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Universidad Andrés Bello

Sede Viña del Mar

Uso de herramientas de
bioinformáticas online

Martes 06 de
INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA
Abril de 2010
Patricio Villalobos Biaggini
Dr. en Biotecnología
NCBI: 4 puntos
NCBI: 4 puntos
NCBI: 4 puntos
NCBI: 4 puntos

RBS: ribosome binding site


CDS: Protein coding segment

ORF
NCBI: 4 puntos
Traducción del ORF
Basic Local Alignment Search
Tool

1. Predecir una función de una proteina.

2. Predecir la estructura 3-D y la organización de dominios o de


homólogos en otros organismos
E: evaluación de las significancias estadística del puntaje
Similarity Searches on
Sequence Databases
Búsquedas en BLAST

1. Veremos porque la similitud es importante y como puede ser


útil
2. Averiguar todo lo que necesita saber acerca de homología
3. Correr BLAST a través de Internet para encontrar una
secuencia similar a la suya
4. Determinar si el resultado significa algo
5. Escoger el BLAST correcto
6. Buscan homólogos remotos con PSI-BLAST
7. Descubrir nuevos dominios de proteínas con PSI-BLAST
=
función
biológica

Secuencias similares a menudo se derivan de la misma secuencia ancestral.


1. Se puede etiquetar como "homóloga“ una proteína,
si el 25 % de los aa son idénticos.
2. ADN es necesario al menos el 70%.
Es mejor para proteínas que DNA

blastp: Compares a protein sequence with a protein


database.
tblastn: Compares a protein sequence with a
nucleotide database.
Es mejor para proteínas que DNA

En caso de duda, use siempre blastp (Si no está seguro de qué


hacer con la secuencia de su proteína, use blastp.

Sin embargo, si usted sospecha que blastp no es la mejor


elección, entonces…
The sequence you give
to blastp
is the query sequence
Lo mejor es mantener el valor por defecto en los
distintos selectores en las casillas

Alineaciones Gapped On / Off: Permite a la fuerza a comportarse como BLAST


más antigua versión de este programa que no permitía lagunas.

BLAST Filtro ON / OFF: Apaga el filtro de baja complejidad. Esto es para evitar
las regiones en las que un aminoácido se repite muchas veces de sesgar su
búsqueda. Deje el valor por defecto a menos que haya una buena razón.
(–) insertions or deletions. Amino acid residues in the query sequence that
Xs have been masked because of low complexity are replaced by (see, for example,
(-) inserciones o supresiones.
X Residuos de aminoácidos ocultados a causa de baja complejidad
I indica las secuencias de las similitudes entre las secuencias. Si la consulta y el tema
¡¡ El residuo en sí se muestra si tienen los mismos aminoácidos
+ Sustituciones conservadas
Una identidad > 25 % es buena (es el número de residuos idénticos dividido por el
número de residuos combinados – las lagunas son simplemente ignorados.)
Nadie puede garantizar que usted puede reproducir exactamente el
resultado, incluso si utilizar el mismo servidor BLAST. La actualización de
cualquiera de los componentes de la servidor puede modificar los
resultados de la búsqueda. Componentes que pueden ser actualizado
incluir .

• Las bases de datos


• El propio programa BLAST
• Los parámetros por defecto del servidor

•En la vida real, usted no tiene control sobre estos parámetros. Ellos
siempre acaban cambiando con el tiempo. Por lo menos la información
devuelta en la parte inferior de la búsqueda pueden ofrecer una pista sobre
lo que podría ir mal.
BLAST de ADN no siempre funciona tan bien. Es más rápido y más exacto BLAST
proteínas (blastp) que el BLAST de nucleótidos
T es para traducir. Esto significa que usted entregar una secuencia de ADN de
BLAST, y esta secuencia se traduce en sus seis cuadros (tres en una hebra y tres
en la otra).
Donde hay un codón de término, BLAST lo reemplaza por una X. Los seis marco
traducción significa que usted no necesita preocuparse por la hebra de ADN que
das a BLAST.
Estoy interesado en no Sí: Usa blastn. Nunca olvidar que blastn es sólo
codificante del ADN? para las secuencias de ADN estrechamente
relacionados (más del 70 por ciento idénticos)
¿Quiero descubrir
nuevas proteínas? Sí: Use tblastx.

¿Quiero descubrir Sí: Utilice blastx.


proteínas codificados
en mi secuencia del
ADN?
Sí: Usa blastx si usted sospecha que su ADN
¿ Estoy seguro de la es la secuencia que codifica para una
calidad de mi ADN? proteína, sino que puede contener errores de
secuenciación.
• Una casilla de verificación: Si esta casilla está
seleccionada, PSI-BLAST va a utilizar la secuencia
correspondiente para obtener la posición específica de la
siguiente matriz de iteración.

• El nuevo símbolo: Le muestra los informes de secuencias


PSI-BLAST como aquellas nuevas visitas.

• Botón verde: Muestra las secuencias que PSI-BLAST ya


ha utilizado para obtener el resultado actual.
Hacer informe

1. • Busque la secuencia en la NCBI en formato fasta del TLR


asignado
2. De la pagina, escriba el marco de lectura secuenciado, identifíquelo
y remárquelo en la secuencia publicada.
3. Copies la homología mas cercana, una media y una lejana (valor E
>, medio y no significativo.
4. Identifique las identidades en cada caso, los gaps y a que
organismo corresponde. De la cita correspondiente a cada caso.
5. Copie la secuencia y realice la búsqueda en BlastP. Comente las
diferencias.
6. Realice la misma búsqueda en EmbNet. Guarde en formato pdf los
alineamientos en ambos casos (NCBI y Embnet).
7. Indique los dominios de reconocimiento y describa el mas
importante a su juicio.
8. Realice la búsqueda en Blastx, tBlastX. Indique las diferencias
encontradas y cual seria mejor para su secuencia. Comente.
9. Realice un PSI Blast y compare la obtención de los valores E de este
blast y el el Blast Normal