K.F.A. Abdelrhman, G. Bacci, C. Mancusi*, A. mengoni, F. Serena*, A.

Ugolini
Dipartimento di Biologia, Universit di Firenze,
Via Romana 17, 50125 Firenze, Italia.
*Agenzia Regionale per la Protezione dellAmbiente della Toscana, Risorsa Ittica e Biodiversit Marina, Livorno
Italia.

INDAGINI PRELIMINARI SUL MICROBIOMA INTESTINALE DELLA

TARTARUGA MARINA CARETTA CARETTA (Linnaeus 1758)
preliminary investigation on the gut microbiome of the sea turtle caretta caretta
(Linnaeus 1758)

Abstract - The gut microbiome of the sea turtle Caretta caretta has been explored by 16S rRNA
metagenomic analysis. Results have shown the prevalence of Firmicutes and the presence of taxa known to
be involved in human gut nutrient assimilation as Blautia and of marine free-living taxa (Marinobacter)

Key-words: Caretta caretta, gut microbiome, 16S rRNA, Illumina MiSeq.

Introduzione Da ormai molti anni le comunit microbiche (microbioma) associate con

lapparato digerente degli animali sono oggetto di forte interesse a livello
internazionale (Zhu et al. 2010). Negli ultimi anni emersa la presenza di una stretta
interrelazione funzionale tra lospite e il microbioma associato, tanto che si proposto
il nuovo termine di ologenoma (Zilber-Rosenberg and Rosenberg 2008), intendendo
linsieme delle funzioni (geniche) dellospite e dei microrganismi a lui associati. A
dispetto della notevole importanza per lo studio dei vertebrati e per la salvaguardia
della biodiversit marina non vi sono ancora studi sulle comunit microbiche associate
allapparato digerente delle tartarughe marine.
Materiali e Metodi Sono stati analizzati campioni da 8 esemplari di tartarughe marine
della specie Caretta caretta L.. I campioni erano costituiti da feci di esemplari vivi e da
contenuto cloacale e sezioni di intestino di 7 animali morti nei centri di recupero della
Rete dellOsservatorio Toscano Cetacei e Tartarughe Marine. Dai campioni stato
estratto il DNA e si proceduto allanalisi metagenomica del microbioma batterico
attraverso il sequenziamento massivo su piattaforma MiSeq Illumina del gene
codificante il 16S rRNA (Abdelrhman et al. 2015; Bacci et al. 2015a; Bacci et al.
2015b). Le sequenze ottenute sono state opportunamente rielaborate attraverso un
protocollo bioinformatico standard (Bacci et al. 2015a; Bacci et al. 2015b) e
identificate a livello tassonomico mediante confronto con il database Greengenes.

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Risultati I risultati ottenuti hanno evidenziato una abbondanza di taxa appartenenti al

phylum dei Firmicutes, in particolare alle classe Clostridia che costituisce oltre il 50%
del microbioma. A carico di questa classe risultato dominante il genere Blautia, un
gruppo che recentemente ha acquisito importanza nellassimilazione di nutrienti nei
mammiferi (Eren et al. 2015). E poi emersa la presenza di una discreta frazione di
Gammaproteobacteria (circa il 25% del microbioma totale), in cui stato riscontrato
con alta frequenza (15% sul totale) il genere Marinobacter, un gruppo di batteri mai
prima dora riscontrato associato ad animali.
Conclusioni I dati ottenuti permettono di gettare una prima luce sul microbioma
intestinale presente nelle feci di C. caretta. In particolare emersa in molti campioni la
presenza di una taxon chiave per il trofismo dellintestino umano (Blautia), il cui ruolo
andr quindi chiarito in relazione allinterazioni di simbiosi e commensalismo con
vertebrati non mammiferi come C. caretta e di taxa batterici mai evidenziati in
precedenza negli intestini di animali (Marinobacter). Tuttavia andr chiarito un
possibile legame tra la composizione del microbioma intestinale e lo stato di
stress/salute degli esemplari analizzati.
Ringraziamenti
Questo lavoro stato supportato da un finanziamento concesso da Regione Toscana (progetto
MICROMAR, responsabile A. Ugolini) nellambito del bando GoGreen Mare 2014 e dalla Rete
dellOsservatorio Toscano Cetacei e Tartarughe Marine per il reperimento dei campioni. In particolare
siamo grati al Parco Regionale della Maremma, allIZPTL di Pisa e allAcquario di Genova e Livorno per la
disponibilit allinvio dei campioni di feci e tessuti intestinale di esemplari di Caretta caretta.

Bibliografia
ABDELRHMAN KFA, BACCI G, MARRAS B, NISTRI A, SCHINTU M, UGOLINI A, MENGONI A (2015) The
gut microbiota of talitrid amphipods provides insight into the ecology of supralittoral
sediments detritivors. FEMS Microbiol. Ecol. Under revision
BACCI G ET AL. (2015a) Evaluation of the Performances of Ribosomal Database Project (RDP)
Classifier for Taxonomic Assignment of 16S rRNA Metabarcoding Sequences Generated
from Illumina-Solexa NGS. J. Genomics 3:36-39
BACCI G ET AL. (2015b) Exploring the dynamics of bacterial community composition in soil: the panbacteriome approach Ant. van Leeuwenhoek on-line version:1-13 doi:10.1007/s10482-0140372-4
EREN AM, SOGIN ML, MORRISON HG, VINEIS JH, FISHER JC, NEWTON RJ, MCLELLAN SL (2015) A
single genus in the gut microbiome reflects host preference and specificity ISME J. 9:90100
ZHU B, WANG X, LI L (2010) Human gut microbiome: The second genome of human body. Protein &
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ZILBER-ROSENBERG I, ROSENBERG E (2008) Role of microorganisms in the evolution of animals and
plants: the hologenome theory of evolution. FEMS Microbiol. Rev. 32:723-735

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