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Un dispositivo nanomecnica basado en el B transicin Z de DNA.

El conjunto de la sinttica , mecnica molecular controlable sistemas1 7 es


uno de los Objetivos de la nanotecnologa . BASADO en protenas Mquinas
Moleculares , el menudo un accionadas Por una fuente de Energa Tal Como ATP
, hijo Abundantes en biologa. Se ha demostrado previamente Que Motivos
ramificadas de ADN pueden proporcionar Componentes Para El Montaje objetos
de nanoescala , Links y matrices.

Aqu nos muestran que este tipo de estructuras tambin pueden proporcionar
la base para montajes dinmicos : mquinas moleculares conmutable. Hemos
construido un supramolecular dispositivo que consta de dos ADN rgida `
entrecruzamiento doble ' (DX) conectados por molculas de 4,5 vueltas de
doble hlice . Uno dominio de cada molcula DX est unido a la conexin
hlice. Para efectuar el movimiento conmutable en esta asamblea , se utiliza el
transicin entre las formas B y Z de ADN. en condiciones de que el favor B ADN , los dos dominios no relacionados de la DX molculas se encuentran en el
mismo lado de la hlice central. En Z DNApromoting condiciones, sin
embargo , estos dominios cambiar al opuesto lados de la hlice. Este
reposicionamiento relativa se detecta por medio espectroscopa de
fluorescencia la transferencia de energa de resonancia , la cual mide el
proximidad relativa de dos molculas de colorante unido a los extremos libres
de las molculas de DX. Los induce evento de conmutacin desplazamientos
atmicos de 20 60 ae.
Se ha reconocido durante mucho tiempo que el B transicin Z se podra
utilizar para conducir un dispositivo mecnico basado en el ADN , pero el
desarrollo de un dispositivo de este tipo requiere el descubrimiento de un ADN
rgido motivo para proporcionar un brazo de nivel xed : la rigidez de la
molcula DX es el elemento clave que permite la construccin de este
dispositivo . Un modelo molecular del sistema se muestra en la parte superior
de la figura . 1 . Una hlice central de largo se anked en cada extremo por dos
DAO'molecules `, donde DAO (por entrecruzamiento doble , , , nmero impar
antiparalela ) significa que este es una molcula de ADN de doble cruce cuya
hlices son antiparalelas entre s, y cuyos puntos de cruce son separados por
un nmero impar ( tres) de dobles helicoidales medias vueltas . Los extremos
de todas las hlices se han cerrado con bucles en horquilla dT (Compuesto por
cuatro thymidines desoxi ) ; en consecuencia, la totalidad la construccin se
compone de tres hebras de ADN cclicos , los dos azules hebras en los
extremos , y la cadena de color rojo que contiene un segmento central
amarillo.
Las hebras exteriores estn cada uno unidos tres veces a la central dehebra. La
doble hlice que conecta las dos molculas de DAO contiene la secuencia de
bases apareadas d (CG) 10, una `proto-Z secuencia ' que se puede convertir en
zurdo Z-ADN a alta fuerza inica; esta es la porcin de la hebra rojo dibujado en
amarillo. La parte superior de Higo. 1 muestra esta regin amarilla en la forma

de la mano derecha, B-ADN, y la parte inferior muestra en la forma de la mano


izquierda, Z-DNA. Los cambio de giro de B-DNA Z-DNA se estima en alrededor
de - 1,288 para cada d dinucletido (CG). Por lo tanto, haciendo caso omiso de
la B uniones Z, cuyo giro es desconocida, el cambio de giro entre la B y las
formas Z de esta molcula se espera que sea aproximadamente -3,5 vueltas, lo
que resulta en una transicin ms o menos como la representada en la Fig. 1.
En general, la transicin consiste en gran parte de un movimiento de rotacin;
sin embargo, el separacin de los pares de bases a lo largo del eje de la hlice
(3,7 AE) es ligeramente Ya en el Z-ADN que en B-ADN (3,4 AE) (Ref. 13), que se
espera para dar lugar a una expansin de 6-AE (visible en la Fig. 1) en la
longitud de la eje central de la hlice
Dos fluorescente donante dyesa , uorescena , y un aceptor , el
sulphoindocarbocyanine , Cy3 (ref . 19 ) se atreven representado en la Fig . 1
como crculos verde y magenta punteado , respectivamente. Los programas de
dibujo que se espera que la distancia entre ellos a cambiar cuando la transicin
se produce . La seal de energa de resonancia de fluorescencia transferencia
( FRET) es proporcional a la sexta potencia inversa de la la separacin de los
colorantes , proporcionando un medio para controlar la transicin. El
experimento se basa en el supuesto de que as dened - distancias
caracterizarn la separacin de los colorantes en los dos estados . pueden
existir distancias bien dened slo si las partes de la molcula de mantener su
integridad estructural ; Los intentos iniciales para demostrar el movimiento en
dispositivos que contienen ADN de tres brazos uniones ramificadas en lugar de
molculas de DX no tuvieron xito , debido a la flexibilidad de esos
componentes. Este problema tiene sido resuelto , ya que el motivo DX se
comporta como una unidad rgida
El dispositivo se construy ligando una serie de oligonucletidos, usando mtodos
descritos previamente. La molcula fue aislado a partir de geles desnaturalizantes, y su
construccin exitosa fue demostrado mediante la restriccin de las hebras individuales
para producir objetivo lineal, productos circulares y concatenados (datos no mostrados). A
dar cuenta de la incertidumbre que implica el giro de la unin B Z, hemos hecho
molculas similares que contienen d (CG) 9 y d (CG) 11; Por otra parte, hemos variado la
separacin del crossover interno puntos en pasos de dos nucletidos, en el rango de 45
49. Del nueve molculas ensayadas, la transferencia de energa ms baja, en relacin
Zpromoting condiciones (en comparacin con un control no proto-Z) era obtenido a partir
de la molcula cuya separacin de 47 nucletidos d contenida (CG) 10. Para conrm que
el B Z transicin puede ocurrir en esta molcula, hemos preparado el doble de la 47nucletidos centro hlice, y han demostrado que una mezcla B Z dicrosmo circular
espectro se obtiene en NaCl 5 M (datos no mostrados), a diferencia de un control carece
de la secuencia proto-Z
La Figura 2 ilustra los resultados de tomar este sistema a travs ciclos sucesivos de
condiciones que promueven la Z B-promocin y. La molcula usada para estos
experimentos contiene d (m5 CG) 10 (en que la posicin 5 de la citosina est metilado, un
modication que aumenta la propensin de ADN a someterse a la B transicin Z; como
En consecuencia, somos capaces de promover la transicin con un 10 mM tampn de

cacodilato (pH 7,5) que contiene 0,25 mM Co (NH3) 6Cl3, MgCl2 100 mM y NaCl 100
mM, mientras que B-ADN est presente cuando el mismo tampn contiene MgCl2 10 mM,
NaCl 100 mM y sin Co (NH3) 6Cl3. La Figura 1 muestra que la separacin es mayor
diseado para producirse en la forma Z, y que la respuesta a Zpromoting condiciones
deben ser para alargar la distancia y disminuir la seal de FRET entre los dos colorantes.
Esto se ve a suceder en la Fig. 2, tanto cuando la transferencia de energa se mide por la
disminucin de fluorescencia donante o por el aumento de fluorescencia aceptor. Figura 2
tambin ilustra los resultados obtenidos con una molcula de control, uno diseado para
ser incapaz de experimentar la transicin B Z. En esto caso, la transferencia de energa
parece ser ms o menos al mismo nivel a lo largo de los experimentos, un nivel adecuado
slo para el B-Estado de la molcula.
Los experimentos descritos anteriormente demuestran que es posible construir un
dispositivo nanomecnica a partir de molculas de ADN DX. Los distancias absolutas a
partir de mediciones de transferencia de energa son 7,0 nm para las condiciones B y 8,9
nm para las condiciones de Z, algo ya que las derivadas de la construccin de modelos,
5,1 nm y 7,0 nm; sin embargo, la relacin de distancias medidas, 1,27, es similar a la
relacin de la construccin de modelos de 1,37. Debe ser posible incorporar este control
mecnico en cualquier cifra que represente la matriz o producido la nanotecnologa de
ADN, en tanto que un eslabn giratorio libre que contiene Proto DNA puede ser incluido
en el diseo. Adems, debe ser posible cambiar las posiciones relativas de las protenas o
de otros grandes molculas conectados a las unidades DX, de la misma manera que el
pariente posiciones de los tintes fluorescentes se han cambiado aqu. Esta capacidad
debe permitir el estudio de los efectos de proximidad en qumica y los sistemas biolgicos.
Se difcult para predecir si este sistema tambin podra ser utilizado para alimentar un
motor a nanoescala; hemos demostrado que el B transicin Z pueden proporcionar dos
estructuras de equilibrio en diferentes posiciones, pero la capacidad de transmitir la fuerza
depende de las caractersticas estructurales y dinmicas de la propia transicin
Recientemente hemos informado de un sistema en el que bicatenario migracin de la
ramificacin de ADN , que se caracteriza por un movimiento de tornillo , se controla por la
adicin de etidio a la solucin. Sin embargo, eso sistema implica un largo trozo de ADN
circular cuya geometra es menor bien dened que la molcula se inform aqu . Los
sistemas sintticos se mencion anteriormente producen movimientos moleculares del
orden de 10 AE . Por el contrario, los tomos en la experiencia de dominio helicoidal de
ADN girada desplazamientos que van de 20 a 60 ae.
La fusin de las diferente provocada sistemas ms pequeos con el sistema de ADN
sinttico inform aqu podra proporcionar una variedad de complejos nanomecnica
mociones.

B-ADN
En esta estructura la profundidad del surco mayor es muy similar a la del surco menor,
debido a que las bases que se aparean son prcticamente coplanares y a que el eje de la
hlice corta a este plano de una forma casi perpendicular, pasando adems por el centro
del par de bases (obsrvese la representacin central de la figura anterior).
ADN en disolucin, 92% de humedad relativa, se encuentra en soluciones con baja fuerza
inica y se corresponde con el modelo de la Doble Hlice.
El ADN es una doble hlice enrollada helicoidalmente a derechas. Cada hlice es una
serie de nucletidos unidos por enlaces fosfodister en los que un grupo fosfato forma un
puente entre grupos OH de dos azcares sucesivos. Las dos hlices se mantienen unidas
mediante puentes o enlaces de hidrogeno producidos entre las bases nitrogenadas de
cada hlice. Las dos hlices por razones de complementariedad de las bases
nitrogenadas son antiparalelas. Las bases se encuentran cumpliendo as las reglas de
apareamiento A-T y G-C. La secuencia de bases nitrogenadas puede ser cualquiera, no
existe ninguna restriccin

A-ADN
En el A-ADN el eje de la hlice no pasa por el centro del par de bases, sino que forma con
el plano de estas un ngulo de entre 13 y 19, lo que hace que el surco mayor sea muy
profundo y que se extienda desde la superficie hacia el interior sobrepasando el eje
central y adentrndose en la otra mitad del cilindro helicoidal, por el contrario, el surco
menor es muy poco profundo, slo una pequea depresin en el cilindro helicoidal.
El ADN-A es un tipo estructural de ADN, diferente del modelo propuesto por Watson y
Crick (ADN-B), que aparece en condiciones de humedad escasa y menor temperatura.
Se trata de una doble hlice dextrgira, al igual que el ADN-B, con un surco menor poco
profundo y un poco ms amplio que el surco mayor, que es ms profundo. En
comparacin a la doble hlice del ADN-B, sta es ms abierta, tiene mayor dimetro y una
disposicin de las bases nitrogenadas ms alejada del eje de la hlice. Las bases
nitrogenadas estn ms prximas entre s y localizadas ms simtricamente respecto al
centro. Requiere Na, K o Cs como contrapones

Z-ADN
El Z-ADN es una forma estructural observada in vitro en segmentos en donde se da la
secuencia alternante dG-dC y en altas concentraciones salinas o cuando se aade
alcohol. En esta estructura la hlice es levgira. En los residuos G la conformacin del
anillo de ribosa es C3'-endo y el enlace glucosdico tiene conformacin syn, mientras que
en los residuos C la conformacin del azcar es C2'-endo y el enlace glucosdico est en
anti.
Doble hlice con enrollamiento a izquierdas, 12 pares de bases por giro completo, se
observa en segmentos de ADN con secuencia alternante de bases pricas y pirimidnicas
(GCGCGC), debido a la conformacin alternante de los residuos azcar-fosfato sigue un
curso en zig-zag. Requiere una concentracin de cationes superior a la del ADN-B Los
grupos fosfato se encuentran ms cerca entre ellos que en la forma ADN-B. La
conformacin Z est favorecida por un elevado contenido en G-C. Las secuencias de ADN
pueden pasar de la forma B hacia la forma Z y viceversa.
La formacin de ADN-Z se produce durante la transcripcin de genes
Se han encontrado anticuerpos frente al ADN-Z en el lupus eritematoso y en otras
enfermedades autoinmunes.
El ARN de doble cadena (ARNdc) puede adoptar una conformacin Z.