Bioqumica computacional, 1 ciclo em Bioqumica, FCUL

Aula TP 3
Visualizao molecular com o software UCSF Chimera: sobreposio de centros activos em
protenas, conservao estrutural e conservao de sequncia.
Programa a usar: UCSF Chimera.
Preparao
1. obtenha o conjunto de ficheiros PDB do moodle da disciplina (ficheiro TP3mats.zip).
Estrutura dos ficheiros PDB
2. Abra o pdb 1HEW (ficheiro 1hew.pdb) com um editor de texto (MS-Word, Wordpad,
SciTE)para ter uma noo do formato. Observe em particular as linhas ATOM. 1hew
uma estrutura de que protena? De que espcie?
Introduo ao uso geral do UCSF Chimera.
3. Abra o programa UCSF Chimera. Abra a estrutura 1HEW (com File-Open).
4. Familiarize-se com a funcionalidade do cursor do rato. Experimente as rotaes,
translaes e zoom. Experimente tambm o menu Actions-Focus.
5. Experimente vrias representaes a partir do menu Actions:
a. Convencional, tomos e ligaes:
i. Actions-Ribbons-Hide (para evidenciar tomos e ligaes)
ii. Actions-Atoms/Bonds-Show only
iii. Actions-Color-By element
iv. (Sticks) Actions-Atoms/Bonds- Stick
v. (Ball and sticks) Actions-Atoms/Bonds- Ball and stick
vi. (raios de Van Der Walls) Actions-Atoms/Bonds - Spheres
vii. O que so as esferas vermelhas que aparecem desconetadas com o
resto da figura?
viii. Que elemento qumico, habitual nas protenas, parece no estar
presente?
b. Evidenciando a estrutura secundria:
i. Actions-Atoms/Bonds- Hide
ii. Actions-Ribbons-Show
iii. Experimente diferentes coloraes com a seguinte ferramenta: ToolsDepiction-Color Secundary Structure.
c. Evidenciando a superfcie molecular:
i. Actions-Atoms/Bonds- Show
ii. Actions-Atoms/Bonds- Ball and stick
iii. Actions-Ribbons-Hide
iv. Actions-Surface-Show
v. Actions-Surface-Solid
vi. Observe o encaixe do substrato sinttico (NAG) no pocket da
protena.

vii. Experimente tambm diferentes nveis de transparncia da superfcie

com Actions-Surface-Transparency.
6. No UCSF Chimera, possvel selecionar partes da estrutura, de tal forma que as aes
s afetam a parte selecionada. O menu Select tem muitas possibilidades de seleo.
Por exemplo, para obter uma imagem da parte proteica da protena escondendo os
tomos, mas evidenciando a estrutura secundria, as guas de solvatao escondidas
e o ligando (NAG) na forma de ball and sticks, colorido por elemento:
a. Actions-Surface- Hide
b. Actions-Atoms/Bonds- Show
c. Actions-Color By element
d. Select Residue Standard amino acids
e. Actions-Atoms/Bonds-Hide
f. Actions-Ribbons-Show
g. Select Residue-HOH (so os resduos com o nome HOH)
h. Actions-Atoms/Bonds-Hide
i. Select Residue-NAG (so os resduos com o nome NAG, neste caso o ligando
sinttico um composto com 3 resduos de N-Acetil-D-Glucosamina)
j. Actions-Atoms/Bonds- Ball and stick
k. Select-Clear selection
7. Combinando os menus Select e Actions obtenha as seguintes representaes:
a. Esconda as guas e o ligando, passe a protena para ribbons (sem tomos),
com as hlices a azul e as folhas beta a vermelho. Selecione as cistenas e
represente-as por ball and stick, coloridas por elemento. Quantas pontes
persulfureto existem na protena?
b. Esconda tudo exceto as helices alfa, mostrando ribbons e tomos. Sugesto:
Select-Structure-Secondary structure...
c. Esconda as guas e o ligando, passe toda a protena para ribbons (sem
tomos), com as hlices a azul e as folhas beta a vermelho. Selecione as
Argininas e Lisinas e represente-as por ball and stick, coloridas por elemento.
Quantas argininas e lisinas existem na protena?
d. Idntico a c., mas mostre os resduos na sequncia CSALL.
e. Uma representao semelhante da seguinte figura:

f.

Uma representao semelhante da figura seguinte:

g. Uma representao semelhante da figura seguinte (o ligando est a amarelo,

a verde esto os resduos a menos de 5 Angstron do ligando. Sugesto: use
Select-Zone aps selecionar o ligando):

8. Obtenha ficheiros de imagem PNG com File Save Image

9. Experimente a ferramenta Tools Depiction Rainbow
10. Experimente a ferramenta Tools Viewing controls Side view (mova as linhas
verticais com o cursor do rato)
11. Comece por esconder tudo. Experimente a ferramenta Tools Sequence - Sequence:
a. Com a janela de sequncia, selecione os resduos Ala 110, Pro 70, Tyr 23 e
mostre-os na forma Ball and Stick.
b. Mostre apenas os ultimos 10 resduos da protena em Ball and Stick.
12. A partir da representao de 11.(ultimos 10 resduos), faa Actions Focus. Depois,
passando o cursor do rato sobre diferente tomos, encontre (mas no selecione): o
carbono alfa da Cys 127, o carbono delta da Arg 125, o oxignio epsilon da Gln 121.
13. A partir da representao de 11.(ultimos 10 resduos), experimente Actions Label
Name, (off), Actions Label Residue Name+Specifier, (off).
14. Medio de distncias e ngulos. A partir da representao de 11.(ultimos 10
resduos), pode selecionar tomos individuais com ctrl-click sobre um tomo e ctrlshift-click para adicionar um tomo seleo anterior. Com 2 ou 3 tomos
selecionados podemos medir distncias ou ngulos. Para isso experimente a
ferramenta Tools Structure analysis Distances ou Angles/Torsions. Mea a
distncia do carbono gama da Arg 128 ao carbono alfa da cistena 127. Qual o ngulo
entre o carbono alfa, o carbono beta e o tomo de enxofre da Cys 127?
15. Feche a estrutura com File Close session.

Sobreposio de centros ativos com o comando match: Proteases de serina que

evoluiram de forma convergente.
16. Abra a estrutura 1AB9.
17. Abra a estrutura 1AF4.
18. Esconda os tomos/ligaes e mostre os ribbons.
19. Experimente a ferramenta Tools General controls - Model Panel, para distinguir as
duas estruturas (experimente A: active e S:shown). Anote o Id das estruturas 1AB9 e
1AF4. Uma delas a #0 e a outra #1.
20. Use a ferramenta rainbow (ponto 9) para colorir por chain. Quantas cadeias tm as
estruturas 1AB9 e 1AF4?
21. O UCSF Chimera suporta comandos escritos numa linha de comandos. A variedade
imensa. Faa Tools General controls Command line.
22. Na linha de comandos experimente os seguintes comandos:
a. rock
b. roll
c. freeze
d. select #0 (este comando seleciona a estrutura com o Id 0)
e. color blue
f. rainbow chain
g. ~select (este comando limpa a seleo)
23. No ficheiro pdb em modo de texto informe-se sobre a protena 1AB9. (abra com o
WordPad, por exemplo)
24. Na Uniprot (www.uniprot.org) informe-se sobre esta protena (chymotrypsin,
espcie Bos taurus). S encontra o precursor da protena. Na seco de anotaes
sobre a sequncia tome nota dos resduos que so clivados para activar a protease e
os 3 resduos que fazem parte do centro activo.
25. No ficheiro pdb note que tambm existe informao sobre o centro ativo na linha SITE.
26. Informe-se tambm sobre a protena e o centro ativo para a protena 1AF4.
27. Resumo dos centros activos:

-chymotripsin (1AB9):
Cadeia B, resduo 57. H
Cadeia B, resduo 102. D
Cadeia C, resduo 195. S
Subtilisina (1AF4):
Cadeia A, resduo 64. H
Cadeia A, resduo 32. D
Cadeia A, resduo 221. S
28. Na linha de comandos vamos selecionar os centros activos:
select #1:64,32,221|#0:57,102,195
(explicao:
#i indica a estrutura com o Id i.

29.
30.

31.

32.

:j,k,l indica os resduos nas posies j,k,l.

O smbolo |, indica reunio dos dois conjuntos.)
Com esta seleo, mostre os tomos, coloridos por elemento
O comando match sobrepe estruturas de acordo com um conjunto correspondente
de tomos selecionados. Execute o seguinte comando na linha de comandos:
match #1:64,32,221 #0:57,102,195
Faa Actions Focus. Observe a sobreposio dos centros ativos destes proteases (as
chamadas tradas dos proteases de serina, envolvendo uma His, um Glu e uma Ser),
apesar do resto das estruturas serem muito distintas. Estas protenas so um exemplo
de evoluo convergente.
Faa File Close Session.

Colorao por fator B e hidrofobicidade.

33. Abra a estrutura 2BGQ.
34. Esconda os ribbons e mostre todos os tomos em ball and stick.
35. Abra a ferramenta Tools Depiction render by attribute.
36. Escolha attributes of atoms, Attribute: b-factor. Observe o histograma de valores e
faa Apply. Observe a colorao da estrutura. Pea ao docente para lhe explicar o que
o b-factor.
37. Com a mesma ferramenta , escolha attributes of residues, Attribute:
kdHydrophobicity. Faa Apply. Observe a colorao da estrutura. Pea ao docente
para lhe explicar o que uma escala de hidrofobicidade.
38. File Close session.
Sobreposio de protenas homlogas. Conservao de sequncia e conservao
estrutural.
39. Abra as estrutura 2BGQ (aldose redutase de cevada), 2BCJ (aldose redutase humana) e
2ALR (aldedo redutase humana). Esconda todos os tomos e passe para ribbons. Use
a ferramenta rainbow, colorindo por model para distinguir as 3 estruturas.
40. Abra a ferramenta sequence mas s para a 2BGQ. Na janela desta ferramenta,
adicione as outras duas sequncias do seguinte modo:
a. Edit Add sequence
b. From structure e escolha uma das outras duas estruturas. Faa Apply.
c. Repita, agora escolhendo a estrutura que falta.Faa OK. A janela da sequncia
apresenta um alinhamento mltiplo das 3 sequncias. No feche esta janela.
41. O Chimera tem uma ferramenta chamada MatchMaker. Esta ferramenta, usada em
protenas homlogas com sequncias semelhantes, realiza uma sobreposio
estrutural baseada no alinhamento das sequncias duas a duas, usando esses
alinhamentos como guia para a sobreposio estrutural. Abra a ferramenta com Tools
Structure Comparison Match Maker. Depois:
a. Em Reference structures, escolha uma das estruturas
b. Em structures to match escolha as 3 estruturas
c. Desative a opo After superposition compute ....
d. Faa OK e espere um pouco.
42. Observe como as estruturas foram sobrepostas por semelhana de sequncia.

43. Na janela do alinhamento mltiplo podemos adicionar os histogramas de conservao

e de RMSD: nesta janela faa Headers Conservation e Headers RMSD.
44. Pea ao docente para explicar o que o RMSD (medida da distncia entre estruturas
sobrepostas) Repare que em zonas masi conservadas, o RMSD menor.
45. Faa uma colorao das estruturas por conservao:
46. Na ferramenta Render by Attribute:
a. Escolha attributes of residues, Attribute: mavConservation. Observe o
histograma de valores e faa Apply. Observe a colorao da estrutura por
conservao de sequncia. Apesar de haver zonas bem conservadas, no h
muita regularidade.
b. Com a mesma ferramenta , escolha attributes of residues, Attribute:
mavRMSD. Faa Apply. Observe a colorao da estrutura por conservao
estrutural. Nota a grande conservao estrutural entre estas 3 protenas.
47. File Close session.