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Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Enfoque determinista

En esta seccin, comenzaremos recorriendo las especies participantes tanto en el biestable


simple como en el mejorado, y las relaciones que se producen entre ellas, con el objeto de
alcanzar un modelo de sistema en ecuaciones diferenciales ordinarias.
La estructura de este apartado continuar con el detalle de las posibles reacciones que se puedan
establecer en entre las especies, para ms tarde, analizar las dinmicas de cada especie.
Seguiremos nombrado y aplicando las simplificaciones y consideraciones oportunas en bsqueda
de la expresin de un sistema matemtico manejable.

Para finalizar, mostraremos el modelado final y realizaremos un estudio preliminar de las


constantes y parmetros que participan a fin de comprender el efecto sobre los resultados que se
puedan extraer de las simulaciones.

Durante este apartado, gran parte del desarrollo se ha seguido el planteamiento propuesto por
Timothy S. Gardner en el estudio: Design and construction of synthetic gene regulatory
networks [2] publicado por la Facultad de Ingeniera de la Universidad de Boston en el ao
2000.

Enfoque Determinista

15

16

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

1. Especies y reacciones
El ncleo biestable

Identificamos esta unidad como el conjunto de especies y relaciones que en su


funcionamiento autnomo logra alcanzar los objetivos mnimos y necesarios para
mantener un comportamiento definido biestable. Por tanto, no incluimos las acciones
que nos permitan modificar dichos estados, ni siquiera, nos referimos a un sistema
robusto.
Aqu encontramos las expresiones de ambas protenas represoras y las mutuas
represiones de sus expresiones. El conjunto de especies que intervienen en el sistema
propuesto son:

Promotores

ARNm

Represores

Adems, estas especies reaccionan entre s de la forma que muestra la siguiente imagen:

Enfoque Determinista

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Por otro lado, las reacciones son:


Transcripcin LacI
Traduccin LacI
Represin LacI
Transcripcin cI
Traduccin cI
Represin cI

18

+
+ |
+

+
+ |

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

El biestable bsico

(Plsmido BBa_177038) [3]

Para completar el esquema hasta llegar al del biestable simple, debemos aadir sobre el
ncleo anterior, las especies y dinmicas de las acciones que nos permitirn controlar el
estado activo, adems de los indicadores.
INDICADORES
Es necesario el modelado de los indicadores ya que cuando analicemos los resultados
que se hagan en laboratorio, no obtendremos las evoluciones de las protenas
represoras sino de los indicadores. Por lo tanto es necesario conocer su dinmica para
poder extrapolar los datos que extraigamos de los experimentos hacia un conocimiento
interno del sistema. Analizamos este hecho de forma detenida.
Cuando el transcriptor, se encuentra con un promotor, comienza a leer la cadena y
cuando termina de leer su cdigo es cuando comienza a crear la cadena de ARN
transcrito.

Prm

LacI

RFP

Plac

cI

GFP

De la transcripcin obtendremos una ARNm, una para la protena represora y otra para
el indicador. Las cadenas negras de la imagen, reflejan la presencia de terminadores.
Estos entes tienen una significacin y un objetivo claro para la traduccin. La polimerasa
detendr su copia al encontrarse con un doble terminador, como la imagen patenta.
Una vez el mensajero se ha creado completamente, una ribosoma tomar este mensaje
y crear la protena anloga. Los terminadores indican al ribosoma el fin de una protena
y el comienzo de otra.
Por lo tanto, la sntesis de los indicadores se puede igualar a la dinmica de creacin de
protenas represoras.
ACCIONES
Las acciones son el aumento de temperatura y la adicin de un inductor.

Aumento de Temperatura: concretamente a 42C temperatura a la que la


protena cI termosensible precipita su degradacin.
Adicin de Inductor: mientras que la desaparicin acelerada de protena
represora no afecta al funcionamiento mismo del ncleo biestable, la induccin

Enfoque Determinista

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s que lo har, ya que modular la transcripcin frente a la represin del agente


adversario.
Transcripcin LacI
Traduccin LacI
Represin LacI
Transcripcin cI
Traduccin cI
Represin cI
Induccin 1
Induccin 2
Temperatura

20

+ +
+ |
+

+ +
+ |

| + | +
+ |

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

El biestable modificado

(Plsmido BBa_K510019) [4]


(Plsmido BBa_K510036) [5]

De nuevo este sistema se basa en el anterior. Por tanto todo lo explicado hasta el
momento se mantendr, al menos las especies y su aportacin. Las nuevas reacciones
son la protelisis y la inhibicin por ARNas, llevando asociadas proteasas y ARN
antisentido respectivamente.
PROTELISIS
Tras el promotor Plac se encuentra el cdigo de la protena represora pero antes de
llegar al indicador est insertada la cadena de la proteasa (encargada de digerir las
protenas). Observar que tanto la proteasa (Sspb) como el indicador (RFP) llevan un
prefijo (Ompn). stas sern las cadenas de ARN sobre las que se pegar la ARN
antisentido, obligndolas a quedar inservibles hasta su degradacin. El represor del fago
lambda no se consume.

Plac

cI(ts)

Ompn::Sspb

Ompn::RFP

ARN ANTISENTIDO
En esta rama del plsmido tenemos la misma estructura que en el biestable simple. Tras
el promotor Prm se encuentra el cdigo de la protena represora y el indicador. Tambin
podemos ver como en este caso se han aadido un sufijo (Das4) a las protenas. Este
cdigo quedar transcrito en una especia de cola unida a las protenas originales. Esto
implica que las proteasas sern sensibles a digerir esta cola, digiriendo tras ella el resto
de la protena

Prm

LacI::Das4

Prm

ARNas

GFP::Das4

La creacin de las ARN antisentido, se crea con el mismo promotor Prm, sin embargo
este mdulo no lo comparte con el resto de la cadena, sino que tiene una copia propia.
Esto significa que su transcripcin no se sita en el mismo instante que la del resto (LacI
y GFP).

Enfoque Determinista

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Incluimos una tabla que recoge todas las especies intervinientes de este sistema:

Promotores

ARNm

Represores

Inhibidores

Y adems, en la siguiente imagen se muestra cmo se interrelacionan las especies y a


travs de qu mecanismos.

Ahora vemos una tabla resumen de todas las reacciones que se nombran en la imagen
anterior.
Transcripcin LacI
Traduccin LacI
Represin LacI
Transcripcin cI
Traduccin cI
Represin cI
22

+ +
+ |
+

+ +
+ |

Enfoque Determinista

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Inhibicin por ARNas


Protelisis 1
Protelisis 2
Induccin 1
Induccin 2
Temperatura

Enfoque Determinista

+
+
+

| + | +
+ |

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2. Dinmica de las reacciones


Transcripcin

Desarrollamos un modelo de la unin de la ARN polimerasa al elemento promotor y la


transcripcin completa de la molcula ARN mensajera tal que, siendo la reaccin:

+ + +

Las ecuaciones de velocidad para cada elemento, son las siguientes:


= + ( + )

= + ( + )

= ( + )

Este modelo de la transcripcin es correcto para el caso en que la reaccin se lleve a


cabo en un volumen reactivo homogneo. Sin embargo, resulta engorroso trabajar con
tantas ecuaciones y parmetros, por ello ponemos atencin en la reaccin y en la
formulacin planteada por Michaelis-Menten para reacciones catalizadas por enzimas.
Primero comparamos las reacciones que modela con la transcripcin:
1
2
+ +
1

Podemos identificar enzima, sustrato y producto con nuestro modelo:


Sea:

E = Promotor;

S = ARNp;

ES = Cc ;

P = ARNm

La diferencia frente a este modelo, es que el sustrato se consume al convertirse en


producto. Sin embargo, en la transcripcin, el ARN polimerasa queda libre al finalizar
este proceso, pudiendo participar de nuevo en otra transcripcin.
Por tanto,

[]
=

[]0 []
[] +

( + )

La constante de Michaelis queda como una ponderacin de las cinticas intervinientes


en la cintica de la transcripcin.

24

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

[]0 se refiere a la concentracin inicial de promotores, que depender del


nmero de copias de plsmidos que absorba cada bacteria. Concretamente, por cada
copia hay un promotor de cada represor.
Y el modelo completo del producto de la transcripcin:
[]

[]
=
[] +

Donde = []0

Los parmetros que aparecen en el factor de la ecuacin diferencial que crea ,


son constantes excepto [ARNp] que se refiere a una especie dentro de la bacteria e.
coli.

Traduccin

Continuamos con un razonamiento parecido al de la transcripcin. Veamos primero


como es la reaccin de la traduccin:
+

+ +

As, segn Michaelis-Menten, obtenemos una expresin anloga a la de la transcripcin,

[]
=

[] []
;
[] +

es, tambin, una ponderacin de las cinticas que intervienen, y adems, ocurre de nuevo
que tanto como son especies de la bacteria y del sistema, respectivamente.

Represin

La reaccin de la represin, no podemos modelarla con la formulacin de MichaelisMenten, ya que su comportamiento cooperativo difiere del predicho por ste. Sin
embargo, como vimos, dentro de las cinticas no Michaelianas, podemos usar la
formulacin planteada por Hill.
+ |

Se observa como la expresin, realmente comprende varias etapas. Primero, el represor


debe formar un multmero de tamao ,

Y tras ello, encontrarse con el promotor al que unirse,


+ |

Enfoque Determinista

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Evitndose as su lectura.
Tras formarse el multmero, se une competitivamente con la ARN polimerasa a los
operadores del gen. La cooperatividad se patenta en la formacin de multmeros.

|
=

[]
+ []

Transformando esta ecuacin podemos ver el efecto de las constantes que aparecen en
el modelo.
[]

|
=
[]
1+

Se advierte ms claramente la funcin de la constante K iu . Hace una ponderacin,


significando que una parte de los represores que han formado el -mero, participarn
de la represin. A este valor, se le conoce como la constante del equilibrio de la unin
efectiva del represor al promotor adverso.

Degradacin

Las protenas son sistemas vivientes que se sustituyen continuamente. Por tanto, todas
mueren tras un periodo activo variable (desde unos minutos hasta semanas). La muerte
o degradacin en sus aminocidos, es un proceso relativamente sencillo de modelar, ya
que no nos interesa tanto el proceso de la degradacin de la protena sino cun rpido
se produce para cada tipo. El tiempo caracterstico de cada protena se mida en base a
su vida media, de la cual se puede extraer la tasa de mortalidad (mortalidad/unidad de
tiempo). Cualquier compuesto (ARNp, ARNm, protena, proteasa, ARNas,) que
intervine en un sistema biolgico tendr una valor caracterstico de vida media desde el
cual estimaremos el valor del parmetro. En este sentido, la ecuacin diferencial que
modela esta desactivacin es de primer orden (ley de accin de masa).

[]
= []

La cantidad de molculas que desaparecen es proporcional a su poblacin.


Hay que mencionar que el valor de la tasa de mortalidad vara con la temperatura. En un
caso especial, el represor cI, con un aumento de 37C a 42C, precipita este valor casi a
la unidad.

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Enfoque Determinista

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Protelisis

Como vimos en el apartado de fundamentos biolgicos, este mecanismo lo realiza una


proteasa, que se encarga de digerir las protenas para las que est diseado. Veamos la
reaccin que explica el proceso de la protelisis:
+

La cintica que suponemos a este proceso ser la accin de masa, una suposicin
apoyada sobre el argumento expuesto en el proceso de degradacin: no nos interesa la
dinmica propia de esta reaccin sino saber cuntas protenas se vern afectadas en el
tiempo en funcin de la poblacin de proteasas. En este proceso se consume protena,
mientras que la proteasa vuelve a quedar libremente funcional cuando se separa del
degradado.

[]
= [] []

El proceso de degradacin vuelve a ser ms complejo de lo que muestra la ecuacin


diferencial. La dinmica de este proceso es de segundo orden, y por tanto, la constante
cintica tiene unas caractersticas diferentes:
[]1 []1

Inhibicin ARN antisentido

La inhibicin del ARN mensajero gracias a un ARN antisentido anlogo, se produce como
se indic en los fundamentos biolgicos. La cintica de esta reaccin no es conocida, sin
embargo podemos suponerla como una reaccin de primer orden (ley de accin de
masa), ya que su efecto en el sistema es el comienzo de la unin entre las cadenas.
+

El bloqueo de la traduccin del ARNm se produce desde el instante en que estas dos
hebras se aparean. Una vez que se ha formado este complejo, no queda ms que
esperar su degradacin enzimtica, ya que no puede participar de otro proceso y en el
estudio general se tomar como una degradacin.

[]
= [] []

Al igual que en la protelisis, la constante cintica tiene las mismas unidades al tratarse
de un proceso de dinmica de orden mayor:
[]1 []1

Enfoque Determinista

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3. Biestable Simple. Consideraciones de modelado


Represin y transcripcin

Trataremos conjuntamente las reacciones de transcripcin y la de represin, ya que


podemos asumir de forma directa que la protena represora se unir compitiendo con la
ARNp al promotor. Adems, esta represin no slo la realizar la protena represora,
sino que puede ocurrir que esta forme multmeros y que stos tambin participen de la
represin. As, y siguiendo a T. S. Gardner [2] planteamos un modelo conjunto:

[]
=

[]

[]
[] + 1 +

Aadiendo cualquier otra dinmica que afecte directamente a la poblacin de ARNm


podramos conseguir un modelo matemtico completo que describa su poblacin

Rgimen permanente para la transcripcin

Segn T. S. Gardner, basndose en otro documento [6] el tiempo necesario para la


creacin del es rpido en comparacin con el tiempo necesario para la expresin
final de una protena. Esta suposicin se ve respaldada por los siguientes datos extrados
de la base de datos de Harvard [7]:

Velocidad de transcripcin por ARN polimerasa en batera Escherichia Coli: 24/79


nucletidos/segundo

Velocidad de traduccin por ribosomas en bacteria Escherichia Coli: 12/21


aminocidos/segundo

Efectivamente, la transcripcin es un proceso entre 2 y 4 veces ms rpido que la


traduccin y podemos considerarlo cuasi-esttico. Adems a estos datos hay que
sumarle el tiempo que tras la aparicin de un ARN mensajero hasta su encuentro con el
primer ribosoma. Podemos asegurar que la transcripcin ocupa menos de un 30% en el
tiempo de la expresin. Incluso, la componente estocstica intrnseca en estos procesos,
favorece la implantacin de esta suposicin.
Por otro lado, hay que considerar, que esto no afecta a las condiciones de biestabilidad
del sistema, aunque s tendra un efecto a la cintica global.

[]
=

28

[]

[]
[] + 1 +

[]

Enfoque Determinista

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Ecuacin de la poblacin de en el creada por la transcripcin del plsmido y


degradada por la accin vital.
As que, suponemos el valor en rgimen permanente del ARN mensajero:

[]
= 0,
[] =

[]

[]
[] + 1 +

Traduccin

La cintica de es:

[]
=

[] []
[] +

Sustituimos el valor de rgimen permanente conocido del []


[]

[]

=
[] +

[]

[]
[] + 1 +

Adems de la degradacin de la protena

[]
([] + )

[]
[]
=
[]

1+
1 +

[]

Unidades de los parmetros:

= [] []1
= = = []
= = []1

Parmetros

[]
([] + )

[]
[]
=
[]

1+
1 +

[]

Sobre esta ecuacin, hacemos un estudio de los parmetros que aparecen tratando de
reducir la expresin final

Numerador del primer trmino: El nico valor variable de esta expresin es


[Ribosoma]. Atendemos al nmero total de ribosomas presentes en una bacteria

Enfoque Determinista

29

Escherichia Coli en condiciones normales, el cual se sita entre 6800/72000 [7].


El nmero de ribosomas libres a lo largo de la evolucin de nuestro sistema, no
lograr variar tanto en poblacin como para que este factor sufra una
modificacin apreciable.

[]
([][]1 )
([] + )

Factor de ponderacin de la represin: Podemos hacer una suposicin parecida a


la anterior con la concentracin de ya que la poblacin media en una
bacteria Escherichia Coli se sita entre 1500/11400 [7]. Por tanto, el valor de
Km
[ARNp]

potenciar o disminuir el efecto que pueda provocar el trmino de la

represin al que acompaa.


[]

Trmino de la represin: la simplificacin de este proceso en la ecuacin,


significa que no podamos observar claramente cmo funciona la represin. Sin
embargo, podemos mencionar las implicaciones de la constante . Su valor
supone, de nuevo, una ponderacin de los represores libres hacia una
proporcin poblacin que participar directamente de la represin.
[]
= []

Modelo del biestable simple

El modelo del Ncleo Biestable queda como el siguiente sistema de ecuaciones


diferenciales una vez que identificamos los trminos reales y reagrupamos todo lo dicho
anteriormente, expresamos de manera simple las reacciones que se producen por cada
lado.

[]
1 + 1 + []

=
[]
[]

1 + 1 + []

=
[]

Por terminar de simplificar el modelo agrupamos constantes

30

1 +

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Y obtenemos finalmente el modelo ms simplificado:

[]
1 + []

=
[]
[]

1 + []

=
[]

Con el ltimo cambio de constantes, no varan las unidades de tales parmetros, aunque
si una modulacin.
= [][]1
=
[] =
= []1
[] = []

Enfoque Determinista

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4. Biestable modificado. Consideraciones de modelado

Para establecer las ecuaciones diferenciales de cada especie, debemos definir cada
proceso que ocurre en el sistema e identificar con ms detalle la rama del biestable que
estamos estudiando. A pesar de que los sistemas tengan el mismo ncleo biestable, la
adicin de nuevos inhibidores, afectarn a las cinticas ya descritas.
Comenzamos definiendo los procesos y las cinticas.

TRANSCRIPCIN + REPRESIN

[]
=

[]

[]
[] + 1 +

1 + []

TRADUCCIN

[]
=

[] []
= []
[] +

INHIBICIN POR ARNAS

[]
= []
= [] []

PROTELISIS

[]
= [] []

DEGRADACIN

[]
= []

32

Enfoque Determinista

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Tabla resumen de las cinticas y las especies intervinientes


ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

PROCESO

SE CREA

SE CONSUME

[]
1 +

[ ]

[ ]

[]

[]
1 +

[]
1 +

[ ]

[]

[ ]

[]

[]

Enfoque Determinista

33

Agrupacin de ecuaciones

Para alcanzar un sistema de ecuaciones diferenciales referenciadas nicamente a las


especies represoras seguimos los siguientes pasos:
[ ] =

[ ]

[]
1 +

= [ ] []
[]

Por otro lado, la rama de cI:


] =
[

1+

[]

[] +
[ ]

Y por ltimo, la protena represora:

= [ ] []
[]

Nos queda definir las poblaciones de ARNas y de la proteasa Psspb.

[]
=

[ ] +
[]
[]
1 +

= [ ]

Modelo del biestable modificado

Simplificamos las ecuaciones agrupando valores en torno a expresiones ms simples.


Para ello agrupamos parmetros de forma parecida a como lo hacamos con el modelo
del biestable simple:
[ ] =

[ ]

[]
1 +

= [ ] + []
[]

] =
[

[]
1 +

[] +
[ ]

= [ ] []
[]

= [ ]

[]
=

34

[ ] +
[]
[]
1 +

Enfoque Determinista

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5. Modelado del Sistema Biestable Simple en cinticas


simples

Consideraciones sobre el modelo en EDOs

Comencemos recordando las ecuaciones diferenciales planteadas:


1
1

=
1
1

1 +
2

2
=
2
2

1 +
1

1
1
=
1 1

2
2
=
2 2

Sin considerar como se ha llegado a esta solucin, desmenucemos el sistema reactivo.


Lo que se nos muestra es la presencia de 4 entes cuyas ecuaciones de estado tienen dos
trminos, uno de sntesis (o creacin) y otro de degradacin (o destruccin). Cada
trmino incluye una serie de parmetros que gobernarn la evolucin temporal de estas
variables.
Por tanto,
Variables de estado:
= {1 , 2 , 1 , 2 }

Parmetros generales:

= Sntesis mxima de los ARNm


= Ponderacin de la accin inhibidora de las protenas represoras
=
=
=
, =

Sntesis mxima de las protenas represoras


Tasa de degradacin de las ARNm
Tasa de degradacin de las protenas represoras
Cooperatividad de la represin del promotor adverso

Antes de continuar con el modelo por ecuaciones estocsticas, profundizaremos un


poco ms en las capacidades de representacin de las ecuaciones anteriores. Como se
explic en secciones anteriores, al experimentar con la bacteria real, la forma que
tenemos para hacer las mediciones de las poblaciones de las protenas que se expresan
Enfoque Determinista

35

es a travs de una protena fluorescente asociada a tal molcula. Sucede que cuando se
crea una protena de LacI, una GFP (protena fluorescente verde) tambin lo hace en el
mismo instante.
Hasta este momento no se ha incluido esta realidad en los modelos ni en los anlisis. El
motivo por el que se ha decidido hacer esto, es porque realmente no aporta
conocimiento en el estudio determinista y de estabilidad. Sin embargo, llegamos al
modelo estocstico resulta mucho ms sencillo aadir este hecho sin implicar cambios
sustanciales en los modelos.
Continuando con el modelado, pasamos a identificar la matriz estequiomtrica de las
reacciones mostradas
Matriz Estequiomtrica

Reacciones

1
1

2
0

1
0

2
0

1 1 + 1 +

2 2 + 2 +

-1

-1

-1

-1

-1

-1

As, con esto definido, pasamos a definir las propensidades de la cada reaccin.
Id
1
2
3
4
36

Reaccin

Funcin de propensidad

1 () = 1+ 1

1 1 + 1 +

2 2 + 2 +

2 () =

1+2 1

3 () = 1 1

4 () = 2 2
Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

5
6
7
8
9

5 () = 1

7 () = 1

1
2

10

6 () = 2
8 () = 2

9 () =

10 () =

Para comprender con ms detalle cmo se comporta el sistema, debemos atender a los
procesos o reacciones elementales que tienen lugar entre las molculas. Por ejemplo,
uno de los casos ms llamativos es el siguiente, que nos servir para comprender como
la expresin matemtica puede ocultar la complejidad que encierra.
Mientras que en el modelo anterior se representaba la sntesis del ARN mensajero con
una ecuacin cintica como la siguiente,

1
=

1 +

Explicando la reaccin 1, el conjunto de reacciones elementales es mucho


mayor. Recordemos que en esta simplificacin estn reunidas: la represin cooperativa
de la protena represora contraria, que a su vez engloba la posible dimerizacin del
represor y su adhesin sobre el promotor, influyendo as a la transcripcin del ARN
mensajero. Adems no se est teniendo en cuenta el resto de especies que intervienen,
el promotor, la protena represora y sus multmeros, ni la ARN polimerasa que se
encarga de la labor transcriptora.
Se muestra as la simplicidad del modelo anterior, ya sea en su versin determinista
como estocstica. Trataremos pues de incluir en el anlisis a continuacin, tantas
variables como sean posibles en busca de representar ms fielmente la interaccin
conjunta.
En lo que sigue, se expondr el nuevo modelo, incluyendo un nivel de detalle mayor, y
abandonaremos finalmente este modelo de cinticas complejas para trabajar en
adelante con uno de cinticas de primer orden.

Enfoque Determinista

37

Tipo de Agente

Rama 1

Promotor

ARN mensajero
Protena represora

Promotor/Represor

Multmero represor (dmero)

Rama 2

En los apartados anteriores se han dado las nociones suficientes para la comprensin de
la funcin de cada agente dentro del sistema. Veamos el conjunto reactivo:
Nombre

Reaccin

Propensidad

Transcripcin LacI

1 =

Traduccin LacI
Dimerizacin LacI
Des-dimerizacin LacI
Represin LacI
Des-represin LacI
Transcripcin cI
Traduccin cI
Dimerizacin cI
Des-dimerizacin cI
Represin cI
Des-represin cI
Degradacin

Degradacin
Degradacin

Degradacin

Degradacin 2

Degradacin 2

38

+ +
+ 2

2 +

2 + 2
2 2 +
+

+ +
+ 2
2 +

2 + 2
2 2 +

2
2

2 =
3 = 2

4 = 2

5 = 2

6 = 2
7 =

8 =
9 = 2

10 = 2

11 = 2

12 = 2
13 =

14 =
15 =

16 =

17 = 2

18 = 2

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Y la matriz estequiomtrica queda:


E1 E2 E3 E4 E5 E6 E7 E8 E9 E10 E11 E12
R1 0 0 1 0 0 0 0 0 0
0
0
0
R2 0 0 0 0 1 0 0 0 0
0
1
0
R3 0 0 0 0 -2 0 1 0 0
0
0
0
R4 0 0 0 0 2 0 -1 0 0
0
0
0
R5 0 -1 0 0 0 0 -1 0 1
0
0
0
R6 0 1 0 0 0 0 1 0 -1 0
0
0
R7 0 0 0 1 0 0 0 0 0
0
0
0
R8 0 0 0 0 0 1 0 0 0
0
0
1
R9 0 0 0 0 0 -2 0 1 0
0
0
0
R10 0 0 0 0 0 2 0 -1 0
0
0
0
R11 -1 0 0 0 0 0 0 -1 0
1
0
0
R12 1 0 0 0 0 0 0 1 0 -1
0
0
R13 0 0 -1 0 0 0 0 0 0
0
0
0
R14 0 0 0 -1 0 0 0 0 0
0
0
0
R15 0 0 0 0 -1 0 0 0 0
0
0
0
R16 0 0 0 0 0 -1 0 0 0
0
0
0
R17 0 0 0 0 0 0 -1 0 0
0
0
0
R18 0 0 0 0 0 0 0 -1 0
0
0
0
R19 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0
-1
0
R20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0
0
-1
Antes de pasar al siguiente apartado, vamos a agrupar estos eventos de forma que
podamos extraer una expresin aproximada en ecuaciones diferenciales. Tras conocer
todos los eventos modelados y sus cinticas, los agrupamos por variable de estado:

= 2 2

= 2 2

2
= ( 1) + 2 2 2 2

2
= ( 1) + 2 2 2 2

Enfoque Determinista

39

2
= 2 2

2
= 2 2

Este se puede considerar el modelo del biestable simple en ecuaciones diferenciales


ordinarias atendiendo a las reacciones elementales. Si aplicamos rgimen permanente
en algunos de los procesos, podremos conseguir una expresin asimilable a la original
extrada en la seccin del modelado determinista.
Antes de adentrarnos en un desarrollo matemtico, vamos a simplificar las relaciones de
estas ecuaciones:
Para empezar, la poblacin de los promotores est relacionada directamente con la de s
mismo reprimido. Adems esta relacin es muy simple:

2
=

La resolucin es de esta relacin no lleva a:


() (0) = 2 (0) 2 (); 2 () = 0 ()

De esta forma, eliminamos 2 variables de estado, as como simplificamos las ecuaciones


diferenciales

= 0 ( + 2 )

= 0 ( + 2 )

2
= 2 2 2

2
= 2 2 2

40

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Adems, es demostrable segn la biologa que, dada la alta concentracin de partcula


transcriptora, la concentracin de promotor libre o reprimido, se alcanza
instantneamente, y no afecta a la dinmica. Por lo tanto, supondremos rgimen
permanente para las ecuaciones diferenciales de las poblaciones de promotor:
0 ( + 2 ) = 0;
=
=

0
+ 2

0
+ 2

+ 2

0
=

+ 2

2
= 2 2 2

2
= 2 2 2

As, finalmente tenemos esta expresin:

+ 2
0

+ 2

Adems, suponemos el rgimen permanente en la variacin de las poblaciones de los


dmeros represores:
2 2 2 2 = 0;
2 =

2 =

2
+ 2

2
+ 2

Enfoque Determinista

41

Por ltimo, aadiendo estas expresiones, obtenemos la expresin del sistema equivalente:

1 + + 2
0

1 + + 2

Ahora, procedemos a comparar los dos modelos y comprar los parmetros hasta encontrar sus
relaciones:
= 0

=
=

Aunque acabamos de identificar todos los parmetros de uno y otro modelo, de forma que
podemos concluir que se tratan del mismo, aunque expresado de formas diferentes; tenemos
que notar que existe una pequea diferencia entre ambos:
1
1

1
=

1

1 + 2

1 + + 2

Mientras que en el modelo basado en las cinticas de Michaelis-Menten la represin se


hace a travs de la protena represora, considerando, adems, la posibilidad de que
tambin se haga a travs de los diferentes multmeros que sta pueda formar. Por tanto,
aunque el modelo matemtico s lo contemple, realmente no tiene en cuenta las
variables asociadas a estas subespecies.
Por otro lado, en el modelo de cinticas de primer orden desarrollado en este ltimo
apartado del documento, se estudia de manera explcita la presencia y participacin del
dmero. Incluso, no se ha modelado la posibilidad de que la protena represora pueda
42

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

inhibir la transcripcin del promotor adverso. Esta diferencia de consideraciones entre


uno y otro se patenta directamente ahora, cuando observamos que el parmetro
aparece con un valor fijo y dado 2 en nuestro segundo modelo. Esto se podra considerar
como un error, sin embargo, explicamos la capacidad de esta suposicin:

+ 2 es la reaccin que hemos modelado hasta el momento, teniendo


asociado una cintica tal que: 2 . Luego, este dmero es el nico
considerado con inhibidor. Pero veamos la siguiente reaccin:
reaccin que considerara la creacin del represor, podr valer 1, 2
o incluso mayor, en base a un factor de probabilidad asociado.

Este modelo, y las suposiciones hechas para extraer las ecuaciones, se han basado en el
documento de Michail Stamatakis y Nikos V. Mantzaris [8], en el cual se indica:
A LacI dimer is sufficient for specific binding to the operator sequence... However, a
LacI monomer is unable to bind lacO and exert any repressive effect (53). Thus, we
assume that the repressor dimer binds to the operator (denoted as species O) with a oneto-one stoichiometry
Significando que la protena represora no tendr un efecto apreciable en las acciones de
inhibicin de la transcripcin del promotor adverso.

Enfoque Determinista

43

6. Modelado del sistema biestable modificado en


cinticas simples

Consideraciones de modelado
Tipo de Agente

Rama 1

Promotor

Rama 2

( )

ARN mensajero
Protena represora

Inhibidor
Promotor/Represor

Multmero represor (dmero)

2 (2 )

En los apartados anteriores se han dado las nociones suficientes para la comprensin de
la funcin de cada agente dentro del sistema. Veamos el conjunto reactivo:
Nombre

Reaccin

Propensidad

Transcripcin LacI

1 =

Traduccin Laci
Dimerizacin LacI
Des-dimerizacin LacI
Represin LacI
Des-represin LacI
Transcripcin cI
Traduccin cI
Dimerizacin cI
Des-dimerizacin cI
Represin cI
Des-represin cI
Transcripcin de ARNas
Represin de ARNas
Des-represin de ARNas

44

+
+ 2

2 +

2 + 2
2 2 +
+

+ +
+ 2
2 +

2 + 2
2 2 +

2 + 2
2 2 +

2 =
3 = 2

4 = 2

5 = 2

6 = 2
7 =

8 =
9 = 2

10 = 2

11 = 2

12 = 2
13 =

14 = 2

15 = 2
Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Digestin LacI
Digestin LacI2
Inhibicin ARNas
Degradacin

Degradacin

Degradacin ARNas
Degradacin

Degradacin

Degradacin Proteasa
Degradacin 2

Degradacin 2

16 =

18 =

+ 2

2
2

17 = 2
19 =

20 =

21 =
22 =

23 =

24 =

25 = 2

26 = 2

Realizamos el mismo esfuerzo que hicimos con el modelo del biestable simple para la
identificacin de parmetros. Comenzamos con detallar las relaciones de cada reaccin
descrita con cada especie.
Volvemos a suponer la relacin entre promotor y promotor reprimido que hicimos en el
modelo del biestable simple:
2 () = 0 ();

Por lo tanto, las ecuaciones mostradas a continuacin contemplan este paso:


=
=
=

0
+ 2
0
+ 2

0
+ 2

Enfoque Determinista

45

2
= 2 2 2 2

2
= 2 2 2

Continuando con el desarrollo anterior, consideramos rgimen permanente en los


dmeros en las protenas represoras:
2 =
2 =

2
+

2
+ +

Incluyendo en la expresin de los promotores:


= =
=

1 + + 2
0

1 + + + 2

Conocido esto, veamos el resto de ecuaciones:


(1)
(2)
(3)
(4)

46

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

(5)

(6)

Por tanto, el ltimo paso en este desarrollo, arroja la siguiente expresin:

1+

2
+

0
=
( + )

1 + + + 2

TRNL 0
=
( )

2
1 + +

Antes de pasar a relacionar los parmetros de un modelo y otro, debemos notar una
diferencia de forma entre las dinmicas del ARN mensajero de cI. Esta diferencia de
forma en la funcin es, comparndola con el modelo extrado al comienzo de este
documento:
] =
[

[]
1 +

[] +
[ ]

0
=
( + )

1 + + + 2

Es sencillo encontrar la relacin entre los parmetros de ambos modelos, sin embargo,
para el siguiente caso, tenemos que pararnos a observar:

+ +

No podemos considerar que la expresin de la derecha sea una constante, ya que


aparece la proteasa responsable de la digestin de la protena represora LacI y de sus
multmeros.
Enfoque Determinista

47

En este punto, nos preguntamos el porqu de esta diferencia de forma.


La estrategia de modelado seguida parta de los conocimientos de cinticas propias de la
biologa para ms tarde enlazarlos con los resultados de un planteamiento alejado del
estudio biolgico. El modelo en caja negra seguido en la segunda parte de los modelos,
demostr en el primer sistema ser anlogo con los desarrollos cinticos biolgicos,
mientras que este segundo modelo, ms complejo, parece no ser coherente.
Recordemos la obtencin de la cintica de la transcripcin reprimida:
A la reaccin de transcripcin se le asociaba una cintica de Michaelis-Menten, mientras
que la represin se modelaba a travs de la ecuacin de Hill, donde el factor de
cooperatividad de la represin quedaba modelado cmo una potencia de la poblacin
de represor.
Las reacciones asociados a estos procesos biolgicos, as como sus expresiones, no
tomaban en consideracin la posible presencia de un multmero del represor de forma
explcita, a pesar de que la ecuacin de Hill s que contempla esta situacin.
Es por este motivo por el cual, a travs del modelo en reacciones elementales y cinticas
de primer orden, donde s se tiene en cuenta de forma explcita, aparece la supuesta
contradiccin.
Por tanto, siendo rigurosos deberamos tenerla en cuenta en nuestro modelo. Sin
embargo, comprendamos cmo se produce la protelisis en este sistema, para tomar
una decisin acertada:
A La protena represora LacI se le asoci una cadena identificadora para que la proteasa
la identificara como degradable. As, se consigue que la digestin, tras la aparicin de
esta proteasa, se produjera lo ms rpidamente posible. De hecho, es muy poco
probable que la protena sea capaz de formar dmeros en presencia de su digestora. Por
otro lado, esta proteasa, consume tanto la protena represora como sus multmeros con
la misma rapidez. Estas conclusiones se basan en el documento de investigacin
utilizado por este grupo para disear el biestable mejorado, Engineering Controllable
Protein Degradation [9].
Por este motivo, a la hora de hacer la correlacin de ambos modelos, no vamos a tener
en cuenta esta diferencia de resultados.

48

Enfoque Determinista

Modelado, anlisis y control de un sistema biolgico biestable

Por tanto, terminamos de realizar la identificacin de parmetros cruzados:


= 0

=
=

Observando que la relacin de los parmetros de la transcripcin, traduccin y represin


se obtienen de la misma forma.

Enfoque Determinista

49

7. Conclusin de los Modelos

Presentamos de forma esquemtica los modelos que se han extrado:


Biestable simple.

1 +

1 +

Biestable modificado.



1 +

=
( + )

1 +

=
( )

1 +

A continuacin, pasamos a estudiar la estabilidad de ambos sistemas y a comprobar la


robustez aportada por los parmetros, as como un estudio de

50

Enfoque Determinista