Fibrosis Heptica Congnita en el Caballo FranchesMontagnes es Asociada con el Rin Poliqustico y la

Enfermedad Heptica 1 (PKHD1) Gen

Michaela Dro gemu ller1,2, Vidhya Jagannathan1,2, Monika M. Welle3, Claudia Graubner4, Reto Straub4,
Vinzenz Gerber4, Dominik Burger4, Heidi Signer Hasler2,5, Pierre-Andre Poncet6,
Stephane Klopfenstein7, Ruedi Von Niederha Usern2,8, Jens Tetens9, Georg Thaller9, Stefan Rieder2,8,
Cord Dro Gemu Ller1,2, Tosso Leeb1,2 *
1 Instituto de Gentica, Universidad de Berna, Berna, Suiza, 2 Instituto Suizo de Competencia de Animal Proliferando y Genetics, Universidad de Berna, Bern
University de Applied Sciences HAFL y Agroscope, Berna, Suiza, 3 el Instituto de Patologa Animal, Universidad de Berna, Berna, Suiza, 4 el Instituto Suizo de
Medicina Equina, Universidad de Berna y Agroscope, Berna, Suiza, 5 Berna Universidad de Sciences Aplicado HAFL, Zollikofen, Suiza, 6 HIPPOP, Lignerolle,
Suiza, 7 Asociacin que Prolifera Franches-Montagnes Suizo, Avenches, Suiza, 8 Agroscope, Semental del Nacional Swiss Labra la Tierra, Avenches, Suiza, 9
el Instituto de Animal Proliferando y la Conservacin, Christian-Albrechts-Albrechts-University, Kiel, Alemania

Resumen
La fibrosis heptica congnita ha estado descrita como una enfermedad letal con herencia recesiva autosmica monogenetica en
la raza del caballo Swiss Franches Montagnes. Realizamos un estudio societario ancho en el genoma con 5 casos y 12 controles
y se detect una asociacin en el cromosoma 20. El mapeo de homocigosis posterior define un intervalo crtico de 952 kb que
albergan 10 genes y un loci anotado incluyendo el rin poliqustico y la enfermedad 1 (autosmica recesiva) gnica heptica
(PKHD1). El PKHD1 representa un candidato funcional excelente como variantes en este gen fueron identificados en pacientes
humanos con herencia autosmica recesiva del rin poliqustico y la enfermedad heptica (ARPKD), as como varios mutantes
de ratn y rata. Mientras que las variantes del PKHD1 ms patgenas conducen a los defectos polienquistados en rin e hgado,
un subconjunto pequeo de los pacientes humanos ARPKD tienen slo sntomas ms vivos, parecido a nuestros caballos con
fibrosis heptica congnita. El gen PKHD1 es uno de los genes ms grandes del genoma con mltiples transcripciones
alternativas que an no han sido completamente caracterizados. Hemos secuenciado los genomas de un potro afectado y 46
caballos de control para establecer una lista exhaustiva de las variantes en el intervalo crtico. Se identificaron dos variantes sin
sentido en el gen PKHD1 que eran fuertemente, pero no perfectamente asociados con fibrosis heptica congnita. Especulamos
que la penetrancia reducida y / o potenciales interacciones epistticas con genes modificadores hipotticas pueden explicar la
asociacin imperfecta de las variantes PKHD1 detectados. As, nuestros datos indican que los caballos con fibrosis heptica
congnita representan un modelo animal de gran inters para el subtipo restringido en el hgado de ARPKD humana.
Cita: Drogemuller M, Jagannathan V, Welle MM, Graubner C, Straub R, et al. (2014) Fibrosis heptica congnita en el caballo Franches-Montagnes se asocia con el rin poliqustico y
la enfermedad heptica 1 (PKHD1) Gen. PLoS ONE 9 (10): e110125. doi: 10.1371 / journal.pone.0110125
Editor: William Barendse, CSIRO, Australia
Recibido 11 de junio 2014; Aceptado 15 de septiembre 2014; Publicado 08 de octubre 2014
Copyright: 2014 Drogemuller et al. Este es un artculo de acceso abierto distribuido bajo los trminos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado,
distribucin y reproduccin en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan.
Disponibilidad de datos: Los autores confirman que todos los datos que se basan las conclusiones son totalmente disponibles sin restricciones. Los archivos FASTQ primas para la RNASeq experimento hgado han sido archivados en EBI archivo de lectura corta y se puede acceder con el nmero de acceso PRJEB6068. La secuencia del genoma entero de la caballo
afectado ha sido depositado bajo el nmero de acceso PRJEB5942.
Financiacin: Este estudio fue financiado en parte por las contribuciones de la Oficina Federal Suiza para la Agricultura, el suizo Federal de Seguridad Alimentaria y la Oficina Veterinaria,
y la Asociacin de Cra suizo Franches-Montagnes. Sin financiacin externa adicional se recibi para este estudio. Los financiadores no tenan papel en el diseo del estudio, la recogida
y anlisis de datos, decisin a publicar, o la preparacin del manuscrito.
Conflicto de intereses: Despus de su retiro como director de la National Stud suizo en Avenches, Pierre-Andre' Poncet es Presidente de la Junta de Suiza y Observatorio de la Industria
Equina (Conseil et Suisse Observatoire de la Filie`re du Cheval (COFICHEV)). Esto no altera la adherencia de los autores a la revista PLoS One polticas sobre datos y materiales de uso
compartido.
* Email: tosso.leeb@vetsuisse.unibe.ch

Un pequeo subgrupo de pacientes con mutaciones PKHD1 slo muestra

enfermedad heptica [2,3].

Introduccin
La enfermedad poliqustica autosmica recesiva del rin (ARPKD) tiene
una incidencia de aproximadamente 1: 20.000 en los seres humanos [1].
Es causada por variantes en el rin poliqustico y la enfermedad 1
(autosmico recesivo) gen heptica (PKHD1). Ms de 500 variantes
potencialmente patgenos diferentes en el gen PKHD1 humana se han
descrito, y hay una considerable variacin en el fenotipo clnico y la edad
de inicio ([1,2], http://www.humgen.rwth-aachen.de/ index.php). Papacientes que llevan dos mutaciones PKHD1 truncar suelen morir en el
perodo perinatal, mientras que los pacientes con funcin PKHD1 residual
tpicamente tienen una enfermedad menos grave, que afecta
principalmente a los riones y el hgado.
PLOS UN | el www.plosone.org

La protena PKHD1 probablemente tiene un papel esencial en los cilios

primarios de clulas epiteliales tubulares, que son necesarios como
mecanosensoress y regulan Ca2 + afluencia. PKHD1 interacta
probablemente directamente con policistina 2 (PKD2), pero su funcin
exacta y el papel de sus muchas isoformas diferentes son desconocidos
[4]. El gen PKHD1 es muy complejo y abarca unos 500 kb con mltiples
transcripciones alternativas. La transcripcin PKHD1 humana mejor
estudiado comprende 67 exones, tiene un marco de lectura abierto de
12.222 nucletidos, y codifica una protena de 4074 aminocidos, que
tambin se ha denominado fibrocistina o poliductina [5,6].

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Varios modelos roedores de ARPKD han estado descritos. La rata

polienquistada (PCK) conlleva una mutacin espontnea del sitio del
empalme en el gene Pkhd1 y es caracterizada por la formacin del
quiste en rin y hgado. Hay tambin varios mutantes a los que se
apunt de los ratones disponibles incluyendo uno que exclusivamente
muestra disgenesias biliares enquistados sin alteraciones renales 7
10. La ocurrencia de enfermedades similares afectando
exclusivamente el hgado ha sido reportada en mono 11, y los casos
espordicos diferentes en las especies animales domsticas les gustan
15 12,13 vacuno, de gato 14, de perro, y el caballo 16,17.
Previamente identificamos a 30 potros con lesiones ms vivas
compatibles con fibrosis heptica congnita en un estudio
retrospectivo 17,18. Los datos de la Anamnesis revelaron signos
clnicos de lesin ms viva severa en la mayora de animales
afectados 16,17. El estudio anatomopatolgico mostr gravemente
hgado agrandado y firme con quistes de pared delgada.
Histolgicamente, los hgados mostraron difusa porto-portal fibrosis
en puente con muchos conductos biliares pequeos, de forma
irregular y en ocasiones qustica [18]. Todos los potros pertenecieron
para el Swiss Franches Montagnes prolifera. El anlisis de raza dej
que se sepa que los animales afectados podran ser llegados a ubicar a
un garan 18 . Estos resultados fuertemente sugieren que la fibrosis
heptica congnita en caballos Swiss Franches Montagnes sea un
defecto gentico ancestral recesivo automico.
Durante los ltimos seis aos siete potros innatos nacieron con
fibrosis ms viva congnita y se sometieron para investigaciones
genticas. La meta del estudio presente fue identificar la causa
gentica asumida para la condicin usando un acercamiento
posicional y una siguiente ordenacin en secuencia de generacin
para desarrollar una prueba gentica para impedir ms all en los
apareamientos de riesgo.

Resultados
Fibrosis Hpatica Congnita en Caballos FranchesMontagnes
Entre los aos 2008es y 2013, reclutamos un total de 7 potros de
Franches-Montagnes, 5 varones y 2 hembras, semanas 3 envejecidas para
12 meses, con signos clnicos de lesin ms viva severa (la Figura 1). Los
padres de todos los casos fueron clnicamente poco notorios. En 5 fuera de
estos 7 potros la calidad de tejido fino o las pruebas de sangre y el cido
desoxirribonucleico extrado fueron suficientes para los genotipos con
patatas fritas SNP. Los padres de estos 5 potros podran ser rastreados,
ambos en lo maternal y las lneas paternales sobre 3 para 7 generaciones,
para un solo antepasado comn y masculino (Elu) nacido en 1964 (la
Figura 2). Por lo tanto, llegamos a la conclusin de que una mutacin
hereditaria recesiva era lo ms probable, de acuerdo con nuestros estudios
anteriores [18]. Las pruebas incrustadas en parafina arregladas en
formalina del hgado del anterior estudio estaban disponibles y
exitosamente extrajimos cido desoxirribonucleico de 13 de estos potros
afectados.

Dos de los casos recientes fueron cedidos al caballo clnico de la

Universidad de Berna para examen clnico de fondo (la Figura 1).
Estaban en una forma reducida del cuerpo y demostraron
comportamiento deprimido. Sus abdmenes fueron ampliados y las
heces fueron amarillentas y de una consistencia aceitosa. La ecografa
trans-abdominal revel un aumento del tamao del hgado con
lesiones hipoecoicas qusticas distintas. Hematologa mostr una
leucocitosis grave debido a una neutrofilia grave. La qumica de
laboratorio mostr cidos biliares del hgado extremadamente alta.
Ambos pacientes fueron sacrificados y sometidos a una necropsia.
El examen Histopatolgico de todos los potros afectados revelados
que la fibrosis que tiende un puente sobre ms vivo porto-portal
mostrado y difuso con muchos conductos biliares pequeos, (la
Figura 1C) irregularmente formados y algunas veces enquistados
parecido a la anterior serie de 30 reportados casos de fibrosis ms
viva congnita en el 18 de raza de Franches-Montagnes
Asignacin a una regin de la CEPA 20 que contiene
PKHD1 como gen candidato funcional.
Determinamos el genotipo 65,157 SNPs en 5 potros afectados y 12
caballos no afectadas Franches-Montagnes. Despus de la eliminacin de
los marcadores no informativos (MAF, 0,1) y marcadores con tarifas de
PLOS UN | el www.plosone.org

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

llamadas por debajo del 90%, retuvimos 38.394 SNPs para un estudio de
todo el genoma allica asociacin (GWAS). El factor de inflacin
genmico en este anlisis fue de 1,33, lo que indica la estratificacin
debido al uso de animales estrechamente relacionados (Figura 2). El
anlisis revel un nico SNP asociados, BIEC2-564517, en la posicin
49643575 en el cromosoma 20. El p-valor bruto de la asociacin fue
5,561029. Esto supera el umbral de correccin de Bonferroni significacin
(pBonf = 0,00021) y tambin un umbral de significacin emprica
determinada despus de 100.000 permutaciones de los fenotipos de tipo
(pgenome = 0,00011, figura 3).

Con base en los registros de pedigr la hiptesis de que los potros

afectados fueron ms probables endogmica y relacionado con un
solo animal fundador (Figura 2). Bajo este escenario se esperaba que
las personas afectadas sean idnticos por descendencia de la mutacin
causante y flanqueando segmentos cromosmicos. Eso, hemos
analizado los casos la presencia de una regin de la homocigosis con
alelo simultnea compartir cerca de la SNP asociados en el
cromosoma 20. En esta regin los 5 casos de hecho eran
homocigotos, y compartimos alelos idnticos ms de 31 marcadores
SNP consecutivos. Este segmento delinea un intervalo crtico de 952
kb entre los marcadores heterocigotos ms cercanos a cada lado del
bloque de homocigotos compartido (Chr20: 49,164,218-50,115,936;
Figura 3C).

Segn el comunicado de anotacin NCBI 101 de la asamblea

EquCab2 el intervalo crtico contiene 6 anotado genes de
codificacin de protenas (PKHD1, IL17A, IL17F, Mcm3,
PAQR8, EFHC1), 2 genes de microARN (MIR206-2, MIR133B)
y 2 loci no caracterizado (LOC102148758 , LOC102148781).
Una inspeccin cuidadosa de estos genes y las bsquedas de bases
de datos de su presunta funcin revel el rin poliqustico y
heptica enfermedad 1 gen (PKHD1) como un excelente
candidato gen funcional para la fibrosis heptica congnita en los
caballos. Las mutaciones en este gen causan autosmica recesiva
del rin poliqustico (ARPKD) la enfermedad en los seres
humanos, tambin conocido como poliquistosis renal y la
enfermedad heptica 1 (OMIM # 263200).
Todo el genoma de re-secuenciacin no revela ninguna
variante de ADN perfectamente asociado
Optamos por secuenciar el genoma completo de un potro afectada
y un toro portador heterocigoto obligado de otro caso de generar una
lista completa de variantes con respecto a la referencia del genoma
equino de un caballo pura sangre no afectado.
Debido a la herencia recesiva y el efecto letal de la mutacin, que
inicialmente la hiptesis de que muy probablemente una prdida de
funcin de la mutacin que afecta a la secuencia de codificacin de
PKHD1 sera responsable del fenotipo de la fibrosis heptica
congnita. Dentro del intervalo asignado 952 kb, hemos identificado
16 variantes no sinnimas (Tabla 1; Figura S1). Dos de ellos son muy
probablemente debido a errores marco de la jornada en la secuencia
de referencia del genoma como la RefSeq transcripcin ordenador
predicho (XM_001498967.4) contiene dos nucletidos adicionales en
comparacin con la referencia del genoma. Los restantes 14 no
sinnimo variantes eran todas las variantes de sentido errneo en el
gen PKHD1. Las 14 variantes no sinnimas eran homocigotos en el
caso secuenciado y heterocigotos en el portador obligado
secuenciado.

Por ltimo, comparamos los datos de secuencia del potro

afectado a todo el genoma secuencias de 28 Franches-Montagnes
no afectadas caballos y 18 caballos de otras razas diferentes
(Tabla S1). Todas las 14 variantes no sinnimas tambin
ocurrieron en caballos de control de otras razas, 12 de ellos an
en estado homocigoto. Dos de las 14 variantes no sinnimas slo
se encontraron en estado heterocigoto en los caballos de control.
Continuacin, se centr en estas dos variantes, PKHD1:
c.6112C.T y PKHD1: c.6845T.A, predijimos que causa la
p.H2038Y cambios no conservadores y p.I2282N en el nivel de

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

Figura 1. Fibrosis heptica congnita en caballos Franches-Montagnes. (A) se vea, 2 meses de edad potro. El potro era pequeo para su
edad y se muestra una barriga. (B) de hgado de color ampliada y gris del potro afectada con quistes macroscpicamente visibles. (C)
Imgenes histolgicas de tejido heptico de un potro con fibrosis heptica congnita. Nota del porto-portal fibrosis en puente marcado y las
abundantes conductillos biliares dilatados rodeados de algunas clulas inflamatorias en el tejido fibrtico (H & E, 400x). (D) Imagen
histolgica de tejido heptico de un potro no afectado. Tenga en cuenta los pequeos conductos biliares en las reas del portal y la
ausencia de fibrosis (H & E 400x).doi: 10.1371 / journal.pone.0110125.g001

protenas

(Figura S2). Validamos las variantes mediante

secuenciacin Sanger. Posteriormente se confirm que los cinco
potros afectados fueron homocigotos, mientras que sus padres fueron
heterocigotos en comparacin con la secuencia de referencia.
Determinamos los genotipos cohortes ms grandes para estas
variantes y notamos perfecto desequilibrio de unin entre las dos
variantes en ms de 300 caballos investigados. No fue posible
determinar el genotipo de forma fiable la variante c.6112C.T de

nuestras muestras fijadas con formalina y otra de ADN de baja

calidad y embebidas en parafina. Por lo tanto, a continuacin,

genotipo slo c.6845T.A en una gran cohorte de ms de 2.300

caballos. Se observ una asociacin perfecta fuerte, pero no entre
la variante c.6845T.A y el fenotipo heptica fibrosis congnita.
Hemos tenido 1 caso histopatolgicamente confirmado que llev
a la variante slo en estado heterocigoto y tenamos 3 caballos
Franches-Montagnes que eran homocigotos para la variante, pero
no mostr ningn sntoma clnico de hasta al

Figura 2. Pedigree de cinco caballos Franches-Montagnes con fibrosis heptica congnita. Los hombres estn representados por los
cuadrados, las hembras de los crculos. Los animales afectados se muestran con smbolos negros llenos, el ao de nacimiento se muestra
para todos los animales, y los nmeros de laboratorio FM se dan para animales de los que se dispona de ADN. El defecto gentico
causante fue probablemente transmite principalmente a la poblacin por el semental Elu naci en 1964. Todos los potros afectados son
endogmicos a este semental y le tanto como paterna y ancestro materno tener.
doi: 10.1371 / journal.pone.0110125.g002
PLOS UN | el www.plosone.org

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

Figura 3. Asignacin de la fibrosis heptica congnita en el cromosoma 20, con 5 casos y 12 controles. (A) de Manhattan trama del estudio
de asociacin allica de todo el genoma (GWAS). (B) Detalle de la regin asociada. Un nico SNP en la posicin 49643575 super el
umbral de significacin de todo el genoma. (C) la cartografa Homocigtica. Las barras azules representan regiones homocigotos con
alelos compartidos en los 5 potros afectados. El comn idntica por segmento de descenso entre los 5 animales afectados delinea un
intervalo crtico desde Chr20: 49,164,218-50,115,936. doi: 10.1371 / journal.pone.0110125.g003

Tabla de variantes 1. No sinnimo en el intervalo crtico con respecto al conjunto de referencia EquCab 2 de un
caballo Franches-Montagnes afectado.

Position on chr.
20

Reference
allele

Variant allele

Gene

Variant (cDNA)

Variant (protein)

49,398,500

PKHD1

c.10796G.A

p.R3599H

49,398,692

PKHD1

c.10604T.G

p.L3535R

49,597,760

PKHD1

c.6845T.A

p.I2282N

49,630,834

PKHD1

c.6112C.T

p.H2038Y

49,630,951

PKHD1

c.5995A.G

p.K1999E

49,709,730

PKHD1

c.4462T.G

p.A1488S

49,709,928

PKHD1

c.4264G.A

p.D1422N

49,710,356

PKHD1

c.3836C.G

p.A1279G

49,710,359

PKHD1

c.3833G.A

p.R1278Q

49,710,363

PKHD1

c.3829T.C

p.S1277P

49,710,468

PKHD1

c.3724G.A

p.E1242K

49,740,355

PKHD1

c.1811G.A

p.R604Q

49,741,254

PKHD1

c.1670G.A

p.R557Q

49,766,468

PKHD1

c.317A.G

p.E106G

50,077,556

GC

EFHC1

Probable error in the reference assembly

50,077,559

GC

EFHC1

Probable error in the reference assembly

doi:10.1371/journal.pone.0110125.t001

PLOS UN | el www.plosone.org

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

PLOS UN | el www.plosone.org

Franches-Montagnes population controls

19

doi:10.1371/journal.pone.0110125.t002

1564

173
Affected Franches-Montagnes foals
$FranchesMontagnescontrols(5years)

1439

Total
This
was slaughtered
one
before
a horse
allyear
b This table summarizes a subset of horses

175
7 b

135
1304

of age and the

phenotype
must be considered as unknown.
that were analyzed. In this table we list only those horses for which the genotypes at both variants were available.

217

250
1488
23
295

1
1a
30

142
1346
3
1a
35
259

CT
3
CC
Total

20

TT

AT
1

AA
19

intronic

g.49,552,834
C
T.
g.49,597,760A T.
c.6845T A.

PKHD1 variants.
2 strongly
associated
of
Table 2.
Genotypedistribution

menos una edad de 6 aos (Cuadro 2). Basado en el desequilibrio de

ligamiento observado perfecta entre c.6112C.T y c.6845T.A, se
especula que la variante c.6112C.T mostrara el mismo o un resultado
asociacin altamente similares (Tabla S2). Tambin nos encontramos
con un nuevo potro del bosque que se homocigotos para ambas
variantes y no comunicados a mostrar signos de enfermedad heptica.
Como no se encontr ninguna variante no sinnimo de asociacin
perfecta entonces tambin investig todas las dems variantes en el
intervalo crtico. El potro afectado secuenciado lleva a un total de
2.048 homocigotos variantes de secuencia en comparacin con el
genoma de referencia (incluyendo las 16 variantes no sinnimas de la
Tabla 1). El portador obligado secuenciado era heterocigoto para 471
de ellos. Excluyendo variantes que eran homocigticos en cualquiera
de los genomas de control 46 reducen an ms la lista a 64 variantes
(Tabla S2). Slo una de estas 64 variantes era exclusivamente
presentes en caballos Franches-Montagnes. Esta variante, una nica
transicin de base, se encuentra en el medio de un intrn de PKHD1
ms de 4 kb de distancia desde el siguiente lmite de exn. El
genotipo de esta variante en una gran cohorte de caballos y
encontramos 3 casos, que no eran homocigotos para esta variante en
comparacin con slo 1 de las dos variantes PKHD1 no sinnimos
(Tabla 2).
Como la secuencia de referencia del genoma del caballo contiene
tres lagunas en el gen PKHD1 amplificado estas regiones mediante
PCR y se analizaron los productos obtenidos por secuenciacin de
Sanger. La comparacin de los datos de los caballos afectados y no
afectados no revel ninguna indicacin de variantes adicionales
situadas en estas regiones.
RNA-seq y la transcripcin de RT-PCR anlisis en el
hgado
A continuacin, hemos probado si una variante no codificante o
una variante en un exn del gen desconocido PKHD1 pueden ser
responsables de la enfermedad. Por lo tanto, se realiz un
experimento RNA-seq utilizando ARN de hgado de un afectado y un
caballo de control. Hemos mapeado las lecturas para el genoma de
referencia y produjo una anotacin de genes del gen PKHD1 equina
(Tabla S3). Para la numeracin de los exones en el genoma del
caballo se utiliz la transcripcin humano isoforma PKHD1 1 como
referencia, que se deriva de 67 exones en el genoma humano. Todos
menos uno de los 67 exones humanos tambin estuvieron presentes
en el caballo. El exn 42 humano estaba ausente en los datos de
RNA-seq hgado equino y podra tambin no ser amplificado por RTPCR.
Estamos, adems, identificaron los empalmados lecturas indicando la
presencia de 9 exones previamente desconocidas en el caballo (Tabla
S3). No enfermedad asociada variante de la secuencia se encuentra
dentro de estos exones PKHD1 recientemente identificados. Todos
los exones PKHD1 especficos 75 caballos fueron transcritas en tanto,
el afectado y el control de los animales. No nos asignamos los exones
identificados recientemente a diferentes transcripciones PKHD1
como el gen PKHD1 obviamente codifica una variedad de variantes
de corte y empalme alternativos [5]. Tambin amplificado
aproximadamente 90% de la secuencia de codificacin de PKHD1
como la superposicin de los productos de RT-PCR a partir de ARN
de hgado de la caja y el control. La posterior secuenciacin de
Sanger de estos productos de RT-PCR confirm los resultados
obtenidos por la RNA-seq y no indica ningn defecto estructural en la
transcripcin PKHD1 del caballo afectado.
La cuatificacin y transcripcin especfica del alelo en
una portadora obligada
Ya que no pudimos identificar un perfectamente asociado variante no
sinnimo que investig si las transcripciones PKHD1 del alelo
asociado a la enfermedad y el alelo de tipo salvaje estaban presentes
en cantidades iguales en una portadora obligada. Se obtuvo una
biopsia de hgado a partir de un portador obligado y se compararon
las proporciones entre los dos alelos de ADN genmico y de cDNA
obtenido por RT-PCR a partir de ARN de hgado. Este experimento
confirm la presencia de cantidades aproximadamente iguales
demandante transcripciones de ambos alelos (Figura 4).

TT
17

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

Figura 4. cuantificacin alelo-especfica de las transcripciones PKHD1.

Hemos secuenciado un producto de PCR derivados de ADN genmico
y un producto de RT-PCR derivado de ARN de hgado de un semental
heterocigticos, que ya haba engendrado un potro afectado y era, por
tanto, considera una portadora obligada de la enfermedad causante de
la variante. Los electroferogramas muestran proporciones comparables
de ambos alelos en el ADN genmico y cDNA. Esto indica que ambos
alelos se transcriben en niveles similares y que no hay descomposicin
mediada por el antisentido de la transcripcin derivada de la A-alelo
asociado a la enfermedad.
doi: 10.1371 / journal.pone.0110125.g004

Discusin.
A pesar del mapeo exitoso del lugar geomtrico para fibrosis
heptica congnita en caballos de Franches-Montagnes para una
regin del contenido genmico un gene funcional plausible del
candidato no podramos identificar una variante de secuencia
perfectamente asociada.
Si el fenotipo en estos caballos es de hecho causado por un defecto
en el gen PKHD1, podra ser o bien una variante no sinnimo de
afectar directamente a la funcin de la protena o una variante
reguladora de la expresin de genes que afecta no codificante. Hemos
sistemticamente-ATED evala todas las variantes no sinnimas y
encontraron dos variantes fuertemente asociados, pero para estas dos
variantes encontramos raros caballos no afectados que tambin eran
homocigotos para estas variantes. Debido a la fuerte asociacin de la
variante c.6845T.A se utiliza actualmente en la seleccin asistida por
marcadores para las decisiones de cra. Aprox-madamente el 14% de
la poblacin actual Franches-Montagnes son heterocigotos para esta
variante y apareamientos entre animales heterocigotos estn
actualmente prohibidos. Tiene que ser advertido que no se conocen
todos los exones del gen PKHD1, pero evalu regiones por lo menos
todas transcritas que podramos identificar despus de un experimento
RNA-seq a partir de ARN de hgado.
Tambin tratamos de investigar sistemticamente todas las variantes
no codificantes en el intervalo crtico, que por supuesto es difcil
debido al tamao de la regin investigada y una imperfecta genoma
de referencia equina. Nuestros datos sostienen con mucha fuerza
contra una variante causal reguladora por dos razones: Por un lado, no
encontramos las variantes que eran ms fuertes asociados de las dos
variantes no sinnimas. Slo se encontr una variante intrnica con
fuerte asociacin, que tambin fue privado de la raza FranchesMontagnes. Sin embargo, esta variante era heterocigota en 2 de
nuestros casos, que eran homocigotos para tanto de las variantes no
sinnimas. Esto sugiere que esta variante intrnica se origin muy
recientemente por un evento de mutacin de la enfermedad haplotipo
PLOS UN | el www.plosone.org

asociado despus de que adquiri la mutacin causante de la

enfermedad. Por otro lado el anlisis cuantitativo de las
transcripciones de PKD1 especficos de alelo de un animal portador
heterocigoto no mostr grandes diferencias en la cantidad de PKHD1
mRNA, ya sea del tipo salvaje o el alelo asociado a la enfermedad,
que tambin sostiene firmemente contra un regulador de la
transcripcin variante que afecta.
Estos resultados ponen de relieve que la fibrosis heptica congnita
en los caballos Franches-Montagnes probablemente no hereda de
modo autosmico recesivo estrictamente monognica con penetrancia
completa. Posiblemente una o ambas de las variantes de la secuencia
sin sentido asociadas son patgenas, pero no totalmente penetrante,
por ejemplo, debido a las interacciones epistticas desconocidos en el
genoma.
Entre los ms de 2.300 caballos probados slo encontramos 5
caballos, que llevan a las variantes potencialmente patgenas en
estado homocigoto y no estaban claramente afectados. Uno de estos
caballos era un potro Franches-Montagnes en una cohorte
prospectiva. Se examin cuidadosamente y repetidamente por
especialistas clnicos hasta la edad de 6 meses sin ningn signo de
enfermedad. Un ultrasonido del hgado a la edad de 6 meses fue
completamente normal. Se pidi a los propietarios a reportar
cualquier cambio en el estado de salud a nosotros inmediatamente.
Sin embargo, cuando queramos volver a examinar este potro a los 12
meses de edad, los propietarios nos dijeron que tenan que masacr en
el nterin. Sospechamos que este caballo fue afectado con una
aparicin muy tarda de la enfermedad o que la enfermedad fue
suprimida por el gen modificador hipottica (s). Los cuatro caballos
discrepantes restantes eran 3 adultos caballos Franches-Montagnes y
un adulto nuevo potro del bosque, donde los propietarios no
informaron signos clnicos manifiestos. Especulamos que la
enfermedad heptica en estos caballos de nuevo ha sido suprimida por
el gen modificador hipottico (s).

Finalmente, tuvimos una potro Franches-Montagnes que tena

los sntomas clnicos tpicos de la fibrosis heptica congnita,
pero lleva slo una copia del haplotipo enfermedad asociada.
Creemos que este caballo podra haber adquirido una segunda
mutacin patognica independiente en el otro alelo PKHD1. Sin
embargo, por desgracia, el ADN de este animal era de calidad
insuficiente para todo un experimento de secuenciacin del
genoma y, por tanto, no hemos podido confirmar esta hiptesis.
En conclusin, este estudio proporciona un modelo animal
grande de origen natural para el subtipo restringido el hgado de
ARPKD humana. El fenotipo caballo est fuertemente asociado
con variantes en el gen PKHD1. Este estudio pone de manifiesto
que la identificacin de mutaciones causantes de rasgos
mendelianos sigue siendo una tarea difcil, si las variantes
subyacentes se encuentran en los genes no codificantes regiones o
mal anotados. La imperfecta correlacin genotipo-fenotipo
posiblemente sugiere la presencia de genes modificadores
adicionales. El conocimiento de la enfermedad vinculada SNPs
permite la seleccin indirecta hacia la erradicacin de la
enfermedad de la raza de caballos Franches-Montagnes.
Materiales y Mtodos.
Declaracin de tica
Todo animal de trabajo se ha realizado de acuerdo con las
directrices nacionales para el bienestar animal. La coleccin de la
biopsia del hgado de un caballo no afectado fue aprobado por el
cantn de Berna (nmero de permiso BE114 / 12). La recoleccin de
muestras de sangre de los caballos afectados no fue aprobado por el
cantn de Vaud (permitir no. 2227). Muestras de sangre de los
caballos CLF afectados fueron tomadas con fines de diagnstico. Las
muestras de hgado de caballos CLF afectados fueron tomadas post
mortem. As, la recogida de muestras de los caballos afectados CLF
no constitua un experimento con animales y no necesitarn
autorizacin adicional. Todas las muestras fueron tomadas con el
consentimiento de los propietarios o se presentaron voluntariamente
por los propietarios con fines de diagnstico. Caballos afectados CLF
fueron masacrados o bien (matadero Thun), sacrificados por razones
Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

humanitarias, o murieron a consecuencia de su enfermedad. Ningn

animal fue sacrificado para este estudio.
El protocolo para la eutanasia de CLF afectados potros
involucrados sedacin de la yegua por inyeccin intravenosa de 1 mg
/ kg de xilazina, si el potro era todava con la yegua. Posteriormente,
un catter intravenoso se situ en la vena yugular del potro con
anestesia de lidocana en el sitio de colocacin. A continuacin, el
potro fue sedado mediante inyeccin de 1 mg / kg de xilazina en el
catter. Aproximadamente 5 minutos despus de la inyeccin de la
sedacin, la yegua se separ de la potro y el potro afectado CLF fue
sometido a eutanasia por inyeccin de 90 mg / kg de pentobarbital en
el catter.
Seleccin Animal
Un total de 2,123 caballos Franches-Montagnes fueron investigados
en este estudio. Estos incluyeron un total de 25 casos afectados con
fibrosis heptica congnita y al menos algo de ADN para el anlisis
gentico disponible. Las muestras de los casos se recogieron en un
perodo de 30 aos (1984-2013), e incluyen por ejemplo, en parafina
hgado muestras de tejidos animales fijado en formol de los anlisis
histopatolgicos de casos antiguos.
Nuestra cohorte incluy a 2.098 caballos Franches-Montagnes que
consideramos como caballos de control no afectados. stos
incluyeron 173 Franches-Montagnes sanos mayores de 5 aos con
ningn reporte de la enfermedad heptica, hasta el punto de muestreo
de tiempo. El otro 1925 Franches-Montagnes eran o menor de 5 aos,
o ninguna informacin sobre el estado de su edad o salud estaba
disponible.
Utilizamos adicionalmente 234 caballos no afectados de los
genticamente diversas razas de caballos (Tabla S1, el cuadro S2).
Aislamiento del ADN y genotipado de SNP
Se aisl el ADN genmico de EDTA muestras de sangre y tejidos con
el kit Nucleon Bacc2 (GE Healthcare). El aislamiento de ADN
genmico de muestras de tejido embebidas en parafina se llev a cabo
usando el kit de DNeasyBlood y Tissue (QIAGEN) combinar el
protocolo para el tratamiento previo de tejido embebido en parafina y
el protocolo de spin-columna para la purificacin de ADN total a
partir de tejido animal como se recomienda por el fabricante. El ADN
de 5 casos recientes con buena calidad del ADN y 12 controles se
genotipo por GeneSeek con el EquineSNP70 Genotipado BeadChip
(iluminacin), incluyendo 65.157 SNPs distribuidos uniformemente.

Asociacin de todo el genoma y la cartografa homocigtica

Utilizamos v1.07 PLINK [19] para realizar anlisis-Asociacin
de todo el genoma completo (GWAS). Los 5 casos y 12 controles
que se utilizan para el anlisis tenan llamar tasas 0,90%. Hemos
eliminado los marcadores con tarifas de llamadas, 90% y con
menor frecuencia alelo (MAF), 5%. Todos los marcadores
restantes se encontraban en equilibrio de Hardy-Weinberg
(p.1025). El ltimo conjunto de datos constaba de 17 caballos y
38 394 SNPs. Se realiz un estudio de asociacin allica y
determinamos un umbral de significacin emprica mediante la
realizacin de 100.000 permutaciones del conjunto de datos con
fenotipos asignados arbitrariamente.
Se analizaron las regiones de la homocigosis compartida entre
los 5 casos en el cromosoma 20 mediante inspeccin visual de los
genotipos en un archivo-Excel. Tambin se realiz una bsqueda
homocigosis con PLINK v1.07 utilizando los siguientes
parmetros: -homocigotos grupo de homocigotos -homocigotos
kb 500 -homocigotos-SNP 25 -homocigotos-partido 0.95 homocigotos-het 1. La regin homocigotos en el cromosoma 20
fue la nica regin en la totalidad del genoma que cumplieron con
los criterios de bsqueda usando estos parmetros.
Todo el genoma re-secuenciacin

Preparamos las bibliotecas de fragmentos con un tamao de

inserto de 200 pb-300 pb y recogimos un carril de Illumina
HiSeq2000 extremo emparejado
lee (26100 bp) por genoma. Archivos FASTQ fueron creados
usando Casava 1.8. Se obtuvieron un total de 234 536 171
(caballo afectado) y 568567625 (portador) de extremo
emparejado lee que despus se correlaciona con el genoma de
PLOS UN | el www.plosone.org

referencia caballo Amplio / equCab2.0 y alineado usando

Burrows-Wheeler alineador (BWA), versin 0.5.9-R16 [20] con
la configuracin predeterminada. El mapeo mostraron
204.062.157 y 517.388.289 lee tenido posiciones cartogrficas
nicas que revelan ms o menos una cobertura de 7.55x y 19.1x,
respectivamente. El archivo SAM generada por BWA luego se
convirti en BAM y la lee ordenadas segn cromosomas
utilizando samtools (http: //. Samtools sourceforge.net/).
Duplicados de PCR fueron marcados usando herramientas Picard
(http://sourceforge.net/projects/picard/). Se utiliz el Kit de
Herramientas de Anlisis Genmico (GATK versin 2.4.9, [21])
para realizar reajuste local y para producir archivos BAM
limpiadas. Llamadas Variante Despus se hicieron con el mdulo
genotipo unificada de GATK. Tambin se realiz una inspeccin
visual de la alineacin lee en la genmica espectador integradora
(IGV, [22]) para buscar grandes variantes estructurales. Sin
embargo, este anlisis no indic ninguna variacin estructural
dentro del intervalo crtico.
Los datos de variantes para cada muestra se obtuvo en formato
variante llamada (versin 4.0) como las llamadas primas para
todas las muestras y sitios recompensadas con el mdulo variante
filtracin de GATK. Filtracin Variante se realiz siguiendo
mejor documentacin prctica de GATK versin 4. El software
snpEFF [23], junto con la amplia / equCab2.0 anotacin Ensembl
versin 2.69 se utiliz para predecir los efectos funcionales de
variantes detectadas.
Secuencia de RNA
Se aislaron ARN total de hgado de un afectado y un caballo no
afectado y preparamos dos bibliotecas de fragmentos con 350 pb
tamao de inserto siguientes de Illumina TruSeq ARNm Muestra
Gua de preparacin y medio recogido de un carril de Illumina
HiSeq2000 extremo emparejado lecturas (26100 pb) por biblioteca
obtencin 152265046 (caballo afectado) y 121 033 908 etiquetas
(caballo no afectado). Hemos trazado las lecturas a la referencia del
genoma del caballo (Broad / equCab2.0) utilizando el programa
TopHat2 empalmados alineacin con los parmetros por defecto [24].
Se realiz Leer conteo y la expresin diferencial de genes anlisis
utilizando software Gemelos 2.0 [25].
RT-PCR
Utilizando las mismas muestras de ARN de hgado descritos
anteriormente tambin amplifica el ADNc PKHD1 desde la posicin
252 a 10.706 como una serie de 9 superposicin de los productos de
RT-PCR
usando
SuperscriptII
(Life
Technologies)
y
AmpliTaqGold360 Mastermix (Life Tech-tecnologas) segn las
recomendaciones del fabricante. Una transcripcin que contiene la
secuencia completa de codificacin PKHD1 equina se ensambla a
partir de los datos de RNA-seq y secuencias de Sanger derivados de
los productos de RT-PCR (Figura S3).
Secuencia de Sanger

Las variantes asociadas se genotipo por la re-secuenciacin de los

productos de PCR especficos utilizando tecnologa de
secuenciacin de Sanger. Los productos de PCR fueron
amplificados utilizando AmpliTaqGold360 Mastermix (Life
Technologies) y los productos fueron secuenciados directamente
en un ABI 3730 secuenciador capilar (Life Technologies) despus
del tratamiento con exonucleasa I y fosfatasa alcalina de gamba.
Secuencia de los datos se analizaron con Sequencher 5,1
(GeneCodes).
Informacin de apoyo
Figure S1 Alignment of the human PKHD1 protein (NP_619639.3) to
the equine PKHD1 protein derived from a non-affected horse
(translated from the sequence given in Figure S3).

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125

Equine Liver Fibrosis Associated to PKHD1 Variants

(DOCX)
Figura S2 Conservacin del residuo histidina en la posicin 2038 y el
residuo isoleucina en la posicin 2282 en la protena PKHD1.

Tabla S3 Equina PKHD1 anotacin.

(DOCX)

Agradecimientos

Figura S3 Secuencia de una transcripcin PKD1 equina predicho, que

fue montado a partir de productos de RT-PCR secuenciado Sanger y
datos de RNA-seq. Esta secuencia de mRNA ensamblado se deriva de
diferentes caballos y no se parece necesariamente un haplotipo
contigua.

Los autores desean agradecer a Miche`le Ackermann, Brigitta Colomb, y

Muriel Fragnie`re por su excelente asistencia tcnica. Los estudiantes de
pregrado Nathalie Albrecht, Sarah Gerber, y Arle`ne Marchand son
reconocidos por ayuda con la adquisicin de muestras y genotipado.
Estamos muy agradecidos a Nadina Ortiz Bruchle para discusiones
crticas y comentarios tiles. La plataforma de secuenciacin de prxima
generacin de la Universidad de Berna es reconocido por la realizacin de
experimentos de secuenciacin de Illumina y la TI-Vital centro de
computacin de alto rendimiento del Instituto Suizo de Bioinformtica
para realizar tareas computacionalmente intensivas (http: // www.vitalit.ch /).

(TXT)
Tabla S1 Caballos utilizados para la secuenciacin del genoma.

(DOCX)
Tabla S2 genotipos de 64 variantes en el intervalo crtico, que eran
homocigotos variante en el genoma se-extingui de un potro afectado
Franches-Montagnes y, o bien de tipo salvaje homocigotos o
heterocigotos en las secuencias del genoma de 29-lun-tagnes
Franches no afectadas caballos y 18 caballos no afectado de otras
razas.

(XLSX)

Contribuciones de los autores

Concebido y diseado los experimentos: VG SR CD TL. Realizado los
experimentos: MD VJ MMW CG. Analizados los datos: MD VJ MMW
CG CD TL. Aportados reactivos / materiales / herramientas de anlisis:
RS DB HS-H P-AP SK RVN JT GT. Contribuy a la redaccin del
manuscrito: MD VJ CG TL.

(DOCX)

Referencias
1. Harris PC, Torres VE (2009) Polycystic kidney disease. Annu Rev Med 60:
321 337.
2. Adeva M, El-Youssef M, Rossetti S, Kamath PS, Kubly V, et al. (2006) Clinical and
molecular characterization defines a broadened spectrum of autosomal recessive
polycystic kidney disease (ARPKD). Medicine (Baltimore) 85: 121.

3. Gunay-Aygun M (2009) Liver and kidney disease in ciliopathies. Am J Med

Genet C Semin Med Genet 151C: 296306.
4. Zhang MZ, Mai W, Li C, Cho SY, Hao C, et al. (2004) PKHD1 protein
encoded by the gene for autosomal recessive polycystic kidney disease
associates with basal bodies and primary cilia in renal epithelial cells. Proc Natl
Acad Sci U S A 101: 23112316.
5. Onuchic LF, Furu L, Nagasawa Y, Hou X, Eggermann T, et al. (2002) PKHD1,
the polycystic kidney and hepatic disease 1 gene, encodes a novel large protein
containing multiple immunoglobulin-like plexin-transcription-factor domains
and parallel beta-helix 1 repeats. Am J Hum Genet 70: 13051317.
6. Ward CJ, Hogan MC, Rossetti S, Walker D, Sneddon T, et al. (2002) The gene
mutated in autosomal recessive polycystic kidney disease encodes a large,
receptor-like protein. Nat Genet 30: 259269.
7. Nagao S, Kugita M, Yoshihara D, Yamaguchi T (2012) Animal models for
human polycystic kidney disease. Exp Anim 61: 477488.
8. Sanzen T, Harada K, Yasoshima M, Kawamura Y, Ishibashi M, Nakanuma Y
(2001) Polycystic kidney rat is a novel animal model of Carolis disease
associated with congenital hepatic fibrosis. Am J Pathol 158: 16051612.
9. Moser M, Matthiesen S, Kirfel J, Schorle H, Bergmann C, et al. (2005) A
mouse model for cystic biliary dysgenesis in autosomal recessive polycystic
kidney disease (ARPKD). Hepatology 41: 11131121.
10. Gallagher AR, Esquivel EL, Briere TS, Tian X, Mitobe M, et al. (2008) Biliary
and pancreatic dysgenesis in mice harboring a mutation in Pkhd1. Am J Pathol
172: 417429.
11. Wallace S, Blanchard T, Rabin L, Dick E, Allan J, et al. (2009) Ductal plate
malformation in a nonhuman primate. Vet Pathol 46: 8487.
12. Bourque AC, Fuentealba IC, Bildfell R, Daoust PY, Hanna P (2001) Congenital
hepatic fibrosis in calves. Can Vet J 42: 145146.
13. Yoshikawa H, Fukuda T, Oyamada T, Yoshikawa T (2002) Congenital hepatic
fibrosis in a newborn calf. Vet Pathol 39: 143145.

PLOS UN | el www.plosone.org

14. Zandvliet MM, Szatmari V, van den Ingh T, Rothuizen J (2005) Acquired
portosystemic shunting in 2 cats secondary to congenital hepatic fibrosis. J Vet
Intern Med 19: 765767.
15. Brown DL, Van Winkle T, Cecere T, Rushton S, Brachelente C, et al. (2010)
Congenital hepatic fibrosis in 5 dogs. Vet Pathol 47: 102107.
16. Stocker H, Kaser-Hotz B, Lischer C, Zahn I, Ehrensperger F (1996) Congenital
bile duct cysts and liver fibrosis in a foal. Tierarztl Prax 24: 4447.
17. Straub R, Herholz C, Tschudi P. Gerber V, von Tscharner C, et al. (2003)
Intrahepatische Gallengangszysten (Caroli-Erkrankung) und Leberfibrose beim
Freiberger Fohlen. Tierarztl Prax 31: 162165.
18. Haechler S, Van den Ingh TS, Rogivue C, Ehrensperger F, Welle M (2000)
Congenital hepatic fibrosis and cystic bile duct formation in Swiss Freiberger
horses. Vet Pathol 37: 669671.
19. Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, et al. (2007)
PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage
analysis. Am J Hum Genet 81: 559575.
20. Li H, Durbin R (2009) Fast and accurate short read alignment with BurrowsWheeler transform. Bioinformatics 25: 17541760. doi:10.1093/bioinformatics/
btp324.
21. McKenna A, Hanna M, Banks E, Sivachenko A, Cibulskis K, et al. (2010) The
genome analysis toolkit: a MapReduce framework for analyzing nextgeneration DNA sequencing data. Genome Res 20: 12971303.
22. Thorvaldsdottir H, Robinson JT, Mesirov JP (2013) Integrative Genomics
Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration.
Brief Bioinform 14: 178192.
23. Cingolani P, Platts A, Coon M, Nguyen T, Wang L, et al. (2012) A program for
annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms,
SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso2; iso-3. Fly 6: 8092.
24. Kim D, Pertea G, Trapnell C, Pimentel H, Kelley R, et al. (2013) TopHat2:
accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and
gene fusions. Genome Biol 14: R36.
25. Trapnell C, Roberts A, Goff L, Pertea G, Kim D, et al. (2012) Differential gene
and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and
Cufflinks. Nat Protoc 7: 562578.

Octubre 2014 | el Volumen 9 | el Asunto 10 | e110125