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Nombre: Garca Cruzatti Ariana Ivette

Curso: 4to C
Fecha: 22 de Agosto del 2016
Docente: Ing. Manuel Fiallos

CLASIFICACIN DE ESPECIES ABSORBENTE CON ENLACES , Y n


Trminos y smbolos de los parmetros ms importantes utilizados en la
espectroscopia electrnica.

Parmetros

Potencia radiante, P, P0

Definicin
Energa (en joules) de la
radiacin incidente en el
2
detector, por m y por s.

log

Absorbancia, A

log

Transmitancia, T
Longitud de la
trayectoria de la
radiacin en cm, b
Absortividad, a

A
bc
A

Absortividad molarc,

bc

P0
P
P0

Trmino
s
alternativ
os
Intensidad
de
radiacin, I,
Densidad ptica,
D; extincin, E
Transmisin, T

-1

; c en g.L , b en cm
-1

; c en mol.L , b en cm

l,
d
Coeficiente
de
extincin, k
Coeficiente
de extincin
molar

P0

Disolucin conteniendo
molculas absorbentes de
la radiacin UV/V.

Clula espectrofotomtrica
de cuarzo.

Atenuacin de un haz de radiacin por una solucin absorbente.

II.3.2.1. Fundamentos de la espectroscopia electrnica.


Una descripcin rigurosa de la espectroscopia de absorcin U/V de los estados
electrnicos requiere el uso de conceptos mecanocunticos tales como la especificacin de las
molculas mediante funciones de onda y el uso del momento dipolar de transicin que
determina la probabilidad de transicin entre estados electrnicos. No obstante para los
propsitos de este curso vamos a optar por una descripcin menos terica, con un enfoque mas
aplicado, en definitiva ms prximo al usuario no especialista.
El primer aspecto a tener en cuenta es el de la comparacin del tiempo caracterstico de
una transicin electrnica con el tiempo caracterstico de una vibracin molecular. El principio
de Franck-Condon establece que una transicin electrnica ocurre tan rpidamente que
durante dicha transicin los ncleos son estticos. Puesto que las vibraciones moleculares
implican cambios en las distancias internucleares, y stos no pueden ocurrir en la escala de
tiempo de las transiciones electrnicas, se infiere que las transiciones electrnicas no se
mezclan o estn acompaadas de transiciones vibracionales.
Hay que considerar tres tipos de transiciones electrnicas y clasificar las especies
absorbentes en base a ellas. Las tres transiciones consideradas implican I: electrones , y n,
II: electrones d y f y III: electrones de transferencia de carga. De estos tres tipos de transiciones
el tipo I es el ms relevante desde un punto de vista biolgico.

II.3.2.3.I: Transiciones electrnicas que implican electrones , y n


Los orbitales moleculares asociados a los enlaces sencillos se designan como orbitales
sigma, , y los electrones correspondientes son los electrones . Tal como se muestra en la
Figura II.3.2.2.a, la distribucin de densidad de carga de un orbital sigma es rotacionalmente
simtrica alrededor del eje del enlace. Aqu, la densidad de carga negativa promedio que surge
de la localizacin de los dos electrones del enlace alrededor de los dos nucleos positivos se
indica por la intensidad del sombreado.
El doble enlace en una molcula orgnica contiene dos tipos de orbitales moleculares;
un orbital sigma () correspondiente a un par de electrones enlazantes y un orbital molecular
pi, , asociado al otro par. Los orbitales pi se forman por la superposicin paralela de orbitales
atmicos p. Su distribucin de carga se caracteriza por un plano nodal (una regin de baja
densidad de carga) a lo largo del eje del enlace y una densidad mxima en las regiones por
encima y por debajo del plano (ver Figura II.3.2.1.b).
Adems de los orbitales moleculares enlazantes citados existen los orbitales sigma y pi
antienlazantes, que se designan por * y *. En las Figuras II.3.2.2.c y II.3.2.2.d, se muestran
las distribuciones de densidad de carga para * y *.

Muchos compuestos orgnicos contienen electrones no enlazantes. Estos electrones que


no participan en enlaces se designan por el smbolo n.

Figura II.3.2.2. Densidad electrnica de los orbitales , , * y *.


Tal como se muestra en la Figura II.3.2.3., las energas de los diferentes tipos de
orbitales moleculares difieren significativamente. Generalmente, el nivel de energa de un
electrn no enlazante est entre los de los orbitales enlazantes y antienlazantes y . Son
posibles cuatro tipos de transiciones: *, n *, n * y *.
Transiciones *. En estas transiciones, un electrn de una molcula en un orbital
enlazante es excitado al correspondiente orbital antienlazante * por absorcin de radiacin.
Respecto a otras posibles transiciones, la energa necesaria para provocar una transicin
* es grande y corresponde a radiaciones de frecuencias en la regin del ultravioleta de vaco.
El mximo de absorcin debido a transiciones * nunca se observa en la regin del
ultravioleta accesible ordinario; por esta razn, no se tratar este tipo de absorcin.
Transiciones n *. Los compuestos saturados que contienen tomos con pares de
electrones no enlazantes son capaces de dar transiciones n *. En general, estas transiciones
requieren menos energa que las del tipo * y pueden producirse por radiacin de la
regin entre 150 y 250 nm, apareciendo la mayora de los picos de absorcin por debajo de 200
nm. La energa de tales transiciones dependen en primer lugar del tipo de enlace atmico y en
menor extensin de la estructura de la molcula. Las absortividades molares (concepto que
explicaremos en breve) asociadas con este tipo de absorcin son de baja a intermedia magnitud
-1
-1
y el intervalo usual es entre 100 y 3000 L cm mol .
Los mximos de absorcin para estas transiciones tienden a desplazarse hacia
longitudes de onda ms cortas en presencia de disolventes polares como el agua y el etanol. El
nmero de grupos funcionales orgnicos con picos n * en la regin ultravioleta fcilmente
accesible es relativamente pequeo.

Figura II.3.2.3. Niveles de energa de los orbitales moleculares n, , , * y


* y transiciones electrnicas permitidas por las reglas de seleccin que predice la
descripcin mecanocuntica.

Transiciones n * y *. La mayora de las aplicaciones de la espectroscopia de


absorcin a compuestos orgnicos se basa en transiciones de electrones n o al estado excitado
*, ya que las energas que se requieren para estos procesos conducen a picos en una regin
espectral conveniente experimentalmente (200 a 700 nm). Ambas transiciones requieren la
presencia de un grupo funcional que suministre los orbitales . Hablando estrictamente, es a
estos centros absorbentes insaturados a los que se les aplica el trmino cromforo.

II.3.2.3.II: Transiciones electrnicas que implican electrones d y f


La mayora de los iones de los metales de transicin absorben en la regin ultravioleta o
visible del espectro electromagntico. Para las series de los lantnidos y actnidos, los procesos
de absorcin resultan de transiciones electrnicas de electrones 4f y 5f; para los elementos de
la primera y segunda serie de los metales de transicin, los responsables son los electrones 3d y
4d.
Desde un punto de vista biolgico lo ms relevante es la absorcin por elementos de la
primera y segunda serie de metales de transicin. Los iones y complejos de los 20 elementos de
las dos primeras series de transicin tienden a absorber radiacin visible en uno, sino en todos,
sus estados de oxidacin. Los metales de la series de transicin se caracterizan por tener cinco
orbitales d parcialmente ocupados (3d en la primera serie y 4d en la segunda), cada uno de
ellos capaz de acomodar un par de electrones. Los electrones de estos orbitales no participan,

generalmente, en la formacin de enlaces; no obstante, est claro que las caractersticas


espectrales de los metales de transicin implican transiciones electrnicas entre los niveles de
energa de estos orbitales d.

Se han propuesto dos teoras para explicar la absorcin de radiacin de los iones de los
metales de transicin y la profunda influencia del entorno qumico sobre las longitudes de onda
correspondientes; a saber, la teora del campo cristalino, que es la ms sencilla y es adecuada
desde un punto de vista cualitativo; y el tratamiento ms riguroso y complejo a partir de la
teora de orbitales moleculares, que un mejor tratamiento cuantitativo del fenmeno.
Ambas teoras se basan en la premisa de que las energas de los orbitales d de los iones
de los metales de transicin en solucin no son idnticas y que la absorcin implica la
transicin de electrones desde un orbital d de baja energa a uno de energa superior. En
ausencia de un campo magntico o elctrico externo (como en el estado gaseoso diluido), las
energas de los cinco orbitales d son idnticas y no es necesaria la absorcin de la radiacin
para mover un electrn de un orbital a otro. Por otro lado, cuando tiene lugar la formacin de
complejos en solucin entre el in metlico y agua o algn otro ligando, tiene lugar la
separacin de la energa de los orbitales. Este efecto resulta de las fuerzas diferenciales de
repulsin electrosttica entre el par de electrones del dador y los electrones de los diversos
orbitales d del in metlico central. Esta separacin de energas, se explica considerando la
distribucin espacial de los electrones en los diversos orbitales d; aunque no entramos en
detalles en la figura II.3.2.4 mostramos el efecto del campo ligando sobre los niveles de
energa para la configuracin octadrica de complejos con un nmero de coordinacin 6 y para
la configuracin tetradrica y plano-cuadrada de complejos con un nmero de coordinacin 4.
Podemos observar que las energas de todos los orbitales d aumenta en presencia de un campo
ligando pero, adems, que los orbitales d se dividen en niveles que difieren en un de energa
que determina lo que se llama fuerza del campo ligando.

Figura II.3.2.4. Efecto del campo ligando sobre los niveles de energa de los orbitales d.

II.3.2.3.III: Absorcin por transferencia de carga.


Para que un complejo presente un espectro de transferencia de carga, es necesario que
uno de sus componentes tenga caractersticas de dador de electrones y el otro componente
tenga propiedades de aceptor de electrones. La absorcin de la radiacin implica entonces la
transferencia de un electrn desde el dador hasta un orbital que est muy asociado con el
aceptor. En consecuencia, el estado excitado es el producto de un tipo de proceso de
oxidacin/reduccin interno. Este comportamiento difiere del de un cromforo orgnico, donde
el electrn en el estado excitado est en un orbital molecular formado por dos o ms tomos.
Las especies que presentan absorcin por transferencia de carga tienen particular
importancia, con fines analticos, ya que las absortividades molares son muy altas (mx > 10
000). As, estos complejos suministran unos medios de elevadsima sensibilidad para la
deteccin y determinacin de especies absorbentes. Muchos complejos inorgnicos presentan
absorcin por transferencia de carga y se llaman por tanto complejos de transferencia de carga.
Los ejemplos comunes de tales complejos incluyen los complejos fenlico y de tiocianato del
hierro(III), el complejo de o-fenantronila del hierro(II), el complejo de ioduro del iodo
molecular y el complejo ferro/ferricianuro responsable del color azul de Prusia.
Un ejemplo bien conocido de absorcin por transferencia de carga se observa en el
complejo hierro(III)/tiocianato. La absorcin de un fotn da lugar a la transferencia de un
electrn del tiocianato a un orbital asociado con el hierrro (III). El producto es por tanto una
especie excitada que implica predominantemente al ion hierro(II) y al radical neutro tiocianato
SCN. Como con otros tipos de excitacin electrnica, el electrn, en condiciones ordinarias,
vuelve a su estado original tras un breve perodo. Ocasionalmente, sin embargo, puede tener
lugar la disociacin de un complejo excitado, dando productos de oxidacin/reduccin
fotoqumica.
Los compuestos orgnicos forman complejos de transferencia de carga muy
interesantes. Un ejemplo es la quinidrona (un complejo 1:1 de quinona e hidroquinona), que
muestra una fuerte absorcin en la regin visible. Otros ejemplos incluyen complejos de iodo
con las aminas, los compuestos aromticos y los sulfuros, entre otros.
La transferencia de carga es tambin importante en hemo-protenas, algunas bandas
bastantes intensas del anillo porfirnico de estas protenas son debidas a procesos de
transferencia de carga.
II.3.2.4. Cromforos de inters en biopolmeros.
La mayora de los biopolmeros no absorben luz visible; solo algunas protenas que
contienen grupos prostticos, tales como el grupo hemo, PLP(fosfato de piridoxal),
flavinas,etc., o metales tales como Cu y Fe, presentan color. En estos casos la radiacin visible
es til para estudiar cambios o reacciones en el entorno del grupo prosttico o metal; un
ejemplo bien conocido y perfectamente caracterizado es el de oxigenacin de la hemoglobina.

La mayora de las aplicaciones en bioqumica usa la regin ultravioleta y en lo sucesivo


nos vamos a referir a los cromforos activos en esta regin.
Podemos clasificar los grupos cromforos de inters biolgico en tres categoras:
I.
El enlace peptdico y los aminocidos en protenas.
II.
Bases pricas y pirimidinicas en cidos nucleicos.
III.
Sistemas altamente conjugados.

II.3.2.4.I. Transiciones del enlace peptdico y los aminocidos en protenas.


Los electrones del enlace peptdico, deslocalizados entre los tomos de O, C y N, dan
lugar a la transicin principal * de este grupo molecular, la banda se observa a 190 nm
2
-1
con una absortividad molar de 7000 cm .mol . Otra transicin del grupo peptdico
observada entre 210 y 220 nm, que corresponde a una transicin prohibida por las reglas de
seleccin, y por lo tanto de baja probabilidad, es n *. Presenta, como es de esperar un
2
-1
coeficiente de extincin molar pequeo, 100 cm .mol .
Las cadenas laterales de aminocidos tales como His, Arg, Glu, Gln, Asn y Asp, tienen
transiciones en el entorno de 210 nm. No obstante, estas absorciones no pueden observarse
normalmente en protenas porque estn enmascaradas por la absorcin ms intensa de los
grupos amida del esqueleto polipeptdico, mucho mas numerosos.
El rango de la radiacin UV ms til est por encima de los 230 nm, donde la absorcin
del grupo peptdico se reduce a valores despreciables. As en el intervalo 230-300 nm del la
regin UV cercana absorben las cadenas laterales de los aminocidos aromticos Phe, Tyr y
Trp, y de His; tambin los puentes disulfuro. Ver figura II.3.2.5, y tabla II.3.2.II.

Figura II.3.2.5. Espectros UV de los aminocidos Phe, Tyr y Trp a


pH neutro. Tngase en cuenta la escala logartmica usada para por
razones de conveniencia en la visualizacin de los tres espectros.
Si tenemos en cuenta la escala logartmica de la figura II.3.2.5. se entender fcilmente
que el triptfano es el cromforo que presenta con diferencia la mayor absortividad, en el

intervalo de considerado. Cuando este aminocido est presente en la secuencia de una


determinada protena es posible determinar con gran exactitud la concentracin del

biopolmero midiendo la absorbancia a 280 nm. En aquellas protenas que no contienen Trp
pero contienen Tyr, es posible y fiable determinar concentraciones a travs de la absorbancia a
280 nm. La Tyr , aunque con un coeficiente de extincin menor que el de Trp, presenta una
absorcin importante a esta . La absortividad de la Phe es mucho mas pequea que las de Trp
y Tyr, por lo que es prcticamente observar su contribucin si cualquiera de los otros dos
aminocidos estn presentes.
La cadena lateral de la Cys no presenta una banda de absorcin til en protenas porque
su principal transicin est sumergida en la regin peptdico; no obstante, los puentes disulfuro
2
-1
presentan una absortividad de 300 cm .mol a 250 nm. Aunque esta absorcin no es lo
suficientemente fuerte para se til en medidas de concentracin, si tienen aplicacin en
medidas de actividad ptica (DC y DOR).
Mximos de absorcin y coeficiente de extincin molar de varios
aminocidos a pH neutro
Molecula
Triptfan
o
Tirosina
Fenilalani
na
Histidina
Cistina

II.3.2.4.II.

mx(n
280
219
274
222
193
257
206
188
211
250

a mx
5600
47000
1400
8000
48000
200
9300
60000
5900
300

Transiciones en cidos nucleicos.

La absorcin de cidos nucleicos tambin proviene de las transiciones electrnicas n


* y *. Los espectros de las bases pricas y pirimidnicas abarcan el intervalo 200 a 300.
Los mximos y coeficientes de absorcin para estas bases se dan en las tabla II.3.2.3. No
obstante estos valores se modifican notablemente cuando estas bases forman parte de las
cadenas de polinucleotidos debido a que la interaccin entre bases produce los fenmenos
conocidos como hipocromismo e hipercromismo. El trmino hipocromismo significa que la
intensidad de absorcin de una muestra es menor que la suma de sus partes constituyentes. El
trmino hipercromismo justo lo contrario.
Una descripcin mecanocuntica de estos fenmenos, especificando como la funcin de
onda de un cromforo se altera por la presencia de otros cromforos vecinos, es posible (Box
7-3. Theory of Hypochromism. Biophysical Chemistry. PartII, Cantor and chimmel)
Cualitativamente estos fenmenos se explican en trminos de induccin de dipolos
instantneos; un determinado cromforo polariza instantneamente los electrones de un

cromforo vecino induciendo as un momento dipolar instantneo. Dependiendo del


ordenamiento espacial del cromo y de sus vecinos pueden observarse para dicho cromforo un

Momento dipolar de transicin, ab , neto mayor o menor, tal como se ilustra en la figura
II.3.2.6 para dos ordenamientos lmites.

a)

b)

Figura II.3.2.6. Diagrama representando esquemticamente el fenmeno del


hipocromismo e hipercromismo.a) Ordenamiento paralelo de los dipolos inducidos y del
momento dipolar de transicin ab (color rojo) produciendo hipocromismo. b) Ordenamiento
colineal de los dipolos inducidos y del momento dipolar de transicin ab (color rojo)
produciendo hipercromismo.

En las hlices con bases apiladas o en las dobles hlices de los cidos nucleicos los
momentos dipolares inducidos y los ab de transicin se disponen en paralelamente, como
consecuencia se produce hipocromismo y el momento dipolar de transicin observado es
menor del que tendra el cromforo aislado.

II.3.2.4.I. Transiciones en sistemas altamente conjugados.


En las molculas que contienen muchos grupos insaturados, todos ellos conjugados, el
espectro cae con frecuencia en el intervalo visible del espectro. Esto es consecuencia del alto
grado de deslocalizacin de los electrones y la consiguiente disminucin de la energa
requerida para una transicin electrnica.