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1.

5 El genoma mitocondrial
La mitocondria es un orgnulo de probable origen endosimbintico que se ha adaptado a
su nicho intracelular: para aumentar su tasa de replicacin y asegurar la transmisin a las
clulas hijas despus de cada divisin mittica, el genoma de las mitocondrias de
mamferos se ha ido reduciendo de tamao hasta alcanzar las 16.569 kb en el caso del
genoma mitocondrial humano. Las mitocondrias son las verdaderas centrales trmicas de
nuestro organismo ya que en ellas tiene lugar la fosforilacin oxidativa (OXPHOS), es
decir, la respiracin celular acoplada a la produccin de energa en forma de ATP. El
funcionamiento del sistema OXPHOS tiene, adems, importancia mdica por la
generacin de especies reactivas de O2 (Reactive Oxygen Species, ROS) y por la
regulacin de la muerte celular programada o apoptosis. Las protenas incluidas en el
OXPHOS se localizan dentro de la membrana mitocondrial interna, e incluyen: (1)
Componentes de la cadena transportadora de electrones (Cadena respiratoria
mitocondrial, CRM); (2) ATPasa de membrana; (3) Translocador de nucletidos de
Adenina (ANT).
La caracterstica estructural ms sorprendente del ADNmt es que los genes se
encuentran situados uno a continuacin del otro, sin apenas intrones ni regiones no
codificantes entre los genes. Al contrario que el genoma nuclear, en el que las regiones
no codificantes son mayoritarias, el ADN mitocondrial slo posee un 3% de
secuencias no codificantes. Veintiocho de los genes mitocondriales (2 ARNr, 14 ARNt y
12 polipptidos) se encuentran en una de las cadenas (cadena H pesada), mientras que
los 9 genes restantes (1 polipptido y 8 ARNt) estn en la cadena complementaria
(cadena L ligera). La nica zona del ADNmt que no codifica ningn gen es la regin del
bucle de desplazamiento (bucle-D), localizada alrededor del origen de replicacin de la
cadena H. Esta regin contiene tambin los promotores de la transcripcin y los
elementos reguladores de la expresin gnica. Otra de las peculiaridades de la
organizacin gentica del ADNmt es que los genes de los ARNt se distribuyen entre
los genes de los ARNr y los codificantes de protenas; esta disposicin tiene
consecuencias muy importantes para el procesamiento del ARN. Para la replicacin del
ADNmt hacen falta dos orgenes diferentes, uno para cada cadena (OH y OL). Ambos
orgenes de replicacin estn muy separados, haciendo que el proceso sea unidireccional
y asimtrico. La sntesis del ADN se inicia en OH y es realizada por una polimerasa
especfica de la mitocondria, la DNApol ?, que alarga un ARN iniciador fruto del
procesamiento de un transcrito primario que se sintetiza a partir del promotor L. La
replicacin contina de modo unidireccional hasta alcanzar OL, momento en el cual
comienza la sntesis de la segunda cadena del ADN, alargando tambin un pequeo
iniciador de ARN.
En la transcripcin del ADNmt intervienen una polimerasa de ARN, al menos un factor
de transcripcin implicado en la iniciacin (mtTFA), y uno de terminacin (mTERF). Las
dos cadenas del ADNmt se transcriben completamente a partir de tres puntos de
iniciacin diferentes, dos para la cadena pesada (H1 y H2) y uno para la cadena ligera
(L), originando tres molculas policistrnicas que se procesan posteriormente por cortes
endonucleolticos precisos en los extremos 5 y 3 de las secuencias de los ARNt, para
dar lugar a los ARNr, ARNt y ARNm maduros. De esta forma los ARNt, situados entre los
genes de los ARNr y ARNm, actan como seales de reconocimiento para los enzimas de
procesamiento. En particular, la cadena H se transcribe mediante dos unidades de
transcripcin solapadas en la regin de los ARNr: la primera de estas unidades comienza
delante del gen para el ARNtPhe (lugar de iniciacin H1), termina en el extremo 3 del gen

para el ARNr 16S y es responsable de la sntesis de los ARNr 12S y 16S, del ARNt Phe y
del ARNtVal. El factor de terminacin (mTERF) se une a una secuencia situada en el gen
del ARNtLeu y provoca la terminacin de esta unidad. La segunda unidad de transcripcin
comienza cerca del extremo 5 del gen del ARNr 12S (lugar de iniciacin H2) y transcribe
la casi totalidad de la cadena pesada; el procesamiento de este ARN policistrnico origina
los ARNm de 12 pptidos y los otros 12 ARNt codificados en esta cadena. La
transcripcin de la cadena ligera comienza cerca del extremo 5 del ARN 7S (en el bucleD) y da lugar al iniciador de la replicacin de la cadena pesada, 8 ARNt y 1 pptido (ND6).
La sntesis de las protenas mitocondriales tiene lugar en ribosomas especficos de la
mitocondria, cuyos componentes estn codificados en el ADNmt (ARNr 12S y 16S) y en el
genoma nuclear (84 protenas ribosomales). En este sistema de traduccin se sintetizan
las trece protenas codificadas en el ADNmt utilizando un cdigo gentico que difiere
ligeramente del cdigo gentico universal. As, UGA codifica el aminocido triptfano
(Trp) en vez de ser un codn de terminacin, y los codones AUA y AUU se utilizan
tambin como codones de iniciacin.
La biognesis de la mitocondria depende de la expresin coordinada de los genomas
mitocondrial y nuclear, pero hasta ahora se conoce muy poco acerca de los
mecanismos que regulan la interaccin de ambos sistemas genticos. La expresin del
ADNmt parece estar regulada por el factor de iniciacin de la transcripcin mtTFA,
codificado en el genoma nuclear. Este factor podra ser el responsable tanto de los niveles
de ARN como del nmero de copias de ADNmt, ya que la replicacin depende de la
sntesis de un iniciador de ARN a partir del promotor de la cadena ligera. La regulacin de
la relacin entre los ARNr y los ARNm mitocondriales se realiza fundamentalmente
mediante la seleccin del lugar de iniciacin de la transcripcin de la cadena pesada, que
a su vez est relacionada con el factor mtTERF (que causa terminacin de la transcripcin
despus de la sntesis de los ARNr) y con el procesamiento de los ARN primarios.
Asimismo, la actividad transcripcional puede estar regulada por estmulos hormonales,
especialmente por hormonas tiroideas que actan tanto de un modo indirecto (por
activacin de genes nucleares) como directamente sobre el propio ADNmt.

Los cloroplastos son orgnulos celulares que se encuentran en las plantas y algas verdes,
y en cianobaterias. En estos orgnulos son el sitio de los procesos fotosintticos de los
organismos que los contienen. Los cloroplastos tienen su propio genoma al que
denominamos ADNcp (cpDNA).

Esquema de un cloroplasto
La estructura del genoma del cloroplasto es similar al mitocondrial. Aqu tambin el ADN
tiene forma circular, est constituido por una doble hebra supercontrada y no existen
proteinas como es el caso de las histonas de los cromosomas nucleares. Muchas veces
existe una gran diferencia en el contenido de guanina-citosina del ADNcp en relacin
tanto al DNA nuclear como al ADNmt, lo que permite separar el ADNcp en un gradiente
de cloruro de cesio. El ADNcp es una molcula ms grande que el DNAmt de los
animales, con un tamao que vara entre 80 y 600 kb. Por ejemplo, el ADNcp del arroz
contiene 155.844 pares de bases. Todos los genomas del cloroplasto que se conocen
hasta ahora tienen una proporcin muy alta de secuencias de ADN que no codifican
ningn producto. El nmero de copias del ADNcp en cada cloroplasto es variable, pero
siempre hay varias copias por cada cloroplasto y estas copias se distribuyen en grupos
que forman nucleoides. La organizacin de los genes en el ADNcp. El genoma
cloroplstico contiene los genes para producir cada uno de los ARNr de los ribosomas
tpicos del cloroplasto (16S, 23S, 4,5S y 5S). Tambin contiene genes para los ARNt, y
genes que codifican algunas (pero no todas) las protenas requeridas en los procesos de
transcripcin y traduccin dentro del cloroplasto (como ser las protenas de los ribosomas,
las subunidades de la ARN polimerasa y los factores de traduccin), o requeridas para la
fotosntesis. Algunos, aunque no todos los genes que codifican protenas en el ADNcp
transcriben intrones. Algunas de las protenas con funciones dentro del cloroplasto son
codificadas en el DNA nuclear y sintetizadas en el citoplasma y luego ingresadas al
cloroplasto. En la Figura 2 se esquematiza la organizacin de los genes en el ADNcp.
De manera caracterstica, el genoma del cloroplasto contiene dos copias de cada uno de
los genes para la produccin de ARN de transferencia (ARNt). Los dos sets de genes de
ARNt se localizan en dos regiones de 10 a 25 kb con secuencias repetitivas idnticas pero
con orientacin invertida que se conocen como IRA e IRB (Fig. 2). Hay otros genes en
estas secuencias repetitivas invertidas y por lo tanto esos genes tambin estn repetidos.
La ubicacin de estas secuencias repetitivas definen otras dos regiones del genoma
donde los genes no estn repetidos: una regin corta SSC (short single copy) y una

regin ms larga llamada LSC (long single copy). Tanto en tabaco como en arroz, dos
especies para las cuales se conoce el ADNcp, existen 30 genes de ARNt, mientras que
en Marchantia (una heptica) son 32. Se han identificado cerca de 100 secuencias ORF
(open reading frames) que se supone que codifican protenas. Aproximadamente 60 de
esas ORFs ya han sido correlacionadas con genes que codifican protenas con funcin
conocida, mientras que el resto no se sabe aun que funcin cumplen. La sntesis de
protenas dentro del cloroplasto se realiza en ribosomas especficos del cloroplasto que
son de 70S con dos subunidades de 50S y 30S. Las subunidad de 50S contiene una
copia de cada una de las molculas de ARNr de 23S, 5S y 4,5S y la subunidad 30S
contiene una molcula de ARNr de 16S. No se sabe muy bien aun cuntas protenas
constituyen cada una de las subunidades ribosmicas, pero s se sabe que algunas de
esas protenas son codificadas por ADN nuclear y otras por ADNcp.

La replicacin del ADN sigue los mismos pasos tanto en procariotas como en
eucariotas. En ambos es semiconservativa y bidireccional, se separan las
cadenas, se necesitan cebadores, se sintetizan las nuevas cadenas mediante
polimerasas, etc. Pero debido a las diferencias estructurales entre los
cromosomas de procariotas y eucariotas y su bioqumica diferente, el proceso y
las enzimas son tambin un poco diferentes.
En las bacterias existe un solo origen de replicacin, al que llamamos Ori C. Ya
que el ADN procariota es una nica molcula circular, a partir de este nico punto,
la replicacin avanza en ambas direcciones hasta que se replique toda la
molcula. El cromosoma entero es un replicn. Cuando la duplicacin se esta
llevando a cabo podemos observar los llamados ojos o burbujas de replicacin.
En procariotas, donde ha sido mejor estudiado el proceso es en la bacteria
Escherichia coli. El origen de replicacin en E. coli es una secuencia de 245 pb
que contiene una secuencia de 13 pb repetida tres veces en tndem. Adems esta
regin contiene cuatro zonas de unin a la protena DnaB o helicasa que se
encarga
de
separar
las
hlices
para
comenzar
la
replicacin.

Una vez separadas se unen al ADN las proteinas SSBs (Single Strand Binding
proteins) que mantienen las cadenas separadas y la girasa (una topoisomerasa)

que ayuda en la misma funcin realizando cortes en el ADN para reducir la tension
por el superenrrollamiento del resto de la cadena. Despus se unen la RNA
primasa y la RNA polimerasa que se encargan de crear los cebadores de RNA.
En E. coli existen tres ADN polimerasas, denominadas I, II y III. La ADN
polimerasa III sintetiza las nuevas cadenas de ADN. La ADN polimerasa I elimina
los cebadores y rellena los huecos entre ellos. Los fragmentos de Okazaki en
procariotas
tienen
una
longitud
1000-2000
nucletidos.
En eucariotas el ADN no es una sola molcula circular, si no que esta formado por
un numero variable de hebras independientes. Cada una de ellas forma un
cromosoma durante la divisin celular. Por eso a diferencia de los procariotas los
eucariotas tienen muchos origenes de la replicacin. Debido a la mayor cantidad
de ADN que poseen y que esta repartido en varias molculas de ADN distintas.
Por tanto, los eucariontes tienen en cada cromosoma muchos orgenes de
replicacin,
y
por
lo
tanto,
muchos
replicones.

Los fragmentos de Okazaki son ms cortos, y la velocidad de elongacin mas


lenta que en procariotas. Ademas el control sobre la regulacin es ms complejo y
estricto ya que solo debe haber una replicacin del material hereditario en cada
ciclo
celular.
En procariotas, al ser el ADN una sola molcula y circular, la replicacin dura
hasta que ambos extremos de la burbuja se encuentran. En eucariontes ocurre lo
mismo, pero en los extremos de la molcula esta el inconveniente. Al final los
nuevos DNA quedan con un extremo romo y un extremo 3 que no puede ser
replicado por las DNA polimerasas celulares. Esto dara como consecuencia un
acortamiento progresivo de los cromosomas tras cada ciclo de replicacin. Para
evitarlo, han desarrollado una estrategia consistente en elongar los extremos de
los DNA 3 protuberantes de manera que no queden secuencias importantes del
cromosoma sin replicar.