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Cienc

Hctor Fernando
Cancino de Greiff
Juan Valentn
Lorenzo Ginori

Tcnicas de simulacin y filtrado de ruido


en seales de espectroscopa RMN
mediante transformadas wavelets
RESUMEN
En este artculo se muestra el desarrollo de programas de simulacin para estudiar tcnicas de filtrado de ruido en seales de Espectroscopia de Resonancia Magntica Nuclear Pulsada (RMN), conocidas por la sigla FID (del ingls, Free Induction Decay).
Estas seales son generadas al excitar ncleos resonantes con pulsos de radiofrecuencia en presencia
de un campo magntico externo, y presentan una
forma de onda exponencial compleja decreciente con
ruido gaussiano aadido.
Los programas de computacin realizados permiten generar seales FID con parmetros definibles por
el usuario, y adicionarles ruido gaussiano con una relacin seal a ruido (SNR) determinada. Las seales
con pobre SNR pueden ser tratadas por el mtodo
tradicional de acumulaciones. Otra alternativa considerada es la supresin de ruido mediante Wavelets
("Wavelet shrinkage denoising"). Esta novedosa tcnica
promete ser rpida y eficiente. Los programas creados sirven de base para el estudio y desarrollo ulterior
de estas tcnicas, facilitando la evaluacin de los resultados mediante el mtodo de Monte Carlo.

En la
espectroscopia
de Resonancia
Magntica
Nuclear Pulsada
(RMN) se
producen las
seales
conocidas como
FIDs, estas
seales
generalmente se
presentan con
una pobre
relacin seal a
ruido (SNR) lo
cual afecta el
anlisis a partir
de las mismas.

Se posibilita el clculo en diferentes casos de la


relacin seal a ruido residual en dB, que establece
la diferencia de la seal sin ruido con la ruidosa, tanto para el mtodo de filtrado que emplea acumulaciones como mediante las Transformadas Wavelets
(WT) y Wavelet Packets (WPT). A partir de estos
programas y de la metodologa asociada, se facilita
la investigacin de las mejores variantes de filtrado
para supresin de ruido en las seales FID.
Palabras Claves: supresin de ruido, denoising,
wavelets, free induction decay, noise filtering.

ABSTRACT
In this article is shown the development of
simulation programs for studying the techniques of
noise filter in NMR (Nuclear Magnetic Resonance)
signals, known as FID (Free induction decay). This
signals are generated by exciting resonant nucleus
with radio frequency pulses in an exterior magnetic
field, presenting a complex exponential wave with
gaussian noise.
The computed programs may generate FID
parameters signals definable by the user, add gaussian
noise with a SNR determined. The signals with a

low SNR may be treated by the traditional method


of accumulations. Another considered alternative is
the noise suppression through wavelets. This
innovated technique promises to be quick and
efficient. The created programs are used for the study
and further development of these techniques, making
more easy the results evaluation through the Monte
Carlo method.
The calculus is easier in different cases of the
relation signal to noise residual in dB, establishing
the difference signal without noise and with noise,
also for the filtered method using accumulations so
WT and WPT. From these programs and the
associated methodology the investigations of better
filtration variables for noise suppression in the FID
signals is easier.

INTRODUCCIN
En la espectroscopia de Resonancia Magntica
Nuclear Pulsada (RMN) se producen las seales conocidas como FIDs, las cuales son generadas al observar ncleos resonantes previamente excitados con
pulsos de radiofrecuencia (R. F.) en presencia de un
campo magntico externo. Las mismas presentan una
forma de onda de decaimiento libre con ruido
gaussiano aditivo [1].
Estas seales generalmente se presentan con una
pobre relacin seal a ruido (SNR) lo cual afecta el
anlisis a partir de las mismas. Los parmetros que
las caracterizan son: frecuencia, fase, constante de
decaimiento y amplitud. El objetivo de los mtodos
de supresin de ruido es obtener una funcin de
decaimiento libre (FID) en lo posible depurada de
ruido, posibilitando as una adecuada estimacin de
los parmetros de las mismas a partir de la forma de
onda. La obtencin de una seal FID ha sido descrita entre otros autores por de Beer [1] de la forma
que se expone a continuacin.
El movimiento
del vector de magnetizacin nur
clear M en un campo magntico B0 constante y un
campo magntico oscilatorio de RF B1 , perpendicular a B0 girando a una velocidad angular , se describe mediante las ecuaciones de Bloch:
r
r
r
r
r M M 0 r M xu x + M y u y
dM
r
= M B0 + u z + B1u x x
uz

dt
T1
T2

(1)

donde:
r t res rla variable tiempo, la razn giromagntica ux , u yuz , los vectores unitarios a lo largo del
73
Ingeniera

arrollo

investig
a,

es

in y d
ac

marco rotante M 0 , la magnetizacin de equilibrio


en t = 0, T1 el tiempo de relajacin longitudinal y T2
el tiempo de relajacin transversal.

El tiempo de duracin del campo de R.F. B1 es


mucho ms corto que T1 o T2 .
Durante el pulso de R.F. larmagnetizacin efecta
una precesin alrededor de B1 en el marco rotante.
El pulso es llamado de 900 (o /2) si la precesin de
los espines nucleares es de 900. Una vez que el pulso
es apagado, la magnetizacin comienza a precesar
alrededor del eje z con una velocidad angular
= ( 0 ) , donde 0 es la velocidad angular
de resonancia, definida por:

0 = B0

(2)

La magnetizacin al precesar induce una seal en


el dominio del tiempo en un sistema de
demodulacin de RMN. Esta seal, despus de ser
detectada, se obtiene segn la siguiente expresin:

t
exp [i (2 t + )]
s (t ) = a exp
T2

(3)

donde la amplitud a es proporcional al nmero


de ncleos concernientes = 2 , e i 2 = 1 .
En consecuencia, en el caso ideal del FID de RMN
de un cierto ncleo, ste puede ser descrito por una
sinusoide con decaimiento exponencial complejo, de
amplitud proporcional al nmero de ncleos, la constante de decaimiento es igual al recproco del tiempo de relajacin transversal de ese ncleo, y la frecuencia es igual a la diferencia entre la frecuencia del
espectrmetro de RMN y la frecuencia de resonancia de ese ncleo.

El objetivo de esta
investigacin ha
sido la creacin
de herramientas
computacionales
en MATLAB, las
cuales sirven de
base para el
desarrollo de
mtodos de
supresin de
ruido en
seales de
espectroscopia
RMI.
Ingeniera

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La tcnica de supresin de ruido que se aplica tradicionalmente a las seales FID consiste en la acumulacin (suma coherente) de dichas seales, considerando la repeticin de los experimentos sin ninguna alteracin en el tiempo de los parmetros externos tales como la induccin magntica o la frecuencia de R.F. Por este mtodo de acumulaciones,
ampliamente conocido, se logra una mejora en la
SNR proporcional a n , donde n es el nmero de
acumulaciones. No obstante, existen situaciones,
como es el caso de la espectroscopia in vivo, en las
que no resulta posible realizar una gran cantidad de
acumulaciones, por lo que deben aplicarse mtodos
alternativos para filtrar el ruido.
El uso de mtodos de computacin para estudiar
las seales RMN, as como las tcnicas de supresin
(filtrado) de ruido en seales de diversa naturaleza
mediante la aplicacin de WT y WPT ("Wavelet
shrinkage denoising"), han probado tener una gran efectividad y constituyen un tema actual de investigacin [2, 3].

Este mtodo consiste en esencia en realizar una


descomposicin de la seal dada en diferentes niveles mediante WP o WPT, y aplicar un umbral de
modo que se supriman aquellos coeficientes cuya
pequea amplitud (baja correlacin con la wavelet
utilizada) permita presumir que se deben al ruido y
por tanto pueden ser suprimidos, permitiendo una
reduccin del nivel de ruido en la seal reconstruida
a partir de los coeficientes remanentes. Una descripcin detallada del mtodo puede encontrarse en los
textos de Wickerhauser [4] y Teolis [5].
Otros trabajos tratan el problema de la estimacin
espectral y el anlisis en espectroscopia RMN [6, 7,
8]. Sistemas como los descritos en estos trabajos,
pueden resultar mejorados por la inclusin de herramientas efectivas de filtrado de ruido. El objetivo de
esta investigacin ha sido la creacin de herramientas computacionales en MATLAB, las cuales sirven
de base para el desarrollo de mtodos de supresin
de ruido en seales de espectroscopia RMI. La efectividad de estas herramientas ha sido comprobada
mediante experimentos de simulacin.

MATERIALES Y MTODOS
En este trabajo se utiliz la programacin en
MATLAB as como las facilidades que ofrece el
Matlab Wavelet Toolbox para el estudio de aplicaciones con WT y WPT, como es el caso objeto de estudio. Como seales de prueba se han simulado ejemplos de experimentos de espectroscopia RMN "in
vivo" segn De Beer [1].
Para realizar la simulacin de las seales FID se
utiliz la siguiente expresin:
K

sn = ck kn + + n = sn + n

(4)

k =1

donde
n = 0, . . . . N - 1 : ndice de muestreo.
C k = a k exp( j k ) : amplitud compleja de la componente k-sima.
k = exp[( k + j 2 k )T : k-simo polo de seal.
T : Intervalo de muestreo.
: retardo en nro. de muestras, tinicial = T = Ti.
Sn : seal FID.
n : ruido gaussiano aditivo.

TRATAMIENTO TRADICIONAL DEL


PROBLEMA DE LA SUPRESIN DE
RUIDO EN SEALES DE RMN.
Para esta tcnica, se realiz un programa que permite determinar las mejoras en cuanto a la relacin
seal a ruido en funcin de la cantidad de acumulaciones. El parmetro de referencia utilizado a lo lar-

(5)

Esta funcin est configurada en un programa


Matlab como la funcin "residual" y tiene como argumentos los dos vectores a comparar y la salida es
la relacin en dB de seal a ruido entre el vector
original (sin ruido) y el vector diferencia.
Para generar las seales de prueba, se crearon los
siguientes programas:
1. FIDGEN para la generacin de seales FID
unidimensionales multicomponentes.
2. FIDRUID para generar y crear registros FID contaminados con ruido.
Para establecer la mejora de la SNR mediante acumulaciones, se crearon los siguientes programas:
3. ACUM: funcin para realizar acumulaciones en el
clculo de espectros RMN y evaluacin de mtodos de supresin de ruido en las seales FID para
espectroscopa de RMN.
4. RESIDUAL: Funcin para la determinacin de la
relacin seal a ruido residual.

SUPRESIN DE RUIDO
MEDIANTE WAVELETS
Con el propsito de desarrollar la aplicacin de las
tcnicas de "denoising" o supresin de ruido mediante WP y WPT, se crearon funciones que permiten
aplicar estas tcnicas a las seales FID creadas mediante los programas antes descritos. Para este fin, se
desarrollaron las siguientes funciones y aplicaciones
que permiten aplicar tanto diferentes parmetros definidos para las funciones de MATLAB, como diferentes tipos de Wavelets o Wavelets Packets:
1. WDENFID: Funcin para obtener el registro FID
tratado por medio de wavelets para la supresin
de ruido. Se basa por completo en la funcin
"wdencmp" de MATLAB.
2. WFIDS: Programa completo de procesamiento de
FIDs con Transformadas Wavelets.
Este programa comprende las siguientes operaciones:
1) Generacion de fids ruidosos (funcin "fidruid").
2) Definicin del umbral (funcin "umbral").
3) Supresin de ruido con wavelets ("funcin
wdenfid").
4) Determinacin de la relacin seal a ruido residual (mediante la funcin "residual").

RESULTADOS
Se realiz la comprobacin del funcionamiento de
los diferentes programas: Generacin de seales FID
limpias y contaminadas con ruido para diferentes
conjuntos de parmetros, filtrado de ruido mediante
acumulaciones y filtrado de ruido mediante WP y
WPT. A continuacin se muestra una seleccin de
resultados, que refleja el comportamiento de dichos
programas de simulacin.
La figura 1 muestra el resultado de generar mediante los programas FIDGEN y FIDRUID la parte real de un registro FID de cuatro componentes y
una versin ruidosa del mismo (snr = 5 dB), para el
conjunto de parmetros que se muestra en la tabla 1,
los que han sido tomados de un ejemplo real que
aparece en la referencia [1]. Los otros parmetros
utilizados fueron:
FID libre de ruido
0.4
0.2
0
-0.2
-0.4
0

4
6
8
10
12
14
16
El mismo FID con ruido gaussiano, snr = 5 dB

18

0.4
0.2
0
-0.2
-0.4
0

10

12

14

16

18

tiempo

Figura 1. Generacin de un FID compuesto y su contaminacin


con ruido.

N (nmero de muestras) = 125.


Ts (intervalo de muestreo en ms) = 0.13.
Tinicial = Ti,( inicio de la seal, ms) = 0.39.
Fueron comprobados mediante simulacin los programas WFIDS y WPFIDS para filtrado de ruido.
Como ejemplo de la ejecucin de estos programas se
muestra el resultado de aplicar WFIDS a un
exponencial simple (parte real), cuyos parmetros son:
V= 0.74 KHz; = 0.21 KHz; a = 0.03; = -81;
N = 125; Ts = 0.13; Ti = T = 0.39; SNR = 7 dB.
Se utiliz una Wavelet de Meyer con 5 niveles de
descomposicin, que con un umbral global adecuado
permite lograr una mejora cercana a 4 dB en la relacin seal a ruido para esta realizacin especfica. Este
resultado se ilustra grficamente en la figura 2.
75
Ingeniera

norm( fid )
rsnr = 20 * log10

norm( fid fidruidoso)

3. WPFIDS: Programa de supresin de ruido en seales FID mediante wavelets packets. Su estructura es anloga a la de WFIDS.

parte real

go de este trabajo para caracterizar la efectividad de


un mtodo dado de supresin de ruido, es la relacin seal a ruido residual rnsr, definida como:

parte real

Se utiliz una
Wavelet de
Meyer con 5
niveles de
descomposicin,
que con un
umbral global
adecuado
permite lograr
una mejora
cercana a 4 dB
en la relacin
seal a ruido
para esta
realizacin
especfica.

Componente

, KHz

, KHz

()

.43

.26

.15

-78

.73

.12

.02

-74

1.32

.19

.12

-86

1.57

.41

.25

-116

Tabla 1. Parmetros utilizados en el ejemplo de generacin del FID compuesto de la fig. 1.

FID original; FID ruidoso y FID procesado

parte real

0.05

-0.05

"

&



"

$

&

parte real

0.05

-0.05

REFERENCIAS


"

&



"

$

&

parte real

0.05

-0.05

"

&

tiempo

"

$

&

Fig. 2. Filtrado de ruido en un exponencial simple mediante WP.


En este ejemplo se logra una mejora de SNR de 3.8 dB.

CONCLUSIONES
En este trabajo se ha creado un conjunto de programas para la simulacin de seales FID de
espectroscopia RMN, as como la contaminacin
controlada de estas seales con ruido para posteriormente emplear el filtrado de ruido mediante acumulaciones que es el mtodo tradicional y adems utilizando las tcnicas basadas en WP y WPT. Se comprob la efectividad de los programas bajo diferentes situaciones que simulan seales reales.
Los programas desarrollados han permitido las
condiciones para investigar de la manera ms efectiva la aplicacin de mtodos de supresin de ruido
en seales FID basados en WP y WPT, utilizando
tcnicas de Monte Carlo [1]. En investigaciones futuras y mediante la aplicacin de los programas desarrollados ser posible evaluar la efectividad de diferentes Wavelets y Wavelets Packets, determinar la
cantidad ms adecuada de niveles de descomposicin y las mejores estrategias de establecimiento de
los umbrales, as como posibles correlaciones de stos con los parmetros de las seales a procesar.
Ingeniera

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El mtodo de estudio propuesto contribuir a obtener,


en investigaciones futuras,
una metodologa de supresin
de ruido en las seales FID
con baja distorsin residual,
que permita lograr una efectiva estimacin de los
parmetros de la seal.

[1] R de Beer. "c59 Quantitative In


Vivo NMR". University of
technology Delft, Department of
Applied Physics, August 3, 1994.
[2] C. Taswell. "Randomized signal
classes for evaluating the performance of Wavelet Shrinkage
denoising methods". Proceedings
of the IASTED International
Conference Signal and Image
Processing (SIP'99). Oct.18-21.
1999.

[3] M. Wachowiak, G. Rash, P.


Quesada and A.Desoky "WaveletBased Noise Removal for
Biomechanical Signals: A Comparative Study". IEEE Transactions
on Biomedical engineering, Vol 47, N 3, March 2000.

[4] M. V. Wickerhauser, "Adapted Wavelet Analysis from Theory to


Software", NY, IEEE Press, 1994.
[5] A. Teolis, "Computational Signal Processing with Wavelets",
Birkhuser, Boston, 1998.
[6] J.Shoolery "The development of experimental and analytical high
resolution NMR". Progress in Nuclear Magnetic Resonance
Spectroscopy 28 (1995) 37-52.
[7] D. Naugler, R.Cushley. "Spectral Estimation of NMR Relaxation"
Journal of Magnetic Resonance". Vol 145, N 2, August 2000.
pp 209-215.
[8] K. Keating, J. Myers,.. "Development and use of Virtual NMR
Facility. Journal of Magnetic Resonance". Vol 143, N 1, March
2000. pp 172-183.

Hctor F. Cancino De Greiff


Ingeniero Electrnico U. Distrital, Msc. Sistemas Digitales U. Central de Venezuela Ms. C. Profesor Asociado Universidad Distrital.
Candidato
a
Doctor
en
Telecomunicaciones.
fcancino@atlas.udistrital.edu.co

Juan V. Lorenzo Ginori


Dr. Profesor Titular de la Universidad Central de las Villas. Cuba.
juanl@uclv.etecsa.cu