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Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

TEXTO

Preguntas clave
-

Cules son los mecanismos moleculares de la regulacin gnica en eucariotas?

Cmo generan los eucariotas muchos patrones de expresin gnica diferentes con
un nmero limitado de protenas reguladoras?

Qu papel desempea la cromatina en la regulacin gnica en eucariotas?

Qu son las marcas epigenticas y cmo influyen en la expresin gnica?

Esquema
11.1 Regulacin transcripcional en eucariotas: una visin general
11.2 Lecciones de las levaduras: el sistema GAL
11.3 La cromatina dinmica y la regulacin gnica en eucariotas
11.4 Mecanismos de accin de los intensificadores
11.5 Impronta genmica
11.6 Los dominios de la cromatina y su herencia

La clonacin de Dolly, una oveja, se anunci a todo el mundo en 1996. Dolly se


desarroll a partir de ncleos somticos adultos que haban sido implantados en vulos
anucleados (vulos a los que se haba eliminado su propio ncleo). Ms recientemente,
con el uso de tcnicas similares tambin se han clonado vacas, cerdos, ratones y otros

mamferos (Figura 11-1). La exitosa clonacin de Dolly fue una gran sorpresa para la
comunidad cientfica porque se pensaba que la clonacin de mamferos a partir de
clulas somticas era imposible. Una de las razones para este escepticismo inicial era el
hecho de que la formacin de gametos masculinos y femeninos (espermatozoides y
vulos) requiere modificaciones especficas de cada sexo en los respectivos genomas
que resultan en patrones de expresin gnica especficos de cada sexo. Dolly simboliza
lo mucho que se ha avanzado en la comprensin de ciertos aspectos de la regulacin
gnica en eucariotas, como el control global de la expresin gnica ejemplificada en el
desarrollo gamtico. Sin embargo, por cada clon exitoso, incluyendo a Dolly, hay
muchos ms, quizs cientos de embriones que no consiguen desarrollarse y convertirse
en descendencia viable. La tasa de fracaso extremadamente alta subraya cunto queda
para ser descifrado sobre la regulacin gnica en eucariotas.
(pg. 385)
(pg. 386)
En este captulo, se examinar la regulacin gnica en eucariotas. En cierta
manera, nuestra mirada a la regulacin gnica ser un estudio de contrastes. En
bacterias, hemos aprendido cmo la actividad de los interruptores genticos
frecuentemente estaba dirigida por una nica protena activadora o represora y cmo el
control de conjuntos de genes se consegua mediante su organizacin en operones o
mediante la actividad de factores especficos (vase el Captulo 10). Las expectativas
iniciales eran que la expresin gnica en eucariotas estara regulada de maneras
similares. Sin embargo, en eucariotas la mayor parte de los genes no se encuentran
organizados en operones. Adems, veremos que las protenas y secuencias de DNA que
participan en la regulacin gnica son ms numerosas en eucariotas. A menudo, muchas
protenas de unin al DNA actan en un mismo interruptor, con muchos interruptores
distintos por cada gen, y las secuencias reguladoras de estos interruptores estn

frecuentemente situadas lejos de los promotores. Una diferencia clave adicional entre
bacterias y eucariotas es que el acceso a los promotores eucariticos est restringido por
la cromatina. La regulacin gnica en eucariotas requiere la actividad de grandes
complejos proteicos que facilitan o restringen el acceso a los promotores de los genes
por parte de la RNA polimerasa. Este captulo suministrar los fundamentos
imprescindibles para comprender la regulacin espacio-temporal de la expresin gnica
que coreografa el proceso del desarrollo descrito en el Captulo 12.

11.1 Regulacin transcripcional en eucariotas: una visin general


Las propiedades biolgicas de cada tipo celular eucaritico vienen determinadas en gran
medida por las protenas expresadas en l. Esta constelacin de protenas expresadas
determina gran parte de la arquitectura de la clula, sus actividades enzimticas, sus
interacciones con el ambiente y muchas otras propiedades fisiolgicas. Sin embargo, en
un momento dado de la vida de la clula, slo se expresan una fraccin de los RNAs y
protenas codificados en su genoma. En momentos diferentes, el perfil de productos
gnicos expresados puede diferir enormemente, tanto respecto a qu protenas son
expresadas como a qu niveles. Cmo se generan estos perfiles especficos?
Tal y como se podra esperar, si el producto final es una protena, la regulacin
se puede conseguir controlando la transcripcin del DNA a RNA o la traduccin del
RNA a protena. De hecho, la regulacin gnica tiene lugar a muchos niveles,
incluyendo a nivel del mRNA (a travs de alteraciones en el corte y empalme o la
estabilidad del mRNA) y despus de la traduccin (mediante la modificacin de
protenas). No obstante, se cree que la mayor parte de la regulacin tiene lugar a nivel
de la transcripcin; y por tanto, este captulo se centrar principalmente en la regulacin
de la transcripcin. El mecanismo bsico en funcionamiento consiste en que seales

moleculares del exterior o el interior de la clula conducen a la unin de protenas


reguladoras a sitios especficos en el DNA situados fuera de las regiones codificadoras
de protenas, y la unin de estas protenas modula la tasa de transcripcin. Estas
protenas podran directa o indirectamente ayudar a la RNA polimerasa a unirse a su
punto de inicio de la transcripcin (el promotor) o podran reprimir la transcripcin
impidiendo la unin de la RNA polimerasa.
Aunque bacterias y eucariotas tienen en comn gran parte de la lgica de la
regulacin gnica, hay algunas diferencias fundamentales en los mecanismos y
maquinaria subyacentes. Ambos utilizan protenas de unin a una secuencia especfica
de DNA para modular el nivel de transcripcin. Sin embargo, los genomas eucariticos
son ms grandes y su variedad de propiedades es mayor que la de las bacterias.
Inevitablemente su regulacin es ms compleja, lo que requiere ms tipos de protenas
reguladoras y ms tipos de interacciones con las regiones reguladoras adyacentes en el
DNA. La diferencia ms importante es
(pg. 386)
(pg. 387)
que el DNA eucaritico est empaquetado en nucleosomas, que forman la cromatina,
mientras que el DNA bacteriano carece de nucleosomas. En eucariotas, la estructura de
la cromatina es dinmica y es un ingrediente esencial en la regulacin gnica.
En general, el estado basal de un gen bacteriano es activo. As, la RNA
polimerasa normalmente puede unirse a un promotor siempre y cuando no haya otras
protenas reguladoras que unan al DNA. En bacterias, se impide o reduce el inicio de la
transcripcin si se bloquea la unin de RNA polimerasa, normalmente a travs de la
unin de una protena reguladora represora. Las protenas reguladoras activadoras
incrementan la unin de la RNA polimerasa a los promotores all donde se necesite un
poco de ayuda. En cambio, el estado basal de un gen en los eucariotas es inactivo. Por

tanto, la maquinaria transcripcional (incluyendo la RNA polimerasa II y los factores de


transcripcin generales asociados) no puede unirse al promotor en ausencia de otras
protenas reguladoras (Figura 11-2). En muchos casos, la unin de la maquinaria
transcripcional no es posible, debido a la posicin de los nucleosomas cerca del
promotor. Por tanto, la estructura de la cromatina normalmente tiene que cambiar para
activar la transcripcin eucaritica. La estructura de la cromatina alrededor de los genes
activados o reprimidos de una clula puede ser bastante estable y puede ser heredada
por las clulas hijas. La herencia de la estructura de la cromatina es una forma de
herencia que no implica directamente a la secuencia de DNA.
En el resto de este captulo nos centraremos en las caractersticas propias de la
regulacin transcripcional eucaritica. Algunas diferencias respecto la regulacin
transcripcional en bacterias ya se mencionaron en el Captulo 8:

1. En bacterias, todos los genes se transcriben a RNA mediante la misma RNA


polimerasa, mientras que en eucariotas se utilizan tres RNA polimerasas. En el
(pg. 387)
(pg. 388)
Captulo 8 se habl principalmente de la RNA polimerasa II, que es la que transcribe
los mRNAs y que ser tambin la nica polimerasa que se discutir en este captulo.
2. Los transcritos de RNA son procesados extensamente durante la transcripcin en
eucariotas: se modifican los extremos 5 y 3 y se eliminan los intrones.
3. La RNA polimerasa II es mucho ms grande y compleja que su homloga
bacteriana. Una razn para esta complejidad adicional es que la RNA polimerasa II
debe sintetizar RNA y coordinar el posterior procesamiento propio de los eucariotas.

Los eucariotas pluricelulares pueden tener hasta 25 000 genes, un nmero


muchas veces superior al promedio de las bacterias. Adems, los patrones de expresin
gnica eucariticos pueden ser extraordinariamente complejos. Es decir, hay una gran
variacin entre genes respecto al momento en el que estn activos (se transcriben) o
inactivos (no se transcriben) y a la cantidad de transcrito que necesita ser producido. Por
ejemplo, un gen podra transcribirse slo en una fase temprana del desarrollo y otro slo
en presencia de una infeccin viral. Por ltimo, en un momento dado la mayora de los
genes de una clula eucaritica estn inactivos. Basndonos en estas consideraciones, la
regulacin gnica eucaritica debe ser capaz de:

1. asegurar que la expresin de muchos genes del genoma est inactivada


normalmente, a la vez que se activa un subconjunto de genes; y
2. generar miles de patrones de expresin gnica.

Como se ver despus en este captulo, existen mecanismos que han


evolucionado para asegurar que la mayora de los genes en una clula eucaritica no se
transcriben.

Antes

de

considerar

como

se

pueden

mantener

los

genes

transcripcionalmente inactivos, nos centraremos en el segundo punto: cmo pueden los


genes eucariticos conseguir esta gran cantidad y diversidad de patrones de expresin
gnica? La maquinaria necesaria para generar tantos patrones de transcripcin gnica in
vivo tiene muchos componentes, que incluyen protenas reguladoras y secuencias
reguladoras que actan en cis. El primer conjunto de protenas comprende el gran
complejo de la RNA polimerasa II y los factores de transcripcin generales que se
explicaron en el Captulo 8. Para iniciar la transcripcin, estas protenas interaccionan
con secuencias de DNA llamadas elementos proximales al promotor situados cerca

del promotor de un gen. El segundo grupo de componentes proteicos consiste en


factores de transcripcin especficos que se unen al DNA en secuencias reguladoras que
actan en cis llamadas intensificadores (enhancers) o secuencias activadoras aguas
arriba (UASs, del ingls upstream activation sequences). Estas secuencias reguladoras
pueden encontrarse a una distancia considerable de los promotores gnicos.
Generalmente, a los promotores y elementos proximales se unen factores de
transcripcin que afectan a la expresin de muchos genes. Los intensificadores son las
dianas de factores de transcripcin ms especficos que controlan la regulacin de
grupos ms pequeos de genes. Frecuentemente, un intensificador actuar slo en uno o
en unos pocos tipos celulares en un eucariota multicelular.
Para que la RNA polimerasa II transcriba el DNA en RNA a una tasa mxima,
mltiples elementos reguladores en cis deben realizar su funcin. Los promotores,
elementos proximales e intensificadores son dianas para la unin de diferentes protenas
que se unen al DNA y que actan en trans. La Figura 11-3 es una representacin
esquemtica de un promotor y sus elementos proximales. La unin de la RNA
polimerasa II al promotor no produce una transcripcin eficiente por s misma. La
transcripcin requiere la unin de factores de transcripcin generales a los elementos
proximales que se encuentran normalmente a unos 100 pb del inicio de transcripcin de
muchos genes (pero no en todos). Uno de estos elementos es la caja CCAAT, y a
menudo otro es un segmento rico en GC situado ms aguas arriba. Los factores de
transcripcin generales que se unen a los elementos proximales se expresan en la
mayora de las clulas, y por tanto, siempre estn disponibles para iniciar la
transcripcin. Las mutaciones en estas regiones pueden
(pg. 388)
(pg. 389)

tener un efecto sustancial en la transcripcin, lo que demuestra lo importantes que son.


Un ejemplo de las consecuencias en lo que respecta a las tasas de transcripcin despus
de mutar estos elementos se muestra en la Figura 11-4.
Para modular la transcripcin, las protenas reguladoras poseen uno o ms de los
siguientes dominios funcionales:

1. Un dominio que reconoce una secuencia reguladora en el DNA (el sitio de unin al
DNA de la protena)
2. Un dominio que interacciona con una o ms protenas de la maquinaria
transcripcional (la RNA polimerasa o una protena asociada a la RNA polimerasa)
3. Un dominio que interacciona con protenas unidas a secuencias reguladoras cercanas
en el DNA de manera que puedan actuar cooperativamente para regular la
transcripcin
4. Un dominio que influya en la condensacin de la cromatina directa o indirectamente
5. Un dominio que acte como sensor de las condiciones fisiolgicas dentro de la
clula

Gran parte de la estrategia de control transcripcional eucaritico gira entorno a


cmo los factores de transcripcin especficos controlan el acceso de los factores de
transcripcin generales y de la RNA polimerasa II. Los mecanismos de regulacin
gnica eucariticos se han descubierto a travs de aproximaciones bioqumicas y
genticas. Estas ltimas han avanzado en particular gracias a los estudios de la levadura
unicelular Saccharomyces cerevisiae (vase el recuadro de Organismos modelo). Varias
dcadas de investigacin han permitido comprender mejor los principios generales de
cmo funcionan las protenas reguladoras de la transcripcin eucariticas y de cmo se

generan diferentes tipos celulares. Examinaremos en detalle dos sistemas de regulacin


gnica en levaduras: el primero hace referencia a la ruta metablica de utilizacin de la
galactosa, y el segundo es el control del tipo de apareamiento.
(pg. 389)
(pg. 390)
Organismo modelo: Levadura
Saccharomyces cerevisiae, tambin conocida como la levadura de la cerveza o del pan,
se ha convertido en estos aos ms recientes en el principal sistema gentico
eucaritico. Los humanos han cultivado levadura durante siglos porque es un
componente esencial de la cerveza, el pan o el vino. La levadura tiene muchas
caractersticas que hacen que sea un organismo modelo ideal. Como eucariota
unicelular, puede crecer en placas de agar y, con un ciclo de vida de slo 90 minutos, se
pueden cultivar grandes cantidades de levadura en medio lquido. Tiene un genoma muy
compacto de tan solo 12 megabases de DNA (compare con las casi 3000 megabases de
los humanos) que contienen aproximadamente 6000 genes distribuidos en 16
cromosomas. Fue el primer eucariota en tener su genoma secuenciado.
El ciclo de vida de la levadura hace que sea muy verstil para los estudios de
laboratorio. Sus clulas pueden crecer como diploides o como haploides. En ambos
casos, la clula madre produce una yema que contiene una clula hija idntica. Las
clulas diploides pueden continuar creciendo de este modo o pueden ser inducidas a
entrar en meiosis, lo que produce cuatro esporas haploides sujetas juntas en un asca
(tambin llamado una ttrada). Las esporas haploides de diferente tipo de apareamiento
(a o ) se fusionarn y formarn un diploide. Las esporas del mismo tipo continuarn
creciendo mediante gemacin.
La levadura ha sido llamada la E. coli de los eucariotas por la facilidad en el
anlisis directo e inverso de mutantes. Para aislar mutantes utilizando una aproximacin

gentica directa, se mutagenizan las clulas haploides (con rayos X, por ejemplo) y se
rastrean las placas en busca de fenotipos mutantes. Este procedimiento se hace
normalmente sembrando primero las clulas en una placa con medio rico en el que todas
las clulas crecen, y haciendo copias o rplicas de las colonias de la placa original en
otras placas con medios selectivos o condiciones de crecimiento especiales. (Vase
tambin el Captulo 15). Por ejemplo, un mutante sensible a la temperatura crecer en la
placa original a la temperatura permisiva pero no en una placa rplica a la temperatura
restrictiva. La comparacin entre las colonias de la placa original y de las rplicas
revelar qu colonias son los mutantes sensibles a la temperatura. Utilizando la gentica
inversa, los cientficos tambin pueden sustituir cualquier gen de la levadura (de funcin
conocida o desconocida) con una versin mutante (sintetizada in vitro) para comprender
la naturaleza del producto gnico.

11.2 Lecciones de las levaduras: el sistema GAL


Para poder hacer uso de la galactosa extracelular, las levaduras importan este azcar y lo
convierten en una forma de glucosa que pueda ser metabolizada. Varios genes (GAL1,
GAL2, GAL7 y GAL10) del genoma de la levadura codifican enzimas que catalizan
diferentes pasos de la ruta bioqumica que convierte la galactosa en glucosa (Figura 115). Tres genes adicionales (GAL3, GAL4 y GAL80) codifican protenas que regulan la
expresin de los genes de las enzimas. Igual que en el sistema lac, la abundancia del
azcar determina
(pg. 390)
(pg. 391)
el nivel de expresin gnica de la ruta metablica. En clulas de levadura creciendo en
un medio que carece de lactosa, los genes GAL estn en gran parte silenciados. Pero, en
presencia de galactosa (y en ausencia de glucosa), los genes GAL son inducidos. Al

igual que en el opern lac, los anlisis genticos y moleculares de mutantes han sido
muy importantes para entender cmo se controla la expresin de los genes de la ruta de
la galactosa.
El regulador clave de la expresin de los genes GAL es la protena Gal4, una
protena de unin a una secuencia especfica de DNA. Gal4 es quizs la protena
reguladora de la transcripcin mejor estudiada en eucariotas. La diseccin detallada de
su regulacin y actividad ha proporcionado mucha informacin sobre el control de la
transcripcin en eucariotas.

Gal4 regula mltiples genes a travs de secuencias activadoras aguas arriba


En presencia de galactosa, el nivel de expresin de los genes GAL1, GAL2, GAL7 y
GAL10 aumenta unas 1000 veces. En mutantes GAL4, sin embargo, estos genes
permanecen silenciados. Cada uno de estos cuatro genes tiene dos o ms sitios de unin
para Gal4 localizados a 5 (aguas arriba) de su promotor. Fjese en los genes GAL10 y
GAL1, que son adyacentes el uno al otro y se transcriben en direcciones opuestas. Entre
el punto de inicio de la transcripcin de GAL1 y el de GAL10 hay una nica regin de
118 pb que contiene cuatro sitios de unin para Gal4 (Figura 11-6). Cada sitio de unin
para Gal4 tiene 17 pares de bases y es ocupado por un dmero de protena Gal4.
Tambin hay dos sitios de unin para Gal4 aguas arriba del gen GAL2, y otros dos aguas
arriba del gen GAL7. Estos sitios de unin son necesarios para la activacin del gen in
vivo y si son delecionados, los genes son silenciados, incluso en presencia de galactosa.
Estas secuencias reguladoras son intensificadores, a los que tambin nos referimos
como secuencias activadoras aguas arriba. Es habitual en los genes eucariticos la
presencia de intensificadores situados a una distancia linear considerable del promotor.

Mensaje. La unin de protenas que se unen a una secuencia especfica del DNA en
regiones situadas fuera de los promotores de los genes diana es una caracterstica comn
de la regulacin transcripcional eucaritica.
(pg. 391)
(pg. 392)
La protena Gal4 tiene dominios de activacin y de unin al DNA separables
Despus de que Gal4 se haya unido al elemento UAS, cmo se induce la expresin
gnica? Un dominio distinto de la protena Gal4, el dominio de activacin, es necesario
para su actividad reguladora. De modo que la protena Gal4 tiene al menos dos
dominios: uno para unirse al DNA y otro para activar la transcripcin. Una organizacin
modular similar ha resultado ser una caracterstica comn con otros factores de
transcripcin que se unen al DNA.
La organizacin modular de la protena Gal4 fue demostrada en una serie de
experimentos simples y elegantes. La estrategia era probar la unin al DNA y la
activacin gnica de formas mutantes de la protena en que algunas partes haban sido
delecionadas o fusionadas a otras protenas. De esta manera, se podra determinar si una
parte de la protena era necesaria para una funcin en particular. Para realizar estos
experimentos, los investigadores necesitaban un medio sencillo para ensayar la
expresin de las enzimas codificadas por los genes GAL. La expresin de los genes
GAL y de otras dianas de factores de transcripcin se monitorizada habitualmente con la
utilizacin de un gen informador cuya expresin se pueda seguir fcilmente. Con
frecuencia el gen informador es el gen lacZ de E. coli, que puede actuar en substratos
cuyos productos se pueden medir fcilmente por su color brillante o su fluorescencia.
Otro gen informador comn es el gen que codifica la protena fluorescente verde de las
medusas, la cual, como su nombre sugiere, se puede distinguir con facilidad por la luz
que emite. La regin codificadora de uno de estos genes informadores y un promotor se

sitan aguas abajo de un elemento UAS de un gen GAL. La expresin del gen
informador es entonces el resultado de la actividad de Gal4 en esas clulas.
Cuando se expresa en la levadura una forma de la protena Gal4 a la que le falta
el dominio de activacin, los sitios de unin del elemento UAS estn ocupados, pero no
se induce la transcripcin (Figura 11-7). Lo mismo ocurre cuando se expresan otras
protenas reguladoras sin dominios de activacin, como el represor bacteriano LexA, en
clulas que contienen genes informadores con sus respectivos sitios de unin. El
resultado ms interesante se obtiene cuando una forma de la protena Gal4 sin el
dominio de unin al DNA es fusionada al dominio de unin al DNA de LexA: la
protena hbrida activa entonces la transcripcin desde los sitios de unin de LexA
(Figura 11-7). Otros experimentos de intercambio de dominios han revelado que la
funcin de activacin transcripcional de la protena Gal4 reside en dos pequeos
dominios de 50 a 100 aminocidos de longitud. Estos dominios son separables de los
que se utilizan para la dimerizacin de la protena, la unin al DNA y la interaccin con
la protena Gal80 (vase a continuacin). El dominio de activacin ayuda a atraer la
maquinaria transcripcional hacia el promotor, tal como se ver en la Seccin 11.3. Esta
organizacin muy modular de los dominios con actividad reguladora se encuentra en
muchos factores de transcripcin.

Mensaje. Muchas protenas reguladoras de la transcripcin en eucariotas son protenas


modulares con dominios separados para la unin al DNA, la activacin o represin y la
interaccin con otras protenas.

La actividad de Gal4 es regulada fisiolgicamente


Cmo se activa la protena Gal4 en presencia de galactosa? El anlisis de mutaciones
en los genes GAL80 y GAL3 proporcion indicios clave. En los mutantes GAL80, los
genes estructurales GAL estn activos incluso en ausencia de galactosa. Este resultado
sugiere que la funcin normal de la protena Gal80 es inhibir de algn modo la
expresin
(pg. 392)
(pg. 393)
de los genes GAL. En cambio, en los mutantes GAL3, los genes estructurales GAL no
estn activos en presencia de galactosa, lo que sugiere que Gal3 normalmente induce la
expresin de los genes GAL.
Extensos anlisis bioqumicos han revelado que la protena Gal80 se une a la
protena Gal4 con alta afinidad e inhibe directamente la actividad de Gal4. Ms
especficamente, Gal80 se une a una regin especfica dentro de uno de los dominios de
activacin de Gal4, bloqueando su habilidad para inducir la transcripcin de los genes
diana. El papel de la protena Gal3 es liberar a Gal4 de su inhibicin por Gal80 en
presencia de galactosa. Gal3 acta como un sensor y un inductor. Cuando Gal3 se une a
galactosa y ATP, experimenta un cambio alostrico que provoca su unin a Gal8, lo que
a su vez causa que Gal80 se libere de Gal4, que entonces puede activar la transcripcin
de sus genes diana. As, Gal3, Gal80 y Gal4 forman parte de un interruptor cuyo estado
viene determinado por la presencia o ausencia de galactosa (Figura 11-8). En este
interruptor, la unin al DNA del regulador de la transcripcin no es el paso regulado
fisiolgicamente (como en el caso del opern lac y el bacterifago ), sino que lo que se
regula es la actividad del dominio de activacin.

Mensaje. La actividad de las protenas reguladoras de la transcripcin en eucariotas est


frecuentemente controlada mediante interacciones con otras protenas.

Gal4 funciona en la mayora de los eucariotas


Adems de su actividad en las clulas de levadura, se ha demostrado que Gal4 es capaz
de activar la transcripcin en clulas de insectos, clulas humanas y muchas otras
especies eucariotas. Esta versatilidad sugiere que la maquinaria bioqumica y los
mecanismos de activacin gnica son comunes en un amplio grupo de eucariotas y que
las caractersticas descubiertas en la levadura generalmente se encuentran tambin en
otros eucariotas, y viceversa. Adems, gracias a su gran versatilidad, Gal4 y sus
elementos UAS se han convertido en las herramientas genticas preferidas para
manipular la expresin y funcin gnica en una gran variedad de sistemas modelo.

Mensaje. La habilidad de Gal4, as como de otros reguladores eucariticos, de


funcionar en una gran variedad de eucariotas indica que los organismos eucariotas
tienen unos mecanismos y una maquinaria de regulacin transcripcional comunes.

A continuacin, veremos como los activadores y otras protenas reguladoras


interaccionan con la maquinaria transcripcional para controlar la expresin gnica.

Los activadores reclutan la maquinaria transcripcional


En bacterias, los activadores normalmente estimulan la transcripcin mediante la
interaccin directa con el DNA y con la RNA polimerasa. En los eucariotas, los
activadores generalmente realizan su funcin de atraer la RNA polimerasa II a los
promotores gnicos de manera indirecta, a travs de dos mecanismos principales. En

primer lugar, los activadores pueden interaccionar con subunidades de los complejos
proteicos que intervienen en la iniciacin de la transcripcin. En segundo lugar, los
activadores pueden reclutar protenas que modifican la estructura de la cromatina, lo
que permite a la RNA polimerasa II y a otras protenas acceder al DNA. Muchos
activadores, incluyendo Gal4, poseen ambas actividades. Primero se examinar el
reclutamiento de partes del complejo de iniciacin de la transcripcin.
Recuerde del Captulo 8 que la maquinaria transcripcional eucariota contiene
muchas protenas que son parte de diversos subcomplejos dentro de la maquinaria
transcripcional que se ensambla en los promotores de los genes. Un subcomplejo, el
factor de transcripcin IID (TFIID), se une a la caja TATA de los promotores
eucariticos a travs de la protena de unin a TATA (TBP, del ingls TATA binding
protein; vase la Figura 8-12). Gal4 se une a TBP en un sitio de su dominio
(pg. 393)
(pg. 394)
de activacin, y, a travs de esta unin, atrae al complejo TFIID y, a su vez, la RNA
polimerasa II, hacia el promotor (Figura 11-9). La afinidad de esta interaccin se
correlaciona con la potencia de Gal4 como activador. Gal4 tambin interacciona con el
complejo Mediador, un gran complejo proteico que interacciona directamente con la
RNA polimerasa II para llevarla a los promotores gnicos. El complejo Mediador es un
ejemplo de coactivador, un trmino aplicado a una protena o complejo proteico que
facilita la activacin gnica mediante un factor de transcripcin, pero que en s mismo
no forma parte de la maquinaria transcripcional ni es una protena de unin al DNA.
La capacidad de los activadores de unirse a secuencias de DNA situadas aguas
arriba y de interaccionar con protenas que se unen directa o indirectamente a los
promotores, ayuda a explicar cmo se puede inducir la transcripcin desde secuencias
reguladoras ms distantes (vase la Figura 11-9).

Mensaje. Los activadores transcripcionales eucariticos con frecuencia funcionan


atrayendo partes de la maquinaria transcripcional hacia los promotores gnicos.

11.3 La cromatina dinmica y la regulacin gnica en eucariotas


Un segundo mecanismo que influye en la transcripcin gnica en eucariotas consiste en
modificar la estructura local de la cromatina alrededor de las secuencias reguladoras del
gen. Para entender completamente cmo funciona este mecanismo, primero debemos
analizar la estructura de la cromatina para luego considerar cmo se puede cambiar y
cmo pueden afectar estos cambios a la expresin gnica.
El reclutamiento de la maquinaria transcripcional mediante activadores puede
parecer algo similar en eucariotas y bacterias, siendo la mayor diferencia el nmero de
protenas que interactan en la maquinaria transcripcional. Es ms, hace menos de una
dcada, muchos bilogos se imaginaban la regulacin eucaritica simplemente como
una versin bioqumicamente ms complicada de lo que se haba descubierto en
bacterias. Sin embargo, esta visin ha cambiado drsticamente para los bilogos al
considerar el efecto de la organizacin del DNA genmico en los eucariotas.
Comparado con el DNA eucaritico, el DNA bacteriano est relativamente
desnudo, cosa que lo hace fcilmente accesible para la RNA polimerasa. En cambio,
los cromosomas eucariticos estn empaquetados en forma de cromatina, que se
compone de DNA y protenas (en su mayor parte histonas). Como se mencion
brevemente en el Captulo 2, la unidad bsica de la cromatina es el nucleosoma, que
contiene unos 150 pb de DNA enrollado dos veces alrededor de un octmero de histonas
(Figura 11-10). Este octmero de histonas est compuesto por dos subunidades de cada
una de las cuatro histonas: las histonas 2A, 2B, 3 y 4. Los nucleosomas se pueden

asociar formando estructuras de un orden superior que condensan an ms el DNA. Este


empaquetamiento del DNA eucaritico en la cromatina implica que gran parte del DNA
no es fcilmente accesible para las protenas reguladoras y la maquinaria
transcripcional. As, mientras los genes procariticos estn generalmente accesibles y
activos a menos que sean reprimidos, los genes eucariticos estn inaccesibles e
inactivos a menos que sean activados. Por tanto, la modificacin de la estructura de la
cromatina es una caracterstica distintiva de la regulacin gnica eucaritica.
Se pueden imaginar diversas maneras de alterar la estructura de la cromatina.
Por ejemplo, un mecanismo podra consistir simplemente en mover el octmero de
histonas a lo largo del DNA. En los aos 80, se desarrollaron tcnicas bioqumicas que
permitan a los investigadores determinar la posicin de los nucleosomas en y alrededor
de genes especficos. En estos estudios, se aislaba cromatina a partir de tejidos o clulas
en los que un gen estaba activo y se comparaba con cromatina de un tejido en que el
mismo gen est silenciado. Para la mayora de los genes analizados el resultado fue que
las posiciones de los nucleosomas cambiaban, especialmente en las regiones
reguladoras de los genes. As pues, la regin del DNA que se encuentra enrollada en los
nucleosomas puede cambiar:
(pg. 394)
(pg. 395)
las posiciones de los nucleosomas en el DNA pueden variar entre dos clulas o a lo
largo del ciclo de vida de un organismo. La transcripcin podra estar reprimida cuando
el promotor y las secuencias adyacentes se encuentran enrollados en un nucleosoma y
son inaccesibles para la RNA polimerasa II. La activacin de la transcripcin requerira
que el nucleosoma que est bloqueando estas secuencias reguladoras se reorganizara
mediante el desplazamiento de las histonas o su completa eliminacin. En cambio,
cuando es necesaria la represin de un gen, los octmeros de histonas podran moverse a

una posicin que evite la transcripcin. Al cambio de posicin de los nucleosomas se le


denomina remodelacin de la cromatina. Ahora se sabe que la remodelacin de la
cromatina es una parte integral de la expresin gnica eucaritica, y se estn haciendo
grandes avances en la determinacin del mecanismo o mecanismos subyacentes y de las
protenas reguladoras que intervienen. En este caso, una vez ms, los estudios genticos
en levaduras han sido cruciales.

Protenas de remodelacin de la cromatina y activacin gnica


Dos rastreos genticos realizados en levaduras para buscar mutantes en procesos
aparentemente no relacionados condujeron al descubrimiento del mismo gen, cuyo
producto desempea un papel clave en la remodelacin de la cromatina. En ambos casos
las clulas de levadura fueron tratadas con agentes que causan mutaciones. En un
rastreo, estas clulas de levadura mutagenizadas fueron rastreadas en busca de clulas
que no pudieran crecer bien en sacarosa (mutantes snf, del ingls, sugar nonfermenting
mutants o mutantes que no fermentan azcar). En el otro rastreo, las clulas de levadura
mutagenizadas fueron rastreadas con el objetivo de encontrar mutantes defectivos para
la capacidad de conmutar el tipo de apareamiento (mutantes swi, del ingls, switch
mutants o mutantes conmutadores; vase la Seccin 11.4). En cada rastreo se
recuperaron muchos mutantes para diferentes loci, pero se encontr que un nico gen
mutante poda causar ambos fenotipos. Estos mutantes en el locus llamado swi2/snf2
(switch-sniff) no pueden utilizar la sacarosa eficazmente ni cambiar de tipo de
apareamiento.
Cul era la conexin entre la capacidad de utilizar azcar y la habilidad de
cambiar de tipo de apareamiento? La protena Snf2-Swi2 fue purificada y se descubri
que era parte de un gran complejo formado por mltiples subunidades llamado

complejo SWI-SNF que es capaz de reposicionar nucleosomas in vitro si se le


proporciona ATP como fuente de energa (Figura 11-11). En algunas situaciones, el
complejo SWI-SNF activa la transcripcin moviendo los nucleosomas que cubren las
secuencias TATA y, de esta manera, facilita la unin de la RNA polimerasa II. Por tanto,
el complejo SWI-SNF es un coactivador.
(pg. 395)
(pg. 396)
Gal4 tambin se une al complejo SWI-SNF y atrae el complejo remodelador de
la cromatina hacia los promotores activados. Las cepas de levadura que contienen un
complejo SWI-SNF defectivo muestran un nivel reducido de actividad Gal4. Por qu
habra de utilizar un activador mltiples mecanismos de activacin? Hay al menos dos
razones que actualmente comprendamos. La primera es que la accesibilidad a los
promotores diana podra cambiar en distintas fases del ciclo celular o en distintos tipos
celulares (en los eucariotas pluricelulares). Por ejemplo, durante la mitosis, cuando la
cromatina se encuentra ms condensada, los genes son menos accesibles. En esta fase,
Gal4 debe reclutar los complejos remodeladores de la cromatina, mientras que, en otros
momentos, este reclutamiento no sera necesario para activar la expresin gnica.
Una segunda razn es que muchos factores de transcripcin actan en
combinacin con otros factores para controlar la expresin gnica sinrgicamente. En
breve se ver que esta sinergia combinatorial resulta del hecho de que los complejos
remodeladores de la cromatina y la maquinaria transcripcional son reclutados ms
eficientemente cuando mltiples factores de transcripcin actan juntos.

Mensaje. La cromatina puede ser dinmica; los nucleosomas no estn necesariamente


en posiciones fijas del cromosoma. La remodelacin de la cromatina cambia la densidad

o la posicin de los nucleosomas y es una parte esencial de la regulacin gnica


eucaritica.

Las histonas y la remodelacin de la cromatina


A continuacin, examinaremos con ms detalle los nucleosomas para ver si alguna parte
de su estructura puede contener la informacin necesaria para influir en la posicin de
los cromosomas, su densidad o ambas.

El cdigo de histonas. Tal como se ha dicho, muchos nucleosomas estn compuestos


por un octmero construido con dos copias de cada una de las cuatro histonas. Es sabido
que las histonas son las protenas ms conservadas en la naturaleza; es decir, las
histonas son casi idnticas en todos los organismos eucariticos desde las levaduras a
las plantas y animales. Esta conservacin contribuy a la visin de que las histonas no
podan formar parte en nada ms complicado que el empaquetamiento del DNA para
caber en el ncleo. Recuerde, no obstante, que el DNA con sus cuatro bases tambin fue
considerado una molcula demasiado simple para contener toda la informacin
requerida para el diseo de todos los organismos de la tierra.
La Figura 11-12 muestra un modelo de la estructura del nucleosoma resultado de
aportaciones de muchos estudios. Fjese en que las protenas histonas estn organizadas
formando el ncleo del octmero con sus extremos amino-terminales sobresaliendo del
nucleosoma. Estos extremos salientes son conocidos como las colas de las histonas.
Desde principios de los aos 60, es sabido que ciertos residuos especficos de lisina de
las colas de las histonas pueden ser modificados covalentemente mediante la unin de
grupos acetilo y metilo. Estas reacciones tienen lugar despus de que la protena histona

haya sido traducida e incluso despus de que la histona se haya incorporado a un


nucleosoma.
En la actualidad se conocen al menos 150 modificaciones diferentes de las
histonas que requieren una amplia variedad de molculas, adems de los grupos acetilo
y metilo ya mencionados (por ejemplo, la fosforilacin y la ubiquitinacin).

Acetilacin, desacetilacin y expresin gnica. La reaccin de acetilacin es la


modificacin de las histonas mejor caracterizada:
(pg. 396)
(pg. 397)
Grupo amino en el extremo de la cadena lateral de la lisina + Acetil CoA Grupo
acetilo

Observe que la reaccin es reversible, lo que significa que los grupos acetilo
pueden ser aadidos y eliminados del mismo residuo de las histonas. Con 44 residuos de
lisina disponibles para aceptar grupos acetilo, la presencia o ausencia de estos grupos
puede contener una cantidad inmensa de informacin. Por esta razn, las
modificaciones covalentes de las colas de las histonas se dice que son un cdigo de
histonas. Los cientficos acuaron la expresin cdigo de histonas porque la
modificacin covalente de las colas de las histonas guarda semejanza con el cdigo
gentico. En el cdigo de histonas, la informacin est almacenada en los patrones de
modificacin de las histonas en lugar de la secuencia de nucletidos. Con ms de 150
modificaciones conocidas de las histonas, hay un gran nmero de patrones posibles y
sus efectos en la estructura de la cromatina y la regulacin transcripcional solamente se
estn empezando a descifrar. Para aadir ms complejidad todava, es probable que este
cdigo no sea interpretado precisamente de la misma manera en todos los organismos. A

continuacin, veremos como la acetilacin de los aminocidos de las histonas influye en


la estructura de la cromatina y la expresin gnica.
Durante aos se han ido acumulando evidencias sobre el hecho de que las
histonas asociadas a los nucleosomas de genes activos son ricas en grupos acetilo (se
dice que estn hiperacetiladas), mientras que en los genes inactivos tienen menos
grupos acetilo (hipoacetiladas). La enzima responsable de aadir grupos acetilo, la
histona acetiltransferasa (HAT), result muy difcil de aislar. Cuando finalmente fue
aislada y se determin la secuencia proteica, se encontr que era un ortlogo de un
activador de la transcripcin de levaduras llamado GCN5 (es decir, que esta protena era
codificada por el mismo gen en un organismo diferente). As pues, la conclusin fue que
GCN5 es una histona acetiltransferasa. Esta protena se une al DNA en las regiones
reguladoras de algunos genes y activa la transcripcin mediante la acetilacin de
histonas cercanas. Diversos complejos proteicos que son reclutados por activadores de
la transcripcin ahora se sabe que poseen actividad HAT.
Cmo facilita la acetilacin de histonas los cambios de expresin gnica?
Parecen haber al menos dos mecanismos para conseguirlo. Primero, la adicin de
grupos acetilo a determinados residuos de las histonas puede alterar la interaccin en un
nucleosoma entre el DNA y el octmero de histonas de forma que sea ms probable que
el octmero se deslice hacia una nueva posicin en el DNA. Segundo, la acetilacin de
histonas, junto con otras modificaciones de las histonas, influye en la unin de protenas
reguladoras al DNA. La protena reguladora unida podra intervenir en alguna de las
funciones que directa o indirectamente incrementan la frecuencia de inicio de la
transcripcin.
Como otras modificaciones de las histonas, la acetilacin es reversible, y
tambin se han identificado histona desacetilasas (HDATs). Este tipo de protenas

realizan funciones clave en la represin gnica. Por ejemplo, en presencia de galactosa y


glucosa, la protena Mig1 evita la activacin de los genes GAL. Mig1 es una protena
represora de unin a una secuencia especfica de DNA que se une a un sitio entre el
elemento UAS y el promotor del gen GAL1 (Figura 11-13). Mig1 recluta a un complejo
proteico llamado Tup1 que contiene una histona deacetilasa y que reprime la
transcripcin gnica. El complejo Tup1 es un ejemplo de correpresor, ya que facilita la
represin gnica pero en s mismo no es un represor que se una al DNA. El complejo
Tup1 es tambin reclutado por otros represores de levaduras como MAT2 (vese la
pgina 400), y se pueden encontrar homlogos de este complejo en todos los eucariotas.

Mensaje. En la mayor parte de los casos examinados, la acetilacin y deacetilacin de


histonas induce y reprime la transcripcin gnica, respectivamente. Estas actividades
son atradas hacia los genes mediante activadores y represores de secuencia especfica.
(pg. 397)
(pg. 398)
11.4 Mecanismos de accin de los intensificadores
El desarrollo de un organismo complejo requiere que los niveles de transcripcin sean
regulados dentro de una amplia escala. Se debe pensar en un mecanismo de regulacin
ms como un reostato que como un interruptor con dos posiciones encendido-apagado.
En eucariotas, los niveles de transcripcin se pueden ajustar finamente gracias a la
agrupacin de sitios de unin formando intensificadores. Esto permite que varios
factores de transcripcin diferentes o diversas molculas del mismo factor de
transcripcin puedan unirse en sitos adyacentes. La unin de estos factores a sitios que
estn separados por una distancia determinada produce un efecto amplificado, o
superaditivo, en la activacin de la transcripcin. Cuando un efecto es mayor que
aditivo, se dice que es sinrgico.

La unin de mltiples protenas reguladoras a los mltiples sitios de unin de un


intensificador puede catalizar la formacin de un enhanceosoma, un gran complejo
proteico que acta sinrgicamente para activar la transcripcin. En la Figura 11-14 se
puede ver cmo protenas estructurales curvan el DNA para promover interacciones
cooperativas entre las otras protenas de unin al DNA. En este modo de accin del
enhanceosoma, la transcripcin se activar niveles muy altos solamente cuando todas
las protenas estn presentes y tocndose las unas a las otras de la manera correcta.
Para comprender mejor qu es un enhanceosoma y cmo acta sinrgicamente,
vamos a ver un ejemplo especfico.

El enhanceosoma del interfern


El gen humano interfern , que codifica la protena antiviral interfern, es uno de los
genes mejor caracterizados en eucariotas. Normalmente se encuentra silenciado, pero se
activa a niveles de transcripcin muy altos cuando ocurre una infeccin viral. La clave
de la activacin de este gen es el ensamblaje de los factores de transcripcin para formar
un enhanceosoma situado unos 100 pb aguas arriba de la caja TATA y del punto de
inicio de la transcripcin. Las protenas reguladoras del enhanceosoma del interferon
se unen todas a la misma cara de la doble hlice de DNA. Unidas en el otro lado de la
hlice se encuentran varias protenas estructurales que curvan el DNA y permiten a las
diferentes protenas reguladoras tocarse unas a otras y formar un complejo activado.
Cuando todas las protenas reguladoras estn unidas e interaccionando correctamente,
forman una plataforma de aterrizaje, un sitio de unin de alta afinidad para la protena
CBP, una protena coactivadora que recluta la maquinaria transcripcional. La gran
protena CBP tambin contiene una actividad histona acetilasa intrnseca que modifica
los nucleosomas y facilita alcanzar altos niveles de transcripcin.

Aunque el promotor del interfern se muestra sin nucleosomas en la Figura 1114, el enhanceosoma de hecho est rodeado por dos nucleosomas, llamados nuc 1 y nuc
2 en la Figura 11-15. Uno de ellos, nuc 2, est estratgicamente posicionado encima de
la caja TATA y del punto de inicio de la transcripcin. Sin embargo, actualmente se sabe
que la unin de GCN5, otro coactivador, precede a la unin de CBP. GCN5 acetila los
dos nucleosomas. Despus de la acetilacin, los factores de transcripcin activadores
reclutan al coactivador CBP, la holoenzima RNA polimerasa II y el complejo
remodelador de la cromatina SWI-SNF. Este ltimo complejo queda entonces
posicionado para mover el nucleosoma 37 pb fuera de la caja TATA, hacindola
accesible para la protena de unin a TATA y permitiendo el inicio de la transcripcin.
Las interacciones cooperativas ayudan a explicar diversas observaciones
desconcertantes sobre los enhanceosomas. Por ejemplo, explican por qu al mutar
cualquier factor de transcripcin o sitio de unin se reduce drsticamente la actividad de
los enhanceosomas. Tambin explican por qu la distancia entre sitios de unin dentro
de un enhanceosoma es una caracterstica crucial. Adems, los enhanceosomas no
tienen porqu estar cerca del sitio de inicio de la transcripcin, como en
(pg. 398)
(pg. 399)
el ejemplo de la Figura 11-15. Una caracterstica de los enhanceosomas es que pueden
activar la transcripcin cuando se encuentran situados a grandes distancias del promotor
(>50 kb), tanto aguas arriba como aguas debajo de un gen, o incluso en un intrn.

Mensaje. Los enhanceosomas eucariticos pueden actuar a grandes distancias para


modular la actividad de la maquinaria transcripcional. Los enhanceosomas contienen
sitios de unin para muchos factores de transcripcin, que se unen e interactan
cooperativamente. Estas interacciones resultan en una gran variedad de respuestas, que

incluyen el reclutamiento de coactivadores adicionales y la remodelacin de la


cromatina.

El control del tipo de apareamiento en levaduras: interacciones combinatorias


Hasta ahora, en este captulo nos hemos centrado en la regulacin de un nico gen o de
unos pocos genes de una ruta metablica. En organismos pluricelulares, los distintos
tipos celulares difieren en la expresin de cientos de genes. Por tanto, la expresin o la
represin de conjuntos de genes deben estar coordinadas para crear un tipo celular
determinado. Uno de los ejemplos mejor comprendidos de regulacin del tipo celular en
eucariotas es la regulacin del tipo de apareamiento en levaduras. Este sistema
regulador ha sido diseccionado mediante una elegante combinacin de gentica,
biologa molecular y bioqumica. El tipo de apareamiento sirve como excelente modelo
para entender la lgica de la regulacin gnica en animales pluricelulares.
En la levadura Saccharomyces cerevisiae se pueden encontrar tres tipos celulares
diferentes conocidos como a, y a/ (vase Captulo 2). Los dos tipos celulares a y
son haploides y contienen una sola copia de cada cromosoma. Aunque las dos clulas
haploides no se pueden distinguir por su apariencia en el microscopio, se pueden
diferenciar por una serie de caractersticas celulares especficas, principalmente su tipo
de apareamiento (vase la caja de Organismo modelo en la pgina 390). Una clula se
aparea solamente con una clula a y segrega una feromona oligopptidica, u hormona
sexual, llamado factor que detiene el ciclo celular en las clulas a. Una clula del tipo
a se aparea slo con una clula y segrega una feromona, llamada factor a, que frena a
las clulas . Una clula diploide a/ no se aparea, es ms grande que las clulas a y y
no responde a las hormonas de apareamiento.

El anlisis gentico de mutantes defectivos en el apareamiento ha demostrado


que el tipo celular es controlado por un nico locus gentico, el locus del tipo de
apareamiento, MAT (del ingls, mating type). Hay dos alelos en locus MAT: las clulas
haploides a tienen el alelo MATa, las clulas haploides tienen el alelo MAT y los
diploides a/ tienen ambos alelos. Aunque el tipo de apareamiento est bajo control
gentico, ciertas cepas cambian su tipo de apareamiento, a veces tan frecuentemente
como en cada divisin celular. Ms tarde dentro de este captulo, se examinar la base
gentica de este cambio, pero primero veremos como cada tipo celular expresa el
conjunto adecuado de genes.

Protenas de unin al DNA regulan combinatoriamente la expresin de genes


especficos de cada tipo celular
Cmo controla el tipo celular el locus MAT? Los anlisis genticos de mutantes que no
pueden aparearse han permitido identificar una serie de genes estructurales que estn
separados del
(pg. 399)
(pg. 400)
locus MAT, pero cuyos productos proteicos son necesarios para el apareamiento. Un
grupo de genes estructurales se expresa slo en el tipo celular (genes especficos de
), y otro conjunto se expresa slo en el tipo celular a (genes especficos de a). Los
diferentes alelos del locus MAT codifican diferentes protenas reguladoras que controlan
cul de estos grupos de genes se expresa en cada tipo celular. Adems, una protena
reguladora no codificada por el locus MAT, llamada MCM1, desarrolla un papel clave
en la regulacin del tipo celular.
El caso ms simple es el tipo celular a (Figura 11-16a). El locus MATa codifica
una nica protena reguladora, a1. Sin embargo, esta protena reguladora no tiene

ningn efecto en clulas haploides, slo en clulas diploides. En una clula haploide a,
la protena reguladora MCM1 activa la expresin de los genes estructurales necesarios
en una clula a unindose a secuencias reguladoras en los promotores de genes
especficos de a.
En una clula , se deben transcribir los genes estructurales especficos de ,
pero, adems se debe impedir que la protena MCM1 active los genes especficos de a.
La secuencia de DNA del alelo MAT codifica dos protenas, 1 y 2, producidas por
unidades transcripcionales separadas. Estas dos protenas realizan diferentes funciones
reguladoras en la clula , como se puede demostrar analizando sus propiedades de
unin al DNA in vitro (Figura 11-16b). La protena 1 se une conjuntamente con la
protena MCM1 a una secuencia de DNA determinada que controla varios genes
especficos de . Por tanto, 1 es un activador de la expresin de genes especficos de .
La protena 2 reprime la transcripcin de los genes especficos de a. Se une en forma
de un dmero, junto con MCM1, a sitios de las secuencias de DNA situados aguas arriba
de un grupo de genes especficos de a y acta como represor.
En una clula diploide de levadura, se expresan las tres protenas reguladoras
codificadas por el locus MAT (Figura 11-16c). Cul es el resultado? La protena a1
codificada por MATa finalmente realiza su funcin. La protena a1 puede unirse a 2 y
alterar su especificidad de unin de manera que el complejo a1-2 no se une a los genes
especficos de a, sino que se une a una secuencia diferente que se encuentra aguas arriba
de otro conjunto de genes, llamados genes especficos de haploides, que se expresan en
las clulas haploides pero no en las diploides. Por tanto, en las clulas diploides, 2
existe en dos formas distintas: (1) como un complejo 2-MCM1 que reprime los genes
especficos de a y (2) formando un complejo con a1 que reprime los genes
(pg. 400)
(pg. 401)

especficos de haploides. Los diferentes parejas de unin determinan a qu secuencias


especficas del DNA se unen y qu genes son regulados por cada uno de los complejos
que contienen 2. La regulacin de diferentes conjuntos de genes diana mediante la
asociacin del mismo factor de transcripcin con diferentes parejas de unin realiza un
papel esencial en la generacin de diferentes patrones de expresin gnica en diferentes
tipos celulares dentro de los eucariotas pluricelulares.

Mensaje. En levaduras y eucariotas pluricelulares, los patrones de expresin gnica


especficos de tipo celular estn dirigidos por combinaciones de factores de
transcripcin que interactan entre ellos.

Los aisladores actan bloqueando a los intensificadores


Un elemento regulador, como un intensificador, que puede actuar a decenas de miles de
pares de bases, puede interferir con la regulacin de los genes cercanos. Para impedir
esta activacin imprecisa, se han desarrollado elementos reguladores denominados
aisladores por bloqueo de los intensificadores. Cuando se encuentran situados entre
un intensificador y un promotor, los aisladores impiden que el intensificador active la
transcripcin en ese promotor. Estos aisladores no tienen ningn efecto en la activacin
de otros promotores que no estn separados de sus intensificadores por el aislador
(Figura 11-17). Se han propuesto varios modelos para explicar cmo puede un aislador
bloquear la actividad intensificadora slo cuando se coloca entre un intensificador y un
promotor. Muchos de los modelos, como el mostrado en la Figura 11-18, proponen que
el DNA est organizado en bucles que contienen
(pg. 401)
(pg. 402)

genes activos. Segn este modelo, los aisladores actan trasladando un promotor a un
nuevo bucle, donde queda protegido de la accin del intensificador.
Como se ver a continuacin, los aisladores que actan bloqueando
intensificadores son un componente fundamental de un fenmeno llamado impronta
genmica.

11.5 Impronta genmica


El fenmeno de la impronta genmica se descubri hace casi 20 aos en los mamferos.
En la impronta genmica, ciertos genes autosmicos presentan patrones de herencia
inusuales. Por ejemplo, un alelo Igf2 se expresa en un ratn slo si es heredado del
padre de ese ratn (un ejemplo de impronta materna porque la copia del gen derivada
de la madre es inactiva). En cambio, el alelo H19 del ratn solamente se expresa si es
heredado de la madre (H19 es un ejemplo de impronta paterna porque la copia paterna
es la inactiva). Las consecuencias de esta impronta gentica son que los genes
improntados se expresan como si slo hubiera una nica copia del gen presente en la
clula, aunque en realidad hay dos. De ah que la impronta gentica sea un ejemplo de
herencia monoallica. En esencia, no se observan cambios en las secuencias de DNA
de los genes improntados; es decir, un gen idntico puede ser activo o inactivo en la
descendencia segn si fue heredado de la madre o del padre.
Si la secuencia del gen no se correlaciona con su actividad, qu lo hace? La
respuesta es que el DNA en las regiones reguladoras de los genes improntados es
metilado de manera especfica en cada sexo durante el desarrollo de los gametos. La
metilacin del DNA normalmente es el resultado de la adicin enzimtica de grupos
metilo al carbono 5 de un residuo de citosina especfico.

Tanto las marcas establecidas por la metilacin del DNA como las de la
modificacin de las histonas se pueden heredar de forma estable de una generacin
celular a la siguiente. Veremos ms tarde en este captulo cmo se cree que se duplican
estas marcas en el curso de la replicacin del DNA. Por ahora, es suficiente decir que
esta alteracin heredable, en que la secuencia de DNA en s misma no cambia, se
denomina herencia epigentica, y las alteraciones (incluyendo la metilacin del DNA y
las modificaciones de histonas) se conocen como marcas epigenticas.
Vamos a volver a los genes Igf2 y H19 del ratn para ver cmo funciona la
impronta gentica a nivel molecular. Estos dos genes se encuentran en un grupo de
genes improntados en el cromosoma 7 del ratn. Se estima que hay unos 100 genes
improntados en el ratn, y muchos se encuentran en grupos que comprenden de 3 a 11
genes improntados. (Los humanos tenemos la mayora de estos mismos genes
improntados y agrupados al igual que en el ratn.) En todos los casos examinados, hay
un patrn especfico de metilacin del DNA para cada una de las copias de un gen
improntado. Para el grupo Igf2-H19, hay una regin especfica de DNA situada entre los
dos genes (Figura 11-19) que est metilada en las clulas germinales del macho y no
metilada en las clulas germinales de la hembra. Esta regin se denomina regin de
control de la impronta (ICR; del ingls, imprinting control region). Slo la ICR no
metilada (en la hembra) puede unirse a una protena reguladora llamada CTCF. Cuando
esta protena est unida, CTCF acta como un aislador que bloquea un intensificador e
impide la activacin de la transcripcin de Igf2. No obstante, en las hembras el
intensificador an puede activar la transcripcin de H19. En los machos, CTCF no
puede
(pg. 402)
(pg. 403)

unirse a la ICR y el intensificador puede activar la transcripcin de Igf2 (recuerde que


los intensificadores pueden actuar a gran distancia). Sin embargo, el intensificador no
puede activar a H19 porque la regin metilada se extiende hasta alcanzar el promotor de
H19 y el promotor metilado no puede unirse a las protenas necesarias para la
transcripcin del gen.
As pues, hemos visto cmo un aislador (en este caso, CTCF unida a parte de la
ICR) impide que un intensificador active un gen distante (en este caso, Igf2). Adems,
hemos visto que el sitio de unin de CTCF est metilado slo en los cromosomas
derivados del progenitor macho. La metilacin del sitio de unin de CTCF impide la
unin de CTCF en los machos y permite que el intensificador active a Igf2.
Es importante fijarse en que la impronta gentica puede afectar en gran medida
el anlisis de una genealoga. Como el alelo heredado de uno de los padres es inactivo,
una mutacin en el alelo heredado del otro progenitor parecer ser dominante, mientras
que, en realidad, el alelo se expresa porque slo uno de los dos homlogos es activo
para este gen. La Figura 11-20 muestra como una mutacin en un gen improntado puede
tener diferentes resultados en el fenotipo del organismo segn sea heredada del
progenitor femenino o del masculino.
Para establecer la impronta gentica se necesitan diversos pasos (Figura 11-21).
Muy pronto despus de la fecundacin, los mamferos reservan las clulas que se
convertirn en sus clulas germinales. Cualquier impronta es eliminada o borrada antes
de que se formen las clulas germinales. Sin las marcas de metilacin del DNA que los
distinguen, se dice que estos alelos son epigenticamente equivalentes. Cuando estas
clulas germinales primordiales se convierten en gametos completamente formados, los
genes improntados reciben la marca especfica de cada sexo que determinar si el gen
ser activo o estar silenciado despus de la fecundacin.

(pg. 403)
(pg. 404)
Pero entonces, qu pasa con Dolly y otros mamferos clonados?
La impronta gentica conduce a lo que muchos pensaron que sera un requerimiento
para la participacin de clulas germinales masculinas y femeninas en el desarrollo de
embriones de mamferos. Es decir, los gametos masculinos y femeninos contienen
diferentes subconjuntos de genes improntados de manera que el embrin tendr una
dotacin completa de genes improntados activos. Por qu entonces mamferos como
Dolly, y ms recientemente cerdos, gatos, perros y vacas clonados que son derivados de
ncleos somticos son capaces de sobrevivir y crecer? Despus de todo, como ya se ha
mencionado, la mutacin de incluso un nico gen improntado puede ser letal o puede
ser causa de serias enfermedades.
En este momento, los cientficos no entienden por qu ha tenido xito la
clonacin de muchas especies de mamferos. Sin embargo, a pesar de estos xitos, la
clonacin es extremadamente ineficiente en todas las especies en que se ha intentado.
Para la mayor parte de experimentos, un clon exitoso es un suceso extremadamente
raro, que requiere cientos, incluso miles, de intentos. Se podra argumentar que en la
mayora de los embriones clonados la incapacidad de desarrollarse en organismos
viables es una prueba de la importancia de los mecanismos epigenticos de regulacin
gnica en eucariotas. Tambin sirve para ilustrar que el conocimiento de la secuencia de
DNA completa de todos los genes de un organismo es solamente un primer paso para
comprender cmo se regulan los genes eucariticos.

11.6 Los dominios de la cromatina y su herencia


Hasta ahora, se ha mirado cmo se activan los genes en un determinado contexto en la
cromatina. Sin embargo, como se afirm al principio de este captulo, la mayora de los

genes de los genomas eucariticos estn inactivos en un momento dado. Vamos a


fijarnos ahora en las enormes regiones del genoma que son transcripcionalmente
inactivas. Uno de los modelos ms tiles para comprender los mecanismos que
mantienen la inactividad de los genes concierne al control de tipo de apareamiento de
las levaduras y el intercambio de tipo de apareamiento.

Intercambio de tipo de apareamiento y silenciamiento gnico


Las clulas haploides de levadura son capaces de cambiar su tipo de apareamiento. Los
anlisis genticos de ciertos mutantes que no podan cambiarlo o que no podan
aparearse (eran estriles) han sido una fuente de informacin clave para entender cmo
se realizan estos intercambios de tipo de apareamiento. Entre los mutantes que no
pueden cambiar de tipo de apareamiento haba varios loci mutantes que incluan el gen
HO y los genes HMRa y HML. Estudios posteriores revelaron que el gen HO codifica
una endonucleasa, una enzima que corta el DNA, que es necesaria para iniciar el
intercambio. Tambin se encontr que los loci HMRa y HML contienen segmentos de
informacin gentica no expresada correspondientes a los tipos de apareamiento a y ,
respectivamente. Nos referiremos a los loci HMR y HML como casetes silenciosos.
La endonucleasa HO inicia el intercambio de tipo de apareamiento haciendo una
rotura de doble cadena en el locus MAT. La interconversin de tipo de apareamiento
tiene lugar mediante un tipo de recombinacin entre el segmento de DNA (un casete) de
uno de los dos loci no expresados y el locus MAT. El resultado es la sustitucin del
casete viejo del locus MAT por un nuevo casete. El tipo de apareamiento resultante es el
tipo a o el tipo , segn cul sea el casete en el locus MAT (Figura 11-22). En realidad,
el casete insertado se copia del locus HML o del locus HMR. De esta manera, el

intercambio es reversible porque la informacin de los casetes a y siempre est


presente en los loci HMR y HML y no se pierde nunca.
Normalmente, los segmentos HMR y HML son silenciosos. Sin embargo, en
los mutantes SIR (reguladores de informacin silenciosa; del ingls, silent information
regulators), este silenciamiento est comprometido de manera que se expresa la
informacin de los dos tipos, a y . Los mutantes resultantes son estriles. Las protenas
Sir2, Sir3 y Sir4 forman un complejo que realiza un papel clave en el silenciamiento
gnico. Sir2 es una histona desacetilasa que facilita la condensacin de la cromatina y
ayuda a encerrar a HMR y HML en dominios de la cromatina que son inaccesibles para
los activadores transcripcionales.
(pg. 404)
(pg. 405)
El silenciamiento gnico es un proceso muy diferente de la represin gnica; el
silenciamiento es un efecto de posicin que depende del dominio en el que se encuentra
la informacin gentica. Aprenderemos ms sobre efectos de posicin ms tarde, en la
seccin sobre variegacin por efecto de posicin en la mosca de la fruta Drosophila
melanogaster.
En resumen, hay dos niveles distintos en el control del tipo de apareamiento de
levaduras. Primero, la regulacin de una reordenacin en el DNA controla el conjunto
de productos reguladores sintetizados en la clula. Segundo, las actividades de unin al
DNA de estas protenas reguladoras (a1, 1 y 2) controlan las bateras de genes
estructurales expresados dentro de cada tipo celular. Estos dos niveles forman una
jerarqua: los genes del primer nivel controlan la activacin de los genes del segundo
nivel, que a su vez controlan la activacin de los genes estructurales. Estos genes
estructurales codifican las protenas que desempean papeles en el proceso de
apareamiento y la biologa de cada tipo celular. Como veremos en referencia a los

animales en el Captulo 12, el control gentico de los procesos del desarrollo con
frecuencia es jerrquico: redes de genes reguladores establecen la expresin de
protenas celulares y especficas de tejido que median el comportamiento y las
funciones celulares.

Comparacin de la heterocromatina y la eucromatina


Vamos a examinar por qu el silenciamiento gnico, del tipo que silencia los casetes
HML y HMR, es un proceso muy diferente de la represin gnica y qu entendemos por
vecindad genmica. Para hacerlo es importante fijarse en que la cromatina no es
uniforme a lo largo de todos los cromosomas, sino que ciertos dominios de cromosomas
estn enrollados formando una cromatina muy condensada llamada heterocromatina.
Otros dominios estn empaquetados en una cromatina menos condensada denominada
eucromatina (vase la Figura 11-10b). La condensacin de la cromatina tambin
cambia en el curso del ciclo celular. La cromatina de las clulas que entran en la mitosis
se conden
+sa mucho al alinearse los cromosomas en preparacin para la divisin celular.
Despus de la divisin celular, las regiones que forman parte de la heterocromatina
permanecen condensadas,
(pg. 405)
(pg. 406)
especialmente alrededor de los centrmeros y telmeros (la llamada heterocromatina
constitutiva), mientras que las regiones eucromticas se descondensan.
Los genetistas sospecharon por primera vez que la estructura de la cromatina
tena algn tipo de influencia en la regulacin gnica muy pronto en la historia de la
gentica. En ese momento, notaron que el DNA heterocromtico contena pocos genes,
mientras que la eucromatina era rica en genes. Pero, qu hay en la heterocromatina si

no son genes? La mayor parte del genoma eucaritico est compuesto de secuencias
repetitivas que no codifican protenas o RNAs estructurales. Es lo que a veces recibe el
nombre de DNA basura (vase el Captulo 14). Por tanto, se deca que los nucleosomas
densamente empaquetados de la heterocromatina formaban una estructura cerrada que
era inaccesible para las protenas reguladoras y resultaba inhspita para la actividad
gnica. En cambio, se propuso que la eucromatina, con sus nucleosomas ms
espaciados, asuma una estructura abierta que permita la transcripcin. La existencia
de regiones abiertas y cerradas de la cromatina tambin se sugiri como una razn por
la que las frecuencias de recombinacin son de 100 a 1000 veces ms altas en la
eucromatina en comparacin con la heterocromatina. Se formul la hiptesis de que la
eucromatina, con su conformacin ms abierta, era ms accesible a las protenas
necesarias para la recombinacin del DNA.

Mensaje. La cromatina de los eucariotas no es uniforme. Las regiones heterocromticas


muy condensadas tienen menos genes y frecuencias de recombinacin ms bajas que las
regiones eucromticas menos condensadas.

La variegacin por efecto de posicin en Drosophila revela las vecindades


genmicas
El genetista Hermann Muller descubri por primera vez un fenmeno gentico
interesante mientras estudiaba Drosophila: existen vecindades cromosmicas que
pueden silenciar genes que son resituados experimentalmente en regiones adyacentes
del cromosoma. En estos experimentos, las moscas eran irradiadas con rayos X para
inducir mutaciones en sus clulas germinales. Los descendientes de las moscas
irradiadas se rastreaban en busca de fenotipos inusuales. Una mutacin en el gen white,

cerca del extremo del cromosoma X, resulta en descendencia con los ojos blancos en
lugar del color rojo salvaje. Algunos de los descendientes tenan unos ojos muy extraos
con manchas de colores blanco y rojo. El examen citolgico revel una reordenacin
cromosmica en las moscas mutantes: en el cromosoma X haba una inversin de un
trozo del cromosoma que incluye el gen white (Figura 11-23). Las inversiones y otras
reordenaciones cromosmicas se discutirn en el Captulo 16. Esta reordenacin hace
que el gen white, que normalmente est situado en una regin eucromtica del
cromosoma X, ahora se encuentre cerca del centrmero heterocromtico. En algunas
clulas, la heterocromatina puede extenderse a la eucromatina adyacente y silenciar el
gen white. Las manchas de tejido blanco en el ojo derivan de los descendientes de una
nica clula en la cual el gen white ha sido silenciado epigenticamente y que
permanece silenciado a travs de las futuras divisiones celulares. En cambio, las
manchas rojos surgen a partir de clulas en las que la heterocromatina no se ha
expandido hasta el gen white, y por tanto este gen permanece activo en todos sus
descendientes. La existencia de manchas de clulas rojas y blancas en el ojo de un
mismo organismo ilustra claramente dos caractersticas del silenciamiento epigentico.
En primer lugar, que la expresin de un gen puede ser reprimida debido a su posicin en
el cromosoma ms que por una mutacin en su secuencia de DNA. En segundo lugar,
que el silenciamiento epigentico puede heredarse de una generacin de clulas a la
siguiente.
Los hallazgos de estudios posteriores en Drosophila y levaduras demostraron
que muchos genes activos son silenciados en mosaico cuando son recolocados en
vecindades heterocromticas (cerca de los centrmeros o telmeros). As pues, la
capacidad de la heterocromatina de expandirse por la eucromatina y silenciar genes es
una caracterstica comn de muchos organismos. Este fenmeno se ha llamado

variegacin por efecto de posicin (PEV; del ingls, position-effect variegation) y


proporciona una slida evidencia de que la estructura de la cromatina
(pg. 406)
(pg. 407)
es capaz de regular la expresin gnica (en este caso, determinando si genes con
secuencias idnticas de DNA estarn activos o silenciados).

Mensaje. Los genes activos que son recolocados en vecindades genmicas


heterocromticas pueden ser silenciados si la heterocromatina se expande hasta donde
se encuentran estos genes.

El anlisis gentico de la PEV revela protenas necesarias para la formacin de la


heterocromatina
Para averiguar qu protenas podran estar implicadas en el establecimiento de la
heterocromatina, los genetistas aislaron mutaciones en un segundo locus cromosmico
que supriman o intensificaban el patrn variegado (Figura 11-24). Los supresores de la
variegacin [llamados Su(var)] son genes que, cuando estn mutados, reducen la
expansin de la heterocromatina, lo que significa que los productos salvajes de estos
genes son necesarios para su expansin. De hecho, los alelos Su(var) han resultado ser
un tesoro escondido para los cientficos interesados en las protenas necesarias para
establecer y mantener el estado heterocromtico inactivo. Entre los ms de 50 productos
gnicos de Drosophila identificados mediante estos rastreos estaba la protena
heterocromtica 1 (HP-1; del ingls, heterochromatin protein-1), que se haba
encontrado previamente asociada con los telmeros y centrmeros heterocromticos.
Por tanto, tiene sentido que una mutacin en el gen que codifica HP-1 aparecer como
un alelo Su(var) porque la protena es necesaria de algn modo para producir o

mantener la heterocromatina. Otro gen Su(var) se encontr que codificaba una


metiltransferasa que
(pg. 407)
(pg. 408)
aade grupos metilo a un residuo especfico de aminocido en la cola de la histona H3
(llamada histona H3 metiltransferasa o HMTasa). Una de las reacciones catalizadas por
la HMTasa se muestra a continuacin:

Figura sin numeracin pg. 408

Se han aislado protenas similares a la HP-1 y la HMTasa en diversos taxones, lo que


sugiere la conservacin de una funcin eucaritica importante.
Hemos visto que las regiones transcritas activamente estn asociadas con
nucleosomas cuyas colas de histona estn hiperacetiladas y que algunos activadores
transcripcionales como GCN5 codifican una actividad histona acetiltransferasa. Como
se ha explicado antes, las marcas de grupos acetilo tambin pueden ser eliminadas de las
histonas mediante histona desacetilasas. De un modo similar, la cromatina formada con
nucleosomas metilados en la lisina 9 de la histona H3 (llamados H3meK9) y unidos a la
protena HP-1, contienen marcas epigenticas que se asocian con la heterocromatina.
Actualmente los cientficos pueden separar la heterocromatina de la eucromatina y
analizar las diferencias en las modificaciones de las histonas y en las protenas
(pg. 408)
(pg. 409)
unidas en estas regiones. El procedimiento utilizado, la inmunoprecipitacin de la
cromatina (ChIP; del ingls, chromatin immunoprecipitation) se describe en el Captulo
13.

La Figura 11-25 ilustra como, en ausencia de barreras, la heterocromatina se


puede expandir a las regiones colindantes e inactivar genes en algunas clulas pero no
en otras. Esto podra ser lo que ocurre con el gen white de Drosophila cuando es
translocado cerca del dominio de heterocromatina asociado con los extremos de los
cromosomas. Pero, puede detenerse la expansin de la heterocromatina? Se podra
pensar que la expansin de la heterocromatina a regiones con genes activos podra ser
desastrosa para un organismo porque los genes activos seran silenciados al convertirse
en heterocromatina. Para evitar este potencial desastre, el genoma contiene elementos
de DNA llamados aisladores barrera que impiden la expansin de la heterocromatina
mediante la creacin de un entorno local desfavorable para la formacin de
heterocromatina. Por ejemplo, un aislador barrera podra unirse a HATs, y as asegurarse
de que las histonas adyacentes estn hiperacetiladas. En la Figura 11-26 se muestra un
modelo de cmo podra actuar un aislador barrera para proteger a una regin
eucromtica de ser convertida en heterocromatina.

Silenciamiento de un cromosoma completo: la inactivacin del cromosoma X


El fenmeno epigentico llamado inactivacin del cromosoma X ha intrigado a los
cientficos durante dcadas. En el Captulo 16, se estudiarn los efectos del nmero de
copias de un gen en el fenotipo de un organismo. Por ahora, es suficiente saber que el
nmero de transcritos producidos por un gen normalmente es proporcional al nmero de
copias de ese gen en una clula. Los mamferos, por ejemplo, son diploides y tienen dos
copias de cada gen situado en sus autosomas. Para la inmensa mayora de genes, se
expresan los dos alelos. Sin embargo, esto no es posible en los cromosomas sexuales.
Como se discuti en el Captulo 2, el nmero de los cromosomas sexuales X e Y difiere
entre los sexos, teniendo las hembras de mamfero dos cromosomas X y los machos

slo uno. El cromosoma X de mamferos se cree que contiene unos 1000 genes. Las
hembras tienen el doble de copias de estos genes ligados al X y expresaran el doble de
los transcritos de estos genes si no hubiera un mecanismo para corregir este
desequilibrio. (No tener un cromosoma Y no es un problema para las hembras, porque
los pocos genes de este cromosoma son necesarios slo para el desarrollo de los
machos.) Este desequilibrio en la dosis se corrige mediante un proceso denominado
compensacin de dosis, que hace que la cantidad de la mayora de productos gnicos
de las dos copias del cromosoma X en las hembras sea equivalente a la dosis nica del
cromosoma X de machos. En mamferos, esta equivalencia se consigue mediante la
inactivacin aleatoria de uno de los dos cromosomas X en cada clula en una etapa
temprana del desarrollo. Este estado inactivo se propaga entonces a
(pg. 409)
(pg. 410)
todas las clulas descendientes. (En la lnea germinal, el segundo cromosoma X se
reactiva en la oognesis.) El cromosoma inactivado, denominado cuerpo de Barr, se
puede ver en el ncleo como una estructura heterocromtica muy condensada y
densamente teida.
Hay dos aspectos de la inactivacin del cromosoma X que son relevantes en una
discusin sobre la cromatina y la regulacin de la expresin gnica. Primero, la mayor
parte de los genes del cromosoma X inactivado estn silenciados y el cromosoma
presenta las marcas epigenticas asociadas con la heterocromatina, incluyendo la
metilacin de H3 en la lisina 9 y la hipermetilacin de su DNA. Segundo, los genes del
cromosoma inactivado permanecen inactivos en todos los descendientes de estas
clulas. Como la secuencia de DNA en s misma no ha cambiado, esta alteracin
heredable es un ejemplo de herencia epigentica.

Es interesante que aunque diversos taxones presentan compensacin de dosis, el


mecanismo de compensacin puede ser drsticamente diferente. Por ejemplo, en la
mosca de la fruta, la expresin de los genes en el cromosoma X no se compensa por la
inactivacin de uno de los dos X en las hembras, sino doblando la expresin de los
genes del nico X en los machos (Figura 11-27). Este mecanismo se caracteriza por la
unin de un complejo RNA-protena, llamado MSL, a lo largo de todo el cromosoma X
en los machos (vase la ilustracin de la pgina 385). Uno de los componentes del
complejo MSL es una histona acetiltransferasa. Recuerde que la presencia de histonas
acetiladas es una de las caractersticas principales de la cromatina activa. As que la
funcin del complejo MSL parece ser aadir grupos acetilo a las histonas. Las siglas
MSL significan letal especfico de machos (en ingls, male-specific letal), y el complejo
recibi este nombre porque sus componentes fueron identificados en los rastreos
genticos en busca de mutaciones letales para los machos.

Mensaje. Para la mayora de los organismos diploides, los dos alelos de un gen se
expresan de forma independiente. La inactivacin del X y la impronta genmica son
ejemplos de expresin monoallica. En estos casos, los mecanismos epigenticos
silencian una copia de un cromosoma completo o de un nico locus, respectivamente.

La herencia de las marcas epigenticas y la estructura de la cromatina


La herencia epigentica puede definirse como la herencia del estado de la cromatina de
una generacin de clulas a la siguiente. Lo que significa esta herencia es que, en la
replicacin del DNA, tanto la secuencia de DNA como la estructura de la cromatina son
fielmente transmitidas a la siguiente generacin. Sin embargo, a diferencia de la
secuencia de DNA, la estructura de la cromatina puede cambiar en el curso del ciclo

celular, por ejemplo, cuando los factores de transcripcin modifican el cdigo de


histonas causando cambios locales en la posicin de los nucleosomas, su densidad o
ambas cosas.
Como se mencion en el Captulo 7, el replisoma no slo copia las cadenas
parentales sino que tambin desensambla los nucleosomas de las cadenas parentales y
los vuelve a
(pg. 410)
(pg. 411)
ensamblar en ambas cadenas, parental e hija. Este proceso se lleva a cabo mediante la
distribucin al azar de las histonas viejas de los nucleosomas existentes en las cadenas
hijas y el aporte de nuevas histonas al replisoma. De esta manera, las histonas viejas con
sus colas modificadas y las histonas nuevas con colas sin modificaciones se ensamblan
formando nucleosomas que se asocian con las dos cadenas hijas. Lo ms probable es
que el cdigo incorporado en las histonas viejas gue la modificacin de las histonas
nuevas (Figura 11-28).
La herencia de la metilacin del DNA se conoce mejor. La replicacin
semiconservativa produce hlices hijas que estn metiladas en una de sus dos cadenas
(la cadena parental). Las cadenas no metiladas son metiladas por DNA metiltransferasas
que tienen una alta afinidad por estos substratos hemimetilados y que se guan por el
patrn de metilacin de la cadena parental (Figura 11-29). As, la informacin intrnseca
en el cdigo de histonas y en la metilacin del DNA sirven para reconstituir la
estructura local de la cromatina que exista antes de la sntesis de DNA y la mitosis.

Mensaje. La estructura de la cromatina se hereda de generacin en generacin de


clulas porque existen mecanismos para replicar el DNA junto con las marcas
epigenticas asociadas.

Resumen
Muchos aspectos de la regulacin gnica eucaritica son parecidos a la regulacin de
los operones bacterianos. Ambos funcionan en gran medida al nivel de la transcripcin y
ambos dependen de protenas que actan en trans unindose a secuencias reguladoras
diana en la molcula de DNA que actan en cis. Estas protenas reguladoras determinan
el nivel de transcripcin de un gen controlando la unin de la RNA polimerasa al
promotor del gen.
Hay tres caractersticas principales propias del control de la transcripcin en
eucariotas. En primer lugar, los genes eucariticos poseen intensificadores, que son
elementos reguladores que actan en cis localizados a veces a grandes distancias
lineares del promotor. Muchos genes tienen mltiples intensificadores. En segundo
lugar, a estos intensificadores se unen ms factores de transcripcin que en los operones
bacterianos. Los eucariotas pluricelulares deben generar miles de patrones de expresin
gnica con un nmero limitado de protenas reguladoras (factores de transcripcin) y lo
consiguen mediante interacciones combinatorias entre factores de transcripcin. Los
enhanceosomas son complejos de protenas reguladoras que interaccionan de forma
cooperativa y sinrgica para inducir altos niveles de transcripcin a travs del
reclutamiento de la RNA polimerasa II en el punto de inicio de la transcripcin.
En tercer lugar, los genes eucariticos estn empaquetados en la cromatina. La
activacin y represin gnicas requieren modificaciones especficas de la cromatina. La
inmensa mayora de las decenas de miles de genes en cualquier genoma eucaritico
estn normalmente inactivos en un momento dado. Los genes se mantienen en un estado
transcripcional inactivo gracias a la participacin de los nucleosomas, que sirven para
compactar la cromatina e impedir la unin de la RNA polimerasa II. La posicin de los

nucleosomas y el grado de condensacin de la cromatina vienen determinados por el


cdigo de histonas, el patrn de modificaciones postranscripcionales de las colas de
histona. El cdigo de histonas es una marca epigentica que, junto con la metilacin de
las bases de citosina, puede ser alterada por los factores de transcripcin. Estos factores
se unen a las regiones reguladoras y reclutan complejos proteicos que modifican
enzimticamente los nucleosomas adyacentes. Estos grandes complejos de protenas de
mltiples subunidades utilizan la energa de la hidrlisis del ATP para mover los
nucleosomas y remodelar la cromatina.
(pg. 411)
(pg. 412)
La existencia de fenmenos epigenticos como la impronta gentica y la
inactivacin del cromosoma X demuestra que la expresin gnica en eucariotas puede
ser silenciada sin cambiar la secuencia de DNA del gen. Otro fenmeno epigentico, la
variegacin por efecto de posicin, revel la existencia de vecindades heterocromticas
represivas asociadas con nucleosomas muy condensados y que contienen pocos genes.
Los aisladores barrera mantienen la integridad del genoma impidiendo la conversin de
la eucromatina en heterocromatina.
La replicacin del DNA copia fielmente de las clulas parentales a las clulas
hijas tanto la secuencia de DNA como la estructura de la cromatina. Las clulas recin
formadas heredan los dos tipos de informacin gentica, la intrnseca a la secuencia
nucleotdica del DNA, y la informacin epigentica que constituyen el cdigo de
histonas y el patrn de metilacin del DNA.

Trminos clave
aislador (pg. 401)
aislador barrera (pg. 409)

coactivador (pg. 394)


cdigo de histonas (pg. 397)
cola de histona (pg. 396)
compensacin de dosis (pg. 409)
complejo Mediador (pg. 394)
correpresor (pg. 397)
cuerpo de Barr (pg. 410)
dominio de activacin (pg. 392)
efecto sinrgico (pg. 398)
elemento proximal (pg. 388)
enhanceosoma (pg. 398)
eucromatina (pg. 405)
feromona (pg. 399)
gen informador (pg. 392)
hemimetilacin (pg. 411)
herencia epigentica (pg. 402)
herencia monoallica (pg. 402)
heterocromatina (pg. 405)
heterocromatina constitutiva (pg. 406)
hiperacetilacin (pg. 397)
hipoacetilacin (pg. 397)
histona deacetilasa (HDAT) (pg. 397)
impronta genmica (pg. 402)
impronta materna (pg. 402)
impronta paterna (pg. 402)

intensificador (enhancer) (pg. 388)


marca epigentica (pg. 402)
metilacin del DNA (pg. 402)
protena heterocromtica 1 (HP-1) (pg. 407)
remodelacin de la cromatina (pg. 395)
secuencia de activacin aguas arriba (UAS) (pg. 388)
silenciamiento epigentico (pg. 406)
silenciamiento gnico (pg. 405)
variegacin por efecto de posicin (PEV) (pg. 406)

Problemas
PROBLEMAS BSICOS
1. Qu analogas puede establecer entre los factores de transcripcin que actan en
trans que activan la expresin gnica en eucariotas y los factores correspondientes
en bacterias? D un ejemplo.

2. Contraste los estados de los genes en bacterias y eucariotas respecto a la activacin


gnica.

3. Prediga y explique el efecto de las siguientes mutaciones sobre la transcripcin de


GAL1 en presencia slo de galactosa:
a. Delecin de un sitio de unin de Gal4 en el elemento UAS de GAL1.
b. Delecin de los cuatro sitios de unin de Gal4 en el elemento UAS de GAL1.
c. Delecin del sitio de unin de Mig1 aguas arriba de GAL1.
d. Delecin del dominio de activacin de Gal4.

e. Delecin del gen GAL80.


f. Delecin del promotor de GAL1.
g. Delecin del gen GAL3.

4. Cmo se impide la activacin del gen GAL1 en presencia de galactosa y glucosa?

5. Cules son las respectivas funciones de la acetilacin y desacetilacin de histonas


en la regulacin gnica?

6. Se asla una cepa de levadura que no puede cambiar de tipo de apareamiento. De


qu mutaciones podra ser portadora para explicar este fenotipo?

7. Qu genes estn regulados por las protenas 1 y 2 en una clula ?

8. Qu son las protenas Sir? Cmo afectan las mutaciones en los genes SIR a la
expresin de los casetes de DNA que determinan el tipo de apareamiento?

9. A qu nos referimos con el trmino herencia epigentica? Mencione dos ejemplos


de esta herencia.
(pg. 412)
(pg. 413)
10. Qu es un enhanceosoma? Por qu una mutacin en cualquiera de las protenas
del enhanceosoma podra reducir seriamente la tasa de transcripcin?

11. Por qu las mutaciones en los genes improntados normalmente son dominantes?

12. Qu caractersticas distinguen un gen silenciado epigenticamente de un gen que


no se expresa debido a una alteracin en su secuencia de DNA?

13. Qu mecanismos se cree que son responsables de la herencia de la informacin


epigentica?

14. Cul es la diferencia fundamental en la regulacin de los genes bacterianos y


eucariticos?

15. Por qu se dice que la regulacin transcripcional en eucariotas se caracteriza por


las interacciones combinatorias?

16. El siguiente diagrama representa la estructura de un gen de Drosophila


melanogaster. Los segmentos azules son los exones y los amarillos son los intrones.
a. Qu segmentos del gen estarn representados en el transcrito de RNA inicial?
b. Qu segmentos del gen se eliminarn mediante el corte y empalme del RNA?
c. Qu segmentos es ms probable que se unan a las protenas que interaccionan
con la RNA polimerasa?

PROBLEMAS PARA PENSAR


17. La transcripcin de un gen llamado SGF (su gen favorito) se activa cuando tres
factores de transcripcin (FTA, FTB, FTC) interaccionan para reclutar al
coactivador CRX. FTA, FTB, FTC y CRX y sus respectivos sitios de unin
constituyen un enhanceosoma situado a 10 kb del punto de inicio de la transcripcin.

Dibuje un esquema mostrando cmo cree que funciona el enhanceosoma para atraer
la RNA polimerasa al promotor de SGF.

18. Una nica mutacin en uno de los factores de transcripcin del Problema 17 resulta
en una drstica reduccin de la transcripcin de SGF. Esquematice cmo podra ser
esta interaccin mutante.

19. Esquematice el efecto de una mutacin en el sitio de unin de uno de los factores de
transcripcin del Problema 17.

20. En qu se diferencia un gen silenciado epigenticamente de un gen mutante (un


alelo nulo del mismo gen)?

21. Qu son las marcas epigenticas? Cules estn asociadas a la heterocromatina?


Cmo se cree que determinan la estructura de la cromatina?

22. Un investigador recibe cuatro cepas de levadura por correo y las instrucciones
adjuntas afirman que cada cepa contiene una nica copia del transgn A. El
investigador cultiva las cuatro cepas y determina que slo tres de ellas expresan el
producto proteico del transgn A. Anlisis posteriores revelan que el transgn A est
situado en una posicin diferente del genoma de levadura en cada una de las cuatro
cepas. Formule una hiptesis para explicar este resultado.

23. En Neurospora, todos los mutantes que afectan las enzimas sintetasa del
carbamilfosfato y transcarbamilasa del aspartato presentan alteraciones en el locus

pyr-3. Al inducir mutaciones en pyr-3 con ICR-170 (un mutgeno qumico), se


encuentran mutantes que carecen de ambas funciones o mutantes a los que les falta
slo la funcin transcarbamilasa; pero en ningn caso falta la actividad sintetasa
cuando la actividad transcarbamilasa est presente (se supone que ICR-170 induce
cambios en el marco de lectura). Interprete estos resultados en trminos de un
posible opern.

24. Un investigador desea encontrar los elementos reguladores que actan en cis
responsables de las respuestas transcripcionales de dos genes: c-fos y globin. La
transcripcin del gen c-fos se activa en respuesta al factor de crecimiento de
fibroblastos (FGF), pero es inhibida por el cortisol (Cort). Por otra parte, la
transcripcin del gen globin no se ve afectada ni por el FGF ni por el cortisol, pero
es estimulada por la hormona eritropoietina (EP). Para encontrar en el DNA los
elementos reguladores en cis responsables de estas respuestas transcripcionales, el
investigador utiliza los siguientes clones de los genes c-fos y globin, as como dos
combinaciones hbridas (genes de fusin), como se muestra en el diagrama 1. La
letra A representa el gen c-fos intacto, la D representa el gen globin intacto y B y C
representan las fusiones gnicas entre c-fos y globin. Los exones (E) e intrones (I)
de c-fos y globin estn numerados. Por ejemplo, E3(f) es el tercer exn del gen c-fos
y I2(g) es el segundo intrn del gen globin. (Esta nomenclatura se proporciona para
ayudarle a contestar de forma clara.) Los sitios de inicio de la transcripcin (flechas
negras) y los sitios de poliadenilacin (flechas rojas) tambin estn indicados.
(pg. 413)
(pg. 414)
Estos cuatro clones se introducen simultneamente en clulas cultivadas y se
estimulan diferentes alcuotas de estas clulas con uno de los tres factores. El

anlisis en gel del RNA aislado a partir de estas clulas da los siguientes resultados.
Se muestran los niveles de transcritos producidos a partir de los genes introducidos
en respuesta a varios tratamientos. La intensidad de las bandas es proporcional a la
cantidad de transcrito fabricado a partir de un clon determinado. (La ausencia de una
indica que el nivel de transcrito es indetectable.)
a. Dnde est el elemento de DNA que permite la activacin mediante FGF?
b. Dnde est el elemento de DNA que permite la represin por Cort?
c. Dnde est el elemento de DNA que permite la induccin por EP? Explique sus
respuestas.
(pg. 414)

PIES DE FIGURAS

Imagen inicial
El complejo MSL aumenta la expresin gnica en el cromosoma X. El complejo MSL
(indicado en color naranja) se une slo al cromosoma X en machos de Drosophila. Esta
imagen es una tincin de inmunofluorescencia indirecta de cromosomas de una glndula
salival de una larva macho expuesta a antisuero MSL1. [De J. Lucchesi, W. Kelly y B.
Panning, Chromatin Remodeling in Dosage Compensation, Annu. Rev. Genet. 2005,
39, 615-651.]

Figura 11-1 El primer mamfero clonado


El primer mamfero clonado fue una oveja llamada Dolly. [PHOTOTAKE/Alamy.]

Figura 11-2 Visin general de la regulacin transcripcional


En bacterias, la RNA polimerasa suele empezar la transcripcin a menos que un
represor proteico la bloquee. En eucariotas, sin embargo, el empaquetamiento del DNA
con los nucleosomas impide la transcripcin a no ser que estn presentes otras protenas
reguladoras. Estas protenas reguladoras exponen las secuencias promotoras alterando la
densidad o la posicin de los nucleosomas. Tambin pueden reclutar a la RNA
polimerasa II ms rpidamente unindose a ella.

Figura 11-3 Los elementos proximales preceden al promotor de un gen eucaritico


La regin aguas arriba del punto de inicio de la transcripcin en los eucariotas
superiores contiene el promotor y los elementos proximales.

Figura 11-4 Los elementos proximales son necesarios para una transcripcin
eficiente
Las mutaciones puntuales en el promotor y los elementos proximales dificultan la
transcripcin del gen de la -globina. Se analizaron diferentes mutaciones puntuales a lo
largo de la regin promotora para determinar sus efectos en la tasa de transcripcin. La
altura de cada lnea representa el nivel de transcripcin relativa a un promotor o
elemento proximal del tipo salvaje (1.0). Solamente las sustituciones de bases que se
encuentran dentro de los tres elementos mostrados cambian el nivel de transcripcin.
Las posiciones con puntos negros no fueron estudiadas. [De T. Maniatis, S. Goodbourn
y J. A. Fischer, Regulation of Inducible and Tissue-Specific Gene Expresin, Science
236, 1987, 1237.]

Figura superior Recuadro Organismo modelo: Levadura


Ciclo de vida de la levadura. Los alelos nucleares MATa y MAT determinan el tipo de
apareamiento.

Figura inferior Recuadro Organismo modelo: Levadura


Micrografa electrnica de clulas de levadura en gemacin.

Figura 11-5 La ruta metablica Gal


La galactosa se convierte en glucosa-1-fosfato en una serie de pasos. Estos pasos estn
catalizados por diversas enzimas (Gal1 y sucesivas) codificadas por los genes
estructurales GAL1, GAL2, GAL7 y GAL10.

Figura 11-6 Las protenas activadoras de la transcripcin se unen a elementos UAS


en levaduras
La protena Gal4 activa a sus genes diana a travs de elementos activadores aguas arriba
(UAS). La protena Gal4 tiene dos dominios funcionales: un dominio de unin al DNA
(cuadrado rojo) y un dominio de activacin (valo naranja). La protena se une a
secuencias especficas aguas arriba de los promotores de los genes de la ruta metablica
Gal. Algunos de los genes GAL son adyacentes (GAL1, GAL10), mientras que otros
estn en cromosomas diferentes. El elemento UAS de GAL1 contiene cuatro sitios de
unin para Gal4.

Figura 11-7 Las protenas activadoras de la transcripcin son modulares


Las protenas activadoras de la transcripcin tienen mltiples dominios separables. (a)
La protena Gal4 tiene dos dominios y forma un dmero. (b) La eliminacin
experimental del dominio de activacin muestra que la unin al DNA no es suficiente
para que se produzca la activacin gnica. (c) De un modo similar, el dominio de unin
al DNA de la protena bacteriana LexA no puede activar la trancripcin por s mismo,
pero, cuando es fusionado con el dominio de activacin de Gal4 (d), puede activar la
transcripcin a travs de los sitios de unin de LexA. [Segn J. Watson et al. Molecular
Biology of the Gene, 5 edicin. Copyright 2004 de Benjamin Cummings.]

Figura 11-8 Las protenas activadoras de la transcripcin pueden ser activadas por
un inductor
La actividad de Gal4 est regulada por la protena Gal80. (Arriba) En ausencia de
galactosa, la protena Gal4 es inactiva, aunque se puede unir a sitios aguas arriba del
gen diana GAL1. La actividad de Gal4 es reprimida por la unin de la protena Gal80.

(Abajo) En presencia de galactosa y de la protena Gal3, Gal80 experimenta un cambio


de conformacin y libera el dominio de activacin de Gal4, permitiendo la transcripcin
del gen diana.

Figura 11-9 Las protenas activadoras de la transcripcin reclutan la maquinaria


transcripcional
Gal4 recluta la maquinaria transcripcional. La protena Gal4 y muchos otros activadores
de la transcripcin se unen a complejos de mltiples protenas, incluyendo los
complejos TFIID y Mediador, que atraen la RNA polimerasa II hacia los promotores
gnicos. Las interacciones facilitan la activacin gnica a travs de sitios de unin muy
distantes de los promotores gnicos. [Segn J. Watson et al. Molecular Biology of the
Gene, 5 edicin. Copyright 2004 de Benjamin Cummings.]

Figura 11-10 La estructura de la cromatina


(a) El nucleosoma en la cromatina condensada y descondensada. (b) La estructura de la
cromatina vara a lo largo de la longitud del cromosoma. La cromatina menos
condensada (eucromatina) se muestra en amarillo, las regiones de condensacin
intermedia estn en naranja y la heterocromatina cubierta de protenas especiales (de
color morado) est representada en rojo. [(b) De P. J. Horn y C. L. Peterson, Chromatin
Higher Order Holding: Wrapping Up Transcription, Science 297, 2002, 1827, Fig. 3.
Copyright 2002, AAAS.]

Figura 11-11 La remodelacin de la cromatina expone las secuencias reguladoras


El octmero de histonas se desliza en respuesta a la actividad remodeladora de la
cromatina (como la del complejo SWI-SNF), dejando al descubierto en este caso el

DNA marcado en rojo. (Vase la Figura 11-15 para detalles en como SWI-SNF es
reclutado a una regin concreta del DNA). [Segn J. Watson et al. Molecular Biology of
the Gene, 5 edicin. Copyright 2004 de Benjamin Cummings.]

Figura 11-12 Las colas modificadas de las histonas sobresalen del nucleosoma
Estructura de un nucleosoma mostrando siete de las ocho histonas y la mayora, aunque
no todas, de sus colas. Los sitios de modificaciones postranscripcionales como la
acetilacin y metilacin estn indicados en una cola de histona, aunque en realidad
todas las colas contienen estas posiciones.

Figura 11-13 La desacetilacin de histonas puede reprimir la transcripcin gnica


El reclutamiento de un complejo represor conduce a la represin de la transcripcin. En
presencia de glucosa, la transcripcin de GAL1 es reprimida por la protena Mig1, que
se une a un sitio entre el elemento UAS y el promotor del gen GAL1. Mig1 recluta el
complejo represor Tup1, el cual recluta a la histona desacetilasa, que reprime la
transcripcin gnica. [Segn J. Watson et al. Molecular Biology of the Gene, 5 edicin.
Copyright 2004 de Benjamin Cummings.]

Figura 11-14 Los enhanceosomas ayudan a reclutar la maquinaria transcripcional


Enhanceosoma del interfern . En este caso, los factores de transcripcin reclutan un
coactivador (CBP) que se une tanto a los factores de transcripcin como a la RNA
polimerasa II e inicia la transcripcin. [Segn A. J. Courey, Cooperativity in
Transcriptional Control, Curr. Biol. 7, 2001, R250-R253, Fig. 1.]

Figura 11-15 Los enhanceosomas reclutan remodeladores de la cromatina

El enhanceosoma del interfern recluta el complejo SWI-SNF para mover los


nucleosomas.

Figura 11-16 Diferentes combinaciones de protenas reguladoras controlan los


tipos celulares
Control de la expresin gnica especfica de cada tipo celular en levadura. Los tres tipos
celulares de S. cerevisiae son determinados por las protenas reguladoras a1, 1 y 2,
que regulan diferentes subconjuntos de genes diana. La protena MCM1 acta en los
tres tipos de clula e interacciona con 1 y 2.

Figura 11-17 Los aisladores impiden la activacin de los intensificadores


Los aisladores impiden la activacin gnica cuando se sitan entre un intensificador y
un promotor. [Segn M. Gaszner y G. Felsenfeld, Insulators: Exploiting
Transcriptional and Epigenetic Mechanisms, Nat. Rev. Genet. 7, 2006, 703-713.]

Figura 11-18 Modelo de cmo podran funcionar los aisladores


La propuesta es que los aisladores crean nuevos bucles que separan fsicamente un
promotor de su intensificador. [Segn M. Gaszner y G. Felsenfeld, Insulators:
Exploiting Transcriptional and Epigenetic Mechanisms, Nat. Rev. Genet. 7, 2006, 703713.]

Figura 11-19 La impronta genmica requiere aisladores


Impronta genmica en el ratn. La regin de control de la impronta (ICR) no est
metilada en los gametos femeninos y el dmero CTCF puede unirse a ella formando un
aislador que bloquea la activacin del intensificador de Igf2. En los machos, la

metilacin (M) de ICR en las clulas germinales impide la unin de CTCF, pero
tambin impide la unin de otras protenas al promotor de H19.

Figura 11-20 La inusual herencia de los genes improntados


Una mutacin (representada por una estrella naranja) en un gen A no tendr ningn
efecto si es heredada del macho. Abreviaturas: M, metilacin; ICR, regin de control de
la impronta. [Segn S. T. da Rocha y A. C. Ferguson-Smith, Genomic Imprinting,
Curr. Biol. 14, 2004, R646-R649.]

Figura 11-21 Pasos necesarios para realizar la impronta gentica


Establecimiento de una impronta gentica diferencial en machos y hembras en los genes
Igf2 y H19.

Figura 11-22 El intercambio de tipo de apareamiento es controlado mediante la


recombinacin de segmentos de DNA
El cromosoma III de S. cerevisiae codifica tres loci de tipo de apareamiento, pero slo
se expresan los genes del locus MAT. HML codifica un segmento de DNA silenciado
que incluye los genes a. La copia de un segmento silenciado y su insercin mediante
recombinacin en el locus MAT, cambia el tipo de apareamiento.

Figura 11-23 El silenciamiento gnico est causado por la expansin de la


heterocromatina
Una reordenacin cromosmica produce variegacin por efecto de posicin. La
inversin cromosmica sita el alelo salvaje white cerca de la heterocromatina. La
expansin de la heterocromatina silencia el alelo. Las facetas del ojo son blancas en

lugar de rojas all donde el alelo ha sido silenciado. [Segn J. C. Eissenberg y S. Elgin,
Enciclopedia of Life Sciences. Nature Publishing Group, 2001, pg. 3, Fig. 1.]

Figura 11-24 Algunos genes intensifican o suprimen la expansin de la


heterocromatina
Se utilizaron mutaciones para identificar los genes que suprimen, Su(var), o
intensifican, E(var), la variegacin por efecto de posicin. [Segn J. C. Eissenberg y S.
Elgin, Enciclopedia of Life Sciences. Nature Publishing Group, 2001, pg. 3, Fig. 1.]

Figura 11-25 La heterocromatina se puede expandir ms en unas clulas que en


otras
La expansin de la heterocromatina a la eucromatina adyacente es variable. En cuatro
clulas diploides genticamente idnticas, la heterocromatina se expande lo suficiente
como para silenciar un gen en algunos cromosomas pero no en otros. La heterocomatina
y la eucromatina estn representadas por crculos naranjas y verdes, respectivamente.
[Segn M. Gaszner y G. Felsenfeld, Insulators: Exploiting Transcriptional and
Epigenetic Mechanisms, Nat. Rev. Genet. 7, 2006, 703-713.]

Figura 11-26 Los aisladores barrera detienen la expansin de la heterocromatina


En este modelo, los aisladores barrera reclutan actividades enzimticas como la histona
acetiltransferasa (HAT) que inducen la formacin de eucromatina. La letra M
significa metilacin y las letras Ac, acetilacin. [Segn M. Gaszner y G. Felsenfeld,
Insulators: Exploiting Transcriptional and Epigenetic Mechanisms, Nat. Rev. Genet. 7,
2006, 703-713.]

Figura 11-27 Diferentes mecanismos de compensacin de dosis


La compensacin de dosis puede conseguirse doblando la expresin del cromosoma X
del macho (hipertranscripcin), mediante la inactivacin del X o disminuyendo a la
mitad la expresin de los dos cromosomas X en la hembra (hipotranscripcin).

Figura 11-28 Herencia de los estados de la cromatina


En la replicacin, las histonas viejas (morado) con sus cdigos de histonas se
distribuyen aleatoriamente en las cadenas hijas, donde dirigen la codificacin de las
nuevas histonas recin ensambladas (naranja) para formar nucleosomas completos.

Figura 11-29 Un modelo para la herencia de la metilacin


Despus de la replicacin, los residuos del dinucletido hemimetilado CG (mostrado
como CpG) estn completamente metilados. Las cadenas parentales son negras, y la
cadena hija roja. La letra M representa el grupo metilo en el nucletido C. [Segn Y.
H. Jiang, J. Bressler y A. L. Beaudet, Epigenetics and Human Disease, Annu. Rev.
Genomics Hum. Genet. 5, 2004, 479-510.]

PARCHEADOS

Figura 11-2 Visin general de la regulacin transcripcional


1. BACTERIANA
2. Protena activadora
3. Promotor
4. Operador
5. Regin codificadora
6. Estado basal: activo
7. Protena represora
8. Estado reprimido: inactivo
9. EUCARITICA
10. Estado basal: inactivo
11. Factores de transcripcin
12. Intensificador
13. Estado activado: activo

Figura 11-3 Los elementos proximales preceden al promotor de un gen eucaritico


1. Caja rica en GC
2. Elementos proximales del promotor
3. Promotor
4. ~ 200 pb
5. ~ 100 pb
6. ~ 30 pb

Figura 11-4 Los elementos proximales son necesarios para una transcripcin
eficiente
1. Nivel de transcripcin relativo

Figura superior Recuadro Organismo modelo: Levadura


1. Fusin
2. Mitosis
3. Meiosis
4. Asca
5. Mitosis
6. Cultivo de colonias
7. Mitosis
8. Cultivo de colonias

Figura 11-5 La ruta metablica Gal


1. Galactosa (extracelular)
2. Galactosa (intracelular)
3. Galactosa-1-fosfato
4. UDP-galactosa
5. UDP-glucosa
6. Glucosa-1-fosfato
7. Gliclisis

Figura 11-6 Las protenas activadoras de la transcripcin se unen a elementos UAS


en levaduras

1. Crom II
2. Crom XII

Figura 11-7 Las protenas activadoras de la transcripcin son modulares


1. (a) Dmero Gal4 completo
2. Dominio de activacin
3. Dominio de unin al DNA
4. Sitio Gal4
5. ACTIVO
6. (b) Gal4 que carece del dominio de activacin
7. Sitio Gal4
8. INACTIVO
9. (c) LexA que carece del dominio de activacin
10. Dominio de unin al DNA
11. Sitio LexA
12. INACTIVO
13. (d) Hbrido Gal4-LexA
14. Dominio de activacin de Gal4
15. Dominio de unin al DNA de LexA
16. Sitio LexA
17. ACTIVO

Figura 11-8 Las protenas activadoras de la transcripcin pueden ser activadas por
un inductor
1. Gal4 inactiva

2. INACTIVO
3. + Galactosa +Gal3
4. Gal4 activa
5. ACTIVO

Figura 11-9 Las protenas activadoras de la transcripcin reclutan la maquinaria


transcripcional
1. Mediador
2. RNA polimerasa II
3. Genes GAL

Figura 11-10 La estructura de la cromatina


1. Regin corta de DNA de doble cadena
2. Nucleosomas: la unidad bsica de la cromatina
3. Fibra de cromatina formada por nucleosomas empaquetados

Figura 11-11 La remodelacin de la cromatina expone las secuencias reguladoras


1. Remodelacin de los nucleosomas

Figura 11-12 Las colas modificadas de las histonas sobresalen del nucleosoma
1. Acetilacin
2. Metilacin

Figura 11-13 La desacetilacin de histonas puede reprimir la transcripcin gnica


1. Sitio Mig1

2. INACTIVO

Figura 11-14 Los enhanceosomas ayudan a reclutar la maquinaria transcripcional


1. Protenas que curvan el DNA

Figura 11-15 Los enhanceosomas reclutan remodeladores de la cromatina


1. Enhanceosoma
2. El enhanceosoma forma un sitio de unin para GCN5, la cual se une y aade grupos
acetilo a nuc 1 y nuc 2.
3. Complejo GCN5
4. Se une el coactivador CBP y recluta la RNA pol II.
5. SWI-SNF desplaza a nuc2.
6. La protena de unin a TATA (TBP) se une a la caja TATA que ha quedado expuesta,
lo que permite el inicio de la transcripcin.

Figura 11-16 Diferentes combinaciones de protenas reguladoras controlan los


tipos celulares
1. Locus MAT
2. Protenas reguladoras expresadas
3. Genes especficos de a
4. Genes especficos de
5. Genes especficos de haploides
6. (a) Clula a
7. (b) Clula
8. (c) Clula a/

9. ACTIVO
10. INACTIVO
11. ACTIVO
12. INACTIVO
13. ACTIVO
14. ACTIVO
15. INACTIVO
16. INACTIVO
17. INACTIVO

Figura 11-17 Los aisladores impiden la activacin de los intensificadores


1. ACTIVO
2. Promotor 2
3. Intensificador
4. Aislador que bloquea al intensificador
5. Promotor 1
6. INACTIVO

Figura 11-18 Modelo de cmo podran funcionar los aisladores


1. ACTIVO
2. Promotor 1
3. Promotor 2
4. INACTIVO
5. Intensificador
6. Aislador

Figura 11-19 La impronta genmica requiere aisladores


1. Alelo materno
2. INACTIVO
3. ACTIVO
4. Intensificador
5. Alelo paterno
6. ACTIVO
7. INACTIVO
8. Intensificador

Figura 11-20 La inusual herencia de los genes improntados


1. Sin mutaciones
2. Mutacin en el gen improntado
3. RESULTADO NO AFECTADO
4. RESULTADO AFECTADO

Figura 11-21 Pasos necesarios para realizar la impronta gentica


1. Macho
2. Hembra
3. Cromosomas homlogos
4. Dos genes ligados: uno activo, uno silenciado
5. Clulas germinales primordiales
6. Borrado de las improntas
7. Clulas germinales primordiales

8. Introduccin de las improntas


9. Gametos
10. Esperma
11. Propagacin de las improntas
12. Oocito
13. Fecundacin y desarrollo
14. Alelo silenciado
15. Alelo activo

Figura 11-22 El intercambio de tipo de apareamiento es controlado mediante la


recombinacin de segmentos de DNA
1. Silencioso
2. Activo
3. Silencioso
4. Tipo de apareamiento a
5. (b) HML se copia en el locus MAT
6. Silencioso
7. Tipo de apareamiento
8. (c) HMRa se copia en el locus MAT
9. Silencioso
10. Tipo de apareamiento a

Figura 11-23 El silenciamiento gnico est causado por la expansin de la


heterocromatina
1. Cromosoma

2. Telmero
3. Centrmero
4. Gen white+ expresado
5. Ojo salvaje
6. Una inversin sita a white+ cerca de la heterocromatina.
7. Faceta roja
8. Gen white+ expresado
9. La heterocromatina se expande
10. Faceta blanca
11. Gen white+ silenciado
12. El ojo es una mezcla de facetas rojas y blancas.

Figura 11-24 Algunos genes intensifican o suprimen la expansin de la


heterocromatina
1. Ojo de Drosophila (white+ translocado)
2. Mutaciones secundarias que afectan la expansin de la heterocromatina
3. Expansin aumentada. Ms genes white+ silenciados.
4. Expansin suprimida. Menos genes white+ silenciados.

Figura sin numerar pg. 408


1. Lisina
2. Monometil lisina
3. Dimetil lisina
4. Trimetil lisina

Figura 11-25 La heterocromatina se puede expandir ms en unas clulas que en


otras
1. INACTIVO
2. INACTIVO
3. INACTIVO
4. ACTIVO
5. INACTIVO
6. INACTIVO
7. INACTIVO
8. ACTIVO

Figura 11-26 Los aisladores barrera detienen la expansin de la heterocromatina


1. Heterocromatina
2. Aislador barrera
3. Eucromatina
4. HMTasa

Figura 11-27 Diferentes mecanismos de compensacin de dosis


1. Hembra
2. Macho
3. Hipertranscripcin (Drosophila)
4. Inactivacin del X (mamferos)
5. Hipotranscripcin (C. elegans)
6. No hay Y

Figura 11-28 Herencia de los estados de la cromatina


1. Replicacin
2. Nucleosoma
3. Histonas recin sintetizadas, sin cdigo de histonas
4. Histonas con cdigo

Figura 11-29 Un modelo para la herencia de la metilacin


1. Metilado
2. Replicacin del DNA
3. DNA metiltransferasa

Figura Problema 16
1. Intensificador
2. Promotor
3. Intensificador

Diagrama 1 Problema 24
(En los parcheados todo igual, slo hay que cambiar la identificacin de la Figura)

Diagrama 2 Problema 24
1. Sin tratamiento
2. Clon