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BIOQUMICA Y NUTICIN

Mecanismo de reaccin de las enzimas


Despus de anlisis cinticos y estructurales ms o menos combinados,
llegamos a conclusiones sobre la identidad y secuencia de los complejos
intermedios y las velocidades de interconversin. Con todo esto, nos queda
proponer un mecanismo de reaccin en trminos cinticos y qumicos.

Factores de los que depende el poder cataltico


Antes de que podamos describir el mecanismo, necesitamos saber cuales
son los factores que intervienen y de que manera.
1. Efecto entrpico: Lleva a la formacin del complejo. Las fuerzas que
intervienen son no covalentes. Para todas las enzimas.
2. Estabilizacin del estado de transicin: Este salto a un nivel de
energa superior, supone un coste energtico, el cual disminuye gracias a
la estabilizacin que ejercen la mayora de las enzimas. Posteriormente
se producir la catlisis, que podr ser cidobsica y/o electrosttica.
3. Varios estados de transicin: Algunas enzimas continan con vas de
nivel energtico inferior a travs de varias etapas, mediante catlisis
covalente, que puede ser electrfila y/o nuclefila.
Lo ms importante es, sin duda, es la capacidad de las enzimas para
disminuir la inestabilidad del estado de transicin, lo que se traduce en una menor
energa de activacin (G), como se observa en el grfico de las hojas.
La alta energa de este estado depende de la generacin de cargas muy
inestables (normalmente por estar muy cercanas), adems de que en muchos
casos, la formacin del complejo implica la unin de varios componentes, algo no
muy favorable termodinmicamente al disminuir la entropa.

Teora del estado de transicin


Hay que saber que toda reaccin debe pasar por un estado estacionario, por
muy sencilla que sea. Depende de entidades fsicas, sustancias reaccionantes (con
un estado basal o inicial) y otras especies ms inestables (que formarn parte de
estados de transicin o activados).

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La grfica de las hojas nos muestra una de las estrategias de la vida,


disminuir G hacindolo pasar por varios complejos, en lugar de por uno con una
gran G.
Podemos entonces relacionar la eficiencia de una enzima frente a dos
sustratos, ya que cuanto mejor est configurada para un determinado sustrato,
mejor estabilizar su estado de transicin, menor ser G y mayor ser la
velocidad. Por el contrario, la velocidad ser mayor frente a un sustrato para el
cual el C.A. no est del todo configurado, por lo que no podr estabilizar bien el
estado de transicin, aumentando G, disminuyendo consiguientemente la
velocidad. En definitiva si S1 es menos inestable que S2 (debido a su diferente
estructura), querr decir que la enzima puede estabilizar mejor S 1, o lo que es lo
mismo, que est mejor diseada para S1, tiene mayor eficiencia para este sustrato.
Estas diferencias nos permitirn dilucidar un mecanismo de reaccin, pero
para ello necesitamos antes definir la velocidad de paso por los estados de

transicin. Para ello, definimos la velocidad de desaparicin de S :

d S
S
dt

. La constante de proporcionalidad es (nu), que se define como constante de


ruptura o transformacin de S en P en el entorno qumico y como la frecuencia
vibracional del enlace que se va a romper en el entorno fsico. Como frecuencia se
relaciona con la constante de Planck y con la energa trmica, lo que nos define

K T
h , siendo K la constante de Boltzmann, T la temperatura (K) y h la

constante de Planck.
Tenemos, por tanto, la ecuacin de velocidad, pero Cmo definimos [S ]?.
Lo haremos mediante la teora del estado de transicin, teniendo en cuenta
que G es quien controla el equilibrio. A la conclusin a la que se llega es la
siguiente
G
KT
k1
e RT
h

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Lo que nos relaciona de forma clara, la constante de velocidad de formacin


del complejo con la energa de activacin, adems de con la temperatura. De este
modo, k1 aumenta si:
T
G
[especies reaccionantes]
Con todo esto, ya podemos concluir que la catlisis se basa en la
estabilizacin del estado de transicin respecto de las sustancias reaccionantes, o
lo que es lo mismo, en la disminucin de G.
Una vez sabiendo que elementos actan en la catlisis, los definiremos uno
a uno.

El efecto de la Temperatura
Sacando logaritmos en la ecuacin anterior, llegamos a una recta:
ln k1 ln

KT G 1

h
R
T

La representacin de la misma (en las hojas), nos muestra como aumenta k1


al aumentar la temperatura. Pero esta representacin no es del todo real, ya que
en una reaccin enzimtica hay que tener en cuenta que una enzima es un ente
biolgico, con lo que a altas temperaturas pierde su efectividad. Esto se observa si
tenemos en cuenta KCAT, que llevara consigo la Ea global ya que engloba todas las
constantes y, por tanto, veramos el efecto producido por la temperatura sobre
todas las etapas (de transformacin), o slo sobre k1. La grfica en este caso sera
ln Vmax Vs 1/T1. En ella se observa claramente la desnaturalizacin que sufre la

encima al pasar del lmite, justo despus del punto de mayor velocidad, a la que
se denominar temperatura ptima. Hay que saber que esa temperatura hay que
hallarla en condiciones de saturacin, para asegurarnos que la velocidad es
realmente Vmax.
Definimos entonces Q10 como el coeficiente de temperatura. ste se halla
midiendo lo que asciende la velocidad al aumentar la temperatura en 10 . En las
reacciones enzimticas es 2.

Factores responsables del poder cataltico de las enzimas


1 La ecuacin de la recta se encuentra en las hojas.

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Formacin del complejo no covalente: ES


Se basa en la interaccin no covalente (puentes de hidrgeno, fuerzas
electrostticas, interacciones hidrofbicas, etc.) entre tomos del sustrato(s) y
aminocidos del centro activo, con el fin de bajar el nivel energtico del complejo
ES. Eso se empieza a entrever en un ejemplo muy sencillo expuesto en las hojas,.
En l se supone la formacin de un puente de hidrgeno entre la enzima y el
sustrato, el cual, en el estado libre forman respectivos puentes con molculas de
agua.

El

proceso

est

controlado

por

la

ecuacin

G H TS , ms

exactamente por el trmino TS . Esto es as porque la entropa del medio


aumenta notablemente debido a la reduccin de la organizacin que debe
presentar la caja de solvatacin, lo que determina irremediablemente un descenso
en G, con lo que el proceso es espontaneo. Se observa como no hay una ganancia
en el nmero de puentes de hidrgeno, lo que no quiere decir que la energa
asociada a los dos primeros sea la misma que en los dos segundos, pero aunque
halla una diferencia a favor de los primeros, (antes de la formacin del complejo),
esta es sin duda mucho menor que la energa proveniente de la ganancia en
entropa del medio.
Resumiendo:
= H() TGmedio Espontaneo.
En las hojas pone que H=0 por la no formacin de nuevos puentes de
hidrgeno. Si no me equivoco, esto no es exactamente as, ya que como se ha
dicho antes todo depender de la energa asociada a los mismos, con lo que podr
ser 0, mayor o menor, pero en todo caso se ver sobrepasada por el incremento
en la entropa del medio.
Se puede concluir, por tanto, que el proceso de formacin del
complejo siempre ser favorable para todos los sistemas.

Energa de unin
Se define como Go asociada a la formacin del complejo ES, igual a la
energa libre (negativa) asociada a esa formacin, siempre en condiciones
estndar. Esta energa libre de formacin, vendr determinada por las constantes
k1 y k1, y se relaciona directamente con la constante de equilibrio (todo en las
hojas) e inversamente con la constante de disociacin Ks (k1/k1). Si decamos que

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Km y Ks tenan unos valores del orden de 10 X (x= 2, 6, 7)2 , implica, o mejor dicho
corrobora que G en espontanea, ya que la potencia negativa se corresponde con el
mayor valor de k1 sobre k1 (k1>k1 formacin del complejo favorable). Con esto
seguimos demostrando que la formacin del complejo est termodinmicamente
favorecida.
Consideramos GS como la que engloba a todas las individuales de las
diferentes interacciones no covalentes entre la enzima y el sustrato. Por esto, la
energa de unin definida es vlida para todas los supuestos, ya que, aunque en
un principio planteamos la formacin de un solo puente de hidrgeno, la G que
utilizamos puede ser vlida para otros modelos si la consideramos GS.

Efecto entrpico: utilizacin de la energa de unin en la catlisis


Se trata de ver como afecta esa energa de unin (favorable) a la catlisis.
Mediante el modelo ms sencillo, el de M&M, en el cual definimos los pasos
reversibles como GS y el de transformacin lo dejamos regido por KCAT,
preguntndonos que energas intervendrn en ese proceso y que estar
controlndolas. Seguimos recordando que normalmente la transformacin se suele
producir en varias etapas, pero, por conveniencia hacemos que sea un solo paso
de transformacin. De este modo podemos definir V como KCAT [ES], teniendo
muy en cuenta que esto slo es cierto en el caso de un solo paso de
transformacin, ya que si no, la constante que multiplicara a [ES] sera la del
ltimo paso3. Si utilizamos lo que obtuvimos para el estado de transicin, que nos
dice que la energa de la reaccin es proporcional a la concentracin de especies
de sustancias reaccionantes que han alcanzado el estado de transicin. Al
contrario de lo que suceda en el apartado anterior, donde tratbamos de
averiguar la energa de la unin de la enzima y el sustrato, ahora ya tenemos el
sustrato en el centro activo, y lo que tenemos que hacer es encontrar la expresin
de la energa de transformacin, o lo que es lo mismo como superar la barrera
energtica a la que de nuevo se enfrenta la enzima, pasar de ES a ES .

2 En relacin con un ejercicio de la hoja 1.


3 Sinceramente no estoy muy seguro de ello, pero as debe ser, ya que as me lo explic ella despus
de ponerme como mal un desarrollo a partir de esa frmula en el examen, por haberla generalizado.

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Teniendo en cuenta, por tanto, que el sustrato se encuentra en el centro


activo y aplicando la teora del estado de transicin llegamos a la siguiente
expresin:

K CAT e

G
RT

Esta nos indica que KCAT siempre se relaciona con G independientemente de


las constantes microscpicas que englobe e independientemente del nmero de
etapas.
La formacin del estado de transicin implica necesariamente la prdida
de entropa a varios niveles, rotacional, (es rgido a todos los niveles); traslacional,
(sobre todo en reacciones catalizadas); interna, (rotacional, vibracional). En la
formacin del complejo ES, disminuimos la rotacional y la traslacional (el sustrato
queda fijado al C.A.) y al pasar al ES disminuimos la que nos quedaba, la entropa
interna. Se ve ahora claro como las enzimas lo que hacen es dividir los cargos
energticos en dos para as poder controlarlos mejor, y se aprovechan de la
energa favorable debida al aumento de la entropa del medio.
El efecto entrpico se define, por tanto, como las prdidas en entropa
rotacional y traslacional se producen en un proceso termodinmicamente
favorable (formacin del complejo ES). De este modo, el coste energtico para
llegar al estado de transicin, queda reducido a la disminucin de entropa interna
(como coste) ya que el resto se ha solventado mediante la ganancia de entropa
del medio. Por esto, y como se ve en las imgenes, la GT, compuesta por una GS
y G, queda reducida debido al signo negativo de GS. Esta es la diferencia
sustancial entre los procesos catalizados y los no catalizados, estos ltimos deben
afrontar el coste energtico para pasar al estado de transicin de un golpe
(siempre hacia arriba), mientras que los procesos catalizados, hacen primero una
bajada de energa mediante un proceso espontaneo y despus afrontan la subida,
que desde abajo es del mismo coste que sin enzima, pero contabilizndo la
energa desde el sustrato hasta el estado de transicin, el escaln es mucho ms
pequeo que sin enzima.
Olvidndonos de los pasos intermedios, tenemos una energa de activacin,
la energa de transicin global (GT), y analizando la reactividad (unin +

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transformacin), definida por la constante de especificidad mediante la teora del


estado de transicin, tenemos que sta se relaciona con la energa de transicin
global, de forma equivalente a como KCAT se relacionaba con la energa activacin;
y Ks con la energa de unin (G).

Kcat/ Km

ES
GT
energa global

E+S

Kcat
G
energa de activacin

GS
energa de unin

Ks
ES

De esta forma, cada una de las constantes a la que llamamos macromtricas


se relaciona con las distintas barreras energticas que aparecen durante la
catlisis.

Maximizacin de la energa de unin


Conseguiremos un mejor efecto entrpico mediante la maximizacin del
nmero de interacciones estabilizantes entre la enzima y el estado de transicin.
Ser, por tanto, la mejor forma de rebasar la energa de activacin, consiguiendo
el mayor nmero de interacciones no covalentes entre la enzima y el estado de
transicin. Se trata entonces de conseguir que cada grupo potencial del sustrato
tenga su equivalente en la enzima, que sean lo ms equivalentes posible.
Fischer, intuy algo parecido, pero se quedo en las puertas, afirmando que
exista complementareidad enzimasustrato, algo no del todo cierto, y que ms
tarde consiguieron Haldane y Pauling, diciendo que el mayor nmero de
interacciones

se

consegua

en

el

estado

de

transicin,

enunciando

la

complementareidad enzimaestado de transicin. Con esta teora, se observa


como la energa de unin (GS negativa) es la suma de la energa, tambin
negativa, debida a las interacciones entre la enzima con el sustrato (GS) y la que
se produce (GR< 0) cuando el sustrato alcanza el estado de transicin. Esto

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contribuye, por tanto, a la maximizacin de la energa de unin, lo que determina


una bajada en la energa de activacin, determinante en los procesos biolgicos.
Esto repercutir a su vez en KCAT y la constante de especificidad, de modo que
cuanto ms baje la energa de activacin

ms ascender KCAT (el resultado un

aumento en la velocidad). Una bajada en la energa global GT, har que aumente
la constante de especificidad.

Evidencias experimentales
Trataremos de evidenciar dos puntos:
La energa de unin se utiliza para disminuir la energa de activacin
La

mxima

complementareidad

se

da

en

el

complejo

ES

(complementareidad Eestado de transicin).


Esto se consigue mediante experimentos con anlogos del estado de
transicin, de manera que se observa como las Ks de estos anlogos son menores
que los de los sustratos naturales:
Como se observa de esta relacin, una Ks menor para los anlogos del
estado de transicin, implica una menor tendencia a la salida del C.A.
Tambin se utilizan diferencias en potenciales sitios de interaccin no
covalente en sustratos alternativos y anlisis del comportamiento cintico (Km;
KCAT) de enzimas (normalmente proteasas) al ponerlas en contacto con distintos
sustratos alternativos. En este tipo de anlisis, en los que consideramos Km = Ks,
se observa un aumento de la constante de especificidad, debidos a cambios
superiores en KCAT que en Km.

Kcat/ Km

ES1

Kcat/ Km
ES2

GT
energa global

E + S2

energa global

G
energa de activacin

GS

energa de unin

ES

Ks
ES

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Kcat
G
energa de activacin

GS

energa de unin

Ks

GT

Kcat

E + S1

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De esta forma, un descenso en la energa de activacin para S 2 implicar un


aumento de KCAT, (ver la frmula que las relaciona), que unido a una ligera subida
en valor absoluto de la energa de unin, hace que aumente la constante de
especificidad. Por el contrario, para S1, la energa de activacin es mayor y, por
tanto, KCAT disminuye, que unido a un leve aumento de Km (seguimos recordando
que tenemos la condicin Km = Ks) har que disminuya la constante de
especificidad. Esto se resume diciendo que la enzima puede establecer ms
interacciones con S2 que con S1 (GS1 < GS2) y con S2 que con S1 (G1 > G2).
Otra forma de comprobarlo es mutando los potenciales sitios de unin con el
sustrato en el C.A. y realizar los pertinentes anlisis cinticos. Lo que se observa
en las enzimas mutadas es una bajada muy importante en KCAT, lo que implica un
aumento en la energa de activacin debida a la prdida de interacciones
estabilizantes del intermediario de reaccin. Tambin aumenta la Km, aunque de
forma ms leve, lo que significa que el efecto entrpico es ms dbil. Esta menor
variacin en Km que en KCAT parece confirmarnos que si es ms importante (como
siempre todo es relativo) la estabilizacin del intermediario de reaccin
(interacciones enzimaestado de transicin) que la unin de la enzima al sustratro,
donde casi siempre existir alguna interaccin ms o menos especfica que derive
en un efecto entrpico.
Ya hemos comentado la importancia de los coenzimas, sin ir ms lejos, la
tirosil tRNA sintetasa, es capaz de catalizar la unin de la tirosina a AMP en
ausencia del tRNA, que queda unido a la enzima en forma de complejo ES .

Modelos de interaccin enzimtica


1. Modelo de distorsin de enlaces: Enunciado por Haldane y Pauling,
afirma que la enzima es rgida, y distorsiona al sustrato al estar este en el
C.A.

para

llevarlo

ES.

Se

trata

de

complementareidad

enzimaintermedio de reaccin.
2. Modelo de ajuste inducido: Enunciado por Koshland, afirma que la
enzima sufre cambios conformacionales. Se trata de complementareidad
enzimaintermedio de reaccin.

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En la actualidad se asumen los dos modelos. Cuando se forma el


complejo ES y EScambiar de conformacin el que est ms favorecido
energticamente o los dos.

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