El laboratorio de microbiologa clnica desempea un importante papel en el
diagnstico y el control de las enfermedades infecciosas, la capacidad del laboratorio para realizar estas funciones se encuentra limitada por factores como la calidad de la muestra recogida en el paciente, el medio de transporte de la muestra al laboratorio y las tcnicas utilizadas para demostrar la presencia del microorganismo. Muchas muestras remitidas a los laboratorios para su anlisis se contaminan durante el proceso de recogida con microorganismos que colonizan las mucosas. Es prcticamente imposible interpretar los resultados de las pruebas realizadas con muestras contaminadas. El laboratorio tambin puede determinar la actividad antimicrobiana de los frmacos quimioterpicos. La evaluacin de todos los microorganismos aislados o una seleccin indiscriminada de frmacos puede dar lugar a resultados equivocos y a consecuencias potencialmete de riesgo. Por ello, puede ocurrir que un paciente reciba un tratamiento inapropiado basado en antibiticos innecesarios y adems que no se identifique el verdadero microrganismo patgeno.