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Reporte de actividades.

Carina Cortes Sanchez.


Instituto de Fsica Luis Rivera Terrazas
Metodos computacionales de la fsica.
Resumen
Se realiz
o una simulaci
on de din
amica molecular eligiendo el ensamble canonico de
un sistema de partculas donde el potencial de interaccion entre pares es de LenardJones y temperatura de 2. Nuestro sistema tiene 2 configuraciones iniciales: una
para el tiempo de equilibrio esta parte de la forma de solido perfecto, y otra configuracion para el tiempo de produccion; las velocidades iniciales de cada partcula se
asignan al azar de una distribucion de Maxwell - Boltzman.
Para simular el Bulk, se emplean condiciones periodicas de borde, y se trunca el
potencial para obtener interacciones principales solo a vecinos cercanos. Se utiliza el
algortmo de Verlet para integrar las ecuaciones de movimiento de Newton y obtener
la DM utilizando Fortran, las velocidades se escalan para obtener la temperatura
deseada, i.e. calentando gradualmente los atomos y variando las dimensiones de la
caja de simulaci
on. Para as a partir de las soluciones de las ecuaciones evaluamos
diferentes propiedades del sistema.

Din
amica molecular en fluido Lennard-Jones para
el ensamble can
onico de nuestros sistemas de partculas.
1. Programa fortran de simulacion NVT.
2. Graficas de a) energa cinetica, b) energa potencial, c) energa total y d) presion
en simulacion NVT por tequi = 2000 pasos de equilibrio y tp rodu =8000 pasos de
produccion usando N=108, dt*=0.005, Rc*=3.0, rho*=0.5 (posvel0.dat).
3. Graficas de a) energa cinetica, b) energa potencial, c) energa total y d) presion
en simulacion NVT por tequi = 10000 pasos de equilibrio y tprodu =20000 pasos de
produccion usando N=864, dt*=0.003, Rc*=4.0, rho*=0.2 (den0.2temp2.5.dat).
4. Reportar las energas y presion promedio obtenidos, as como sus respectivas desviaciones estandar.
5. Reportar las correcciones de largo alcance para la energa y la presion.

1.1

Introducci
on.

En las simulaciones es conveniente poder expresar en unidades reducidas, las temperaturas, energas, fuerzas, presion. Con lo cual hay que elegir unidades practicas de energa,
longitud y masa de las cuales podemos expresar las magnitudes restantes en funcion de
estas.
1. Unidad para la longitud:
2. Unidad de energa: 
3. Unidad de masa: masa de los atomos en el sistema.
si, = 3.0E-10, pero los atomos tiene el mismo tama
no, todas las partculas se ponen en
r
unidades reducidas de
El potencial de interaccion de fluido Lenard - Jones:
u(r) = 4[

1
1

]
12
(r)
(r)6

(1)

En cuanto a la temperatura, la temperatura reducida T = KB T . La densidad n


umerica
no masiva, es una cantidad constante para cada sistema, en general es el n
umero de
partculas entre el volumen que contiene a los atomos.
Las condiciones de borde (CBP), se utiliza para determinar condiciones de borde periodicas.
Para las N partculas interactuando por el potencial de pares con CBP, queremos evaluar
el potencial y la fuerza sobre cada partcula i. Se cea una supercelda, que es nuestra
caja de simulacion rodeada por sus imagenes. As la suma sobre i, es la suma de sus N-1
vecinos.
Para disminuir el tiempo de la simulacion, se procede a truncar a una determinada distancia el potencial de interaccion, pero para eso se tiene que tener cuidade en el calculo
de las propiedades del sistema, como localizar el punto crtico que depende del potencial
a a largas distancias. El corto alcance en los potenciales significa que la energa potencial
total de una partcula esta dominada por las interaccione svecinas que se encuentran a
una distancia menor que un Rc (radio de corte), as el error producido cuando se ignoran
las distancias mayores a este radio de corte se hace grande tomando a Rc suficientemente
grande. En el caso de que el potecial sea no nulo para radios mayores a Rc, entonces se
tendra un error sistematico en las energas.
En tres dimensiones el potencial de Lenard-Jones es:
Z
1
4r2 (r)u(r)dr
(2)
u=
2 0
donde (r) es la densidad media a una distancia r de un atomo. Al truncar el potencial
se ignora:
Z
1
ulrc =
4r2 (r)u(r)dr
(3)
2 Rc
2

As, suponiendo que para r mayor que Rc, la densidad (r) es igual a la densidad promedio
. Por tanto, la correcion al potencial es:
1

8
ulrc =  3 [ ( )9 ( )3 ]
3
3 Rc
Rc
Las correcciones para la energa total y la presin son:
1
1
8
Elrc = N [( )9 ( )3 ]
9
Rc
Rc

(4)

(5)

16
1
1
2 [2( )9 3( )3 ]
(6)
9
Rc
Rc
En el ensamble canonico el volumen V, el n
umero de partculas N y, la temperatura T
se mantienen constantes. En el caso de la temperatura, la que se mantiene constante
es la promedio, pues la temperatura instantanea de nuestro sistema vara en funcion del
tiempo. Suponemos que un bano termico tiene la temperatura que quiero que tenga mi
sistema, entonces pongo el sistema en contacto con este ba
no donde hay intercambio de
energa por medio de un re-escalamiento de velocidades es lo que mantiene la temperatura
constante. La energa ahora no es constante y fluct
ua.
P lrc =

El control de la temperatura:
Experimentalmente el sistema se pone en contacto con un ba
no termico de dimensiones
mucho mayores, de tal manera que la temperatura no se modifica.
El metodo usado para obtener la temperatura constante utilizado es es escalamiento de
velocidades.
1. Escalamiento simple de velocidades.
2. En principio, el metodo mas simple para mantener una temperatura constante es la
re-escala periodicamente de las velocidades de la partcula.
3. Energa cinetica por partcula para el ensamble puede ser calculado por:
N
1 X
(
mi v~i v~i )
< K >=
2N i=1

(7)

o de la teora cinetica de los gases:


3
< K >= kT
2

(8)

N
1 X
3
< K >=
(
mi v~i v~i ) = kT
2N i=1
2

(9)

Igualando las ecuaciones:

Obtenemos una relacion para la temperatura:


N

T =

X
1
3
<
mi v~i v~i ) >= kT
2N
2
i=1

(10)

Esto nos permite determinar la temperatura actual TA para el ensamble en alg


un
tiempo.
4. Consecuentemente, las velocidades pueden ser escaladas con respecto a la actual y
deseada temperatura TD
r

TD
T
r A
TD
= viy
T
r A
TD
= viz
TA

vix nueva = vix


viy nueva
viz nueva

(11)

escalamiento de velocidades dan energa cinetica y temperatura constantes.

1.2

Teorema de equipartici
on de la energa.

Relacion general entre la temperatura de un sistema con su energa media:


KT
1
= mvx 2
2
2

(12)

Relacion entre K y T.
N

< Ecinetica

1X
3
>=<
mi vi 2 >= N KB T
2 i=1
2

(13)

Donde, la energa cinetica instantanea es


N

Ecin (t) =

1X
mi vi (t)2
2 i=1

(14)

Donde la temperatura instantanea es:


2Ecin (t)
(15)
3KB
El factor de escala que hace las temperaturas constantes es:
r
T
escala =
(16)
Tinst
con T la temperatura impuesta al sistema. As, las velocidades se multiplican por el factor
escala. Obtendremos la energa constante y por tanto la temperatura constante.
Tinst (t) =

2
2.1

Resultados.
Energia cinetica.

cinetica-eps-converted-to.pdf

Figure 1: Energa cinetica vs el tiempo en una corrida.


Para obtener esta propiedad del sistema para el tiempo total de corrida se uso su expresion
clasica para cada componente:
N

1X
mi vi 2
K=
2 i=1

(17)

La masa que se asigna cada partcula fue 1.0.


La grafica a la izquierda: Muestra la energa de nuestro sistema de t=1 a 2000, donde
t=2000 es el tiempo de equilibrio. La temperatura en este caso parece constante alrededor
de energa cinetica = 323.9194, con una desviacion estandar de 4.0616.
El valor inicial de la energa cinetica es de 177.4340 para tiempo=1, luego el sistema
evoluciona a energa cinetica de 324, manteniendose casi constante en el tiempo.
La grafica roja de la derecha se tomo a partir de t=2001 a t=10000 (para obtener los
promedios en este caso de dividio entre : N-2000 ). La energa fluct
ua alrededor de
energa cinetica = 324.0007, con una desviacion estandar de 2.3595

2.2

Temperatura.

Temperaturainstantanea-eps-converted-to.pdf

Figure 2: Energa cinetica vs el tiempo en una corrida.


La temperatura inicialmente parte de 1.0952 para t=1, despues es sistema de estabiliza
alrededor de la temparatura dos, que es la temperatura impuesta al sistema.

2.3

Energia potencial.

potencial-eps-converted-to.pdf

Figure 3: Energa potencial vs el tiempo en una corrida.


Seg
un la ecuacion 1 se realizo el calculo.
La grafica a la izquierda: Muestra en rojo la energa de nuestro sistema de t=1 a 2000,
donde t=2000 es el tiempo de equilibrio, la grafica morada se tomo a partir de t=2001 a
t=10000 (para obtener los promedios en este caso de dividio entre: N-2000)

2.4

Energia total.

total-eps-converted-to.pdf

Figure 4: Energa total vs el tiempo en una corrida.


El calculo se realizo sumando la energa cinetica mas la potencial por componentes.
La grafica a la izquierda: Muestra en roja la energa de nuestro sistema de t=1 a 2000,
donde t=2000 es el tiempo de equilibrio, la grafica violeta se tomo a partir de t=2001 a
t=10000 (para obtener los promedios en este caso de dividio entre: N-2000).
La correccion para la energa es -16.7475 para la distancia entre partculas mayor que el
radio de corte. El radio de corte usado es de 0.5lado, este no puede ser mayor que la
mitad que el lado de la celda de simulacion.

2.5

Presi
on.

presion-eps-converted-to.pdf

Figure 5: Presion vs el tiempo en una corrida.

3
3.1

Las configuraciones del artculo.


Energia cinetica.

cinetica3-eps-converted-to.pdf

Figure 6: Energa cinetica vs el tiempo en una corrida.


Para obtener esta propiedad del sistema para el tiempo total de corrida se uso su expresion
clasica para cada componente:
N

1X
mi vi 2
K=
2 i=1

(18)

La masa que se asigna cada partcula fue 1.0.


La grafica a la izquierda: Muestra la energa de nuestro sistema de t=1 a 10000, donde
t=10000 es el tiempo de equilibrio. La temperatura en este caso parece constante alrededor de energa cinetica = 3240, con una desviacion estandar de 3.13. El valor inicial de
la energa cinetica evoluciona manteniendose casi constante en el tiempo.
La grafica verde de la derecha se tomo a partir de t=10001 a t=30000 . La energa
en este caso fluct
ua alrededor de energa cinetica = 3240, con una desviacion estandar de
2.96.

10

3.2

Temperatura.

Temp3-eps-converted-to.pdf

Figure 7: Energa cinetica vs el tiempo en una corrida.


La temperatura inicialmente parte de 2.57 para t=1, despues es sistema de estabiliza
alrededor de la temparatura 2.5, que es la temperatura impuesta al sistema.

11

3.3

Energia potencial.

potencial3-eps-converted-to.pdf

Figure 8: Energa potencial vs el tiempo en una corrida.


Seg
un la ecuacion 1 se realizo el calculo.
La grafica a la izquierda: Muestra en negro la energa de nuestro sistema de t=1 a 10000,
donde t=10000 es el tiempo de equilibrio, la grafica verde se tomo a partir de t=10001 a
t=30000 (para obtener los promedios en este caso de dividio entre: N-10000)
La energa potencial es: -1017.6975 (en equilibrio) y -1025.6118 (despues del equilibrio)
La energia potencial promedio es: -1027.6 (en equilibrio) y -1044.9 (despues del equilibrio), este parametro lo reporta en el artculo con un valor de -1.234(3). Entonces, La
energia potencial promedio entre N=864 es: -1.189 (en equilibrio) y -1.209 (despues del
equilibrio)
La desviacion estandar de la energa potencial es: 51.23 (en equilibrio) y 26.06 (despues
del equilibrio)

12

3.4

Energia total.

total3-eps-converted-to.pdf

Figure 9: Energa total vs el tiempo en una corrida.


El calculo se realizo sumando la energa cinetica mas la potencial por componentes.
La grafica a la izquierda: Muestra en verde la energa de nuestro sistema de t=1 a 10000,
donde t=10000 es el tiempo de equilibrio, la grafica negra se tomo a partir de t=10001 a
t=30000 (para obtener los promedios en este caso de dividio entre: N-10000).
La energia promedio es 2212.45 (en equilibrio) y 2195.02 (despues del equilibrio) su correccion es -22.61 (en equilibrio) para distancia entre partculas mayor que el radio de
corte. la desviacion estandar es 51.64 (en equilibrio) y 26.06 (despues del equilibrio).
El radio de corte usado es de 0.4lado, este no puede ser mayor que la mitad que el lado
de la celda de simulacion.

13

3.5

Presi
on.

presion3-eps-converted-to.pdf

Figure 10: Presion vs el tiempo en una corrida.


la presion TOTAL para r<Rc es 0.5033 (en equilibrio) y 0.5321 (despues del equilibrio).
La presion promedio TOTAL para r<Rc es 0.484 (en equilibrio) y 0.4826 (despues del
equilibrio).
La correccion de la presion (Plrc) para r>Rc es -1.047E-002 (en equilibrio) y -1.047E-002
(despues del equilibrio).
La presion total del sistema Pprom + Plrc = 0.4736 (en equilibrio) y 0.4721(despues del
equilibrio), este valor en el artculo es de 0.472(1). La desviacion estandar de la Presion
total es 3.59E-002 (en equilibrio) y 3.27E-002(despues del equilibrio).

Bibliografa
[1] Apuntes del curso de metodos computacionales.
[2] J. K Johnson, et al. 1993 Lennard-Jones equation of state revisted (Molecular physics)
78 (3) 591 - 618.

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