Anteproyecto de investigacin.

Realidad virtual y sus aplicaciones

Programacin

para

secuenciadores

investigacin cientfica en el pas.

CONTENIDO

de

ADN

que

potencialicen

la

Objetivo...3

Justificacin......4

Marco terico..5

Hiptesis.16

Metodologa...16

Bibliografas...18

Objetivos
General
Analizar, disear e implementar un programa de computadora verstil para
potenciar y optimizar los servicios de secuenciacin de genomas y a su vez la
investigacin biotecnolgica del pas.

Especficos
-Identificar, analizar y documentar la forma en que funciona el software de
secuenciacin de genomas.
-Elaborar un programa que ayude a la obtencin de un genoma virtual, y que con
la aplicacin de ingeniera gentica, se proyecte un organismo vivo virtual y
consiente en capacidades y sujeto a modificaciones vial ordenador, o sea, un
individuo virtual que se encuentre almacenado en conciencia dentro del ordenador
y est en funcin del genoma a modificar, o sea, sujeto a modificacin gentica
con la finalidad de perpetuar su conciencia, obteniendo mejoras a padecimientos
o enfermedades con plena visualizacin del genoma y la entidad, para la
obtencin de datos tiles materia de investigacin.
-Implementar dispositivos nanotecnolgicos de secuenciacin y el software en
cuestin para mejorar la investigacin cientfica en el pas.

Justificacin

La ciencia ha servido para fines militares, mdicos, educativos, etc. La realidad

virtual comprende la interface hombre-mquina (human-machine), que permite al
usuario sumergirse en una simulacin grfica 3D generada por ordenador, y
navegar e interactuar en ella en tiempo real, desde una perspectiva centrada en el
usuario.
La

interactividad

es

la

capacidad

de

interaccin

hombre-mquina,

el

establecimiento de un dilogo para dar y recibir informaciones de forma grfica en

la pantalla de visualizacin, basada en la interaccin humana y en una forma
concreta de la misma, la comunicacin. (MARTINEZ, 2011)
Estos elementos tecnolgicos representan herramientas tiles e importantes para
la obtencin de avances cientficos en pro de la mejora continua en la vida de los
individuos.
En la actualidad se pueden implementar estos conceptos en la prctica para la
obtencin de mejoras concretas en el campo de la gentica, el acido
desoxirribonucleico representa la materia prima de los organismos vivos
orgnicos, este se localiza en el interior de la clula, en el cromosoma que es el
responsable de su duplicacin. Este descubrimiento abri un extenso campo de
investigacin

ya

que

se

determin que existen 4 bases

qumicas nitrogenadas que se
aparean entre s para formar la
cadena de ADN que se refiere a
las caractersticas especficas de

un

ser vivo.

Bajo este descubrimiento, se implementan entonces tcnicas de secuenciacin de

ADN mediante maquinas que tienen sistemas de deteccin a nivel nanomtrico
para obtener datos concretos de cul es la base nitrogenada contenida en cierto
4

organismo y as realizar una secuenciacin de todas las bases para obtener el

genoma completo.
La secuenciacin de ADN es una herramienta til para la deteccin la correccin
de enfermedades que la medicina convencional no puede tratar, para la mejora de
especies animales y vegetales que tiene como finalidad mejorar la calidad
alimenticia del ser humano, en resumen para la produccin de vida en estricto
apego a la legalidad.
La implementacin de programas computacionales de esta ndole es costosa y
complicada. Ya que el pas requiere de desarrollo tecnolgico en este rubro, se
plantea la creacin de aplicaciones que faciliten el uso de ese tipo de tecnologas
para facilitar y servir a la investigacin cientfica de la nacin, reduciendo costos y
tiempos y aumentando la productividad econmica.

Marco terico
INDICE

1.- INTRODUCCION A LA SECUENCIACION

2.- ANTECEDENTES
2.1.- EL MTODO DE DEGRADACIN QUMICA
2.2.- EL MTODO ENZIMTICO
2.3.- LA TCNICA DE PCR Y SU RELEVANCIA EN LA SECUENCIACIN DE
ADN
3.-SOFTWARE
3.1 FUNDAMENTOS
5

3.2-SOFTWARE DE SECUECIACION
3.3-EJEMPLOS
3.3.1.- SOFTWARE LIBRE
4.- HARDWARE

1 Introduccin a la secuenciacin de cidos nucleicos

Inicialmente, se pensaba que la secuenciacin de los cidos nucleicos era mucho
ms difcil que la de las protenas, y muy poco progreso se hizo hasta 1960. Esto
se debi, en parte, a la falta de substratos puros del tamao adecuado, con los
cuales desarrollar los mtodos y en parte, a la composicin de los cidos
nucleicos. Se esperaba que la interpretacin de los resultados de la secuenciacin
de los cidos nucleicos (cuatro monmeros) fuera ms difcil que el de las
protenas (20 aminocidos), y se tendran que aislar productos de degradacin
ms grandes para poder traslaparlos y deducir sus secuencias.
Por otro lado, el hecho de tener cuatro componentes solamente, se pensaba, hara
ms fciles los analices finales. Al inicio, la dificultad predominante fue la
interpretacin de los resultados, pero a medida que las tcnicas se fueron
mejorando y que se fueron estudiando molculas ms largas, la cuestin del
anlisis empez a ser ms importante. Hoy, la secuenciacin de cidos nucleicos
es ms rpida y simple que la secuenciacin de protenas. La estrategia bsica de
la secuenciacin de cidos nucleicos es idntica
a la que se utiliza en la secuenciacin de protenas. sta involucra:
1.- La degradacin especfica y el fraccionamiento de los poli nucletidos de
inters a fragmentos suficientemente pequeos para ser secuenciados.
2.- La secuenciacin de los fragmentos pequeos.

3.- El ordenamiento de los fragmentos a travs de la repeticin de los pasos

anteriores, usando un procedimiento de degradacin que produce una serie de
fragmentos de poli nucletidos que traslapan el punto de corte en la primera serie.

2 Antecedentes
El primer cido nucleico en ser secuenciado fue el tARNAla de levadura. La
secuencia de este nucletido de 76 bases fue realizada por Holley y colaboradores
en siete aos (Stewart y Letham, 1977). Ellos usaron mtodos de secuenciacin
similares a los que se usaban para secuenciar protenas; la hidrlisis parcial con
enzimas y el fraccionamiento de los productos en columnas de intercambio inico.
El grupo de Holley introdujo el uso de la ribonucleasa T1 (de Aspergillus oryzae),
la cual corta ARN despus de residuos de guanina y de la ribonucleasa
pancretica A, que corta despus de residuos pirimdinicos. Poco despus,
Frederick Sanger y sus colaboradores dirigieron sus esfuerzos para desarrollar
tcnicas de fraccionamiento ms rpidas y simples, las cuales permitieron la
secuenciacin de ARN y luego de ADN. El grupo de Sanger marc el ARN con
32P, y pudo detectarlo mediante auto radiografas. Adems, introdujeron un
mtodo ms sencillo para fraccionar los oligonucletidos. Una tcnica de
separacin bidimensional, con electroforesis en acetato de celulosa, seguido de la
electroforesis de intercambio inico en papel. Siguiendo este enfoque general, el
grupo de Sanger desarrollo varios mtodos para estudiar los nucletidos aislados
(Sanger, 1988).
Uno de los mtodos consista en someter a los oligonucletidos digeridos con la
ribonucleasa T1, a una digestin parcial con una exonucleasa 5 y correr los
productos en una electroforesis sobre papel de dietilaminoetil (DEAE)-celulosa a
pH 1.9. La degradacin secuencial del extremo 5 da una mezcla de fragmentos,
en donde todos tienen el mismo extremo 3 pero difieren en sus extremos 5. En la
electroforesis los fragmentos se ordenan por tamao, y de la posicin relativa de
7

dos bandas adyacentes es posible identificar la naturaleza de los nucletidos, por

los cuales ellos difieren. Otro mtodo exitoso fue la tcnica correra de puntos
(wandering spot). Se desarroll un sistema bidimensional en el que primero se
digera con una exonucleasa y los fragmentos obtenidos se ordenaban de acuerdo
a su tamao, de tal manera que cada punto difera del punto siguiente por un
nucletido. El sistema fue arreglado para que las posiciones relativas de dos
puntos vecinos dependieran de los nucletidos por los cuales diferan. El mtodo
fue extendido para usarse con digestiones ms complejas, pero no fue posible
distinguir la A de la G con absoluta certidumbre. Con estos mtodos, se secuenci
el ARN ribosomal 5S de 120 residuos (Sanger, 1988). El arte de secuenciar ARN
por ests tcnicas alcanz su cenit en 1976, con la secuenciacin del genoma de
3,569 nucletidos del bacterifago MS2 por Walter Fiers. El principal problema con
la secuenciacin del ADN era su talla muy larga; el ADN ms pequeo que se
encontraba disponible era el de genomas de bacterifagos de cadena simple, de
cerca de 5000 nucletidos, como el X174. Y stos eran muy largos para poder
secuenciarlos con los mtodos que existan hasta ese momento. Otra dificultad
era la falta de enzimas de restriccin adecuadas. No exista una enzima con una
especificidad anloga a la de la ribonucleasa T1 para el ADN.
Alrededor de 1973, se usaron tcnicas similares a las empleadas con el ARN para
secuenciar ADN, y se pudieron determinar unas pocas secuencias de unos 50
residuos. Sin embargo, los mtodos eran lentos y laboriosos, y result obvio que si
se iban a atacar secuencias vastas de materiales genticos, se necesitaba un
nuevo enfoque. Una alternativa a la hidrlisis parcial fue usar tcnicas de copiado
enzimtico

para

la

secuenciacin. C.

Weissmann

y sus colaboradores

descubrieron que el bacterifago Q tiene una ARN polimerasa que copia su propio
ARN y desarrollaron tcnicas para marcar el ARN y deducir su secuencia.
Hasta el momento, Sanger y su grupo haban obtenido en sus experimentos ADN
altamente marcado, usando el substrato radioactivo con una actividad especfica
alta y en bajas concentraciones. Ellos observaron que cuando usaban 32P-ATP,
los productos de ADN formados se terminaban antes de que se incorporara una A.
8

Debido, presumiblemente, a que a la enzima le faltaba ATP. Esto les sugiri un

nuevo enfoque para secuenciar ADN. Si uno puede producir una mezcla de
fragmentos con el mismo extremo 5 (que corresponde al extremo 5 del iniciador)
y terminarlos en posiciones 3 correspondientes a las As, la determinacin de los
tamaos relativos de todos esos fragmentos debera producir una medida de la
posicin relativa de las As. Esto, combinado con datos similares de los otros tres
nucletidos, es todo lo que uno necesita para la determinacin completa de una
secuencia. Paralelamente, se estudiaron otros mtodos de fraccionamiento, y la
electroforesis en gel de acrilamida resulto ser la ms eficiente. Con esta tcnica se
pudieron separar nucletidos de hasta 250 residuos de acuerdo a su tamao. En
el gel, los fragmentos ms pequeos migran ms rpido que los ms grandes, y
cada uno puede ser separado de sus vecinos, los cuales difieren en tamao slo
por un nucletido. Despus de introducir ligeras modificaciones, desarrollaron el
mtodo del ms y menos, con el que se determin la mayora de la secuencia
del bacterifago X174. Sin embargo, el grupo de Sanger no tardara en
desarrollar un mtodo ms eficiente y confiable: el enzimtico, que se discute ms
adelante.
Despus de 1975, se realiz un progreso dramtico en la tecnologa de
la secuenciacin de los cidos nucleicos.
Tres avances hicieron esto posible:
1.- El descubrimiento de las endonucleasas de restriccin, enzims que cortan
ADN de cadena doble en secuencias especficas.
2.- El desarrollo de mejores tcnicas de secuenciacin de ADN.
3.- El desarrollo de tcnicas de clonacin que permitieron la adquisicin de un
segmento de ADN en las cantidades necesarias para secuenciarlo.
En 1977, se reportaron dos protocolos para la secuenciacin de ADN. El primer
mtodo fue el de Maxam y Gilbert. Con este mtodo, al igual que con el de
Sanger, se obtiene una autoradiografa en donde puede leerse una secuencia. Sin
9

embargo, se determina la secuencia de una molcula de ADN utilizando qumicos

que cortan en posiciones especficas fragmentos marcados en sus extremos 5. El
segundo mtodo es el de Sanger. ste utiliza un templado de ADN de cadena
sencilla para sintetizar la hebra complementaria, la cual se termina en posiciones
especficas. En los dos casos, la secuencia de la molcula se determina por
diferencias en los tamaos de los fragmentos generados.
2.1 El mtodo de degradacin qumica (Maxam and Gilbert, 1977).
En este mtodo, un fragmento de ADN de cadena doble o sencilla se marca en los
extremos 5 o 3 de una o ambas hebras con 32P. Despus, la muestra de ADN se
divide en cuatro alcuotas y se fragmenta en cuatro reacciones qumicas distintas.
Posteriormente, los fragmentos de ADN generados pueden ser separados por
electroforesis en cuatro carriles distintos con base en su tamao. Conociendo el
nucletido en el que se realizaron los cortes, se puede inferir la secuencia de la
molcula original.
2.2 El mtodo enzimtico (Sanger et al., 1977).
El mtodo de secuenciacin enzimtico sali casi al mismo tiempo que el de
Maxam y Gilbert, pero ha sido ms utilizado. Esto se debe, en gran parte, a que se
han realizado grandes avances en la automatizacin de esta tcnica, lo cual se
discutir ms adelante. El mtodo de Sanger se basa en el uso de la ADN
polimerasa para sintetizar cadenas de ADN con una terminacin especfica. Con
este mtodo se generan fragmentos de ADN de todos los tamaos posibles que se
puedan distinguir entre s, por el tipo de marcaje que llevan o por la incorporacin
de un terminador especfico. Las enzims del tipo de la ADN polimerasa requieren
de un templado de ADN de cadena sencilla, y realizan la sntesis de la hebra
complementaria extendindola a partir de un iniciador en direccin 5 a 3. Entre
los componentes de la reaccin se incluyen nucletidos que no tienen un grupo

10

hidroxilo en su extremo 3 (ddNTP), para poder obtener una terminacin especifica

en las cadenas.
Una vez que el ddNTP se incorpora como el residuo terminal, evita que la cadena
de ADN sintetizada contine extendindose. La incorporacin de los ddNTPs es al
azar, de tal forma que se obtienen fragmentos de todos los tamaos posibles que
terminan en un residuo especifico.
En el mtodo de Sanger (1977), la estrategia es hacer cuatro reacciones
diferentes de sntesis de ADN, utilizando un ddNTP distinto en cada tubo. Con la
mezcla del nucletido normal (dNTP) y su terminador (ddNTP), se pueden generar
fragmentos complementarios de diferentes tamaos que terminan en el mismo
nucletido. Despus, estos fragmentos se pueden separar en un gel de
electroforesis con cuatro carriles distintos, para determinar la secuencia del
templado
El mtodo de Sanger tiene varias ventajas sobre el mtodo de Maxam- Gilbert
(Blackburn y Gait, 1996). Las reacciones de secuenciacin del mtodo enzimtico
se pueden realizar en unas horas, en cambio las del mtodo de Maxam-Gilbert
tardan al menos un da.
2.3 La tcnica de PCR y su relevancia en la secuenciacin de ADN.
En 1985, el qumico Kary Mullis desarroll la tcnica de la reaccin en cadena de
la polimerasa (PCR). Este mtodo permite la amplificacin exponencial de una
molcula de ADN, generando millones de copias de un fragmento. Esto se lleva
acabo con oligonucletidos que contienen un grupo extremo 3 libre, que es
complementario con la cadena molde de ADN. Los oligos funcionan como punto
de inicio para la adicin de nucletidos y para copiar la cadena molde en el PCR.
Una vez que el oligonucletido se une a su blanco, la polimerasa de ADN puede
seguir extendiendo la hebra complementaria. En una reaccin tpica de PCR se
usan dos oligonucletidos que flanquean la regin de ADN que se desea

11

amplificar. El nmero de copias del fragmento de ADN que se encuentra entre los
dos oligonucletidos se amplifica con varios ciclos de reaccin.
Cada ciclo de una reaccin de PCR consta de tres pasos:
1) Desnaturalizacin de las hebras de ADN
2) Temperatura de
3). Extensin de la cadena
(BAUTISTA, S/F)

3 SOFTWARE
3.1 Fundamentos
El soporte lgico o software de una computadora es el conjunto de programas que
permiten realizar las tareas asignadas a la mquina. Existe el software de sistema
que es en necesario para la manutencin de los recursos, y el software de
aplicacin que corresponde a las actividades ms especficas que se pretenden
realizar por la computadora para obtener alguna ganancia especifica. (ANONIMO,
S/F)
3.2 Software en secuenciacin de ADN
La secuenciacin del ADN permite el conocimiento directo de los genes, pues
determina el orden de los nucletidos que los componen, las denominadas letras:
A, T, C y G, que forman sus molculas.
El resultado de la secuenciacin es, justamente, una serie de letras como
ATGCTTGAGGTGATCTTATCGGTGATCGGCATCTGATC

que

sern

procesadas en dispositivos de lectura para la obtencin de datos concretos en el

ordenador. (ANONIMO, S/F)

12

3.3 Ejemplos
Tal es el caso del secuenciador HITACHI ABI PRISM 3100, utiliza tubos
EPPENDORF que contienen muestra tratada de ADN previamente procesada con
centrifugaciones y reactivos especficos y que se insertan en placas de lectura del
dispositivo para realizar lecturas que proyectan resultados al software:

13

(HITACHI CORP, S/F)

3.3.1 Software libre

La pgina http://technelysium.com.au/, provee de software econmico para

realizar secuenciaciones en diversos dispositivos del mercado actual.
Este software tiene la siguiente apariencia en uso cotidiano:

14

4 HARDWARE

Las computadoras convencionales cumplen con el cometido de registrar datos

concretos para la secuenciacion de genoma, sin embargo, para este proyecto se
requiere de mayor capacidad y una tecnologia mas avanzada ya que la cantidad
de informacion pretende ser vastante extensa.
Para el analisis de datos que requieran de gran cantidad de calculos computados
existen hoy en dia las mega computadoras que abarcan varios cuartos y utilizan
una gran cantidad de energia, un ejemplo de este tipo de tecnologia es la famosa
jaguar, la alternativa a este medio de almacenamiento y razonamiento artificial es
el de las computadoras cuanticas, que tienen costos mucho mas accesibles y
reducido espacio para un funcionamiento mas eficiente, este dispositivo trabaja
con temperaturas mas bajas por el comportamiento que el atomo tiene en esta
condicion de sistema, y realiza analisis binarios distintos a las convencionales, ya
que en vez de linearizar el 0 y el 1 lo puede realizar varias veces haciendolo
ambiguo y en todo sentido si se considera desde un punto de vista cartesiano,
esto quiere decir que puede realizar un calculo 6 veces mas rapido que una super
computadora convencional (10 a la 25 calculos por segundo), y es por eso que
15

una computadora cuantica tiende a

realizar un trabajo mas eficiente en
cuanto al almacenamiento de datos
de

un

genoma

de

pertinentes

para

variaciones

requeridas

cruzas

realizar
y

las
la

compilacin de conciencia.
Este tipo de tecnologia resultaria bastate util para fines de investigacin ya que
reduciria en gran medida los tiempos de trabajo y potenciaria unos resultados mas
concretos y con menor margen de error.(TIME MAGAZINE, 2014)

Hiptesis.
Puede potenciar un programa de software la
investigacin cientfica en el pas?
Con la implementacin de un programa de
computadora verstil para los secuenciadores
de

ADN

que

permita

un

sinfn

de

aplicaciones, se promover y mejorar la utilizacin de estos dispositivos para

mejorar la calidad de investigacin en el pas, se creara nuevo campo de estudio
en el rea gentica para garantizar y mejorar la calidad de estas tecnologas que
sern tiles y estarn al servicio de los ciudadanos ya que habr ms y mejores
estudios para este contexto que optimizaran su calidad de vida.
Metodologa.
Para lograr el objetivo es necesario un equipo de trabajo, de 9 programadores con
conocimientos avanzados en biologa, qumica e informtica, en donde existan
equipos de 3 programadores, 2 activos y un supervisor de proyecto, as mismo es

16

indispensable un director de proyecto con el cual se reunirn los supervisores para

lograr acuerdos y mejoras constantes.
Sern necesarias inicialmente computadoras power Mac por cada integrante, y en
esencia la programacin se llevara a cabo para un ordenador
cuntico.

Los programadores trabajaran 3 veces por semana en jornadas

de 11 horas diarias y descansaran 4 das a la semana, estarn
encargados de realizar primeramente el cdigo fuente y la implementacin de su
conocimiento de programacin para lograr la interface virtual.
Sern necesarios secuenciadores modernos de ltima generacin para el
establecimiento de las bases de datos de los genomas.
La interaccin entre el usuario y el programa permitir realizar las siguientes
funciones:
-Secuenciacin de genoma de organismos con previa preparacin de muestra de
ADN.
-Anlisis exhaustivo de las caractersticas genotpicas y fenotpicas del organismo.
-Perpetuacin de la conciencia individualiza del organismo y su posible
modificacin gnica va ordenador.
-Base de datos permanente para organismo y su posterior implementacin o
aplicacin especfica sirviendo cierta necesidad en el mercado legal.
La interface virtual del programa tendra una vista preliminar similar a la siguiente:

17

BIBLIOGRAFIAS

Bautista, Roco. (S/F) Las tres generaciones de la secuenciacin. Plataforma

Andaluza de Bioinformtica, Universidad de Mlaga. PDF consultado Mayo de
2015.
HITACHI CORP. (S/F). Manual de inicio rpido para secuenciacin Analizador
gentico ABI PRISM 3100. PDF consultado Mayo de 2015.

Martnez, Javier. (2011) Presente y futuro de la tecnologa de la realidad virtual.

PDF consultado Mayo 2015

18

NECOCHEA,

ROSALIA,

(2004)

MTODOS

FISICOQUMICOS

EN

BIOTECNOLOGA: SECUENCIACIN DE CIDOS NUCLEICOS. INSTITUTO DE

BIOTECNOLOGA-UNAM. PDF consultado Mayo de 2015.
Sedeo, Ana,

(2000)

LA COMPONENTE

VISUAL DEL VIDEOJUEGO

COMO

HERRAMIENTA EDUCATIVA. Facultad de Ciencias de la Comunicacin, Universidad de

Mlaga, Espaa. PDF consultado Mayo 2015

Time magazine. (2014) Quantum leap, Quantum computing articles. Lev

Grossman, February 17 2014.

19