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ESTRUCTURA DE LA CROMATINA Y LA HERENCIA DE LA INFORMACIN EPIGENTICA

Rahpael Margueron and Danny Reinberg


Resumen: A pesar de que es ampliamente aceptado que la regulacin del paisaje de la cromatina
es fundamental para transmitir el programa epigentico, todava no est claro como un dominio
definido de la cromatina es reproducido tras una replicacin de ADN y transmitido de una
generacin de clulas a la siguiente. Aqu, nosotros revisamos los mecanismos mltiples que
afectan potencialmente la herencia de la de informacin epigentica en clulas somticas.
Consideramos modelos de como podran ser recicladas las histonas tras la replicacin, y
discutimos la importancia de los enlaces de retroalimentacin positiva, la interaccin de largo
alcance de los genes y la compleja red de factores que actan en la transmisin de los estados de
la cromatina.
El desarrollo apropiado de organismos multicelulares conlleva la distincin especifica de tipos de
clulas dispares. A pesar de tener secuencias genmicas idnticas, diferentes tipos de clulas
exhiben sustancialmente diferentes perfiles de expresin gentica, y su identidad celular debe ser
conservado durante la divisin de clulas somticas. Entonces como estn especificados y
mantenidos los patrones de expresin gentica de clulas especficas? Ahora se reconoce que la
clave es la epigentica: la informacin estable y heredable que es distinta de las secuencias de
ADN y fomentada por mecanismos especializados. Esos mecanismos incluyen la metilacin del
ADN, pequeos ARNs de interferencia, variantes de histonas y modificaciones post-traduccionales
de la histona (PTMs). Sin embargo, hasta la fecha slo la metilacin de ADN ha demostrado ser
heredada de forma estable estable entre las divisiones celulares. Aunque se esra que algunas
PTMs de histona contribuyan a la transmisin de informacin epigenetica, otras participan en el
proceso de transcripcin las tambin llamadas marcas activas- y otras son susceptibles a ser
restringidas a funcuones estructurales. En esta revisin, consideramos los mecanismos que estan
involucrados en la transmisin de informacin epigentica como la divisin celular y por lo tanto,
contribuyen al mantenimiento de la identidad de la celula.
Para hacer frente al fenmeno de la epigentica, necesitamos tener en cuenta el ADN en el
contexto de la cromatina. En eucariotas, 147 bp de ADN es envuelto alrededor de un octmero de
histonas que consta de dos copias de H2A, H2B, H3 y H4. Los nucleosomas resultantes se
compactan an ms para formar estructuras de cromatina de orden superior, que siguen siendo
poco conocidas. La cromatina no es simplemente una herramienta de empaquetado; es tambin
una entidad ajustada dinmicamente que releja las seales reglamentarias para programar rutas
celulares apropiadas. Particularmente, cada nucleo de histona tiene una cola amino-terminal que
sobresale del nucleosoma y puede estar sujeto a PTMs, como acetilacin, metilacin, forforilacin y
monoubiquitilacin, as como otras modificaciones que estn menos estudiadas.
La cromatina est caracterizada tambin por la presencia de variantes de histonas, el
espaciamiento entre nucleosomas (conocido como ocupacin de nucleosoma) y la posicin de la
cromatina por si misma en el nucleo. Los prefiles de todo genoma (usando inmunoprecipitacin de
la cromatina seguida de microarrays (ChIP-chip) o secuenciacin (ChIP-seq)) ha proporcionado

variantes de histona, los patrones de metilacin de ADN y la ocupacin nucleosmica. Por otra
parte, el descubrimiento de los dominios de protenas - incluyendo dominios de cromosoma,
bromo-dominios,
planta
homeo-dominios
(PHDs),
dominios
tudor
y
tumor
cerebral
maligno
(MBT)
dominios - que reconocen especficamente una modificacin de las histonas definida han avanzado
nuestra
comprensin
de
el papel de los histonas PTMs. Aunque las histonas PTMs especficas se han correlacionado con
funciones definidas, tales como la regulacin de genes, est claro que un solo tipo de histona PTM
no dicta un solo resultado. Por ejemplo, la histona 3 lisina 9 trimetilacin (H3K9me3) se encuentra
tanto
en
la
heterocromatina
en
silencio
y
en
algunos
genes
activos.
Por lo tanto, ahora parece prudente considerar la cromatina como un compuesto de varios
dominios. Estos dominios se caracterizan por el enriquecimiento local de una combinacin
especfica de histonas PTMs, variantes de histona, ocupacin nucleosmica, los patrones de
metilacin de ADN y posiblemente, de localizacin nuclear. Es este conjunto de caractersticas s las
que nos referimos como la estructura de la cromatina o paisaje. Aunque algunas protenas que
regulan la estructura de la cromatina estn bien definidas, no est claro en la actualidad cmo
estn localizadas y limitadas en un lugar especfico las enzimas modificadoras de histonas, las
modificaciones de histonas y las protenas que reconocen la modificacin.
Primero se describen dos ejemplos de la regulacin de la transcripcin hereditaria a partir de dos
sistemas modelos, la levadura y la Drosophila Melanogaster, en la que los anlisis genticos han
contribuido sustancialmente a nuestra comprensin de la regulacin de la cromatina. Despus
analizamos como se segregan las histonas durante la replicacin de ADN y destacamos algunos de
los mecanismos necesarios para mantener dominios definidos de la cromatina. Finalmente,
describimos los resultados que muestran como la estructura de la cromatina acta en conjunto con
factores transformadores que llevan la informacin epigentica.
Ejemplos de regulacin transcripcional heredable
Establecido en respuesta a estmulos o durante el desarrollo, los patrones de expresin de gener
definidos deben mantenerse a travs de divisiones celulares. En las siguientes secciones vamos a
considerar dos ejemplos de este tipo de programas de mantenimiento y revisar los conocimientos
actuales sobre los mecanismos subyacentes putativos.
Memoria transcripcional. En respuesta a los estmulos externos, los patrones de expresin de los
genes se pueden modificar de forma duradera. Por lo tanto, se inform que la activacin artificial
inducida por la exposicin transitoria a inhibidores de la histona desacetilasa (HDAC) o por la
modulacin de medio de crecimiento conduce a la regulacin de genes hereditarios.
La acetilacin de la histona es asociada con activacin de genes y la desacetilacin es asociada
con represin de genes. Se ha encontrado que un gen indicador integrado en la heterocromatina
centromrica de de fisin de la levadura (Schizosaccharomyces pombe) cambian las celulas de un
reprimido a un estado activo despus de la exposicin al inhibidor de tricostatina HDAC A (TSA)
por cinco generaciones.

Cuando la levadura fue trasladada a medios de TSA agotado, el reporte permaneci activo e
hiperacetilado a travs de 200 generaciones, aunque en cada divisin celular un promedio del 2%
de las clulas regres al estado reprimido. Curiosamente, esta retencin de un estado activo no se
observ para los gener incorporados en eucromatina pero se mantuvo a travs de cruces con
levadura que no haba sido expuesta a TSA sugiriendo que la activacin no fue nicamente una
consecuencia de la regulacin del factor de transcripcin.
Un ejemplo diferente o memoria transcripcional en levadura ha sido descrito por el reguln de la
galactosa (GAL). Genes del reguln de de la levadura GAL son reprimidos en medio de glucosa,
pero son fuertemente inducidos en presencia de galactosa como la nica fuente de carbono. La
cintica de activacin de genes GAL son dramticamente diferentes dependiendo de la exposicin
previa de las clulas a la galactosa: mientras que la induccin es lenta, requiriendo hasta dos horas
para la activacin completa, la re-induccin despus seguida de un ciclo de activacin y represin
ocurre minutos. El grupo H3K4 metilasa se dirige a los genes transcripcionalmente activos.
H3K4me persiste en el gen GAL10 a travs del ciclo de activaci+on y represin, que ha llevado a
la sugerencia de que H3K4me ofrece una memoria de actividad transcripcional reciente. Sin
embargo, las enzimas responsables de la ubiquitilacion de H3K4me, H3K79me, H2BK123
(H2BK123ub) y la acetilacin de H3 (H3ac) mostraron ser prescindibles para esta rpida reinduccin. En lugar de ello, la memoria den GAL requiere la variante H2A.Z de la histona y el
modificador/sacarosa no fermentable (swl/sNF) complejo remodelador de la cromatina.
Una posible explicacin para el requisito de SWI / sNFcame de la observacin de que el gen GAL1
se traslada a la periferia nuclear despus de la primera induccin; la reubicacin depende de la
variante de la histona H2A.Z12 y la supresin de SWI / SNF impide la deposicin de H2A.Z sobre el
ADN. Curiosamente, una interaccin fsica dependiente de la transcripcin entre el promotor y el
terminador del gen (es decir, la secuencia de poliadenila nbcin que regula) se inform, y se sugiri
que este ' gen enlazador ' facilita la transcripcin re-iniciacin. Hampsey y sus colegas informaron
que el gen enlazador es crucial para la re-induccin de GAL10 (REF. 17), y Proudfoot y sus
colegas encontraron que era esencial para la re-induccin de la hexoquinasa 1 (HXK1). Estas
observaciones sugieren que la retencin de los componentes del mecanismo de transcripcin
despus de la transcripcin activa podra tener un papel importante en la rpida re-induccin de la
transcripcin en la levadura. Por el contrario, Tzamarias y sus colegas argumentan que el nivel
citoplsmico de la galactoquinasa Gal1 es crucial para la memoria de la transcripcin en la
levadura. Esta interpretacin se apoya en los resultados de los experimentos heterocarin, en los
que las clulas ingenuas respondieron rpidamente a la galactosa cuando se fusiona con el
citoplasma de las clulas inducida con galactosa antes de la fusin.
Cualquier mecanismo o mecanismos para la transcripcin de la memoria estn en funcionamiento,
los experimentos anteriores muestran la existencia de este fenmeno y que las histonas variantes
(H2A.Z), el complejo SWI / SNF de la remodelacin de la cromatina y localizacin nuclear tienen
papeles importantes. Adems, estos estudios sugieren que la estructura real del mecanismo de
transcripcin y / o una quinasa citoplsmica puede afectar el proceso de transcription de memoria.
Lo ms importante para el tema de esta revisin, se encontr que los efectos observados son
independiente de las modificaciones de histonas, y como el proceso involucra el mantenimiento de

un entorno de transcripcin permisivo, llegamos a la conclusin de que las modificaciones de


histonas que funcionan en la transcripcin ('marcas activas , tales como H3K4me3, H3K36me3 o
H3K79me3) son irrelevantes para el proceso de la memoria de la transcripcin. Se requieren ms
investigaciones para determinar si esta observacin es vlida para otros casos de regulacin
epigentica y si otras modificaciones de las histonas, como los que participan en el mantenimiento
de un estado reprimido (H3K9me, H3K27me y / o H4K20me, dependiendo del modelo), juegan un
papel importantes en el establecimiento de un dominio de cromatina heredada.
Posicin de efecto variegado. Desarrollo adecuado requiere el establecimiento de patrones
definidos y hereditarios de la expresin de genes especficos de cada linaje celular. Estudios de un
fenmeno llamado efecto de posicin-variegacin (PEV) dieron lugar a numerosos avances en la
comprensin de silenciamiento de genes durante el desarrollo. PEV fue descrita inicialmente en D.
melanogaster pero ya se ha observado en otros organismos, desde la levadura hasta los
mamferos.
Pev refleja bien el silenciamiento de un gen eucromatico cuando es movido artificialmente en la
proximidad de una regin heterocromatica o en el caso inverso la activacin de genes. utilizando
genes con un estado de la transcripcin que se puede controlar fcilmente (como el color de ojos),
este fenmeno fue explorado por la deteccin de mutaciones que mejoraron o se identific
variegacin suprimida, y hasta 150 modificadores de codificacin de PEV. Es importante destacar
que, PEV se establece temprano en el desarrollo (por el final de la primera estado larval), pero las
clulas de los ojos se someten a ms divisiones, lo que indica que esta regulacin se hereda
algunos de los modificadores de diversificacin -por ejemplo, la protena de heterocromatina 1
(HP1, tambin conocido como supresor de la variegacin 205 (Su (var) 205)), Su (var) 3-7 o Su
(var) 3-9 (Ref. 21)- muestran un efecto dosis-dependiente, es decir que tienen efectos opuestos
sobre la diversificacin cuando estn sobre o sub- regulados mediante manipulacin gentica. Es
de destacar que distintas regiones de la cromatina parecen estar regulados de manera diferente;
algunos de los genes que modifican variegacin cuando un gen eucromatico estaba situado en la
heterocromatina pericntrica eran ineficaces si este mismo gen se coloca en la heterocromatina
subtelomrica
La caracterizacin de los modificadores de abigarramiento revel que muchos estn involucrados
directa o indirectamente en la regulacin de la estructura de la cromatina. Por ejemplo, los niveles
reducidos de varias histona metiltranferasas, como Su (var) 3-9, potenciador de zeste (e (Z)),
conjunto de dominio bifurcados 1 (Setdb1, tambin conocido como sin huevo), PR / set contiene el
dominio de 7 desmetilasas (PR-SET7) o suv4-20, o histona, como Su (var) 3-3, se mostr a
reprimir variegation. Las modificaciones de las histonas que estas enzimas catalizan estn todos
asociados con la represin. Algunas regiones distintas objetivo de heterocromatina, como se
muestra por la prdida selectiva de la heterocromatina en el cromosoma 4 cuando Setdb1 se
elimina o pierde heterocromatina pericntrica cuando se borran Su (var) 3-9.
Por el contrario, la prdida de la funcin de JIl1, la quinasa que fosforila la histona 3 serina 10
(H3S10) - una modificacin que impide H3K9me, una marca que est asociada con la represin acta como un potenciador de la variegacin en la heterocromatina pericntrica. Esta introduccin
a Pev muestra que la regulacin de la cromatina tiene un papel crucial en la heredabilidad de los
estados de expresin gnica, se analizan a continuacin los mecanismos de que. Es importante
destacar que, el establecimiento y mantenimiento de la heterocromatina es tambin regulado por

los mecanismos de interferencia de ARN (RNAi) y por sus factores de transcripcin, como se
explica ms adelante.
Deposicin de la histona despus de la replicacin
Los ejemplos descritos anteriormente muestran que la cromatina tiene un papel crucial en la
herencia de la regulacin transcripcional. Sin embargo, para el xito de la divisin celular, el ADN
debe ser replicado. La interrupcin de la cromatina es inherente a la replicacin y la replicacin
significa que tendrn que ser incorporados, como el doble de la cantidad de ADN tiene que ser
empaquetados en nucleosomas histonas de nueva sntesis. Aqu, nos centramos en cmo la
estructura y las modificaciones de la cromatina se propagan; primero resumimos cmo se produce
la replicacin y luego considerarnos los modelos de segregacin de histonas.
Replicacin. La regulacin de la replicacin del ADN se inicia en la fase M tarda del ciclo celular
cuando los sitios de iniciacin de replicacin estn dirigidos por el reconocimiento de origen
complejo (ORC). Esto es seguido por la carga del complejo de mantenimiento del mini-cromosoma
(MCM complejo) y otras protenas para formar el complejo pre-replicacin (preRC). Este complejo
se activa en el G1/s lmite y se evita la produccin de nuevos preRCs, asegurndose de que la
replicacin se produce slo una vez por ciclo celular. La etapa de activacin conduce a la
produccin de un gran complejo (el complejo de protenas replisome) que contiene varias protenas
necesarias para la formacin de la actividad helicasa MCM, que cataliza la anulacin de ADN.
Por ltimo, la ADN polimerasa replicativa y protenas auxiliares - incluyendo el cargador de la pinza
(factor de replicacin C (RFC)), el (antgeno nuclear de clulas proliferantes (PCNA)) abrazadera y
la nica cadena de ADN vinculante protena de replicacin de protena A (RPA) - se cargan,
formando la replisoma.
Es importante destacar que la iniciacin de la sntesis de ADN requiere la sntesis de cebadores de
ARN por primasas de ADN primase; los cebadores son extendidos por la ADN polimerasa-.
Despus de la carga de PCNA por RFC, la ADN polimerasa y se hacen cargo de la sntesis de
ADN. PCNA interacta con las ADN polimerasas (FIG. 2) y aumenta notablemente su capacidad de
procesamiento. Cabe sealar que las hebras delanteras y revestidoras se replican de manera
diferente debido a la direccionalidad de actividad de las polimerasas de la 5 a la 3. Los filamentos
principales y menos se sintetizan de forma continua y discontinua, respectivamente. Cebado
mltiple y eventos de carga de PCNA se requieren en filamento de revestimiento.
Las histonas por delante del tenedor de replicacin deben ser removidas durante el paso del
tenedor de replicacin, y los experimentos de replicacin in vitro han demostrado que el ADN se
repliega en cromatina cerca detrs del tenedor de replicacin, con un tiempo ligeramente diferente
para las cadenas principales y revestidoras. Actualmente se acepta que las viejas histonas primero H3-H4 y H2A-H2B - se depositan en ambas hebras del ADN recin replicado.
Ya sea en el citoplasma o durante su posterior importacin en el ncleo, las histonas no estn
libres, pero estn ligadas a las chaperonas de histonas (discutidas ms adelante), y H3 y H4 estn
siempre co-asociadas. Durante mucho tiempo se pens que los H3-H4 se depositan como un
tetrmero, pero los informes recientes han demostrado que los H3-H4 libre existen en las clulas
como un dmero. Esta observacin fue apoyada por la estructura del factor alternativo de corte y
empalme la chaperona de histona 1 (Asf1, tambin conocido como sFRs1), que revel que
interacta con un dmero de H3-H4.
Curiosamente, las histonas recin sintetizados se modifican despus de la traduccin antes de su
deposicin: de metazoos a los seres humanos, los residuos de K5 y K12 estn acetilados en la
mayor parte de la H4 citoplsmica. Estas marcas son necesarias para la deposicin de histonas y

se eliminan durante la maduracin de la cromatina. Una subfraccin de H3 citoplasmtica humana


muestra monometilacin de H3K9 y tambin algunos acetilacin, pero los papeles de estas
modificaciones no estn claros. En la levadura, un estudio reciente inform que H3K56ac juega un
papel importante en el ensamblaje de nucleosomas, aumentando la afinidad del factor de
ensamblaje de la cromatina 1 (Caf1) acompaante para H3. Aunque esta marca se ha detectado
recientemente en los mamferos, su funcin todava no est clara.
Modelos de segregacin de histonas. Dos escenarios diferentes se pueden prever mediante el
cual las histonas 'nuevas' y 'viejas' (el ltimo de los cuales llevan su PTMs originales) se
distribuyen despus de la replicacin del ADN. En primer lugar, la cromatina se puede formar de un
grupo de histonas nuevas y viejas que se depositan al azar en el ADN recin replicado; este es el
'modelo aleatorio' (Fig. 3A). Este modelo enfatiza en la importancia de la herencia del dominio de la
cromatina.
De hecho, la histona PTM no slo puede ser diluida por la incorporacin de nuevos histonas sino
tambin su distribucin en relacin con la secuencia de ADN probablemente sera modificada. Este
modelo predice que una histona PTM (o una combinacin de PTM) slo se transmite eficazmente
cuando se enriquece en varios nucleosomas adyacentes, y, posiblemente, en cada copia de las
histonas
(ver
crculos
rojos
en
Higo. 3A). Por el contrario, las Histonas PTM que estn presentes en slo unas pocas copias
conseguiran diluida y su influencia en la regulacin podra perderse (ver crculos de color naranja
en
la
Fig.
3A).
En vista de este modelo, si H3-H4 es segregada como dmeros o tetrmeros es un punto
relativamente discutible, como el enriquecimiento general del dominio para uns histona PTM tiene
prioridad.
La segunda posibilidad es el modelo semi-conservador, lo que sugiere que los dmeros o
tetrmeros H3-H4 se distribuyen por igual entre las dos hebras durante la replicacin del ADN (FIG.
3B). La propagacin de las modificaciones de las histonas (que potencialmente transmiten
informacin epigentica) requerira entonces el mecanismo que duplica las marcas de histonas
entre las colas correspondientes de un nucleosoma si se produce la segregacin como dmeros, o
entre nucleosomas adyacentes si la separacin se produce como tetrmeros. Aunque esta
hiptesis es atractiva por su simplicidad con respecto a la propagacin de histonas PTM, es difcil
concebir cmo cada dmero o tetrmero H3-H4 se deposita despus de la replicacin de una
manera ordenada en las hebras delanteras y de revestimiento, como las dos cadenas no son
sintetizados simultneamente.
En lo referente a un dmero en comparacin con la deposicin del tetrmero H3-H4, aunque
histonas recin sintetizadas son transportadas por Asf1 como un dmero H3-H4, varios estudios
han demostrado de forma convincente que los dmeros nuevos y viejos no se mezclan durante el
proceso de replicacin. Esto sugiere que el H3-H4 se deposita como un tetrmero. La aparente
discrepancia podra reflejar el hecho de que el reciclaje de histonas y su deposicin implica varios
pasos y diferentes histonas chaperonas. Se inform de que Asf1 interacta con CAF1, que se
compone de tres subunidades, p150, p60 y p48, y con PCNA40, que es un homotrmero. Teniendo
en cuenta que Asf1 impide la tetramerizacin de H3-H4, se propone que los dmeros H3-H4 se
transfieren desde Asf1 a CAF1 para la deposicin (. Figura 2). Aunque tenemos informacin sobre
los pasos a seguir y los participantes, los mecanismos exactos y, lo ms importante, la
estequiometra de las interacciones protena-protena implicadas en estas operaciones requieren
una
mayor
investigacin.
Por lo tanto, el mecanismo exacto de la segregacin de las histonas durante la replicacin sigue
siendo difcil de alcanzar.

Propagacin
de
las
marcas
epigenticas
Tras la replicacin del ADN, la cromatina recin formada lleva slo parte de la informacin
epigentica. Para asegurar la estabilidad de la estructura de la cromatina, clulas necesitan
duplicar rpidamente la informacin original. En las secciones siguientes se discuten algunos
mecanismos que contribuyen a la correcta duplicacin de modificaciones de las histonas, que
potencialmente
propaga
informacin
epigentica.
Basado en las modificaciones de nucleosomas que se producen en la regin de tipo de
apareamiento en silencio en la levadura, Thon y sus colegas desarrollaron un modelo matemtico
de la regulacin de la histona PTM en el contexto de un proceso de dos estados. Los autores
asumieron que el modelo es aplicable a las condiciones biestables, es decir, la transicin de un
estado a otro puede ocurrir, pero lo hace con una frecuencia relativamente baja.
Biestabilidad se mantiene de manera eficiente a travs de la replicacin si se supone que las
histonas PTM son segregadas al azar durante la replicacin y que los nucleosomas recin
depositados son sencillos ingenuos (es decir, que estn desprovistos de las modificaciones de
histonas que regulan la transicin de un estado a otro y son, por lo tanto, objetivos potenciales para
estas modificaciones). Hemos mencionado anteriormente que las histonas recin incorporadas no
llevan los PTM que estn potencialmente implicados en la transmisin de informacin epigentica.
Lo ms importante, biestabilidad requiere cooperatividad entre las modificaciones de las histonas y
la retroalimentacin positiva para la difusin de una marca definida. Adems, esta respuesta
positiva no slo debe propagar la marca lineal - es decir, a los nucleosomas adyacentes - sino
tambin alcanzar los objetivos de varios nucleosomas a distancia, lo que resalta la importancia de
la estructura de la cromatina de orden superior. Consideramos mecanismos que podran ser
cruciales para la propagacin de la informacin epigentica a la luz de estas predicciones tericas,
que creemos que son de gran importancia para la comprensin de la transmisin de las marcas de
histona y la creacin de dominios de herencia de cromatina. Es importante sealar que, aunque
tenemos una idea acerca de la propagacin de la metilacin del ADN y los modelos emergentes
para la duplicacin de las histonas PTM, se sabe muy poco acerca de la herencia de la tenencia de
nucleosomas o de las variantes de las histonas.
Duplicacin

de

estructura

de

la

cromatina

acoplado

ADN

replicacin. De acuerdo con el modelo terico presentado anteriormente, la face S es un paso


importante para la propagacin de la informacin epigentica, como es ms probable que la
cromatina recin sintetizada cambie de un estado a otro. Por lo tanto, se sugiri que la informacin
epigentica
Por lo tanto, se sugiri que la informacin epigentica podra ser duplicado rpidamente si los
factores que modifican la cromatina se acoplaron al mecanismo de replicacin. En consecuencia,
PCNA se sugiere tener un papel fundamental en la organizacin de las diversas enzimas
necesarias para modificar la cromatina recin replicada.
el PCNA es un homotrmero que forma una estructura en forma de anillo que se desliza a lo largo
del ADN despus de la ADN polimerasa, y tambin permanece unido a la hebra de revestimiento
de
la
cromatina
despus
de
la
replicacin
se
ha
terminado.
PCNA interacta con muchas protenas a travs de una bolsa hidrofbico situadas entre sus dos
dominios globulares. Estas protenas interactivas por lo general tienen un motivo conservado
llamado la protena PCNA interactiva (PIP), y, en teora, cada anillo PCNA podra ponerse en
contacto con tres interactores diferentes al mismo tiempo.

La propagacin de la metilacin del ADN se puede utilizar para ilustrar este modelo. Se requiere la
metilacin de citosina para el desarrollo en eucariotas con grandes genomas.
Por ejemplo, la eliminacin de la de ADN metiltransferasa 1 (Dnmt1) en ratones da como resultado
letalidad embrionaria temprana y, a nivel celular, la interrupcin de la expresin de DNMT1 resulta
en la detencin del ciclo celular y en muerte celular. Tres ADN metiltransferasas se han
caracterizado en los mamferos, DNMT1, DNMT3A y DNMT3B. El modelo clsico es que DNMT3A
y DNMT3B estn involucrados en la metilacin de novo y la DNMT1 se requiere para el
mantenimiento de la metilacin del ADN y reconoce especficamente ADN hemimetilado. Sin
embargo, el aumento de la evidencia apoya la idea de que las tres metiltransferasas de ADN de
mamferos estn implicadas en el mantenimiento de la metilacin del ADN. DNMT1 se localiza en
los focos de replicacin entre mediados y finales de la fase s y se encontr que interactua con
PCNA51.
Sin embargo eliminacin de este dominio no impide la asociacin de DNMT1 con focos de
replicacin, y DNMT1 todava es capaz de propagar la metilacin del ADN. Una explicacin para
esta observacin vino de informes recientes de otra protena, la protena nuclear 95 (NP95,
tambin conocido como uHRF1), que interacta con DNMT1 y PCNA.
NP95 - / - las clulas madre embrionarias presentan una prdida global de la metilacin del ADN y
la tincin difusa para DNMT1 en lugar de localizacin de la regin de heterocromatina replicativa.
Por otra parte, NP95 une CpG metilado a travs de su dominio SRA (set and ring- fingerassociated).
Es importante destacar que hay ms pruebas de que la distribucin de la metilacin del ADN
podra, en algunos organismos, es un determinante importante del paisaje de la cromatina a travs
del control de la variante de deposicin de la histona y las histonas PTM. De acuerdo con esta idea,
se demostr que H3K4me3 y la metilacin del ADN estn inversamente correlacionados y, al
menos en las plantas, la metilacin del ADN y H2A.Z son mutuamente excluyentes y H3K9me2,
H3K9me3 y la metilacin del ADN son altamente coincidentes.
El ejemplo de H3K9me ha sido examinado en varios organismos. La exclusin de DNMT1 en
mamferos result en disminucin de los niveles de H3K9me2 y H3K9me3. Por el contrario, en
Neurospora crassa, la inactivacin de DIM5, que est relacionada con la metiltransferasa H3K9 Su
(var) 3-9, o mutacin de H3K9 condujo a la disminucin de la metilacin del ADN. En los
mamferos, hay al menos cinco enzimas que catalizan H3K9me, incluyendo SUV39H1, SUV39H2,
G9A, Setdb1 y seTDB2. La exclusin de Suv39h1, Suv39h2 o G9A tiene un impacto en la
metilacin del ADN en una localizacin definida. Curiosamente, se ha informado de que G9A y
Setdb1
interactan
con
PCNA42.
G9A puede formar un complejo con DNMT1 y PCNA, mientras Setdb1 podran estar asociados con
la vinculacin de la protena 1 de dominio (MBD1) de metil-CpG , que interacta con PCNA travs
CAF1. Los mecanismos exactos que conectan la replicacin para la metilacin del ADN y H3K9me
no estn completamente aclarados y pueden depender del lugar y la hora de la replicacin
genmica. Sin embargo, parecen estar estrechamente asociada a la replicacin a travs de PCNA.
PRseT7 (tambin conocido como seTD8), que es la nica histona metiltransferasa conocido para
catalizar H4K20me1, se ha informado que interactua con PCNA en los mamferos. La expresin de
PRseT7 y la ocurrencia de H4K20me1 son ciclo celular regulado ambos aumentan durante y
despus de la mitosis, los niveles de H4K20me1 disminuyen, posiblemente debido a la conversin
a H4K20me2 o H4K20me3 y / o dilucin durante la fase S cuando se incorporan las histonas
sencillas. Curiosamente, la estabilidad de la PRseT7 se regula a travs de ubiquitilacion posiblemente por el skp, Cullin, que contiene la caja F-(SCF)complejo ubiquitina ligasa- y
degradado pronto en la fase G1. El homlogo de D. melanogaster de PRseT7 fue reportado
comoun supresor de la variegacin, por lo que por lo tanto se espera que H4K20me1 transmita
alguna
informacin
epigentica.

La idea de que se propagara PRseT7 H4K20me1 durante la fase S a travs de su interaccin con
PCNA es difcil de conciliar con los bajos niveles de H4K20me1 en la fase S y la restriccin de la
expresin PRseT7 a la fase G2 / M del ciclo celular. Sin embargo, debe tenerse en cuenta que los
estudios en curso sugieren que la asociacin entre PRseT7 y PCNA podra estar relacionado con la
respuesta al dao del ADN en lugar de a la replicacin (H. oda, M. Hubner, D. Spector y DR, datos
no publicados).
Por otra parte, dado que PCNA est presente en todo el genoma durante la replicacin del ADN y
la reparacin del ADN en lugar de ser reclutados a una locacin especfica, parece apropiado
especular que PRseT7 tiene diferentes funciones durante el dao del ADN y durante la mitosis.
Lazos de retroalimentacin positiva. Despus de la replicacin, la cromatina recin formada es
probable que se acte sobre diversos modificadores de la cromatina. Para garantizar la fiel
propagacin de la informacin para el final de la mitosis, una modificacin no slo debe servir como
una plantilla, sino tambin debe promover an ms la deposicin de dicha modificacin en
nucleosomas recien incorporados. Esto requiere cooperatividad entre la marca y la enzima que la
cataliza, que constituye un lazo de retroalimentacin positiva. Unos pocos ejemplos de tales bucles
se han descrito y se discuten a continuacin.
El sello distintivo de la heterocromatina de la levadura de fisin para mamferos es H3K9me.
Aunque varios histonas metiltransferasas dirigen este residuo en los mamferos, se demostr que
SUV39H1 y SUV39H2 son responsables de H3K9me3 en la heterocromatina constitutiva.
HP1 -una protena altamente conservada que est asociado con la heterocromatina y modula Pev
en D. melanogaster - ha demostrado ser importante para ligar H3K9me3 y la formacin de
heterocromatina.
En la levadura, se encontr que H3K9me es crucial para el enganchamiento de la ortloga de HP1,
Swi6 (REF. 74), como la chromodomain de Swi6 interacta con H3K9me2 y H3K9me3 (referencias
75,76). HP1 tambin interacta directamente con SUV39H1 y SUV39H2 a travs de su dominio
chromoshadow. Por lo tanto, H3K9me3 y heterocromatina podran extenderse a travs del lazo
positivo constituido por el reconocimiento de HP1 H3K9me3 y su posterior contratacin de
SUV39H1 y SUV39H2. El papel de ARN no codificante en este lazo positivo se discutir a
continuacin y, como se mencion anteriormente, en los mamferos la metilacin del ADN
contribuye a este lazo.
Otro
ejemplo
de
retroalimentacin
positiva
implica
Polycomb repressive complex 2 (PRC2), el componente enzimtico de las cuales, Enhancer Zeste
Homologue 2 (EZH2), cataliza H3K27me. Aunque existen algunas discrepancias en la literatura en
cuanto a si la marca H3K27se puede auto propagar (referencias 78,79 y RM y DR, datos no
publicados), un estudio reciente utilizando un enfoque multidisciplinario - incluyendo la bioqumica,
la biologa estructural y la gentica - mostr un mecanismo para la propagacin de H3K27me3.
Este estudio mostr que el desarrollo embrionario ectodermo componente PRC2 (EED) se une
especficamente a la marca represiva de la histona H1K26me3, H3K9me3, H3K27me3 y
H4K20me3 a travs de una jaula aromtica. EED es responsable del reconocimiento especfico de
lisinas represivas trimetiladas por
PRC2, aunque otros componentes de este complejo
contribuyen a la afinidad general para los nucleosomas. Esta unin especfica por EED lleva a una
estimulacin alostrica de la actividad PRC2. La estimulacin es ptima cuando EED interacta
con los aminocidos precedentes de H3K27, de manera que H3K27me3 aumenta la actividad
PRC2 ms que H3K9me3 (aunque EED tiene una afinidad de unin ligeramente mayor para
H3K9me3 y otras marcas represivas) (. figura 4). En D. melanogaster, la mutacin de residuos en
EED que son importantes para la unin de histonas PTM represivas causaron polycomb y redujo

los niveles de H3K27me. Juntos, estos resultados muestran que se requiere la capacidad de una
histona PTM para promover su propia duplicacin para su mantenimiento.
Cooperatividad
entre
modificadores
de
la
cromatina.
La cooperatividad entre modificadores de la cromatina es probable que sea una consecuencia de la
exclusividad mutua de algunos PTM en un residuo de histona definido. Por ejemplo, la acetilacin y
metilacin
no
puede
ocurrir
en
el
mismo
residuo.
Por lo tanto, se han encontrado que las HDAC estn asociadas con histonas metiltransferasas: por
ejemplo, los asociados SUV39H1, ya sea con HDAC1 (Ref 81.) O sirtuin 1 (SIRT1). Sin embargo, la
cooperatividad puede ocurrir tambin para el mismo tipo de modificacin en un residuo particular.
Por ejemplo, SUV39H1 y SUV39H2 dimethylate H3K9 y H4K20 y suv4-20H1 y suv4-20H2
trimethylate H3K9 y H4K20, pero cada una de estas histonas methyltransferases requiere un
sustrato
monometilado.
En consonancia con esto, la supresin de PRseT7 (que cataliza H4K20me1) se asocia con una
prdida de H4K20me2 y H4K20me3 (REF. 69). Se requiere ms trabajo para comprender cmo la
monometilacin es dirigida y si este sustrato contribuye a la regulacin de la propagacin de las
versiones di y Trimetiladas. Tambin se ha determinado que las Histonas PTM en diferentes
residuos son exclusivas en algunos casos, como en la fosforilacin de H3S10 y en H3K9me3 (REF
84.) - Una modificacin debe ser borrada para establecer otra. Por lo tanto, es probable que
cooperatividad entre modificadores de la cromatina sea un mecanismo general.
Arquitectura Nuclear e interacciones de largo alcance. Nuestros conocimientos actuales acerca
de la relacin entre la arquitectura nuclear y la regulacin de la cromatina es principalmente
correlativa y, hasta ahora, poco se sabe acerca de la participacin de la arquitectura nuclear en la
propagacin de la informacin epigentica. Sin embargo, el desarrollo de tecnologas como
Chromosome Conformation Capture (3C) ha llevado a una mejor caracterizacin de las
interacciones de la cromatina de largo alcance, y varios estudios de apoyan la participacin de
dichas
interacciones
en
el
mantenimiento
de
silenciamiento
epigentico.
En D. melanogaster, la insercin del transgn Fab7 conduce a una represin variegada de los
genes vecinos, y esto proporciona un ejemplo de largo alcance interacciones de la cromatina que
se producen en trans. Silenciamiento del transgn Fab7 es mayor en las moscas hembras
homocigotos y requiere que el locus endgeno Fab7. Fab7 contiene un elemento de respuesta
Polycomb que es reconocido por el grupo de protenas Polycomb (PcG), y se demostr que el
locus endgeno y el transgn estaban asociados fsicamente de una manera dependiente de las
protenas PcG. Adems, el mecanismo RNAi se requiere para la interaccin de largo alcance entre
las copias Fab7 transgnicos, aunque no hay evidencia clara que apoye la participacin de los
pequeos RNAs no codificantes en regulacin PcG. Se ha dicho que la interaccin fsica entre las
regiones para las que el silenciamiento de la cromatina es mantenido por protenas PcG es un
mecanismo
general.
Dado que las protenas PcG forman estructuras subnucleares llamadas cuerpos polycomb, es
tentador especular que la estructura de la cromatina de orden superior podra promover
la propagacin de la cromatina mediada por silenciamiento gnico.
El papel de los factores intermoleculares (trans-acting)
Un tema crucial para determinar el mecanismo de la herencia epigentica es entender cmo
modificadores de la cromatina se dirigen a un lugar especfico. Ya hemos visto que se requieren
marcas preexistentes, y en la siguiente seccin discutiremos cmo trabajan mano a mano con los
factores intermoleculares.

El ARN no codificante. La secuenciacin del genoma y los avances en anlisis de todo el genoma
de ARN han revelado recientemente que slo una pequea proporcin (1,2%) del genoma humano
codifica protenas, aunque una gran parte del genoma se transcribe. Una explicacin para estos
resultados es la existencia de un gran repertorio de ARN no codificantes cortos y largos (ncRNAs)
que incluye muchos RNAs nuevos adems de los ncRNAs caracterizado previamente (por ejemplo,
ARNt, ARN ribosmico (ARNr) y ARN nuclear pequeo (snRNA)). El aumento de la evidencia
sugiere que los ncRNAs recin descubiertos son funcionales e importantes para la regulacin de
genes.
Se sabe de pocos ncRNAs implicados en el montaje de la heterocromatina. La formacin de
heterocromatina ha sido ampliamente estudiada en la levadura de fisin, en el que se muestra bajo
la acetilacin de histonas, alta metilacin de H3K9 e interrupcin a la interferencia con el
mecanismo del RNAi. Propiedades similares fueron descritas para la heterocromatina en D.
melanogaster, en las plantas y, en cierta medida, en los mamferos, aunque en plantas y mamferos
metilacin del ADN proporciona otro nivelde la regulacin. El mecanismo de RNAi ha demostrado
ser importante para H3K9me en los centrmeros en S. pombe y D. melanogaster. En las plantas,
las mutaciones en el mecanismo de RNAi afectan a H3K9me y a la metilacin del ADN; Sin
embargo, los estudios informaron que el nocaut de Dicer en clulas madre embrionarias de
mamferos conllevan a conclusiones diferentes. En S. pombe, se demostr que H3K9me es
necesario para la estabilizacin del mecanismo de accin de RNAi en la cromatina.
Teniendo en cuenta la interdependencia entre los modificadores de la cromatina/ lectores de la
cromatina y los mecanismos RNAi, los cuales son necesarios para el mantenimiento de la
heterocromatina, es importante entender cmo estos dos sistemas distintos estn dirigidos a la
cromatina y la forma en que actan conjuntamente. El modelo de fisin actual en la levadura
sugiere que el complejo de silenciamiento transcripcional inducido del ARN (RIT) es reclutado para
ARN
naciente
de
forma
dependiente
de
RNAiy
H3K9me.
El reclutamiento artificial de RIT a las transcripciones nacientes result en la posterior metilacin de
H3K9, y el reclutamiento del complejo ARN directo-ARN polimerasa (RDRC) y Swi6 da lugar al
silenciamiento de la heterocromatina. Se espera que el aumento de la produccin H3K9me y RNAi
genere un lazo de retroalimentacin positiva que permita la difusin de la heterocromatina
en CIS. Por lo tanto, la formacin de heterocromatina podra iniciarse durante la fase S tarda del
ciclo celular por un aumento de la ARN polimerasa II dependiente en la transcripcin de las
repeticiones no codificantes que cubren la cromatina centromrica central. Sin embargo, la forma
en que esta transcripcin est regulada sigue siendo poco clara.
En S. pombe, los factores de transcripcin especficos de secuencia, como Atf1, pCR1 y Taz1, son
necesarios para la formacin de heterocromatina en el lugar de apareamiento (Atf1 y pCR1) y los
telmeros (Taz1). En D. melanogaster, se ha demostrado que el identificador de la protena de zinc
Su (var) 3-7 es necesario para la formacin de heterocromatina, y la unin de factores de
transcripcin del ADN tambin podra ser crucial para este proceso en mamferos (T. Jenuwein,
datos no publicados) . La funcin del ncRNA largo en el silenciamiento de la cromatina est apenas
estudiandose, y hay mucho que aprender de los experimentos futuros. Los resultados preliminares
sugieren que los ncRNAs largos podran estar involucrados en el reclutamiento de los
modificadores de la cromatina, entre otras funciones. Este fenmeno puede ser importante en la
imprenta de genes, aunque los mecanismos por los que los modificadores de ARN y cromatina
interactan no son claras, ya que su asociacin parece ser especfico de la clula. Muchas
preguntas permanecen, tales como: Cmo se regula la expresin de ncRNAs largos? Se
correlacionan con la transcripcin activa? Su funcin es eliminar los factores asociados al ADN?
Proporcionan estos un nuevo mecanismo para el reclutamiento de los factores que silencian a los

genes activos? Es importante destacar que patrones especficos de metilacin de las histonas
estn
asociados
con
sus
promotores
en funcin de su expresin, y los factores de transcripcin comunes (como MYC y SP1) estn
implicados en su regulacin. La importancia de esta correlacin con las modificaciones de histonas
sigue siendo difcil de alcanzar, pero el estudio de los ncRNAs largos promete ser fructfera.
Aunque se ha observado interdependencia entre las modificaciones de la cromatina, ncRNAs
largos y factores de transcripcin, el mecanismo que asegura la focalizacin especfica no est
claro. Sin embargo, esta cuestin podra no ser relevante si se da la presencia simultnea de
modificaciones de la cromatina, factores de transcripcin y ncRNAs que se requiere para mantener
la informacin epigentica de la cromatina en dominios definidos.
Factores de transcripcin. La ocupacin del nucleosoma, las histonas PTM y la metilacin del
ADN son fundamentales para determinar qu elementos de la respuesta sern ligados por un factor
de transcripcin particular, ya sea directamente, mediante la regulacin de la afinidad de un factor
de transcripcin por su sitio de unin, o indirectamente, a travs de factores que reconocen un
ambiente de cromatina definido. Sin embargo, la relacin entre los factores de transcripcin y la
cromatina pueden tambin trabajar de otra manera: los factores de transcripcin pueden formar
lazos reguladores (incluidos los lazos de retroalimentacin positiva) que imponen la regulacin
epigentica. Adems, como se seal anteriormente, los factores de transcripcin pueden tener un
efecto indirecto a travs del control de la expresin ncRNA. Adems, la importancia de los factores
de transcripcin en la transformacin de la cromatina se ha demostrado por los experimentos de
reprogramacin. La transformacin de las clulas de su estado totalmente diferenciado a clulas
madre pluripotentes requiere la expresin transitoria de slo unos pocos factores de transcripcin,
que inician una reestructuracin dramtica de la transformacin de la cromatina.
Conclusin
En esta revisin hemos hecho hincapi en que la transmisin de informacin epigentica resulta de
las contribuciones de varios mecanismos diferentes. Estos mecanismos son: el reciclaje de las
histonas viejas durante la replicacin, la cooperatividad en la marca de duplicacin de histonas,
interacciones de largo alcance, la arquitectura de la cromatina definida y la compleja red de
factores
intermoleculares
(trans-acting),
ya
sean
protenas
o
ARN.
Probablemente los ejemplos ms notables de la complejidad inherente a la regulacin epigentica
son la inactivacin del cromosoma X en los mamferos o la compensacin de dosis en D.
melanogaster y gusanos, que han sido recientemente revisados. De hecho, en hembras de los
mamferos, uno de los dos cromosomas X es silenciado tempranamente en la embriogenesis,
y este silenciamiento se hereda a travs de divisiones celulares. La creacin y el mantenimiento del
programa de silenciamiento del cromosoma X requiere el espectro de mecanismos que hemos
discutido en esta revisin: la metilacin del ADN, modificaciones de las histonas, variantes de
histonas,
la
localizacin
nuclear,
ncRNA
y
factores
de
transcripcin.
Es importante destacar que estos mecanismos de regulacin no funcionan de manera aislada, sino
que funcionan a travs de cooperatividad positiva y negativa, mecanismos que se siguen
considerando poco conocidos. La comprensin de cmo un paisaje definido de la cromatina
promueve el reclutamiento de factores intermoleculares o modula la actividad enzimtica de los
complejos de modificacin de cromatina ser importante para el perfeccionamiento de los modelos
de herencia epigentica.