La Guerra de Reforma o tambin conocida como la Guerra de
los Tres aos; se inicia con el Plan de Tacubaya donde desconoca la Constitucin de 1857 y reconoca a Comonfort como absoluto presidente porque l poda pacificar a la nacin y podra convocar a otro Congreso Constituyente. Los conservadores creyeron que Comonfort se enfocaba ms a lo liberal y esto da a entender que su situacin estaba perdida. El 11 de enero de 1858 cierto sector de Mxico y Tacubaya nombran a Zuloaga presidente, siendo que Comonfort se va con los liberales y puso en liberta a Jurez, en este momento Jurez se va a Guanajuato y ah se manifest como presidente de la Suprema Corte de Justicia, segn la Constitucin de 1857 y de esta forma haba dos mandatarios uno liberal y otro conservador. Zuloaga derogo las leyes de reforma para traer ms al conservador y por el otro lado Jurez se mantena unidos los liberales. Anastasio Parrodi, fue el comandante del ejrcito liberal, junto con Jurez elaboran un plan para terminar con los conservadores que estos eran comandados por Luis G, Osollo; el 13 de marzo Guadalajara cambia de bando y Jurez estuvo apunte de ser asesinado. Santos Degollado fue nombrado general en jefe del ejrcito constitucionalista y el gobierno liberal se traslado a Colima y despus a Veracruz. En el primer ao del la guerra los generales conservadores Leonardo Mrquez y Miguel Miramn, los conservadores tenan un ejrcito profesional al contario de los liberales que fueron derrotado en Puerto Carreteras, San Luis Potos, etc. En el grupo conservador se hicieron pugnas por el poder como el general Miguel Maria Echegaray, se pronuncia con el plan de la Navidad, este desconoca a Zuloaga y designaba a presidente a Miramn que presento juramento el 2 de febrero de 1859 y el intento tomar a Veracruz donde era la sede provisional del gobierno de Jurez. Mrquez derroto las tropas de Degollado y no pudieron llegar a la capital.
En 1859 la guerra llego a un equilibro de fuerza, la iglesia
apoyando a los conservadores, pero ningn bando tenia recursos suficientes. Jurez dio a conocer las leyes de reforma antes de que terminara la guerra, la primera ley fue quitarle los bienes a la iglesia en junio de 1859, esta marcaba un gran avance porque separaba absolutamente la Iglesia con el Estado y estableca que la Iglesia deba de atacar la Constitucin, esto no fue bien tolerado por la Iglesia considerando que las leyes de Jurez era un ataque frontal al catolicismo y dijo que el gobierno persegua a la religin. Pero la ley de desamortizacin de bienes del clero no haba resuelto, esos problemas econmicos del gobierno liberal; ambos bandos buscaban el apoyo extranjero, el conservador se auxilio con en Espaa. El 26 de septiembre de 1859b se firmo el tratado de Mon-Almontey escrito por Juan Nepomuceno Almonte, hijo de Jos Maria Morelos y representaba al gobierno conservador, segn este tratado ratificaba un convenio firmando en 1853 por el gobierno de Antonio Lpez de Santa Anna que aceptaba indemnizar a los sbditos espaoles. Y los liberales buscaron el apoyo con Estados Unidos en 1859 con Jurez. El tratado de McLane Ocampo en el que Estados Unidos tena libertad de trnsito por el istmo de Tehuantepec y depues esto fue rechazado por el senado. A principio de 1860, Zuloaga seguan disputando la presidencia de Miramn y en su ltima etapa los conservadores trataron de tomar Veracruz, en ese mismo ao Miramn fue derrotado en Bilao por Ignacio Zaragoza y Jess Gonzales Ortega. Miramn hizo trato con el banquero francs Juan B. Jecker y este hecho como pidi muchos prstamos extranjeros y as se cre la deuda externa El ejercito constitucionalistas con 58 piezas de artillera y veinte mil hombres, los generales eran Zaragoza, Pedro Ogazn y Florencio Antillano, este contingente venci a Miramn y el combate el triunfo fue para los liberales duro tan solo dos horas; tres das despus ya ocupaban la Ciudad de Mxico.