(22 DE NOVIEMBRE DEL 2000 AL 28 DE JULIO DEL 2001)
A finales del segundo gobierno de Alberto Fujimori Fujimori, su mandato
enfrent una antipata en aumento, debido a casos de corrupcin y recesin econmica. Pese a ello Fujimori se present como candidato para un tercer periodo, No renuncio previamente a su investidura de Presidente de la Repblica, y su aparato de inteligencia se dedico a atacar sistemticamente a los candidatos opositores. Eliminados los opositores, un subestimado Alejandro Toledo, lder del movimiento poltico Per Posible, le hara frente. Durante la primera vuelta, Fujimori super a todos los otros candidatos incluido Alejandro Toledo quien argumentando un supuesto fraude se neg a participar en la segunda vuelta electoral, Fujimori corri solo y gano. Tras este episodio, Alejandro Toledo Encabezara la Marcha de los Cuatro Suyos. Sucesivas manifestaciones se suscitaran en todo el pas. Tiempo despus del tercer perodo de Fujimori en el 2000 y a travs de la compra de un vdeo por parte de la oposicin, salieron a la luz el 14 de septiembre de ese ao evidencias de los actos de corrupcin efectuados por el asesor presidencial Vladimiro Montesinos. As se iniciara el fin de la era Fujimori, con el anuncio de la desactivacin del SIN y elecciones adelantadas. En medio del caos poltico y la inestabilidad de su presidencia, Fujimori sale del pas rumbo a la Cumbre del APEC e inesperadamente viaja a Japn desde donde renunciara a la presidencia de la Repblica por fax, renuncia que sera sucedida por los vicepresidentes Francisco Tudela van Breugel Douglas y Ricardo Mrquez. En vista de aquel hecho, el congreso desestimo la renuncia y procedi a destituirlo del cargo. Segn la lnea de sucesin, la presidencia recaa en el Presidente del Legislativo. En el 2000, Valentn Paniagua fue electo Congresista con una votacin modesta y en octubre de ese ao fue elegido Presidente del Congreso, tras la destitucin de Martha Hildebrandt. Siendo presidente del congreso Paniagua asumi la Presidencia Constitucional de la Repblica para un mandato de transicin que garantizara la transparencia de nuevas elecciones generales. Inmediatamente proclamado presidente, Paniagua designara como Primer al respetado ex-Secretario General de la ONU, Javier Prez de Cullar, encargado a la vez de la cartera de Relaciones Exteriores. Otros miembros de su gabinete fueron Susana Villarn, Walter Ledesma, Antonio Ketn Vidal, Javier Silva Ruete, Marcial Rubio, Juan Inchastegui, Carlos Amat, Emilio Navarro, Diego Garca Sayn, entre otros.
El 22 de noviembre del ao 2000 se llev a cabo la ceremonia de juramentacin y
se le hizo entrega de la banda presidencial de manos de la ex congresista oficialista Luz Salgado. Se haba convertido en el Presidente nmero 47 del Per. Durante su gobierno Paniagua se encarg de restituirle al pas la credibilidad internacional perdida. Liber a presos polticos como el lder izquierdista Yehude Simon. Retom el nexo con la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), y cre la Comisin de la Verdad y Reconciliacin (CVR) para la investigacin de crmenes durante la poca del terrorismo. Reconstituy a las Fuerzas Armadas y a la Polica Nacional. Devolvi a los municipios las atribuciones que les fueron arrebatadas, y sent las bases en el Parlamento para la reforma de la Constitucin. En abril de 2001, realiz un proceso electoral libre y transparente en el cual result electo el ex presidente Alejandro Toledo (2001-2006). Con la figura de Antonio Ketn Vidal en la cartera del Interior, logr la captura de Vladimiro Montesinos Torres, el 23 de junio de 2001. "Declaro haber cumplido y hecho cumplir la Constitucin y la ley y que me he esforzado en todos los instantes de mi gestin por ser digno del encargo de presidente del Congreso, primero; y de presidente de la Repblica, despus", fueron las palabras de Valentn Paniagua el 28 de julio de 2001, ltimo da de su gobierno. "Me voy con muchsima alegra y optimismo, porque creo que culmina una etapa en la vida poltica del pas, que se abre una nueva poca, un nuevo tiempo (), expres, sereno, Valentn Paniagua el ltimo da de su mandato (28/07/2001).
El 21 de agosto de 2006, Paniagua fue ingresado de urgencia en la Clnica San
Felipe de Lima por un aparente cuadro de pericarditis. El 24 de agosto, durante el discurso de presentacin ante el pleno del gabinete del Presidente del Consejo de Ministros Jorge Del Castillo, el parlamentario Vctor Andrs Garca Belande, presidente de Accin Popular, interrumpi la sesin para anunciar -errneamente- su deceso al Congreso de la Repblica del Per, solicitndose un minuto de silencio en su memoria y que se postergue la sesin. Inmediatamente, la noticia dio la vuelta al mundo. Luego se desmentira dicha noticia por parte de los familiares del ex-presidente, su mdico de cabecera Luis Solari y, en el pleno, lo hara el mismo Garca Belande en una bochornosa confusin. Desde entonces se mantuvo en reserva toda noticia acerca de su salud.
Finalmente, Valentn Paniagua falleci el da 16 de octubre de 2006 a las cinco de
la maana (hora peruana), debido a una complicacin infecciosa pulmonar tras permanecer internado varias semanas en una clnica local.