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Protenas
Especficas
Eficientes
Enzimas
Regulables
R
Carola Bruna Jofr
G-
P +
Enzima
Sustrato
Producto
Barrera
a de activaci
n
Energa libre
E
Reactantes
Catalizador
Proximidad y
orientacin
favorecen la
formacin del
estado de transicin
Estado de
transicin
Con catalizador
G
Reactantes
Producto
liberado
G
Productos
R
Reaccin
i
Efecto energtico:
C i con menor barrera
Camino
b
de
d activacin
ti i
Enzima
liberada
Modelo llavellave-cerradura
Entidad 3D formada por grupos
provenientes de distintas zonas de
la cadena lineal
Sitio
activo
Reconocimiento molecular:
Sitio activo es complementario a S
Es un dominio funcional
Consiste en una hendidura donde
el sustrato se enlaza mediante
mltiples interacciones dbiles
La especificidad de la enzima
d
depende
d del
d l ordenamiento
d
i t de
d los
l
tomos en el sitio activo y sus
reactividades
Clase
Proximidad-orientacin:
Proximidadorientacin: Posiciona los grupos reactivos del sustrato de
forma apropiada
Nombre
Tipo de reaccin
catalizada
Reaccin
Ejemplo
A + B-
Alcohol
deshidrogenasa
Oxidoreductasa
Transferencia de electrones
A- + B
Transferasa
A-B
A
B+C
Transferencia de grupos
funcionales entre dos
molculas
Hidrolasa
Hidrlisis
A-B + H2O
Catlisis cidocido-base:
base: Dona o acepta protones
Liasa
A-B
A-B
A-B
XY
YX
C tli i metal
Catlisis
metalt l-in
i : Acta
in:
A t como un electrfilo,
l t fil estabilizando
t bili
d cargas en ell
sustrato y alterando las propiedades de residuos vecinos
Catlisis electrosttica
electrosttica:: Estabilizacin de un estado de transicin cargado
a travs de interacciones electrostticas en el sitio activo
Isomerasa
Transferencia de grupos
dentro de una molcula
Ligasa
(o sintasa)
Formacin de enlaces
acoplados a la hidrlisis de
ATP
A+B
B-C
C
A-H + B-OH
A=B + X-Y
Hexoquinasa
Tripsina
Piruvato
decarboxilasa
XY
A+B
A-B
Malato isomerasa
Piruvato
carboxilasa
3 4 21 4 Hidrolasa,
3.4.21.4:
Hid olasa p
proteasa
oteasa q
que
e hid
hidroliza
oli a enlaces peptdicos
peptdicos,, serino
se ino proteasa,
p oteasa ccuarta
a ta
enzima designada en esta clase
+ S
[P]
k1
k3
P +
k2
Pendiente
tangente=V0
Equilibrio dinmico
-[S]
[P]
V0 =
=
t
t
t
Qu pasa al agregar ms enzima cuando la reaccin est en equilibrio???
Qu pasa al agregar ms sustrato??
Curvas de progreso
[P]
mtang=V03, [S]=3
Curva de saturacin
V0 v/s [S]
mtang=V02, [S]=2
Parmetros cinticos
KM: [S] necesaria para alcanzar
la mitad de Vmax
mtang=V01, [S]=1
V0
+ S
k1
k3
P +
Modelo de Michaelis
Michaelis--Menten
E
[S]
k2
k1
+ S
k3
P +
k2
KM = k2+k3
k1
[ES] =
[E] [S]
KM
1. P no se convierte en S
Esto ocurre al comienzo cuando [P] es baja, por lo que se considera la velocidad
inicial V0
[ES] = [ET]
2. k3 k2
Por lo tanto se alcanza el estado estacionario, donde [ES] permanece constante
[S]
V0 = k3 [ET] [S] + K
M
3. [E] [S]
Por lo tanto, [S]libre [S]inicial
[S] + KM
V0 = k3 [ES]
Sustituyendo:
[S]
V = Vmax [S] + K
Ecuacin de Michaelis
Michaelis--Menten
Ecuacin de Lineweaver
Lineweaver--Burk
V0 = Vmax
y se utiliza
tili
para determinar
d t
i
l
las
constantes cinticas Vmax y KM
[S]
[ ]
[S] + KM
Ecuacin de Michaelis
Michaelis--Menten
KM =
k2+k3
k1
Vmax = k3 [ET]
V = Vmax
V = Vmax
3.
3 Si [S] = KM V = Vmax/2
[S]
KM
1
1
K
1
=
+ M
V0 Vmax Vmax [S]
(y = n + m
x)
Velocidad mxima
La Vmax se obtiene
b
cuando
d la
l enzima est
saturada
d con sustrato
1. [S] en la que la mitad de los sitios activos estn ocupados y que corresponde
al punto donde se alcanza Vmax/2
Vmax= k3 [ET]
E
Expresiones
i
de
d la
l actividad
ti id d enzimtica
i ti
1. V0 de la reaccin catalizada
Por ejemplo mol de sustrato transformado por minuto (mol min-1)
( )
2. Unidad enzimtica (U)
Cantidad de enzima que cataliza la conversin de 1 mol de sustrato por
minuto a 25
25C en condiciones ptimas para esa enzima
3. Katal (kat)
kat): Unidad SI
Actividad cataltica que aumenta la velocidad de reaccin en 1 mol por
segundo en un sistema especificado
1 mol min-1 = 1 U = 16.67 nanokat
M-1s-1
1. Un
U incremento
i
t de
d temperatura
t
t
aumenta
t
la energa cintica, provocando un aumento
de colisiones y de molculas con energa
suficiente para sobrepasar la barrera de
activacin
2. A altas temperaturas la enzima se
denaturar debido a rupturas del enlaces no
covalentes provocando el desplegamiento y
covalentes,
la prdida de la funcin catalizadora
ptima
ti
D i i
Desviaciones
mayores
provocan
denaturacin de la enzima por ruptura de
los enlaces no covalentes que mantienen
su estructura
Concentracin de sustrato
A
Aumenta
t la
l velocidad
l id d de
d la
l reaccin
i
(si la enzima no est saturada)
La actividad enzimtica ser mxima
cuando todos los sitios activos estn
ocupados
Concentracin de enzima
Si la [S] es alta,
alta a T y pH constante,
constante
la velocidad de la reaccin va a ser
directamente proporcional a la [E]
C f
Cofactores
Activadores
Dbilmente unidos
Enzima inactiva
Apoenzima
+ cofactor
Enzima activa
Holoenzima
Fe, Zn
Electrfilos
Cofactores
Cosustratos
Dbilmente unidos
Iones inorgnicos
g
Cofactores
Molculas orgnicas complejas (Coenzimas)
Si el cofactor est unido covalentemente se denomina grupo prosttico
Algunas coenzimas se unen transcientemente y funcionan como coco-sustratos
Orgnicos:
Coenzimas
Coenzimas
Derivadas de metabolitos
C
Coenzimas
i
Muchas son derivados de vitaminas hidrosolubles
Derivadas de vitamina
NAD/NADH
FAD/FADH2
Coenzima A
Tiamina Pirofosfato
Piridoxal fosfato
Biotina
Tetrahidrofolato
Cobalamina
Tiamina pirofosfato
(TPP)
Fl i adenina
Flavina
d i dinucletido
di
dinucletido:
l tid : FAD
Provienen de la vitamina riboflavina
Participa
i i en reacciones
i
de
d xidoxido
id -reduccin
d i
La flavina es el grupo reactivo, que existe a la forma reducida y oxidada, donando o
aceptando electrones respectivamente en una reaccin qumica
Reacciones tpicas:
1 Oxidacin1.
Oxidacin
O id i -reduccin
d i de
d azcares
y lpidos
l id
Glucosa oxidasa y Acyl CoA deshidrogenasa
Rx: Transferencia de un
Rx:
fragmento de dos carbonos
que contiene un carbonilo
H
C
H2
C N
N
H3C
O
H2
C O
H2C
O
O
Ejemplos:
Piruvato y -cetoglutarato
deshidrogenasa
H+
Coenzima A (CoA
(CoA))
H
Acta como co
co--sustrato
S
O
C H3
H3C
CH3
Acetyl CoA
OH
SH
O-
choline
O
C
O
O
O
N
R
N
H2C
CoA
C H3
H3C
H3C
N
O
C H3
H
OPO3
OH
NH2
H
H
C
O
P
Coenzyme A
O
O
Base de Schiff
N
C
O
O
O
N
O
N
H
acetylcholine
CH3
acetyl CoA
O-
Ejemplo:
Arginina decarboxilasa
d
b l
NH2
OH
H3C
C
R
H+
H
C
NH2
CH3
CH3
OH
Inhibicin enzimtica
Biotina
H
Fuente: Biotina
Acta como co
co--sustrato
Transferencia de g
grupos
p carboxilos y
carboxilacin dependiente de ATP
Ejemplo:: Piruvato carboxilasa
Ejemplo
A tilC A carboxilasa
AcetilCoA
b il
H
(CH2)4-COOH
C
CO 2pyruvate
O
-O 2C
SCoA
C
H 3C
acetyl CoA
C
CO 2CH 2
oxaloacetate
O
O
-O 2C
1. Inhibicin irreversible
BIOTIN
O
H 3C
CH 2 C
SCoA
malonyl CoA
2 Inhibicin reversible
2.
El inhibidor se une a la enzima mediante enlaces dbiles y el complejo EI
est en equilibrio con la E e I libre
Se definen tres tipos de inhibicin reversible: Competitiva, no competitiva e
incompetitiva
+I
-I
+I
Vmax/2
1/V0
-I
1/Vmax
KM
[S]
-1/KM
1/[S]
Ejemplo
Succinato deshidrogenasa
deshidrogenasa.. Su inhibidor (malonato
malonato)) difiere de su
sustrato en la presencia de uno en vez de dos grupos metileno
+I
d
de
l
la
actividad
d d
enzimtica es provocada por un cambio
conformacional
Vmax
Vmax
Vmax
Ejemplo
pepstatina
p
Renina. Su inhibidor es p
+I
-I
1/Vmax
-1/KM
-I
+I
[S]
2.3.. Inhibicin
2.3
reversible incompetitiva (mixto)
1/V0
1/V0
1/[S]
1/Vmax
-1/KM
-I
1/[S]
Isoenzimas
Regulacin
Temperatura
pH
Fuerza inica
[S]
[E]
Cofactores
Inhibidores
Vida media
Determinada por secuencias PEST:
Ubiquitinacin
Pentapptido seal para lisosoma
Piruvato + NADH + H+
O2
LH
lactato + NAD+
Ciclo
l del
d l cido
d ctrico
y fosforilacin
f f l oxidativa
d
2 ATP
36 ATP
M difi i covalente
Modificacin
l
Irreversible:: Clivaje
Irreversible
j p
proteoltico
Sntesis de enzimas como pro
pro--enzimas inactivas que son activadas por el
clivaje
Enzimas digestivas
Cascada de la coagulacin
Apoptosis
Reversible:: Modificaciones covalentes
Reversible
Unin covalente de un grupo qumico que altera las propiedades cinticas
de la enzima
Degradacin
Proteosoma
Lisosoma
F f il i (quinasas)
Fosforilacin
((quinasas)
i
)defosforilacin
d f f il i (fosfatasa)
(f f t )
Acetilacin--deacetilacin
Acetilacin
Oxidacin--reduccin
Oxidacin
Cooperatividad
p
Modulacin de la actividad enzimtica ejercida por el sustrato
Ocurre en algunas enzimas multimricas donde la unin del sustrato al sitio
activo de una de las subunidades aumenta la afinidad de unin del sustrato
a la segunda subunidad y as sucesivamente
Aumentos de afinidad se traducen en aumentos de velocidad
S
Estado
tenso
Baja
afinidad
Estado
relajado
Alta
afinidad
C t l alostrico
Control
l t i
E
Vmax
Vmax/2
S0.5
S
E
E
Cambio
conformacional
favorable
[S]
S
Unin de S
aumentada
E
S
E
E
Cambio
conformacional
desfavorable
S
E
Unin de S
disminuida
Inhibidor alostrico:
alostrico: Disminuye la actividad
enzimtica
A ti d alostrico
Activador
l t i
I hibid alostrico
Inhibidor
l t i
Favorecido por
activadores alostricos
Favorecido por
inhibidores alostricos
+AA
Vmax
-E
+IA
Vmax/2
[S]
S0.5
Aplicaciones
Diagnstico mdico
Retroalimentacin negativa
-P (fosfatasa)
Glucosa
+P (quinasa)
Glucgeno
Glucosa
-P (fosfatasa)
La misma modificacin
acta
en dos enzimas de vas
opuestas, generando efectos
opuestos que generan la preferencia en un solo sentido.
T
Terapias
i
Suplementos de enzimas digestivas
Industria
Proteasas: Predigestin de protenas en la preparacin de comidas para bebs
Proteasas:
Carbohidrasa:: Para convertir almidn en azcar para bebidas energticas
Carbohidrasa
Isomerasa:: Para convertir glucosa en fructosa para alimentos dietticos
Isomerasa
Subtilisina:: Detergentes
Subtilisina
Celulasa:: Produccin de algodn y papel
Celulasa
Lipasas, proteasas
proteasas:: Fabricacin
de quesos
Fermentacin
Produccin de cuero
bioremediacin