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Alignements Des Protéines Nop10 Et L7Ae Des
Alignements Des Protéines Nop10 Et L7Ae Des
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Pretty plot of /Volumes/Home/Users/leclerc/Projets/RNA/H...
Wed 3 Feb 2010 10:00:39
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Annexe A. Alignements des protéines Nop10 et L7Ae des sRNP H/ACA d’archaea
P_abyssi - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E T C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
P_horikosh - MR F R I R K C P R - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
P_furiosus - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E V C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y R R R W- K R E V - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
T_barophil - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E T C P A C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRK L - K R E L - - L GI GR R S E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
A_boonei - MH T L I R R C P K - - - - - C - G A Y T L - R E L C P K C G E K T L E V L P P R F S P E D R Y G K Y R R ML - K K E V E K Y GA NN S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_jannasch M V E M R M K K C P K - - - - - C - G L Y T L - K E I C P K C G E K T V I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - KRAL - - - KNKNKAE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_fervens - - - - - M R K C L K - - - - - C - G T Y T L - K E I C P K C G E K T V I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - KRAL - - - KNK- KA- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 53
M_vulcaniu - - - M R M R K C P R - - - - - C - E S Y S L - R D T C P K C R E K T I I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - K R E L - - - K K K MGT K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 57
T_sibiricu - MR F K I K K C P K - - - - - C - G E Y T L - K E T C P L C G E K T K L A H P P K F S P E D P Y G E Y RRRL - K K E T - - L GI GV K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_aeolicus - - - MR MK K C P N - - - - - C - K N Y T L - N T I C Q - C G E K T I T V K P P R Y S P T D K Y G K Y R R ML - K K S I - - - - - - K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
T_onnurine - MR F R I R K C P S - - - - - C - G R Y T L - K E T C P V C G T K T K I A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E Q- - L GI V K R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 58
T_gammatol - MR F R I R K C P N - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G A K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y R R R W- K R E V - - L GI - E V R K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_infernus - - - M K I R K C E R - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G G K T F Y P K P P K F S L E D R WG E Y RRK L - K R A L - R N K L P MQS S D T V N - - - - - - - - - - - - - - - 63
M_stadtman - MK F Q MR K C K E - - - - - C - G E Y T L - E E S C P E C N V K T G V I F P A R Y S P Q D K Y G K Y RRI L - K R Q - - - - - - - Q ME K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 55
M_maripalu - - - MK MK K C P K - - - - - C - G R Y T L - K D F C S E C N E K S V T V K P P R F S P V D K Y G K Y RRA L - K K A - - - - - - - K M- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
S_islandic - M K WK M K K C P K - - - - - D - N T Y T F - K D I C P V C G S K T M I P H P S R F S P E D K Y V K Y RI E L - K K GV - K L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
S_solfatar - M K WK M R K C P K - - - - - D - N I Y T F - K D T C Q I C G S K T V I P H P S R F S P E D K Y V K Y RI E L - K K GI - T L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
M_vannieli - - - MQ MK K C P K - - - - - C - G K Y T L - K E Y C I D C N E K A G T V K P P R F S P V D K Y G K Y R R ML - KKSL - - - - - - KK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 52
M_barkeri - MG Q K I R K C K N - - - - - C - G R Y T L - R E I C P V C G G K P F S P N P A R F S P K D P Y G R Y R R MA - K K G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
A_fulgidus - M K V L M R K C G K - - - - - C - G R Y T L - K E R C P V C G E R T H MP I P P R F S I E D P Y G K Y RRK L - R K E I - GF F S F R R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
F_placidus - M K S L I R K C C E - - - - - C - G R Y T L - K E V C P S C G G R T I MA I P P R F S P E D P Y G K Y RRE L - R K K I - GF F - I R RC E H D - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
M_thermaut - - - MK MK R C R S - - - - - C - G E Y T L - K E V C P H C G G R T G V I Y P P K F S P E D K Y G A Y RRK L - K R E L Y S R GS GE S K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_thermoph MV R S K I L R C E R - - - - - C - R L Y T L - K E T C P R C G S H T T GT K P A R F S P E D R Y G RY RRA L - F S E - - - - - S GR E E E K A - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
N_maritimu - MR F Q L R K C S K - - - - - C - F Q Y T L - K E I C P K C K E Q T I S A H P A K F S P D D K Y M RY RL A E - RY N- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
I_hospital - MK F L MK K C V R - - - - - C - G R Y T F - K D V C P V C N G Q T T V P H P P R F S P E D K Y V K Y RV L A - K L T K E R P S S E GS T L S S - - - - - - - - - - - - - - - - - 64
T_volcaniu - MK S L I R K C R K - - - - - C - G R Y T M- E E I C P V C G S Q T Y I A V P P R F S P V D R F K K Y R ME E L L E G- - K Y GK N N S G- K V - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
CM_palustr - MK G R I R R C S A - - - - - D - H T Y T L - A A Q C P V C K E P T E T A H P A R Y S P E D R Y G L Y RRL V - R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 49
S_tokodaii - M K WK I K K C P K - - - - - D - C T Y T L - K D I C P I C G T P T I I P H P A R F S P V D K Y V K Y RI E I - K K GI - K L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
M_hungatei - MK G R I R Y C P S - - - - - D - N L Y T L - S E T C S S C G K P T I T P H P A R Y S P D D R Y G K Y R R MI - R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 49
P_arsenati - MR S L L R R C T A - - - - - C - G R Y T L S K E K C P Q C G G P V K V P H P P K F S P E D K Y Q K Y RI V Q- K L L QGK I QV K E E V R E K I L QE L T T I P GI - - - - - - 76
A_pernix - M Q WL L R K C R R - - - - - C - G R Y T L R R D A C P V C G G P V A V P H P P R F S P D N R F I K Y RY E L - QK K L GL I P P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 58
P_islandic - MR S L L R R C T K - - - - - C - G A Y T L S K E K C P R C G G P V K V P H P P K Y S P E D K Y Q R Y RI L Q- K L S T GA L P V R E E T K E R I L K D L - - L GGP - - - - - - 74
T_neutroph - MR S L L R R C T K - - - - - C - G A Y T L S K E R C P R C G G P V K V P H P P K Y S P E D K Y Q R Y RI L Q- K L S T GA L P V R E E T K E R I L K D L - - L GGP - - - - - - 74
T_kodakare - MH F R I R K C P N - - - - - C - G R Y T L - K E V C P V C G S E T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR R S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_sedula - - MR L I R K C P K - - - - - D - K V Y T L - H E R C P A C G G E T K P A H P P R F S P V D R MV K Y RI L A - R R G- - - - - - - K V C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 53
M_smithii - MN MK MN K C P D - - - - - C - K I Y T M- E D A C P Q C G G E L K V I Y P P K F S I E D K Y G K Y RRI L - K K E - - - - - - - A MN K K D D - - - - - - - - - - - - - - - - 58
S_marinus - M R WL M R K C I R - - - - - C - G R Y T L N H D R C P Y C G G E L I V P H P P R F S P E D K Y V A Y R L E M- K I K T GI L D L N K I P V Y D P - - - - - - - - - - - - - - - - 66
D_kamchatk - M N WL L R K C S K - - - - - C - G R Y T L S R D R C P Y C G G E L I V P H P P R F S P I D K Y V E Y RL E E - K L S K GI I K L D E K P P Y K P - - - - - - - - - - - - - - - - 66
P_calidifo - M K S L L R R C K N - - - - - C - G WY T L S K A S C P K C G G E V E V P H P P K F S P E D K Y Q R Y RI L Q- K A L L GT L P V K E E T R R K I L E E F A - - - - A V V E GS G 78
H_marismor - M K S D I H V C A V WE S E H D R P V Y T L - D D T C P E C G A E A V N S A P A P F S P E D S Y G E Y RRS L - K RRS RE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_kandleri - MP K R L R R C K E - - - - - C - G E Y T L Q R D K C P H C G G D L E V P H P H R F S P E D P Y G K Y RRK L - K K R V WA E K F G P P S G E G D - - - - - - - - - - - - - - - - 66
T_acidophi - MK S L I R K C P R - - - - - C - H A Y T M- E E K C P K C G S D T Y I A V P P R Y S P V D R F R K Y RI E E - L R G- - E I D GE N S GD QI - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
M_acetivor - MG Q K I R K C K N - - - - - C - G R Y T L - R E K C P V C G G V T L P A I P A R F S P Q D P Y G K Y RRL A - K K G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
M_burtonii - MG N K L R K C T Q - - - - - C - N I Y T L - K D N C P E C G E S S G N P L P A R F S P L D T Y G K Y RRI S - K K R - - - - - - - E ME H A - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
P_aerophil - MK S L L R R C V N - - - - - C - G E Y T L S K D K C P R C G G A V R V P H P P K F S P E D K Y Q K Y RI L Q- K L L MG K L P I R D E T K E R L L R D L T - - - - S- - - - - - 72
Consensus - MK - R I R K C - K - - - - - C - G - Y T L - K E - C P - C G - K T - V - H P P R F S P E D K Y G K Y RR- L - K - - L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 90
10 20 30 40 50 60
-plurality 22.5 -nocollision -box -boxcol -colbyresidues
Figure A1. Alignement multiple de la protéine Nop10 chez 45 espèces d’archaea. L’alignement a été généré à partir d’une recherche BLAST et l’utilisation de
l’outil d’alignement multiple COBALT ("Constraint-based Multiple Alignment Tool", NCBI) ; l’alignement a été édité manuellement pour respecter la conservation
des éléments de structure secondaire et notamment les positions des résidus cystéine (ou qui les substituent) qui forment le doigt de zinc. Les régions en feuillets-β
et hélice-α sont indiquées par des losanges et un cylindre. La séquence de référence est celle de Pyrococcus abyssi. Une covariation de séquence intra-moléculaire
a été décelée entre les positions 28 et 47, ainsi q’une autre covariation inter-moléculaire entre les positions 28 de Nop10 et 65 de L7Ae (Fig. A2).
Pretty plot of /Volumes/Home/Users/leclerc/Projets/RNA/H...
Wed 3 Feb 2010 15:36:08
P_abyssi - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M E G WM M A K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 128
P_horikosh - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 124
P_furiosus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 124
T_barophil - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V S A A S V A I I E P G K A R E L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123
M_jannasch - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K D MA V Y V K F K V P E E I Q - - - K E L L D A V A K A Q- K I K K GA N E V T K A V E R GI A K L V I I A E D V K P E E V V A H L P Y L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G L E V A A S S V A I I N E G D A E E L - K V L I E K V N V L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120
M_fervens - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F K V P E D I Q - - - K E L L D A V A K A Q- K I K K GA N E V T K A V E R GI A K L V I I A E D V QP E E V V A H L P Y L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G L E V A A S S V A I V N E G N A D E L - K A L I E K I N A L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117
M_aeolicus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F D V P Q E M E E K T A E V L S K S E - - - - K V K K GA N E V T K A V E R GT A K L V V L A K D V QP E E I V A H I P I I C E E K GI P - Y T Y I - A T K E D L GK A I G L E V S T A A V A I I A E K D A N - A L K D L V E K I N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117
T_onnurine - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P A E L A E K A L E A V E L A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V P A A S V A I I E P G K GR E L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123
T_gammatol - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P Q E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G L E V A A A S V A I I E P G K A R E L V E D I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123
M_infernus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA I Y V K F K V P E D L Q - - - K E L L D A V A K A E - K I R K GA N E V T K A V E R K Q A K L V I I A E D V K P E E I V A H L P V L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G I E V A A S S V A I I K P A N E E E L - N A L I E K I N A L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117
M_maripalu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F E I S Q E L E E K T A E V V A N A E - - - - K I K K GA N E V T K A V E K GI A K L V V I A Q D V QP E E I V A H I P V I C D E K GI A - Y S Y S - S T K E A L GK A A G L E V P T S A I A V V A E G S A D - E L K D L V E K L N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117
S_islandic - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K A S Y V K F E V P Q D L A D K V L E A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A E D V QP E E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - S S K K A L GE A C G L Q V A T A S A A I L E P G E A K D L V D E I V K R V N E I K G- K T S S - - - - - - - - - - - - - - - 127
S_solfatar - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M N A - - MS K A S Y V K F E V P Q D L A D K V L E A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V QP E E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - S S K K A L GE A C G L Q V A T A S A A I L E P G E A K D L V D E I I K R V N E I K G- K T S S - - - - - - - - - - - - - - - 130
M_vannieli - - - - - - - - - - - - MS G R H P D K K I L L S N E G G H N MA I Y V K F D I P Q E L E E K T A E V V A N A E - - - - K I K K GA N E V T K A V E K GI A K L V V V A K D V QP E E I V A H I P V I C E E K GI A - Y S Y C - S T K E A L GK A A G L E V P T S A I A V V A E G S A E - Q L K D L V E K L N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 136
A_fulgidus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MY V R F E V P E D M Q N E A L S L L E K V R E S G- K V K K GT N E T T K A V E R GL A K L V Y I A E D V D P P E I V A H L P L L C E E K N V P - Y I Y V - K S K N D L GR A V G I E V P C A S A A I I N E G E L R K E L G S L V E K I K GL QK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 119
I_hospital - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P F Y V R F E V P P E L A E K A Y E A L R K A R E S GG K I K K GT N E T T K A V D K GL A K L V L I A E D V D P P E I V A H L P L L C E E K K I P - Y V Y V - P S K K K L GE A A G I E V Q A A A A A I I D P G A A K D L V E E I I K E V E QI K A - K A GL - - - - - - - - - - - - - - - 128
T_volcaniu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ME K S Y V K F E T P E D V S Q K A L D L V E S A F R S G- K I K K GT N E V I K S I E R GE S K L V V I A E D V N P P E V V Y Y L P S L C E D K K V P - Y V Y V - K K K A D L GS K V G I A S A - A S V S I V D Y G K N E E L Y K S I V S A V E QL K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 121
CM_palustr MS K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A Y V T F D S P E E I QN K A L E A L E I A R D T G- K V K K GS N E A T K A I E R S I A Q L V L I GA D V E P E E I V MH L A P L C D E K H I P - Y I F I - GK QN D I GA A S G L T V A S T A A A I V K P G K A K E L V D E I T A QL T E L R G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 122
S_tokodaii - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P S Y V K F D V P E D L A N K V L D A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A T D V QP E E I V A H L P L L C E E K K I P - Y V Y V - P S K K A L GE A C G L Q V A A A S A A I I D P G E A K D L L D E I V K R V E E L K G- K A S - - - - - - - - - - - - - - - - 126
P_arsenati - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P L P G K P F Y V R F E V P S D V A E K A L E I L S I A K QT G- K I K K GT N E A T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V A K I N E I R A - K N GL N A I P L P - - A G A R R - - 153
A_pernix - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P I Y V R F E V P E D L A E K A Y E A V K R A R E T G- R I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V V I A E D V D P P E I V MH L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K K R L GE A A G I E V A A A S V A I I E P G D A E T L V R E I V E K V K E L R A - K A GV - - - - - - - - - - - - - - - 127
P_islandic M G V N T Y I A F A F S K A MS V T I D P R T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P A E V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A S A V V I D P G QA A GD L E A L V A K I N E I R A - K H GL N A I P L P S S GA A K K - - 169
T_neutroph - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P A D V A E K A L E V L S V A K QT G- K I K K GT N E A T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V S K V N E I R A - K N GL N A I P L P - - G- - R K - - 151
T_kodakare - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K - - - MA K P S Y V K F E V P Q E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y V Y V - P S K K E L GA A A G L E V P A A S V A I I E P G K A R E L V E D I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 125
S_marinus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P F Y V K F E V P P E L A E K V Y E A V K K A R E T GG K I K K GT N E T T K A V E R GI A K L V I I A E D V D P P E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K K R L GE A A G I E V A A A S A A I I D P G GA K D L V E E I I K QV Q E L R A - K A GA - - - - - - - - - - - - - - - 128
D_kamchatk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MP K P F Y V K F E V P P E L A D K V Y Q A I S K V R E T GG K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A E D V D P P E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K Q K L GQ A A G I E V S A A S V A V I D V G GA K D L I D E I I K S V Q QI R A - QS G- - - - - - - - - - - - - - - - 127
P_calidifo - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P L P G K P F Y V R F E V P S D V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V A A A A A V V I E A G QA A GE L E A L V N K I N E I R A - K H GL N A I P V - - - - - - R R - - 149
H_marismor - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MP V Y V D F D V P A D L E D D A L E A L E V A R D T G- A V K K GT N E T T K S I E R GS A E L V F V A E D V QP E E I V MH I P E L A D E K GV P - F I F V - E Q QD D L GH A A G L E V G S A A A A V T D A G E A D A D V E D I A D K V E EL R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120
T_acidophi - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ME K S Y V K F E T P E D V S Q K A L D L V E S S Y R T G- K V K K GT N E V I K S I E R GE S K L V V I A E D V N P P E V V Y Y L P S L C E D K K V P - Y V Y V - K K K A D L GS K V G I A S A - A S V S I V D Y G K N E E L Y K S I V S A L E QI K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 121
P_aerophil - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P N D V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V S K I N E V R A - K H GL N A I P V P - - A - - K R - - 151
Figure A2. Alignement multiple de la protéine L7Ae chez 45 espèces d’archaea. L’alignement a été généré à partir d’une recherche BLAST et l’utilisation de
l’outil d’alignement multiple COBALT ("Constraint-based Multiple Alignment Tool", NCBI).
37
38
Annexe B
Pour appréhender l’effet de ces mutations à l’échelle moléculaire, plusieurs complexes sRNP
H/ACA "sauvages" (non mutés) et mutés ont été solvatés dans une boîte d’eau afin de réaliser
des simulations par dynamique moléculaire. Pour des raisons pratiques d’économie de ressources
de calcul et afin de magnifier les effets possibles des mutations touchant l’interface de Nop10, un
seul mutant cumulant la mutation simple (R47A) et la double mutation (Y41 et Y44A) a été
sujet d’étude. Ce sont au total 4 complexes RNP qui ont été soumis à simulations (sauvage : WT ;
L7ae H70A/L74A/E77A identifé L7AE-HLE ; Nop10 R47A/Y41A/Y44A identifé NOP10-RYY ;
Nop10 R34W identifié NOP10-R34W). Les complexes RNP solvatés comportent environ 135 000
atomes dont 10 000 correspondant au soluté (protéines :8000 et ARN :2000), 40 000 molécules
d’eau et une centaine d’ions K+ et Cl− (dans une proportion approximative : 3/4 - 1/4) pour
neutraliser le système entier, (Fig. S3). Les molécules d’eau utilisées dans les simulations sont
de type TIP3P. L’équilibration du système a été réalisée par une augmentation progressive de
la température jusque 298,15K (25C) et 373,15K (100C) en utilisant le programme CHARMM
(durées respectives d’équilibration : 1ns et 1,475ns) et un temps d’intégration de 2fs. Les 2
températures utilisées dans les simulations correspodent : pour la plus basse à la température
utilisée dans les expériences d’assemblage des complexes RNP (JB Fourmann et al.), pour la plus
haute à la température limite de fonctionnement du complexe in vivo. Le programme NAMD a
ensuite utilisé pour réaliser la production correspondant à une simulation de 10ns dans l’ensemble
NVT.
39
Annexe B. Méthodologie pour la simulation de complexes ARN/protéine et l’analyse des trajectoires
Figure B1. Complexe sRNP H/ACA Pab21 de Pyrococcus abyssi solvaté dans une boîte d’eau (133 000 atomes).
Le soluté avec les protéines et l’ARN sont représentés sous forme de "cartoon" : Cbf5 (vert), Nop10 (rouge) et
L7ae (bleu) et l’ARN (magenta). Les contre-ions K+ et les anions Cl− sont représentées par des sphères (cyan et
orange).
40
L7AE: Ala100 primary contacts L7AE: Ala100 primary contacts
LCN WT LCN L7AE-HLE
Nop10: Arg6 secondary contacts Nop10: Arg6 secondary contacts
L7AE: Glu98 L7AE: Glu98
L7AE: Ala100 stronger or new contacts
: Arg6 protein-protein contacts
1% >1%
Nop10: Arg6 weaker or lost contacts
C L7AE: Ala100 C L7AE: Ala100
32
U 25%
15%
P
P
32
U 24%
6%
A 28 3% L7AE: Glu65
A 28 2% L7AE: Glu65
P 4% 2% P 2%
P 14% Nop10: Arg34 P 20% Nop10: Arg34
Nop10: Lys28 Nop10: Lys28
27 A G 33 27 A G 33
1%
L7AE: Lys39 22% P P L7AE: Lys39 6% P P
Nop10: Tyr44 Nop10: Tyr44
26 G A 34 33% 26 G A 34 0%
L7AE: Glu77 L7AE: Ala77*
P P L7AE: Arg38 4% P P
10%
25 G A 35 L7AE: Lys46
10%
25 G A 35 0%
4% Nop10: Arg47 2% Nop10: Arg47
L7AE: Arg50 14% P P
4% L7AE: Arg50 10% P P
33%
6% 24 G C 36 4% 24 G C 36 L7AE: Glu66
P P P P 5%
Nop10: Tyr41
23 G C 37 23 G C 37
P P P P
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
22 C G 38
13% 4%
22 C G 38
17% 6%
Nop10: Ser36 74% P P
Cbf5: Asp222 Nop10: Ser36 35% P P
Cbf5: Asp222
Nop10: Glu38 21 C G 39 22% Nop10: Glu38 21 C G 39
22%
6% P P Nop10: Lys49 0% P P
Nop10: Lys49
Cbf5: Arg68 20 U G 40 Cbf5: Arg68 20 U G 40 1%
P P
Cbf5: Gly56
P P Cbf5: Asp219
3%
19 C G 41
4% Nop10: Arg4
19 C G 41
2%
U 18
P
P Cbf5: Glu61 U 18
P
P Cbf5: Glu61 Nop10: Arg4
4%
Cbf5: Lys84 9% P Cbf5: Lys84 <1% P
6%
C 17 C G 42 Cbf5: Asp167
C 17 C G 42
Cbf5: Asp167
16 P
P
16 P
P
C 43
U Nop10: Arg13
C 43
U
P P
15 2% 15
P P
44
U Cbf5: Glu159 P P
44
U
G 14 Nop10: Thr15
G 14 Nop10: Thr15
P
P
13% P
P
7%
Nop10: Tyr14 Nop10: Tyr14
C 13 Cbf5: Glu162 C 13 Cbf5: Glu162
14% P 45 C 8%
11% P 45 C 6%
Cbf5: Glu210 Cbf5: Glu210
2% Cbf5: Arg98 <1% Cbf5: Arg98
C 12 C 12
P P
Nop10: Lys17 Nop10: Lys17
5% P 5% P
2% 2%
Nop10: Lys7
C 11 46 C Nop10: Lys7
C 11 46 C
U P
Cbf5: Asp164
U P
Cbf5: Asp164
P 10 P 10
47 47
Cbf5: Glu229
P P G Cbf5: Glu229
P P G
2% 9 C G 48 3% 9 C G 48
Nop10: Arg50 P P Nop10: Arg50 P P
3% 8 G C 49 9% 8 G C 49
Cbf5: Asp230 Cbf5: Asp230
P P P P
7 G C 50 7 G C 50
6 C G 51 6 C G 51
23% 5 C G 52 19% 5 C G 52
P P P P
4% 2%
Cbf5: Val323 4 C G 53 Cbf5: Val323 4 C G 53
P P P P
2% 6%
6% 2%
Cbf5: Gly266 3 G C 54
5%
Cbf5: Arg327
Cbf5: Gly266 3 G C 54
5%
Cbf5: Arg327
P P P P
P P P P P P
2%
57 58 59 57 58 59
A C A A C A
Cbf5: Trp334
Figure B2. Contacts forts entre l’ARN et ses partenaires protéiques dans les sRNP H/ACA. Les contacts ont été identifiés en recherchant les contacts les plus
41
proches entre l’ARN et ses partenaires à un instant t de la simulation. Pour chaque contact identifié, la part du temps de la simulation au cours duquel ce contact
est le plus fort établi entre un résidu donné de l’ARN et un résidu donné de l’un des partenaires protéiques est indiquée en pourcentage. Les plus forts contacts
établis entre les résidus de protéines en contact avec l’ARN sont identifiés comme résidus secondaires. Les contacts renforcés dans un complexe muté par rapport
au complexe WT sont indiqués par un encadré en rouge, les nouveaux contacts absents dans le complexe WT sont aussi indiqués par un encadré et une annotation
en rouge. PourLCNlesNop10-RYY
contacts affaiblis ou qui disparaissent dans les complexes, la même notation estLCN
utilisée avec une couleur bleue.
Nop10-R34W
L7AE: Ala100 primary contacts L7AE: Ala100 primary contacts
32
U 81%
2%
P
P
32
U 30%
8%
A 28 <1% L7AE: Glu65
A 28 2% L7AE: Glu65
P 23% P 11%
P 2% Nop10: Arg34 P 0% Nop10: Trp34
Nop10: Lys28 11% Nop10: Lys28
27 A G 33 27 A G 33
0% 22%
25 G A 35 25 G A 35
0% Nop10: Ala47 1% Nop10: Arg47
L7AE: Arg50 0% P P
15% L7AE: Arg50 <1% P P
2%
Nop10: Glu51
23 G C 37 23 G C 37
P P Nop10: Glu38 P P
4% Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Pro37
22 C G 38
13% 4%
1%
22 C G 38
17% 4%
8%
Nop10: Ser36 58% P P <1% P P
Cbf5: Asp222 4% Cbf5: Asp222
Nop10: Ser36 34%
Nop10: Glu38 Nop10: Pro37 5% 21 C G 39
19% 8%
21 C G 39 23%
Nop10: Phe35
4% P P P P
Nop10: Lys49
Nop10: Lys49
Cbf5: Arg68 20 U G 40 Cbf5: Arg68 20 U G 40 4%
Cbf5: Asp219
P P P P
4%
Cbf5: Lys84
19 C G 41
2% Nop10: Arg4
3% 19 C G 41
4%
U 18
P
P Cbf5: Glu61
0%
U 18
P
P Cbf5: Glu61 Nop10: Arg4
4%
Cbf5: Lys84 4% P P 1%
C 17 C G 42 Cbf5: Asp167
C 17 C G 42
Cbf5: Asp167
16 P
P
16 P
P
Nop10: Arg13
C 43
U C 43
U
P P
1% 15 15
Cbf5: Glu159 P P
44
U P P
44
U
G 14 Nop10: Thr15
G 14 Nop10: Thr15 Nop10: Arg13
P
P
13% P
P
5% 1%
Nop10: Tyr14 Nop10: Tyr14
C 13 11% Cbf5: Glu162 C 13 Cbf5: Glu162
13% P 45 C Cbf5: Arg98
8%
18% P 45 C 5%
Cbf5: Glu210 <1% Cbf5: Glu210
2% Cbf5: Arg98
C 12 C 12
P P
Nop10: Lys17 Nop10: Lys17
5% P 6% P
2% 2%
Nop10: Lys7
C 11 46 C Nop10: Lys7
C 11 46 C
U P
Cbf5: Asp164
U P
Cbf5: Asp164
P 10 P 10
47 47
Cbf5: Glu229
P P G Cbf5: Glu229
P P G
2% 9 C G 48 <1% 9 C G 48
Nop10: Arg50 P P Nop10: Arg50 P P
11% 8 G C 49 8% 8 G C 49
Cbf5: Asp230 Cbf5: Asp230
P P P P
7 G C 50 7 G C 50
6 C G 51 6 C G 51
20% 5 C G 52 26% 5 C G 52
P P P P
3% 4%
Cbf5: Val323 4 C G 53 Cbf5: Val323 4 C G 53
P P P P
3% 2%
4% 6%
Cbf5: Gly266 3 G C 54
3%
Cbf5: Arg327
Cbf5: Gly266 3 G C 54
4%
Cbf5: Arg327
P P P P
P P P P P P
57 58 59 57 58 59
Cbf5: His265 1% A C A A C A
Figure B2 (suite). Contacts forts entre l’ARN et ses partenaires protéiques dans les sRNP H/ACA (suite). Le programme CHARMM a été utilisé pour analyser
les trajectoires et identifier les contacts forts définis comme les paires atomiques les plus proches entre macromolécules à un instant t de la simulation.
Annexe C
Méthodologies de docking
coordonnées 3D,
paramètres de VRAI
simulations Metropolis
échantillonnage conformationnel
MCM (fortran77)
(fortran77) mouvements aléatoires FAUX évaluation
(translations moléculaires,
rotations, torsions)
optimisation & score partiel
CHARMM minimisation
FAUX (fortran77,C) d'énergie
score partiel
énergie de
solvatation
VRAI score partiel
évaluation APBS/UHBD
calcul de la
(fortran77,C) fonction globale de
score
Figure C1. Schéma de la procédure de docking par MCDOCK. La recherche conformationnelle est effectuée par
simulations Monte-Carlo à haute température (600K) avec le programme CHARMM. Un terme d’interaction non-
polaire est également calculé avec CHARMM à partir de la différence de surface accessible entre les molécules dans
le complexe et les molécules libres. Les interactions électrostatiques sont calculées par la résolution de la forme
non-linéaire de l’équation de Poisson-Boltzmann, par les programmes UHBD [34] ou APBS [35]. Les programmes
appelés à différentes étapes sont indiqués en rouge. Les tâches accomplies sont indiquées en bleu. Les indications
“vrai/faux” correspondent aux décisions qui sont prises en fonction du résultat des évaluations correspondantes.
43
44
Figure C3. Application de l’approche “prédiction” de SELEX in silico à la protéine TIS11d : identification et
sélection de chaînes d’ARN. L’ARN simple brin lié à TIS11d est représentée par un ruban avec les cycles des
riboses et bases nucléiques en bleu pour l’adénosine et en rose pour l’uridine (couleurs foncées). A. Face de liaison
des chaînes prédites par SELEX in silico : l’ensemble des solutions identifiées (représentées de façon abstraite par
une maille) se retrouvent sur une seule des 2 faces de la protéine et concentrées autour de la position de l’ARN
dans la structure expérimentale. B. Mode de liaison de la chaîne avec le meilleur score prédite par SELEX in
silico (couleurs claires) : la déviation par rapport à la structure 3D expérimentale donne une RMSD=3,1Å.
45