El dogma central del flujo de la informacin gentica -> el RNA como intermediario Propiedades del RNA Clases de RNA El mRNA, el mensajero La transcripcin: iniciacin, elongacin y terminacin La transcripcin en eucariotas: modificaciones (procesamiento) transcripcionales, intensificadores Transcripcin inversa y todas las posibles direcciones del transferencia de informacin gentica Actividad enzimtica del RNA RNA de interferencia (RNAi)
El dogma central del flujo de la informacin gentica
Propiedades del RNA
Una cadena, no doble hlice. Apareamiento intramolecular -> RNA contorsionista molecular Azcar ribosa (OH en el carbono 2) Esqueleto azcar-fosfato en posiciones 5-3 del azcar como DNA Uracilo en vez de Timina, se empareja con Adenina, y tambin con Guanina cuando se pliega (no en la transcripcin). Catalizador biolgico -> Ribozima RNA: contorsionista molecular El emparejamiento intramolecular de nucletidos produce un plegamiento de la molcula de RNA Tipos de RNA
RNA mensajero (mRNA)
RNA funcional
RNA de transferencia (tRNA) RNA ribosmico (rRNA) RNA nuclear pequeo (snRNA) MicroRNA (miRNA) RNA de interferencia pequeo (siRNA)
Definicin molecular de gen Definicin molecular de gen Estructura del gen y el mensajero procariota TRANSCRIPCIN Funcin: la formacin del transcrito de RNA mediante la catlisis de la unin de nucletidos libres a la cadena molde del DNA formando una monohebra de RNA.
Propiedades que hacen posible la sntesis del transcrito de RNA
1. COMPLEMENTARIEDAD ENTRE BASES A-U, C-G, G-C, T-A
2. UNIN DE PROTENAS ESPECIFICAS AL DNA (RNA Polimerasa y otras protenas que actan como factores de transcripcin). Nomenclatura de las cadenas en relacin a la transcripcin (5) CGCTATAGCG (3) cadena codificadora del DNA (3) GCGATATCGC (5) cadena molde del DNA
(5) CGCUAUAGCG (3) transcrito de RNA Orientacin y nomenclatura de las cadenas en relacin a la transcripcin Depende de cada gen, no es un propiedad del cromosoma. Qu cadena de la doble hlice es la codificadora? Orientacin de la transcripcin Orientacin de la transcripcin RNA polimerasa Enzima compleja, no requiere primer (cebador), no funciona la correccin de errores
Procariotas: slo un tipo. Con mltiples subunidades. E. Coli :
factor sigma iniciacin + CORE (holoenzima)
Eucariotas: 3 tipos I -> rRNA II -> mRNA III -> tRNA, snRNA, rRNA 5S La ARN polimerasa III transcribe genes ARNt, genes ARNr 5S, y los restantes genes ARNnp.
La ARN polimerasa II transcribe los genes codificadores de protenas y algunos genes para ARNnp.
La ARN polimerasa I transcribe los genes para los ARNr 18S, 5.8S y 28S.
ARN polimerasas en eucariotas PROCARIOTAS En procariotas una sola polimerasa (RNA Polimerasa) se encarga de transcribir el DNA en las diferentes clases de RNA
ESTRUCTURA (E. coli) Se compone de 5 subunidades: 2 subunidades idnticas, , , , ms el cofactor . El cofactor tiene la propiedad de disociarse del resto de subunidades durante el proceso dejando el ncleo central de la enzima al descubierto. HOLOENZIMA = 5 subunidades (con cofactor ) ACTIVA APOENZIMA = 4 subunidades ( el cofactor disociado) INACTIVA RNA polimerasa Etapas de la transcripcin Iniciacin: Secuencias promotoras (se une la RNA polimerasa) Procariotas: Secuencias consenso Pribnow (-10 pb) y regin -35 pb Eucariotas: Caja TATA (-25 pb) y CAAT (-70 pb)
Elongacin: 5->3 Enrollamiento aguas arriba (5) y desenrollamiento aguas abajo (3) del DNA
Terminacin: Dependiente del factor Rho Independiente de Rho PROCARIOTAS RNA polimerasa APOENZIMA = 4 subunidades 2 subunidades = ensamblan el enzima y promueven interacciones = actividad cataltica = se une al DNA = ensamblaje y regulacin expresin = Se une a las regiones promotoras y posicional a la holoenzima en el sitio de inicio Etapas de la transcripcin Iniciacin: Secuencias promotoras (se une la RNA polimerasa) Procariotas: Secuencias consenso Pribnow (-10 pb upstream) y regin -35 pb
Terminacin: DNA Palndrome estructura secundaria Terminacin: mecanismo intrnseco -> DNA Palndrome, estructura tallo-bucle Transcripcin Eucariotas Terminacion en eucariotas Transcripcin ribosomal CONTROL TRANSCRIPCIONAL Control pretranscripcional Modelo para explicar el desplazamiento de los nucleosomas durante la transcripcin La RNA polimerasa avanza
El DNA es desplazado del octmero
El avance de la polimerasa genera torsiones en el DNA que desplazan el octmero el cual se reinserta por detrs de la polimerasa Proceso de transcripcin en eucariotas: desplazamiento de nucleosomas REGULACIN GENTICA DE LA TRANSCRIPCIN Regulacin gentica Regulacin epigentica Regulacin al inicio: TFs Elementos reguladores: Cis y Trans R. promotora= f. cis TF= f. trans
1- Existen tres tipos de RNA polimerasa
La I, la II y la III
RNA polimerasa I, 13 subunidades. Se localiza en el ncleo y en el nucleolo. -> Sntesis de rARN 45S. RNA polimerasa II, 12 subunidades. Se localiza en el nucleoplasma. -> Sntesis de los hnRNA (transcrito primario), los precursores de los mRNA. RNA polimerasa III, 17 subunidades. Se localiza en el nucleoplasma. -> Sntesis rRNA 5S y tRNA. Promotores de los genes clase II Promotor basal
Secuencias proximales
Elementos distales
FT clase II FT generales elementos basales
TFIID: TBP, TAFs TFIIH: RNApolI Regulacin de la transcripcin genes I y III RNA pol I: un transcrito grande Promotores en direccin 5-3 UBF UBF 3 5 Promotor basal Promotor proximal TBP TAFs SL1 RNApolIII TFIIIB TBP TAF TFIIIC RNA pol III: pocos genes (tRNAs, pre rRNA 5S y snRNA) Promotores 3 region estructural (ICR)
Metilalcin del ADN: control de expresin gnica Isoltes CpG no metilados RNApol DNA TFs
Isoltes CpG metilados DNA X
Isoltes CpG metilados DNA X MeCP1, MeCP2 Isoltes CpG metilados DNA X MeCP1, MeCP2 Patrones de metilacin Desmetilacin global (desmetilasa) Metilacin de novo (meilasa) Metilacin de mantenimiento (meilasa) DNA con patrn de metilacin de los padres DNA hipometilado DNA con patrn de metilacin propio del embrin Transcriptos en procariotas versus eucariotas procariotas eucariotas MADURACIN DEL RNA 1. Modificacin del extremo 5 P-P-P- A-N FOSFATASA P-P- A-N H2O P mRNA GUANILTRANSFERASA G-P-P-P- A-N P-P
Metilacin de la caperuza 5 Modificacin del extremo 5 Modificacin del extremo 3 Corte 10- 30 nt x endonucleasa RNA no funcional Splicing Empalmosoma (Spliceosome) Estructura del mRNA eucariota Maduracionde tRNA y rRNA Maduracin RNA mitocondrial Splicing alternativo Transcripcin inversa El dogma central revisado
TRADUCCIN Sntesis de Protenas Caractersticas
Procariotes Vs. Eucariotes 2. Caracter policistronico y monoscistrnico 3. Fases de la Traduccin
Carga del ARNt 1. Iniciacin Punto de inicio especfico Formacin tRNAi (aminoacilacin) a) Inicio: Factores de iniciacin, unn del tRNAi- met a AUG en el mRNA
2. Elongacin 1. Ubicacin del aminoacil-tRNA en el punto A
2. Transpeptidacin: Formacin del enlace peptdico 3. Translocacin 3. Terminacin
http://www.johnkyrk.com/DNAtranslation.esp.html
El sistema de endomembrana esta formado por el ncleo, el RER y el aparato de Golgi Traduccin Modificaciones post-traduccionales de las protenas En el sistema de endomembranas las protenas son modificadas y enviadas a sus destinos finales. tresgrandes grupos
Plegamiento de la protena Procesamiento proteoltico Modificaciones qumicas Modificaciones post-traduccionales Procesamiento enzimtico Formacin de puentes disulfuro MPT Funcin Fosforilacin Sealizacin, activacin Acetilacin Estabilidad, interaccin DNA-prots Metilacin Regulacin gnica Acilacin, modif. por cidos grasos Localizacin y sealizacin celular Glicosilacin Protenas excretadas, reconocimiento y sealizacin celular Anclas GPI Fijacin de enzimas y receptores a membrana Puentes S-S Estabilidad de protenas Ubiquitinacin Seal de destruccin Sulfatacin Modulador de interacciones http://www.youtube.com/watch?v=5iS4CRPPDus http://www.youtube.com/watch?v=NSvAfwMEo7o http://www.youtube.com/watch?v=OtyhPEyLhvA Plegamiento
Tipos de Proteinas involucradas
Tipos de Proteinas involucradas
http://www.youtube.com/watch?v=yZ2aY5lxEGE Cdigo gentico Cmo se traduce la secuencia de mRNA en la secuencia de aminocidos de una protena? Los aminocidos no estn relacionados estructuralmente con los cidos nuclicos.
Cmo pueden alinearse las protenas a una molcula de mRNA durante la sntesis proteica? Cdigo gentico Cada aminocido esta codificado por un pequeo nmero de nucletidos consecutivos. Los vocablos del cdigo deben ser capaces de codificar para 20 aminocidos. Por lo tanto: 4 2 = 16 aa 4 3 = 64 aa Nirenberg y Matthaei (1961) Adicionaron a ribosomas aislados unos polirribonucletidos sintticos y de composicin de bases conocida para determinar la relacin entre el RNA y el polipptido formado en respuesta.
Obtuvieron fracciones proteicas marcadas solamente en las que eran formadas por Phe.
Ulteriores estudios develaron que el polipptido obtenido solamente contena restos de Phe. Experimento que descifr el cdigo gentico
UUU = Phe AAA = Lis CCC = Pro
El resto de el cdigo fue descifrado usando RNA polimerasas que contenan mezclas de nucletidos.
Interpretacin del cdigo de las 64 codones, 61 de los cuales codifican aa. Los tres sobrantes (UAA,UAG,UGA) son codones de terminacin. tRNAs Adaptador entre aminocidos y mRNA durante la traduccin.
Cada aminocido es unido por una enzima especifica a su tRNAs.
El cdigo gentico Aspectos Importantes del Cdigo Gentico Es universal. Formado por 64 codones y 20 a. Un codn = un a. En el ARNm los codones son contiguos. Es degenerado. Minimiza los efectos de la mutacin.
Degenerado 1. Hay mas de un vocablo de cdigo para la mayora de los aminocidos. 2. No es uniforme Hay 4 tripletes que cumplen funciones especficas: AUG codifica para metionina.
UAG, UAA y UGA son seales de trmino.
Codones de lectura
Tercera base 1. Menos especfica 2. Si dos aa. Tienen las primeras dos bases iguales, uno tendr purinas (A ,G) y otro pirimidinas (U,C) en la tercera posicin. 3. Dos primeras letras son determinantes de la especificidad. 4. Vacilacin de la tercera base = velocidad Codones de terminacin La cadena polipeptdica se hidroliza de tRNA en estado natural.
En estado sinttico (polyU) permanece unida a tRNA, debido a la falta de un codn de terminacin.
UAG, UAA, UGA (codones de terminacin)
Mutaciones en codones que los transforman a UAG,UAA o UGA detenan la sntesis de protenas en el codn anterior a estos.
Universalidad del cdigo Los vocablos del cdigo gentico estn considerados como universales. mRNA para la sntesis de hemoglobina (conejo) + aminoacil-tRNAs de E. coli = hemoglobina La multiplicidad de vocablos esta implicada en el desarrollo o diferenciacin evolutiva. Aminocidos no codificados Algunas protenas contienen aminocidos que no tienen un vocablo en el cdigo.
Estos aa. Son sintetizados enzimticamente a partir de aa esenciales.