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Petrofsica y conservacin de monumentos. Prcticas.

Curso 2012-13

PRCTICA 3: ANLISIS DE IMAGEN CON JMICROVISION V.1.27 (1)


El objetivo de esta prctica es introducirnos en el uso del programa Jmicrovision para analizar parmetros
de inters petrofsico (tamao de grano, porosidad, tamao de poros...). Para ellos usaremos imgenes de
lmina delgada capturadas con una resolucin de 6000 pxeles por pulgada, correspondientes a la muestra
analizada en la prctica previa. La lmina delgada corresponde a una porcin de la roca impregnada con
resina epoxy teida de azul, por tanto veremos por poros de color azul.
Abrir una imagen: Arranca el programa. Abre la imagen usando File > open image, o bien simplemente
arrastrando la imagen con el ratn dentro de la ventana de Jmicrovision. A la pregunta de si queremos
optimizar la imagen, normalmente responderemos que no, ya que esta opcin es slo para imgenes muy
grandes o para PCs con poca RAM. Una vez abierta, el programa genera con esa imagen un proyecto por
defecto (con extensin .jmv).
Navegacin: Con la rueda del ratn o con el balance correspondiente controlamos el zoom (el icono zoom
para ajustar a ventana es muy til) y movemos la imagen picando y arrastrando sobre la imagen en
miniatura en la esquina superior izquierda, o bien con la herramienta "mano".

El icono lupa en la barra superior activa una lente de aumento, que podemos moverla con el ratn (botn
izquierdo) y controlar sus opciones (botn derecho), como por ejemplo variar su aumento o desactivarla.

@ C. Rossi, 2013

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Escalar la imagen: para poder hacer medidas a escala real, antes necesitamos decirle al programa cul es
la conversin pxeles-milmetros en nuestra imagen: Spatial calibration > enter a distance, then draw a line.
En nuestro caso, la anchura real de las imgenes est indicada en el nombre del archivo. Por tanto,
introduciremos ese dato en la casilla y a continuacin dibujaremos con la herramienta correspondiente una
lnea horizontal que tenga el ancho de la imagen. As calibraremos la imagen y podremos hacer medidas en
escala real. A continuacin seleccionaremos las unidades empleadas en las medidas (output units), que
sern generalmente micras, ya que estamos trabajando con arenitas. Nota: es conveniente usar el punto
decimal americano tanto en Jmicrovision como en windows o excel. En Jmicrovision, la numeracin
americana se selecciona en options > preferences > localization > locale > En_US. En Windows, panel de
control > configuracin regional y de idioma > opciones regionales > ingls Estados Unidos > personalizar
(asegurarse aqu que usamos el punto como separador de decimales). En excel: herramientas > opciones >
internacional (asegurarse aqu que usamos el punto como separador de decimales).

Medida de tamaos
El tamao de clasto (o cristal) es un parmetro muy relevante en petrofsica, ya que controla en gran medida
el tamao de los poros y por tanto influye mucho en la permeabilidad. Mediremos el tamao de los granos
en nuestra imagen usando la opcin "1-D measurement". Pero antes, necesitamos decir al programa qu
parmetros deseamos medir con esta utilidad, ya que por defecto el programa mide muchas cosas. En
project > project preferences (o directamente picando en el icono a la derecha de la lupa) podemos
seleccionar qu parmetros medir: seleccionaremos "1-D measurement" y en el men desplegable
deseleccionaremos todo excepto "line lenght", del submen "basic", y picamos en OK.
A continuacin activaremos la pestaa de la utilidad "1-D measurement" (parte izquierda de la pantalla),
seleccionaremos la herramienta lnea (tercer icono por la derecha) y dibujaremos lneas en los ejes mayores
de los clastos Conviene medir los granos a lo largo de un transecto perpendicular a la laminacin (si se
observa), sin olvidar los ms pequeos o los ms grandes. Podemos usar como lnea de transecto uno de
los bordes de la imagen. Como las medidas son rpidas, es factible medir varios cientos de granos en poco
tiempo.

@ C. Rossi, 2013

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Una vez realizadas varias medidas, podemos visualizarlas en forma de tabla con el "Data viewer" (icono con
tabla y lupa pequea). Las medidas estarn en las unidades que previamente hayamos seleccionado en el
apartado "output unit" de la pestaa "spatial calibration". En nuestro caso, lo ms conveniente ser usar
micras. Los datos del data viewer se pueden seleccionar con el ratn, copiarlos al portapapeles (ctrl+c) y
pegarlos en una hoja excel (ctrl+v). Otra opcin es exportar los datos como archivo de texto. Tambin
podemos ver un histograma de los datos (chart) y guardar este histograma como archivo de imagen (.png).
Una vez con los datos en excel, calcula la media y anota el resultado en la tabla comn, as como el nmero
de medidas.

Si queremos borrar alguna lnea, primero deberemos seleccionarla usando el modo de seleccin de
entidades (herramienta a la derecha del icono "mano"), y despus borrarla directamente.
Hay que tener presente que el tamao se subestima en imgenes 2d. As por ejemplo, el tamao de grano
medio que obtengamos ser menor que el real. Por tanto necesitamos aplicar un factor de correccin. Si
asumimos que se trata de objetos esfricos (normalmente una buena aproximacin en el caso de los granos

@ C. Rossi, 2013

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de una arenisca), deberemos dividir el tamao medio obtenido en 2d por /4, es decir multiplicar por 4/
que es aproximadamente 1.273 (la justificacin geomtrica de este factor se puede encontrar en Kong et al
2005: A statistical approach to estimate the 3D size distribution of spheres from 2D size distributions. GSA
Bulletin 117, 244-249). Lo ms cmodo es realizar todas estas operaciones en una hoja excel.
Podemos guardar todo lo realizado hasta el momento como un proyecto en nuestro disco duro o pen drive,
con formato jmv: file > save project as. De este modo podremos volver a abrir el proyecto, incluyendo todas
sus imgenes, objetos, medidas etc. Si las imgenes del proyecto han cambiado de sitio, al abrir el proyecto
al programa nos preguntar por su nueva localizacin.

Medida de la porosidad como fondo


Para medir la porosidad, tenemos que separar los pxeles que representan poros (azules en este caso) del
resto. Podemos hacerlo de dos formas: definiendo un fondo ("background") o extrayendo la porosidad como
objetos ("object extraction"). Usaremos la primera opcin si slo necesitamos el % de porosidad, y la
segunda si adems queremos analizar la forma, tamao o rea de los poros en 2D.
(B) Extraer la porosidad como un fondo: consiste simplemente en separar todos los pxeles que son
poros. Background > add. En "background config" podemos usar un template que hayamos definido
previamente y comprobar que el resultado nos gusta (pestaa "threshold"), o crear un unbral ("threshold")
nuevo. Usaremos esta segunda opcin. Pero antes hemos de dar un nombre al fondo y seleccionar su color
(rojo, por defecto). Definir un umbral consiste en separar los pxeles azules (poros) del resto. Normalmente
usaremos el canar IHS (mejor que el canar RGB que sale por defecto). A continuacin definiremos el tono
en la pestaa Hue (los tonos azules, desde los azul verdosos a los morados), y despus moveremos los
rangos de intensidad y saturacin hasta comprobar que los pxeles azules, y slo los azules, se vuelven
rojos. Otra opcin es usar el "color picker". Una vez que hayamos definido el umbral, para generar el fondo,
picamos en "Process and add". Una vez generado el fondo con la porosidad, nos marca el % de poros
directamente en la ventana inferior izquierda. Si marcamos la casilla "display when selecting" y
seleccionamos ese fondo, nos aparecer el resultado visual de la extraccin. A continuacin nos podemos
mover a otra zona de la imagen y repetir la operacin varias veces, hasta que los valores de porosidad
como fondo sean similares, lo que los llevar un rato si no tenemos prctica. Si alguno de los fondos
comprobamos que es mejorable, lo podemos editar. Finalmente, podemos hacer la media de las
porosidades obtenidas en los diferentes fondos, una vez que sean todos relativamente correctos, y anotar el
resultado en la tabla comn.
Normalmente, los valores de porosidad obtenidos por este mtodo son menores (en mayor o menor grado)
a las porosidades obtenidas en la prctica anterior usando el picnmetro. A qu se debe este efecto?
Sirven para algo los valores de porosidad obtenidos por extraccin de fondos en imgenes? Para resolver
esta cuestin, ten en cuenta la resolucin (pxeles por unidad de longitud) de las imgenes.

@ C. Rossi, 2013