FABPs en VMD

Comandos bsicos de uso del VMD

En esta gua solo se darn los lineamientos generales para usar VMD. Para saber ms, lean
VMD Molecular Graphics http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug.pdf
Asumimos que no han tenido problemas para instalar VMD, ya saben abrir el programa, y
obtener un archivo PDB. Si los tienen, por favor avisen y los ayudamos a resolverlos.
Trabajaran con una protena transportadora de lpidos que ya hemos mencionado en la Gua 4:
2WUT.pdb
Vamos a recorrer rpidamente algunas funciones de VMD
Esta gua tiene 6 secciones:
1. - Cargar y ver una molecular
2. - Opciones grficas
3. - Guardar imgenes, guardar el trabajo.
4. - Medir distancias, ngulos, etc.
5. - Breve introduccin a las FABPs.
6. - Recorriendo la estructura 2WUT
Para nosotros sern muy tiles todas las crticas y comentarios que permitan mejorar la gua.
Por favor escrbanlas, y luego las charlamos.

1. - Cargar y ver una molecular

Comenzamos cargando una molcula, la 2WUT.pdb que bajan de la PDB y guardan en la carpeta en la que van a
trabajar.
En la ventana principal (VMD Main) busquen: File, y click en New Molecule. Se abrir una nueva
ventana llamada Molecule File Browser (1).

1
2
3

Desde la nueva ventana (1), vayan a buscar el archivo que bajaron (2WUT.pdb), usando el botn Browse(2)
y una vez localizado el archivo, crguenlo con el botn Load (3) (no olviden apretar el botn load, sino no
carga las coordenadas).
La nueva situacin es:

Tambin podran escribir en FileName el cdigo PDB de las coordenadas que buscan (en este caso 2WUT) y
luego hacer click en el botn Load. Si estn conectados a Internet, el programa busca y carga las
coordenadas. Cargadas las coordenadas, pueden cerrar la ventana Molecule File Browser.
Si esto falla, si no logran abrir el archivo, o el programa da mensajes de error o se cierra, es posible que estn usando una cuenta en Windows
cuyo nombre de usuario (el nombre de la cuenta en la mquina que usan) contenga acentos (por ejemplo, nombre de usuario Andrs) o
espacios en blanco (por ejemplo, nombre de usuario Juan Pablo). De ser as, van a encontrar problemas para usar archivos .pdb que estn
en el escritorio o en carpetas que dependan del escritorio, ya que VMD no va a reconocer el camino (el path) de acceso al archivo.
Tiene solucin, consulten con nosotros.

Coloquen el cursor del ratn sobre la ventana grfica (VMD OpenGL Dispaly). Usen el botn izquierdo del ratn
para rotar sobre el eje x e y del monitor, y el botn derecho para rotar en z. La ruedita del ratn suele
funcionar de zoom.
Aqu no funciona shift o ctrl, como en Rasmol.
Para desplazar la molcula o hacer zoom sobre ella, en la ventana VMD Main, vayan a Mouse, y
seleccionen Translate Mode o Scale Mode. Vuelvan a la pantalla grfica, y ahora el ratn servir para
trasladar o hacer zoom sobre la molcula.

Una forma ms simple de conseguir lo mismo, mientras estn en la pantalla grafica, es oprimir las teclas r, t
o s y as seleccionar la funcin que cumple el ratn. Translate mode y el botn derecho del ratn aleja la
molcula del observador y resta efecto de profundidad.
Utilicen c (center) y click sobre un tomo dado; luego r y ese tomo se convertir en el centro de rotacin.
Seguramente despus de probar estas opciones desearan volver a la situacin original, y pueden hacerlo yendo a
la ventana VMD Main, Display, Reset View.

2. - Opciones grficas
VMD permite mltiples formas de representar una molcula. Hay cuatro parmetros principales a determinar:
a) la seleccin de tomos incluida en la representacin, por ejemplo: toda la molcula, una seleccin de
aminocidos, un ligando, el solvente, o una combinacin de lo anterior.
b) el estilo de dibujo: lneas, esferas y barras (CPK), VDW, cartoon, etc.
c) el color: por residuo, por tipo de tomo, por estructura secundaria, etc.
d) el material con que se hace la representacin: metlico, opaco, transparente
Asumimos que tienen la molcula 2WUT.pdb cargada, van a VMD Main, Graphics, Representations, y se
abre una nueva ventana llamada Graphical Representations.
Lista de representaciones que estn
siendo vistas en la ventana grafica. En
este caso, slo una.

Estos son los tomos seleccionados para

generar una representacin, y la pestaa
desde donde se seleccionan.

Estamos viendo la pestaa Draw style

desde la que se controla el mtodo de
dibujo, el color y el material.
Cada mtodo de dibujo tiene su propio set
de parmetros, en este caso el mtodo es
lines y se puede controlar el espesor de
las lneas
No olviden aplicar los cambios, o bien seleccionar
que se apliquen automticamente.

Exploren las opciones de mtodos de dibujo, recuerden que cuanto mayor detalle de la figura, ms lenta ser la
representacin. El botn Default devuelve los valores originales para un set de parmetros dado.
Les resultara familiar cartoon o new cartoon (Drawing Method NewCartoon), coloreado segn la
estructura secundaria (Coloring Method-> Secondary Structure).
VMD usa el programa STRIDE (Frishman et al., Proteins, 23:566, 1995) para asignar estructura secundaria.
Colorear segn ResType har blancos los residuos no-polares, rojos los cidos, azul los bsicos y verde los
polares.

Para hacer un grafico complejo, VMD trabaja superponiendo ms de una representacin. Cada representacin
puede tener sus propias caractersticas en cuanto a los tomos seleccionados, estilo de dibujo y color. Vamos a
ver un ejemplo con la molcula que estamos utilizando. Dijimos que era un transportador de lpidos, y en este
caso particular transporta Acido Palmtico. Si buscan en el archivo pdb (en el texto), vern que los autores han
utilizado el nombre de residuo PLM para designar al cido.
Supongamos que queremos ver el Palmtico y la interaccin de la cabeza polar con residuos de la protena (por
ej. ARG 106, ARG 126 y TYR 128). En este caso, seria conveniente hacer tres representaciones: a) la protena
total solo como estructura secundaria, b) los residuos 106, 126 y 128 tomo por tomo, c) el Palmtico tambin
con sus tomos.
Vamos rpido, vean el resultado grfico solo al final. Siempre en la ventana Graphical Representations:
Generen dos nuevas representaciones (que queden tres en total) oprimiendo dos
veces el botn Create Rep. Las nuevas representaciones aparecern abajo (1,2 y
3).
1
2
3

Seleccionen la primera representacin (1), haciendo click con el ratn solo una
vez (tengan cuidado, doble click la desactiva y aparece en rojo).
Con esta representaremos la estructura secundaria.
En Selected Atoms escriben solamente protein y dan enter para que tome el
dato; en Draw Style eligen: Coloring Method Secundary structure; Material
opaque, Drawing Method NewCartoon. Y recuerden hacer click en Apply.
Seleccionen la segunda representacin (2), haciendo click. Representaremos los
aminocidos que nos interesan: el 106, 126 y 128.
En Selected Atoms escriben protein and (resid 106 126 128) y hacen click en
Apply (o dan enter) para que tome el dato.
El conectivo and es un conectivo lgico. Lo que se seleccionar es todo lo que cumpla la
caracterstica de ser a la vez parte de la protena y residuo 106 126 128 (por lo tanto slo mostrar esos
residuos de la protena). Del mismo modo funcionan or y not.

En Draw Style eligen: Coloring Method Element; Material opaque,

Drawing Method CPK. Y recuerden hacer click en Apply.
Seleccionen la representacin (3), para trabajar con el Palmtico.
En Selected Atoms escriben resname PLM y dan enter.
En Draw Style eligen: Coloring Method Element; Material BrushedMetal,
Drawing Method Licorice. Y recuerden hacer click en Apply.

Ahora s, vean como qued la figura. Prueben desactivar y activar las representaciones haciendo doble click en
cada una de ellas (1, 2 o 3). Tambin usaremos la expresin prender o apagar la representacin.
Adems, en VMD Main Display, pasen de Perspective a Orthographic si ven que les molesta tanta
profundidad en la imagen, o pueden encender las luces Light 2 y 3.
Tambin en Display, vean el efecto de Background Gradient, o pueden sacar los ejes con Axes
Off.

3. - Guardar imgenes, guardar el trabajo.

Guardar el trabajo:
Como las guas insumen cierto tiempo, posiblemente necesiten interrumpir el trabajo antes de finalizar. Pueden
guardar el estado en que se encuentran en un momento dado y retomar luego. Utilicen Save State desde la
ventana principal del VMD. Es importante que incluyan el nombre y la extensin .vmd (el programa no lo
hace solo)

Prueben hacerlo ahora: guarden (Save State), cierren VMD (Quit) y recuperen el estado guardado (Load State).
Si ustedes salen sin guardar el trabajo, o se les cierra VMD, tendrn que recomenzar todo.
Guardar imagen:
Para generar una imagen a partir del modelo (para renderizar), VMD cuenta con recursos de distinta
complejidad, que permite llegar a calidad de publicacin. Pero usaremos el mas simple: sacar una foto
(snapshot) de la ventana grfica.
En VMD Main File Render.
Se abre la ventana File Render Controls

En esta ventana:
1. Tipo de renderizacion: snapshot
2. Donde se guardara el archivo, y con que nombre (no
olviden ponerle la extensin .bmp
3. Generar y guardar la imagen

Guardar vistas de la ventana grfica:

Esta opcin es muy prctica, pero en mi mquina anda errticamente, y si bien es cmoda, no me resulta fiable. Puede ser un problema solo
en mi mquina pueden probar en la de ustedes. Solo la incluimos aqu porque cuando anda, es til.

Es posible que mientras recorran la estructura encuentren maneras de verla a las que les interese regresar para
volver a analizarla ms tarde, o sacar una imagen. Hay una opcin que les permite ir guardando distintas vistas,
y luego volver a ellas con facilidad, como un archivo con varios Save State consecutivos.
En VMD Main Extensions Visualization ViewMaster. Esto abre una ventana que les permite grabar con
un simple botn.

4. Medir distancias, ngulos, etc.

La manera de medir distancias y ngulos, como es lgico, est asociada al ratn y se controla desde VMD
Main Mouse, luego se paran sobre Label y se despliegan las otras opciones.
Al seleccionar Bonds, el ratn queda listo para medir
distancias. Haciendo click en los 2 tomos de inters, el
resultado aparece sobre la ventana grfica y tambin en la
ventana de comandos.
Una manera cmoda de pasar de una funcin a otra es
apretando el nmero 2 para distancias, 3 para medir
ngulos, 4 para medir diedros.

5. Las FABPs.
Como mencionamos en la introduccin, vamos a recorrer someramente la estructura de una protena
transportadora de cidos grasos (una Fatty Acid Binding Protein). Hemos elegido la 2WUT, cualquier otra FABP
servira al mismo propsito. En el resto de la seccin 5 damos una breve introduccin para poner en contexto la
molcula que vamos a analizar, no es necesario que estudien o memoricen esta informacin.
La familia de las FABP pertenece a una superfamilia estructural de protenas que presentan una similitud
bastante obvia (un barril beta), aunque a nivel de secuencia de aminocidos la relacin no es tan evidente.
En esta superfamilia, un conjunto de lminas
beta se pliegan dando una estructura tipo barril
o copa con una gran cavidad en el medio.
El barril tiene un extremo abierto y el otro
cerrado, y ciertos residuos o cadenas pueden
estar actuando como tapa del barril en su
extremo abierto. El interior del barril aloja
ligandos, que varan segn las familias
estructurales y funcionales que estemos
analizando. As por ejemplo, las Lipocalinas
(el barril formado por 8 laminas beta), aloja
molculas pequeas e hidrofobicas, como por
ejemplo Retinol.

Tomado de: Flower, D.R., North, A.C.T. & Sansom, C.E. The lipocalin protein family: structural and sequence overview. Biochimica et
Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology 1482, 9-24 (2000).

Las FABPs tiene una gran diversidad de secuencia, y diferentes miembros de esta familia pueden llegar a tener
solo un 15% a de identidad de secuencia de aminocidos. Se ha resuelto la estructura de varias FABPs, tanto por
difraccin de rayos-X como por RMN. Entre ambas tcnicas suman ms de 70 estructuras depositadas en la
PDB. Y a pesar de su diversidad de secuencia, todas las FABPs comparten una estructura tridimensional casi
idntica. Es un barril beta de 10 lminas antiparalelas, y una tapa alfa hlice-giro-alfa hlice que cierra el
extremo abierto del barril, por donde va a acceder el ligando al interior de la protena.
En la figura a continuacin (Figure 1) puede ver un resumen de las funciones que se le atribuyen a las FABPs, y
en la tabla (Table 1) hay un sumario de distintos tipos de FABPs presentes en mamferos, clasificadas segn el
rgano donde se expresan. Hay sub-tipos presentes en otros organismos (por ejemplo peces), que no estn
incluidas en la tabla.

Todas las FABPs ligan cidos grasos de cadena larga, pero tambin pueden ligar otras molculas hidrofobicas o
anfifilicas. Pequeas diferencias estructurales entre los distintos sub-grupos de FABPs dan por resultado
diferencias de especificidad, de afinidad y de mecanismo de unin de los ligandos.

Como pueden ver en la siguiente figura (Box1), los distintos tipos de FABPs pueden tener distinta manera de
alojar un mismo ligando y, por supuesto, distintos ligandos

Table 1, Figure 1 y Box 1 fueron tomados de: Furuhashi, Masato, and Gkhan S. Hotamisligil. 2008. Fatty acid-binding proteins: role in metabolic diseases and potential as drug
targets. Nature Reviews Drug Discovery 7: 489-503. doi:10.1038/nrd2589.

Por ltimo, la estructura que vern (2WUT) corresponde a una protena humana presente en el Sistema Nervioso
Perifrico (SNP), llamada Myelin Protein P2. Bioqumicamente, las vainas de mielina que envuelven los
axones estn formadas por entre un 7085% de lpidos (con un alto contenido de colesterol), y entre un 1530%
de protenas. Del total de esas protenas, aproximadamente el 15% es Myelin Protein P2.
Vern que la estructura cristalogrfica revela la presencia de Acido Palmtico en el interior de la 2WUT. Como la
protena se ha obtenido de manera recombinante expresndola en E. coli , esto simplemente puede ser debido a
que el acido palmtico es el acido graso ms abundante en esa bacteria, y no significa necesariamente que sea el
ligando natural de la Myelin Protein P2 en el SNP.
Volvamos ahora a VMD.

6. Recorriendo la estructura 2WUT

Vuelvan a la figura en la que se vea la estructura secundaria de la protena, el palmtico y los residuos 106, 126
y 128. Si no la grabaron, tendrn que rehacerla. Identifiquen los distintos elementos de la estructura secundaria, y
cuenten el nmero de lminas beta de la 2WUT.
La estructura presenta un barril beta formado por lminas.
Observen tambin la manera en que se aloja el ligando dentro de la cavidad, y comprenlo con las estructuras
que se muestran en el Box 1 de la pgina anterior.
Vamos a agregar una nueva representacin en la figura, de manera que ahora tendrn 4 representaciones en total.

1
2
3
4

a) Create Rep
b) Selected Atoms -> protein (y dan enter)
c) en Draw Style: eligen:
Coloring Method ColorID 8 white
Material opaque
Drawing Method Surf (y den enter)
(Paciencia, toma su tiempo en aparecer)
El programa ha generado esta superficie haciendo rodar sobre la
molcula una esfera de radio probe radius, es decir, es la
superficie accesible a una esfera de un radio dado.
Mas grande el probe radius, menor ser la zona accesible y
menos rugosa, menos detalle, tendr la superficie.
Si el radio es el del agua, decimos que es la superficie accesible
al solvente.

Comiencen a rotar la molcula, y vean si encuentran una va de acceso por la cual pudo haber entrado el ligando.
Peguen aqu una figura.

Les parece que el Acido Palmtico podr haber entrado por ese espacio? Seguramente coincidiremos que es un
acceso demasiado pequeo para dejar pasar el acido, y por lo tanto que la entrada (o la salida) del ligando es
posible solo si hay un cambio conformacional de la protena.
Vamos a ver qu rol juega el dominio alfa hlice-loop-alfa hlice. Para esto, vamos a eliminar la superficie que
lo recubre, y observaremos como queda la estructura. Entonces, vuelvan a la ventana de control de las
representaciones, y sobre la representacin de la superficie (4), en Selected Atoms escriben (o copian de aqu)
protein and not resid 15 to 36, es decir, queremos la superficie de toda la protena menos del fragmento 15 a 36
que corresponde a la hlice-loop-hlice.
Ahora deberan estar viendo la cavidad donde se aloja el ligando. Modifiquen la representacin del Acido
Palmtico (3), y seleccionen en Drawing Method VDW, es decir, que cada tomo sea representado por
una esfera de radio igual a su radio de van der Waals (lo que en RasMol era esferas llenas).
El ligando: Ocupa todo el espacio disponible de la cavidad? Si la respuesta es no Qu les parece que habr
tambin en la cavidad donde se aloja el palmtico?

Ahora haremos explicitas las aguas cristalogrficas.

Generen una nueva representacin y en selected atoms escriben resname HOH, que es el nombre de residuo
que los autores de esta estructura le pusieron a las molculas de agua. Asegrense que la nueva representacin
est como Drawing Method CPK, o VDW.
Achiquen un poco la imagen con el zoom y rtenla, y estarn viendo todas las aguas que pudieron encontrarse en
la estructura cristalogrfica, lo que no quiere decir que sean todas las aguas posibles, sino aquellas que por estar
ocupando sitios definidos podemos decir que formaron parte del cristal. En general corresponde a aguas
estructurales, y a las que pertenecen a la primer esfera de hidratacin de la protena. Tambin, segn el caso,

pueden aparecer algunas de la segunda esfera. Y dependiendo del empaquetamiento de la protena en el cristal,
pueden estar faltando algunas aguas que hubieran estado en la zona de contacto entre protenas.
Observen que las zonas ms pobladas por molculas de agua corresponden a canales o huecos en la
superficie de la protena, donde el agua puede establecer ms interacciones con los residuos de superficie,
definiendo sitios especficos de hidratacin con un tiempo de residencia de las molculas de agua mayor al
tiempo medio. Tengan presente adems que cada movimiento en la protena, por ejemplo de apertura y cierre de
la tapa, y/o de salida o entrada del ligando, por mencionar solo algunos, estar acompaado por un
reordenamiento de las molculas de agua. Si las molculas de agua estuvieran fuertemente ligadas, moverlas
seria costoso energticamente, de donde podemos pensar que estar en juego todo el tiempo un equilibrio entre
afinidad y plasticidad.
Ms adelante volveremos con las aguas, ahora vuelvan a la cavidad y concntrense en las que estn prximas al
Acido Palmtico. Acrquense con el zoom, para poder mirar en detalle. Si esto los ayuda, pueden pasar la
representacin de la superficie de la protena, en Material, de Opaca a Transparente.
Como ven, una buena parte de la cavidad est ocupada por molculas de agua, muy ordenadas. Muy
posiblemente, el resto de la cavidad tambin esta ocupada por agua, pero agua menos ordenada, que al ser ms
mvil no ser visible en cristalografa.
La presencia de estas molculas de agua permite especular que esta FABP podra tambin transportar ligandos
ms grandes que el Palmtico, e incluso con regiones ms hidroflicas. El agua, en este caso, estara permitiendo
cierta plasticidad en cuanto a ligandos, ya que completa y complementa el espacio de la cavidad.
Vamos a analizar el carcter hidrofbico-hidroflico de la cavidad (luego hablaremos de la tapa). Apaguen la
representacin de las aguas, y modifique la representacin de la superficie de la protena, colorendola ahora
como Coloring Method ResType. As, les quedara de blanco los residuos apolares, verde los polares, azul
los residuos con carga positiva, y rojo con carga negativa. Vean el exterior de la protena, y la cavidad. Si es
necesario, apaguen tambin el palmtico.
Como pueden ver, los residuos de la cavidad que estn en contacto con la cabeza polar sern tambin polares, y
forman la base de la cavidad. Los que forman las paredes laterales de la cavidad y estn en contacto directo con
la cola, son hidrofbicos. Y la cara que ajusta peor con la silueta de la cola del sustrato, as como el hueco que
queda al costado de la cabeza del acido graso es mayoritariamente de residuos polares. Es una zona que ser
completada con molculas de agua.
Respecto a la tapa hlice-loop-helice (pueden, si quieren, generarle una superficie) tendr zonas internas apolares
que estarn en contacto con la cola del cido graso, y la regin que da al exterior ser polar o con residuos
cargados y estar expuesta al solvente o, en este caso especifico, se cree que a la cara externa de la membrana
celular.
Apaguen todas las representaciones menos las tres primeras (estructura secundaria, los tres residuos y el
palmtico). Vamos a generar una nueva representacin, y con ella veremos el agua que rodea al acido graso.
Entonces, creen una nueva representacin y seleccionen las molculas de agua prximas al palmtico. Para eso
en Selected Atoms escriben (o copian de aqu sin incluir las comillas) resname HOH and (within 6 of
resname PLM), lo que ser interpretado por el programa como las molculas de agua que estn a una distancia
menor o igual a 6 del cido palmtico. Las representan como superficie, del color y el material que quieran.
Esta sentencia es poco especfica y selecciona las aguas por distancia, las que nos interesan y las que no, as que
concntrense en las aguas ms prximas a la cabeza del palmtico.
Incluyan aqu una figura de lo que ven.

Hasta ahora han visto las molculas de agua que, si bien estn en la cavidad de la protena, siguen estando en el
exterior de la protena. Piensan que encontrarn aguas en el interior mismo de la protena, es decir, agua no
accesible desde el exterior?
Busquen en el interior de la protena al menos una, e identifquenla por su nmero. Recuerden seleccionar la
funcin del ratn de manera que el click identifique al tomo en cuestin (Mouselabelatoms, o apretar el
nmero 1). Vern textos del tipo HOH2221:O que querr decir oxgeno de una molcula de agua a la que se
le asign el nmero de residuo 2221.
Incluyan aqu una figura con una de estas aguas.

Estas son aguas estructurales, aguas prcticamente aisladas del resto del solvente, rodeadas por aminocidos, que
han quedado all en el momento del plegamiento y no se intercambian (o lo hacen a una tasa muy muy baja) con
el resto del solvente. Estas molculas de agua son imprescindibles para el plegado nativo de la protena, o en
algunos casos estn involucradas en el mecanismo de accin, o de reconocimiento del sustrato.
Prestaremos atencin en una de ellas, el agua 2208. Hagan una nueva representacin, y seleccionen el agua 2208,
representndola como CPK. Esta molcula de agua es caracterstica de las FABPs y est presente en las ms de
70 estructuras resueltas hasta el momento.
Recuerden que las laminas beta se estabilizaban formando puente hidrogeno entre laminas. Observen que esta
molcula de agua se encuentra estabilizando un loop entre dos laminas beta que estn relativamente separadas
una de otra, y por tanto no hacen puente de hidrgeno entre s. Se piensa que sta molcula de agua, adems de
estabilizar el loop, mantiene prximas las dos laminas beta contribuyendo a la estabilidad de las paredes del
barril.
Con qu residuos est haciendo puente hidrogeno la molcula de agua 2208?
Incluyan aqu una figura con una de estas aguas.

Pregunta para orientarnos en la confeccin de la gua: Han llegado a encontrar los residuos con que hace puente
hidrogeno sin necesidad de instrucciones detalladas?
Si-No
Si la respuesta es no, entonces hagan una nueva representacin, y en la seleccin de tomos, busquen los
prximos al agua 2208. Pueden hacerlo escribiendo protein and (within 3.3 of resid 2208), en CPK. Vern que
aparecen tres tomos, los identifican, y luego cambian la representacin anterior por una que diga resid 65 68
84, en CPK. Ahora ser evidente como estabiliza el loop por medio de puentes hidrgeno con el backbone de
los residuos.
Hagan lo mismo para el agua 2221. Digan que residuos la rodean, los tomos con que hace puente hidrgeno, e
incluyan una figura.
Para terminar, vamos a medir la distancia entre los oxgenos del Palmtico, y los oxgenos y nitrgenos de los
residuos con los que interacta y lo fijan al interior de la cavidad, y all hablaremos del agua 2272.
Al tratar de identificar tomos, ahora vern textos del tipo ARG126:NE sobre los tomo seleccionados.
PLM1134:O1 ser el Oxgeno 1 (es arbitrario cual es el 1 y cual el 2) del Acido Palmtico, que en esta
estructura tiene asignado el nmero de residuo 1134 (tambin es arbitrario el nombre y el nmero de residuo
asignado a un ligando o al agua).
Cada vez que seleccionen un par de tomos (tienen que tener paciencia en eso), aparecer en la ventana
grfica un enlace y una distancia. Si el tomo esta como VDW, no podrn seleccionarlo, tienen que pasarlos,
como mnimo a CPK o Licorice. Anoten tres distancias oxgeno-oxgeno u oxgeno-nitrgeno que involucren a
los oxgenos del palmtico y a los oxgenos o nitrgenos de los residuos 106, 126 y 128.
Debern aparecer las distancias para los siguientes pares de tomos:
PLM1134 O1 - ARG126:NE, distancia :
PLM1134 O1 - TYR128:OH, distancia :
PLM1134 O2 - ARG106:NH2, distancia:
Ahora, hagan explicita el agua 2272, y busquen con quien hace puente hidrogeno, midan la distancia e inserten
una figura. Por su proximidad, se estima que esta molcula de agua est jugando un rol estabilizador del sitio de
unin de la cabeza del ligando.
Inserten aqu una figura

Hasta ahora hemos visto aguas en la cavidad, aguas posiblemente involucradas en la estabilizacin del sitio de
reconocimiento del ligando, aguas enterradas, una de las cuales es caracterstica de las FABP y estabiliza un loop
entre dos laminas beta.
Dijimos que esas dos laminas beta estaban ligeramente separadas, de manera que no se estabilizan por puente
hidrogeno. Trataremos de ser ms explcitos.
Necesitamos hacer un par ms de representaciones, y seguramente tendrn la ventana grfica llena de labels
que ya no cumplen ningn rol. Primero vamos a limpiar un poco la ventana grafica. Borren (o apaguen) todas las
representaciones anteriores, incluso el cido graso, dejen solo la estructura secundaria de la protena.
Luego van a VMD Main Graphics Labels. Esto abre la ventana Labels, desde donde se controla (y se
borran) los labels que identifican tomos, enlaces, etc. Seleccionen todos los lebels, y brrenlos.
Ahora la ventana grfica vuelve a estar limpia.
Quedaron con la representacin de la protena en estructura secundaria. Psenla de NewCartoon a
NewRibbons. Hagan una nueva representacin, seleccionen backbone resid 48 to 85 y dibjenlo en CPK.
Estarn viendo el backbone de 4 lminas beta (llammoslas A,B,C,D, aunque en las FABP tienen otro orden).
Las primeras dos (A,B) se estabilizan entre s por medio de puentes hidrogeno (esto ya lo vieron con RasMol) y
las ltimas dos (C,D) tambin. Pero entre B y C, las distancias son demasiado grandes para establecer puente
hidrogeno, y el barril beta quedara suelto de ese lado.
Midan algunas distancias entre O y N del backbone de las cadenas A-B; tambin del par C,D, y finalmente B,C.
Incluyan una figura donde sea claro que no hay puente hidrogeno entre la lamina B y la C.

Quin creen que contribuye a estabilizar el barril beta actuando de puente entre las cadenas B y C? Y s,
molculas de agua. Vamos a verlas. Comiencen por volver a poner el agua 2208, que ya estudiamos. Esta
molcula de agua estabiliza el loop B-C. Para hacer explicitas las otras aguas, hagan una nueva representacin
seleccionando resname HOH and (within 4 of (backbone resid 59 to 74)).
Observen ahora como las lminas B-C quedan estabilizadas por molculas de agua.
Modifiquen las representaciones como consideren necesario para visualizar mejor esto.
Veremos lo mismo, pero siendo ms restrictivos. Apaguen las representaciones anteriores (menos la estructura
secundaria) y agreguen las siguientes, en CPK:
backbone resid 59 to 63
resname HOH and (within 3.1 of (backbone resid 59 to 63))
backbone resid 71 to 74
resname HOH and (within 3.1 of (backbone resid 71 to 74))
Midan las distancias entre las molculas de agua que les quedaron y el backbone, y entre las molculas de agua
entre s. Vern como estas aguas forman una especie de costura entre las lminas B-C.
Recuerden que son aguas cristalogrficas, es decir, que los sitios que ocupan estn bien definidos, y el tiempo de
residencia en cada sitio es alto.
Cuntas molculas de agua actan de intermediarias (va puente hidrgeno) entre THR73:O y GLU61:N?
Cuantas y cuales son (que nmero de residuo).
Cuntas molculas de agua actan de intermediarias (va puente hidrgeno) entre THR73:N y GLU61:O?
Cuantas y cuales son (que nmero de residuo).
Cuntas molculas de agua actan de intermediarias (va puente hidrgeno) entre GLU71:O y SER63:N?
Cuantas y cuales son (que nmero de residuo).
Incluyan una imagen.

Les interesara ver un ejemplo de coordinacin tetradrica del agua? Prendan las aguas, y busquen un caso
donde esto sea evidente. Incluyan una imagen.

Si ya estn cansados pero igual quieren ver un ejemplo, apaguen todas las representaciones menos la de
estructura secundaria, y hagan dos nuevas, una que sea within 3.0 of (resid 2196), y la otra resid 74, en CPK.
Para lo que se le puede exigir a una determinacin experimental con agua lquida, la coordinacin tetradrica
es muy buena.
Hasta aqu hemos llegado en este recorrido, nos han quedado muchsimas cosas por ver, pero al menos tendrn
una idea ms rica sobre el rol del agua en la estructura de una protena.
Para nosotros son muy importantes sus comentarios. Evalen el grado de dificultad de esta gua y el tiempo que
les ha tomado resolverla, as como cualquier inconveniente que hayan tenido con el programa o la maquina en la
que trabajan.
Cualquier sugerencia o errores que hayan encontrado, por favor no duden en sealarlo.
Gracias!