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AMINOCIDOS Y PROTENAS

Las protenas son macromolculas centrales en la qumica de la vida. Cada tipo de clula
poseer distinto nmero y tipo de protenas, existiendo una variedad cercana a las 10,000 protenas.
Todas cumplen variadas funciones, como:
- Transporte mioglobina, canal de potasio, albmina, hemoglobina, transferrina.
- Regulacin y sealizacin insulina, factores de transcripicn, inmunogammaglobulina,
calmodulina.
- Movimiento miosina, actina.
- Catlisis ADN polimerasa, pepsina, lisozima.
- Proteccin fibrina, inmunoglobulinas, interferones.
- Estructura colgeno, histonas, elastina, queratina.
Las protenas son polmeros de aminocidos. stos se constituyen de un carbono central o , al
que se unir un H, un grupo amino, un grupo cido carboxlico y un grupo radical, que lo diferenciar de
otros aminocidos. Existen as 20 aminocidos distintos, que se unirn de variadas maneras para darle
sus propiedades y funciones a las protenas.
Los aminocidos de se pueden clasificar segn se naturaleza electroqumica en:
- Neutros polares: Asparagina (asn), glutamina (gln), Tirosina (tyr), serina (ser) y Thr (treonina).
- Neutros apolares: Glicina (gly), alanina (ala), valina (val), leucina (leu), isoleucina (ile), triptfano
(trp), prolina (pro), cistena (cys), metionina (met) y fenilanalina (phe)
- Carga bsica (+): arginina (arg), lisina (lys) e histena (His).
- Carga cida (-): cido asprtico (asp) y cido glutmico (glu).
Tambin se pueden clasificar como esenciales o no esenciales, dependiendo si es que nuestro
cuerpo puede o no sintetizarlos. Al no poder sintetizar los aa. esenciales, el ser humano debe
preocuparse de ingerirlos mediante la dieta. Estos corresponden a: leu, ileu, his, thr, try, met, val, phe,
val y arg (solo en nios).
Cuando el grupo radical es H, como en el caso de la glicina, el carbono no ser quiral, mas en
todos los dems aa. S lo ser. Por lo tanto, es importante notar que la mayora de los aminocidos
poseern una especie levgira y una dextrgira, siendo la levgira la ms encontrada en la naturaleza.
Adems de formar las protenas, hay algunos aa. Que tienen funciones en sus formas
monomricas. Esto es debido a que tienen varias propiedades, como su naturaleza anftera, o sea que
actan como cido o base, y que son zwitteriones, que pueden poseer iones en su estructura,
manteniendo la carga neta = 0.
Por ejemplo, la histidina es importante para el crecimiento y reparacin de tejidos; el triptfano
es un relajante natural; la isoleucina ayuda a la formacin de hemoglobina; la metionina es un
antioxidante y desintoxicador; la arginina es el viagra natural; y el c. Glutmico acta como
neurotransmisor.
Para formar a las protenas, los aminocidos crearn enlaces peptdicos, que consta de enlaces
amida. Entonces, se unir el grupo carbonilo de uno con el grupo amino de otro, liberando una molcula
de agua (condensacin). Los aminocidos se van aadiendo al extremo carboxilo, no al amino.
A medida que la cadena peptdica va creciendo, va a ir formando distintas figuras, lo que le
conferir propiedades a la protena. As, se reconocen cuatro niveles de organizacin:
Primario comprende la secuencia de los aminocidos que forman la cadena, la cual determinar
los siguientes niveles de estructuracin.
Secundario alude al plegamiento local de porciones de la cadena, especialmente debido a los
puentes de hidrgeno formados entre los aa. Puede adquirir forma de hlice, donde se parece a

una espiral, donde los puentes de hidrgeno se estabilizan en el centro de este y los grupos
radicales expuestos hacia el exterior. Una vuelta de la hlice mide, aprx, 5.4 y componerse de 3.6
aminocidos. Puede tambin adquirir forma de hebras-. Estas hebras poseen forma de zigzag, y en
un punto se dobla sobre si misma, donde interactuar con la hebra- vecina, de manera que se
establece lo que es conocido como hoja--plegada, gracias a la formacin de puentes de hidrgeno
principalmente.
Tambin pueden contribuir uniones de tipo hidrofbicas, enlaces inicos y, entre cistenas
(grupo SH) se forman puentes disulfuro, un tipo de enlace covalente, y por tanto, ms fuerte.
Terciaria es aquella estructura formada por el empaquetamiento de varios elementos de la
estructura secundaria, dndole una forma ms compleja y espacial a la protena.
Cuaternaria es la unin de 2 o ms cadenas polipeptdicas, cada una con su propia estructura
terciaria.
Dependiendo de la forma que tomen, tanto con la estructura terciaria como cuaternaria, las
protenas se pueden identificar como fibrosas o como globulares.
Las cadenas polipeptdicas poseern zonas llamadas dominios, que correspondern a la
combinacin de estructuras secundarias en regiones particulares, que poseern una funcin
determinada. Cuando se encuentra cumpliendo alguna funcin bioqumica determinada, son conocidos
como dominios funcionales, mientras que si estn contribuyendo a la estabilizacin de otras estructuras,
son conocidos como estructurales.
Existen protenas que se encuentran conjugadas a porciones no proteicas, formando as
glicoprotenas (+ hidratos de carbono), nucleoprotenas (+ cidos nucleicos), lipoprotenas (+ grasas),
pigmentos (+ grupo prosttico), fosfoprotenas (+ fosfato), metaloprotenas (+ metales).

ENZIMAS
Las enzimas son protenas con accin catalizadoras de reacciones qumicas, es decir, que
acelerar las reacciones qumicas sin modificarse, por lo que pueden reutilizarse. Para lograr esto
disminuyen la energa de activacin que requieren las reacciones para ocurrir. Si bien, las reacciones
pueden ocurrir sin enzimas, la vida sera inviable sin ellas, debido a que stas solo ocurriran muy de vez
en cuando, y se necesitan constantemente.
Es importante mencionar, sin embargo, que hay otras molculas con actividad enzimtica sin ser
enzimas, como lo son las ribozimas, las que estn formadas por cidos ribonucleicos y catalizan la
formacin o ruptura de enlaces dister entre nucletidos.
Tienen caractersticas como su alta especificidad con sus sustratos (S), de adonde obtendrn su
nombre. Por ejemplo, las enzimas que degradan c. Nucleicos son llamadas endonucleasas, y aquellas
sustraen fosfato, fosfatasas, es decir, se les reconoce por la terminacin asa. Las actividades
enzimticas pueden ser afectadas por otras molculas (activadores o inhibidores), as como por factores
fisicoqumicos (temperatura, pH, concentracin de sustrato). Para realizar la reaccin al sitio activo
donde se unir al S, para ser modificado qumicamente y producir los productos (P), tratndose por lo
general reacciones reversibles. Los sitios activos se encontrar slo cuando la protena adquiera su
estructura terciaria, pues incorpora aminocidos de cadenas distantes entre s en la secuencia
polipeptdica.
Existen distintos modelos con respecto a como se forma el complejo ES. Uno corresponde al de
llave cerradura, que propone que E y S poseen formar geomtricas complementarias que se ajustan
exactamente una a la otra. El otro, llamado de ajuste inducido, propone que E y S solo se vuelven
complementarios una vez unidos, es decir, que al unirse el sustrato, provocar un cambio de
conformacin en la enzima, y slo as podrn actuar los grupos catalticos. Este ltimo modelo explicara
de mejor manera la especificidad por el sustrato, ya que se basa en el reconocimiento molecular para

actuar, as como tambin el actuar de las enzimas, ya que tendrn ms facilidad para realizar la catlisis
si es que sufren un cambio de conformacin.
Algunas enzimas necesitan la accin de sustancias llamadas cofactores o coenzimas para su
funcionamiento. stas se diferencian en que los cofactores son inorgnicos, generalmente iones, y las
coenzimas orgnicas, llamadas segundo sustrato o cuerpo alostrico. Sin embargo ambas contribuyen a
que se lleve a cabo la catlisis, mas siempre dependern de la enzima y viceversa, no pudiendo actuar
de manera independiente.
Existe un tipo de sustancias que se unen a la enzima para disminuir o impedir la accin de las
enzimas al unirse a ellas, llamadas inhibidores. stos pueden realizar inhibiciones reversibles o
irreversibles, en la cual el inhibidor se unir covalentemente. En el caso de los inhibidores reversibles,
existen dos tipos. En la inhibicin competitiva el inhibidor tendr una estructura similar a la del sustrato,
y ocupar su lugar en el sitio activo, pudiendo revertirse al aumentar la concentracin del sustrato. La
inhibicin no competitiva, por otro lado, el inhibidor se unir a la enzima en un lugar distinto al sitio
activo, que evitar que reaccione con el sustrato. Existe tambin la inhibicin a-competitiva, donde el
inhibidor se unir al complejo ES, y no a la enzima sola, evitando que termine la reaccin.
Los inhibidores son muy usados en industrias y farmacuticas:
Potentes antivirales, inhibiendo el actuar de proteasas de virus al unirse fuertemente al sitio activo.
Inhibidores irreversibles para el tratamiento de enfermedades como el chagas.
Se utiliza para el tratamiento de cncer, utilizando un cofactor similar al c. Flico que acta como
inhibidor competitivo.
El viagra es un inhibidor de la fosfodiesterasa, lo que produce relajacin muscular y mayor irrigacin.
La penicilina inhibe a las enzimas que producen el peptidoglican estructural de la membrana
bacteriana, debilitndola.
Los venenos suelen ser inhibidores que inhiben las funciones defensoras del organismo.

CIDOS NUCLEICOS: ESTRUCTURA Y FUNCIN


En las clulas, para que se puedan llevar a cabo todas las funciones, se deben producir
elementos que los lleven a cabo, como las protenas, y, para producirlas, se necesitan las indicadas
instrucciones. Estas instrucciones se encuentran almacenadas como informacin gentica, codificada en
el ADN, tanto en clulas eucariontes como procariontes. Debido a este complejo flujo de informacin,
surgi el dogma central de la biologa, que dice:

(DNA DNA) ARN protena


Replicacin transcripcin traduccin

Sin embargo, pasado un tiempo se encontr un mecanismo, llamado transcripcin inversa, en la


cual se forma ADN desde el ARN, que derrumb el dogma. Si bien fue observado en un comienzo en
virus, luego se descubri que esto tambin ocurra en clulas eucariontes.
Nucletidos
Corresponden a los monmeros de los cidos nucleicos. Son macromolculas formadas por 3
subunidades: un grupo fosfato, una pentosa y una base nitrogenada. Cuando se encuentran unidas la
base nitrogenada y la pentosa, pero sin el grupo fosfato, se habla de nuclesido. El grupo fosfato, de
configuracin molecular PO4, tiene carga negativa neta, lo que har tambin negativo al nucletido. Las
bases nitrogenadas son anillos aromticos con N en su estructura. Cuando la base consta de un anillo, se
habla de pirimidinas (C, U, T), mientras que si son 2, son purinas (G, A). Las bases sern complementarias
entre s, es decir se unir una purina con una pirimidina (G-C y A-T/A-U). Por ltimo la pentosa puede
corresponder a una desoxirribosa, en el ADN, o a la ribosa, en el ARN.
Con esto, salta a la vista que hay dos tipos principales de cidos nucleicos el ARN y el ADN. Pero
antes de estudiarlos, cabe mencionar que los nucletidos tambin cumplirn funciones en su forma
monomrica. El caso ms conocido es el del ATP (adenosin-trifosfato), que corresponde a una adenina
con 3 grupos fosfatos, unidos entre s por enlaces de alta energa, por lo que al romper el enlace, la
transfiere, siendo conocida como la molcula energtica de preferencia. Tambin de la misma manera
acta el GTP, UTP, CTP y TTP. Otro ejemplo es el de los dinucletidos, como el NADH (nicotinamida
adenina di-nucletido), que cumple un importante rol en procesos de metabolismo, actuando como
donor o aceptor de electrones.
cidos nucleicos: ADN
El ADN corresponde al polmero de desoxirribo-nucletidos, donde se unirn mediante el C 3 de
la pentosa de un nuclotido y el grupo fosfato de otro, mediante un enlace fosfodister. Dada la carga
negativa del grupo fosfato, las molculas ms afines a los ac. Nucleicos sern las molculas bsicas.
El ADN se compondr de 2 hebras antiparalelas complementarias. stas tomarn una estructura
helicoidal con giro hacia la derecha sobre un mismo eje central, conocido como forma B del ADN.
Tambin existe la forma A, con gira hacia la derecha, pero ms compacta debido a la baja concentracin
de agua, y la forma Z, en la cual el giro ser hacia la izquierda gracias a configuraciones especiales de las
bases. En la forma B, la distancia que hay en una vuelta de hlice es de 36 de largo y 20 de ancho,
comprendiendo 10,5 nucletidos.
Existe adems, algo conocido como stacking del ADN, que corresponde a la apilacin de las
bases. Dado que son planas tridimensionalmente, pueden acoplarse y unir sus nubes de electrones pi,
para darle ms estabilidad a la hebra. Proveen una fuerza de estabilizacin similar a la de los puentes de
hidrgeno.
Por ltimo, que sean antiparalelas refiere a que van en sentido contrario, denominndose 5 al
extremo que posee un grupo fosfato libre y 3 al extremo que tiene un grupo OH del azcar libre. As, si
una cadena va en direccin 5 3, la otra ir 3 5.

Compactacin ADN
Como hemos empezado a ver, toda la informacin gentica, conocida como genoma, se
encuentra en el ADN. En el caso del ser humano, y de la mayora de los eucariontes, se encontrar muy
compactado, formando una estructura llamada cromosoma, habiendo 23 pares en cada clula. En
conjunto, entonces, habr aproximadamente 3 x 109 pares de nucletidos, midiendo en su forma
extendida, 4 cm por cromosoma. Aun as, hay que considerar que se encuentra increblemente
ordenado y compactado de manera que cabe en el ncleo.
En el caso de los procariontes, no se cuenta con un genoma tan grande ni se necesita, por tanto,
un sistema de compactacin tan complejo. Para hacerlo, se encuentra unido a unas fuerzas an no
conocidas, que formarn bucles o dominios. En los dominios el ADN se enrolla sobre s mismo ayudado
por otras protenas, siendo completamente independientes del dominio adyacente.
En cambio, los eucariontes, para lograr el empaquetamiento, reciben colaboracin de unas
protenas especiales, entre ellas, las histonas. stas sern protenas altamente bsicas (+), dado su alto
contenido de lisina y arginina, lo que las hace muy afines a los cidos nucleicos. Las histonas formarn
una estructura octamrica, a la cual el ADN le dar dos vueltas, formando un nucleosoma.
Para comenzar, se forma un dmero H3-H4, que se unir a otro igual, formando un tetrmero
H3-H4. A ste se le comenzar a enrollar el material gentico. Luego llegar un dmero H2A-H2B que
continuar la compactacin, para terminar con un ltimo dmero igual al interior. Todo este proceso es
largo y complejo, y est guiado por numerosos factores. Las dos vueltas que da el ADN alrededor del
octmero, cubrir 146 pb. Por ltimo, llegar la histona H1, de secuencia menos conservada, que se
unir a los dos extremos libres de ADN que forman el nucleosoma, de manera que lo sellar. No se sabe
a ciencia cierta, en que lugar especfico se une, pero abarca 20 nucletidos, protegindolos adems de la
digestin nucleasa microcccica.
Las histonas son protenas de pequeo tamao (11 15 kD) que poseen una estructura bastante
conservada, compuesta por 3 dominios conocidos como pliegues histnicos, que correspondern a 3 hlice separadas por secuencias cortas de aminocidos. Puedes tener otros dominios, pero esos 3 se
encuentran en todas (excepto H1). Tambin tomar gran importancia la presencia de largas colas Nterminales, ya que intervenirn en la formacin de fibra de 30 nm.
Cuando se aumenta la concentracin salina en presencia de H1, quedar ms compactada y
tomar el nombre de estructura solenoide o fibra de 30 nm. Para esto, contribuirn tambin las colas de
las histonas que forman el octmero, ya que a ellas se unirn las protenas que contribuyen a formar la
fibra de 30 nm. Aun as, tambin afectar el estado de las colas, ya que pueden sufrir modificaciones
estructurales como las acetilaciones, metilaciones, fosforilaciones, ADP-ribosilaciones, glucosilaciones,
etc. Con esto se busca, finalmente determinar en parte la expresin gnica, llamado cdigo
epigentico, pues son regulaciones que no se encuentran en el cdigo mismo, si no en su estructura.
En interfase es posible visualizar al ADN en estados especiales de compactacin. Estn los
cromosomas plumosos (lamp brush), que aparecen en la premeiosis, donde se puede ver un eje de
cromatina muy compactada, llamada andamiaje cromosmico, y saliendo de este, pequeos bucles de
material gentico en expresin. Tambin, observado por primera vez en larvas de insectos, se
encuentran los cromosomas politenicos, en los cuales es posible observar bandas e interbandas
intercaladas, que determinarn el estado de compactacin del ADN en ese lugar, siendo el encontrado
en las interbandas ms claro y con mayor actividad. Poseer en este estado un patrn reconocible.
En fin, se puede denominar al ADN compactado, durante todo el ciclo celular, excluyendo la
mitosis, como eucromatina, cuando no est condensado, sino mayormente en forma de fibra de 30 nm,
y heterocromatina, en la forma ms condensada gracias a protenas adicionales. En la heterocromatina
es ms probable encontrar genes no expresados (silentes) o secuencias cortas no codificantes, llamadas
tndems. Tambin se encargar de mantener los telmeros y centrmeros cuando se compacte a
cromosoma para la divisin celular.

REPLICACIN ADN
Para poder mantener la cantidad de material gentico en la clula tras las divisiones celulares,
este debe duplicarse. Con respecto a como lo hace, han surgido algunas teoras:
Replicacin conservativa: la doble hebra es copiada de una sola hebra, la cual volver a ensamblarse, de
manera que se forma una hebra completamente nueva y la parental queda igual.
Replicacin dispersiva: la doble hebra se separa y fragmenta. Las nuevas hebras se formarn al rellenar
estos espacios que quedaron vacos. As, cada copia poseera fragmentos del ADN original.
Replicacin semiconservativa: la doble hebra se separa completamente, y a cada una de estas hebras
parentales se le forma una nueva hebra, formando hebras hijas hbridas.
Despus de algunos experimentos se supo que la teora correcta era la ltima. Sin embargo, hay
que tener en cuenta lo complejo que es este proceso. Para comenzar la replicacin es necesario separar
las hebras. Para esto, la enzima helicasa acta rompiendo los puentes de H que unen las bases
complementarias. Para realizar esto, deber utilizar energa del ATP, a diferencia de otras helicasas
chaperonas, que utilizan la energa liberada de otros procesos. Las helicasas tienen la capacidad de
hacerse paso por sobre otras protenas, dada su alta afinidad a los cidos nucleicos en comparacin a la
de las dems protenas a las que se une.
En el proceso de separacin se formar la burbuja de la replicacin, compuesta por dos
horquillas independientes, es decir, en cada horquilla ocurrir una sntesis. Si bien, las hebras van a
tender a unirse de nuevo, actuar una nueva enzima, la SSB (single strand binding protein) que se unir
a las hebras para estabilizarlas y no permitir que se vuelvan a unir.
Las enzimas que se encargarn de sintetizar el ADN sern las ADN polimerasas. Primero estas
sern distintas dependiendo del tipo de clula, y dentro de cada clula tambin se diferenciarn por sus
funciones. En procariontes encontramos a las ADN polimerasa I, II y III, siendo sta ltima la nica con
funcin polimerizadora de replicacin, mientras que las funciones principales de las otras dos es la de
reparacin de ADN. Y si bien, todas las polimerasas tienen actividad exonucleasa, la polimerasa I es
importante dado que es la nica que tiene la capacidad de hacerlo en direccin 3 5. En eucariontes,
por otro lado, encontraremos a las polimerasas y , como las principales de sntesis, y , y , de
actividad principalmente exonucleasa.
Lo comn, es que las polimerasas de ADN tengan una actividad de sntesis de 5 3, ya que va a
ir agregando los nuevos nucletidos a un extremo 3 OH libre de un nucletido anterior. Sin embargo,
con esto surgirn varios problemas. El primero, es que se necesitara ese nucletido anterior para que la
polimerasa pueda actuar, es decir, no puede agregar el primer nucletido. Por lo tanto, necesitar de un
cebador, o primer, que le preste este OH libre para realizar la unin de nucletidos. De esto se
encargar la ADN primasa, que corresponde a un tipo de ARN polimerasa que colocar esta secuencia
inicial de nucletidos.
Por otro lado, surgir el problema de que si ambas hebras son antiparalelas, una ir de 3 5,
en la cual la creacin de la nueva hebra no tendr problema, pero la otra, que va de 5 3, es ms
complicada. Como se puede hacer uso de solo una polimerasa, esta tendr que ir creando de a
fragmentos en sentido contrario. A cada fragmento, llamados fragmentos de Okazaki, se le deber
colocar un primer, el cual tendr que ser retirado y rellenado por desoxirribonucletidos, de lo que se
encargar principalmente la Pol I. Por ltimo, los fragmentos sern unidos mediante la ligasa, encargada
de crear los enlaces fosfodister entre los nucletidos.
Resumidamente, la horquilla de replicacin se identificar por poseer una hebra continua, o
lder, y una hebra discontinua, o retardada.

Dao y reparacin de ADN


Hay que tener en consideracin que la sntesis de ADN no es un proceso perfecto, sino que
posee muchas fallas. Vale reconocer, sin embargo, que ser distinta una mutacin a un dao, ya que la
mutacin corresponder a una configuracin establecida del ADN, formada as desde el comienzo o
como un dao que no se corrigi, y que ya no es visto como error, por lo que se mantiene con el tiempo.
Por otro lado, los daos sern los cambios del ADN que sern reconocidos como fallas y que se
intentarn cambiar. As, hay distintos daos:
- Alquilacin: en la cual se le agrega un grupo alquilo al nucletido.
- Corte de una hebra o ambas: se corta el enlace fosfodiester debido a rayos X, pudiendo ser reparada
por la accin de la ligasa.
- Dmeros de pirimidinas: mediante exposicin a rayos UV, puede que las bases nitrogenadas se unan
entre s, cambiando la configuracin del ADN y su expresin.
- Entrecruzamiento: intercambio de partes por otras de ADN o de protenas.
- Intercalacin de ADN
- Depurinacin: es la prdida de la base nitrogenada completa, slo en el caso de las purinas (G o A).
Ocurren alrededor de 5000 depurinaciones al da.
- Deaminacin: es el cambio de un grupo amino por un grupo hidroxilo, produciendo bases no
naturales, que son reconocidas por la ADN glicosidasas. Cuando se deamina a la citosina, esta
quedar como Uracilo.
Para la reparacin del ADN, depender del dao en una primera instancia. Sin embargo, existen
algunos tipos como la reparacin por excisin. En esta se identifica el dao, y se remover el fragmento
completo para luego reemplazarlo por complementariedad de bases. Para poder identificarlas, acta
una familia de enzimas, llamadas glicosiladas, que reconocen bases modificadas. Tambin actuar la
ADN ligasa para terminar la reparacin.

SNTESIS DE ARN
A diferencia del ADN, existirn varios tipos de ARN, que poseern distintas funciones: ARNm,
ARNt, ARNr, ARNsn, ARNsno, etc. En clulas de mamferos, el mayor porcentaje corresponder a ARNm.
Tambin se pueden diferenciar en el hecho de que el ARN es monocatenario, posee una ribosa como
pentosa, y la base timina es cambiada por uracilo.
La sntesis de ARN es una copia de fragmentos de una hebra del ADN, tarea realizada por las
ARN polimerasas, que tambin trabajarn de 5 3. La hebra del ADN que se utiliza para la
polimerizacin es conocida como hebra templada, mientras que la otra es conocida como hebra
codificante, pues el ARN creado quedar con una secuencia igual a sta. Por lo general, se utilizan las
mismas hebras templadas, pero hay veces en que tambin puede hacer de codificante.
Para poder reconocer a cual hebra se tiene que unir, existir una regin promotora en el ADN,
que le indicar al complejo de transcripcin donde debe posicionarse para poder comenzar. El proceso
completo ser distinto en procariontes y eucariontes.
Procariontes
La ARN polimerasa bacteriana es una sola, pero que se compondr de varias subunidades con
funciones distintas. As, est la subunidad sigma , que se encargar de reconocer al promotor; la
subunidad clamp, que se encargar de mantener unido el complejo al ADN; la subunidad rudder, que
impide la mantencin de la hebra hbrida; la subunidad cremallera, que separar las hebras de ADN; y la
subunidad flap, que asegura que el ARNm sintetizado es retenido.
1. Inicio: la polimerasa se recluta al ADN, unindose a alguna zona de este, con las cadenas juntas. El
complejo recorrer el material gentico, con la subunidad buscando lo que es llamado promotor.
En procariontes, existirn las regiones consenso, en -35 y -10 (comn: TATAAT), las cuales indicarn
que en el +1 es donde se debe comenzar la transcripcin. Estas secuencias son bastante
conservadas, pero con una gran variabilidad, lo que determinar el nivel de reconocimiento que
posea (no se reconocer el 100% de las veces). Esto es un tipo de regulacin, ya que si no se
reconoce, no se transcribir ni expresar el gen.
2. Elongacin: la ARN polimerasa procariontes abarcar un total de 17 nucletidos, dado su volumen.
Tambin realiza polimerizacin de 5 3, formando enlaces fosfodiester utilizando ZTP, por lo que
liberar dos fosfatos inorgnicos. Para trabajar de manera ptima, se ver neutralizada por algunos
iones, como el Mg2+. La forma tridimensional que toma le ayudar a determinar en gran medida
algunos procesos, como lo puede ser la separacin de las dos hebras. Al haber polimerizado unos
cuantos nucletidos, lo ms comn, es que se desensamble la subunidad sigma.
Con la separacin de las hebras, al igual que en la replicacin, se irn creando enrollamientos
para ambos lados, conocidos como supercoils positivos y negativos, por lo que tambin en este
proceso se encontrar actuando la topoisomerasa.
3. Terminacin: habr seales, tambin encontradas en el ADN, que marcarn el detenimiento de la
transcripcin. Esta seal se complementa con la capacidad que posee la polimerasa de
desensamblarse, lo que determina el final del proceso.
En procariontes, encontraremos una protena llamada Rho, que ayudar a esta etapa, por lo que
podemos encontrar dos tipos de terminacin:
- Rho independiente: el ARN transcrito poseer una regin rica en citosina y luego otra rica en
guanina, que se complementarn para crear un loop por interaccin de bases. Luego de esta, se
encontrar una regin rica en uracilo, la cual es poco estable en su unin al ADN, por lo que
provocar inestabilidad, y el consiguiente desensamblaje de las subunidades de la polimerasa y
la liberacin del ARNm recin creado, dndose por terminada la transcripcin.
- Rho dependiente: si bien, hay una zona rica en C y G, para formar el loop, no habr suficientes
uracilos como para desestabilizar el complejo. Por esto, llega una protena , que posee alta

afinidad por el ARN monocatenario, con la capacidad de moverse sobre este al tener unin
especfica de bases. Esta protena recorrer el ARN, a medida que ocurre la transcripcin. Como
este proceso es ms rpido, solo cuando la polimerasa se detenga, va a poder alcanzar el final
de la cadena de ARN. Cuando llega a la unin de polimerasa-ARN, tiene la capacidad de sacar el
ARNm del complejo, dejndolo listo para su traduccin, con lo que termina el proceso.

Eucariontes
Para la transcripcin eucariontes, encontraremos distintos tipos de ARN polimerasa, segn el
tipo de ARN que sintetice. La polimerasa I sintetizar pre ARNr; la polimerasa II, pre ARNm, pre ARNsno
y pre snARN; y la polimerasa III, pre ARNt y pre ARNr 5S (principalmente). As, puede ocurrir que una
misma secuencia sea leda por dos tipos de ARN polimerasa, por lo que se formarn dos tipos distintos
de ARN.
En eucariontes tambin habr regiones consenso. Existe por ejemplo el TATA box, que se
encontrar en la regin -25, y la caja CAAT, en el -80. Otras regiones conocidas como enhancers,
permitirn la unin de protenas conocidas como activadoras, que aumentarn el reconocimiento del
gen por la ARN Pol, as como facilitarn su estabilizacin. As tambin, se encontraran regiones llamadas
operadores, encontradas generalmente dentro del promotor, al que se une un represor, evitando la
unin de la ARN pol.
Por lo tanto, en el gen eucarionte reconoceremos varias zonas en el ADN que controlarn la
transcripcin de un ARN. Existe una regin promotora, que se compondr de una zona CORE, que
poseer la secuencia inicial y la TATA box, y una zona regulatoria local, que poseer secuencias locales
de regulacin. El promotor pertenecer a su vez a una regin de control transcripcional completa,
donde, ro arriba, se podrn encontrar otras secuencias como enhancers u operadores.
A las protenas que se unen a TATA box, a los enhancers y a los operadores, son conocidos como
factores de transcripcin. Existen as los factores TFIID, que
corresponden a TBP (tata binding protein) la cual se unir a la
caja TATA, y a TAF, que unir a las protenas que reconocen
otros centros promotores distintos a TATA, tanto para
regulacin positiva como negativa. TFIIB es el nico factor
que tendr contacto con el ADN, ya que los dems factores
se unirn a l. As TFIIB se une al ADN; TFIIA ayudar a
estabilizar TBP; TFIIF se unir a TFIIB para aportar la ARN pol,
que quedar colocada para transcribir; TFIIH tendr actividad
helicasa; y TFIIE permite el reclutamiento de IIH, as como la
regulacin de su actividad.
Por ltimo, es importante mencionar que los promotores pueden cambiar su reconocimiento
segn la presencia de agentes externos. Por ejemplo, tras un golpe de calor se podrn reconocer ms
algunos promotores.
Maduracin ARN
En eucariontes, el ARN formado inmediatamente despus de la traduccin es conocido como
ARN inmaduro, ya que en su estado no tiene la capacidad de formar portenas tiles. Por esto sufre una
serie de modificicaciones.
El ARN inmadura estar compuesto por zonas codificantes y no codificantes, llamadas exones e
intrones, respectivamente. Segn la clula y la protena que se quiere formar, distintos segmentos
pueden ser reconocidos como intrones o exones.

El proceso mediante el cual se retiran los intronces y se unen los exones es conocido como
splicing. Existen varios tipos de splicing, entre ellos los autocatalticos. stos consisten de un ataque
nucleoflico del OH de un nucletido sobre el fosfato de otro. Para esto, deben estar cercanos, por lo
que son ayudados por protenas catalizadoras, sin el uso de energa. Si el OH atacante no proviene de la
misma cadena, lo ms seguro es que el intrn generado quede lineal, por lo que ser llamado intrn tipo
I. En cambio, cuando los ataques se realizan entre nucletidos del intrn mismo, quedar un enlace que
formar un lazo, dejndo al intrn con cierta estructura, por lo que tomarn el nombre de intrn tipo II.
Tambin existen otros tipos de splicing, en los cuales se utilizar energa, y ser llevado a cabo
por un complejo formado por subunidades de ARNsn (small nuclear), llamados U. El conjunto de U1, 2,
4, 5 y 6 formar lo que se conoce como spliceosoma. stos catalizan reacciones llamadas de
transesterificain entre lo nucletidos de los intrones, de manera que este pueda ser retirado luego.
Otro proceso por el que pasa el ARN inmaduro es el capping, es decir, el posicionamiento de un
nucletido modificado, generalmente, 7 metil guanosina, en el extremo 5, conocido como cap. Este no
es reconocido por las protenas con accin nucleasa, por lo que no es degradado tan fcilmente al
encontrarse en el citoplasma. Solo se va a presentar en los ARNm.
El cap se agregar mediante su extremo 5, es decir, lo har en sentido contrario a como lo hara
un nucletido normalmente. Se aadir al trifosfato guanosil, el 1 nucletido del ARN, por lo que entre
los nuclesidos habrn 3 grupos fosfatos unindolos.
El orden de estos acontecimientos es, principalmente, la desfosforilacin del ltimo nucletido
(quedar con dos, dado que es trifosfato nuclesido); el aadimiento de la guanina en el sentido
contrario, grupo fosfato a grupo fosfato (reestableciendose el n inicial); le metilacin de la guanina
recin aadida; y hay veces en que se metilan tambin el primero y/o segundo nucletido del ARN, para
protegerlo an ms.
Por ltimo, ocurre la poliadenilacin, que consta de agregar en el extremo 3 una cola formada
por muchsimas adeninas. Para esto habr una seal que avisa que se debe reclutar la poliA polimerasa,
y luego, otra seal, dar cuenta de donde se debe cortar el ARN recin formado para que comience a
actuar la polimerasa. Esta segunda secuencia es generalmente AAUAAA.
La poliadenilacin es un proceso muy complejo, en el cual participarn numerosos factores.
Estructura ARN y ARNt
Ya vimos las principales diferencias entre ADN y ARN, entre ellos el azcar que lo forma (ribosa),
la cantidad de hebras (1), el tamao (80 10.000 bp), y las bases. Con respecto a las bases, cabe notar
que si en el ADN existen cuatro (A, G, C y T), en el ARN existirn ms tipos. La timina ser intercambiada
por el uracilo, formado por la deaminacin de una citosina; encontraremos a la inosina, formada por la
deaminacin de la guanina; o la pseudouridina, entre muchas otras posibles bases modificadas.
Dada esta condicin de bases especiales, habr interacciones no cannicas entre estas, es decir,
se establecern puentes de hidrgeno entre bases distinas a A-U y G-C, como por ejemplo G-U o I-U.
Habrn as pares de bases homopurinas (A-A, G-G), heteropurinas (A-G), homopirimidinas (C-C, U-U),
heteropirimidinas (C-U), e incluso hay casos en el que se relacionan tres pares de bases a la vez,
conocido como apareamiento triple. Dado esto, el ARN podr tomar numerosas estructuras y formas.
El ARN, adems va a estar conformado por solo 1 cadena, por lo que tendr una mayor
posibilidad de crear distintas interacciones entre distintas regiones de la cadena. Por esto, el ARN
poseer estructuras:
- Primaria orden de nucletidos

Secundaria es la forma bidimensional local que se forma por el pliegue del ARN debido a la
complementariedad de bases. Entre ellas estn el hair-pin, single stranded regiones, bulge loop,
internal loop, multibranch junction.
- Terciaria es la forma tridimensional, donde tambin pueden haber interacciones entre
nucletidos y pequeos azcares. Una de las estructuras que pueden tomar, es la de
pseudoknot, en la que se relacionarn muy estrechamente dos loops. Esta estructura
tridimensional en esencial para la expresin gnica.
Es importante tambin saber que, al igual que el ADN, el ARN podr cambiar su estructura segn
el medio en el que se encuentre, especialmente segn la concentracin de sales, que neutralizan las
cargas. Hay veces en que solo pueden adquirir ciertas estructuras si es que hay presentes ciertas
sales, como el Mg2+, en el medio.
Existen ARN con accin enzimtica, conocidos como ribosimas, que pueden actuar en distintos
tipos de molculas. Su accin est estrechamente ligada a la estructura terciaria que puedan tener,
sin importar tanto que nucletidos lo forman. Tanto es as, que si se cambia el orden de la cadena
nucleotdida, pero se forma la misma estructura tridimensional, podr seguir cumpliendo su funcin.
Por lo tanto, la formacin de esta estructura estar altamente regulada por la clula, por el cambio
de concentraciones o presencia de protenas, con lo que se regular su accin.
El ARNt tiene una estructura secundaria en forma de t y una estructura terciaria ms parecida a
una L, donde en un extremo poseer la secuencia ACC aceptora de aminocido, y en el otro la zona
del anticodn. As, los nucletidos que formen al ARNt no determinarn su funcin, sino que
determinarn su especificidad para captar a un aminocido en particular, es decir, su estructura le
da la funcin de transferencial y la secuencia determina su complementario aminocido.
Exportacin ARN
Sacar al ARN del ncleo es un proceso muy complejo, en el que actuarn muchas protenas que
se asociarn a l. Un ejemplo de ellos es el EJC (exn junction complex) que se unir al ARN en los
lugares donde hay uniones exn-exn; las PABP (poli-A binding protein) que se unirn a la cola poliA para contribuir luego en la traduccin; CBC (capping binding complex); etc. Sin todas estas
modificaciones no es posible que atraviese un poro nuclear, ya que al hacerlo pasar por una
exhaustiva revisin, donde se liberarn algunas de estas protenas. Si le faltan secuencias o
protenas, no ser exportado.
La verificacin del control de calidad del ARN es muy compleja. La sntesis del complejo proteico
es local, no genrica, es decir, que se sintetizar cuando sea necesitado, a contrario de la sntesis del
ARN que es ms constante. Por esto, no todo el ARN transcrito es utilizado de forma inmediata,
existiendo sistemas de almacenamiento que depender de protenas que lo localizarn en la clula.
Mientras pasa por el poro nuclear, afuera del ncleo se encontrarn ribosomas especiales que
realizan la primera ronda de traduccin, en la que leern el ARN, mas no sintetizarn cadenas
poliproteicas. Esta traduccin puede ocurrir dentro o fuera del ncleo. Durante la revisin se irn
desasociando algunas protenas.
Una de las protenas sealizadores son las de unin exn-exn, ya que si durante la primera
traduccin, se encuentra un codn de STOP antes de otro EJC, esto dar para conclusin de que no
se han removido uno o ms intrones, por lo que se le considera un ARN defectuoso y es llevado para
degradacin. Por tanto, la seal STOP debe encontrarse despus del ltimo EJC. A medida que se
van revisando, estas protenas se van desasociando.

TRADUCCIN: SNTESIS DE PROTENAS


El cdigo en el que se encuentra el ARN es mediante codones, fragmentos de 3 nucletidos que
determinarn un aa. Para unir estos aminocidos y formar una cadena polipeptdica se necesitar de un
cdigo que pueda traducir de un lenguaje a otro, dado por el ARNt, mediante los anticodones, que se
complementan con los codones para formar la cadena polipeptdica.
Obviamente el proceso ser muy distinto en procariontes y eucariontes. Las primeras
diferencias son encontradas en el gen mismo. Un gen procarionte va a ser policistrnico, es decir, va a
poseer varias secuencias de ARN codificante para distintas protenas. Cuando estas protenas tienen una
funcin comn, como lo puede ser, la degradacin de un compuesto, al conjunto de cistrones se le llama
opern. En cambio, en eucariontes, a pesar de que se compone de varias porciones, lo ms comn es
que se trate de un gen monocistrnico, es decir, codifica slo una protena.
Los ribosomas, estructuras formadas de ARNr y protenas, tambin sern distintos segn el tipo
de clula en el que se encuentre. Aun as, tendrn cosas en comn, como el estar formado por dos
subunidades, con distinta velocidad de sedimentacin (valor S, o Svedberg, unidad de sedimentacin de
ARNr, que hace referencia a la velocidad de sedimentacin, afectada por el tamao y la forma de una
molcula).
Procariontes
En clulas procariontes, las subunidades del ribosoma se pueden ensamblar de manera
independiente, sin importar si es que hay o no ARNm. De hecho, si se ensamblan antes de relacionarse
con el ARNm, este no puede agregarse sin que se desensamble. Por tanto, existen los factores de
iniciacin procariontes, conocidos como IF, que ayudarn a que sea un proceso, dentro de lo posible,
regulado. As por ejemplo, es el IF3 el que se une a la subunidad menor, o 30 S, para evitar que se
encuentre ensamblado en su estado natural. El IF2, por otro lado, es aquel que har de puente entre el
ribosoma y el ARNt.
La subunidad 30S, est formado por protenas y un ARNr 16S. Este ARNr posee una colita que
reconocer una secuencia llamada Shine-Dalgarno, a la que se ancla, para sealar el lugar donde debe
comenzar la traduccin, y por tanto, donde se debe posicionar la subunidad menor: en el codn de
inicio. Se concluye entonces, que es en la subunidad menor donde se posiciona el ARNm. La distancia
entre la secuencia de Shine-Dalgarno y el codn de inicio, es generalmente alrededor de 6 nucletidos.
El codn de inicio es, por defecto, AUG (91%), sin embargo dada una situacin especial entre codn y
anticodn (balanceo o wobble), pueden ser tambin GUG (8%) o UUG (1%), aun cuando todas codifican
para metionina.
El balanceo o wobbling, es un efecto producido por la forma tridimendional que tiene la zona
del anticodn, que explicara la degeneracin del cdigo gentico. Esta zona tiene forma ms o menos
curva, en comparacin a la forma rectilnea del codn en el ARNm, por lo que en el apareamiento de
bases, habr ms tendencia por un lado. As, quedar fuerte y especficamente unida a la base central,
bien unida a una base lateral, y poco unida a la base sobrante. Entonces, las uniones cannicas entre
aminocidos se realizarn en las dos bases que se encuentran ms fuertemente unidas al ARNm. La 3
base, en cambio, podr ser casi cualquier base que establece uniones no cannicas, como lo es la base
modificada inosina (I).
Al reconocer la secuencia Shine-Dalgarno, el IF1, que se encontraba asociado a la subunidad
menor, se eliminar, llevndose consigo al IF3, permitiendo as la llegada de la subunidad mayor, o 50S.
La subunidad 50S tiene accin GTPasa, por lo que es capaz de degradar al IF2, que se liberar del ARNt,
dejando lista la maquinaria de traduccin para que comience.
*ARNt es un tipo especial de ARN que poseer varias modificaciones en su estructura, incluyendo
bases modificadas. Para unirse al aminocido, debe reaccionar primero con un ATP que fosforilar su

extremo carboxlico. Luego, el ARNt que posee una extremo 3 OH libre, se le reaccionar con la adenina
de su extremo 3, formando as un AMP y un aminoacil ARNt. Esta reaccin es catalizada por la aminoacil
ARNt sintetasa.
Como existe, al menos, un tipo de ARNt por aminocido, habr tambin una respectiva
aminoacil ARNt sintetasa, que llevar a cabo la reaccin y tendr la capacidad de verificar que se uni el
aminocido correcto, dada su estructura (posee un sitio de sntesis y uno de edicin).
El ARNt iniciador en procariontes corresponde a un formil metionina ARNtmet, por lo que, la
metionina del primer aminocido se encontrar modificada por un grupo formil.
La subunidad 50S del ribosoma, posee una zona E (exit), P (peptidil ARNt) y A (aminoacil ARNt).
Adems, en esta subunidad, habr un tnel fsico por arriba que permitir la salida de la cadena
polipeptdica mientras se va formando.Para poder iniciar el proceso de traduccin, el primer aminocil
ARNt entrar directamente al sitio P. As, el sitio A queda listo para la llegada del segundo aminoacil
ARNt complementario, segn lo que diga la secuencia de ARNm.
Para que se vaya formando la cadena peptdica, ocurre un ataque nucleoflico de parte del
grupo amino del aminocido en el sitio A al carbono terminal de la cadena polipeptdica del sitio P.
Cuando la cadena se transfiere de aminocido, llegara el siguiente aminoacil ARNt que realizar el
ataque nucleoflico luego de haberse traslocado los ARNt en los sitios de la subunidad 50s.
Claramente para que todas estas reacciones se lleven a cabo, participarn varios factores de
elongacin. El aminoacil ARNt entrante se encontrar asociada al EF1, que posee una alta afinidad por
los aminoacil ARNt cuando se encuentra asociado a GTP. Al establecerse la unin entre codn y anticodn, se activa la accin GTPasa del factor (o sitio) F encontrado en la subunidad 50S, que
desfosforilar el GTP del EF1 a GDP, de manera que se disasociar del aminoacil ARNt.
Llegar entonces, el factor EF2, que tiene alta afinidad por el sitio F cuando se encuentra unido a
un GTP, y desplazar fsicamente, dado su volumen, a los ARNt presentes, dejando al recin formado
peptidil ARNt en el sitio P y al ARNt vaco en el sitio E, liberndose. Se activa tambin entonces la
actividad GTPasa, que desfosforilar el GDP del EF2, por lo que se liberar de la subunidad dejando
nuevamente el sitio A listo para que reciba otro ARNt asociado a un EF1.
Los EF1 son reutilizados gracias a otro factor, el EF1B, que fosforilar nuevamente al EF1 para
que se una a otro aminoacil ARNt.
Para que se de por terminada la traduccin, en el sitio A se ubicar el codn de trmino del
ARNm, por lo que, en vez de llegar un aminoacil ARNt, llegar el factor RF1 (para UAG o UAA) o RF2
(para UAA y UGA), que se asociar al codn. Estos factores tienen la capacidad de entrar al sitio A dado
que tienen la misma estructura que un ARNt. Este factor, en vez de aportar un nuevo aminocido,
provocar una reaccin de hidrlisis con lo que se liberar la cadena recin creada, desensamblndose
el complejo de traduccin ribosoma, ARNm y ARNt.
Hay un conflicto entre escuelas, ya que una (escuela 1) dice que se desensambla primero el
ribosoma y luego se libera el ARNm, y la otra (escuela 2) dice que se retira primero el ARNm y luego se
desensambla el ribosoma.
Cuando se encuentran mltiples ribosomas realizando el proceso de sntesis proteica sobre un
mismo ARNm, el conjunto toma el nombre de polisoma. El ARNm tendr una capacidad mxima de
ribosomas dependiendo de su largo, ya que un ribosoma cubre 35 nucletidos. La tasa traduccional es la
velocidad a la cual se va traduciendo el ARNm.
Muchos antibiticos tiene como funcin la inhibicin de produccin de protenas bacterianas,
de manera que morirn. Es importante que los antibiticos utilizados solo se usen para tratar
enfermedades causadas por bacterias, ya que afectar exclusivamente la traduccin procariontes. De lo

contrario, tambin afectara a la sntesis de protenas del organismo en tratamiento. Hay veces en que,
segn el antibitico, puede afectar tambin la sntesis de protenas en mitocondrias.
* Trans-traduccin
En procariontes, habr ocasiones en las que los ribosomas pueden ser disfuncionales, o dado su
largo tiempo de vida, ya no funcionan tan bien. Estos pueden provocar problemas al paralizarse durante
la traduccin, con lo que detienen toda la maquinaria, por lo que hay un sistema que se encarga de esto.
Existen los llamados ARNtm, un hbrido entre ARNt y ARNm, que ingresa al sitio A del ribosoma,
que posee gran afinidad por ribosomas detenidos. Entonces, el ARNtm tomar la cadena polipeptdica,
provocando el movimiento del ribosoma, pero a travs de s mismo, es decir, se mover hacia la cadena
alternativa del ARNmt, en vez de seguir leyendo el mismo ARNm. Este nuevo mensaje, encontrado en el
ARN hbrido, codifica para seales que degraden a la protena creada, pues quedara incompleta e
inutilizables. As, los dems ribosomas podrn seguir avanzando, evitando cualquier problema.
Eucariontes
La sntesis de protenas puede ocurrir en ribosomas ubicadas en organelos, como en el RER, o en
ribosomas libres en el citoplasma. Para que se pueda llevar una traduccin satisfactoria, afectarn
muchas ms detalles que en procariontes, comenzando por la estabilizacin dada por el cap y la cola
poliA.
Los factores de inicio en eucariontes ayudarn al ensamblaje de las subunidades ribosomales,
dado que no lo hacen de manera independiente. La subunidad menor, o 40S, se una al ARNm gracias a
eIF3 (eukaryotic iniciation factor 3), mientras que el complejo de factores eIF4F se encargar de
relacionar al complejo ribosomal a las distintas protenas y al ARNm. As, dentro de los eIF4F tendremos
factores como eIF4G que cumple una importante funcin de puente entre el eIF3 y los dems factores;
el eIF4E, ser la protena que reconocer al cap; y el eIF4A cumplir funciones de helicasa ATP
dependiente, ya que el ARN se encontrar plegado, y para traducirlo debe encontrarse lineal. Por otro
lado, ser el eIF2A el factor que se encontrar unido al aminoacil ARNt para unirse con la subunidad
menor.

El reconocimiento del codn de inicio depender del contexto de nucletidos en el que este se
encuentre, teniendo mayor probabilidad de ser ledo cuando en los sitios -3 y +4 se encuentran purinas,
en el caso de tratarse de AUG. A este contexto se le llama contexto Kozac, sin el cual algunos codones
de inicio pueden ser obviados por los complejos de traduccin. Cuando el codn de inicio es distinto a
AUG, necesita otros contextos distintos al ejemplificado.
El inicio de la traduccin comienza con un scanning, donde el complejo recorre el ADN para
encontrar al codn de inicio. Al encontrarlo, se debern liberar una gran cantidad de factores para darle
paso a la subunidad mayor, o 60 S. Uno de los factores que debe liberarse es el eIF2A que se encontrar
asociado a un GTP. Se desfosforila su GTP a GDP con lo que dejar de sentir afinidad por el ARNt al que
se encuentra unido. Al igual como pasaba con el factor procarionte EF1, el eIF2A es reciclado por la
accin del eIF2B, que lo vuelve a fosforilar de manera que se asocie a un nuevo aminoacil ARNt.
El factor eIF4G, que hace de puente, debe mantenerse en el mismo lugar, sin avanzar con el
complejo de traduccin. Esta es un factor que presenta sitios de unin a muchos otros factores, entre
los que se encuentran por ejemplo dos sitios para eIF4A (helicasa). Hay dos tipos de eIF4A, uno ms
fuerte que el otro, que determinarn la procesividad de la sntesis proteica.
El factor eIF4E, que reconoce al cap, es controlado por los 4E-BP (binding proteins), que se
unirn a l, no permitiendo que reconozca al cap. Cuando se fosforaliza a la 4E-BP por degradacin de
ATP, pierde afinidad por eIF4E, dejndolo libre para unirse al cap.
La cola poliA participa en el proceso de iniciacin gracias al factor PABP (poliA binding protein),
que tendr un sitio de unin en eIF4G. Al relacionarse, de cerrar el ribosoma, formando una
circunferencia, que permite una sntesis continua, ya que, al llegar al sitio de terminacin, el complejo
no se desensambla por completo, sigue recorriendo el ARNm, y llegar de nuevo al sitio de inicio. Por lo

tanto, esta protena aumenta en un gran porcentaje la tasa de traduccin, mientras que su
desestabilizacin (controlada) la disminuye.
Existen protenas, llamadas Paip1 y Paip2, que van a regular la tasa de transcripcin al evitar o
favorecer la formacin de los polisomas, actuando en PABP. Los Paip2 la disminuirn, ya que se unirn a
los sitios de unin para eIF4G del PABP; mientras que los Paip1 la aumentarn, dado que aumenta la
afinidad de los dos factores, adems de permitir la relacin entre PABP y el eIF4A (helicasa).
Cuando hay muchos nucletidos entre el codn de STOP y la codn de inicio en el ARNm
cerrado, hay protenas como la GSTP/eRF3, que ayudarn a acortar esta distancia mediante loops.
La tasa de traduccin tambin puede ser regulada por el mismo ARNm, ya que puede poseer
complejas formas en su estructura, que hace difcil el trabajo de las helicasas, y por tanto, ms lento el
proceso. Segn que tipos de helicasas posea el complejo, (1 fuerte y 1 dbil, o 2 de cada una) cambiar
la productividad.
* Iniciaciones alternativas dependientes de cap
- Salto del ribosoma: hay veces en que el ARNm poseer estructuras secundarias, o incluso
terciarias, tan estables, que los factores 4A no podrn separarlos, por lo que existe la
posibilidad de que el complejo realice un salto de esta, mientras realice el scanning, hasta
encontrar otro codn de inicio.
- Gen bicistrnico: hay ocasiones en que un gen eucarionte puede poseer dos cistrones, es decir,
codifica para dos protenas. Cuando la cantidad de nucletidos que separan el codn STOP de
un cistrn del codn de inicio del otro, es menor a 90, la subunidad 40S no se desensambla y
provocar la lectura del segundo cistrn. Si los separan ms de 90 unidades, la subunidad se
desensamblar por inestabilidad.
- Marco de lectura alternativo: segn el contexto en el que se encuentre el codn de inicio, este
puede ser o no reconocido por el complejo traduccional. Por esto, hay veces en que algunos
codones no son reconocidos y son obviados, por lo que se comienza desde otro codn de inicio,
de manera que se codifica para una protena incompleta, o simplemente otra distinta cuando
cambia el marco de lectura.
La regulacin de expresin de un gen tambin puede darse por protenas que no permiten el
posicionamiento del complejo, conocidas como protenas represoras; as como tambin algunas
protenas se unen al ARN de manera que queda estable para poder traducirse.
Existen retrovirus que pueden cambiar el marco de lectura ya comenzado el proceso de sntesis, de
manera que del mismo ARNm se creen varias protenas truncas. Para esto, se presentan pseudoknots
que detienen a un ribosoma, pero como hay otro ribosomas que seguirn traduciendo tras de l, lo
movern fsicamente, deshacindole el pseudoknot y cambindole el marco de lectura del primer
ribosoma. El pseudoknot puede y volver a formarse, provocando el cambio de marco de otro ribosoma,
y as continuamente. As, los ribosomas con cambio de marco en la lectura de un ARN viral, son cerca de
un 10%.
Hasta ahora, hemos visto iniciaciones dependientes de cap, siendo que existen algunas que son
cap-independientes. Existen estructuras terciarias formadas por los ARNm, llamadas IRES (sitio interno
de entrada a ribosomas) que tienen la capacidad de reclutar a complejos de traduccin. Para esto,
necesitar tambin le presencia de unos factores llamados ITAF (factores transactivadores de IRES). Los
IRES se reconocen por su funcionalidad y afinidad a los ITAF, pero no poseen una estructura cannica.
Hay que hacer una distincin, ya que no todos los ARNm poseen IRES, pero s todos poseern cap.

As, cuando hay un IRES con ITAF asociados puede llegar un complejo de iniciacin de manera ATP
dependiente, cuando no es colocado directamente en el codn de inicio (con scanning), o ATP
independiente, cuando es colocado justo donde debe empezar la traduccin (sin scanning).
Cuando se presentan IRES en medio de un ARNm bicistrnico, separando ambos cistrones, permite
la traduccin de ambos de manera independiente. De esta forma, la sntesis de la protena que codifica
el cistrn encontrado despus del IRES no necesitar la activacin del complejo del primer cistrn para
producir una protena. Existen casos, por ejemplo, en que habr protenas que competirn por el lugar
del eIF4E, de manera que el cap no pueda ser reconocido y el cistrn cap dependiente no puede ser
traducido. En estas condiciones, el cistrn de iniciacin cap-independiente puede ser llevado a cabo de
todos modos.
Por esto, los IRES se regulan de distintas maneras, como por ejemplo con el control de produccin o
utilizacin de ITAF, ya que sin ellos no puede reclutar al complejo. Incluso, hay algunos IRES ms
complejos, que necesitarn ms de un ITAF para funcionar, de manera que se forman grandes complejos
ribonucleoproteicos que, slo una vez formados, permitirn la traduccin del cistrn.
Al analizar los ITAF, es posible notar que la mayor proporcin de ellos se encuentra en el ncleo, lo
que parece contradictorio, ya que la traduccin ocurre en el citoplasma. Hoy en da, sin embargo, se
sabe que el ITAF debe poseer una experiencia nuclear para poder ser funcional, es decir, debe
madurar en el ncleo. Algunos tambin pueden ser almacenados en el ncleo, de manera que slo se
utilicen cuando desaparezca estructura, es decir, en la mitosis. Durante esta etapa del ciclo celular
disminuye la cantidad de protenas reconocedoras de cap, por lo que la traduccin es principalmente
cap-independiente, razn por la cual este mecanismo es tan importante.
Tambin hay que notar que los IRES son muy variados y son especficos, lo que determinar las
diferencias de productividad segn la clula en la que se encuentre.

* IRES virales:
Los IRES virales son distintos a los de las clulas eucariontes, ya que en estas ltimas se tratar
de un mecanismo modulado, mientras que en virus es un todo o nada. Adems, en virus, el IRES se
asociar al complejo ribosmico de manera independiente de protenas, por lo que es un proceso ms
fcil y directo. Al hacerlo de esta manera, se unir de manera mucho ms fuerte el ARN al ribosoma, por
lo que lo secuestra y no permite que traduzca otros ARN.
Hay otros virus que simulan la estructura de un ARNt para reclutar al ribosoma completo, y no
slo a la subunidad menor, de manera que inutilizar la clula pasado algn tiempo.
Un ejemplo de esto es el poliovirus, que durante mucho tiempo se utiliz una vacuna para
inhibirla. Con esta vacuna se inyectaba una especie atenuada del virus. Al investigarse porque el virus
estaba atenuado, se descubri que se trataba por una nica mutacin en un IRES, que no permita la
traduccin de unas protenas, lo que demuestra su naturaleza modular.
Sin embargo, es posible encontrar virus, como el VIH, que s son modulares. Estos poseern
varios IRES, cada una con capacidad traductora, por lo que si se mutan uno, no se atenuar. Slo se ver
atenuado cuando se encuentren mutados todos sus IRES.

REGULACIN EXPRESIN GNICA


Ya hemos visto muchsimos mecanismos que vana a controlar si es que aumenta o disminuye la
produccin de tipos determinados de protenas. En eucariontes, por ejemplo, se puede controlar tanto a
nivel transcripcional como traduccional, mientras que en procariontes, ser una regulacin
exclusivamente transcripcional.
Si consideramos adems, que los genes procariticos son policistrnicos, se debe regular con un
sistema especial, que toma el nombre de operones. As, en procariontes, un gen poseer varios
cistrones, mas no todos se estarn traduciendo constantemente.
Para entender mejor esto, es bueno verlo con dos ejemplos:
- Opern Lac: constituye un conjunto de genes que codifican para las protenas que van a trabajar en
el tratamiento (degradacin, transporte y otras funciones) de la lactosa. El primer gen del opern no
se encuentra reprimido en el general de los casos, como puede ser cuando hay ausencia de lactosa,
o al haber mucha glucosa; este primer gen codificar por protenas represoras de los dems genes
del opern, que se ubicar antes del promotor.
Para que se inutilicen estos reprimidores, debe ingresar lactosa a la bacteria. Al hacerlo, cierta
cantidad tomarn la forma alternativa isomrica, la alolactosa. sta se unir a los reprimidores de
manera que se disocie del ADN, permitiendo su transcripcin. La alolactosa entonces, toma el
nombre de inductores, pues evita la no traduccin del opern. Aun as, en este estado se realiza una
transcripcin basal.
Cuando hay exceso de glucosa en la clula, ser difcil encontrar AMPc en la clula, hecho que
mantendr inactivo a otra protena, conocida como activadora. Sin embargo, cuando disminuye la
glucosa y aumenta el AMPc en la clula, este se unir al activador del opern, que provocar un
aumento de transcripcin de dichos genes, de manera que se expresen en gran proporcin. As, se
degradar ms lactosa, con lo que aumentarn los niveles de glucosa. Al hacerlo, volver a disminuir
la expresin del gen, por lo que se trata de un sistema controlado.
- Opern Trc: cuando uno encuentro triptfano en la clula, este actuar como represor, pues su
opern codifica para protenas encargadas de la sntesis de triptfano. Por lo que, si hay, no se
necesitar producir ms. Por esto, cuando disminuyen los niveles de triptfano, se desactivar el
represor, permitiendo la transcripcin del gen que se traduce en protenas sintetizadores de esta
molcula.
Si analizamos la situacin de regulacin en las clulas eucariontes, se puede ver que es mucho
ms fina, ya que podemos encontrar regulacin en la transcripcin, el splicing, la exportacin del
ARNm, la estabilidad de la molcula, la localizacin de sta en la clula y finalmente en el mismo
proceso de traduccin.
Existen algunas hormonas que pueden actuar como represores y activadores de distintos genes,
como por ejemplo, en el ciclo menstrual. Hay veces tambin, en que la presencia de hormonas
activa a un cambio conformacional en las protenas reguladoras, de manera que le permite asociarse
a un co-activador.

cachai que primero se forma como un tubito verde y rojo? las rojas son las subunidades beta..
esas son las que tienen la actividad cataltica
o las rojas son las subunidades alfa..
o de las subunidades beta hay q tener claro las funciones de la beta1, beta2 y beta 5.
sorry
xd
o
las
verdes
son
alfa
o
beta
1:
corte
protenas
cidas
o
beta
2:
corte
protenas
bsicas
o beta 5: corte protenas despus de una tyr o phe
o si cada anillo lo dorman 7 subunidades, en los anillos beta, solo 3 tienen accin catalitica.. las
otras son mas estructurales
o las subunidades alfa van a hacer como de tapa, ya que no permiten el paso de cualquier cosa
dentro de este tunel cataltico.. por eso hay reguladores que van a ver cuando se abre
o el proteosoma solo tiene un coef de sedimentacin igual a 20S.. cada subunidad reguladora tiene
un indice 19 S.. cuando se juntan las dos unidades con el proteosoma queda un complejo de 26S...
eso es importante, el nucleosoma solo 20S, con regulador 26 S
sorry proteosoma (el tuto xd)
o los alfa aceptan a estos reguladores.. en la diapo son cm las azules
o haber.. la ubiquitina es la molcula que se va a adherir a las protenas que van a entrar al
proteosoma
o pa unirse a las protenas vana aactuar factores E1 (que la "activa"), E2 (que la transporta) y E3 que
es la que se encarga de unirla a la protena
o el factor E3 es el que una la Ub a la protena.. hay dos tipos de E3, por un dominio especial:
- RING: tienen cistena e histena, que adquieren estructura por presencia de Zn
- HECT: otro tipo noms.. no hay q saber tanto.. solo q hay dos tipos
RESUMEN:} solo entran las protenas con ubiquitina.. pq estas son las q el regulador (azul) va a
reconocer para q se abre la tapita de subunidades alfa (verde) pa q se degraden por la accin de las
subunidades beta (rojas)
las ubiquitinas nunca entran al canal