Tema 8.

El RNA y la transcripcin
Tipos y estructuras de RNAs: tRNAs, rRNAs, mRNAs
Biosntesis de RNA: la transcripcin
RNA polimerasas
La burbuja de transcripcin
Sntesis de RNA en procariotas y eucariotas
Promotores
Terminacin de la transcripcin
Maduracin de los RNAs. Splicing
RNA cataltico
Procesamiento de mRNAs en eucariotas
Transporte de RNA

El cido ribonucleico o RNA

El RNA es un polmero lineal de ribonucletidos unidos
entre s por enlaces fosfodister 3-5.
El azcar es ribosa y las bases nitrogenadas son
adenina, guanina, citosina y uracilo.
Las molculas de RNA son monocatenarias, pero
pueden tener zonas de apareamientos parciales de bases
A-U y C-G dentro de la misma cadena. Ello provoca a
menudo la formacin de horquillas y bucles.
El DNA de cadena sencilla (ssDNA) puede hibridar con
RNA mediante los emparejamientos A-U, T-A, C-G y G-C.
La presencia del grupo 2-OH en la ribosa tiene varios
efectos:
impide adoptar la conformacin B en los hbridos RNADNA y en el dsRNA
permite a las molculas de RNA desarrollar ms
interacciones y estructuras terciarias
promueve la reactividad qumica. P.e., el RNA es
mucho ms susceptible a la hidrlisis alcalina que el DNA

Tipos de cidos ribonucleicos celulares

mRNA : RNA mensajero
Transporta la informacin gentica desde el DNA hasta los ribosomas, donde
acta como molde traduccional para la sntesis proteica. Supone en torno al 5-10%
del RNA total.
rRNA : RNA ribosmico
Forma parte de los ribosomas junto con varias protenas. Hay 3 tipos en
Procariotas y 4 en Eucariotas. Supone en torno a un 80% del RNA total.
tRNA : RNA de transferencia
Es el adaptador traduccional. Hay al menos 20 tipos en cada clula. Carga y
transfiere los aminocidos al ribosoma durante la sntesis proteica. Supone en
torno al 15% del RNA total.
Otros tipos: microRNA, snRNA, snoRNA, scRNA, lncRNA (% no contabilizados)

80 %
5-10 %

15 %

RNA de transferencia (tRNA)

3

- Hay al menos un tRNA para

cada aminocido, aunque la
mayor parte tienen varios
- Estn formados por una
cadena sencilla de RNA
de 75-85 nucletidos, algunos
con bases modificadas

Estructuras 2ria y 3ria

en hoja de trbol y L
invertida

Unin del aminocido

Bucle TC
Bucle D

- Todos tienen estructuras secundaria y

terciaria similares en forma de hoja de
trbol y L invertida, debido a que tienen
zonas de apareamientos internos que a su
vez generan horquillas y bucles o lazos
Bucle variable

- Tienen dos motivos estructurales esenciales:

- extremo 3, que forma el enlace covalente
con el aminocido correspondiente
- secuencia anticodn, complementaria de
los tripletes que codifican aminocidos

Bucle anticodn
Anticodn

RNA ribosmico (rRNA)

Es el tipo de RNA ms abundante:
supone ms del 80% del RNA celular
Es el componente mayoritario (en masa)
de los ribosomas: rRNA 60-65% y
protenas 35-40%
En Procariotas hay tres tipos y en
Eucariotas cuatro, todos ellos denominados
por el valor de su coeficiente de
sedimentacin (S, en Svedbergs)
Algunos de ellos son RNAs muy largos y
con muchos apareamientos internos, que
generan una estructura secundaria con
horquillas y bucles muy compleja

rRNA 23 S
Procariotas rRNA 16 S
rRNA 5 S
--

3200 nt
1542 nt
120 nt

rRNA 16 S

rRNA 28 S
rRNA 18 S
Eucariotas
rRNA 5 S
rRNA 5,8 S

rRNA 5 S

4700 nt
1900 nt
120 nt
160 nt

RNA mensajero (mRNA)

- Son los RNAs menos abundantes, sin tener en cuenta los RNAs pequeos.
Suponen un 5-10% del RNA celular.
- Poseen poca estructura secundaria y suelen ser poco estables: tienen una alta
tasa de recambio.
- Portan el mensaje gentico del DNA para codificar las protenas. En ellos,
sucesiones de tripletes de las cuatro bases posibles forman los codones, que
codifican para los aminocidos de una cadena polipeptdica.
- Su tamao es muy variable, porque depende en buena parte de la longitud del
polipptido que codifiquen.

Diferencias entre mRNAs procariticos y eucariticos

Muchos mRNAs procariticos son policistrnicos: codifican varios polipptidos
independientes.
Los mRNAs eucariticos son monocistrnicos: solo codifican un polipptido.
Los mRNAs procariticos son una transcripcin directa del gen que los codifica.
En los mRNAs eucariticos se eliminan muchas de las secuencias de los genes.
Estas secuencias se llaman intrones, y las que quedan en el mRNA, exones.
Los mRNAs procariticos son traducidos inmediatamente tras su sntesis.
Los mRNAs eucariticos requieren un procesamiento extenso antes de ser
traducidos: se eliminan los intrones y se modifican los extremos 5 y 3.

A diferencia de lo que ocurre en la replicacin, en la que slo se hace

una copia de la doble hlice del DNA, en la transcripcin los genes suelen
dar lugar a mltiples molculas de RNA. As, el nivel de transcripcin de
los genes est regulado.
En muchos genes, esta regulacin tiene carcter variable, de forma que
pueden dar lugar a ms o menos copias de RNA, dependiendo de las
necesidades de la clula en cada momento.

gen A

gen B
DNA

transcripcin
RNA

traduccin

transcripcin
RNA

traduccin

Biosntesis del RNA: la transcripcin

La biosntesis es asimtrica: slo se copia una de las cadenas del DNA.
Como las secuencias de las cadenas son distintas, la informacin presente en
ambas cadenas codifica RNAs distintos, que dan protenas distintos.
Una cadena sirve como molde para la sntesis de un transcrito cuya
secuencia es idntica (con U en lugar de T) a la de la cadena codificante (+).

Cadena codificante (+)

Cadena MOLDE (-)
Transcrito de RNA

La sntesis de la cadena de RNA complementaria de la hebra molde

por polimerizacin de ribonucletidos est catalizada por la actividad
RNA Polimerasa dependiente de DNA, segn la reaccin:
NTP + (NMP)n (NMP)n+1 + PPi

Sntesis de RNA: RNA polimerasas (RNA pol)

La sntesis de RNA corre a cargo de las enzimas RNA polimerasas, que
necesitan los siguientes componentes :
- un molde, preferentemente dsDNA pero tambin ssDNA
- precursores activados, los 4 ribonucletidos trifosfato: ATP, GTP, UTP y CTP
- un catin divalente, como Mg2+ (in vivo) o Mn2+
La sntesis de RNA es muy similar a la del DNA:
- la direccin de sntesis es 53, copiando el DNA molde en 35
- el mecanismo de elongacin es por un ataque nucleoflico del grupo 3-OH
de la cadena en crecimiento sobre el fosfato del nuevo rNTP
- los nucletidos se seleccionan para su incorporacin mediante apareamiento
de bases de Watson y Crick
- la sntesis es favorecida por la hidrlisis del pirofosfato
A diferencia de la DNA polimerasas, las RNA polimerasas no requieren cebador
para iniciar la cadena, y carecen de la actividad 35 correctora

RNA polimerasas
La transcripcin tiene lugar en tres etapas: iniciacin, elongacin y
terminacin.
En ellas, la RNA polimerasa desempea varias funciones:
- busca en el DNA los lugares de iniciacin o promotores
- selecciona el rNTP correcto y forma el enlace fosfodister
- detecta las seales de terminacin para los transcritos
- interacciona con protenas activadoras y represoras que modulan la
velocidad, sobre todo en eucariotas (factores de transcripcin)
RNA Polimerasa procaritica: slo una, que sintetiza todos los RNAs
RNA Polimerasas eucariticas:
Tipo

Transcritos

Localizacin

rRNAs 5,8S, 18S y 28S

nucleolo

II

mRNAs y snRNA

nucleoplasma

III

tRNAs y rRNA 5S

nucleoplasma

Las RNA pol eucariotas reconocen diferentes promotores, forman complejos de

transcripcin diferentes, y tienen distinta sensibilidad a la -amanitina (II > III > I)

La burbuja de transcripcin
Las RNA polimerasas procariotas y eucariotas son enzimas complejos con muchas
subunidades, que tienen el mismo origen evolutivo y mecanismos similares.
La burbuja de transcripcin, consiste en una zona de DNA desenrollado de unos
17 pb, que se forma en el interior de la RNA pol por accin de sta.
Burbuja de
transcripcin
Cadena
codificante

La burbuja es la zona transitoria donde

se realiza de forma activa el proceso de
sntesis de RNA por copia del DNA.
Durante la transcripcin se forma un
dplex de unos 8-10 pb entre la hebra
molde del DNA y el transcrito de RNA.

RNA polimerasa
de Escherichia coli

Reenrollamiento

Desenrollamiento

Cadena
cadena molde

Este dplex es muy inestable y la

de RNA se va separando y saliendo de la
RNA pol a medida que sta avanza.

Cuando la RNA pol ha pasado, las dos

hebras del DNA vuelven a aparearse y se
cierra la burbuja.
El DNA se desenrolla y reenrolla segn
pasa la burbuja por l.

Canal de
NTPs

Hbrido
RNA-DNA,
9 pb

Sitio
activo

Direccin de transcripcin

La burbuja de transcripcin
El avance de la RNA polimerasa sobre el DNA molde requiere solventar los
problemas topolgicos que ocasiona mediante topoisomerasas especficas

Superenrollamientos
negativos

Regulacin del nivel de

superenrollamientos
negativos

Superenrollamientos
positivos

Eliminacin de
superenrollamientos
positivos

Direccin de transcripcin

La RNA polimerasa y el promotor procariticos

RNA polimerasa procaritica: Holoenzima 2
Subunidad

kDa

37

Se une a secuencias reguladoras

ssDNA
dsDNA 1

151

Forma enlaces fosfodister

155

Se une al DNA molde

70

Reconoce al promotor e inicia la sntesis

Funcin

Promotor:
Secuencia de DNA situada en el extremo 5
del gen que indica el sitio para el inicio de la
sntesis de RNA (tiene secuencias consenso)

La funcin de la subunidad sigma es reconocer el promotor para la iniciacin.

El resto es el enzima ncleo, que ser el encargado de la elongacin.

Proceso de transcripcin en Procariotas

Unin inespecfica de la RNA polimerasa al DNA y
barrido hasta localizar el promotor.
La subunidad de la RNA pol localiza el promotor
(complejo promotor cerrado).

pppPu

Desenrollamiento del DNA por la propia RNA pol

(complejo promotor abierto). Formacin del complejo
de iniciacin y apertura de la burbuja de
transcripcin.
Iniciacin de la sntesis del RNA, casi siempre con
un ribonucletido de purina (pppPu), que aparea con
la base +1 del molde.

rNTPs

Sntesis en direccin 5-3: formacin del primer

enlace fosfodister entre dos rNTPs, emparejados
con las bases +1 y +2 del molde.
Elongacin del RNA por el enzima ncleo por
adicin sucesiva de rNTPs y formacin de enlaces
fosfodister.
Liberacin de la subunidad tras la incorporacin
de unos 10 nucletidos.

Promotores eucariotas
Muchos
otros

Caja
CCAAT

Caja GC

Caja
TATA

Ejemplos de promotores

Promotor con
secuencias tipo

Los promotores de los genes

eucariticos son grandes, variados y
complejos.
Suelen tener una caja TATA (-25/-35)
y otros sitios de unin (GC, CCAAT)
para factores de transcripcin
proteicos.

nce
Enha

Accin a
distancia de
los enhancers

Estos sitios que conforman los

promotores y dirigen la regulacin de
la transcripcin, tienen secuencias
consenso caractersticas, que son
reconocidas por los factores de
transcripcin. stos pueden ser de
carcter general o especfico.
Los enhancers o intensificadores
son secuencias que regulan la expresin
de uno o varios genes, pero que estn
alejadas (ms o menos) de ellos

Transcripcin por RNA pol II en eucariotas

Molde de DNA

Las RNA pol eucariticas no contienen subunidad .

Varias protenas accesorias identifican los promotores
y reclutan a las RNA pol para la iniciacin.
Adems de las RNA pol, en la iniciacin de la
transcripcin participan factores de transcripcin
(TFs) y otras protenas asociadas (TAFs).
La protena TBP se une a la caja TATA y es parte de
TFIID, que es el primer TF que se une al promotor.
El resto de los TFs se van uniendo en un orden
determinado, hasta formar el complejo cerrado.

DNA abierto
CTD fosforilado

Tras su unin, TFIIH abre el dsDNA (helicasa) y

fosforila el dominio carboxilo de la s.u. mayor de la
RNA pol II, lo que permite la liberacin de los TFs
(excepto TFIIF) y la sntesis del RNA.
Adems de estos TF generales existen factores
especficos de respuesta a cambios ambientales y
metablicos, que se unen a distintas secuencias del
promotor y regulan la actividad transcripcional.
El esquema de iniciacin para RNA pol I y III es
similar, con TBP y factores auxiliares

Terminacin de la transcripcin
La sntesis de RNA es muy procesiva y transcurre hasta que la RNA pol
encuentra una seal que provoca su disociacin: cesa la formacin de enlaces,
se disocia el hbrido DNA-RNA, se rebobina la regin fundida del DNA, y se
libera la RNA pol.
No se conocen los sistemas de terminacin de Eucariotas. En ellos los
RNAs se maduran a partir de transcritos primarios mucho ms grandes.

En Procariotas la RNA pol se detiene en

diversas secuencias de DNA, algunas de las
cuales son terminadores.
La aparicin de esas secuencias provoca la
pausa o parada de la RNA pol, que puede o no
sufrir terminacin. En este caso se deshace el
hbrido DNA-RNA y se libera la RNA pol.

Pausa
Derivacin
Isomerizacin

Escape

Las seales de terminacin pueden ser

dependientes de o independientes de .

Terminacin

Terminacin independiente de

estructura
en horquilla

Los terminadores independientes de

presentan secuencias palindrmicas ricas
en G y C que forman en el propio transcrito
estructuras en horquilla.
Tras la secuencia palindrmica hay otra
con un grupo de adenosinas (al menos 6),
que originan un grupo de U al ser transcritas.
El dplex de A-U que se forma es muy
inestable, y el transcrito de RNA se libera
espontneamente al formarse la horquilla en
el transcrito.

Terminacin
dependiente de

5
5

5
5
3

El transcrito no se libera espontneamente, sino que la

protena (rho) se une a una regin rica en CA del RNA y
se mueve por el RNA en direccin 5-3, con gasto de ATP.
Cuando llega al dplex RNA-DNA, su actividad helicasa
lo deshace y permite la liberacin del RNA, de la RNA pol y
de la propia protena .

Diferencias en los procesos de transcripcin y traduccin

de los mRNAs entre Procariotas y Eucariotas

En los organismos Procariotas, que carecen de membrana nuclear que separe el

material gentico del citoplasma, los mRNAs son accesibles para los ribosomas desde el
momento en que comienzan a ser sintetizados. La transcripcin y la traduccin son
procesos simultneos. Los mRNAs procariotas son mRNAs maduros desde que
comienzan a ser sintetizados.
Los mRNAs de Eucariotas se sintetizan en el interior del ncleo como hnRNAs
(heterogeneous nuclear RNAs), y antes de alcanzar el citoplasma son procesados para
transformarse en los mRNAs maduros.

Maduracin de los RNAs: modificaciones post-transcripcionales

El RNA recin transcrito se conoce como transcrito primario o RNA primario
de transcripcin.
La mayora de ellos no se liberan de la RNA polimerasa en su forma definitiva y
han de sufrir modificaciones para adoptar sus estructuras maduras y desarrollar
sus funciones. Estas modificaciones son de tres tipos generales:

- Eliminacin de secuencias del transcrito primario:

Recorte de los extremos 5 y 3
Escisin de intrones y unin de exones: splicing
- Adicin de secuencias de RNA no codificadas por los genes:
cap y poli(A) en mRNAs eucariotas; extremo CCA en tRNAs
- Modificacin covalente de ciertas bases:
tiouridina, metilguanosina, inosina, isopentenil adenosina,
ribotimidina, seudouridina, dihidrouridina
La ltima modificacin post-transcripcional es la degradacin de los RNAs.
La velocidad de recambio de los RNAs permite determinar cundo debe
dejar de expresarse un gen cuyo producto ya no es necesario.

Intrones, exones y splicing

Intrn: secuencia del gen que se transcribe pero no aparece en el RNA maduro
Exn: secuencia del gen que aparece en el RNA maduro
Splicing: trmino que indica eliminacin de los intrones de los pre-RNAs y unin
de los exones contiguos. Se traduce por corte y empalme

Experimento de hibridacin entre el

DNA genmico de la ovoalbmina y su
transcrito de mRNA, que demostr la
existencia de los intrones (lazos A-G):
secuencias de DNA que no hibridaban
con el mRNA y por tanto no estaban
presentes en el transcrito maduro

Hay cuatro grupos principales de intrones: I, II, III y IV

- Los intrones de los Grupos I y II son autoprocesantes, mediante reacciones
de transesterificacin.
- Los del Grupo I estn en genes de mRNAs, tRNAs and rRNAs, en genomas
nucleares, mitocondriales y de cloroplastos. Necesitan un cofactor nucleotdico
- Los del Grupo II estn en genes de mRNAs de mitocondrias y cloroplastos en
hongos, algas, y plantas. El cofactor proviene del propio intrn, que se escinde en
forma de estructura en lazo

- Los intrones del Grupo III son procesados por espliceosomas

- Son los intrones ms comunes, caractersticos de los genes de las protenas
codificadas en los ncleos eucariotas
- En su procesamiento intervienen los complejos ribonucleoproteicos llamados
espliceosomas. Los intrones tambin son escindidos en forma de lazos

- Los intrones de tRNAs de eucariotas (Grupo IV) son procesados por enzimas
de carcter proteico. No hay transesterificacin, sino un corte endonuclesico y
empalme posterior.
- Se encuentran en tRNAs de eucariotas y arqueas
- El transcrito primario es cortado por una endonucleasa, y los exones son luego
unidos por una ligasa dependiente de ATP

Ribozimas: RNAs catalticos con actividad enzimtica

Algunos intrones del grupo I y II son ribozimas capaces de catalizar su propio
splicing.
El descubrimiento de las propiedades auto-catalticas del RNA supuso el Premio
Nobel de Qumica a Thomas R. Cech y Sidney Altman en 1989.
La capacidad cataltica del RNA fue un gran cambio conceptual, pues hasta
entonces la catlisis solo se haba descrito asociada a protenas.
El primer ribozima descrito cataliza su propio splicing:
Intrn tipo I

Thomas Cech

RNasas P: procesan pre-tRNAs y otros RNAs pequeos.

Sydney Altman

Son ribonucleoprotenas: tienen un RNA M1 que in vivo acta con la parte

proteica, pero in vitro puede actuar solo
Ejemplos fuera del procesamiento de RNAs
Telomerasa: Replicacin
Peptidil transferasa de los ribosomas: Traduccin

Muchos mRNAs procariticos son policistrnicos y llevan varias unidades de

codificacin de protenas (ORFs: open reading frames). Adems, son utilizados
directamente para su traduccin sin sufrir ningn procesamiento: colinearidad con
la secuencia del gen.

Los mRNAs eucariticos son monocistrnicos, suelen tener intrones, y adems

son modificados en los extremos 5 y 3. Se sintetizan como pre-mRNAs, sufren
procesamiento y son transportados al citoplasma para ser traducidos: no tienen
colinearidad con la secuencia del gen.

5-UTR

3-UTR

Procesamiento del pre-mRNA del gen de la ovoalbmina

1) Procesamiento del extremo 5 (adicin del cap)
2) Poliadenilacin del extremo 3 (corte y adicin de poli-A)
3) Escisin de intrones y empalme de exones o splicing
Gen de la ovoalbmina 7700 pb: 8 exones y 7 intrones
DNA
Transcripcin RNA Pol II
Procesamiento 5 cap

Pre-mRNA
cap
Splicing y procesamiento 3
7 intrones

RNA cortado en extremo 3

RNA maduro
mRNA de Ovoalbmina 1872 nt

Procesamiento de los pre-mRNAs en el extremo 5:

adicin de 7-metil guanosina o cap

La 7-metil-guanosina o cap protege el extremo

5 del mRNA del ataque por exonucleasas y es
el punto de unin de la protena CBP.
La protena CBP est implicada en el
transporte extranuclear, y en la interaccin con
el factor de iniciacin de la traduccin eIF-4E.
Para la iniciacin del proceso de traduccin,
el cap se une a la s.u. 40S del ribosoma.

adoMet: S-adenosil-metionina
adoHcy: S-adenosil-homocistena

Procesamiento de los mRNAs en el extremo 3:

corte y adicin de la cola de poli(A)
Molde de DNA

RNA naciente

Seal de corte a 10-30 nt

Corte por una endonucleasa
especfica

Adicin de la cola por

la Poli(A) polimerasa

Precursor de mRNA poliadenilado

La Poli(A) polimerasa o polinucletido adenililtransferasa aade mltiples nucletidos

de adenina al extremo 3, usando ATP como sustrato, y sin precisar de molde.
En el citoplasma, el poli(A) se acorta a medida que envejece el mRNA, debido a la
accin de exonucleasas especficas.
La cola se enrolla en torno a varias unidades de la protena PABP, que interacciona
con el factor de iniciacin de la traduccin eIF-4G

El splicing de los intrones de mRNAs

se realiza por el espliceosoma
En la escisin de intrones de los
pre-mRNAs participan partculas
ribonucleicas nucleares snRNPs.
Corte en sitio 5 de splicing y
formacin del lazo intrnico

Corte en sitio 3 de splicing

y unin de los exones
El intrn en lazo
se degrada en el ncleo
y los snRNPs se reciclan
Porcin de mRNA
con dos exones

Las snRNPs contienen protenas y

RNAs de la serie U. Forman un
complejo escindidor denominado
espliceosoma, con actividades RNA
nucleasa y RNA ligasa.
snRNPs especficas reconocen los
sitios 5 y 3 de splicing y el llamado
punto de ramificacin, con una A
cuyo grupo 2-OH ataca el fosfato del
sitio 5 de splicing.
Luego hay otro ataque nucleoflico
del 3-OH del exn sobre el fosfato
del sitio 3 de splicing, y el intrn se
escinde en forma de lazo.

El procesamiento alternativo de intrones permite obtener

diferentes productos proteicos del mismo gen
En muchos genes hay varias posibilidades de maduracin de un transcrito
primario, utilizando sitios alternativos de splicing y/o poliadenilacin, y dando lugar
a mRNAs que codifican distintas protenas o variantes proteicas.

Procesamiento alternativo
del gen de la tropomiosina
para dar isoformas
especficas de tejido

Procesamiento alternativo del

gen de la calcitonina para dar
distintas hormonas en
tiroides y cerebro

La RNA polimerasa II
como fbrica de mRNAs

Los factores necesarios para los

procesos de adicin del cap al extremo
5, corte y poliadenilacin del extremo
3, y splicing de intrones, se asocian al
dominio carboxilo terminal de la RNA
pol II y van procesando los transcritos
primarios a medida que se van
sintetizando, para generar los mRNAs.

Transporte de mRNA del ncleo al citoplasma

Factores de iniciacin
de la sntesis proteica

Protenas
Nucleares

Poro nuclear

CBP

Protena de unin
al cap (CBP)
Protenas de
unin a poli-A

NUCLEO

CITOSOL

Hay muchos tipos de RNAs no codificantes con distintos papeles

en la funcionalidad y en la regulacin de la expresin gnica,
especialmente el grupo de small regulatory RNAs