UNIVERSIDAD PERUANA CAYETANO HEREDIA

FACULTAD DE CIENCIAS Y FILOSOFA

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS CELULARES Y MOLECULARES
SECCIN BIOQUMICA Y BIOLOGA MOLECULAR
BIOINFORMTICA I: Anlisis de Secuencias. 2015-I

RECONSTRUCCIN FILOGENTICA
En el escritorio encontrarn la carpeta de trabajo llamadas Practica7. En ella encontrar una
carpeta llamada phylip-3.695. Dentro de ella encontrar otra carpeta llamada exe. En esta
carpeta se encuentran los archivos ejecutables. Cada vez que desee usar uno de ellos, basta con
copiarlo y pegarlo en la misma carpeta en la que se encuentran sus archivos de alineamientos.
Tambin encontrar el archivo pnca.txt que contiene secuencias de la enzima pyrazinamidase
de Mycobacterium tuberculosis tanto de cepas sensibles (s) como resistentes (r) a la droga
pirazinamida.

Alineamiento de secuencias
El primer paso para le construccin de un rbol filogentico es un alineamiento mltiple de las
secuencias. Para ello, utilizaremos el software ClustalX e ingresaremos el archivo pnca.txt:

De esta manera se cargarn todas las secuencias del archivo pnca.txt:

Antes de realizar el alineamiento, debemos especificar el formato del output del programa. Ya
que deseamos crear el rbol con el paquete de programas Phylip, se escoger este formato para
el output. Dirjase a la pestaa Alignment -> Output format options. Aparecer una ventana en
las que nos permite seleccionar los formatos que deseamos obtener. Se puede seleccionar ms
de uno, pero para este ejercicio solo se seleccionar PHYLIP format.

Una vez escogido el formato, realizaremos el alineamiento. Vaya a la pestaa Alignment-> Do

complete Alignment. Una vez hecho esto, aparecer una pantalla donde nos permite escoger el
nombre de los archivos output. De click a aceptar y espere a que se realice el alineamiento.
Una vez realizado el alineamiento, verifique en su carpeta de trabajo la aparicin del archivo
pnca.phy que es el alineamiento en formato Phylip, el cual servir como input para dicho
programa.

Construccin de rboles filogenticos usando Phylip

Existen dos mtodos generales para crear rboles filogenticos: mtodos basados en secuencias
y los mtodos basados en distancias, que calculan distancias filogenticas entre las secuencias
del alineamiento. Sin embargo, ambas se basan en la teora de alineamiento de secuencias y la

evolucin divergente, por lo que es importante tomar en cuenta estos factores a la hora de
realizar un rbol filogentico.

Mtodos basados en secuencias

Mxima parsimonia
1. Copie el programa dnapars.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su
carpeta de trabajo
2. Ejecute el programa. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento:
pnca.phy. Asegrese que est escribiendo el nombre correctamente tomando en
cuenta las maysculas y la extensin .phy, de lo contrario el programa lo rechazar.
Una vez realizado este paso, aparecer una serie de opciones que permiten modificar
los parmetros. Para dejar todos por default presiona la tecla y seguido de enter.

3. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de

nombre a pars.txt y pars.tre
Maximum Likelihood
1. Copie el programa dnaml.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su
carpeta de trabajo
2. Ejecute el programa
3. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: pnca.phy
4. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de
nombre a like.txt y like.tre
Mtodos basados en distancias
Obtencin de matriz de distancias
1. Copie el programa dnadist.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su
carpeta de trabajo
2. Ejecute el programa
3. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: pnca.phy
4. Ejecute el programa, se crear 1 nuevo archivo: outfile, cmbielo de nombre a
distances.txt
5. bralo y analice la matriz de distancias
Qu ramas estarn juntas en todos los casos? Cul es la secuencia ms diferente?
Unweighted Pair Goup Mehod with Aritmetic Mean (UPGMA)

1. Copie el programa neighbor.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su

carpeta
2. Ejecute el programa
3. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: distances.txt
4. Cambie la opcin N a UPGMA
5. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de
nombre a upgma.txt y upgma.tre
Neighbor Joining (NJ)
1. Ejecute el programa neighbor.exe
2. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: distances.txt
3. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de
nombre a neig.txt y neig.tre
Minimum Evolution (ME)
1. Copie el programa fitch.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su carpeta
2. Ejecute el programa
3. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: distances.txt
4. Cambie la opcin D a Minimum Evolution
5. Cambie la opcin O y seleccione el outgroup correcto
6. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de
nombre a minev.txt y minev.tre
Compare los rboles obtenidos, que son todos los archivos .tre. Para poder observarlos, utilice
el programa TreeView que se encuentra en su carpeta de trabajo.

Anlisis de carcteres dicotmicos

1. Copie el programa dolpenny.exe que se encuentra en la carpeta exe de phylip a su
carpeta
2. Ejecute el programa
3. Deber ingresar el nombre del archivo del alineamiento: rflp.txt

4. Ejecute el programa, se crearn 2 nuevos archivos: outfile y outtree, cmbielos de

nombre a rflp.txt y rflp.tre

PHYLIP online
Recupere y realice un alineamiento mltiple en el ClustalW con las siguientes secuencias de
aminocidos de insulina para diferentes especies:
NP_000198
P30410
NP_062002
P01321
NP_032412
P01311
P01315
P01332
NP_776351
P01318
Una vez realizado el alineamiento, preste atencin al rbol gua calculado por clustalW, recuerde
que este NO es un rbol filogentico. Entonces, cul es el significado de este rbol gua? Guarde
el alineamiento en formato aln. (En la pestaa Download Alignment File).
Edicin de nuestro alineamiento
Generalmente, los alineamientos generados automticamente por cualquier programa, como
Clustal, no es analizado a fondo ni corregido bajo la idea de que se realiz un alineamiento
correcto. Sin embargo, es necesario realizar ediciones manuales de nuestros alineamientos, y
esto puede responder a varias circunstancias. Abra el archivo obtenido del alineamiento y realice
las correcciones que considere necesarias en el alineamiento. Si usted considera que est bien
djelo tal y como est.
Creacin de rboles filogenticos mediante Phylip
Phylip tambin puede ser utilizado de manera online. El portal del Instituto Pasteur tiene un
sistema en lnea para ejecutar herramientas de anlisis filogentico
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py
En el men de la izquierda, seleccionar la opcin phylogeny y dentro de ella se despliega un
submen con distintas aplicaciones especficas de anlisis filogentico.
Nuestro objetivo ser crear un rbol basado en distancias, as que lo primero que debemos hacer
es crear la matriz de distancias de nuestro alineamiento mltiple. En la primera seccin
Programs en la seccin phylogeny presione el enlace distance y el programa protdist.
Ser llevado-a la siguiente pgina web:

Ingrese su alineamiento en formato CLUSTAL que descarg del ClustalW. Siga el enlace a
Bootstrap en la parte inferior del formulario.
Este formulario nos permite definir los parmetros bajo los cuales realizaremos el bootstrap de
nuestro rbol. El nmero de rplicas por lo general debe ser como mnimo 100, siendo por lo
general 1000. Esto implica sin embargo una gran carga para el servidor, por ahora dejaremos
este nmero en 25, as obtendremos nuestros resultados mucho ms rpido.

Enve el formulario y espere a obtener el resultado.

Una vez obtenido el resultado seleccione realizar otros anlisis, y selecciones neighbor del
men desplegable en la parte inferior del cuadro Outfile y haga clic en further analysis.

Presione el botn Run. La anterior accin le llevar a una nueva pgina web.

Una vez en ella puede guardar su rbol filogentico o visualizarlo mediante phylowidget o
archaeopterix. Si Java no se lo permite, descrguelo y analcelo con el programa TreeView.