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MACROMOLCULAS: CIDOS

NUCLICOS Y CDIGO GENTICO


1- Preguntas clave
2- Acidos nuclicos:
- Azcares
- Bases pirimidnicas y purnicas
- Nuclesido y nucletido
- Polimerizacin de los nucletidos
3- Estructura del DNA
4- RNA: diferencias con el DNA
5- Cdigo gentico
6- Resumen y conceptos
7- Bibliografa
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Preguntas clave (s.XIX):


cmo puede la informacin biolgica
plasmarse en un SOPORTE fsico/qumico?
cul es el material gentico?
Debe ser estable, replicable, contener
compleja informacin y acomodar
mutaciones que den cuenta de la evolucin.
cmo puede transmitirse/copiarse de manera
fidedigna de padres a hijos?
El descubrimiento de la estructura primaria del
DNA marca un hito en la historia de la biologa
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El DNA es el material gentico:


1928: Prueba experimental de
la funcin gentica del DNA:
Frederick Griffith (el material gentico
puede ser transferido de una bacteria a otra).

Dcada 1940: DNA es el


material gentico
1953: Rosalind Franklin:
difraccin de rayos X.
1953: Watson y Crick: estructura
primaria del DNA (la doble
hlice): DNA consiste en dos hebras de
nucletidos formando una hlice con los
azcares y fosfatos en el exterior y las bases
en el interior.
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ACIDOS NUCLEICOS
DNA Y RNA
POLINUCLETIDOS = polmeros de nucletidos
Azcares:

Bases pirimidnicas y purnicas

DNA: A, G, C Y T
RNA: A, G, C Y U
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Sntesis de purinas y pirimidinas

Azcares: Ribosa y Desoxirribosa


Los carbonos de las pentosas se denominan prima
para diferenciarlos de los tomos de las bases
nitrogenadas.

5
4

1
3

(RNA)
4

RIBOSA
(lineal < 1%)

RIBOSA
(cclica: enlace hemiacetal
1-4)

El 2OH de la ribosa (RNA) no existe en la deoxiribosa (DNA) que es menos reactiva por carecer de 1
grupo
OH.
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(DNA)

Proyeccin de
Haworth

NUCLESIDO = base + azcar pentosa (enlace N-glicosdico)


NUCLETIDO = nuclesido (base+azcar) + fosfato (ster)
NUCLETIDOS

BASE->NUCLEOSIDO

AMP, ADP, ATP

ADENINA->ADENOSINA

Enlace
N-glucosdico
GUANINA->GUANOSINA

GMP, GDP, GTP

Los nuclesidos se
nombran aadiendo el
sufijo -osina a las purinas
o -idina a las pirimidinas.

CITOSINA->CITIDINA

URACILO->URIDINA
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(TIMINA->TIMIDINA)

CMP, CDP, CTP

UMP, UDP, UTP


(TMP, TDP, TTP)

Polimerizacin de nucletidos
Enlace fosfodister:
Grupo fosfato unido al
3OH de una pentosa y
al 5OH de la siguiente

Esqueleto del DNA

Explicacin a las
Reglas de Chargaff: la
cantidad de A es igual a
la de T y la de C a la de
G en el DNA

WATSON Y CRICK:
Complementariedad
de
las
bases: A=T y C=G para dar pares
de bases con la misma longitud
(1,08 nm)

DOBLE CADENA
1,08 nm

1,08 nm

C G
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T A

Las cadenas del DNA son antiparalelas


y complementarias
5 OH (Pi)

3 OH
11

3 OH

5 OH (Pi)

GEOMETRA DE LOS
PARES DE BASES
Slo ciertos apareamientos entre las bases
permiten la formacin de puentes de
hidrgeno que mantienen una distancia de
1,08 nm entre los dos C1 de las pentosas.
El esqueleto exterior est formado por las
pentosas-fosfato y el interior por las bases
nitrogenadas (asociadas por puentes de H y
fuerzas de Van der Waals)

Para acomodar estos apareamientos las


dos cadenas del DNA deben correr de
manera anti-paralela (3->5 y 5->3).
Apareamiento completo de las dos hebras
slo se puede establecer si los pb van
girando unos con respecto a otros (DOBLE
HLICE)
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SURCOS MAYOR Y
MENOR
Interior hidrofbico,
exterior hidroflico,
estabilidad. Carga
negativa
La geometra del pb
determina la disposicin
espacial relativa de las dos
hebras en el DNA y es la
causa a nivel molecular de
la presencia de surcos
menor y mayor

2,2 nm
22A

1,2 nm
12A

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DNA no estructura esttica. Conformaciones del DNA


in vivo (complementariedad, antiparalelismo,
helicidad, etc):
-Forma B- DNA: fisiolgica alta cantidad agua,
dextrgira
-Forma A-DNA: condiciones de baja humedad y
dplex DNA-RNA o RNA-RNA: ms ancha y corta,
mayor nmero de bases por vuelta. Dextrgira
-Forma Z-DNA: control expresin gnica y
recombinacin, es levgiro: ms estrecha y larga.

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15

http://www.imb-jena.de/IMAGE_DNA_MODELS.

Molecular structure of nucleic acids.


A structure for deoxyribose nucleic acid.
Nature 171: 737-738 (1953).
Watson JD, Crick FH.

No ha escapado a nuestra
apreciacin que el apareamiento
especfico que proponemos
sugiere inmediatamente un posible
mecanismo para copiar material
gentico.
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El dogma central de la biologa


REPLICACIN

TRANSCRIPCIN

TRADUCCIN

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Convenciones:
Una secuencia de nucletidos se escribe siempre de 5 a
3 (sentido de la transcripcin y la traduccin)
Suele utilizarse la abreviatura en ingls de cido
(deoxi)ribo nucleico (DNA y RNA en vez de ARN y ADN).
Se utilizan las abreviaturas de las 4 bases del DNA
(ACTG) para definir la secuencia codificante de un gen.
La longitud de las molculas de DNA y RNA suele
medirse en pares de bases (pb o bp).

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RNA: diferencias con el DNA


Ribosa: 2-OH (mayor labilidad, el DNA
debe ser ms estable para poder
heredarse)
Uracilo (en vez de Timina en el DNA) y
presencia de otras bases atpicas
Longitud: RNA 102-103 nt / DNA 103-108 nt
Cadenas lineales, de hebra sencilla

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ESTRUCTURA DEL RNA


Estructura secundaria
en trbol:

horquillas
Tallos+bucles

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Estructura terciaria en L:

El cdigo gentico
Es el conjunto de pautas que rigen la
transferencia de la informacin contenida en
el DNA para la sntesis de protenas
Es UNIVERSAL (casi)
Correlacin entre la secuencia de
nucletidos del DNA y la secuencia de
aminocidos en las protenas que codifica.

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Caractersticas del cdigo gentico:


- codn. 20 aminocidos
Los codones del cdigo son tripletes (secuencia de
3 nucletidos): 4 nt, 42=16 (insuficiente), 43=64
-Especifca un aminocido (aa)
- El cdigo gentico es REDUNDANTE
Hasta seis codones diferentes pueden codificar
para el mismo aminocido.

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-Existen 3 marcos o pautas de lectura


Experimento con secuencias repetidas de 3 nt:

Codn de iniciacin = AUG (Met -metionina- o NfMet)


Codones sin sentido (STOP)
Hay tres codones que indican la terminacin
de la cadena (UAA, UAG, UGA)
No codifican para ningn aminocido.
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TAA
ATT

UAA

STOP

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RESUMEN Y CONCEPTOS
-COMPONENTES DEL DNA y RNA: pentosas, bases y fosfato.
-NOMBRES DE LAS 4 BASES, CARACTERISTICAS
GENERALES Y APAREAMIENTOS
-ESTRUCTURA BASICA DEL DNA Y SU RELEVANCIA
BIOLOGICA:
-COMPLEMENTARIEDAD: POSIBILIDAD DE COPIA
-POLINUCLEOTIDO: CADA MOLECULA ES UNICA
-APAREAMIENTOS SIEMPRE IGUALES: CODIGO UNIVERSAL

-DIFERENCIAS DNA Y RNA: U/T, RIBOSA/DEOXIRIBOSA,


LABILIDAD DEL RNA/ESTABILIDAD DEL DNA, ETC.

-CONCEPTO DE CODON Y CODIGO GENETICO.

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PAGINAS WEB Y BIBLIOGRAFIA RECOMENDADA:


http://www.imb-jena.de/IMAGE_DNA_MODELS.
htmlhttp://c3.biomath.mssm.edu/knex/supercoil.knex.
htmlhttp://academy.d20.co.edu/kadets/lundberg/dnapic2.
htmlhttp://202.213.175.11/NDB/NDBATLAS/index.html

Biochemistry
Author:
Charles M. Grisham
Reginald H. Garrett
Release Date:
19 October, 1998
ISBN:
0030223180
Publisher:
Brooks Cole

Biochemistry, 3/E
Christopher K. Mathews,
Kensal E. van Holde,
Kevin G. Ahern,
Publisher: Benjamin Cummings
Published: 11/30/1999
ISBN: 0-8053-3066-6

http://www.web.virginia.edu/heidi/home.htm capitulos 12
y 29
http://bcs.whfreeman.com/lodish5e/ CHAPTER 4
Classic experiments: Cracking the genetic code
27

Essays on the History of Biochemistry


An interview with James Watson
http://www.accessexcellence.org/AB/CC/watson.html
An interview with Francis Crick
http://www.accessexcellence.org/AE/AEC/CC/crick.html
A copy of the classic Watson and Crick paper
http://biocrs.biomed.brown.edu/Books/Chapters/Ch 8/DH-Paper.html
Nucleotides and Nucleic Acids
An introduction to X-Ray Crystallography
http://www-structure.llnl.gov/Xray/101index.html
Nucleotides in 3D
http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/dna/
More nucleotides in 3D
http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/BuildBlocks/Nucs.html
Nucleotide structures
http://esg-www.mit.edu:8001/esgbio/lm/nucleicacids/nucleicacids.html
Structure of Nucleic Acids
A superb animated primer on DNA, genes and heredity
http://vector.cshl.org/dnaftb/
Profile of Oswald Avery
http://www.profiles.nlm.nih.gov/CC/
An interview with James Watson
http://www.accessexcellence.org/AB/CC/watson.html
An interview with Francis Crick
http://www.accessexcellence.org/AE/AEC/CC/crick.html
A copy of the classic Watson and Crick paper
http://biocrs.biomed.brown.edu/Books/Chapters/Ch 8/DH-Paper.html
Ooops! Left and Right Handed DNA
http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/LeftHanded.DNA.html