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LEHNINGER

PRINCIPIOS DE BIOQUMICA

LEHNINGER

PRINCIPIOS DE BIOQUMICA
QUINTA

EDICIN

David L. Neison
Profesor de Bioqumica
Universidad de Wisconsin-Madison

Michael M. Cox

Profesor de Bioqumica
Universidad de Wisconsin-Madison
Coordinador de la traduccin

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>/

Claudi M. Cuchillo
Catedrtico de Bioqumica y Biologa Molectdar
Universitat Autnoma de Barcelona

EDICIONES OMEGA

La edicin original de esta obra ha sido publicada en ingls en Estados Unidos por W.H. Freenian
and Company, New York y Basingstoke, con el ttulo
LEHNINGER PRINCIPIES OF BIOCHEMISTRY, FIFTH EDITION
Traduccin
Claudi M. CuchUlo Foix
Pere Suau Len
Josep Vendrell Roca

Directora del proyecto: Elizabeth Geller


Directora de fotografa: Bianca Moscalelli
Bsqueda de fotografas: Dena Betz
Diseo dcl libro y de la cubierta: Vicki Tomaselli
Coordinadora de las ilustraciones: Susan Tirnmins
Ilustraciones: H. Adcun Steinberg; Network Graphics
Grcos moleculares: H. Adam Steinberg; Jean-Yves Sgro

Ilustracin de la cubierta: RNA j^olimerasa II de la levadura urda al DNA en el momento de transcribirla en


forma de RNA. Imagen creada por H. Adam Steinberg utilizando PDB ID 1I6H modificada por Seth Darst.

Cualquier forma de reproduccin, distribucin, comunicacin pblica o transformacin de esta obra solo
puede realizarse con ia autorizacin escrita de los titulares del Copyright.
Copyright 2009 by W.H. Freeman and Company
All rights reserved
y para la edicin espaola
Copyright 2009 Ediciones Omega, S.A.
Plato, 26 - 08006 Barcelona
www.ediciones-omega.es
ISBN 978-84-282-1486-5
Depsito legal: B. 22.571-2009
Printed in Spain
EGEDSA - Sabadell

A nuestros maestros
Paul R. Burton
Albert Finholt
William P. Jencks
EiLgene P. Kennedy
Homer Knoss
Arthur Komberg
I. Robert Lehman
Earl K. Nelson
David E. Sheppard
Harold B. White

Acerca d los autores


D dV id L* N e ls o n , natural de Fairmont, Minnesota, ob
tuvo su licenciatura en qumica y biologa en el St. Olaf College en 1964. Se doctor en bioqumica en la Stanford
Medical School con Arthur Komberg, siendo despus investi
gador posdoctoral en la Harvard Medical School con Eugene
P. Kennedy, que fue uno de los primeros estudiantes licen
ciados de Lehninger. Nelson se incorpor a la Universidad de
Wisconsin-Madison en 1971, siendo nombrado catedrtico
de bioqumica en 1982. Es director del Center for Biology
Education en la Universidad de Wisconsin-Madison.
La investigacin de Nelson se ha centrado sobre las
transducciones de seal que regulan el movimiento de los ci
lios y la exocitosis en el protozoo Paramecium. Los enzimas
de las transducciones de seal, incluidas una serie de pro
tenas quinasa, constituyen el objetivo principal de sus estu
dios. Su grupo de investigacin utiliza la purificacin enzi
mtica, tcnicas inmunolgicas, microscopia electrnica,
gentica, biologa molecular y electrofisiologa para estudiar
estos procesos.
Dave Nelson tiene una trayectoria distinguida como
profesor y como director de investigacin. Durante 36 aos
ha impartido un curso intensivo de bioqumica para estu
diantes avanzados en esta materia as como para licenciados
en ciencias biolgicas. Tambin ha impartido un curso de
bioqumica para estudiantes de enfermera y cursos para li
cenciados sobre estructura y funcin de las membranas y so
bre neurobiologa molecular. Ha dirigido numerosas tesis de
licenciatura y de doctorado, y ha recibido distinciones por la
excelencia de su docencia tales como el Dreyfus TeacherScholar Award, el Atwood Distinguished Professorship y el
Unterkofler Excellence in Teaching Award del University of
Wisconsin System. En 1991-1992 fue profesor visitante de
qumica y biologa en el Spehnan College. Su segundo tema
favorito es la historia y ha empezado a ensear la historia de
la bioqumica a estudiantes de licenciatura y a coleccionar
instrumentos cientficos.
M ic h a e l M . C ox naci en Wilmington, Delaware. En su
primer curso de bioqumica, la Bioqumica de Lehninger le
caus gran impacto y fue decisivo para redirigir su fasci
nacin hacia la biologa e inspirarle a seguir la carrera de bio
qumica. Despus de licenciarse en la Universidad de Dela
ware en 1974, Cox se traslad a la Universidad Brandis
donde realiz su tesis doctoral con William P. Jencks; des
pus fue a Stanford en 1979 para proseguir sus estudios posdoctorales con I. Robert Lehman. Se traslad a la Universidad
de Wisconsin-Madison en 1983. En el ao 1992 fue nombrado
catedrtico de bioqumica.
En su tesis doctoral estudi la catlisis cido-base gene
ral como modelo de reacciones catalizadas por enzimas. En
vi

David L Nelson y Michael M. Cox

Stanford, Cox empez a trabajar sobre los enzimas que in


tervienen en la recombinacin gentica. El trabajo se centr
especialmente sobre la protena RecA, diseando mtodos
de purificacin y de actividad an usados que han aportado
luz sobre los procesos de la migracin de rama del DNA. El
estudio de los enzimas de la recombinacin gentica conti
na siendo el tema principal de sus investigaciones.
Mike Cox ha coordinado un grupo de investigacin nu
meroso y activo en Wisconsin que ha investigado la enzimo
loga, topologa y energtica de la recombinacin gentica.
Un foco principal ha sido el mecanismo del intercambio de
cadenas del DNA facilitado por la protena RecA, el papel del
ATP en el sistema RecA y la regulacin de la reparacin en la
recombinacin del DNA. Actualmente, parte del programa
de investigacin se ha focalizado en organismos con una
fuerte capacidad de reparacin del DNA, tales como Deinococcus radiodurans, y las aplicaciones de estos sistemas de
reparacin a la biotecnologa. Durante los ltimos 24 aos ha
enseado Qunto co*n Dave Nelson) un curso general de bio
qumica y ha intervenido en cursos para licenciados sobre la
estructura y topologa del DNA, interacciones protena-DNA
y bioqumica de la recombinacin. Un proyecto ms reciente
ha sido la organizacin de un nuevo curso sobre responsabi
lidad profesional para estudiantes de primer ao de licencia
tura. Ha recibido distinciones por su docencia e investigacin,
entre ellas el Dreyfus Teacher-Scholar Award y el Eli Lilly
Award de 1989 en qumica biolgica. Entre sus aficiones se
cuentan la jardinera, la enologa e intervenir en el diseo de
laboratorios.

Nota sobre la naturaleza de la ciencia


n este siglo xxi, una educacin cientfica tpica deja a me
nudo sin manifestar las bases filosficas de la ciencia o con
fa en definiciones muy simplificadas. Dado que se propone
realizar una carrera cientfica puede ser til considerar una vez
ms los trminos ciencia, cientfico y mtodo cientfico.
La ciencia es tanto una forma de pensar sobre el mundo
natural como la suma de la informacin y la teora resultantes
de tal manera de pensar. El poder y el xito de la ciencia fluyen
directamente de su dependencia de las ideas que se pueden
comprobar informacin sobre los fenmenos naturales que se
pueden observar, medir y reproducir y teoras que tienen un
valor predictivo. El progreso de la ciencia se asienta en una su
posicin fundacional que a menudo no est explidtada pero
que es crucial para la empresa: que las leyes que gobiernan las
fuerzas y fenmenos del universo no estn sujetas a cambio. El
premio Nobel Jacques Monod se refiri a este supuesto bsico
como el postulado de la objetividad. Se puede comprender,
por tanto, el mundo natural al aplicar un proceso de investiga
cin: el mtodo cientfico. La ciencia no tendra xito en un
universo que nos hiciese trampas. Aparte del postulado de la
objetividad, la ciencia no hace suposiciones inviolables acerca
del mundo natural. Una idea cientfica til es la que (1) ha sido
o se puede sustanciar de manera repetida y (2) se puede utili
zar para predecir con precisin nuevos fenmenos.
Las ideas cientficas adoptan muchas formas. Los trmi
nos utilizados por los cientficos para describir estas formas
tienen significados muy diferentes de los utilizados por los no
cientficos. Una hiptesis es una idea o presuncin que pro
porciona una explicadn razonable y comprobable para una o
ms observaciones, pero puede carecer de una verificacin ex
perimental extensa. Una teora cientfica es mucho ms que
una intuicin. Es una idea que se ha verificado en cierta me
dida y que proporciona una explicacin para un cor\junto de
observaciones experimentales. Una teora se puede compro
bar y puede servir de base de nuevos avances e innovadones.
Cuando una teora cientfica se ha comprobado de manera re
petida y validada en muchos firentes puede ser aceptada.
En un sentido importante, lo que constituye la ciencia o
una idea cientfica viene definido por el hecho de haberse pu
blicado o no en la literatura cientfica despus de una evalua
cin por pares, es decir, otros cientficos activos. Alrededor de
16.000 revistas cientficas publican en todo el mundo 1,4 mi
llones de artculos cada ao, una rica cosecha de informacin
propiedad, desde el nacimiento, de todo ser humano.
Los cientficos son individuos que aplican de modo rigu
roso el mtodo cientfico para entender el mundo natural. El
solo hecho de poseer un ttulo superior en una disciplina cien
tfica no hace a uno cientfico, ni la falta de tal ttulo impide que
pueda hacer contribuciones cientficas importantes. Un dentco ha de estar dispuesto a poner en duda cualquier idea
cuando lo piden nuevos descubrimientos. Las ideas aceptadas
por un cientfico han de basarse en observadones medibles y
reproducibles y ha de exponerlas con honestidad.

El mtodo cientfico es, de hecho, una coleccin de ca


minos que llevan, todos ellos, al descubrimiento dentfico. En
el camino hiptesis y experimento un cientfico plantea una
hiptesis y a continuacin la somete a la prueba experimental.
Gran parte de los procesos con los que trabajan los bioqumi
cos se descubrieron de esta forma. La estructura del DNA des
cubierta por James Watson y Francis Crick condujo a la
hiptesis de que el s^areamiento de bases es el fundamento de
la transferencia de informacin en la sntesis de polinucletidos. Esta hiptesis ayud a inspirar el descubrimiento de las
DNA y RNA polimerasas.
Watson y Crick produjeron su estructura del DNA a travs
de un proceso de construccin de modelos y clculos. No ha
ban experimentos reales, aunque para los clculos y la cons
truccin de modelos usaron datos obtenidos por otros
cientficos. Muchos cientficos han aplicado el proceso de ex
ploracin y observacin como camino para el descubri
miento. \^iajes histricos de descubrimientos (como el de
Charles Danvin de 1831 en el H.MS. Beagle entre ellos) ayu
daron a cartografiar el planeta, catalogar sus habitantes y cam
biar la forma con la que miramos el mundo. Los cientficos
modernos siguen un camino similar cuando exploran las pro
fundidades ocenicas o lanzan sondas a otros planetas. Un
anlogo de la hiptesis y experimento es la hiptesis y deduc
cin. Crick razon que ha de existir una molcula adaptadora
que facilite la traduccin de la informadn del RNA mensajero
en protena. Esta hiptesis llev al descubrimiento del RNA de
transferencia por Mahlon Hoagland y Paul Zamecnik.
No todos los caminos que llevan al descubrimiento estn
planificados. La casualidad juega, a menudo, un papel. El des
cubrimiento de la penicilina por Alexander Fleming en 1928 y
de los catalizadores RNA por Thomas Cech a principios de la
dcada de 1980, fueron descubrimientos debidos al azar, si
bien fueron cientficos bien preparados los que los explotaron.
La inspiracin tambin puede llevar a adelantos importantes.
La reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), en la actuali
dad una parte central de la biotecnologa, fue desarrollada por
Kary MuUis despus de un destello de inspiracin durante un
viaje por carretera por California septentrional en 1983.
Esta variedad de caminos para el descubrimiento cient
fico pueden parecer muy diferentes pero tienen varias cosas
importantes en comn. Se focalizan en el mundo natural. Con
fan en la observacin reproducible y/o eocperimento. Todas
las ideas, conocimientos y hechos experimentales que surgen
de estos esfuerzos se pueden comprobar y reproducir por
cientficos de cualquier parte del mundo. Todos pueden ser
utilizados por otros cientficos para construir nuevas hiptesis
y realizar nuevos descubrimientos. Todos conducen a informa
cin que se incluye adecuadamente en el reino de la ciencia.
Conocer nuestro universo requiere trabajo duro. Al mismo
tiempo no hay esfuerzo humano ms interesante y potencial
mente gratificante que probar y, en ocasiones conseguir, en
tender alguna parte del mundo natural.
vil

Prlogo
a primera edicin de Primdpios de Bioqumica, escrita
por Albert Lehninger hace veinticinco aos, ha servido
como punto de partida y modelo de nuestras cuatro edicio
nes posteriores. A lo largo de este cuarto de siglo, el mundo
de la bioqumica ha cambiado enormemente. Hace veinti
cinco aos no se haba secuenciado ningn genoma, no se
haba resuelto por cristalografa ninguna protena de mem
brana y no exista ningn ratn genosuprimido. Acababan de
descubrirse los ribozimas, se haba introducido la tecnologa
PCR y las arqueobacterias haban sido reconocidas como
miembros de un reino separado de las bacterias. Hoy en da
se anuncian cada semana nuevas secuencias genmicas,
nuevas estructuras proteicas con una frecuencia an mayor
y los investigadores han manipulado genticamente millares
de ratones genosuprimidos diferentes, con enormes prome
sas de avances en bioqumica, fisiologa y medicina bsicas.
Esta quinta edicin contiene la fotografa de 31 premios No
bel que han recibido sus premios en Qumica o en Fisiologa
o Medicina desde la primera edicin de Principios de Bio

qumica.
Uno de los retos principales de cada edicin ha sido refle
jar el alud de informacin nueva sin hacer el libro abrumador
para los estudiantes que se encuentran por primera vez con la
bioqumica. Esto ha obligado a cribar cuidadosamente para po
der dar nfasis a los principios mientras se transmite el entu
siasmo por la investigacin actual y su promesa para el futuro.
La cubierta de esta nueva edicin es un ejemplo de este entu
siasmo y promesa: en la estructura de rayos X de la RNA poli
merasa vemos el DNA, el RNA y la protena en sus funciones

informadoras, en dimensiones atmicas, captada en el acto


central de transferencia de la informacin.
Estamos en el umbral de una nueva fisiologa molecular en
la que procesos tales como la excitacin de membranas, la ac
cin hormonal, la vista, el gusto, el olfato, la respiracin, la con
traccin muscular y los movimientos celulares sern explicables
en trminos moleculares y sern accesibles a la diseccin gen
tica y a la manipulacin farmacolgica. El conocimiento de las
estructuras moleculares de los complejos altamente organiza
dos de la fosforilacin oxidativa y de la fotofosforilacin, por
ejemplo, aportarn de buen seguro un conocimiento ms pro
fundo de estos procesos, cruciales para la vida. (Estos desarro
llos nos hacen desear volver a ser jvenes, empezando nuestras
carreras en la investigacin y docencia bioqumicas. No es slo
nuestro libro que ha adquirido un toque plateado en estos aos!)
En las dos ltimas dcadas nos hemos esforzado conti
nuamente en mantener las cualidades que hicieron del texto
original de Lehninger un clsico: escritura clara, explicaciones
cuidadosas de conceptos difciles y comimicacin a los estu
diantes sobre la forma en la que la bioqumica es entendida y
practicada en la actualidad. Hemos escrito juntos durante
veinte aos y enseado juntos durante casi veinticinco. Nues
tros miles de estudiantes en la Universidad de Wisconsin-Madison durante estos aos han sido una ftiente inacabable de
ideas sobre cmo presentar la bioqumica ms claramente; nos
han ilustrado e inspirado. Esperamos que esta edicin del
veinticinco aniversario ilustrar e inspirar a los actuales estu
diantes de bioqumica de todas partes y quiz lleve algunos a
amar la bioqumica tal como la amamos nosotros.

Prindpales avances redentes de la bioqumica


Cada captulo ha sido completamente revisado y puesto al da
para ir\cluir los piincipales avances de la bioqumica, como:
Conceptos de proteoms y protemica introducidos
al principio del libro (Captulo 1)
Nueva discusin sobre enfermedades amiloides en el
contexto del plegamiento de protenas (Captulo 4)
Nueva seccin sobre productos farmacuticos
desarrollados a partir del conocimiento de mecanismos
enzimticos, utilizando inhibidores de la penicina y de la
proteasa del VIH como ejemplos (Captulo 6)
Nueva discusin sobre anlogos de azcares como
medicamentos que apuntan a la neuramidinasa (Captulo 7)
Nuevo material sobre la proteina fluorescente verde
(Captulo 9)
Nueva seccin sobre lipidmica (Captulo 10)
Nuevas descripciones de lpidos voltiles utilizados como
seales por las plantas y de los pigmentos de las alas de aves

DVIII

derivados de lpidos coloreados en alimentos vegetales


(Captulo 10)
Seccin ampliada y puesta al da sobre balsas lipdicas
y caveolas que incluye nuevo material sobre curvatura
de la membrana y las protenas que influyen en ello, e
introduccin de protenas anfitrpicas y lpidos anulares
(Captulo 11)
Nueva seccin sobre el papel emergente de la ribulosa
5-fosfato como regulador central de la gluciisis y la
gluconeognesis (Captulo 15)
Nuevo Recuadro 16-1, Enzimas claro de luna:
protenas con ms de una fncin
Nueva seccin sobre el papel de los factores de
transcripcin (PPAR ) en la regulacin del catabolismo
de lpidos (Captulo 17)
Seccin revisada y puesta al da sobre la ddo graso
sintasa, en la que se incluye nueva informacin
estructural sobre FAS I (Captulo 21)

Prlogo

IX

Tratamientx) puesto al da del


ciclo del nitrgeno en el que
se incluye el Recuadro 22-1,
Estilos de vida poco comunes
de lo invisible pero abundante,
en el que se discuten las
bacteras anamox
(Captulo 22)
Nuevo Recuadro 24-2,
Epigentica, estructura
nucleosmica y variantes de
histona que describen el
papel de la modificacin de
histonas y deposicin
de nudeosomas en la
transmisin de informacin
epigentica en la herencia.

FIGURA 21-3 Estructura de los sistemas cido graso sintasa de tipo I.


Nueva informacin sobre las funciones
del RNA en la biosntesis de protenas
(Captulo 27)

Nueva informacin sobre el inicio de la replicacin


y la dinmica en la horquilla de replicacin con
introduccin de AAA+ ATPasas y sus funciones
en la replicacin y otros aspectos del metabolismo
del DNA (Captulo 25)

Nueva seccin sobre ribointerruptores


(Captulo 28)

Nueva seccin sobre el conocimiento ampliado de las


funciones dei RNA en las clulas (Captulo 26)

Nuevo Recuadro 28-1, Aletas, alas, picos


y otras estructuras, que describe las conexiones
entre evolucin y desarrollo

Mtodos bioqumicos
Un juicio de la bioqumica requiere a menudo
un conocimiento sobre cmo se obtiene la
informacin bioqumica. Algunos de los mtodos
nuevos o puestos al da descritos en esta
edicin son:

Dicrosmo circular (Captulo 4)

Medicin de la hemoglobina glucada


como indicador de la concentracin
promedio de glucosa sangunea, en
perodos de varios das, en personas con
diabetes (Captulo 7)

La utilizacin de MALDl-MS en la determi


nacin de la estructura de los oligosacri
dos (Captulo 7)

Anlisis forense del DNA, una importante


puesta al da que cubre los modernos anli
sis de STR (Captulo 9)

Ms sobre microchips (Captulo 9)

Utilizacin de marcas para el anlisis y


purificacin de protenas (Captulo 9)

PET combinada con barridos CT para


identificar el cncer (Captulo 14)

MUM9-12 Aplicacin dd etiquetado de protenas en U puri


ficacin de profetnas. Se muestra el uso de una etiqueta de
GST. (a) La gluiatin-S-transferasa (GTS) c$ un enzima pequeo
(representado de color prpura) que une glutatin (un dqxptido Cys-Gly unido ai carfx)no caitwxflico de la cadena lateral
de un residuo de gluUmato, de ah la abreviatura GSH). (b) La
etiqueta de GST se une al extremo carboxilo de la prolena dia
na por ingeniera gentica. La protena c(i<^jelada se expresa
en clulas husped y est presente en ei extracto crudo cuando
se lisan ias clulas. El extracto se cromatc^aa en una colum
na que contenga un medio con glutatin inmovilizado. La
protena etiquetada con GST se une al glutatin, con el cori*
guente retardo de la migracin a travs de ia columna, mien
tras que las protenas restantes pasan a travs rpidamente. La
protena etiquetada se ekiye a continuacin de la columna con
una disolucin que contenga una elevada conccnfracin salina
o de glutatin libre.

hieite4eU
protefna d ftuMn

FIGURA 9-12

Inmunoprecipitacin de la cromatina y experimentos


ChIP-chip (Captulo 24)

Desarrollo de cepas bacterianas con cdigos genticos al


terados, para la insercin especfica de sitio de nuevos
aminocidos en protenas (Captulo 27)

Prlogo

Ejemplos de inters mdico


Recuadro 14-1, La alta velocidad de la gluciisis en los
tumores sugiere dianas para la quimioterapia y facilita el
diagnstico

Este icono se utiliza a lo largo de todo el libro para in


dicar material de inters mdico especial. Como profe
sores, nuestro objetivo es que los estudiantes aprendan bio
qumica y entiendan su importancia para una vida y xmplaneta
ms sanos. Hemos introducido muchos ejemplos nuevos que
relacionan la bioqumica con la medicirui y con los temas de sa
lud en general. Algunas de las aplicaciones mdicas nuevas de
esta edicin son:

Recuadro 15-3, Mutaciones genticas causantes de


fonnas raras de diabetes

La anemia perniciosa y problemas asociados en los vege


tarianos estrictos (Captulo 18)

Mutaciones en los enzimas del ciclo del cido ctrico que


provocan cncer (CMf)tulo 16)

El papel de los cidos grasos poiinsaturados y los cidos


grasos trans en las enfermedades cardiovasculares
(Captulo 10).

Puesta al da de la informacin sobre inhibidores de la


ciclooxigenasa (analgsicos Vioxx, Celebrex, Bextra)
(Captulo 21)

Receptores acoplados a protenas G (GCPR) y gama de


enfermedades en las que se estn desai rollando frmacos
dirigidos a los GCPR (Captulo 12)

Protenas G, regulacin de la actividad GTPasa y conse


cuencias mdicas de una funcin de protena G defectuosa
(Captulo 12), con el nuevo Recuadro 12-2, Protenas G:
interruptores binarios en salud y enfermedad

Recuadro 12-5, Desarrollo de inhibidores de la protena


quinasa para el tratamiento del cncer

HMG-CoA reductasa (Captulo 21) y Recuadro 21-3, La


hiptesis lipdica y el desarrollo de las estatinas
Recuadro 24-1, Curacin de enfermedades por inhibicin
de topoisomerasas, en el que se describe el uso de iibidores de la topoisomerasa en el tratamiento de infeccio
nes bacterianas y el cncer, entre los que se incluyen el
ciprofloxacino (el antibitico efectivo contra el ntrax)

Tema especial: conocimiento del metabolismo a travs de la obesidad y la diabetes


La obesidad y sus consecuencias mdicas, enfermedades car
diovasculares y diabetes, se est convirtiendo rpidamente en
una epidemia, por lo que se incluye nuevo material sobre las co
nexiones bioqumicas entre obesidad y salud a lo largo de esta
edicin. Nuestro enfoque en la diabetes proporciona un tema
integrador a lo largo de los captulos sobre el metabolismo y su
control lo que inspirar, esperamos, a algunos estudiantes a en
contrar soluciones para esta enfermedad. Algunas de las sec
ciones y recuadros que destacan la interrelacin de metabo
lismo, obesidad y diabetes son:

La diabetes no tratada produce acidosis que puede ser


mortal (Captulo 2)

Recuadro 7-1, Determinacin de la glucosa sangunea en


el diagnstico y en el tratamiento de la diabetes, en
donde se introduce la glucacin de la hemoglobina y
los AGE y su papel en la patologa de la diabetes
avanzada

Hgado

Tmido

i f '\
i

Sntesis jr almacena

Oxidaote de
cidos grasos
Respuesta al ayuno

VPARouL

de grasas
d grasas
Produccin de adipoquina

r w ]
PPABvJ

'I\enna^nesis

PPABijl

FI6URA 23-42

Recuadro 11-2, Transporte defectuoso de glucosa y de


agua en dos formas de diabetes

El tejido adiposo genera glicerol 3-fosfato mediante


gliceroneognesis (Captulo 21)

La captacin de glucosa es deficiente en la diabetes


mellitus tipo 1 (Captulo 14)

La diabetes mellitus aparece por defectos en la


produccin o accin de la msuna (Captulo 23)

Los cuerpos cetnicos se producen en exceso en la


diabetes y en la inanicin (Captulo 17)

Algunas mutaciones del genoma mitocondrial son causa


de enfermedades (Captulo 19)

La Seccin 23.4, Obesidad y regulacin de la masa


corporal, discute el papel de la adiponectirm y la
sensibilidad a la insulina y la diabetes de tipo 2

La diabetes puede ser resultado de defectos en las nto


condrias de las clulas /3del pncreas (Captulo 19)

En la Seccin 23.5, Obesidad, sndrome metabco y dia


betes de tipo 2, se mcluye una discusin sobre la diabetes
de tipo 2 y el ejercicio, la dieta y la medicacin

Prlogo

Avances en la enseanza de la bioqumica

I EMPl0PfUaK011-3

Revisar este libro de texto no es nunca un ejercicio solamente de puesta al da. Como
mnimo se utiliza el mismo tiempo en reexaminar la forma en que se presentan los te
mas centrales de la bioqumica. Hemos revisado cada captulo con la vista puesta en
ayudar a los estudiantes a aprender y dominar los fundamentos de la bioqumica. Los
estudiantes que entran por primera vez en contacto con la bioqumica a menudo tienen
dificultades con dos aspectos clave del curso: enfrentarse con los problemas cuantitati
vos y utilizar lo que han aprendido en qumica orgnica para que les ayude a compren
der la bioqumica. Esos mismos estudiantes tambin han de aprender un lenguaje
complejo, con convenciones que a menudo pasan sin mencionarse expbcitamente. He
mos introducido algunos cambios importantes en el libro para ayudar a los estudiantes
a salir adelante con todos estos retos: nuevas herramientas para resolver problemas,
un inters en los cimientos de qunca orgnica y destacar las convenciones clave.

Nuevas herramientas para resolver problemas

XI

Energa dd bombeo por


uncontiansportador
paralelo

- 4ue puede oblciicr d

Calcule ta rozii nixHiut

trai
raletodeNa -ducoKidebw
deunacMaot3i)ia]cuandola|N*Lvir

resdel2mM,ia
(Na*]s.Mextiacdidarde 146 tnin, d potoii^ de membrana ca de
-50 mV (nejtaWo en el interior) y ti temperatura es de
37C.
Solurin: Ultnindo ia ecuacin 11-4 CP- 396), podemos cal
cular la nergta nhtrrtMiU; en un gradkmtr; t?leciroqu(mkx) <!
Na"^, es docir, H coslp qup supom> tranxponar un fcWi Na* ronira este grwik'ntc:

O, r a

INaL-s

+ Z.7

.9ustituimo a continuacin k valorea estndar de^R. T y J ,y


los valores dados para INa * j (expresados en coitcenuaciones
molares), +1 para Z (porque Na* tiene una cania positiva) y
0,(60 V para
Obaerve qu* el potencial de membrana es
-50 mV (negativo en el interior), jior lo que la variariiki de po
tencial cuaitdo un In se insla<la desde ci Interior al exterior
es de 50 mV.
O, (8.315 J/mol K)(310 K)ln

1,2 X 1 0 *

+ 1(96.500 JArmolX0,050V)

Nuevos ejemplos prcticos dentro del texto ayudan a los estudiantes a


mejorar sus capacidades de resolver problemas cuantitativos, llevndolos a
travs de las ecuaciones ms difciles.

Ms de 100 nuevos problemas de final de captulo dan a los estudiantes


ms oportunidades de practicar lo que han aprendido.

Nuevos problemas de anlisis de datos (uno al final de cada captulo)


preparados por Brian White de la Universidad de Massachussetts-Boston,
animan a los estudiantes a sintetizar lo que han aprendido y a aplicar su
conocimiento a la interpretacin de datos de la bibliografa.

- 11,2 U/mol
Esta Gj es la energa potencial por moi de Na' en el gradiente
de Na que esl disponible pera bontbearghicosa. Dado que pa
san dos iones Na a favor de su gradiente electroqutmico al in
terior de la lula por rada mok^niki de ghicoaa transportada en
el simport. Ia energa disponible psva bombear 1mol de Mucosa
esde2X 11,2 kJAnol 22,4 fcUmol. Polemos calcular ahora h
razn de concentracin de glucosa que puede conseguirse con
esla iKwiilja (dt' la ^nocin I l-. p. :6):
AC, = R T la

Iglucosalj,
ACi
22,4kJ/mol
IglucoML, " R.T (8,316 J/mol KK3I0IO

'

IglucoaaU

Inters en los cimientos de la qumica orgnica

IglucouaJ.^

Reordenondo y suatituyeiMio los valores de G,, R y T , nos da

= 5.94 X 10

La nueva Seccin 13.2, Lgica qumica y reacciones bioqumicas comunes,


discute los tipos de reacciones bioqumicas comunes que constituyen la base de
todas las reacciones metablicas.

EJEMPLOPRcnC011-3

La lgica qumica se refuerza en la discusin de las


rutas metablicas centrales.
Las figuras de mecanismo constituyen descripciones
paso a paso que ayudan a los estudiantes a comprender
los procesos de reaccin.
En la presentacin de los mecanismos de reaccin
utilizamos de manera consistente un conjunto de
convenciones introducido y explicado en detalle en
el primer mecanismo enzimtico encontrado
(quimotripsina, pp. 208-209). Algunos de los
problemas nuevos se centran en los mecanismos
qumicos y refuerzan los temis mecansticos.

Convenciones clave
En esta edicin, muchas de las convenciones que son tan
necesarias para comprender cada tema bioqumico as como
la literatura bioqumica se separan del texto resaltndolas.
Estas convenciones clave incluyen expresiones claras de
muchas presunciones y convenciones que se espera a menu
do que los estudiantes asinlen sin que se las hayan mencionado (por ejemplo,
las secuencias peptdicas se escriben desde el extremo amino-terminal al
carboxilo-terminal de izquierda a derecha; las secuencias de nucletidos se es
criben desde el extremo 5' al 3', de izquierda a derecha).

amvENodNCuvE : Cuando se e.scribe la sccucncia de un pptido,


popptido o protena, el extremo amino se coloca a la izquierda
y el extremo carboxilo a ia derecha. La secuencia se lee de iz
quierda a derecha empezando por d residuo amino-terminal.

XM

Prlogo

Internet y suplementos

(ISBN 1-4292-1911-4), totalmente optimizadas para visi


bilidad mxima en la sala de conferencias.

Un corgimto completo de recursos informticos y suplementos


permiten que los instructores y estudiantes dispongan de he
rramientas innovadoras para apoyar diversos enfoques de en
seanza y de aprendizaje. Todos estos suplementos, que se
describen a continuacin, estn en ingls y pueden solicitar
se directamente a la editorial W.H. Freeman and Company,
41 Madison Avenue, New York, NY 10010, Estados Unidos,
email: intemational@bfwpub.com, o a travs de Los Andes
Libros, S.L., Loreto 13-15, local C, 08029 Barcelona, telfono
93 419 33 36, fax 93 419 51 89, email: libros@andeslibros.com.

Mecanismos enzimticos animados y tcnicas bio


qumicas animadas en archivos Flash y precargados en
PowerPoint, tanto en formato PC como Macintosh para
presentacin de clases magistrales. (Vase la lista de te
mas de animacin en la guarda anterior del libro.)

eBook
Esta versin online del libro de texto
combina el contenido del libro impreso,
herramientas de estudio electrnicas y
un completo complemento de medios pa
ra el estudiante en internet creados para
dar soporte al texto. Tambin proporcio
na material til para los enseantes.
eBook study tools incluye navegacin instantnea a
cualquier seccin o pgina del libro, elementos destaca
dos, bsqueda instantnea de cualquier trmino, defini
ciones de trminos clave plegables y un glosario hablado.
El student media especco del texto, totalmente inte
grado a travs del eBook, incluye mecanismos enzintticos animados, tcnicas bioqumicas animadas, vdeos de
solucin de problemas, tutoras de estmcturas molecula
res en Jmol, los ID del Protein Data Bank en Jmol, grfi
cos animados y adivinanzas online.
Las instructor features incluyen la posibilidad de aa
dir notas o archivos a cualquier pgina y compartir estas
notas. Las notas pueden contener texto, links de la red,
animaciones o fotos. Los enseantes pueden asignar el
texto completo o una versin apropiada del eBook.

Medios adicionales para los docentes


Los docentes disponen de un conjunto completo de herra
mientas para la docencia, todas desarrolladas para apoyar el
texto, presentacin de conferencias y estilos de docencia indi
viduales. Todos los medios para los docentes se pueden descar
gar en el sitio web (www.whfreeman.com/lehninger5e) y en el
Instructor Resource CD/DVD (ISBN 1-4292-1912-2). Estos
medios informticos incluyen:

Archivos JPEG completamente optimizados de cada


figura, foto y tabla en el texto. Se han revisado los archi
vos por docentes y comprobado en salas de conferencias
grandes para asegurar la mxima claridad y visibi
lidad. Los JPEG tambin se ofrecen en archivos sepa
rados y en fonnato PowerPoint para cada captulo.
Las 150 imgenes ms interesantes del libro de texto es
tn disponibles en un Coigunto de transparencias

Hay una lista de ID del Protein Data Bank para las es


tmcturas del texto, ordenada segn el nmero de figura.
En esta edicin se incluye un ndice de todas las estmturas en el Web browser applet interactivo con Jmol.
Los grficos animados ilustran ecuaciones clave del li
bro de texto que muestran los resultados grficos al cam
biar los parmetros.
Un Test Bank completo en formatos PDF y Word editable incluye 150 problemas de eleccin mltiple o de res
puesta corta por captulo, ordenados segn dificultad.

Medios informticos adicionales para el estudiante


Los estudiantes disponen de medios disefados para favorecer
la comprensin de los principios bioqumicos y mejorar su capa
cidad de resolucin de problemas. Todos los medios para los es
tudiantes, junto con las estructuras PDB y los grficos
animados, tambin estn en el eBook y muchos se encuentran
en el sitio web del libro (www.whfireeman.com/lehninger5e).
Los medios infomiticos para el estudiante comprenden:

Nuevos vdeos para ia


resolucin de problemas,
creados por Scott Ensign de
la Utah State University, que
propocionan 24/7 ayudas
online para la resolucin de
problemas por los estudiantes.
Mediante una aproximacin
en dos partes, cada vdeo de
10 minutos cubre un problema clave del libro de texto
que representa un tema por el cual los estudiantes han de
esforzarse para donnar. Ensign describe primero una es
trategia comprobada para la resolucin de problemas y a
continuacin aplica dicha estrategia al problema elegido
mediante pasos claros y concisos. Los estudiantes pueden
parar, rebobinar y revisar cualquier paso a su antojo hasta
que dominan firmemente, no slo la solucin sino tambin
el razonamiento que lo soporta. El tratamiento de los pro
blemas de esta forma est dise\ado para que los estudian
tes mejoren y tengan ms confianza en la aplicacin de
estrategias clave en el momento de resolver otros proble
mas del libro de texto o de los exmenes.
Versiones paia los estudiantes de los mecanismos enzi
mticos animados y tcnicas bioqumicas animadas
que los ayudan en su comprensin de mecanismos y tc
nicas clave a su propio ritmo. Para una lista de temas de
animacin vase la guarda anterior del libro.

Prlogo

Biocham tgtry in 30 PrincIpiM of Biochem istry


Protein Architecture
Tcniarv Structure of U rge Globular Proter>s
I, imroduc.'on
Tfft ir,

0>IjfO* ot- 0'CI*>ri

r*M.nt Ti*

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*fhi.wettnmi riMvewt mm Jnc (angltitlv 'imML

>*MiW> >v

IH* S* m4i*0<as'4

Cuestiones a discutir: proporcionadas para


cada seccin; diseadas para revisin indivi
dual, grupos de estudio o discusiones en el
aula

n auto-test: Conoce los trminos?; cru


cigramas; preguntas de eleccin mltiple;
cuestiones promovidas por hechos y pregun
tas que obligan a los estudiantes a aplicar sus
nuevos conocimientos en nuevas direcciones
(ms las soluciones!)

II Whai f SurtontfJrY
f V">OW>r Mir* > -ron

*V' fWir wi N * wnl^ IN xtmwfOM


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I tno '0* M tUf^f o I**

Ur^l*ia<r

At

t "*

I^s Molecular Structure 'Hitorials, que utilizan el


Jmol-Web browser applet, permiten que los estudiantes
exploren ms profundamente las estructuras moleculares
que se encuentran en libro de texto, entre ellas:
Arquitectura de protenas
BacterioiTodopsina
Represor Lac
Nucletidos
Molculas MHC
Protenas G trimricas
Protenas de unin de oxgeno
Endonucleasas de restriccin
Ribozima en cabeza de martillo

Las adivinanzas online incluyen unas 20 preguntas de


eleccin mltiple interesantes de cada captulo, con una
graduacin automtica y con referencias al texto y con una
retroalimentacin en todas las respuestas.

The Absolute, Ultmate Guide to Lehninger Principies of Bio


chemistry, Fifth Edition, Study Guide and Solutions Manual,
por Marcy Osgood (University of New Mxico School of Me
dicine) y Karen Ocon* (University of California, San Diego);
1-4292-1241-1
Tb^Ahsoliitf, Ultimale Guide combina ima gua de estudio in
novadora con un manual seguro de soluciones (con soluciones
detalladas para todos los problemas de final de captulo) en un
volumen nico y manejable. Probado a fondo en clases, incluye
en cada captulo:

Conceptos principales: un mapa de comunicaciones a


lo largo del captulo

Qu se ha de revisar: preguntas que recapitulan pun


tos clave de captulos anteriores

Agradecimientos
Este libro representa el esfuerzo de un equipo y
hubiese sido imposible producirlo sin el excelente
personal de W. H. Freeman and Company que nos
apoyaron en todos los pasos recorridos. Randi Rossignol (director snior) y Kate Ahr (director ejecu
tivo) organizaron revisiones, hicieron mltiples
sugerencias, nos animaron, nos mantuvieron en los objetivos e
intentaron con valenta (aunque no siempre con xito) que res
petsemos los plazos. Nuestra excepcional directora del pro
yecto, Liz Geller, consigui en cierta manera que el libro
siguiese su camino a travs de la produccin a pesar de nuestros
incumplimientos con ios plazos y los cambios de ltima hora,
cosa que hizo con su habitual gracia y habilidad. Volvimos a te
ner la buena fortuna de trabajar con Linda Strange, una fants
tica editora que ha realizado este trabajo en la cinco ediciones
de los Principios de bioqumica (as como en las dos edicio
nes de su predecesor, Bioqumica de Lehninger). Sus aporta
ciones son valiossimas y mejoran el texto en el que ella
interviene. Tambin volvimos a tener suerte con las aportacio
nes y aclaraciones de Morgan Ryan, que ya trabaj con nosotros
en la tercera y cuarta ediciones. Agradecemos a la investigado
ra de fotografa Dena Digilio Betz por su ayuda en la localiza
cin de imgenes y a Nick Timoczko y Whitney Clench por
conseguir que los textos y archivos fluyesen correctamente en
tre todos los participantes en el proyecto. Tambin nuestro es
pecial agradecimiento a Debbie Clare, directora asociada de
marketing, por su creatividad y buen humor en ia coordinacin
del esfuerzo comercial y de marketing.
En Madison, Brook Soltvedt es (y ha sido en todas las edicio
nes en las que hemos trabajado) nuestra crtica y editora de pri
mera lnea. Es la primera que ve los captulos manuscritos, ayuda
en el desarrollo del manuscrito y de las figuras, asegura la cohe
sin intenia tanto en el contexto como en la nomenclatura y nos
mantiene en el trabajo con presiones ms o menos gentiles. Al
igual que lo hizo con la cuarta edicin, Shelley Lusetti, actual
mente en la New Mxico State University, ley cada una de las
palabras del texto en las galeradas, capt numerosos errores y
aportx5 mucJias sugerencias que mejoraron el texto.
Las nuevas imgenes en esta edicin, incluidos los nuevos
grficos moleculares, fueron obra de Adam Steinberg, aqu en
Madison, quien, a menudo hizo propuestas valiosas que se
plasmaron en ilustraciones mejores y ms claras. Esta edicin
tambin contiene muchos grficos moleculares producidos
para la tercera y cuarta ediciones por Jean-Yves Sgro, otro co

_ * 'v ]]

Prlogo

lega de Madison. Nos consideramos muy afortunados al tener


unos compaeros de equipo tan valiosos como Brook, Shelley,
Adam y Jean-Yves.
Tambin estamos muy agradecidos a Brian White de la
Universidad de Massachusetts-Boston, que escribi los nuevos
problemas de anlisis de datos al final de cada captulo.
Muchos colegas jugaron un papel especial gracias a su inte
rs en el proyecto y a su aportacin oportuna. Entre ellos son de
destacar Laurens Anderson, de la Universidad de WisconsinMadison; Jeffrey D. Esko, de la Universidad de California, San
Diego; Jack Kirsch y sus estudiantes, de la Universidad de Califomia, Berkeley, y Dana Aswad, Shiou Chuan (Sheryl) Tsai, Mi
chael 0. Cumsky y colaboradores (mencionados ms adelante),
de la Universidad de California, Irvine. Muchas personas ms
nos ayudaron a dar forma a esta quinta edicin con sus comen
tarios, sugerencias y crticas. A todos ellos nuestro ms pro
fundo agradecimiento:
Richard M. Amasino, University oJWisc<msin--Madisori
Louise E. Anderson, University of Illinois at Chicago
Cheryl Bailey, University qf Nebraska, Lincoln
Kenneth Balazovich, University of Michigan
Thomas O. Baldwin, University ofArizona
Vahe Bandarian, University ofArizona
Eugene Barber, University of Rochester
Sebastian Y. Bednarek, University ofWisconsirir-Madison
Ramachandra Bhat, Lincoln Universy
James Blankenship, Comell University
Sandra J. Bonetti, Cotorado State Universy, Pv^blo
Barbara Bowman, University qf California, Berkeley
Scott D. Briggs, Purdue University
Jeff Brodsky, University of Pittsburgh
Ben Caldwell, Missouri Western State University
David Camerini, University of California, Irvine
Guillaume Chanfreau, University of California, Los Angeles
Melanie Cocco, University of Califomict, Irvine
Jeffrey Cohlberg, California State University, Long Beach
Kim D. Collins, University of Maryland
Charles T. Dameron, Duquesne University
Richard S. Eisenstein, University of Wisconsin-Madison
Gerald W. Feigenson, Comell University
Robert H. Fillingame, Universy of Wisconsin-Madison
Brian Fox, University of Wisconsin-Madison
Gerald D. Frenkel, RuXgers University
Perry Frey, University of Wisconsivr-Madison
David E. Graham, Universy of Texas-Austin
Wliam J. Grimes, University ofArizona
Martyn Gunn, Tgxas A&M University
Olivia Hanson, University of Central Oklahoma
Amy Hark, Muhlenberg College
Shaun V. Hernndez, Universy of Wisconsirir-Madison
Peter Hinkle, Comell University
P. Shing Ho, Oregon State Universy
Charles G. Hoogstraten, Michigan State Universy
Gerwald Jogl, Broum University
Sir Hans Komberg, Boston Universy
Bob Landick, Universy of Wisconsin-Madison
Patrick D. Larkin, Thxas A&M Universy, Corpus Christi
Ryan P. Liegel, Universy of Wisconsin-Madison
Maria Linder, CcUifomia State Universy, FuUerton
Andy C. LiWang, Texas ASM Universy
John Makemson, Florida IntemcUional Universy
John C. Matthews, University ofMississppi^ School qfPharmacy
Benjamin J. McFarland, Seattle Pacific University

Anant Menon, Wel Comell Medical College


Sabeeha Merchant, Universy of California^ Los Angeles
Scott C. MoY\t, Boston Universy
Kimberly Mowry, Brown Universy
Leisha Mullins, Texas A&M Universy
Sewite Negash, California State Universy, Long Beach
Alien W. Nicholson, Temple Universy
Hiroshi Nikaido, Universy of California, Berkeley
James Ntambi, Universy of Wisconsin-Madison
Timothy F. Osbome, Universy of California, Irvine
Jos R. Prez-Castieira, Universy ofSevle, Spain
Terry Platt, Universy of Rochester
Wendy Pogozelski, StcUe Universy qf New York at Geneseo
Jonathan Popper, University of Wisconsin-Madison
Thomas Poulos, University of California, Irvine
Jack Preiss, Michigan State Universy
Anna Radominska-Pandya, Universy ofArkansas
Ron Raines, Universy of Wisconsin-Madison
Tom A. Rapoport, Harvard Medical School
Jason J. Reddick, Universy qf North Carolina, Greensboro
Mary Roberts, Boston College
Ingrid K. Ruf, Universy of CcUtfomicL, Irvine
Aboozar Soleimani, Tehran Universy, Irn
Mark Spaller, Wayne State Universy
Stephen Spiro, Universy of Texas at DaXLas
Narasimha Sreerama, Colorado State Universy
Jon D. Stewart, Universy of Florida
Koni Stone, California State Universy, Stanislaus
Jon R. Stultzfiis, Michigan State Universy
Jeremy Thomer, University of CcUifomia, Berkeley
Dean R. Tolan, Boston Universy
Sandra L. TVirchi, MLersviUe Universy
Manuel Vrela, Eastem New Mxico Universy
Bob Warburton, Shepherd Universy
Tracy Ware, Salem State College
Susan Weintraub, Uniuersy of Texas, Health Science Center
Michael Yaffe, Massachusetts Institute qf Technology
Nos falta espacio para agradecer a todas las personas cuyos es
fuerzos especiales fueron a parar a este libro. En su lugar ofre
cemos nuestras sinceras gracias y el libro acabado que ayudaron
a que fuese una realidad- Nosotros, por supuesto, asumimos to
da la responsabilidad por los errores de hecho o de nfasis.
Estamos agradecidos a nuestros estudiantes de la Universi
dad de Wisconsin-Madison que proporcionaron inspiracin y nu
merosas ideas para su mejora. Si hay algo en el libro que no es
correcto, nunca se han avergonzado de decimoslo. Agradecemos
a los estudiantes y personal de nuestros equipos de investigacin
y al Center for Biology Education que nos ayudaron a mantener
en equilibrio los retos de nuestro tiempo; a nuestros colegas del
Departamento de Bioqumica de la Universidad de WisconsinMadison que nos ayudaron con sus consejos y crticas y a todos
los estudiantes y profesores que nos han sugerido cmo pode
mos mejorar nuestro libro. Esperamos que nuestros lectores
continuarn proporcionndonos ideas para ftituras edick>nes.
Finalmente, expresamos nuestro ms profundo reconoci
miento a nuestras esposas, Brook y Beth, y a nuestras familias,
que mostraron una paciencia extraordinaria, as como un
apoyo constante, a la redaccin de este libro.
David L. Neison
Michael M. Cox
Madison, Wisconsin

Indice de materias
Prlogo
1 Fundamentos de bioqumica

1 ESTRUaURAYCATAUSIS
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

El agua
Aminocidos, pptidos y protenas
Estructura tridimensional de las protenas
Funcin de las protenas
Enzimas
Glcidos y giucobioioga
Nucletidos y cidos nucleicos
Tecnologas de la informacin basadas en el DNA
Lpidos
Membranas biolgicas y transporte
Boseaiizacin

li BIOENERGTICAY METABOLISMO
13 Bioenergtica y tipos de reacciones bioqumicas
14 Gluclisis, gluconeognesis y ruta de las pentosas fosfato
15 Principios de regulacin metablica
16 Ei ciclo del cido ctrico
17 Catabolismo de los cidos grasos
18 Oxidacin de aminocidos y produccin de urea
19 Fosforilacin oxidativa y fotofosforilacin
20 Biosntesis de glcidos en plantas y bacterias
21 Biosntesis de lpidos
22 Biosntesis de aminocidos, nucletidos
y molculas relacionadas
23 Regulacin homnonal e integracin del
metabolismo en los mamferos

vlli

1 Fundamentos de bioqumica

41
43
71
113
153
183
235
271
303
343
371
419

1.1 Fundamentos celulares

Las clulas son las unidades estructurales y


funcionales de todos los organismos
Las dimensiones celulares estn limitadas
por la difusin
Los seres vivos se pueden clasificar en tres
dominios distintos
Escherichia coli es la bacteria mejor estudiada
Las clulas eucariticas poseen diversos
orgnulos membranosos que pueden aislarse
para su estudio
El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto
y es altamente dinmico
Las clulas construyen estructuras
supramoleculares
Los estudios in vitro podran no detectar
interacciones importantes entre molculas

3
3
4
5

8
9

10

485
489
527
569
615
647
673
707
773
805

1.2 Fundamentos qumicos

11

Las biomolculas son compuestos de carbono


con una diversidad de grupos funcionales
Las clulas contienen un conjunto universal
de molculas pequeas

11
13

Recuadro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las


unidades que deben utilizarse

14

Las macromolculas son los principales


constituyentes de las clulas
La estructura tridimensional se describe
en trminos de configuracin y conformacin

14
15

Recuadro 1-2 Louis Pasteur y la actividad ptica: in vino, veritas 17


851
901

lll LAS RUTAS DE LA INFORMACIN

945

24 Genes y cromosomas
*
25 Metabolismo del DNA
26 Metabolismo del RNA
27 Metabolismo de las protenas
28 Regulacin de la expresin gnica

947
975
1021
1065
1115

Glosario G-1
Crditos C-1
Apndice A Abreviaturas comunes en la literatura
cientfica bioqumica A-1
Apndices Soluciones abreviadas a los problemas SA-1
ndice alfabtico h 1

Las interacciones entre las biomolculas


son estereoespecficas

18

1.3 Fundamentos fsicos

19

Los organismos vivos existen en un estado


estacionario dinmico y no se hallan nunca
en equilibrio con su entornos
Los organismos transforman energa y materia
de su entorno
El flujo de electrones da energa para los organismos

Recuadro 1-3 Entropa: las ventajas de estar desorganizado

La continuidad gentica reside en ias molculas


de DNA

20
20

21

Crear y mantener el orden requiere trabajo y energa


El acoplamiento energtico conecta las
reacciones biolgicas
ATgq y AG miden la tendencia de una reaccin a
transcurrir espontneamente
Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones
qumicas
El metabolismo est regulado para conseguir
equilibrio y economa

1.4 Fundamentos genticos

20

22
22
24
25
26

27
27
^KV

XVI

Indice de materias

La estructura del DNA hace posible su reparacin


y repcacin con fidelidad casi perfecta
La secuencia lineal del DNA codifica protenas con
estructuras tridimensionales

28
29

1.5 Fundamentos evolutivos

29

Los cambios en las instnicciones hereditarias


hacen posible la evolucin
Las primeras biomolculas aparecieron
por evolucin qumica
Los primeros genes y catalizadores podran haber sido
molculas de RNA o precursores relacionados
La evolucin biolgica empez hace ms de tres
mil quinientos millones de aos
La primera clula utiliz probablemente combustibles
inorgnicos
Las clulas eucariticas evolucionaron a partir
de precursores ms sencillos a travs de diversas
fases
La anatoma molecular revela relaciones evolutivas
La genmica funciorml permite deducir la
correspondencia entre genes y procesos celulares
especficos
La comparacin de genomas tienen una importancia
cada vez mayor en biologa y medicina humanas

ESTRUaURA Y CATALISIS

64

2.4 El agua como reactivo

65

31

2.5 La adecuacin del ambiente acuoso a los


organismos vivos

65

32
32

33
33

35
35

41

43

2.3 Tamponamento contra cambios de pH


en los sistemas biolgicos
Los tampones son mezclas de cidos dbUes y
sus bases conjugadas

63

30

2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

El agua pura est geramente iorzada


La ionizacin del agua se expresa mediante una
constante de equibrio
La escala de pH representa las concentraciones
de
y 0H~
Los cidos y bases dbiles tienen constantes de
disociacin caractersticas
Las curvas de titulacin revelan el p/a de los cidos
dbiles

61

29

43

2.2 Ionizacin del agua, cidos dbiles y bases dbiles

60

Recuadro 2<1 Medicina: Sobre ser su propio conejillo de Indias


(No lo intente en casal)

2 El agua
Los enlaces de hidrgeno confieren al agua sus
propiedades extraordinarias
El agua forma enlaces de hidrgeno con los
solutos polares
El agua interacciona electrostticamente con
los solutos cargados
La entropa aumenta cuando se disuelve una
sustancia cristalina
Los gases apolares se disuelven mal en el agua
Los compuestos apolares fuerzan cambios energti
camente desfavorables en la estructura del agua
Las interacciones de van der Waals son atracciones
interatncas dbiles
Las interacciones dbiles son cruciales para
la estructura y funcin de las macromolculas
Los solutos afectan a las propiedades cogativas
de las disoluciones acuosas

La ecuacin de Henderson-Hasselbalch relaciona


pH, pATa y concentracin de tampn
cidos o bases dbiles tamponan clulas y tejidos
contra cambios de pH
La diabetes no tratada produce acidosis
que puede ser mortal

43
45

3 Aminocidos, pptidos y protenas_________ 7}


3.1 Aminocidos
Los aminocidos tienen caractersticas
estructurales comunes
Los residuos annocidos de las protenas son
estereoismeros l
Los aminocidos se pueden clasificar segn su
grupo R

72
72

Recuadro 3-1 Mtodos: Absorcin de la luz por las molculas:


ley de Lambert-Beer
Los aminocidos no estndar tienen tambin
importantes funciones
Los annocidos pueden actuar como cidos
y como bases
Los annocidos tienen curvas de titulacin
caractersticas
La curva de titulacin predice la carga elctrica
de los aminocidos
Los aminocidos difieren en sus propiedades
cido-base

74
74

76
77
78
79
80
81

46
47
47
47
49
50
51

54
54

3.2 Pptidos y protenas

82

Los pptidos son cadenas de aminocidos


82
Los pptidos pueden distinguirse por su
comportamiento de iorzacin
82
Existen pptidos y popptidos biolgicamente activos
de una gran variedad de tamaos y composicin 83
Algunas protenas contienen grupos qumicos
84
diferentes a los annocidos

3.3 Trabajar con protenas


Las protenas se pueden separar y purificar
Las protenas pueden separarse y caracterizarse
por electroforesis
Es posible cuantificar las protenas no aisladas

85
85

88
91

55

3.4 Estruaura de las protenas: estructura primara


56
57
58

59
59

La funcin de una proterwi depende de su secuencia


de aminocidos
Se ha deternnado la secuencia de annocidos
de millones de protenas
Los popptidos cortos se secuencian utizando
procedimientos automticos
Las protenas grandes deben secuenciarse a partir
de fragmentos ms pequeos
Las secuencias de arrnocidos se pueden deducir
tambin mediante otros mtodos

92
93
93
94
95
98

ndice de materias

Recuadro 3*2 Mtodos: Investigar protenas medante


la espectrometra de masas
Es posible sintetizar qumiciamente pptidos
y protenas pequeas
La secuencia de aminocidos proporciona
informacin bioqumica importante
Las secuencias de protenas permiten deducir
la historia de la vida en la Tierra

98
100
101
102

xv

Los polipptidos se pliegan rpidamente


en un proceso de varias etapas
142
Algunas protenas experimentan un plegamiento
asistido
143
Defectos en el pleganento de protenas pueden
constituir la base molecular de una amplia gama
de trastornos genticos himianos
145

Recuadro 4*6 Medicina: Muerte por plegamiento inconrecto:


enfermedades prinicas

147

Recuadro 3-3 Secuencias consenso y logotipos de secuencia

103

4 Estructura tridimensional de las protenas

113

5 Funcin de las protenas

153

4.1 Visin general sobre la estructura proteica

113

5.1 Unin reversible de una protena a un ligando:


protenas de unin a oxgeno

154

La conformacin de una protena est estabilizada


principalmente por interacciones dbiles
El enlace peptdico es plano y rgido

4.2 Estructura secundara de las protenas


La hlice a es ima estructura secundaria frecuente
en las protenas

Recuadro 4*1 Mtodos: Cmo distinguir dextrgiro


de levgiro
La secuencia de aminocidos afecta a la estabilidad
de la hlice a
I-A conformacin /3 organiza las cadenas
polipeptdicas en forma de hoja
Los giros jS son frecuentes en las protenas
Las estructuras secundarias comimes tienen
ngulos diedros caractersticos
Las estructuras secundarias comunes pueden
evaluarse mediante dicrosmo circular

4.3 Estnicturas terciara y cuaternaria de las protenas


Las protenas brosas estn adaptadas a una
funcin estructural

Recuadro 4-2 La ondulacin permanente es un ejemplo


de ingeniera bioqumica
Recuadro 4-3 Medicina: Razones por las que marineros,
exploradores y estudiantes deben consumir frutas
y verduras frescas
Recuadro 4-4 El banco de datos de estructura de protenas
(Protein Data Bank, PDB)

114
115

117
117

118
119
120
121
121
122

123
123

125

126
129

En las protenas globulares la diversidad estructural


refleja la diversidad funcional
129
La mioglobina proporcion las primeras claves
acerca de la complejidad de las estructuras
proteicas globulares
129
Las protenas globulares tienen estructuras terciarias
diversas
131

Recuadro 4-5 Mtodos: Mtodos para determinar


la estructura tridimensional de una protena
Los motivos proteicos constituyen la base de la
clasicacin estructural de las protenas
Las estructuras cuaternarias de las protenas
comprenden desde dmeros sencillos hasta
grandes complejos

4.4 Desnaturalizacin y plegamiento de protenas

132
136

138

140

La prdida de la estructura conduce a la prdida


de funcin
140
La secuencia de aminocidos determina la estructura
terciaria
141

El oxgeno puede estar unido a un grupo


prosttico hemo
La mioglobina tiene un nico sitio de fijacin
para el oxgeno
Las interacciones protena-ligando se pueden
describir cuantitativamente
La estructura proteica afecta al modo de unin
del ligando
El oxgeno es transportado en la sangre por la
hemoglobina
Las subimidades de la hemoglobina son
estructuralmente similares a la mioglobina
La hemoglobina experimenta un cambio estructural
al unirse al oxgeno
La hemoglobina une oxgeno de manera cooperativa
La unin cooperativa de ligando puede ser descrita
cuantitativamente

Recuadro 5-1 Medicina: Monxido de carbono:


un asesino silencioso
Existen dos mcxielos que explician los mecanismos
de la unin cooperativa
La hemoglobina tambin transporta
y CO2
La unin de oxgeno a la hemoglobina est regulada
por el 2,3-bisfosfoglicerato
La anemia falciforme es una enfermedad molecular
de la hemoglobina

5.2 Interacciones complementarias entre protenas


y ligandos; el sistema inmune y las
inmunoglobulinas
En la respuesta inmune interviene un conjunto
de clulas y protenas especializadas
Los anticuerpos poseen dos lugares idnticos
de unin a antgeno
Los anticuerpos se unen fuertemente y de manera
especca al antgeno
I-as interacciones antgeno-anticuerpo
son la base de diversos procesos analticos
importantes

5.3 Interacciones proteicas moduladas por energa


qumica: actina, miosina y motores moleculares
Las principales protenas del msculo son la
actina y la miosina
Otras protenas adicionales organizan las filamentos
delgado y grueso en estructuras ordenadas
Los filamentos gruesos de miosina se deslizan
a lo largo de los filamentos delgados
de actina

154
155
155
158
158
159
160
160
162

163
165
165
166
167

170
170
171
173

173

175
175
176

178

Indice de materias

6 Enzimas

183

6.1 Introduccin a los enzimas

183

La mayora de enzimas son protenas


Los enzimas se clasifican segn la reaccin
catalizada

6.2 Funcionamiento de los enzimas


Los enzimas alteran las velocidades de reaccin
pero no los equilibrios
Las velocidades de reaccin y los equilibrios tienen
definiciones termodinmicas precisas
Unos pocos principios explican el poder cataKtico
y la especificidad de los enzimas
iiiteracxiones dbiles entre enzima y sustrato
son ptimas en el estado de transicin
La energa de fijacin contribuye a la especificidad
(le reaccin y a la catlisis
Grupos catalticos especficos contribuyen a la
catlisis

6.3 La cintica enzimtica como mtodo para


comprender el mecanismo
La concentracin de sustrato afecta a la velocidad
de las reacciones catalizadas por enzimas
La relacin entre concentracin de sustrato y
velocidad de reaccin enzimtica se puede
expresar cuantitativamente
Los pai'metros cinticos se utilizan para comparar
actividades enzimticas

Recuadro 6-1 Transformaciones de la ecuacin de


Michaelis-Menten: grfica de los dobles recprocos

184
184

186
186
188
188
189
191
192

194
194

195
197

197

Recuadro 6-2 Pruebas cinticas para determinar


los mecanismos de inhibicin

202

La actividad enzimtica depende del pH

204

El mecanismo de la quimotripsina implica acilacin


y desacilacin de un residuo Ser

Recuadro 6-3 Pruebas de la complementariedad entre el


enzima y el estado de transicin
En la hexoquinasa se produce un encaje inducido
durante la unin del sustrato
El mecanismo de reaccin de la enolasa requiere la
presencia de iones metlicos
La lisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento
nucleoflico sucesivas
La compresin de los mecanismos enzimticos
impulsa importantes avances en medicina

6.5 Enzimas reguladores


Los enzimas alostricos experimentan cambios
de conformacin en respuesta a la unin
de moduladores
Las etapas reguladoras estn catalizadas por
enzimas alostricos en muchas rutas

205
205

210
212
213

222
223
224
225

226
227

7 Glcidos y glucobiologa

235

7.1 Monosacridos y dsacridos

235

Las dos familias de monosacridos son las aldosas


y las cetosas
Los monosacridos tienen centros asimtricos
Los monosacridos comimes tienen estructura
cclica
Los organismos contienen numerosos derivados
de las hexosas
Los monosacridos son agentes reductores

Recuadro 7-1 Medicina: Determinacin de 1aglucosa


sangunea en el diagnstico y el tratamiento
de la diabetes
Los disacridos contienen un enlace glucosdico

Muchos enzimas c>atalizan reacciones en las que


intervienen dos o ms sustratos
200
La cintica del estado preestacionario puede aportar
pruebas sobre pasos especficos de la reaccin
201
Los enzimas estn sujetos a inhibicin reversible
o irreversible
201

6.4 Ejemplos de reacciones enzimticas

Las propiedades cinticas de los enzimas


alostricos divergen del comportamiento
de Michaelis-Menten
Algunos enzimas estn regulados por modificacin
covalente reversible
Los grupos fosforilo afectan la estructura
y la actividad cataltica de los enzimas
Las fosforilaciones mltiples permiten un control
exquisito de la regulacin
Algunos enzimas y otras protenas son regulados
mediante la rotura proteoltica de un precursor
enzimtico
Algunos enzimas reguladores utilizan varios
mecanismos de regulacin

7.2 Polisacridos
Algunos homopolisacridos son formas de
almacenamiento de combustible
Algunos homopolisacridos tienen funcin
estructural
Los factores estricos y los puentes de hidrgeno
contribuyen al plegamiento de los
homopolisacridos
Las paredes celulares de algas y bacterias contienen
heteropolisacridos estructurales
Los glucosaminoglucanos son heteropolisacridos
de la matriz extracelular

236
236
238
240
241

241
243

244
245
246

247
249
249

7.3 Glucoconjugados: proteoglucanos, glucocoproteinas


y glucolpidos
252
Los proteoglucanos son macromolculas de
la superficie celular y de la matriz extracelular
que contienen glucosaminoglucanos
Las glucoprotenas contienen oligosacridos unidos
covalentemente
Los glucolpidos y los lipopolisacridos son
componentes de membrana

262
255
256

213
216

220
220
22 i

JA Los glcidos son molculas que contienen


informacin: el cdigo de los azcares
Las lectinas son protenas que leen el cdigo
de los azcares y que intervienen en muchos
procesos biolgicos
Las interacciones lectina-glcido son muy
especficas y, a menudo, polivalentes

7.5 Trabajar con glcidos

257
258
261

263

(ndke de materias

8 Nudetidos y cidos nucleicos

271

8.1 Conceptos bsicos

271

Los nucletidos y los cidos nucleicos estn


formados por bases y pentosas caractersticas
Los nucletidos sucesivos de los cidos nucleicos
estn unidos por enlaces fosfodister
Las propiedades de las bases de los nucletidos
influyen en la estructura tridimensional
de los cidos nucleicos

8.2 Estructura de los cidos nucleicos


El DNA es una doble hlice que almacena
infoimacin gentica
El DNA puede adoptar diferentes formas
tridimensionales
Algunas secuencias de DNA adoptan estructuras
no habituales
Los RNA mensajeros codifican las cadenas
polipeptdicas
Muchos RNA tienen estiTicturas tridimensionales
ms complejas

8.3 Qumica de los cidos nucleicos


El DNA y el RNA de doble hlice pueden
desnaturalizarse
Ix)s cidos nucleicos de especies diferentes pueden
foiTuar hbridos
Los nucletidos y los cidos rmcleicos experimentan
transformaciones no enzimticas
Algunas bases del DNA estn metiladas
Es posible determinar la secuencia de largas
cadenas de DNA
Se ha automatizado la sntesis qumica de DNA

8.4 Otras funciones de ios nucletidos


Los nucletidos transportan energa qumica
en las clulas
Los nucletidos de adenina foiTnan parte de
muchos cofactores enzimticos
Algunos nucletidos son molculas reguladoras

271
274

276

277
278
280
281
283
284

287
287
288
289
292
292
294

296
296
297
298

La reaccin en cadena de la polimerasa amplifica


secuencias de DNA especficas
Secuenciacin de genomas enteros

xx

317
317

Recuadro 9-1 Un arma poderosa para la medicina forense

319

9.3 De los genomas a los proteoms

324

Las relaciones entre las secuencias o las estructuras


suministran informacin sobre la funcin de las
protenas
324
Los patrones de expresin celular pueden revelar la
funcin celular de un gen
325
La deteccin de las interacciones protena-protena
es til en el esclarecimiento de las funciones
celulares y moleculares
328

9.4 Alteraciones del genoma y nuevos productos


biotecnolgcos
Un parsito bacteriano facilita la clonacin en
plantas
La manipulacin de los genomas animales
simnistra informacin sobre la estructura
de los cromosomas y la expresin gnica
Las nuevas tecnologas pueden facilitar el
descubrimiento de nuevos frmacos

Recuadro 9-2 Medicina: El genoma humano y la terapia


gnica humana
tecnologa del DNA recombinante ofrece nuevos
productos y nuevas posibilidades

330
330

332
335

335
337

10 Lpidos

343

10.1 Lpidos de almacenamiento

343

Los cidos grasos son derivados de hidi-ocarburos


Los triacilgliceroles son steres de cidos grasos
y glicerol
Los triacilgliceroles aportan energa almacenada y
aislamiento
La hidrogenacin parcial de los aceites de cocina
produce cidos grasos

Recuadro 10-1 Cachalotes: cabezones de la profundidades

343
346
346
347

347

Las ceras sirven como almacenes de energa y

9 Tecnologas de la informacin basadas


en el DNA
9.1 Clonacin del DNA: fundamentos
El DNA recombinante se obtiene mediante
endonucleasas de restriccin y DNA ligasa
Los vectores de clonacin permiten la amplificacin
de fragmentos de DNA insertados
La hibridacin permite la deteccin de secuencias
de DNA especficas
La expresin de genes clonados produce grandes
cantidades de protena
La alteracin de los genes clonados produce
protenas modificadas
Uis etiquetas temiinales crean sitios de unin
para la purificacin por cifinidad

9.2 De los genes a ios genomas


Las bibliotecas genmicas proporcionan catlogos
esi^ecializados de informacin gentica

como cubiertas impeiTneables al agua

m
304
304
307
310
312
312
313

315
315

10.2 Lpidos estructurales de las membranas


Los glicerofosfolpidos son derivados del cido
fosfatdico
Algunos glicerofosfolpidos tienen cidos grasos
unidos por enlace ter
Los cloroplastos contienen galactolpidos y
s\ilfolpidos
Las arqueobacterias contienen lpidos de membrana
singulares
Los esfingolpidos son derivados de la esfingosina
Los esfingolpidos de la superficie celular son sitios
de reconocimiento biolgico
Los fosfolpidos y los esfingolpidos se degradan
en los lisosomass
Los esterles tienen cuatro anillos hidrocarbonados
ftisionados

Recuadro 10-2 MetZ/cma: Acumulacin anormal de


lpidos de membrana: algunas enfermedades genticas
humanas

349

349
350
350
351
353
352
354
355
355

356

j XX j

ndice de materias

10.3 Lpidos como seales, cofactores y pigmentos

357

I^s fosl'aticlilinositoks son derivados de la esfingosina


c|iie actan como seales iilracelulares
357
Los icosanoides son portadores de mensajes a las
crlulis vecinas
358
Lcis hormonas esteroides transportan mensajes
entro tejidos
359
[jQs plantas vasculares producen millares de seales
voltiles
359
Las vitaminas A y l) son prec.ursores hormonales
360
Las viiminas H y K y las quinoiuis lipdicas son
cofactores de oxidacin-reduccin
361
Los dolicoles activan precursores ghicdicos i)ara
la biosntesis
362
Muchos pigmentos naturales son dienos conjugados
lipdicos
362

10.4 Trabajar con lpidos


La extracci()n de lpidos requiere la utilizacin de
disolvente orgic;o
La cromatografa dc adsorcin separa los lpidos
(le polaridad diferente
La cromatografa gas-l(iuido separa las mezclas
de derivados lipdicos voltiles
La hidrlisis esjxcfica ajoida a determinar la
estructura lipdica
La esj)ec:trometra de masas revela la estructura
lil)dica completa
La lipidmica pretende catalogar todos los lpidos
y sus funciones

363
363
364
365
365
365
365

11 Membranas biolgicas y transporte

371

11.1 Composicin y arquitectura de las membranas

372

Cada tipo de memt)rana presenta una composicin


de protenas y hpidos caracterstica
Todas las membramis biolgicas comparten ciertas
proi)iedades fundamentales
Kl elc'mento t)sico (stnictural de las membranas
es una bicapa lipdica
lYes tipos de protenas de membrana difieren en
su asociacin con la misma
Mnc:lu\s protenas de membrana abarcan la bicapa
lipdica
Las i^rotenas integrales son sostenidas en la mem
brana por interacciones hidrofbicas con lpidos
Puede predecirse a veces la topologa de una
protena integral de membrana a partir de
sus secuencias
Lpidos unidos covalentemente anclan algunas
l^i'otenas de membrana

11.2 Dinmica de las membranas


Los grupos del interior de la bicapa estn ordenados
en grados diferentes
El movimiento de lpidos transbicapa requiere
catlisis
Lpidos y protenas difunden lateralmente en
la bica|)a
Los esingolpidos y el coiesterol se agrupan
conjuntamente en balsas de membrana

Recuadro 11*1 MtodosMcwscop\a de fuerza atmica


para ver protenas de membrana

372
373
374
375

Ciertas protenas integrales de la membrana


plasmtica favorecen la adhesin superficial,
la sealizacin y otros procesos celulares

388

11.3 Transportes de solutos a travs de membranas

389

Protenas de membrana facitan el transporte


pasivo
Los transportadores pueden agruparse
en superfamilias segn sus estructuras
El transportador de glucosa de los eritrocitos facilita
el transporte pasivo
El intercrambiador de clorm*o-bicarbonato cataliza
el cotransporte electroneutro de aniones a
travs de la membrana plasmtica

Recuadro 11*2 Merf/o/ja: Transporte defectuoso de glucosa


y de agua en dos formas de diabetes
El transporte activo da lugar al moviniiento
de soluto contra un gradiente de coicentracin
o un gradient,e electroqumico
l ^ ATPasas tipo P experimentan fosforilacin
durante sus ciclos catalticos
Las ATPasas tipo F son bombas de protones
reversibles impulsadas por el ATP
Los transportadores A13(" utilizan ATP para
iiTipulsar el transporte activo de una amplia
gama de sustratos
Los gradientes de iones proporconan la energa
para el transporte ac.tivo secundario

Recuadro 11-3 Medicina: Un canal inico defectuoso


en la fibrosis qustica
acuaporinas forman canales transmertibrana
liidroflicos para el paso de agua
Los canales selectivos de iones permiten
el movimiento rpido de ioncs a travs
de las membranas
La funcin del canal inico se mide elctricamente
La estructura de un canal K'*' muestra las bases de
su especificidad
Los canales inicos de cornpueitii son biisicos
en la funcin neuix>nal
Canales inicos defectuosos pueden tener
consecuencias fisiolgicas adverscus

390
391
,391

393

394
395
396
399

400
400

401

I xs

404

406
407
407
410
410

375
376

378
379

381
381
381
383
384

385

La cuiTatura y la fusin de membranas son cruciales


en muchos procesos biolgicos
387

12 Biosealzacin
12.1 Caractersticas generales de la traduccin
de seales
Recuadro 12-1 Mtodos: El anlisis de Scatchard cuantifica
la interaccin receptor-ligando
12.2 Receptores acoplados a protena G y segundos
mensajeros
El sistema receptor j3-adrenrgico acta a travs
del segundo mensajero cAMP

Recuadro 12*2 Medicina: Protenas G: interruptores binarios


en salud y enfermedad

419
419
421
423
423

425

Diversos mecanismos inducen la terminacin de la


respuesta del receptor )8-adrenrgico
430
El receptor /3-adrenrgico se desensibiliza mediante
fosforilacin y por asociacin con arrestina
430
El AMP cclico actiia como segundo mensajero
para muchas molc^^ulas reguladoras
431

ndice de materias

xx

432

El olfato y el gusto en vertebrados utilizan


mecanismos similares al sistema visual

465

Recuadro 12-3 Mtodos: FRET: bioqumica visualizada en una


clula viva
434

Recuadro 12-4 Medicina: Daltonismo: experimento


de John Dalton desde la tumba

466

Diacilglicerol, iiiositol trisfosfato y Ca^^ tienen pa


peles relacionados como segundos mensajeros

El cslcQ es im segundo mensajero que puede estar


localizado en el espacio y el tiempo

12.3 Receptores tirosina quinasa


La estimulacin del receptor de insulina inicia una
cascada de reacciones de fosforilacin de
protenas
El fosfolpido de membrar\a PIP3 funciona en una
rama de sealizacin de la insulina
En el sistema de sealizacin JAK-STAT tambin
interviene la actividad tirosina quinasa
La comunicacin cnizada entre sLstemas de
sealizacin es frecuente y compleja

12.4 Receptores guanilil ciclasas, cGMP y protena


quinasa G
12.5 Protenas adaptadoras polivalentes y balsas de
membrana
Mdulos proteicos unen residuos TVr, Ser o Thr
fosforilados de protenas asociadas
Las balsas de membrana y las caveolas pueden
segregar protenas de sealizacin

12.6 Canales inicos de compuerta


Los canales inicos son el fundamento de
la sealizacin elctrica en clulas excitables
Los canales inicos de compuerta regulada
por voltaje producen potenciales de accin
neuronales
El receptor de acetilcolina es un canal inico
regulado por ligando
Las neuronas tienen canales receptores que
responden a diferentes neurotransmisores
Las toxinas apimtan a los canales inicos

12.7 integrinas; receptores de adhesin celular


bidirecdonales

436

439

444

446

449

469
472

473

Los oncogenes son fonnas mutadas de genes de


protenas que regulan el ciclo celular
Defectos en ciertos genes eliminan las restricciones
normales sobre la divisin celulai*

473
474

Recuadro 12-5 Medicina: Desanrollo de inhibidores


de la protena quinasa para el tratamiento del cncer

475

La apoptosis es el suicidio celular programado

446
449

469

12.12 Oncogenes, genes supresores de tumores


y muerte celular programada

445

II

BIOENERGTICA Y METABOUSMO

477

485

13 Bioenergtica y tipos de reacciones


bioqumicas

13.1 Bioenergtica y termodinmica

490

449

450
453
453
453

455
456

12.9 Sealizacin en microorganismos y plantas

457

12.10Transduccin sensorial en la vista,el olfato


y el gusto

El ciclo celular tienen cuatro etapas


Los niveles de las protenas qujnasas dependientes
de ciclina experimentan oscilaciones
Las CDK regulan la divisin celular mediante
fosforilacin de protenas clave

441
443

467

12.11 Regulacin del cido celular por protena quinasas 469

439

12.8 Regulacin de la transcripcin por hormonas


esteroideas
La sealizacin bacteriana necesita la fosforilacin
en un sistema de dos componentes
Los sistemas de sealizacin en plantas tienen
algunos de los componentes utilizados
por microbios y maniferos
Las plantas detectan etileno a travs de un sistema
de dos componentes y una cascada MAPK
Protena quinasas tipo receptor transducen seales
de pptidos y brasinosteroides

Los GPCR de los sistemas sensoriales comparten


diversas caractersticas con los GPCR de
los sistemas de sealizacin hormonal

457

458
459
460

461

El sLstema visual utiliza mecanismos GPCR clsicos 461


Ui rcxlopsina excitada acta a travs de la protena G
transducina reduciendo la concentracin
de cGMP
463
l^ seal visual termina rpidamente
464
Los conos estn especializados en la visin en color 465

Las transformaciones biolgicas de energa obedecen


las leyes de la termodii\mica
Todas las clulas precisan fuentes de energa libre
La variacin de energa libre estndar est
directamente relacionada con la constante
de equilibrio
El cambio de energa libre real depende de las
concentraciones de reactivos y productos
Las variaciones de energa libre estndar son aditivas

13.2 Lgica qumica y reacciones bioqumicas comunes


Las ecuaciones bioqumicas y qumicas no
son idnticas

13.3 Transferencia de grupos fosforilo y ATP


La variacin de energa libre en la hidrlisis del ATP
es grande y negativa
Otros compuestos fosforilados y tiosteres tambin
tienen energas libres de hidrlisis elevadas
El ATP proporciona energa por transferencia de
grupo y no por simple hidrlisis
El ATP dona grupos fosforilo, pirofosforilo y adenililo
La formacin de macromolculas informativas
requiere energa

Recuadro 13-1 Los destellos de la lucirnaga: informes


resplandecientes dei ATP
El ATP aporta energa para el transporte activo
y la contraccin muscular
Las transfosforilaciones entre nucletidos se dan
en todos los tipos celulares
El polifosfato inorgnico es un dador potencial de
grupos fosforilo

490
491

491
493
494

495
500

501
501
504
506
507
508

509
509
509
510

X***

ndice de materias

13.4 Reacdones de oxidadn-reducdn biolgicas

512

El flujo de electrones puede realizar trabajo biolgico 512


La oxidorreducciones se pueden describir en forma
de semirreacciones
612
En las oxidaciones biolgicas interviene
con frecuencia la deshidrogenacin
513
Los potenciales de reduccin son una medida de la
afinidad por los electrones
514
Los potenciales de reduccin estndar permiten
el clculo de la variacin de energa libre
515
La oxidacin celular de glucosa a dixido de carbono
requiere transportadores de electrones
especializados
516
Unos cuantos tipos de coenzimas y protenas actan
como transportadores universales de electrones 516
El NADH y el NADPH actan con las
deshidrogenasas como transportadores solubles
de electrones
516
La carencia en la dieta de niacina, forma vitamnica
del NAD y del NADP, produce pelagra
519
Los nucletidos de flavina estn fuertemente unidos
en las flavoprotenas
519

14 Gluciisis, gluconeognesis
y ruta de las pentosas fosfato
14.1 Gluciisis
Una visin global: la gluciisis tiene dos fases
La fase preparatoria de la gluciisis precisa ATP
La fase de beneficios de la glucsis produce ATP
y NADH
El balance global muestra una ganancia neta de ATP
La glucsis est sometida a una regulacin estricta
La captacin de glucosa es deficiente en la diabetes
meUitus tipo 1

527
528
528
531
535
538
539
539

Recuadro 14-1 Medicina: La alta veloddad de la gluciisis en


los tumores sugiere dianas para la quimioterapia y M lta
el diagnstico
540
14.2 Rutas alimentadoras de la gluciisis
Los posacridos y disacridos de la dieta
se hidrozan a monosacridos
El glucgeno y el almidn endgenos se degradan
mediante fosforsis
Otros monosacridos pueden entrar en diferentes
puntos de la ruta glucoltica

14.3 Destinos del piruvato en condiciones anaerbicas:


femientacin

543
543
544
545

546

El piruvato es el aceptor electrnico terminal


en la fermentacin lctica
El etanol es el productor reducido en la
fermentacin alcohca

547

Recuadro 14-2 Atletas, caimanes y celacantos: la gluciisis


en condidones limitantes de oxigeno

548

La tiamina pirofosfato transporta grupos


acetaldehdo activos

546

549

Recuadro 14-3 Fermentacin alcohlica: elaboradn de


cerveza y producdn de biofuel

549

Algunas fermentaciones microbianas dan lugar


a algunos alnentos comunes y productos
industriales

550

14.4 Gluconeognesis
La conversin del piruvato en fosfoenolpiruvato
requiere dos reacciones exei^gnicas
La conversin de la fiiictosa 1,6-bisfosfato en
fructosa 6-fosfato constituye el segundo rodeo
La conversin de la glucosa 6-fosfato en glucosa
constituye el tercer rodeo
La gluconeognesis es energticamente cara,
pero es esencial
Los intermediarios del ciclo del cido ctrico
y muchos aminocidos son glucognicos
Los mamferos no pueden convertir los cidos
grasos en glucosa
La gluconeognesis y la glucsis estn reguladas
de forma recproca

14.5 Ruta de las pentosas fosfato para la oxidadn


de la glucosa
Recuadro
Mediana: Por qu Pitgoras no
coma falafl? Deficiencia de glucosa 6-fosfato
deshidrogenasa
La fase oxidativa produce pentosas fosfato
y NADPH
La fase no oxidativa recicla las pentosas fosfato a
glucosa 6-fosfato
El sndrome de Wernicke-Korsakoff est exacerbado
por un defecto en la transcetolasa
La glucosa 6-fosfato se reparte entre la gluciisis
y la ruta de las pentosas fosfato

551
553
556
556
556
557
557
557

558

559
559
560
563
563

15 Principios de regulacin metablica

569

15.1 Regulacin de las rutas metablicas

570

Las clulas y oTgaxsmos mantienen un estado


estacionario dinmico
Se pueden regular tanto la cantidad como
la actividad catatica de xm enzima
En las clulas las reacciones lejos del equibrio
constituyen pimtos comunes de regulacin
Los nucletidos de adenina juegan un papel
especial en la regulacin metabca

15.2 Anlisis del control metablico

571
571
574
575

577

Se puede medir experimentalmente la contribucin


de cada enzima al ujo a travs de la ruta
578
El coeficiente de control cuantifica el efecto de
un cambio en. una actividad enzimtica sobre
el fliyo metabco a travs de una ruta
578

Recuadro 15-1 Mtodos: Anlisis del control metablico:


aspectos cuantitativos
El coeficiente de elasticidad est relacionado con
la sensibidad de un enzima a cambios en la
concentracin de metaboto o de regulador
El coeficiente de respuesta expresa el efecto de
un controlador externo sobre el flujo a travs
de una ruta
El anlisis del control metabco se ha apcado
al metabosmo con resultados sorprendentes
El ansis del control metabco sugiere un mtodo
general para incrementar el xxjo a travs
de una ruta

579
580

581
581

582

ndice de materias

153 Regulacin coordinada de la gluclisis


y la gluconeognesis
Los isozimas ci la hexoquinasa de msculo y
de hgado estn afectados de forma diferente
por su producto, la glucosa 6-fosfato

Recuadro 15<2 Isozimas: protenas diferentes que catalizan


la misma reaccin
La hexoquinasa IV (glucoquinasa) y la glucosa
6-fosfatasa estn reguladas a nivel
de transcripcin
La fosfofructoquinasa-1 y la fructosa 1,6-bisfosfatasa
se regulait recprocamente
La fructosa 2,6-bisfosfoato es un regitlador alostrico
potente de la PFK-1 y de la FBPasa-1
La xilulosa 5-fosfato es un regulador clave de los
metabolismos glucdico y lipdico
El enzima glucoltico piruvato quinasa es inhibido
alostricamente por el ATP
La conversin gluconeogmca del pii'uvato en
fosfoenol piruvato se encuentra bajo mltiples
tipos de regulacin
regulacin de la gluclisis y de la gluconeognesis
\K>r cambios en la transcripcin hace variar
el nmero de molculas de enzima

Recuadro 15*3 Medicina: Mutaciones genticas causantes


de formas raras de diabetes
15.4 Metabolismo del glucgeno en anmales
La degradacin del glucgeno est catazada por la
glucgeno fosforilasa
La glucosa l-fosfato puede entrar en la gluclisis o,
en el hgado, reponer la glucosa sangunea
El nucletido-aziicar UDP-glucosa aporta glucosa
para la sntesis de glucgeno

582
583

584
585
585
587
588
588

590

590

593
594
595
596
596

598

La glucogenina incorpora los residuos inicales de


azcar del glucgeno

601

15.5 Reguladn coordinada de la sntesis y degradacin


dei glucgeno
602

618
619

620
621

Recuadro 16-1 Enzimas"daro de luna"': protenas con ms de


una funcin
624
Recuadro 16-2 Sintasas y sintetasas; ligasas y liasas; quinasas,
fofatasas y fosforilasas: s, una nomenclatura confusa!
627
Recuadro 16-3 Citrato: una molcula simtrica que reacciona
asimtricamente
629
La energa de las oxidaciones del ciclo se conserva
eficientemente
Por qu es tan complicada la oxidacin
del acetato?
Ix)s componentes del ciclo del cido ctrico son
importantes intermediarios biosintticos
I^as reacciones anaplertic:as reponen
los intermediarios dcl ciclo del cido ctrico

630
631
631
631

Recuadro 16-4 Citrato sintasa, limonada y suministro mundial


de alimentos
633
La biotina de la piruvato carboxilasa transporta
grupos CO2

16.3 Regulacin del ciclo del cido ctrico


La produccin de acetil-CoA por el complejo de la
piruvato deshidrogenasa est regulada por
mecanismos alostricos y covalentes
El ciclo del cido ctrico est regulado en sus
tres pasos exergnicos
En el ciclo dcl cido ctrico puede darse
la canalizacin de sustratos a travs de
complejos multienzimticos
Algunas mutaciones en enzimas del ciclo
del cido ctrico producen cncer

16.4 El ciclo del glioxilato

633

635
635
636

637
637

638

El ciclo del glioxilato produce compuestos de cuatro


carbonos a p<u*tir de acetato
638
Los ciclos del cido ctrico y del glioxilato tienen
una regulacin coordinada
639

603

17 Catabolismo de los ddos grasos

647

605

17.1 Digestin, movilizacin y transporte de grasas

648

606
606
606

Las grasas de la dieta se absorben en el intestino


delgado.
Las hormonas activan la movilizacin de
triacilgliceroles almacenados
Los cidos grasos son activados y transportados
al interior de las mitocondrias

17.2 Oxidadn de los ddos grasos


608

16 Ei ddo del ddo dtrico

615

16.1 Produccin de acetil-CoA (acetato activado)

616

El piruvato se oxida a acetil-CoA y CO2


El complejo de la piruvato deshidrogenasa necesita
cinco coenzimas

16.2 Reacciones del ciclo del ddo ctrico


El ciclo del cido ctrico consta de ocho pasos

Recuadro 154 Cari y Gerty Cori: pioneros del metabolismo


y enfermedades del glucgeno

Lci glucgeno fosforilasa est sujeta a control


alostrico y hormonal
La glucgeno sintasa tambin esl regulada por
fosforilacin y desfosforilacin
l^ glucgeno sintasa quinasa 3 interviene en algunas
acciones de la insulina
fosfoprotena fosfatasa 1 es clave para el
metabolismo del glucgeno
El metabolismo glucdico est globalmente coordi
nado por seales alostricas y honr\onales
El metabolismo de glcidos y de lpidos est
integrado mediante mecanismos hormonales
y alostricos

El complejo de la piruvato deshidrogenasa est


fonnado por tres enzimas diferentes
En la canalizacin de sustratos, los intermedios
nunca abandonan la superficie enzimtica

xx*

616
617

La )S-oxidacin de los cidos grasos saturados


so produce en cuatro pasos bsicos
Los cuatro pasos de la /3-oxidacin se repiten para
generar acelil-CoA y ATP
El acetil-CoA puede continuar oxidndose va ciclo
del cido ctrico

Recuadro 17-1 Los osos llevan a cabo la^-oxidadn durante


la hibernacin

648
649
650

652
653
654
655

655

(ndice de materias

La oxidacif)n de cidos grasos insaturados requiere


dos reacciones adicionales
La oxidacin completa de cidos grasos de cadena
inijoar requiere tres reacciones adicionaies

656
657

Recuadro 17-2 Coenzima B12: una solucin radical


a un problema desconcertante

658

La oxidacin de cidos grasos est estrictamente


regulada
sntesis de protenas para el catabolismo lipdico
es activada por factores de transcripcin
Defectos genticos de ias acil giaso-CoA
deshidrogenasas producen enfermedades graves
Los peroxisomas lambin llevan a cabo la
jS-oxidacin
Los peroxisomas y glioxisomas de las plantas utilizan
acetil-CoA procedente de la )3-oxidacin como
precursor biosinttico
Los enzimas de la )8OXdac:in de diferentes
orgnulos han tenido una evolucin divergente
En cl retculo endoplasmtico tiene lugar la
(i-oxidacin de los cidos grasos
Ei cido fitiinico experimenta a-oxidacin en los
peroxisomas

173 Cuerpos cetnicos

660
660
661

707

663

FOSFORILACIN OXIDATIVA

664

19.1 Reacciones de transferencia de electrones


en las mitocondrias

664

666

674

La urea se produce a partir de amonaco en cinco


pasos enzimticos
Los ciclos del cido ctrico y de la urea pueden
conectai'se
actividad del ciclo de la urea est regulada
a dos niveles
Las interconexiones entre rutas reducen el coste
energtico de la sntesis de urea
Defectos genticos en el ciclo de la urea pueden
ser letales

18.3 Rutas de degradacin de los aminocidos


Algunos aminocidos se convierten en glucosa,
otros en cuerpos cetnicos

700

19 Fosforilacin oxidativa y fotofosforilacin

18.1 Destinos metablicos de los grupos amino

18.2 Exaecin del nitrgeno y ciclo de la urea

698
699

662

673

glutamina transporta amoruaco en el torrente


circulatorio
La alanina transporta amonaco desde los msculos
esquelticos al hgado
El amonaco es txico para los animales

696

701

662

18 Oxidacin de aminocidos y produccin


de urea

Recuadro 18-1 Medicina: Determinadn de lesiones


tisulares

Recuadro 18-2 Medicina: Detectives cientficos resuelven un


aimen misterioso

689
692
695

Los aminocidos ramificados no se degradan


La aspai agina y el aspartato se degradan a
oxalacetato

Los cueipos cetnicos foiTnados en el hgado se


exportan a otros rganos como combustible
666
Durante la diabetes y en situaciones de inanicin se
da una sobreproduccin de cuerpos cetnicos
667

La protena de ia dieta se degrada enzimticamente


a aminocidos
El piridoxal fosfato participa en la transferencia
de grupos a-amino al a-cetoglutarato
El glutamato libera su grupo amino en forma de
amonaco en el hgado

Varios cofactores enzimticos juegan papeles


importantes en el catabolismo de los
aminocidos
Seis aminocidos se degradan a pii*uvato
Siete aminocidos se degradan a acetil-CoA
En algunas personas el catabolismo de la ferlaJanina
es genticamente defectuoso
Cinco aminocidos se convierten en
a-ceioglutarato
Cuatro aminocidos se convierten en succinil-CoA

674

Los electrones son canalizados liacia aceptores


universales de electrones
Los electrones pasan a travs de una serie de
transportadores unidos a membrana
Los transportadores de electrones actan en
complejos multienzimticos
Los complejos mitocondriales se pueden asociar
formando respirasomas
La energa de la transferencia de electrones
se conserva eficientemente en un gradiente
de protones
Durante la fosforilacin oxidativa se producen
especies de oxgeno reactivas
Las mitocondrias de plantas tienen mecanismos
alternativos para oxidar el NADH

701

708
709
710
712
718

718
720
721

677

Recuadro 19-1 Calor, plantas malolientes y rutas


respiratorias alternativas

722

677

19.2 Sntesis de ATP

723

678
680
681
681

682
682
684
685
686
686

687
688

La ATP sintasa tiene dos dominios funcionales, F y Fj


En la superficie de Fj el ATP est estabilizado
en relacin al ADP
El gradiente de protones impulsa la liberacin
del ATP de la superficie del enzima
Cada subunidad de la ATP sintasa puede adoptar
tres conformaciones diferentes
La catlisis rotacional es la clave en el mecanismo
de unin y cambio de la sntesis de ATP
El acoplanento quimiosmtico permite que
las estequiometras del consumo de O2
y de la sntesis de ATP no se coiTespondan
con nmeros enteros
La fuerza proton-motilz suministra energa para
el transporte activo
Sistemas de lanzadera envan indirectamente NADH
citoslico a la mitocondria para su oxidacin

19.3 Regulacin de la fosforilacin oxidativa


La fosforilacin oxidativa est regulada por las
necesidades celulares de energa
Una protena impide la hidrlisis de ATP durante
la hipoxia

725
725
726
726
728

729
730
731

732
733
733

ndice de materias

La hipoxia conduce a la produccin de ROS


y a varias respuestas de adaptacin
I^s rutas de forniacin de ATP estn reguladas
de fonna coordinada

19.4 Las mitocondrias en la termognesis, sntesis


de esteroides y apoptosis
Las mitocondrias desacopladas del tejido adiposo
marrn producen calor
P-450 oxigenasas mitocondriales catalizan las
hidroxilaciones de esteroides
Ijxs mltoc:ondrias son vitales en el inicio
de la apoptosis

19.5 Genes mitocondriales: su origen y efeaos de


mutaciones
Las mitocondrias evolucionaron a partir
de bacterias er\dosimbiticas
Kn el DNA mitocondrial se acun\ulan mutaciones
a lo largo de la vida del organismo
Algunas mutaciones en los genomas mitocondriales
producen enfermedades
Defectos en las mitocondrias de las clulas jS
pancreticas pueden ser causa de diabetes

733
734

19.10 Evolucin de la fotosntesis oxignica


735
736
736

La fotosntesis en plantas tienen lugar en los


cloroplastos
La luz impulsa un flujo de electrones en los
cloroplastos

19.7 Absorcin de la luz

Las bacterias tienen uno de entre dos tipos de


centros de reaccin fotoqumicos individuales
Factores cinticos y termodinmicos evitan la
disipacin de energa por conversin interna
Dos centros de reaccin actan en tndem
en las plantas
Las clorofilas antena estn ntimamente asociadas
a los transportadores electrnicos
El complejo del citocromo 6q/une los
fotosistemas II y I
El flujo cclico de electrones entre PSl y el complejo
del citocromo b^f aumenta la produccin de ATP
en relacin a la de NADPH
Transiciones de estado cambian la distribucin
de LHCII entre los dos fotosistemas
El agua es escindida por el complejo que desprende
oxgeno

19.9 Sntesis de ATP por la fotofosforilacin


Un gradiente de protones acopla el flujo electrnico
con la fosforilacin

760

761
761

762

20 Biosintesis de glcidos en plantas y bacterias 773

738

20.1 Sntesis fotosinttica de glcidos

739
739
740
741

742
743
743

744

Las clorofilas absorben energa luminosa para la


fotosntesis
745
Los pigmentos accesorios aumentan la gama de
absorcin de la luz
747
La clorofila canaliza la energa absorbida a centros
de reaccin mediante transferencia de excitones 747

19.8 El acontecimiento fotoqumico central:


el flujo electrnico impulsado por la luz

Los cloroplastos evolucionaron a partir de bacterias


fotosintticas
En Halobacterium, una nica protena absorbe
luz y bombea protones para impulsai* la sntesis
de ATP

760

737

FOTOSNTESIS: CAPTACIN DE LA ENERGA LUMINOSA


19.6 Caractersticas generales de la fotofosforilacin

Se ha establecido la estequiometra aproximada


de la fotofosforilacin
La ATP sintasa de los cloroplastos es como
la de la ntoc:ondria

xxv^

749
749
751
752
754
755

756
756

Los plastidios son orgnulos propios de las clulas


vegetales y de las algas
La asimilacin del dixido de carbono tienen lugar
en tres fases
Cada triosa fosfato sintetizada a partir de CO2
cuesta seis NADPH y nueve ATP
Un sistema de transporte exporta triosas fosfato
desde el cloroplasto e importa fosfato
Cuatro enzimas del ciclo de Calvin son activados
indirectamente por la luz

20.2 Fotorrespiracin y rutas C4y CAM


La fotorrespiracin es el resultado de la actividad
oxigenasa de la rubisco
La ruta de recuperacin del fosfoglicolato es costosa
En las plantas C4, la fijacin de CO^ y la actividad
rubisco estn espacialmente separadas
En las plantas CAM, la captura del CO2 y la accin
de la rubisco estn temporalmente separadas

20.3 Biosintesis del almidn y la sacarosa


La ADP-glucosa es el sustrato de la sntesis de
almidn en los plastidios de las plantas y de
la sntesis de glucgeno en las bacterias
La UDP-glucosa es el sustrato de la sntesis de
sacarosa en el citosol de las clulas de las hojas
La conversin de triosas fosfato en sacarosa
y almidn est fuertemente regulada

20.4 Sntesis de polisacridos de la pared celular:


celulosa vegetal y peptidoglucano bacteriano
La celulosa se siiitetiza por estructuras
supramoleculares en la membrana plasmtica
Oligosacridos unidos a lpidos son precursores en
la sntesis de la pared celular bacteriana

773
774
775
782
783
784

786
786
787
789
791

791
791
792
792

794
795
796

20.5 Integracin del metabolismo glucdico en ia clula


797
vegetal
La gluconeognesis convierte grasas y protenas
en glucosa en las semillas en germinacin
Fondos o reservas (pools) de intermediarios
comunes unen rutas en diferentes orgnulos

798
799

756

21 Biosintesis de ipidos

805

759

21.1 Biosintesis de cidos grasos e icosanoides

805

759

El malonil-CoA se forma a partir del acetil-CoA


y del bicai'bonato

805

XXVI

fndice de materias

La sntesis de cidos grasos transcurre mediante


ima secuencia de reacciones repetidas
El complejo del cido grasos sintasa de mamferos
tiene mltiples sitios activos
El cido graso sintasa recil>e los grupos acetilo
y malonilo
Las reacciones del cido gi aso sintasa se repiten
hasta formar palmitato
La sntesis de cidos grasos se produce en el citosol
de muchos organismos pero en las plantas tiene
lugar en los cloroplastos
El acetato sale de la mitocondria en forma de citrato
La biosntesis de cidos grasos est perfectamente
regulada
Los cidos grasos saturados de cadena larga se
sintetizan a partir del palmitato
La desaturacin de los cidos grasos necesita una
oxidasa de funcin mixta

Recuadro 21-1 Oxidasas de funcin mixta, oxigenasas


y citocromo p-450
Los icosanoides se forman a partir de cidos grasos
poliinsaturados de 20 carbonos

21.2 Biosntesis de tracilgliceroles


Los triacilgliceroles y los glicerofosfolpidos se
sintetizan a pai tir de los mismos preciusores
La biosntesis de triacilgliceroles en los animales
est regulada por hormonas
El tejido adiposo genera glicerol 3-fosfato mediante
gliceroneognesis
Las tiazolidinadionas tratan la diabetes tipo 2
incrementando la gliceroneognesis

21.3 Biosntesis de fosfolpidos de membrana


Las clulas tienen dos estrategias para unir
los gmpos de cabeza de fosfolpidos
La sntesis de fosfolpidos en E. coli utiliza
CDP-diacUgcerol
Los eucariotas sintetizan fosfolpidos aninicos
desde CDP-diacilglicerol
Las rutas eucariticas hasta la fosfatidilserina,
fosfatiletanolamina y fosfatidilcolina estn
interrelacionadas
La sntesis de plasmalgenos requiere la formacin
de un alcohol graso unidos por enlace ter
sntesis de los esfingolpidos y de los
glicerofosfolpidos requiere precursores
y algunos mecinismos
Los lpidos polares estn destinados a membranas
celulares especficas

806
808
808
811

811
813
814
814
815

816
817

820
820
821
822
824

824
824
825
827

Recuadro 21-2 Medicina: Los alelos de la apoE predicen la


incidencia de la enfermedad de Alzheimer

Las hormonas esteroideas se forman por rotura


de la cadena lateral y oxidacin del coiesterol
Los intermediarios de la sntesis del coiesterol
tienen muchos destinos alternativos

22 Biosntesis de aminocidos, nucletidos


y molculas reladonadas___________
El ciclo del nitrgeno mantiene una reserva de
nitrgeno disponible biolgicamente
El nitrgeno es fijado por enzimas del complejo
de la nitrogenasa

Recuadro 22-1 Estilos de vida poco comunes de lo invisible


pero abundante
El amonaco se incorpora a las biomolculas
a travs del glutamato y la glutamina
La glutamina sintetasa es im punto de regulacin
principal del metabolismo del nitrgeno
Varios tipos de reacciones tienen papeles
especficos en la biosntesis de annocidos
y nucletidos

22.2 Biosntess de ios aminocidos


El a-cetoglutarato es precursor del glutamato,
la glutamina, la prolina y la arginina
La serina, la glicina y la cistena proceden del
3-fosfoglicerato
Tres aminocidos no esenciales y seis aminocidos
esenciales se sintetizan a partir de oxalacetato
y piruvato
El corismato es un intermediario clave en la sntesis
del triptfano, de la fenilalanina y de la tirosina
La biosntesis de la histidina utiliza precursores
de la biosntesis de purinas
La biosntesis de los aminocidos se encuentra
bajo control alostrico
La glicina es im precui*sor de las porfirinas

827
829

829
830

832
836
836

839

Los steres de coiesterol entran en las clulas por


endocitosis facilitada por receptor
840
La biosntesis del coiesterol est regulada a diversos
niveles
841

842
844
845

851

22.1 Aspectos generales del metabolismo del nitrgeno 852

22.3 Molculas derivadas de aminocidos

21.4 Biosntesis de coiesterol, esteroides e isoprenoides 831


El coiesterol se forma a partir del acetil-Ck)A
en cuatro fases
El coiesterol tiene varios destinos
El coiesterol y otros lpidos son transportados por
lipoprotenas plasmticas

Recuadro 21-3 Medicina: La hiptesis lipdica y el desarrollo


de las estatinas

Recuadro 22-2 Medicina: Sobre reyes y vampiros


El hemo es la fuente de los pigmentos biliares
Aminocidos precursores de la creatina y
del glutatin
Los D-aminocidos se hallan fundamentalmente
en las bacterias
Los aminocidos-aromticos son precursores de
muchos compuestos presentes en los vegetales
Las aminas bigenas son productos de
descarboxilacin de los aminocidos

Recuadro 22-3 Medicina: Un caballo de Troya


bioqumico para la curacin de la enfermedad
del sueo africana
La arginina es el precursor de la sntesis biolgica
del xido ntrico

22.4 Biosntesis y degradacin de los nucletidos


La sntesis de novo de los nucletidos de purina
empieza con el PRPP
La biosntesis de los nucletidos de purina est
regulada por retroinhibicin

852
852

853
857
857

859

860
861
863

865
865
869
872

873
873

875
875
876
878
878
878

880
882

882
883
885

ndice de materias

Los iiucletidos de pirimidina se sintetizan a partirde aspartato, PRPP y carbamil fosfato


biosntesis de los nucletidos de priiimidina
est regulada por retroinhibicin
]jOS nuclesidos monofosfato se convierten en
nuclesidos trifosfato
Los ribonucletidos son los precursores de los
desoxirribonucletidos
El timidilato se forma a partir de dCDP y dUMP
La degradacin de las purinas y las pirimidinas
produce cido rico y urea, respectivamente
Las bases pricas y pirimidnicas se reciclan a travs
de vas de recuperacin
El exceso de cido rico provoca la gota
Muchos agentes quimioteraputicos actan sobre
enzimas de las rutas de biosntesis de
nucletidos

23 Regulacin hormonal e integracin


del metabolismo en los mamferos
23.1 Honnonas: estructuras diversas para funciones
diversas

886

888
890
892
893
893

894

902

903

La insulina contranesta la glucosa en sangre elevada


Las clulas 3 del pncreas secretan insulina
en respuesta a can\bios de la glucosa en sangre
El glucagn contrarresta los niveles bajos de glucosa
en sangre
Durante el ayuno y la inanicin el metabolismo
se modifica para proporcionar combustible
para el cerebro
La adrenalina es la seal de una actividad inminente
El cortisol es un indicador de estrs, incluidos los
bajos niveles de glucosa en sangre
La diabetes mellitus es un defecto en la produccin
o en la accin de la insulina

912
912
916
917
918
920
920

LAS RUTAS DE LA INFORMACIN

24

922
924
925

927
928
929
929

930
932
933
934
934
934
936
937

938
939

945

Genes y gomosomas

24.1 Elementos cromosmicos


Los genes son segmentos de DNA que codifican
cadenas polipeptdicas y RNA
..as molculas de DNA son mucho ms largas que
las clulas o virus que las contienen
Los genes y los cromosomas eucariticos son muy
complejos

24.2 Superenrollamiento del DNA

947
947
948
952

954

mayor paite del DNA celular se encuentra


subenroUado
955
El desenrollamiento del DNA se define por el nmero
de enlace topolgico
956
Las topoisomerasas catalizan cambios en el nmero
de enlace del DNA
958

Recuadro 24-1 Medicina: Curacin de enfermedades por


inhibicin de topoisomerasas
La compactacin del DNA requiere una fonna
especial de superenrollamiento

922

930

938

En la diabetes de tipo 2 los tejidos se vuelven


insensibles a la insulina
La diabetes de tipo 2 se trata con dieta, ejercicio
y medicacin

til

Las hormonas actan a travs de receptores celulares


de elevada afinidad
904
Las hormonas son qumicamente diversas
906
La liberacin de honnonas est regulada por seales
neuronales y hormonales jerarquizadas
909

23.3 Regulacin hormonal del metabolismo


energtico

23.5 Obesidad, sndrome metablico


y diabetes de tipo 2

901

Recuadro 23-1 Medicina: Cmo se descubre una hormona?


El difcil camino hasta la insulina purificada

El hgado transforma y distribuye los nutrientes


El tejido adiposo almacena y suministra cidos
giasos
El tejido adiposo marrn es termognico
Los msculos utilizan ATP para realizar trabajo
mecnico
El cerebro consume energa para la transmisin
de los impulsos elctricos
La sangre transporta oxgeno, metabolitos
y hormonas

El tejido adiposo tiene importantes funciones


endocrinas
La leptina estimula la produccin de hormonas
peptdicas anorexignicas
leptina desencadena una cascada de sealizacin
que regula la expresin gnica
El sistema de la leptina puede haber evolucionado
para regular la respuesta a la inai\icin
La insulina acta en el ncleo arcuato para regular
la ingesta y la conservacin de energa
La adiponectina acta a travs de AMPK para
aumentar la respuesta a la insulina
La dicta regula la expresin de genes cniciales
para el mantenimiento de la masa corporal
La grelina y la PYY;j_3g influyen en los hbitos
de ingesta a corto plazo

888

La deteccin y la purificacin de las hormonas


requieren un bioensayo

23.2 Metabolismo especfico de los tejidos:


divisin del trabajo

23.4 Obesidad y regulacin de la masa corporal

887

901

xxv

24.3 Estructura de los cromosomas


La cromatina est compuesta de DNA y protenas
Las lstonas son pequeas protenas bsicas
Los nucleosomas son las unidades fundamentales
de organizacin de la cromatina

960
961

962
962
963
964

Recuadro 24-2 Medicina: Epigentica, estructura nucleosmica


e histonas
966
Los nucleosomas se empaquetan en sucesivos
rdenes superiores de organizacir\
Las estmcturas de los cromosomas condensados
se mantienen mediante protenas SMC
El DNA bacteriano tambin se encuentm altamente
organizado

966
969
970

xxvi

ndice de materias

25 Metabolismo del DNA

975

25.1 DNAReplication

977

La replicacin del DNA est gobernadapor un


conjunto de reglas fundamentales
El DNA es degradado por nucleasas
El DNA es sintetizado por DNA polimerasas
La replicacin es muy precisa
E. coli posee al menos cinco DNA polimerasas
La replicacin del DNA requiere muchos enzimas
y factores proteicos
La replicacin del cromosoma de E. coli procede
por etapas
La replicacin en las clulas eucariticas es similar
pero ms compleja
Las DNA polimerasas vricas son dianas de
las terapias antivricas

25.2 Reparacin del DNA

26.2 Maduracin del RNA


977
979
979
980
982
984
985
991
992

993

Las mutaciones estn relacionadas con


el cncer
993
Todas las clulas tienen mltiples sistemas de
repcuracin del DNA
993
La interaccin de las horquillas de replicacin con
lesiones del DNA puede inducir sntesis de DNA
propensa al error a travs de la lesin
1000

Recuadro 25-1 Medicina: Reparadn del DNA y cncer

1003

25.3 Recombinadn del DNA

1003

La recombinacin gentica homloga tiene


diversas funciones
1004
La recombinacin durante la meiosis se inicia en
roturas de doble cadena
1005
La recombinacin requiere una multitud de enzimas
1007
y otras protenas
Todos los mecanismos de metabolismo del DNA
participan en la reparacin de las horquillas de
1009
replicacin bloqueadas
La recombinacin especfica de sitio produce
reordenamientos precisos del DNA
1010
La recombinacin especfica de sitio puede ser
necesaria para completar la replicacin del
cromosoma
1012
Los elementos genticos transponibles se mueven
1013
de un lugar a otro
Los genes de las imnunoglobulinas se ensamblan
por recombinacin

26 Metabolismo del RNA


26.1 Sntesis de RNA dependiente de DNA
El RNA es sintetizado por RNA polimerasas
La sntesis de RNA empieza en los promotores

Recuadro 26-1 Mtodos: La RNA polimerasa deja su huella


en un promotorr
La transcripcin est regulada a diferentes niveles
La tenninacin de la sntesis del RNA est
sealizada por secuencias especficas
Las clulas eucariticas tienen tres tipos de RNA
polimerasas nucleares
La RNA polimerasa II requiere otros muchos
factores proteicos para su actividad

La RNA polimerasa dependiente de DNA


es inhibida selectivamente

1021
1022
1022
1025

1026
1028
1029
1030
1030

Los mRNA eucariticos llevan un casquete en


el extremo 5"
Intrones y exones son transcritos del DNA al RNA
El RNA cataliza el corte y empalme de los
intrones
Los mRNA eucariticos tienen una estructura
caracterstica en el extremo 3'
La modificacin diferencial del RNA puede dar
lugar a mltiples productos a partir de un gen
Los RNA ribosmicos y los tRNA tambin son
modificados
Los RNA de funcin especializada experimentan
varios tipos de modificacin
Algunas etapas del metabolismo de RNA estn
catalizadas por enzimas de RNA
Los mRNA celulares se degradan a velocidades
diferentes
La polinucletido fosforilasa forma polmeros de
RNA de secuencia aleatoria

26.3 Sntesis de RNA y de DNA dependiente de RNA


La transcriptasa inversa produce DNA a partir de
RNA vrico
Algunos retrovirus provocan cncer y sida
Muchos trasposones, retrovirus e intrones pueden
tener un origen evolutivo comn

1033

1033
1034
1035
1036
1039
1040
1042
1045
1045
1048
1049

1050
1050
1051
1052

Recuadro 26-2 Aferf/c//ia:Tratamiento del sida con inhibidores


de la transcrptasa inversa del ViH
1053
La telomerasa es una transcriptasa inversa
especializada
1053
Algunos RNA vricos se replican por medio de una
RNA polimerasa dependiente de RNA
1056
La sntesis de RNA ofrece pistas importantes sobre
la evolucin bioqumica
1056

Recuadro 26-3 Mtodos: El mtodo SELEX para generar


polmeros de RNA con nuevas fundones
Recuadro 26-4 Un universo de RNA en expansin lleno
de RNA TUF

1058
1060

27 Metabolismo de las protenas

1065

27.1 El cdigo gentico

1065

El cdigo gentico fue descifrado mediante moldes


de mRNA artificiales
1066

Recuadro 27-1 Excepciones que confirman la regla;


variaciones naturales del cdigo gentico

1070

El balanceo permite que algunos tRNA reconozcan


ms de un codn
1070
El desplazamiento del marco de traduccin y la
edicin de RNA afectan la lectura del cdigo
1072

27J2 Sntesis de protenas


La biosintesis de las protenas tienen lugar en
cinco etapas
El ribosoma es una compleja mquina
supramolecular

1075
1075
1076

ndice de materias

Recuadro 27-2 De un mundo de RNAa un mundo


de protena

28.2 Regulacin de la expresin gnica en bacterias


1078

Los RNA de transferencia tienen rasgos


estructm*ales caiactersticos
Etapa 1: I^as annoacil-tRNA sintetasas imen los
aminocidos correctos a sus tRNA

1079
1081

Recuadro 27-3 Expansin natural y no natural del cdigo


gentico

1085

Etapa 2: La smtesis de protenas empieza con un


aminocido especfico
Etapa 3: Los enlaces peptdicos se forman durante
la fase de elongacin

1088
1091

Recuadro 27-4 Variacin inducida en el cdigo gentico:


supresin de mutaciones sin sentido

1094

Etapa 4; La tenninacin de la sntesis de


polipptidos requiere ma seal especfica
1094
Etapa 5: Plegamiento y maduracin de las cadenas
polipeptdicas recin sintetizadas
1096
La smtesis de protenas es iibida por muchos
antibiticos y toxinas
1098

27.3 Destino y degradacin de las protenas

1100

La modificacin ix>straduccin de muchas


protenas euc:ariticas empieza en el retculo
endoplasmtico
La glucosilacin juega im papel clave en el destino
dlas protenas
Las secuencias seal para el transporte nuclear
no son cortadas
Las bacterias tambin utizan secuencias seal
para el destino de las protenas
Las clulas importan proteias mediante
endocitosis facilitada por receptores
Todas las clulas disponen de sistemas de
degradacin de protemas especializados

1100
1101
1104
1104
1106
1107

28 Reguladn de la expresin gnica

1115

28.1 Principios de regulacin gnica

1116

La RNA polimerasa se une al DNA en los


promotores
El inicio de la transcripcin se regula mediante
protenas que se unen a los promotores o cerca
de ellos
mayora de los genes bacterianos estn
agrupados y se regulan en operones
El opern Uic est sujeto a regulacin negativa
Las protenas reguladoras tienen domiros discretos
de unin al DNA
Las protenas reguladoras tambin tienen dominios
de interaccin protena-protena

1116

El opern lac est siyeto a regiacin positiva


Muchos genes de los enzimas de la biosntesis de
aminocidosse regulan por atenuacin de la
transcripcin
La mduccin de la respuesta SOS requiere la
desticcin de protenas represoras
La sntesis de protenas ribosmicas est coordinada
con la sntesis de rRNA
La funcin de algunos mRNA est regulada por
pequeos RNA en cis o en tra7is
Algunos genes se regulan mediante recombinacin
gentica

28.3 Regulacin de la expresin gnica en eucariotas


La cromatina transcripcionalmente activa es
estructurahnente diferente de la cromatina
inactiva
cromatina se remodeia por acetilacin
y desplazamiento/reposicionamiento de ios
nucleososmas
Muchos promotores eucariticos se regulan
positivamente
Activadores y coactivadores de uin al DNA
facilitan el ensamblaje de los factores de
transcripcin generales
Los genes del metabolismo de la galactosa en las
levaduras estn sujetos tanto a regulacin
positiva como negativa
Los activadores de la transcripcin tienen una
estructura modular
La expresin gnica eucaritic^a puede ser regulada
por seales inter e ntracelulares
La fosforilacin de los factores de transcripcin
nucleares puede contribir a su regiacin
Muchos mRNA eucariticos estn sometidos a
represin traduccional
Ei senciamiento postranscripcin de los genes
se produce por interferencia del RNA
\j8lregulacin de la expresin gnica mediada por
RNA adopta mltiples formas en los eucariotas
El desarrollo est controlado por cascadas de
protenas reguladoras

Recuadro 28-1 Aletas, alas, picos y otras estructuras


1117
1118
1119
1121
1124

xxix

1126
1126

1127
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1136

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1138

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1144
1144
1145
1146
1146

1152

Glosario G^J
Crditos G l
Apndice A Abreviaturas comunes en la literatura cientfica
bioqumica A-1
Apndice B Soluciones abreviadas a los problemas SA-1
ndice alfabtico 1-1

Con la cluid; la biologa descubri su tomo... A partir de entonces el


estudio de la clula y la caracterizacin de su estructura fueron ya
esenciales para identificar aquellas propiedades comunes y necesarias
para la vida de todas las clulas y, complementariamente, para identi
ficar las diferencias asociadas con funciones especficas.
Fran(;os Jacob, La logique du vivant: une histoire de l'hrdit
(La lgica de la vida: una historia de la herencia), 1970

Fundamentos de bioqumica
1.1 Fundamentos celulares

1.2 Fundamentos qumicos

11

1.3 Fundamentos fsicos

19

1.4 Fundamentos genticos

27

1.5 Fundamentos evolutivos

29

ace aproximadamente unos quince mil millones de aos,


el universo nad de un cataclismo explosivo que esparci
partculas subtomicas extremadamente calientes y ricas
en energa. En cuestin de segundos se formaron los elementos
ms simples (el hidrgeno y el helio). Al tiempo que el universo
se expanda y enjfriaba, se condensaba la materia bajo la influen
cia de la gravedad y se formaban las estrellas. Algunas de eUas
se hicieron enormes y, a continuacin, explotaron en forma de
supemovas y liberaron la energa necesaria para producir ele
mentos ms complejos a partir de la fsin de los ncleos atmi
cos ms simples. De este modo aparecieron, a lo largo de miles
de millones de aflos, la Tierra y los elementos qumicos que hoy
se encuentran en ella. La vida apareci hace unos cuatro mil mi
llones de aos en forma de microorganismos sencillos dotados
de la capacidad de extraer energa de los compuestos qumicos
y despus de la luz solar. Esta energa sirvi para sintetizar una
amplia variedad de biomolcolas ms complejas a partir de los
elementos y compuestos ms simples presentes en la superficie
de la Tierra.
La bioqumica se pregunta acerca del modo en que miles
de diferentes molculas inanimadas dieron lugar a las complejas
propiedades de ios organismos vivos. Cuando estas molculas
se aslan y examinan individualmente cumplen todas las leyes f
sicas y qumicas que describen el comportamiento de la materia
inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los procesos
que tienen lugar en organismos vivos. El estudio de la bioqumi
ca muestra el modo en que las colecciones de molculas inani
madas que constituyen los organismos vivos interaccionan para
mantener y perpetuar la vida, rigindose nicamente por las
mismas leyes fsicas y qumicas que gobiernan todo el universo.

A pesar de ello, los organismos poseen cualidades extra


ordinarias, que los distinguen de otras agrupaciones de materia
Cules son, pues, las caractersticas distintivas de los organis
mos vivos?
Un elevado ^ a d o de complejidad qumica y de orga
nizacin microscpica. Las intrincadas estructuras in
ternas celulares estn formadas por miles de molculas
diferentes (Fig. 1-la). Entre eUas se cuentan polmeros
muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de
suburdades, su estructura tridimensional nica y su capa
cidad para interaccionar de forma especfica y selectiva
con otras molculas celulares.
La existencia de sistemas para la extraccin, trans
formacin y uso de energa del entorno (Fig. I~lb), que
permite a los organismos construir y mantener sus comple
jas estructuras y llevar a cabo un trabayo mecnico, qumico,
osmtico y elctrico. Ello se opone a la tendencia que toda
materia tiene a degradarse hada un estado ms desordena
do y a quedar finalmente en equilibrio con su entorno.
La existencia de funciones definidas para cada
uno de los componentes de un organismo y la regula
cin de las interacciones entre ellos. Esto es derto no
rcamente para estructuras macroscpicas tales como
hojas y tallos o corazn y pulmones, sino tambin para es
tructuras microscpicas intracelulares y para compuestos
qumicos individuales. Existe una reladn dinmica entre
los componentes qumicos de un organismo vivo; los cam
bios en uno de los componentes producen cambios coordi
nados o compensatorios en otro, de modo que el cor\junto
posee un carcter propio, ms aU del de cada una de sus
partes individuales. El cor\junto de molculas lleva a cabo
un programa que tiene como resultado final la reproduc
cin del mismo y la autoperpetuadn de este coi\jimto de
molculas; en definitiva, d resultado final es la vida
Mecanismos para detectar y responder a las alteracio
nes en su entorno, mediante un euste constante a estos
cambios gracias a la adaptadn de sus procesos qu&nicos in
ternos a su posidn en el ambiente que los rodea.

C-]

Fundamentos de bioqumica

te amplia de adaptaciones bioqumicas especficas que tienen


lugar en un entomo qumico compartido. Con el objeto de pri
mar la claridad de exposicin, en este libro nos arriesgaremos a
algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resultan ti
les; con frecuencia tambin comentaremos algunas excepcio
nes que pueden ayudar a aclarar las generalizaciones.
La bioqumica describe en trminos moleculares aquellas
estructuras, mecanismos y procesos qumicos compartidos por
todos los organismos y proporciona los principios de organiza
cin que subyacen en todas las diversas formas de vida, princi
pios a los que nos referiremos colectivamente como la lgica
molecular de la vida. Aunque la bioqumica proporciona cono
cimientos y aplicaciones prcticas que son importantes en me
dicina, agricultura, nutricin e industria, su preocupacin
ltima es el prodigio de la vida misma.
Por lo tanto, en este captulo introductorio describiremos
brevemente los fundamentos celulares, qumicos, fsicos y gen
ticos de la bioqumica y el principio general de la evolucin: el
desarrollo de las propiedades de las clulas vivas a lo largo de
las generaciones. Durante la lectura de este libro puede resultar
til referirse a este captulo de vez en cuando con el objeto de
refrescar la memoria sobre estos temas bsicos.

1.1 Fundamentos celulares


(O

FIGURA 1-1 Algunas caractersticas de la materia viva, (a) En esta seccin fi


na de tejido muscular de vertebrado, vista ai miaoscopio electrnico, se apre
cia su organizacin y complejidad microscpica, (b) Un halcn de las praderas
se nutre mediante el consumo de un pequeo pjaro, (c) La reproduccin bio
lgica tiene lugar con fidelidad casi perfecta.

La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a


nivel celular. Los organismos ms pequeos son unicelulares y
microscpicos. Los organismos mayores, multicelulares, contie
nen muchos tipos de clulas de tamao, forma y funciones dife
rentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las clulas,

La capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse


(Fig. 1-lc). Una nica clula bacteriana colocada en un me
dio nutriente estril puede generar miles de millones de c
lulas hijas idnticas a ella en 24 horas. Cada clula contiene
miles de molculas diferentes, algunas de ellas de una gran
complejidad; a pesar de ello, cada bacteria es una copia fiel
del original y toda la informacin para su construccin est
contenida en el material gentico de la clula original.
La capacidad de cambiar a lo largo dei tiempo me
diante evolucin gradual. Los organismos varan sus es
trategias vitales heredadas en pasos muy pequeos, para
sobrevivir en situaciones nuevas. El resultado de eones de
aos de evolucin es una enorme diversidad de formas de
vida, superficialmente muy diferentes (Fig. 1-2) pero re
lacionadas en lo fundamental a travs de sus ancestros co
munes. Esta unidad fundamental de los organismos vivos
se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias g
nicas y de estructuras de protenas.

FKURA 1-2 Diferentes organismos vivos comparten caractersticas qumicas


A pesar de la existencia de estas propiedades comunes de
las que se deduce que existe una unifomdad fundamental en
todas las manifestaciones de la vida, resulta difcil hacer genera
lizaciones sobre los organismos. La diversidad de organismos en
la Tierra es enorme. La gama de hbitats, desde aguas termales
hasta la tundra rtica, desde el intestino animal hasta los dormi
torios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmen-

comunes. Pjaros, bestias, plantas y microorganisnws del suelo comparten las


mismas unidades estructurales bsicas (clulas) y los mismos tipos de nacromolculas (DNA, RNA, protenas) compuestas por los mismos tipos de subunida
des monomricas (nucletidos, aminocidos). Utilizan las mismas rutas de
sntesis de los componentes celulares, comparten el mismo cdigo gentico y
descienden de los mismos ancestros evolutivos. Detalle del "jardn del Edn",
obra de Jan van Kessel, el joven (1626-1679).

1.1 Fundamentos celulares

desde las de ios ms simples a las de los ms complejos organis


mos, comparten ciertas propiedades fundamentales, observa
bles a nivel bioqumico.

Las clulas son las unidades estructurales y funcionales


de todos los organismos vivos
Todas las clulas comparten ciertas caractersticas estructurales
(Fig. 1 ^ ) . La membrana plasmtica define la periferia de la
clula, separando su contenido del medio externo. Est com
puesta por molculas de lpidos y de protenas que forman una
barrera hidrofbica fina, dura y exlble alrededor de la clula. La
membrana acta como una barrera a la libre circulacin de iones
inorgnicos y de la mayor parte de compuestos cargados o pola
res. Las protenas de transporte de la membrana plasmtica per
miten el paso de ciertos iones y molculas; las protenas
receptoras transmiten seales hacia el interior de la clula; por su
parte, los enzimas de membrana participan en algunas reaccioNcleo (eucariotas)
o nucleoide (bacterias)
Contiene material gentico:
DNA y protenas asociadas.
El ncleo est rodeado por una membrana.
Membrana plasmtica
Bicapa lipdica resistente y flexible.
Selectivamente permeable para
sustancias polares. Tambin incluye
protenas de membrana que
actan en el transporte, en
la recepcin de seales
como enzimas.

[3 ]

nes. Gracias a la interaccin no covalente entre las subunidades


individuales de Kpidos y protenas de la membrana plasmtica, la
estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que per
mite que se prcxiuzcan cambios en la forma y el tamao de la c
lula. Al crecer la clula se insertan en la membrana plasmtica
nuevas molculas de lpido y protena recin sintetizadas; la divi
sin celular produce dos clulas, cada una de las cuales posee su
propia membrana. El crecimiento y la divisin (fisin) celulares
se producen sin prdida de la integridad de la membrana.
El volumen interno limitado por la membrana celular, el cito
plasma (Fig. 1-3), est compuesto por una disolucin acuosa, el
citosol, y una variedad de partculas en suspensin con funciones
especficas. El citosol es una disolucin muy concentrada que con
tiene enzimas y las molculas de RNA cue los codifican; los com
ponentes (aminocidos y nucletidos) a partir de los cuales se
forman estas macromolculas; centenares de pequeas molculas
orgnicas denominadas metabolitos, intermediarios de las rutas
biosintticas y degradativas; coenzimas, compuestos esenciales
en muchas reacciones catalizadas enzimticamente; iones inoi:gnicos y estructuras macromoleculares tales como los ribosomas,
en los que tiene lugar la sntesis de protenas, y los proteasomas,
que degradan protenas que ya no son necesarias para la clula
Todas las clulas tienen, al menos durante una parte de su
ciclo vital, un ncleo o un nucleoide, en el que se almacena y
replica el genoma (el coryunto de genes, compuestos de DNA).
El nucleoide en bacterias y arqueas no se encuentra separado
del citoplasma por una membrana, pero en los eucariotas el
ncleo contiene el material nuclear que se halla englobado en el
interior de una membrana doble, la envoltura nuclear. Las clu
las con envoltura nuclear constituyen el amplio grupo Eukarya
(del griego eu, "verdadero, y karyon, ncleo**). Entre los mi
croorganismos sin envoltura nuclear, antes denominados pro
cariotas (del griego pro, antes), se distinguen ahora dos
grupos, Bacteria y Archaea, que se describen ms adelante.

Las dimensiones celulares estn limitadas por la difusin


Citoplasma
Contenido acuoso de la
clula y partculas y
orgnulos suspendidos en l.

centrifugacin a 150.000
Sobrenadante: citosol. ^
Disolucin concentrada ^
de enzimas, RNA,
subunidades monomricas,
metabolitos e iones
inorgnicos.
Pellet: partculas y orgnulos.
Ribosomas, grnulos de almacensuniento,
mitocondrias, cloroplastos, lisosomas,
retculo endoplasmtico.
FIGURA 1-3 Caractertsticas universales de todas las clulas vivas. Todas las
clulas tienen ncleo o nucleoide, una membrana plasmtica y citoplasma. El
citosol es la parte del citoplasma que permanece en el sobrenadante despus de
la rotura suave de la membrana plasmtica y la centrifugacin del extracto celu
lar a 150.000 g durante 1 hora.

La mayor parte de clulas son de tamao microscpico, invisibles al


ojo humano. El dimetro tpico de las chilas animales y vegetales
es de unos 5 a 100 /nm, y muchos organismos unicelulares tienen
una longitud de tan slo 1 a 2 /itm (vase el envs de la cubierta
posterior para encontrar informacin sobre las unidades y sus
abreviaturas). Qu es lo que limita las dimensiones de una clula?
El l&rte inferior viene probablemente marcado por el nmero m
nimo de cada una de las diferentes biomolculas necesarias. Las
clulas ms pequeas, ciertas bacterias conocidas como ncoplasmas, tienen un dimetro de 300 nm y un volumen de apro
ximadamente 10"'^ mL. Un solo ribosoma bacteriano tiene
aproximadamente unos 20 nm en su dimensin ms alargada, de
modo que un pequeo nmero de riboscHuas ocupan ya una frac
cin sigrficativa del volumen de una clula de ncoplasma.
El lmite superior del tamao celular viene marcado proba
blemente por la velocidad de difusin de las molculas disueltas
en sistemas acuosos. As, una clula bacteriana que depende de
reacciones que consumen oxgeno para la produccin de su
energa debe obtener el oxgeno molecular del medio en el que
se halla mediante difusin a travs de su membrana plasmtica.
La clula es tan pequea y la relacin entre el rea de su super
ficie y su volumen tan grande, que el O2alcanza tcxias las partes

Fundamentos de bioqumica

Eucariotas
Hongos Animales
Entamoebas mucila-

Bacterias
verdes no
del azufre

Hongos
Plantas
Ciliados

. Cianobcterias
f Flavobacterias

Flagelados
Tricomnadas

Thermotoga
/j-

Microsporidios
Diplomnadas

FIGURA 1- 4 Filogenia de los tres dominios de la vida. Las relaciones flogenticas se ilustran a menudo mediante un "rbol genealgico" de este tipo. Este r
bol se basa en la similitud de las secuencias nucleotdicas de los RNA
ribosmicos de cada uno de los grupos; a mayor similitud de secuencias, ms
cercanas estarn las ramas, con lo que la distancia entre ramas representa el
grado de diferencia entre dos secuencias. Tambin se pueden construir rboles

filogenticos a partir de similitudes entre las secuencias de aminocidos de la


misma protena en especies diferentes. Por ejemplo, la comparacin de las se
cuencias de la protena GroEL (una protena bacteriana que ayuda en el plega
miento de protanas) gener el rbol de la Figura 3-32. El rbol de la Figura 3-33
es un rbol ^consenso" que utiliza diversas comparaciones como las descritas
para realizar estimaciones sobre la reladn evolutiva de grupos de organismos.

de su citoplasma por difusin. Pero al aumentar el tamao de la


clula disminuye la relacin supercie/volumen hasta llegar a
un punto en el que su metabolismo consume O2a una velocidad
superior a la del suministro mediante difusin. Entonces el me
tabolismo que requiere O2 se har imposible cuando el tamao
celular crezca por encima de un detenninado valor, que repre
sentar el lnte terico superior del tamao de la clula.

consideraciones bioqumicas y genticas se pueden distinguir


dos grandes grupos: Bacteria y Archaea. Las bacterias habi
tan en el suelo, en las aguas superciales y en los tejidos de
otros organismos vivos o en descomposicin. Muchas especies
de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Cari Woe
se en la dcada de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos
salinos, fuentes termales, cinagas altamente acdicas y las pro
fundidades de los ocanos. Las pruebas de que se dispone su
gieren que las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos
los organismos eucariticos, que constituyen el tercer dominio,
Eukarya, evolucionaron a partir de la misma rama que dio ori
gen a las arqueas; los eucariotas estn, por tanto, ms estrecha
mente relacionados con las arqueas que con las bacterias.

Los seres vivos se pueden clasificar en tres dominios distintos


Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres gran
des grupos (dominios) que representan las tres ramas de la evo
lucin a partir de un progenitor comn (Fig. 1-4). En base a

iT o d o s io si^ iie lim iti

Fuente
de energa

Fottrofos^
^
(energa procedente de la luz)

Quiinitrofos
ln
(energa procedente de la oxidacin
de compuestos qumicos)
U t tro fo s

Puente
de carbono

Auttrofos
(carbono proce- dente de CO2)

Hetertrofos
(cari)ono procedente
de compuestos orgnicos)

Cianobacterias
Plantas vasculares
Ejemplos

Bacterias prpura
Bacterias veies

Combustible
reducido

(combustibles
inorgnicos)

Bacterias del azufre


Bacterias del hidrgeno

Organtrofos
(combustibles
orgnicos)

La mayora de bacterias
Todos los eucariotas
no fototrfcos

1
*

Jr V - \ . V

y
FIGURA 1-5 Los organismos pueden clasificarse segn su fuente principal de energa (luz solar o compuestos qumicos oxidables)
y su fuente de caHbono para la sntesis de material celular.

Combustible
oxidado

1.1 Fundamentos celulares

Dentro de los dominios de Bacteria y Archaea existen subgrupos que se distinguen por sus hbitats. En los hbitats aer
bicos, con un abundante suministro de oxgeno, muchos
organismos residentes obtienen su energa mediante la transfe
rencia de electrones desde las molculas de combustible al ox
geno. Otros ambientes son anaerbicos, prcticamente
privados de oxgeno, lo que obUga a que los microorganismos
adaptados a ellos obtengan su energa mediante la transferencia
de electrones hacia el nitrato (generando Na), sulfato (generan
do H2S) o CO2 (generando CH4). Muchos de los microorganis
mos que han evolucionado en estos ambientes anaerbicos son
anaerobios obligalorios que moriran por exposicin al oxge
no. Otros son anaerobios/ocw/atvos, capaces de vivir con y
sin oxgeno.
Los organismos pueden clasificarse en base a su forma de
obtener la energa y el carbono que necesitan para la sntesis de
material celular (resumido en la Fig. 1-6). Se pueden estable
cer dos amplias categoras en base a las fuentes de energa: los
fottrofos (del griego trophe, nutricin) recolectan y utili
zan la luz solar, mientras que los quimitrofos obtienen su
energa a partir de la oxidacin de combustibles qumicos. Algu
nos quimitrofos, los littrofos, oxidan combustibles inorg
nicos: HS a S (azufre elemental), Sa SO4, NO2 a NOJ, o Fe^'"
a Fe'^^, por ejemplo. Los organtrofos oxidan una amplia gama
de compuestos orgnicos que se hallan en su entorno. Los fot
trofos y los quimitrofos pueden tambin dividirse entre aque
llos que obtienen todo el carbono necesario a partir de CO2
(auttrofos) y los que requieren nutrientes orgnicos (hete
rtrofos).

as. Las membranas de las arqueas tienen una arquitecttira


similar, aunque sus Ipidos difieren de losl^resentes en bacte
rias (vase la Fig. 10-12).

Ribosomas Los ribosomas bacterianos son ms pequeos que


los eucaritidos pero llevan a cabo la misma mcin: sntesis de
protenas a partir de mi RNA mensajero.
Nucleoide Contiene una nica
molcula de DNA, larga y circular.
Pili Proporcionan
puntos de adhesin
a la superficie
de otras clulas.

Flagelos
Propulsan la
clula a travs
de su medio.

Envoltura
celular
La estructura
vara seg^ el tipo
de bacteria.

Escherichia colies la bacteria mejor estudiada


Las clulas bacterianas comparten ciertas caractersticas es
tructurales comunes, pero tambin presentan especializaciones especficas de grupo (Fig. 1-6). E. coli es un inquilino
habitualmente inofensivo del tracto intestinal humano. La c
lula de E. coli tiene aproximadamente 2 /im de longitud y un
poco menos de 1 ftm de dimetro. Posee una membrana ex
terna protectora y una membrana plasmtica interna que en
globa el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas
interna y externa se sita una capa fina pero resistente de un
pohmero (peptidoglucano) que proporciona a la clula su for
ma y rigidez caractersticas. La membrana plasmtica y las ca
pas que la rodean constituyen la envoltura celular. Cabe
observar que entre las arqueas la rigidez es conferida por
una clase distinta de polmero (pseudopeptidoglucano). Las
membranas plasmticas de las bacterias consisten en una fi
na bicapa de molculas de lpido en la que se insertan prote-

FIGURA1-6

Bacterias gram-n^ativas Bacterias gram-positivas


Membrana extema;
No hay membrana extema;
capa de peptidoglucanos
capa de peptidoglucanos ms
gruesa

Caractersticas estructurales comunes de clulas bacterianas.

A causa de diferencias en ia estructura de la envoltura celular, algunas bacte


rias (bacterias gram-positivas) retienen la tincin de Cram (introducida por
Hans Christian Cram en 1882) y otras no (bacterias gram-negativas). f . cdi es
gram-negativa. Las cianobacterias se distinguen por su voluminoso sistema de
membranas internas, en el que se localizan los pigmentos fotosintticos. Pese
a que las envolturas celulares de las arqueas y las bacterias gram-positivas pa
recen similares al microscopio electrnico, ia estructura de los Ipidos de
n^embrana y de los polisacridos son muy diferentes en estos organismos (v
ase la Fig. 10-12).

Cianobacterias
Arqueas
Bacterias gram-negativas; No hay membrana externa;
capa de peptidoglucanos capa de pseudopeptidoglucanos
ms resistente; voluminoso en la cara extema de la
sistema de membranas
membrana plasmtica
internas que contiene
pigmentos fotosintticos

Fundamentos de bioqumica

El citoplasma de E. coli contiene aproximadamente 16.000


ribosomas, cantidades variables (de decenas a miles) de copias
de cada uno de los 1.000 o ms enzimas diferentes, quizs unos
1.000 compuestos orgnicos de masa molecular inferior a 1.000
(metabolitos y cofactores) y una variedad de iones inorgnicos.

El nucleoide contiene una nica molcula circular de DNA y el


citoplasma (al igual que cx:urre en la mayora de bacterias) con
tiene uno o ms segmentos circulares de DNA de tamao menor
que reciben el nombre de plsmidos. En la naturaleza, algunos
plsmidos confieren resistencia a toxinas y antibiticos presen-

(a) Clula animal


Ribosomas: mquinas
. sintetizadoras de protenas
Peroxisoma: oxida cidos grasos
Citoesqueleto: soporte estructural de las clulas,
facilita el movimiento de orgnulos
Lisasoma: degrada los restos ntracelulares
Vescula de transporte; transporta lpidos
y protenas entre el RE, aparato de Golgi
y membrana plasmtica
Complejo de Golgi: procesa, empaqueta
y distribuye protenas a otros orgnulos
para su exportacin
Retculo endoplasmtico liso
(RED: lu |^ de sntesis de lpidos
y metabolismo de frmacos
Envoltura nuclear: segrega
la cromatina (DNA + protena)
del citoplasma
Membrana plasmtica: separa la
clula de su entorno, regula el
movimiento de materiales hacia
dentro y fuera de la clula

Citoesqueleto

Complejo de
Golgi

Cloroplasto: almacena la energa solar,


produce ATP y glcidos
Grnulos de almidn: almacn
temporal de glcidos,
producto de la fotosntesis
Tilacoides: sintetizan el ATP con
aprovechamiento de la energa lumnica
Pared celular, confiere forma
y rigidez; protege a la clula del
hinchamiento osmtico
Vacuola: degrada y recicla
macromolculas y almacena
metaboUtos

Piasmodesmos: penniten el paso entre \


Pared celular de una clula
dos clulas vegetales
\
adyacente
Glioxisoma: contiene los enzimas
del ciclo del glioxilato
(b) Clula vegretal

FIGURA 1-7 Estnjctura de la clula eucaritica. Ilustracin esquemtica de


los dos principales tipos de clula eucaritica: (a) una clula animal representa
tiva y (b) una clula vegqtal representativa. Las clulas vegetales tienen entre 1 0
y 1 0 0 /Ltmde dimetro, mayores que las clulas animales, que presentan un ta-

mao de 5 a 30 /m. Las estructuras rotuladas en rojo son exclusivas de clulas


animales o vegetales. Los microorganismos eucariticos (tales como protistas y
hongos) tienen estructuras similares a las de las clulas animales y vegetales pe
ro pueden contener tambin orgnulos especializados no lustrados aqu.

1.1 Fundamentos celulares

tes en el medio. En el laboratx)rio, estos segmentos de DNA son


especialmente adecuados para la manipulacin experimental y
constituyen herramientas poderosas en ingeniera gentica (v
ase el Captulo 9).
La mayor parte de bacterias (incluida E. coli) existen co
mo clulas individuales, aunque en algunos grupos bacterianos,
como por ejemplo en las mixobacterias, sus clulas muestran
un comportamiento social primitivo y forman agregados com
puestos por un gran nmero de clulas.

Las clulas eucariticas poseen diversos orgnulos


membranosos que pueden aislarse para su estudio
Las clulas eucariticas tpicas (Fig. 1-7) son mucho mayores
que las bacterias: tienen normalmente un dimetro de 5 a
100 /itmy un volumen celular que es entre mil y un milln de ve

ces superior al de las bacterias. Las caractersticas distintivas


de los eucariotas son el ncleo y los orgnulos rodeados de
membrana que llevan a cabo funciones especficas: mitocon
drias, retculo endoplasmtico, complejos de Golgi, peroxiso
mas y lisosomas. Las clulas vegetales contienen, adems,
vacuolas y cloroplastos (Fig. 1-7). En el citoplasma de muchas
clulas tambin se observan grnulos o gotculas que contienen
nutrientes de reserva como almidn o grasas.
En lo que constituy im importante avance bioqumico, Al
bert Claude, Christian de Duve y George Palade desarrollaron
mtodos para la separacin individualizada de orgnulos cito
slicos, un paso esencial para la investigacin de su estructura y
funcin. En un procedimiento de fraccionamiento celular tpico
(Fig. 1-8) se procede a disgregar clulas o tejidos en disolu
cin mediante una homogeneizacin suave. Este tratamiento
rompe la membrana plasmtica pero respeta la integridad de la

FIGURA 1-8 Fraccionamiento subcelular de un tejido. En primer lugar se homogeneiza mecnicamente un tejido, conno por ejemplo el hgado, para romper
las clulas y dispersar su contenido en un medio acuoso. El medio de sacarosa
tiene una presin osmtica similar a la de los orgnutos, equilibrando la difu
sin de agua hacia fuera y hacia el interior de los orgnulos, que se hincharan
y romperan en una disolucin de menor osmolaridad (vase la Fig, 2-12).
(a) Las partculas en suspensin de diferente tamao se pueden separar por cen
trifugacin a diferentes velocidades, o bien (b) partculas con diferente densidad
se pueden separar mediante centrifugacin isopcnica. En la centrifugacin isopcnica se llena un tubo de centri'fuga con una disolucin, la densidad de la
cual aumenta desde la superficie hasta el fondo; para producir este gradiente de
densidad se disuelve un soluto como sacarosa a diferentes concentraciones.
Cuando se deposita una mezcla de orgnulos sobre este gradiente de densidad
y se centrifuga el tubo a alta velocidad, los orgnulos individuales sedimentan
hasta que su densidad de flotacin corresponde exactamente con la del gra
diente. Entonces puede recogerse cada capa por separado.

(a) Centrifugacin
diferencial
eizadn
delt^ido
Centrifugacin a b^ya velocidad
(1.000^, 10 min)

(b) Centrifugacin isopcnica


(en gradiente de sacarosa)
El sobrenadante se somete
a centrigacin a velocidad media
(20.000^, 20 min)
Centrifugacin
Homogenado
tisular

El sobrenadante se somete
a centrifugacin a alta velocidad

(80.000^. Ih )

El pellet
contiene
clulas enteras,
ncleos,
citoesqueleto y
membranas
plasmticas El pellet
contiene
mitocondrias,
lisosomas y
peroxisomas

El sobrenadante se
somete a centrifugacin
a muy alta velocidad

(150.000^, 3 h)

Muestra
Gradiente
de sacarosa
El sobrenadante
contiene protenas
solubles

El pellet contiene
microsomas
(fragmentos de
retculo
endoplasmtico) y
vesculas pequeas
El peUet
contiene ribosomas y
macromolculas grandes

Componente
menos denso
Componente
ms denso

Fraccionamiento

Fundamentos de bioqumica

mayora de los orgnulos. A continuacin se centrifuga el homogeneizado, proceso en el que los orgnulos tales como el n
cleo, las mitocondrias y los lisosomas sedimentan a velocidades
diferentes a causa de su diferente tamao.
La centrifugacin diferencial permite obtener un fraccionanento inicial grosero del contenido citoplasmtico, que pue
de purificarse con ms precisin mediante una centrifugacin
isopcnica (nsma densidad). Mediante esta metodologa, los
orgnulos de densidad de flotacin diferente (resultado de las
diferentes relaciones entre cantidad de lpidos y protenas en
cada clase de orgnulo) se sepai'an por centrifugacin a travs
de una columna de disolvente que contiene un gradiente de
densidad. Recogiendo cuidadosamente el material de cada re
gin del gradiente y observndolo al microscopio, el bioqumico
puede establecer la posicin de sedimentacin de cada orgnu
lo y purificarlo para su estudio posterior. De esta manera se
supo, por ejemplo, que los lisosomas contienen enzimas degradativos, que las mitocondrias contienen enzimas oxidativos y
que los cloroplastos contienen pigmentos fotosintticos. El ais
lamiento de un orgnulo enriquecido en un cierto enzima suele
ser el primer paso en la purificacin de dicho enzima.

El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto


y es altamente dinmico
La microscopa de fluorescencia permite observar distintos ti
pos de filamentos de protena que se entrecruzan en la clula

FIGURA1- 9 Los tres tipos de fitamentos citoplasmticos: filamentos de acti


na, microffoulos y filamentos intermedios. Se pueden marcar estructuras celu>
lares con un anticuerpo (molcula capaz de reconocer una protena especfica)
unido covalentemente a un compuesto fluorescente. Las estructuras teidas son
visibles cuando se observa la clula con un microscopio de fluorescencia,
(a) Clulas endoteliales de arteria pulmonar bovina. Los haces de filamentos de
aaina, llamados "fibras de estrs", estn teidos en rojo; los microtbulos, que

eucaritica y forman una trama tridimensional e interconectada, el citoesqueleto. Existen tres clases principales de
filamentos citoplasmticos -los filamentos de actina, los micro
tbulos y los filamentos intermedios (Fig. 1-9)- que difieren
en anchura (entre 6 y 22 nm), composicin y funcin especfica.
Todos ellos proporcionan estructura y organizacin al citoplas
ma y mantienen la forma de la clula. Los filamentos de actina y
los microtbulos colaboran tambin en el movimiento de los or
gnulos o en el movimiento celular global.
Cada tipo de componente citoesqueltico est compuesto
por subimidades simples de protena que se asocian de manera
no covalente para dar filamentos de grosor uniforme. Estos fila
mentos no son estructuras permanentes, sino que se encuen
tran en constante fluctuacin entre su forma monomrica y su
forma estructurada en filamentos. Su localizacin celular no es
t fijada rgidamente, sino que vara en gran medida durante la
mitosis, la citoquinesis, el desplazamiento ameboide o a causa
de los cambios en la forma de la clula. La regulacin de la for
macin, disgregacin y localizacin de los diversos tipos de fila
mentos corre a cargo de otras protenas enc^gadas de unir o
entrelazar los Wamentos o de desplazar orgnulos citoplasmti
cos a lo largo de los mismos.
De este breve repaso de la estructura celular podemos
extraer la idea general de que la clula eucaritica est forma
da por una trama de fibras estructurales y un complejo siste
ma de compartinentos limitados por membranas (Fig. 1-7).
IjOS filamentos se desagregan para reestructurarse en otro

irradian desde el centro de la clula, en verde, y los cromosomas del ncleo en


azul, (b) Una clula pulmonar de tritn durante a mitosis. Los microtbulos
(verde), unidos a estructuras llarriadas cinetocoros (amarillo) sobre los cronx)somas condensados (azul), arrastran a los cromosomas hacia los polos opuestos, o
centrosomas (magenta), de la clula. Los filamentos intermedios, formados por
queratina (rojo), mantienen la estructura de la clula.

1.1 Funddmentos celuidres

lugar distinto. Las vesculas membranosas brotan de un org


nulo y se fusionan con otro. Los orgnulos se mueven por el ci
toplasma a lo largo de filamentos de protena gracias a la
energa de motores proteicos. El sistema endomembrano80 segrega procesos metablicos especficos, y aporta las superficies en las que tienen lugar ciertas reacciones
enzimticas. La exocitosis y la endocitosis, mecanismos de
transporte (hacia el exterior y el interior de las clulas, res
pectivamente) que implican fusin y fisin de membranas,
permiten la comunicacin entre el citoplasma y su medio ex-

C ]

temo mediante la secrecin de sustancias producidas en la c


lula y la captacin de material extracelular.
A pesar de su complejidad, la organizacin del citoplasma
est lejos de ser el producto del azar. El movimiento y la posi
cin de los orgnulos y de los elementos del citoesqueleto estn
sometidos a una estrecha regulacin y en el transcurso de la vi
da de la clula se producen importantes reorganizaciones fina
mente orquestadas, tales como la mitosis. Las interacciones
entre citoesqueleto y orgnulos son reversibles, de tipo no cova
lente y estn sujetas a regulacin en respuesta a diversas sea
les intra y extracelulares.

(a) Algunos de los aminocidos de las protenas

Las clulas construyen estructuras supramoleculares


Las macromolculas y sus subunidades monomricas son de ta
mao muy diferente (Fig. 1-10). Una molcula de alanina mi
de menos de 0,5 nm. Una molcula de hemoglobina, la protena
transportadora de oxgeno en los eritrocitos (clulas rojas de la
sangre), contiene cerca de 600 subunidades de aminocido for
mando cuatro largas cadenas que se pliegan de forma globular y
se asocian en estmcturas de 5,5 nm de dimetro. Las protenas
FIGURA1-10 Los compuestos orgnicos a partir de ios cuales se forman la
mayora de los componentes celulares: el ABC de la bioqumica, (a) Seis de los
veinte aminocidos a partir de los cuales se construyen todas las protenas (las
cadenas laterales se destacan en rosa); (b) las cinco bases nitrogenadas, dos
azcares de cinco carbonos y el in fosfato a partir de los cuales se construyen
todos los cidos nucleicos; (c) cinco componentes de Ipidos de membrana, y
(d) o-glucosa, el azcar a partir del cual se derivan la mayor parte de los glcidos. Ntese que el fosfato es un componente tanto de los cidos nucleicos co
mo de las membranas lipdicas.

(c) Algunos de los componentes de los Ipidos

(b) Los componentes de los cidos nucleicos

O
II

O
n

.C .

HN" ^ C H

or

/C H
IT

^C.

QT

.C H s

N -^ C H

XH

/C H

(T

Timina

Uracilo

CHjOH
CHOH
I
CHgOH

NH2

Glicerol

H
Citosina

CHa

CHj N CHjCHjOH
NHa

(h ,
O'

I
II

Colina

H O -P -O H

HN

Fosfato

(d)

Adenina
Guanina
Bases nitrogenadas
HOCH^O
.H

H
H

OH OH

H 0 C H 2/0^
KH
H
OH

CHOH

H/1
H
OH
H

2-De80xi-a-D-rib0sa
Azcares de cinco carbonos

a-D-Ribosa

El azcar principal

VH

.OH

HO
H

H
Hy
OH
OH

or-D-Glucosa

1o

Fundamentos de bioqumica

Nivel 4:
La clula
y sus orgnulos

Nivel 3:
Complejos
supramoleculares

Nivel 2:
Macromolculas

Nivel 1:
Unidades
monomricas

Pared celular I

FIGURA1-11 Jerarqua estructural en ta organizacin molecular de las clu


las. En esla clula vegetal, el ncleo es un orgnulo que contiene diversos tipos
de complejos supramoleculares, entre ellos la cromatina. La cromatina consis-

le en dos tipos de macromolculas, DNA y muchas protenas diferentes, cada


una formada a partir de subunidades simples.

son, a su vez, mucho menores que los ribosomas (cuyo dimetro


es de aproximadamente 20 nm), orgnulos, a su vez, de tamao
muy inferior al de las mitocondrias que miden aproximadamen
te 1.000 nm de dimetro. Existe, pues, una gran diferencia en
tre las biomolculas simples y las estructuras que pueden
observarse al microscopio ptico. La Figura 1-11 ilustra la je
rarqua estructural en la organizacin celular.
Las subunidades monomricas de protenas, cidos nuclei
cos y polisacridos se unen mediante enlaces covalentes. Sin em
bargo, en complejos supramoleculares, las macromolculas se
mantienen unidas mediante intei'acciones no covalentes, indivi
dualmente, mucho ms dbiles que los enlaces covalentes. Entre
las interacciones no covalentes se cuentan los enlaces de hidr
geno (entre grupos polares), las interacciones inicas (entre gru
pos cargados), las interacciones hidrofbicas (entre grupos
apolares en disolucin acuosa) y las interacciones de van der
Waals (fuerzas de London), todas ellas de energa considerable
mente menor que la de los enlaces covalentes. Las interacciones
no covalentes se describen en el Captulo 2. Los complejos supra
moleculares se estabilizan gracias al gran nmero de interaccio
nes dbiles que se establecen en ellos y que son las responsables
de sus estructuras nicas.

lacin de la actividad de la molcula purificada. Por ejemplo, los


estudios in vitro de enzimas purificados se llevan a cabo normal
mente a concentraciones muy bajas y en disoluciones acuosas
en agitacin constante. En la clula, el enzima se encuentra di
suelto o suspendido en un citosol de textura parecida a xmgel y
acompaado de miles de protenas diferentes, algunas de las
cuales se unen al enzima y varan su actividad. Algunos enzimas
forman parte de complejos multienzimticos en los que los reac
tivos se canalizan de un enzima a otro sin que lleguen a tener
contacto con el disolvente. La difusin est limitada por la den
sidad del citosol tipo gel, cuya composicin vara en sus distin
tas regiones. Resumiendo, una molcula determinada puede
actuar de modo muy diferente en la clula que in vitro. Uno de
los retos de la bioqumica consiste en comprender la influencia
de la organizacin celular y las asociaciones moleculares en la
funcin de enzimas y otras biomolculas: comprender la fun
cin tanto in vivo como in vitro.

Los estudios in vitro podran no detectar interacdones


importantes entre molculas
Uno de los mtodos para entender un proceso biolgico consis
te en el estudio de las molculas purificadas in vitro (en el inte
rior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras
molculas presentes en la clula intacta, es decir, in vivo. A pe
sar de que esta metodologa ha resultado muy til, debemos re
cordar que el interior de una clula es muy diferente del
entomo que pueda haber en un tubo de ensayo. Los componen
tes que Interfieren y que se eliminan mediante purificacin
pueden resultar crticos para la funcin biolgica o para la regu

RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares

Todas las clulas estn rodeadas por una membrana plas


mtica; poseen im citosol que contiene metabolitos, coen
zimas, iones inorgnicos y enzimas, y poseen un conjunto
de genes contenidos en un nucleoide (bacterias y arqueas)
o un ncleo (eucariotas).

Los fottrofos utilizan la luz del sol para realizar trab^o;


los quimitrofos oxidan combustibles mediante la trans
ferencia de electrones a buenos aceptores electrnicos:
compuestos inorgnicos, compuestos orgnicos u oxgeno
molecular.

Las clulas bacterianas o las arqueas contienen un citosol,


un nucleoide y plsmidos. Las clulas eucariticas tienen
ncleo y estn multicompartimentadas, con ciertos proce
sos confinados en orgnulos especficos; estos orgnulos
se pueden separar para su estudio de modo aislado.

1.2 Fundamentos qumicos

H
3

U
11

Na
19

K
37

Rb
55

Cs
87
Pr

He
L -j

Be

iiementos mayontanos
Oligoelementos

12

Ca
38

Sr
Ba
Ra

14

Al
21

22

8c
39

Ti
40

56

88

13

M*
20

24

23

Cr

41

Zr

Nb

72
Hf

73
TVi

42

Mo
74

25

Mn
43

Te
75

26

F
44

Ru
76

Os

*7

Co
45

Rh
77

Ir

2S

Ni
46

Pd
78

Pt

29

Cu
47

Ag
79
Au

30

Zn
48

Cd
80

Hg

Si

31

32

Ga

Ge

49
In

50

81

82

8n

TI

'^Lantnidos

Pb

N
15

P
33

O
16
8
34

As
61

Se
62

Sb
83

Te
84

Bi

Po

10
F

17
!

Cl
35

Br
63

Ne
18

Ar
36

Kr
54

I
8S

At

Xe
86

Rn

11J

FIGURA 1-12 Los elementos esenciales para la vida y


la salud de ios anmales. Los elementos mayoritarios
(sobre fondo naranja) son cx>mponenle$ estructurales de
clulas y tejidos y deben estar presentes en la dieta dia
ria en cantidad de gramos. Las necesidades de oligo
elementos (sobre fondo amarillo) son mucho menores:
en el caso del ser humano son suficientes unos pocos
miligranrx al da de Pe, Cu, y Zn, e incluso menos de
los dems elementos. Las necesidades elementales de
las plantas y los microorganismos son muy similares a
las aqu presentadas. Son, en cambio, variadas, las for
mas en que adquieren estos elementos.

Actnidos

Las protenas del citoesqueleto se ensamblan formando


largos filamentos que confieren forma y rigidez a las clu
las y son el soporte para el movinento de los orgnulos a
travs de la clula.
Los complejos supramoleculares se mantienen estables
mediante interacciones no covalentes y dan lugar a una
jerai qua de estructuras, algunas de las cuales son visibles
al microscopio ptico. Interacciones importantes en el
medio celular pueden perderse debido a la eliminacin de
molculas individuales para su estudio in vitro.

1.2 Fundamentos qumicos


La bioqumica tiene como objetivo explicar en trminos quncos las estructuras y las funciones biolgicas. A finales del
siglo xviii los qumicos llegaron a la conclusin de que la compo
sicin de la materia viva era sorprendentemente diferente de la
del mundo inanimado. Antoine Lavoisier (1743-1794) observ
la relativa simplicidad qumica del mundo mineral** en contras
te con la complejidad de los mundos animal y vegetal; se saba
que estos ltimos estaban formados por compuestos ricos en
carbono, oxgeno, nitrgeno y fsforo.
Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones bio
qumicas paralelas acerca de la degradacin de la glucosa en leva
duras y en clulas musculares de animales permitieron observar
grandes similitudes qumicas en estos dos tipos de clulas, apa
rentemente muy diferentes; la degradacin de la glucosa en la levadui-ay en clulas musculares tiene lugar a travs de los mismos
10 intermediarios qumicos y los mismos 10 enzimas. Estudios
posteriores sobre muclios otros procesos bioqumicos en un gran
nmero de organismos diferentes confirm la universalidad de
esta observacin, claramente resumida por Jacques Monod: Lo

que es cierto paraE. coli es cierto para el elefante. La nocin ac


tual de que todos los organismos comparten im origen evolutivo
comn se basa en parte en esta universalidad de intermediarios y
transfonnaciones qumicas, frecuentemente denominada uni
dad bioqumica.
Menos de 30 de los ms de 90 elementos qumicos presen
tes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos. La ma
yora de los elementos de la materia viva tienen un nme
ro atmico relativamente byo, y slo dos de ellos tienen un n
mero atmico superior al del selenio, 34 (Fig. 1-12). Los cua
tro elementos ms abundantes en los organismos vivos, en
trminos de porcentaje sobre el nmero total de tomos, son el
hidrgeno, el oxgeno, el nitrgeno y el carbono que, en conjun
to, representan ms del 99% de la masa de la mayora de las c
lulas. Son los elementos ms ligeros capaces de formar uno, dos,
tres y cuatro enlaces covalentes, respectivamente; en general,
ios elementos ms ligeros forman los enlaces ms fuertes. Los
oligoelementos (Fig. 1-12) representan una accin minscula
del peso del cuerpo humano, pero todos eos son esenciales pa
ra la vida, generalmente a causa de que resultan imprescindi
bles para la funcin de protenas especficas, incluidos los
enzimas. La capacidad transportadora de oxgeno de la molcu
la de hemoglobina, por ejemplo, depende totalmente de cuatro
iones hierro que constituyen slo el 0,3% de su masa.

Las biomolculas son compuestos de carbono


con una diversidad de grupos fncionales
La qumica de los organismos vivos se organiza alrededor del car
bono, que representa ms de la mitad del peso seco de las clulas.
El carbono puede formar enlaces simples con tomos de hidrge
no y tanto enlaces simples como dobles con los tomos de ox
geno y de nitrgeno (Fig. 1-13). La capacidad de los tomos de

FIGURA 1-13 Versatilidad de enlace


del carbono. El carbono puede formar
enlaces covalentes simples, dobles y tri
ples (todos los enlaces en rojo), en parti
cular con otros tomos de carbono. Los
enlaces triples son muy poco frecuentes
en bionx)lcubs.

12

Fundamentos de bioqumica

FIGURA 1-14 Geometra de los enlaces del carbono, (a) Los tomos de carbono presentan la distribucin tetradrica caracterstica de sus cuatro enlaces
simples, (b) Los enlaces simples carbono<arbono presentan libertad de rota-

cin, que aqu se muestra para el etano (CHj CHj). (c) Los enlaces dobles
son ms cortos y no permiten la libre rotacin. Los dos carbonos unidos por el
enlace doble y los tomos A, B, X e Y estn situados en el mismo plano rgido.

H
Metilo

ter

R - -H

Guanidino

R- 0 - R *

H
' i
H H
Etilo

R~C~C~H

ster

Imidazol

H H
0=0

H
.CH

Fenilo

Acetilo

R OC H

C -C
H H

Sulfhidrlo

Carboniio
R '
(aldehido)

Anhdrido
(dos cidos
carboxlicos)

Carboniio
(cetona)

Amino
(protonado)

R^CR^

R C=

R^COCR^
1
k

Disulfuro

Tioster

R -N - H
H ^

O
Carboxilo

R CO

Amido

Hidroxilo
(alcohol)

R OH

Imino

Enol

Imina JV
sustituida
(base de Schiff)

r 1_ 1 r 2

Fosforilo

R - O P - O H

Fosfoanhdrido

R^O

I)

- 0 -R ^

R*
fN

FIGURA 1-15 Algunos grupos funcionales comunes de las biomolculas. En


esta figura, as como en otras a lo largo de todo el libro, se utiliza la R para representar un 'sustituyeme cualquiera*. Puede ser tan sencillo como un tonx)

Anhdrido mixto
(cido carboxiico
y cido fosfrico;
tambin llamado
acilfosfato)
de hidrgeno, pero normalmente es un grupo que contiene carbono. Cuando se
representan dos o ms sustituyentes en una molcula, se emplea el superndice
R\
etc.

1.2 Fundamentos qumicos

13 J

que tienen unidos grupos carboxilo (Fig. 1-15). Muchas biomo


lculas son polifuncionales y contienen dos o ms tipos de grupos
funcionales (Fig. 1-16), cada uno de ellos con propiedades qu
micas y reacthddad propias. La *^ersonalidad" qumica de cada
compuesto viene deternnada por la qumica de sus grupos fun
cionales y su disposicin en el espacio tridimensional.

carbono para formar enlaces simples carbono-carbono ci gran


estabilidad resulta de gran trascendencia en la biologa. Cada to
mo de carbono puede formar enlaces simples muy estables con
unmximo de hasta otros cuatro tomos de carbono. Dos tomos
de carbono pueden compartir tambin dos (o tres) pares de elec
trones, dando lugar a enlaces carbono-carbono dobles (o triples).
Los cuatro enlaces simples que puede formar un tomo de car
bono se proyectan desde el ncleo a los cuatro vrtices de un te
traedro (Fig . 1-14), con un ngulo de 109,5 entre dos de ellos y
una longitud media de enlace de 0,154 nm. Existe libertad de rota
cinalrededor de cada enlace simple a no ser que ambos tomos de
carbono estn unidos a grupos muy voluminosos o cargados, en cu
yo caso la rotacin puede estar restringida. Un enlace doble carbo
no-carbono es ms corto (mide aproximadamente 0,134 nm) y
rgido, y slo permite una rotacin limitada alrededor de su eje.
Los tomos de carbono enlazados covalentemente en las
biomolculas pueden formar cadenas lineares, ramificadas y es
tructuras dclicas. Es probable que la versatilidad de enlace del
carbono consigo mismo y con otros elementos fuera una de las
causas principales de la seleccin de los compuestos de carbono
para formar parte de la maquinaria molecular de las clulas du
rante el origen y la evolucin de los seres vivos. Ningn otro ele
mento qumico puede formar molculas con formas y tamaos
tan diferentes o con tanta variedad de grupos funcionales.
Puede considerarse que la mayor parte de las biomolculas
son derivados de los hidrocarburos, con tomos de hidrgeno
reemplazados por una amplia gama de grupos funcionales que
cotifieren propiedades qumicas especficas para dar lugar a las
diferentes familias de compuestos orgnicos. Las familias ms co
munes de compuestos orgnicos son los alcoholes, con uno o ms
grupos hidroxilo; las aminas, que tienen grupos amino; los aldehi
dos y las cetonas, con grupos carbonilo, y los cidos carboxlicos,

Las clulas contienen un conjunto universal


de molculas pequeas
En la fase acuosa de una clula (citosol) se encuentra disuelta una
coleccin de quiz un millar de pequeas molculas orgnicas dife
rentes (Afr -100 a -500), que son los metabolitos centrales de las
rutas principales presentes en la prctica totalidad de las clulas:
los metabolitos y rutas que se han conservado a lo largo de la evo
lucin. (En el Recuadro 1-1 se encuentra una explicacin de las di
versas maneras de referirse al peso molecular de una sustancia.)
En este cor\junto de molculas se incluyen los aminocidos,
nucletidos, azcares y sus derivados fosforilados y ciertos cidos
mono-, di- y tricarboxlicos. Las molculas son polares o cargadas,
solubles en agua y se encuentran en concentraciones que van des
de micromolar a milimolar. Estn atrapadas dentro de la clula por
que la membrana plasmtica es impermeable a ellas, aunque
algunos transportadores especficos de membrana pueden catali
zar el movimiento de ciertas molculas hacia el interior o el exterior
de la clula o entre compartimientos de las clulas eucariticas. La
presencia universal del nsmo coi\junto de compuestos en las clu
las vivas es una manifestacin de la conservacin evolutiva de las
rutas metablicas que se desarrollaron en las clulas primitivas.
Existen otras biomolculas pequeas que son especficas
para ciertos tipos de clulas u organismos. Por ejemplo, las
plantas vasculares contienen, adems de los metabolitos ya

amino
imidazol
(derivado de)
fosfoanhidhdo
tioster

amido

amido

^^3

C K s - - e - S - C H a - C H a - N H - C - C H a - C H a - N H - C - C ------C - C I

**0

OH

'

CH 2

NHa

Ah

CHo

fosforilo

Acetil-coenzima A

FIGURA 1-16 Algunos grupos funcionales comunes en una nica biomolcula. El acetil-coenzima A (comnmente abreviado acetil-CoA) es portador
de grupos acetilo en algunas reacciones enzimticas. Los grupos funcionales se
Identifican en la frmula estructural. Como veremos en el Captulo 2, algunos

de estos grupos funcionales pueden existir en su forma protonada o desprotonada, dependiendo del pH. En el modelo espacial, N es azul, C es negro, P es na
ranja, O es rojo y H es blanco. El tomo amarillo de la izquierda es el azufre del
importante enlace tioster que se forma entre el acetilo y el coenzima A.

14

Fundamentos de bioqumica

RECUADRO 1-1 I Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse
Existen dos maneras comunes y equivalentes para definir la ma
sa molecular y ambas se utilizan en este texto. La primera es el
peso molecular, o la masa mlecuiar relativa, representados
por el smbolo A/r- El peso molecular de una sustancia se define
como la relacin entre la masa de una molcula de esta sustan
cia y la duodcima parte de la masa del carbono-12 (^^C). Al ser
una relacin, Mr no ene dimensiones, no tiene unidades aso
ciadas. La segunda es la rmisa molecular, representada por m.
sta es simplemente la masa de una molcula, o la masa mole
cular dividida por el nmero de Avogadro. La masa molecular,
m, se expresa en daltons (abreviado Da). Un dalton equivale a
una duodcima parte de la masa del carbono-12; un kilodalton
(kDa) equivale a 1.000 daltons, y un megadalton (MDa) a un
milln de daltons.

Considrese, por ejemplo, una molcula de masa 1.000 ve


ces la del agua. De esta molcula podemos decir lo siguiente:
Mr = 18.000 o w = 18.000 daltons. Tambin la podemos descri
bir como una molcula de 18 kDa". Sin embargo, la expresin
Mr = 18.000 daltons es incorrecta.
Otra unidad para describir la masa de un nico tomo o una
nica molcula es la unidad de masa atmica (antes denominada
uma, abreviatura que ha sido cambiada por u). Una unidad de
masa atmica (1 u) se define como la duodcima parte de la ma
sa de un tomo de carbono-12. Puesto que la masa de un tomo
de carbono-12 medida experimentalmente es de 1,9926 X 10^ g,
1 u = 1,6606 X 10"^ g. La unidad de masa atmica resulta ade
cuada para describir, por ejemplo, la masa de un pico observado
por espectrometra de masas (vase el Recuadro 3-2).

comentados de carcter universal, otras molculas pequeas


denominadas metabolitos secimdarios, que juegan un papel
especfico en la vida de la planta. Entre estos metabolitos se in
cluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma ca
racterstico y otros, como la morfina, la quinina, la nicotina y la
cafena, apreciados por sus efectos fisiolgicos en humanos pe
ro que desempean otras funciones en las plantas.
El conjunto de molculas pequeas de una clula determina
da ha recibido el nombre de metaboloma de la clula, sugiriendo
un paralelismo con el trmino genoma (definido anteriormente
y que se comentar ms ampliamente en la seccin 1.5).

igual o inferior a 500. La sntesis de macromolculas es una de


las actividades celulares que ms energa consume. Las macro
molculas pueden formar posteriormente estructuras supramo
leculares complejas, ciando lugar a unidades funcionales tales
como los ribosomas. En la Tabla 1-1 se muestran las principales
clases de biomolculas en una clula eE. coli.
Las protenas, largos polmeros de aminocidos, constitu
yen, excluyendo el agua, la fi-accin celular ms importante. Al
gunas protenas tienen propiedades catalticas y actan como
enzimas, y otras sirven como elementos estructurales, recepto
res de seales o transportadores que acarrean sustancias espe
cficas hacia o desde el interior de las clulas. Las protenas son
quiz las biomolculas ms verstiles y el catlogo de sus mu
chas funciones resultara muy largo. La suma de todas las pro
tenas que funcionan en una clula se denomina su proteoma.
Los cidos nucleicos, DNA y RNA, son polmeros de nucleti
dos. Almacenan y transmiten la informacin gentica, y algunas
molculas de RNA desempean papeles estructurales y catalti
cos en complejos supramoleculares. Los polisacridos, pol
meros de azcares simples tales como la glucosa, tienen tres
funciones principales: sirven como almacn de combustibles
energticos, como componentes estructurales rgidos de las pa
redes celulares (en plantas y bacterias) y como elementos de
reconocimiento extracelular que se unen a protenas de otras
clulas. Los polmeros ms cortos de azcares (oligosacridos)
actan como seales especficas cuando se presentan unidos a
protenas o lpidos de la superficie celular. Los lpidos, deriva
dos de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como compo
nentes estructurales de las membranas, reserva de combustible
rico en energa, pigmentos y seales ntracelulares.
Protenas, polinucletidos y poMsacridos tienen un gran
nmero de subunidades monomricas y por tanto grandes ma
sas moleculares: entre 5.000 y ms de 1 milln en protenas,
hasta varios miles de millones en cidos nucleicos y del orden
de millones en polisacridos tales como el almidn. Las molcu
las individuales de lpido son mucho ms pequeas (Mr 750 a
1.500) y no se consideran macromolculas. Sin embargo, pue
den formar estructuras muy grandes por asociacin no covalen
te. Las membranas celulares se construyen a partir de enormes
agregados no covalentes de molculas de lpidos y de protenas.

Las macromolculas son los principales constituyentes


de las clulas
Gran parte de las molculas biolgicas son macromolculas,
polmeros de masa molecular superior a -5.000 construidos a
partir de precursores relativamente simples. Los polmeros ms
cortos se denominan oligmeros (del griego oligos, pocos)Las protenas, los cidos nucleicos y los p)olisacridos son ma
cromolculas compuestas de monmeros de masa molecular

Componentestnoieciitar d^co/r

Porcentiye de
peso total
de la clula

Nmero
aproximado
deespedes
moleculares
diferentes

Agua

70

Protenas

15

3.000

cidos nucleicos
DNA
RNA

1
6

1-4
>3.000

Polisacridos

10

Lpidos

20

Subunidades monomricas
e intermediarios

500

Iones inorgnicos

20

1.2 Fundamentos qumicos

Dadas sus secuencias a base de subunidades y ricas en in


formacin, se suele definir a las protenas y a los cidos nuclei
cos como macromolculas informativas. Como se ha dicho
antes, algunos oligosacridos actan tambin como molculas
informativas.

15

v + I
H3N - C - H
H -C -H

Laestructura tridimensional se describe en trminos


deconfiguracin y conformacin

Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomol


culas son de importancia central para su funcin, del mismo
modo que resulta de crucial importancia la distribucin de los
tomos de una biomolcula en el espacio tridimensional (su
estereoqunca). Los compuestos de carbono existen normal
mente como estereoismeros, molculas que contienen los
mismos enlaces qumicos pero con diferente configuracin o
distribucin espacial de sus tomos constituyentes. Las interac
ciones entre las biomolculas son invariablemente estereoespecficas, lo que implica que las molculas que interactan
tengan una conigiu-acin especfica.
La Figura 1-17 muestra tres formas de ilustrar la estruc
tura estereoqumica o configuracin de molculas sencillas. El
diagrama en perspectiva especifica la estereoqumica sin ambi
gedad, pero los ngulos y las distancias de enlace se represen
tan mejor con modelos de bolas y varillas. En los modelos
espacialmente llenos el radio de cada tomo es proporcional a
su radio de van der Waals y los contornos del modelo definen el
espacio ocupado por la molcula (el volumen del que quedan
excluidos los tomos de otras molculas).

V o ("

HOOC

COOH
cido fumrico (trans)

cido maleico (cis)

(a)

(a)

(b)

FIGURA 1-17 Representacin de molculas. Tres maneras de representar la


estructura del aminocido alanina (nxKtrado aqu en forma inica, que es la
que se encuentra a pH neutro), (a) Frmula estructural en perspectiva: una cua
slida () representa un enlace en el que el tomo del extremo ms ancho se
proyecta haca el exterior del plano del papel y hacia el lector; la cua a trazos
(-^) representa enlaces que estn dirigidos hacia la parte posterior al plano del
papel, (b) Modelo de bolas y varillas, donde se observan ias longitudes relativas
de los enlaces y ios ngulos de enlace, (c) Modelo espacial, en ei que cada to
mo se presenta con su correspondiente radio de van der Waals.
La configuracin es el resultado de la presencia de ( 1) en
laces dobles, alrededor de los cuales no existe libertad de rota
cin, o (2) centros quirales, alrededor de los cuales los grupos
sustituyentes se disponen segn una orientacin especfica. La
caracterstica que identifica a los estereoismeros es que no
pueden ser interconvertidos sin romper temporalmente uno o
ms enlaces covalentes. La Figura l-18a muestra las configu
raciones del cido maleico y de su ismero, el cido fumrico.
Estos compuestos son ismeros geomtricos o ismeros cistrans; difieren en la disposicin de sus grupos sustituyentes
con respecto al doble enlace que no posee capacidad de rota-

FIGURA1-18 Configuraciones de ismeros geomtricos, (a) Los ismeros ta


les como el cido maleico (maleato a pH 7) y el ddo fumrico (fumarato) no
pueden interconvertirse sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consu
me mucha ms energa que ia energa cintica media de molculas a tempera
tura fisiolgica, (b) En la retina de los vertebrados, el paso inicial del proceso de
deteccin de la luz es la aijsorcin de la luz visible por parte del 1 1 -c/s-retinal.
La energa de la iuz absorbida (aproximadamente 250 Icj/nwl) convierte el
11 -c/5-retinai en todo-trans-retinai, lo que produce variaciones elctricas en las
clulas de la retina que dan lugar al impulso nervioso. (Obsrvese que en los
modelos de bolas y varillas de los retnales se omiten los tonnos de hidrgeno.)

luz

Todo-ma$-Retinal
(b)

(c)

16

Fundamentos de bioqumica

Molcula
quiral:
Despus de hacer
rotar la molcula
no es posible
sobreponerla
a la imagen
especular del original

Imagen
especular de
la molcula
original

Molcula
original

Imagen
especular de
la molcula
original

Molcula
aquiral:
Despus de hacer
rotar la molcula,
sta puede
superponerse
a la imagen
especular del original

(a)
FIGURA1-19 Asimetra molecular: molculas quirales yaquirales. (a) Cuan
do un tomo de carbono tiene cuatro sustituyentes diferentes (A, B, X, Y), stos
pueden disponerse de dos maneras diferentes, que dan lugar a dos nfwlculas
no superimponibles, siendo cada una de ellas la imagen especular de la otra
(enantimeros). Estos tonx de carbono asimtricos se denominan tonrws qui
rales o centros quirales. (b) Cuando alrededor del tomo de carbono tetradrico

se disponen nicamente tres sustituyentes diferentes (es decir, hay dos sustitu
yentes iguales), solamente es posible una configuracin espacial y ia molcula
es simtrica o aquiral. En este caso la molcula puede supeqx)nerse a su imagen
especular: la molcula de la izquierda, rotando en sentido contrario a las agujas
del reloj (cuando se mira hacia abajo por el eje vertical que une A y Q, da lugar
a la molcula del espejo.

cin (del latn cis, a este lado, los grupos se encuentran en el


mismo lado del enlace doble; trans, al otro lado, los grupos se
hallan en lados opuestos). El cido maleico (maleato en el pH
neutro del citoplasma) es el ismero cis y el cido fumrico (fu
marato) es el ismero trans; cada uno de ellos es un compuesto
bien definido que puede ser aislado y purificado, teniendo cada
uno de ellos sus propias caractersticas qumicas. Un sitio
de unin (por ejemplo, en un enzima) que sea complementario
con una de estas molculas no lo ser para la otra, lo cual expli
ca por qu estos compuestos tienen papeles biolgicos diferen
tes a pesar de ser qumicamente muy parecidos.
En el segundo tipo de estereoisomera, los cuatro sustitu
yentes diferentes unidos a un tomo de carbono tetradrico
pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (es

decir, tener dos configuraciones, Fig. 1-19), dando lugar a dos


estereoismeros con propiedades qumicas similares o idnti
cas, pero que difieren en algunas propiedades fsicas y biolgi
cas. Se dice que un tomo de carbono con cuatro sustituyentes
diferentes es asimtrico, y los carbonos asimtricos se denomi
nan centros quirales (del griego chiros^ mano; algunos este
reoismeros se relacionan entre s como la mano izquierda con
la derecha). Una molcula con un solo carbono quiral puede te
ner dos estereoismeros, mientras que puede haber 2 estereoi
smeros cuando los carbonos quirales son dos o ms (n). Los
estereoismeros que son imgenes especulares uno del otro se
denominan enantimeros (Fig. 1-19). Las parejas de estereoi
smeros que no son imgenes especulares entre s se denomi
nan diasteremeros (Fig. 1-20).

Enantimeros (imgenes especulares)

Enantimeros (imgenes especulares)

i -----------------------------------------1

f----------------------------------------- 1

Diasteremeros (imgenes no especulares)


FIGURA 1-20 Dos tipos de estereoismeros. Hay cuatro butanos diferentes
2,3-bisustituidos (n = 2 carbonos asimtricos, por b tanto 2 = 4 estereoisme
ros). Cada uno de ellos se muestra en un recuadro como una frmula en pers
pectiva y como un modelo de bolas y varillas, el cual se ha rotado para permitir

que el lector vea todos los grupos. Dos pares de estereoismeros son imgenes
especulares uno del otro, siendo por tanto enantimeros. Los otros pares no son
imgenes especulares y reciben el nombre de diasteremeros.

1.2 Fundamentos qumicos j^17

RECUADRO 1-2 I louis Pasteur y la actividad ptica: in vino, veritas


Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en encon
trar el fenmeno de la actividad ptica. In
vestigando sobre el material cristalino que se
acumulaba en los barriles de vino (una forma del
cido tartrico denominada cido paratartrico,
tambin conocido como cido racmico, del latn
racemus, racimo de uva). Utiliz unas pinzas
muy finas para separai* dos tipos de cristales cuya
forma era idntica pero de los que cada uno de
ellos era la imagen especular del otro. Ambos
posean todas las propiedades qumicas del cido
tartrico pero, al disolverlos, uno de ellos haca ro
tar el plano de la luz polarizada hacia la izquierda
(levorrotatorio) y el otro hacia la derecha (dextrorrotatorio). Pasteur describi e interpret el expeilmento de este modo:

Ahora podemos dar una respuesta. Los estu


dios cristalogrficos con rayos X confirmaron en
1951 que las formas levorrotatoria y dextrorrotatoria del cido tartrico son entre ellas imgenes es
peculares, y permitieron establecer la configuracin
absoluta de cada una de ellas (Fig. 1). Se ha utiliza
do la misma metodologa paia demostrar que, aun
que el aminocido alanina existe en dos formas
estereoisomricas (denominadas d y l), en las pro
tenas la alanina se presenta slo en una de las for
mas (el ismero l; vase el captulo 3).
Louis Rasteur
1822-1895

En los cuerpos isomricos, los elementos y las proporcio


nes en las que se encuentran combinados son los mismos,
tan slo la disposicin de los tomos es diferente... Sabe
mos, por un lado, que las disposiciones moleculares de los
dos cidos tartricos son asimtricas y, por el otro, que es
tas disposiciones son absolutamente idnticas, a excepcin
de que exhiben asimetra en direcciones opuestas. Se en
cuentran los tomos del cido dextro agrupados en forma
de una espiral dextrgira, situados en el vrtice de un te
traedro irregular, o bien ordenados segn sta o aquella
disposicin asimtrica? No lo sabemos.*

Tal como observ Louis Pasteui* en 1848 (Recuadro 1-2), los


enantimeros tienen propiedades qumicas casi idnticas pero se
diferencian en una propiedad fsica caracterstica: su interaccin
con el plano de la luz polarizada. En disoluciones separadas, los
dos enantimeros rotan el plano de la luz polarizada en direccio
nes opuestas, pero una disolucin equimolar de los dos enanti
meros (mezcla racmica) no provoca rotacin ptica. Los
compuestos sin centros quirales no rotan la luz polarizada.

CONVENCIN CLAVE: Dada la importancia de la estereoqumica


en las reacciones entre biomolculas el bioqumico debe poder
denominar y representar la estructura de las biomolculas de
modo que su estereoqumica quede definida sin ambigedad. El
sistema de nomenclatura RS es el ms til para compuestos con
ms de un centro quiral. En este sistema se asigna una p riori
dad a cada uno de los grupos unidos a un carbono quiral. La
prioridad para algunos sustituyentes comunes es la siguiente:
OCH3 > OH > NH 2 > COOH >
-C H O > - C H 2 OH > CH3 > H
Segn el sistema RS, el tomo quiral ha de mirarse de modo que
ei grupo de prioridad ms baja (4 en el diagrama siguiente) que
de situado en direccin opuesta al observador. Si la prioridad de
los otros ties grupos (1 a 3) disminuye segin el sentido de las
agujas del reloj, la configuracin ser (i?) (del latn rectas, de

HOOC

;cooH
''i - i '
V>H

cido (2f,3/2)-tartrico
(dextrorrotatorio)

HOOC*

'COOH

OH

cido (2S,35)-tartrico
(levorrotatorio)

FIGURA 1 ftisleur separ cristales de dos estereoismeros del cido tartrico y


demostr que ias disoluciones de ios dos compuestos por separado daban lugar
al mismo grado de rotacin del plano de la luz polarizada pero en direcciones
opuestas. Ms tarde se demostr que las formas dextrorrotatoria y levon-otatoria
de Rasteur correspondan a las formas isomricas (R,R) y (S,5) aqu mostradas.
En el texto se describe el sistema de nomenclatura RS.
Extrado de la conferencia de Rasteur en la Socit Chimique de Raris en
1883, citada en DuBos, R. (1976) Louis Pasteur: Free Lance ofSc^r)ce, p. 95,
Charles Scribner's Sons, New York.

recha) y si va en contra del sentido de las agujas del reloj, la


configuracin ser (S ) (del latn sinister, izquierda*). De esta
manera cada carbono quiral es llamado (R ) o (5), y la presencia
de esas designaciones en el nombre del compuesto da una des
cripcin inequvoca de la estereoqunca de cada centro quiral.

(S)
(R)
En el Captulo 3 se describe otro sistema de nomenclatura, el
sistema d y l . Una molcula con un solo centro quiral Qos dos
ismeros del gliceraldehdo, por ejemplo) puede nombrai*se sin
ambigedad con cualquiera de los dos sistemas.

CHO
HO-C-H
?
CHjOH
L-Gliceraldehdo

CHO,*,
(1)

CH20H^3,
(S)-Gliceraldehdo

18

Funddmentos de bioqumica

El concepto de conformaGin molecular, distintx) del de


configuracin, describe la disposicin espacial de los grupos sus
tituyentes que tienen libertad para adoptar posiciones diferentes
en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a la liber
tad de rotacin de los mismos. Por ejemplo, en el etano, un hidro
carburo sencillo, existe libertad casi total de rotacin abrededor
del enlace simple GC. Por lo tanto, dependiendo del grado de
rotacin del enlace, son posibles muchas conformaciones dife
rentes e interconvertibles de la molcula de etano (Fig. 1-21).
Dos de las conformaciones son de especial inters: la conforma
cin extendida, que es ms estable que las dems y es por tanto la
conformacin predominante, y la forma eclipsada, que es la me
nos estable. No es posible aislar ninguna de estas dos formas con
formacionales puesto que son libremente interconvertibles. Sin
embargo, cuando se reemplazan uno o ms tomos de hidrgeno
de cada uno de los carbonos con grupos funcionales voluminosos
o cargados elctricamente, la libertad de rotacin alrededor del
enlace GC queda restringida, lo que limita el nmero de confor
maciones estables de los derivados del etano.

Las interacciones entre las biomolculas


sonestereoespecficas
En las interacciones entre biomolculas, el encaje debe ser estereoqumicamente correcto. La estructura tridimensional de las
biomolculas grandes y pequeas, la combinacin de su configu
racin y su conformacin, es de primordial importancia en sus
intei*acciones biolgicas: un reactivo con su enzima, una hormo
na con su receptor de membrana celular, un antgeno con su an
ticuerpo especfico son buenos ejemplos de ello (Fig. 1-22). Ei
estudio de la estereoqumica biomolecular mediante mtodos f
sicos precisos constituye una parte importante de la investiga
cin moderna sobre estructura celular y funcin bioqumica.

Las molculas quirales de los organismos vivos se encuen


tran generalmente presentes en slo una de sus formas quirales.
Por ejemplo, los aminocidos estn presentes en las protenas
slo como ismeros l ; la glucosa se encuentra presente tan slo
en forma de su ismero d . (En el Captulo 3 se describen las
convenciones para denoniw los estereoismeros de los ami
nocidos; las correspondientes a los glcidos se describen en el
Captulo 7; el sistema RS, descrito anteriormente, es el ms til
para biomolculas.) En cambio, cuando un compuesto que po
see un tomo de carbono asimtrico se sintetiza qumicamente
en el laboratorio, la reaccin suele producir todas las formas
quirales posibles, dando lugar, por ejemplo, a una mezcla de for
mas D y L. En las clulas vivas se produce una sola forma quiral
de una biomolcula gracias a que los enzimas que sintetizan esa
molcula son tambin, a su vez, molculas quirales.
La estereoespecificidad, o capacidad de distinguir entre
estereoismeros, es una propiedad de los enzimas y otras pro
tenas y un rasgo caracterstico de la lgica molecular de las
clulas vivas. Si el sitio de unin en una protena es complemen
tario para un ismero de un compuesto quiral, no ser comple
mentario para el otro, por la misma razn por la que un guante
izquierdo no sirve para la mano derecha. En la Figura 1-23 se
muestran dos notables ejemplos de la capacidad de los sistemas
biolgicos para distinguir entre estereoismeros.
Las clases comunes de reacciones qumicas que se encuen
tran en la bioqumica se describen en el Captulo 13, como intro
duccin a las reacciones del metabolismo.

RESUMEN 1.2 Fundamentos qumicos

Gracias a su versatilidad de enlace, el tomo de carbono


puede producir una amplia variedad de esqueletos carbo
no-carbono con diversidad de grupos funcionales; estos

09

a
Q}

ngulo de torsin (grados)


FIGURA 1-21 Conformaciones. El etano tiene muchas conformaciones posi

FIGURA1-22 Encaje complementariode una macromolcula y una molcu


la pequea. La figura muestra un segmento de RNA de una regin reguladora

bles al existir libertad de rotacin alrededor del enlace sencillo carbono-carbo


no. En el modelo de bolas y varillas, cuando el tomo de carbono anterior
(desde d punto de vista del lector) y sus tres tonrx de hidrgeno rotan con re
lacin ai tomo de carbono posterior, ia energa potencial de la nrK)lcula au
menta hasta un niximo en la conformacin completamente eclipsada (con
ngulos de torsin de 1 2 (f, etc.), y disminuye hasta el mnimo en la confor
macin completamente extendida (ngulo de torsin de 60, 180, etc.). Las di
ferencias de energa son lo suficientemente pequeas como para permitir la
rpida interconversin de las dos formas (millones de veces por segundo), por lo
que resulta imposible aislar separadaniente las fonnas eclipsada y extendida.

conocida como TAR del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana


(en gris) unido a una molcula de argininamida (en color), que representan un
residuo de una protena que se une a esta regin. La argininamida se ajusta a
una cavidad de la superficie del RNA y se mantiene en esta orientacin me
diante varias interacciones no covalentes con l. Esta representacin de la mo
lcula de RNA est generada con programas informticos que calculan la
forma de la superficie externa de una macromolcula, ya sea en base a los ra
dios de van der Waals de todos los tomos de la molcula o mediante el "volunr^ende exclusin del solvente"', aquel ms all del cual no puede penetrar una
molcula de agua.

1.3 Fundamentos fsicos

CH,

CH,

>

H a C ^

C H a -C ^

/C H a

c
H*^ " c =CH 2

CH3
(5)-Carvona
(alcaravea)

C H z

CR)-Carvona
(menta)
(a)

*^3

-OOC^ / C - HH H
CHj
OCHj
CH , H

jj

-OOC^

CH 2

;c '

OCH,

H C '' "^CH

HC"^ "*^CH

h ^ ^ h

Ah
C
H

H
L-Aspartil-i>fenilalanina metil ster
(aspartame) (dulce)

'191

FKURA 1-23 Los estereoismeros tienen efec


tos diferentes sobre cl ser humano, (a) Dos este
reoismeros de la carvona: la (f^carvona (aislada
del aceite de menta) posee la fragancia caractenstica de la menta; la (5)-carvona (de aceite de se
millas de alcaravea) huele a alcaravea, (b) El
aspartame, el edulcorante comercializado con el
nombre de NutraSweet, se distingue fcilmente
de su estereoismero amargo, a pesar de que anv
bos difieren tan slo en la configuracin de uno
de los dos tomos de carixMK) quirales. (c) El me
dicamento antdepresivo citalopram (comerciali
zado como Celexa), un inhibidor seleaivo de la
reabsorcin de serotonina, es una nfiezcla racmica de los dos estereoismeros pero tan slo el
(5)-citalopram tiene efecto teraputico. El prepa
rado esteroqumicamente puro de (S)-citalopram
(oxalato de escitalopram) se comercializa bajo el
nombre de Lexapro. Como es predecible, ia dosis
efectiva de Lexapro es la mitad de la dosis efecti
va de Cdexa.

L-Aspartil-Ehfenilalanina metil ster


(amargo)
(b )

(O

grupos son los que confieren a las biomolculas su perso


nalidad biolgica y qumica.

encabe complementario especfico entre las molculas que


interactan.

Lsis clulas vivas contienen un coi\junto casi universal de


unos centenares de molculas de bs^a masa molecular; las
interconversiones de estas molculas en las rutas metabli
cas centrales se han conservado a lo largo de la evdudn.

Las protenas y los cidos nucleicos son polmeros lineales


de subunidades monomricas simples; sus secuencias
contienen la infonnacin necesaria para definir su estruc
tura tridimensional y sus funciones biolgicas.

La nica manera de cambiar la configuracin molecular es


mecante la rotura de enlaces covalentes. Si un tomo de car
bono tiene cuatro sustituyentes diferentes (un carbono qui
ral), stos pueden ordenarse de dos modos diferentes,
generando estereoismeros con propiedades diferentes. Slo
uno de los estereoismeros es biolgicamente activo. La con
formacin molecular es la posicin de los tomos en el espa
cio que puede cambiar por rotacin alrededor de enlaces
simples, sin que implique la rotura de enlaces covalentes.

De modo prcticamente invariable, las interacciones entre


molculas biolgicas son estereoespecficas: requieren el

1.3 Fundamentos fsicos


Las clulas y organismos vivos deben producir trabajo para
mantenerse vivas y reproducirse. Las reacciones sintticas celu
lares requieren aporte de energa del mismo modo que los pro
cesos sintticos industriales. Tambin se consume energa en el
movimiento de una bacteria o en el de un esprnter olmpico, en
el destello de una lucirnaga o en la descarga elctrica de una
anguila. Adems, el almacei\ae y la expresin de la informacin
tienen un coste energtico, sin el cual las estructuras ricas en
informacin perderan inevitablemente su orden y, por ende, su
significado.
Las clulas han desarrollado, a lo largo de la evolucin, meca
nismos muy eficientes para el acoplamiento de la eneiga obtenida
de la luz solar o de los combustibles con muchos procesos celula
res que consumen energa. Uno de los objetivos de la bioqumica
es la comprei\sin, en trminos qumicos y cuantitativos, de los
mecanismos de extraccin, canalizacin y consumo de la enei^ga
en las clulas vivas. Al igual que con otras conversiones energti

20

Fundamentos de bioqumica

cas, podemos considerar las conversiones de la energa celular en


el contexto de las leyes de la termodinmica.

Los organismos vivos existen en un estado estacionario


dinmico y no se liailan nunca en equilibrio con su entorno
Las molculas e iones contenidos en im organismo vivo difieren en
cuanto a tipo y concentracin de los que se encuentran en su en
torno. Un paramecio en una charca, un pez en el ocano, una bac
teria del suelo o im peral en unjardn son ejemplos de organismos
con una composicin diferente a la de su entorno y que una vez
han llegado a su madurez mantienen una composicin ms o me
nos constante a pesar de que su entorno cambie constantemente.
A pesar de que la composicin qumica caracterstica de un
organismo vara poco a lo lai^o del tiempo, la poblacin de mol
culas de una clula u organismo se encuentra bien lejos de ser es
ttica. CJontinuamente se sintetizan y se degradan pequeas
molculas, nmcromolculas y complejos supramoleculares me
diante reacciones qumicas que necesitan del constante fliyo de
masa y energa a travs del sistema. Las molculas de hemoglobi
na que estn transportando en este momento oxgeno desde sus
pulmones a su cerebro se sintetizaron el mes pasado; dentro de un
mes se habrn degradado y habrn sido reemplazadas completa
mente por nuevas molculas de hemoglobina. La glucosa que ingi
ri en la ltima conda se encuentra ahora circulando por su
torrente sanguneo; antes de que termine el da estas mismas mo
lculas de glucosa se habrn convertido en otra cosa, quiz dixi
do de carbono o grasa, y habrn sido reemplazadas por un aporte
fresco de glucosa, de modo que su concentracin de glucosa en
sangre se mantenga ms o menos constante a lo largo del da. La
cantidad de hemoglobina y glucosa en sangi e permanece prcti
camente constante porque la velocidad de sntesis o ingestin de
cada una de ellas compensa con exactitud la velocidad de su de
gradacin, consumo o conversin en algn otro producto. La
constancia en la concentracin es el resultado de un estado esta
cionario dinmico, un estado estacionario que se encuentra le
jos del equilibrio. El n\antenimiento de este estado estacionario
requiere del aporte constante de energa; cuando la clula ya no es
capaz de generar energa, muere e inicia su degradacin hacia el
equilibrio con su entorno. A continuacin veremos qu es lo que
se conoce exactamente como estado estacionario y equilibrio.

La primera ley de la termodinmica describe el principio


de conservacin de la energa: en cualquier proceso fsico o

qumico la cantidad de energa total del universo permane


ce constante, aunque suforma puede variar. Las clulas son
transductores consimiados de energa, capaces de interconvertir energa qumica, electromagntica, mecnica y osmtica con
gran eficiencia (Fig. 1-24).

El flujo de electrones da energa para los organismos


Prcticamente todos los organismos vivos derivan su energa,
directa o indirectamente, de la energa radiante de la luz solai'.

Energa potencial

(a)
Transformaciones qumicas
en las clulas
Transducciones
de energa
para realizar
trabajo

Trabajo celular:
sntesis qumica
trabajo mecnico
gradientes osmtico y elctrico
produccin de luz
transferencia de informacin
^ gentica
(b)
Calor
(c)
Aumento en el desorden
(entropa) del entorno
El metabolismo produce com
puestos ms sencillos que las
molculas de combustible ini
ciales: CO2, NH 3 , H 2O, HPO4
(d)

Descenso en el desorden
(entropa) del sistema

Los organismos transforman energa y materia de su entorno


Para las reacciones qumicas que tienen lugar en solucin, pode
mos definir un sistema como el conjunto de los reactivos y pro
ductos presentes, el disolvente que los contiene y la atmsfera
circundante o, dicho de otro modo, todo aquello que est incluido
en una regin definida del espacio. El conjunto del sistema y sus
entornos configuran el universo. Si el sistema no intercambia ma
teria ni energa con su entorno, se denomina aislado. Si intercam
bia energa pero no materia con su entorno es un sistema
cerrado; si intercambia materia y energa, es un sistema abierto.
Un organismo vivo es un sistema abierto que intercambia
materia y energa con su entorno. Los organismos vivos extraen
energa de su entorno de dos maneras: ( 1) captan combustibles
qumicos (como por ejemplo glucosa) del entorno y extraen
energa de su oxidacin (vase el Recuadro 1-3, Caso 2); o (2)
absorben energa de la radiacin solar.

Nutrientes del entorno


(molculas complejas tales como
azcares y grasas)
Luz solar

Compuestos simples polime*


rizan para dar lugar a macro
molculas ricas en informacin:
DNA, RNA, protenas
(e)

FIGURA 1-24

Algunas interconversiones de energa en los organismos


vivos. Durante las transducciones energticas metablicas, el desorden del
sistema y de su entorno (expresado cuantitativamente conK) entropa) aumen
ta a ia vez que la energa potencial de las molculas nutrientes complejas
disminuye, (a) Los organismos vivos extraen energa de su entorno, (b) con
vierten parte de ella en formas tiles para producir trabajo, (c) devuelven par
te de la energa al entorno en forma de calor y (d) liberan molculas como
productos finales menos organizadas que el combustible original, aumentan
do la entropa del universo. Como consecuencia de todas estas transformacio
nes (e) aumenta el orden (disminuye el desorden) en el sistema niediante la
formacin de macromolculas complejas. En el Captulo 13 se presenta un
tratamiento cuantitativo de la entropa.

1.3 Fundamentos fsicos

RECUADRO 1 - 3

21

Entropa: las ventajas de estar desorganizado

El trmino entropa, que literalmente significa cambio en el


interior, fue utilizado por primera vez en 1851 por Rudolf
Clausius, uno de los autores que formularon la segunda ley de
la termodinmica. La defircin cuantitativa rigurosa de la en
tropa implica consideraciones estadsticas y probabilsticas.
No obstante, se puede ilustrar su naturaleza de forma cualita
tiva con tres ejemplos sencillos, cada uno de los cuales mues
tra un aspecto de la entropa. Los rasgos clave que describen
la entropa son azar y desorden, que se manifiestan en for
mas diversas.

Los tomos contenidos en una molcula de glucosa ms 6 mol


culas de oxgeno, un total de 7 molculas, ahora se dispersan
ms al azar a causa de la reaccin de oxidacin y estn ahora
presentes en un total de 12 molculas ( 6CO2 + 6H2O).
Siempre que una reaccin qumica produce un aumento en
el nmero de molculas, o cuando una sustancia slida se con
vierte en productos gaseosos o lquidos, que permiten ms li
bertad para el movinento molecular que un slido, hay un
incremento en el desorden molecular y, por tanto, de la entropa.

Caso 1 : La tetera y la distribucin aleatoria del calor

El siguiente fragmento de JtUio Csar, Acto IV, Escena 3, es


declamado por Bruto. Es un ordenamiento no al azar y rico en
informacin de 125 letras del alfabeto ingls:

Sabemas que el vapor que se genera a partir del agua hirviente


puede realizar trabajo til. Pero supongamos que apagamos el
fogn debajo de una tetera llena de agua a 100 C (el sistema)
en la cocina (el entorno) y la dejamos enfriar. A medida que se
enfra, no se produce trabajo, pero el calor pasar de la tetera al
entorno, elevando la temperatura del entorno (la cocina) en
una cantidad infinitesimalmente pequea hasta alcalizar el
equilibrio completo. En este momento todas las partes de la te
tera y de la cocina estarn exactamente a la misma temperatu
ra. La energa libre que en un momento estaba concentrada en
la tetera de agua caliente a 100 C, potencialmente capaz de
realizar trabajo, ha desaparecido. Su equivalente en energa ca
lrica est an presente en la tetera + cocina, es decir, el uni
verso, pero se ha distribuido por completo aleatoriamente en
todo el mismo. Esta energa ya no sirve para realizar trabajo
porque no hay diferencial de temperatura dentro de la cocina.
Adems, el aumento de entropa de la cocina (el entorno) es
irreversible. Sabemos de la experiencia diaria que el calor nun
ca vuelve atrs espontneamente desde la cocina a la tetera pa
ra volver a elevar la temperatura del agua a 100 C.

Caso 3: Informacin y entropa

There is a tide in the affairs of men,


Which, taken at the flood, leads on to fortune;
Omitted, aU the voyage of their life
Is bound in sliallows and in miseries.*
Esta cita, adems de reflejar una compleja serie de hechos en la
obra, tan)in se hace eco de las ideas desarrolladas en el drama
sobre el conflicto, la ambicin y las exigencias del liderazgo.
Asentada en los conocimientos de Shakespeare sobre la naturale
za humaiui, es muy rica en informacin.
No obstante, si se permitiera que las 125 letras que forman
esta cita se distribuyeran totalmente al azar, de modo catico,
como se muestra en el cuadro, no tendran ningn significado.

Caso 2: Oxidacin de la glucosa


La entropa es un estado no slo de la energa sino tambin de la
materia. Los organismos aerbicos (hetertrofos) extraen ener
ga libre de la glucosa obtenida de su entorno a travs de la oxi
dacin de la glucosa con O2, tambin obtenido del entorno. Los
productos finales de este metabolismo oxidativo, CO2 y H2O,
son devueltos al entorno. En este proceso el entorno experi
menta un incremento de entropa, mientras que el propio orga
nismo permanece en estado estacionario y no experimenta
ningn cambio en su orden interno. Aunque parte de la entropa
surge de la disipacin de calor, la entropa tambin proviene de
otro tipo de desorden, ilustrado por la ecuacin de la oxidacin
de la glucosa:
CoHigOo + 602-^6C02 + 6H2O
que podemos representar de manera esquemtica como
7 molculas

O2(gas)

Glucosa
(slido) _ ....... .......

12

molculas

A
.
A ^

CO2
(gas)
^HoO

Puestas as, las 125 letras no contendran ningurm informacin,


pero seran muy ricas en entropa. Tales consideraciones han
llevado a la conclusin de que la informacin es una forma de
energa y se la ha denominado entropa negativa. De hecho, la
rama de las matemticas denomiioada teora de la informacin,
que es bsica para la lgica de programacin de los ordenado
res, est relacionada con la teora termodinmica. Los orgarsmos vivos son estructuras muy ordenadas, no al azar, que son
inmensamente reos en informacin y pobres en entropa.
En los negocios humanos hay una marea que,
aprovechada en la pleamar, conduce a la fortuna;
pero si no se aprovecha, todo el viaje de la vida
va en medio de bajos y naufragios.
S h a k e s p e a r e , Dramas, Editorial Iberia, S.A., Barcelona

22

Fundamentos de bioqumica

La descomposicin del agua a cargo de la energa de la luz que


se produce durante la fotosntesis libera electrones para la re
duccin del CO2y la liberacin de O2 a la atmsfera:
luz
6CO2 + 6H2O
CeHigOg + 6O2
(reduccin del CO2 por accin de la energa de la luz)
La clulas y los organismos no fotosintticos obtienen energa
para sus necesidades mediante la oxidacin de los productos
ricos en energa de la fotosntesis, transportando los electro
nes as adquiridos hacia el O2 atmosfrico para formar agua,
CO2 y otros productos finales, que son reciclados en el medio
ambiente:

refleja el nmero y el tipo de enlaces; entropa, S\ y la tempe


ratura absoluta, T (en grados Kelvin). La definicin de energa
libre es: G - H - TS. Si una reac
cin qumica tiene lugar a tempe
ratura constante, la variacin de
energa libre, A6?, viene determi
nada por la variacin de entalpia
A//, que refleja el tipo y la cantidad
de enlaces qumicos e interaccio
nes no covalentes que se rompen y
se forman, y la variacin de entro
pa, AS, que describe el cambio en
el grado de desorden del sistema:
j. Willard Gibbs,

C6H12O6 + 6O2 ---- ^ 6CO2 + 6H2O + energa


(reaccin de oxidacin de la glucosa que produce energa)
De este modo, los auttrofos y los hetertrofos participan en
los ciclos globales del O2 y del CO2 gobernados en ltima ins
tancia por la luz solar, lo que convierte a estos dos grandes
grupos de organismos en interdependientes. Prcticamente
todas las transducciones energticas de las clulas pueden en
tenderse como un fliyo de electrones desde una molcula a
otra, en un proceso cuesta abajo desde potenciales electro
qumicos superiores a inferiores; siendo as, esto es formal
mente anlogo al fliyo de electrones en un circuito elctrico
alimentado por una batera elctrica. Todas las reacciones que
implican un flujo de electrones son reacciones de oxida
cin-reduccin: un reactivo se oxida (pierde electrones) y
otro se reduce (gana electrones).

Crear y mantener el orden requiere trabajo y energa


Como ya hemos visto, el DNA, el RNA y las protenas son ma
cromolculas informativas; la secuencia precisa de sus subuni
dades monomricas contiene informacin de la misma manera
que la contienen las letras de esta frase. Adems de usar energa
qumica para formar los enlaces covalentes entre estas sub
unidades, las clulas deben invertir energa para ordenar las
subunidades en su secuencia correcta. Es extremadamente im
probable que los aminocidos de una mezcla se condensen es
pontneamente para formar un solo tipo de protena de
secuencia nica. Ello implicara un aumento del orden en una
poblacin de molculas, lo que contrastara con la segunda ley
de la termodinmica segn la cual la tendencia de cualquier
proceso natural es la de incrementar el desorden del universo:

la entropa total del universo est en crecrmento constante.


Para dar lugar a la sntesis de macromolculas a partir de sus
subunidades monomricas debe suministrarse energa libre al
sistema Oa clula en este caso).

CONVENCIN CLAVE: El desorden de los componentes de un sis


tema qumico se expresa como entropa, S (Recuadro 1-3).
Cualquier variacin en el grado de desorden de un sistema
equivale a una variacin de entropa, A5, que, convencional
mente, adopta valores positivos cuando aumenta el desorden.
J. ^^^lllard Gibbs, que desarroll la teora de las variaciones
energticas durante las reacciones qumicas, demostr que el
contenido en energa libre, G, de cualquier sistema cerrado
puede definirse en base a tres magnitudes: entalpia, f, que

1839-1903

AG = A if - TAS

donde, por definicin. A// es negativa para una reaccin que


libera calor y AS es positiva para una reaccin que incrementa
el desorden del sistema.
Un proceso tiende a ocurrir espontneamente slo si AG
es negativa (si se libera energa libre durante el proceso). Sin
embargo, la funcin celular depende principalmente en mol
culas tales como protenas y cidos nucleicos, para las que la
energa libre de formacin es positiva: son molculas menos es
tables y ms ordenadas que una mezcla de sus componentes
monomricos. Para llevar a cabo estas reacciones termodinmi
camente desfavorables que requieren energa (reacciones en
dergnicas), la clula las acopla a otras que desprenden
energa libre (reacciones exergnicas), de modo que el proce
so sea globalmente exergnico: la suma de las variaciones de
energa libre es negativa.
La fuente habitual de energa libre en las reacciones bio
lgicas acopladas es la energa liberada por la rotura de enla
ces fosfoanhdrido tales como los que se encuentran en la
adenosina trifosfato (ATP; Fig. 1-25) y la guanosina trifosfa
to (GTP). En la figura siguiente cada representa un grupo
fosforilo:
Aminocidos protena
ATP->AMP 4^ (g M g )
[oATP-^ADP -f- ]

AGi es positiva (endergnica)


AG2 es negativa (exergnica)

Cuando estas reacciones estn acopladas, la suma de AGi y AG2


es negativa (el proceso global es exergnico). Mediante esta es
trategia, la clula puede sintetizar y mantener los polmeros ri
cos en informacin esenciales para la vida.

El acoplamiento energtico conecta


las reacciones biolgicas
La cuestin central de la bioenergtica (el estudio de las transfomwLciones energticas en los seres vivos) es el modo por el
cual la energa obtenida de la luz o del metabolismo de los com
bustibles se acopla a las reacciones celulares que requieren
energa. Para comprender el acoplamiento de la energa es ins
tructivo considerar un ejemplo mecnico simple tal como el
mostrado en la Figura l-26a. Un objeto situado en la parte su
perior de un plano inclinado posee una cierta cantidad de ener-

1.3 Fundamentos fsicos |^23

FIGURA 1-25 El trfosfoto de adenosina (ATP) proporciona


energa. Aqu, cada representa n grupo fosforilo. La eli
minacin del grupo fosforilo terminal del ATP (sombreado
en rosa) mediante rotura de un enlace fosfoanhdrido, que
genera adenosina difosfato (ADP) y el in fosfato inorgnico
(H PO il, es altamente exergnica y se acopla a muchas
reacciones endergnicas en la clula (como en el ejemplo
de la Figura l-26b). El ATP tambin proporciona energa pa
ra muchos procesos celulares mediante ia rotura que libera
dos grupos fosfato terminales en forma de pirofosfato inorg
nico (H2 P2 0 ^), a menudo abreviado como PP.

NH a

pi_

o0 - P _ 0 - C H 2

l\H
H\ [

HC
II
V.
N-

I
^C H

"N

H yi
i/ h

OH OH
^ ) - ( p ) - { p ) Adenosina (Adenosina trifosfato, ATP)

-Pf-OH

+ (p )--(p )Adenosina (Adenosina fosfato, ADP)

Fbsfato inorgnico (P)

^ ^ ^ - 7 OPOH + (p)~Adenosina (Adenosina monofosfato, AMP)


Pirofosfato inorgnico (PPj)

ga potencial como resultado de su elevacin. Tiende a deslizar


se por el plano, perdiendo progresivamente su energa potencial
al acercarse al suelo. Si al objeto deslizante se le acopla, median
te un mecanismo de cuerda y polea, un objeto mas pequeo, el
movimiento espontneo hacia abajo del ms grande puede ha
cer elevar al ms pequeo, realizndose una cierta cantidad de
trabajo. La cantidad de energa transformable en trabajo es va
riacin de energa libre, AG; este valor ser siempre ligera
mente inferior a la cantidad terica de energa liberada, habida
cuenta de que ima parte de la energa se disipa en forma de ca
lor de friccin. Cuanto mayor sea la elevacin del objeto ms
grande, mayor ser el cambio energtico al deslizarse hacia aba
jo (AG) y mayor ser la cantidad de trabajo que pueda realizar.
El objeto ms grande puede elevar al ms pequeo slo porque,
en el inicio, el objeto mayor se hallaba lejos de su posicin de
equibrio: en algn momento anterior haba sido elevado por
encima del suelo mediante un proceso que tambin consumi
eneiga.
Cul es ei equivalente de este proceso en reacciones
qumicas? En sistemas cerrados, las reacciones qumicas se
producen espontneamente hasta que se alcanza el equili
brio. Cuando el sistema est en equilibrio, la velocidad de
formacin de producto es exactamente igual a la velocidad en

que el producto se convierte en reactivo. As no hay un cam


bio neto en la concentracin de reactivos y productos. La va
riacin de energa que se produce cuando el sistema
evoluciona desde su estado inicial al de equilibrio, sin varia
ciones en la presin y la temperatura, viene dada por la varia
cin de energa libre, AG. La magnitud de AG depende de la
reaccin qumica en particular y dlo lejos (fue el sistema se
encuentre inicicUmerUe del equibrio. Cada imo de los
compuestos implicados en una reaccin qumica contiene una

(a) Eljemplo mecnico

(b) Ejemplo qumico

FIGURA 1-26 Acoplamiento energtico en procesos qumicos y mecnicos,


(a) El movimiento descendente de un objeto libera energa potencial capaz de
producir trabajo. La energa potencial liberada por el nnovimiento descendente
espontneo, un proceso exergnico (rosa), puede acoplarse al movimiento endergnico ascendente de otro objeto (azul), (b) En la reaccin 1 la formacin de
glucosa 6 -fosfato a partir de glucosa y fosfato inorgnico (P{), da lugar a un pro
ducto con una energa superior a la de los dos reactivos. La AC es positiva para
esta reaccin endergnica. En la reaccin 2, la rotura exergnica de la adenosi
na trifosfato (ATP) tiene una variacin de energa libre grande y negativa (AC2).
La tercera reaccin representa la suma de las reacciones 1 y 2, y la variacin en
su energa libre AC3 es la suma arltnntica de AC^ y AC2 . Puesto que el valor de
AC3 es negativo, la reaccin global es exergnica y se da espontneanrente.

24

Fundamentos de bioqumica

cierta cantidad de energa potencial, que guarda relacin con


el nmero y el tipo de enlaces.
En las reacciones que ocurren espontneamente, los pro
ductos tienen menos energa libre que los reactivos, de mane
ra que la reaccin libera una cantidad de energa libre que
est disponible para realizar trabajo. Estas reacciones se de
nominan exergnicas y la disminucin de energa libre de re
activos a productos se expresa con un valor negativo. Las
reacciones endergnicas, en cambio, requieren un aporte de
energa, y sus valores de AG son positivos. Al igual que en los
procesos mecnicos, solamente una parte de la energa libera
da en las reacciones qumicas exergnicas se puede utilizar
para producir trabajo. En los sistemas vivos parte de la ener
ga se disipa en forma de calor o se pierde incrementando la
entropa.
En los organismos vivos, del mismo modo que ocurre en el
ejemplo mecnico de la figura l-26a, una reaccin exergnica
se puede acoplar a una reaccin endergnica para hacer posi
bles ciertas reacciones que de otro modo seran desfavorables.
La figura l-26b (un tipo de grfico denominado diagrama de co
ordenada de reaccin) ilustra este principio para el caso de la
conversin de glucosa en glucosa 6-fosfato, el primer paso en la
ruta de la oxidacin de glucosa. El camino ms simple para pro
ducir glucosa 6-fosfato sera:
Reaccin 1:

Glucosa + P i----glucosa 6-fosfato


(endergnica; AGi es positiva)

(Aqu, Pj es la abreviatura para el fosfato inorgnico HPO4". No


describiremos ahora en detalle, sino ms adelante, la estructura
de estos compuestos.) Esta reaccin no ocurre espontnea
mente porque AGi es positiva. Una segunda reaccin muy exer
gnica puede tener lugar en todas las clulas:
Reaccin 2:

ATP -

->ADP + Pi
(exergnica; AG2 es negativa)

Estas dos reacciones comparten im intermediario comn, Pi,


que se consume en la reaccin 1 y se produce en la reaccin 2.
Las dos reacciones pueden, por tanto, acoplarse en la forma de
una tercera reaccin que se puede escribir como la suma de las
reacciones 1 y 2, omitiendo el intermediario comn, Pi, de los
dos lados de la ecuacin:
Reaccin 3:

/eqy AG miden la tendencia de una reaccin


a transcurrir espontneamente
La tendencia de una reaccin qumica a llegar a su final puede
expresarse en forma de una constante de equilibrio. Para la
reaccin en la que a moles de A reaccionan con b moles de B pa
ra dar c moles de C y ci moles de D,
aA + b B ---- > cC + dD
la constante de equilibrio, Ceq, viene dada por

[cr^ m u

[A]

m,

donde [Aleq es la concentracin de A, [B]eq es la concentracin


de B y as sucesivamente, cuando el sistema ha llegado al
equilibrio. Un valor elevado de K^q indica que la reaccin tiene
lugar hasta que los reactivos se han convertido casi completa
mente en productos.
Gibbs demostr que la AG (el cambio de energa libre real)
de una reaccin qumica cualquiera es funcin de la varia
cin de energa libre estndar, AG"* (una constante caracte
rstica de cada reaccin especfica) y de un trmino que expresa
la concentracin inicial de reactivos y productos:
AG = AG** + RTln

[Clf [Dlf
(A]f [B1!>

( 1- 1)

donde [A]i es la concentracin inicial de A y as sucesivamente,


es la constante de los gases y T es la temperatura absoluta.
AG es una medida de la distancia de un sistema a su posi
cin de equilibrio. Cuando una reaccin ha alcanzado el equili
brio no persiste ninguna fuerza que la induzca a ir en una
direccin u otra y no puede realizar trabajo: AG = 0. En esta si
tuacin concreta, [A]i = [AJeq, y as sucesivamente para todos los
reactivos y productos, de modo que:
[C]f [Dlf

tcis, [Dlt,

(A]f [B]|> [A]* IBl,


Sustituyendo AG por O y [C ]f [D ]f/ [A ]f [B]i* por
Ecuacin 1-1, obtenemos la relacin

en la

Glucosa + A T P ---- >glucosa 6-fosfato + ADP


AG^ = - R T l n K ^

Puesto que se bera ms energa en la reaccin 2 que la consu


mida en la reaccin 1, la variacin de energa libre en la reaccin
3, AG3, es negativa, lo que hace posible que la sntesis de gluco
sa 6-fosfato transcurra a travs de la reaccin 3.
Bl acoplamiento de reacciones exergnicas y enderg
nicas a travs de un intermediario compartido es absoluta
mente bsico para los intercambios energticos en los
sistemas vivos. Tal como veremos, las reacciones de hidrli
sis del ATP (como la reaccin 2 en la Fig. l-26b) liberan
energa que hace posible muchos procesos endergnicos en
las clulas. La hidrlisis del ATP en las clulas es exergnica
porque todas las clulas vivas mantienen la concentra

cin de ATP muy lejos de su concentracin en el equili


brio. Es precisamente este desequilibrio el que permite que
el ATP sirva como el principal portador de energa qumica
en las clulas.

de la que deducimos que AG es tan slo una manera alternativa


a Ked para expresar la direccin de una reaccin. Gracias a que
^eq se puede medir experimentalmente, disponemos de un mo
do de determinar AG, la constante termodinmica caractersti
ca de cada reaccin.
AG y AG se expresan en joules por mol (o caloras por
mol). Si i^eq 1, AG es grande y negativa; si Teq 1, AG es
grande y positiva. Es posible deducir con un simple vistazo a
una tabla de valores de
o de AG cules son las reacciones
que tendern a producirse y cules no.
Hay que tomar una precaucin en cuanto a la interpreta
cin de AG: las constantes termodinmicas tales como sta
muestran dnde se halla el punto de equilibrio final de la reac
cin, >ero nada nos dicen acerca de la velocidad con que se al
canza. La velocidad de las reacciones viene gobernada por los

1.3 Fundamentos fsicos

[ ]

parmetros cinticos, un tema que consideraremos en el Cap


tulo 6,

Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones qumicas


Tocias las macromolculas biolgicas son mucho ms inestables
termodinmicamente que sus subunidades monomricas, aun
que sean, no obstante, estables cinticamente: su degradacin
no catalizada ocurre tan lentamente (en un margen de aos y
no de segundos) que, en la escala de tiempo aplicable a los orga
nismos, estas molculas son estables. Si prcticamente todas las
reacciones qumicas celulares tienen lugar a una velocidad sig
nificativa es gracias a la presencia de enzimas: biocatalizadores
que, al igual que el resto de catalizadores, provocan un gran in
cremento en la velocidad de reacciones qumicas especficas sin
consumirse en el proceso.
La trayectoria desde reactivo(s) a producto(s) transcurre
de manera prcticamente invariable a travs de una barrera
energtica, denominada barrera de activacin (Fig. 1-27), que
debe ser superada para que tenga lugar la reaccin. La rotura y
formacin de enlaces implica generalmente y de manera previa
la distorsin de los enlaces existentes, lo que genera un estado
de transicin de mayor energa libre que reactivos o productos.
El punto ms alto en un diagrama de coordermdas de reaccin
representa el estado de transicin y la diferencia de energa en
tre un reactivo en su estado fundamental y en su estado de tran
sicin se denomina energa de activacin, AC?. Los enzimas
catalizan reacciones proporcionando un entomo ms conforta
ble para el estado de transicin: una superficie complementaria
en su estereoqumica, polaridad o carga. La unin de un enzima
al estado de transicin es exergnica, y la energa liberada por
esa unin reduce la energa de activacin de la reaccin, incre
mentando de modo muy importante su velocidad.
Una contribucin adicional a la catlisis ocurre cuando dos
o ms reactivos se unen a la superficie del enzima en lugares
cercanos y en una orientacin estereoespecfica que favorece la
reaccin. Gracias a esta disposicin se incrementa en varios r
denes de magnitud la probabilidad de que se produzcan colisio
nes productivas entre los reactivos. Como resultado de estos y
otros factores que se discuten en el Captulo 6, las reacciones
catalizadas por enzimas tienen lugar generalmente a velocida
des superiores a 10^^veces las de las reacciones no catalizadas.
(Esto equivale a un milln de millones de veces ms rpi

das!)
Salvo algunas excepciones, los catalizadores celulares son
protenas. (Como se discutir en los Captulos 26 y 27, las mol
culas de RNA desempean en ocasiones papeles catalticos.)
Tambin de modo casi universal, cada enzima cataliza una reac
cin especfica, y cada reaccin en la clula est catalizada por
un enzima diferente. Es por tanto evidente que en cada clula
son necesarios miles de enzimas diferentes. La multiplicidad de
los enzimas, su especificidad (la capacidad de discriminar entre
diferentes reactivos) y su susceptibilidad a la regulacin confie
ren a las clulas la capacidad de disminuir selectivamente las
barreras de activacin. Esta selectividad resulta crucial para la
regulacin efectiva de los procesos celulares. Haciendo que las
reacciones especficas procedan a velocidades significativas, los
enzimas determinan de qu modo se canalizan la materia y la
energa en las actividades celulares.

FIGURA 1-27 dambios energticos durante una reaccin qumica. En el pro


ceso de conversin de los reactivos (A) en productos (B) debe salvarse una
barrera de activacin que representa el estado de transicin (vase el Captulo 6 ),
a pesar de que los productos sean tns estables que los reactivos, tal como indi
ca la gran variacin negativa de energa libre (AC^. 1.a energa necesaria para su
perar la barrera de activacin es ia energa de activacin (AC^). Los enzimas
catalizan ias reacciones disminuyendo la barera de activacin. Se unen fuerte
mente a los intermedios del estado de transicin, y ia energa de enlace de esta
interaccin hace que la energa de activacin se reduzca de OKxk) efectivo des
de AC*nocat (curva azul) hasta AC*cai (curva roja). (Obsrvese que ia energa de
activacin no est relacionada con la variacin de la energa libre de ia reac
cin, AC.)

Los miles de reacciones quncas catalizadas por enzimas


en el interior de las clulas se encuentran funcionalmente orga
nizadas en muchas secuencias diferentes de reacciones conse
cutivas denominadas mtas, en las que el producto de una
reaccin pasa a ser el reactivo de la siguiente. Algunas de estas
rutas degradan nutrientes orgnicos transformndolos en pro
ductos finales simples, con el fin de extraer de ellos energa qu
mica y convertirla en una forma til para la clula; en conjunto,
estas reacciones degradativas productoras de energa libre reci
ben el nombre de catabolismo. La energa liberada por las
reacciones catablicas es usada en la sntesis del ATP. Como re
sultado de ello, la concentracin celular de ATP se halla lejos de
su concentracin en el equilibrio, de modo que la AG de la hi
drlisis del ATP es grande y negativa. De modo sinlar, el me
tabolismo tiene como resultado la produccin de los trans
portadores de electrones reducidos NADH y NADPH, que pue
den dormr electrones en procesos que generan ATP o alimentar
pasos reductores en vas biosintticas.
Otras rutas parten de pequeas molculas precursoras
convirtindolas en molculas progresivamente mayores y ms
complejas, entre las que se incluyen las protenas y los cidos
nucleicos. Estas rutas sintticas requieren invariablemente un
aporte de energa, y en cor\junto se denominan anabolismo.
La compleja red de reacciones catalizadas por enzimas consti
tuye ei metabolismo celular. El ATP y los nuclesidos tri
fosfatos energticamente equivalentes citidina trifosfato
(CTP), uridina trifosfato (UTP) y guanosina trifosfato (GTP)
es el principal nexo de unin entre los componentes anablicos
y catablicos de esta red (Fig. 1-28). Las rutas de reacciones
catalizadas enzimticamente que actan sobre los principales
constituyentes de las clulas ^protenas, grasas, azcares y
cidos nucleicos son virtualmente idnticas en todos los or
ganismos vivos.

26

Fundamentos de bioqumica

Nutrientes
almacenados

trabajo celular

Comida
ingerida

Biomolculas
complejas

S,>..

-T
,

.afc

Fotones
solares

la precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesi


dades reales de la clula.
Considrese la ruta eE. coli que conduce a la sntesis del
aminocido isoleucina, uno de los constituyentes de las prote
nas. La ruta consta de cinco reacciones, catalizadas cada una
por un enzima diferente (las letras A a F representan los inter
mediarios de la ruta):

(8>
enzima 1

Treonina

FIGURA 1-28 Papel central del ATP y el NAD(P)H en el metabolismo. El ATP


es el intemiediaric qumico comn que conecta los procesos que liberan ener
ga con aquellos que requieren aporte de energa. Su papel en la clula es
anlogo al del dinero en las relaciones comerciales: se "gana/produce" en reac
ciones exergnicas y se '^gasta/consume'' en las endergnicas. El NAD(P)H (di
nucletido de nicotinamida y adenina (fosfato)) es un cofactor transportador de
electrones que capta electrones en reacciones oxidativas y a continuacin los
dona en una gran variedad de reacciones biosintticas de reducdn. Presentes
en concentraciones relativamente pequeas, estos cofactores esenciales para
las reacciones anablicas deben ser constantemente regenerados por reaccio
nes catablicas.

El metabolismo est regulado para conseguir


equilibrio y economa
Las clulas vivas no son slo capaces de sintetizar simultnea
mente miles de clases diferentes de molculas de glcidos, gra
sas, protenas y cidos nucleicos y sus subimidades ms
sencillas sino que adems son capaces de hacerlo en las propor
ciones precisas que son necesarias para la clula en cualquier
situacin. Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento ce
lular rpido, deben sintetizarse grandes cantidades de precur
sores de protenas y cidos nucleicos, mientras que en
condiciones de no crecimiento la necesidad de estos precurso
res se encuentra muy reducida. Los enzimas clave de cada ruta
metablica estn regulados de manera que cada tipo de molcu

E
Isoleucina

Si una clula empieza a producir ms isoleucina de la necesa


ria para la sntesis proteica, la isoleucina no utilizada se acu
mula y este incremento en la concentracin inhibe la actividad
cataltica del primer enzima de la ruta, con lo que se frena in
mediatamente la produccin de isoleucina. Esta inlbicin
por retroalimentacin mantiene el equilibrio entre produc
cin y utilizacin de cada intermediario metablico. (A lo largo
del libro usaremos el smbolo para indicar inhibicin de una
reaccin enzimtica)
A pesar de que sea til para la organizacin y la compren
sin del metabolismo, el concepto de ruta discreta constituye
una simplificacin. En la clula existen miles de intermedia
rios metablicos, muchos de los cuales forman parte de ms
de una ruta. El metabolismo se representa mejor como una
red de rutas interconectadas e interdependientes donde la va
riacin en la concentracin de cualquier metabolito da inicio a
un efecto en cadena que influye en el flujo de materiales a tra
vs de otras rutas. La comprensin de estas complejas interac
ciones entre intermediarios y rutas en trminos cuantitativos
es una tarea enorme que puede parecer desalentadora, pero el
impulso actual en la biologa de sistemas, que se discute en
el Captulo 15, ha empezado a ofrecer nuevos puntos de vista
sobre la regulacin global del metabolismo.
Las clulas tambin regulan la sntesis de sus propios cata
lizadores, los enzimas, en respuesta a la variacin en las necesi
dades de un producto metablico; este tema es tratado en el
Captulo 28. La expresin de los genes Oa traduccin de la in
formacin del DNA en protenas celulares activas en la clula) y
la sntesis de los enzimas son otros niveles de control metabli
co. Todos ellos deben ser tenidos en cuenta al describir el con
trol global del metabolismo.

RESUMEN 1.3 Fundamentos fsicos

Las clulas vivas son sistemas abiertos que intercambian


materia y energa con su entorno, extrayendo y canalizan
do energa para mantenerse en un estado estacionario di
nmico distante del equilibrio. La energa se obtiene de la
luz solar o de los combustibles, convirtiendo la energa de
un flujo electrnico en energa de los enlaces qumicos
del ATP.

La tendencia de una reaccin qumica a llegar al equilibrio


puede expresarse como la variacin en su energa libre,

1.4 Fundamentos genticos

27

AG, que tiene dos componentes: variacin de entalpia,

AH, y variacin de entropa, A^'. Estas variables se rela


cionan entre ellas por la ecuacin AG = AH-TAS.
Cuando la AG de una reaccin es negativa, la reaccin es
exergnica y tiende a llegar a su fin; cuando AG es positi
va, la reaccin es endergnica y tiende a avanzar en la di
reccin opuesta. Cuando dos reacciones se suman para
dar lugar a una tercera reaccin, la AG de la reaccin glo
bal es la suma de las AG de ias reacciones individuales.
Las reacciones de conversin de ATP en Pi y ADP o en
AMP y PPj son altamente exergnicas (AG negativa y de
valor elevado). Muchas reacciones celulares endergni
cas son posibles gracias al acoplamiento, a travs de inter
mediarios comunes, con estas reacciones altamente
exergnicas.
La variacin de energa Ubre estndar de una reaccin,
AG, es una constante fsica relacionada con la constante
de equilibrio mediante la ecuacin AG = -RT In /feq.
La mayor parte de las reacciones celulares tienen lugar
a velocidades tiles gracias a que existen enzimas que las
catalizan. Los enzimas actan en parte estabilizando el
estado de transicin, reduciendo la energa de activacin,
AG^, e incrementando la velocidad de reaccin en muchos
rdenes de magnitud. La actividad cataltica de los enzi
mas en las clulas est regulada.
El metabolismo es la suma de muchas secuencias de
reacciones interconectadas en las que se interconvierten
metabotos celulares. Cada secuencia est regulada de
manera que produzca lo que la clula necesita en cada
momento y consuma slo la energa necesaria para ello.

1.4 Fundamentos genticos


Posiblemente, la propiedad ms remarcable de las clulas y or
ganismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad
casi perfecta a lo largo de incontables generaciones. Esta conti
nuidad de rasgos heredados significa que, a lo largo de millones
de aos, la estructura de las molculas que contienen la infor
macin gentica ha debido permanecer constante. Muy pocas
huellas histricas de la civilizacin, incluidas las grabadas sobre
cobre o talladas sobre piedra (Fig. 1-29), han logrado sobrevi
vir ms de un milenio. Pero existen pruebas convincentes de
que las instrucciones genticas de los organismos vivos han per
manecido prcticamente inalteradas durante perodos mucho
ms largos; muchas bacterias tienen aproximadamente el mis
mo tamao, forma y estructura interna, y contienen el mismo ti
po de molculas precursoras y enzimas que las que vivie
ron hace aproximadamente cuatro mil millones de aos. Es
ta continuidad en estructura y composicin es el resultado de la
continuidad en la estructura del material gentico.
El descubrimiento de la naturaleza qumica y la estructura
tridimensional del material gentico, el cido desoxirribonucleico o DNA, se cuenta entre los hitos fundamentales de la
biologa del siglo xx. La secuencia de sus subunidades monom
ricas, los nucletidos (o ms exactamente, los desoxirribonu
cletidos, tal como se ver ms adelante) de este polmero

(a)

(b)

FIGURA 1-29 Dos escrituras antiguas, (a) El Prisma de Senaquerib, inscrito


aproximadamente en el 700 a. C , describe algutws hechos histricos acaecidos
durante el reinado del rey Senaquerib en caracteres de la lengua asirla. El Prisma
contiene aproximadamente 20.000 caraaeres, pesa 50 kg y ha sobrevivido prc
ticamente intacto durante 2.700 aos, (b) La molcula nica de DNA de la bac
teria E. coli, observada durante el proceso de filtrado hacia el exterior de la clula
lisada, es centenares de veces ms larga que ia clula misma y contiene codifica
da toda la informacin necesaria para especificar la estructura y las funciones de
la clula. El DNA bacteriano contiene aproximadamente 4,6 millones de caracte
res (nucletidos), pesa menos de 10"^g y sb ha sufrido cambios menores du
rante los ltimos millones de aos. (Los puntos amarillos y tas manchas oscuras de
la micrografa electrnica coloreada son artefactos de la preparacin.)
lineal lleva codificadas las instrucciones para formar todos los
dems componentes celulares y acta adems de molde para la
produccin de molculas idnticas de DNA que sern distribui
das a la progenie al dividirse la clula. La perpetuacin de una
especie biolgica exige que su informacin gentica se manten
ga estable, se exprese de manera precisa en forma de prcxiuctos
gnicos y se reproduzca con un mnimo de errores. La correc
cin y efectividad en el almacenaje, la expresin y la reproduc
cin del mensaje gentico define a las especies individuales, las
distingue de las dems y asegura su continuidad a lo largo de ge
neraciones sucesivas.

La continuidad gentica reside en las molculas de DNA


El DNA es un polmero orgnico largo y delgado, una molcula
peculiar que est construida en una dimensin a escala atmica
(anchura) y en otra dimensin a escala humana Qongitud: una
molcula de DNA puede medir varios centmetros). Un esper
matozoide o un vulo humanos, que transportan la informacin
hereditaria acimiulada a lo largo de miles de millones de aos de
evolucin, transmiten esta herencia en forma de molculas
de DNA en las que el mensaje gentico est codificado en la se
cuencia lineal de las subunidades de nucletido unidas covalen
temente.
Cuando hablamos de las propiedades de una especie qu
mica solemos describir el comportamiento medio de un nmero
muy grande de molculas idnticas. La prediccin del compor
tamiento de una molcula individual en una cantidad de, por
ejemplo, un picomol de un compuesto (unas 6 x 10^^ molcu
las) resulta difcil, pero es ms sencillo predecir el comporta

28

Fundamentos de bioqumica

miento medio de las molculas gracias al gran nmero de ellas


que es posible incluir en este promedio. En este aspecto, el
DNA celular es una excepcin. El DNA de una clula de E. coli
es una nica molcula que contiene 4,64 millones de pares de
nucletidos y constituye todo su material gentico. Esta mol
cula nica debe replicarse perfectamente en todos sus detalles
para que E. coli genere una progenie idntica mediante la divi
sin celular; en este caso no es, por tanto, posible pensar en un
comportamiento medio, o estadstico. Lo mismo ocurre en to
das las dems clulas. Un espermatozoide humano aporta al
vulo que fecunda una sola molcula de DNA en cada uno de los
23 cromosomas diferentes, que se combinan con una sola mol
cula de DNA en cada uno de los correspondientes cromosomas
del vulo. El resultado de esta unin es fcilmente predecible:
un embrin que contiene la totalidad de sus -25.000 genes, for
mado por 3 mil millones de pares de nucletidos, e intacto: juna
asombrosa proeza qumica!

EJEMPLO PRaiC01-1

producirse la divisin celular, las dos cadenas de DNA se sepa


ran y actan de molde para la sntesis de otra cadena comple
mentaria nueva, con lo que se generan dos molculas de doble
hlice idnticas, ima para cada clula hija. Si una cadena resul
tase daada, la continuidad de la informacin queda asegurada
por la informacin presente en la cadena complementaria, que
actuar de molde para la reparacin de la lesin.

Fidelidad de la replicadn

del DNA
Calcule el nmero de veces que se ha copiado el DNA de una c
lula de E. coli desde el momento de la aparicin de su precursor
bacteriano ms ancestral hace aproximadamente 3.500 millo
nes de aos. Considere que, en promedio, se ha producido
una divisin celular cada 12 horas (esto constituye una sobre
estimacin para las bacterias modernas y probablemente una
infraestimacin para las ms antiguas).
Soludn:

(1 generacin/12 h)(24 h/da)(365 das/ao)(3,5 x 10aos)


= 2,6 X 10^^ generaciones.

Una sola pgina de este libro contiene unos 5.000 caracte


res, por lo que el libro completo contiene unos 5 millones de ca
racteres. El cromosoma de E. coli tambin contiene unos
5 millones de caracteres (pares de bases). Si hiciera una copia a
mano de este libro y la pasase a un compaero de clase para que
la copiara a mano y esta copia ftiese, a su vez, copiada por un
tercer compaero de clase, y as sucesivamente, en qu grado
se parecera cada copia sucesiva al original? Ahora imagine el li
bro de texto que resultara despus de copiar a mano este ejem
plar unos cuantos billones de veces!

La estructura del DNAhace posible su reparacin


y replicacin confidelidad casi perfecta
La capacidad de las clulas vivas de preservar su material gen
tico y duplicarlo para su transmisin a la generacin siguiente es
el resultado de la complementariedad estructural entre las dos
mitades de la molcula de DNA (Fig. 1-30). La unidad bsica
del DNA es un polmero lineal formado por cuatro subunidades
monomricas diferentes, los desoxirribonucletidos, orde
nados en una secuencia lineal precisa. En esta secuencia lineal
se encuentra codificada la informacin gentica. Dos de estas
caderwis polimricas se enrollan una sobre la otra para formar la
doble hlice de DNA, en la que cada suburdad monomrica de
una cadena queda especficamente aparejada con un desoxirribonucletido complementario de la cadena opuesta. Antes de

Cadena 1
vieja

Cadena 2
nueva

Cadena 1
nueva

Cadena 2
vieja

FIGURA 1-30 Complementariedad entre las dos cadenas del DNA. Ei DNA es un
polmero lineal de cuatro desoxirribonucletidos desoxiadenilato (A), desoxiguanllato (G), desoxicitidilato (C) y desoxitimidilato (Ti, unidos covalentemente. Cada
uno de ios nucletidos, gracias a su precisa estructura tridimensional, posee la ca
pacidad de asociarse muy especficamente, pero no de modo covalenle, con otro
de los nucletidos en ia cadena complementaria: A se asocia siempre con su com
plementario! y G siempre con C. En ia molcula de DNA de doble cadena, la se
cuencia de nucletidos de una hebra o cadena es complementaria con la
secuencia de la otra. Las dos cadenas del DNA, unidas por muchos puentes de hi
drgeno (representadas aqu por lneas verticales azules) entre los pares de nucle
tidos complementarios, se enrollan una sobre la otra para fomiar la doble hlice
del DNA. En la replicacin del DNA, las dos cadenas (en azul) se separan y se sin
tetizan dos cadenas nuevas (en rosa), cada una con una secuencia complementa
ria a la de una de las cadenas originales. El resultado es dos molculas de DNA en
doble hlice, cada una de ellas idntica ai DNA original.

1.5 Fundamentos evolutivos

La secuencia lineal del DNAcodifica protenas


conestructuras tridimensionales
La informacin est codificada en el DNA en su secuencia lineal
(monodimensional) de subunidades desoximbonucleotdicas,
pero la expresin de esta informacin da como resultado una c
lula tridimensional. La transicin entre una y tres dimensiones
ocurre en dos fases. Una secuencia lineal de desoxirribonucleti
dos del DNA codica (a travs de un intermediario, el RNA) la
produccin de una protena con la secuencia lineal correspon
diente, en este caso de aminocidos (Fig. 1-31). La protena se
pliega adoptando una estructura tridimensional particular, deter
minada por su secuencia de annocidos y estabilizada principal
mente por interacciones no covalentes. Aunque la forma final de
la protena plegada viene dictada por su secuencia de aminoci
dos, el proceso de plegamiento recibe la asistencia de protenas
que actan como chaperonas moleculares (vase la Fig. 4-29).
La adopcin de una estructura tridimensional precisa, o confor
macin nativa, es crucial para la funcin de la protena.
Una vez que la protena ha adoptado su conformacin nati
va, puede asociarse de modo no covalente con otras macromol
culas (otras protenas, o bien con cidos nucleicos o Ipidos), para
formar complejos supramoleculares tales como cromosomas, ri
bosomas y membranas. Las molculas individuales de estos comGen de la hexoquinasa

29

piejos poseen sitios de unin especficos y de alta afinidad para


las dems y son capaces de formar espontneamente complejos
funcionales en el medio celular.
A pesar de que las secuencias de las protenas contienen to
da la informacin necesaria para alcanzar su estado nativo, tam
bin es necesario un entorno adecuado (de pH, fuerza inica,
concentracin de iones metlicos, etc.) para que el plegamiento y
el autoensamblaje sean correctos. Por tanto, la secuencia del
DNA no es capaz por s sola de dictar la formacin de una clula.

RESUMEN 1.4 Fundamentos genticos

La informacin gentica est codificada en la secuencia li


neal de cuatro tipos de desoxirribonucletidos en el DNA.

La molcula de DNA en doble hlice contiene un molde in


terno que permite su propia replicacin y reparacin.

La secuencia lineal de aminocidos de una protena, codifi


cada en el DNA del gen de esa protena, da lugar a una es
tructura tridimensional proteica que es exclusiva para esa
protena en un proceso que depende de las condiciones
ambientales.

Ciertas macromolculas individuales con afinidad especfi


ca para con otras macromolculas se autoensamblan for
mando complejos supramoleculares.

DNA
transcripcin del DNA
en una secuencia de RNA
complementario

RNA mensigero

\A /\/V

Nada tiene sentido en biologa si no es a la luz


de la evolucin.
Theodosius Dobzhansky, The American Biology Teacher,

traduccin de la secuenda
de RNA en secuencia polipeptidic
en el ribosoma

Hexoquinasa
desplegada

plegamiento de la cadena
polipeptdica para adoptar
la estructura nativa
de la hexoquinasa

ATP + glucosa
Hexoquinasa
catalticamente activa

1.5 Fundamentos evolutivos

ADP + glucosa
6 >fosfato

FIGURA1-31 Del ONA al RNA a iaprotena ai enzima (hexoquinasa). La se


cuencia lineal de desoxirribonucletidos del DNA (el gen) que codifica la pro
tena hexoquinasa se transcribe primero en una molcula de cido ribonucleico
(RNA) con secuencia de ribonucletidos complementaria. La secuencia de RNA
(RNA mensajero) se traduce posteriormente en la cadena lineal de la protena
hexoquinasa, que se pliega para adoptar su confornwcin tridimensional nativa,
a menudo con la ayuda de las chaperonas moleculares. Una vez adoptada su
forma nath^a, la hexoquinasa adquiere su capacidad cataltica: cataliza la fosfo
rilacin de la glucosa usando ATP conoo donador del grupo fosforilo.

marzo de 1973
Los grandes progresos que se han producido en bioqumica y
en biologa molecular durante las dcadas transcurridas desde
que Dobzhansky hizo esta contimdente generalizacin han con
firmado su validez. El alto grado de similitud entre las vas meta
blicas y las secuencias gnicas de organismos de todos los phyla
es un robusto ai:gumento a favor de la hiptesis de que todos
los organismos modernos descienden de un progenitor evoluti
vo comn a travs de una larga serie de pequeos cambios (mu
taciones), que conferan, en cada caso, una ventsya selectiva a
un organismo dado en un nicho ecolgico concreto.

Los cambios en las instrucciones hereditarias


hacen posible la evolucin
A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicacin gentica,
ciertos errores muy poco fi^uentes que no han sido reparados
durante la replicacin del DNA producen variaciones en la se
cuencia nucleotdica del DNA, dando lugar a una mutacin
(Fig. 1-32) que cambia las instrucciones para alguno de los
componentes celulares. Una reparacin incorrecta de una lesin
en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto. Las muta
ciones en el DNA que se transmite a los descendientes -es dedr,
mutaciones en las clulas reproductoras- pueden ser dainas o
incluso letales para el nuevo organismo o clula; pueden, por
ejemplo, provocar la sntesis de un enzima defectuoso incapaz de

30

Fundamentos de bioqumica

Gen de la hexoquinasa

FIGURA1-32 Dupticacn gnica ymutacin: una formade ge


nerar actividades enzimticas nuevas. En este ejemplo^ el gen ni

DNA
Un error infrecuente durante
la replicacin del DNA duplica
el gen de la hexoquinasa
Gen original

Gen duplicado
Un segundo error infrecuente
da lugar a una mutacin en el
segundo gen de la hexoquinasa
Mutacin

'expresin del gen


^duplicado y
' mutado

expresin del
gen original

ATP -I- glucosa

ATP + galactosa

ADP + glucosa
6-fosfato

Hexoquinasa original
(la galactosa no es sustrato)

co de ia hexoquinasa de un organismo hipottico podra ser


copiado accidentalmente dos veces durante la replicacin del
ONA, de modo que el organismo acabara teniendo dos copias del
gpn, una de ellas superflua. A lo largo de muchas g^eraciones, y
a causa de la repetida duplicacin del DNA con dos genes de he
xoquinasa, se producen errores que, a pesar de su baja frecuencia,
dan lugar a cambios en el gen superfluo y en la protena que codi
fica. En unos pocos casos raros, la protena producida por este gen
mutante se altera de forma que puede unirse a un nuevo sustrato,
galactosa en nuestro caso hipottico. La clula que contiene el gen
mutante ha adquirido una capacidad nueva (metabolismo de la
galactosa), que le puede permitir sobrevivir en un nicho ecolgico
en el que exista suministro de galactosa pero no de glucosa. Si no
se produce duplicacin gnica previamente a la mutacin se pier
de la funcin original del gen.

ADP + galactosa
6-fosfato

Hexoquinasa mutante con


nueva especicidad de
sustrato por la galactosa

catalizar una reaccin metablica esencial. Sin embargo, una mu


tacin puede dar lugar ocasionalmente a un organismo m ^or
preparado para sobrevivir en su entomo. El enzima mutante po
dra, en este caso, haber adquirido una especificidad ligeramente
diferente que lo convierte en capaz de utilizar cierto compuesto
que la clula era incapaz de metabolizar antes de producirse la
mutacin. Si una poblacin de clulas se encontrase en un entor
no en el que este compuesto fuera el nico o el ms abundante de
los nutrientes disponibles, la clula mutante tendra ventilas se
lectivas sobre las otras clulas no mutantes (de tpo silvestre,
wild type) de la poblacin. La clula mutante y su progenie so
breviviran y prosperaran en el nuevo entomo mientras que las
clulas del tipo silvestre no dispondran de nutrientes y perece
ran. Esto es lo que Darwin quiso decir con la expresin supervi
vencia del ms adaptado en condiciones de presin selectiva, la
base del proceso de la seleccin natural.
En ocasiones se produce la introduccin de una segunda co
pia de un gen entero en el cromosoma resultado de una replica
cin defectuosa del mismo. La segunda copia es superfina, con lo
que las mutaciones que se produzcan en este segundo gen no se
rn nocivas; sta constituye otra forma de evolucin celular pues
to que impUca la prcxiuccin de un nuevo gen con una nueva
ftmcin al tiempo que se retienen el gen y la funcin originales.
Desde este punto de vista, las molculas de DNA de los organis
mos modernos son como documentos histricos llenos de datos
que hablan del largo viaje entre las primeras clulas y los organis
mos actuales. Sin embargo, los datos histricos contenidos en el
DNA no son completos; a lo largo de la evolucin se han borrado
muchas de las mutaciones, o se ha escrito sobre ellas. A pesar de
ello, las molculas de DNA son la mejor fuente de historia biolgi
ca disponible. La frecuencia de errores en la replicacin del DNA
es finto del equilibrio entre un nmero excesivo de errores, que

convertiran en no viables a las clulas hija, y demasiado pcxjos,


que haran imposible la variacin gentica que permite la supervi
vencia de las clulas mutantes en nuevos nichos ecolgicos.
Varios miles de millones de aos de seleccin adaptativa
han conducido al refinamiento de los sistemas celulares, hacin
dolos capaces de obtener el mximo provecho de las propieda
des fsicas y qumicas de los materiales crudos del entomo. Las
variaciones genticas producidas al azar entre individuos de
una poblacin, combinadas con la seleccin riatural, han gene
rado la evolucin de la enorme variedad actual de organismos,
cada uno de ellos adaptado a su nicho ecolgico particular.

Lasprimeras bomoiaiiasaparecieronporevoludn qumica


En nuestros comentarios anteriores hemos pasado por alto el pri
mer captulo de la historia de la evolucin: la aparicin de la prime
ra clula viva. Aparte de su presencia en los organismos vivos, los
compuestos orgnicos, entre los que se incluyen las biomolculas
bsicas tales como los aminocidos y los glcidos, se encuentran
presentes icamente en muy pequeas cantidades en la corteza
terrestre, el mar y la atmsfera. Cmo adquirieron los primeros
organismos vivos sus sillares estmcturales orgnicos caractersti
cos? Existe una hiptesis que sostiene que estos compuestos se
crearon como consecuencia de la accin de poderosas fuerzas at
mosfricas -radiacin ultravioleta, relmpagos o empciones volc
nicas- sobre los gases existentes en la atmsfera prebitica de la
Tierra y sobre los compuestos inorgnicos csueltos en los respira
deros hidrotrmicos de los foiKlos ocenicos.
Esta hiptesis ftie puestaa pmeba en un experimento clsico
sobre el origen abitico (no biolgico) de las biomolculas orgni
cas realizado en 1953 por Starey Miller en el laboratorio de Ha
rold Urey. Miller someti mezclas gaseosas similares a las que se

1.5 Fundamentos evolutivos

Electrodos

FIGURA 1-33 Produccin abitca de biomolculas. Aparato de descargas


elctricas del tipo utilizado por Miller y Urey en los experimentos en que de
mostraron la fonnacin abitica de compuestos orgnicos en condiciones at
mosfricas primitivas. Despus de someter el contenido gaseoso del sistema a
descargas elctricas se recogieron los productos por condensacin. Entre esos
productos se encontraron biomolculas tales como los aminocidos.

presuma que existan en la Tierra prebitica y que incluan NH3,


CH4, H2O y H2 a descargas elctricas producidas entre un par de
electrodos (con el fin de simular las descargas de un relmpago)
durante periodos iguales o superiores a una semana y a continua
cin analiz el contenido del recipiente de reaccin que se haba
mantenido cerrado (Fig. 1-33). La fase gaseosa de la mezcla re
sultante conteia CO y CO2adems de los gases inicales. La fase
acuosa contena una mezcla de compuestos orgnicos entre los
que se incluan algunos aminocidos, hidroxicidos, aldehidos y
cianuro de hidrgeno (HCN). Este experimento demostr que la
produccin abitica de biomolculas era posible en tiempos relati
vamente cortos y en condiciones relativamente suaves.
Experimentos ms refinados han demostrado que muchos
de los componentes qumicos de las clulas vivas, entre los que se
incluyen polipptidos y molculas parecidas al RNA, se pueden
formar en estas condiciones. Los polmeros de RNA pueden ac
tuar como catalizadores en ciertas reacciones biolgicas (vanse
los Captulos 26 y 27), por lo que es posible que el RNA jugara un
papel crucial en la evolucin prebitica gracias a su doble capaci
dad como catalizador y como depositario de la informacin.

los procesos de replicacin y reparacin de los cidos nucleicos.


La mutua dependencia de estas dos clases^de biomolculas ha
ce que surja una duda desconcertante: Quin apareci primero,
el DNA o las protenas?
La respuesta podra bien ser que aparecieron al mismo
tiempo y que el RNA les precedi a los dos. El descubrimiento
de que las molculas de RNA pueden actuar como catalizadores
de su propio proceso de formacin sugiere que el RNA o una
molcula similar pudo haber sido a la vez el primer gen y el pri
mer catalizador. De acuerdo con este concepto (Fig. 1-34),
una de las primeras etapas de la evolucin biolgica habra sido
la formacin al azar, en la sopa primordial, de una molcula de
RNA capacitada para catalizar la formacin de otras molculas
de RNA con la misma secuencia: urui molcula de RNA autorreplicante y autoperpetuante. La concentracin de molculas de
RNA autorreplicantes se incrementara exponencialmente al
formarse dos molculas a partir de una, cuatro a partir de dos y
as sucesivamente. Es presumible que la fidelidad de la repro
duccin fuese mucho menos que perfecta, de modo que el pro
ceso permitira la generacin de variantes de la molcula de
RNA, algunas de las cuales podran ser ms eficaces en su auto
rreplicacin. En la competencia por la utilizacin de los nucle
tidos, las secuencias autorreplicantes ms eficientes saldran
ms beneficiadas, mientras que las menos eficientes desapare
ceran del medio.

Formacin de la sopa prebitica, nucletidos incluidos,


a partir de componentes de la atmsfera primitiva

Produccin de molculas cortas de RNA


con secuencias al azar

1
Replicacin selectiva de segmentos catalticos
de RNA autorreplicantes

Sntesis de pptidos especficos,


catalizada por el RNA

Los primeros genes y catalizadores podran haber sido


molculas de RNA o precursores relacionados
En los organismos modernos, los cidos nucleicos codifican la
infonnacin gentica que especifica la estructura de los enzi
mas, mientras que los enzimas poseen la capacidad de catalizar

31

FIGURA 1-34

Psible situacin en un ^mundo de RNA\

32

Fundamentos de bioqumica

De acuerdo con la hiptesis del mundo del RNA, la divi


sin de funciones entre el DNA (almacenamiento de la informa
cin gentica) y las protenas (catlisis) se produjo en una
etapa ms tarda. Se desarrollaron nuevas variantes de molcu
las de RNA autorreplicantes que posean la capacidad adicional
de catalizar la condensacin de aminocidos en forma de ppti
dos. Ocasionalmente los pptidos as formados habran sido ca
paces de potenciar la capacidad autorreplicativa del RNA, y el
conjunto RNA-pptido podra haber sufrido variaciones secuen
ciales que generaran molculas aun ms eficientes. El impor
tante descubrimiento de que en la maquinaria encargada de la
sntesis de protenas (ribosomas) son molculas de RNA, y no
de protena, las que catalizan la formacin del enlace peptdico,
est de acuerdo con la hiptesis del mundo del RNA.
Cierto tiempo despus de la evolucin de este sistema primi
tivo de sntesis de protenas se prodigo otro avance: aparecieron
molculas de DNA con secuencias complementarias a las de RNA
autorreplicante, que reemplazaron a estas ltimas en la funcin
de conservar la informacin gentica, mientras que las molcu
las de RNA evolucionaron para actuar en la sntesis de protenas.
(En el Captulo 8 se explica la razn de que el DNA sea una mol
cula ms estable que el RNA y, por tanto, un mejor depositario de
la informacin hereditaria.) Las protenas demostraron poder
comportarse como catalizadores verstiles y asumieron con el
tiempo esta funcin. Los compuestos lipdicos de esta sopa pri
mordial pudieron formar capas relativamente impermeables ca
paces de envolver a grupos de molculas autorreplicantes. La
concentracin de protenas y cidos nucleicos en el interior de
estos compartimientos lipdicos favoreci las interacciones mole
culares necesarias para los procesos de autorreplicacin.

La evolucin biolgica empez hace ms de tres mil


quinientos millones de aos
La Tierra se form hace aproximadamente 4.600 millones de
aos, y la primera prueba concluyente de la existencia de vida es
de ms de unos 3.500 millones de aos. En 1996, cientficos que
trabajaban en Groenlandia encontraron pruebas qumicas de vida
Cmolculas fsiles) de ima antigedad de unos 3.850 millones
de aos consistentes en formas de carbono incrustadas en roca
que parecan tener im origen claramente biolgico. En algn lu
gar de la Tierra y durante los primeros mil millones de aos, apa
reci el primer organismo simple, capaz de replicar su propia
estructura a partir de un molde (RNA?) que fue el primer mate
rial gentico. Dado que en los tiempos del amanecer de la vida la
atmsfera terrestre era prcticamente carente de oxgeno, y ade
ms existan pocos microorganismos que pudieran consumir los
compuestos orgnicos formados mediante procesos naturales,
stos eran relativamente estables. Sumada esta estabilidad y
eones de tiempo, lo improbable acab volvindose inevitable:
los compuestos orgnicos se incorporaron a clulas en evolucin
para producir catalizadores autorreplicativos cada vez ms efec
tivos. El proceso de evolucin biolgica haba empezado.

La primera clula utiliz probablemente


combustibles inorgnicos
Las primeras clulas aparecieron en una atmsfera reductora
(no haba oxgeno) y, probablemente, obtuvieron la energa de

combustibles inorgnicos tales como el sulfuro ferroso y el car


bonato ferroso, ambos muy abundantes en la Tierra primitiva.
Por ejemplo, la reaccin
FeS + HaS-^FeSa + Hz
proporciona energa suficiente para promover la sntesis de ATP
y compuestos similares. Los compuestos orgnicos que estas
clulas requeran podran haber aparecido como consecuencia
de la accin no biolgica de las tormentas elctricas o del calor
debido a la actividad volcnica o a los respiraderos hidrotrmicos de los ocanos sobre componentes de la atmsfera primiti
va tales como el CO, el CO2, el N2, el NH3*y el CH4 Se ha
propuesto una fuente alternativa de compuestos orgnicos: el
espacio extraterrestre. En 2006, la nsin espacial Stardust tra
jo pequeas partculas de polvo de la cola de un cometa que
contenan diversos compuestos orgnicos.
Los primeros organismos unicelulares fueron adquiriendo
gradualmente la capacidad de obtener energa a partir de com
puestos de su entorno y de utilizar esa energa para sintetizar
una cantidad creciente de sus propias molculas precursoras
para ser gradualmente menos dependientes de fuentes exter
nas. Un acontecimiento evolutivo muy significativo fue el desa
rrollo de pigmentos capaces de capturar la energa de la luz
visible del sol y usar su energa en la reduccin o fijacin del
CO2 para producir compuestos orgnicos ms complejos. Es
probable que el donador de electrones original para estos pro
cesos fotosintticos fuera el H2S, que genera azufre elemental
o sulfato (SOt") como productos secundarios; posteriormente,
otras clulas desarrollaron la capacidad enzimtica de utilizar
H2O como donador de electrones en las reacciones fotosintti
cas, lo que implicaba la eliminacin de O2como producto de de
secho. Las cianobacterias son los descendientes modernos de
estos primitivos productores fotosintticos de oxgeno.
Dado que la atmsfera de la Tierra prcticamente no contena
oxgeno en los primeros estadios de la evolucin biolgica, las clu
las primitivas eran anaerbicas. En estas condiciones, los quimi
trofos podan oxidar compuestos orgnicos a CO2 sin transferir
electrones al O2sino a aceptores tales como el SOf", dando H2S co
mo producto. Con la aparicin de las bacterias fotosintticas pro
ductoras de O2, la atmsfera fue enriquecindose progresivamente
en oxgeno, un poderoso oxidante y un veneno mortal para los or
ganismos anaerbicos. Respondiendo a la presin evolutiva de lo
que Lynn Margulis y Dorion Sagan han llamado el holocausto del
oxgeno, algunos linajes de microorganismos dieron lugar a los
aerobios que obtenan su energa mediante el transporte de elec
trones desde molculas de combustible hacia el oxgeno. Gracias a
que las transferencias de electrones desde molculas orgnicas al
O2 desprenden mucha energa, los organismos aerbicos disiataron de ventajas energticas sobre los anaerbicos cuando ambos
competan en un ambiente que contena oxgeno. Esta ventaja dio
como resultado el predominio de los organismos aerbicos en am
bientes ricos en O2.
Las bacterias y arqueas actuales habitan en la prctica to
talidad de nichos ecolgicos de la biosfera habiendo organismos
capaces de usar casi todos los tipos de compuestos orgrcos
como fuente de carbono y energa. Los microbios fotosintticos
de aguas dulces y saladas captan la energa solar y la utilizan en
la formacin de glcidos y dems compuestos celulares, los

1.5 Fundamentos evolutivos

cuales por su parte son utilizados como alimento por otras for
mas de vida. El proceso evolutivo contina, y en el caso de las
bacterias de reproduccin rpida en una escala de tiempo que
nos permite observarlo en el laboratorio. La produccin de protoclulas en el laboratorio implica la determinacin del nme
ro mnimo de genes necesario para la vida a partir de la
observacin de los genomas de bacterias sencillas. El genoma
ms pequeo conocido de una bacteria viva es el de Mycobacte
rium genitaium, que comprende 580.000 pares de bases que
codifican 483 genes.

La$clulas eucariticas evolucionaron a partir de


precursores ms sencillos a travs de diversas fases
A partir de hace aproximadamente L500 millones de aos, el
registro fsil empieza a mostrar pruebas de la existencia de or
ganismos mayores y ms complejos, probablemente las prime
ras clulas eucariticas (Fig. 1-35). No es posible deducir
detalles acerca de los pasos evolutivos entre procariotas y
eucariotas nicamente a partir del registro fsil, pero de la
comparacin morfolgica y bioqumica de los organismos mo
dernos se deduce la probable existencia de una secuencia de
acontecimientos consistente con los datos aportados por los
fsiles.
A lo largo del proceso deben haberse producido tres cam
bios principales. En primer lugar, al ir adquiriendo las clulas ma0 r

500

1.000

Diversifcacin de los eucariotas pluri


celulares (plantas, hongos, animales)

Aparicin de las algas rojas y verdes


Aparicin de los endosimbiontes
(mitocondrias, plastes)

1.500 - Aparicin de los protistas, los primeros


eucariotas

2.000

I 2.500

33

yor cantidad de DNA, se perfeccionaron ios mecanismos necesa


rios para su plegamiento en complejos discretos con protenas es
pecficas y para su divisin equitativa entre clulas hijas durante
la divisin celular. Fueron necesarias protenas especializadas pa
ra la estabilizacin del DNA plegado y para la segregacin de los
complejos protena-DNA resultantes (cromosomas) durante la
divisin celular. En segundo lugar, al aumentar el tamao de las
clulas, se desarroll un sistema de membranas ntracelulares
que incluye una membrana doble que rodea el DNA. Esta mem
brana segreg el proceso nuclear de sntesis de RNA a partir de
un molde de DNA del proceso citoplasmtico de la sntesis de
protenas en los ribosomas. Finalmente, las clulas eucariticas
primitivas, incapaces de llevar a cabo la fotosntesis o de usar me
tabolismo aerbico, conjugaron sus ventajas con las de las bac
terias aerbicas o fotosintticas para formar asociaciones endosimbiticas que se convirtieron en permanentes (Fig. 1-36).
Algunas bacterias aerbicas evolucionaron para dar lugar a las
mitocondrias de los eucariotas modernos y algimas cianobacte
rias fotosintticas se convirtieron en plastos, tales como los cloro
plastos de las algas verdes, probables ancestros de las modernas
clulas vegetales.
En alguna fase posterior de la evolucin, los organismos
unicelulares descubrieron las ventajas de la asociacin, que les
permiti adquirir mayor movilidad, eficiencia y xito reproduc
tivo que sus competidores unicelulares. El proceso de evolucin
posterior de estos organismos organizados en grupos dio lugar a
asociaciones permanentes entre clulas individuales y, final
mente, a la especializacin en el seno de la colonia, es decir, a la
diferenciacin celular.
Las ventajas de la especializacin celular impulsaron la
evolucin de organismos cada vez ms complejos y altamente
diferenciados, en los que ciertas clulas llevaban a cabo las fun
ciones sensoriales, otras las funciones digestivas, fotosintticas
o reproductivas y as sucesivamente. Muchos de los organismos
multicelulares modernos contienen centenares de tipos celula
res distintos, estando cada uno de ellos especializado en alguna
funcin necesaria para el organismo en su conjimto. Los meca
nismos fundamentales que aparecieron inicialmente han segui
do un proceso de refinamiento y mejora a lo largo de la
evolucin. En el movimiento de los cilios de Paramecium y de
los flagelos de Chlmnydorrbonas subyacen las mismas estructu
ras y mecanismos empleados en, por ejemplo, las altamente di
ferenciadas clulas espermticas de los vertebrados.

_ Aparicin de las bacterias aerbicas


Desarrollo de una atmsfera rica en O2

La anatoma molecular revela relaciones evolutivas


3.000

3.500

Aparicin de las cianobacterias fotosintticas


productoras de O2
Aparicin de las bacterias fotosintticas
del azufre
Aparicin de los metangenos

4.000 ^ Frmadn de ocanos y continentes

4.500 - Formacin de la Tierra

FICURA1-35 Hitos principales en la evolucin de la vida en la Tierra.

Los bioqumicos disponen actualmente de un creciente y enor


memente rico repertorio de datos sobre la anatoma molecular
de las clulas con el que analizar las relaciones evolutivas y refinar la teora de la evolucin. Se ha determinado la secuencia
del genoma, la informacin gentica completa de un organis
mo, de centenares de bacterias, ms de 40 arqueas y un nme
ro creciente de microorganismos eucariticos tales como
Saccharomyces cerevisiae y especies de Plasmodium; de
plantas como Arabidopsis thaliana y arroz, y tambin de ani
males multicelulares como por ejemplo Caenorhabdis ele
gans (un gusano), Drosophila melanogaster (la mosca del
vinagre), el ratn, la rata y Homo sapiens (Tabla 1-2). La dis
ponibilidad de estas secuencias y la posibilidad de llevar a

34

Fundamentos de bioqumica

El metabolismo
anaerbico es
La bacteria queda
ineficiente porque los atrapada en un
combustibles no se
eucariota ancestral y se
oxidan completamente multiplica en suinterior

El sistema simbitico ahora


puede llevar a cabo tm
catabolismo aerbico.
Al^^os genes bacterianos
migran hacia el ncleo y lo6
endosimbiontes bacterianos
se convierten en
mitocondrias

Eucariota anaerbico
ancestral
Cloroplasto

Genoma ^
danobactcriano

Bacteria aerbica

Cianobacteria
fotosinttica

El metabolismo
aerbico es eficiente
porque el combustible
es oxidado hasta CO2

La energa de la luz se utiliza


para sintetizar biomolculas
a partir de CO2

La cianobacteria
atrapada se convierte en
un end08imbi<mte y se
multiplica; la nueva clula
produce ATP utilizando la
energa de la luz solar

Eucariota
fotonttico
Ck>nel tiempo, algunos
genes cianobacterianos
migran hacia el ncleo
y los endosimbiontes se
convierten en plastos
(cloroplastos)

FIGURA 1-36

Evolucin de los eucariotas mediante endosimbiosis. La c


lula eucaritica original, un organismo anaerobio, asimil bacterias prpura
endosimbiticas (de color amarillo) que posean la capacidad de llevar a ca
bo catabolismo aerbico y se convirtieron, con el paso del tiempo, en mito-

condrias. Cuando las cianobacterias fotosintticas (verde) se convirtieron


tambin en endosimbiticas de algunos eucariotas aerbicos, estas clulas se
convirtieron en los precursores fotosintticos de las algas verdes y plantas
modernas.

cabo comparaciones detalladas y cuantitativas entre especies


permitir profundizar en el proceso evolutivo. Hasta ahora, la
filogenia molecular derivada de las secuencias gnicas es con
sistente con la filogenia clsica basada en estructuras macros
cpicas, y en muchos casos es ms precisa. La unidad de la
vida a nivel molecular es evidente a pesar de la continua di
vergencia de los organismos a rvel anatmico; las estructuras
y los mecanismos moleculares son marcadamente similares
entre los orgaismos ms simples y los ms complejos. Es a ni
vel de las secuencias dnde estas similitudes se aprecian me
jor, ya sea en las del DNA que codifica las protenas o en las de
las protenas mismas.
Cuando dos genes comparten secuencias muy similares f
cilmente detectables (en la secuencia de nucletidos de su DNA
o en la secuencia de aminocidos de las protenas codificadas),
se dice que sus secuencias son homlogas y que las protenas
que codifican son liomlogos. Si una misma especie contiene
dos genes homlogos, estos dos genes y sus productos protei
cos se denominan parlogos. Se piensa que los genes parlo
gos han aparecido por duplicacin gnica seguida de cambios
graduales en las secuencias de cada una de las dos copias. Generalmente, las protenas parlogas son similares no icamente en secuencia sino tambin en estructiu^ tridimensional,
aunque es habitual que hayan adquirido funciones cferentes a
lo largo de su evolucin.
Dos genes (o protenas) homlogos de especies diferentes
se denominan ortlogos. Es frecuente observar que los ortlo
gos tienen la misma funcin en ambos organismos, por lo que

cuando se encuentra que una secuencia grca recin secuenciada es altamente ortloga con un gen de otra especie se supo
ne que el gen codica una protena con la misma fimcin en las
dos especies. De este modo resulta posible deducir la funcin
de los productos gnicos a partir de la secuencia genmica, sin
necesidad de caracterizacin bioqumica alguna del producto
gnico. Un genoma anotado contiene, adems de la secuencia
del DNA, una descripcin de la funcin probable de cada pro
ducto gnico deducida a partir de las comparaciones con otras
secuencias genmicas con funciones proteicas establecidas. En
ocasiones, la identificacin de las rutas (conjuntos de enzimas)
codificadas en un genoma, penrte deducir directamente las ca
pacidades metablicas de un organismo.
Las diferencias secuenciales entre genes homlogos pue
den utilizarse como una primera aproximacin para medir el
grado de divergencia evolutiva que presentan dos especies,
es decir, el tiempo transcurrido desde que su precursor evolu
tivo comn dio lugar a dos lneas con diferente camino evolu
tivo. A mayor nmero de diferencias secuenciales, mayor ser
el tiempo transcurrido desde la divergencia. Es posible cons
truir una filogenia (o rbol evolutivo) en el cual la distancia
evolutiva entre dos especies cualesquiera se represente por
su proximidad en el rbol correspondiente (se muestra un
ejemplo en la Fig. 1-4).
A lo largo de la evolucin van apareciendo nuevas estructu
ras, procesos o mecanismos reguladores que reflejan los cam
bios en los genomas de los organismos en evolucin. Ei genoma
de un eucariota simple tal como la levadura debera poseer

1.5 Funddmentos evolutivos

35

TABLA 1-2
Organismo

Mycoplasmagenitalium
Treponemapallidum
Borrelia burgdorferi
Helicobacterpylori
Methanococcusjannaschii
Haemophus ivfiuenzae
ArchaeoglobiisfulgidiLS
Synechocystis sp.
Baclus subtis
Escherichia coli
Saccharomyces cerevisiae
Plasmodiumfolciparum
Caenorhabdis elegans
Anophelesgambiae
Arabidopsis thaliana
Oryzasativa
Drosophila meUxnogaster
Mus muscuus domesticas
Pan troglodytes
Homo sapiens

Tamao del genoma


(pares de nucletidos)

Numero de
Inters biolgico

5,8 X 10

4,8 X

El organismo ms pequeo

1,1 X 10
9,1 X 10

1,0 X 10
8,5 X 10^

Produce la enfermedad de Lyme

1,7 X 10*

1,6 X 10

Produce lceras gstricas

1,7 X 10

1,7 X 10

Arquea; crece a 85 C!

^oduce la sfilis

1,8 X 10

1,6 X 10

Produce la gripe bacteriana

2,2 X 10*

2,4 X 10

Metangeno a alta temperatura

3,6 X 10

3,2 X 10

Cianobacteria

4,2 X 10

4,1 X 10

Bacteria comn del suelo

4,6 X 10

4,4 X 10

Algunas cepas son patgenas

1,2 X 10^

5,9 X 10

Eucariota uicelular

2,3 X 10'^

5,3 X 10

Produce la malaria humana

1,0 X 10

2.3 X 10

Gusano multicelular

2,3 X 10
1,2 X 10

1,3 X IO"*
3,2 X 10

Vector de la malaria

3,9 X 10

3,8 X 10

Arroz

1,2 X 10

2,0 X 10

Mosca de laboratorio

2,6 X 10*

2,7 X 10

Ratn de laboratorio

Planta modelo

3,1 X 10

4,9 X 10

Chimpanc

3,1 X 10

2,9 X 10

Ser humano

Fuente: Pgina en RefSeq de cada organismo en www.ncbi.nim.nih.gov/genomes.

genes relacionados con la fonnacin de la membraita nuclear,


no presentes en los procariotas. El de un insecto contendr ge
nes que codifiquen protenas involucradas en la especificacin
de los segmentos corporales caractersticos de los insectos,
unos genes que no se esperan en el genoma de la levadura. El
genoma de todos los vertebrados debe contener genes que es
pecifiquen el desarrollo de una columna vertebral, y los mamfe
ros deben poseer en exclusiva aquellos genes necesarios para el
desarrollo de la placenta, una caracterstica de los mamferos y
as sucesivamente. La comparacin de genomas completos de
diferentes especies de cada phylum est permitiendo la identi
ficacin de genes crticos para los cambios evolutivos en el plan
corporal y el desarrollo.

La genmica funcional permite deducir ia correspondencia


entre genes y procesos celulares especficos
Cuando la tarea de la secuenciacin del genoma y de la asigna
cin de funciones a cada uno de los genes ha concluido, los in
vestigadores en gentica molecular pueden agrupar genes de
acuerdo con los procesos en los que intervienen (sntesis del
DNA, sntesis proteica, generacin de ATP, etc.) y deducir qu
fraccin del genoma est dedicada a cada una de las activida
des celulares. El conjunto ms numeroso de genes de E. coli,
A. thalianayH. sapiens es el de los genes de funcin (de mo
mento) desconocida y representa ms del 40% en cada una de
esas especies. Los transportadores de iones y pequeas mol

culas a travs de las membranas plasmticas suponen una


importante proporcin de genes en las tres especies, mayor
en la bacteria y la planta que en el mamfero (el 10% de los
-4.400 genes de E. coli, - 8% de los -32.000 genes deA. thor
liana y -4% de los -29.000 genes de H. sapiens). Los genes
que codifican las protenas y el RNA necesarios para la sntesis
proteica representan entre el 3% y el 4% del genoma de E. co
li, pero en las clulas ms complejas de A. thaliana son nece
sarios ms genes para dirigir las protenas a su localizacin
celular final que para la propia sntesis proteica (aproximada
mente el 6% y el 2% del genoma, respectivamente). En gene
ral, cuanto ms complejo es el organismo, mayor es la
proporcin de su genoma que codifica genes implicados en la
regulacin de procesos celulares y menor la proporcin de
los dedicados a los procesos bsicos, tales como la generacin
de ATP y la sntesis de protenas.

La comparacin de genomas tiene una importancia cada


vez mayor en la biologa y medidna humanas
Los genomas del chimpanc y del ser humano son idnticos en un 99,9% y, a pesar de ello, las diferencias entre
las dos especies son muchas. Las relativamente pocas diferen
cias en dotacin gentica deben explicar la posesin del lengua
je por parte de los humanos, las extraordinarias cualidades
atlticas de los chimpancs y muchsimas diferencias ms. La
comparacin de los genomas permitir a los investigadores la

36

Fundamentos de bioqumica

icientificacin de genes que pudieran estar relacionados con las


divergencias en los programas de desarrollo de los seres huma
nos y de otros primates y con la aparicin de funciones comple
jas tales como el lenguaje. La imagen resultante ser tanto ms
clara cuanto mayor sea el nmero de genomas de primates secuenciados y disponibles para su comparacin con el genoma
humano.
De manera parecida, las diferencias en la dotacin gentica
entre humanos son nfimas en comparacin con las diferen
cias entre humanos y chimpancs pero, a pesar de eUo, estas
diferencias dan cuenta de la variedad entre individuos, como
por ejemplo, en la salud y en la susceptibilidad a las enfermeda
des crnicas. Todava debemos aprender mucho acerca de la va
riabilidad secuencial entre humanos y la informacin genmica
disponible transformar los conceptos en el diagnstico y trata
miento mdicos. Podemos esperar que los tratamientos paliati
vos den paso a remedios curativos en los casos de algunas
enfermedades genticas y que se propongan medidas preventi
vas cada vez ms efectivas relacionadas con la susceptibilidad a
enfermedades asociada con ciertos marcadores genticos con
cretos. La historia clnica de hoy podra ser pronto reemplaza
da por un pronstico clnico.

Palabrasclave
Todos los trminos estndefinidos en el glosario.
metabolito 3
ncleo 3
genoma 3
eucariota 3
procariota 3
Bacteria 4
Archaea 4
citoesqueleto 8
estereoismeros 15
configuracin 15
centro quiral 16
conformacin 18
entropa, S 22
entalpia, H 22

variacin de energa Ubre,

AG 22
reaccin endergnica 2 2
reaccin exergnica 2 2
equilibrio 23
variacin de energa libre
estndar,
24
enei^a de activacin,

AG*2 b
catabolismo 25
anabolismo 25
metabolismo 25
biologa de sistemas
mutacin 29

26

Bibliografa
General

RESUMEN 1.5 Fundamentos evolutivos

Ciertas mutaciones en la herencia gentica dan lugar a


organismos mejor adaptados a la supervivencia en un ni
cho ecolgico determinado y a la seleccin preferente de
su progenie. Este proceso de mutacin y de seleccin
constituye la base de la evolucin darwiniana que ha dado
como resultado los organismos existentes en la actualidad
a partir de la primera clula y explica la similitud funda
mental entre todos los organismos vivos.
La vida apareci hace aproximadamente 3.500 millones de
aos, probablemente gracias a la formacin de comparti
mientos rodeados de membrana que contenan molculas
de RNA capaces de autorreplicarse. Los componentes de
la primera clula surgieron probablemente como producto
de la accin de chimeneas trmicas en los fondos marinos
o por accin de las descargas elctricas y las elevadas tem
peraturas sobre molculas atmosfricas sencillas tales
como CO2y NH3.

Las protenas y el DNA, respectivamente, fueron reempla


zando a lo largo del tiempo las funciones cataltica y gen
tica del genoma de RNA primigenio.

Las clulas eucariticas adquirieron la capacidad de lle


var a cabo la fotosntesis y la fosforilacin oxidativa de
bacterias endosimbiticas. En los organismos multicelu
lares, lneas celulares diferenciadas se especializan en
una o ms fimciones esenciales para la supervivencia
del organismo.

El conocimiento de las secuencias nucleotdicas gen


micas completas de organismos de diferentes ramas
del rbol filogentico proporciona datos sobre la evo
lucin y ofrece enormes oportunidades a la medicina
humana.

Fredman, H.C. (2004) From **BulyriJbacteHum to


co/t: an
essay on unity in biochemistry. Perspect. Biol Med. 47,47-66.
Fruten, J.S. (1999) Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay
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Un distinguido historiador de la bioqumica describe el desarrollo
de esta ciencia y discute acerca de su impacto en la medicina, la far
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La importancia de aplicar tcrcas qumicas a problemas biolgi
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Una exploracin de las implicaciones filosficas del conocimiento
biolgico.
Morowitz, HJ. (2002) The Emergence ofEverything (How the
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Una discusin corta y bellamente escrita sobre la aparicin de
organismos complejos a partir de principios simples.
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Una breve discusin sobre la definicin mnima de vida.
Fundamentos celulares
Becker, W.M., Kleinsmith, L.J., & Hardin, J. (2005) The World qf
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Un excelente libro de texto introductorio a la biologa celular.
Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, CA., Krieger, M.,
Scott, M.R., Ziporsky, S.L., & Damell, J. (2004) Molecular Ce
Biology, 5th edn, W. H. Freeman and Company, New York.
Un texto soberbio, til para ste y posteriores captulos.

Problemas

Purves, W.K., Sadava, D., HeUer, H.C., & Orans, G.H. (2003) Li-

fe: The Science ofBiology, 7th edn, W. H. Freeman and Company,


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Fundamentos qumicos
Barta, N.S. & Stille, J.R. (1994) Grasping tie concepts of stereochemistiy. J. Chem Educ. 71,20-23.
Una clara descripcin del sistema RS de nomenclatura de los este
reoismeros, con consejos prcticos para determinar y recordar la qui
ralidad de los ismeros.
Vollhardt, K.P.C. & Shore, N.E. (2007) Quirmca orgnica: Estruc
tura yfundn^ 5* ed.. Ediciones Omega, S.A., Barcelona.
Discusiones actualizadas sobre estereoqumica, grupos funciona
les, reactividad y la qumica de las principales clases de biomolculas.
Fundamentos fsicos
Atltns, P.W. & Jones, L. (2005) Chemical Principies: The Quest
forinsight, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York.
Atkins, P.W. & de Paula, J. (2006) Physical Chemistryfor the Life
Sderices, W. H. Freeman and Company, New York.
Blum, H.F. (1968) T^me'sArrau) and Evotulion, 3rd edn, Princeton
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Excelente discusin sobre la influencia de la segunda ley de la ter
modinmica en la evolucin biolgica.
Fundamentos genticos
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HartweU, L., Hood, L., Goldberg, M.L., Silver, L.M., Veres, R.C.,
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Books, Inc., New York. IVaduccin del original (1970) La logique du
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Fascinante descripcin histrica y filosfica del camino gracias al
cual hemos llegado al actual grado de comprensin de la vida a rvel
molecular.
Klug, W.S. & Cummings, M.R. (2002) Concepts of Genetics, 7th
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Una completa discusin sobre los argumentos que permiten situar
los Arquea en el rbol filogentico que conduce a los organismos multi
celulares.
Carrol!, S.B. (2005) Endless Forms Most BeautifuL The New

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QuanL BioL 52.

37

Una coleccin de casi 100 artculos sobre todos los aspectos de la


evolucin prebitica y de la evolucin biolgica primaria; probable
mente la m^or referencia sobre evolucin molecular.
Gesteland, R.F., Atkins, JJ*., & Cech, T.R. (eds). (2006) The
RNA Wortd, CoWSpring Harbor Laboratory Press, Cdd Spring
Harbor, NY.
Una coleccin de interesantes revisiones sobre un amplio nmero
de temas relacionados con el mundo de RNA.
Lazcano, A. & Miller, S.L. (1996) The origin and eariy evolution
of life: prebiotic chemistry, the pre-RNA worid, and time. CeU 85,
793-798.
Breve revisin de los progresos recientes en los estudios sobre el
origen de la vida: atmsferas primitivas, surgendas submarinas, origen
autotrfico frente a origen heterotrfico, los mundos de RNA y preRNA y el tiempo requerido para que se originase la vida.
Margulis, L. (1996) Archaeal-eubacterial mergers in the origin of
Eukarya: phylogenetic classification of life. Proc. NaJtL Acad Sci.
USA 93,1071-1076.
Describe los argumentos que justifican la divisin de los seres
vivos en cinco reinos: Monera, Protoctista, Fungi, Animalia, Plantae.
(Comprese con el artculo de Woese et al., atado ms adelante.)
Margulis, L., Gould, S.J., Schwartz, K.V., & Margulis, A.R.
(1998) Five Kingdoms: An lUustrcUed Gmde to the Phyla qfLife
on Earth, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York.
Descripcin de los principales grupos de organismos, bellamente
ilustrada con micrografas electrnicas y dibujos.
Mayr, E. (1997) This Is Biology: The Science of the Living World,
Belknap Press, Cambridge, MA.
Una historia del desarrollo de la denda, con nfasis especial en la
evolucin darwiniana y a cargo de un eminente darwirsta.
Miller, SX. (1987) Which organic compounds could have occurred on
the prebiotk: earth? Coid Spring Harb. Symp. QumiL Biol 52,17-27.
Resumen de los experimentos de laboratorio sobre evoludn qu
mica, a cargo de la persona que Uev a cabo el experimento original de
MiUer-Urey
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Una revisin corta y precisa.
Woese, C.R. (2004) A new biology for a new century. MicrobioL MoL
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Desarrollo del pensamiento moderno acerca de la evolucin celu
lar por uno de los pensadores centrales en el campo.
Woese, C.R., Kandler, O., & Wheelis, MX. (1990) Towards a
natural system of organisms: proposal for the domains Archaea,
Bacteria, and Eucarya. Proc. Nati Acad. Sci USA 87,4576-4579.
Describe los argumentos que justifican la divisin de los seres
vivos en tres reinos. (Comprese con el artculo de Margulis (1996)
citado antes.)

Problemas-------------------------------------------A continuacin se proponen algunos problemas relacionados


con el contenido del captulo. (Al resolver los problemas del fi
nal de los captulos puede ser conveniente referirse a las tablas
que se encuentran en la contracubierta posterior.) Cada proble
ma redbe un ttulo para facilitar su referencia y discusin. Re
cuerde que en los problemas numricos las respuestas deben
expresarse con el nmero adecuado de cifras significativas. En
el Apndice B se encuentran las soludones abreviadas; las solu
ciones completas se publican en la AbsoiUe UUimate Study

Guide to Accompany Principies of Biochemistry.


1.

El tamao de las clulas y sus componentes


(a)
Si se pudiera hacer crecer una clula 10.000 veces (que
es el tpico aumento que se consigue con un ncroscopio), qu
tamao tendra? Se supone que se observa una tpica clula
eucaritica con un dimetro celular de 50 fim.

Fundamentos de bioqumica

(b) Si esta clula fuera una clula muscular (miocito),


cuntas molculas de actina podra albergar? (Suponga que la
clula muscular es esfrica y que no hay otros componentes
presentes; las molculas de actina son esfricas con un dime
tro de 3,6 nm. El volumen de una esfera es de 4/37tt^.)
(c) Si la clula fuera una clula heptica (hepatocito) de las
mismas dimensiones, cuntas mitocondrias podra contener?
(Suponga que la clula es esfrica, que no hay otros componen
tes presentes y que la mitocondria es esfrica con un dimetro
de 1,6 ftm.)
(d) La glucosa es el principal nutriente energtico para la
mayora de clulas. Suponiendo que est presente en concen
traciones de 1 mM, calcule cuntas molculas de glucosa esta
ran presentes en la hipottica (y esfrica) clula eucaritica.
(El nmero de Avogadro, el nmero de molculas en un mol de
una sustancia no ionizada, es de 6,02 X 10^ .)
(e) La hexoquinasa es un enzima importante en el metabo
lismo de la glucosa. Si la concentracin de hexoquinasa en nues
tra clula eucariota es de 20 /lim, cuntas molculas de glucosa
estarn disponibles para ser metabolizadas por cada molcula
de hexoquinasa?
2. Componentes de E. coli Las clulas de E. coli tienen for
ma de varilla, con aproximadamente 2 xm de longitud y 0,8 fim
de dimetro. El volumen de un cilindro es de t t t d o n d e h es
la altura del cilindro.
(a) Si la densidad media de E. coli (principalmente formada
por agua) es de 1,1 X itf^ g/L, cul es el peso de una sola clula?
(b) La pared celular protectora de E. coli tiene un grosor
de 10 nm. Cul es el porcentaje del volumen total de la bacte
ria ocupado por la pared?
(c) E. coli es capaz de crecer y multiplicarse rpidamente
gracias a la presencia de unos 15.000 ribosomas esfricos (dime
tro 18 nm), que llevan a cabo la sntesis de protenas. Cul es el
porcentaje del volumen celular total ocupado por los ribosomas?
3. Informacin gentica en el DNA de E. coli La informa
cin gentica contenida en el DNA consiste en una secuencia li
neal de palabras sucesivas codificadas, denominadas codones.
Cada codn es una secuencia especfica de tres desoxirribonu
cletidos (tres pares de desoxirribonucletidos en el DNA de do
ble cadena), y cada codn codifica un nico aminocido en una
protena. La masa molecular de una molcula de DNA de
E. coli es de aproximadamente 3,1 X
g/mol. La masa mole
cular media de un par de nucletidos es de 660 g/mol, y cada par
de nucletidos contribuye con 0,34 nm a la longitud del DNA.
(a) Calcule la longitud de una molcula de DNA de E. coli.
Compare la longitud de la molcula de DNA con las dimensiones
reales de la clula (vase problema 2). Cmo puede caber la
molcula de DNA en el interior de la clula?
(b) Considere que la protena promedio de E. coli tiene una
cadena de 400 aminocidos. Cul es el nmero mximo de pro
tenas que pueden ser codificadas por una molcula de DNA de

E. coli?
4. El elevado rgimen del metabolismo bacteriano Las c
lulas bacterianas tienen un metabolismo mucho ms rpido que
las clulas animales. En condiciones ideales, algunas bacterias
multiplican su tamao por dos y se dividen en 20 min, mientras
que la mayor de clulas animales requieren 24 h en condiciones
de crecimiento rpido. El elevado rgimen dl metabolismo bac
teriano exige que la relacin entre la superficie celular y su volu
men sea grande.
(a) Cul es la razn de que la relacin superficie-volumen
tenga efecto sobre la velocidad del metabolismo?
(b) Calcule la relacin superficie-volumen para la bacteria
esftica Neisseria gonorrhoeae (dimetro 0,6 /itm), responsa
ble de la enfermedad denominada gonorrea. Comprela con la

relacin superficie-volumen de una ameba globular, una clula


eucaritica de gran tamao (150 /xm de dimetro). El rea de
una esfera es 47rr^.
5. IVansporte axonal rpido Las neuronas poseen extensio
nes largas y finas denominadas axones, que son estructuras es
pecializadas que conducen seales a travs del sistema nervioso
de un organismo. Algunas extensiones axonales pueden tener
hasta 2 m, como por ejemplo, los axones que se originan en la
mdula espinal y terminan en los msculos de los dedos de los
pies. Pequeas vesculas membranosas que transportan mate
riales esenciales para la funcin axonal se mueven a lo largo de
microtbulos del citoesqueleto, desde el cuerpo de la clula
hasta la punta de los axones. Si la velocidad media de una ves
cula es de 1 /xm/s, cunto tiempo tarda una vescula en mover
se desde el cuerpo celular en la mdula espinal hasta la punta
del axn en los dedos de los pies?
6.

Es tan buena la vitamina C sinttica como ia natu


ral? Los productores de alimentos sanos insisten en que las
vitaminas obtenidas de fuentes naturales son ms saludables
que las obtenidas por mtodos sintticos. Se dice, por ejemplo,
que el cido L-ascrbico puro (vitamina C) obtenido del escaramiuo es mejor que el cido L-ascrbico puro obtenido en una
planta qumica. Son diferentes las dos vitaminas? Puede el or
ganismo distinguir la fuente de una vitamina?
7. Identificacin de grupos funcionales En las figuras 1-15
y 1-16 se muestran algunos de los grupos funcionales ms co
munes de las biomolculas. Es importante saberlos identificar,
puesto que las actividades y las propiedades biolgicas de las
biomolculas estn determinadas en gran parte por sus grupos
funcionales. Identifique, rodee con un crculo y nombre cada
uno de los grupos funcionales que forman parte de las siguien
tes molculas.
O
II -0 H O -P

H
H-<j)-OH

H -C -O H
H3N - C - C - 0H

H H
Etanolamina
(a)

^C=C-COO-

H-C-OH

Glicerol
(b)

H
Fosfoenolpiruvato,
un intermedio del
metabolismo de la glucosa
(c)

r -

HjN-C-H
H-C-OH
CH3
Treonina,
un aminocido
(d)

Pantotenato,
una vitamina
(e)

v
H-(|-H3
HO-C-H
H-C-OH
H-(|:-OH
CH2OH
D-Olucosamina
(f)

8 . Actividad de frmacos y estereoqumica En oca


siones, las diferencias cuantitativas en la actividad biol
gica de dos enantimeros de un compuesto son bastan
grandes. Por ejemplo, el ismero D del frmaco isoprotenerol,
utilizado en el tratamiento del asma suave, es entre 50 y 80 ve
ces ms efectivo como broncodilatador que el ismero l. Identi-

Problemas

fique ei centro quiral del isoprotenerol. Cul puede ser la cau


sa de que dos enantimeros posean actividades biolgicas tan
radicalmente diferentes?

OH

I I

CH3

9. Separacin de biomolculas Al estudiar una biomolcula


particular (una protena, cido nucleico, glcido o lpido) en el
laboratorio, el bioqumico necesita en primer lugar separarla del
resto de biomolculas de la muestra, es decir, purificarla. Ms
adelante se considerarn las tcnicas especficas de purifica
cin. Sin embargo, considerando simplemente las unidades mo
nomricas que constituyen las biomolculas, deberamos tener
algunas ideas sobre qu caractersticas de esas biomolculas
nos permitiran separar unas de otras. Por ejemplo, cmo se
podran separar (a) aminocidos de cidos grasos y (b) nucle
tidos de glucosa?
10. Una vida basada en el sUicio? El silicio pertenece al mis
mo grupo de la tabla peridica que el carbono y, como ste, pue
de formar hasta cuatro enlaces simples. Se han escrito muchas
historias de ciencia ficcin sobre la posibilidad de una vida basa
da en el silicio. Sera esto posible? Qu caractersticas del silicio
k) hacen menos apto que el carbono para actuar como el elemen
to central organizador de la vida? Para responder a esta pregunta
se puede utilizar lo aprendido acerca de la versatilidad de enlace
del carbono, adems de referirse a un libro de qumica inorgnica
para averiguai las propiedades de enlace del silicio.
11. Accin farmacolgica y estructura molecular
Hace algunos aos dos compaas farmacuticas co
mercializaron un frmaco bajo los nombres comerciales de Dexedrina y Benzedrina. La estructura del compuesto es la
siguiente:
H
CH2- C - C H 3
NHj
Las propiedades fsicas (anlisis elemental de C, H y N,
punto de fusin, solubilidad, etc.) de la Dexedrina y de la Ben
zedrina eran idnticas. La dosis oral recomendada de Dexedrina
(que todava se encuentra a la venta) era de 5 mg/da, pero la
dosis recomendada de Benzedrina (retirada del mercado) era el
doble. Aparentemente haca falta mucha ms Benzedrina que
Dexedrina para conseguir la misma respuesta fisiolgica. Expli
que esta contradiccin aparente.
12. Componentes de biomolculas complejas En la fi
gura 1-10 se muestran las estructuras de los principales compo
nentes de biomolculas complejas. Identifique los constituyen
tes de cada una de las tres importantes biomolculas que se
muestran a continuacin (presentadas en sus formas ionizadas
a pH fisiolgico).
(a) Guanosina trifosfato (GTP), un nucletido rico en ener
ga que sirve de precursor del RNA:

0
il

0
li

'O-PO P-O-P-O-CH.
I
I
I
O^ O" o

(b) Metionina-encefalina, el opiceo endgeno del cerebro:

H H

C -C H j-N -C -C H a

39

/=V
HO \

HO

H H O

<|H*HH

^ C H - (:- C - N - (j:- ^ - N - y - C - N - < j;- ^ - N - C - C O O -

NH2HHO

H H O

CHj

CHa
(c) Fosfatidilcolina, un componente habitual de las mem
branas celulares:
CHa

O'

4 N -CH 2-CH 2-0~P-0-CH


2
I
CH3
H C -0 -C -(C H j)7 -

I I

(CH2)7~CH3

o
CH2- 0 -C-(CH2),4--CH3
O
13. Determinacin de la estructura de una biomolcula
Se aisl una sustancia desconocida, X, a partir del msculo de
conejo. La estructura de X se determin a partir de los siguien
tes experimentos y observaciones. Anlisis cuantitativos demos
traron que X se compona exclusivamente de C, H y O. Se oxid
completamente una muestra de X de peso conocido, y se ndieron las cantidades de H2O y CX>2 producidas. A partir de este
anlisis cuantitativo, se lleg a la conclusin de que contema un
40,00% de C, un 6,71% de H y un 53,29% de O en peso. Se de
termin la masa molecular de X con un espectrmetro de ma
sas, y result ser de 90,00 u (unidades de masa atmica; vase
el Recuadro 1-1). Un espectro infrarrojo de X demostr que
contena un enlace doble. X se disolva rpidamente en agua pa
ra dar una disolucin cida. Se ensay una disolucin de X en
un polarmetro, observndose que posea actividad ptica.
(a) Determine la frmula emprica y molecular de X.
(b) Dibiye las posibles estructuras de X que sean congruen
tes con la frmula molecular y contengan un doble enlace. Con
sidrense tan slo estructuras lineales o ramificadas y no
estructuras cclicas. Recuerde que los enlaces del oxgeno con
sigo mismo son poco estables.
(c) Cul es el significado estructural de la actividad ptica
observada? Qu estructuras de (b) son consistentes con esta
observacin?
(d) Cul es el significado estructural de la observacin
acerca del carcter acdico de una disolucin de X? Qu es
tructuras de (b) son consistentes con esta observacin?
(e) Cul es la estructura de X? Existe ms de una estruc
tura consistente con todos los datos aportados?

Problema de anlss de datos


14. Molculas de sabor dulce Muchos compuestos nos sa
ben a dulce. El sabor dulce se percibe cuando una molcula se
une a un receptor dulce, un tipo de receptor gustativo, presen
te en la superficie de ciertas clulas linguales. Cuanto ms ftierte sea la unin, menor ser la concentracin necesaria para
saturar el receptor y ms dulce ser el sabor percibido a partir
de una concentracin determinada de esa sustancia. La varia
cin de la energa libre estndar, AG, de la reaccin de fijacin
de la molcula dulce a su receptor se puede medir en kilojoules
o kilocaloras por mol

40

Fundamentos de bioqumica

El sabor dulce se puede cuantificar en unidades de dulzor


molar relativo (MRS, segn sus siglas en ingls), que compara
el dulzor de una sustancia con i*especto al de la sacarosa. La sa
carina, por ejemplo, tiene una MI^ de 161, lo que signica que
la sacarina es 161 veces ms dulce que la sacarosa. En trminos
prcticos, esto se mide en base a la percepcin del grado de dul
zor que tienen personas voluntarias cuando prueban disolucio
nes de cada compuesto a diversas concentraciones. La sacarosa
y la sacarina saben igualmente dulces cuando la primera est a
una concentracin 161 veces mayor que la segunda.
(a)
Cul es la relacin entre MRS y la AG de la reaccin
de unin? De modo ms concreto, correspondera una AG
ms negativa a un valor mayor o menor de MRS? Raznelo.
Se muestran a continuacin las estructuras de 10 compues
tos que tienen sabor dulce. En cada caso se expresan los valores
de MRS y de AG de unin al receptor dulce respectivo.
H OH

Desoxisacarosa
MRS 0,95
AG" -6,67 kcal/mol

H OH

Sacarosa
MRS 1
A G "* -6,71 kcal/mol

NHj O

CHs
Aspartame
MRS = 172
AG" -9,7 kcal/mol

D-Trptfano

MRS - 21
AG" * -8,5 kcalAnol

AG" - -9,7 kcal/mol

6-Cloro-D-triptfano

MRS = 906
AG -10,7 kcal/mol

Alitame
MRS = 1.937
AG" = -11,1 kcal/mol

Neotame
MRS = 11.057
AG" = -12,1 kcal/mol

BrOH

Br
'Tetrabromosacarosa
MRS = 13.012
AG" -12,2 kcal/mol

cido sucrnico
MRS 200.000
A G "= -13,8 kcal/mol

Morini, Bassoli y Temussi (2005) usaron mtodos computacionales (descritos a menudo como mtodos in silico) para
modelar la unin de molculas dulces al receptor dulce.
(b) Por qu son tiles los modelos de ordenador para pre
decir el dulzor de las molculas en lugar de los ensayos de sabor
en humanos o en animales?
En un trabajo previo, Schallenberger y Aeree (1967)
sugirieron que todas las molculas dulces posean un
grupo estructural AH-B en el que A y B son tomos electro
negativos separados por una distancia superior a 2,5 [0,25
nm] e inferior a 4 (0,4 nm]. H es un tomo de hidrgeno unido
a uno de los tomos electronegativos por un enlace covalente
(p.481).
(c) Puesto que la longitud de un enlace simple tpico es
de aproximadamente 0,15 nm, identifique el o los grupos AH-B
en cada una de las molculas anteriores.
(d) En base a sus conclusiones en el ejercicio (c), enuncie
dos objeciones a la frase las molculas que contienen un grupo
AH-B tienen sabor dulce.
(e) El modelo AH-B se puede usar con dos de las molculas
mostradas para explicar las diferencias de MRS y AG. Cules
son esas dos molculas y cmo las empleara para justificar el
modelo AH-B?
(f) Algunas de las molculas tienen estructuras muy pareci
das pero valores muy diferentes de MRS y AG. D dos ejemplos
y utilcelos para demostrar que el modelo AH-B no es capaz de
explicar las diferencias observadas en dulzor.
En su estudio por ordenador, Morini y colaboradores usa
ron la estructura tridimensional del receptor dulce y un progra
ma de dinmica molecular llamado GRAMM para predecir la
AG de la uin de las molculas al receptor. En primer lugar
entrenaron su modelo, es decir, refinaron los parmetros con
el fin de que los valores de AG predichos por el modelo coinci
dieran con los valores conocidos de AG para un grupo de
molculas (el grupo de entrenamiento*). A continuacin en
sayaron el modelo haciendo que predijera los valores de AG
para un nuevo grupo de molculas (el grupo prueba).
(g) Por qu necesitaron Morini y colaboradores ensayar su
modelo frente a un grupo de molculas diferente del grupo con
el que fue entrenado?
(h) Los investigadores hallaron que los valores predichos
de AG para el grupo de prueba diferan de los valores reales
una media de 1,3 kcal/mol. Usando los valores dados con las es
tructuras anteriores, estime el error resultante en los valores de
MRS.
Referencias
Mormi, G., Bassoli, A., SeTemussi, P.A. (2005) From small sweeteners to sweet proteins: anatomy of the binding sites of the human
T1R2_T1R3 receptor. J. Afed Chern. 48.5520-^529.
Schallenberger, R.S. & Aeree, T.E. (1967) Molecular theory of
sweet taste. Nature 216,480>482.

PARTE I

ESTRUaURAY
CATLISIS

El agua

Aminocidos, pptidos y protenas

Estructura tridimensional
de las protenas
113

Fundn de ias protenas

Enzimas

Glcidos y glucobiologa

Nucletidos y cidos nucleicos

Tecnologas de la informacin
basadas en el DNA
303

43
71

153

183
235

10

Lipidos

11

Membranas biolgicas y transporte

12

Biosealizacin

271

343
371

419

a bioqumica no es otra cosa que la qumica de la vida:

de molcula orgnica estudiaremos en primer lugar la es

s, es posible investigar, analizar y comprender la vi

tructura covalente de sus unidades monomricas (am i

da. Para empezar, todo estudiante de bioqumica ne

nocidos, monosacridos, nucletidos y cidos grasos)

cesita un lenguaje y algunos fundamentos bsicos; son los

para pasar luego a describir las estructuras de las macro

que se ven en la Parte I.

molculas y complejos supramoleculares derivados de

Los captulos de la Parte I se dedican a la estructura y

ellas. Un aspecto constantemente presente es que las ma

funcin de las principales clases de componentes celula

cromolculas polimricas de los sistemas vivos, aunque

res: el agua (Captulo 2 ), los annocidos y las protenas

de gran tamao, son entidades qumicas muy ordenadas

(Captulos 3 a 6), los azcares y los polisacridos (Captu

con secuencias especcas de las subunidades monom

lo 7), los nucletidos y los cidos nucleicos (C ^ tu lo 8),

ricas, lo que da lugar a estructuras y funciones discretas.

los cidos grasos y los Ipidos (Captulo 10) y, finalmente,

Este aspecto fundamental se puede descomponer en tres

las membranas y las protenas sealizadoras de membrana

principios interrelacionados: (1 ) la estructura nica de

(Captulos 11 y 12). Estos temas dedicados a las molculas

cada macromolcula determina su funcin; (2 ) las inte

contienen informacin suplementaria acerca de las tecno

racciones no covalentes juegan un papel crtico en la es

logas usadas para estudiarlas. A lo largo del texto se han

tructura y por tanto en la funcin de las macromolculas,

integrado secciones tcnicas, y uno de los captulos (Cap

y (3 ) las subunidades monomricas en las macromolcu

tulo 9) se dedica enteramente a las tecnologas asociadas

las polimricas estn dispuestas segn secuencias espe

con el clonaje, la genmica y la protemica.


Empezaremos, en el Captulo 2, con el agua, porque

ccas, lo que representa una fonna de informacin de la


que depende el estado vivo ordenado.

sus propiedades afectan la estructura y la funcin de to

La relacin entre estructura y funcin es especialmen

dos los dems constituyentes celulares. Para cada clase

te evidente en las protenas, que muestran una extraordi41

[^42

Estructura y catlisis

nana diversidad de funcioites. Una secuencia polimrica

nes no covalentes las que dictan la conformacin nativa

concreta de aminocidos produce una estructura fibrosa

estable de las molculas grandes a la vez que permiten la

resistente como la que se encuentra en el cabello y en la la

flexibilidad necesaria para su funcin biolgica. Como ve

na; otra secuencia da lugar a una protena que transporta

remos, las interacciones no covalentes son esenciales pa

oxgeno en la sangre; una tercera se une a otras protenas y

ra que los enzimas manifiesten su poder cataltico, para la

cataliza la rotura de los enlaces entre sus aminocidos. De

interaccin especfica de los pares de bases complemen

modo parecido se pueden entender las funciones especia

tarios en los cidos nucleicos, el ordenamiento y propie

les de los polisacridos, cidos nucleicos y Kpidos como la

dades de los Ipidos en las men>ranas. El principio de

consecuencia directa de su estructura qumica, con sus

que las secuencias de unidades monomricas son ricas en

subunidades monomricas caractersticas unidas en pol

informacin aparece de manera dara en la discusin de

meros fundoruiles precisos. Los azcares enlazados entre

los cidos nucleicos (Captulo 8 ). No obstante, las prote

s se transforman en almacenes de energa, en fibras es

nas y algunos polmeros cortos de azcares (oligosacri

tructurales y en puntos de reconocimiento molecular

dos) tambin son molculas ricas en inform adn. La

especfico; los nucletidos encadenados en el DNA o RNA

secuencia de aminocidos es una form a de informacin

contienen las instrucciones para la construccin de un or

que dirige el plegamiento de la protena hacia su estruc

ganismo completo; y los Ipidos agregados forman las

tura tridimensional nica y, en ltimo trmino, determina

membranas. En el Geqjtulo 12 se unifica la discusin sobre

la funcin de la misma. Algunos oligosacridos tambin

las funciones de las biomolculas, describiendo la manera

tienen secuencias y estructuras tridimensionales nicas

en que los sistemas de se\alizacin especficos regulan las

que pueden ser reconocidas por otras macromolculas.

actividades de las biomolculas dentro de una clula, den

Para cada clase de molculas encontramos una jerar

tro de un rgano y entre rganos para mantener un orga

qua estructxoral similar: suburdades de estructura de-

nismo en homeostasis.

termiruida se conectan mediante enlaces de flexibilidad

A medida que pasamos de unidades monomricas a

limitada formando macromolculas de estructura tridi

polmeros cada vez mayores, el nfasis en los aspectos

mensional detenninada por interacciones no covalentes.

qumicos se desplaza desde los enlaces covalentes a las

Estas macromolculas interaccionan a su vez para formar

interacciones no covalentes. Los enlaces covalentes, tan

las estructuras supramoleculares y los orgnulos que per

to a nivel monomrico como macromolecular, imponen

miten a una clula llevar a cabo sus numerosas funciones

restricciones sobre la forma adoptada por las biomolcu

metablicas. En su coryunto las molculas descritas en la

las grandes. Son, sin embargo, las numerosas interaccio

Parte I son el material de la vida.

Creo que con la progresiva aplicacin de los mtodos de la qumica es


tructural a los problemas fisiolgicos, observaremos que la importancia
del enlace de hidrgeno en fisiologa es mayor que la de cualquier otra
caracterstica estructural,
-Linus Pauling, The Nature ofthe Chemical Bond, 1939

El agua
2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

43

12 Ionizacin del agua, cidos dbiles y bases dbiles

54

23 Tamponamiento contra cambios de pH


en los sistemas biolgicos 59
2.4 El agua como reactivo

65

2.5 La adecuacin del ambiente acuoso a los


organismosvivos 65
l agua es la sustancia ms abundante en los sistemas vivos
y constituye el 70% o ms del peso de la mayora de orga
nismos. Los primeros organismos vivos de la Tierra pa re
cieron en un entorno acuoso, y el curso de la evolucin ha sido
moldeado por las propiedades del medio acuoso en que se ini
ci la vida.
Este captulo se inicia con la descripcin de las propiedades
fsicas y qumicas del
a las que se adaptan todas las caracte
rsticas de la estructura y funcin celulares. Las fuerzas de atrac
cin entre las molculas de agua y la dbil tendencia del agua a
ionizarse tienen una importancia crucial para la estructura y fun
dn de las biomolculas. Trataremos el tema de la ionizacin en
trminos de constantes de equilibrio, pH y curvas de titulacin, y
consideraremos la forma en la que las soluciones acuosas de ci
dos o bases dbiles y de sus sales actan como tampones contra
los cambios de pH en los sistemas biolgicos. La molcula de agua
y sus productos de ionizacin,
y OH , influyen de manera pro
funda sobre la estructura, autoensamblaje y propiedades de los
componentes celulares, incluidos protenas, cidos nucleicos y l
pidos. Las interacciones no covalentes responsables de la fuerza y
de la especificidad de reconocimiento entre las biomolculas es
tn influidas de manera decisiva por las propiedades disolventes
del agua, entre las que se induye su capaddad para formar enla
ces de hidrgeno consigo misma y con los solutos.

2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos


Los enlaces de hidrgeno entre molculas de agua propordonan
las fuerzas de cohesin que hacen que el agua sea lquida a tem

peratura ambiente y que favorecen el extremo ordenamiento de


las molculas, tpico del agua cristalina (hielo). Las biomolculas
polares se disuehren fcilmente en el agua porque pueden reem
plazar las interacdones agua-agua por interacdones agua-soluto
energticamente ms favorables. Por el contrario, las biomolcu
las apolares interfieren con las interacdones agua-agua pero no
son capaces de formar interacdones agua-soluto. En consecuen
cia, las molculas apolares son muy poco solubles en agua. En so
luciones acuosas, las molculas apolares tienden a agruparse
entre si Los eraces inicos y de hidrgeno, las interacdones hi
drofbicas (del griego, temor al agua) y de van der Waals, son
individualmente dbiles, pero colectivamente tienen una influen
cia muy sigificativa sobre la estructura tridimensional de las pro
tenas, ddos nucleicos, polisacridos y lpidos de membrana.

Los enlaces de hidrgeno confieren al agua


sus propiedades extraordinarias
El agua tiene un punto de fusin, un punto de ebullicin y un
calor de vaporizadn ms elevados que la mayora de disolven
tes comunes (Tabla 2-1). Estas propiedades extraordinarias del
agua son consecuencia de la atracdn entre molculas de agua
adyacentes, lo que confiere al agua lquida una gran cohesin
interna. La estnictura electrnica de la molcula de H2O permi
te deducir la causa de estas fuerzas de atraccin intermolecular.
Cada tomo de hidrgeno de una molcula de agua com
parte un par electrrco con el tomo de oxgeno central. La
geometra de la molcula de agua est dictada por las formas de
los orbitales electrnicos externos del tomo de oxgeno, que
son similares a los orbitales de enlace del carbono sp^ (vase la
Fig. 1-14). Estos orbitales describen aproximadamente un te
traedro, con un tomo de hidrgeno en dos vrtices y elec
trones sin compartir en los otros dos (F ig. 2 - la ). El ngulo
del enlace HO es de 104,5, ligeramente menos que los
109,5 de un tetraedro perfecto a causa de la compresin cau
sada por los orbitales no enlazantes del tomo de oxgeno.
El ncleo del oxgeno atrae electrones ms fuertemente
que el ndeo del hidrgeno (un protn); es decir, el oxgeno es
ms electronegativo. Esto significa que los electrones comparti
dos se sitan con mayor frecuencia cerca del tomo del oxgeno
43

44

El agua

Punto de ebuUicin CC)

Calor de vaporizacin (.3/g)*

100

2.260

-98

65

1.100

Punto de fosin (*C)


Agua
Metanol (CH3OH)
Etanol (CH3CH2OH)

-117

78

854

Propanol (CH3CH2CH2OH)

-127

97

687

Butanol (CH3(CH2) 2CH20H)

-90

117

590

Acetona (CH3COCH3)

-95

56

523

Hexano (CH3(CH2) 4CH3)

-98

69

423

80

394

-135

-0,5

381

-63

61

247

Benceno (CeHe)
Butano (CH3(CH2) 2CH3)
Cloroformo (CHCI3)

*La energa calrica necesaria para convertir 1,0 gde un liquido en su punto de ebullicin, a presin atmosfrica, en su estado gaseoso a la misma temperatura. Es una medida directa de la energa
requerida para superar las fuerzas de atraccin entre las molculas en la f^e lquida.

que del de hidrgeno. El resultado de esta forma desigual de


compartir los electrones es la formacin de dos dipolos elctri
cos en la molcula de agua, a lo largo de cada uno de los enlaces
HO; cada hidrgeno es portador de una carga positiva parcial
(6^) y el tomo de oxgeno es portador de una carga negativa
parcial igual a la suma de las dos cargas positivas parciales
(25 ). Como resultado de ello, existe una atraccin electrostti
ca entre el tomo de oxgeno de una molcula de agua y el
hidrgeno de otra (Fig. 2-1 b), que se denomina enlace de hi
drgeno. A lo largo de este libro, representaremos los enlaces
de hidrgeno mediante tres lneas paralelas de color azul, como
en la Figura 2-lb.
Los enlaces de hidrgeno son relativamente dbiles. Los que
se encuentran en agua lquida tienen una energa de disocia-

104,5"

Enlace
de hidrgeno
0,177 nm

5+

Enlace
covalente
0,0965 nm

(b)
FIGURA2-1 Btructura de la molcula de agua, (a) La naturaleza dipolar de la
molcula de H2O se muestra en modelos de bolas y varillas. Las lneas a trazos
representan los orbitales no enlazantes. Existe un ordenamiento casi tetradrico
de los pares de electrones de la capa externa alrededor del tomo de oxgenosios dos tomos de hidrgeno tienen cargas parciales positivas localizadas (8 *) y
el tomo de oxgeno tiene una carga parcial negativa (8 ). (b) Dos molculas de
H2O unidas por un enlace de hidrgeno (simbolizado aqu y a lo largo de este
libro mediante tres lneas azules) entre el tomo de oxgeno de la nrK>lcula su
perior y un tomo de hidrgeno de ia inferior. Los enlaces de hidrgeno son
ms largos y ms dbiles que los enlaces O H covalentes.

cin de enlace Qa energa requerida para romper un enlace) de


aproximadamente 23 kJAnol, en comparacin con los 470 kJ/mol
del enlace covalente O en el agua o de los 348 kJ/mol del enla
ce covalente CC. El enlace de hidrgeno es alrededor de un
10% covalente debido a los solapamientos en los orbitales enla
zantes y alrededor de 90% electrosttico. A temperatura ambien
te, la energa trmica de una solucin acuosa (la energa cintica
del movimiento de los tomos y molculas individuales) es del
mismo orden de magnitud que la necesaria para romper los enla
ces de hidrgeno. Cuando se calienta el agua, el incremento de
temperatura es un reflejo del movimiento ms rpido de las mol
culas individuales del agua. En cualquier momento, la mayora de
molculas en el agua lquida estn unidas por enlaces de hidrge
no, pero el tiempo de vida de cada uno de ellos es tan slo de en
tre 1 a 20 picosegundos (1 ps = 10~^^s); al romperse un enlace de
hidrgeno se forma otro, con la misma molcula o con otra, en el
lapso de 0,1 ps. Se usa el trmino agrupaciones fluctuantes
(flickerng clusters) para referirse a las agrupaciones de corta
duracin de molculas de agua unidas por enlaces de hidrgeno
en el agua lquida. La suma de todos los enlaces de hidrgeno en
tre molculas de H2O conere gran cohesin intema al agua lqui
da. Las redes extensas de molculas de agua unidas por enlaces
de hidrgeno forman tambin puentes de conexin entre solutos
(protenas y cidos nucleicos, por ejemplo) que pemten que las
molculas de mayor tamao interaccionen entre ellas a travs de
distancias de varios nanmetros sin necesidad de entrar en con
tacto fsico.
El ordenamiento casi tetradrico de los orbitales alrededor
del tomo de oxgeno (Fig. 2~la) permite que cada molcula de
agua forme enlaces de hidrgeno con hasta cuatro molculas
de agua vecinas. Sin embargo, en el agua lquida a temperatura
ambiente y presin atmosfrica, las molculas de agua estn
desorganizadas y en movimiento continuo, de forma que cada
molcula forma enlaces de hidrgeno con un promedio de otras
3,4 molculas solamente. Por el contrario, en el hielo cada mo
lcula de agua est ja en el espacio y forma enlaces de hidr
geno con otras cuatro molculas de agua formando una
estructura reticular regular (Fig. 2-2). La rotura de un nme
ro de enlaces de hidrgeno suficiente para desestabilizar la ret
cula cristalina del hielo requiere mucha energa trmica, lo que

2J Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

Aceptor de ^i
hidrgeno
Dador de
hidrgeno

0
1
O

%
O

H
!

I
?

45

FIGURA 2-3 Tipos comunes de enlaces de hidrgeno en los sistemas biolgi


cos. El aceptor de hidrgeno es usualmente el oxgeno o el nitrgeno; el dador
de hidrgeno es otro tonrx) electronegativo.

FIGURA2-2 Enlaces de hidrgeno en el hielo. Cada molcula de agua forma


en el hielo cuatro enlaces de hidrgeno, el mximo posible, creando una red
cristalina regular. Por el contrario, en el agua lquida a temperatura ambiente y
presin atmosfrica cada molcula de agua forma enlaces de hidrgeno con
otras 3,4 molculas de agua en promedio. La red cristalina del hielo ocupa ms
espacio que el ocupado en ei agua lquida; el hielo es, as, menos denso que el
agua lquida y por eso flota.
explica el puntx) de fusin relativamente elevado del agua (Ta
bla 2-1). Cuando se funde el hielo o se evapora el agua, se ab
sorbe calor por paite del sistema:
H2O (slido) -> H2O (lquido)
H2O (lquido)

H2O (gas)

AH =

Los tomos de hidrgeno unidos covalentemente a tomos de


carbono no participan en la fonnacin de enlaces de hidrgeno,
puesto que el carbono es tan slo ligeramente ms electronega
tivo que el hidrgeno y, por tanto, el enlace C es slo muy
dbilmente polar. Esta diferencia explica por qu el butanol
(CH3(CH2) 2CK20H) tiene un punto de ebullicin relativamente
alto de 117 C, mientras que el butano (CH3(CH2) 2CH3) tiene
im punto de ebullicin de solamente -0,5 C. El butanol tiene un
grupo hidroxilo polar, por lo que puede formar enlaces de hi
drgeno intermoleculares. Las biomolculas no cargadas pero
polares tales como los azcares se disuelven fcilmente en el
agua debido al efecto estabilizador de los enlaces de hidrgeno
que se forman entre los grupos hidroxilo o el oxgeno carbomli
co del azcar y las molculas polares de agua. Los alcoholes, los
aldehidos, las cetonas y los compuestos que contienen enlaces
N-H forman enlaces de hidrgeno con las molculas de agua
(Fig. 2-4) y tienden a ser solubles en agua.
Entre el
grupo hidroxilo
de un alcohol y
el agua

+ 5,9 kJ/mol

AH = +44,0 kJ/mol

Durante la fusin o la evaporacin aumenta la entropa del


sistema acuoso a medida que conjuntos altamente ordenados
de molculas de agua se relajan para dar paso a los cor\iuntos de
enlaces de hidrgeno menos ordenados dei agua lquida o a las
molculas totalmente desordenadas de agua en el estado gaseo
so. A temperatura ambiente, tanto la fusin del hielo como la
evaporacin del agua se dan espontneamente; la tendencia de
las molculas de agua a asociarse mediante eraces de hidrge
no queda contrarrestada por el empuje energtico hacia el de
sorden. Recurdese que el cambio de energa libre (AG) ha de
tener un valor negativo para que un proceso se produzca de for
ma espontnea: G = AH - T AS, en donde AG representa la
fuei-za motriz, AH ei cambio de entalpia relacionado con la rotu
ra y formacin de enlaces y z\5 la variacin en el grado de de
sorden. Dado que AH es positivo para la fusin y para la
evaporacin, es claramente el aumento de entropa (AS) el que
hace que AG sea negativo e impulse estas transformaciones.

R l'" \

Y iEntre bases
complementarias
del DNA
H

Timina

El agua forma enlaces de hidrgeno con los solutos polares


Los enlaces de hidrgeno no son exclusivos del agua. Se forman
fcilmente entre un tomo electronegativo (el aceptor de hidr
geno, normalmente oxgeno o nitrgeno) y un tomo de hi
drgeno unido covalentemente a otro tomo electronegativo (el
dador de hidrgeno) en la misma o en otra molcula (Fig. 2-^).

Entre grupos
peptdicos en
polipptidos

Entre el
grupo carbonilo
de una cetona y
el agua

Adenina

\
B - '* -

FIGURA 2-4 Algunos enlaces de hidrgeno de importancia biolgica.

46

El agua

0
1 Enlace de
H hidrgeno
fuerte

Enlace de
hidrgeno
ms dbil

FIGURA 2-5 Dreccionalidad del enlace de hidrgeno. La atraccin entre las


cargas elctricas parciales (vase la Fig. 2-1) es mxima cuando los tres tomos
implicados (en este caso O, H y O) se hallan en lnea recta. Cuando ios grupos
unidos por enlace de hidrgeno sufren restricciones estructurales (como por
ejemplo cuando forman parte de una nica molcula de protena), esta geome
tra ideal puede no ser posible y el enlace de hidrgeno resultante es ms dbil.

Los enlaces de hidrgeno son ms fuertes cuando las mo


lculas unidas estn orientadas de forma que la interaccin
electrosttica sea lo mayor posible, lo que tiene lugar cuando
el tomo de hidrgeno y los dos tomos que lo comparten se
encuentran en lnea recU, esto es, cuando el tomo aceptor
est alineado con el enlace covalente entre el tomo dador y el
H (Fig. 2-5), lo que sita la carga positiva del in hidrgeno
directamente entre las dos cargas parciales negativas. Los en
laces de hidrgeno tienen pues un carcter altamente direccional y son capaces de mantener dos molculas o grupos
unidos por enlace de hidrgeno con un ordenamiento geom
trico especfico. Veremos ms adelante que esta propiedad de
los enlaces de hidrgeno confiere estructuras tridimensionales
muy precisas a aquellas molculas de protenas y cidos nu
cleicos en las que existen muchos enlaces de hidrgeno intra
moleculares.

polares (Tabla 2-2); los compuestos que se disuelven fcilmen


te en el agua son hidroflicos (del griego, atrado por el
agua). Por el contrario, los disolventes apolares tales como el
cloroformo y el benceno son malos disolventes de las biomol
culas polares, pero disuelven fcilmente las que son hidrofbi>
cas (molculas apolares tales como los Kpidos y las ceras).
El agua disuelve las sales tales como el NaCl mediante la
hidratacin y estabilizacin de los iones Na^ y Cl , debilitando
las interacciones electrostticas entre ellos y contrarrestando
as su tendencia a asociarse en una red cristalina (Fig. 2-6).
Los mismos factores son aplicables a las biomolculas car
gadas, compuestos con grupos funcionales tales como los
cidos carboxlicos ionizados (COO"), las aminas protonadas
(NH3) y los steres o anhdridos fosfato. El agua disuelve
fcilmente estos compuestos reemplazando enlaces de hidr
geno soluto-soluto por enlaces de hidrgeno soluto-agua, apantallando as las interacciones electrostticas entre molculas
del soluto.
El agua apantalla de manera efectiva las interacciones elec
trostticas entre iones disueltos a causa de su elevada constan
te dielctrica, una propiedad fsica que refleja el nmero de
dipolos en un disolvente. La intensidad o fuerza (F), de las inte
racciones inicas en una disolucin depende de la magnitud de
las cargas (Q), la distancia entre los grupos cargados (r ) y la
constante dielctrica (e, que no tiene dimensiones) del disol
vente en el que tienen lugar las interacciones:

El agua interacciona electrostticamente


con los solutos cargados
El agua es un disolvente polar. Disuelve fcilmente la mayora
de biomolculas, que generalmente son compuestos cargados o

Polares
Glucosa
H.
ho\

Glicina

CH2OH
O.
H

Apolares
Cera tpica

h/

OH

CH3(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-CH2

^NHa-CHa-COO-

Antipticas
Fenilalanina
CHg,-C H -C O O -

^NH3
-0 0 C ~ C H 2 -C H -C 0 0
CH 3 - C H - - C G 0 OH

Glicerol

CH8(CH2)7~CH=CH~(CH2)6-CH2~C^

vOH

oh

Aspartato

Lactato

Para el agua a 25 C, tiene un valor de 78,5 mientras que para


el benceno, que es un disolvente muy apolar, e vale 4,6. As, las
interacciones inicas son mucho ms fuertes en los ambientes
menos polares. La dependencia respecto a hace que las atrac
ciones o repulsiones inicas operen slo a distancias muy cor
tas, del orden de 10 a 40 nm (segn la concentracin de
electrolito) cuando el disolvente es el agua.

Fosfatidilcolina

CHsCHahgCHa-C-OCH3(CH2) i 5CH2Co
O

OH
HOCH2-C H -C H 2OH

] Grupos polares |

[Grupos no polares

+N(CH)3

[2- . 0 - P - 0 - C H 2-C H 2

2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

In c r
hidratado

Obsrvese la
orientacin, no al azar,
de las molculas de agua

47

FIGURA 2-6 El agua como disolvente. El agua disuelve mu


chas sales cristalinas hidratando los iones que las componen.
La red cristalina del NaCI se destruye a medida que molcu
las de agua se agrupan alrededor de los iones Cl" y Na'*. Las
cargas inicas son as parcialmente neutralizadas y se debili
tan las atracciones electrostticas necesarias para la forma
cin de la red.

InNa+
hidratado

Laentropa aumenta cuando se disuelve


unasustancia cristalina
A medida que una sal tal como el NaCl se disuelve, los iones Na"*"
y Cl' que abandonan ia red cristalina adquieren una libertad de
movinento mucho mayor (Fig. 2-6). El incremento de entro
pa que se produce en el sistema es el principal responsable de
la facilidad con la que sales tales como el NaCl se disuelven en
agua. En trminos termodinmicos, la disolucin tiene lugar con
un cambio favorable en la energa libre: G = AH - T 6 S, en don
de AH tiene un valor positivo pequeo y 7*AS un valor positivo
alto, de forma que AG es negativo.

Losgases apelares se disuelven mal en el agua


Los gases biolgicamente importantes tales como el CO2, O2 y
N2, son apolares. En el O2 y N2 ambos tomos comparten los
electrones de igual manera. En el CO2, cada enlace 0 = 0 es po
lar, pero los dos dipolos estn dirigidos de manera opuesta, con
lo que se anulan entre s (Tabla 2-3). El movimiento de estas
molculas desde la fase gaseosa desordenada a la fase acuosa
restringe su movimiento y el movimiento de las molculas de
agua y representa, por tanto, un descenso de entropa. La natu

raleza apolar de estos gases y la disminucin de entropa cuan


do se introducen en la disolucin hacen que sean muy poco so
lubles en agua (Tabla 2-3). Algunos organismos contienen
protenas transportadoras** hidrosolubles (hemoglobina y mio
globina, por ejemplo) que facilitan el transporte del O2. El di
xido de carbono forma cido carbnico (H2CO3) en disolucin
acuosa y es transportado en forma de in bicarbonato (HCO^,
ya sea en forma libre, el bicarbonato es muy soluble en agua
(~100g/L a 25 C), o unido a hemoglobina. Otros tres gases,
NH3, NO y H2S, tambin tienen papeles biolgicos en algunos
organismos; stos son gases polares que se disuelven fcilmen
te en el agua y se ionizan en disolucin acuosa.

Los compuestos apolares fuerzan cambios


energticamente desfavorables en la estructura del agua
Cuando se mezcla el agua con benceno o hexano, se forman
dos fases; ninguno de los dos lquidos es soluble en el otro. Los
compuestos apolares tales como el benceno y el hexano son hi
drofbicos: son incapaces de experimentar interacciones ener
gticamente favorables con las molculas de agua y, de hecho,
interfieren en la fonnacin de enlaces de hidrgeno entre mo-

Gas

Estmctura^

Polaridad

SolubiUdad
en agua (g/L)^

Nitrgeno

N sN

Apolar

0,018 (40 "C)

Oxgeno

0=0

Apolar

i 0,035 (50 * 0

Dixido de carbono

*-

Apolar

0,97 (45 O

Polar

900(10*0

Polar

1.860(40 * 0

0= c = 0
Amonaco
5Suliro de hidrgeno

8-

*Las flechas representan dipolos elctricos; existe una caiga negativa parcial (5) en la punta de la flecha y una carga parcial positiwa (6"^; nomostrada aquO
en ia cola.
^OlKfvesequelas molculas polaresse disuelven muchomejorinduso a temperaturas bajas que tes molculas apolares a temperaturas relatwamenteelevadas.

48

El agud

lculas de agua. Todas las molculas o iones en disolucin


acuosa interfieren con los enlaces de hidrgeno de algunas mo
lculas de agua en su proximidad inmediata, pero los solutos
cargados o polares (tales como el NaCl) compensan esta prdi
da de enlaces de hidrgeno agua-agua mediante la formacin
de nuevas interacciones entre el soluto y el agua. El cambio ne
to de entalpia (A//) en la disolucin de estas sustancias es, ge
neralmente, pequeo. Los solutos hidrofbicos no ofrecen esta
compensacin por lo que su adicin al agua puede resultar, por
tanto, en una pequea ganancia de entalpia; la rotura de enla
ces de hidrgeno entre molculas de agua toma energa del sis
tema por lo que es necesario adquirir energa del entorno.
Adems de requerir esta entrada de energa, la disolucin de
solutos hidrofbicos en el agua da lugar a un descenso signi
ficativo de entropa. Las molculas de agua en la vecindad
inmediata de un soluto apolar estn restringidas en sus orien
taciones posibles ya que forman una capa en forma de jaula de
molculas de agua muy ordenada alrededor de cada molcula
de soluto. Estas molculas de agua no estn tan altamente
orientadas como las de los clatratos, compuestos cristalinos
de un soluto apolar y agua, pero el efecto es el mismo en ambos
casos: el orden en las molculas de agua reduce la entropa. El
nmero de molculas de agua ordenadas, y por tanto la magni
tud del descenso de entropa, es proporcional al rea superfi
cial del soluto hidrofbico incluido en la jaula de molculas de
agua. El cambio de energa libre que conlleva la disolucin de
un soluto apolar en agua es, por tanto, desfavorable: AG = A/ T AS, donde AH tiene un valor positivo, AS un valor negativo, y
AG es positivo.

Los compuestos anpticos contienen regiones que son


polares (o cargadas) y regiones que son apolares (Tabla 2-2)
Cuando se mezcla un compuesto anfiptico con agua, la regin
polar hidroflica interacciona favorablemente con el disolvente
y tiende a disolverse, pero la regin apolar hidrofbica tiende a
evitar el contacto con el agua (Fig. 2-7a). Las regiones apo
lares de las molculas se agrupan para presentar la menor rea
hidrofbica posible al disolvente acuoso, mientras que las re
giones polares se disponen de forma que se maximice su inte
raccin con el disolvente (Fig. 2-7b). Estas estructuras
estables de compuestos anfipticos en agua, denominadas micelas, pueden contener cientos o miles de molculas. Las
fuerzas que mantienen juntas las regiones apolares de las mo-

oofi

Dispersin de
Ipidos en H2 O

^
^ o<>

Cada molcula de lpido


obliga a las molculas
de H2O circundantes a
convertirse en altamente
ordenadas.

Grupo de cabeza
hidroflico

L .

Agrupamientos de
molculas lipdicas
Slo las porciones
lipdicas en el borde del
agrupamiento obligan
al ordenamiento del
g
agua. Hay menos
jdcA) molculas de H2 O
(T^
ordenadas, con lo que
aumenta la entropa.

IIIOs

(J
Grupo
alqulico
hidrofbico

Agrupamientos fluctuantes
iflickering clusters) de molculas
de H2O en el seno del hquido
^

Molculas de agua muy ordenadas forman jaulas


alrededor de las cadenas alqulicas hidrofbicas

Micelas

(a)

FIGURA2-7 Compuestos anfiplicos en disolucin acuosa, (a) Los cidos gra


sos de cadena larga tienen cadenas alqulicas nrwy hidrofbicas, cada una de las
cuales est rodeada por una capa de molculas de agua altamente ordenadas,
(b) Agrupndose en micelas, las nK)lculas de cido graso exponen al agua la
mnima superficie hidrofbica posible y se necesitan menos molculas de agua
en ia capa de agua ordenada. La micela se estabiliza gracias a la energa gana
da en ia liberacin de molculas de agua inmovilizadas.

o
^

(b)

Todos los grupos


hidrofbicos estn
secuestrados lejos
del agua; se minimiza
la capa ordenada de
molculas de H2 O
y la entropa aumenta
an ms.

2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

lculas se denominan interacciones iiidrofbicas. La fuerza


de estas interacciones no se debe a ninguna atraccin intrn
seca entre las partes apolares. Proviene ms bien de la obten
cin de la mxima estabilidad termodinmica del sistema al
minimizar el nmero de molculas de agua ordenacias necesa
rias para rodear porciones hidrofbicas de las molculas de
soluto.
Muchas biomolculas son anfipticas; las protenas, los
pigmentos, ciertas vitaminas y los esterles y fosfolpidos de
las membranas tienen regiones con superficies polares y
apolares. Las estructuras formadas por estas molculas se
estabilizan mediante interacciones hidrofbicas entre las re
giones apolares. Las interacciones hidrofbicas entre lpidos
y entre lpidos y protenas son los determinantes ms impor
tantes de la estructura de las membranas biolgicas. Las in-

49

teracciones hidrofbicas entre aminocidos apolares estabi


lizan tambin los patrones de plegamientb tridimensional de
las protenas.
La formacin de enlaces de hidrgeno entre el agua y los
solutos polares tambin produce un cierto ordenamiento de las
molculas de agua, pero el efecto energtico es menos significa
tivo que con los solutos apolares. Parte de la fuerza impulsora
de la uin de un sustrato polar (reactivo) a la superficie polar
complementaria de un enzima es el aumento de entropa que
tiene lugar por el desplazamiento por parte del enzima de mol
culas de agua ordenadas del sustrato y por el desplazamiento
recproco de molculas de agua ordenadas en la superficie del
enzima por parte del sustrato (Fig. 2-8).

Las interacciones de van der Waals son atracciones


interatmicas dbiles
Cuando dos tomos no cargados se encuentran muy cerca, las
nubes electrrcas que los rodean se influyen mutuamente. Va
riaciones al azar en las posiciones de los electrones alrededor
del ncleo pueden crear un dipolo elctrico transitorio, que in
duce xm dipolo elctrico opuesto tambin transitorio en el to
mo cercano. Los dos dipolos se atraen dbilmente entre s, con
lo que los ncleos se acercan ms. Estas atracciones dbiles se
denominan interacciones de van der Waals (conocidas tam
bin como fuerzas de London). A medida que los dos ncleos
se acercan entre s sus nubes electrnicas empiezan a repelerse.
En el punto en que la atraccin neta es mxima se dice que los
ncleos se encuentran a la distancia de contacto de van der
Waals. Cada tomo posee un radio de van der Waals caracte
rstico, que constituye una medida de lo que este tomo permi
tir acercarse a otro (Tabla 2-4). En ios modelos moleculares
espaciales que se muestran a lo largo de este libro los tomos se
representan con tamaos proporcionales a sus radios de van
der Waals.

TABLA 2 - 4

Elemento

Interaccin enzima-sustrato
estabilizada mediante interacciones
por los enlaces de hidrgeno,
inicas e hidrofbicas

FIGURA2-8 La liberacin de agua ordenada favorece la formacin de un com


plejo enzima-sustrato. Cuando estn separados, tanto el enzima como el sus
trato fuerzan a las molculas de agua cercanas a formar una capa ordenada. La
unin del sustrato al enzima libera parte del agua ordenada, y el aumento de en
tropa resultante proporciona un "'empujn'" termodinmico a la formacin del
complejo enzima-sustrato (vase la p. 192).

Radio de van
der Waals (nm)

Radio covalente del


enlace simple (nm)

0,11

0,030

0,15

0,066

0,15

0,070

0,17

0,077

0,18

0,104

0,19

0,11 0

0,21

0,133

Fuentes: Radios de van derWaals: (^auvin, R. (1992) ExpUdt periodictrend of van derWaals
rad.i.Pfiys. Chm. 96.9194-9197. Radios covalentes: Pauling, L (1960) Nature ofthe Chemical
Bond, 3* ed., Come University Press, Itliaca, NY.
Nota: Los radios de van derWaats descrit)en las dimensiones espaciales de los tomos. Cuando
se unen covalentemente dos tomos, los radios atmicos en ei puntode enlace son menores que
ios rados devan derWals porqueel parde electrones compartidoacerca a los dos tomos. La
distancia entre ndeos en una interacdn de van derWaals oen un enlace covalente es aproxh
madamente igual a la suma de los radios devan derWaals ode los radios covalentes de los dos
tomos, respectivamente. De este modo, la lontud de un enlace simple cartwno-cartwno es
de apoxmadanwnte 0,077 nm+0,077 nm- 0,154 nm.

30

El agud

Las interacciones dbiles son cruciales para la estructura


y funcin de las macromolculas
Las interacciones no covalentes que hemos descrito (enlaces de
hidrgeno e interacciones inicas, hidrofbicas y de van der
Waals) (Tabla 2-5) son mucho ms dbiles que los enlaces cova
lentes. Se requiere un aporte de energa de unos 350 kJ para
romper un mol (6 x 10^) de enlaces C C simples y de unos
410 kJ para romper un mol de enlaces CH, pero solamente se
requieren unos 4 kJ para destruir un mol de interacciones de van
der Waals tpicas. Las interacciones hidrofbicas son tambin
mucho ms dbiles que los enlaces covalentes, aunque un disol
vente de polaridad elevada (una disolucin salina concentrada,
por ejemplo) las refuerza sustancialmente. Las interacciones i
nicas y los enlaces de hidrgeno son de fuerza variable, que de
pende de la polaridad del disolvente y del grado de alineamiento
de los tomos unidos por enlace de hidrgeno, pero son siempre
significativamente ms dbiles que los enlaces covalentes. En un
disolvente acuoso a 25 C, la energa trmica disponible puede
ser del mismo orden de magnitud que la fuerza de estas interac
ciones dbiles y la interaccin entre las molculas de soluto y de
disolvente (agua) es casi tan favorable como las interacciones
soluto-soluto. En consecuencia, los enlaces de hidrgeno y las
interacciones inicas, hidrofbicas y de van der Waals se forman
y rompen continuamente.
Aunque cada imo de estos cuatro tipos de interacciones es
dbil en comparacin a un enlace covalente, el efecto acumula
tivo de muchas interacciones de este tipo puede ser muy signi
ficativo. Por ejemplo, la unin no covalente de un enzima a su

^
Uomoi^UiS

CuatrotipQ^einta(m^^^^^^

co^ientes(^bi{^")
eitMudn acuosa
Enlaces de hidrgeno
Entre grupos neutros

o
Entre enlaces peptdicos

i
,

Interacciones inicas
Atraccin

n:

O
+NHs

II

-OC

Repulsin

Interacciones
hidrofbicas

Interacciones
de van der Waals

Dos tomos cualesquiera


muy prximos

sustrato puede implicar varios enlaces de hidrgeno y una o


ms interacciones inicas as como interacciones hidrofbicas y
de van der Waals. La formacin de cada uno de estos enlaces
dbiles contribuye a un descenso neto de la energa libre del sis
tema. Podemos calcular la estabilidad de una interaccin no co
valente, tal como la de una molcula pequefia imida por enlaces
de hidrgeno a su pareja macromolecular, a partir de la energa
de unin. La estabilidad, medida por la constante de equilibrio
(vase ms adelante) de la reaccin de unin, vara de forma
eocponencial con la energa de unin. La disociacin de dos bio
molculas (tales como un enzima y su sustrato unido) asociadas
de forma no covalente mediante mltiples interacciones dbiles
requiere que se destruyan al mismo tiempo todas estas interac
ciones. Dado que las interacciones fluctan al azar, tal destruc
cin simultnea es muy poco probable. La estabilidad molecular
conferida por 5 o 20 interacciones dbiles es, por tanto, mucho
mayor de lo que podra esperarse intuitivamente de una simple
adicin de las pequeas energas de unin.
Las macromolculas tales como las protenas, el DNA y el
RNA contienen tantos sitios potenciales para la formacin de
enlaces de hidrgeno o interacciones inicas, de van der Waals
o hidrofbicas que el efecto acumulativo del gran nmero de pe
queas fuerzas de unin puede ser enorme. La estructura ms
estable (nativa) de la mayora de macromolculas es normal
mente aquella en que se maximizan las uniones dbes. El ple
gamiento de una cadena polipeptdica o polinucleotdica en su
forma tridimensional viene determinado por este principio. La
unin de un antgeno a un anticuerpo especfico depende de los
efectos acumulativos de muchas interacciones dbiles. Tal co
mo se ha sealado anteriormente, la energa liberada cuando im
enzima se une de manera no covalente a su sustrato es la fuen
te principal del poder cataltico del enzima. La unin de una
hormona o un neurotransmisor a su receptor celular proteico
es el resultado de mltiples interacciones dbiles. Una conse
cuencia del gran tamao de los enzimas y de los receptores
(en relacin a sus sustratos o ligandos) es que sus grandes
superficies proporcionan muchas oportunidades para el esta
blecimiento de interacciones dbiles. A nivel molecular, la com
plementariedad entre biomolculas que interaccionan entre s
refleja la complementariedad y las interacciones dbiles entre
grupos polares, cargados e hidrofbicos en la superficie de las
molculas.
Al determinar la estructura de una protena como la hemo
globina (Fig. 2-9) por cristalografa de rayos X (vase el Re
cuadro 4-5, p. 132), resulta frecuente encontrar molculas de
agua unidas tan fuertemente que forman parte de la estructura
cristalina; lo mismo ocurre en cristales de RNA o DNA. Estas
molculas de agua unidas, detectables tambin en disolucin
mediante resonancia magntica nuclear, poseen propiedades
que las distinguen del resto de agua del disolvente. Son, por
ejemplo, osmticamente inactivas (vase ms adelante). El
agua fuertemente unida es esencial para la funcin de muchas
protenas. Por ejemplo, en una de las reacciones clave del pro
ceso de la fotosntesis, la energa de la luz se utiliza para bom
bear protones a travs de una membrana biolgica al tiempo
que se produce un fligo de electrones a travs de una serie
de protenas transportadoras (vase la Fig. 19-60). Una de
estas protenas, el citocromo/, tiene unida una cadena de dnco
molculas de agua (Fig. 2-10) que puede proporcionar una va

2.1 Interacciones dbiles en los sistemas acuosos

51

Los solutos afectan a las propiedades coligativas


de las disoluciones acuosas

(a)

(b)

FIGURA2-9 Unin del agua a la hemoglobina. La estructura cristalina de la he


moglobina (PDB ID 1A3N) se muestra en (a) con sus molculas de agua unidas
(esferas rojas) y en (b) sin las molculas de agua. Las nwlculas de agua se ha
llan tan firmemente unidas a la protena que afectan al patrn de difraccin de
rayos X como si formaran parte dei cristal. Las dos suixjnidades a de la hemo
globina se muestran en color gris y las dos subunidades P en azul. Cada sub
unidad tiene unido un grupo hemo (estnjctura de varillas roja), que slo es visi
ble en las subunidades p en esta figura. La estructura y funcin de ia hemoglo
bina se discuten con detalle en el Captulo 5.
para el movimiento de los protones a travs de la membrana se
gn un proceso conocido como salto de protones (que se des
cribe ms adelante). Casi con toda seguridad, otra bomba de
protones que utiliza la energa de la luz, la bacteriorrodopsina,
usa una cadena de molculas de agua unidas y orientadas de
una forma precisa para el movimiento transmembrana de los
protones (vase la Fig. 19-67).

Los solutos de cualquier tipo alteran ciertas propiedades fsicas


del agua disolvente: su presin de vapor, punto de ebullicin,
punto de fusin (punto de congelacin) y presin osmtica. s
tas se denominan propiedades coligativas (cogativas signi
fica ligadas entre sf) puesto que el efecto de los solutos sobre
las cuatro propiedades tiene la misma base: la concentracin de
agua es menor en las disoluciones que en el agua pura. El efec
to de la concentracin de soluto sobre las propiedades coligati
vas del agua es independiente de las propiedades qumicas del
soluto; depende nicamente del nmero de partculas de solu
to (molculas, iones) en una determinada cantidad de agua. Un
compuesto tal como el NaCl, que se disocia en disolucin, tiene
un efecto doble sobre la presin osmtica, por ejemplo, que un
nmero idntico de moles de un soluto que no se disocie tal co
mo la glucosa.
Las molculas de agua tienden a trasladarse desde una re
gin de elevada concentracin de agua a una de concentracin
inferior. Cuando dos disoluciones acuosas diferentes estn se
paradas por una membrana semipermeable (que deja pasar mo
lculas de agua pero no del soluto), las molculas de agua que
difunden de la regin de alta concentracin de agua hacia la
de concentracin de agua menor producen presin osmtica
(Fig. 2-11). El valor aproxinmdo de esta presin, n, medida
como la fuerza necesaria para oponerse al movimiento del agua
(Fig. 2-1 le), viene dado por la ecuacin de vant Hoff:
n = c/?T

Propionato
del grupo
hemo
Soluto no
permeante disuelto
en agua

Asn^

Presin (11) que


resiste la smosis

mbolo

Ghi"58

Membrana
semipermeable

FIGURA2-10 Cadena de agua en el dtocromo /. Hay agua unida en el canal


de protones de la protena de membrana citocronK) f, que forma parte de la
maquinaria captadora de energa de la fotosntesis en cloroplastos (vase
la Rg. 19-64). Cinco molculas de agua estn unidas mediante enlaces de hi
drgeno entre ellas y con grupos funcionales de la protena: los tonrKK de ca
dena principal de residuos de valina, prolina, arginina y alanina y ias cadenas
laterales de tres residuos asparagina y dos residuos glutamina. La protena tiene
un grupo hemo unido (vase la Fig. 5-1) que, mediante su tomo de hien^o,
facilita el flujo de electrones durante la fotosntesis. El flujo electrnico est
acoplado al movimiento de protones a travs de la membrana, lo que proba
blemente implica que tenga lugar un '"salto de protones" (vase la Fig. 2-13) a io
largo de esta cadena de nwiculas de agua unidas.

FIGURA2-11 smosis y medida de la presin osmtica, (a) Estado inicial. El


tubo contiene una disolucin acuosa, el vaso contiene agua pura y la niembrana semipermeable permite el paso de agua pero no de soluto. El agua fluye des
de el vaso hacia el tubo para igualar su concentradn a un lado y a otro de la
membrana, (b) Estado final. Se ha movido agua hacia ia disolucin del com
puesto no permeante, diluyndola y elevando la columna de agua dentro del tu
bo. En ei equilibrio, la fuerza de la gravedad que achia sobre ia disolucin que
hay en el tubo equilibra exactamente ia tendencia del agua a nwverse hacia el
interior dei tubo, donde su concentracin es menor, (c) La presin osmtica (TI)
se mide como ia fuerza que hay que aplicar para devolver ia soludn del tubo
de nuevo al nivel de la dei vaso. Esta fuerza es proporcional a la altura, h, de la
columna en (b).

52

El agud

en la que R es la constante de los gases y T es la temperatura


absoluta. El trmino ic es la osmolaridad de la disolucin, el
producto del factor de vant Hoff i, que es una medida del gra
do de disociacin del soluto en dos o ms especies inicas y la
concentracin molai* de soluto c. En disoluciones diluidas de
NaCl, el soluto se disocia completamente en iones Na'* y CF,
doblando el nmero de partculas de soluto, de modo que
= 2. En todos los solutos no ionizables, i = 1. Para disolucio
nes de varios (n) solutos, n es la suma de las contribuciones
de cada especie;
n = fT (iC i + 2C2+

Solutos
extracelulares
Solutos
ntracelulares
(a) Clula en
disolucin iso t^ ca ;
no hay movinento
neto del agua.

+nCn)

La smosis, el movimiento de agua a travs de una


membrana semipermeable impulsado por diferencias en la
presin osmtica, es un factor muy importante en la vida de
la mayora de las clulas. Las membranas plasmticas son
ms permeables al agua que a la mayor parte del resto de
molculas pequeas, iones y macromolculas. Esta permea
bilidad es debida en gran parte a canales proteicos (acuapo
rinas; vase la Fig. 11-46) presentes en las membranas que
permiten el paso selectivo de agua. Se dice que las disolu
ciones de igual osmolaridad que el citosol celular son isotnicas con respecto a esa clula. Una clula rodeada por una
disolucin isotnica no gana ni pierde agua (Fig. 2-12). En
una disolucin hipertnica, con una osmolaridad mayor
que el citosol, la clula se encoge al salir agua hacia fuera.
En una disolucin hipotnica, de osmolaridad menor que
el citosol, las clulas se hinchan al penetrar el agua en ellas.
En su medio habitual, las clulas contienen generalmente
concentraciones ms elevadas de biomolculas e iones que
sus alrededores, de forma que la presin osmtica tiende a
impulsar agua hacia el interior de las clulas. Si no se equili
brara de alguna forma, este movimiento de agua hacia den
tro distendera la membrana plasmtica y llegara a causar la
explosin de la clula (lisis osmtica).
A lo largo de la evolucin han surgido varios mecanismos
para evitar esta catstrofe. En las bacterias y los vegetales, la
membrana plasmtica est rodeada de ima pared celular no
expandible de rigidez y fuerza suficientes para resistir la pre
sin osmtica y evitar la lisis osmtica. Algimos protistas de
agua dulce, que viven en un medio muy hipotnico, poseen
un orgnulo (vacuola contrctil) que bombea agua al exterior
de la clula. En animales multicelulares, el plasma sanguneo
y el fluido intersticial (el fluido extracelular de las clulas) se
mantienen a una osmolaridad cercana a la del citosol. La ele
vada concentracin de albnna y otras protenas en el plas
ma sanguneo contribuye a su osmolaridad. Las clulas
tambin bombean activamente Na"^ y otros iones hacia el flui
do intersticial para permanecer en equilibrio osmtico con su
entorno.
Puesto que el efecto de los solutos en la osmolaridad de
pende del nmero de partculas disueltas, no de su rmsa, las
macromolculas (protenas, cidos nucleicos, polisacridos)
tienen un efecto mucho menor en la osmolaridad de una disolu
cin que la que tendra una misma masa de sus componentes
monomricos. Por ejemplo, un gramo de un polisacrido com
puesto por 1.000 unidades de glucosa tiene el mismo efecto en
la osmolaridad que un miligramo de glucosa. El almacena-

Ob) Clula de disolucin


hipertnica; sale agua y
la clula se encoge.

(c) Clula en disolucin


hipotnica; entra a^a,
creando presin hacia
fuera; la clula se hincha y
puede llegar a reventar.

FIGURA2-12 Efecto de la osmolaridad extracelular sobre el movimiento del


agua a travs de una membrana plasmtica. Cuando una clula en equilibrio
osmtico con el entorno que ia rodea (esto es, en un medio isotnico) (a) se
transfiere a una disolucin hipertnica (b) o a una disolucin hipotnica (c), el
agua fluye a travs de la membrana plasmtica en la direccin que tiende a
igualar la osmolaridad dentro y fuera de la clula.

miento de combustible en forma de polisacridos (almidn o


glucgeno) en vez de como glucosa u otros azcares simples
evita un aumento enorme de la presin osmtica en la clula de
depsito.
Las plantas utilizan la presin osmtica para conseguir
rigidez mecnica. La muy elevada concentracin de soluto
en las vacuolas impulsa agua hacia el interior de la clula (v
ase la Fig. 2-12), pero la pared celular no expandible impide el
hinchamiento; en su lugar, se incrementa la presin osmtica
resultante contra la pared celular (presin de turgencia), lo
que proporciona rigidez a la clula, al tejido y al organismo ve
getal. Cuando la lechuga de su ensalada se marchita es debido
a que la prdida de agua ha reducido la presin de turgencia.
La smosis tambin tiene importantes consecuencias en los
protocolos de laboratorio. Las mitocondrias, los cloroplastos y
los lisosomas, por ejemplo, estn rodeados de membranas se
mipermeables. Para aislar estos orgnulos a partir de clulas
rotas, los bioqumicos deben llevar a cabo los fraccionamientos
en disoluciones isotnicas (vase la Fig. 1--8) para evitar la ex
cesiva entrada de agua en los orgnulos, fenmeno que podra
producir su hinchamiento y posterior rotura. Los tampones
utilizados en los fraccionamientos celulares contienen normal
mente concentraciones suficientes de sacarosa o de algn otro
soluto inerte para proteger los orgnulos de la lisis osmtica.

2.1 Interacciones dbiles en ios sistemas acuosos

EJEMPLO PRCTICO 2-1 Presin osmtica de un orgnulo I


Imagine que los solutos principales de lisosomas intactos son KCl (-0,1 m ) y NaCl (-0,03 m ). En un
proceso de aislamiento de lisosomas, cul ser la concentracin de sacarosa necesaria en la diso
lucin de extraccin a temperatura ambiente (25 C) para evitar el hinchamiento y la lisis?
Solucin: Queremos hallar una concentracin de sacarosa que nos d una fuerza osmtica igual
a la producida por el KQ y el NaCl de los lisosomas. La ecuacin para calcular la presin osm
tica (la ecuacin de van*t Hoff) es

n = RTHiCx -f 2P2 + 1V3 + + inCn)


donde Resla cor^tante de los gases, 8,315 J/mol K, T es la temperatura absoluta (Kelvin), Ci,
C2 y C3 son la concentracin molar de cada soluto, e 1, 2 ^ ^3 son el nmero de partculas que ca
da soluto genera en disolucin (i = 2 para KCl y NaCl).
La presin osmtica dei contenido del lisosoma es
niisosom a = -R^(KC1<?KC1 + NaC|CNaCl)

= J?T[(2)(0,03 mol/L) + (2)(0,1 moVL)] = RT(0,26 mol/L)


Debido a que las concentraciones de soluto son exactas slo hasta una cierta cifra significativa,
niisosoma = RT(0,3 mol/L).
La presin osmtica de una disolucin de sacarosa viene dada por
f^Hacarosa -^^(aacarofta Cgacaroaa)

En este caso, isacamsa = 1. porque la sacarosa no se ioniza. Por tanto,


riaacarosa =

sacarosa)

La presin osmtica del contenido del lisosoma es igual a la de la disolucin de sacarosa cuando
sacarosa ~ ^lisosoma

i^^(Csacaroaa) = RT{0,S mol/L)


^sacarosa = 0,3 mol/L
De modo que la concentracin de sacarosa necesaria (Mj. 342) es (0,3 mol/L) (342 g/mol) =
102,6 g/L. O, si se tienen en cuenta tan slo las cifras significativas, Csacarosa = 0,1 kg/L.

I EJEMPLO PRCTICO 2-2 Presin osmtica de un orgnulo II


Suponga que decidimos usar una disolucin de polisacrido, como por ejemplo glucgeno (vase
la pgina 246) para equilibrar la presin osmtica de los lisosomas (descrita en el Ejemplo Prc
tico 2-1). Considerando un polmero lineal de 100 unidades de glucosa, calcule la cantidad de
este polmero necesaria para conseguir la misma presin osmtica que la disolucin de sacaro
sa del Ejemplo Prctico 2-1. La
del polmero de glucosa es ~ 18.000 y, al igual que la sacaro
sa, no se ioniza en disolucin.
Solucin; Como se dediyo en el Ejemplo Prctico 2-1,
n,acaro*a = i2r(0,3 mol/L)
De manera sinlar,
f l glucgeno ~ -^^(^gu cgon o ^gluc^^reno) ~ -^ ^ (^ g lu c g e n o )

Para una disolucin de glucgeno con la misma presin osmtica que la disolucin de sacarosa,
glucgeno ~

n sacarosa

RTic^iuc^^o) = R T m mol/L)
^glucgeno

= 0,3 mol/L = (0,3mol/L)(18.000 g/mol) = 5,4 kg/L

O, considerando slo las cifras significativas, Cgiucgeno = 5 kg/L, ima concentracin absurda
mente elevada.
Tal como veremos ms tarde (p. 246), las clulas de hgado y msculo no almacenan glci
dos en forma de azcares de baja masa molecular como glucosa o sacarosa sino en forma del po
lmero de alta masa molecular glucgeno. Gracias a ello, la clula puede contener una gran masa
de glucgeno sin afectar ms que mnimamente la osmolaridad del citosol.

53 J

54

El dgud

RESUMEN 2.1

interacciones dbiles
en los sistemas acuosos

Las muy diferentes electronegatividades del H y del O


hacen del agua una molcula muy polar, capaz de formar
enlaces de hidrgeno consigo misma y con sus solutos.
Los enlaces de hidrgeno son de vida efmera, principal
mente electrostticos y ms dbiles que los enlaces cova
lentes. El agua es un buen disolvente de solutos polares
(hidroflicos), con los que forma enlaces de hidrgeno, y
de solutos cargados, con los que interacciona electrost
ticamente.
Los compuestos apolares (hidrofbicos) no se disuelven
bien en el agua; no pueden formar enlaces de hidrgeno
con el disolvente y su presencia induce un ordenamiento
energticamente desfavorable de molculas de agua alre
dedor de sus superficies hidrofbicas. Para minimizar la
superficie expuesta al agua, los compuestos apolares tales
como los Ipidos forman agregados (micelas) en los que
sus partes hidrofbicas se haUan secuestradas en el inte
rior mediante interacciones hidrofbicas y slo las partes
ms polares interaccionan con el agua.
Numerosas interacciones dbiles, no covalentes, influ
yen decisivamente sobre el plegamiento de macromol
culas tales como las protenas o los cidos nucleicos.
Las conformaciones macromoleculares ms estables son
aquellas en las que se maximiza el nmero de enlaces de
hidrgeno en el interior de la molcula y entre la mol
cula y el disolvente, y en las que las zonas hidrofbicas
se agrupan en el interior de la molcula, lejos del disol
vente acuoso.
La concentracin de los solutos tiene una gran influencia
sobre las propiedades fsicas de las disoluciones acuosas.
Guando se separan dos compartimientos acuosos median
te una membrana semipermeable (como la membrana
plasmtica que separa la clula de su entorno), el agua flu
ye a travs de esta membrana hasta igualar la osmolaridad
de los dos compartimientos. Esa tendencia del agua a fluir
a travs de una membrana semipermeable recibe el nom
bre de presin osmtica.

reaccin de ionizacin. Haremos por tanto ahora una breve dis


cusin sobre la ionizacin del agua y de los cidos y bases dbi
les disueltos en la misma.

El agua pura est ligeramente ionizada


Las molculas de agua tienen una ligera tendencia a ionizarse
reversiblemente para proporcionar un in hidrgeno (protn) y
un in hidroxilo, dando el equilibrio
(2-1)

H2O

Aunque normalmente se muestra el producto de disociacin del


agua como H"^, los protones libres no existen en disolucin; los
iones hidrgeno formados en el agua son inmediatamente hi
dratados a iones hidronio (HaO"*"). La formacin de enlaces de
hidrgeno entre las molculas de agua hace que la hidratacin
de los protones disociados sea virtualmente instantnea:
H0 h H- O,

,
H

H - 0 H + OH
I
H

La ionizacin del agua puede medirse a travs de su con


ductividad elctrica; el agua pura conduce la corriente elctrica
al migrar HaO^ hacia el ctodo y OH" hacia el nodo. El movi
miento de los iones hidronio e hidroxilo en un campo elctrico
es extremadamente rpido en comparacin con el de otros io
nes tales como el Na^,
y Cl". Esta elevada movilidad inica es
el resultado del salto de protones que se muestra en la Figu
ra 2-13. Ningn protn individual se mueve muy lejos a travs
de la disolucin, pero una serie de saltos de protones entre moEl in hidronio libera un protn
H

'^ 0 +'^

Salto protnico

(f

V n -H

2.2 Ionizacin del agua, cidos dbiles


y bases dbiles
Aunque gran parte de las propiedades del agua como disolven
te se pueden explicar en funcin de la molcula neutra de H2O,
debe tenerse tambin en cuenta el pequeo grado de ionizacin
del agua en iones hidrgeno (H"^) e iones hidroxilo (0H~). Al
igual que todas las reacciones reversibles, se puede describir la
ionizacin del agua mediante una constante de equilibrio. Cuan
do se disuelven cidos dbiles en agua, su ionizacin aporta
las bases dbiles consumen H'* al protonarse. Estos procesos
tambin estn gobernados por constantes de equilibrio. La con
centracin total de in hidrgeno se puede medir experimen
talmente y se expresa como el pH de la solucin. Para predecir
el estado de ionizacin de los solutos en agua, hemos de tener
en cuenta las constantes de equilibrio pertinentes para cada

V -H
H
El agua acepta un protn y pasa a ser in
FIGURA2-13 Salto de protones. "Saltos" de protones a corta distancia a travs de
una serie de molculas de agua unidas por enlaces de hidn^eno tienen como re
sultado el movimiento neto extremadamente rpido de un protn a una gran dis
tancia. Cuando un in hidronio (an'iba a la izquierda) cede un protn, una
molcula de agua a una cierta distancia (abajo a la derecha) adquiere uno, con
virtindose en un in hidronio. El salto de protones es mucho ms rpido que la
autntica difusin y explica la remarcablemente elevada nwvilidad inica de bs
iones comparada con otros cationes monovalentes tales como el Na^ o K"^.

2.2 Ionizacin del agua, cidos dbiles y bases dbiles j^55

lculas de agua unidas por enlaces de hidrgeno causa el movi


miento neto de un protn a una gran distancia en un tiempo no
tablemente corto. Como resultado de la elevada movilidad
inica del
(y del 0H, que tambin se mueve rpidamente
mediante salto de protones, pero en la direccin opuesta), las
reacciones cido-base en disolucin acuosa son excepcional
mente rpidas. Tal como se ha visto anteriormente, el salto de
protones tambin desempea probablemente un papel en las
reacciones biolgicas de transferencia de protones (Fig. 2-10;
vase tambin la Fig. 19-67).
Puesto que la ionizacin reversible es crucial para el papel
del agua en la funcin celular, hemos de tener una manera de
expresar el grado de ionizacin del agua en tnninos cuantitati
vos. Un breve repaso de algunas propiedades de las reacciones
qumicas reversibles nos mostrar cmo podemos hacerlo.
La posicin del equilibrio de cualquier reaccin qumica
viene dada por su constante de equilibrio,
(a veces ex
presada simplemente como K). Para la reaccin general
A + B

C+ D

mos: (1.000 g/L)/(18,015 g/mol), y es esencialmente constante


en relacin a las bajsimas concentraciones de
y 0H , es
decir. 1 X 10"*^ M. De acuerdo con ello podemos sustituir por
55,5 M el denominador de la expresin de la constante de equi
librio (Ec. 2-3) para dar
[H *][O H [55,5 M]
Reordenando,
(55,5 M)(K0 = [H*] lOH-J = JSTw

donde K designa el producto (55,5 M)(/rcq). denominado pro


ducto inico del agua a 25 C.
El valor de
determinado mediante medidas de con
ductividad elctrica del agua pura, es 1,8 x 10"* m a 25
La
sustitucin de este valor de
en la Ecuacin 2-4 da el valor
del producto irco del agua;

( 2- 2)

Xw =
se puede denir una constante de equilibrio en funcin de la
concentracin de los reactivos (A y B) y de los productos (C y
D) presentes en el equilibrio:
[CleqCDleq
[AlecBle.
En rigor, los trminos de concentracin deberan ser las acPtoir
dadles, o concentraciones efectivas en disoluciones no ideales, de
cada especie. Sin embargo, excepto en clculos muy precisos, se
puede llegar a una aproximacin de la constante de equilibrio mi
diendo las concentraciones en el ecjuilibrio. Por razones que
escapan a esta discusin, las constantes de equilibrio son adimensionales. Sin embargo, en las expresiones de equilibrio utili
zadas en este libro hemos mantenido en general las unidades de
concentracin (m ) para recordar que la molaridad es la uniciad
de concentracin que se utiliza en el clculo de Teq.
La constante de equilibrio es fija y caracterstica para cada
reaccin qumica a una temperatura dada. Define la composi
cin de la mezcla fmal en el equilibrio, independientemente de
las cantidades iniciales de reactivos y productos. De modo in
verso, podemos calcular la constante de equilibrio de una reac
cin dada a una temperatura determinada si se conocen las
concentraciones en el equilibrio de todos los reactivos y pro
ductos. Como hemos visto en el Captulo 1 (p. 24), la variacin
estndar de energa libre (A(r) est relador\ada directamente
conla^eq-

= (55,5 mXI.8 X 10" * m)

1,0 X 10"^* M
As el producto (H'*1(0H''] en disoluciones acuosas a 25 "C es
siempre igual a 1 X 10"*^ m^. Cuando las concentraciones de H'*
y OH son exactamente iguales, tal como sucede en el agua pu
ra, se dice que la solucin est a pH neutro. A este pH, se pue
de calcular la concentracin de H'* y 0H~ a partir del producto
inico del agua de la manera siguiente;
Tw =

= [H*]* = lOH-J*

Despejando [H'*] da
(H*l =

= V i X 10 M*

IH"-) = [O H -] = 10" M
Dado que el producto inico del agua es constante, siempre que
(H'*) sea superior a 1 X 10" M, (OH~J ser inferior a 1 X 10" M,
y viceversa. Cuando la [H'*) es muy alta, tal como sucede en una
solucin de cido cloriidrico, (0H ) ser muy pequea. A partir
del producto iico del agua podemos calcular (H'*') si conoce
mos (0H ), y viceversa.

H lU EM P L0 P R aiC 0 2 -3 Clculode[H^]
Cul es la concentracin de H* en una disolucin de NaOH
0,1 M?

La ionizacin del agua se expresa mediante


una constante de equilibro

Solucin; Empezamos con la ecuacin del producto inico del


agua:

El grado de ionizacin del agua en el equilibrio (Ec. 2-1) es pe


queo; a unos 25 Ctan slo dos de cada 10molculas en agua
pura estn ionizadas en un momento dado. La constante de
equilibrio para la ionizacin reversible del agua es

W 2O]

(2-4)

(2-^)

En agua pura a 25 C, la concentracin del agua es de 55,5 M,


gramos de H2O en 1 L divididos por el peso molecular en gra

Jfw = [H^KOH-]
Siendo [0H |= 0,1 m, obtenemos (H*)
IH+1

Xw
IOH-]
1 0 - M

1 x 10
0,1 M

m2

1010-^ M

56

El agud

EJEM PLO PRCTICO 2-4 Clculode[OH~]

r 1 M NaOH

Cul es la concentracin de 0H~ en una disolucin en la que la


concentracin de
es 1,3 x 1(T^ m?

- Leja domstica
Amonaco domstico

Solucin; Empezamos con la ecuacin del producto inico del


agua:
* = * ) [OH-]
Siendo (H*| = 1,3 X 10"^ M, obtenemos |OT]
IOH-) =

Ky,
[H*l

I X 10'** M*
0,00013 M

Solucin de
levadura artifcial (NaHCOs)

10"^^
1,3 X IO ""* !

Agua de mar, clara de huevo

7,7 X lQ- M

- Sangre humana, lgrimas

En todos los clculos asegrese de que redondea su respuesta


al nmero correcto de cifras significativas, como en este caso.

Leche, saliva

Caf negro

La escala depHrepresenta las concentraciones de

Cerveza

yOH

- Vino tinto

El producto inico del agua, f*. constituye la base de la escala


de pH (T^bla 2-6). Supone urm manera converente de desig
nar la concentracin de H'*' (y por consiguiente de OH") en
cualquier disolucin acuosa entre 1,0 M de
y 1,0 M de 0H~.
El trmino pH se define mediante la expresin
pH = log

[H*l

Cola, vinagre
Zumo de limn
Jugo gstrico

IM HCl

-log IH^]

FIGURA2-14 pH de algunos fluidos acuosos.

El smbolo p denota logaritmo negativo de". Para una solucin


exactamente neutra a 25 *C, en la que la concentracin de los
iones hidrgeno es 1,0 x 10
manera siguiente:
pH = log

Laescala depH
irj(M )

pH

m, se

1
1 ,0 X 10

[OH-l(M)

pOH*

10 (1)

10"*

10 *^
10-13

14

10"*

io-*2

12

10~

10-"

11

10"*

io -

10

10"

10

10

10"

lO"'^

10-^

10"*

10"

10~
10-10

10"

10

10-*

13

10~

11

10

10-12
10-13

12

10-=*

13

10"'

10-*^

14

10 (1)

*A veces se utiliza la e^)resin pOH pafa describir la bascidad, O concentracin de OH', de una
soludn; ei pOHse defme por ia expresin pOH - -log(OH~], que es anloga a la expresin para
el pH. Obsrvese que en todos los casos, pH pOH-14.

puede calcular el pH de la

^ = 7,0

obsrvese que la concentracin de H^ se debe expresar como


molaridad (m).
El valor de 7 para el pH de una disolucin exactamente
neutra no es una cifra escogida de manera arbitraria; proviene
del valor absoluto del producto inico del agua a 25 C, que por
una feliz coincidencia es un nmero entero. Las disoluciones
que tienen un pH superior a 7 son alcalinas o bsicas y en ellas
la concentracin de 0H es mayor que la de H^. Inversamente,
las disoluciones con un pH inferior a 7 son cidas.
Recuerde que la escala de pH es logartmica, no aritmtica.
Decir que el pH de dos soluciones difiere en 1 unidad de pH sig
nifica que una solucin tiene una concentracin de H"^ diez ve
ces superior al de la otra, pero no nos dice cul es el valor
absoluto de la diferencia. La Figura 2-14 indica el pH de algu
nos fluidos acuosos comunes. Una bebida de cola (pH 3,0) o un
vino tinto (pH 3,7) tienen una concentracin de H^ aproxima
damente 10.000 veces superior a la de la sangre (pH 7,4).
Se puede medir aproximadamente ei pH de una solucin
acuosa utilizando diversos colorantes indicadores, entre ellos el
tornasol, la fenolftalena y el rojo fenol que experimentan cam
bios de color cuando se disocia un protn de la molcula de co
lorante. Las determinaciones precisas de pH en el laboratorio

2.2 Ionizacin dei agud, cidos dbiles y bases dbiles

qumico o clnico se hacen con un electrodo de vidrio que es se


lectivamente sensible a la concentracin de
pero que es in
sensible aJ Na'*',
y otros cationes. En un pHmetro se
amplifica la seal de un electrodo de vidrio colocado en la diso
lucin a ensayar y se compara con la seal generada por una di
solucin cuyo pH se conoce con exactitud.
La medicin del pH es una de las operaciones ms im
portantes y ms frecuentemente utilizadas en bioqumi
ca. El pH afecta la estructura y actividad de macromolculas
biolgicas; por ejemplo la actividad cataltica de los enzimas de
pende fuertemente del pH (vase la
2-21). La medida del
pH de la sangre y de la orina se utiliza normalmente para diag
nosticar enfermedades. El pH del plasma sanguneo de las per
sonas con diabetes grave no controlada, por ejemplo, es con
frecuencia inferior al valor normal de 7,4; este estado se conoce
como acidosis (ms adelante se describir con mayor detalle).
En otros estados patolgicos el pH de la sangre es superior al
nonnal, estado que se denomina alcaiosis. La acidosis y la alcaiosis extremas pueden poner en peligro la vida.

Loscidos y bases dbiles tienen constantes


dedisociacin caractersticas
Los cidos clorhdrico, sulfrico y ntrico, denominados comn
mente cidos ftiertes, estn completamente ionizados en solu
ciones acuosas diluidas; las bases fuertes NaOH y KOH tambin
estn ionizadas completamente. De mayor inters para los bio

57 J

qumicos es el comportamiento de los cidos y bases dbiles, los


que no estn completamente ionizados al disolverse en el agua.
Estos compuestos forman parte de todos los sistemas biolgicos
y juegan papeles importantes en el metabolismo y su regu
lacin. Se comprender mejor el comportamiento de las disolu
ciones acuosas de los cidos y bases dbes si definimos prime
ro algunos trminos.
Se pueden definir los cidos como dadores de protones y
las bases como aceptores de protones. Un dador de protn y su
correspondiente aceptor forman un par cido-base coigugado (Fig. 2-15). El cido actico (CH3COOH), un dador de pro
tones y el anin acetato (CHsCOO*"), el correspondiente
aceptor de protones, constituyen un par cido-base conjugado,
relacionado por la reaccin reversible

CH3COOH

CH3COO" +

Cada cido tiene una tendencia caracterstica a perder su


protn en disolucin acuosa. Cuanto ms fuerte sea el ddo ma
yor ser la tendencia a perder su protn. La tendencia de cual
quier cido (HA) a perder un protn y formar su base conjugada
(A ) se define mediante la constante de equilibrio (K^q) para la
reaccin reversible
HA

para la que
(HAI

cidos monoprtcos
cido actico
(Ca = l , 7 4 x 10-5 M)

In amonio
(/i:a = 5,62x 10-10 M)

cidos diprticos
cido carbnico
(i.* l,7 0 x 10-^M);
Bicarbonato
(/!:=: 6,31 X 10-11M)
Glicina, grupo carboxilo
(AT, = 4,57 X 10-3 M);

Glicina, grupo amino


(: 2,61 X 10-10 M)

cidos triprticos
cido fosfrico

(iCa = 7,25X 10-3 M);


Dhidrgeno fosfato

(/:, = 1,38 X 10-7 M);


Monohidrgeno fosfato
(K^, = 3,98x 10-13 M)

FIGURA2-15 Un par cido-baseconjugadoconsisteenundador de protonesy


unaceptor de protones. Algunos compuestos, tales como el cido actico y el
amonaco, son monoprticos; pueden ceder solamente un protn. Otros son di
prticos (cido carfjnico y glicina) o triprticos (cido fosfrico). Se muestran las

reacciones de disociacin para cada par en donde tienen lugar a lo largo de un


gradiente de pH. fra cada reaccin se muestra la constante de equilibrio o diso
ciacin (K) y su logaritmo negativo, el p/C,. *Vase la explicacin de aparentes
discrepancias sobre los valores de pK del cido carbnico (H2CO3) en la p. 63.

56

El agua

Las constantes de equilibrio de las reacciones de ionizacin se


suelen denominar constantes de ionizacin o constantes
cidas de disociacin, a menudo designadas como K^. En la
Figura 2-15 se dan las constantes de disociacin de algunos ci
dos. Los cidos ms fuertes, tales como el fosfrico y carbnico,
tienen constantes de disociacin ms altas; los cidos ms dbi
les, tales como el monohidrgeno fosfato (H P O ^ , tienen cons
tantes de disociacin ms bajas.
En la Figura 2-15 tambin se incluyen los valores de piT,
una expresin anloga a la del pH y que se define mediante la
ecuacin

pH 6,76
T
Regin
pH

tamponante
-L-pH 3,76

pK. = l o g ^ = -logT,
Cuanto ms fuerte sea la tendencia a disociar un protn, ms
fuerte es el cido y menor es su pKg,. Como veremos a continua
cin, se puede determinar fcilmente el pfifa de cualquier cido
db.

O 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
Eqwvalentes de 0 H'~ aadidos
JL

Las curvas detitulacin revelan el

de los cidos dbiles

La titulacin se utiliza para determinar la cantidad de un cido


en una disolucin dada. Un volumen determinado de cido se ti
tula con una disolucin de concentracin conocida de una base
fuerte, normalmente hidrxido sdico (NaOH). Se aade NaOH
en pequeas cantidades hasta que se ha consumido (neutrali
zado) el cido segn se determina mediante un colorante indi
cador o con un aparato medidor de pH. Se puede calcular la
concentracin de cido en la disolucin original a partir del vo
lumen y la concentracin de NaOH aadido.
De la grca que representa el pH frente a la cantidad de
NaOH aadido (curva de titulacin) se deduce el p/sTadel ci
do dbil. Consideremos la titulacin de ima disolucin 0,1 m de
ddo actico con NaOH 0,1 Ma 25 C(Fig. 2-16). En el proce
so estn implicados dos equilibrios reversibles (para simplificar,
el cido actico se denomina aqu HAc):
H2O ^
HAc

H-"+OH

(2-5)

^ H ^ +A c-

(2-6)

Los equilibrios deben cumplir simultneamente sus constantes


de equilibrio caractersticas que son, respectivamente,
Kw = [H*][OH~] = 1 X 10"
(H^JlAc-J
= 1,74 X 10 M
[HAc]

(2-7)
( 2- 8)

AI principio de la titulacin, antes de aadir NaOH, el cido ac


tico ya est ligeramente ionizado, en un grado que se puede cal
cular a partir de su constante de disociacin (Ec. 2-8).
A medida que se va incorporando gradualmente NaOH, el
0H adicionado se combina con el H* libre en la disolucin
fonnando H2O para satisfacer la relacin de equilibrio de la
Ecuacin 2-7. A medida que se elimina H'* libre, el HAc se di
socia ms para satisfacer su propia constante de equilibrio
(Ec. 2-8). El resultado neto a medida que progresa la titula
cin es que se ioniza ms y ms HAc, formando Ac , segn se
va afladiendo NaOH. En el punto medio de la titulacin, en la
que se han aadido exactamente 0,5 equivalentes de NaOH,

50
Porcentaje titulado

100%

FIGURA2-16 Curva de titulacin dd cido actico. Ei pH de la mezcla se mi


de despus de cada adicin consecutivade NaOH a ladisolucinde cidoac
tico. Estevalor se representa frente a la cantidad de NaOH aadida, expresada
como fraccin de ia cantidad total de NaOH requerida para convertir todo el
cido actico (CH3COOH) en su forma desprotonada, el acetato {CH3COOI.
Los puntos obtenidos de esta manera dan la curva de titulacin. En los recua
dros se muestran las formas inicas predominantes en los puntos indicados. En
el punto medio de latitulacin las concentraciones del dador de protones y del
aceptor de protones son iguales y el pHes numricanrente igual al
del ci
do actico. La zona sombreada es la regin til de capacidad tamponante, ge
neralmente entre el10% y ei 90%de la titulacin del cido dbil.

se ha disociado la mitad del cido actico original, de modo


que la concentracin del dador de protones, (HAc), es igual a
la del aceptor de protones [Ac l. En este punto medio tiene
validez una relacin muy importante: el pH de la solucin equimolar de cido actico y acetato es exactamente igual al
del cido actico (pK^, = 4,76; vanse las Figs. 2-15 y 2-16).
Pronto quedar clara la base de esta relacin, que es vlida pa
ra todos los cidos dbiles.
A medida que contina la titulacin mediante la adicin de
mayores cantidades de NaOH, el cido actico todava sin diso
ciar se convierte gradualmente en acetato. El punto final de la
titulacin tiene lugar a aproximadamente pH 7,0: todo el cido
actico ha perdido sus protones, dndolos al 0H~, para formar
H2O y acetato. A lo largo de la titulacin coexisten los dos equi
librios (Ecs. 2-5 y 2-6), cumpliendo cada uno de ellos con su
constante de equilibrio.
En la Fig. 2-17 se comparan las curvas de titulacin de
tres cidos dbiles con cor\stantes de disociacin muy dife
rentes: el cido actico (p^ = 4,76); el dihidrgeno fosfato,
H2PO7 (jpKs, = 6,86) y el in amonio, NhJ (pK^ = 9,25). Aimque
las curvas de titulacin de estos cidos tienen la misma forma,
estn desplazadas a lo largo del eje de pH debido a que los tres
tienen diferente fuerza. El cido actico, que tiene la mayor

2.3 Tamponamento contra cambios de pH en los sistemas biolgicos

Punto medio
de la
titulacin

59

El pH de una disolucin acuosa refleja, en escala logartmi


ca, la concentracin de iones hidrgeno:
NHs

pH = log

Regiones
tamponantes:
y - 10,25

pK^ = 9,25

pH

[H^][A ]
[HA]

El pKa expresa la fuerza relativa de un cido o base dbiles


en escala logartmica:

pK^ = log

O 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0

-log [H^].

Cuanto mayor es la acidez de una disolucin, menor ser


su pH. Los cidos dbiles se ionizan parcialmente y liberan
un in hidrgeno, lo que hace disminuir el pH de la disolu
cin acuosa. Las bases dbiles aceptan un in hidrgeno y
aumentan el pH. El grado en que se producen estos proce
sos es caracterstico de cada cido o base dbiles en parti
cular y se expresa como la constante de disociacin:
eq

1
[H^]

-logTa-

Cuanto ms fuerte sea un cido, menor ser su p^T^; cuan


to ms fuerte sea la base, mayor su pfa- El pJifa se puede
determinar experimentalmente; es el pH del punto medio
de la curva de titulacin del cido o de la base.

Equivalentes de OH' aadidos


_L

50

100%

Porcentye titulado

2.3 Tamponamento contra cambios de pH

en los sistemas biolgicos

FIGURA2-17 Comparacin de las curvas de titulacin de tres ddos dbiles. Se


muestran las curvas de titulacin de CH3 COOH H2 POJ y NHJ. En los recuadros
se muestran las formas inicas predominantes en los puntos sealados de la titu
lacin. Las regiones con capacidad tamponante estn indicadas a la derecha. Los
pares cido-base conjugados son tampones efectivos entre aproximadamente el
10 y el 90% de la neutralizacin de la especie dadora de protones.

(el menor p/Q de los tres es el ms fuerte de los tres cidos d


biles (pierde su protn con ms facilidad); a pH 4,76 se encuen
tra ya semidisociado. El dihidrgeno fosfato pierde un protn
con menor facilidad, y est semidisociado a pH 6,86. El in amo
nio es el cido ms dbil de los tres y no est semidisociado has
ta pH 9,25.
La curva de titulacin de un cido dbil muestra grfica
mente que un cido dbil y su anin, un par cido-base corru
gado, pueden actuar como sustancias tampn, que describimos
en la seccin siguiente.

RESUMEN 2.2

Ionizacin del agua, cidos


dbiles y bases dbiles

El agua pura est ligeramente ionizada y contiene la misma


cantidad de iones hidrgeno (iones hidronio, H3O*") e iones
hidroxilo. El grado de ionizacin se describe mediante
....................... [H ^ ][O H -]
una constante de equilibno, K^q = FtTTvi >
lJnL2UJ
de la que se deduce el producto inico del agua,
A25"C,AT,. = (H^I(OH ) = (55,5
=
10"'^ M^.

Casi todos los procesos biolgicos son dependientes del pH;


un pequeo cambio en el pH produce un gran cambio en la
velocidad del proceso. Esto no slo es cierto para las muchas
reacciones en las que el in H"^ es un participante directo, sino
tambin para aquellas en las que aparentemente no juegan
ningn papel. Los enzimas que catalizan ias reacciones celula
res, y muchas de las molculas sobre las que actan, contienen
grupos iorzables con valores de pA'a caractersticos. Los gru
pos amino y carboxilo protonados de los aminocidos y el
grupo fosfato de los nucletidos, por ejemplo, funcionan co
mo cidos dbiles; su estado inico depende del pH del medio
que los rodea. (Cuando un grupo ionizable se halla secuestra
do dentro de una protena, lejos del disolvente acuoso, su
o pifa aparente, puede ser sensiblemente diferente de su pK^
en agua.) Tal como hemos sealado anteriormente, las inte
racciones inicas se cuentan entre las fuerzas que estabilizan
una molcula proteica y permiten que un enzima reconozca y
se una a su sustrato.
Las clulas y los organismos mantienen un pH citoslico
especco y constante, normalmente cerca de pH 7, que man
tiene las biomolculas en su estado inico ptimo. En los orga
nismos multicelulares, el pH de los fluidos extracelulares
tambin se mantiene estrechamente regulado. El pH se mantie
ne constante principalmente gracias a los tampones biolgicos,
que son mezclas de cidos dbiles y de sus bases conjugadas.

Los tampones son mezdas de ddos dbiles


y sus bases conjugadas
Los tampones son sistemas acuosos que tienden a resistir cam
bios en su pH cuando se aaden pequeas cantidades de cido

60

El agua

OH

HjO

Acido actico
(CH3COOH)

Acetato
(CHaCOO-)

/:.=

[H^lIAc-1
IHAcl

FIGURA2-18 El par cido actco-acetato comosistema tampn. Ei sistema es


capaz de absorber H'* u OH~ a travs de la reversibilidad de la disociacin del
cido actico. El dador de protones, el cido actico (HAc), contiene una reser
va de H ligado, que puede liberarse para neutralizar una adicin de OH" al
sistema formando H2O. Esto sucede porque el producto IH"l|OH l excede
transitoriamente Ky, (1 x
m^). El equilibrio se ajusta rpidamente de modo
que este producto sea igual a 1 x 1(T^ (a 25
reduciendo as transitoria
mente la concentracin de H'*. Pro ahora el cociente [H'l[Ac]/[HAc] es me
nor que /Ca, por lo que se disocia ms HAc para restaurar el equilibrio. De modo
semejante, la base conjugada, Ac" puede reaccionar con iones H'* adicionados
al sistema; de nuevo las dos reacciones de ionizacin vuelven simultneannente al equilibrio. As un par cido-base conjugado, tal como el cido actico y el
in acetato, tiende a resistir un cambio en ei pM cuando se aaden pequeas
cantidades de cido o base. La accin tamponante es simplemente la conse
cuencia de dos reacciones reversibles que tienen lugar simultneanriente y que
alcanzan sus puntos de equilibrio segn sus constantes de equilibrio,
y K^.

(H'*) o base (OH"). Un sistema tampn consiste en un ddo d


bil (dador de protones) y su base conjugada (aceptor de proto
nes). Por ejemplo, una mezcla de igual concentracin de ddo
actico y de in acetato, tal como la que se encuentra en el pun
to medio de la curva de tituladn de la Figura 2-16, es un siste
ma tampn. Observe que la curva de tituladn del ddo actico
tiene una zona relativamente plana que se extiende alrededor
de 1 unidad de pH a cada lado dd pH de su punto medio, 4,76.
Dentro de esta zona una cierta cantidad de H'* u OH" aadida al
sistema tiene un efecto mucho menor sobre el pH que la misma
cantidad aadida fuera de ella. Esta zona relativamente plana
es la regin de tamponamiento del par cido actico-acetato.
En el punto medio de la regin de tamponamiento, donde la
concentracin del dador de protones (cido actico) es exacta
mente igual a la del aceptor de protones (acetato), el poder
tamponante del sistema es mximo; esto es, el cambio de pH es
mnimo cuando se adidona 0H o H"^. El pH en este punto de la
curva de titulacin del ddo actico es igual a su pK^. El pH del
sistema tampn del acetato cambia ligeramente cuando se adi
ciona una pequea cantidad de OH o de H'*, pero este cambio
es muy pequeo si lo comparamos con el cambio de pH que se
producira si se aadiese la misma cantidad de OH o H^ al agua
pura o a una disolucin de la sal de un ddo fuerte y una base
fuerte, como puede ser el NaCl, que no tiene capacidad tampo
nante.
El tamponamiento es el resultado de dos equilibrios de
reacciones reversibles que tienen lugar en una disolucin con

concentraciones casi iguales de dador de protones y de su


aceptor de protones conjugado. La Figura 2-18 explica de
qu modo funciona un sistema tampn. Siempre que se aade
H'*' u 0H~ a un tampn, el resultado es un pequeo cambio en
el cociente de las concentraciones relativas del cido dbil y
de su anin y, por tanto, un pequeo cambio de pH. El des
censo en la concentracin de un componente del sistema se
equilibra exactamente por un incremento del otro. La suma
de los componentes del sistema no vara, sino que slo vara
su proporcin.
Cada par conjugado ddo-base tiene una zona caractersti
ca de pH en la que es un tampn ecaz (Pig. 2-17). El par
H2P07/HP04 tiene un pK^ de 6,86 y por tanto puede servir co
mo sistema tampn eciente entre aproximadamente pH 5,9 y
pH 7,9; el par NH4/NH3, con un piT de 9,26, puede actuar como
tampn aproximadamente entre pH 8,3 y pH 10,3.

La ecuacin de Henderson-Hasselbaich relaciona


pH, p/ay concentracin de tampn
Las curvas de titulacin del cido actico, de H2PO7 y de NH^
(Fig. 2-17) tienen formas casi idnticas, lo que sugiere que reejan una ley o relacin fundamental. Este es, efectivamente, el
caso. La forma de la curva de titulacin de cualquier cido dbil
est expresada por la ecuacin de Henderson-Hasselbaich, que
es importante para comprender la acdn de los tampones y el
equilibrio cido-base en la sangre y tejidos de los vertebrados.
Esta ecuacin es simplemente una forma til de enunciar de
otro modo la expresin de la constante de ionizacin de un
cido. En el caso de la ionizacin de un cido dbil HA, la
ecuacin de Henderson-Hasselbaich puede deducirse de la si
guiente forma:

[HA]
Despejando primero [H**"]:
[HA]
[A -]
Tomando el logaritmo negativo en ambos lados de la igualdad:
- lo g [H n = - l o g : , - l o g ^
Sustituyendo -log[H^] por pH y -log^a Por pK^:
TT

pH = p/^a

[HA]

Invirtiendo ahora -log[HAl/[A], lo que implica un cambio de sig


no, se obtiene la ecuacin de Henderson-Hasselbaich:
pH = pLa + log

[A^l
[HA]

(2- 9;

Esta ecuadn se ajusta a la curva de titulacin de todos los .d


dos dbiles y nos permite deducir una serie de relaciones cuan
titativas importantes. Por ejemplo, muestra por qu el pK^ de
un cido dbil es igual al pH de la soludn en el punto medio de
su titulacin. En este punto, [HA] = [A~] y de ah
pH = pia + log 1 = pTa + O = p/Ta

2.3 Tamponamento contra cambios de pH en los sistemas biolgicos

La ecuacin de Henderson-Hasselbalch tambin permite (1)


calcular el
a partir del pH y la relacin molar entre dador y
aceptor de protones; (2) calcular el pH a partir del pK^ y la rela
dn molar entre dador y aceptor de protones, y (3) calcular la
relacin molar entre dador y aceptor de protones, conocidos el

61

Utilizamos la ecuacin de Hendei-son-Hasselbalch:


pH =

+ le

[A~]
[HA]

Sustituyendo pK2 = 6,0 y pH = 7,3;

pHyelpJ^a.

Acidos obases dbiles tamponan clulas y tejidos


contra cambios de pH
Los fluidos intra y extracelulares de los organismos multicelula
res poseen un pH caracterstico y prcticamente constante. Los
sistemas tampn proporcionan la primera lnea de defensa del
organismo contra los cambios del pH interno. El citoplasma de
la mayora de clulas contiene elevadas concentraciones de pro
tenas, las cuales contienen muchos aminocidos con grupos
funcionales que son cidos dbiles o bases dbiles. Por ejemplo,
la cadena lateral de la histidina (Fig. 2-19) tiene un pK^, de 6,0;
las protenas que contienen residuos de histidina pueden, por lo
tanto, tamponar de manera eciente a un pH cercano a la
neutralidad.

EJEMPLO PRCTICO 2-5 Ionizacin de la histidina

Calcule la fraccin de histidina que tiene su cadena lateral de


imidazol protonada a pH 7,3. Los valores de pK^ de la histidina
son pKy = 1,82, pK^ (imidazol) = 6,00 y pK^ = 9,17 (vase la
Fig. 3-12b).
Solucin: Los tres grupos ionizables de la histidina tienen va
lores de pK^ suficientemente diferentes para que el primer
grupo cido (COOH) est completamente disociado antes
de que el segundo (imidazol protonado) empiece a perder su
protn, y el segundo se ioniza completamente antes de que el
tercero (NHJ) empiece a perder el suyo. (Con la ecuacin
de Henderson-Hasselbalch podemos demostrar fcilmente
que un cido dbil va desde una ionizacin del 1% a 2 unida
des de pH por debajo de su pK^ a una ionizacin del 99% a dos
unidades de pH por encima de su pK^\ vase tambin la
Fig. 3-12b.) A pH 7,3, el grupo carboxilo de la histidina es
t completamente desprotonado (COO) y el grupo a-amino
completamente protonado ( NH3), Podemos, por tanto, su
poner que a pH 7,3 el nico grupo que se encuentra parcial
mente disociado es el grupo imidazol, que puede estar
protonado (abreviado HisH*) o no (His).

antilog 1,3 =

ImsJtl J

= 2,0 x 10^

La fraccin de histidina total que se encuentra en la forma pro


tonada HisH"^ a pH 7,3 es 1/21 (1 parte de HisH'" en un total de 21
partes de histidina en cualquiera de sus dos formas), o un 4,8%.

Nucletidos tales como el ATP, as como muchos metaboli


tos de baja masa molecular, contienen grupos ionizables que
pueden contribuir al poder tamponante del citoplasma. Algunos
orgnulos altamente especializados y compartimientos extrace
lulares contienen elevadas concentraciones de compuestos que
contribuyen a la capacidad tamponante: los cidos orgnicos
tamponan las vacuolas de las clulas vegetales; el amo
naco tampona la orina.
Dos tampones biolgicos especialmente importantes son
los sistemas del fosfato y del bicarbonato. El sistema tampn del
fosfato, que acta en el citoplasma de todas las clulas, consiste
en H2PO7 como dador de protones y HPOf" como aceptor de
protones:
H2PO

H*" + H P O r

El sistema tampn del fosfato presenta su efectividad mxima a


un pH prximo a su pK^ de 6,86 (Figs. 2-15, 2-17), y tiende
pues a resistir los cambios de pH en el intervalo entre 5,9 y 7,9.
Es, por tanto, un tampn efectivo en los fluidos biolgicos; en
los mamferos, por ejemplo, los fluidos extracelulares y la mayo
ra de compartimientos citoplasmticos tienen un pH en el in
tervalo de 6,9 a 7,4 (vase el Ejemplo Prctico 2-6).
El plasma sanguneo est tamponado en parte por el siste
ma del bicarbonato que consiste en cido carbnico (H2CO3)
como dador de protones y el bicarbonato (HCO3) como aceptor
de protones (Ki representa la primera de varias constantes de
equilibrio en el sistema tampn del bicarbonato):

H2CO3

H^ + HCO3
[H^J[HC03]

[H2CO3]
Este sistema tampn es ms complejo que otros pares cido-ba
se conjugados, ya que imo de sus componentes, el cido carb
nico (H2CO3) se forma a partir de dixido de carbono disuelto
(d) y agua, segn la reaccin reversible:

FIGURA2-19 Ionizacin de la histidina. El aminocido histidina, componente


de las protenas, es un cido dbil. El pK^ del nitrgeno protonado de ia cadena
lateral es 6 ,0 .

C02(d) + H2O

H2CO3

[H2CO3]
[C02(d)][H20]

E) agua

i EJEMPLO PRCTICO 2-6 Tamponesfosfato


(a )

Cul es el pH de una mezcla de 0,042 m de NaH2P04 y 0,058 m de N32HP04?

Solucin: Utilizamos la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, que expresaremos como:


[base conjugada]
pH = pCa + log[cido]
En este caso, el cido (la especie que libera un protn) es H2PO, y la base conjugada (la espe
cie que ha perdido un protn) es HPO|". Sustituyendo con las concentraciones dadas de cido
y base conjugada y con el valor del
( 6,86),
pH = 6,86 +

/0,058\
) = 6,86 + log 1,38 = 6,86 + 0,14 = 7,0

Podemos comprobar de modo cualitativo si esta respuesta es correcta. Si hay una mayor
cantidad de base conjugada presente que de cido, la titulacin del cido est por encima del
50% y el pH est por encima del pTa ( 6,86), punto en el cual el cido est titulado al 50%.
(b ) Si se aade 1,0 mL de NaOH 10,0 N a un litro del tampn preparado en (a ), cunto varia
r el pH?
Solucin: Un litro de tampn contiene 0,042 moles de NaH2P04. La adicin de 1,0 mL de NaOH
10,0 N (0,010 moles) titulara una cantidad equivalente (0,010 moles) de NaH2P04 a Na2HP04,
resultando en 0,032 moles de NaH2P04 y 0,068 moles de Na2HP04. El nuevo pH es:
pH = p^a + log
= 6,86 + log

[HPOM
[H2P0 ; ]
0,068
0,032

6,86 + 0,33 = 7,2

(c ) Si se aade 1,0 mL de NaOH 10,0 N a un litro de agua pura a pH 7,0 cul ser el pH nal?
Comprelo con la respuesta obtenida en (b ).
Solucin: El NaOH se disocia completamente en Na*" y OH", dando [0H] = 0,010 mol/L =
1,0 X 10^ M. El pOH es el logaritmo negativo de [0H], de modo que pOH = 2,0. Dado que en to
das las disoluciones, pH + pOH = 14, el pH de la disolucin es 12.
Por tanto, una cantidad de NaOH que incrementa el pH del agua desde 7 a 12, incrementa
el pH de una disolucin tamponada, slo de 7,0 a 7,2. jAs es la capacidad del tamponamiento!

El dixido de carbono es un gas en condiciones normales, y la


concentracin de CO2 disuelto resulta de su equilibrio con el
CO2de la fase gaseosa (g):
C02(g) ^

reversibles, en este caso entre CO2 gaseoso en los pulmones y


bicarbonato (HCO3) en el plasma sanguneo (Fig. 2-20).

C02(d)

[C02(d)]
[C02(g)]
El pH de un sistema tampn de bicarboimto depende de la con
centracin de H2CO3 y de HCO3, dador y aceptor de protones
respectivamente. A su vez, la concentracin de H2CO3depende
de la concentracin de CO2disuelto, que a su vez depende de la
concentracin del CO2 en la fase gaseosa, denominada presin
parcial de CO2 o PCO2. As, el pH de un tampn bicarbonato
expuesto a una fase gaseosa viene determinado en ltimo tr
mino por la concentracin de HCO3 en la fase acuosa y la PCO2
en la fase gaseosa.
El sistema tampn del bicarbonato es un tampn fisiol
gico eficiente cerca de pH 7,4 ya que el H2CO3 del plas
ma sanguneo est en equilibrio con una gran capacidad de
reserva de C02(g) en el espacio areo de los pulmones. Como
se ha dicho antes, este sistema tampn implica tres equilibrios

Fase g^eosa
(espacio areo pulmonar)

C02(g)

FIGURA2-20 El sistema tampn del bicarbonato. El CO2 de) espacio areo de


los pulmones est en equilibrio con el tampn bicarbonato en el plasma san
guneo que pasa a travs de los capilares pulmonares. Dado que la concentra
cin de CO2 disuelto se ajusta rpidamente mediante cambios en la velocidad
de respiracin, el sistema tampn del bicarbonato de la sangre est en un cuasi-equilibrio con una gran reserva potencial de CO2 .

2.3 Tamponamiento contra cambios de pH en los sistemas biolgicos

Cuando se aade H"*" (por ejemplo, a partir de cido lctico


producido en el tejido muscular durante el ejercicio vigoroso) a
la sangre, a medida que sta pasa por los tejidos, la reaccin 1
de la Figura 2-20 transcurre hacia un nuevo equilibrio en el que
aumenta [H2CO3I. Esto implica a su vez el aumento de [C02(d)j
en la sangre (reaccin 2) y as aumenta la presin de C02(g) en
el espacio areo de los pulmones (reaccin 3); el CO2 sobrante
se exhala. De manera inversa, cuando se aumenta el pH del
plasma sanguneo (por ejemplo, por la produccin de NH3 du
rante el catabolismo de las protenas), tienen lugar ios procesos
opuestos: la [H**] del plasma sanguneo desciende, haciendo que
se disocie ms H2CO3 en
y HCOJ por lo que se disuelve ms
C02(g) de los pulmones en el plasma sanguneo. La velocidad
de la respiracin, esto es, la velocidad de inhalacin y exhala
cin de CO2, puede ajustar estos equilibrios rpidamente y man
tener casi constante el pH de la sangre. El ritmo de la
respiracin se controla en el tronco cerebral, donde la detec
cin de un aumento en la pCOa o un descenso en el pH de la
sangre desencadena una respuesta que hace que la respiracin
sea ms profunda y frecuente.
Al pH del plasma sanguneo (7,4) hay poco H2CO3presente
en comparacin con HCO.3, y la adicin de una pequea cantidad
de base (NH3 u OH") titulara todo el H2CO3, anulando la capaci
dad de tamponamiento. El importante papel del cido carbnico
(p^a = 3,57 a 37 C) en el tamponamiento del plasma sanguneo
(-pH 7,4) parece no estar de acuerdo con la anterior afirmacin
de que un tampn es ms efectivo en el margen de 1 unidad de
pH por debajo y por encima de su pifa- La explicacin de esta pa
radoja estriba en la gran reserva de C02(d) en la sangre y en la ra
pidez con que establece su equilibrio con el H2CO3:
C02(d) + H2O
Podemos denir una constante,
librio de la hidratacin del CO2:

Ku

H 2CO 3

que es la constante de equi

63

En medicina clnica es normal referirse a C02(d) como el


cido conjugado y usar su
aparente (o combinado) de 6,1
para simplificar el clculo del pH a partir de [C02(d)). Segn
esto,
pH = 6,1 + log

[HCOj]
(0,23 X P C O 2)

donde PCO2 se expresa en kilopascals (kPa; normalmente,


PCO2 est entre 4,6 y 6,7 kPa) y 0,23 es el correspondiente co
eficiente de solubilidad del CO2en agua; de este modo, el trmi
no 0,23 X PCO2 1,2 kPa. La [HCOi] del plasma es
normalmente de 24 mM.

La diabetes no tratada produce acidosis


que puede ser mortal
El plasn\a sanguneo humano tiene normalmente un pH
entre 7,35 y 7,45, y muchos de los enzimas que actan en
la sangre han evolucionado para tener su actividad mxima en
este margen de pH. Aunque son muchos los aspectos de la es
tructura y funcin celulares inuidos por el pH, es la actividad
enzimtica la que es especialmente sensible. Los enzimas tienen
un mximo de actividad cataltica a un pH caracterstico deno
minado pH ptmo (Fig. 2-21). A ambos lados del pH ptimo
su actividad cataltica desciende, a menudo de forma abrupta.
As, un pequeo cambio en el pH puede provocar una gran dife
rencia en la velocidad de alguna reaccin crucial catalizada enzi
mticamente. El control biolgico del pH de las clulas y fluidos
corporales es, por consiguiente, de importancia central en todos
los aspectos del metabolismo y de las actividades celulares,
por lo que cambios en el pH de la sangre tienen consecuencias fi
siolgicas marcadas (descritas en el recuadro 2- 1).
En individuos con diabetes no tratada, la falta de insulina o
la insensibilidad a su presencia (dependiente del tipo de diabe-

H 2CO 3]
[C 02 (d )l

A continuacin, con el fin de tener en cuenta la reserva de


C02(d), podemos expresar IH2CO3I como /rh(C02(d)], y susti
tuir esta expresin por IH2CO3] en la ecuacin de la disociacin
cida de H2CO3:
[H^llHCOJ]

[H^HCOa]

[H 2CO 3]

/h [C 0 2 (d )]

Ahora, la constante de equilibrio global para la disociacin de


H2CO3puede expresarse en estos tnninos:
/i^corabinada

[H^HCO^l
[C02(d)]

Podemos calcular el valor de la nueva constante, ^Tcombinad* y ^1


correspondiente pK aparente, o p/Ccombinado, a partir de los valo
res determinados experimentalmente para
(3,0 X 10^ M) y

A a(2,7X 10-^M )a37C:


^combin.d = (3,0 X 10- M)(2,7 X 10" M)
= 8,1 X IO " M

p:combid. = 6,1

FIGURA 2-21 pH ptimos de algunos enzimas. La pepsina es un enzima di


gestivo secretado en el jugo gstrico, el cual tiene un pH de -1,5 que permite
una accin ptima de la pepsina. La tripsina, un enzima digestivo que acta en
el intestino delgado, tiene un pH ptimo que coincide con el pH neutro de la
luz del intestino delgado. La fosfatasa alcalina del tejido seo es un enzima hidroltico que se aee que participa en ia mineralizacin del hueso.

64

El agua

RECUADRO 2--1

Sobre ser su propio conejillo de Indias


(no lo intente en casa!)

sta es una descripcin de J.B.S. Haidane de experimentos fi


siolgicos sobre el control del pH de la sangre, extrada de su li
bro FossiW^ Worlds (Harper and Brothers, 1928),
Quise averiguar qu le ocurra a un hombre cuando se
converta en ms cido o ms alcalino... Desde luego, podra ha
ber intentado los experimentos en primer lugar con un conejo,
puesto que ya se haba hecho algn trabajo en esta lnea; pero
uno no puede estar nunca muy seguro de cmo se siente un co
nejo. De hecho, hay conejos que no quieren cooperar.
... De modo que un colega humano y yo empezamos a
experimentar, cada uno con el otro... Mi colega, el Dr. H.W.
Davies, y yo nos hicimos ms alcalinos forzando la respiracin e
ingiriendo hasta tres onzas de bicarbonato sdico. Nos hicimos
cidos encerrndonos en una habitacin sellada que contena
entre un seis y un siete por ciento de dixido de carbono en el
aire. Esto le hace a uno respirai* como si acabara de terminar
una cancera de remo, produciendo a la vez un violento dolor de
cabeza... Dos horas era el mximo que aguantbamos con el
dixido de carbono, incluso en el caso de que nuestra cmara de
gas no hubiera retenido el olor inerradicable del gas de la cruz
amarilla, procedente de pretritos experimentos de tiempos de
guerra, que hacan que uno lloriqueara slo por entrar en ella.
Dada esta situacin, lo ms obvio era intentar beber algo de ci
do clorhdrico. Si lo tomas tal cual, concentrado, te disuelve los
dientes y te quema la lengua, pero lo que yo quera era hacer
que se difundiera suavemente por mi cuerpo. Lo mximo que
llegu a ingerir fue una parte de cido comercial fuerte disuelta
en cien de agua; tena suficiente con un pinta de ese brebaje,
que irritaba mi garganta y mi estmago, pero al mismo tiempo
calculaba que necesitaba un galn y medio para obtener el efec
to deseado... Pens que si tomaba cloruro amnico, parte de l
se disociara en mi cuerpo, liberando clorhdrico. La idea era co
rrecta. .. el hgado convierte el amonaco en una sustancia ino
cua llamada urea antes de que llegue al corazn y al cerebro
despus de su absorcin en el intestino. El cido clorhdrico re

sultante se combina con el bicarbonato sdico, presente en to


dos los tejidos, produciendo cloruro sdico y dixido de carbo
no. He observado en m mismo la produccin de este gas como
consecuencia de este proceso, a la velocidad de seis cuartos de
galn por hora (aunque no una hora entera a este ritmo)...
Estaba bastante satisfecho de haber reproducido en m mis
mo el tipo de dficit respiratorio que ocurre en los estados termi
nales de la enfermedad renal y de la diabetes. Desde haca tiempo
se saba que eso era debido al envenenamiento por cido, pero en
todos los casos el envenenamiento por cido se complica con
otras anonnalidades qumicas y haba bastantes dudas sobre cu
les de los sntomas eran debidos directamente al cido.
La escena cambia ahora a Heidelberg, donde Freudenberg
y Gyrgy estaban estudiando la tetania muscular en nios pe
queos... se les ocurri que podra ser interesante probar el
efecto de aumentar de manera importante la acidez del cuerpo.
Se haba observado tetania de forma ocasional en pacientes que
haban sido tratados por otras causas mediante grandes dosis
de bicarbonato sdico o que haban perdido mucho cido clor
hdrico por vmitos constantes; por tanto, si la alcalinidad de los
tejidos produce tetania muscular, es de esperar que la acidez la
cure. Desgraciadamente, resulta difcil imaginar que se pueda
curar a un nio moribundo encerrndolo en una habitacin lle
na de cido carbnico y an menos que se le haga ingerir cido
clorhdrico; no se les ocurri otra cosa que administrar sales de
calcio, que no se absorben muy bien y que afectan la digestin,
pero que ciertamente resultan beneficiosas en muchos casos de
tetania muscular.
Sin embargo, as que leyeron mi articulo sobre el cloruro
amnico empezaron a administrarlo a los nios, y se sintieron
encantados al comprobar que los sntomas desaparecan en
cuestin de horas. Desde entonces se ha usado con xito en In
glaterra y en Amrica, tanto en nios como en adultos. No eli
mina la causa, pero hace que los pacientes mejoren hasta nn
punto desde el que es posible su recuperacin.

tes), impide la captacin de glucosa desde la sangre a los tejidos


y obliga al uso por parte de stos de los cidos gi-asos almacena
dos como fuente prinmria de energa. Por razones que describi
remos con detalle ms adelante (p. 914), esta dependencia de
los cidos grasos da como resultado la acumulacin de grandes
concentraciones de dos cidos carboxlicos, el cido ^^hidroxibutrico y el acetoactico (niveles en plasma de 90 mg/100 mL
en comparacin con <3 mg/100 mL en individuos control (sa
nos); excrecin urinaria de 5 g/24 h, comparada con <125 mg/24 h
en los controles). La disociacin de estos cidos hace descender
el pH sanguneo a menos de 7,35, causando acidosis. La acidosis
grave produce dolor de cabeza, sonmolencia, nuseas, vmitos
y diarrea, seguidos de aletargamiento, coma y convulsiones,
presumiblemente como consecuencia de que algunos enzimas
no funcionan ptimamente a pH bajo. Cuando a un paciente se
le detectan niveles elevados de glucosa en sangre, pH plasmti
co bajo y niveles elevados de cido jS-hidroxibutrico y cido

acetoactico en sangre y orina, el diagnstico ms probable es


diabetes mellitus.
Otros estados son tambin susceptibles de producir acidosis. El ayuno y la inanicin fuerzan el uso de los cidos grasos
almacenados como fuente de energa, con las mismas conse
cuencias que la diabetes. El ejercicio muy intenso, como en los
esprints de atletas o ciclistas, produce una acumulacin temporal
de cido lctico en la sangre. El fallo renal disnnuye la capacidad
de regular los niveles de bicarbonato. Las enfermedades pulnio
nares (tales como el enfisema, la neimiona o el asma) reducen la
capacidad de elinnar el CO2 producido durante la oxidacin de
los combustibles en los tejidos, con la consiguiente acumulacin
de H2CO3. La acidosis se trata atacando las causas subyacentes:
con insulina pjura personas afectadas de diabetes, y con estermdes o antibiticos para personas con enfeimedades puhnonan'Ji
La acidosis grave puede revertirse administrando una disolucin
de bicarbonato por va intravenosa.

2.4 Ei dgud como reactivo

H i E/EMPLO PRCTICO 2-7 Tratamientodelaacidosis


conbicarbonato
Por qu aumenta el pH del plasma sanguneo con la adminis
tracin intravenosa de una disolucin de bicarbonato?
Solucin: La relacin de concentraciones de H2CO3y de C02(d)
determina el pH del tampn bicarbonato segn la ecuacin:
pH = 6,1 + log

[HCOJ]
(0,23 X PCO2)

Si la (HCO3] aumenta sin variacin en la PCO2, el pH aumen


tar.

RESUMEN 2.3 Tamponamento contra


cambios de pH en los
sistemas biolgicos
Una mezcla de un cido (o base) dbil y su sal resiste los
cambios de pH causados por la adicin de
u OH'. Esta
mezcla acta como im tampn.
El pH de una disolucin de cido db (o base dbil) y su
sal se deduce de la ecuacin de Henderson-Hasselbalch:
pH = pjKa + log

[A ]
[HA]*

En las clulas y los tejidos, los sistemas tampn de fosfato


y bicarbonato mantienen los fluidos intracelulares y extracelulares en su pH ptimo (feiolgico), que es normal
mente cercano a 7. Los enzimas suelen actuar de manera
ptima a este pH.
Los estados que hacen descender el pH de la sangre, pro
duciendo acidosis, o que hacen que aumente, produciendo
alcalosis, pueden poner en peligro la vida de las personas.

65

reaccin de hidrlisis. Las reacciones de hidrlisis son tam


bin responsables de la despolimerizacin enzimtica de prote
nas, glcidos y cidos nucleicos. Las reacciones de hidrlisis,
catalizadas por enzimas denonnados hidrolasas, son casi
siempre exergnicas; al generar dos molculas a partir de una
conducen a un incremento en la entropa del sistema. La forma
cin de polmeros celulares a partir de sus subunidades por sim
ple inversin de la hidrlisis (es decir, mediante reacciones de
condensacin) sera endergnica, por lo que no tiene lugar. Co
mo veremos, las clulas salvan este obstculo termodinmico
mediante el acoplamiento de reacciones de condensacin endergrcas con procesos exergnicos, tales como la rotura del
erace anhdrido del ATR
Al leer esto usted est (|eso esperamos!) consumiendo ox
geno. El agua y el dixido de carbono son los productos finales
de la oxidacin de combustibles tales como la glucosa. La reac
cin global de este proceso se puede resumir como:
-> 6CO2 + 6H2O

C 6H j 206 4- 6O2

Glucosa
El agua metablica formada a partir de alimentos y grasas al
macenadas es de hecho suficiente para permitir que algunos
animales que viven en hbitats muy secos Gerbos, ratas cangu
ro, camellos) sobrevivan sin beber agua durante largos perodos
de tiempo.
El CO2 producido por la oxidacin de glucosa se convierte
en los eritrocitos en la forma ms soluble HCX)^, mediante una
reaccin catalizada por la enzima carbnico aiiidrasa:
CO2 + H2O

HCO3
+

En esta reaccin, el agua no es slo un sustrato sino que acta


en un proceso de transferencia de protones formando una red
de molculas de agua urdas por enlaces de hidrgeno a travs
de las que se produce un salto de protones (Fig. 2-13).
Las plantas y algas verdes utilizan la energa de la luz solar
para romper el agua en el proceso de la fotosntesis:

2.4 El agua como reactivo

lu s

El agua no es slo el disolvente en el que tienen lugar las reac


ciones qumicas de las clulas vivas; muy a menudo participa di
rectamente en estas reacciones. La formacin de ATP a partir
de ADP y fosfeto inorgrco constituye un ejemplo de una
reaccin de condensacin en la que se eliminan los elemen
tos del agua (Fig. 2-22). La reaccin inversa a sta, rotura
acompaada de la adicin de los elementos del agua, es una

2H2O + 2 A ----> O2 + 2AH2


En esta reaccin, A es una especie aceptora de electrones que
var segn el tipo de organismo fotosinttico y el agua acta de
dador de electrones en una secuencia de oxidacin-reducdc^
(vase la Fig. 19-57) que es fundamental para el desarrollo de
toda forma de vida.
"

RESUMEN 2.4 El agua como reactivo

R-O -P-O H + H 0 - P - 0
(ADP)

RO - P - O PO ' + H^O
(ATP)
Fosfoanhdrido

FKHIRA2-22 Participacin del agua en reacciones biolgicas. El ATP es un fos


foanhdrido formado por una reaccin de condensacin (prdida de los elemen
tosdel agua) entre ADP y fosfato. R representa adenosina monofosfato (AMP), Esta
reaccin de condensacin requiere energa. La hidrlisis (adicin de los elemen
tosdel agua) dei ATP para formar ADP y fosfato libera una cantidad equivalente de
energa. Estas reacciones de condensacin e hidrlisis dd ATP son slo un ejem
plodel papel del agua confK) reactivo en procesos biolgicos.

El agua es a la vez el disolvente en el que tienen lugar las


reacciones metablicas y un reactivo que interviene en
muchos procesos bioqumicos, entre los que se incluyen
las reacciones de hidrlisis, de condensacin y de oxida
cin-reduccin.

2.5 La adecuacin dei ambiente acuoso'

a ios organismos vivos


Los orgaismos se han adaptado de manera efectiva a su am
biente acuoso e incluso han desarrollado medios para aprove
char las inusuales propiedades del agua. El alto calor especfico

66

El agua

del agua (el calor necesario para elevar en 1 C la temperatura


de 1g de agua) es til para las clulas y organismos porque per
mite que el agua acte como un tampn trmico", permitiendo
que la temperatura de un organismo permanezca relativamente
constante cuando vara la temperatura del aire o se genera calor
como subproducto del metabolismo. Adems, algunos verte*
brados aprovechan el elevado calor de vaporizacin del agua
(Tabla 2-1) utilizando (es decir, perdiendo) exceso de calor
corporal al evaporar el sudor. El alto grado de cohesin interna
del agua lquida, debido a los enlaces de hidrgeno, es aprove
chado por las plantas como medio para transportar nutrientes
disueltos desde las races a las hojas durante el proceso de la
transpiracin. Incluso la densidad del hielo, menor que la del
agua lquida, tiene consecuencias biolgicas importantes en los
ciclos vitales de los organismos acuticos. Los estanques se con
gelan desde arriba hacia abajo y la capa de hielo de la parte su
perior asla el agua de debajo del aire frgido, impidiendo que el
estanque (y los organismo que hay en l) se congelen. De gran
importancia para todos los organismos vivos es el hecho de que
muchas propiedades fsicas y biolgicas de las macromolculas
celulares, especialmente las protenas y los ddos nucleicos,
provienen de sus interacciones con molculas de agua del me
dio circundante. La influencia del agua en el curso de la evolu
cin biolgica ha sido profunda y determinante. Si han
aparecido formas de vida en otras partes del universo, es im
probable que se parezcan a las de la Tierra, a menos que su ori
gen extraterrestre sea tambin un lugar en el que haya grandes
cantidades de agua lquida disponibles.

Palabras dave
Todos los trminos en n^egra estn definidos en el glosario.
enlace de hidrgeno 44
energa de enlace 44
hidroflico 46
hidrofbico 46
anfiptico 48
micela 48
interacciones
hidrofbicas 49
fuerzas de London 49
interacciones de
van der Waals 49
osmolaridad 52
smosis 52
isotnico 52
hipertnico 52
hipotnico 52
constante de equilibrio
(iea)

producto inico
del agua (i^ ) 55
pH 56
acidosis 57
alcaiosis 57
par cido-base
coigugado 57
constante de
disociacin (f^) 58
p/a 58
curva de titulacin 58
tampn 59
regin de tamponamiento 60
ecuacin de HendersonHasselbaich 60
condensacin 65
hidrlisis 65

55

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Breve revisin del estado fsico del agua citoslica y sus interac
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Los medios acuosos dan cobijo a multitud de especies. Los corales blandos,
esponjas, briozoos y algas se disputan el espacio en este an^ife de las Islas
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Problemas

67

Revisin de carcter avanzado sobre una bomba de protones que


utiliza unacadena interna de molculas de agua.

Discusin avanzada sobre el papel del agua en la estructura de


protenas.

Nicolls, P. (2000) Introduction: the biology of the water molecule.


Cell MoL Life ScL 57,987-992.
Revisin corta sobre las propiedades del agua, que sirve de intro
duccina otras excelentes revisiones avanzadas publicadas en el mis
monmero de la revista (vanse en especial las de Pocker, 2000, y
Randet aJ., 2000, referidas ms abajo).

Martin, T.W. & Derewenda, Z.S. (1999) The ame is bondH


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Breve revisin acerca del carcter parcialmente covalente de los
enlaces de hidrgeno.

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Westhof, E. (ed.) (1993) WcUei' and Biological Macromolecules,
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Catorce captulos, cada uno de ellos de un autor diferente, que cu
bren (a unnivel avanzado) la estructura del agua y sus interacciones
conlas protenas, cidos nucleicos, polisacridos y lpidos.
Wiggins, F.M. (1990) Role of water in some biological processes.
Miax)bioL Rev. 64, 432-449.
Revisin sobre el agua en la biologa, incluida una discusin sobre
laestructura fsica del agua lquida, sus interacciones con las biomol
culasy el estado del agua en las clulas vivas.
smosis

Cayley, D.S., Guttman, H.J., & Record, M.T., Jr. (2000) Biophysicai characterizaton of changes in amounts and activity of Escherichia
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Investigacin fsica avanzada sobre la fraccin de agua citoplasm
ticade la bacteria Escherichia coli cultivada en medios de diferente
osmolaridad. (Vase tambin ms abajo Record et al., 1998.)
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Revisin sobre el papel del agua en la catlisis enzimtica a partir
de estudios con solutos pobres en agua.
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Revisin de nivel intermedio sobre las maneras en que una clula
bacteriana compensa los cambios en la osmolaridad del entorno. (Va
se tambin ms arriba Cayley et al., 2000.)
Zoma, L., & Muniiik, T. (2007) Life under pressure: hydrostatic
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Revisin de las cuatro clases de interacciones dbiles que estabili
zanlas macromolculas y les confieren especificidad biolgica. Contie
ne ejemplos ciaros.
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Discusin avanzada y detallada de la estructura y propiedades de
los enlaces de hidrgeno, incluidos los presentes en el agua y en las
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ofhydration-dehydrationprocesses. CeU. MoL LifeSci. 57,
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Discusin sobre el papel del agua en la catlisis enzimtica. to
mando la carbnico anhidrasa como ejemplo.
Schwabe, J.W.R. (1997) The role of water in protein-DNA interac
tions. Curr. Opim. Struct BioL 7,126-134.
Examina el importante papel del agua tanto en la especificidad
como en la afinidad de las interacciones protena-DNA.
Stillinger, F.H. (1980) Water revisited. Science 209,451-457.
Breve revisin de la estructura fsica del agua, que incluye la im
portancia del enlace de hidrgeno y la naturaleza de las interacciones
hidrofbicas.
Tanford, C, (1978) The hydrophobic effect and the organization of living matter. Science 200,1012-1018.
Revisin clsica de las bases qumicas y energticas de las interac
ciones hidrofbicas entre biomolculas en solucin acuosa.
cidos dbiles, bases dbiles y tampones: problemas
para practicar
Segel, I.H. (1976) Biochemical CalcuUUions, 2nd edn, John Wdey
& Sons, Inc., New York.

Problemas
1. Solubilidad del etanoi en agua Explique por qu el eta
noi (CH3CH2OH) es ms soluble en agua que el etano

(CH3CH3).
2. Clculo del pH a partir de la concentracin de in hi
drgeno Cul es el pH de una disolucin que tiene una concentracin de H* de (a) 1,75 X lO" mol/L; (b) 6,50 x 10-'
mo)/L; (c) 1,0 X
mol/L; (d) 1,50 X lO" mol/L?
3. Clculo de la concentracin de in hidrgeno a partir
del pH Cul es la concentracin de
de una disolucin de pH
(a) 3,82; (b) 6,52; (c) 11,11?
4. Acidez del HCl gstrico En un laboratorio hospita*
____ lario se titul hasta neutralidad con NaOH 0,1 M una
muestra de 10,0 mL de jugo gstrico obtenido varias horas des
pus de una comida; se necesitaron 7,2 mL de NaOH. El est
mago del paciente no contena comida ni bebida ingerida por lo
que se puede suponer que no haba tampones presentes. Cul
era el pH del jugo gstrico?
5. Clculo del pH de un cido o base fuertes (a) Escriba la
reaccin de disociacin cida del cido clorhdrico, (b) Calcule
el pH de una disolucin de HCl 5,0 x 10^ m. ( c ) Escriba la
reaccin de disociacin cida del hidi'xido de sodio, (d) Calcu
le el pH de una disolucin de NaOH 7,0 x 10*^ m.
6 . Clculo dei pH a partir de la concentracin de cido
fuerte Calcule el pH de una disolucin preparada por dilucin
de 3,0 vciL de HCl 2,5 m hasta un volumen final de 100 mL con
H2O.

7. Medida de los niveles de acetilcolina por cambios del


pH La concentracin de la acetilcolina (un neurotransmisor) en
una muestra se puede determinar a partir de los cambios de pH
que acompaan a su hidrlisis. Cuando se incuba la muestra con
el enzima acetilcolinesterasa, la acetilcolina se convierte cuanti

68

El agua

tativamente en colina y cido actico, el cual se disocia produ


ciendo acetato y un in hidrgeno:
O

Son los siguientes compuestos ms solubles en una disolucin


acuosa de NaOH 0 ,1m o de HCl 0,1 m? (L o s protones disociables
se sealan en rojo.)

CH3

C H a -C -O -C H a -C H a -N -C H g

H0

CH3
Acetilcolina
CH,

CH,
Colina

O
Acetato

En un anlisis tpico, una muestra de 15 mL de una solucin


acuosa que contena una cantidad desconocida de acetilco
lina tena un pH de 7,65. Cuando se incub con acetilcoli
nesterasa, el pH de la solucin descendi hasta 6,87.
Suponiendo que no haba tampn en la mezcla de ensayo,
determine el nmero de moles de acetilcolina en los 15 mL
de la muestra.
8.

Significado fsico del


Cul de las disoluciones acuo
sas siguientes tiene el pH ms bajo: HCl 0,1 m ; cido actico
0,1 M ( p ^ a = 4,86); cido frmico 0,1 M
= 3,75)?
9. Vinagre artifcial Una forma de preparar vinagre (no la
ms recomendable) consiste en hacer una disolucin de cido
actico, nico componente cido del vinagre, al pH adecuado
(vase la Fig. 2-14) y aadir agentes saborizantes adecuados.
Ei cido actico (Mr 60) es lquido a 25 C con una densi
dad de 1,049 g/mL. Calcule el volumen que se debe aadir a
agua destilada para hacer 1 L de vinagre artificial (vase la
Fig. 2-15).
10. Identicacin de la base coigugada Cul es la base
conjugada en cada uno de los pares de compuestos siguientes?
(a) RCOOH, RCOQ(c) H2PO.H3PO4
(b) RNH2, RNHJ
(d) H2CO3, HCO;
11. Clculo del pH de una mezcla de un cido dbil y
su base coigugada Calcule el pH de una disolucin diluida
que contiene una relacin molar de acetato potsico: cido
actico (pATa = 4,76) de (a) 2:1; (b) 1:3; (c) 5:1; (d) 1.1; (e)

1: 10.
12. Efecto del pH sobre la solubilidad La naturaleza
fuertemente polar y formadora de enlaces de hidrgeno del
agua hace que sea un disolvente excelente para las especies
inicas (cargadas). Por contra, las molculas orgnicas apo
lares no ionizadas, tales como el benceno, son relativamente
insolubles en agua. En principio, la solubilidad en agua de
cualquier cido o bases orgnicas se puede incrementar me
diante la conversin de las molculas en especie cargadas.
Por ejemplo, la solubilidad del cido benzoico en agua es ba
ja. La adicin de bicarbonato sdico a una mezcla de agua y
cido benzoico aumenta el pH y desprotona el cido benzoi
co formando el in benzoato, que es bastante soluble en
agua.

cido benzoico
p/^n-5

In benzoato

In piridina

j8 -Naftol
pT. 1 0

(a)

(b)

0 ^ ^ 0 -C H ,
iV-Acetiltirosina metil ster

pK, - 1 0
(c)
13. IVatamiento de la urticaria por hiedra vene____ nosa Los componentes de la hiedra y el roble venenosos
que producen la urticaria caracterstica son catecoles sustitui
dos con grupos alquilo de cadena larga.

(CH2)~CHs

Si hubiera estado expuesto a la accin de la hiedra venenosa,


cul de los tratamientos siguientes aplicara al rea afectada?
Justifique su eleccin.
(a) Lavar el rea con agua fra.
^ ) Lavar el rea con vinagre diluido o zumo de limn.
(c) Lavar el rea con agua y jabn.
(d) Lavar el rea con jabn, agua y bicarbonato sdico.
14. pH y absorcin de frmacos La aspirina es un
cido dbil con un
de 3,5:

Se absorbe a la sangre a travs de las clulas que cubren el es


tmago y el intestino delgado. La absorcin implica el paso a
travs de la membrana plasmtica, la velocidad del cual viene
determinada por la polaridad de la molcula: las molculas car
gadas y muy polares pasan lentamente, mientras que las que
son hidrofbicas y neutras pasan rpidamente. El pH del conte
nido del estmago es alrededor de 1,5 y el pH del contenido del
intestino delgado es alrededor de 6. Se absorbe ms aspirina
hacia el torrente sanguneo en el estmago o en el intestino del
gado? Justifique claramente su eleccin.

Problemas

15. Clculo del pH a partir de concentraciones mola


res Cul es el pH de una disolucin que contiene 0,12 mol/L
de NH4CI y 0,03 mol/L de NaOH (el pK^ de NH4"/NH3 es de
9,25)?
16. Clculo del pH despus de la titulacin de un cido
dbU Un compuesto tiene un pK^ de 7,4. Se aaden 30 mL
de cido clorhdrico 1,0 m a 100 mL de una disolucin 1,0 m
del compuesto a pH 8,0. Cul es el pH de la disolucin resul
tante?
17. Propiedades de un tampn El aminocido glicina se
utiliza a menudo como principal ingrediente de un tampn en
experimentos bioqumicos. El grupo amino de la glicina, que
tiene un p/ifa de 9,6, puede existir en la forma protonada
(NH3) o como base libre ( 'NH2) debido al equilibrio
reversible
R -N H J

R -N H o + H*"

(a) En qu intervalo de pH puede utilizarse la glicina


como tampn eficiente gracias a su grupo amino?
(b) En una disolucin 0,1 m de glicina a pH 9,0, qu frac
cin de la glicina tiene su grupo amino en la forma NH3?
(c) Qu cantidad de KOH 5 m debe aadirse a 1,0 L de gli
cina 0,1 M a pH 9,0 para llevar su pH exactamente a 10,0?
(d) Cuando el 99% de la glicina est en su forma NHJ,
cul es la relacin numrica entre el pH de la solucin y el pKg,
del grupo amino?
18. Preparacin de un tampn fosfato Qu relacin molar
de HPO4 y H2PO4 producira un pH de 7,0 en disolucin? El
cido fosfrico (H3PO4), un cido triprtico, tiene tres valores
de pK^: 2,14,6,86 y 12,4. Sugerencia: solamente uno de los va
lores de p/fa tiene importancia en este caso.
19. Preparacin de un tampn estndar para la calibra
cin de un pHmetro El electrodo de vidrio utilizado en los pHmetros comerciales da una respuesta elctrica proporcional a la
concentracin de in hidrgeno. Para convertir estas respuestas
en pH, deben calibrarse los electrodos de vidrio frente a disolu
ciones estndar de concentracin de H^ conocida. Determnese
el peso en gi*amos de dihidrgeno fosfato sdico (NaH2P04 H2O;
masa molecular total (FW) 138) y de hidrgeno fosfato disdico
(Na2HP04; FW 142) necesarios para preparar 1 L de un tampn
estndar a pH 7,00 con una concentracin total de fosfato de
0,100M (vase la Figura 2-15). Consulte en el problema 18 los va
lores de pATadel cido fosfrico.
20. Clculo de las relaciones molares de base coiyug^A
y cido dbil a partir del pH Calcule la relacin entre base
conjugada y cido a pH 5,0 para un cido dbil con un pATa
de 6,0.
21. Preparacin de un tampn de concentracin y pH
conocidos Dadas dos disoluciones a 0,10 m de cido actico
(p/fa = 4,76) y acetato sdico, describa cmo preparara 1,0 L
de tampn acetato 0,10 M a pH 4,00.
22. Eleccin del cido dbil para un tampn Cul de los
compuestos siguientes sera el mejor tampn a pH 5,0: cido
frmico (p/Ca = 3,8), cido actico (pK^ = 4,76) o etilamina
(p/Ta = 9,0)? Justifique brevemente su respuesta.
23. IVabajaiido con tampones Un tampn contiene 0,010
moles de cido lctico (p/f = 3,86) y 0,050 moles de lactato s
dico por litro, (a) Calcule el pH del tampn. (b) Calcule el cam
bio en el pH cuando se aade 5 mL de HCl 0,5 m a 1 L del
tampn. (c) Qu cambio en el pH se esperara si se aadiera la
misma cantidad de HCl a 1 L de agua pura?

69

24. Uso de las concentraciones molares para calcular el


pH Cul es el pH de una disolucin que contiene 0,20 m de
acetato sdico y 0,60 m de cido actico (pK^ = 4,76)?
25. Preparacin de un tampn acetato Calcule las concen
traciones de cido actico (pK^^ = 4,76) y de acetato sdico ne
cesarias para preparar una disolucin tampn 0,2 m a pH 5,0.
26. pH de la secrecin defensiva de un insecto Ha estado
observando a un insecto que se defiende de sus enertgos se
cretando un lquido custico. El anlisis del lquido muestra que
contiene una concentracin total de formiato y cido frmico
(/ifa = 1,8 X 10"^) de 1,45 M; la concentracin de in formiato es
de 0,015 M. Cul es el pH de la secrecin?

27. Clculo del

Se cree que un compuesto X desconoci


do tiene un grupo carboxlico con un pK^ de 2,0 y otro grupo ionizable con un p^a comprendido entre 5 y 8. Cuando se aaden
75 mL de NaOH 0,1 m a 100 mL de una disolucin 0,1 m de X a
pH 2,0, el pH aumenta hasta 6,72. Calcule el pK^ del segundo
grupo ionizable de X.
28. Formas inicas de la alanina La alanina es un cido diprtico que experimenta dos reacciones de disociacin (compruebe
los valores de pATa en la tabla 3-1). (a) Dada la estructura de la
forma parcialmente protonada (o zwitterion; vase la Fig. 3-9) de
la figura que se muestra a continuacin, dibiye las estructuras de
las otras dos formas que predominan disolucin acuosa: la com
pletamente protonada y la completamente desprotonada.
COOHaNN - -H
CHa
Alanina
De las tres formas posibles, cul estara a mayor concentracin
en disoluciones con los siguientes valores de pH: (b) 1,0; (c)
6,2; (d) 8,02; (e) 11,9? Explique sus respuestas en trminos de
pH relativo a los dos valores de p/ifa.
29. Control del pH sanguneo por la velocidad de respi
racin
(a) La presin parcial de CO2 en los pulmones puede variar
rpidamente con la velocidad y profundidad de la respiracin.
Por ejemplo, un remedio comn para aliviar el hipo es incre
mentar la concentracin de CO2 en los pulmones. Esto se puede
conseguir conteniendo la respiracin, respirando escasamente
y de forma lenta (hipoventilacin) o respirando dentro de una
bolsa de papel. En tales condiciones, la presin parcial de CO2
en el espacio de aire de los pulmones aumenta por encima de la
normal. Explique cualitativamente el efecto de este proceder
sobre el pH sanguneo.
(b) Una prctica comn de los corredores de distancias
cortas es respirar rpida y profundamente (hiperventilacin)
durante aproximadamente medio minuto para eliminar el CO2
de los pulmones justo antes de correr, por ejemplo, un sprint de
100 m. El pH de su sangre puede aumentar a 7,6. Explique por
qu aumenta el pH de la sangre.
(c) Durante una carrera de corta distancia los msculos
producen gran cantidad de cido lctico (CH3CH(0H)C0 0 H;
ATa = 1,38 X 10"^m) a partir de sus depsitos de glucosa. En vis
ta de ello, por qu puede ser til una hiperventilacin antes de
un sprint?
30. Clculo del pH de la sangre a partir de los niveles de
CO2 y bicarbonato Calcule el pH de una muestra de plasma
sanguneo con concentraciones totales de CO2y de bicarbonato
de 26,9 mM y de 25,6 mM, respectivamente. Recuerde de la p
gina 63 que el pK^, relevante del cido carbnico es 6,1.

70

El agua

31. Aguantar la respiracin y su efecto sobre el pH de la


sangre El pH del lquido extracelular se mantiene mediante el
sistema bicarbonato/cido carbnico. Aguantar la respiracin
puede incrementar la concentracin de C02(g) en la sangre.
Qu efecto puede tener esto sobre el pH del lquido extracelu
lar? Explquelo mostrando la o las ecuaciones de equilibrio im
plicadas en este sistema.

Problemas de anlss de datos


32. Tensioactivos activables Las molculas hidrofbicas
no se disuelven bien en agua. Al ser sta im disolvente muy co
mn, ciertos procesos son muy difciles: lavar platos con resi
duos muy grasicntos, eliminar petrleo derramado, mezclar
bien las fases acuosa y aceitosa de un alio de ensalada o llevar
a cabo reacciones con componentes hidrofbicos e hidroflicos.
Los tensioactivos (surfactantes) son una clase de com
puestos anpticos que incluye a los jabones, detergentes y
emulsionantes. Con el uso de tensioactivos es posible suspen
der compuestos hidrofbicos en disolucin acuosa formando
micelas (vase la Fig. 2-7). Una micela tiene un ncleo hidrof
bico que contiene el compuesto hidrofbico y las colas hi
drofbicas del tensioactivo; las cabezas hidrofOicas del
tensioactivo cubren la superficie de la micela. Se denomina
emulsin a una suspensin de micelas. Cuanto ms hidroflico
sea el grupo de la cabeza del tensioactivo, ms poderoso ser y
mayor ser su capacidad de emulsin de material hidrofbico.
Cuando se usa jabn para quitai' la grasa de platos sucios,
el jabn forma una emulsin con la grasa, que se elimina con
agua gracias a la interaccin con la cabeza hidroflica de las mo
lculas de jabn. Tambin se utiliza detergente para emulsionar
petrleo derramado y eliminarlo con agua. Y los emulsionantes
de los alios comerciales de ensaladas mantienen el aceite como
suspensin homognea en toda la mezcla acuosa.
En muchas situaciones sera til disponer de un tensioacti
vo activable: una molcula que pudiera ser convertida de ten
sioactivo a no tensioactivo de manera reversible.
(a)
Imagine que existe este supuesto tensioactivo activable. Cmo lo utilizara para limpiar y despus recuperar el pe
trleo procedente de im vertido?
Liu y colaboradores describieron un tensioactivo activable
prototpico en su artculo de 2006 Tensioactivos activables. La
activacin se basa en la reaccin siguiente:
CH3

CH3

(b) Dado que el pTa de un in amidinio tpico es de 12,4


hacia qu direccin (bien hacia la derecha o bien hacia la iz
quierda) esperara que se desplazara el equilibrio de la reac
cin anterior? (Compruebe los valores de pKa en la Fig. 2-16.)
Justifique su respuesta. Pista: tenga presente la reaccin
H2O "HCO2
H2CO3.
Liu y colaboradores produjeron un tensioactivo activable
para el que R = C16H33. En su artculo no dan ningn nombre a
la molcula; para hacerlo corto le Damaremos s-tens.
(c) La forma amidinio de s-tens es un tensioactivo potente;
la forma amidina no lo es. Explique esta observacin,
Liu y colaboradores encontraron que podan cambiar de
una forma de s-tens a otra variando el gas que inyectaban a tra
vs de una disolucin de tensioactivo. Demostraron esta transi
cin midiendo la conductividad elctrica de la disolucin de
s-tens; las disoluciones acuosas de compuestos inicos tienen
mayor conductividad que las de compuestos no inicos. Empe
zaron con una disolucin de la forma amidina de s-tens en agua.
Sus resultados se muestran debajo; las lneas de puntos indican
el paso de un gas a otro.

Gas inyectado: CO2

Ar

CO2

Ar

II
Tiempo (min)

(d) En qu forma se encuentra la mayora de s-tens en el


punto A? Y en el punto B?
(e) Por qu aumenta la conductividad desde tiempo O
hasta el punto A?
(O Por qu cae la conductividad entre el punto A y el pun
to B?
(g)
Explique cmo empleara s-tens para limpiar y recu
perar el pet'leo de un vertido.
Referencia

CHs
Forma amidina

H
CH3
Forma amidinio

Liu, Y., Jessop, P.G., Cunningham, M., Eckert, C A., &


Liotta, C.L. (2006) Science 313,958-960.

Quisiera que la palabra que le propongo, protena... se entendiera co


mo derivada de proteios, porque describe a la sustancia primitiva o
principal de la nutricin animal que las plantas elaboran para los her
bvoros y que estos ltimos proporcionan a los carnvoros.

./5. -

'

f ,

-j J. Berzelius, carta a G.J. Mulder, 1838

Aminocidos, pptidos y protenas


3.1 Aminoddos

72

3.2 Pptidos y protenas


3.3 Trat)ajar con protenas

82
85

3.4 Estructura de las protenas: estruaura primaria

92

as protenas intervienen en prcticamente todos los proce


sos que tienen iugar en la clula y ejercen una diversidad
casi inagotable de funciones. En la exploracin de los me
canismos moleculares de un proceso biolgico, el bioqumico
debe estudiar una o ms protenas. Las protenas son las ma
cromolculas biolgicas ms abundantes y se hallan en todas las
clulas y en todas las partes de la clula. Las protenas tambin
presentan una gran variedad; en una sola clula pueden haber
miles de protenas diferentes. Siendo los rbitros de las funcio
nes moleculares, las protenas son los productos finales ms im
portantes de las rutas de informacin que se discuten en la
Parte III de este libro. Las protenas son los instrumentos mole
culares mediante los que se expresa la informacin gentica.
La clave de la estmctura de los miles de protenas diferentes
se encuentra en unas subunidades monomricas relativamente
simples. Todas las protenas, tanto si provienen de los linajes bac
terianos ms antiguos como de las formas de vida ms complejas,
estn construidas a partir del mismo conjunto ubicuo de 20 ami

FI6URA3-1 Algunas funciones de las protenas, (a) La luz producida por las lu
cirnagas es el resultado de una reacdn en que interviene la protena luciferina y
ATB catalizada por el enzima luciferasa (vase el Recuadro 13-1). (b) Los eritrocitos
contienen grandes cantidades de la protena transportadora de oxgeno henx)globina. (c) La protena queratina, producida por todos los vertebrados, es el componen

nocidos, unidos de forma covalente en secuencias lineales ca


ractersticas. Puesto que cada uno de estos aminocidos tiene
una cadena lateral propia que determina sus propiedades qumi
cas, se puede considerar a este grupo de 20 molculas precurso
ras como el alfabeto en el que est escrito el lenguaje de la
estructura proteica. Las protenas se presentan en una gran va
riedad de tamao, desde pptidos relativamente pequeos com
puestos por unos pocos residuos aminocidos a polmeros
enormes de masas moleculares del orden de millones.
Lo que resulta ms sorprendente es que las clulas puedan
producir protenas con propiedades y actividades muy diferentes
uniendo los mismos 20 aminocidos en multitud de combinacio
nes y secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructura
les los diferentes organismos pueden fabricar productos tan
diversos como enzimas, hormonas, anticuerpos, transportadores,
fibras musculares, la protena del cristalino del ojo, plumas, tela
raas, cuernos de rinoceronte, protenas de la leche, antibiticos,
venenos de hongos y una plyade de otras sustancias con activi
dades biolgicas distintas (Fig. 3-1). Los enzimas son los pro
ductos proteicos ms variados y especializados. Prcticamente
todas las reacciones celulares estn catalizadas por enzimas.
La estructura y funcin de las protenas es el tema de este
captulo y de los tres siguientes. Se describen las propiedades
qumicas fundamentales de los aminocidos, pptidos y prote
nas, y cmo un bioqumico trabaya con protenas.

te estructural principal del pelo, escamas, cuernos, lana, uas y plumas. El rinoce
ronte n ^ est casi extinguido en estado salvaje debido a la creencia en algunas
partes del mundo de que un polvo derivado de su cuerno tiene propiedades afrodi
sacas. En realidad, las propiedades qumicas del polvo de cuerno de rinoceronte no
son diferentes del de las pezuas de bvidos o de las uas humanas.

[-]

72

Aminocidos, pptidos y protenas

3.1 Aminocidos
H Arquitectura de protenas - Aminocidos Las protenas son
polmeros de aminocidos, en los que cada residuo aiidnocido est unido al siguiente a travs de un t ^ especfico de
enlace covalente. (El trmino residuo refleja la prdida de
los elementos del agua cuando un aminocido se une a otro.)
Las protenas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus
aminocidos constituyentes mediante diversos mtodos, por lo
que los estudios iniciales sobre las protenas se centraron en
los aminocidos libres procedentes de las mismas. Veinte son los
aminocidos comnmente encontrados en las protenas. El
primer aminocido descubierto fue la asparagina en 1806. El
ltimo de los 20 que se encontr fue la treonina, en 1938. Todos
los aminocidos tienen nombres comunes o triviales que, en
algunos casos, provienen de la fuente de la cual se aislaron
inicialmente. La asparagina se encontr por primera vez en el
esprrago y el glutamato se encontr en el gluten de trigo; la
tirosina se aisl por primera vez del queso (as su nombre
proviene del griego tyros, queso); y la glicina (del griego
glykos, dulceO se denomin as debido a su sabor dulce.

Los aminoddos tienen caractersticas


estructurales comunes
Los 20 aminocidos estndar encontrados en las protenas son
of-aminocidos. Tienen todos un grupo carboxilo y un grupo
amino unidos al mismo tomo de carbono (el carbono a) (Fig.
3-2). Difieren unos de otros en sus cadenas laterales, o grupos
R , que varan en estructura, tamao y carga elctrica y que in
fluyen en su solubilidad en agua. Adems de estos 20 amino
cidos existen muchos ms que se encuentran con menor
j&^cuencia. Algunos son residuos que han sido modificados des
pus de la sntesis de la protena; otros se hallan en organismos
vivos pero no como unidades constituyentes de las protenas. A
los aminocidos estndar se les han asignado abreviaturas de
tres letras y smbolos de una sola letra (Tabla 3-1) que se utili
zan para indicar de manera abreviada la composicin y secuen
cia de aminocidos polimerizados en las protenas.

como su smbolo. Para otros cinco


aminocidos (AGLPT), la primera
letra no es nica y se asigna al ami
nocido ms frecuente en prote
nas (por ejemplo, la leucina es ms
firecuente que la lisina). En el caso
de otros cuatro, la letra utilizada es
fonticamente sugestiva en idioma
ingls (RFYW: aRginina, Fenilala
nina, tYrosina, trWptfano). El
resto fueron de asignacin ms di
Margaret Oakley Dayhoff
fcil. Cuatro de ellos (DNEQ) reci
1925-1983
bieron letras contenidas en sus
nombres o sugerencias por ellos (asprDico, asparagiNa, glutamEato, Q-tamina - por glutamina). Restaba la lisina. De las po
cas letras no usadas del alfabeto se escogi la K, que es la ms
prxima a L.B
En todos los aminocidos estndar excepto la glicina, el car
bono a est imido a cuatro grupos diferentes: un grupo carboxi
lo, un grupo amino, un grupo R y un tomo de hidrgeno (Fig.
3-2; en la glicina el grupo R es otro tomo de hidrgeno). El to
mo de carbono a es por tanto un centro quiral (p. 16). Debido
al ordenamiento tetradrico de los orbitales de enlace alrededor
del tomo de carbono a, los cuatro grupos diferentes pueden
ocupar dos ordenamientos diferentes en el espacio, por lo que
los aminocidos pueden aparecer en forma de dos estereois
meros. Al ser imgenes especulares no superporbles entre s

(a)

CONVENCIN CIAVE: El cdigo de tres letras es transparente: las


abreviaturas consisten generalmente en las tres primeras letras
del nombre del aminocido. El cdigo de vm letra fue propues
to por Margaret Oakley Dayhoff (1925-1983), considerada por
muchos como la fundadora del campo de la bioinformtica. El
cdigo de una sola letra es la consecuencia del intento de redu
cir el tamao de los archivos de datos (en la era en que se usa
ban fichas ag^jereadas) utilizados para la descripcin de las
secuencias de aminocidos. Se dise para ser memorizada f
cilmente y la descripcin de su origen puede ser til al estu
diante. La primera letra del nombre del aminocido es nica
para seis de ellos (CHIMSV), por lo que se utiliza directamente

FIGURA 3-2 Estructura genera! de un aminoddo.


COO.
I
HbN - C - H

Esta estructura es comn a todos los a-aminocidos,


con una nica excepcin. (La excepcin es la prolina,
un aminocido cclico.) El grupo R o cadena lateral (en
rojo) unido al carbono a (azul) es diferente para cada
aminocido.

COO-

000-

LrAlanina

D-Alanina

COO'
^ i
HgN^-CH

COO"

CHa
0>)

(c)

FIGURASES

L-Alanina

CHs
n-A lanina

COO-

COO"
. I
HsNCH

-iHCNHs

CH:,
li-Alanina

CHa
D-Alanina

Estereosonierta en los a>aminoddos. (a) Los dos estereoisme


ros de la alanina, la L- y la o-alanina, son imgenes especulares no supeqx>nlbles entre s (enantimeros). (b, 0 Dos convenciones diferentes para mostrar la
configuracin en el espacio de los estereoisnoeros. En las fnmulas de perspec
tiva (b) los enlaces con forma de cua se proyectan fuera del plano del papel;
los enlaces a trazos lo hacen por detrs. En las fnmilas de proyeccin (c) se su
pone que los enlaces horizontales se proyectan fuera del plano del papel, los
enlaces verticales por detrs. No obstante, se utilizan a menudo las frmulas de
proyeccin de nrKxio no sistemtico, sin pretender representar una configura
cin estereoqumica especfica.

3.1 Aminocidos

Valores de pK^

Aminocido

Abreviatura/
smbolo

Af/

pKi
( COOH)

pKi
( N H j)

P^Tr
(grupo R)

ndice
pl ^ hidroptico^

Presencia
en las
protenas (%)^

Grupos R apolares,
^liiS&ticos
Glicina

Gly G

75

2,34

9,60

5,97

-0,4

7,2

^Alanina

Ala A

89

2,34

9,69

6,01

1,8

7,8

Prolina

Pro P

115

1,99

10,96

6,48

1,6

5,2

Val V

117

2,32

9,62

5,97

4,2

6,6

Leucina

Leu L

131

2,36

9,60

5,98

3,8

9.1

^ Isoleucina

De I

131

2,36

9,68

6,02

4,5

5,3

1 Metionina

MetM

149

2,28

9,21

5,74

1.9

2,3

5,48

Vlina

f GruposR
r aromticos
0 Fenilalanina

PheF

165

1,83

9,13

% Tirosina

TVr Y

181

2,20

9,11

^ Triptfano

TVp W

204

2,38

9,39

Serina

Ser S

105

2,21

9,15

Treonina

Thr T

119

2,11

9,62

S Cistena*

Cys C

121

1,96

10,28

5,07

2.5

1.9

% Asparagina

Asn N

132

2,02

8,80

5,41

-3,5

4.3

W Glutamina

Gln Q

146

2,17

9,13

5,65

-3,5

4.2

146

2,18

8,95

9,74

-3,9

5,9

10,07

2,8

3,9

5,66

-1,3

3.2

5,89

-0,9

1.4

5,68

-0,8

6,8

5,87

-0,7

5,9

Grupos R polares
p sin carga

8,18

1>Grupos R cargados
positivamente
Lisina

Lys K

10,53

p Histidina

His H

155

1,82

9,17

6,00

7,59

-3,2

2.3

Arginina

A i R

174

2,17

9,04

12,48

10,76

-4,5

5.1

Grupos E cargados
negativamente
Aspartato

Asp D

133

1,88

9,60

3,65

2,77

-3,5

5.3

1 Glutamato

Glu E

147

2,19

9,67

4,25

3,22

-3,5

6.3

Los valores de Af, reflejan las estructuras tal y como se muestran en la Figura 3-5. Los elementos del agua (M, 18) se restan
cuando ei aminocido se incorpora a un polipptido.
fUna escala que combina la hidrofot)icidad y la hdrofiliddad de los grupos R. los valores reflejan la energa libre (AG) de transfe*
lencia de la cadena lateral del aminocido desde un disolvente hidiDfbico a agua. Esta transferencia es favorable (A6<0, valor
negativo en el ndice) para aminocidos con cadena lateral cargada o polar, y desfavorable (AG>0, valor positivo en el ndice) para
aminocidos con cadena lateral apolar o ms hidrofdbica. Vase el Capitulo 1l.Tomado de Kyte. J. & Doolitde, R.E (1982) A sim
ple mettiod for displayng the hydropathc character of a protein. J. Mol. Biol. 157,10&-132.
tPresencia media en ms de 1.150 protenas. Tomado de Doolittte, R.F (1989) Redundancies in protein sequences. En PredicVon
ofProtein Structure and the Principies of Protein Conformation (Fasman, G.D.. ed.), pp. 599-623, Plenum Press, NewYork.
La cistena se clasifica generalmente como polar a pesar de tener un ndice de hidropata positivo. Ello refleja ia capacidad del
gruposulfhidrilo para actuar como cido dbil y para formar enlaces de hidrgeno dbiles con el oxgeno o el nitrgeno.

(Fig. 3-3), las dos formas constituyen un tipo de estereo


ismeros, los enantimeros (vase la Fig. 1-19). Todas las mo
lculas con un centro quiral son pticamente activas, es decir,
hacen girar el plano de la luz polarizada (vase Recuadro 1-2).

CONVENCINCLAVE: Se utilizan dos convenciones para identicar


los carbonos dentro de un aminocido, una prctica que puede

llegar a generar confusin. Los carbonos adicionales de un


grupo R se designan comnmente /3, y, 5,
etc., empezando
siempre a partir del carbono a. Para la mayora de las dems
molculas orgnicas, los tomos de carbono se numeran simple
mente a partir de un extremo, dando la mxima prioridad (C-1)
a aquellos carbonos cuyos sustituyentes contengan tomos de
mayor nmero atmico. Siguiendo esta ltima convencin, el

74

Aminocidos, pptidos y protenas

grupo carboxilo de un aminocido sera el C-1 y el carbono a se


ra el C-2, como se refleja en la molcula de lisina
(

fi

ct

CH2- C H 2--CH2- C H 2- C H -C O O Lisina


En algunos casos, como en aminocidos con grupos R hetero
cclicos como la histidina, el sistema de letras griegas es am
biguo y se utiza por ello la convencin numrica. En amino
cidos con cadena lateral ramificada, los carbonos equivalentes
reciben nmeros a continuacin de las letras griegas. La leu
cina tiene, por tanto, carbonos 61 y 52 (vase ia estructura en
la Fig. 3-5.)
Para especificar la configuracin absoluta de los cua
tro sustituyentes de los tomos de carbono asimtricos se ha
desarrollado una nomenclatura especial.

Las configuraciones

absolutas de los azcares sencillos y los aminocidos se espe


cifican mediante el

sistema

d, l

(Fig. 3-<4), basado en la

configuracin absoluta del azcar de tres carbonos gliceral

convencin propuesta por Emil Fischer en 1891.


(Fischer conoca los grupos que rodean el tomo de carbono

dehdo, una

asimtrico del gliceraldehdo pero tuvo que adivinar su confi


guracin absoluta; su prediccin se confirm posteriormente

por anlisis de difraccin de rayos X.) Para todos los com


puestos quirales, los estereoismeros que tienen una confi
guracin relacionada con la del L-gliceraldehdo se designan
como L, y los estereoismeros relacionados con el D-gliceral
dehdo se designan como

d.

L os grupos funcionales de la

L-alanina se hacen coincidir con los del L-gliceraldehdo ali


neando aquellos que pueden interconvertirse mediante reac
ciones

qumicas simples en un solo paso. As, el grupo

carboxilo de la L-alanina ocupa la misma posicin respecto


al carbono quiral que el grupo aldehido del L-gliceraldehdo,
puesto que un aldehido puede convertirse fcilmente en un

^CHO

Hi^COH
f

L-Gliceraldehdo

D-Gliceraldehdo

CHgOH

coo4

CHs
L-Alanina

Los residuos aminocidos de las protenas


son estereoismeros i
Casi todos los compuestos biolgicos con un centro quiral se
presentan en la naturaleza en una sola de sus formas estereoismeras, sea la d o la l . Los residuos aminocidos de las pro
tenas son exclusivamente L-estereoismeros. Slo se han
encontrado D-aminocidos en unos pocos pptidos, general
mente pequeos, que incluyen algunos pptidos presentes
en las paredes celulares bacterianas as como algunos anti
biticos peptdicos.
Es un hecho notable que todos los aminocidos de las
protenas sean L-estereoismeros. Cuando se forman com
puestos quirales en reacciones qumicas ordinarias, el resul
tado es una mezcla racmica de ismeros o y l , que son
difciles de distinguir y de aislar por el qumico. Sin embargo,
para los sistemas vivientes, los ismeros D y l son tan diferen
tes como la mano derecha y la izquierda. La formacin de subes
tructuras estables y repetidas en las protenas (Captulo 4)
requiere en general que los aminocidos que las constituyen
sean de una misma serie estereoqumica. Las clulas son capa
ces de sintetizar especficamente los ismeros l de los amino
cidos gracias a que los centros activos de los enzimas son
asimtricos, lo que implica que las reacciones que catalizan
sean estereoespecficas.

CHO

HO-?CH
f
CH2OH

COO*

grupo carboxilo en un solo paso mediante una oxidacin. His


tricamente, las denominaciones similares ^ y d se utilizaron
para levorrotatorio (que gira la luz a la izquierda) y dextrorrotatorio (que gira la luz a la derecha). Sin embargo, no to
dos los L-aminocidos son levorrotatorios, y se hizo necesaria
la convencin que se muestra en la Figura 3-4 para evitar po
sibles ambigedades sobre la configuracin absoluta. Segn
la convencin de Fischer, l y d hacen referencia solamente
a la configuracin absoluta de los cuatro sustituyentes alre
dedor del carbono quiral.
Otro sistema para especificar la configuracin alrededor
de un centro quiral es el sistema RS, que se utiliza en la no
menclatura sistemtica de la qumica orgnica y describe con
mayor precisin la configuracin de las molculas con ms de
un centro quiral (vase p. 17).

CHs
D-Alanina

FIGURA 3-4 Reladn estrca de los estereoismeros de la alanina con la


configuracin absoluta del i- y o-gliceraidehdo. En estas frmulas de perspec
tiva los carfx>nos estn alineados verticalmente con el tomo quiral en d centro.
Los carbonos de estas molculas estn numerados empezando con los carbonos
aldehido o carboxilo (en rojo), de 1a 3yde arriba a abajo tal como se muestra.
Cuando se presentan de esta fomna, el grupo Rdel aminocido (en este caso el
grupo metilo de la alanina) est siempre debajo del carbono a. Los L-aminocidos son los que tienen el grupo a-amino a la izquierda y los D-aminocidos los
que tienen el grupo a-amino a la derecha.

Los aminocidos se pueden clasificar segn su grupo R


El conocimiento de las propiedades qumicas de los aminoci
dos estndar es de vital importancia para la comprensin de la
bioqumica. El tema se puede simplificar agrupando los amino
cidos en cinco clases principales basadas en las propiedades
de sus grupos R (Tabla 3-1), en especial su polaridad, o ten
dencia a interaccionar con el agua a pH biolgico (cerca de
pH 7,0). La polaridad de los grupos R vara enormemente
desde totalmente apolar o hidrofbico (insoluble en agua) a al
tamente polar o hidroflico (soluble en agua).
En la Figura 3-5 se muestran las estructuras de los
20 aminocidos estndar, y algunas de sus propiedades se
muestran en la Tabla 3-1. Dentro de cada clase existen grada
ciones de polaridad, tamao y forma de los grupos R.
Grupos R apolares alifticos Los grupos R de esta clase de
aminocidos son apolares e hidrofbicos. Las cadenas laterales

3.1 Aminocidos

Grupos R apolares, alifticos

coo* I

H3N - C - H

COO-

Glicina

CHs

H a N - C H
H 2N

CHs

HjC

-CHz

cooI

H s N -C -H
CH*

cooI

COO"

H 3N -C -H

CH

Valina

COO"
H sN -C -H

CHs^CHs

Prolina

Alanina

coo+ I

I/ H

H 3 N -C -H

Grupos R aromticos

COO"

+ I

75

COOH aN -C -H

Fenileanina

H -C -C H s

Triptfano

CH*
CH3

CHs

CHs

Leucina

Isoleucina

Grupos R cargados positivamente


CHa
Metionina

cooH 3 N -C -H

Grupos R polares sin carga

coo-

COO
H3NCH

H s -C -H

C H jO H

H sN C H
CHa

H -C -O H
1
.

Serina

COO"

COO"
.
1
H sN -C -H

CH*

CHa

tCHa

CHa

CH*

CHa

CHa

NH

H 3N C H

CHa
S

II-/

NHa

Cistena

Lisina

r -

.
H 3N C H

Arginina

^ 0

Histidina

Grupos R cargados negativamente


COO1

C H a ...

- <j3H a

COO"
H 3N -C -H
H a

%ooH jN ''

Asparagina

COO*

C=Ha

*NHs

H sN -C j-H
WaN

H 3N C H

SH

CHs

Treonina

COO"

+ I

C O O "'

Glutamina

Aspartato

Glutamato

FICURA3-5 Los 20 aminocidos estndar de las protenas. Las frmulas estaicturales muestran el estado de ionizacin que predomina a pH 7,0. Las par
tes no sombreadas son comunes para todos los aminocidos; las partes
sombreadas en tojo son los grupos R. Aunque el grupo R de la histidina se mues

tra sin carga, su pK, (vase ia Tabla 3-1) es tal que una fraccin pequea pero
significativa de estos grupos est cargada positivamente a pH 7,0. La forma pro
tonada de la histidina se muestra en ia parte superior del grfico de la Figu
ra 3-12b.

de la alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a


agruparse entre s en ias protenas, estabilizando las estructu
ras proteicas a travs de interacciones hidrofbicas. La glicina
tiene la estructura ms simple. Aunque formalmente es apolar,
su muy pequea cadena lateral no tiene una contribucin real
en las interacciones hidrofbicas. La metonina, uno de los
dos aminocidos que contienen azufre, tiene un grupo tioter
apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena late
ral aliftica con una estructura cclica especial. El grupo anno
secundario (imino) de los residuos de prolina tiene una con
formacin rgida que reduce la flexibilidad estructural de las
regiones polipeptdicas que contienen este aminocido.

Grupos R aromticos. La fenilalanina, la tirosinay el triptfano, con sus cadenas laterales aromticas, son relativamen
te apolares (hidrofbicos). Todos ellos pueden participar en
interacciones hidrofbicas. El grupo hidroxilo de la tirosina
puede formar puentes de hidrgeno y constituye un grupo fun
cional importante en algunos enzimas. La tirosina y el triptfano
son signicativamente ms polares que la fenilalanina debido al
grupo hidroxilo de la tirosina y al nitrgeno del anillo indlico
del triptfano.
El triptfano y la tirosina, y en mucho menor grado la feni
lalanina, absorben la luz ultravioleta (Fig. 3-6; vase tambin el
Recuadro 3-1). Esto explica la fuerte absorbancia de la luz ca

76

Aminocidos, pptidos y protenas

FIGURA 3-6 Absorcin de la luz ultravioleta por los aminocidos aromticos.


G)mparacn de los espectros de absorcin de luz de los aminocidos aromti
cos triptfano y tirosina a pH 6,0. Los aminocidos estn presentes en cantida
des equimolares (10"^ m) en idnticas condiciones. La absorbaneia medida para
el triptfano es cuatro veces mayor que la de la tirosina. Obsrvese que el m
ximo de absorcin de la luz tanto para el triptfano como para la tirosina est
cercano a una longitud de onda de 280 nm. La absorcin de luz por el tercer
aminocido aromtico, la fenilalanina (no mostrado), generalmente contribuye
poco a las propiedades de absorbaneia de las protenas.

Longitud de onda(nm)

racterstica de la mayora de las protenas a una longitud de on


da de 280 nm, propiedad aprovechada por los investigadores en
la caracterizacin de las protenas.

i i i i i H p Absorcin de la iuz por las molculas: ley de Lambert-Beer

RECUADRO 3--1

Una gran variedad de biomolculas absorben luz a longitudes


de onda caractersticas, de la misma forma que el triptfano ab
sorbe luz a 280 nm (vase la Fig. 3-6). Se utiliza la medida de la
absorcin de la luz mediante un espectrofotmetro para detec
tar e identificar molculas y para medir su concentracin en di
solucin. La fraccin de la luz incidente absorbida por una
disolucin a una longitud de onda determinada est relacionada
con el espesor de la capa absorbente (paso ptico) y con la con
centracin de la especie absorbente (Fig. 1). Estas dos relacio
nes se combinan en la ley de Lambert-Beer,
log y

la concentracin de la especie absorbente (en moles por litro) y


l el paso ptico de la muestra que absorbe la luz (en centme
tros). La ley de Lambert-Beer supone que la luz incidente es
paralela y monocromtica (de una sola longitud de onda) y que
las molculas de disolvente y de soluto estn orientadas al azar.
La expresin logQo/f) es la absorbaneia y se designa por A.
Es importante observar que cada milmetro sucesivo de pa
so ptico de la solucin absorbente en una cubeta de 1,0 cm no
absorbe una cantidad constante sino una fraccin constante de
la luz que incide en l. No obstante, con una capa absorbente de
camino ptico \jo, la absorbaneia A es directamente propor-

cional a la concentracin del soluto absorbente.

= ec/

en donde I qes la intensidad de la luz incidente, / es la intensidad


de la luz transmitida, la razn Mo (el inverso de la razn utiliza
da en la frmula) es la transmitancia, e es el coeficiente de ab
sorcin molar (en unidades de litros por mol-centmetro), c es

Intensidad
de la luz
incidente

Intensidad
de la luz
transm itida

'o

fW \ A
Lmpara

Grupos R polares sin carga Los grupos R de estos amino


cidos son ms solubles en agua, o ms hidroflicos, que los de
los aminocidos apolares, debido a que contienen grupos fun-

El coeficiente de absorcin molar vara con la naturaleza


del compuesto absorbente, el disolvente, la lon^tud de onda, y
tambin con el pH si la especie absorbente de luz est en equili
brio con un estado de ionizacin que tiene diferentes propieda
des de absorbaneia.

,012
Detector

Monocromador
Cubeta de m uestra
con c m oles/litro
de la especie absorbente

FIGURA 1 Componentes principales de un espectrofo


tmetro. Una fuente de luz emite en un amplio espec
tro. A continuacin, el nfionocromador selecciona y
transmite luz de una longitud de onda determinada. La
luz del monocromador pasa a travs de la muestra si
tuada en una cubeta de paso ptico /y es absorbida por
la muestra en proporcin a la concentracin de la es
pecie absorbente. La luz transmitida se mide mediante
un detector.

3.1 Aminocidos [^77^

coo-

H3 N CH
Cistena

C00~

H gN -C H

CH2
2H" + 2g-

CHo

SH
Cistina
h

Cistena

2H" + 2e-

CH2

CH2

C H -b 3

CH~NH3

COO-

coo-

FIGURA 3-7 Formacin reversible de un puente disulfuro por oxidacin de dos


molculas de cistena. Los puentes disulfuro entre residuos de Cys estabilizan
las estructuras de muchas protenas.

dnales que forman puentes de hidrgeno con el agua. En es


ta ciase de aminocidos se incluyen la serina, la treonina, la
cistena, la asparagina y ia glutamina. La polaridad de la se
rina y treonina proviene de sus grupos hidroxilo; en el caso de
la cistena de su grupo sulfhidrilo, que es un cido dbil y pue
de establecer enlaces de hidrgeno dbiles con el oxgeno o el
nitrgeno; y en el de la asparagina y de la glutamina de sus gru
pos amido.
La asparagina y la glutamina son las amidas de otros dos
aminocidos que tambin se encuentran en las protenas, el as
partato y el glutamato, respectivamente, a los que se hidrolizan
fcilmente por cido o base.
La cistena se oxida con suma facilidad formando un ami
nocido dimrico unido covalentemente llamado cistina, en el
que dos molculas de cistena estn unidas a travs de un enla
ce disulfuro (Fig. 3-7). Los residuos unidos por un enlace di
sulfuro son fuertemente hidrofbicos (apolares). Los eraces
disulfuro desempean un papel especial en la estructura de mu
chas protenas puesto que forman uniones covalentes entre par
tes de una molcula de protena o entre dos cadenas proteicas
diferentes.
Grupos R cargados positivamente (bsicos) Los grupos R
ms hidroflicos son aquellos que estn cargados, sea positiva o
negativamente. Los aminocidos en los que los grupos R tienen
una carga neta positiva a pH 7,0 son la lisina, que tiene un gru
po amino primario adicional en la posicin E de su cadena alif
tica; la arginina, que tiene un grupo guardinio cargado
positivamente, y la histidina, que contiene un grupo indazol.
Al ser el nico anrnocido comn que posee urm caderm lateral
ionizable con un piTa prximo a la neutralidad, la histidina tanto
puede estar cargada positivamente (forma protonada) como no
tener carga a pH 7,0. Los residuos de His facilitan muchas reac
ciones catalizados por er^zimas al servir de dadores/aceptores
de protones.
Grupos R cargados negativamente (cidos) Los dos an
nocidos que tienen grupos R con una carga neta negativa a pH
7,0 son el aspartato y glutamato, cada uno de los cuales tiene
un segundo grupo carboxo.

Los aminocidos no estndar tienen tambin


importantes funciones
Adems de los 20 aminocidos estndar, las protenas pueden
contener residuos creados por modificacin de los residuos es
tndar ya incorporados a un polipptido (Fig. 3-8a). Entre los
annocidos no estndar estn la 4-hidroxiprolina, que es un
derivado de la prolina y la 5-hidroxilisina, derivada de la lisina.
La primera se encuentra en la pared celular de plantas y ambas
se encuentran en el colgeno, una protena fibrosa del tejido
conjuntivo.
La 6 -A^-metil-lisina es un constituyente de la miosina, una
protena contrct del msculo. Otro aminocido no estndar
importante es el y-carboxiglutamato, que se encuentra en la
protena protrombina que interviene en la coagulacin de la
sangre, as como en ciertas otras protenas que unen Ca^^ como
parte de su funcin biolgica. Ms compleja es la desmosina,
que es un derivado de cuatro residuos diferentes de Lys y que
se encuentra en la protena fibrosa elastina.
La selenocistena es un caso especial. Este poco fi*ecuente residuo es introducido durante la sntesis de protenas en lu
gar de ser creado a travs de una modificacin postsinttica.
Contiene selenio en lugar del azufre de la cistena. La selenocis
tena, que de hecho proviene de la serina, se encuentra slo en
unas pocas protenas conocidas.
Algunos de los residuos aminocidos de urm proteim pue
den ser modificados de forma transitoria para alterar la funcin
de la protena. La adicin de grupos fosforilo, meto, aceto,
aderlo, ADP-riboso u otros a residuos aminocidos especfi
cos puede aumentar o disminu* la actividad de la protena
(Fig. 3-8b). La fosforilacin es una modificacin reguladora
muy comn. La estrategia reguladora consistente en la modifi
cacin covalente de proterms se discute con ms detalle ms
adelante, en el Captulo 6.
Se han encontrado alrededor de otros 300 aminocidos en
las clulas. Tienen funciones diversas pero no todos forman par
te de proterms. La ornitina y la citrulina (Fig. 3-8c) merecen
mencin especial porque son intermediarios clave (metaboli
tos) en la biosintesis de la argiina (Captulo 22) y en el ciclo de
la urea (Captulo 18).

78

Aminocidos, pptidos y protenas

H O -C -

yHa

O - P - O C H 2~ C H C 0 0

CH~COQ-

"NH3
Fosfoserina

H
H
4-Hidroxiprolina

OT.

Q - P o C H -C H COO-

HgNCH2 - C H CHjCHjCH-COO-

-Q
^NHa
Fosfotreonina

OH
^NHs
5-Hidnndlisina

O - P O

CH3 N H -C H jCH2 CH2CHjCH-COCr

C H 2 C H CO O "

*NHs
Fosfotirosina

6-N-Met'lisina

H.N
+) C NH CHa CH2 CH2 CH-COO-

COO
-QOCCHCHaCH000

^lilHs
CH3

"NHa
y-Carboxiglutamato

(r-^/^-Metilarginna

H N -C H 2- C H 2- C H 2- C H 2-C H -C O O HsN^ ,C00-

C=0

*NHs

CH3
HN,

6-iV-Acetil-lisina

,NHs

,CH-(i

coo-

-QOC

H 3 :C- - 0
O --CC - C HH 2o- C- (H 2 - C H - C O O -

*NH3
Glutamato metil ster
HslSi^ 'COQDesmosina
H S e-C H a-C H -C O O (a)

NH2

^NHs
Selenocistena

FIGURA 3-8 Amnocidos no estndar, (a) Algunos aminocidos no estndar


encontrados en protenas. Todos ellos provienen de aminocidos estndar. Los
grupos funcionales extra aadidos a travs de reacciones de modificacin se
muestran en rojo. La desmosina se forma a partir de cuatro residuos de Lys {los
cuatro esqueletos carbonados estn sombreados en amarillo). Observe el uso al
ternativo de nmeros o de letras griegas para identificar los tomos de carbono
de esta estas estructuras, (b) Modificaciones reversibles de aminocidos impli
cadas en la regulacin de ia actividad de protenas. La fosforilacin es la modi
ficacin covalente reguladora ms frecuente, (c) La ornitina y ia citrulina, que
no se encuentran en protenas, son intermediarios en la biosntesis de arginina y
en el ciclo de la urea.

Los aminocidos pueden actuar como cidos


ycomoMses
Los grupos amino y carboxilo de los aminocidos, junto con los
grupos R ionizables de algunos aminocidos, actan como ci
dos y bases dbiles. Cuando un aminocido sin grupo R ioniza-

CH

HC

^ o ^ c -o -p -o -^ ~ ~ ^ C H 3 -a H -c q

\H

h Nj

OH

(b)

HA

*NHs

CH
Adenililtirosina

H sN C H j - C H - C H z - jlH - C O O '

*NH3
Omitina
H aN C N C H 2 C H j - C H a C H C O Q A

(O

-^h s

Citrulina

ble se disuelve en agua a pH neutro, se encuentra en solucin en


forma de in dipolar, o zwitterion (el alemn para in hbridoO, que puede actuar como cido o como base (Fig. 3-9). Las
sustancias con esta naturaleza dual (cido-base) son anfte-

3.1 Aminocidos

79

I
I

R -C -C = 0

RCC = 0

HjN OH

H;,N* OForma zwitterinica

Forma no inica

R -^ -C O O -

RCCOO- + H+

*NH,
El zwitterion
como cido

NH,

pH

R -C ~ C O O - + H^

R -C ~ C O O H

El zwitterion
como base
FKiURA3-9 Formas no inica y zwitterinica de tos aminocidos. La fomia
noinica no se encuentra en cantidades significativas en disoluciones acuosas.
El zwittGTion predomina a pH neutro. Un zwitterion puede actuar coriK) cido
(donador de protones) o como base (aceptor de protones).

ras y a menudo se denominan anfolitos (de electrolitos anfteros). Un a-aminocido sencillo monoamnico y monocarboxlico, tal como la alanina, es un cido diprtico cuando est
totalmente protonado; tiene dos grupos, el grupo C(X)H y el
grupo NHa, que pueden liberar protones:

H
I
R -C -C O O H

H
I
RCCOO-

Carga ^Ha
neta: + 1

R -(j:-co o NHg
-1

Losaminocidos tienen curvas de titulacin


caractersticas
La titulacin cido-base implica la adicin o eliminacin gradual
de protones (Captulo 2). La Figura 3-10 muestra la curva de
titulacin de la forma diprtica de la glicina. Los dos grupos ionizables de la glicina, el grupo carboxlico y el grupo amino, se
titulan con una base fuerte tal como el NaOH. La grfica tiene
dos etapas distintas, que corresponden a la desprotonacin de
dos grupos diferentes de la glicina. Cada una de las etapas se
asemeja en su forma a la curva de titulacin de un cido monoprtico tal como el cido actico (vase la Fig. 2-16), y puede
analizarse de la misma manera. A pH muy bajo, la especie ini
ca predominante de la glicina es '^HsNCHgCOOH, la forma
totalmente protonada. En el punto medio de la primera etapa
de la titulacin, en el que el grupo COOH de la glicina pierde
su protn, se encuentran presentes concentraciones equimola
res del dador de protones ("^HaNCHgCOOH) y del aceptor
de protones ("^HaNCHgCOO ). En el punto medio de cual
quier titulacin se alcanza un punto de inflexin en que el pH es
igual al p/fa del grupo protonado que se est titulando (vase la
Fig. 2-17). Para la glicina el pH en el punto medio es 2,34 y por

OH (equivalentes)

FIGURA 3-10 Titulacin de un aminoddo. Se muestra aqu la curva de titu


lacin de glicina 0,1 m a 25 C. Las especies inicas predominantes en puntos
clave de la titulacin se muestran encima de la grfica. Los recuadros sombrea
dos, centrados alrededor de p^, = 2,34 y pKi = 9,60, indican las regiones de
mximo poder tamponante. Observe que 1 equivalente de OH" = 0,1 m NaOH
aadido.

lo tanto su grupo COOH tiene un


(rotulado como p^i en
la Fig. 3-10) de 2,34. (Recurdese del Captulo 2 que pH y p^a
son simplemente notaciones tiles de la concentracin de pro
tones y de la constante de equilibrio de la ionizacin, respecti
vamente. El p/Ta ^ una medida de la tendencia de un grupo a
ceder un protn, tendencia que disminuye en un factor de 10
cada vez que el pAT se incrementa en una unidad.) A medida
que avanza la titulacin se alcanza otro punto importante a pH
5,97. Aqu hay otro punto de inflexin en el que la eliminacin
del primer protn es prcticamente completa mientras que tan
slo se ha iniciado la eliminacin del segundo. A este pH la glici
na se encuentra mayoritariamente en forma del in dipolar
(zwitterion) ^HgNCHgC00~. Pronto volveremos sobre el
significado de este punto de inflexin en la curva de titulacin
(pen la Fig. 3-10).
La segunda etapa de la titulacin corresponde a la elimina
cin de un protn del grupo NH3 de la glicina. El pH en el
punto medio de esta etapa es 9,60, igual al p^a (rotulado pKz en
la Fig. 3-10) del grupo NH3. La titulacin es prcticamente
completa a un pH alrededor de 12, en donde la forma predomi
nante de la glicina es H2NCH2 COO .
A partir de la curva de titulacin de la glicina se pueden
deducir diversas informaciones interesantes. En primer lugar,
da una medida cuantitativa del pifa de cada uno de los grupos
ionizables: 2,34 para el COOH y 9,60 para el grupo NH3.
Obsrvese que el grupo carboxilo de la glicina es ms de 100
veces ms cido (se ioniza ms fcilmente) que el grupo car
boxilo del cido actico, que, como vimos en el Captulo 2, tie-

80

Aminocidos, pptidos y protenas

10

P^a

Grupos
carboxilo y amino
sustituidos con metil

CH3- C 00 -

CHa-COOH

CHo-^

H*
I
cido actic
El
normal de un jgrupo
carboxilo 0 s aproximadamente 4,8.

Grupos
carboxilo y
amino de
la glicina

H -C -C O O H

H -C -C O O -

I i

a-Aminobido (glicina)

los grupos ionizables de la glicina son menores que los de los grupos amino y
carboxilo sustituidos simplemente por un metilo. Estas perturbaciones que ha

ne un
de 4,76, cercano al promedio para un grupo carbo
xlico unido a un hidrocarburo aliftico sin ms sustituyentes.
La perturbacin del pTa de la glicina est causada por la re
pulsin entre el protn saliente y el grupo amino cargado posi
tivamente cercano situado en el tomo de carbono oc, tal como
se describe en la Figura 3-11. Las cargas opuestas en el zwit
terion resultante tienen un efecto estabilizante. De modo sinlar, el pif del grupo amino de la glicina es menor que el p^a
medio de un grupo amino. Este efecto es debido en parte a los
tomos de oxgeno electronegativos del grupo carboxilo, que
tienden a atraer electrones hacia ellos, aumentando as la ten
dencia del grupo anno a ceder un protn. Por tanto, el grupo
cr-amino tiene un pifa menor que el de una amina aliftica tal
como la metilanna (Fig. 3-11). En resumen, el
de cual
quier grupo funcional est fuertemente afectado por su entor
no qumico, un fenmeno que a veces es utilizado en los
centros activos de los enzimas para promover mecanismos de
reaccin exquisitamente adaptados que dependen de los valo
res modificados de los pCa de grupos dadores/aceptores de
protones de residuos especficos.
La segunda informacin que proporciona la curva de titula
cin de la glicina es que este aminocido tiene dos regiones de
capacidad tamponante. Una de stas es la porcin relativamen
te plana de la curva que abarca alrededor de una unidad de pH
a cada lado del primer pCade 2,34, lo que indica que la glicina es
un buen tampn cerca de este pH. La otra zona de tamponamiento est centrada alrededor de pH 9,60. (Obsrvese que la
glicina no es un buen tampn al pH del fluido intracelular o de la
sangre, que es de alrededor de 7,4.) Dentro de los mrgenes de
tamponamento de la glicina, se puede utilizar la ecuacin de
Henderson-Hasselbalch (p. 60) para calcular las proporciones

c h h

H*

^etalamina |
El pK*^ 4^rmal de un gmpo
amino es a]|)roximadamen| 10,6

H -C -C O O -

I
cji-Aminocido (glicina)

pLg= 9j60

= 2,34
La repulsin entjre el grupo a-amino
y el protn saliente h^ce bajar el pi del grupo
carboxilo, y los grupos Icn cargas opifestas hacen
bsgar el
al estjabilizar el zw i^rio
ion.

FIGURA 3-11 Efecto del entomo qumico en d p/,. Los valores de p/Ca para

12

Los toinos de oxgeno| electronegativos


del grupb carboxilo atr^n electrones iel
grupoj amino, disminjuyendo su pTg^

cen bajar el p/C^son debidas a interacciones intramoleculares. Efectos similares


pueden ser causados por grupos qumicos que estn posicionados en ias cerca
nas de un grupo ionizable, por ejemplo, en el centro activo de un enzima.

de especies dadora y aceptora de protones de la glicina que se


requieren para preparar un tampn a un pH determinado.

La curva detitulacin predice la carga elctrica


de los aminocidos
Otra informacin importante deducida de la curva de titulacin
de un aminocido es la relacin entre su carga elctrica neta y el
pH de la disolucin. A pH 5,97, punto de inflexin entre las dos
etapas de su curva de titulacin, la glicina est presente de ma
nera predominante en su forma dipolar, totalmente ionizada pe
ro sin carga elctrica neta (Fig. 3-10). El pH caracterstico en
que la carga elctrica neta es cero se denonna punto isoelc
trico o pH isoelctrico, designado pl. En el caso de la glidna,
que no tiene grupo ionizable en su cadena lateral, el punto isoe
lctrico es simplemente la media aritmtica de los dos valores
depila*.
pl = ^(pTi + pSTz) = ^(2,34 + 9,60) = 5,97
Como resulta evidente de la Figura 3-10, la glicina tiene una
carga neta negativa a cualquier pH por encima de su pl, por lo
que se desplazar hacia el electrodo positivo (nodo) cuando
se coloque en un campo elctrico. A cualquier pH por debajo
de su pl, la glicina tiene una carga neta positiva, y se desplaza
r hacia el electrodo negativo (ctodo). Cuanto ms alejado
est el pH de una disolucin de glicina de su punto isoelctri
co, mayor ser la carga elctrica neta de la poblacin de mol
culas de glicina. Por ejemplo, a pH 1,0 la glicina se encuentra
enteramente en su forma "^HaN CH2 COOH con una carga
positiva neta de 1,0. A pH 2,34, en el que hay una mezcla pari-

3.1 Amnocidos

COOH

H ,N -C H

COOH
_ _jN- C

COO-

H 3N -CH

coo-

<XX)

H ,N -O T

H ,N [ - O H

S
COOH

Carganeta:

OOH

+1

000-

-1

81

H ,N -C

!-> = O a n > ^ L>"

COO-

-2

+2

+1

-1

pH

(a)

(b )

FIGURA 3-12

O H (equivalentes)

Curvas de titulacin de (a) glutamato y (b) histidina. El pfC, del grupo R se designa pC^.

taria de "^HaN CHgCOOH y "^HaNCHaCOO . la carga


positiva neta o promedio es de 0,5. De la misma manera se
puede predecir el signo y la magnitud de la carga neta de cual
quier aminocido a cualquier pH.

Losaminocidos difieren en sus propiedades


cido-base
Las propiedades compartidas por muchos aminocidos permi
ten algunas simplificaciones generales acerca de su comporta
miento cido-base. En primer lugar, todos los aminocidos con
un solo grupo a-amino, un solo grupo a-carboxilo y un grupo R
no ionizable tienen curvas de titulacin parecidas a la de la gli
cina (Fig. 3-10). Estos aminocidos tienen valores de p^a i^uy
similares, aimque no idnticos: el pTa de los grupos (X)OH
est en el intervalo de 1,8 a 2,4 y el
de los grupos ^NH3^ en
el intervalo de 8,8 a 11,0 (Tabla 3-1). Las diferencias en los va
lores de pATa reflejan los efectos de los grupos R. En segundo lu
gar, los aminocidos con un grupo R ionizable tienen curvas de
titulacin ms complejas, con tres etapas correspondientes a los
tres pasos de ionizacin posibles; tienen, por tanto, tres valores
de pJ?a* La etapa adicional debida a la titulacin del grupo R
ionizable se fusiona en cierto grado con las otras dos. En la
Figura 3-12 se muestran las curvas de titulacin de dos ami
nocidos de este tipo, glutamato e histidina. Los puntos iso
elctricos reflejan la naturaleza de los grupos R ionizables pre
sentes. As por ejemplo, el glutamato tiene un pl de 3,22, consi
derablemente inferior al de la glicina. Esto es el resultado de la
presencia de dos grupos carboxilo que, en el promedio de sus
valores de
(3,22), contribuyen con una carga negativa neta
de -1 que equilibra la de +1 debida al grupo amino. De modo
semejante, el pl de la histidina, con dos grupos cargados positi
vamente cuando estn protonados, es de 7,59 (el promedio de
los valores de p/, de los grupos amino e imidazol), mucho ma
yor que el de la glicina.

Finalmente, tal y como se ha indicado anteriormente, en


las condiciones generales de exposicin libre y abierta al en
torno acuoso, slo la histidina tiene un grupo R (pK^ = 6,0)
que proporciona un poder tamponante significativo al pH cer
cano a la neutralidad presente normalmente en los fluidos n
ter e ntracelulares de la inmensa mayora de animales y
bacterias (Tabla 3-1).

RESUMEN 3.1

Aminocidos

Los 20 aminocidos que se encuentran normalmente como


residuos en las protenas contienen un grupo a-carboxilo,
un grupo a-amino y un grupo R caracterstico unido al car
bono a. Ei tomo de carbono a de todos los aminocidos
excepto la glicina es asimtrico, por lo que los aminoci
dos pueden existir en al menos dos fonnas estereoisomricas. En protenas slo se encuentran los estereoismeros,
cuya configuracin est relacionada con la de la molcula
de referencia, L-gliceraldehdo.

Tambin existen otros aminocidos menos comunes, ya


sea como constituyentes de las protenas (mediante la
modificacin de los aminocidos estndar despus de la
sntesis de protenas) o como metabolitos libres.

Los aminocidos se clasifican en cinco tipos en base a la


polaridad y carga de sus grupos R (a pH 7).

Los aminocidos se diferencian en sus propiedades


cido-base y tienen curvas de titulacin caractersti
cas. Los aminocidos monoamino-monocarboxlicos
(con grupos R no ionizables) son cidos diprticos
C"H3NCH(R)C00H) a pH bajo y existen en diversas
formas diferentes al ir aumentando el pH. Los aminoci
dos con grupos R ionizables poseen especies inicas adi
cionales, que dependen del pH del medio y del pK^ del
grupoR.

B2

Aminoddos, pptidos y protenas

OH

3.2 Pptidos y protenas


Ahora nos ocuparemos de los polmeros de los aminocidos, los
pptdos y las protenas. Los pptidos que se encuentran en
la naturaleza varan en tamao desde pequeas molculas
que contienen dos o tres aminocidos a molculas muy gran
des que contienen miles de ellos. Aqu nos centraremos en las
propiedades qumicas fundamentales de estos polmeros.

Los pptidos son cadenas de aminocidos


Dos molculas de aminocidos pueden unirse de forma covalente a travs de un enlace amida sustituido, denominado enla
ce peptdico, formando un dipptido. Este enlace se forma por
eliminacin de los elementos del agua (deshidratacin) del gru
po a-carboxo de un aminocido y el grupo a-amino de otro
(Fig. 3-13). La formacin del enlace peptdico es un ejemplo
de una reaccin de condensacin, que es un tipo de reaccin
frecuente en las clulas vivas. En condiciones bioqumicas nor
males, el equilibrio de la reaccin que se muestra en la Figu
ra 3-13 favorece a los aminocidos por encima del dipptido.
Para conseguir que la reaccin sea termodinmicamente ms
favorable, es necesario modificar o activar qumicamente el gru
po carboxilo de modo que su grupo hidroxilo pueda ser elimina
do ms fcilmente. Al final de este c^tulo se esquematiza una
aproximacin qumica a este problema. La aproximacin biol
gica a la formacin del enlace peptdico es un tema principal del
Captulo 27.
Es posible unir tres aminocidos mediante dos enlaces
peptdicos para formar un tripptido; de manera similar se pue
den unir cuatro aminocidos para dar tetrapptidos, cinco para
formar pentapptidos y as sucesivamente. Cuando se unen
unos pocos aminocidos de este modo, la estructura resultante
se denomina oligopptido. Cuando se unen muchos aminoci
dos el producto se denomina polipptido. Las protenas pue
den tener miles de residuos aminocidos. Aunque a veces los
trminos polipptido y protena son intercambiables, las
molculas denominadas polipptidos tienen generalmente ma
sas moleculares inferiores a 10.000 y las que se denominan pro
tenas tienen masas moleculares superiores.

R^

H3N - C H - C - O H + H - CHCOO'
O
H,0*

R^

R2

HsN-CH^ N CH-CCX)'

FIGURA 3-13 Formadn de un enlace peptdico por condensacin. El grupo


a-amino de un aminocido (con el grupo R^) acta como nuclefilo despla
zando el grupo hidroxilo de otro aminocido (con el grupo R'), para fomiar un
enlace peptdico (sombreado en amarillo). Los grupos amino son buenos nu
clefilos, pero el grupo hidroxilo es un mal grupo saliente por lo que no es des
plazado fcilmente. A pH fisiolgico, la reaccin, que aqu se muestra no tiene
lugar de forma apreciable.

CH3 CH3
CH
CH-^OH H H
H a N - ---- (

COO'

H
Extremo
amino-terminal

Extremo
carboxilo-terminal

FIGURA3-14 El pentapptidoseriigliciltirosilalanil-leucina, Ser-Cly-Tyr-AliHLeu


o SGYAL. Los pptidos se nombran empezando por el residuo amino-terminal que,
por convencin, se sita a la izquierda. Los enlaces peptdicos se muestran sorrv
breados en amarillo y los gmpos R en rojo.

La Figura 3-14 muestra la estructura de un pentapptido.


Como ya se ha indicado, las unidades de aminocido de un pp
tido se denominan frecuentemente residuos Qa parte que que
da tras perder un tomo de hidrgeno de su grupo amino y una
porcin hidroxilo de su grupo carboxilo). El residuo aminocido
del extremo de un pptido que tiene un grupo a -amino libre es
el residuo amino-terminal (o iV-terminal); el residuo del otro
extremo, que tiene un grupo carboxilo libre, es el residuo carboxilo-terminal (C-terminal).
CONVENCINCLAVE: Cuando se escribe la secuencia de un pptido,
polipptido o protena, el extremo amino se coloca a la izquierda
y el extremo carboxilo a la derecha. La secuencia se lee de iz
quierda a derecha empezando por el residuo amino-terminal.
Aunque la hidrlisis de un enlace peptdico es una reaccin
exergnica, tiene lugar lentamente debido a su alta energa de
activacin (vase la p. 25). En consecuencia, los enlaces pept
dicos de las protenas son bastante estables, con una vida media
(1/2) de alrededor de 7 aos en la mayora de condiciones
intracelulares.

Los pptidos pueden distinguirse por su comportamiento


de ionizacin
Los pptidos contienen slo un grupo a-amino y un grupo
a-carboxilo libres, uno en cada extremo (Fig. 3-15). Estos
grupos se ionizan de ia misma manera que lo hacen en los ami
nocidos libres, aunque las constantes de ionizacin son dife
rentes debido a que el grupo con carga opuesta est ausente del
carbono a. Los grupos a-amino y a-carboxilo de todos los ami
nocidos no terminales estn unidos covalentemente en forma
de enlaces peptdicos, que no se ionizan y, por tanto, no contri
buyen al comportamiento total cido-base de los pptidos. No
obstante, los grupos R de algunos aminocidos pueden ionizar
se (Tabla 3-1), y contribuyen en un pptido a las propiedades
cido-base globales de la molcula (Fig. 3-15). Por tanto, puede
predecirse el comportamiento cido-base de un pptido a partir
de sus grupos a-amino y a-carboxilo libres y de la naturaleza y
nmero de sus grupos R ionizables.
Al igual que los aminocidos libres, los pptidos tienen cur
vas de titulacin caractersticas y pH isoelctricos (pl) caracte
rsticos a los que no se desplazan en un campo elctrico. Estas
propiedades se aprovechan en algunas de las tcnicas utilizadas

3.2 Pptidos y protenas

en relacin con su funcin. La longitud de los pptidos naturales


vara entre dos arrnocidos y muchos m il^ de residuos. Inclu
so los pptidos ms pequeos pueden tener efectos biolgi
camente importantes. Considrese por ejemplo el dipptido
sinttico comercial L-aspartil-L-fenilalanina metil ster, un edul
corante artificial ms conocido como aspartame o NutraSweet.

NH.,
Ala

CH-CHa
=C

NH
I

Glu

Gly

CH-CHa CHa COO


0 =C
I
NH

COO

(fHa

0 =C

CH2 O

I
NH

Lys

CH2 O

II

II

H3N-CH--C-N-CH-C-OCH3
H
L-Aspartil-i^fenilalanina metil ster
(aspartame)

CH-CH2-CH2-CH2-CH2-NH3
COO

FIGURA 3-15 Atanilglutamlgiicil'lisina. Este tetrapptido tiene un grupo


a*amno libre, un grupo a-carboxilo libre y dos grupos R ionizables. Los grupos
ionizados a pH 7,0 se muestran en rojo.

para separar pptidos y protenas, tal como veremos en este ca


ptulo. Debe remarcarse que el valor del
de un grupo R lonizable puede cambiar ligeramente cuando un aminocido se
convierte en un residuo de un jpptido. La prdida de carga en
losgrupos a-carboxilo y a-amino, las interacciones con otros gru
pos R del pptido y otras condiciones del entomo pueden afectar
al p/Ta- Los valores de p/a para los grupos R que se muestran en la
*M)la ^1 pueden ser una gua til para deducir el intervalo de pH
en que se ionizar un determinado grupo, pero no pueden apli
carse a los pptidos de modo estricto.

Existenpptidos y polipptidos biolgicamente activos


deunagran variedad de tamaos y composicin
No puede hacerse ningima generalizacin acerca de las masas
moleculares de los pptidos y protenas biolgicamente activos

Muchos pptidos pequeos tienen efecto a concentracio


nes muy bajas. Por ejemplo, diversas hormonas de vertebrados
(Captulo 23) son pptidos pequeos. Entre stas se incluye la
oxitocina (nueve residuos aminocidos), que es secretada por
la hipfisis posterior y estimula las contracciones uterinas, y el
factor liberador de la tirotropina (tres residuos), que se forma
en el hipotlamo y estimula la liberacin de otra hormona, la ti
rotropina, de la hipfisis anterior. Algimos venenos de setas ex
tremadamente txicos, tales como la amanitina, son tambin
pptidos pequeos, lo mismo que muchos antibiticos.
Qu longitud tienen las cadenas polipeptdicas de las pro
tenas? Tal y como muestra la Tabla 3-2, la longitud vara con
siderablemente. El citocromo c humano tiene 104 residuos
aminocidos unidos en una nica cadena; el quimotripsingeno
bovino tiene 245 residuos. En el extremo se encuentra la titina,
constituyente del msculo de los vertebrados, que tiene cerca
de 27.000 residuos aminocidos y una masa molecular de alre
dedor de 3.000.000. La inmensa mayora de los polipptidos
naturales son mucho ms pequeos y contienen menos de
2.000 residuos aminocidos.

Dats nro
Masa
molecular

Nmero de
residuos

Nmero
de cadenas
polipeptdicas

Citocromo c (humano)

12.400

104

Ribonucleasa A (pncreas bovino)

13.700

124

Lisozima (clara de huevo de gallina)

14.300

129

Mioglobina (corazn de caballo)

16.700

153

Quimotripsina (pncreas bovino)

25.200

241

1
-.6; 3

Quimotripsingeno (bovino)

25.700

245

Hemoglobina (humana)

64.500

574

Albmina srica (humana)

66.000

609

Hexoquinasa Oevadura)

RNA polimerasa (E. coli)

513.000

Glutamina sintetasa (E. coli)

619.000
2.993.000

972 VA i

107.900
450.000

Apolipoprotena B (humana)
Titina (humana)

83

4.158
^

.
^

-1

2
5te

4.536

5.628'

12

^.926

84

Aminocidos, pptidos y protenas

C ofl^ p osk in ite^ in o^ iK

dosprotenas

Numero de residuos
por molcula de protena*
Aminocido

Citocromo c
bovino

Quimotripsingeno
bovino

Ala

Arg

Asn

14

Asp

Cys

10

Gln

10

Glu

Gly

14

23

ffis

ne

10

Leu

19

Lys

18

14

Met

Phe

Pro

Ser

28

Thr

23

22

'IVp

'Tyr

Val

23

104

245

Total

* En algn tipo de anlisis, como en ia hidrlisis cida, Asp y Asn no se distinguen entre
s y se designan conjuntamente Asx (o B). De manera similar, cuando no es posible
distinguir Glu y Gln se designan conjuntamente Gix (o Z). Adems, el Trp es destruido
durante la hidrlisis cida. Deben emplearse procedimientos adicionales para
determinar correctaniente el contenido total en aminocidos.

Algunas protenas consisten en una sola cadena peptdica,


pero otras, denominadas protenas con subunidades mlti
ples, tienen dos o ms polipptidos asociados de forma no co
valente (Tabla 3-2). Las cadenas polipeptdicas individuales en
una protena con diversas subunidades pueden ser idnticas o
diferentes. Si como mnimo dos son idnticas, la protena se de
nomina oligomriea, y las subunidades idnticas (constituidas
por una o ms cadenas polipeptdicas) se denominan protme
ros. La hemoglobina, por ejemplo, tiene cuatro subunidades po
lipeptdicas: dos cadenas a idnticas y dos cadenas p idnticas,
unidas todas ellas entre s por interacciones no covalentes.
Cada subunidad a est unida de forma idntica con una subuni
dad dentro de la estructura de esta protena con subunidades
mltiples, de forma que la hemoglobina puede considerarse
bien como un tetrmero de cuatro subuniciades polipeptdicas o
un dmero de protmeros ap.
Unas pocas protenas contienen una o ms cadenas poli
peptdicas unidas covalentemente. Por ejemplo, las dos cade

nas polipeptdicas de la insulina estn unidas entre s a travs de


puentes disulfuro. En estos casos, los polipptidos individuales
no se consideran subunidades, sino que se suelen denominar
simplemente cadenas.
La composicin de aminocidos de las protenas es tam
bin altamente variable. En una protena casi nunca se encuen
tra la misma cantidad de los 20 aminocidos. Algunos se dan
slo una, o ninguna, vez en un tipo determinado de protena
mientras que otros se dan numerosas veces. La Tabla 3-3 mues
tra la composicin aminoacdica del citocromo c bovino y
del quimotripsingeno, el precursor inactivo del enzima di
gestivo quimotripsina. Estas dos protenas, con funciones muy
diferentes, tambin difieren significativamente en las cantida
des relativas de cada tipo de residuo aminocido.
Se puede calcular el nmero aproximado de residuos ami
nocidos de una protena sencilla que no contenga ningn otro
grupo qumico, dividiendo su masa molecular por 110. Aunque
la masa molecular media de los 20 aminocidos estndar es al
rededor de 138, en la mayora de protenas predominan los ami
nocidos ms pequeos.
Si se tienen en cuenta las proporciones en que se presen
tan los distintos aminocidos en las protenas (Tabla 3-1; los
promedios se determinan analizando nles de protenas dife
rentes), la masa molecular media de los aminocidos de las pro
tenas est prxima a 128. Dado que se elimina una molcula de
agua (Afr 18) para crear cada enlace peptdico, la masa molecu
lar media de un residuo aminocido en una protena est alre
dedor de 128 -18 = 110.

Algunas protenas contienen grupos qumicos


diferentes a los aminocidos
Muchas protenas, por ejemplo los enzimas ribonucleasa A y
quimotripsina, contienen slo aminocidos y ningn otro grupo
qumico adicional; a este tipo de protenas se las considera pro
tenas simples. Sin embargo, algunas protenas contienen com
ponentes qumicos diferentes a los aminocidos asociados
permanentemente; estas protenas se denominan protenas
coiyiigadas. La parte no aminocida de una protena conjuga
da se denomina usualmente grupo prosttico. Las protenas
corrugadas se clasifican segn la naturaleza qumica de su gru
po prosttico (Tabla 3-4); por ejemplo, las lipoprotenas con
tienen lpidos, las glucoprotenas contienen grupos glucdicos,
y las metaloprotenas contienen un metal especfico. Algunas
protenas contienen ms de un grupo prosttico. Normalmente
el grupo prosttico juega un papel importante en la funcin bio
lgica de la protena.

RESUMEN 3.2 Pptidos y protenas

Los aminocidos pueden unirse covalentemente para


formar pptidos y protenas. Las clulas contienen gene
ralmente miles de protenas diferentes, cada una de ellas
con una actividad biolgica distinta.

Las protenas pueden ser cadenas polipeptdicas muy


largas de 100 a varios miles de residuos aminocidos.
Sin embargo, algunos pptidos naturales tienen slo
unos pocos residuos aminocidos. Algunas protenas

3.3 Trabajar con protenas

Clase

Grupo
prosttico

EJjemplo

Lipoprotenas

Lipidos

Lipoprotena

Glucoprotenas

Glcidos

Inmunoglobulina G

de la sangre

Fosfoprotenas

Grupos fosfato

Casena de la leche

Hemoprotenas

Hemo (ferroporfirina)

Hemoglobina

Flavoprotenas

Nucletidos de flavina

Succinato deshidrogenasa

Metaloprotenas

Hierro
Zinc
Calcio
Molibdeno
Cobre

Ferritina
Alcohol deshidrogenasa
Calmodulina
Dinitrogenasa
Plastociarna

estn compuestas por varias cadenas polipeptdicas


asociadas no covalentemente que reciben el nombre de
subunidades.
Las protenas simples generan slo aminocidos despus
de la hidrlisis; las protenas conjugadas contienen algn
otro componente adicional, como por ejemplo un grupo
prosttico metlico u orgnico.

3.3 Trabajar con protenas


El conocimiento del bioqumico sobre la estructura y funcin de
las protenas procede del estudio de muchas protenas indivi
duales. Para estudiar una protena en detalle es necesario sepa
rarla del resto de protenas y disponer de tcnicas que permitan
determinar sus propiedades. Los mtodos necesarios provienen
de la qumica de protenas, disciplina tan antigua como la bio
qumica y que mantiene una posicin central en la investigacin
bioqumica.

Las protenas se pueden separar y purificar


Una preparacin pura de una protena es esencial para poder
determinar sus propiedades y su actividad. Puesto que las clu
las contienen miles de tipos diferentes de protenas, cmo pue
de purificarse una protena? Los mtodos clsicos de separacin
de protenas aprovechan propiedades que varan de una prote
na a otra, entre las que se incluye el tamao, la carga y las pro
piedades de unin. Algimos mtodos modernos adicionales,
tales como el clonaje de DNA y la secuenciacin de genomas,
pueden simplificar el proceso de purificacin de protenas y se
presentan en el Captulo 9.
La fuente de ur\a protena son generabnente clulas tisula
res o microbianas. El primer paso en cualquier purificacin de
protenas es la rotura de estas clulas, para liberar sus protenas
en una solucin denominada extracto crudo. En caso necesa
rio puede utilizarse la centrifugacin diferencial para preparar
fracciones subcelulares o aislar determinados orgnulos (vase
la Fig. 1- 8).

85

Una vez est a punto el extracto o la preparacin de org


nulo, se dispone de diversos mtodos para purificar una o ms
de las protenas que contienen. Normahnente el extracto se so
mete a tratamientos que separan las protenas en diferentes
fracciones en base a alguna propiedad como el tamao o la
carga, un proceso que se denomina fraccionamiento. Los pa
sos iniciales de fraccionamiento de una purificacin utilizan di
ferencias en la solubilidad de las protenas, que es una compleja
funcin del pH, temperatura, concentracin de sal y otros fac
tores. La solubilidad de las protenas disminuye generalmente a
concentraciones elevadas de sal, un efecto denominado salting
out. La adicin de ciertas sales en cantidades apropiadas pue
de precipitar selectivamente algunas protenas, permaneciendo
las restantes en disolucin. El sulfato amnico ( 0^ 4) 2804) se
utiliza frecuentemente para este propsito. Las protenas as
precipitadas se separan de las que permanecen disueltas me
diante centrifugacin a baja velocidad.
La disolucin que contiene la protena de inters debe pa
sar a menudo por otros procesos antes de que sean posibles pa
sos de purificacin posteriores. La dilisis, por ejemplo, es un
procedimiento que separa las protenas de los disolventes apro
vechando el mayor tamao de las protenas. El extracto parcial
mente purificado se coloca en un saco o tubo de membrana
semipermeable. Cuando ste se suspende en un volumen mu
cho mayor de disolucin tamponada de fuerza inica apropiada,
la membrana perrrte el intercambio de sal y tampn, pero no
de protenas. De esta forma, la dilisis retiene las protenas
grandes dentro del saco o tubo de membrana, mientras que pernte que la concentracin de los den\s solutos en la prepara
cin de protena cambie hasta llegar al equilibrio con la solucin
del exterior de la membrarm. La dilisis puede utilizarse, por
ejemplo, para eliminar el sulfato amnico de una preparacin
de protena.
Los mtodos ms potentes para el fi*accionanento de pro
tenas utilizan la cromatografa en columna, que aprovecha
las diferencias de carga, tamao, afinidad de unin y otras pro
piedades de las protenas (Fig. 3-16). Un material slido poro
so de propiedades qumicas adecuadas (la fase estacionaria) se
introduce en una columna, y se hace pasar a travs de ste una

86

Aminocidos, pptidos y protenas

Deposito

Muestra
de protena
(fase mvil)
Matriz
slida
porosa
(fase
estacionaria)
Soporte
poroso
Efluente

FIGURA3-16

Cromatografa en columna. Los elementos estndar de una co


lumna cromatogrfica Incluyen un material slido y poroso (matriz) que se de
posita en el interior de una columna hecha generalmente de plstico o vidrio. A
travs de ia matriz, la fase estacionaria fluye una disolucin, la fase mvil. La di
solucin que sale de la columna por la parte inferior (el efluente), es reempla
zada constantemente por disolucin suministrada de un depsito en 1a parte
superior. La disolucin de protena a separar se deposita sobre la cabeza de la
columna y se deja percolar hacia el interior de la matriz slida. Se aade ms di
solucin sobre ella. La disolucin de protena forma una banda dentro de la fa
se mvil que tiene inicialmente la anchura de la disolucin de protena aplicada
a la columna. A medida que las protenas se desplazan a travs de la columna,
se retardan en diferentes grados segn sus diferentes interacciones con el mate
rial de la matriz. La banda de protena se ensancha as a medida que se mueve
a travs de la columna. Los tipos individuales de protenas (tales conx) A, B y C,
mostradas en azul, rojo y verde) se separan gradualmente entre s, formando
bandas dentro de la banda ms ancha de protenas. La separacin mejora (au
menta la resolucin) a medida que aumenta la longitud de la columna. Sin em
bargo, cada banda de protena individual tambin se ensancha con el tiempo
debido a la difusin, un proceso que disminuye a resolucin. En este ejemplo,
la protena A est bien separada de B y C, pero el ensanchamiento por difusin
impide la separacin completa de B y C en estas condiciones.

disolucin tamponada (la fase mvil). La disolucin que contie


ne las protenas se introduce en la cabeza de la columna y a con
tinuacin se filtra a travs de la matriz slida, en forma de una
banda que va expandindose continuamente dentro de la fase

mvil. Las proterms individuales migran ms rpida o ms len


tamente a travs de la columna segn sus propiedades.
La cromatograa de intercambio inico aprovecha las
diferencias en el signo y la magnitud de las cargas elctricas ne
tas de las protenas a un pH determinado. La matriz de la co
lumna es un polmero sinttico (resina) que tiene unidos grupos
cargados; los que tienen unidos grupos aninicos se denominan
intercambiadores catinicos, y los que tienen unidos grupos
catinicos se denominan intercambiadores aninicos. La afi
nidad de cada protena por los grupos cargados de la columna
est afectada por el pH (que deternna el estado de ionizacin
de la molcula) y la concentracin de los iones salinos libres
competidores presentes en la disolucin que las rodea. La sepa
racin puede optimizarse cambiando gradualmente el pH y/o la
concentracin de sal de la fase mvil, de forma que se cree un
gradiente de pH o sal. En la cromatografa de intercambio
catinico (Fig. 3-17a), la matriz slida tiene gnipos cargados
negativamente. En la fase mvil, las protenas con carga neta
positiva migran a travs de la matriz ms lentamente que las
que tienen una carga neta negativa debido a que la migracin de
las primeras se halla retardada por sus interacciones con la fase
estacionaria.
En las columnas de intercambio inico, la expansin de la
banda de protenas en la fase mvil (la disolucin de prote
nas) est causada tanto por la separacin de las protenas de
diferentes propiedades como por la difusin. La resolucin en
tre dos tipos de protenas con diferente carga neta suele mejo
rar a medida que se aumenta la longitud de la colunma. Sin
embargo, la velocidad a la que la disolucin de protenas pue
de pasar a travs de la columna suele disminuir con la longi
tud de la misma. A medida que aumenta el tiempo de residen
cia en la columna, la resolucin puede disnnuir como resulta
do de la difusin de cada una de las bandas de protena. Se
van recogiendo porciones (fracciones) sucesivas de efluente
en tubos de ensayo a medida que la solucin que contiene las
protenas va saliendo de la columna. Se puede analizar cada
fraccin para averiguar la presencia de la protena de inters o
para conocer otras propiedades, tales como la fuerza inica
o la concentracin total de protena. Todas las fracciones que
contienen la protena de inters pueden combinarse para for
mar el producto de este paso cromatogrfico en la purificacin
de la proterm.

i EJEMPLO PRCTICO 3-1 Intercambio inico


de pptidos
Un bioqumico quiere separar dos pptidos mediante cromato
grafa de intercambio inico. Al pH de la fase mvil que se va a
utilizar en la colunma, un pptido (A ) tiene una carga neta de
-3 debido a la presencia de ms residuos Glu y Asp que residuos
Arg, Lys e His. El pptido B tiene una carga neta de +L Qu
pptido eluir antes de urm resina de intercambio catinico?
Cul de ellos eluira primero de una resina de intercambio
aninico?
Solucin: La resina de intercambio catinico tiene cargas ne
gativas y se une a molculas cargadas positivamente, retardan
do su paso a travs de la colunma. El pptido B, con su carga
neta positiva, interaccionar ms fuertemente con la resina de

3.3 Trabajar con protenas

87

Carga positiva neta grande


O Carga positiva grande
Carga negativa grande
Carga negativa neta grande

Partculas polimricas con grupos


funcionales cargados negativamente

Partculas
polimricas porosas

Se aade la mezcla de protenas


a la columna que contiene
intercambiador de cationes.
Las protenas se desplazan a travs de la columna a
velocidades determinadas por su.carga neta de pH que
seest utilizando. En el caso de los intercambiadores
catinicos, las protenas con ms carga neta
negativa se desplazan ms rpido y eluyen antes.

Se aade la mezcla de
protenas a la columna que
contiene polmero entrecruzado.

1 2 3 4 5 6

Las molculas de protena se separan


por tamaos; las molcula mayores
pasan ms libremente, apareciendo
en las primeras fracciones.

i 2 3 4

(b) Cromatografa de filtracin en gel

(a) Cromatografa de intercambio inico


FIGURA 3~17 Tres mtodos cromatogrficos utilizados para la purificacin
de protenas, (a) La cromatografa de intercambio inico aprovecha ias diferen
cias en el signo y la magnitud de las cargas elctricas netas de las protenas a un
pH determinado, (b) La cromatografa de exclusin por tamafk), llamada tam
bin de filtracin en gel, separa las protenas en funcin de su tamao, (c) La
cromatografa de afinidad separa las protenas en funcin de su especificidad de
unin. En el texto se dan detalles adicionales sobre estos mtodos.

intercambio catinico que el pptido A, por lo que este intimo


eluir antes. El pptido B eluir antes en la resina de intercam
bio aninico. En este caso, el pptido A, de carga negativa, se
encontrar retardado a causa de su interaccin con la resina
cargada positivamente.

La Figura 3-17 muestra otras dos variantes de cromatogra


fa en columna adems de la de intercambio inico. La cromatograa de exclusin molecular, tambin llamada de fil
tracin en gel (Fig. 3-17b), separa protenas en base a su tama
o. En este mtodo, las protenas de mayor tamao emergen de
la columna antes que las pequeas, una observacin en cierto
modo no intuitiva. La fase slida cor\siste en unas pequeas per
las hechas de material entrelazado, partculas que contienen
unos poros o cavidades de tamao calibrado. Las protenas de
mayor tamao no pueden entrar en las cavidades, por lo que to
man el camino ms corto (y ms rpido) a travs de la columna,
rodeando las partculas por el exterior. Las protenas ms pe
queas penetran en las cavidades y son retardadas a causa de
su paso ms laberntico a travs de la columna.

Mezcla
de protenas

Se aade la mezcla
de protenas a una
columna que contiene un
ligando especco para
la protena de inters
unido al polmero.
La protena de
Las protenas
inters se eluye
no deseadas se
lavan a travs de por medio de una
la columna, disolucin de ligando.
(c) Cromatografa de afinidad

88

Aminocidos, pptdos y protenas

TABLA 3-5
Actividad
especfica
(uiddades/mg)

Volumen de la
firaccin (mL)

Proteina total
(mg)

1.400

10.000

100.000

10

280

3.000

96.000

32

3. Cromatografa de intercambio inico

90

400

80.000

200

4. Cromatografa de exclusin por tamao

80

100

60.000

600

45.000

15.000

Procedimiento o paso
1. Extracto celular crudo
2. Precipitaan con sulfato amnico

5. Cromatografa de afinidad

Actividad
(unidades)

Nota: Todos los datos representan ei estado de la muestra despus de haber efectuado ei procedimiento indicado. La actividad y ia actividad especfica se definen en la pgina 91

La cromatografa de anidad se basa en la anidad de


unin de las protenas (Pig. 3-17c). Las partculas de la co
lumna tienen en este caso un grupo qumico unido covalente
mente llamado ligando, un grupo o molcula que se une a una
macromolcula, como por ejemplo una protena. Cuando se
carga una mezcla de protenas en la columna, cualquiera de
ellas que tenga afinidad por este ligando se unir a las partcu
las de resina, retardando su migracin a travs de la columna.
Por ejemplo, si la funcin biolgica de una protena implica
unin al ATP, la fijacin de ATP a las partculas de la colimma
dar lugar a una matriz de afinidad que servir para purificar la
protena. Al ir pasando la solucin proteica a travs de la colimma, las protenas que se unen a ATP (incluida la protena
de inters) se irn uniendo a la matriz. Despus de eluir las
protenas que no se unen, aquellas que s lo han hecho se eluyen con una solucin que contenga o bien una alta concentra
cin de sal o bien ei propio ligando, ATP en este caso. La sal
debilita la unin de la protena al ligando inmovilizado unido a
las partculas, interfiriendo con la interacciones inicas. El li
gando libre compite con el ligando unido a las partculas de la
columna, liberando la protena de la matriz; el producto pro
teico que eluye de la columna se encuentra a menudo unido al
ligando usado para la elucin.
Un refinamiento moderno de los mtodos cromatogrficos
es la HPLC, o cromatografia lquida de alta resolucin. La
HPLC utiliza bombas de alta presin que aceleran el movimien
to de las molculas de protena en la columna, adems de mate
riales cromatogrficos de calidad superior que pueden soportar
la fuerza de compresin del flujo presurizado. Al reducir el tiem
po de trnsito en la columna, la HPLC puede limitar la expan
sin de las bandas de protena por difusin y por tanto mejorar
notablemente la resolucin.
La estrategia de purificacin de una protena que no ha si
do previamente aislada se gua tanto por los precedentes esta
blecidos como por el sentido comn. En la mayora de casos
deben utilizarse varios mtodos diferentes consecutivos para
purificar completamente una protena, y cada uno de ellos se
para protenas en base a propiedades diferentes. Por ejemplo, si
en uno de los pasos se separan protenas de unin a ATP de
otras que no lo unen, el paso siguiente deber separar las dife
rentes protenas de unin a ATP en base a su carga con el fin de
aislar la protena concreta que se desee. La eleccin de mtodo

es en cierto modo emprica, y puede ser necesario probar mu


chos protocolos antes de encontrar el ms efectivo. El proceso
de prueba y error puede a menudo reducirse al mnimo toman
do como referencia tcnicas de purificacin desarrolladas para
protenas similares. Se pueden encontrar publicados protocolos
de purificacin para muchos millares de protenas. El sentido
comn indica que se han de utilizar procedimientos baratos, co
mo el salting out, al principio, cuando el volumen total y el n
mero de contaminantes son mximos. A menudo los mtodos
cromatogrficos no son prcticos en las primeras fases debido a
que la cantidad de medio cromatogrfico necesario aumenta
con el tamao de la muestra. A medida que se completa cada
paso de purificacin, el tamao de la muestra es generalmente
menor (Tabla 3-5), lo que hace posible utilizar procedimientos
cromatogrficos ms sofisticados (y ms caros) en las etapas
posteriores.

Las protenas pueden separarse y caracterizarse


por eleetroforesis
Otra tcnica importante para la separacin de protenas se basa
en el desplazamiento de las protenas cargadas en un campo
elctrico, proceso denominado eleetroforesis. Estos procedi
mientos no son utilizados por lo general para purificar prote
nas en grandes cantidades, dado que usualmente existen
mtodos alternativos ms sencillos, y que los mtodos electroforticos frecuentemente afectan a la estructura y por tanto a la
funcin de las protenas. No obstante, la eleetroforesis es muy
til como mtodo analtico. Su ventaja es que las protenas pue
den visualizarse adems de separarse, lo que permite al investi
gador hacer una estimacin rpida del nmero de protenas en
una mezcla o del grado de pureza de una preparacin proteica
determinada. La eleetroforesis tambin permite la determina
cin de propiedades cruciales de una protena tales como su
punto isoelctrico y su masa molecular aproximada
La eleetroforesis de protenas se lleva a cabo generalmente
en geles formados por el polmero entrecruzado poliacrilamida
(Fig. 3-18). El gel de poliacrilamida acta como un tamiz mole
cular, retrasando la migracin de la protenas en una forma
aproximadamente proporcional a su cociente carga/masa. La mi
gracin tambin puede estar afectada por la forma de la protena.
En la eleetroforesis, la fuerza que mueve la macromolcula es el

3.3 Trabajar con protenas ^89

Muestra

^\

T.

y y y 4 iu u u u u u

97.400 -

^/ / / / /

/ /

Patrones
deMj.

%
%

Direccin
del
desplazamiento

6 6 .2 0 0 -

45.000 -

i
31.000 -

__

----------------

II Wll*

21.50014.400-

(a)
(b)
FIGURA3-18 Electroforesis. (a) Se cargan diferentes muestras en los pocilios
o depresiones en la parte superior de un gel de poliacrilamida. Las protenas se
trasladan a travs del gel cuando se aplica un campo elctrico. El gel mantiene
ai mnimo las comentes de conveccin producidas por pequeos gradientes de
temperatura, y tambin minimiza los movimientos de protenas que no sean los
producidos por el campo elctrico, (b) Despus de la electroforesis se pueden
visualizar las protenas tratando el gel con un colorante tal como el azul de
Coomassie, que se fija a las protenas pero no al gel. Cada banda del gel repre
senta una protena diferente (o subunidad proteica); las protenas ms pequeas
se desplazan ms rpidamente a travs del gel que las grandes, por lo que se en
cuentran cerca del extremo inferior del gel. Este gel ilustra la purificacin la pro-

tena RecA de Escherichia coli (descrita en el Captulo 25). Se clon el gen de


la protena RecA (Captulo 9) para poder controlar su expresin (sntesis de la
protena). El prinrier carril muestra un conjunto de protenas patrn (de
co
nocida) que sirven como marcadores de masa nx)lecular En los dos carriles si
guientes se muestran protenas de clulas de E. coii antes y despus de la
induccin de la sntesis de la protena RecA. El cuarto can-il muestra las prote
nas de un extracto celular crudo. Los can-iles siguientes (de izquierda a derecha)
muestran la protena presente despus de cada paso sucesivo de purificacin.
La protena purificada es una cadena polipeptdica nica (H -38.000), como
puede apreciarse en el carril ms a la derecha.

potencial elctrico, E. La movilidad electrofortica de la molcu


la es el cociente entre la velocidad de la partcula, K, y el po
tencial elctrico. La movilidad electrofortica tambin es igual a
la carga neta de la molcula, Z, dividida por el coeficiente firiccional, /, que refleja en parte la forma de la protena. As:

El SDS ligado incorpora una gran carga neta negativa, lo que ha


ce que la cai^ga intrnseca de la protena sea insignificante y con
fiere a todas las protenas un cociente carga/masa similar.
Adems, la conformacin nativa de la protena se altera cuando
se fija el SDS y ia mayora de las protenas adoptan una forma si
milar. La electroforesis en presencia de SDS separa, por tanto,
las protenas casi exchisivamente en funcin de la masa (peso
molecular), de forma que los polipptidos pequeos se despla
zan ms rpidamente. Despus de la electroforesis las prote
nas se visualizan aadiendo un colorante tal como el azul
CJoomassie que se ya a las protenas pero no al gel (Fig. 3-18b).
De esta forma puede seguirse el progreso de un procedimiento
de purificacin de una protena, ya que el nmero de bandas de
protena visibles en el gel debe disminuir tras cada nuevo paso
de purificacin. Cuando se compara con las posiciones a las que
se desplazan en el gel protenas de masa molecular conocida, la
posicin de una protena desconocida puede proporcionar una
medida excelente de su masa molecular (Fig. 3-19). Si la pro
tena tiene dos o ms subunidades diferentes, las subunidades
se separarn generalmente a consecuencia del tratamiento con
SDS y aparecer una banda individual para cada una.

V
E

Z
f

El desplazamiento de una protena en un gel durante una elec


troforesis es por tanto funcin de su tamao y de su forma.
Un mtodo electrofortico comnmente utilizado para la
estinuicin de la pureza y la masa molecular emplea el deter
gente dodecil sulfato sdico (S D S ) ("dodecil se refiere a
una cadena de 12 tomos de carbono).
O

II
II

Na" -0~S-~0~(C H 2) uCH3


O
Dodecil sulfato sdico
(SDS)
El SDS se une a la mayora de protenas en una cantidad apro
ximadamente proporcional a la masa molecular de la protena,
alrededor de una molcula por cada dos residuos aminocidos.

( I Electroforesis en gel con SDS

90

Aminocidos, pptidos y protenas

T_J l_X

Miosina 200.000
)3>Galacto8dasa 116.260
Glucgeno fosforilsisa b 97.400
Albmina de suero bovino

66.200

Ovoalbmina

45.000

Carbnico anhidrasa

31.000

Inhibidor de tripsina de soja


Lisozima

21.500
14.400

FIGURA3-19 Determinacin de la masa molecular de una protena. La mo*


vilidad electrofortica de una protena en un gel de poliacrilamida con SDS es
proporcional a su masa molecular, M,. (a) Protenas patrn de masa molecular
conocida se someten a electroforesis (carril 1 ). Estas protenas marcadoras se
pueden utilizar para determinar ia nriasa molecular de una protena desconoci
da (carril 2). (b) Una grfica del log Mr de las protenas marcadoras frente al
desplazamiento relativo durante la electroforesis es lineal, lo que penmite leer la
masa molecular de la protena desconocida a partir de la grfica.

^ f-.. .

- ...

Patrones Protena
deJkT^ desconocida

(a)

El enfoque isoelctrico se utiliza para determinar el


punto isoelctrico (pl) de una protena (Fig. 3-20). Se esta
blece un gradiente de pH dejando que una mezcla de cidos y
bases orgnicos de baja masa molecular (anfolitos; p. 79) se dis
tribuya espontneamente en un campo elctrico generado a tra
vs del gel. Cuando se aplica una mezcla de protenas, cada una
se desplaza hasta que alcanza el pH que iguala su pl (Tabla
3-6). As las protenas con distintos puntos isoelctricos se dis
tribuyen de manera diferente a lo largo del gel.

La combinacin secuencal del enfoque isoelctrico y la


electroforesis en SDS en un proceso denominado electrofore
sis bidimensional permite la resolucin de mezclas complejas
de protenas (Fig. 3-21).
ste es un mtodo analtico ms sensible que cualquier
mtodo electrofortico individual. La electroforesis bidimen
sional separa protenas de idntica masa molecular que difie
ren en pl, o protenas con valores de pl similares pero con
diferentes masas moleculares.

TABLA 3-6

Se incorpora
una disolucin pH9
de anfolitos
a un gel

'O

pH3

P W

Protena

pl

Pepsina

<1,0

Albntna de huevo

4,6

Albmina srica

4,9

Ureasa

5,0

j3-Lactoglobulina

5,2

Hemoglobina

6,8

Mioglobina

7,0

Quimotripsingeno

Se establece un gradiente
Se aade la
Despus de teir,
de pH estable en el gel disolucin de protenas se observa cmo se
tras la aplicacin de
y se vuelve a aplicar distribuyen las protenas
un campo abierto.
el campo elcico.
a lo lari^ del gradiente
de pH de acuero con sus
valores de pL
FIGURA3-20 Enfoque isoelctrico. Esta tcnica separa las protenas segn sus puntos isoelctri
cos. Se establece un gradiente estable de pH en el gel por adicin de anfolitos adecuados. Se co
loca una mezcla de protenas en un pocilio del gel. Con la aplicacin de un campo elctrico, las
protenas entran en el gel y se desplazan hasta alcanzar un pH equivalente a su pl. Recurdese que
la caf^a neta de una protena es cero cuando pH = pl.

P l

9,5

Citocromo c

10,7

Lisozima

11,0

3.3 Trabajar con protenas

Primera
dimensin

Es posible cuantificar las protenas no aisladas

W
pl

decreciente

Enfoque
isoelctrico

i
El gel de enfoque
isoelctrico se coloca
sobre un gel de
poliacrilamida SDS.

Segunda
dimensin

decreciente

Eleetroforesis en gel de
poliacrilamida SDS

(a)

pl

9t

decreciente

A fin de purificar una protena es esencial disponer de un m


todo para detectar y cuantificar dicha protena en presencia
de muchas protenas ms en cada etapa del proceso. A menu
do, la purificacin debe realizarse en ausencia de cualquier in
formacin sobre el tamao y las propiedades fsicas de la
protena, o sobre la fraccin que representa sobre la masa to
tal de protena en el extracto. En el caso de protenas enzim
ticas, se puede determinar la cantidad de enzima en una
disolucin o extracto de tejido determinados en funcin del
efecto cataltico que produce el enzima, es decir, el incre
mento de la velocidad a la cual su sustrato se convierte en pro
ductos de la reaccin cuando est presente el enzima. Con
este fin deben conocerse (1) la ecuacin global de la reaccin
catalizada, (2) un procedimiento analtico para determinar la
desaparicin del sustrato o la aparicin de un producto de la
reaccin, (3) si el enzima requiere cofactores tales como io
nes metlicos o coenzimas, (4) la dependencia de la actividad
enzimtica respecto de la concentracin de sustrato, (5) el pH
ptimo y (6) una zona de temperatura en l cual el enzima sea
estable y tenga una actividad elevada. Los enzimas se ensayan
normalmente en su pH ptimo y a una temperatura conve
niente dentro del intervalo de 25 a 38 C. Tambin se requie
ren generalmente elevadas concentraciones de sustrato de
modo que la velocidad inicial de reaccin, que se mide experi
mentalmente, sea proporcional a la concentracin de enzima
(Captulo 6).
Por acuerdo internacional, se define 1,0 unidad de activi
dad enzimtica como la cantidad de enzima que produce la
transformacin de 1,0 /xmol de sustrato por minuto a 26 C en
condiciones ptimas de medida. El trmino actividad se refie
re a las unidades totales de enzima en una solucn. La activi
dad especfica es el nmero de unidades enzimticas por
miligramo de protena (Fig. 3-22). La actividad especfica
constituye una medida de la pureza enzinttica: aumenta du
rante la purificacin de una enzima, y llega a ser mxima y cons
tante cuando el enzima es puro (Tabla 3-5, p. 88).

- ?

*1^1*

(b)

decreciente

pl
decreciente

FIGURA 3-21 Electrofor^s bidin


al. (a) Las protenas se separan pri
mero mediante enfoque isoelctrico en un gel cilindrico. A continuacin se ex
tiende el gel horizontalmente sobre un segundo gel, en fonna de plancha, y las
protenas se separan niediante eleetroforesis en gel de poliacrilamida con SDS.
La separacin horizontal refleja las diferencias de pl; la vertical refleja las dife
rencias en masa molecular, (b) Utilizando esta tcnica se pueden separar ms
de 1.000 protenas diferentes de E. coli.

FIGURA3-22 Actividad frente a acth^idad espedfica. Se puede ilustrar la dife


rencia entre estos dos trminos considerando dos recipientes con canicas. Ambos
contienen el mismo nmero de canicas rojas, pero cantidades diferentes de cani
cas de otros colores. Si se considera que las canicas representan protenas, ambos
recipientes contienen la misma actividad de la protena representada por ias ca
nicas rojas. No obstante, el segundo recipiente tiene una actividad especfica ma
yor debido a que las canicas rojas son una fraccin mucho mayor del total.

92

Aminocidos, pptidos y protenas

Despus de cada paso de purificacin, se determina la activi


dad de la preparacin (en unidades de actividad enzimtica), se
determina independientemente la cantidad total de protena y se
calcula el cociente de los dos valores da la actividad especfica. La
actividad y la protena total generalmente disminuyen en cada pa
so. La actividad disminuye porque siempre se produce alguna
prdida debido a inactivacin o a interacciones no ptimas con
los materiales cromatogrficos o con otras molculas de la disolu
cin. La protena total disminuye porque el objetivo es eliminar
tanta protena no deseada o no especca como sea posible. En un
paso de purificacin exitoso, la prdida de protena no especfica
es mucho mayor que la prdida de actividad; por tanto, aun cuan
do la actividad total disminuye, la actividad especfica aumenta.
Los datos se recogen finalmente en una tabla de purificacin si
milar a la Tabla 3-6. Generalmente se considera que una protena
es pura cuando pasos adicionales de purificacin no consiguen
aumentar su acviciad especfica y cuando slo se puede detectar
una especie proteica (mediante electroforesis, por ejemplo).
En el caso de protenas que no sean enzimas se requieren
otros mtodos de cuantificacin. Las protenas de transporte
pueden determinarse por su unin a la molcula que transpor
tan, y las honnonas y las toxinas por los efectos biolgicos que
producen; por ejemplo, las hormonas de crecimiento estimulan
el crecimiento de ciertas clulas cultivadas. Algunas protenas
estructurales representan una firaccin tan grande de la masa
tisular que pueden extraerse y purificarse fcilmente sin nece
sidad de un ensayo funcional. Los mtodos son tan variados co
mo las propias protenas.

RESUMEN 3.3

Trabajar con protenas

Las protenas se separan y purifican en base a diferencias


en sus propiedades. Las protenas se pueden precipitar se
lectivamente mediante la adicin de ciertas sales. Existe
una amplia gama de mtodos cromatogrficos que explo
tan las diferencias de tamao, afinidad de unin, carga y
otras propiedades. Entre estos mtodos se incluyen la cro
matografa de intercambio inico, de exclusin molecular,
de afinidad y la cromatografa lquida de alta resolucin.

La electroforesis separa protenas en base a su masa o


a su carga. La electroforesis en gel con SDS y el enfoque
isoelctrico se pueden utilizar por separado o combinados
para obtener una mejor resolucin.

FIGURA 3-23 Niveles de estructura de las


protenas. La estructura primaria cxjnsiste
en una secuencia de aminocidos unidos
entre s a travs de enlaces peptidicos e in
cluye los puentes disulfuro que existan. El
polipptido resultante puede estar enrolla
do en unidades de estructura secundaria,
tales como una hlice a. La hlice es una
parte de la estruaura terciara del polippti
do plegado, el cual es en s mismo una de
las subunidades que constituyen la estruc
tura cuaternaria de una protena multisubunidad, en este caso la hemoglobina.

Tcxios los procedimientos de purificacin requieren un


mtodo para cuantificar o distinguir la protena de inters
en presencia de otras protenas. La purificacin puede se
guirse mediante el ensayo de la actividad especfica.

3.4 Estructura de las protenas:


estructura primara
La purificacin de una protena generalmente es slo el preludio
de una diseccin detallada de su estructura y funcin. Qu es
lo que hace que una protena sea un enzima, otra una hormona,
otra una protena estructural y otra un anticuerpo? Cmo se
diferencian qumicamente? Las diferencias ms obvias son es
tructurales, y es de estructura de protenas de lo que hablare
mos ahora.
Para las macromolculas grandes como las protenas, la ta
rea de describir y comprender la estructura se aborda en varios
niveles de complejidad, ordenados en urm especie de jerarqua
conceptual. Se definen normalmente cuatro rveles de estruc
tura de las protenas (Fig. 3-23). La estructura primaria es
urmdescripcin de todos los enlaces covalentes (principalmen
te eraces peptidicos y puentes disulfuro) que unen los ami
nocidos de urm caderm polipeptdica. El elemento ms impor
tante de la estructura primaria es la secuencia de los residuos
annocidos. La estructura secundaria se refiere a disposi
ciones particularmente estables de los aminocidos que dan
lugar a patrones estructurales repetitivos. La estructura ter
ciaria describe todos los aspectos del plegartento tridimensio
nal de un polipptido. Cuando urm proterm posee dos o ms
subunidades polipeptdicas, su disposicin en el espacio se denorrrm estnictura cuatemaria. Nuestra exploracin de las
proterms incluir finalmente las complejas mquinas proteicas
compuestas por docerms o nles de suburdades. En lo que res
ta de captulo nos concentraremos en la estructura primaria; los
rveles superiores de estructura se discuten en el Captulo 4.
Las diferencias en la estructura primaria pueden ser espe
cialmente informativas. Cada protena tiene un nmero y se
cuencia distintivos de residuos aminocidos. Como veremos en
el Captulo 4, la estructura primaria de una proterm determina
la forma en que se pliega en urm estructura tridimensional ni
ca y sta, a su vez, determina la funcin de la protena. Cormideraremos en primer lugar las indicaciones empricas sobre la
estrecha relacin entre secuencia de aminocidos y funcin

Estructura
primaria
|P5\

Residuos
aminocidos

Estructura
cuatemaria

Cadena polipeptdica

Subunidades ensambladas

3.4 Estructura de ias protenas: estructura primaria

93

proteica, para continuar describiendo cmo se determina la se


cuencia de aminocidos; finalmente, describiremos los usos que
se puede dar a esta informacin.

mensional y estructura con fimcin. No obstante, antes de po


der profundizar en este problema, hemos de examinar de qu
forma se obtiene la informacin sobre la secuencia.

Lafuncin de una protena depende de su secuencia


deaminocidos

Se ha determinado la secuencia de amnocidos


de millones de protenas

La bacteria Escherichia coli produce ms de 3.000 protenas


diferentes; un ser humano tiene unos 25.000 genes que codifi
canun nmero muy superior de protenas diferentes (mediante
procesos genticos descritos en la Parte III de este libro). En
ambos casos cada tipo de protena tiene una estructura tridi
mensional nica que le confiere ima funcin nica. Cada tipo de
protena tambin tiene urui secuencia de annocidos nica. La
intuicin sugiere que la secuencia de aminocidos debe desem
pear un papel fundamental en la determinacin de la estructu
ra tridimensional de la protena y en ltimo trmino su funcin,
pero es correcta esta suposicin? Una observacin general so
bre las protenas y sobre sus variaciones en la secuencia de ami
nocidos proporciona una serie de pistas empricas que ayudan
a sustanciar la importante relacin entre secuencia de amino
cidos y funcin biolgica.
Primero, tal como ya hemos visto, protenas con funciones
diferentes siempre tienen secuencias de aminocidos diferen
tes. En segundo lugar, se han correlacionado miles de enferme
dades genticas hximanas con la produccin de protenas
defectuosas. El defecto puede ir desde un nico cambio en la
secuencia de aminocidos (como en la anemia falciforme, des
crita en el Captulo 5) a la eliminacin de una parte mayor de la
cadena polipeptdica (como en la mayora de casos de distrofia
muscular de Duchenne: una eliminacin de una gran porcin
del gen que codifica la protena distrofina da lugar a la produc
cin de una protena ms corta e inactiva). Sabemos, por tanto,
que si se altera la estructura primaria, la funcin de la protena
tambin puede cambiar. Finalmente, al comparar protenas con
funciones similares de diferentes especies encontramos que es
tas protenas tienen a menudo secuencias de annocidos si
nglares. Un caso extremo es la ubiquitina, una protena de
76 residuos annocidos implicada en la regulacin de la degra
dacin de otras protenas. La secuencia de aminocidos de la
ubiquitina es idntica en especies tan dispares como la mosca
del viiuigre y el ser humano.
La secuencia de aminocidos de una protena est fijada
absolutamente, es decir, es mvariable para una protena concre
ta? No; es posible cierta flexibilidad. Se calcula que entre el 20 y
el 30% de las protenas humanas son polimrfcas, habiendo
secuencias de aminocidos que varan dentro de la poblacin
humana. Muchas de estas variaciones de secuencia no tienen
ningn efecto, o muy poco, sobre la funcin de la protena. Ade
ms, protenas que llevan a cabo una funcin similar en especies
distantes pueden diferir de manera importante en el tamao
global y en la secuencia de annocidos.
A pesar de que la secuencia de aminocidos puede variar
considerablemente en algunas regiones de la estructura prima
ria sin afectar a la funcin biolgica, las protenas contienen a
menudo regiones cruciales que son esenciales para su funcin y
cuya secuencia se encuentra, por tanto, conservada. La fraccin
de secuencia que es crtica vara de protena a protena, lo que
compilca la tarea de relacionar secuencia con estructura tridi

Dos importantes descubrimientos que tuvieron lugar en 1953


fueron de importancia crucial en la historia de la bioqumica. En
aquel ao James D. Watson y Francis Crick dedujeron la estruc
tura en doble hlice del DNA y propusieron una base estructu
ral que explicaba su precisa replicacin (Captulo 8). Su pro
puesta aclar la realidad molecular que estaba detrs de la idea
Cadena A

Cadena B

ne

Val

Tyr

Glu

COO
FIGURA3-24 Secuencia de aminoddos de la insulina bovina. Las dos cade
nas polipeptdicas estn unidas por enlaces disulfuro cruzados. La cadena A es
idntica en ias insulinas humana, de cerdo, pen'o, conejo y cachalote. Las ca
denas B de vaca, cerdo, perro, cabra y caballo son idnticas.

94

Aminoddos, pptidos y protenas

de gen. En aquel mismo ao, FVederick Sanger resolvi la


secuencia de aminocidos de las cadenas peptdicas de la hor
mona insulina (Fig. 3-24), sorprendiendo a muchos investi
gadores que haban credo durante mucho tiempo que la
elucidacin de la secuencia de aminocidos de un polipptido
sera una tarea descorazonadoramente difcil. Rpidamente se
hizo evidente que la secuencia de nucletidos del DNA y la se
cuencia de aminocidos de las protenas estaban relacionadas
de algn modo. Tan slo una dcada despus de estos descubri
mientos se haba determinado el cdigo gentico que relaciona
la secuencia nucleotdica del DNA con la secuencia de amino
cidos de las molculas proteicas (Captulo 27). Gracias al rpi
do incremento de las bases de datos genmicos es posible
derivar las secuencias de un enorme nmero de protenas de
forma indirecta a partir de las secuencias de DNA. Sin embargo,
la moderna qumica de protenas sigue utilizando con frecuen
cia los mtodos tradicionales de secuenciacin de polipptidos,
capaces de revelar detalles no deducibles de la secuencia de nu
cletidos, como por ejemplo las modificaciones que tienen lugar
despus de la sntesis del polipptido. Actualmente la secuen
ciacin qumica de protenas complementa las metodologas
ms novedosas y proporciona mltiples vas para obtener datos

Polipptido

NO.,

de secuencia de aminocidos. Estos datos son de importancia


crtica para cualquier rea de la investigacin bioqumica.

Los polipptidos cortos se secuencian utilizando


procedimientos automticos
Para analizar la estructura primaria de una protena se utilizan
diversos procedimientos. Para empezar, se dispone de diversos
protocolos para marcar e identificar el residuo amino-terminal
(Fig. 3-25a). Sanger desarroll el reactivo l-uoro-2,4-dini
trobenceno (FDNB) con este fin; otros reactivos utilizados son
el cloruro de dansilo y el cloruro de dabsilo, que generan deri
vados ms fcilmente detectables que los derivados dinitrofeni

Frederick Sanger

NO

+
ados
hbres

(a)

Identificacin del residuo


amino-terminal del i>olipptido.

Derivado de
2,4-dinitrofelino
del residuo
amino-terminal

(b)
Derivado
Derivado
anilinotiazolinona del feniltiohidantona del
residuo aminocido
residuo aminocido
*
Aducto PTC

""-H
fi- - g - S - '

FIGURA3-25 Pasos en tasecuenciacin de un polipptido. (a) La identificacin


del residuo amino-terminal puede ser el primer paso de la secuenciacin de un
polippticio. Aqu se muestra el mtodo de Sangpr para identificar el residuo ami
no-terminal. (b) El procedimiento de la degradacin de Edman permite obtener la

Identificacin del residuo


amino-terminal; purificacin
y reciclaje del fragmento
peptdico resultante a travs
del proceso de Edman.

Pptido una
unidad ms corto

secuencia completa de un pptido. En el caso de pptidos cortos este mtodo por


s solo da la secuencia completa, por lo que frecuentemente se omite el paso (a).
El paso (a) resulta til en el caso de polipptidos de gran tamao que a menudo se
fragmentan en pptidos ms pequeos para su secuenciacin (vase la Fig, 3-27).

3.4 Estructura de las protenas: estructura primarla

lados. Una vez que se ha marcado el residuo amino-terminal con


uno de estos reactivos, se hidroliza el polipptido (en HCl 6 m )
para obtener sus aminocidos constituyentes y se identifica el
aminocido marcado. Dado que la etapa de hidrlisis destruye
el polipptido, este procedimiento no puede utilizarse para se
cuenciar un polipptido ms all de su residuo amino-terminal.
Sin embargo, puede ayudar a determinar el nmero de polipp
tidos qumicamente diferentes en una protena, siempre que ca
da uno tenga un residuo amino-terminal diferente. Por ejemplo,
si la insulina se somete a este procedimiento se marcaran dos
residuos, Phe y Gly (Fig. 3-24).
CHs^CH,
N
N=N-

SOjCl

CHs
S02C1
Cloruro de dansilo

95

sera prolina (se eliminara el 97% de residuos de Pro del 97%


de molculas terminadas en Pro) y el 2,9% glicina (se elimina
ra el 97% de los residuos de Gly del 3% de molculas que
mantendran su extremo terminal de Gly), mientras que un
3% de molculas del polipptido mantendran residuos de Gly
(0,1%) o Pro (2,9%) en su extremo amino. En cada ciclo, los
pptidos que no han reaccionado en los ciclos anteriores apor
tarn aminocidos a un fondo que crece continuamente, ha
ciendo finalmente imposible determinar cul es el siguiente
annocido en la secuencia peptdica original. Los secuenciadores modernos alcanzan eficiencias superiores al 99% por ci
clo, permitiendo secuenciar ms de 50 residuos aminocidos
contiguos de un polipptido. La estructura primaria de la in
sulina, resuelta por Sanger y colaboradores a lo largo de un pe
rodo de 10 aos, podra ser ahora determinada por completo
en im da o dos mediante secuenciacin dii-ecta en un secuenciador. (Tal como discutiremos en el Captulo 8, la secuencia
cin del DNA es todava ms eficiente.)

Cloruro de dabslo

Para secuenciar un polipptido completo se utiliza nor


malmente un mtodo qumico diseado por Pehr Edman. El
procedimiento de la degradacin de Edman, marca y elimina
slo el residuo amino-terminal de un pptido, dejando el resto
de enlaces peptdicos intactos (Fig. 3-25b). Se hace reaccio
nar el pptido con fenilisotiocianato en condiciones alcalinas
suaves, lo que convierte el aminocido amino-terminal en un
aducto feniltiocarbamilo (PTC). El enlace peptdico contiguo
al aducto de PTC se rompe a continuacin mediante reaccin
en cido trifluoroactico anhidro, que conlleva la eliminacin
del aminocido amino-temnal en forma de aniiinotiazolinona.
El aminocido modificado se extrae con disolventes orgnicos,
se convierte en un derivado ms estable, feniltiohidantona,
mediante tratamiento con cido en disolucin acuosa y final
mente se identifica. El uso de reacciones secuenciales llevadas
a cabo primero en condiciones bsicas y a continuacin en con
diciones acdicas proporciona un control adecuado sobre todo
el proceso. Cada una de las reacciones del aminocido aminoterminal puede completarse prcticamente en su totalidad sin
afectar a ninguno de los dems enlaces del pptido. Despus
de la eliminacin e identificacin del residuo anno-terminal,
el nuevo residuo amino-terminal puede ser marcado, elimina
do e identificado a travs de la misma serie de reacciones. Este
procedimiento se repite hasta que se ha determinado toda la
secuencia. La degradacin de Edman se realiza en un instru
mento, denonnado secuenciador, que mezcla los reactivos
en las proporciones adecuadas, separa los productos, los iden
tifica y registra los resultados. Estos mtodos son extraor
dinariamente sensibles. A menudo puede determinarse la
secuencia aminocida completa a partir de unos pocos microgramos de protena.
La longitud de polipptido que puede secuenciarse con
precisin mediante la degradacin de Edman depende de la
eficiencia de los pasos quncos individuales. Consideremos
un pptido que empiece con la secuencia Gly-Pro-Lys- en su
extremo amino. Si la glicina se eliminara con una eficiencia del
97%, el 3% de las molculas del polipptido en la solucin
mantendran un residuo de Gly en su extremo amino. En el se
gundo ciclo de Edman, el 94% de los aminocidos liberados

Las protenas grandes deben secuenciarse a partir


de fragmentos ms pequeos
La precisin global en la determinacin de una secuencia de
aminocidos disminuye generalmente a medida que aumenta la
longitud del polipptido. Los largos polipptidos de las prote
nas han de romperse en trozos ms pequeos para poder secuenciarlos de manera eficiente. Este proceso consta de varios
pasos. En primer lugar se rompe la protena en un conjunto de
fragmentos especficos mediante mtodos qumicos o enznticos. Si existen puentes disulfuro, es necesario romperlos.
A continuacin se purifica cada fragmento y se secuencia me
diante el procedinento de Edman. Finalmente se detemna el
orden en que los fragmentos aparecen en la protena original y
se determina donde estn localizados, si es que los hay, los en
laces disulfuro.
Rotura de los enlaces disulfuro Los puentes disulfuro inter
fieren en el procedimiento de secuenciacin. Un residuo de cis
tina (Fig. 3-7) al que se cortara uno de sus enlaces peptdicos
mediante el procedinento de Edman, podra permanecer uni
do a otra cadena polipeptdica a travs de su puente disulfuro.
Los puentes disulfuro tambin interfieren en la rotura enzntica o qumica del polipptido. En la Figura 3-26 se esquemati
zan dos mtodos utilizados para romper enlaces disulfuro de
manera *reversible.
Rotura de la cadena polipeptdica Pueden utilizarse varios
mtodos para fragmentar la cadena polipeptdica. Los enzimas
denonnados proteasas catalizan la rotura hidroltica de los
enlaces peptdicos. Algunas proteasas cortan solamente los en
laces peptdicos adyacentes a residuos annocidos especficos
(Tabla 3-7) y por tanto fi-agmentan una cadena polipeptdica de
forma predecible y reproducible. Varios reactivos qumicos cor
tan tambin los enlaces peptdicos adyacentes a residuos espe
cficos.
Entre las proteasas, el enzima digestivo tripsia slo cata
liza la hidrlisis de aquellos enlaces peptdicos en los que el
grupo carboniio est proporcionado por un residuo de Lys o
Arg, independientemente de la longitud o secuencia de ami-

96

Aminocidos, pptidos y protenas

Puente disulfuro
(cistina)
NH
0=C

H C -C H 2 ^ 5 ^ ^ C H 2 -C H

O
-

0=C

- O - S CHjH

O
Residuos de
cido dsteico

H C -C H a -S H

HN1

FIGURA 3-26 Rotura de puentes disulfuro en protenas. Se ilustran


dos mtodos comunes. La oxidacin de un residuo de cistina con ci
do perfrmico produce dos residuos de cido cisteico. La reduccin
con ditiotreitol o /3-mercaptoetanol que da lugar a residuos de Cys se
ha de seguir con una modificacin adicional de los grupos SH reactivos para impedir la reformacin del puente disulfuro. La acetilacin
con yodoacetato es lil en este ltimo caso.

NH

^ C

H S -C H 2- C H
H N _^

= 0

carboximetiladn
con yodoacetato

NH
H -C H2
,--S
I CH2-C O O -

0=C
1
-O O C -C H 2- S - C H 2- C H

C=0

HN
Residuos de cistena
carboximetilados

TABLA 3 7
'tratamiento (origen biolgico)^

Puntos de corte^

Tripsina (pncreas bovino)

Ljys, Arg (C)

Proteasa de Submaxillarus (glndula submaxilar de ratn)

A r(C )

Quimotripsina (pncreas bovino)

Phe.TYp.TyrCC)

Proteasa V8 de Staphylococcus aureus (bacteria 5. aureus^

Asp, Glu (C)

Proteasa Asp-A/' (b&ctjia Pseiidornonasfra gi)

Asp, Glu (N )

Pepsina (estmago porcino)

Leu, Phe, TVp, TVr (N )

Endoproteinasa Lys C (bacteria Lysobacter enzyynogenes')

Lys(C)

Bromuro de ciangeno

Met (C)

*A excepcin del bromuro de ciangeno son todos proteasas. Todos pueden obtenerse comercialmente.
^Residuos que aportan el punto de reconocimiento primario para ia proteasa o el reactivo; la rotura del enlace peptdico tiene lugar
en el lado cartwnllo (C) o amino (N) del residuo aminocido indicado.

nocidos de la cadena. De este modo puede predecirse el n


mero de pptidos de menor tamao producidos por rotura con
tripsina a partir del nmero total de residuos de Lys o Arg en
el polipptido original, determinado a partir de la hidrlisis de
una muestra intacta (Fig. 3-27). Un polipptido con tres re
siduos de Lys y/o Arg (como en la Fig. 3-27) dar lugar nor
malmente a cuatro pptidos ms pequeos al ser cortado por
la tripsina. Adems, todos excepto uno tendrn una Lys o Arg
como carboxilo-terminal. Los fragmentos producidos por
accin de la tripsina (u otro enzima o reactivo qumico) se se
paran a continuacin mediante mtodos cromatogrficos o
electroforticos.

Secuenciacin de los pptdos Tbdos los fragmentos pept


dicos resultantes de la accin de la tripsina se secuencian sepa
radamente por el procedimiento de Edman.
Ordenacin de los firagmentos peptdicos Ahora debe de
terminarse el orden de estos fragmentos trpticos en la cade
na polipeptdica original. Se corta otra muestra del polipptidointacto en fragmentos utilizando un enzima o reactivo defe
rente, que corte enlaces peptdicos en puntos diferentes a
los cortados por la tripsina. Por ejemplo, el bromuro de ciangeno slo rompe aquellos enlaces peptdicos en los que el gru
po carbonilo es aportado por Met. Los fragmentos resultantes

3.4 Estructura de ias protenas; estructura primaria [^97

de este seguncio procedimiento se separan y secuencian igual


que los anteriores.
Se examinan las secuencias de aminocidos de cada frag
mento obtenido con los dos procedimientos de rotura con el fin
de encontrar pptidos producto del segundo prcx!edimiento cu
yas secuencias establezcan una continuidad, debido al sola
pamiento, entre los fragmentos obtenidos por el primer proce
dimiento de rotura (Fig. ^ 27 ). Los pptidos solapantes obteni
dos a partir de la segunda fragmentacin dan el orden correcto
de los fragmentos peptidicos obtenidos en la primera. Si se ha
identificado el aminocido amino-terminal previamente a la pri
mera hidrlisis de la protena, se puede utilizar esta informa
cin para establecer cul es el fragmento que proviene del
extremo amino. Se pueden comparar los dos conjuntos de frag

Localizacin de los puentes disulfro Si la estructura prima


ria incluye puentes disulfuro, su Icx^alizacin se determina en un
paso adicional una vez completada la secuenciacin. De nuevo se
corta una muestra de la protena con un reactivo tal como la trip
sina, pero esta vez sin romper los puentes disulfuro. Los pptidos
resultantes se separan por electroforesis y se comparan con el

Resultado

Procedimiento

A
C
D
E
F
G

hidrltsia; scparactn
de ios aminocidos

Polipptido

se hace reaccionar
con FDNB; hidrlisis;
^ separacin de ios aminocidos

5
2

4
2
1

H
I
K
L
M
P

2
3
2

2
2
3

R
S
T
V
Y

Conclusin
1
2
1
1
2

Se detecta
2,4-dinitrofenilglutamato

se reducen los
enlaces disulfuro
(si los hay)

se corta con tripsina; se separan


los fragmentos; se secuencia por
degradacin de Edman_________

mentos para detectar posibles errores al determinar la secuen


cia de aminocidos de cada fragmento. Si el segundo procedi
miento de rotura no consigue establecer continuidad entre
todos los pptidos de la primera rotura, deber utilizarse un ter
cero o incluso un cuarto mtodo de rotura para obtener un con
junto de pptidos que pueda proporcionar los solapamientos
necesarios.

(T ^ GASMALIK
^

EGAAYUDFEPIDPR

(Glu) es el residuo
amino-terminal.

colocado en el extremo
amino ya que empieza por E (Glu).

(T ^ YLIACGPMTK

(T ^ colocado en el extremo
cl^^xilo ya que no acaba con
R (Arg) o K (Lys).

EGAAYHDFEPIDPRGASM

TKDCVHSD

permitiendo
ordenarlos.

DCVHSD

se corta con bromuro de ciangeno;


se separan fragmentos; se secuencia
por degradacin de Edman

El polipptido tiene
38 residuos aminocidos.
La tripsina cortar tres
veces (en una R (Arg) y
dos K (Lys dando cuatro
fragmentos. El bromuro de
ciangeno cortar en dos M
(Met) dando tres fragmentos.

se solapa con

(C-ffl ALIKYLIACGPM

se establece
la secuencia

FIGURA 3-27 Fragmentacin de las protenas, secuenciadn y ordenacin


de los fra^nentos peptidicos. Se determina en primer lugar la composicin de
aminocidos y el residuo N-temninal de una muestra intacta. A continuacin se
rompen los puentes disulfuro presentes antes de la fragmentacin de forma que
iasecuenciacin pueda transcurrir con eficiencia. En el ejemplo aqu mostrado,

slo hay dos residuos Cys (C), por lo que slo hay una posibilidad de localiza
cin dei puente disulfuro. En los polipptidos con tres o ms residuos Cys, la po
sicin de los puentes disulfuro puede determinarse tai como se describe en el
texto. (Las abreviaturas de una letra para los aminocidos se explican en la
Tabla 3-1.)

98

Aminocidos; pptidos y protenas

conjunto original de pptidos generados por la tripsina. Por cada


puente disulfuro faltarn dos de los pptidos originales, al tiem
po que aparecer un nuevo pptido ms grande. Los dos pptidos
que han desaparecido representan las regiones del polipptido
intacto que estn unidas por el puente disulfuro.

Las secuendas de aminoddos se pueden dedudr


tambin mediante otros mtodos
El mtodo esquematizado anteriormente no es la nica forma
de determinar secuencias de aminocidos. Nuevos mtodos ba
sados en la espectroscopia de masas permiten la secuenciacin
de polipptidos cortos (de 20 a 30 residuos aminocidos) en s
lo unos pocos minutos (Recuadro 3-2). Adems, el desarrollo
de mtodos rpidos para la secuenciacin de DNA (Captulo 8),
la elucidacin del cdigo gentico (Captulo 27) y el desarrollo
de tcnicas para el aislamiento de genes (Captulo 9) permiten
deducir la secuencia de un polipptido mediante la determina
cin de la secuencia de nucletidos del gen que lo codifica (Fig.
3-28). Las tcnicas utilizadas para determinar secuencias de
protenas y de DNA son complementarias. Cuando se dispone
del gen, la secuenciacin del DNA puede ser ms rpida y ms
precisa que la secuenciacin de la protena. La mayora de pro
tenas se secuencian actualmente por esta va indirecta. Si no se

Secuencia de
aminocidos (protena)

Gln-Tyr-Pro-Thr-Ile-Trp
I-----II--- II---- ii----II----II---- 1
Secuencia de DNA (gen) CAGTATCCJTACGATTTGG
FIGURA 3-*28 Correspondencia entre las secuencias de DNA y aminoci<k&
Cada aminocido est codificado por una secuencia especfica de tres nuc
tidos en el DNA, El cdigo gentico se describe con detalle en el Captulo 2?.
ha aislado el gen es necesaria la secuenciacin directa de los
pptidos, y sta puede proporcionar informacin (por ejemplo,
localizacin de los puentes disulfuro) que no puede ser aporta
da por la secuencia de DNA. Adems, el conocimiento de la
secuencia de aminocidos, o incluso de una parte de un poli
pptido, puede facilitar mucho el aislamiento del gen corres
pondiente (Captulo 9).
El conjunto de mtodos disponible actualmente para anafr
zar tanto las protenas como los cidos nucleicos est dando
entrada a una nueva disciplina de bioqumica de la clula com
pleta. La secuencia completa del DNA de un organismo, su ge^
noma, est actualmente disponible para organismos que van
desde virus o bacterias a eucariotas multicelulares (vase la Ta
bla 1-2). Se estn descubriendo miles de nuevos genes, entre
ellos muchos que codifican protenas sin ninguna funcin cono
cida. Para describir el complemento proteico entero codificado

(contina en la pgina lOG)

RECUADRO 3 - 2

Investigar protenas mediante la espectrometra de masas

El espectrmetro de masas ha sido desde hace tiempo una he


rranenta indispensable en qumica. Las molculas a analizar, a
las que nos referimos como analitos, se ionizan en primer lugar
en el vaco. Cuando las nuevas molculas cargadas se introdu
cen en un campo elctrico y/o magntico, sus trayectorias a tra
vs del campo son funcin de su relacin masa-carga, w/z. La
medicin de esta propiedad de las especies ionizadas puede uti
lizarse para deducir la masa (AQ del analito con una precisin
muy elevada.
Aunque la espectroscopia de masas ha venido utilizndose
durante muchos aos, no poda aplicarse a macromolculas tales
como las protenas y los cidos nucleicos. Las medidas de w/z se
realizan sobre molculas en fase gaseosa, y el calentamiento u
otros tratamientos necesarios para llevar una macromolcula a la
fase gaseosa causaban normalmente su rpida descomposicin.
En 1988 se desarrollaron dos tcnicas diferentes para superar es
te problema. En una de ellas, las protenas se colocan dentro de
una matriz que puede absoi*ber luz. Con un pulso corto de luz de
lser, las protenas se ionizan y a continuacin se desorben de la
matriz hacia el sistema de vaco. Este proceso, conocido como
espectrometra de masas de ionizacin/desorciii por l
ser asistida por matriz (jnatrix-assisted lser desorption/
ionization) o MALDI MS, se ha utilizado con xito para medir
la masa, de una gran variedad de macromolculas. En un segundo
proceso, que da los mismos buenos resultados, las macromolcu
las en disolucin son forzadas a pasar de la fase lquida a la fase
gas directamente. Una disolucin de analitos se hace pasar a tra
vs de una aguja cargada que se mantiene a un elevado potencial
elctrico, dispersando la disolucin en una fina niebla de ncro-

gotas cargadas. El disolvente que rodea las macromolculas se


evapora rpidamente y los iones con mltiples cai:gas resultantes
se introducen de esta forma en la fase gas de n\anera no destruc
tiva. Esta tcnica se denonna espectrometra de masas de
ionizacin por electrospray^ o ESI MS. Los protones anaci
dos durante el paso a travs de la aguja proporcionan carga adi
cional a la macromolcula. La m/z de la molcula puede ana
lizarse en la cmara de vaco.
La espectrometra de masas proporciona una gran cantidad
de informacin para la investigacin en protenca, enzimologa
y qumica de protenas en general. Las tcjiicas requieren sola
mente cantidades minsculas de muestra, de forma que pueden
aplicarse fcilmente a las pequeas cantidades de protena que
pueden extraerse de un gel electrofortico bidimensional. La de
terminacin precisa de la masa molecular de una protena es uno
de los parmetros crticos para su identificacin. Una vez que se
conoce con precisin la masa de una protena, la espectroscopia
de masas es un mtodo conveniente y preciso para detectar cam
bios de masa debidos a la presencia de cofactores unidos, iones
metlicos unidos, modificaciones covalentes, etc.
El proceso para detemnar la masa molecular de una p"otena mediante ESI MS se ilustra en la Figura 1. Al ser inyectada en
la fase gas, una protena adquiere un nmero variable de proto
nes, y por tanto de cargas positivas, del disolvente. Esto crea un
espectro de especies con diferentes relaciones masa-carga. Cada
pico sucesivo corresponde a una especie que se diferencia del pi
co contiguo por una diferencia de carga de 1 y una diferencia de
masa de 1 (1 protn). La n\asa de la protena puede determinar
se a partir de cualquier par de picos contiguos.

3.4 Estructura de las protenas: estructura primaria

El wJz medido para un pico es


(m/z)2

Espectrmetro
de masas

Capilar Disolucin
de vidrio demuestra

M + ri2 X
ri2

t*

+. A

en donde Ai es la masa de la protena,


es el nmero de cargas
yX es la masa de los grupos aadidos (en este caso protones).
De modo similar, para el pico contiguo,
voltee

l)X
ri2 + l
Tenemos ahora dos incgnitas (M y
y dos ecuaciones. Po
demos resolverlas primero para ri2 y despus para

ri2

Interfase
de vaco

(a)

im/z)2 - X
im/z)2 - {m/z)i

M^Ti 2lim / z)2 -X ]


Este clculo que utiliza los valores de rnJz para cualquier par de
picos de un espectro como el que se muestra en la Figura Ib pro
porcionar normalmente la masa de la protena (en este caso,
aerolisina k; 47.342 Da) con un error de solamente 0,01%. Ge
nerando varios cor\juntos de picos, repitiendo el clculo y prome
diando los resultados, se obtiene generalmente un valor de M
induso ms preciso. Existen algoritmos de ordenador que trans
forman el espectro de w/z en un pico nico, que proporciona
tambin una medida de la masa muy precisa (Fig. Ib, inserto).
La espectroscopia de masas puede utilizarse tambin para
secuenciar segmentos cortos de un polipptido, una aplicacin
que se ha establecido como una herramienta muy valiosa para la
kientificacin rpida de protenas desconocidas. La informacin
secuencial se extrae utilizando una tcnica denominada MS en
tndem, o MS/MS. Una disolucin que contiene la protena que
se est investigando se trata en primer lugar con una proteasa o
un reactivo qumico para reducirla por rotura hidroltica a una
mezcla de pptidos ms cortos. La mezcla se inyecta entonces en
un dispositivo que consiste esencialmente en dos espectrmetros
de masas en tndem (Fig. 2a, arriba). En el primero de ellos se
separa la mezcla de pptidos y los fragmentos ionizsados se mani
pulan de forma que slo uno de los diversos tipos de pptidos
produddos por la fragmentacin sale por el otro extremo. La
muestra del pptido seleccionado, todas las molculas del cual
tienen carga en algn punto de su secuencia, viaja entonces a tra
vs de una cmara de vaco entre los dos espectrmetros de ma
sas. En esta cmara de colisin, el pptido vuelve a fragmentarse
por impactos de elevada energa con un gas de colisin, una pe
quea cantidad de un gas noble como el helio o aign que se de
ja entrar en la cmara de vaco. Este procecmiento est diseado
para fragmentar muchas de las molculas de pptido de la mues
tra, siendo en promedio cada pptido individual frigmentado s
lo en un sitio. La mayor parte de las fragmentaciones se dan en
los enlaces peptdicos. Esta fragmentacin no implica la adicin
de agua (se lleva a cabo casi en el vaco), de fornia que los pro
ductos pueden incluir radicales de iones moleculares tales como
radicales carbonilo (Fig. 2a, abajo). La carga del pptido original
es retenida por uno de los fiagmentos generados a partir de ste.

(h)

miz

FIGURA 1 Espectro de masas por electrospray de una proteCna. (a) Una diso
lucin de protena se dispersa en microgotas fuertemente cargadas mediante el
paso a travs de una aguja bajo la influencia de un campo elctrico de alto vol
taje. Las microgotas se evaporan y los iones (en este caso con protones adicio
nados) entran en el espectrmetro de masas para la medida de m/z. El espectro
generado (b) es una familia de picos, en ia que cada pico sucesivo (de derecha
a izquierda) corresponde a una especie cargada aumenta en 1tanto en masa co
mo en carga. En el inserto se muestra una transformacin de este espectro ge
nerada por ordenador.

El segundo espectrmetro de masas mide entonces las


relaciones w/z de tcxios los firagmentos cargados (los frag
mentos sin carga no se detectan). Esto genera uno o ms
cor\juntos de picos. Uno de los cor\juntos de picos (Fig. 2b)
consiste en todos los fragmentos cargados que se han genera
do mediante la rotura del mismo tipo de enlace (pero en pun
tos diferentes del pptido) y derivan de la rotura del enlace en
el mismo lado, ya sea el carboxilo-terminal o bien el amino-ter
minal. Cada pico sucesivo en un conjunto determinado tiene
un aminocido menos que el pico anterior. La diferencia de
masa de pico a pico identifica el aminocudo que se ha perdido
en cada caso, revelando as la secuencia del pptido. Las ni
cas ambigedades implican la leucina y la isoleucina, que tie
nen la misma masa.

(S^oraina en la pgina stguierUe)

100

Aminocidos, pptidos y protenas

investigar protenas mediante la espectrometra de masas


^(continuacin de fapQina anterior)_______________

RECUADRO 3 - 2
MS-l

Cmara de
colisin

MS-2

Detector

J
Ionizacin Separacin Fragmentacin
por electrospray

o
R O I
R5
I H
H
H I H/
H
H I
H o N -C -C -N -C -C -N -C -C + N -C -C -N -C -C r
H
H I II
H
/ H I II
H
^O R* O
/
R4 O

R O
O
ii
iI ii
H
H I H
H jN -C -C -N -C -C -N -C -C *
H
H I II
H
R2 O

H I. II

-(T

(a)

FIGURA2 Obtencin de informacin secuencial de una protena por espectrome


tra de masasen tndem, (a)Tras hidrlisis proteoltica, unadisolucin deprotenase

inyecta en un espectrmetro de masas (MS-l). Los diferentes pptidos se separan de


manera que slo seselecciona uno para su anlisis posterior. El pptido selecciona
dose fragmentade nuevo en una cmara entre los dosespectrmetrosde masas, yse
mide m/zpara cada fragmento en el segundo espectrmetro de masas (MS-2). Mu
chos de los iones generados durante esta segunda fragnientacin resultan de la rotu
radel enlace peptdico, en la forma mostQda. Estos iones se denominan ionestipob
o tipo y, en funcin de si la carga se mantiene en el lado amino o carboxi
lo terminal, respectivamente, (b) Un espectro tpico con picos que representan los
fragmentos peptdicos generados a partirde una muestra de un pptido pequeo(10
residuos). Los picos marcadosson iones tipoy. El pico intenso cercano a ys' es un in
con carga doble y noes partedel conjunto y. Los picos sucesivos difieren en la masa
de un determinado aminocido del pptido original. En este caso, la secuencia de
ducida fue Phe-Pro-Cly-CMlIeleuMsn^la-Asp-le/LeuV-Aig. Obsrvese la
ambigedad entre los residuos de lie y Leu, puesto que tienen la misma masa mole
cular. En esteejempto, el conjunto de picos derivados de iones de tipo y predomina,
y como resultadoel espectro queda muy simplificado. Estoes debidoa queexiste un
residuo deArg en el extremo carboxilo terminal del pptidoy la mayorade lascargas
positivasquedan retenidasenesteresiduo.

100
w
75

ys'
50
'd

V4

S 25

a
Ob)

Y5

yi

yi
200

y
400

600

il

800

1.000

mJz

La carga del pptido puede permanecer en el fragmento


carboxilo-terminal o en el amino-terminal, y pueden romperse
otros enlaces adems de los peptdicos en el proceso de frag
mentacin, lo que da como resultado que se suelan generar
mltiples cor\juntos de picos. Los dos coiyimtos predominantes
consisten en los fragmentos cargados que derivan de la rotura de
los enlaces peptdicos. El conjunto de los fragmentos carboxiloterminales puede distinguirse sin ambigedad del de los frag

mentos amino-terminales. Dado que las roturas de enlace gene


radas entre los espectrmetros (en la cmara de colisin) no
producen grupos carboxilo y amino completos en los puntos de
rotura, los nicos grupos a-amino y a-carboxilo intactos en los
fragmentos peptdicos son los de los extremos (Fig. 2a). Los dos
conjuntos de fragmentos pueden as asignarse gracias a sus pe
queas diferencias de masa resultantes. La secuencia de ami
nocidos obtenida a partir de un conjunto puede confirmarse a
partir del otro, mejorando as la fiabilidad de la informacin se
cuencial obtenida.
Incluso una secuencia corta es a menudo suficiente para
permitir la asociacin de ima protena con su gen sin ambige
dades, si la secuencia del gen es conocida. La secuenciacin
mediante espectrometra de masas no puede reemplazar el pro
cedimiento de degradacin de Edman para la secuenciacin de
polipptidos largos, pero es ideal para la investigacin pro
temica dirigida a catalogar los cientos de protenas celulares
que pueden separarse en un gel bidimensional.

icorinuacvn de ta pgina 98)


por el DNA de un organismo, los investigadores han acuado el
trmino proteoma. Tal como se describe en ei Captulo 9, las
nuevas disciplinas de la genmica y la protemica complemen
tan las investigaciones realizadas sobre el metabolismo celular
intermediario y el metabolismo de cidos nucleicos, generando
una visin nueva y ms completa de la bioqumica, a nivel celu
lar e incluso a nivel de organismos enteros.

Es posible sintetizar qumicamente pptidos


y protenas pequeas
Muchos pptidos son potencialmente tiles como agentes farma
colgicos por lo que su produccin es de considerable importancia

comercial. Existen tres manera de obtener un pptido: (1) por pu


rificacin a partir del tejido, tarea a menudo dificultada por las
concentraciones extremadamente pequeas de algunos pptidos;
(2) mediante ingeniera gentica (Captulo 9); o (3) por sntesis
qumica directa. Gracias al desarrollo de tcnicas poderosas, la
sntesis qumica directa es actualmente una opcin atractiva en
muchos casos. Adems de las aplicaciones comerciales, la sntesis
de secuencias especficas de pptidos provenientes de protenas
ms grandes constituye una herramienta cada vez ms importan
te para el estudio de la estructura y funcin de protenas.
La complejidad de las protenas hace que las estrategias
sintticas tradicionales de la qumica orgnica no sean prcti

3.4 Estructura de ias protenas: estructura primarla

cas para pptidos de ms de cuatro o cinco aminocidos. Uno de


los problemas es la dificultad de purificar el producto despus
de cada paso.
El principal avance en esta tecnologa fue protagonizado
por R. Bruce Merrifield en 1962. Su innovacin consista en que
la sntesis del pptido se llevaba a cabo mantenindolo unido
por un extremo a un soporte slido. El soporte es un polmero

101

insoluble (resina) contenido dentro de una columna, similar a


las utilizadas en los procedimientos cromatogrficos. El pptido
se construye sobre este soporte, adicionando aminocido a ami
nocido y utilizando un conjunto estndar de reacciones que si
guen un ciclo repetitivo (Fig. 3-29). En cada paso sucesivo del
ciclo, grupos qumicos protectores bloquean las reacciones no
deseadas.

FIGURA3-29 Sntesis qumica de un pptido sobre un soporte polimrico insoluble.


Las reacciones a @ son necesarias para la fomiacin de cada enlace peptdico. El
grupo 9-fluorenlmetoxicarbonilo (Fmoc) (sonnbreado en azul) impide reacciones no
deseadas del grupo a-amino del residuo (sombreado en rojo). La sntesis qumica transcume desde el extremo carboxilo tenninal al extremo amino terminal, ia direccin in
versa a la direccin de la sntesis proteica in vivo (Captulo 27).
Fmoc

aminocido

Partcula
insoluble de
poliestireno

Aminocido 1 con el grupo


a-amino protegido por un
grupo Fmoc

Unin del aminocido


rboxi-terminal a un grupo

Las reacdones @ a @ se repiten/


.tantas veces como sea necesario ^

5)

H3 CH C-^1^'GH-C O + F CH2*
R. Bruce Merrifield
1921-2006

El pptido completo se desprotege como en la


i ) ; el HF hidroUsa el enlace ster
entre el j^tido y la resina.

102

Aminocidos, pptidos y protenas

: Efertodli^ndinento;
* sWe l g lo se n l l f r
Rendimiento ^obal dd pptido
final (% ) cuando el rendi
miento de cada paso es:
Nmero de residuos en
ei polipptido inal

96,0%

99,8%

11

66

98

21

44

96

31

29

94

51

13

90

100

1,8

82

En la actualidad, la tecnologa para la sntesis qumica de


pptidos se ha automatizado. Al igual que en las reacciones
de secuenciacin consideradas anteriormente, la limitacin ms
importante del proceso estriba en la eficiencia de cada ciclo qu
mico, tal como puede verse al calcular los rendimientos globales
de pptidos de diferentes longitudes cuando el rendimient/) por
adicin de cada nuevo annocido es de 96,0% en lugar de
99,8 % (T^bla 3-8). La reaccin incompleta en un paso puede
llevar a la formacin de una impureza (en forma de un pptido
ms corto) en el siguiente. Los procedimientos qumicos se han
optimizado hasta permitir la sntesis de protenas de una longi
tud de 100 aminocidos en unos pocos das con un rendimiento
razonable. Se utiliza un enfoque muy similar en la sntesis de
cidos nucleicos (vase la Fig. 8-35). Merece la pena resaltar
que esta tecnologa, an siendo impresionante, empalidece al
compararla con los procesos biolgicos. La misma protena de
100 aminocidos sera sintetizada con una fidelidad exquisita en
unos 5 segundos por una clula bacteriana.
Diversos mtodos nuevos para la ligacin eficiente de pp
tidos han hecho posible la combinacin de pptidos sintticos
para formar protenas mayores. Con estos mtodos pueden
crearse nuevas formas de protenas con grupos qumicos en una
posicin precisa, incluidas aquellas que pueden no encontrarse
fcilmente en las protenas celulares. Estas nuevas formas pro
porcionan nuevas maneras de ensayar teoras sobre catlisis en
zimtica, de crear protenas con nuevas propiedades qumicas y
de disear secuencias proteicas que se plieguen en determina
das estructuras. Esta ltima aplicacin proporciona el test defi
nitivo para nuestra creciente capacidad de relacionar la estruc
tura Mimaria de un pptido con la estructura tridimensional
que adopta en disolucin.

La secuenda deaminocidos proporciona informacin


bioqumica importante
El conocimiento de la secuencia de aminocidos de una prote
na puede proporcionar datos acerca de su estructura tridimen
sional y funcin, su localizacin celular y su evolucin. Gran
parte de estas deduccjones provienen de la bsqueda de simili
tudes entre una protena de inters y otras estudiadas previa
mente. Se conocen miles de secuencias que estn disponibles
en bancos de datos accesibles a travs de Internet. La compara
cin de una secuencia recin obtenida con el amplio banco de

secuencias almacenadas revela a menudo relaciones que pue


den ser a la vez sorprendentes e iluminadoras.
No se conoce con detalle el modo en que la secuencia de
aminocidos determina la estructura tridimensional, ni puede
predecirse siempre la funcin a partir de la secuencia. Sin em
bargo existen familias de protenas que tienen algunas caracte
rsticas estructurales y funcionales compartidas que pueden
identificarse rpidamente sobre la base de la similitud de las se
cuencias de aminocidos. Las protenas individuales se asignan
a las diferentes familias en funcin del grado de similitud de su
secuencia de aminocidos. Los miembros de una familia son ge
neralmente coincidentes en un 25% o ms de sus secuencias, y
las protenas de estas familias suelen compartir, al menos, algu
nas caractersticas estructurales y funcionales. No obstante,
algunas familias se definen por identidades que implican sola
mente a un pequeo nmero de residuos aminocidos que son
crticos para alguna funcin. Diversas subestructuras similares
o dominios (que se definirn en el Captulo 4) se hallan pre
sentes en muchas protenas no relacionadas funcionalmente.
Estos dominios se pliegan a menudo dando configuraciones es
tructurales que tienen un grado de estabilidad excepcional o
que estn especializadas para cierto entorno. De las sinriilitudes
estructurales y ftmcionales dentro de las femilias de protenas
es posible deducir tambin relaciones evolutivas.
Ciertas secuencias de aminocidos sirven con frecuencia
como seales que determinan la localizacin celular, la modifi
cacin qumica y la vida media de una protena. Secuencias se
al especiales, situadas normalmente en el extremo amino, se
utilizan para dirigir ciertas protenas hacia la exportacin extracelular, mientras que otras protenas son dirigidas para su dis
tribucin hacia el ncleo, la superficie celular, el citosol y otras
localizaciones celulares. Otras secuencias actan como sitio de
anclaje para grupos prostticos, tales como los grupos azcar
de las glucoprotenas y los Ipidos de las lipoprotenas. Algunas
de estas seales estn bien caracterizadas y son reconocidas f
cilmente si se presentan en la secuencia de una protena recin
descubierta (Captulo 27).

CONVENCIN CLAVE: Gran parte de la informacin funcional


encapsulada en las secuencias proteicas se presenta en la forma
de secuencias consenso. Este trmino se aplica a secuencias
de RNA, DNA o protena. Cuando se compara una serie de se
cuencias de cido nucleico o de protena relacionadas, la se
cuencia consenso es la que contiene la base o el aminocido ms
firecuente en cada posicin. Aquellas partes de la secuencia en
las que se observa una coincidencia particulannente elevada
suelen representar dominios funcionales conservados evoluti
vamente. Se puede usar ima amplia gama de herramientas ma
temticas disponible en Internet para generar secuencias
consenso o para identificarlas en las bases de datos secuencia
les. El Recuadro 3-3 ilustra las convenciones ms comunes pa
ra representar secuencias consenso.

Las secuencias de protenas permiten deducir ia historia


de la vida en la Tierra
La gran cantidad de informacin contenida en la secuencia de
una determinada protena est contenida en la aparentemente

3.4 Estructura de ids protenas: estructura primarla

RECUADRO 3-3

103

Secuencias consenso y logotipos de secuencia

Las secuencias consenso se pueden representar de diferentes


maneras. Usaremos los dos ejemplos de secuencias consenso
mostradas en la Figura 1 para mostrar dos tipos de convencio
nes: (a) una estructura de unin a ATP llamada lazo P (vase el
Recuadro 12-2) y (b) una estructura de urn a Ca^^ llamada
mano EF (vase la Fig. 12-11). Las reglas descritas aqu estn
adaptadas a partir de las utUizadas en la pgma web de compa
racin de secuencias PROSITE (expasy.org/prosite), que usan
el cdigo de una letra para los annocidos.

En una de las formas de descripcin de secuencias consen


so (mostrada en la parte superior de (a) y (b)), cada posicin se
separa de la siguiente mediante un guin. Se escribe ima x all
donde cualquier aminocido es posible. Las ambigedades se
inccan listando los annocidos aceptables en una posicin de
terminada entre corchetes. Por ejemplo, en (a) [AGJ significa
Ala o Gly. Si en una posicin se permiten todos los aminocidos
excepto unos cuantos, aquellos jvo permitidos se listan entre lla
ves. Por ejemplo, en (b) (W) significa cualquier aminocido ex
cepto TVp. La repeticin de un elemento de la secuencia se

indica escribiendo a continuacin de su smbolo el nmero de


repeticiones o su rango entre parntesis. Por ejemplo, en (a)
x(4) indica x-x-x-x, y x(2,4) indica x-x, o x-x-x, o x-x-x-x.
Guando una pauta se restringe a ios extremos amino o carboxi
lo de la secuencia, empieza con < o termina con >, respectiva
mente (esto no sucede en los ejemplos mostrados aqu).
Finalmente, un punto indica el final del patrn. Aplicando todas
estas reglas a la secuencia consenso de (a), A o G pueden con
centrarse en la primera posicin. Las cuatro posiciones siguien
tes pueden ser ocupadas por cualquier aminocido, seguidas
por las posiciones invariantes G y K. La ltima posicin slo
puede ser S o T
Los logotipos de secuencia proporcionan una representa
cin ms informativa y grfica de los alineamientos mltiples de
secuencias de aminocidos (o de cidos nucleicos). Cada logo
tipo consiste en un apamiento de smbolos para cada posicin
de la secuencia. La altura del apamiento (en bits) indica el gra
do de conservacin de la secuencia en esta posicin, nentras
que la altura de cada uno de los smbolos indica la frecuencia re
lativa del annocido (o nucletido). En el caso de las secuen
cias de aminocidos, los colores denotan sus caractersticas:
polares (G, S, T, Y, C, Q. N) en verde; bsicos (K, R, FQ en azul;
acdicos (D, E) en rojo, e hidrofbicos (A, V, L, I, P, W, F, M) en
negro. La clasificacin de los aminocidos en este esquema es tigeramente diferente de los de la Tabla 3-1 y la Figura 3-5. Los
aminocidos con cadenas laterales aromticas estn icluidos
en los grupos de los no polares (F, W) y polares (Y). La glicma,
siempre difcil de clasificar, se considera polar. Observe que
cuando en una posicin puede haber mltiples aminocidos,
raramente aparecen con igual probabidad y generalmente pre
dominan uno o unos pocos. La representacin logotpica clarifi
ca este predominio y la secuencia conservada queda clara. Sin
embargo, algunos aminocidos que pueden estar presentes en
una posicin quedan oscurecidos, como es el caso de la Cys que
puede aparecer ocasionalmente en la posicin 8 de la mano EF
en(b).

simple cadena de letras con la que se simboliza la secuencia. Uno


de los principales empeos de los bioquncos ha sido el desarro
llo de mtodos cada vez ms potentes para la extraccin de infor
macin a partir del nmero cada vez mayor de secuencias
disponibles. El anlisis de la informacin disponible en las mu
chas y continuamente crecientes bases de datos, que incluyen se
cuencias gnicas y de protenas y estructuras macromoleculares,
ha dado lugar a la aparicin del nuevo campo de la bioinformtica. Uno de los productos de esta disciplina es el creciente n
mero de programas informticos, muchos de ellos disponibles
fcmente en Internet, que pueden ser utizados por cualquier
cientfico, estudiante o persona interesada. Toda fimcin proteica
reside en su estructura tridimensional que, a su vez, viene deter
minada principalmente por su estructura primaria De este modo,
la informacin deducible de una secuencia proteica slo est
limitada por nuestro grado de comprensin de los principios
estructurales y ftuicionales. La constante evolucin de las herranentas bioinformticas hace posible la identificacin de seg

mentos funcionales en nuevas protenas y sirve de soporte para el


establecimiento de sus relaciones secuenciales y estructurales
con protenas ya presentes en las bases de datos. Desde otra
perspectiva, las secuencias de protenas estn empezando a apor
tar datos acerca de la evolucin de las propias protenas y, en l
timo trmino, de la evolucin de la vida en el planeta.
La paternidad del campo de la evolucin molecular se sue
le adjudicar a Enle Zuckerkandl y Linus Pauling, cuyos traba
jos de mediados de la dcada de 1960 fueron pioneros en el uso
de secuencias de nucletidos y protenas para el estudio de la
evolucin. El punto de partida es engaosamente claro y sim
ple: si dos organismos estn estrechamente relacionados, las
secuencias de sus genes y protenas sern similares. Las se
cuencias son cada vez ms divergentes al aumentar la cstancia
evolutiva entre dos organismos. Este punto de vista empez a
dar sus finitos en la dcada de 1970, cuando Cari Woese utiliz
secuencias de RNA ribosmico para definir a las arqueas como
un grupo de organismos vivos distintos de las bacterias y de los

(AG)-x(4)-G-K.[ST].

(a)

1 2 3 4 5 6 7 8
N
C
D-{W}-(DNS]-{ILVFYW}-(DENSTG]-[DNQGHRK1-{GP}(LIVMC)-[DENQSTAGCl-x(2)-[DE]-(LIVMFYW).

I
8
(b)

10 11 12 13

FIGURA 1 Representacin de dos secuencias consenso, (a) Lazo P, una estruc


tura de unin a ATP; (b) mano EF, una estructura de unin a Ca^^.

104

Aminocidos, pptidos y protenas

eucariotas (vase la Fig. 1-4). Las secuencias de protenas ofre


cen la oportunidad de refinar mucho la informacin disponible.
Gracias a los proyectos genoma que investigan organismos que
van desde bacterias a humanos, el nmero de secuencias dis
ponibles crece a una enorme velocidad. Esta informacin sirve
para seguir la historia biolgica. El reto consiste en aprender a
leer el jeroglfico gentico.
La evolucin no ha tomado un camino simple y lineal. En
cualquier intento de extraer la informacin evolutiva contenida
en secuencias de protenas abundan las complejidades. Los re
siduos aminocidos esenciales para la actividad de una deter
minada protena se conservan a lo largo del tiempo evolutivo.
Los residuos menos importantes para la funcin pueden sufrir
ciertas variaciones con el tiempo, es decir, puede haber susti
tuciones de aminocidos, y estas variaciones pueden proporcio
nar ia informacin necesaria para trazar el camino evolutivo. Sin
embargo, las sustituciones de aminocidos no se producen
siempre al azar. En ciertas posiciones de la estructura primaria,
la necesidad de mantener la funcin proteica puede implicar
que slo sean tolerables algunas sustituciones particulares de
aminocidos. Algunas protenas tienen mayor nmero de resi
duos aminocidos variables que otras. Por esta y otras razones,
las protenas pueden evolucionar a velocidades distintas.
Otro factor que complica la deduccin de la historia evolu
tiva es la poco frecuente transferencia de un gen o grupo de ge
nes de un organismo a otro, segn un proceso que se denomina
transferencia gnica lateral. Los genes transferidos pueden
ser bastante similares a los genes de los que derivaron en los or
ganismos de partida, mientras que la mayor parte de los dems
genes de los mismos dos organismos pueden tener relaciones
evolutivas muy distantes. Un ejemplo de transferencia gnica
lateral se encuentra en la reciente extensin rpida de genes de
resistencia a los antibiticos entre las poblaciones bacterianas.
Las protenas derivadas de estos genes transferidos no seran
buenos candidatos para el estudio de la evolucin bacteriana
porque slo comparten una historia evolutiva muy limitada con
sus organismos husped.
El estudio de la evolucin molecular suele centrarse gene
ralmente en familias de protenas estrechamente relacionadas.
En la mayora de los casos, las familias escogidas tienen funciones
esenciales en el metabolismo celular c|ue han debido estar pre
sentes en la clulas viables ms primitivas, reduciendo de este
modo la posibilidad de que hubieran sido introducidas reciente
mente por transferencia gica lateral. Por ejemplo, una protena
denominada EF-la (factor de elongacin la ) est implicada en
la sntesis de protenas en todos los eucariotas. En bacterias se
encuentra otra protena similar, EF-Tu, con la misma funcin.
Las similitudes en secuencia y funcin indican que EF-la y
EF-Tu son miembros de una fanlia de protenas que comparten
un ancestro comn. Los nembros de las familias de protenas
son protenas homlogas u homlogos. Se puede refinar ms
E. coli

B. SUbtS

el concepto de homlogo. Si dos proteias de una misma fomilia


(es decir, dos homlogos) se encuentran en la nsma especie,
nos referimos a ellos como parlogos. Los homlogos de espe
cies cferentes se denonnan ortlogos. El proceso de recons
truccin de la evolucin implica la previa identificacin de
familias adecuadas de protenas homlogas para usarlas a conti
nuacin en la reconstruccin de los cannos evolutivos.
Los homlogos se identifican utilizando programas de orderuidor cada vez ms potentes que son capaces de comparar
directamente dos o ms secuencias seleccionadas o de buscar
en voluminosas bases de datos para encontrar parientes evolu
tivos de una secuencia proteica seleccionada. El proceso de
bsqueda electrnica puede imagmarse como el deslizanento
de una secuencia sobre otra hasta que se encuentra el mejor
apareamiento. En el alineanento secuencial se asigna una valor
positivo a cada posicin en la que los residuos aminocidos son
idnticos (estos valores varan de un programa a otro), lo que
proporciona una medida de la calidad del alineamiento. El pro
cedimiento no est exento de complicaciones. En algunos ca
sos las protenas comparadas se aparean bien, por ejemplo, en
dos segmentos secuenciales, nentras que estos segmentos es
tn conectados por secuencias menos relacionadas y de longi
tudes diferentes. Por tanto, los dos segmentos coincidentes
no pueden ser alineados al mismo tiempo. Para salvar este obs
tculo, el programa informtico introduce huecos en uiui de
las secuencias para volver a colocar los segmentos apareables
en registro (Fig. 3-30). Como resulta natural, prcticamente
todos los posibles pares de secuencias podran ser alineados de
alguna forma si se introdujera un nmero de huecos suficiente.
Para evitar alineamientos no informativos, los programas inclu
yen penalizaciones para cada hueco introducido, lo que hace
disminuir el valor o la puntuacin del alineamiento global. A tra
vs de un proceso de prueba y error electrrco el programa se
lecciona el alineamiento con la puntuacin ptima y que
maximiza el nmero de annocidos idnticos, al mismo tiempo
que mmimiza la introduccin de huecos.
Los annocidos idnticos resultan a menudo inadecuados
para la identificacin de protenas relacionadas o, ms importante
todava, para determinar cun cercanas son las protenas en una
escala de tiempo evolutiva. La consideracin de las propiedades
qumicas de los annocidos sustituidos pemte establecer un
anlisis ms til. Muchas de las sustituciones de annocidos ob
servadas en una familia de protenas pueden ser de tipo conserva
dor, es decir, aquellas en las que un residuo annocido est
reemplazado por otro de propiedades qumicas similares. Por
ejemplo, un residuo de Glu puede sustituir en una protena a uno
de Asp encontrado en otra protena de la misma familia; los dos
aminocidos estn cargados negativamente. Esta sustitucin con
servadora debe obtener lgicamente una mayor puntuacin en d
alineamiento final que otra de tipo no conservador, como la susti
tucin de un residuo Asp por el hidrofbico de Fhe.

T G N R T IA V Y D L G G G T F D IS IIE ID E V D G E K T F E V L A T N G D T H L G G E D F D S R L iH Y ^
D E D Q T IL L Y D G G G T F D V 5 L B L G D G
T F E V R S T A G D N R L G G D D F D Q V ID H

L
Hueco

FIGURA3-30 Alinearntento de secuencias de protena con el uso de huecos. Se


muestra el alineamiento de secuencias de una pequea parte de las protenas Hsp70
(una clase muy extendida de chaperonas de picamiento de protenas) de dos espe

des bacterianas bien estudiadas, .cHyBxHlussubtHs. La introducdn de un hue


co en la secuencia de 8 . subtlispermite un mejor alineamiento de los residuos de
aminocido en k dos lados del mismo. Los resickios idnticos estn sombreados.

3.4 Estructura de las protenas: estructura primaria

Arqueas
Eucariotas

Bacteria gram-positiva
Bacteria gram-negativa

105

Secuencia rma
Halohacterium hcUobium IG H V D H G K S T M V G R IL L Y E T G S V P E H V lE Q H
Sulfolobus aolfataricus i g h v O h G k s l v g r l l m d r g f i d e k t V K E A
Saccharomyces cerevisiae IG H V D S G K S T T T G H L IY K C G G ID K R T l E K P
Homo sapiens i g h v d s g k s t t t g h Il i y k c g g i d k r t l E K F
Bacillus subtilis IG H V D H G K S T M V G R
ITTV
ITTV
Escherichia coli X G H V D H G K T tL T A A

FIGURA3-31 Secuencia firma de la familia de protenas EF-lo/EF-Tu. La se


cuencia firma (encuadrada) es una insercin de 1 2 aminocidos cerca del ex
tremo amino-lemriinal de ia secuencia. Los residuos que se alinean bien en las
dos secuencias estn sombreados en amarillo. Tanto las arqueas como los eu-

cariotas tienen la firma, a pesar de que las secuencias de las inserciones son
bastante distintas entre los dos grupos. La variacin en la secuencia firma refle
ja ia divergerKia evolutiva significativa que ha tenido lugar en este sitio desde
que apareci en un primer ancestro de ambos grupos.

En la mayora de los mtodos de bsqueda de homologas


y exploracin de relaciones evolutivas, las secuencias de pro
tenas (obtenidas por secuenciacin directa de la protena o
por secuenciacin del DNA que la codifica) son superiores a
las secuencias no gnicas de cidos nucleicos (las que no co
difican una protena o un RNA funcional). Paia un cido nu
cleico, compuesto de cuatro tipos de residuos diferentes, un
alineamiento al azar de secuencias no homlogas dar gene
ralmente coincidencias en al menos un 25% de las posiciones.
La introduccin de un limitado nmero de huecos puede au
mentar la fraccin de residuos coincidentes hasta el 40% o
ms, con lo que la probabilidad de obtener alineamientos de
secuencias no relacionadas aumenta mucho. Los 20 residuos
aminocidos reducen considerablemente la probabilidad de
obtener alineamientos no informativos de este tipo.
I^s programas usados para la generacin de alineamien
tos secuenciales se complementan con mtodos que comprue
ban la fiabilidad de esos alineamientos. Un ensayo informtico
habitual consiste en desordenar la secuencia de aminocidos
de una de las protenas comparadas con el n de obtener una
secuencia al azar para hacer que a continuacin el programa
alinee la secuencia as revuelta con la otra secuencia no mo
dificada. Se asignan puntuaciones al nuevo alineamiento y se
repite el proceso muchas veces. El alineamiento original obte
nido antes del desordenamiento de una de las secuencias de
bera tener una puntuacin significativamente mayor que la de
cualquiera de los alineamientos hechos con secuencias al azar;
con ello, aumenta la confianza de que el alineamiento secuen
cial haya identificado una pareja de homlogos. Obsrvese que
ia ausencia de una puntuacin significativa para un determi
nado alineamiento no significa necesariamente que no exista
una relacin evolutiva entre dos protenas. Como veremos en
el Captulo 4, las sinlitudes en estructura tridimensional po
nen a veces de manifiesto relaciones evolutivas en casos en los
que la homologa secuencial ha sido borrada con el paso del
tiempo.
El empleo de una familia de protenas para realizar estu
dios evolutivos requiere la identificacin de nembros de esta
familia con funciones similares en la gama ms amplia posible
de organismos. La informacin extrada de la familia de proteiias puede usarse para seguir la evolucin de esos organismos. A
partii* del anlisis de la divergencia gentica en familias de pro
tenas seleccionadas es posible segi egar los organismos en cla
ses basadas en su relacin evolutiva. Esta informacin debe ser
comparable a la obtenida a partu* de los exmenes clsicos so
bre la fisiologa y la bioqumica de estos organismos.

Es posible encontrar ciertos segmentos de la secuencia


de una protena en organismos de un grupo taxonmico y no
en otros grupos; estos segmentos pueden usarse como se
cuencia rma del grupo en el que se encuentren. Un ejemplo
de secuencia fim\a consiste en la insercin de 12 aminocidos
cerca del extremo /s/'-terminal en las protenas EF-la/EFTu en todas las arqueas y eucariotas pero no en bacterias
(Fig. 3-31). Esta firma particular es una de las muchas prue
bas bioqumicas que pueden ayudai* en el establecimiento de
las relaciones evolutivas de eucariotas y aiqueas. Otras
secuencias firma permiten el establecimiento de relaciones
evolutivas entre grupos de organismos en muchos niveles ta
xonmicos diferentes.
Tomando en consideracin la totalidad de la secuencia
de una protena, se pueden ahora construir rboles evoluti
vos ms elaborados y que incluyan muchas especies en cada
grupo taxonmico. La Figura 3-32 presenta un rbol de este
tipo para bacterias, basado en la divergencia secuencial de la
protena GroEL (presente en todas las bacterias y que asiste
en ei proceso de plegamiento proteico). El rbol puede refinarse en base a las secuencias de mltiples protenas y me
diante la adicin de datos sobre propiedades bioqumicas y
fisiolgicas nicas de cada especie. Existe un gran nmero de
mtodos para la generacin de rboles, cada uno de ellos con
sus ventajas e inconvenientes, y muchas maneras de repre
sentar las relaciones evolutivas resultantes. En la Figura 3-32
los puntos finales libres de las lneas reciben el nombre de
'nodos externos; cada uno de ellos representa una especie
existente, escrita a continuacin. Los puntos de interseccin
de dos lneas, los nodos internos representan especies an
cestrales extinguidas. En la mayor parte de representaciones
(incluida la Figura 3-32), las longitudes de las lneas que co
nectan los nodos son proporcionales al nmero de sustitucio
nes de aminocidos que separan una especie de otra. Si
podemos relacionar dos especies existentes con un nodo in
terno comn (que representa el ancestro comn de las dos
especies), la longitud de la rama que conecta el nodo extemo
con el interno representa el nmero de sustituciones de ami
nocidos que separa cada una de las especies existentes de su
ancestro. La suma de las longitudes de los segmentos que co
nectan una especie existente con otra a travs de un ancestro
comn refleja el nmero de sustituciones que separa las dos
especies. El rbol debe calibrarse a travs de la comparacin
con informaciones sobre el registro fsil y otras fuentes con el
fin de determinar el tiempo necesario para la divergencia de
las diferentes especies.

106

Aminocidos, pptidos y protenas

Chlamydia trachomat

Clamidias

Chhmyd. p.ittad /

Bacteroides C Porpkyromonas gingivalis


d iz

Espiroquetas

^ *

f H tlico b a cte r p y lo

Legionrla pneumt^hila,

Thermophilixi bacterium PS-3


Badllus subtis
Staphylococeus aureus
Clostridium acetobutylicum
Clo9tridium prfnngens

Pseudomonas atruginosa
Yersinia enUrocolUica
Solmonel^ typhi
Esc/wichio coli

P CNeL

G+C
bajo

Sreptomyces coelicolor

Riekettsia
tsutsugamushi

- MycobacUrium leprae
'Mycobacterium tuberculosis
Streptomyc^ albus Igen]

Bradyrhizobiumjaponicum

G+C
alto
A

Agrobacterium tumefacUns
Zymo
Cyanidium caldarum cl.
Synechoeystis
Ricinus communis cl.

Cianobacterias
y cloroplastos

\ Trticum aesiwum cl.


Brassica m^pus cl.
Artbidoptis thaana <X.

0,1 sustituciones/sitio

FIGURA 3-*32 rbol evolutivo derivado de comparKones de secuencias de


aminocidos. Un rbol evolutivo bacteriano, basado en ia divergencia secuen-

cial observada en la familia de protenas CroEL En el rbol tambin se incluyen


los cloroplastos (cl., abajo a la derecha) de algunas especies no bacterianas.

Al ir disponiendo progresivamente de mayor mformacin


secuencial en las bases de datos podemos generar rboles evo
lutivos basados en mltiples protenas. Estos rboles se van refinando con la nueva informacin genmica generada por el uso
de mtodos de anlisis cada vez ms sofisticados. Estos trabajos
nos conducen al objetivo de construir un rbol de la vida sufi
cientemente detallado como para ser capaz de describir la evo

lucin y las relaciones de cada organismo presente en la Tierra,


Por supuesto, ste es un proceso en marcha (Fig. 3-33). En
l, las preguntas que se formulan son fimdamentales para defi
nir la forma en que los seres humanos se contemplan a s mis
mos y al mundo que los rodea. El campo de la evolucin
molecular promete convertirse en una de las fironteras cientfi
cas ms vibrantes del siglo xxi.

CrenjuPcluMoto :

Desulirococcaleft

I^Rlintas tanreetE]
Algas verdes
Plantae Algas regas
Glaucophyta
Mycetozoa
Pelobionta
Entsmoebida'
//
Amoebozoa Diplomonada
Euglenoidea
Escavata

FIGURA3-33 rbol de la vda consenso. El rbol que se muestra aqu se basa


enel anlisis de muchas protenas diferentes y de caractersticas genmicas adi
cionales. Las ramas mostradas como lneas discontinuas todava se estn inves

\ \ \
\ \
Alvcolste
Crypto-' Stramenopila
Phyto Haptophyto
Chromalveolata

Wiaria

tigando. El rbol presenta slo una parte de la infomrtacin disponible, as como


slo una fraccin de ias incgnitas todava por resolver. Cada grupo existente
que ^ muestra representa una historia evolutiva compleja por s mismo.

Bibliografa j^l07

RESUMEN 3.4

Estructura de ias protenas;


estructura primaria

Las diferencias en la funcin prot-eica son el resultado de


diferencias en la secuencia y en la composicin de aminoci
dos. Para iina detenninada protena se penniten algunas va
riaciones en la secuencia sin que la funcin se vea afectada.
Las secuencias de aminocidos se deducen a partir de la
fi*agiuentacin de los polipptidos en pptidos ms peque
os mediante el uso de reactivos especcos para cieito
tipo de enlaces peptdicos, seguida por la detem^acin
de la secuencia de cada fragmento mediante degradacin
automtica de Edman y por la ordenacin de la secuencia
nal mediante la localizacin de zonas de solapanuento
entre fragmentos generados por diferentes reactivos.
Tambin es posible deducir la secuencia de las protenas a
partir de la secuencia de nucletidos de su gen con espondiente en el DNA.
Es posible sintetizar qumicamente pptidos y protenas
pequeas (de hasta 100 residuos). El pptido se constru
ye, residuo a residuo, mientras permanece unido a un so
porte slido.
secuencias de protenas constituyen uiui rica ftiente de
infonnacin sobre la estnictura y fujicin de protenas, as
como sobre la evolucin de la vida sobre la Tien-a. Se estn
desai rollando mtodos sofisticados para trazar la evolucin
mediante el anlisis de los lentos cambios que se producen
en la secuencias de aminocidos de protei'ias homlogas.

Palabras clave--------------------------------------Tbdos los tnninos eti mgria estn definidos eii el glosario.
aminocidos 72
grupo R 72
centro quiral 72
enantimeros 73
configuracin
absoluta 74
sistema D, L 74
polaridad 74
absorbaneia, A 76
zwitterion 78
pH isoelctrico (punto
isoelctrico, p l) 80
pptido 82
protena 82
enlace peptdico 82
oligopptido 82
polipptido 82
protena oligomrica 84
protmero 84
protena coi^ugada 84
grupo prosttico 84
extracto crudo 85
fraccin 85
fraccionamiento 85
dilisis 85

cromatografa en
cohmina 85
cromatografa de intercambio
inico 86
cromatogi-afa de
filtracin en gel 87
cromatogia'a de
afinidad 88
cromatografa lquida
de alta resolucin
(HPLC) 88
eleetroforesis 88
dodecil sulfato sdico
(SDS) 89
enfoque isoelctrico 90
estructura primaria 92
estructura
secundaria 92
estructura terciaria 92
estructura
cuaternaria 92
degradacin de Edman 95
proteasas 95
proteoma 100
secuencia consenso 102

bioinformtica 103
transferencia
gnica lateral 104
protenas homlogas

104

homlogo 104
parlogo 104
ortlogo 104
secuencia firma

105

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108

Aminocidos, pptidos y protenas

l>2xt de fcil lectura en el que se describen las metodologas


usadas en el anlisis de secuencias de protenas y cidos nucleicos.
El Captulo 5 proporciona una de las mejores descripciones disponi
bles sobre la construccin de rboles evolutivos a partir de datos secuendales.
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Esle artculo y el anterior de Mayo, 2000 (anterior) descril)en
cmo sintetizar pptidos y combinarlos con el fin de disponer
de herramientas para estudiar ungran nmero de problemas
bioqumicos.

(i) La glicina est totalmente titulada (segundo punto de


equivalencia).
(j) La especie predominante es ^HaNCH2COO ~ .
(k) La carga neta media de la glicina es -1.
0) La glicina est presente predominantemente como una
mezcla50:50de-"H3NCH2COOHy ^HgN-^CHgCOO" .
(m) Corresponde al punto isoelctrico.
(n) Corresponde al final de la titulacin.
(o) Representan \aspeores regiones de pH en cuanto al po
der tamponante.

Rokas, A., ^liam s, B.L., King, N., & CarroU, S.B. (2003) Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies. Nature 425,798-^.
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Considerado por muchos el artculo fundacional en el campo de
la evolucin molecular.

Problemas
l. Oonftguraicin a b ^ ln ta de la citrulina La citrulina aisla
da de la sanda tiene la estructura que se muestra a continua
cin. Es un aminocido d o i.? Explique por qu.

0,5

1,0

CCO"

2. Relacin entre ia curva de titulacin y las propieda


des cido-base de la glicina Una disolucin de 100 mL de gli
cina 0,1 M a pH 1,72 se titul con una disolucin de NaOH 2 M.
Se registr el pH y los resultados se representaron como se
muestra en la siguiente grfica. Los puntos clave de la titulacin
se sealan como I a V. Para cada una de las afirmaciones si
guientes, (a) a (o) identifique el punto clave adecuado de la ti
tulacin yjustifijqiie su eleccin.
(a) La glicina est presente predominantemente en la for
ma ^HaNCH2-COOH.
(b) La carga neta media de la glicina es
(c) La mitad de los grupos amino estn iorzados.
(d) El pH es igual al p/fa del grupo carboxilo.
(e) El pH es igual al p/f del grupo amino protonado.
(f) La glicina tiene su mxima capacidad tamponante.
(g) La carga neta media de la glicina es igual a cero.
(h) El grupo carboxilo ha sido completamente titulado (pri
mer punto de equivalencia).

2,0

3. Cunta alanina est presente como especie comple


tamente sin carga? A un pH igual a su punto isoelctrico, la
carga vela de la alanina es cero. Se pueden dibujar dos estruc
turas con una carga neta de cero, pero la forma predominante
de la alanina a su pl es zwitteriica.
CH:

CH3 o
HsN-C-C^^
\
0
H

CH2(CH2)2NH-C-NH2
k *
'
H -C -N H g
O

1,5

OH "(equivalentes)

Zwitterinica

H2N

OH

Sin carga

(a) Por qu la alanina es predominantemente zwitterini


ca y no est completamente descargada en su pl?
(b) Qu fraccin de alanina est presente en su pl
como forma completamente descargada? Justifique sus res
puestas.
4. Estado de ionizacin de la histidina Cada grupo ionizable de un aminocido puede existir en uno de dos estados posi
bles, cargado o neutro. La carga elctrica del grupo funcional
viene determinada por la relacin entre su
y el pH de la so
lucin. Esta relacin viene descrita por la ecuacin de Hender
son-Hasselbalch.
(a) La histidina tiene tres grupos funcionales ionizables. Es
criba las ecuaciones de equilibrio para sus tres ionizaciones y
asigne el p/a adecuado de cada ionizacin. Dibuje las estruc
turas de la histidir\a en cada estado de ionizacin. Cul es la
carga neta de la molcula de histidina en cada estado de ioniza
cin?
(b) Dibuje las estructuras de los estados do ionizacin de la
histidina predominantes a pH 1,4,8 y 12. Observe que el estado
de ionizacin puede ser obtenido aproximadamente tratando
independientemente cada ftrupo ionizable.

Problemas

(c) Cul es la carga neta de la histidina a pH 1,4,8 y 12?


Cuando se coloca en un campo elctrico a cada uno de estos va
lores de pH, se desplazar la histidina hacia el nodo (+ ) o ha
cia el ctodo (-)?
5. Separacin de aniinocidos por cromatograa de in
tercambio inico El anlisis de mezclas de aminocidos em
pieza separando la mezcla en sus componentes mediante
cromatografa de intercambio inico. En una columna con
una resina de intercambio catinico que contiene grupos sulfonato (SOg) (vase la Fig. 3-17a) los aminocidos fluyen a
diferente velocidad debido a dos factores que influyen en su
movimiento: (1) la atraccin inica entre ios residuos sulfonato de la columna y grupos funcionales cargados positiva
mente en los aminocidos y (2) las interacciones hidrofbicas
entre las cadenas laterales de los aminocidos y el esqueleto
fuertemente hidrofbico de la resina de poliestireno. Para ca
da par de aminocidos sealados, determine cul eluir antes
en ima columna de intercambio catinico con un tampn a
pH 7,0.
(a) Asp y Lys
03) Arg y Met
(c) Glu y Val
(d) Gly y Leu
(e) Ser y Ala
6. Nomenclatura de estereoismeros de ia isoleucina La
estructura del aminocido isoleucina es:

109

8. Tamao de las protenas.Cul es la masa molecular apro


ximada de una protena de 682 residuos aminocidos en ima
nica cadena polipeptdica?
9. Nmero de residuos de triptfano en la albmina de
suero bovino Un anlisis cuantitativo de aminocidos indica
que la albmina de suero bovino (BSA) contiene 0,58% en pe
so de triptfano
204).
(a) Calcule la masa molecular mnima de la BSA (es decir,
suponiendo que haya un solo residuo de triptfano por molcu
la de protena).
(b) La filtracin en gel de la BSA da una estimacin de ma
sa molecular de unos 70.000. Cuntos residuos de triptfano
hay en una molcula de albmina de suero?
10. Composicin de subunidades de una protena Una
protena tiene una masa molecular de 400 kDa medida por fil
tracin en gel. Si se analiza mediante electroforesis en presen
cia de dodecil sulfato sdico (SDS), la protena muestra tres
bandas de masas moleculares 180, 160 y 60 kDa. Cuando la
electroforesis se realiza en presencia de SDS y ditiotreitol se ob
servan otras tres bandas de masa moleculares 160,90 y 60 kDa.
Determine la composicin subunitaria de la protena.
11. Carga elctrica neta de los pptidos Un pptido tiene
la secuencia
Glu-His-Trp-Ser-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly
(a) Cul es la carga neta de la molcula a pH 3, 8 y 11?
(Utilice los valores de pATa para las cadenas laterales y grupos
amino y carboxilo-terminales dados en la Tabla 3-1.)
(b) Estime el pl de este pptido.

coo~
H 3 N - -H

H-C-CH3
CHj
CH3
(a) Cuntos centros quirales tiene?
0>) Cuntos ismeros pticos?
(c) Dibiye frmulas de perspectiva de todos los ismeros
pticos de la isoleucina.
7. Comparacin de los valores de
de la alanina y polialanina La curva de titulacin de la alanina muestra la ioniza
cin de dos grupos funcionales con valores de pA* de 2,34 y
9,69, correspondientes a la ionizacin de los grupos carboxilo
y amino protonado, respectivamente. La titulacin de di-, tri- y
oligopptidos mayores de la alanina tambin muestra la ioniza
cin de slo dos grupos funcionales, aunque los valores experi
mentales de pATa son diferentes. La tendencia de los valores de
pAa se resume en la tabla.
Aminocido o pptdo

pr,

Ala

2,34

9,69

Ala-Ala

3,12

8,30

Ala-Ala-Ala

3,39

8,03

Ala-(Ala)-Ala, t s 4

3,42

7,94

(a) Dibuje la estructura de Ala-Ala-Ala. Identifique los gru


pos funcionales asociados con pKi y pK2 .
(b) Por qu aumenta el ^^or de pKi a cada adicin de un
residuo Ala al oligopptido de Ala?
(c) Por qu disminuye el valor de pAT2 a cada adicin de
un residuo Ala al oligopptido de Ala?

12. Punto isoelctrico de la pepsina Se da el nombre de


pepsina a varios enzimas digestivos secretados (en forma de
protenas precursoras mayores) por las glndulas que recubren
el estmago. Estas glndulas secretan tambin cido clorhdri
co, que disuelve la materia en forma de partculas de la comida,
permitiendo que la pepsina corte enzimticamente molculas
individuales de protena. La mezcla resultante de comida, HCl y
enzimas digestivos se denomina quimo y tiene un pH cercano a
1,5. Qu pl predecira para las protenas de tipo pepsina? Qu
grupos funcionales han de estar presentes para proporcionar
este pl a la pepsina? Qu aminocidos pueden aportar tales
grupos a las protenas?
13. Punto isoelctrico de las histonas Las histonas son
protenas que se encuentran en el ncleo de las clulas eucari
ticas, fuertemente unidas al DNA, el cual tiene muchos grupos
fosfato. El pl de las histonas es muy elevado, alrededor de 10,8.
Qu aminocidos deben estar presentes en nmero relativa
mente elevado en las histonas? En qu forma contribuyen es
tos residuos a la fuerte unin entre las histonas y el DNA?
14. Solubilidad de los polipptidos Un mtodo utilizado
en la separacin de polipptidos se basa en sus solubilidades
diferenciales. La solubilidad en agua de los polipptidos gran
des depende de la polaridad relativa de sus grupos R, espe
cialmente del nmero de grupos ionizados: cuantos ms gru
pos ionizados haya ms soluble ser el polipptido. De los pa
res de polipptidos siguientes, cul es ms soluble al pH in
dicado?
(a)(Gly)2oo(Glu)2oapH7,0
(b) (Lys-Ala)3 o (Phe-Met)3 a pH 7,0
(c) (Ala-Ser-Gly)s o (Asn-Ser-His)5 a pH 6,0
(d) (Ala-Asp-Gly)5 o (Asn-Ser-His)5 a pH 3,0
15. Purificacin de un enzima Un bioqumico descubre y
purifica un enzima nuevo generando la siguiente tabla de puri
ficacin:

110

Aminocidos, pptidos y protenas

Protena
total
Procedimiento
1. Extracto crudo
2. Precipitacin (sal)
3. Precipitacin (pH)
4. Cromatografa de
intercambio inico
5. Cromatografa de
anidad
6. Cromatografa de
exclusin molecular

(mg)
20.000
5.000
4.000
200

Actividad
(unidades)
4.000.000
3.000.000

1 000.000
.

800.000

50

750.000

45

675.000

(a) A partir de la informacin dada en la tabla, calcule la


actividad especfica de la solucin enzimtica despus de cada
procedimiento de purificacin.
(b) Cul de los procedimientos de purificacin utilizados
con este enzima es el ms efectivo (es decir, produce el mximo
incremento relativo en pureza)?
(c) Cul de los procedimientos de purificacin es el me
nos efectivo?
(d) Hay alguna indicacin basada en los resultados de es
ta tabla de que el enzima tras el paso 6 sea ya puro? Qu ms
se podra hacer para evaluar la pureza de la preparacin enzi
mtica?
16. Dilisis Una protena purificada se encuentra en un tam
pn Hepes (N-(2-hidroxiel)piperazina-N-(2-cido etanosulfnico) a pH 7 con NaCl 500 mM. Una muestra (1 mL) de la
disolucin de protena se coloca en un tubo hecho con una
membrana de dilisis y se dializa firente a 1L del nsmo tampn
Hepes con OmM de NaCl. Las molculas e iones pequeos (co
mo Na^, c r y Hepes) pueden difundir a travs de la membrana
de dilisis, pero la protena no.
(a) A1llegar la dilisis al equilibrio, cul es la concentracin
de NaCl en la muestra de protena? Asuma que no se producen
variaciones de volumen durante la dilisis.
(b) Si la muestra original de 1 mL se dializara dos veces
sucesivas frente a 100 mL del mismo tampn Hepes con OmM
de NaCl, cul sera la concentracin final de NaCl en la
muestra?
17. Purificacin de pptidos A pH 7,0, cul sera el orden
de elucin de los tres pptidos siguientes de ima columna llena
de polmero intercambiador de cationes? Sus composiciones de
aminocidos son:
Protena A: Ala 10%, Glu 5%, Ser 5%, Leu 10%, Arg 10%,
His 5%, ne 10%, Phe 5%, Tyr 5%, Lys 10%, Gly 10%, Pro 5% y
TYplO%.
Protena B: Ala 5%, Val 5%, Gly 10%, Asp 5%, Leu 5%, Arg
5%, e 5%, Phe 5%, TVr 5%, Urs 5%, Trp 5%, Ser 5%, Thr 5%,
Glu 5%, Asn 5%, Pro 10%, Met 5% y Cys 5%.
Protena C: Ala 10%, Glu 10%, Gly 5%, Leu 5%, Asp 10%,
Arg 5%, Met 5%, Cys 5%, Tyr 5%, Phe 5%, His 5%, Val 5%, Pro
5%, Thr 5%, Ser 5%, Asn 5% y Gln 5%.
18. Determinacin de la secuencia del pptido cerebral
leucina-encefalina A partir de tejido cerebral normal se ha
aislado un grupo de pptidos que inuyen sobre la transmisin
nerviosa en ciertas partes del cerebro. Estos pptidos se cono
cen como opioides debido a que se fijan a receptores que se
unen tambin a drogas opiceas, tales como la morfina o la naloxona. De este modo los opioides imitan algunas de las propie
dades de los opiceos. Algunos investigadores consideran que
estos pptidos son los inhibidores del dolor propios del cerebro.

Utilizando ia informacin que se da a continuacin, determine la


secuencia de aminocidos del opioide leucina-encefalina. Expli
que por qu su estructura est de acuerdo con todos los datos
aportados.
(a) La hidrlisis completa por HCl 6m a 110 C seguida de
anlisis de aminocidos indica la presencia de Gly, Leu, Phe y
TVr en una proporcin molar 2:1:1:1.
(b) El tratamiento del pptido con l-fluoro-2,4-dinitrobenceno seguido por hidrlisis completa y cromatografa indic la
presencia del 2,4-dinitrofenil derivado de la tirosina. No se en
contr tirosina libre.
(c) La digestin completa del pptido con quimotripsina
seguido de cromatografa dio lugar a tirosina y leucina libres,
ms un tripptido que contena Phe y Gly en una proporcin
1:2.

19. Estructura de un antibitico peptdico de BmIus


brevis contienen
un pptido con propiedades antibiticas. Este pptido forma
complejos con iones metlicos y, aparentemente, interfiere en
el transporte inico a travs de las membranas celulares de
otras especies bacterianas, matndolas. La estructura de este
pptido se ha determinado a partir de las siguientes observa
ciones.
(a)
La hidrlisis cida completa del pptido seguida de an
lisis de aminocidos produce cantidades equimoleculares de
Leu, Cm, Phe, Pro y Val. Om es omitina, un aminocido que no
se halla presente en las protenas pero que se encuentra en al
gunos pptidos. Tiene la estmctura

hrevis Los extractos de la bacteria

H a N -C H a -C H a -C H j-C -C O O ^NH3
(b) La masa molecular del pptido se calcul en alrededor
de 1.200.
(c) Cuando se trat con el enzima carboxipeptidasa el pp
tido no experiment hidrlisis alguna. Este enzima cataliza la
hidrlisis del residuo carboxilo terminal de un polipptido a me
nos que el residuo sea Pro o no contenga un grupo carboxilo li
bre por alguna razn.
(d) El tratamiento del pptido intacto con l-fluoro-2,4-dinitrobenceno, seguido de hidrlisis completa y cromatografa,
dio slo aminocidos libres y el siguiente derivado:

NH~CH2-CH2 C H 2 '-C -C 0 0
^NH3

(Sugerencia: observe que el 2,4-dinitroferlil derivado implica el


grupo amino de una cadena lateral y no el grupo a-amino.)
(e)
La hidrlisis parcial del pptido seguida de separacin
cromatogrfica y anlisis de secuencia dio lugar a los di- y tripptidos siguientes (el aminocido amino-terminal siempre se
encuentra a la izquierda):
Leu-Phe

Phe-Pro

Val-Ora-Leu

Om-Leu

Phe-Pro-Val

Val-Ora

Pro-Val-Ora

Dada la informacin anterior, deduzca la secuencia de amino


cidos del antibitico peptdico. Exponga sus razonamientos.
Cuando haya llegado a una estructura, demuestre que es cohe
rente con cada una de las observaciones experimentales.
20. Eficiencia de la secuenciacin de pptidos Un pptido
con la estructura primaria Lys-Arg-Pro-Leu-De-Asp-Gly-Ala

Problemas [ l l l

se secuencia por el procedimiento de Edman, Si cada ciclo de


Edman tuviera una eficiencia del 96%, qu porcentaje de los
aminocidos liberados en ei cuarto ciclo sera leucina? Haga el
clculo de nuevo, asumiendo en esta ocasin una eficiencia del
99% para cada ciclo.
21. Comparacin de secuencias Las protenas denominadas
chaperonas moleculares (descritas en el Captulo 4) ayudan en
el proceso de plegamiento de las proteruis. Una clase de c h ^ ronas presente desde bacterias a mamferos es la protena de
choque trmico 90 (Hsp90). Todas la chaperonas Hsp90 contie
nen una secuencia finna de 10 aminocidos que permite su
rpida identificacin en las bases de datos secuenciales. A con
tinuacin se muestran dos representaciones de esta secuencia
firma:
Y-x.NQHD]-(KHR]-[DE]-[IVAl-F-[LM]-R-lED].

m
2

en dos pasos?
(d) Solubiliza el pellet de sulfato amrco que contiene las
protenas mitocondriales y dializa a lo largo de una noche fren
te a volmenes grandes de una disolucin tamponada (pH 7,2).

Por qu no se incluye suJfaio amnico en el tampn de


dilisis? Por qu utiliza disolucin tamponada en lugar
de aguxi?

m
5

(c ) Prosigue con la purificacin utilizando la fraccin


del sobrenadante que contiene mayoritariamente mitocon
drias intactas. A continuacin lisa osmticsumente las mito
condrias. El lisado, que es menos denso que ei homogenado
pero an opaco, consiste principalmente en membranas mi
tocondriales y el conterdo interno de las mitocondrias.
Aade sulfato amnico, una sal muy soluble, al lisado a una
concentracin determinada. Centrifuga la disolucin, de
canta el sobrenadante, y descarta el pellet. Aade ms sul
fato amnico al sobrenadante, que es ms transparente que
el lisado. Centrifuga una vez ms la muestra, pero esta vez
se queda con el pellet, puesto que contiene la protena de
inters. CuM es la lgica qus aconseja la adicin de sal

10

(a) Qu aminocidos son invariantes (conservados en to


das las especies) en esta secuencia?
(b) JEn qu posicin(es) est la naturaleza del aminoci
do limitada a los de cadena lateral con carga positiva? Qu
aminocido se encuentra con ms frecuencia en cada posi
cin?
(c) En qu posiciones se restringen las sustituciones a ios
aminocidos con cadena lateral de carga negativa? Qu amino
cido predomina en cada posicin?
(d) En una de las posiciones puede haber cualquier amino
cido, aunque uno de ellos aparece con mucha mayor frecuen
cia que los dems. Qu posicin es sta y cul es el aminocido
que aparece ms a menudo?
22. Protocolos de bioqumica: su primera puricacin
de protena Siendo el estudiante ms nuevo y menos expe
rimentado de un laboratorio de investigacin bioqumica,
pasa sus primeras semanas lavando material de vidrio y eti
quetando tubos de ensayo. A continuacin se grada para
preparar tampones y disoluciones madre para su utilizacin
en diversos procedimientos de laboratorio. Finalmente, le
dan la responsabilidad de purificar una protena. Se trata de
un enzima del ciclo del cido ctrico (que se describe en el
Captulo 16), la citrato sintasa, localizada en la matriz mito
condrial. Siguiendo un protocolo de purificacin, lleva a ca
bo los pasos que se explican a continuacin. A lo largo del
trabajo, un estudiante con ms experiencia le pregunta
acerca de la base de cada procedimiento. Dele las respues
tas. (Sugerencia: lea en el Captulo 2 informacin sobre la
osmolaridad; lea en la p. 7 informacin sobre la separacin
de orgnulos de clulas.)
(a) Recoge 20 kg de corazones de buey de im matadero cer
cano (las clulas musculares son ricas en mitocondrias que pro
porcionan energa para la contraccin del msculo). Transporta
los corazones en hielo y realiza todos los pasos de la purifica
cin en una cmara fi"a o sobre hielo. Homogena el tejido de los
corazones de buey con un triturador de alta velocidad en un
medio que contiene sacarosa 0,2 m , tamponado a pH 7,Z Por

qu utiza tejido de corazn de buey, y en tan gran canti


dad? Cul es el propsito de mantener el tejido fro y sus
penderlo en sacarosa 0,2 M, a pH 7,2? Qu le pasa al tejidx)
al homogenarlo?
(b) Somete el homogenado de corazn resultante, que es
denso y opaco, a una serie de pasos de centrifugacin diferen
cial. Qu consigue con esto?

(e ) Pasa la disolucin dializada a travs de una columna


de cromatografa de exclusin molecular. Siguiendo el pro
tocolo, recoge \aprim era fraccin de protena que sale de la
columna, y descarta el resto de fracciones que eluyen de
la columna posteriormente. Detecta la protena ndiendo la
absorcin en el UV (a 280 nm) de las fracciones, Qu le di

ce sobre la proteina el hecho de recoger la prim era fra c


cin? Por qu es la absorcin en el UV a 280 nm una
buena form a de medir la presencia de proteina en las
fracciones eluidas?
(f) Coloca la fraccin recogida en (e ) en una columna
de cromatografa de intercambio catinico. Despus de des
cartar la fraccin inicial que sale de la columna, aade una
disolucin de lavado de pH mayor a la columna y recoge la
fraccin que eluye inmediatamente. Explique lo que est

haciendo.
(g) Analiza una pequea muestra de su fi^ccin, que ahora
tiene un volumen muy reducido y es bastante transparente
(aunque teida de rosa), en un gel de isoelectroenfoque. Cuan
do se tie, el gel muestra tres bandas finas. De acuerdo con el
protocolo, la protena de inters es la que tiene un pl de 5,6, pe
ro decide realizar otro ensayo de la pureza de la proteiui. Corta
la banda de pl 5,6 y la somete a electroforesis en gel de poliacrilamida-SDS. La protena se resuelve como una nica banda.

Por qu no estaba seguro de la pureza de la banda de pro


teina ''nica'* en su gel de isoelectroenfoque? Qu le dicen
los resultados del gel de SDS? Por qu es importante reali
zar la electroforesis en gel de SDS despus del electroenfoque?

Problema de anlisis de datos--------------------23. Determinacin de la secuencia de aminocidos de la


insulina. La Figura 3-24 muestra la secuencia de aminocidos
de la hormona insulina. Esta estructura ftie determinada por
Frederick Sanger y colaboradores. La mayor parte de su traba
jo se describe en una serie de artculos publicados en Biochemical Journal entre 1945 y 1955.
Cuando Sanger y sus colegas comenzaron su trabajo en
1945 se saba que la insulina era una protena pequea con
sistente en dos o cuatro cadenas polipeptdicas unidas por
enlaces disulfuro. Sanger y sus colaboradores haban desa
rrollado una serie de mtodos simples para secuenciar pro
tenas.
Tratamiento con FDNB. El FDNB (l-fiuoro-2,4-dinitrobenceno) reaccior\aba con los grupos amino libres (pero no con

12

Aminocidos, pptidos y protenas

los grupos ando o guanidino) de las protenas produciendo de


rivados dinitrofenilo 03NP) de los aminocidos:

NOj, + HF
Amino

FDNB

DNP-amina

Hidrlisis cida. Hirviendo una protena durante varias


horas en HCl al 10% se hidrolizaban todos sus enlaces peptdi
cos y anvida. Tratamientos ms cortos generaban polipptidos
cortos; cuanto ms largo era el tratamiento, ms completa era la
hidrlisis de la protena en sus aminocidos.
Oxidacin de las cistenas. El tratamiento de una pro
tena con cido perfrmico rompa todos los enlaces disulfu
ro y converta todos los residuos Cys en cido cisteico
(Fig.a-26).
Crornatogrqfa en papel. Esta versin primitiva de la cro
matografa en c ^ fina (vase la Fig. 10-24) separaba com
puestos en base a sus propiedades qumicas, permitiendo la
identificacin de aminocidos individuales y, en ocasiones, de
dipptidos. La cromatografa en capa fina separa tambin ppti
dos ms grandes.
Como se describe en su primer artculo (1945) Sanger
hizo reaccionar insulina con FDNB e hidroliz la protena re
sultante. Encontr muchos aminocidos libres pero slo tres
DNP-aminocidos: a-DNP-glicina (con el grupo DNP unido
al grupo a-amino); a-DNP-fenilalanina; y -DNP-lisina (con
el grupo DNP unido al grupo 6-amino). De estos resultados
Sanger dedujo que la insulina constaba de dos cadenas de
protena: una con Gly y otra con Phe en el extremo aminoterminal. Una de las dos cadenas contena tambin un resi
duo Lys, pero no en su extremo amino. A la cadena que
empezaba con Gly la llam A y a la que empezaba con Phe
la llam B.
(a) Explique cmo justifican los experimentos de Sanger
sus conclusiones.
(b) Son estos resultados cor\sistentes con la estructura
conocida de la insulina (Fig. 3-24)?
En un artculo posterior (1949), Sai^er describi el modo
en que utiliz estas tcnicas para determinar los primeros ami
nocidos (el extremo amino-terminal) de cada cadena de insu
lina. Por ejemplo, para analizar la cadena B, llev a cabo los
pasos siguientes:

Obtuvo los resultados siguientes:


Bl: solamente a-DNP-fenilalanina
B2: a-DNP-fenalanina; valina
B3: cido asprtco; a-DNP-fenilalanina; valiita
B4: cido asprtico; cido glutmico; a-DNP-fenilalanina;
valina
(c) En base a estos datos, cules son los primeros cuatro
aminocidos de la cadena B (el extremo amino-ternnal)? Ex
plique su razonamiento.
(d) Coincide el resultado con la secuencia conocida de la
insulina (Figura 3-24)? Explique las discrepancias si las hay.
Sanger y sus colaboradores usaron stos y otros mtodos
relacionados para determinar la secuencia completa de las
cadenas A y B. Su secuencia para ia cadena A era como sigue
(extremo amino a la izquierda):

10

Gly-ne-Val-Gk-Ok-Cys-Cys-Ala-Ser-Val-

15

20

Cyg-Ser-Leu-Tyr-Glx-Leu Glx-Asx-Tyr-Cys-Asx

Al haberse convertido todos los residuos Asn a Asp y todos los


residuos Gln a Glu a causa de la hidrlisis cida hubo que desig
nar a estos residuos como Asx y Gbc, respectivamente (no se
conoca su exacta identidad en el pptido). Sanger solucion es
te problema usando enzimas proteolticos que rompen enlaces
peptdicos, pero no los enlaces amida de Asn y Gln, para prepa
rar pptidos ms cortos. A continuacin determin ei nmero
de grupos amino presente en cada pptido cuantificando el
NH4*" liberado cuando el pptido era sometido a hidrlisis cida.
A continuacin se muestran algunos de los resultados para la
cadena A. Es posible que los pptidos no fueran completamen
te puros por lo que los nmeros eran aproximados, aunque su
cientemente buenos para el propsito de Sanger.

Seca^ida
dd pptido

Nombre
delpptdo
Acl
Apl5
Apl4
Ap3
Api
Ap5pal
Ap5

Nmero de grupos
amino^ el p^ptdo

Cys-Asx
TVr-Glx-Leu
TVr-Glx-Leu-Glx
Asx-TVr-Cys-Asx
Glx-Asx-'iyr-Cys-Asx
Gly-e-Val-Glx
Gly-Ile-Val-GIx-Glx-Cys-CysAla-Ser-Val-Cys-Ser-Leu

0.7
0,98
1,06
2,10
1,94
0,15

1.

Oxid la insulina para separar las cadenas A y B.

2.

Prepar una muestra de cadena B pura por cromatografa


en papel.

3.

Hizo reaccionar la cadena B con FDNB.

4.

Hidroliz la protena suavemente en medio cido para pro


ducir algunos pptidos ms cortos.

5.

Separ los DNP-pptidos de los que no contenan grupos


DNP.

6.

Aisl cuatro de los pptidos DNP, que recibieron los nom


bres Bl a B4.

7.

Uev a cabo una hidrlisis fuerte de cada DNP-pptido


para obtener aminocidos libres.

Sanger, F. (1945) The free amino groups of insulin. Biochem J. 39,


507-^15.

8.

identific los aminocidos de cada pptido mediante cro


matografa en papel

Sangei; F. (1949) The temnal peptides of insulin. Biochem J. 45,


563-574.

1,16

(e)
En base a estos datos, determine la secuencia de ami
nocidos de la cadena A. Explique cmo obtuvo su respuesta
Comprela con la Figura 3-24.
Referencias

Posiblemente, las caractersticas ms notables de [la mioglobina] sean


su complejidad y su ausencia de simetra. Su disposicin en el espacio
parece carecer casi completamente de cualquiera de las regularidades
que uno podra imaginar instintivamente, y resulta ms complicada de
lo predicho por cualquiera de las teoras sobre estructura de protenas.
John Kendrew, artculo en Nature, 1956

Estructura tridimensional
de las protenas
4.1 Visin general sobre la estructura proteica
4.2 Estructura secundaria de las protenas

113

117

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las protenas


4.4 Desnaturalizacin y plegamiento de protenas

123
140

l esqueleto covalente de una protena tpica se compone de


centenares de enlaces individuales. Dado que es posible la
rotacin libre alrededor de muchos de estos enlaces, ias pro
tenas pueden adoptar un nmero muy grande de conformacio
nes. Sin embargo, cada protena tiene una funcin qumica o
estructural especfica, lo que sugiere fuertemente que cada pro
tena posee una estructura tridimensional nica (Fig. 4-1). A fi
nales de la dcada de 1920 se haban cristalizado varias protenas,
entre ellas la hemoglobina (Mf 64.500) y el enzima ureasa (Mr
483.000). Dado que en general la ordenacin de las molculas en
un cristal slo se puede dar cuando las unidades moleculares que
componen el cristal son idnticas, el hecho de que muchas prote-

as puedan cristalizar es una prueba muy importante de que in


cluso las protenas muy grandes son entidades qumicas discretas
con estructura nica. Esta conclusin revolucion el pensamien
to vigente acerca de las protenas y sus funciones.
En este captulo exploraremos la forma en que ia secuencia
de aminocidos de una cadena polipeptdica da lugar a la es
tructura tridimensional especfica de una protena. Pondremos
nfasis en dnco temas. En primer lugar, la estructura tridimen
sional de una protena viene determinada por su secuencia de
aminocidos. En segundo lugar, la funcin de una protena de
pende de su estructura. En tercer lugar, una protena aislada
adopta generalmente una nica forma estructural o un pequeo
nmero de ellas. En cuarto lugar, las fuerzas ms importantes
que estabilizan la estructura especfica de una protena son in
teracciones no covalentes. Por ltimo, dentro del gran nmero
de estructuras proteicas rcas, es posible reconocer algunos
patrones estructurales comunes que nos ayudan a organizar
nuestro conocimiento sobre la arquitectura de las protenas.
Estos temas no deben entenderse en el sentido de que las
protenas tengan estructuras tridimensionales estticas e inva
riables. La fimcin de una protena a menudo implica una inter
conversin entre dos o ms formas estructurales. En los Ca
ptulos 6 y 6 se abordarn los aspectos dinmicos de la estruc
tura de las protenas. La comprensin de todos los niveles es
tructurales de las protenas es esencial para la discusin sobre
la funcin de captulos posteriores.

4.1 Visin general sobre la estructura proteica

FIGRA4-1 Estructura dei enzima quiniotrpsna, una protena globular. Se


muestra una molcula de glicina (azul) para la comparacin de tamafios. Las es
tructuras tridimensionales conocidas de protenas se almacenan en el Protein
Data Bank o PDB (vase el Recuadro 4-4). La imagen que se muestra aqu se
elabor utilizando el archivo 6 CCH del PDB.

Se denomina conformacin a la disposicin espacial de los to


mos de una protena. La posibles conformaciones de una prote
na incluyen cualquier estado estructural que pueda lograrse sin
romper enlaces covalentes. Un cambio de conformacin puede
ser, por ejemplo, el resultado de la rotacin alrededor de enlaces
sencillos. De entre las numerosas conformaciones tericamente
posibles para una protena que contiene cientos de enlaces sen
cillos, hay una o, ms generalmente, unas pocas que predomi
nan en condiciones biolgicas. La necesidad de la existencia de
113

114

Estructura tridmensiona de las protenas

mltiples conformaciones estables refleja los cambios que de


ben producirse en la mayor parte de protenas cuando se unen
a otras molculas o catalizan reacciones. Las conformaciones
existentes en unas condiciones determinadas son generalmente
las ms estables termodinmicamente y que poseen, por tanto,
la menor energa libre de Gibbs (G). Las protenas que se en
cuentran en cualquiera de sus conformaciones funcionales y
plegadas se denominan protenas nativas.
Qu principios determinan cules son las conformaciones
ms estables de una protena? El conocimiento de la conforma
cin de una protena puede construirse paso a paso a partir de la
discusin sobre la estructura primaria en el Captulo 3 y mediante
la consideracin de las estructuras secundaria, terciaria y cuater
naria. A este enfoque tradicional se debe aadir un nuevo r\fasis
sobre patrones de plegamiento comunes y clasicables, denomi
nados estructuras supersecundarias o motivos, que proporcionan
un adecuado contexto organizativo a este esfuerzo complejo. Em
pezaremos por establecer algunos principios indicadores.

La confonnacin de una protena est estabilizada


prndpaimente por interacciones dbiles
En el contexto de la estructura de protenas, el trmino estabi
lidad se puede definir como la tendencia a mantener la confor
macin nativa. Las protenas nativas slo son marginalmente
estables. La AG entre los estados plegado y desplegado de pro
tenas tpicas en condiciones fisiolgicas se encuentra en un in
tervalo de tan slo 20 a 65 kJ/mol. Una caderui polipeptdica
determinada puede adoptar tericamente incontables confor
maciones diferentes, lo que hace que su estado desplegado se
caracterice por un alto valor de la entropa conformacional. Es
te valor de la entropa, junto con las interacciones por enlace de
hidrgeno de muchos grupos de la cadena polipeptdica con el
disolvente (agua), tiende a favorecer el manteimiento del es
tado desplegado. Entre las interacciones qumicas que contra
rrestan estos efectos y estabilizan la conformacin nativa se
cuentan los enlaces disulfuro (covalentes) y las interacciones
dbiles (no covalentes) descritas en el Captulo 2. enlaces de
hidrgeno, interacciones inicas e interacciones hidrofbicas.
Muchas protenas carecen de enlaces disulfuro. El medio
intracelular es, en la mayora de casos, muy reductor, lo que evi
ta la formacin de enlaces S S En eucariotas, los enlaces
disulfuro se encuentran principalmente en las protenas secre
tadas extracelularmente (por ejemplo, en la hormona insulina).
Los enlaces disulfuro son tambin escasos en protenas bacte
rianas. Sin embargo, las bacterias termofOicas, as como las ar
queas, suelen tener m\ichas protenas con enlaces disulfuro
estabilizantes, lo que probablemente constituye un adaptacin
a la vida a temperaturas elevadas.
Para las protenas ntracelulares de la mayora de organis
mos, las interacciones dbiles son de especial importancia para
el plegamiento de las cader\as polipeptdicas en sus estructuras
secundaria y terciaria. La asociacin de mltiples polipptidos
para la formacin de estructuras cuaternarias tambin depende
de estas interacciones dbiles.
La rotura de un solo enlace covalente requiere cerca de
200 a 460 kJ/mol, mientras que las interacciones dbiles pue
den romperse con simplemente 4 a 30 kJ/mol. Los enlaces co
valentes individuales, tales como los enlaces disulfuro que unen

partes separadas de una nica cadena polipeptdica, son clara


mente mucho ms ftiertes que las interacciones dbiles indivi
duales. Sin embargo, al ser tan numerosas, las interacciones
dbiles son las que predominan como fuerza estabilizante de la
estructura de las protenas. En general, la conformacin protei
ca de menor energa libre (es decir, la ms estable) es aquella
que posee el mayor nmero de interacciones dbiles.
lia estabilidad de una protena no es nicamente el resulta
do de ia suma de las energas libres de formacin de las muchas
interacciones dbiles dentro de ella. Por cada uno de los enlaces
de hidrgeno formado en una cadena polipeptdica durante el
plegamiento, se debe romper otro enlace de hidrgeno (de
energa similar) entre el mismo grupo y el agua. La contribucin
en estabilidad neta de un enlace de hidrgeno, o la diferencia
de energa libre entre el estado plegado y el desplegado, puede
ser cercana a cero. Las interacciones inicas pueden ser estabi
lizantes o desestabilizantes. Debemos buscar, pues, otras expli
caciones para saber por qu una conformacin nativa deter
minada de una protena se encuentra favorecida.
Al examinar cuidadosamente la contribucin de las inter
acciones dbiles a la estabilidad de las protenas, observamos
que suelen predominar las interacciones hidrofbicas. El
agua pura contiene una red de molculas de H?p unidas por
puentes de hidrgeno. Ninguna otra molcula tiene el potencial
de formacin de eraces hidrgeno del agua, y otras molculas
presentes en una disolucin acuosa rompen los enlaces de hi
drgeno del agua. Cuando el agua rodea una molcula hidrof
bica, la optimizacin de los enlaces de hidrgeno da como
resultado la formacin de una capa de solvatacin de agua al
tamente estructurada en la inmediata proxirrdad de la molcu
la (vase la Fig. 2-7). El incremento del orden de las molculas
de agua en la capa de solvatacin tiene como consecuencia un
descenso desfavorable en la entropa del agua. Sin embargo,
cuando los grupos hidrofbicos se agrupan se reduce esta capa
de solvatacin al no ofrecer cada uno de los grupos su entera su
perficie a la disolucin. Como resultado de ello se produce un
aumento favorable de la entropa. Tal como se deca en el Cap
tulo 2, este aumento de la entropa es la principal fuerza termo
dinmica que promueve la asociacin de grupos hidrofbicos en
disolucin acuosa. Por esta razn, las cadenas laterales hidrofbicas de los aminocidos tienden a empaquetarse en el interior
de la protena, evitando su interaccin con el agua.
En condiciones fisiolgicas la formacin de enlaces de hi
drgeno e interacciones inicas en una protena son tambin
procesos dirigidos en gran medida por el mismo efecto entrpico. Los grupos polares pueden formar normalmente eraces de
hidrgeno con el agua y son, por tanto, solubles en ella. Sin em
bargo, ei nmero de enlaces de hidrgeno por urdad de masa
es generalmente mayor en el agua pura que en cualquier otro l
quido o disolucin, por lo que existen lmites a ia solubidad de
incluso las molculas ms polares, a causa de la disminucin ne
ta de enlaces de hidrgeno por unidad de masa que se produce
cuando estn presentes. En consecuencia, y hasta cierto punto,
tambin se formar una capa de solvatacin de agua estructura
da alrededor de las molculas polares. A pesar de que la energa
de formacin de eraces de hidrgeno intramoleculares entre
dos grupos polares de una macromolcula se compensa en gran
parte por la eliminacin de las interacciones entre estos mismos
grupos y el agua, la liberacin de agua estructurada en forma de

4.1 Visin general sobre la estructura proteica

interacciones intramoleculares proporciona una fuerza entrpica impulsora del plegamiento. La mayor parte de la variacin
neta de energa libre que se produce al formarse interacciones
dbiles en el interior de las protenas es, por tanto, una conse
cuencia del aimiento en entropa en la disolucin acuosa cir
cundante debido a la interiorizacin de superficies hidrofbicas.
Esto contrarresta de forma ms que suciente la gran prdida
de entropa conformacional del polipptido constreido en su
cor^ormacin plegada.
Las interacciones hidrofbicas juegan un papel especial
mente importante en la estabilizacin de la conformacin de las
protenas; el interior de una protena es generalmente un ncleo
densamente empaquetado de cadenas laterales hidrofbicas de
aminocidos. Tambin es importante que cualquier grupo polar o
cargado situado en el interior de la protena tenga cerca otros
grupos adecuados para el establecimiento de enlaces de hidrge
no o interacciones inicas. La contribucin de un erace de hi
drgeno a la estabilidad de la estructura nativa parece pequea,
pero la presencia de grupos con potencial de formacin de puen
te de hidrgeno o de grupos cargados sin la pareja adecuada en el
interior hidrofbico de la protena puede ser tan deseskibizante que las conformaciones que los contienen son a menudo impo
sibles de adoptar termodinmicamente. El cambio favorable de
energa libre debido a la combinacin de vaiios de estos grupos
con otros de la disolucin externa puede ser mayor que la dife
rencia de energa libre entre los estados plegado y desplegado.
Adems, los enlaces de hidrgeno entre grupos de la protena se
forman cooperativamente (la formacin de un enlace de hidrge
no facilita la formacin de los siguientes) en estructuras secun
darias repetitivas que optimizan el uso de los enlaces de hidr
geno, como veremos ms adelante. De este modo, los enlaces de
hidrgeno desempefan a menudo un importante papel en la con
duccin del proceso de plegamiento.
La interaccin entre grupos de carga opuesta que forman
un par inico, o puente salino, puede tener efectos estabilizantes
o desestabilizantes sobre la estructura proteica. Al igual que su
cede con los enlaces de hidrgeno, las cadenas laterales de los
aminocidos cargados interaccionan con el agua y las sales cuan
do la protena est desplegada, por lo que la prdida de estas in
teracciones debe considerarse al evaluar el efecto de un puente
salino sobre la estabilidad global de una protena plegada. Sin
embargo, la fuerza de un puente salino incrementa al desplazar
se hacia un entomo con menor constante dielctrica, e (vase la
pg. 46): desde el disolvente polar acuoso (c cercana a 80) has
ta el interior no polar de la protena (e cercana a 4). Por tanto,
los puentes salinos, en especial aquellos que estn parcial o com
pletamente ocultos en el interior, pueden aportar una estabili
zacin signicativa a la estructura proteica. Ello explica el in
cremento en el nmero de puentes salinos interiorizados en las
protenas de organismos termofOicos. Las interacciones inicas
tambin limitan la exibilidad estructural, confiriendo a la es
tructura proteica una individualidad que no pueden proporcio
nar las interacciones hidrofbicas no especficas.
I>a mayor parte de los modelos estructurales esbozados a lo
largo de este captulo son reflejo de dos reglas simples: (1) los
residuos hidrofbicos se encuentran mayoritariamente sepulta
dos en el interior de la protena, lejos del contacto con el agua, y
(2) se forma el mayor nmero posible de enlaces de hidrgeno
e interacciones inicas dentro de la protena, lo que reduce el

115

nmero de grupos capaces de formar enlaces de hidrgeno y de


grupos inicos no apareados con un grupo adecuado. Las prote
nas insolubles y las que se localizan en membranas (analizadas
en el Captulo 11) siguen reglas ligeramente diferentes a causa
de la funcin que realizan o del entorno en el que se encuen
tran, pero las interacciones dbiles son tambin en estos casos
elementos estructurales de importancia crtica.

El enlace peptdco es plano y rgido


9 Arquitectura de protenasEstructura primaria Los enlaces COvalentes tambin imponen lmites importantes a las posibles
conformaciones de un polipptido. A finales de la dcada de
1930, Linus Pauling y Robert Corey iniciaron una serie de estu
dios que sentaron las bases de nuestros conocimientos actuales
sobre la estructura proteica. Empezaron con un anlisis cuida
doso del enlace peptdico.

Linus Rauling, 1901-1994

Robert Corey, 1897-1971

Los carbonos a de aminocidos adyacentes se encuentran


separados por tres enlaces covalentes, ordenados as;
Ca C N C. Los estudios de difi^ccin de rayos X de cris
tales de aminocidos y de dipptidos y tripptidos sencillos de
mostraron que el enlace peptdico C N es ligeramente ms
corto que el enlace C N de una amina simple y que los to
mos asociados con el enlace son coplanares. Esto indicaba la
existencia de una resonancia, es decir, que el oxgeno carbonli
co y el nitrgeno amida compartan parcialmente dos pares de
electrones (Fig. 4-2a). El oxgeno tiene una carga negativa
parcial y el nitrgeno una carga positiva parcial, formando un
pequeo dipolo elctrico. Los seis tomos del grupo peptdico
se encuentran en el mismo plano, con el tomo de oxgeno del
grupo carborlico en posicin trans respecto al tomo de hidr
geno del nitrgeno amdico. A partir de estos descubrimientos,
Pauling y Corey dedujeron que los enlaces peptidicos C N no
pueden girar libremente a causa de su carcter parcial de doble
enlace. La rotacin es posible alrededor de los enlaces N C y
C C. El esqueleto polipeptdico de una protena puede vi
sualizarse por tanto como una serie de planos rgidos en la que
los planos consecutivos comparten un punto comn de giro al
rededor de C (Fig. 4-2b). La rigidez de los enlaces peptidicos
limita el nmero de conformaciones que puede adoptar una ca
dena polipeptdica.
La conformacin de un pptido est definida por tres n
gulos diedros (tambin conocidos como ngulos de torsin) de-

116

Estructura tridimensional de las protenas

0 -

oxgeno carbonlico tiene carga parcial


negativa y el nitrgeno amida carga parcial
positiva, lo que da lugar a un pequeo dipolo
elctrico. Prcticamente todos los enlaces
peptdicos de protenas se encuentran en
configuracin trans, aunque hay excepciones
como la representada en la Figura 4-7b.
1

li
(a)

Carboxiloterminal

I________ II________II________I

(b)

N-Ca

Ca-C

C-N

(c)

nominados 4^ (fi), ^ (psi) y o> (omega), que describen la rota


cin alrededor de cada uno de los tres enlaces repetidos en la
cadena principal. Un ngulo diedro es el ngulo formado por la
interseccin de dos planos. En el caso de los pptidos, los pla
nos se definen por los vectores de enlace de la cadena principal.
Dos vectores de enlace sucesivos describen un plano. TVes vec
tores de enlace sucesivos describen dos planos (el vector de en
lace central es comn a los dos; Fig. 4-2c), y el ngulo entre los
dos planos es lo que medimos para describir la conformacin de
la protena.

CONVENCION CLAVE: Los importantes ngulos diedros de un


pptido se definen mediante tres vectores de enlace que conec
tan cuatro tomos consecutivos de la cadena principal (esque
leto polipeptdico) (Fig. 4-2c): <l> incluye los enlaces
C N Cft C (la rotacin tiene lugar alrededor del enlace
N C), mientras que ^ incluye los enlaces N C C N.
Tanto 4>como ^ tienen, por convencin, valores de 180 cuan
do el polipptido se halla completamente extendido y todos los
grupos peptdicos se encuentran en el mismo plano (Fig. 4-2d).
Al mirar en la direccin del vector del enlace central (como se
ve en la Fig. 4~2c para el caso de V'), los ngulos diedros au

FIGURA4-2 Ei grupo peptdico piano, (a) Cada enlace peptdico tiene carc
ter parcial de doble enlace debido a la resonancia, y no puede girar (b) Tres en
laces separan los carbonos ot consecutivos en una cadena polipeptdica. Los
enlaces N Q y Q , C pueden rotar, segn ngulos diedros que se denomi
nan 4>y iff, respectivamente. El enlace peptdico C N no puede rotar libre
mente. Otros enlaces sencillos de la cadena principal pueden tener tambin
impedida la rotacin, segn el tamao y carga de ios grupos R. (c) tomos y
planos que describen (d) Por convencin, se considera que los ngulos ^ y ^
tienen un valor de 180(o -180) cuando d primer y cuarto tomos se encuen
tran b ms alejados posible y el pptido est completamente extendido. Si el
observador mira en la direccin del enlace que rota (en cualquier direccin) ios
ngulos
aumentan cuando el cuarto tomo gira en el sentido de las agu
jas del reloj con relacin al primero. En las protenas, algunas de las confonmaciones aqu mostradas (como 0 ) estn prohibidas a causa de impedimentos
estricos entre tomos. De (b) a (d), las bolas que representan ton>os son ms
pequeas que el radio de van der Waals a esta escala.

mentan al rotar el tomo distal (el cuarto) en el sentido de las


agujas del reloj (Fig. 4-2d). Desde la posicin de 180, el n
gulo diedro aumenta desde -180 a O, en cuyo punto los tomos
primero y cuarto se eclipsan. Continuando la rotacin desde O
a +180 (la nsma posicin que -180) se llega a la misma es
tructura ircial. No se suele considerar el tercer ngulo diedro,
0). ste incluye los enlaces C C N C. En este caso el en
lace central es el peptdico, cuya rotacin est limitada. El enla
ce peptdico se encuentra normalmente (el 99,6% del tiempo)
en la configuracin trans, limitando el valor de a 180. El va
lor de < es de Opara el caso poco frecuente de un enlace pep
tdico en cis.
En principio,
pueden adoptar cualquier valor entre
-180 y +180, pero muchos de estos valores no son posibles a
causa de las interferencias estricas entre tomos del esquele
to popptdico y de las cadenas laterales de los aminocidos.
La conformacin en la que <#>y ^ valen Oes una de las inacce
sibles (Fig. 4-2d); este valor se usa meramente como punto
de referencia para describir los ngulos diedros. Los valores
permitidos para y ^ pueden visualizarse grficamente repre
sentando frente a en lo que se denomina representacin

4.2 Estructura secundarla de las protenas | j 1t J

4.2 Estructura secundara de las protenas

+180

<f>(grados)

FIGURA4-3

Representacin de Ramachandran para los residuos de i-Ala. Las


conformaciones de los pptidos se definen por los valores de ^ y Basndose
en clculos en los que se utilizan radios de van der Waals y ngulos diedros, las
conformaciones consideradas posibles son las que implican poca o ninguna in
terferencia estrica. Las reas sombreadas de azul oscuro reflejan conformacio
nes sin solapamiento estrico y que, por tanto, estn totalmente permitidas; el
azul de intensidad media indica conformaciones permitidas en los lmites ex
tremos de contactos atmicos desfavorables; finalmente, el rea azul claro indi
ca conformaciones que estn permitidas si se permite cierta flexibilidad de los
ngulos diedros. Las regiones amarillas representan conformaciones no permi
tidas. La estereoqumica de los residuos i-aminocidos origina la asimetra de la
representacin. Las representaciones para otros residuos aminocidos no rami
ficados de la serie l son prcticamente idnticas. Los mrgenes permitidos para
los residuos aminocidos ramificados tales como Val, lie y Thr son algo ms pe
queos que para Ala. El residuo de Gly, el que tiene menos impedimentos estricos, presenta un margen mucho ms amplio de conformaciones permitidas. El
margen para los residuos de Pro est muy restringido debido a que el valor de <f>
est limitado por su cadena lateral cclica a un margen entre -35a -^5.

de Ramachandran (Fig. 4-3), introducida por G.N. Rama


chandran.

RESUMEN 4.1 Visin general sobre la


estructura proteica
Toda protena posee un estructura tridimensional, que es
un reflejo de su funcin.
La estructura proteica est estabilizada por mltiples
interacciones dbiles. Las interacciones hidrofbicas son
las que ms contribuyen en la estabilizacin de la forma
globular de la mayora de protenas solubles; los enlaces
de hidi geno y las interacciones inicas se encuentran
optimizadas en las estructuras ms termodinmicamente
estables.
La naturaleza de los enlaces covalentes en el esqueleto poli
peptdico impone limitaciones en la estructura. El enlace
peptdico tiene un carcter de doble enlace parcial que man
tiene a los seis tomos del grupo peptdico en una configura
cin plana rgida. Los enlaces N
y C C pueden rotar
y definen los ngulos diedros y respectivamente.

El trmino estructura secundaria se refiere a cualquier seg


mento especfico de una cadena polipeptdica y describe la distri
bucin espacial local de los tomos de su cadena principal, sin
tener en cuenta la conformacin de sus cadenas laterales ni su re
lacin con otros segmentos. Una estructura secundaria se consi
dera regular cuando todos los ngulos diedros 4>y tlf adoptan
valores iguales, o casi iguales, en tcxio el segmento. Existe un n
mero limitado de estructuras secundarias que son muy estables y
que se encuentran ampliamente distribuidas en las protenas. Las
ms destacables son la conformacin en hlice or y la conforma
cin otro tipo comin recibe el nombre de giro fi. All donde no
se observa una estructura regular, la estructura secundaria se
suele describir como indefinida o como oviUo estadstico. Sin embaigo, esta ltima denominacin no describe correctamente la es
tructura de estos segmentos. En la mayora de proterwis el
camino que sigue una cadena polipeptdica no es al azar, sino que
es prcticamente constante y altamente especfico para la estruc
tura y funcin de cada protena en particular. A continuacin se
describirn las estructuras rutilares ms fi^cuentes.

La hlice a es una estructura secundaria frecuente


en las protenas
0 Arquitectura de protenasHlice a Pauling y Corey fueron
conscientes de la importancia de los enlaces de hidrgeno en la
orientacin de los grupos qumicos polares tales como el 0 = 0
y el N H del enlace peptdico. Eran tambin conocedores de
los resultados experimentales de William Astbury, quien en la
dcada de 1930 haba llevado a cabo un trabajo pionero sobre
las protenas con rayos X. Astbury demostr que la protena que
constituye las pas del puerco espn y el cabello (la protena fi
brosa of-queratina) posee una estructura regular que se repite
cada 5,15 a 5,2 . (El angstrom, A, nombre debido al fsico Anders J. Angstrom, es igual a 0,1 nm. Aunque no es una unidad
del Sistema Internacional (SI), es utilizada universalmente por
los bilogos estructurales para describir distancias atmicas:
equivale aproximadamente a la longitud de un enlace C H t
pico.) Con esta informacin y sus datos acerca del enlace pept
dico, y con la ayuda de modelos moleculares precisos, Pauling y
Corey se propusieron determinar cules eran las conformacio
nes ms probables de las molculas de protena.
La disposicin ms sencilla que podra adoptar una cadena
polipeptdica, teniendo en cuenta la rigidez de sus eraces pep
tdicos (y tambin la libertad de rotacin de los dems enlaces
sencillos) es una estructura en hlice, a la que Pauling y Corey
denominaron hlice a (Fig. 4-4). En esta estructura el esque
leto polipeptdico se encuentra estrechamente enrollado abre
dedor de un eje imaginario dibujado longitudinaknente por el
centro de la hlice, y los grupos R de los residuos annocidos
sobresalen hacia fuera del esqueleto helicoidal. La unidad repe
titiva es el giro de hlice que ocupa alrededor de 5,4 A a lo largo
del eje longitudinal, ligeramente superior a la periodicidad ob
servada por Astbury en su anlisis por rayos X de la queratina
del cabello. Los residuos aminocidos de una hlice a prototpica adoptan la conformacin que corresponde a unos ngulos 4>
= -57 y j/r = -47, y cada giro de la hlice incluye 3,6 residuos
aminocidos. Los segmentos a-helicoidales de las protenas

118

Estructura tridimensional de ias protenas

Amino-terminal
Q Carbono
O Hidrgeno
Q Oxgeno
^Nitrgeno
^Grupo R

5,4 V
(3,6 residuos)

(a)

Carboxilo-terminal

(b)

(c)

(d )

FIGURA4-4 Modelos de hlice a en los que se muestran diferentes aspectos


de su estructura, (a) Modelo de bolas y varillas en el que se muestran los enla
ces de hidrgeno intracatenarios. La unidad repetitiva es una vuelta de hlice,
de 3,6 residuos, (b) La hlice a vista desde un extremo en la direccin del eje
longitudinal (obtenida a partir de PDB ID 4TNQ. Obsrvense las posiciones de
bs grupos R, representados por esferas prpura. Este modelo de bolas y varillas,
que resalta la disposicin helicoidal, da la falsa impresin de que la hlice est
hueca porque las bolas no representan los radios de van der Waals de los to-

mes individuales, (c) Con muestra el modelo de esferas de van der Waals, los
tomos en el centro de la hlice a estn en contacto muy cercano, (d) Proyec
cin de rueda helicoidal de una hlice a. En esta representacin se utilizan co
lores para identificar superficies con propiedades particulares. Los residuos
amarillos, por ejemplo, podran ser hidrofbicos y adecuarse a la posible inter
fase entre esta hlice y otra parte de! mismo o de otro polipptido. Los residuos
rojo y azul lustran el potencial de interaccin entre cadenas laterales cargadas
negativa y positivamente cuando estn separadas por dos residuos de la hlice.

suelen desviarse ligeramente de estos valores para los ngulos


diedros, que incluso varan ligeramente dentro de im rrsmo
segmento contiguo, generando pequeas curvaturas o dobleces
en el eje de la hlice. El giro de la hlice a es dextrgiro en todas
las protenas (Recuadro 4-1). Se demostr que la estructura
predonnante en a-queratinas es la hlice a. De modo ms ge
neral, en las protenas globulares se observa que aproxima
damente una cuarta parte de los residuos aminocidos se en

cuentra formando hlices a, aimque la proporcin exacta vara


mucho de una protena a otra.
Cul es la razn de que se forme la hlice a con ms facili
dad que otras conformaciones posibles? La respuesta es, en par
te, que la hlice a hace un uso ptimo de los puentes de
hidrgeno internos. La estructura se encuentra estabilizada por
un enlace de hidrgeno entre el tomo de hidrgeno unido al
tomo de nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico y el

RECUADRO 4--1

iB iin

Cmo distinguir dextrgiro de levgiro

Existe un mtodo sencillo para determinar el sentido de giro,


dextrgiro o levgiro, de una estructura helicoidal. Cierre los
puos dejando el pulgar estirado y dirigido hacia arriba. Obser
vando su mano derecha, imagine una hlice que se prolonga en
la direccin indicada por el pulgar y con su espiral girando en el
sentido en que se pliegan los otros cuatro dedos (el de las agu
jas del reloj). La hlice resultante es dextrgira. La repeticin
del proceso con la mano izquierda proporcionar la imagen de la
hlice levgira, que gira en direccin en el sentido contrario al
de las agujas del reloj si la hlice se prolonga en la direccin del
pulgar.

HUce
levgira

Hlice
dextrgira

4.2 Estructura secundaria de las protenas

tomo de oxgeno carbonlico electronegativo del cuarto amino


cido que se encuentra del lado amino-terminal con respecto al
mismo (Fig. 4-4a). Cada uno de los enlaces peptdicos de la h
lice a (excepto los que estn prximos a cada extremo de la h
lice) participa en esta trama de enlaces de hidrgeno. Cada
vuelta sucesiva de la hlice a se mantiene unida a las vueltas ad
yacentes mediante tres o cuatro enlaces de hidrgeno que pro
porcionan a la estructura global una estabilidad considerable.

119

Tendencia de los aminocidos a adoptar


ia conforniacifi en iiike a
Amino
cido

(kJ/mol)*

Amino
cido

AA(?*
(kJ^iol)*

Ala

Leu

0,79

Arg

0,3

Lys

0,63

Asn

Met

0,88

Asp

2.5

Phe

2,0

los residuos deben pertenecer a la misma serie de estereo

Cys

Pro

ismeros; un D-aminocido rompera una estructura regular

Gln

1,3

Ser

2.2

Glu

1.4

Thr

2.4

levgiras, pero las hlices a levgiras largas son tericamente

Gly

4,6

TVr

2,0

menos estables y no se han observado en protenas.

His

2.6

Trp

2.0

ne

1,4

Val

2,1

Experimentos posteriores con modelos moleculares han


demostrado que una hlice a se puede formar en polippti
dos tanto con l - como con o-aminocidos. Sin embargo, todos

constituida por L-aminocidos y viceversa.. En principio, los


L-aminocidos naturales pueden formar hlices a dextrgiras o

H EJEMPLO PRACTICO 4-1

Estructura secundaria
y dimensiones de una
protena

Cul es la longitud de un polipptido con 80 residuos amino


cidos en una hlice a nica y continua?
Solucin: Una hlice a ideal tiene 3,6 residuos por vuelta con
un desplazamiento a lo largo del eje helicoidal de 5,4 A. As
pues, el desplazamiento a lo largo del eje por cada residuo ami
nocido es de 1,5 A. Podemos deducir que la longitud del polippido es, por tanto, 80 residuos X 1,5 A/residuo = 120 A.

La secuencia de aminocidos afecta a la estabilidad


de la hlice a
No toaos los polipptidos pueden formar una hlice a estable.
Cada residuo aminocido de un polipptido tiene una tendencia
intrnseca a formai* hlice or (Tabla 4 - 1 ) , lo que refleja las
propiedades del grupo R y el modo en que stas afectan la ca
pacidad de los tomos de cadena principal colindantes para
adaptarse a los valores caractersticos de los ngulos
La
alanina es la que muestra la mayor tendencia a formar hlices a
en la mayora de modelos experimentales.
La posicin de un residuo aminocido con respecto a sus
vecinos es tambin importante. Las interacciones entre cade
nas laterales de aminocidos pueden estabilizar o desestabilizar
la estructura a helicoidal. Por ejemplo, si una cadena polipept
dica posee muchos residuos Glu consecutivos, este segmento
de la cadena no podr formar una hlice a pH 7,0. Los grupos
carboxlicos cargados negativamente de los residuos Glu adya
centes se repelen con una intensidad que impiden la formacin
de la hlice a. Por la misma razn, si muchos residuos Lys y/o
Arg, con grupos polares cargados positivamente a pH 7,0 estn
situados consecutivamente, se repelern e impedirn la forma
cin de la hlice a. El tamao y la forma de los residuos Asn,
Ser, Thr y Cys pueden desestabilizar la hlice a si se hallan muy
cercanos en la cadena.
El giro de la hlice a implica la existencia de interacciones
crticas entre la cadena lateral de un aminocido y la cadena

>4

Fumts: Losdatos (excepto Pro) estn extrados de Bryson, XW., Betz, S.F.. Ui, H.S., Suich, OJ.,
Zhou. HX. O'Neil. K.T. &DeGrado,W.F (1995) Proteindesign: a hiefarchic approach. Sdence
270.935. Los datos de proiina de Myefs. J.K.. Pace. C.N. &Scholtz. J.M. (1997) Hetix propensities
are identical in proteins and peptides. Biochemistry 36.10,926.
* AAG^ es la diferencia en ia variacin de energa Ktxe. relativa al valor de ia alanina. necesaria
para que el residuo aminocido ad<|uiera ia conformacinen hlice a. Los valores ms altos refle
jan una mayor dificultad para adoptaresta estructura. Los datos son el resumen de mltiples
experimentos en mltiples sistemas.

lateral que se encuentra tres (o a veces cuatro) aminocidos


separada de ella en cualquiera de las dos direcciones. Esto es
evidente observando la hlice a como una rueda helicoidal
(Fig. 4-4d). Los aminocidos cargados positivamente se en
cuentran a menudo a tres residuos de distancia de aminocidos
cargados negativamente, lo que permite la formacin de pares
ircos. A menudo se observa tambin un espaciamiento similar
en el caso de dos annocidos aromticos, lo que da lugar a una
interaccin hidrofbica.
Una de las restricciones a la formacin de la hlice a es la
presencia de residuos de Pro o Gly, que son los menos proclives
a formarla. En la prolina, el tomo de nitrgeno forma parte de
un anillo rgido (Fig. 4-7b), por lo que la rotacin alrededor del
enlace N C no es posible. As, un residuo Pro introduce una
curvatura desestabilizante en la hlice a. Adems, el tomo de
nitrgeno de un residuo de Pro en un enlace peptdico no con
tiene ningn tomo de hidrgeno que pueda formar enlaces de
hidrgeno con otros residuos. Por estas razones es rara la pre
sencia de prolina en las hlices a. La razn de que raramente se
encuentre glicina en las hlices a es diferente: tiene ms flexi
bilidad conformacional que los otros residuos aminocidos. Los
polmeros de glicina tienden a formar estructuras arrolladas to
talmente diferentes de las hlices cr.
Finalmente, otro factor que afecta a la estabilidad de una
hlice a es la identidad de los residuos aminocidos localizados
cerca de los extremos del fragmento a-helicoidal del polippti
do. En cada enlace peptdico existe un pequeo dipolo elctrico
(Fig 4-2a). Estos dipolos estn alineados a travs de los enlaces
de hidrgeno de la hlice, que resulta en un dipolo neto a lo lar
go del eje y que aumenta con la longitud de la hlice (Fig. 4-5).
Los cuatro residuos aminocidos de cada extremo de la hlice
no participan plenamente en la formacin de enlaces de hidr-

120

Estructura tridimensonai de ias protenas

cas en zig-zag pueden disponerse de manera adyacente for


mando una estructura que semeja una serie de pliegues. En es
ta disposicin, denominada lioja fiy se forman enlaces de
hidrgeno entre segmentos adyacentes de cadena polipeptdi
ca. Los segmentos individuales que forman una hoja /3son nor
malmente cercanos dentro de la cadena polipeptdica, pero
tambin pueden estar muy /3 distantes uno de otro en la se
cuencia lineal del polipptido; incluso pueden estar en cadenas

Amino-terminal

FIGURA4-5 Dipok) de la hlice. El dipoto elc


trico de un enlace peptdico (vase la Fig. 4<-2a)
se transmite a lo largo de un segmento en hlice
a a travs de enlaces de hidrgeno intracatena
rios, dando como resultado un dipolo global en
la hlice. En esta ilustracin los constituyentes
amino y carbonilo de cada enlace peptdico se
indican por smbolos + y - respectivamente.
Los grupos amino y carbonilo no enlazados por
enlace de hidrgeno y situados cerca de los ex
tremos de !a regln en hlice a se muestran en
rojo.

(a) Antiparalelas

Vista superior

Vista lateral
geno. Las cargas parciales positivas y negativas del dipolo de la
hlice residen en los grupos amino y carbonilo peptidicos sita
dos respectivamente cerca de los extremos amino-terminal y
carboxo-terminal de la hlice. Por esta razn a menudo se en
cuentran aminocidos cargados negativamente cerca del extre
mo amino-terminal del segmento helicoidal, donde ejercen una
interaccin estabilizadora con la carga positiva del dipolo de la
hlice; un aminocido cargado positivamente situado en el ex
tremo amino-terminal es desestabilizante. Lo contrario es tam
bin cierto para el extremo carboxilo-terminal del segmento
helicoidal.
En resumen, existen cinco tipos de restricciones diferentes
que afectan a la estabilidad de una hlice a: (1) la tendencia in
trnseca de cada residuo aminocido a formar una hlice a; (2)
las interacciones entre grupos R, en particular los que se en
cuentran a tres (o cuatro) residuos de distancia; (3) el volimien
de los grupos R adyacentes; (4) la presencia de residuos de Pro
y Gly, y (5) las interacciones entre residuos aminocidos en los
extremos del segmento hlicoidal y el dipolo elctrico inheren
te a la hlice a. Por consiguiente, la tendencia de un segmento
determinado de una cadena polipeptdica a plegarse en hlice a
depende de la identidad y de la secuencia de residuos amino
cidos en el segmento.

La conformacin /3 organiza las cadenas polipeptdicas


en forma de hoja
|j| Arquitectura de protenasHoja 0 n 1951, Paung y CJorey pre
dijeron un segundo tipo de estructura repetitiva, la conforma
cin p. sta es una conformacin ms extendida de las cadenas
polipeptdicas y su estructura se ha confirmado mediante anli
sis de rayos X. En la conformacin /3el esqueleto de la cadena
polipeptdica se encuentra extendido en zig-zag en lugar de
plegarse como una hce (Fig. 4-6). Las cadeiuis polipeptdi

(b) Paralelas
Vista superior

6,5 A

FIGURA4-6 Laconfonnadn^encadenaspolipeptklicas. En estas vistas su


perior y lateral pueden verse los grupos R dirigidos hacia el exterior de la hoja fi
y se enfatiza el pizm iento de la hoja descrito por los planos de los enlaces
peptidicos. (Un nombre alternativo para esta estructura es hoja p picada.) Tam
bin se muestran los enlaces por puente de hidrgeno entre cadenas adyacen
tes. La orientacin amino-terminal a carboxilo-terminal de las cadenas
adyacentes (flechas) puede ser la misma o la opuesta, formando (a) una hoja p
antiparalela o (b) una hoja fi paralela.

4.2 Estructura secundaria de tas protenas

polipeptdicas diferentes. Los grupos R de annocidos adya


centes sobresalen de la estructura en zig-zag en direcciones
opuestas, dando lugar a un patrn alternante tal como se obser
va en las vistas laterales de la Fig. 4-6.
cadenas polipeptdicas adyacentes de una hoja 0 pue
den ser paralelas o antiparalelas (con la misma orientacin amino-carboxo o la opuesta, respectivamente). Las estructuras
tienen cierta similitud, aunque el perodo de repeticin es ms
corto en la cor\formacin paralela (6,5 A, en comparacin con
los 7 A de la antiparalela) y los patrones de formacin de puen
tes de hidrgeno son diferentes. Las estructuras ideales corres
ponden a 0 = -119^ (^ = +113 (paralela) y <#>= -139^ ^ = +135^
(antiparalela); estos valores varan ligeramente en protenas rea
les, generando cierta variabidad estructural, como ya se ha vis
to para las hlices a.
Algunas estructuras proteicas limitan los tipos de amino
cidos que pueden encontrarse en las estructuras fi. Cuando
dos o ms hojas 3 se encuentran densamente empaquetadas en
una protena, los grupos R de los residuos aminocidos de las
superficies de contacto deben ser relativamente pequeos. Las
jS-queratinas tales como la brona de la seda y la fibrona de las
telas de araa tienen un conterdo muy elevado de residuos Gly
y Ala, los dos aminocidos que poseen los grupos R ms peque
os. De hecho, en la fibrona de la seda, Gly y Ala se alternan a lo
largo de grandes porciones de la secuencia.

Los giros fi son frecuentes en las protenas


Arquitectura de protenasGiros
En las protenas globulares,
con una estructura de plegamiento compacta, aproximadamente
un tercio de los residuos de aminocidos estn en giros o bucles
donde la cadena polipeptdica cambia de direccin (F ig . 4 -7 ).
stos son elementos de conexin que unen tramos sucesivos de
hlices a o conformaciones p. Los g iro s p que conectan los ex

121

tremos adyacentes de dos segmentos de hojas p antiparalelas


son especialmente frecuentes. Esta estructura forma un giro ce
rrado de 180en el que estn involucrados cuatro residuos arrnocidos, con el oxgeno del carborlo del primer residuo
aminoacdico formando un erace de hidrgeno con el hidrge
no del grupo amino del cuarto. Los grupos peptdicos de los dos
residuos centrales no participan en rngn erace de hidrgeno
mterresidual. A menudo se encuentran residuos de Gly y Pro
en los giros /3. En el caso de la glicina ello es debido a que es un
residuo pequeo y flexible, mientras que para Pro es la faci
lidad con que los enlaces peptdicos en los que participa el ni
trgeno imino de la prolina adoptan la configuracin cis
(Fig. 4-7b), particiarmente adecuada para la formacin de un
giro cerrado. De entre los diversos tipos de giro p, los dos que se
muestran en la Figura 4-7a son los ms comunes. Los giros P se
encuentran a menudo cerca de la superficie de las protenas,
donde los grupos peptdicos de los dos residuos aminocidos
centrales en el giro pueden formar eraces de hidrgeno con el
agua. Con menos frecuencia se encuentran los giros y, que
constan de tres residuos con un enlace de hidrgeno entre el
primero y el tercero.

Las estructuras secundarias comunes tienen ngulos


diedros caractersticos
La hlice a y la conformacin p son las estructuras secunda
rias repetitivas ms importantes en gran nmero de protenas,
aunque existen otras estructuras repetitivas en algunas pro
tenas especializadas (un ejemplo es el colgeno, vase la
Fig. 4-12). Todas las estructuras secundarias pueden descri
birse por completo mediante los ngulos diedros <l>yil/ asocia
dos con cada residuo. Como puede observarse en la representa
cin de Ramachandran, la hlice a y la conformacin p se
encuentran dentro de la gama, relativamente restringida, de

(a) Giros p

T ip o l

FIGURA 4-7 Estructura de los giros/3. (a) Los giros p del tipo I y tipo II son los
ms comunes; el giro de tipo I aparece con una frecuencia superior al doble que
el de tipo II. El tercer residuo que aparece en el giro p tipo II es habitualmente
una Gly. Obsrvese el enlace de hidrgeno entre los grupos peptdicos de los
residuos primenD y cuarto del giro. (Los residuos de aminocidos individuales
aparecen enmarcados por grandes crculos azules.) (b) Los isnneros trans y

Tipo II

(b) Ismeros de prolina

cis de un enlace peptdico con el nitrgeno imino de una prolina. Ms del


9 9 , 9 5 % de los enlaces peptdicos entre aminocidos que no sean la prolina se
encuentran en la configuracin trans. Sin embargo, aproximadamente un 6 %
de los enlaces peptdicos en los que interviene el nitrgeno imino de la prolina se encuentran en la configuracin cis, y muchos de stos se dan en los
giros

122

Estructura tridimensional de ias protenas

Hojas P
antpar^elas

Triple hlice
Hojas j8
^el colgeno torsionadas
paralelas

l*^ derecha
. . X
f-,

...^

^'i

Hlice a
levgira

[viv;

Hlice a
dextrgira

y l

-180
-180

(a)

FIGURA 4-8

+180

+180

4>(grados)
Representaciones de Ramachandran de diferentes estructuras,

(a) Superposicin de los valores de 0 y ^ de diversas estructuras secundarias


permitidas sobre la grfica de la figura 4-3. Aunque tericamente las hlices a
levgiras de varios residuos aminocidos son posibles, no se han observado to
dava en protenas, (b) Los valores de y de todos los residuos aminocidos

estructuras permitidas estricamente (Fig. 4-8a). La mayor


parte de los valores e<l> y ti/obtenidos de estructuras protei
cas conocidas se encuentran dentro de las regiones esperadas,
observndose altas concentraciones cerca de los valores co
rrespondientes a la hlice a y la conformacin p, tal como era
de esperar (Fig. 4-^b). El nico aminocido que se encuentra
a menudo en una conformacin que se haUa fuera de las regio-

Longitud de la onda (nm)

FIGURA4-9 Espectroscopia de dicrosmo circubr. Estos espectros muestran a


la polillsina completamente en fonna de hlice a, confonnacin p o conx) es
tructura desnaturalizada al azar. El eje yes una versin simplificada de las uni
dades utilizadas ms frecuentemente en los experimentos de CD. Puesto que la
curvas son diferentes para hlice a, conformacin p y estructura a) azar, el es
pectro de CD de una protena determinada proporciona una estimacin de la
fraccin de la protena que se encuentra en cada una de las dos estructuras se
cundarias ms comunes. El espectro de CD de la protena nativa puede servir
como referencia del estado plegado, lo que resulta til en el seguimiento de la
desnaturalizacin o de los cambios confonnnacionales inducidos por ias condi
ciones de la disolucin.

con excepcin de la glicina del enzima piruvato quinasa (que se ha aislado del
conejo) se superponen en la representacin terica de las conformaciones per
mitidas (vase la Figura 4-3). Se excluyeron los residuos de glicina pequeos y
flexibles, puesto que frecuentemente caen fuera de los intervalos esperados (zo
nas azules).

nes mencionadas es la glicina. Gracias al pequeo tamao de


su cadena lateral, un residuo de glicir\a puede adoptar muchas
conformaciones que estn estricamente prohibidas para
otros aminocidos.

Las estructuras secundarias comunes pueden evaluarse


mediante diaosmo circular
La asimetra estructural de las molculas da lugar a diferencias
en la absorcin de la luz polarizada en el plano a la derecha y
la luz polarizada en el plano a la izquierda. La tcnica que mide
esta diferencia se denomina espectroscopia de dicrosmo
circular (C D ). Una estructura ordenada, por ejemplo una pro
tena plegada, da lugar a un espectro de absorcin que puede
tener picos o regiones con valores positivos o negativos. Los es
pectros de protenas se obtienen en la regin del UV lejano (190
a 250 nm). En esta regin, la entidad que absorbe la luz, el cro
mforo, es el enlace peptdico; cuando el enlace peptdico se ha
lla en un entorno plegado se obtiene una seal. La diferencia de
los coecientes de extincin molar (vase el Recuadro 3-1) de
la luz polarizada en el plano a la derecha y a la izquierda ( Ae) se
representa en funcin de la longitud de onda. Las conformado
nes a y p tienen espectros de CD caractersticos (Fig. 4-9).
Mediante los espectros de CD, los bioqumicos pueden determi
nar si las protenas estn correctamente plegadas, calcular qu
racdn de protena se encuentra plegada en una u otra estruc
tura secundaria comn y seguir las transiciones entre los esta
dos plegado y desplegado.

RESUMEN 4.2 Estructura secundaria


de las protenas

La estructura secundaria es la disposidn espacial local de


los tomos de la cadena principal en un determinado seg
mento de la cadena polipeptdica.

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las protenas

Las estructuras secundarias regulares ms comunes son la


hlice ayla conformacin p y los giros fi.

m La estructura secundaria de un segmento polipeptdico


puede definirse completamente si se conocen los valo
res de los ngulos y de todos los aminocidos del
segmento.

La espectroscopia de dicrosmo circular es un mtodo til


para conocer la estructura secundaria y para seguir el ple
gamiento de protenas.

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria


de las protenas
0 Arquitectura de protenasIntroduccin a la estructura terciara

La disposicin tridimensional global de todos los tomos de una


protena se conoce como estructura terciaria. Mientras que
el trmino estructura secundaria se refiere al ordenamiento
espacial de residuos aminocidos adyacentes en la estructura
primaria de un polipptido, la estructura terciaria incluye as
pectos de largo alcance en la secuencia de aminocidos. Ami
nocidos que estn alejados en la secuencia polipeptdica y que
se encuentran en tipos de estmctura secundaria diferentes pue
den interaccionar dentro de la estructura totalmente plegada
de la protena. La localizacin de giros (incluidos los giros /3) en
la cadena polipeptdica y la direccin y el ngulo de estos giros
estn determinados por el nmero y la localizacin de amino
cidos especficos promotores de su formacin, tales como Pro,
Thr, Ser y Gly. Los segmentos que interaccionan dentro de la
cadena polipeptdica se mantienen en su posicin terciaria ca
racterstica gracias a diferentes tipos de interacciones enlazan
tes dbiles (y a veces mediante enlaces covalentes tales como
puentes disulfuro) entre los segmentos.
Algunas protenas estn constituidas por dos o ms cade
nas polipeptdicas o subunidades, que pueden ser idnticas o
diferentes. La disposicin de estas subunidades proteicas en
complejos tridimensionales es la estructura cuaternaria.
Al considerar estos niveles superiores de estructura, es de
utilidad clasificar las protenas en dos grupos principales: pro
tenas fibrosas, que presentan cadenas polipeptdicas dis
puestas en largas hebras u hojas, y protenas globulares con
las cadenas polipeptdicas plegadas en formas globulares o es
fricas. Los dos grupos son estructuralmente diferentes: las
protenas fibrosas constan mayoritariamente de un nico tipo
de estructura secundaria y su estructura terciaria es relativa
mente simple. Las protenas globulares contienen a menudo va
rios tipos de estructura secundaria. Estos dos grupos tambin
difieren en su funcin: las estructui*as que dan soporte, forma y

123

proteccin extenia a los vertebrados estn formadas por prote


nas fibrosas mientras que la mayora de enzimas y protenas re
guladoras son globulares.

Las protenas fibrosas estn adaptadas


a una funcin estructural
0

Arquitectura de protenasEstructura terciara de las protenas fi

brosas La of-queratina, el colgeno y la fibrona de la seda son

ejemplos claros de la relacin entre estructura proteica y fun


cin biolgica (Tabla 4-2). Estas protenas comparten propie
dades que confieren fuerza, flexibilidad, o las dos cosas, a las
estructuras en las que se encuentran. En cada caso, la unidad
estructural fundamental es la repeticin de un elemento simple
de estructura secundaria. Todas las protenas fibrosas son inso
lubles en agua, una propiedad debida a la elevada concentra
cin de residuos aminocidos hidrofbicos presentes tanto en el
interior de estas protenas como en su superficie. Estas superfi
cies hidrofbicas se encuentran sepultadas en gran parte en el
interior debido al empaquetamiento de muchas cadenas poli
peptdicas similares para formar elaborados complejos supra
moleculares. La simplicidad estructural subyacente en las
protenas fibrosas las hace especialmente tiles para ilustrar al
gunos de los principios fundamentales de la estructura de pro
tenas discutidos anteriormente.
a>Queratina Las a-quemtinas son protenas que han evo
lucionado para poder soportar esfuerzos mecnicos. Presentes
slo en los vertebrados, estas protenas constituyen la prctica
totalidad del peso seco de cabellos, lana, uas, garras, caones
de las plumas, cuernos, pezuas y gran parte de la capa externa
de la piel. Las or-queratinas pertenecen a una familia ms am
plia de protenas denominadas protenas de los filamentos in
termedios (IF). Otras protenas de esta familia estn localizadas
en el citoesqueleto de las clulas animales. Todas las protenas
IF tienen una funcin estructural y comparten las caractersti
cas estructurales ejemplificadas por las a-queratinas.
La hlice de la or-queratina es la misma hlice a dextrgi
ra que se observa tambin en muchas otras protenas. A piincipios de la dcada de 1950 Francis Crick y Linus Pauling
sugirieron independientemente que las hlices a de la queratina estaban dispuestas formando una superhlice (coiled co).
Dos hebras de a-queratina orientadas en paralelo (con los ex
tremos amino en el mismo lado) se enrollan una sobre otra for
mando un enrollamiento superhelicoidal. La resistencia de la
estructura est amplificada por el enrollamiento en superhlice,
de modo muy similar a como las cuerdas se enrollan para formar
una soga ms resistente (Fig. 4-10). La torsin del eje de una

Estnictura

Caractersticas

Eljemplos

Hlice a, entrecruzada
mediante enlaces disulfiiro

Estructuras protectoras insolubles y resistentes,


de dureza y flexibilidad variables

a-Queratina de cabello, plunws y uas

Conformacin

Filamentos suaves y flexibles

Fibrona de la seda

Triple hlice del colgeno

Gran fuerza tensil, sin capacidad de estiramiento

Colgeno de los tendones, matriz sea

124^

Estructura tridimensonai de las protenas

hlice a al formar la estructura superenroUada explica la dis


crepancia entre los 5,4 entre vueltas predicha para una hli
ce a por Pauling y Corey y los 5,15 a 5,2 A observados mediante
difraccin de rayos X en la estructura repetitiva del cabello
(p. 117). El enrollamiento superhelicoidal es levgiro, en senti
do opuesto al de la hlice a. La superficie donde las dos hlices
or entran en contacto est formada por residuos de aminocidos
hidrofbicos, y sus grupos R se engarzan entre ellos formando
un patrn de entrecruzamiento regular. Esto permite un empa
quetamiento compacto de las cadenas polipeptdicas en la su
perhlice levgira. No es sorprendente que la a-queratina sea
rica en los residuos hidrofbicos Ala, Val, Leu, lie, Met y Phe.
Hlice a de queratina
Superenrollamiento
de dos cadenas

20-30 A

Protoflamento

Protofibrilla

Un polipptido individual de a-queratina superenroUada


presenta una estructura terciaria relativamente simple, domi
nada por la estructura secundaria de la hlice a con su eje hecoidal adaptado a una superiilice levgira. El enroUamiento de
los dos popptidos en hce a es un ejemplo de estructura
cuaternaria. Los superenrroUamieritos de este tipo se presen
tan con frecuencia en los elementos estructurales de las prote
nas filamentosas y en la proterm muscular miosina (vase la
Fig. 5-27). La estructura cuaternaria de la cr-queratina puede
ser muy compleja. Muchas estructuras superenroUadas pueden
ensamblarse en grandes complejos supramoleculares del mis
mo modo en que la a-queratina forma los filamentos interme
dios del pelo (Fig. 4-lOb).
La resistencia de las protenas fibrosas se refuerza tambin
gracias a entrecruzamientos covalentes entre las cadenas poli
peptdicas que forman las cuerdas de hlices mltiples y entre
cadenas adyacentes de una superestructura molecular. En las
a-queratinas los entrecruzamientos que estabilizan la estructu
ra cuatemauria son enlaces disulfuro (Recuadro 4-2). En las
a-queratinas ms duras y resistentes, tales como las de los cuer
nos de rinoceronte, se observa que hasta un 18% de los residuos
son cistenas que forman puentes disulfuro.
Colgeno Al igual que las a-queratinas el colgeno ha evo
lucionado para proporcionar fuerza. Se encuentra en el tejido
conjuntivo de, por ejemplo, tendones, cartlagos, matriz orgni
ca de los huesos y crnea del ojo. La hUce del colgeno es una
estructura secundaria nica (<f> = -51, i/r = +153), bastante dis-

(a)

Clulas
Filamentos
intermedios
Protofibrilla
Protoflamento

Superenrollamiento
de dos cadenas
Hlice a

(b) Seccin transversal de un cabello

FIGURA4-10 Estnictura dei cabello, (a) la a-queratina del cabello es una h


lice a alargada que presenta elementos algo ms gruesos cerca de los extremos
amino y carboxilo. Las hlices se enrollan entre ellas por parejas en sentido le
vgiro, fomiando superenroUamientos de dos cadenas, fstas fomwn a su vez
unas estructuras de orden superior: los protofilamentos y las protofibrillas. Cer
ca de cuatro protoTibrllas, 32 hebras de a-queratina en total, se combinan para
formar un filamento intermedio. Las hlices superenrolladas de dos en dos ca
denas presentes en las diversas estructuras parecen estar tambin entrelazadas,
pero se desconoce el sentido de este enrollamiento superior as como otros de
talles estructurales, (b) Un cabello es una disposicin de muchos filamentos de
a-queratina, formados por subestructuras como las que se muestran en (a).

FIGURA4-11 Estructura del colgeno. (De PDB ID ICCD.) (a) La cadena a


del colgeno tiene una estmctura secundaria repetitiva que slo se encuentra en
esta protena. La secuenda repetith^ trpeptdica Cly-X-Pro o Cly-X -4-Hyp
adopta una estructura helicoidal levgira con tres residuos por vuelta. La se
cuencia repetitiva empleada para generar este modelo es Gly-Pro-4-Hyp.
(b) Modelo de esferas de la misma cadena a. (c) Tres de estas hlices (mostradas
aqu en gris, azul y violeta) se enrollan entre s de forma dextrgira. (d) La su
perhlice de tres cadenas dei colgeno vista desde un extremo, en una repre
sentacin de bolas y varillas. Los residuos de glicina se representan en rojo. La
glicina es necesaria en el lugar en que las tres cadenas entran en contacto a
causa de su pequeo tamao. En esta ilustracin las bolas no representan el
radio de van der Waals de los tomos individuales. El centro de la superhlice
de tres cadenas no est hueco como aqu aparece, sino que est firmemente
empaquetado.

4.3 Estructuras terciara y cuaternaria de las protenas

RECUADRO 4 -2

125

i La ondulacin permanente es un ejemplo de Ingeniera biogumica

Cuando se expone el cabello al calor hmedo, se puede estirar.


A nivel molecular, ias hlices a de la a-queratina del cabello se
estiran hasta que llegan a adoptar una conformacin total
mente extendida. Al enfriarse revierten espontneamente a la
confonnacin de hlice a. Esta caracterstica estirabilidad de
las or-queratinas y su elevado contenido en enlaces disulfuro
constituyen la base de la ondulacin permanente. El cabello a
ondular se arrolla primero de la manera deseada. A continua
cin se aplica en caliente una disolucin de agente reductor, por
lo general un compuesto que contiene un grupo tiol o suliidrilo (-SH). El agente reductor rompe los entrecruzamientos
mediante la reduccin de cada enlace disulftiro a dos residuos
Cys. El calor hmedo rompe los enlaces de hidrgeno y hace
que la estructura a-helicoidal de las cadenas polipeptdicas se
desenrolle. Transcurrido im cierto tiempo, se elimina la disolu
cin de agente reductor y se aade un agente oxidante que es
tabiliza los enlaces disulfuro nuevos formados entre parejas de
Cys de cadenas polipeptdicas adyacentes, y que no se corres
ponden ya con las anteriormente presentes. Al lavar y enfriar el
cabello, la cadena polipeptdica revierte a su conformacin en

tinta de la hlice a. Es levgira y tiene tres residuos amino


cidos por vuelta (Fig. 4-11). El colgeno tambin es una es
tructura superenrollada, pero con estructuras tercriaria y cua
ternaria especficas: tres cadenas polipeptdicas separadas,
denonnadas cadenas a (no deben confundirse con hlices a),
estn superenrolladas una alrededor de la otra (Fig. 4-1 le). En
el colgeno el enrollamiento superhelicoidal es dextrgiro, en
sentido opuesto a la hlice levgira de las cadenas a.
Existen muchos tipos de colgeno en vertebrados. Normal
mente contienen aproximadamente un 35% de Gly, un 11% de
Ala y un 21% de Pro y de 4-Hyp (4-hidroxiprolina, un amino
cido no estndar; vase la Fig. 3-8a). El producto alimenticio
gelatina deriva del colgeno; a pesar de que su naturaleza es
proteica, tiene poco valor alimenticio porque el colgeno carece
de cantidades sigrficativas de muchos aminocidos esenciales
en la dieta humana. El contenido de aminocidos no habituales
en el colgeno est relacionado con restricciones estructurales
caractersticas de la hlice del colgeno. La secuencia de ami
nocidos del colgeno corresponde generalmente a la repeti
cin de un tripptido del tipo Gly-X-Y donde X es a menudo
Pro e Y es a menudo 4-Hyp. Slo los residuos de Gly pueden
acomodarse en las estrechas uniones entre las cadenas a indivi
duales (Fig. 4-1 Id). Los residuos de Pro y de 4-Hyp permiten el
marcado giro de la hlice del colgeno. La secuencia de ami
nocidos y la estructura cuaternaria superhelicoidal del col
geno permiten un estrecho empaquetamiento de sus tres poli
pptidos. La 4-hidroxiprolina juega un papel especial en la es
tructura del colgeno y en la historia de la humanidad (Re
cuadro 4-3).
El estrecho empaquetamiento de las cadenas a en la triple
hlice del colgeno proporciona ms fuerza de tensin que un
cable de acero de idntica seccin. Las fibrillas de colgeno
(Fig. 4-12) son entramados supramoleculares constituidos
por una triple hlice de molculas de colgeno (denonnadas a

hlice a. As el cabello queda ondulado del modo deseado, pues


to que los nuevos enlaces disulfuro formados ejercern algn ti
po de torsin y giro sobre los haces de hlices a de las fibras dei
cabello. Puede aplicarse el mismo proceso para estirar un cabe
llo naturalmente ondulado. La ondulacin permanente (o su es
tiramiento) no es de hecho permanente ya que el cabello crece;
en el cabello nuevo que reemplaza al antiguo, la a-queratina
presenta el patrn natural de enlaces disulfuro.

reduccin;

-m m

Cabeza de las molculas


de colgeno

Estras
640 (64 nm)

Seccin de la
molcula de colgeno

FIGURA 4-12 Btructura de las fibrillas del colgeno. El colgeno (M^


300.000) es una molcula en forma de vara, de aproximadamente 3.000 A de
longitud y solamente 15 Ade grosor. Sus tres cadenas a enrolladas pueden tener
secuencias diferentes pero cada una de ellas tiene aproximadamente 1 . 0 0 0 re
siduos aminocidos. Las fibrillas de colgeno se forman a partir de molculas de
colgeno alineadas de manera escalonada y entrecruzadas para tener fuerza. El
alineamiento especfico y el grado de entrecruzamiento vara con el tejido y
origina las estras caractensticas en las micrografas electrnicas. En el ejemplo
aqu mostrado, el alineamiento de los grupos de cabeza de cada cuarta mol
cula produce estras distantes 640 A (64 nm) entre ellas.

126^

Estructura tridimensional de las protenas

RECUADRO 4 - 3

Razories poi ias que mririros^exporadores y estudiantes


;deben consumir frutas y verduras frescas

... con la mala fortuna de que, adents de la insalubridad del


pas en el que no cae nunca una gota de agua, furamos atacados por una enfermedad de campo que haca que la came de
nuestras extremidades se arrugara y que la piel de nuestras
piernas quedara cubierta de manchas negras de aspecto mo
hoso, como una bota vieja, que las encas de los enfermos que
daran en came viva; y ninguno escap de la enfermedad si no
era para caer en las garras de la muerte. La seal era sta:
cuando la nariz empezaba a sangrar, la muerte estaba pr
xima...
Memorias de Lord of Joinville, ca. ISOO
Este extracto describe la inquietante situacin del ejrcito de
Luis IX hacia el fin de la Sptima Cruzada (1248-1254), cuando
el ejrcito de los cruzados, debilitado por el escorbuto, fue des
truido por los egipcios. Cul era la naturaleza de la enfermedad
que afectaba a los soldados del siglo xm?
El escorbuto est causado por una deficiencia en vitami
na C o cido ascrbico (ascorbato). La vitamina C es necesaria
para, entre otras cosas, la hidroxilacin de prolinas y Usinas del
colgeno; el escorbuto es una enfermedad carencial caracteri
zada por la degeneracin general del tejido coi^untivo. Entre
las manifestaciones del escorbuto en estado avanzado se inclu
yen numerosas pequeas hemorragias debidas a la fragilidad de
los vasos sanguneos, prdida de dientes, cicatrizacin deficien
te de las heridas y reapertura de heridas antiguas, dolor y dege
neracin de huesos y, finalmente, paro cardaco. Tambin se
observa decainaito e hipersensibilidad a muchos tipos de est
mulos. Los casos ms leves de carencia de vitamina C se acompa\an de fatiga, irritabilidad y un aumento de la gravedad de las
infecciones del tracto respiratorio. Muchos animales son capa
ces de sintetizar grandes cantidades de vitamina C mediante la
conversin de glucosa en ascorbato a travs de cuatro reaccio
nes enzimticas. Pero los seres humanos y algunos otros anima
les como gorilas, cobayas y murcilagos han perdido el ltimo
enzima de la serie a lo largo de la evolucin y deben obtener su
ascorbato de la dieta. La vitamina C se encuentra en muchas
frutas y verduras. No obstante, y hasta el 1800, a menudo se
encontraba ausente de los alimentos desecados o de otro tipo
almacenados durante el invierno y durante viajes de larga dura
cin.
El escorbuto fue observado por los egipcios en el 1500 a.C.
y se encuentra descrito en los documentos de Hipcrates del si
glo v aC. A pesar de sus crticos efectos en las guerras medie
vales y de su aparicin repetida en los inviernos de los climas
nrdicos, su existencia no fue conocida popularmente hasta la
poca de las navegaciones de los descubridores europeos entre
1500 y 1800. La primera circunnavegacin del globo, comanda
da por Femando de Magallanes (1520) supuso la prdida del
80% de la tripulacin a causa del escorbuto. Vasco de Gama per
di a dos tercios de su tripulacin durante la primera explora
cin de las rutas comerciales de la India (1499). Durante el
segundo viaje de Jacques Cartier para explorar el ro tSan IjOrenzo (1535-1536), su expedicin estuvo amenazada de com

pleto desastre hasta que los nativos americanos les ensearon a


elaborar el t de cedro que curaba y prevena el escorbuto
(puesto que contena vitamina C). Los brotes de escorbuto invemales fueron desapareciendo paulatinamente en Europa a lo
largo del siglo xix al irse extendiendo el cultivo de la patata, in
troducida desde Sudamrica.
En 1747, James Lind, un mdico escocs de la Armada Bri
tnica, llev a cabo el primer estudio clnico controlado de la
historia. Durante un largo viaje en el buque de guerra de 50 ca
ones HMS Salisbury, Lind seleccion doce marineros que su
fran de escorbuto y los separ en
grupos de dos. Los doce recibieron la
misma dieta, con la excepcin de que
cada gmpo recibi un remedio distin
to para el escorbuto de entre los que
se hallaban entonces descritos. Aque
llos que recibieron limones y naranjas
se recuperaron y volvieron al trabajo.
Los que recibieron zumo de manzana
hervido mejoraron ligeramente, mien
tras que el resto continu su deterio james Lind 1716-1794;
ro. El Tratado sobre el escorbuto de mdico naval,
lind se public en 1753, pero la Arma 1739-1748
da Britnica sigui ignorando la enfermedad durante otros
40 aos. En 1795 el almirantazgo britnico orden proporcionar
una racin de zumo de lima o limn concentrado a todos los ma
rineros britnicos (y de ah su sobrenombre limeys)- El escor
buto continu siendo un problema en otras partes del mundo
hasta 1932, cuando el cientfico hngaro Albert Szent-Gyryi
junto con W.A. Waugh y C.G. King de la Universidad de Pittsburgh aislaron y sintetizaron el cido ascrbico.
El cido L-ascrbico, o vitamina C, es un polvo cristalino
blanco e inodoro. Es muy soluble en agua y relativamente inso
luble en disolventes orgnicos. En estado seco y protegido de la
luz es estable durante prolongados perodos de tiempo. La ra
cin diaria recomendada de vitamina C es de 60 mg en Estados
Unidos (Australia y el Reino Unido recomiendan de 30 a 40 mg;
Rusia recomienda 100 mg). Adems de los ctricos y casi todas
las j&iitas frescas, los pimientos, tomates, patatas y brcol son
buenas fuentes de vitamina C. La vitamina C de las fmtas y ver
duras se destmye con la coccin excesiva o un almacenamiento
muy prolongado.
Cul es la razn de que el ascorbato sea necesario para la
salud? Aqu nos interesa especficamente su papel en la forma
cin del colgeno. Como se ha comentado en el texto, el colge
no se constmye a partir de un tripptido repetido de Gly-X-Y,
donde X e Y son generalmente Pro o 4-Hyp, el derivado de la
prolina (4/?)-i>-hidroxiproiina, que juega un papel esencial en el
plegamiento del colgeno y en el mantenimiento de su estmc
tura. El anillo de prolina se encuentra normalmente como una
mezcla de dos conformaciones no planas denominadas C^-endo
y Cy-exo (Fig. 1). La estmctura de la hlice del colgeno exige
que los residuos Pro en las posiciones Y estn en la conforma
cin Cy-exo, y sta es la conformacin forzada por la hidroxi-

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las protenas ( j 2 7 j

FIGURA 1 Las conformaciones C^-endo de la prolina y C^-exo de ia 4-hidroxiprolina.

lacin en C-4 de la 4-hidroxiprolina. Sin embargo, la misma es


tructura exige que los residuos Pro en la posicin X estn en la
conformacin Cy-endo, y la introduccin de 4-Hyp en esta posi
cin podra desestabilizar la hlice. La incapacidad de hidroxilar
Pro en posicin Y en ausencia de vitamina C provoca la inesta
bilidad del colgeno y los problemas de tejido coryuntivo obser
vados en el escorbuto.
La hidroxilacin de residuos de Pro especficos en el pro
colgeno, el precursor del colgeno, necesita la accin del enzi
ma prolil 4-hidroxilasa. Este enzima (Mr 240.000) se encuentra
como un tetrmero 2/^2 todos los vertebrados. La actividad
hidroxilante de prolinas reside en la subunidad a. Cada subuni
dad a contiene un tomo de hierro no hemo (Fe^'^), y el enzima
pertenece a una clase de hidroxilasas que requieren a-cetoglu
tarato en su reaccin.

En la reaccin normal de la prolil 4-hidroxilasa (Fig. 2a),


una molcula de a-cetoglutarato y una de O2se unen al enzima.
El a-cetoglutarato se descarboxila oxidativamente formando
CO2 y succinato. El tomo de oxgeno restante se utiliza para
hidroxilar un residuo Pro especfico del procolgeno. En esta
reaccin no es necesario el ascorbato. Sin embargo, la prolil
4-hidroxilasa tambin cataliza una reaccin de descarboxilacin
oxidativa del a-cetoglutarato que no est acoplada a la hidroxi
lacin de prolina (Fig. 2b). Durante esta reaccin, el Fe^^ se
oxida, inactivando el enzima y hacindolo incapaz de hidroxilar
prolina. El ascorbato consumido en la reaccin es necesario pa
ra reducir el tomo de hierro, lo que permite la recuperacin de
la actividad cataltica.
El escorbuto sigue siendo un problema hoy en da. La en
fermedad se encuentra no slo en lugares remotos con proble
mas de nutricin, sino, sorprendentemente, tambin en los
campus universitarios americanos. Las nicas verduras consu
midas por algunos estudiantes son los de alguna espordica en
salada y pasan das sin que estos jvenes adultos consuman
fruta. Un estudio de 1998 entre 230 estudiantes de la Universi
dad del Estado de Arizona revel que el 10% sufra una carencia
seria de vitamina C, y 2 de ellos presentaban un nivel tan bajo
que probablemente padecan escorbuto. Tan slo la mitad de los
estudiantes del estudio consuman la cantidad diaria recomen
dada de vitamina C.
jTmense sus verduras y sus frutas frescas!

(a)
0=0

COOH
i
CHj

Ha

H C -C

o=c
OH

)c (

CHj + CH2

N
Residuo Pro

0>)

C=0
1
COOH
a-Cetoglutarato

+ O2 +

c= o
COOH
o-Cetoglutarato

c=o

+C0j

'
COOH
Succinato

HCOH

COOH

HC

OH

HjCOH

HCOH

CH2

Residuo 4-Hyp

HjCOH

COOH

CH,

N -C
H,

+ CH,

HO OH
Ascorbato

Fe*

CH*

.0 .
+ C O ,+ H C -^ V

CH2

COOH
Succinato

C -C

II II

O O
Deshidroascorbato

FIGURA 2 Reacciones catalizadas por la prolil 4-hidroxilasa. (a) La reaccin normal, acoplada a la hidroxilacin de
prolina, no requiere ascorbato. En rojo se muestra el destino de los dos tomos de oxgeno del O2 . (b) La reaccin de
sacoplada, en la que el cr-cetoglutarato se descarboxila oxidativarriente sin hidroxilacin de ia prolina. El ascorbato se
consume estequiomtricamente en esta reaccin al convertirse en deshidroascorbato.

128

Estructura tridimensional de las protenas

veces molculas de tropocolgeno) asociadas en ima variedad


de formas qae proporcionan diferentes grados de fuerza de ten
sin. Las cadenas a de las molculas de colgeno y las molcu
las de colgeno de las brillas estn entrecruzadas por enlaces
covalentes poco habituales en los que intervienen residuos de
lys, HyLys (5-hidroxilisina; vase la Fig. 3-8a) o His presentes
en algunas de las posiciones X o Y Estas urones dan lugar a re
siduos aminocidos no estndar tales como la deshidrohidroxilisinonorleucina. La rigidez y la fragilidad cada vez mayores del
tejido conjuntivo en las personas de mayor edad son el resulta
do de la acumulacin de entrecruzamientos covalentes en las fi
brillas de colgeno a medida que envejecemos.

/C=0

OH

o -\
Cadena Residuo de lisina menos
polipeptdica
el grupo ^-amino
(norleucina)

Residuo
HyLys

nesis imperfecta da como resultado la formacin anormal de los


huesos en bebs; el sndrome de Ehlers-Danlos produce debilidad
en las articulaciones. Ambas enfermedades pueden ser letales y
ambas son el resultado de la sustitucin de un residuo aminocido
con un grupo R grande Cys o Ser en lugar de una Gly en cada ca
dena a (un residuo Gly diferente en cada caso). Estas sustituciones
de un solo residuo tienen un efecto catastrfico sobre la fundn del
colgeno, pues destruyen la estructura repetitiva GlyXY que
confiere al colgeno su estructura hahcoidal nica La glidna, debi
do a su papel en la triple hlice del colgeno (Fig. 4-1 Id), no pue
de ser sustituida por ningn otro residuo aminacido sin un efecto
perjiKlicial en la estructura

Cadena
polipeptdica

Deshidrohidroxilisinonorleucina
Un mamfero tpico posee ms de 30 variedades estructu
rales diferentes de colgeno localizadas en diferentes teji
dos; cada una de ellas difiere ligeramente en secuencia y funcin.
Algunos defectos genticos humanos en la estructura del colgeno
ilustran la ntima relacin existente entre la secuencia de aminocidos y ia estructura tridimensional en esta protena La osteog-

Fibrona de la seda La fibroria, la protena de la seda, es


producida por los insectos y las araas. Sus cadenas polipeptdi
cas estn predominantemente en conformacin p. La fibrona es
rica en residuos de Ala y Gly, lo que permite un empaquetamien
to compacto de las hojas jS y una disposicin entrelazada de los
grupos R (Fig. 4-13). El uso exhaustivo de la capacidad de for
macin de enlaces de hidrgeno entre todas las uniones peptidcas de los polipptidos de cada hoja ^3 y la optimizacin de
las interacciones de van der Waals entre las hojas, estabilizan la
estructura global. La seda no se estira, ya que la conformacin p
ya est altamente extendida (Fig. 4-6). Sin embargo, la estruc
tura es flexible debido a que las hojas se mantienen unidas me
diante numerosas interacciones dbiles en lugar de por enlaces
covalentes como los puentes disulfuro de las a-queratinas.

Hoja P antiparalela
Cadenas
laterales
de Ala

Cadenas
laterales
de Gly

70 n m

FIGURA4-13 Estructura de la seda. Las f>ras de un tejido de seda o de una


telaraa estn constituidas por ia protena fibrona. (a) La fibrona consiste en
capas de hojas p antiparaleas ricas en residuos de Ala y Gly. Como se muestra
en esta representacin de bolas y varillas, las cadenas laterales pequeas estn
interdigitadas, permitiendo un empaquetamiento compacto en cada capa, (b)
En ia micrografa electrnica coloreada las hebras de fibrona (azul) salen de las
fsulas de una araa.

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las protenas | j 29

RECUADR04-4 | El banco de datos de estructura de protenas (Protein Data Bank,PPBY


El niimero de protenas de las que se conoce hoy da la estruc
tura tridimensional es del orden de decenas de miles y esta
cantidad se multiptca por dos o ms cada dos aos. Esta enorme
cantidad de informacin est revolucionando nuestro conoci
miento sobre la estructura de protenas, la relacin estructurafuncin y los caminos evolutivos por los que las protenas
adquirieron su estructura actual, deducibles a partir de las
relaciones dentro de familias estructurales que salen a la luz al
analizar y seleccionar la informacin de las bases de datos. Uno
de los recursos ms importantes a disposicin de los bioqumicos
es el Protein Data Bank (banco de datos de proterms, PDB;
WWW. rcsb.oi:g).
El PDB es un archivo de estructuras tridimensionales de
macromolculas biolgicas determinadas experimentalmente,
que contiene prcticamente todas las estructuras macromoleculares (protenas, RNA, DNA, etc.) elucidadas hasta la fecha. A
cada estructura se le asigna una etiqueta identificadora (un
identificador de cuatro letras denominado PDB ID). Estas eti

quetas se pueden ver en todos los pies de figura correspondien


tes a las ilustraciones de este libro en las que hay estructuras
derivadas del PDB, con el fin de que profesores y estudiantes
puedan explorarlas por su cuenta. Los archivos de datos del
PDB describen las coordenadas espaciales de todos los tomos
para los que se ha determinado su posicin (muchas de las es
tructuras catalogadas no son completas). Otros archivos adicio
nales proporcionan informacin acerca de los mtodos de
determinacin estructural y de la precisin, o resolucin, de la
estructura. Las coordenadas atmicas se pueden convertir en
una imagen de la macromolcula utilizando los programas de vi
sualizacin adecuados. Animamos a los estudiantes a acceder al
PDB y explorar las estructuras utilizando el software de visuali
zacin que ofrece la propia base de datos. Tambin es posible
extraer una copia de los archivos de estructuras para explorar
las en el propio ordenador mediante software libre como RasMol, Protein Explorer o FirstGlance in Jmol, disponibles en
www.umass.edu/microbio/rasmol.

En las protenas globulares la diversidad estructural


refleja la diversidad funcional

de las subestructuras proteicas y una categorizacin comparati


va. Este tipo de discusin slo es posible gracias a la gran canti
dad de informacin disponible en Internet a travs de bases de
datos de acceso pblico, en particular del Protein Data Bank
(Recuadro 4-4).

En las protenas globulares los diferentes segmentos de una


caderm polipeptdica (o de mltiples cadenas polipeptdicas)
se pliegan unos sobre otros, generando unas formas mucho
ms compactas que las que hemos visto en las protenas fibro
sas (Fig. 4-14). El plegamiento proporciona tambin la diver
sidad estructural necesaria para que las protenas puedan
llevar a trmino una amplia variedad de funciones biolgicas.
Entre las protenas globulares se incluyen enzimas, protenas
de transporte, protenas motoras, protenas reguladoras, in
munoglobulinas y protenas con muchas otras funciones.
Nuestra discusin acerca de las protenas globulares co
mienza con los principios extrados de las primeras estructuras
proteicas elucidadas. A sta le seguir una descripcin detallada
Conformacin fi
2.000 X 6

Hlice Of
900 X 11A

Forma globular nativa


100 X 60 A

FIGURA4-14 Las estructuras de las protenas globulares son compactas y va


riadas. La albmina srica humana (M^ 64.500) tiene 585 residuos en una sola
cadena. En esta figura se muestran las dimensiones aproximadas de esta cadena
polipeptdica sencilla, en el caso de que toda ella se hallara en ia conformacin
extendida g o en hlice a. Tambin se muestra el tamao real de la protena en
su fomia globular nativa, deducida a partir de cristalografa de rayos X; la cade
na polipeptdica debe encontrarse compactamente plegada para poder adoptar
estas dimensiones.

La mioglobina proporcion las primeras claves acerca


de la complejidad de las estructuras proteicas globulares
H Arquitectura de protenas -Estructura terciaria de protenas globulares pequeas, II. Mioglobina El primer avance decisivo en la com

prensin de la estructura tridimensional de las protenas globula


res se prodiyo gracias a los estudios de difraccin de rayos X
con la mioglobina, llevados a cabo por John Kendrew y colabora
dores en la dcada de 1960. La mioglobina es una protena da
dora de oxgeno relativamente pequea (Mr 16.700), que se en
cuentra en las clulas musculares. Su funcin es almacenar y fa
cilitar la difusin del oxgeno en el msculo en rpida contrac
cin. La mioglobina est formada por una nica cadena polipept
dica de 153 residuos aminocidos de secuencia conocida y por un
solo grupo ferroprotoporfirina o hemo. En la hemoglobina, la pro
tena fijadora de oxgeno de los eritrocitos, se encuentra un grupo
hemo idntico; es el responsable del color rojo amarronado oscu
ro de la mioglobina y de la hemoglobina. La noglobina es muy
abundante en los msculos de los mamferos buceadores tales co
mo ia ballena, la foca y la marsopa, cuyos msculos son tan ricos
en esta protena que tienen un color marrn. El almacenamiento
y distribucin de oxgeno por la mioglobina muscular les permite
permanecer sumergidos durante largos perodos de tiempo. La
actividad de la mioglobina y de otras molculas de globina se in
vestigan con ms detalle en el Captulo 5.
En la Figura 4-15 se muestran varias representaciones
estructurales de la mioglobina que ilustran la manera en que se
pliega la cadena polipeptdica en tres dimensiones, su estructu
ra terciaria. El grupo en rojo rodeado por la protena es el hemo.
El esqueleto polipeptdico de la molcula de mioglobina est

130

Estructura tridimensondi de las protenas

FIGURA 4-15

Estructura terciaria de la mioglobina de cachalote. (PDB ID


1MBO) La orientacin de la prolena es la misma en todas las figuras; el grupo
hemo se muestra en rojo. Adems de lustrar ia estructura de la mioglobina, esta
figura proporciona ejemplos sobre las diferentes maneras de representar la es
tructura de una protena. (a) El esqueleto polipeptdico se muestra en una repre
sentacin de cintas del tipo introducido por Jane Richardson, que destaca las
regiones de estructura secundaria. Las regiones en hlice or se observan con cla

ridad. (b) Imagen del contomo de la superficie de la protena; resulta til para vi
sualizar las bolsas donde pueden unirse otras molculas, (c) Rqxesentacin de
cintas que incluye las cadenas laterales (en azul) de los residuos hidrofbicos
Leu, lie. Val y Phe. (d) Modeb espacial con todas las cadenas laterales de los
aminocidos. Cada tomo est representado por una esfera que abarca su radio
de van der Waals. La mayor parte de los residuos hidrofbicos (tambin en azul)
no son visibles, debido a que estn sepultados en el interior de la protena.

formado por ocho segmentas relativamente rectos de hlice a,


conectados por giros, algunos de los cuales son giros /3. La hli
ce Of de mayor longitud tiene 23 residuos aminocidos y la ms
corta solamente 7; todas ellas son dextrgiras. En las regiones
helicoidales se encuentran ms del 70% de los aminocidos de
la molcula de mioglobina. El anlisis por rayos X revel la posi
cin precisa de cada uno de los grupos R, que ocupan prctica
mente todo el espacio contenido dentro de los lmites de la
cadena plegada.
A partir de la estructura de la mioglobina se extrsyeron mu
chas conclusiones importantes. La posicin de las cadenas late
rales de los aminocidos indica que la estructura debe gran
parte de su estabilidad a las interacciones hidrofbicas. La ma
yor parte de los grupos R hidrofbicos se hallan situados en el
interior de la molcula de mioglobina, lejos del contacto con el
agua. Todos los grupos R polares, excepto dos, se encuentran
en la superficie externa de la molcula, y todos ellos estn hi
dratados. La molcula de mioglobina es tan compacta que en su
interior solamente hay espacio para cuatro molculas de agua.
Este denso ncleo hidrofbico es tpico de las protenas globu
lares. La fraccin de espacio ocupada por los tomos en un l
quido orgnico oscila entre 0,4 y 0,6. En una proteina globular
este valor est alrededor de 0,75, comparable al de un cristal
(en un cristal tpico la fraccin est entre 0,70 y 0,78, cercana al
mximo terico). En un entorno tan estrechamente empaque
tado, las interacciones dbiles se refuerzan y potencian mutua
mente. Por ejemplo, las cadenas laterales apolares del ncleo
se encuentran tan cercanas que las interacciones de van der
Waals de corto alcance contribuyen significativamente a las in
teracciones hidrofbicas estabilizantes.
La deduccin de la estructura de la mioglobina confirm al
gunas expectativas y a la vez introdujo algunos nuevos elemen
tos de estructura secundaria. Como predijeron Pauling y Corey,
todos los enlaces peptdicos se hallan en la configuracin plana
trans. Las hlices a de la mioglobina proporcionaron la primera
prueba experimental directa de la existencia de este tipo de es
tructura secundaria. TVes de los cuatro residuos Pro de la mio
globina se encuentra en giros de la cadena. El cuarto residuo de
Pro se encuentra en urwi hlice ot donde origina la curvatura ne
cesaria para un empaquetamiento compacto de la hlice.

El grupo hemo plano est situado en una hendidura o bolsa


de la molcula de rroglobina. El tomo de hierro del centro del
grupo hemo tiene dos posiciones de enlace (de coordinacin)
perpendiculares al plano del hemo (Fig. 4-16). Una de estas
posiciones se une al grupo R de im residuo de His en la posicin
93; la otra posicin es el sitio donde se une una molcula de O2.
La accesibilidad del grupo hemo al disolvente est muy restrin
gida en el interior de esta bolsa. Este hecho es muy importante
para la funcin, puesto que los grupos hemo libres en una diso
lucin oxigenada se oxidan rpidamente, pasando de la fornia
ferrosa (Fe^"^), activa en la unin reversible de O2, a la forma f
rrica (Fe'*'), Que no es capaz de fijar O2.
Se ha determinado la estructura de muchas mioglobinas di
ferentes, lo que ha permitido observar los cambios estructurales

CH ,-C^

4
CH,

C -N

CH3
(a)

FIGURA4-16

/CH*
CHa
\ -C H 3

V
i.
L

7 '* ^

^ = C

CHa

Xj
N

.C-CH3

CH2

El grupo hemo. Este grupo est presente en la mioglobina, he


moglobina, citocromos y muchas otras protenas (las hemoprotenas). (a) El he
mo esl formado por un anillo orgnico complejo, la protoporfirina, a la que se
une un tomo de hierro en estado ferroso (Fe^'^). El tomo de hierro tiene seis
enlaces de coordinacin, cuatro en el plano de la molcula plana de porfirina y
unidos a ella, y dos perpendiculares a la misma, (b) En la mioglobina y en la he
moglobina, uno de los enlaces de coordinacin perpendiculares est unido a un
nitrgeno de un residuo de His. El otro se encuentra 'abierto' y sirve como sitio
de unin para una molcula de O2 .

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las protenas

producidos por la unin de oxgeno o de otras molculas y com>


prender, por primera vez, la correlacin entre estructura y fun
cin proteica. Desde entonces cientos de protenas han sido
sometidas a un anlisis similar. Hoy en da, tcnicas tales como
la espectroscopia de resonancia magntica nuclear (RMN) y
otras complementan los datos de difraccin de rayos X, propor
cionando ms informacin sobre la estructura de una protena
(Recuadro 4-5, p. 132). Adems, la secuenciacin del DNA ge
nmico de muchos organismos (Captulo 9) ha permitido iden
tificar miles de genes que codifican protenas de secuencia
conocida pero funcin todava desconocida; el trabajo en este
campo contina a ritmo acelerado.

Las protenas globulares tienen estructuras


terciarias diversas
Como consecuencia de la elucidacin de las estructuras terciarias de cientos de protenas globulares, es evidente que la mio
globina representa solamente una de las muchas posibilidades
de plegamiento de una cadena polipeptdica. En la Tabla 4-3 se
muestran las proporciones de las conformaciones ay 0 (en por
centaje de residuos en cada tipo de plegamiento) de varias pro
tenas pequeas, globulares y de caderui nica. Cada una de
estas protenas tiene ima estructura especfica y adaptada a su
funcin biolgica particular, pero todas ellas comprten propie
dades importantes con la mioglobina. Todas tienen un ple
gamiento compacto y en todas ellas las cadenas laterales hidro
fbicas estn orientadas hacia el interior (evitando el contacto
con el agua) y las cadenas laterales hidrofOicas se hallan en la
superficie. Las estructuras estn tambin estabilizadas por mul
titud de enlaces de hidrgeno y por algunas interacciones ini
cas.
Para el principiante, la complejidad de las estructuras ter
ciarias de protenas globulares, algunas mucho ms grandes que
la mioglobina, se aprecia y se describe mejor en base a los pa
trones estructurales comunes que aparecen una y otra vez en
protenas diferentes y a menudo no relacionadas. La estructura
tridimensional de una protena globular tpica se puede consi

TABLA 4-3 T

131

derar como un conjunto de segmentos polipeptdicos en con


formaciones de hlice a y hoja fi unidas por segmentos de co
nexin. La estructura se puede describir mediante la forma en
que se apilan estos segmentos as como por la disposicin de los
segmentos que los conectan.
Para comprender una estructura tridimensional completa
necesitamos analizar sus patrones de plegamiento. Empezare
mos por definir dos trminos importantes que describen los pa
trones o elementos estructurales de una cadena polipeptdica
para continuar con las reglas de plegamiento.
El primero de estos trminos es motvo, tambin llamado
estnictnra supersecundaria o simplemente plegamiento.
Un motivo es simplemente un patrn de plegamiento reconoci
ble que incluye dos o ms elementos de estructura secundaria y
las conexiones entre ellos. A pesar de que en la literatura existe
cierta confusin acerca de la aplicacin de estos tres trminos,
generalmente se usan de manera indistinta. Un motivo puede
ser muy simple, como en el caso de dos elementos de estructu
ra secundaria plegados uno sobre el otro, y representar slo una
pequea parte de la protena. Un ejemplo es el lazo p-a-fi
(Fig. 4-17a). Tambin puede tratarse de una estructura muy
elaborada que incluya un buen nmero de segmentos de la pro
tena que se pliegan coi\juntamente, como en el barril /3 (Fig.
4-17b). En algunos casos, un nico motivo grande puede incluir
toda la protena. El trmino abarca cualquier patrn de plega
miento favorable y resulta til para describir dichos patrones. El
segmento definido como motivo puede ser estable de forma in
dependiente o no. Ya hemos visto un motivo bien estudiado, la
superhlice (coiled coil) de la a-queratina, que tambin se en
cuentra en otras protenas. Obsrvese que un motivo no es un
elemento estructural jerrquico ubicado entre las estructuras
secundaria y terciaria. Es un patrn de plegamiento que descri
be una pequea parte de una protena o una cadena polipept
dica entera. Por esta razn, el trmino sinnimo estructura
supersecundaria genera confusin a veces al sugerir el con
cepto de jerarqua
El segundo trmino utilizado para describir patrones es
tructurales es dominio. Un dominio es, segn la definicin de

Pnqiordonesaproximadas de
fKicea y cfmfonnadii
protenasmohocadena
Residuos (%)

Protema (residuos totales)

Hlice a Conformacin fi

Quimotripsina (247)

14

45

Ribonucleasa (124)

26

35

Carboxipeptidasa (307)

38

17

Citocromo c (104)

39

Lisozima (129)

40

12

Mioglobina (153)

78

0
(b)

Fuente: Datos extrados de Cantor, C.R. &Schimmei. RR. (1980) Biophysicsl Chemistry,
Part I: The Conformation o(Biological Macromolecules, p. 100, W. H. Freeman and Comparry, NewYotk
*Las partes de las cadenas polipeptdicas no plegadas en hlice a o conformacinjS consisten
en giros y fragfnentos extendidos oplegados inegulannente. Los segmentos en hlice a oconfor
macin$ a veces se desvan ligeramentede sus dimensiones y geometra nonnales.

FIGURA4-17 Motivos, (a) Un nrK)tivo simple, el lazo

Barril fi

(b) Un motivo
ms elaborado, el barril p. Este barril /3 es un nico dominio de la a-henrwlisina (una toxina que mata las clulas al crear un agujero en su membrana) de la
bacteria Staphylococcus aureus (del PDB ID 7AHL).

132

Estructura tridimensionai de ias protenas

RECUADRO 4 - f ^

Mtodos para determinar la estructura tridimensional


de una protema

Difiraccin de rayos X
Ei espaciado entre tomos de una red cristalina puede determi
narse midiendo la localizacin y la intensidad de las manchas
producidas en una pelcula fotogrfica por un haz de rayos X de
longitud de onda conocida despus de ser difractado por los
electrones de los tomos. Por ejemplo, el anlisis por rayos X
de cristales de NaCl demuestra que los iones Na^ y Cl estn
distribuidos en una red cbica sencilla. Los mtodos de difrac
cin de rayos X tambin permiten estudiar el espaciado de dife
rentes tipos de tomos en molculas orgnicas complejas,
incluso tan grandes como las proterm. Sin embargo, la tcnica
para analizar cristales de molculas complejas es mucho ms di
fcil que para la sal Cuando el patrn repetitivo del cristal es
una molcula tan grande como, por ejemplo, una protena, el
gran nmero de tomas de la molcula da lugar a millares de se
ales de difraccin que deben analizarse por ordenador.
Consideremos el modo en que se generan las imgenes en
un microscopio ptico. La luz emitida desde una fuente pun
tual se enfoca sobre un objeto. Las ondas lunnosas son dis
persadas por el objeto y recombinadas por una serie de lentes
que generan una imagen aumentada del objeto. El tamao me
nor de un objeto cuya estructura puede determinarse median
te este sistema (el poder resolutivo del microscopio) viene
determinado por la longitud de onda de la luz, en este caso luz
visible con longitudes de onda comprendidas entre 400 y 700 nm.
Los objetos menores que la mitad de la longitud de onda de la luz
incidente no pueden ser resueltos. Para resolver objetos tan
pequeos como las protenas, son necesarios los rayos X, cuyas
longitudes de onda se encuentran en el intervalo de 0,7 a 1,5 A
(0,07 a 0,15 nm). No existen, sin embargo, lentes que puedan
recombinar los rayos X para formar una imagen; en su lugar el
patrn de difiraccin de los rayos X se recoge directamente y a
continuacin se convierte en una imagen mediante tcnicas
matemticas.
La cantidad de informacin obtenida mediante cristalogra
fa de rayos X depende del grado de orden estructural de la
muestra. A partir de los primeros estudios de los patrones de

difraccin de protenas fibrosas que presentan una ordenacin


regular en cabellos y lana se obtuvieron algunos parmetros es
tructurales importantes. Sin embargo, los haces ordenada
mente formados por protenas fibrosas no son cristales, las mo
lculas se disponen una al lado de otra pero no todas estn
orientadas en la misma direccin. La obtencin de informacin
estructural tridimensional ms detallada hace necesario partir
de cristales de protena altamente ordenados. No se conocen
an las estructuras de muchas protenas importantes, simple
mente por la dificultad en cristalizarlas. Los que trabajan en ello
han comparado la dificultad de obtener cristales de protena
con la de conseguir mantener pelotas del juego de bolos uni
das con cinta adhesiva.
Operativamente, se pueden distinguir diferentes etapas en
el anlisis estructural por rayos X (Fig. 1). Una vez se ha obte
nido un cristal, se coloca en un haz de rayos X entre la fuente
de rayos X y el detector y se genera un modelo regular de sea
les de difiraccin denominadas reflexiones. Las seales o pimtos
se generan por el haz de rayos X difiractado, y cada uno de los
tomos de la molcula contribuye en cada uno de los puntos. El
patrn de d3firacd<^ global de puntos da lugar a la construccin
de un mapa de densidad electrnica de la protena mediante
una herramienta matemtica llamada transformada de Fourier.
A efectos prcticos es como si el ordenador actuara como una
lente informtica. A continuacin se construye un modelo de
la estructura coitistente con el mapa de densidad electrnica.
John Kendrew observ que el patrn de difiraccin de ra
yos X de la mioglobina cristalina (aislada de msculo de cacha
lote) es muy complejo, con unas 25.000 reflexiones. El estudio
de stas por ordenador se hizo en varias etapas. En cada una de
ellas se mejor la resolucin, hasta que en 1959 pudieron deter
minarse las posiciones de casi todos los tomos (excluidos los
de hidrgeno). La secuencia de aminocidos obtenida por an
lisis qumico coincida con el modelo molecular. Desde entonces
se han determinado las estructuras de miles de protenas, mu
chas de ellas mucho ms complejas que la mioglobina, con una
resolucin similar.

4.3 Estructuras terciaria y cuaternaria de ias protenas

133

FIGURA 1 Etapas en la determinacin de la estmctura de la mioglobina de


cachalote mediante cristalografa de rayos X. (a) Se generan patrones de difrac
cin de rayos X a partir de un cristal de protena, (b) Los datos extrados de los
patrones de difraccin se utilizan para calcular el mapa tridimensional de den
sidad electrnica de la protena. Se muestra la densidad electrnica de slo una
parte de la estructura, el hemo. (c) Las reglones con mayor densidad electrni
ca indican la localizacin de ncleos atmicos, y esta nfomiacln se utiliza
para recomponer la estructura final. Aqu se nxxiel la estructura del grupo he
mo en el mapa de densidad electnSnica. (d) La estructura completa de la mio
globina de cachalote, incluyendo el hemo (PDB ID 2MBW).

(d)
El entorno fsico en el interior del cristal no es idntico al
de una solucin o de una clula viva. Un cristal impone un espa
cio y un tiempo promedio en la estructura deducida de su anli
sis, y los estudios de difraccin de rayos X aportan escasa
informacin acerca de los movimientos moleculares en el inte
rior de la protena. La conformacin de las protenas en un cris
tal podra, en principio, verse tambin afectada por factores no
fisiolgicos tales como contactos protena-protena accidenta
les en el interior del cristal. Sin embargo, cuando se comparan
las estructuras derivadas de los anlisis cristalogrficos con la
irtformacin estructural obtenida con otros medios (como la
RMN, que se describe a continuacin), las estructuras derivadas
del cristal casi siempre representan una conformacin funcional
de la protena. La cristalografa de rayos X puede aplicarse de
forma satisfactoria a protenas demasiado grandes para ser ana
lizadas estructuralmente por RMN.
Resonancia magntica nuclear
Una de las ventajas de los estudios de resonancia magntica nu
clear (RMN) es que se realizan con las macromolculas en solu
cin, mientras que la cristalografa de rayos X est limitada a
molculas que pueden ser cristalizadas. La RMN incluso puede
penetrar en la parte dinmica de la estructura de las protenas,
lo que incluye los cambios conformacionales, el plegamiento de
la protena y las interacciones con otras molculas.
La RMN es una manifestacin del momento angular de spin
nuclear, una propiedad mecnico-cuntica del ncleo atmico.
Slo ciertos tomos poseen el tipo de spin nuclear que origina la
seal de RMN, entre los que se incluyen H, C, N, F y
31
P, que poseen el tipo de spin nuclear que da lugar a la seal de
RMN. El spin nuclear genera un dipolo magntico. Cuando a
una disolucin que contiene un solo tipo de macromolcula se le
aplica un campo magntico intenso y esttico, los dipolos mag
nticos se alinean en el campo en una de dos orientaciones, pa
ralela (energa baja) o antiparalela (energa alta). Se aplica un
pulso breve (-10 /s) de energa electromagntica de una fre
cuencia adecuada (frecuencia de resonancia, dentro de la zona

de radioft^uencia) y en ngulo recto con los ncleos alineados


en el campo magntico. Parte de la energa es absorbida debido
al paso del ncleo al estado de energa elevada y el espectro de
absorcin resultante contiene informacin acerca de la identi
dad del ncleo y de su entorno qumico inmediato. Para generar
un espectro de RMN como el que muestra la Figura 2, se re
cogen los datos de muchos experimentos llevados a cabo so
bre una muestra y se promedian, aumentando as la relacin
seal-ruido.
El
es especialmente importante en los experimentos de
RMN debido a su elevada sensibilidad y abundancia natural. El
espectro de RMN puede llegar a ser muy complicado en el ca
so de las macromolculas. Incluso una protena pequea tiene
cientos de tomos ^H, dando lugar a un espectro de RMN monodimensional demasiado complejo para analizar. El anlisis estruc
tural de protenas fue posible con la llegada de las tcnicas de
RMN bidimensional (Fig. 3). Estos mtodos permiten medir los
acoplamientos dependientes de la distancia y a travs del espacio
de los spines nucleares en tomos cercanos (el efecto nuclear
Cverhauser (NOE), un mtodo apodado NOESY) o el acopla
miento de spines nucleares de tomos conectados por enlaces
covalentes (espectroscopia de correlacin total, o TOCSY).
La traduccin de un espectro bidimensional de RMN en
una estructura tridimensional completa puede ser un proceso
(SxyrUina en la pgirui siguiere)

Desplazamiento qumico del

(ppm)

FIGURA2 Espectro nranodlmensional de RMN de una globina de un poliqueto marino. Esta protena y la mioglobina de cachalote son anlogos estructura
les muy cercanos, pertenecientes a ia misma familia estructural de protenas y
comparten la funcin de transporte de oxgeno.

134

Estructura tridimensondi de las protenas

RECUADRO 4 - 5

Mtodos para determinar la estructura tridimensonai


de una protena (continuacin de la pgina anterior)

m w ]

laborioso. Las seales de NOE aportan cierta informacin sobre


las distancias entre tomos individuales, pero para que estas
restricciones en las distancias puedan ser tiles, se han de identicar los tomos que originan estas seales. Los experimentos
complementarios de TOCSY pueden ayudar a identificar qu se
ales NOE corresponden a tomos que estn unidos por enlaces
covalentes. Ciertos patrones de seales NOE se han asociado
con estructuras secundarias tales como la hlice a. Con la mo
derna ingeniera gentica (Captulo 9) se pueden producir pro
tenas que contengan los istopos raros C o N. Las nuevas
seales de RMN producidas por estos tomos y el acoplamiento
con las seales de
producidas por estas sustituciones son de
ayuda en la asignacin de las seales individuales de
NOE.
Este proceso tambin est favorecido por el conocinento de la
secuencia de aminocidos del polipptido.
Para generar una estructura tridimensional, se introducen
las restricciones de distancia en un ordenador junto con restric
ciones geomtricas conocidas, como por ejemplo la quiralidad,

10,0

(a )

8,0

6,0

4,0

2,0

Desplazamiento qumico del

0,0

-2,0

(ppm)

los racos de van der Waals y las distancias y ngulos de unin.


El ordenador genera una familia de estructuras estrechamente
relacionadas que representan una gama de conformaciones con
sistente con las restricciones de distancia de los NOE (Fig. 3c).
La incertidumbre en las estructuras generadas por RMN es en
parte un reflejo de las vibraciones moleculares (la respiracin)
de la estructura de la protena en disolucin, que se discutir con
ms detalle en el Captulo 5. La incertidumbre experimental nor
mal tambin juega su papel.
Las estructuras proteicas determinadas tanto por cristalogra
fa de rayos X como por RMN presentan por lo general una buena
correlacin- En algunos casos, las localizaciones precisas de de
terminadas cadenas laterales de aminocidos en el exterior de la
protena son diferentes, a menudo a causa de efectos relacionados
con el empaquetamiento de molculas de protena adyacentes en
el cristal. Las dos tcnicas juntas son las responsables de un rpi
do incremento en la disponibilidad de informacin estructural so
bre las macromolculas de las clulas vivas.

FIGURA3 Uso de la RMN bidimensional para generar una estructura tridimen


sional de una globina, la misma protena que se utiliz para generar los datos de
la Figura 2. En el espectro bidimensional de RMN ia diagonal es equivalente a
un espectro monodimensional. Los picos fuera de la diagonal son seales NOE
generadas por interacciones de corto alcance de tomos
que pueden gene
rar seales muy distantes en un espectro monodimensional. En (a) se identifican
dos de estas interacciones y sus identidades se muestran en (b) con lneas azu
les (PDB ID 1VRF). Se han dibujado tres lneas para describir la interaccin 2
entre un grupo metilo en la protena y un hidrgeno en el hemo. El grupo meti
lo gira rpidamente de forma que cada uno de sus tres hidrgenos contribuye de
forma equivalente a la interaccin y a la seal de RMN. Este tipo de informacin
se utiliza para determinar la estmctura tridimensional completa (PDB ID 1VRE),
que se muestra en (c). l.as,mltipls lneas con que se presenta el esqueleto de
la protena en (c) representan una familia de estructuras consistentes con las
restricciones de distancia en los datos de RMN. Es evidente la similitud estruc
tural con la mioglobina (Fig. 1). En ambas figuras las protenas estn orientadas
en la misma direccin.

4.3 Estructuras terciara y cuaternaria de las protenas

las hojas P como en el camino que siguen las conexiones


entre ellas. Por ejemplo, dos hebras j3 paralelas deben
conectarse mediante una hebra que cruce por encima
(Fig. 4-19b). En principio, este cruzamiento por encima
puede tener una conformacin levgira o dextrgira, pero
en las protenas casi siempre es dextrgira. Las conexio
nes dextrgiras tienden a ser ms cortas que las cone
xiones levgiras y tienden a emplear ngulos de giro me
nores, que son ms fciles de fonnar. La torsin de las ho
jas j8 tambin conduce a una torsin caracterstica de la
estructura formada cuando estn juntos muchos segmen
tos, como en el caso del barril p (Fig. 4-17b) y la hoja j8
torsionada (Fig. 4-19c), que constituyen el ncleo de mu
chas estructuras mayores.

FIGURA4-18 Dominios estructurales en el polipptido troponina C. (PDB ID


4TNQ Esta protena de fijacin de calcio asociada con el msculo presenta dos
dominios de fijacin de caldo separados, indicados en azul y prpura.

Jane Richardson en 1981, una parte de una cadena polipeptdica


que es estable de manera independiente y que puede moverse
como una entidad nica con respecto al resto de la protena. Los
polipptidos con ms de unos pocos centenares de aminocidos
suelen plegarse formando dos o ms dominios, a veces con fun
ciones diferentes. En muchos casos un dominio de una protena
grande mantendr su estructura tridimensional correcta incluso
cuando se separa (por rotura proteoltica, por ejemplo) del resto
de la cadena polipeptdica. En una protena con mltiples domi
nios, cada uno de ellos puede aparecer como un lbulo globular
distinto (F ig. 4-18); sin embaigo, es ms habitual que los nu
merosos contactos entre dominios hagan difcil discernir los do
minios individuales. A menudo los diferentes dominios tienen
funciones distintas, tales como la unin a pequeas molculas o
la interaccin con otras protenas. Normalmente las protenas
pequeas tienen un solo dominio (el dominio es la protena).
El plegamiento de los polipptidos e