Universidad Andrs Bello

Facultad de Ciencias Biolgicas

Escuela de Ingeniera en Biotecnologa
Bioinformtica de protenas

Docking de ligandos Anandamida,

Zingerona y Chalcona 5 al canal
TRPV1

Alumnos: Constanza
Galilea
Joaqun Seplveda

Fecha de entrega:
27/05/14

Introduccin
El receptor vaniloide 1 o receptor de potencial transitorio V1 (TRPV1), es un
canal catinico no selectivo activado por ligando con permeabilidad para
calcio y sodio, el cual se expresa en neuronas nocioceptivas sensoriales y
est involucrado en la transmisin, modulacin e integracin de diversos
estmulos relacionados con el dolor. TRPV1 puede ser activado por mltiples
ligandos como: ligandos exgenos compuestos con un grupo vanlico tal
como la capciacina, resiniferatoxina (RTX), zingerona y el eugenol,
compuestos no vaniloides como triprenil fenoles y la piperina y tambin por
estmulos fsicos como el calor y el pH, tambin puede ser activado por
ligandos endgenos liberados durante la inflamacin (endovaniloides) como
la anandamida, Narachidonyldopamine, N-oleoyldopamine y productos de
la lipoxigenasa (OLDA, NADA) [1]. TRPV1 posee 6 dominios de
transmembrana, una cadena hidrofbica formadora de poro entre los
segmentos transmembrana 5 y 6, un N-terminal largo con 3 dominios
ankyrin y un C-terminal con un dominio TRP [2].
Existen diversos residuos claves para la interaccin entre el receptor TRPV1
y sus ligandos dentro de estos se sabe que los residuos Tyr-511 y Ser-512,
localizados en el loop intracelular entre el 2 y 3 segmento as como Met547
y Thr550 en las regiones de transmembrana 3 y 4 pueden interactuar con
los ligandos vaniloides (3,4), en especial Tyr511 el cual se encuentra
conservado en varias espacies y es crtico en la sensibilidad a vaniloides [3].
Existen modelos donde Tyr511 y Ser512 interactan con el motivo vaniloide
en una interaccin aromtica -aromtica [3], mientras que en otros modelos
proponen una interaccin hidrofbica entre Try511 y la cadena hidrofbica
de ligandos como RTX y una interaccin puente de hidrgeno entre el
motivo vaniloide y el grupo hidroxilo de Thr550 [4].
Otros residuos importantes para la interaccin con ligandos son Arg- 114 y
Glu-761 en el N- y C-terminal, respectivamente. Mutaciones en el dominio
TM 6 reducen la afinidad por ligandos como RTX y mutaciones en el poro
(Glu-636, Asp-646, and Glu-648) afectan la sensibilidad a capsaicina [2].
Tambin existen mltiples residuos involucrados en la regulacin del
receptor por protones (Glu-600, Glu-648), fosforilacin (Ser-116 en Nterminal, Thr-370, Thr144, Ser800), PIP2 (residuos 777820) [2] y ATP (K155,
K160 y L163 forman el sitio de unin a ATP el cual sensibiliza el canal y evita
la taquifilaxis)[5,6].
Residuos como la cistena 157, localizada en el N-terminal la cual reacciona
con agentes que modifican cistenas, como la alicina, y el residuo H378 el
cual se desprotona al interactuar con agentes qumicos alcalinos,

promueven la activacin del canal. Adems, Glu648 y Asp646, son

responsables de la interaccin con poliaminas y el residuo Cys621 del poro,
desempea un papel importante pues interacta con agentes reductores
[7].

Resultados
Se obtuvieron las energas de unin para cada uno de los ligandos
unidos a TRPV1 en diferentes conformaciones y se eligi la que posee
la ms baja. Se determinaron cules son los residuos a los que el
ligando se une mediante revisin bibliogrfica y mutacin de estos
residuos para comprobar que la energa de unin es ms alta cuando
se cambian los residuos claves.
Nombre del ligando
Anandamida
Zingerona
-metil-4-hidroxichalcona

Energa de unin
-3.77
-4.75
-5.81

Residuos del
entorno
Phe245, Gly244
Tyr511, Ser512
Ser 402, 403, Tyr401

Discusin
En el caso del ligando -metil-4-hidroxi-chalcona (chal5), no existe
bibliografa del sitio de unin de esta molcula al canal, por lo que se realiz
Docking en toda la molcula con el objetivo de encontrar el sitio donde
existiera la mejor unin, este se eligi tomando el que posee la energa de
unin ms baja.
Chalcona5: kI: 60.32uM, Intermolecular Energy: -6.95, Internal Energy: -0.53,
Unbound Extended Energy: -0.53
En el caso del ligando zingerona este es un gingerol, los gingeroles poseen
un motivo vaniloide y tienen actividad agonista sobre el rector TRPV1 similar
al de la capsaicina. La actividad de los gingeroles depende del largo de su
cadena hidrofbica, entre mayor nmero de carbones poseen mayor
potencia. En el caso de la zingerona al no poseer cadena hidrofbica larga
su actividad en el receptor TRPV1 es menor comprada con la capsiacina y
otros gingeroles de cadena larga [8]. Esto podra explicar por qu la energa
de unin del zingerone al receptor TRPV1 es menor que la energa de otros
ligandos como la chalcona. Segn bibliografa los residuos de Tyr 511 y

Thr550 son claves para la unin de los gingeroles al receptor TPRV1. Existe
una interaccin hidrofbica entre Try511 y la cadena hidrofbica del
zingerone y una interaccin puente de hidrgeno entre el motivo vaniloide
del zingerone y el grupo hidroxilo de Thr550. Sin embargo puesto que la
cadena hidrofbica es corta la interaccin con Tyr511 no es tan fuerte como
con otros ligandos.
Zingerona: kI:344.88uM, Intermolecular Energy: -6.21, Internal Energy:
-0.91, Torsional Energy:
1.49, Unbound Extended Energy:-0.91.
En el caso del ligando anandamida este es un neurotransmisor lipdico que
imita los efectos de los canabinoides y es un activador de TRPV1 capaz de
inhibir la unin de RTX al sitio de unin vaniloide esto podra sugerir que
existe una interaccin directa entre el sitio y la anandamida o que existe
una regulacin alostrica y en ese caso el sitio de unin de la anandamida al
receptor sera diferente al sitio de unin vaniloide [9]. Como la informacin
en la bibliografa apunta a diferentes sitios de unin posibles para la
anandamida, realizamos docking para distintos lugares del canal, de estos
elegimos el que posea menor energa de unin. El sitio que encontramos
posea menor energa de unin era al unirse a un residuo de fenilalanina.
Anandamida: kI:1.82mM, Intermolecular Energy:-8.81, Internal Energy: -2.35,
Torsional Energy:5.07, Unbound Extended Energy: -2.35
Log P
(octanol/agua): 5.038
El coeficiente de particin (P), es el cociente entre las concentraciones de
una sustancia en las dos fases de la mezcla formada por dos disolventes
inmiscibles en equilibrio y mide la solubilidad diferencial de una sustancia
en esos dos disolventes. La actividad biolgica de un compuesto es
linealmente dependiente de su carcter hidrofbico hasta un cierto lmite,
hasta este punto la actividad biolgica del compuesto aumenta a medida
que aumente su hidrofobicidad y luego de este disminuye [10]. Si el valor de
log P es alto la molcula es altamente lipoflica, de lo contrario es
mayormente hidrofilia. La hidrofobicidad tiene un rol importante en la
interaccin protena-ligando ya que afecta a la contribucin de las parte no
unidas del ligando a la energa de unin. Tambin en interacciones entre
ligandos pequeos y protenas, las interacciones polares son normalmente
las responsables de la selectividad y se ha visto que un aumento el valor de
log P se correlaciona con un aumento de la energa libre de unin y con la
habilidad de molculas hidrofbicas de formar interacciones menos
especficas [11].
La anandamida posee un grupo hidroxilo y consta de un nico apareamiento
de nitrgeno-hidrgeno y una cola hidrocarbonada.
Lo cual la hace
altamente hidrofbica, por lo que su valor de log P es elevado (5.038), esto
indicara que la energa de unin es ms alta y su unin es menos especfica
al receptor. En el caso de la zingerona esta posee el valor de log P ms bajo
de los 3 ligandos (1.498) puesto que es una molcula ms hidroflica al
poseer una cadena hidrocarbonada ms corta. Al ser la zingerona ms
hidroflica posible que sea ms difcil para esta eliminar su capa de

solvatacin para unirse a la protena. Respecto a la chalcona su valor de log

P es intermedio (3.346), lo que hara que fuera ms fcil para esta molcula
que para la zingerona eliminar su capa de solvatacin y su interaccin a la
protena sera ms especfica que en el caso de la anandamida.

Bibliografa
1) F.N.McNamara, A. Randall y M.J.Gunthorpe (2005), Effects of piperine, the
pungent component of black pepper, at the human vanilloid receptor
(TRPV1), British Journal of Pharmacology 144, pag. 781790.
2) Makoto Tominaga (2005), Structural determinants of TRPV1 functionality,
Section of Cell Signalin, Okazaki Institute for Integrative Bioscience, National
Institutes of Natural Sciences, Okazaki pag. 444-8787.
3) Sven-Eric Jordt and David Julius (2002), Molecular Basis for Species-Specific
Sensitivity to Hot Chili Peppers, Cell , Vol. 108, pag.421430.
4) Narender R. Gavva et al (2004), Molecular Determinants of Vanilloid
Sensitivity in TRPV1, The Journal of Biological Chemistry, Vol. 279, No. 19,
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5) Szallasi A, Blumberg PM. Vanilloid (capsaicin) receptors and mechanisms.
Pharmacol Rev 1999; 51: 159-212.
6) Liu L, Simon SA. Capsaicin-induced currents with distinct desensitization and
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7) Salazar H, Llorente I, Jara-Oseguera A, Garca-Villegas R, Munari M, Gordon
SE, et al. A single N-terminal cysteine in TRPV1 determines activation by
pungent compounds from onion and garlic. Nat Neurosci 2008; 11: 255-61.
8) Vadim N. Dedov (2002), Van H. Tran, Colin C. Duke, Mark Connor, MacDonald
J. Christie,Sravan Mandadi & Basil D. Roufogalis, Gingerols: a novel class of
vanilloid receptor (VR1) agonists, British Journal of Pharmacology 137, pag.
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9) Attila Tth (2009), Peter M. Blumberg, and Judit Boczn, Anandamide and the
Vanilloid Receptor (TRPV1), Vitamins and Hormones, Volumen 81, captulo
15, pag 389-419.

10) Kubinyi H (1979), Nonlinear dependence of biological activity on hydrophobic

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11)
Kalina Atkovska, Sergey A. Samsonov, Maciej Paszkowski-Rogacz y M.
Teresa Pisabarro (2014), Multipose Binding in Molecular Docking, Int J Mol
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