaelis Menten: grifica de dobles reiproces 206 Muchos ensinas catalizan reacciones en las que intervionen dos o mds sustratos 207 La cinética en el estado pre-estacionario puede aportar ‘pruebas sobre pasos especificos de lareaccion. 208Los eraimas estin sojetos a inhibin reversible ‘iereversinie 200 Reeuscre 6-2 Pruchas cities para determinar los mecanienes de inition 220 Bl pl afecta aa actividad ensiméticn 212 6.4 Ejomplos de rseciones enimdtess 213 Jin el mecanisma de la quimotripsina se produce la aclacicn Ydesacllaciin de un residuo deSer 213 J la hexoquinasa se produce un eneaje inducido durante a union del sustrato. 218 BI mecanismo dé reaceidn de la Gnolasa requiete la presencia fle ones metalicns. 219 Reewacr 6-2 Pruvbas dela complementaredad entre el eezima yolestado detansicion 220, Elsozima utiliza dos reacciones de desplazarlento nuceoffico sucesivas 232 65 Entimas reulndores 225 {Los enimas alostéricos experimentan cartiblos conformacio- rales on respuesta ala unién del modulador 225 En-muchas rutas las etapas reguladoras estén catalizadas por enzimas alestériens 226 ‘Las propiedades cinéticas de los enzlias alostéricns differen ‘del comportarriento de Michaelis Menten 27 Algunos enzimas reguladores experimentan modifieaciones eovalentes reversibles 228 Los grupos fosforilo afectan ala estructura 1a actividad ‘eataitica de las proteins. 228 [Las fosforiaciones multiples perraiten un exquisito control dela regulacion 230 Alganos enzimas y otras proteinas son regulados mediante 1a robura proteolitica de un precursor eruimético 231 Algunos enzimas reguladores utilzan varios tnecanismos ‘deregulacion 232 7 Glicidos y glucobiologia 238 7A Monosacétdosy disacérdos 238 Las dos familias dle monosaeéridos: aldosas y eetosas 259 Los monosacéridos tienen centros asimeétricas. 239 Los monasacairidos comune ticnen estructura ciclica 240 Los organismos contienen numeroses dervados de-las tnexosas. 249 Los monosacéridos son agentes reductores. 244 Las disacéridas contionen wn enlace glucose 245, 7.2 Polisaciidos. 247 ‘Algunos homopolisaearidos son formas de almacenamiento ‘de combustible. 247 Algunos polisacdridas tienen funeién estructural 248 Factores estériens y los puentes de hidrégena contribuyen al plegamiento de los homopolisacéridas 250 {Las presen celulares de algas y bacterias contienen heteropolsararidos estructurales. 252 {Los glucosaminoghucanos son heteropolisacdridos de la matiz extracelalar 25:3 17.3 Glucoconlugades:preteaglueanos,gucopratlnas YyeBucolipides 255, [Los proteogducanos son macrommoléculas de la superficie cellar y de Ia matri extracelular que contienen hicosaminoglucans 256, Las glucoproteinas contienen olignsacarios unidos covalentemente 258 Los glueotipidos y os ipopolisaedrides gon eonponentes dela membrana 260 Indies de matariss axel L.A Las ghiehdos come maléculas portaderas de informactén: ‘lesdieo de las andeares 261 Las letinas son proteinas que leen el eédigo de Ios aztcares ‘eintervienen en muchos procesos bioligicos 262 Las interaceiones lectina-glicido son muy fuertes:y muy ‘expeciicas 264 17.5 Andlsis de ticidos 267 8 Nucledtidos y dcidos nucleicos 273 8.4 Alginos conceptoshisieos 273 [Las nvcedtides y deidos nuciaicos estén formads por bases ypentosas caracteristicas. 273 Las rucledtios sucesivas de ls dcidos nucleloas estén uuidos por enlaces fosfodister 278 1s propiedades de las bases de los nuicledtidos i tuyen en la estructura tridimensional dels icidos nucleicos 273 18.2 Estructura doles cds mucielcos. 279 IDNA almacens informacion genética 280 Las moléeulas de DNA tienen diferente eomposielin de bases. 281 ELDNA es una doble hélice 282 ELDNA adopia diferentes formas trdimensionales 253 ‘Algunas secuenclas de DNA sdoptan estrueturas no habituales 285 Los RNA mensajeros cdifican las caderas polpeptidices 287 “Muchos RNA tienen estructurattridimensinales complies 288 {8.3 Quimica dos écidos mucieleas 251 EIDNAy el RNA de doble hélice pueden desnaturaizarse 291. Los ides nueleiens de especies diferentes pusden formar brides. 292, Las nutclestides y les éeidos nucleicos experimentan Uransformaciones no enzimaticas 203 ‘Algunas hases del DNA estin mellidas 208 Es posible determinar la secueneia de largas eadenas cde DNA. 298 La sintesis quimica de DNA ha sido sutomatizaia 208 8.4. Oteas funeiones de las aclestides 300 [Los nude6tides transportan energia quimica cen las células 300 ‘Los nudledtides de aclenina formean parte de muchos ‘cofuetores enzimaticos 30L Algunos nuiclestides san meléeulas reguladeras 302 9 Tecnologias de la informacién basadas. enelDNA 306 9.4. Clonscién dol BHA: fundomentos. 308 ELDNA recombinante se proce con endonucleasas de restiocion y DNA ligasa_ 207 Los vectores de clonacién permiten la amplifieacién de fragmentos de DNA insertados. 311 La hibridacién permite la deteccidn de secuenctas especticas de DNA 314 La expresion se genes clonados produce grandes cantidades de proteina 315 La alteraciin de los genes clonados produce proteinas ‘woilifcadas 316 9.2 De ls genes als ganomes 347 [Las genotecas suministran eatdlogoe especialznds de informacion genética 318alll incice de meteias TT La reaccitn en eadlena de la polimerasa ampliica secuencias ‘de DNA especies. 319 SecvencinciOn de genamas enteros 521 Recuadro 8-1 Un arma paderosa para a medicina forense. 322 123 Delos genomas ales poteotonae. 228 Lasrelciones entre iss secuercaso las estructura dan. informacién sobre la funcién de las protenas 20 {Los patrones de expresin celular pueden revelarlafuncién celular de un gen 326 [a deteccién de as interacciones pruteina-proteina es tit en elestudio de las funciones celulares ymleculares S27 3.4 Motificaciones de los gonomas y nuevos prductss 330 biotecnolégicos Un perésito bacteriano facia la clonacicn en plantas 390 La man‘pulaciin de los genomas animales suministra informacion sobre Ia estructura de los cromosaraas ylaexpresion génica 392 ‘Las nuevas teenologias pueclen fuelita el deseubtiitiento de muevos firmacos. 335 Rocuadra 9:2 1 genoma humano ya toraplagénlea humans 236 [La tecnologia del DNA recombinante ofrece nuevos ‘Productos y nuevas posibilidades 338 10 Lipidos 343 40.1 Lipides de almacenamiento 343 [Los deidos grasos son derivados de hidrocarbures 243 {Los triacilliceroles son ésteres cle cidas grasos yallceral 245 Los trincilglicéroles aportan energia almacenada Yoislamiento. 346 Muchos alimentos contienen riscilicercles 246 Reeundro 10-1 Cochalotos:eaberones do las profndiades. 347 Ls cerassirven como almacenes de energia y como cubiertas impermeables aL agua 338 10.2 Upidesextracturaes de as membranes 348 Las glicerofosfolipidos son derivados del cio fosfatitico 340 Alganos fosflipidos tlenen ros grasos wnides por enlace eter 849 Los cloroplastos contienen galactoliptas y sulflpides 261 las arquebacterias contienen lpidos de membrana, particulares 362 1s esfingotipidos son derivados deIaesfingosina 352 Los esfingolipidos de a superficie celular son sitios de reconoeamiento biok%gico 359 Los fosfolipdos y os esfingolipidos se degradan emlisosamas 354 Las esteroles tlenen euntro anllos hidrocarbonados fisionados 354 Recuadro 10-2 Apunas enfermedades gendtieas humanas son consecutncia de wna acurutacién anormal de ipidos de membrana 368 10.3 Lipldos como setses, cotactresy pgmentes 357 los foattidlinositoles son derivados de que actian como seas intracelulares 357 ‘Los icosanoides son portadores de mensajes a las céiulas vecinas 358 ‘as hormonas estereiteas transportan mensajes entre tesidas. 360) Lag plantas utlizan fosfatidinositoles esterides y comp uestos tipo ieosanoide para enviar seftales” 960 ‘Las vitaminas A yD son precursores hormanaies 360 [Las vitaminas By Ky las quinonas lipsdiess son cofactores de oxidacidn-reduecion 362 [Los dolicoles activan precursores gluelclicos paca la biosintesis 363 104 Tabor con lipides 369 Laextraccisn de Ipidos requiere la utilizacidin de disolventes orginiens 364 La cromstografia de adsorci6n sepata los lipidos de polaridacl diferente 365, [La cromatograffa gas-iquido separa las mezelas de derivados Lipldicos volities 365 Lahidrdlisis especifica ayuda a determinar ka estructura lipidlea 365 La espectrometsia de masas revela la estructura lpiica completamente 265 11 Membranas bioldgicas y transporte 369 ‘14.1 Compasien y arquitoctura de ts memiranas 370 Cada tipo de membrana presenta una composicion de protetnas y lipides caractertstca 370 ‘Todas las memnbranas bialdgicas coriparten cieriag propiedades fundamentales 371 El elemento hdsica estructural de las membranss es una bicepabpidiea. 371 ‘Las protetnas periféricas de membrana se solublizan ficilmente 373 Muchas proteinas abarcan la bicapalipiciea 373 [Ls proteinas integrates son sostenidas en la membrana Dr interacciones hidrofdbleas con pies 375 Puede predeeitse ia topologia de una proteina integral ‘de membrana apart desu secuencia 376 [Lipldos unidos covalentemente anclan algunas proteinas demembrana 378 41.2 Dindmlea de membranas 380 [Les grupos sel del interior de la bicapa esidn ordenados fen grids diferente 380 {movimiento de ipidos tranableapa requiere catélsis 361 Lipidos y proteinas difunden ierabmente en ta bicapa 287 Los estingolipcos yel colesterol se agrupan eonjuntarnente entalsas de membrana 385, Recuadro 11-1 Microscopia de fuera atémica para vsualzar proteinas de membrana 384 Las caveolinas definen una clase especial de balsas demembrans 385 Giercas proteinas integrates favorecen las interacciones intereelulares y la achesion 386 1a fuse las merabranaa es erueil en muchos procesos biolégicos. 387 14.3 Tansporte de solves a trarés de membranes 309° Proteinas de membrana fciitan el transporte pasivo 389 los ttansportadores pueden agruparse en superfamiias sequin sus estructura 391 El transportador de glucnea de los eritrocites facta el transporte pasivo 983 Elintercambindor de cioruro-bicarbonato cataliza el cotransporte electraneutra de aniones a través dela membrana eritrocitaria 395 Recuadro 11.2 Transporic delectoso de gucosa y de agua en ds formas de dahetes. 296 Eltransporte activo da lugar al movimiento de sobuto contra un sadiente de concentractin o gracienteeleetrcgatrico 207 ‘las ATPasas experimentan fosforlacion durante sus eiclas catallieos 398lias bombas de Ca** tipo P mantienen una baja ‘concentrackin de calcloen el etosol. 400 lias ATPasas tipo F son borubas de protones neversibles| impulsadas-por el ATP 401 Los transportadores ABO utiizan ATP para impulsar el transporte activo de una amplia gama de sustratos. 402 luos gradientes de iones proporcionan ba enersia para el transporte activo secundaria 402 Recuadro 11.3 Un canal Knico defectuoso on ia frosts ‘wists 409 lias acuaporinas forman canales transmembeana hidrofiicos parael pasode agua 406 Los canales selectivus de iones permiter el movimiento rapido de ionesa través de las membranas 408 la funciin del canal idnico se mide eléciricamente 409 [ia estructura de un canal de K* muestra las bases de su especificidad 409 Bl canal de Na” neuronal es un cara iénico de compuerta regulada por voligie 410 El receptor de acetilcotina es un canal iénieo de compuerta rregulada por ligando 11 Canales inicos defectunsos pueden tener consecuericas Msioligices adversas 415 12 Biosefializacién 421 412.1 Mecanismos molecular de trnsduecién de seal 422 Fecuadra 42-4 6) aniisis de Scatchard cuantiica la intorcclén receptoriigande 423 12.2 Canales iniens de compuera egulada 425 Los canales iniens son el fundamento dela sefalizaciin léetrea en cfu excitables 125 El receptor ieotinieo deacetilealina es un canal iénico de compuerta regulada por ligando 425, [Los eanales inicos de compuerta regulsela por voltaje Pevducen poteneiales de aeeiin neronales 427 Las nouronas tienen eanales reeeptores que responden ‘una variedad deneurotransmisores 428 12.3 Encnae recoploes 428 Elreceptor de insulina es una protena quinasa expecifica de tirosina 429, Las gual cctasas de reeeptores genera el-sequndo, mensajero cGMP. 433 124 Receptores avoplados a proteina y segunda mensajes. 435 Elsistoma receptor Badrenergice acita a travis del sega rmersajero cAMP 435 El receptor B-atirenérpico se cesensiilian or fosforilacion 439 [BL AMP ciclico acti como segundo mensajero ‘para i conjunto de molécnlas reguladoras, 441 ‘Das seguridas mensajeros procerien de losfaliilinositoles 2 Bl calcio es un segundo mensajera en muchas transdueciones desefial 442 Recuadre $22 FRET; ioquimicavisualizada en una cule via 446 12.5 Protoinas do armaxin polhalentesy balsas de merbron 448 Médulos proteicos unen residus de"Tyr, Ser o Thr Tosforados de proteinas asociadas. 448 las balsas de membrana y las caveolas pueden searegar ‘rotefnas de sefialzacién 451 126 Sefalizacién on mictoorganicmes y plantas 452 1a sefalizaidin bacteriana impone la fasforilaeién ‘enum sistema de dos eomponentos 452 lice de materia ate ‘Los sistemas de senalizacicn en plartas tienen algunos de los componentes utlizados por microbios ymarilferos 452 Las plantas detectan etleno a través de tn sistema 4 dos componentes y una cascada MAPK 454 Proteinas quinass tipo receptor transducen sefales de péptidos yUrasinosteroides 456 12:7 Tansduceién sensorial ena vista, a oftate yal gusto. 456 Lanz hiperpolarza les conas y Bastones del fo. de vertebrados 456 Laz desencadena cambins de eonformacion en el receptor de larodopsina 457 Larodopsina excitada acta través de la proteina G transcucina reduciendo ia cancentracién de cGMP. 457 Lampliicacion de ia sefal visual tone iugar en.los hastones yennos 458 Lasefial visual termina rapicdamente 458 Laradopsina se desensiiliza por fosforlacién 450 Los eonos estin especlallzads en la visiin en color 460- El olfatoy el gusto en vertebradas utilizan mecanismos similares al sistema visual. 460 Rcussro 42-3 Daltonisie:expetimente de John Dalton osdota tumba 461 Los sisternas de receptones serpenitina acoplados « protein G prosontan caractaristieas eomunes 462 1a interrupeion en la sefalizaeson por proteiaas @ provoca enformesiaces 164 112.8 Regulacin de a transeripein por hormonasesterldess. 465 12.9 Repolacn del eile celular por proteinas quinasa 466 El ciclo celular tiene cuatzo ctapas 468 Los riveles de las proteins quinasa dependientes de cilina experimentan oscilaciones 407 Las CDK regulan la divisién celular por fosforlactén ide proueinas clave 470 12.10 oncogenes, genes supresores de tumores y muerte celular progromads. 471 Los oncogenes son formas mutadias de genes de proteinas que regulan el ciclo celular 471 Defectos en los genes supresores de tumores eliminan restrieciones normales de la divisie celular 102 La apoptosis es el suicido celular programado. 473 Il BIOENERGETICAY METABOLISMO 481 13 Principios de bioenergética 489 ‘13.1 Biocnergstica y tormodinémica 480 Las transformaciones biolégicas de energia obedecen Ins lavet dela temodindniea 400 Las eélulas precisan fuentes de energfa libre 491. eestor anereta ire GAArcar 4 iacameala ‘telacionada con la constante de equillbrio 491. a Weache he ome Lire aol de las concentraciones de reactivos y productos 499° Las variaciones de enengia libre estindar son aditivas 494 332 Waterco grupo festrloyATP_ 496 Lavaraclon de ener ie enn tis del ATP sqgmande yregaten. 405 Octo compuesie osorlaosytoésteres tambien tienen nena bres de hrs devadas 497 acon 121 Energia ede ATP dente Geo ease va eos processemetasleas 498vx fndica de mateias ee ELATP proparciena energia por transferencis de grupo 'yno por simple crisis 500 EIATP dona grapes fosforilo, pirofosforlloy adeno 502 Aaucwado. Lis? Los desteles de a tuckérmag: informes reeplandecintes del ATP. 503 {La formacion de macromoléculas informativas requiere enerata. 54 'BLATP aporta eneraia para ef transporte activa ‘la contraceidn muscular 04 1a transfonforilaciones entre nuclectios se dan en todos Tos tipas ealulares. 505 El polifostat inorganico es un dador potencial de grupos fosforilo 506 ‘Las ecuacionetbioautmicas y qulmicas rroson identicas 505 43.3 Rencciones do xidseKinsoducelén. 507 Elfig de eloctrones puede realizar trabajo biokigien 507 Las reasciones de oridacion-reduccidn se pueden desenibir en forma de serirreacciones 008 ‘En as oxidaciones bioligicasinterviene con freeuencit Tadeshidrogenaciin. 508 Los potenciates de reduceidn son ua medida de I finidad pporloselectranes 509 Los potenciales de reduceién esténdar permiten el cleo de la varlacion de energia bre S10 In oxidaci6n celular de glucota a dioxido de carbono Tequiere transportadores de clectrones expecializados. 512 Tinos cuantos tipos de eoenzimas y proteinas actian como tranaportadores unuversales de elecirones, 612 [BI NADI y el NADPH actin con las deshidrogenasas camo transporiadores solubles de cleetrones 612 La deficiencia ena dicta de niacina forma vitaminica GeLNADy del NADP, produce pelagra. 514 Ios nuclestids de favina estan fuertemente ida ‘las Havoprotetnas. 515 14 Glucélisis, gluconeogenesis y ruta de las pentosas fosfato 521 3.3 Cucores 22 -- Una vision global ba glucslisistene das fases 528 La fase preparatoria dela guess precisa ATP. 625 Ta fase de benelicios de la ucdlisis produce ATP yNADH 629 Elbalance global muestra una ganancia neta de ATP 633 La giucélisis esta sometida a una regulacién estricta 593 Elcatabolismo de la glucosa est4 alberado en el tejido caneerasd 535 14.2 Rtas alimentadras dela ucisls 534 Elgluedaenoy elalmicn se degradan mediante fhataraliis Los polisacaridos y disacdridos de Ia dieta se hidrolizan ‘amonosactridas 536 ‘Otros monosacdtios pueden entrar en diferentes puntos dela rita ueoltiea 535 14.3 Destings del pirmata en condiciones anaeribicas: ermontacién 538 El piruvato es el aceptor electsnico terminal en la Fermentecion lictica 538 Bl etanol es el products reducido en la fermentacion slechiliea 538 Recuadro 14-1 Atltas, calmanes ycelacantas: Ia gluciiss ‘en condicianes limitantes de oxigena 539 1a tamina purofestato transporta grupos: *aldchido actives” 540 Algunas fermentaciones microbianas dan hugae a otros productos finales con valor comercial 541 ‘Recut 14-2 Elaboracion de In corn 842 144 Gluconeogénesis: 543 La conversi6n de piruvato en fosfoenalpiruvate requlere ds reacelones exeradnicas O44 [La conversion de Ia fructosa 1,6-bistootato fen fructosa fefosfato constituye el segundo rodeo 547 La conversidin de la ghicosa 6-fosfato en glucosa libre cconstituye eltercer rodeo 547 La gluconeogénesis es encrgétieamente cara, pero es cesencial 548) Los interinediaroe del cielo del aio cftrico y muchos ‘ariinodeieos son glucogénicos 548 La gluconeogénesis y Ta glucslsis estan reguladas de fornia reciproca 548 14.5 Ruta de las pontosas (osfoto de axidacion de la lucas S49 Tia faze oxidativa produce pentasas fosfato yNADPH 550 Feeuadro 44-3 zPor qué no comin falafel Pitagorast: defielencia de iucosa G-fostato deshidrogsnasa S81. La fase no oxidativa recica las pentasas fostato a slucosa Gfostato 552 lsindrome de Wernicke-Korsakoff ests exacerbado por un defecto ena transcetolasa B64 ‘La slucosa 6:fostata se reparte entre Ia gluedlisis y Ja. ruta de las pentosas foufato 554 15 Principios de regulacién metabolica: glucosa y glucdgeno 560 18.1 Metabolism del ucégana cn animales 562 Ia dagradacon el glucégeno estécatalizada por la glacégono fosforiis. 562 {La mlucosa 1-fosfato puede entrar en la ghuctisis 0, ‘ened higado, reponer la glucosa sanguinea 563 El nudedtido setear UDP-ghacosa aporta glucosa para lastest de glucigena 665, ‘nacunaro 15-1 Cay Ser Gat: loners Oe eta ‘las enfermedades del ucdgene EB {a glacogenina incorpora los residuos iniclales de azsicar idl giucogeno 269 18.2 Roputseién do as ras metabéllcas. S71 [as elas was rantienen tn estat estacionario ‘dnamico 71 Los mecanismos reguladores se desarrollaon bajo fuertes presiones selectivas 571 Los enzimas reguladores responder. cambios en ls ‘concentracion de metabolites. 672 La actividad ersimatiea se puede alterar de diversas rmaneras. 574 15.3. Regulacién coordinada deta glucdlsls ya ghuconengénesis 575 [Los iceitnad de Ia hexcoquinasa cle rmisculo y de higato ‘eas afeetados de forma diferente por su producto, Ta glucosa 6-forfato 57 ‘Recuadra 15-2 lsorimas:proteinas iferentes qua cataltzan a misma reaceiéa 577 [a fosfofructoquinasa- se halla sometida a una compleja reaulacién alostérica 578 Jia pinavato quinasa es inkibiea alostéricamente porel ATP 579)[Bxisten diversas puntos de control de lagluconeogénesis 580 La frictesa 2,6-bsfostato es un regulador potente de la glucélisis y de Ba gluconeogénesis 581 Son inttiles los ciclog de sustrato? 583 [La xilulosa 5-fosfato es un regulador clave de los metabolismos glucidice y lipidica 683 154 Regulacion coordinada dela sintesis ydemradacion dl gucégeno 583 La glucégen fosforilasa esta sujetaa control alostérico yhormenal BS ‘La gincdgeno sintasa también est4 regulada por fosforilseién y desfosfortacion 586 ‘La glucdgeno sintasa. quinasa 3 interviene en las acciones, dela insulina 586. [La fosfoproteina fosfatasa 1 es clave para el metaboliamo el slucdigeno 588 El transporte al interior de la cétula limita Ie utitizaciin de ghiccsa 588 El metabolismo gluciico est coordlinad por sefales alostérieas y hormonales 588 [Lainsulina modifica a expresin de muchos genes implicacos en el metabolism de ghicidos y de Hipidos 690 Elmetabolisme de glicidos y de ipidas eat integrado mediante mecanismes hormonales y alostéricas 591 48.8 Andlsis del contro motabstico 581 Se puede medir experimentalmente la contdbuciin de ena encima al fio a través de na ruta 592 eceficiente de control cuantifica el efeets de un esenbio en tna actividad entice sobre el fino metabtico através de una ruta 292 Elevaficiente de elasticidad esté relacionado con la sensibilidad de un encima a cambios en la concentraeién ‘de metabolite ode regwlador 6:83 Elcosficiente de respuesta expresa el efecto de un ofitrolador externo sobre el inj através de laruta 693 Elanilisis del control metabslico se ha aplicado al metaholismo ghucidieo oun resultados sorprendentes 503: ‘Recuadro 15-3 Andisis del control metabéticn:aspectos ‘cuantitatins: 594 Elanilisis del control metabslico sugiere un método general para incrementar el aj a taves de una rita 596 16 El ciclo del acido citrico 601 16.1 Produccidn de aeetl-CoA (acetato aetiado) 602 Elpiruvato se oxida aacetil\CoA y CO, 602 El complejo de la piruvato deshidrogenasa necesita cinco cvenaimas 608 El complejo de la piruvato deshidrogenasa estd formadlo or tres enzimas diferentes 60M En Ja canalizacion de sustratos, los intermediarios nunca abandonan la superficie enwimatica 605 18.2 Reoceionas del eel dol deldoeitien 606 El ciclo del ieido eftrco tiene ocho pasos 608 Recuadro 16-1 Sintasas ysintetasas;Igasas y Hasas; quinasas, {esfatasas y fosfortasas: ji, una nomenciatura confusa! 613 La energia de las oxidaciones eel ciclo se conserva eficiertemente G14 Rocuado 16-2 Citrate: una moléeuta simétres que reaceiona asimétricamente G14 Por qué es tan complicada la oxidacion del acetato? G16 lndice de materias ak ‘Los componentes del eielo del éeido ettrico son importantes Intermediarios biosintéticos 616 ‘Las reacciones anapleréticas reponen los intermediarios del ciclo del acid cftrieo 616 ‘Recuodro 16-3 Clrato sitasa,limanad y uministra mundi de ‘alimentos 618 ‘La biotina de la piruvato carboxilasa transporta grupos CO, 618 16.3 Regulacin del ciclo dl écito citico 621 ‘La producciGn de acetil-CoA por el complejo de a piruvato deshicrogenasa est regulada por mécanismos alostérioos Yoovalentes 621 ‘Elciclo del écido citrica esta regulado en sus tres etapas exergénicas 622 En el cielo del écide citrica puede darse la canalizacién de sustratosa través de complejos multienzimsticas 622 164 Bleiclodel giowiaio 623 Hlciclo del ghoxilito produce compuestos de euata carbonos a partir de acetato 623; ‘Los ciclos del aicido citrico y del glioxilato tlenen una regulacién coordinada G24 17 Catabolismo de los acidos grasos 631 17.4 Digestion, movizacin y transporte de grasas. 632 ‘las grasas dela deta se absorben en elintestino delgado 652 ‘Las hormonas aetivan la movilzacidn de tracigiceroles almavenades 634 ‘Los dels grass som activaios y transportados al interior dle las mitocondrias 635 172 Oildacin des Seidos grases 437 ‘La Boridacién de deidos grazos saturados se proiuoe en cuatro pasos bisicas 638 ‘Les cuatro pasos dela p-cxidacin ae repiten para generar acetGonyATP 30 lacetil CaA puede continuar oxidindose a través del ciclo del deo cisco 639 ‘Recwadro 17-1 Los osos van a cabo ts feenitsci6n durant ls Iibornacion 640" ‘a oxiacion de écidos grasosinsaturadlos requiere dos reaccinnesadicionales 641 Ta oxida de écidoograsos de ccna impar require tes reacciones adicionsles 642 La oxidacién de iio grasos est regulada 642 ‘efectos gonsticos de ls all geaso-CoA deshidrogenasas producen enfermedares graves. 613 Recuadro 17:2 El coenima By:: una solucién radical aun problema sdesconcertants. 644 ‘Los perosisomas tambigt evan & cabo la -oxidaciGn, G46 ‘Les peroxisomasy glioxisomas de las plantas utiizan acetil- CoA procesente dein Beoxidacién como precursor biosintetico. 647 Los entimas de la B-oxidacin de diferentes orginulos haan tenia ung evolucion aivergente 647 En elreticulo endoplasmstico tiene lugar la o-oxidacion de los cidos grasos. 648 Elida ftrieo experimenta a-oxidacin enlospetoxisomas 649 17.3 Guerpos coténicos 650 Los cuerpos cetnicos formados en el higada se exportan otros drginos como combustible 660 Durante la diabetes y en situaciones de inanicin se da luna sobrepruduceién de enerpos ceténicos 652sail nica de matarias 18 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 18.1. Destinos metabélicos de ls grupos amino 657 ‘Las proteinas de fa deta se dogradian enzimatiexmente aaminodcidos 658 I piridoxal fosfata participa en la transfereneia dle grupos ‘-amnino al a-cetogiutarato 660 Bl glutamato Ibera su grupo amino en forma de anoniaco enelhigedo 661 La glutamina transporta amoniaco al higado 062 Recuadro 19-1 Determinacién de Keslanes tisularos 664 1a alanina transporta amoniaco desde los mtisculos esateléticns al higao G64 Bl amoniace es téxico para los animales 665 48.2 Excrecidn de nitrégenoy cicio de la urea 865 1a urea se produce a partir de amoniaco en cinco pasos. cenaimétiens 667 1ias ciclos del aido eftrico y dela urea pueden conectarse 608 La actividad del ciclo de ia urea esta regulada des niveles 669 Las intercaneriones entre nutas reducen el caste energétion del ciclo dela urea 669) Defectos gendticos en ol cielo ea urea pueden ‘ser letales G59 46.3 Rules de degradaciin de los aminaicidas 674 Algunos arinoscidos se canvierten en ghucosa, ots encuerpas celonicns 671 ‘Varios cofactores ensimstiene juegan papeles importants ‘enel eatabotismo de los aminedeldos 672 Seis antinodtidos se degradan a piruvator 674 Slete aminosicidos se degradan aacetil Ca: 677 En algunas personas el catabolism de a fenilalanina esgeneticamente defectuaco 678 Cinco ancnadeidas se convierten en metoghutarats 681 Cuatro aminodeidos ee convierten en succil-CoA 682 ‘Los aminodcidos de cadena rarnificacia no se degradan, enelhigada 689 Recuadro 19:2 Detocthes centers resuelen crimen misterioso 684 1a asparagina y el aspartato se degradan a oxalacetato 685, 19 Fosforilacién oxidativa yfotofosforilacion 690 FOSFORILACION OXIDATIVA 691. 19.1 Seaccloes de tonsteenci acres nls itorona Ot Tos eectones son canalzados hacia ranspartadores ans iee ee Tne elaceett era tts dane da transportadores unidos amembrana 699 Los transportadores de electrons actian en complejos rmultienzimétieos 698 La energia de la transferoncia de electrones se conserva eficientemente en un gradiente de protanes 701 Las mitocondrias dé plattas tienen mecanismes alternatives para oxidar el NADH 704 19.2 Sintesls de ATP 704 Recuad 19-1 Cala plantas malltentes yrutasresphatvias| aMernathas 708 a ATP sintasa esta compuesta por dos dominios funclonales, Eyy Fy 708 En la superficie de F, el ATP esta estabilizado frente aLADP. 708 El gradiente de protones impulsalaiberacién del ATP de la superficie del enzima 709 (Cada subunidad dela ATP sintasa puede adoptar tres conformacianes diferentes 700 La catdlsisrotacional es la elave-en el mecansmo de uni6n yy cambio de la sintesis de ATP 711 Blacoplamlenta quimiosmétien permite que las ‘stequiometzias del consumo de Oy de la sintests de ATP zo se correspondan con niimeros enteras. 712 {a fuerza protén-motris suminista energia para el transporte activo 713 Sistemas de lanzadera envian indirectamente NADH ‘osdllen alas mitocondrins para su oxidacién ‘714 19.3 Repulackin de la ostoiacién oxdatha 726 La fosforlacion oxidativa esta tesulada por las nevesidades ‘energéticas celulares. 716 ‘Una proteina inhibisiraimpide la hidrdlisis de ATP durante laisquersia 717 ‘as mitocomeirias desacopladas del tej adiposo marrén producen calor 717 [Las rutas ce formacisn de ATP estén regulidas de forma coondinada 718 19.4 Cones mitocandrates: su origen y os efectos de mutaciones. 718 Malscinesen genes mitecondises prtaven enfermsades wumanas 71} [as mitoeondrias evolucionaron a partir de hacterias endosimbidtieas. 721 195 Funcién de las mitoconuias en ta apoptosis yen el estes oxidation 721 FFovosivTesis: CAPTACION DE LA ENERGIA LUMINOSA 723, 19.6 Caracteristicas generale del fetofestoricién 723 Ta fotesintesis en plantas tiene hxgar en. los sloroplasios 724 Lalas produce un fyjo de electrones en los loroptastos. 724 419.7 Absorcién de la ue 725 Tas clorafilas absorhen energia luminosa. paralafotosintesis 725, Los phamentos accesorios aumontan Ia fama de shsoreién delah 728 Laclorofla eanaliza Is energéa absorbida a centros de reaccion mesiante trarsferencia de excitones 728 19.8 © acontecimiento fotoquimice contra: ol fyjo laetréniee Lmputsade por ia ur 730 {Las bacterias Uenen uno de los dos tipos de eentros da reacci6n.foloquiimicns indlvicuales 730 Factores eindticos y tarmodindrieos evitan la dsipacisn ae ‘energia por conversion interna. 732 Dos cenizos de reaceitn actian en tandem en plantas superiores 739 Las clorofilas antensa estan intimament asoekarta a los transportadores electrénicos 734 La geparaeién espaeial de Ios fotosistemas 1 T-evita latrocinie de uestos de carbono para formar parte de la maquinaria mole- cular dle las células durante el erigen y la evolucién de tox ‘sores vivos. Ninguin otro elemento quiimica puede formar mo éculas con formas y tamanos tan diferentes-o con tanta varle- daa de grupos funcionales, ‘Puede considerarse que la mayor parte de las biomoléeula son derivados de los hidrocarburos, com atamos de hidrégeno Feemplazadios por grupos funcionales para dar higar a las dif rentes familias de campuestos organicos. Las més comvunes ‘on 108 aleohates, con tino o:mis grupos hidroxil, las amin, ‘con grupos amino, los aldehides¥ las cetonas,con grupos car. bonila,y los dcidas carboxiices, eon grupos carbonilo unidos (Pig, 1-15), Muchas biomoléculas son polifuneionales v contie. ‘nen dos © mis tipos de grupos duncionales (Fg. 1-16), esda tes ‘con propiedaces quimiens y reactiviad propias, La“personalie seal” quimica de cada compuesto viene determinaca por la qui ‘miea de sus grupos fonclonales y su disposiclén tridimensional.14 Capitulo 1 Fundamentes de bioquimiea, Seis sek i ve ne ae i x H ni -< tumitnn = eC Carbentlo RSH ‘aldehido) Carbonilo EGE RE (cotona) Carbesile -R—C=07 Hidrexe (aleotod> Bur RO-R* FIGURA 1-18. Alpunos grupos funcionates comunes de los biaeaéculas. En os ies Figura, asi come en otras alo largn de todo el libro, se wliza fa R para vepresentar un susttuyerte cualquiera, Puede ser tan simple cons un staan de Ridge, pero ‘anes a pro cat, Cuando se representa os mas susttayentes en una molécul, seemples cl superinice RY, RE be (dow dio enrbonsicas) Las células contienen un conjunte universal de moléculas pequenas En a fase acuosa de una oflula (citosol) se encuentran di- ‘suelias de 100 a 200 pequeftas moléeulas organicas diferentes (Mf, -100 a ~500), que son los metabolitos.centrales de as ra tas principales presentes en la practica totalldad de las.célu Jas los metabolitos y rutas que s¢ han conservado a lo largo dela evolucion-. (Bn el Recuadro 1-1 se encuentra una expli- nein de las diversas maneras de referirse sl peso molecular ROH 8 ee Anbiiids BR! C=006- tine pa mM t suman SE Piaire ee Tener ‘Fr este 0 Fosfomnlidrido Ro. oe Anbidride mixto (ide earbariion sco roetries: {ambide Humdo et fatto) de una sustancia.) En este confunto de moléculas se incluyen los aminesicidos, nucledtides, amicares y sus derivados Fosfor laidos ¥ chertos deidas mono- di-y wiearboxilices. Las malseu- las son polares 0 cargadas, solubles en agua y se encuentran ‘en coneentraciones que van desde micromolar a milimolar. Se ‘mantienen dentro de la célula porque la membrana plasraa- tea es impermeable a ellas -aungue algunos transportalores sepecificas de membrana pusden eatalizar el movimiento de slertas moléculas hacia el interior oel exterior de la eélula 0 ‘entre compartimientas de las oflulas eucarétiens-. La presen.ii Niaietor ‘amide “anid He Si FB a BP ce bu Gi co Witte P FRAUPA-18 Aios pes cine comune ep cts econo pon Fsmmwparnedinoak orca peninle (Brupos acetilo en algunas reacciones enzimaicas, Acetil-coonzima A. ia universal delmismo conjunto de compuestos en Ins ef bs vivas ¢8 una manifestacién de la universalidad del diseiio metabslico refleja la canservaciin evolutiva de las rutas me- tabdlicas que se desarrollaron em las estulas priitivas, Existen otras biomoléculas de pequeris rasa molecular (que sun especificas para cieras tipos de células u organisms. Por ejemplo, las plantas vasculares contienen, ademas de los motabolitas ya comentados de caricter wniversal, otras molé- clas clenominadas metabolitos secundarios, que jueean un papel especifica on fa vida de la planta, Entre estos metaboli as se incluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma caracteristicoy otms como la morfina, quinina, nicotine yeafeins. El conjunto de pequefias moléculas de una célula ddeterminada ha resibido el nombre de metaboloma de la ce Inla, sugirienco un paraletismo cor el térraino "genoma’ (def nido anteriormente y que ge comertard més ampliamente en Ter W eee ‘Peso molecular, masa molecular y las unidades ‘que deben utilizarse ‘Existen dos maneras comunes y equivalentes de definir la masa mnleculary ambas se utizan en este texto. ba primera ‘eel pes moterula,omasa melocular rata, represen- tadas por elsimbolo Mf, El peso molecular de und sustancta se define como la relacion entre la masa de una moléeula de ‘sta sustanciay Ta duodécima parte dela musa de carbano- 12 (9C). Al definirse como una relacidn eit dos valores cor as mismas unidades, M;no tne dimensiones -no tiene tmidades asoviadac-. La segunda es la masa molecular, representada por m, Esta es simplemente la masa de una molscul, ols masa molecular divi por el imera de Avo. acto. La masa molecular, m, se exprnsa en calkons (abre- ‘wiaclo Da), Un dalton equivale a una duodécima parte de la masa del carbono-12; un kilodatton (kDa) equivale a 1000 ddaitons y un mnegadalton (MDa) un min de daltons Biogu 1a Seceién 1.4), Si supiéramos la cornposicidn del metaboloma de una eéiula seriamos camaces de predecir qué eraimnas y ru- tas metabolicas son actives en su interior. Las macromoléculas son os principales constituyentes de las células Gran parte de las moléculas bioldgicas son macromoléeulas, ppolfmeros de alta masa molecular construidoe a partir de pre- Ccursores relativamente simples, Las proteinas, las Acids nu- cletensy los polisaciridos son el resultado de la polimerizacion, de subunidades relativamente pequesias de masa molecular relativa igual o inferier a 500. Bl niimero de unidades polime- rizadas puede variar entre decenas y millones. La sintesis de macromoléeulas os una de las actividades celulares que més ‘energa consume. Las macrommoléculas pueden formar luego <3- Considérese, por ejemplo, una moléeula de masa 1900 veces la del agua. De esta molécula podemos decir la si- uiente: Mf, = 18.000 om = 18,000 daltons. Tarnbién la po- demos describir como “una. molécula de 18 kDa’. Sin ‘embargo, la expresion Af, = 18.000 daltons es incorrecta, tra unidad que sive para deseribirls masa de wn nico ‘torno-o una nica molécula es la unidad de masa atémiea Canteriormente denomminada uma, abreviatura que ahora ha Sido cambiada por u, Una unidad de masa atémica (1 u) se define como la duodécima parte de la masa de un atom de cearbone-12, Puesto que la masa dla un étomo de earbona-1. medida experimentalmente es de 1,9826 x 10°" g, 1.4 41,6008 10° g, La unidad de masa atomica resulta ade- cust para describir, pr ejemplo, la masa de un plo obeer- vido por espectroictria de masas (véase Recuadro 3-2). a46 capiwio 1 Fundamentos de bioquimica (ructuras supramoleculares, dando lugar a unidades funciona Jes tales como los ribosomas, Kn la Tabla 1-2 s¢ muestra las brincipeles.clases de biomoléculas cela bucteriaB: col. ‘Las proteinas, lags polimeras de arminoscidas, constitu én, exchuyendo ef. agua, la fraceiin celular mis importance. Al -Sunas proteinas tienen propiedades eatalfticas y achian como: ‘naimas, otras sirven como elementos estructurales, eceptanes de sefales o transportadores que aarrean sustancias espectf ‘289 Racia o desde ef interior de las céinlas. Las proteinas son ‘quiza las biomoléculas mas versitiles. Los deldod ucleicos, ‘DNA, RNA, son poliieros de macletides, Almacenan y trans- ‘mien Ia informacion genética y algunas moléculas de RNA de- sempenan papeles estructurales y cataliticos en complejos Supramoleculares. Los polisacdridos, polimeras de azticares ‘simples como la glacosa, tienen do funciones: sirven como als ‘eén ce combustibles energéticos y como elementos estnuctura- Jes extracelulares que proporcionan sitins de fiacion especiiens ‘para determinadias protefnas. Lac poltmeros mis cortas de zi- ‘cares (oligomers) actian camo sefiales especiflcas cuando 5 presentan umides:a proveinaso pki dela supertite celular. Los lipides, derivacos grasos o aceitotos de hidrocarlruros, Ssirven como componentes estructurales de as membramas, serva de combustible rico en energia, pigments y sefiales it trocelulures. En proteins, dcidos nucleisos y polisacéeldas el, ‘imero de subunidades monoméricas es muy grande: In masa ‘molecular relativa de las protelnas eseila entre 5000 y mis de millon, es de hasta varios miles demallones en acicios nuclei ‘cos y del orden de millones en polisucirdes coma el alld. ‘Las moléeulas indivicusles de lipida son mucho mas pequefias, (M, 750.4 1800) y no se consideran macromolécalas, Pero la ‘sociactén no eovalente de un gran nimero de moléculas de IF Dido produce la farntacin de estructuras de gran tamafio. Las ‘membranas celulares se constrayen a partir de enemies agresa- os no cavallentes dle moléculas de lipides.y de proteinas. Las pratefnas y los deidos nuclescos son mekéenlas in- fermativas: cada proveina y cada icido nucloica pose una secuencia caractoristica rica en inforriaeiit, Algunos aligasa- ‘éridas de estructura ramificada y formados por seis 0 mas -auncares diferentes ton tambien rioléeulas portadoras de informacién y acitian en la superficie celular externa ene. ‘Duntos allamemte espécificos de reconocimiento en mucios, ‘procesos celulares (como se deseriblri en el Capitulo 7), \La estructura tridimensional se describe en términos ide configuracién y conformacién Las enlaces covalentes ylos grupos faronales de ls bio: Aoulas son de mmportancia central para su funcién, a gual que ladistribuciin de los étomas de unabiomoléeula eel espacio tridimensional (su esterooquirica). Los eompuestos. de ear- ‘bono esasten noralinente como estereoisémeres, moiécu- Jas que contienen Jos mismas enlaces quimieos pera eon tna estereoquimica diferente, es decir, can diferente eonfigara- im o relcion espacial entre sus étomos corstituyentes. Las Enteracciones enire las biomoléculas son invariahlemente es- tereoespecifieas, lo que implica ‘eolséimeros son imagenes especulares uno del otro; son lot llanados emantidmeros (Fig. 1-10}, Las parejas de estereo {seimenos que no son imsgenes espeeulares entre si se denomi- nan diastereémeros (Fis 1-20), Tal eon observ Louis Pasteur (Reenacio 1-2), los enan- tidmeras tienen propiedades quimicas cas ikénticas pero se cic {erencian en una propiedad fsie caraeteristien, su interaccidn, ‘con la luz polarizada. En soluciones separadas, los dos enan- tiémeras rotan el plano de la luz polarizada en dlrecclones opwestas, pero sohicinnes equimatares ce los das enantiéme- ros (mezelas racémias) no provoran rotacién éptica. Los ‘compusstas sin cenrros quirales no rotan la hu polarzadlaCapitulo Fundamentas de bioquimica ‘Enantiémovs timigenes expcules) FIGURA 1-19 Acimetria molecular: moléculas quralesy aquiales. (6) Cusndo un Stamo de carbone tiene cuatro susitayentes diferentes (A, BX, 71, 0s pueden dsponerco de dos manras dierentes, que tan fugara dbs maléculas no syperperibes, senda cada una de elias 4a imagen especular de le ata (enarsiGmeros) tos Stomos de ear. bone asimétricos se denominan stoma! quirales oceniias qurales, (3 Cuando alecledar del tomo de carbone tetraédice se disponen Gicamente tres susttyetes terres (es dat, hay dos sustayentes gules, solamente es posible una configaraciin espacial y ln molé- ‘clases simética oaquiral. En ese caso fa molécula puede superpo- Persea su imagen espocular: la moléeuls de Is ixquierda, roland en sentido contario a las agujas del reo (cuando se mira hacia abajo por el sje vertical que une y C, da lugar la molécula del epejo Dada In importancia de la estereoquimica en las reaccio- nes entre biomoléculas (coma se vera mds adelante), el big- quimico debe poder denominar y representar la estructura de Jas biomoléculas de modo que su estereaquimiea quede defi hida sin arnbigiedd, El sistora de nomenclatura RS es el mis ‘til para compuestos pon mas de un centro quiral. En este sis- ‘tema se asigna uns pricridad a cada uno delos grspos wnidos ‘un carbono quiral. La prioridad pars algunos sustinuyentes ‘comumes es la siguiente, —OCH,> OH > —NH, >—COOH = —cHO> —CH,OH > ~CH >—# Seqiin ol sistema RS, el story quiral ha de mirarse de ‘modo que el grupo de prioridad mnés baja 4 en el digrama de ‘appigina siguiente) quede situado en direccién opuesta al ob ‘servador. ila prioridad de los oeros tes grupos (I a) dis rnuge segin el sentido de las agyjas del rel, la configuracidn, seri (R) (del latin rectus, “cerecha) y si-va en contra tel sen ‘Enantidmeras (imégoncs ospecularos) o > we OB] off ebm og 6 chy d Dinsterosmeros (imagines no expeculoree) FIGURA 1-20 Das tfnos de estereoiscmeros, Hay ciao butanos di ferentes 2 -bisustiuidos n=? eavhancs asimétrcos, por cansiaionte 2° = 4 esterwossémeraal. Cada una de ellos se muesta un rec coma una férmula en perspectiva y coma un medelo de boas y ‘sila, cleus se ha rotado para permite que el lector yea dbs los |7upE. Aliinos pares de estoreoiséneros son imsgenes espccularcs tuo det oto, sind por tanto enantiSmeros, Oras pares san im genes expecularesy reciben el norsire de dastenedeencs.tae! Louis Pasteur y la actividad éptiea: ‘In vino, veritas Louis Pasteur fue, en 1849, el primero en en- ‘contrar una explicacién corresta para el fen meno de [a actividad Optica. Investigando sobre el sedimentn cristalino que se acumalaba fn Jos bariles de vino (ua fora del do at trico denominada deido parstarsrco, también, coonoeida coma dio racérnico, ce latin race~ ‘mus “racimo de va"). Utlin6 unas piraas may finas para separar tos tspos de cristales euya forma era déntica pero de los que cada uno de ellos era In imagen especular del otro. Amos pposefan todas las propiedacies. quimicas del cio tartérico pero, al solvers, un dees ‘ia rotar la ux polarizada haeia Ia izquierdia Clewaio) y el ‘otro hacia la denecha (desxtréiro), Pasteur describe inter- ‘reid el experimento de este modo: touisPaseur 1822-1895, En los euerpos isomidicos, Ie elementoe y las proporeio- nes en las que estén catmbinados som tos mismvas, tan soo la disposickn de los stomos es diferente... Sabemos, por lun lado, que las isposiciones moleculares de los tos dei dos tardricos son asimétricasy, por el otro, que estas ds pposicioner son absolutamente idéntieas, a exeepel6n da que-exhuiben asimeirfa en direceiones opuestas. Se ene ccuentran los tomos del vido dextro agrunados en forma de una espiral dextrégira, situndas on el apice le un te ‘raedro irregular, o bien ordenalos cegiin ésta 0 aquella isposicion asimetriea? No lo sabemos.* 41.2 Fundamentos quimicss 19 CTT rosM arse tear tery Ahora podermos dar una respuesta, Los es dls Date El concepte de conformaciém molecular describe la dis: sicion eapacal dos grupos sustitayentes que ene ber tad para adoptar diferentes posiciones en el espacio sin necesiad de romper enlaces, gracias as ibertad de rtacin As, en el elano, un hidrmcarburo senile, existe Ibert easi ‘otal de rotarion alrededor del enlace simple carbono-carbono. Por lo tanto, son poribes muchas conformaciones diferentes ¢ incereonvertibles de la molécula de etano, segsin el grado de roacién del enlace (Fg. 121). Dos confortaciones son de pectal interés: Ia extendida, mee estable que las demas y por tanta la predominance, y la forma ecipsada, la menas estab ‘No es postble ask ninguna de estas dos forreas conforma ‘ales puesto que se hallan en equilib y son interconvertt2 capt Fundamentos de bioquimies FIGURA 1-21. Conformaciones. El ean ene muchas cosformacio- ‘es posiblesal exist lbenad de rotacsén alrededor del enlace simple ‘earbono-casbono. En ol mosolo de bolas y varias, condo el tomo de carbono anterior desde el punto de vista cel ects) y sus tes Sto. ‘msde idtgeno rotan can selacin al storao de carbono poster, 1a energia potencial de a maléeula auments hasta ui tximo en la coniormacién completamente éclipsida (ingulos de tors de, “120, etc} y daminuye hasta el minimo en la canformacién comple- ‘amente extend ingulas de torsicn de 60", 180° etc.) Las elieren- ‘as de energia son lo suficiencerente pequelias coma para peritr | tpida interconversin de as dos formas, por lo que resulta imple ble aia Tas formas eclipsala y extend, bles. Sin embargo, cundo se reemplican uno 0 mas stomas de ‘icrdigeno de cada uno de los carbanns con grupos funcionales ‘Voluminoses o eargaclos eléetricamente, la ibevtad de rotacién alrededor del enlace carbono-carbono queda restringida, Elle Iinita el ndimero de conformaciones estables de los derivadas del cian, Las intoracciones entre las biomoléculas ‘son estereoespecificas Las interacctones biologicas entre mnléculas son estereoespe- Clficas: su “encaje” debe ser correcto esteneoquimicament2. a estructura tridimensional de las biomoléenlas grandes ¥ peque- fas es de importancia primordial en sus interazeiones biokigi- es un reactive Com $4 enzima, una hormora con su receptor de membrana celular, un antigeno con su anticuerpo esperiicn ‘son efemuplos de ello (Fig. 1-22). El estudio de la estereoqut= taica biomolecular mediante métados fisicos precisos consti tye una parte importante dea modems investigaeién sabre ‘estructura celular y funeié bisque, Las moléculas quirales de los organismos vivos se en- ‘cuentran generalmente presentes en slo una de sus formas ‘quirales. Por ejemplo, los aminodcidos estin presents en las proteinas slo coro isémeros 1; la glacosa, tan slo en forma de su ixémero b, (En el Capttulo 3 se describen las eonencio- ‘es para denominar los estereoisimeros cle los aminodcidos; las correspandientes a los glicidos se deseriben en el Capl- tule 7; ol aistema RS, deserito anteriormente, es el mds stil para algunas biomoléculas.) En camblo, cuando un eompuesto ‘que pasee un étomo de carbono asimélrico se sintetiza quit FIGURA 1-22 Eneaje-complementario de ema macromolécula yuna molécula pequelia. La figura muestra un segmento de RNA de la re _gin reguladora TAR del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (en prs} unido a una molécula ce argininamid (en colar, representando un residus de Una proteina que $8 Une & eth regidn, Largininamids se ajusta a una cada dels supertice del RNA 36 imantiene en eta rientacin mediante vais interacciones no cova lentes com dste. Esta representacin de fa moléculacle RNA esta gene fada con el programa informético GRASE, que puede caleular fa fora de la supertice eaters de uma mactomoléeula, definiéa por los radios de van der Was de todos los Stamos dela rnakiculao por 141 olumen de exclusin del solvente", mas alls del cual ao puede prewar una molécula de agua, ‘camente en e! lahoratorio, la reacciGn suele producir teas las formas quirales posibles, formende, por ejemplo, una mezela de formas vy ls En las eéhulas vivas se produce una sola forma ‘quiral gracias a que las enaimas que sintetizan los compuestos ‘quirales son también, a su vez, moléeulas quirales. La estereoespecificidad, o capacidad cle distinguir entre festereoisémeros, es una propiedad de los enimas y otras pro- teinas y un tasgo caracteristica de Ia légica molecular de las ‘e¢lulas vivas, Si el sitio de unin en una protetna es cample- rmentario para un isimero de un compuesto quiral, no ser ‘complementario para el otto ismero. En La Figurs 1-23 se smestran dos notables ejemplos de In eapacidad dle los siste- ‘mas biol6gicos para distinguiresteraoisémoros. RESUMEN 1.2 Fundamentos quimicos Wm Gracias au verstiidad de enlace, e stor de carbone puede producir una ampia varied de exqueletos earbono-carbono con diveridad de grupos funcionales;esins grupos son las que conficren st personalidad bologia y quimica a las biomoliculas w Las células-vivas contienen un conjunto cas! universal ‘compuesto por unos centenares de moléculss de baja ‘masa molecular; lis interconversiones de estas moléculas en las ratas metabélieas centrales se han ‘conservado 2.0 largo de la evoluckin, 'w Las protefnas y los aids nucloteos son potimeros linesles de subunidades snonomérieas simples; sus[FIOURA.1-23 tstereoisomeros dstinguibles por ‘eceptoressensorales del gusto y oltta humans. (a) Des esersitiretos bela exrvona: a(R cacvona One! Seu ga, Seer es f f ae dla mera: (-carona fe acs Ho CH ab, 6 eri dealer) clea aloes, cH Pcie ‘paramo l edulcorante comercialzado con el 1 — nombre de NutaSweet, se lsingve fcmerte we Hy ey estreosmera amargo,& pir de que sus -earvons (Shearvona “coniormacianescifees tt slo en uno de lon ae (alesravead “don Soros de rho cuales, “NH “NE, 8 0 H © 000, AHN et ~o0c, ASH wt CH, “CSc “oon, CHE acy ~ocu, 8 = " i Hc” “a ait “e & a 4 H ‘-Aspartilseaitalsnil ti ster LeAspartil-enitalanil mati éter \aapartamo) cules) ‘amargo! secuencias cantienen la iformacién para definir su estructura tridimensional y sus funciones biolégicas.. [La tinica manera de eambiar la eonfiguractin ‘molecular es mediant# la rotura ce enlaces covalentes. Si un dtomo de cartono tiene cuatra swustiuyentes diferentes (un carbono quiralp, ést03 pueden ordenarse cle dos modos diferentes, generando estereoissmeros con prapiedades diferentes, Sélo uno de log estercoisimerts-¢3 Dioligicamente activo. La conformacidn molecular es a posicién de los somos en el espacio resulkante dé la rotacion alrededor de enlaces simples sin que ‘implique la rotura de enlaces covalentes, De modo practicamente invariable, las interaceiones ‘entre moléeulas biol6gicas son estereoespecificas: ‘requicren el encaje complementario entre as rmoléculas que interactian, 1.3 Fundamentos fisicos las eélulas y organésmos deben realizar trabajo para mante~ neree vivas y reproducirse. las reacciones sintétcas celulares: requieren aporte de energia tel mismo modo que los procesos: sinitéticos industriales, También se consume enezgia en el mo- Vimiento de una bacteria en el destallo de una luciéenla 0 en In descarga eléctrica de una anguila. Ademsis, el almacenaje y Ix expresidn de la informacion tienen un coste energétien, xin el cual las estructurasricas en informacion perdentan inevita- Dlemente su orden y, por ende, su significado. ‘Las oétulas han desarrotico, a to largo de la evotueisn, ‘mecanismos muy eficientes para el acoplariento de la enengia wo ‘obtenida de la luz solar @ de los combustibles con muchos pro- ‘cesos celulares que consumen energia, Uno de ls objetivas de Inbioquimica es la comprensién, en tsrmins piiticos y ena {ttativos, de Ios mecanismos de extraccién, canalizacién y cone sumo de la energia en las células vivas. Porlernos considerar las conversiones de La energéa celular en el contexto de Ias le- ‘yes de Ia Lermodinamica, Los organismes vivos existen en un estado -estacionario dindmica y no se encuentran ‘nunca en equifibrio con su entorno ‘Las moiéculasy los tones eontenidos en tn onganismo vivo dif Fem en cuanto a tipo y concentracion se los que se encuentran ‘en st entorno. Un Paramecium en una charea, un ert en el torrente sanguines.hnmario o un manzano en un jardin ‘son ejemplos de organisimos que tienen una cormpesieién clfe- rente ala desu entomo y que, uma vex maduros, mantienen {Cen una primera aproximacién) una composicién cofstante a Desar de que su entorne camebie constantemente, A pesar de que la composicion quiimica carseteristica de-un ‘Organism varia poco alo largo del tiempo, la poblacién de mo- eulas de una célula u organismo se encuentra bien lejos de ser ‘satitica, Gontimamente se sintetizan y se degradan pequetas, ‘moléculis, macromoléeulas y complejoe supramoleculares me dante reacciones quimicas que necesitan de un Mj constante de mas y energiaa través de sistem, Las nléeulas de hemo- slobina que ¢sl4n transportando en este momento oxigeno desde nuestres pulmones a mestro cerebro ee sintetizaron ol mes pasado; dentro de-un mes se habrin degradado y habrén sido reemplazadas por nuevas movéculas de hemoglobina. La ‘lucosa que ingcrinos en la ‘tima comida se encuentra ahora.22 Cepfulo1Fundamentos de bloguimica ‘lreulando por nuestro torrente sanguineo; antes de que ter rine ei dia estas misma moléculas de glueosa se habrén ‘corwertide en didico de carbono 0 grasa y habrén sito reem- plazadas por un suministro freseo de gluensa, de modo que ‘muestra coneentracién de glucosa en sangrese manteng mis © ‘menos constante a o largo del dia, La cantidad de hemogiohina yy glucosa en sangre permanece précticamente constante pot- ‘que la velocidad de sintesis o ingestién de eada una de elas comperiss con exactitud la velocidad de su degradacién, con ‘sumo 0 contversiGn en alain otro products, La eonstancla en ia ‘concentracién ex el resultado de un estado estacionario divtd- ‘ico, un estado estacionario qué se enctienta lejos del equili- brio. El mantenimienta ce este estado estacionario requiere el ‘aporte constante de energia; cuando la cella ya no €3 capea dle generar onergia, muere ¢ iicia su degradaciGn hacia el-equ- ‘brio con su extomo. A eontinuacién verernos qué es Jo que $¢ ceonoce exactamente como “estado estacionario” y “equilbric™ Los organismos transforman energia y materia de su entorno Para las reacciones quimicas que tienen higar én soluclén, po demos definir un sistema cor el conjunto de los reactives ¥ [productos presertes el dlsolvente que los contene ya atmos feracircundante 0, dicho de otro mods, ado aquello que est inchuido en una regién definida det espacio. El conjunto da sistema y su entamo configura el universo. Sie sistema no intercambia materia né enerpia con su entorno, se denominss ‘Aislado, Sil sistema intercambia energia pero no materia fon su entorno es 4n sistema cerrado; st intercambia materia ‘yenergia, es un sistermaabierto. ‘in orgarismo vivo es un sistema abierta que intercambla materia v energi con su entorna, Los organismos vivas ex: tracn energia de su entomo de dos maneras: (1) capkan cme bustibles quinices {como par eemplo gucosa) del entarno ¥ cextraen energia de su oxidacién (wéase Recuadro 1-9, Ca80 2); 0 (2) absorben enenin dls haz soar ‘La primera ey de i termodindmica, desarroleds x partir le Jatisicay de la quinica pero plenamente vida para sistemas biokigicns, describe el principio de conservacién de la enoraia: en cualguifer proceso jtsico 0 quimico la cantidad de ener- ‘ofa total del universe permanece constants, aunque su ‘forma puede variar: Lae eSiulas son consuadis traneductores de energia, capaces dé Itercerwertir nergéa quirica, electro smagntiea, mecanicay osmética con gran eeiencia (Pig 1-24) El flujo de lectrones proporciona energia para los organismos Pricticarnente todos los onganismos vivos derivan su encrsfa, directa oindirectamente, de la energla radkanto de Ia hz solar cave proviene de ls reacciones de fusiGn termamuclear que 8° prodiicen en el sol Las eins fotosinteticas absorben Inener- ‘fa huninosa del sol y la utitizan para dirigir ls eleettones Gee el agua al didxide de carbono, dando hugar @ compues- tis ricos en energs tales como glacasa (C,¥80q), alin saearoua, ¥liberando Op ala atmésfera: tus tw 6C0 + 6H, —+ CoHi20s + 602 (reduccién 4el CO, par accién de In energia luminos#) {La céfulas y Jos onganismos no fotasintéticns obtienen energia [para sus necesidares mesiante la oxtdnelon de los procuctos re ‘eas en energfia de In fotoeintesis, transportando elecirones hacks Ausants en el decorden entropia) del entarne a Deseeney on 9 desorden entropla) del sistoma en informacién: © FIGURA 1-24. Alguns interconversiones ee energia en los organs mos vives, Durante las transducciones metablicas de ener, el de ‘orden dol sistema y de su entorno fentropia) aumenta a la vex que la ‘energia potencial de las moléculas nutrientes complejas dlsminuye. (a) Los organiamos vivos exten energia desu enor, (b)convierten ‘ua pane della en for ities para produce trabajo Xe) dewween tna paste al entomo en forma de calor y(d iberan mokéculs como products fines merws oranizadas que el combustible origi at rentand la enttopia del univers, Coro consecuencia de todas et tae traformaciones (eh auméata at erden (isrinuye el desorden} en cel sistera mediante fa formacién de macromsaléculas complejas EL Capitulo 13 hace un Watariento cuantitativo de I etropia“€105:atmostérioo para formar agua, didxido de carbano y otros _ procluctos finales, que son reciclacos en el medio ambiente: GyHi205 + 0; —+ 600, + SHO + energin (reaccicn de oxidacidn de Ia glacosa que produce eneryia) Pricticamente todas las transclucciones energéticas de las of Julas pueden entenderse como un fyjo de electrones desde tuna moléeul a otra, en un proceso “euesta abajo” desde po- tencinles electroquimicas superiores a infesiores; siendo asi, esto es formalmente andlogo al fujo de electrones en un cit- ‘euito eléctrco alimentado por una baterta eléetriea. Todas las reacciones que implican un flujo de electrones son reaceio- nas de oxidaelén-reduecién: un resotivo se oxida (piorde electrons) y otro se reduce (gana cleetrones). Crear y mantener o1 orden requiere trabajo y energia ELDNA, el RNA y las proteinas son macromoléculas informati- vas. Ademis de usar energia quimica para formar los enlaces eovalentes entre Ins subunidades de estos polimeros, las 06h fas deben invertir energla para ordenar las subunidades en su secnencia correcta. Es extremadamente improbable que los aminodcidos de una mezela se condensen espontneamente ‘para formar ua protesa de secuencla tinlea. Bllo implicaria un. aumento de! orden en una poblacidn de moléculas, lo que com: ‘rastaria con la segunda ley de ba termodinamica segin ta cual Ja tendencia de cualquier proceso natural es ls de incrementar el desorden del universo: fa eneropta total dol wniverso esti ‘en constants erecinvionto. Para dat Ingat als sintesis de ma- Ccromoléculas a partir de sus subunidades monoméricas debe ‘suministrarse onergia libre al sistema, en este caso, la célula, Eldesorden de los componentes de un sistema quitnica ‘se expresa como entropia, $ (Recuadro 1-2), Cualquler vo riacidn en el grada de desorden do un sistema equivale a una va- riacién de entropis, AS, que, con- vencionalmente, adopta valores ‘positives cuando aumenta el de- sSorden. J, Willard Gis, que dasa rrolié la teoria de las variaciones ‘energéticas durante Ins reacciones squimicas, demostré que el eon tenido en energia libre, G, de cualquier sisters eerrade puede definirse a partir de tres magnitu- des: entalpia, #, que refleja ¢l nimero y el tipo de enlaces; en- ‘tropa, $;y la termperatura absolute, 7 (en grados Kelvin). La definicion de energie lbre es: G = A — TS. Si una reaccion. jquimica tiene lugar 8 temperatura constante, la wariaelén de energia libre, AG, viene deverminads por Is variseidn de en- falpia, Aff, que reflejael tipo y la cantidad de enlaces quimioos f interacciones no covalentes que se rompen x forman, ys va- rHacién de entropia, AS, que deseribe el cambio en el grado de ‘desorden del sistema: AG= AH TAs JL witiard Gibbs, 11639-1903, WH, — Bey -o-Po-t-0-b on, NOt 648 HOR @ HPP Riboss— Adenine FIGURA 1-25. Adenosinatrifstato (ATP), (2 eliminacin del fsfata terminal de ATP fen rosa} mediante roura de un enlace fostoanh{- ADP +P, (exerénica; AG, es negativa) Estas dos reacciones comparten un interrnedliario comin, Py, ‘que se consume wn la reacedén Iy se produce en la reaccién 2 ‘Las dos reacciones pusden, por tanto, acoplarse en la forma de una tercera reaccidn que se puede escribir coma la cums de las reaceiones 1 y 2, emitiend el intermediaria comin, Py de los das lacs de la ecuncién: Ranecién 3: Reseed 2: Chasen + ATP —+ glacosa6-fosfate + ADP Puesto que se ibers mis energisen la teaccén 2 que ta con- ssumida en la reaceién J, la vurisehn de ener ibre-en la reac chin 3, AG, es negativa, lo que hace posible que la sintesis de slucose 6 fosfao tunscura através dela reaceiGn 3 El acoplamiento de reaceiones exergoricas con otras en dergénicas a traves de un intmesdiario compartido es bésico para los intercamiios energétioos en los sistemas wives, Lahi- drélisis del ATP (reaccién 2 en la Fig. 1-26b) es la reaccidin exergnica que proporciona la emerga para la mayoria de pro- ces08 endergénices en. las eélulas. De hecho, el ATP es el prin- cipal transportadr de cnergfa quimics en la esha Kay AG’ midon la tendeneia de una reaccién para transcurrir espanténeamente 1a tendencia de una reaccién quimica para Hegar a su final pede expresarse ett forma de una constante de equilib, Para la reaccién. aA +BB—> 60 + aD la constante de equllibrio, Kjq, viene daria por IcatDa PTET donde [Aq esa concentracidn de A, [Bq] ¢s la concentracion de B, etc, cuando el sistema ha Hepa al equitibrio, Un valor elevadio de Kc, indica que la reaccién tiene lugar hasta ‘que los reactvas 9 han convertido casi en productos Gibbs dermosted que la AG de una reseeién quimica cusl- 4gulers es funcin de la varlacién de energia bre estdn- dar, AG" (uma constante caracteristica de cada reaceicn specifica) y dun término gue expresa la concentracin in ial de reativosy proiuctos: AG= AG + RTI once [A] els concentracién inicial de A y ast sucesivamente, esa constante de los gases y Tres la temaperarura absotuta, Cuando una reace{én ha alcanzado el equilibrlo ne per- siste ninguna fuerza que la incluzea air en. una direceidn u otra y no pede realizar trabajo: AG = 0. En esta situacion eon. lereta, [A] = [Aceh €te, para todos los reactivos y productos, y Loui? _ (C.J Del _ TAPER ~ TAB? Sustiuuyende AG por 0 y [GIIDTA)IEY® por Kq en la Eeua- com 1-1, sbtenemea i else AG ~ -RT In Ky dela que deducimas que ACF es tan sélo una manera alterna- tiva a Ko bara expresarla direesion de una reaecidn. Graciss & poder medir Ka, experimentalmente disponemes de un modo de determinar 84°, la constante termodindmica caracte- ristca de cas reaccidn, AG*y SG se expresan ambas en joules par mol (9 calorias ‘por moD. Cuando Ky >> 1, AG" es grande y negativa;euando Ky By FIGURA 1-27 Vatiaciones energéticas durante wna raccis mica = la conversidn dels ecto (A en print 8) deb al ‘ase una ceva barra de actnacin, qe represenia ef estado de trunsicin a pesar de qe los productos san mis exabes que lo rea ties, tal come india la gran vriac\n regalia de ner le A). La energia necosva para spear a hares de acta esl ener de acticin (AG'. Los enzimas catalizan le rexccionesdsmino- end la barrera de acacsn. Se nen ferment ls intermedia el estado de wansicén yl ener de enlace de et interac in reduce la enesja de activin desde AC" bt 8x (Ob ‘ese que la energia de activacin no esti elaonada ca la varaciia de la ener ive de a eacckSn, AG) utente ‘ote tipa de salmacenados trabajo celular Comida Biomolécalas ingerida complejas Potonet ‘Trabajo solares meciniso ‘Trakajo comstico Cy tle FLOURA 1-28 apel central del ATP en ef metabolism £1 ATP es el intermediavio quimico comdn que conecta los procesos que liberam ‘energia con aquellos que fa requieren. Su papel en Is eélula es ans logo al det dinero en las relaciones eamerclals: se "ganafprecuce™ fen reaccionas exergénicaty se "gata/consume” en las ender inicas ‘Sora convirtiondolas en moléculas progresivamente mayores {y mis complejas. Dstas vutas sintéticas requieren invariable- mente un aporte de énengia y en conjunto se denominan ana- bolisme. La compleja red de reacciones catalizadas por ‘encimas constituye ¢l metabolism celular El ATP es el prin- ‘ipal nexo de unién (el intermediavio eompartido) entre los ‘eomponentes anablicos y eatabélicas de esta red (Pig. 1-28). Las rutas de reacclones catalizadas enaimeticamente que ac- ‘sian sobre Jos principales constituyentes ce kas célalas —peates- ‘as, grass, aitcares y dcidos nuiclelens~ son casi Kénticas en todos los erganismos vivos. El metabolismo estd regulado para conseguir ‘equilibrio y economia [Las cétulas vivas no son slo capaces ce sintetizar simultdinea- mente miles de clases diferentes de moléculas sino que ade- més son capaces de hacerlo en las proporciones precisas que28 Copiuio 1 Fundamentas de bioquimica ‘son necesarias para la célula en cualquier situacin. Cuando, por ajemplo, se preduce un crecirwlento celular répido, deben tizarse grandes cantidades de precursores de protainas y sécidas mucteiens, mientras que en condiciones de no ereci ‘miento la necesidad de estos precursores se encuentes muy reducida. Los enaimas clave de cada ruta metabslca estn re- ‘ulados de manera que cada tna se moiécula precursora se ‘sntetiza en la cantidad adeeuad las necesidaees eitcuns ‘ancl de ia chal Considérese la ruta de B. col# que conduce a la sintes mis sencilo preset el compor- tamiento medio de las moléculas gracias al gran mimero de elas que es posibie analizar al mismo tiempo. Bn este aspoet, el DNA celular es una excepcin notable. I DMA de una céloia de, colt es una tniea moldeula que contiens 464 millanes tte pares de mucdedtidos y constituye todo su material genética, Esta moléeula dnien debe repliearse perfectamente en Lodos sus detalles para que &. coli genere un prugenie idéntica me- dante Ia division eofulan; en este case no €, por tanto, posible pensar en un comportarniento medio, estadistien, Lo misma eurre en todas las dems eéulas. Un espemategoide hurhano porta al 6vulo que fecuna una sola molécula de DNA en cata lune cle Fos 23 eromosomas diferentes, que se combinan con wi sola molécula ce DNA en cacta uno dle las cromosomas corres. ponulientes del Grulo. EL resultado de esta unin es fellmente Dpredecibie: un embridn que contiene fy totaled de sus 25,000 genes, fortado por 8 mil millones de pares de muclesices, en ‘acto: jun Iazafia quimica inerefble! La estructura del DNA hace posible su roplicacién ‘y Foparacién con fidelidad casi perfecta ‘Lu capacrdad te Is eélalas vivas de preseevar su material ené- tice y duplicario para su transmision ala generacion siguiente es el resultado de la complernentariedad estructural entre las dos mitades de Ia moléerla dle DNA (Pig. 1-20). La ual be sica del DNA es un poliero lineal formado por cuatro subuni- ddades monoméricas diferentes, los desonirribomuclestides, fdenacs en una seewencta lineal preeisa. En. esis seeuercia i neal seeneueniza codificada la informaciin genética. Dos de es- tas cadena poliméricas se enrollan ui sobre la otra para formar ta doble hélice de- DNA, en la que cara sbunidad mono. ‘mérica ee una cadena queda especificamente apareada con una sulbunidad romplementaria de Iu code opuesta. Antes de pr dducirse la dvisin celular, las dos cadena le DNA se separan y acttinn coma molde paras sitesi de otra caslena complemen ‘aria neva, eon Jo que se generan das moléeulas de dable he lioe idénticas, una para cada cetula kia, i una carlena resultase ldsgada, In comtineddad de la inforrackn queda asegurada por 4a informacion presente en la cadena complementaria, que ae- ‘ard come mode para la reparaciin de li les, La secuencia lineal del DNA codifica proteinas con estructuras tridimensionales ‘La informacién est enuifcaa en el DNA en su secuenla ical {(monodinensionsl) de unidades desoxiribonueleatidicas, pem Ji exprosion de esta informacion da con resultado una cfc (vidimensional. La transicidn entre una y tres dimensiones ocu-30 Capitulo Fundamentos de bioquimica Cadena 1 Cadens 2 Cadena 1 Cadena 2 vieja nueva = ueva vieja FIGURA 1-20 Complementarcdad entre las dos cadenas del DNA. EEDA es um polimero lal de-eustro subunits, lar desosiibo- ‘nuclides desoxiadenilato (A), esoxiguanilta(G), desosicitelato (Q y dewoxtimidilato 7), unidos eavalenterante. Cada uno de los ucleldos, gracias a su procica estructura tidimensionsl, pose la apocidad tmrinseca de asociarse muy espeeificamente po no ce ‘modi covalent, con oe dels nuclides: A suo siernpe con su complementary G sieve can C. fm ls molécula de BNA de Hble cadena, ls Secuencia completa de mucletidos de una hebra es complernentari 2 la Secuencia de la ota baba. Las dos cadonas del DNA, unis por muchos puentes de hidrOgenc ines verticals asi les) ente fos pares de ruclectidos complementain, se ensollan una sobre I ota para formar la dable hice lel DNA. En ta replicaci6n el DNA, las dos cadena se separan y se snttizan dos cadena mue= 9s, cada un con una secuencia comnplementara la de ura de as. = =e = z= oe = 4 zn =m > ms em = xe ra =m = a “Transeripeiin dela seeuancia de DNA fen una secuencia de RNA LS E ‘Traduecion (en el ribosoma) de la steuencin de RNA du skcuencia ide protein y plegamiento de la proteins ‘para adoptar au conformacién nativa Proteina Protcinn 2 Protaina 3 sf Formaciin de un complejo supramolecular FIGURA 1-31. Del DNA al BNA y als peoteinas. La ecuencis i tales de desoxiibonucedtido en el DNA, dtu en goes se vanseriben en moléeuae ds Sido bon ueleicoIRNA)cuyassecurn- as de bon ucletdos le son complerentaris. Las scuenclas de ANA setraducon en cadaslineales de protein, aes plgan para {dopta sus conlrmacionestridimensonses nates, 2 nuda con ta ayuda de as chiperoras molecules Las potenas 3 aocian a ‘veces con otras proteinas para formar complejos supramaleculares, cetablizads po nteraccions EbCara moléeula de estos complejos poses sitios de unidn es pecificas y de alta afinidad para is dems y puede formar es- pontdnearnente compiejos funcionales en el medio cehular, A pesar de que las secuencias proteicas contienen toda la, informacién necesaris para el plagamianito ef el estado nativo, este plogamiento sélo puede producirce en el entorno ade- cuado. El autornontaje requiere, pues, una informacion co- recta (proporcionada por la secuencia del DNA) yun entorno: adecuso (eLinteror celular), por bo que la seeueneta de DNA ‘no es capaz por af sola de dictar la formacién de una célula Coma dijo Rudolph Virehow, el parslaga ¢ awestigador pru- siano del silo x, “Omnis cellule cellula" toda oélula pro- viene de otza oélula, RESUMEN 1.4 Fundamentos genéticos 1 Laiinformacién genética esta codtiicada en la secuen ela lineal de cuatro desoxirribonuelestcos en el DNA, = Lamoléeula de DNA en dable hétice contiene un ‘mole intemo que permite su propia replieacién y_ reparacisn. wm La secuencia lineal de aminedeclides ce una protein, codificada en el DNA del gen de esa protetna, da lugar ‘una esteuctums tridimensional protelea que es exclusiva para esa proteins. ‘© Giertas macromoléculas individuales con afinidat ‘specifica pam con otras macromaléculas formar, ‘complejos supramaleeulanes. 1.5 Fundamentos evolutives 31 1.5 Fundamentos evolutivos Nada tiene sentido en biologia sino es a la luz de la evolueién Theodosius Dobzhansty, The American Biology Teacher, ‘marzo 1973 Los grandes progresas dela bioquiniea y la bisingia moleeuilar desde que Dobzhansky hizo esta contundente generalizaciin han coninmado su validez, El alto grado de similitud entre las las metabolias y las socuencias génicas de onganismos de ta- dios los pila es un robusto argument a favor de la hipétesis de que todos los organismes modemnes eoenparten un progent- tor evoltivo comin y derivaron a partir de 61 a través de una larga serie de pequerios earnbies (inutaciones) que conferian, en carla caso, una veritaja selectiva a un organisma dado en un richo ecolgioo eonereto, tos cambios en tas instrucciones hereditarias hacen posible la evolucién ‘A pesar dela fietidad cas perfecta de i replicaciém genética, Certs errares muy poco frecuentes que no han sida repara. dos durante iareplicacién del DNA produen vartaciones en la Secuencia nucleotiticn de] DNA, dando lugar a un imag (Fig. 1-82) que cambia las instrucciones para alguna de los Componentes celulares. Una reparacién incorrecta ce una le- sin en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto, Las runtaciones en el DNA que se transmite a las descendientes FIGURA 1-32. Papel de las mataciones en {a evolucién, La acumlacin gradual de ‘mutaciones a lo argo de un perfada proloagedo de tiempo da como resultado "ruevas especie bolas, cada una de ‘ells con uma secuencta de DNA dinica, fn Ja parte superior se mussta un segmento ‘carta de un gen cle as hipesético organismo progenitor Can al paso dal tamnpa, lot cambios en la secuencia nucleotidica Imutaciones, inicadas por cajas coloreadss), que afectan aun solo ucla en cada ocaskin, generan una progenie can secuencias de DNA dlorents. Esta prognie mutans tabign ste rmutaclanes ocasionalmentey da lugar & nos descendents qu teman un © mie racledides dfeentes en relacin eon la sacuencia progonitera. Una nue especie aparece cuando dos lineas han sivergido tanta en su aeerva genético qut yan pueden aparearse: tate32 CapfuloFundamentos de blequimies pueden ser dafinas o incluso letales para el organism; pue- den, por ejemplo, provocar la sintesis de tun encima defectnosn incanaz de catalizar una reaccién metabdlica esencial. Sin em. ‘argo, una mutacin da Iagar oeasionalmente a un organisms ‘nejor preparado para sobrevivir en st entorno natural Elen: ‘dima mmutante podria, en este easo, haber adquirido una espe ‘ificidad ligeramente diferente que lo eonvierte en capaz de Ltilizar cierto compuesto que la eéiula era incapaa de metabo- lizar antes de producirse la mutacin. 8i una poblacién de eé- Julas se encontrase en un entomoen el que este compuesto fuera el dnico o el mds abundante de los mutrientes disponl- bies, 1a cella mutante tendria ventajas solectivas sobre lat otras celulas ne myutaries (de tipe silvestre —wild type-) de la poblacién, La oélula mutante y su progenle sobrevivirian y Drosperarian en el nueva entomo mientras que las eélalas del tipo sthestre no disponetrian de nutrentes y pereeerian ‘Avveces, se produce Ia duplicarién de mn gen entero, La segunda copia ¢3 superfius, eon lo que las mutaciones que se Drocuzcan en este segundo gen no serdin nocivas; ésta eons tituse ofra forma de evolucién celular, puesto que implica la prodiaccion de un nuovo gen con una nueva fume al siempo ‘que ge retionen el gen ya fonclon orginal, At las moléculas de DINA de tas organisttos ronciernas son como documents histrioos llenos de datos que hablan ce! largo viaje desde las Drimetas 6éulas a los organismos.actuales. Sin embargo, los «datas histérioos contenidos en et DNA no son completos; a to Jungo de la evolucin se han borrado Taichss de las mutaciones, (09¢ ha eserto sobre elas pesar de ello, as moléculas de DNA son la mejar fuente de historia biolgiea disponible Varios miles de miflones de aftos de sclecelén adaptativa ‘han condtucido al refinarniento de los sistemas ceulares, ha- clendolos capaces de obtener el maximo provechs de las pro- ledades fisicas y quimicas de las materi primas moleculares para levar a cabo las actividades hdsieas de transformacion de la cnergiay de autorreplicacion de las cetulas vivas. Lae varia clones genéticas producidas al azar entre indivsiuos de una poblacién, eombinadas con la seleccién natural Csupervivencia ¥ reproduccién de los individuos mejor adaptados en un am- biente selectivo y eambiante), han dado como resultado la ‘sohueién de una enorme variedad de organismos.. Las primeras biomoléculas aparecieron or evolucién quimica Hasta aqui hems pasado por alto el primer eapttlo de la his toris de la evoluclén: la apariciin de la primera célula viva, Las ccompuestos orgfinicos, entre los que se ineluyen biomalécalas Inisicas tales coma aminosetdos y glicides, se encuentran pre- sentes tinlcamente en muy pequefias cantidades en Ia cortera tervestre, el mar y In atmésfera, ;Cémno adquirieran los pi metos ofganismos vivos sus sillares estructurales orginicos ‘aracteristicos? En 1922, el bioguimico Aleksandr. 1. Oparin ropuso una teorfa para el orien de la vida en la Terra, pos- tulando que la atimdsfera fue en un principio muy diferente de la actual. Rica en metano, amontaco y agua, préicticamente ‘exenta de oxigen, se trataba cle una atméefera reduetara. Se.

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