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Mapeo genmico:

Determinacin de la localizacin de elementos en un genoma,


con respecto de marcadores identificados
Tipos de mapas:
MAPAS FISICOS (de restriccin, citogenticos, de hbridos de radiacin...)
Distancia: en pb
Marcadores: STS, dianas de restriccin, ....
Material de partida: libreras de clones genmicos
Hbridos de radiacin
MAPAS GENETICOS
Distancia: en cM (1% recombinacin = 1cM)
Marcadores: genes, RFLPs, VNTR, STR, SNPs
Material de partida: pedigres de familias afectadas

MAPAS FISICOS
basados en localizaciones fsicas en los cromosomas (pb)
Se utilizan tcnicas de biologa molecular: hibridacin, PCR....

Tipo de mapa
Citogentico

metodologa
bandeo cromosmico

resolucin
varias Mb

Hbridos somticos y
hbridos de radiacin
De restriccin

paneles de hbridos

0,5-variasMb

enz. restriccin ej. NotI

cientos de Kb

Mapa de STS

PCR

100 Kb

Secuencia genmica

Secuenciacin

1pb

Mapeo de restriccin
Muestra la localizacin relativa de dianas de restriccin a lo
largo de un segmento de DNA
HindIII BamHI

PstII

Se suelen utilizar enzimas que cortan pocas veces (ej. NotI)


En humanos no se usa frecuentemente

Mapas de hbridos somticos


-Se basa en la capacidad de las clulas de roedor (hamster) de integrar
establemente material gentico de otras especies
-Las clulas humanas se fusionan con clulas de hamster y se seleccionan
aquellos hbridos que retienen uno o ms cromosomas humanos
-La situacin ideal es un panel completo de hbridos en el que cada hbrido
tiene un nico cromosoma humano
-Se obtiene una mejor resolucin si los hbridos tienen slo fragmentos de
cromosomas.
Para sto la alternativa ms efectiva es generar HBRIDOS DE RADIACION

Radiation Hybrid Mapping

MAPAS DE STS

D
E

LIBRERIA DE
CLONES GENMICOS

A B C D

...TAGGCCATGCATTGGA......
SECUENCIA

MAPA DE STS

VECTORES DE CLONAJE
PLSMIDOS
CSMIDOS
BACTERIFAGO P1
PAC (P1 artificial chromosome)
BAC (bacterial artificial chromosome)
YAC (yeast artificial chromosome)

tamao de inserto
0-10 kb
30-44 kb
70-100 kb
130-150 kb
hasta 300 kb
0.2-2 Mb

Que nos dice la secuencia


del Genoma Humano?
Algunos nmeros:
Hay 3 mil millones de bases nucleotdicas (A, C, T y G).
El n total de genes se estima alrededor de 25,0000
Como media, un gen contiene 3000 bases, pero hay gran diversidad, el gen
ms grande es el de la distrofina, con 2.4 millones de bases.
La mayora de la secuencia (99.9%) es igual entre distintos individuos
se desconoce la funcin de ~50% de los genes

http://doegenomes.org

U.S. Department of Energy Genome Programs, Genomics and Its Impact on Science and Society, 2003

Que nos dice la secuencia


del Genoma Humano?
Organizacin:
Hay regiones ricas en genes, donde predominan C y G.
Por el contrario, las regiones pobres en genes son ricas en A y T.
Los genes se concentran en reas dispersas por el genoma, con grandes
extensiones de DNA no codificante entre ellas.
Hay regiones de hasta 30,000 bases C y G que se repiten y que se localizan
frecuentemente adyacentes a regiones ricas en genes, formando una barrera
entre genes y DNA no codificante. Estos islotes CpG se cree que regulan la
expresin gnica.
El cromosoma 1 tiene el mayor n de genes (2968) y el cromosoma Y el
menor n (231).
http://doegenomes.org

U.S. Department of Energy Genome Programs, Genomics and Its Impact on Science and Society, 2003

Que nos dice la secuencia


del Genoma Humano?
DNA basura??????????:
Menos del 2% del genoma codifica para protenas
Las secuencias repetidas suponen al menos el 50% del genoma humano.
Las secuencias repetidas no parecen tener una funcin directa pero s
participan en la estructura y dinmica del genoma. Son la fuente de
reorganizaciones del genoma, dando origen a nuevos genes y
modificaciones de los existentes.
La proporcin de secuencias repetidas en el genoma humano es mucho
mayor en humanos que en otros organismos (C. elegans:7%, D.
melanogaster:3%).

http://doegenomes.org

U.S. Department of Energy Genome Programs, Genomics and Its Impact on Science and Society, 2003

Lo que an no sabemos:
N exacto de genes, localizacin y funciones
Regulacin de la expresin gnica
Estructura y organizacin de los cromosomas
Tipos de DNA no codificante, distribucin, funciones.
Coordinacin de la transcripcin con traduccin y eventos post-traduccionales
Interacciones proteicas en complejos supramoleculares
Proteomas (contenido total de protenas y sus funciones)
Correlacin de SNPs y variaciones estructurales con salud y enfermedad
Biologa de Sistemas

U.S. Department of Energy Genome Programs, Genomics and Its Impact on Science and Society, 2003

MAPAS GENETICOS
RELACIN ENTRE LA FRECUENCIA DE RECOMBINACIN
Y LA DISTANCIA ENTRE MARCADORES

Frecuencias de recombinacin

20%

10%

20%

30%

10%

30%

Interpretacin (mapa gentico)

10cM

20cM

X
30cM

FRECUENCIA DE RECOMBINACION
ENTRE MARCADORES
A2 A2
B2 B2

A2 A1
B2 B1

A1 A1
B2 B1

A2 A1
B2 B1

A2 A1
B2 B1

NR

A1 A1
B1 B1

NR

A2 A1
B1 B1

A1 A1
B1 B1

A1 A1
B2 B1

A2 A1
B2 B1

NR

A1A1
B1B1

NR

A2 A1
B1 B1

A2 A1
B2 B1

NR

= # recombinantes / # total = 2/7 = 0.286


No siempre es fcil determinar la frecuencia de recombinacion

Meiosis no informativa
A1

B1

A1

B1

A2

B1

A1

B2

recombinacin

A2

B1

No recombinacin

Meiosis informativa
A1

B1

A2

B2

recombinacin

A2

B1

A1

B1

A2

B2

No recombinacin

MARCADORES GENTICOS (POSICIN CONOCIDA)


CROMOSOMA
GEN BUSCADO
(CAUSANTE DE ENFERMEDAD)
SUFICIENTEMENTE PRXIMOS
PARA QUE ESTEN LIGADOS,
FRECUENCIA DE RECOMBINACIN PEQUEA

Los pedigrees incompletos se analizan estadsticamente para descartar


que los resultados se hayan dado por azar: valores LOD (LOD scores)

Ratio of odds:
Zx= probabilidad del resultado observado si = x
probabilidad del resultado observado si =0.5 (no ligados)

LOD score= logZx


LOD score > 3 hay ligamiento
LOD score >3 ausencia de ligamiento

El anlisis por LOD score requiere un modelo gentico preciso: herencia, penetrancia,
frecuencia gnica.... , por eso NO ES APLICABLE A ENFERMEDADES COMPLEJAS