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Traduccin, cdigo gentico,

uso de codones sinnimos

El descubrimiento de la sntesis de protenas y el cdigo gentico


es producto de un proceso complejo donde intervinieron
varias reas. La figura final de cmo ocurre la sntesis de
protenas se logr a mediados de 1960.
Ese proceso implic:
1. Determinar la naturaleza del material hereditario (1944 1953;
Avery; Hershey y Chase)
2. Concepto de que un gen codifica para una enzima (1941 1955,
Beadley Tatum, Lederberg)
3. Rol de los cidos nucleicos en la sntesis de protenas (1939
1955; Brachet, Sonneborn)

4. Estructura de los cidos nucleicos (1938 -1953; Atsbury, Watson


y Crick)

Elucidacin del cdigo

Colinearidad
(Charles Yanofsky)

El cdigo gentico universal

El cdigo gentico actual


Variaciones del cdigo
Nuevos aminocidos
Origen del cdigo

Origen
Accidente congelado (Crick, 1971).
Hiptesis de coevolucin del cdigo
gentico, la sntesis bioqumica de los aas
acompa la asignacin de codones
(Wong, 1975).
Aas fsicoquimicamente similares tienen
codones similares (Woese, 1967).

Qu relacin hay entre las


mutaciones y los cambios de aas?
Polaridad de los aas
Sustituciones puntuales

USO DE CODONES
SINONIMOS

ANALISIS DE CORRESPONDENCIA
(COA)
El propsito de la estadstica ha sido definido como
resumir, simplificar y eventualmente explicar
(Greenacre 1984).
El uso de codones es, por naturaleza, multivariado, y
es por lo tanto necesario analizarlo usando tcnicas
estadsticas multivariadas.
El COA es uno entre varios anlisis multivariados.

Los anlisis multivariados se usan para


simplificar matrices rectangulares en
las cuales (para nuestro propsito) las
columnas representan alguna medida de
uso de codones o aminocidos, y las
filas representan genes individuales.

Dicho en forma extremadamente


simplificada:
Cada gen puede ser representado en un
espacio multidimensional por un vector.
El espacio multidimensional es
Euclideano, siendo cada eje ortogonal.
Las distancias son definidas en filas y/o
columnas, y estas distancias son
aproximadas por distancias Euclideanas
en una representacin de pocas
dimensiones de la tabla.

El objetivo del COA es identificar el


subespacio de pocas dimensiones que
mejor representa los puntos (genes).

ANALISIS DE CORRESPONDENCIA
(COA)
Es una herramienta poderosa para aislar
tendencias, pero su mayor debilidad consiste
en que no brinda claves para la interpretacin
de estas tendencias.
La interpretacin corre por cuenta del
investigador.

ORGANISMOS
UNICELULARES
Si las terceras posiciones son
selectivamente neutras (sinnimas),
entonces todos los tripletes que codifican
para el mismo aa, estaran presentes en la
misma frecuencia si analizamos un
nmero suficientemente grande de genes.

Pero se vio que existe una gran


variacin interespecfica, lo que
llev a postular la "genome
hypothesis" (Grantham et al.,
1980).
Esta variacin puede ser explicada
por la influencia de distintos
sesgos mutacionales.

Propiedades
composicionales de algunas
bacterias
GC
GC
GC
GC

genoma
1
2
3

C. perf.

E. coli

M. tub

0.29
0.41
0.31
0.16

0.50
0.57
0.41
0.53

0.66
0.68
0.50
0.79

Correlaciones composicionales entre las tres


posiciones de los codones y el GC genmico (regiones
intergnicas)
1
0, 9
0, 8
0, 7
0, 6

GC3
GC2
GC1

0, 5
0, 4
0, 3
0, 2
0, 1
0
0

0, 1 0, 2 0, 3 0, 4 0, 5 0, 6 0, 7 0, 8 0, 9

C. perf.

GC
GC
GC
GC

genoma
1
2
3

Ala GCA

GCC

GCG

GCU
Phe UUC

UUU

E. coli

M. tub

0.29
0.41
0.31
0.16

0.50
0.57
0.41
0.53

0.66
0.68
0.50
0.79

0.37
0.08
0.02
0.54
0.20
0.80

0.23
0.26
0.32
0.19
0.42
0.58

0.10
0.45
0.37
0.08
0.79
0.21

Variabilidad intragenmica
Entre un grupo de codones sinnimos reconocidos
por varios ARNt, los reconocidos por el ARNt ms
abundante son usados ms frecuentemente
(adaptacin del uso de codones al pool de ARNt)
Entre los codones reconocidos por el mismo ARNt,
los que tienen puentes de H naturales W-C con la
posicin de tambaleo del anticodn, son
generalmente preferidos.
El sesgo es ms extremo en los genes de ms alta
expresin (seleccin para velocidad, concepto de
codones mayores).

Uso de codones en genes de baja


expresin
Teora de regulacin de la expresin: los codones
raros son usados como un mecanismo para mantener
su expresin bajos niveles.
Teora de la seleccin-mutacin-deriva: el uso de
codones en una poblacin finita resulta del balance
entre la seleccin natural y la mutacin junto con la
deriva, permitiendo que persistan en el genoma
codones no ptimos.

Seleccin natural
Tres aspectos de la traduccin podran ser
afectados por el uso de codones sinnimos:
a) la tasa de elongacin (velocidad)
b) el costo del proofreading
c) la fidelidad en la traduccin

a) la tasa de elongacin
1) Los genes de ms alta expresin presentan un uso
de codones ms sesgado.
2) Muestran un incremento significativo de codones
mayores.
3) Usualmente estos codones aparean perfectamente
con el ARNt isoaceptor ms abundante.
4) La tasa de sustituciones sinnimas es ms baja en
los genes de alta expresin, y viceversa.
5) Evidencias experimentales: En E. coli, la traduccin
de los codones mayores ocurre 3 a 6 veces ms
rapido que la de los menores, permitiendo un mejor
uso de los ribosomas.

b) el costo del proofreading


Los codones mayores pueden reducir el
costo energtico de rechazar un ARNt
equivocado, lo que cuesta un GTP por
reaccin

c) la fidelidad en la traduccin
Las propiedades crticas de las protenas
dependen de aas particulares en posiciones
especficas de sus estructuras. La traduccin
fiel reduce los costos de producir protenas
no funcionales por incorporaciones errneas
y/o errores en la procesividad
(frameshifting y/o terminaciones
prematuras).

En E. coli, la traduccin de los codones


mayores es 10x ms fiel que la de los
codones menores, permitiendo tambin
un uso ms eficiente de los ribosomas.

Por lo tanto, la hiptesis ms


aceptada para microorganismos,
establece que el uso de codones
sinnimos es el resultado del
balance entre el sesgo mutacional
(que acta sobre todo el genoma) y
la seleccin natural (operativa a
nivel de la traduccin).

En los ltimos aos, la disponibilidad


de genomas completos de
procariotas permiti detectar
nuevos factores que influyen en el
uso de codones sinnimos, por
ejemplo:

1) La localizacin en el genoma de cada


secuencia determina el GC3, y por lo tanto el
uso de codones sinnimos en Mycoplasma
genitalium.

2) En especies como Borrellia


burgdorferi, Treponema pallidum y
Chlamydia trachomatis, la localizacin de
los genes en la hebra leading o
lagging de la replicacin es el factor
principal en el uso de codones sinnimos.

3) En Mycobacteria y Chlamydia trachomatis la


hidropata de cada protena codificada, est
entre los factores de ms inluencia en el uso
de codones.

4) Los procariotas mesoflicos y termoflicos


difieren en el uso de codones a nivel de Arg:
los primeros prefieren CGN y los segundos
AGR.