Classification du monde microbien

1)-Systme 2 rgnes :
rgne animal et rgne vgtal , la diffrence rside dans : mobilit, htrotrophie,
autotrophie, chimiotrophie animau!) , phototrophie vgtau!), prsence ou
absence de paroi"
2)-Systme # rgnes :
a)-$roto%oaires : ils sont chimiotrophes et associs au! animau!"
b)-&lgues : ils sont phototrophes et associs au! vgtau!"
c)-'icrobes : nouveau rgne
(&)*+), en 1-.. classe en # rgne : animau! pluricellulaires), vgtau! , et
protistes uni et pluricellulaires, et toute les cellules sont identi/ues, pas de
diffrenciation)"
#)-Systme 0 rgnes :
123&*+)4 en 15.5, animau! , vgtau!, monres les microorganismes
procaryotes), fungi multinucls, regroupe dans 1 myclium6hyphes /ui sont
souvent spars par des cloisons, ils ont 1 paroi, et s7alimentent par absorption), et
protistes microorganismes eucaryotes)"
*lassification base sur des caractres morphologi/ues"
*arl 18)S) en 1595 classification sur critres molculaires 3 domaines , et
c7est la plus utilise"
)ucaryotes &rchaea bactries :actries
&nimau!
;gtau!
*hampignons
$rotistes
&narobies strictes
(yperthermophiles
3hermoacidophiles
,e reste
Les protistes eucaryotes
1)- Les Algues :
,7tude est l7algologie ou phycologie"
'icroorganismes , la plupart a/uati/ues avec pouvoir de photosynthse"
$aroi de silice , cellulose et hmicellulose" Substance de rserve 6 amidon"

a)-<istribution :
on les trouve dans les eau! douces, cosystme marin et eau! saum=tres"
Sous forme planctoni/ue ou benthi/ue"
Sur les rochers humides et les arbres"
2ls peuvent >tre endosymboioti/ues avec des proto%oaires , associs a des
champignons 6 ,ichens
Symbiose : association d7un ou plusieurs organismes ou microorganismes, pour
se procurer un avantage pour chacun"
,ichens : *hampignons ascomyctes, basidiomyctes)
&lgues algues vertes , cyanobactries)
?anthelles : algues @proto%oaires"
Saprophytisme : organisme /ui vit au dpens de la matire organi/ue morte en
association a des bactries"
arasitisme : organisme /ui vit au dpens de la matire organi/ue vivante"
b)-*lassification :
Soit microscopi/ues , unicellulaires , filamenteuses , dnues de diffrenciation"
1)-Chlorophytes :
dans les eau! douces ou sales, sols, en symbiose avec d7autres organismes"
$aroi cellulosi/ue , substance de rserve 6 amidon, chlorophylle & et : , et
carotnoAdes"
4eproduction se!ue et ase!ue par mitoses)"
*ertains causent des maladies , comme prototheca moriformis /ui cause la
protothecose"
!)-"uglnoides :
algues unicellulaires vivants dans les eau! douces , saum=tres , marines et sols
humides" Borment souvent les fleurs d7eau sur les tangs, et abreuvoirs"
)uglena gracilis : '8 avec cuticule mais pas de paroi, souple a l7e!trieur de la
mb plasmi/ue
*hlorophylle & et : , et pigments accessoires rpartis dans plusieurs
chloroplastes"
$yrnoides contenants le paramidon , reproduction se!ue binaire longitudinale"
3)-Chrysophytes :
Se sont des algues brun Caune , vert Caune, et diatomes"
Bormes unicellulaires, en colonies, ou filamenteuses"
*ertaines espces sont dpourvues de flagelles , d7autres 1 ou 2 , de tailles
diffrentes"
*hryso laminarine 6 substance de rserve"
*hlorophylle a,c1,c2, et carotnoAdes , fluco!anthine"
*ertains sont dpourvus de paroi , d7autres ont des cailles ou des pla/ues"
#iatomes : les plus reprsentatifs , et sont producteurs secondaires du
phytoplancton
$lusieurs types de diatomes :
- asymtrie radiale
- asymtrie bilatrale type penn)"
4eproduction ase!ue et se!e, aprs leurs morts , ils se dposent dans les fonds
marins formants les diatomites , utilises comme indicateurs de la /ualit des
eau!, concentration saline, $(, prsence ou absence de polluants , lments
nutritifs"
Dtiliss aussi comme additifs a la peinture pour accroEtre la visibilit nocturne des
pla/ues d7immatriculations, et abrasifs dcapants dans dtergents ,et engrais"
$)-yrophytes :
la plupart marins , certains dans eau! douces"
4esponsables de la luminescence des ocans dans la nuit, par o!ydation des
vsicules associes au! mitochondries , donnant l7&3$ ncessaire"
Borment des mares rouges dans les %ones cFtires, produisant des neuroto%ines
& sa%ito%ines ' responsable de la paralysie des muscles respiratoires stris de
beaucoup de vertbrs"
Gon to!i/ue pou crustacs , et mollus/ues mais ils accumulent cette to!ine et
deviennent ainsi dangereu! pour les humains"
&<G non empa/uet dans nuclosome , car pas d7histones"
#inoflagells : possdent un noyau dinocaryon) et &<G non empa/uet"
Dne grande /uantit d7&<G environ 2HHpg , soit .H fois dans les cellules
humaines"
Ines classi/ues d7eucaryotes mais sans introns"
!)-roto(oaires :
1)- Caract)res gnrau%
dans eau! douces ou de mer, ils sont unicellulaires , microscopi/ues et mobiles
pendant au moins un stade de leur dveloppent"
*himio-htrotrophes"
Substances de rserve : glycogne et lipides"
,es formes libres se nourrissent en gnral par phagocytose, et parasites par
osmose"
8n trouve 1 million Jml de Cus de rumen"
Symbiose avec bactries"
<gradent la cellulose en pyruvate , (2 , *82 , et acides gras volatiles"
2ls se dplacent gr=ce a # organes locomoteurs :
- pseudopodes : e!tensions cytoplasmi/ues non permanentes du corps
cellulaire, par les/uelles les organismes amiboAdes se dplacent et se
nourrissent"
- *lagelles"
- Cils : plus courts /ue les flagelles"
2 modes de nutrition :
- holo(oi+ue : bactries , crustacs ou algues ingres par phagocytose,
formation de vacuole phagocytaire , puis digestive , et le matriel non digr est
limin par le cytoprocte"
,-3
C.!
-!. ' .!

Amibe
aa
/ases
a(otes
noyau
Stome
phagocytose
cytoprocte
pseudopode

*ertains proto%oaires possdent une vritable bouche appele cytostome"
aramcie
-!.
C.!
,-3
.!
- Sapro(oi+ue : osmotrophes parasites) se rencontre che% les astomes"
,es nutriments vont traverser la mb plasmi/ue par pinocytose, diffusion ,
transport actif ou facilit"
- -olophyti+ue : symbiose entre proto%oaires et algues, comme certains
amibes 6 Amaeba polustris , /ui hberge dans son cytoplasme des bactries
arobies , en relation de symbiose permanente, et c7est la bactrie /ui est
responsable du mcanisme o!ydatif , car amibe sans mitochondries"
0acuole dilate
,oyau%
1micro&reproductif'
et macro&2gtatif)
ifraciliature
Cytopharyn%
0acuole
digesti2e
Ciliature buccale cytostome
Cytoprocte & priprocte
0acuole pulsatile
aramecium busaria : dans son cytoplasme , y7a des algues symbioti/ues , /ui
vont fabri/uer de la nourriture , par photosynthse , pour les proto%oaires" che%
parasites intra cellulaire malaria), accumulation de dchets dans cellule hFte -K
fivre"
4gulation osmoti/ue par vacuole pulsatile ceu! /ui vivent dans milieu
hypotoni/ue 6 eau! douces) 6K rythme de contraction des vacuoles rgul par le
$( du milieu ambiant"
&ppareil nuclaire 6 certains n7ont /u7un noyau , d7autres plurinucles avec
noyau! tous identi/ues"
!)-#imensions :
Luel/ues di%aines de microns"
Leishmania parasite M 1 um
*ertains K55cm comme foraminif)res"
Stentor : N 0mm"
3)-3partition et acti2its :
a l7tat libre , dans milieu! dulOa/uicoles, dans matires organi/ues en
dcomposition, dans sols sable des plages)6 paramcie ou ttrahymena6 formes
libres ou parasites de vgtau! ou animau!"
3rypanosome6 maladie du sommeil
$lasmodium6 malaria et paludisme
3o!oplasmose en symbiose avec formes suprieures ou animau!6 dans tubes
digestif des thermites, ou avec d7autres microorganismes"
$)-rotections :
peuvent avoir un corte!, ou un test co/uille) 6 rFle de protection"
<es organes de dfense 6 trichocystes paralysie) , par laboration des formes de
rsistance 6 Pystes"
*hangements dfavorables dans l7environnement dessiccation) Q mais une fois
les conditions redevenues favorables , ils retournent a la vie normale"
4)-3eproduction :
-3eproduction ase%ue : plusieurs types :
ar di2ision binaire : plan de sparation transversal cilis) , ou longitudinal
flagells)"
ar schi(ogonie : divisions multiples , le noyau se divise un certain nombre de
fois , puis le cytoplasme se dcoupe autour du noyau , isolant des structures
uninucles schi%o%oites)"
ar bourgeonnement : un ou plusieurs bourgeons apparaissent la surface , et
entraEnent un appareil entier , et se dtache pour former un individu entier"
-3eproduction se%ue :
fusion de 2 cellules complmentaires diploAdes , rFle secondaire che% proto%oaires
6Krnovation de l7individu gr=ce au renouvellement de sa garniture
chromosomi/ue"
,es proto%oaires sont dpourvus de mitochondries, mais ont des hydrognosomes
/ui sont des organites micro capsulaires , contenant un systme de transfert des
lectrons particulier, a des protons accepteurs finau! d7e-, et formant de l782,
coupl la synthse de molcules d7&3$ gr=ce a la succinyl*o& synthtase"
5)-Classification : selon l7organe locomoteur on a N classes :
classe genre -6te Site infection maladie
&mibes
pseudopodes
amoeba mammifres 2ntestin amibiase
flaglls 3rychomonas
Iiardia
tripanosoma
&nm!,humains
'ammifres
animau!
syst" gnital
2ntestin
sang
3rychomonase
Iiardiose
trypanosomiase
cilis balantidium porc intestin balantidiose
sporo%oaires 3o!oplasma
$lasmodium
cryptoporidiu
m
*hat, porc ,
souris
&nimau!
mammifres
2ntestin
Sang, foie
intestin
to!oplasmose
paludisme
malaria)
cryptoporidiase"
7)- 8tilisation :
indicateurs biologi/ues de pollution, l7tat fossilesdatation), l7tude des
structures cellulaires"
8ccupent une part importante du plancton , donc lien important dans rseau , et
lien alimentaire"

A)-Les 3hi(oflagells :
1)-les 3hi(opodes :
1)-Amibiens : on trouve
Les 9ymnamoebiens : amibe parasite 6 )ntamoebae, responsable de la
dysenterie amibienne diarrhes) , 2 formes :
- 'inuta non pathogne)
- (istolytica pathogne), peut atta/uer la paroi intestinale 6Kabcs au
niveau du foie , diarrhes remplies de sang"
Les :hcamoebiens : che% l7ours

!)-*oraminif)res :
marins , benthi/ues , dont le cytoplasme est protg par une co/uille calcaire"
NHHHH espces dcrites dont 5H R fossiles"
!)-Les *lagells :
prsentent 1 ou 2 flagelles pendant au moins un stade de leurs dveloppement"
4eproduction ase!ue , par bipartition longitudinale"
1)- :rypanosomids :
# formes :
- Leishmania : commune au! hommes et animau!, transmise par des
insectes dans rgions tropicales et mditerranennes , par la mre /ui se
nourrit de sang humain la tombe de la nuit 6K maladie +ala-a%ar 6K
insecte diptre"
- :rypanosoma : hmoflagell, atta/ue surtout les hmaties I4) ,
importante che% hommes et animau! , transmis par la mouche S ts-ts T "
)spce la plus rpandue 6 3rypanosoma brucei 6K causant la maladie du
sommeil"
3rypanosoma *ru%i 6 maladie de chagas"
- Crithidia
!)- :richomonadines :
3richomonas vaginalis 6 atta/ue l7urtre che% la femelle, et testicules , prostate et
urtre che% le male"par voie se!uelle)"
3)- #iplomonadines :
Iiardia lamblia 6 vit dans intestin humain, et provo/ue la diarrhe"
$)- .palines :
$arasites d7amphibiens , dont le corps est couvert de flagelles , et plurinucles
noyau! tous identi/ues)"
/)- Les Cilis :
,es plus diversifis des proto%oaires , et les plus importants "
8rgane locomoteur : les cils 6K mobiles gr=ce des battements ciliaires"
*ilis libres 6 paramcie"
*ilis fi!s 6 vorticelles fi!s par un long pdoncule fi! au substrat"
*ertains possdent des tentacules , des tripocystes, et to!icystes utiliss pour la
capture de la proie"
$rsence d7un macro et d7un micro noyau"
C)-Les Sporo(oaires :
9rgarines : parasites d7invertbrs "
Sarcoporidies : cycle de dveloppement encore mal connu, et on trouve :
- ,es *occidies : au!/uelles appartiennent les plasmodiums, transmis par un
mousti/ue femelle du genre &nophle" $lus de 9H espce plasmodiums ,
certaines sont rencontres che% mammifres"
N espces seulement sont impli/ues dans le paludisme humain :
1)- plasmodium oval
2)- plasmodium falciparum
#)- plasmodium viva!
N)- plasmodium malariae"
*ertaines algues comme )uglnes , perdent leurs plastes , alors ils
phagocytent 6K petites diffrences avec proto%oaires"

3)- Les Champignons :
1)-Structure :
un corps vgtatif 6 le thalle dpourvu de racine , tige ou feuille" 2l varie en
comple!it , de la taille de la cellule microscopi/ue , au moisissures
multicellulaires Cus/u7au champignons macroscopi/ues"
Inralement arobies , on trouve aussi des anarobies strictes et facultatifs"
$as de pigments chlorophylliens"
Bilaments appels 6 les hyphes , leur ensemble enchev>trs forment un myclium,
/ui pousse en formant des ramification"
$lusieurs hyphes :
- Caenocyti+ues : protoplaste coule librement , pas de cloisons entre les
cellules "
- Septums : hyphes cloisons transversales , leurs paroi est forme de
chitine"
,a reproduction se fait par les spores 6 se!ue et ase!ue"
Substance de rserve 6 glycogne"
,es pathognes 6K maladies 6 mycoses"
*ertains champignons scrtent des to!ines nfastes pour d7autres
microorganismes , et pour les animau! et vgtau!"
!)- #istribution :
les champignons sont particulirement terrestres , certains sont marins eau!
douces)"
2ls se dveloppent dans des milieu! sombres , riches en matires organi/ues
sporophytes)"
2ls digrent les substances e!ternes , et absorbent les produits mtaboliss
en%ymes)"
Source de carbone et d7nergie 6K la matire organi/ue"
'ode de vie , arobie, mais aussi des anarobies facultatifs 6K nergie par
fermentation , ou anarobies strictes dans le rumen du btail par e!emple"
3)- ;mportance :
)ffets bnfi/ues mais aussi nuisibles"
&vec les bactries , rFle norme dans dgradation de la matire organi/ue 6K les
lments essentiels *, G, $ , se retrouvent librs , donc disponibles pour d7autres
organismes"
)ssentiels beaucoup de procds industriels 6K levures, pain, vin , bire,
fromageU
&ntibioti/ues :
- $nicilline par pnicillium
- Substances immunodpressives telles /ue la ciclosporine"
$roduction d7acide citri/ue par aspergillus"
$roduction de mtabolites secondaires comme les aflato!ines , hautement
to!i/ues et cancrignes pour l7homme et les animau!"
<ans la recherche fondamentale 6Kgnti/ue, biophysi/ue, cytologie, biochimie""
4elations bnfi/ues avec d7autres plantes :
- cormophytes et champignons #JN) 6K mycorhi%es "le plus souvent les
champignons impli/us sont des basidiomyctes"
2 types de mycorhi%es V
1)- )ctotrophe 6 filaments des champignons dans ectoderme des racines"
2)- )ndotrophe6 les hyphes Bungi pntrent les cellules corticales"
<ycorhi(e
ectotrophe
Cylindre
central
endoderme


,a plante fournit les glucides , aa , vitaminesU
,es champignons fournissent des substances de croissance , du sol ,
essentiellement la nutrition a%ote"
,ichen : cyanophyces ou chlorophyces algues unicellulaires) 6K symbiose
avec ascomyctes 6K ascolichens" 8u alors basidiolichens"
cette symbiose permet la rsistance au! conditions climati/ues suprieures
celles des 2 partenaires"
,ichen 6K premier vgtal /ui pousse sur les roches nues 6K industriellement
production d7antianmi/ues"
3)- ,utrition et mtabolisme :
deu! types de reproduction : se!ue et ase!ue
A)- Ase%ue :
1- :ourgeonnement
2- <ivision de la cellule parentale en 2 cellules filles par constriction centrale"
#- $roduction de spores par mitose, suivie d7une division cellulaire "
$lusieurs types de spores, produites par diffrents modes de sporulation :
1)- $ar fragmentation des hyphes 6K &rthrospores ou &rthroconidies


2)- $ar formation d7un ensemble de cellules enveloppes de paroi
poches) , /ui vont >tre libres par dchirure de la paroi 6K *hlamydospores"
<ycorhi(e
endotrophe

#)- 2ndividualisation d7un sac l7e!trmit de l7hyphe 6 sporanges , et les spores
6 sporangiospores"



N)- Spores produites l7e!trmit ou sur les cots de l7hyphe"






0)- production par bourgeonnement des hyphes 6K blastospores

/)- Se%ue :
Dnion de noyau! compatibles, certaines espce de champignons sont autotrophes
partir d7un m>me hyphe "dans la plupart des cas , il y7a 2 types de mycliums,
pour former un %ygote diploAde"
- Busion entre le cytoplasme et le noyau haploAde 6K 1 %ygote diploAde
- Busion tardive )dcalage) 6K stade dicaryote 6K @@@@ rpandu
$roduction de spores 6K%ygospores"
Wygote stade diploAde
Busion de 2
noya
u!

'iose
Stade haploAde
Stade dicaryon
G@G)
Busion cytoplasmi/ue
$)- Classification :
:ase sur structure du myclium et fructification production de spores)"
1)- =ygomyc)tes :
Cellule
m)re
2gtati2es
.HH espces
,a plupart vivent sur matire vgtale et animale en dcomposition dans le sol"
*aractriss par des hyphes siphonns avec plusieurs noyau! et 1 paroi chitino-
cellulosi/ue"
*ertains sont agents de maladies vgtales, et surtout contaminant alimentaires ,
comme les moisissures du pain 4hi%opus stolonifer)"
$roduction de substance anesthsi/ues, agents contraceptifs, attendrisseurs de
viande , colorants Caune aCouts au beurre et margarine, et production d7en%yme
industrielles"
2)- Ascomyc)tes :
#0HHH espces
paroi chitino-callosi/ue , mais Camais de cellulose"
Substance de rserve : glycogne et trhalose"
*ertains sont pathognes , d7autres importants dans production de produits
animau! et recyclage des produits agricoles"
$ores se forment l7e!trmit des cellules par sporulation e!ogne"
)! : neurospora crasa , Busarium, levures"
3)- #euteromyc)tes :
#HHHH espces"
champignons dits imparfaits , sans phase se!uelle, saprophytes ou parasites de
plantes"
*ertains sont pathognes pour l7homme 6K maladie du pied de l7athlte "
<7autres causent la candidose , et histoplasma /ui cause l7histoplasmose"
$nicillium et aspergillus"
$)- /asidiomyc)tes :
#HHHH espces "
champignons chapeau , /u7on trouves dans for>ts "
beaucoup sont saprophytes, notamment les vgtau! ligneu! , champignons
suprieurs"
Les rotistes procaryotes
2ls ont :
- une paroi
- membrane et pas de noyau!"
- *ytoplasme dans le/uel beigne un nucloide
2 grands groupes :
1)- Les Archaea :
<couvert par Carl >."=" ?
1)- osition dans l@arbre du 2i2ant :
le gne dtermin dans 1 cellule , reprsente le varion /ui a e!ist il y7a des
annes "
la comparaison de 2 gnes , permet de mesurer le temps coul depuis la
divergence depuis l7anc>tre commun"
,a mise en vidence s7est faite gr=ce a la prsence de l7&4Gr, et /ue celui des
&rchaea est diffrent de celui des bactries et des eucaryotes"
,es &rchaea ressemblent morphologi/uement au! bactries , mais /uel/ues
critres les rapprochent des eucaryotes"
!)- Les grandes di2isions che( les Archaea :
- <thanogne : &narobies strictes , formation du mthane spcifi/ue des
archaea"
- -alophiles : ;ivent dans des conditions e!tr>mes, dans le sol Cus/uX 0H'
de Gacl"
- :hermophiles : 3hermoplasma acidophilum, on les retrouve dans
environnement des volcans 6K solfataras"
3emprature e!tr>me Cus/u7a1.HY*"
,es archaea se dveloppent dans des niches e!tr>mes , ou les conditions sont
dfavorables la vie d7autres microorganismes"
)! : $urobaculum : rservoir de ptrole chaud"
Sufolobus : archaea avec temprature ma!imale de -HYc et $(6 2 #"
'thanopyrus : se dveloppent dans un fumeur en mer profonde, temprature
allant Cus/uX 2HHY* "
$yrodictium : appel filet de feu
$yrolobus : lobe de feu
3)- Structures et diffrences a2ec les autres :
3emprature ma!" 11#Yc Q minimale
5HY*, et optimale 1H0Y*
roprits /actries Archaea "ucaryae
aroi peptidoglycannes Zamais de
peptidoglycannes
<iffrents types de
paroi"
2l e!iste paroi ,
mais pas de $I ,
pectocellulose,
silice, et chitine"
<embrane S/uelette glycrol
2 chaEnes lies par
diesters"
2 chaEnes phytanol
lies par , liaisons
ther "
s/uelette glycrol"
A3, pol A#,
dpendante
1
N sJu sensibles
rifampicine"
plusieurs
- 12 sJu
insensibles la
rifampicine "
#
12 1N sJu
insensibles
rifampicine "
A3,t $rsence de
thymine , aa
attach &4Gt est
formylmthionine
&bsente
&a attach est la
mthionine"
&bsente"
'thionine"
"pissage d@A3,m &bsent absent prsent
3ibosome
*acteur
d@longation
9HS
&4Gr 1.S: 10HHnt
25HHnt: &4Gr 2#S
ne ragit pas avec
to!ine diphtri/ue"
Sensible au!
antibioti/ues
Panamycine)"
&nisomycine 6
insensible
9HS
1.S: 10HHnt
2#S
ragit avec to!ine
diphtri/ue
insensible au!
antibioti/ues"
Sensibles"
-HS
&4Gr 1-S: 1-HHnt
2#S : #0HHnt
idem
idem
idem
$)- #i2ersit des archaea :
soit formes sphri/ues , en b=tonnets , ou spirale H,1 um)"
*ertaines filamenteuses 6K Cus/uX 2HHum
4eproduction par fusion binaire , bourgeonnement , et fragmentation"
,utrition :
*himiolithotrophe : matire chimi/ue non biologi/ue"
8rganotrophe "
hysiologie :
&robie , anarobies strictes , aa facultatif"
<tabolisme :
Sucres : glucose, pas de phosphofructoPinase : pas de dgradation du glucose par
voie de glycolyse "mbden <"AB.**)?
<gradation du glucose par voie d@"tner #.8#.3.** 6K formation du
pyruvate"
3ous les archaea sont capables d7o!yder le pyruvate 666 actyle *8&"
Dtilise la pyruvate o!ydo rductase"
*he% halophiles e!tr>me , pas de cycle de +rebs fonctionnel , donc che% certaines
archaea , inversion du *+ pour synthtiser le glucose"
!)- Les /actries :
1)- <orphologie et structure de la cellule bactrienne :
A)- <orphologie :
1)- taille :
les plus petites cellules vivantes, leur taille est entre celle des virus et celle des
microorganismes eucaryotes algues, et proto%oaires), varie en fonction de la
forme de la cellule"
!)- *orme :
en b=tonnets6K 1 2 um de long J H,0 2 um de diamtre"
Sphri/ues 6K 1 2 um"
<onc une taille moyenne de 2 # um"
,es plus petites dimensions , se retrouvent parmi les chlamydies taille M virus )
H,0um"
8n trouve aussi les 4icPettsies #HH .HH nm de diamtre J H,- 2 um de long)"
,es plus gros , )pulopi!um 6 mesure Cus/uX .HH um de long , dans tubes digestif
de poisson confondu au dpart avec proto%oaire)"
,a surface est plus grosse /ue le volume , /uand le rayon devient petit"
<onc 1 petite cellule a un plus gros espace gr=ce son volume cellulaire"
4Fle important dans dgradation de matire organi/ue"
,e tau! d7change avec le milieu est inversement proportionnel au volume de la
cellule"
A)- Sphri+ues ou coccoides :
coccus diplococcus ttrade
sarcina streptococcus
Streptococcus pneumoniae : responsable de la pneumonie"
Geisseria gonorhae mningoco/ue) : responsable de la mningite, et peut
atteindre les voies gnitales 6K cause de maladies se!uellement transmissibles"
Streptococcus hmolyti/ues : responsable d7infections urinaires"
'icro coccus : e!emple de ttrade"
/)- cylindre C /Dtonnets :
)"coli, et :acillus"
2 types de formes :
cas de :acillus subtilis ou anthracis)"
*as de )" *oli ou entrobactries en gnral)"
:acilles fusiformes 6 effil"
*as de fusobactrium
:ifidobactrium
forme bifur/ue)
diplobacilles
staphylococcus
chaEne de bacilles , cas de :" megaterium
dans le cas ou les bacilles sont de petites tailles, on peut confondre avec co/ue
appels coccobacilles"
)!ple : ,isteria monocytogenes"
C)- ;ncur2 ou 2ibrions :
&gent du cholra 6K ;ibrio cholerae
#)- Spirale ou hlicoEdale :
:actries longues , tordues, en spirale ou en hlice"
*aractrise les ,eptospires pathognes)
3rponmes formes fle!ibles
Spirochtes
Spirillum formes rigides
:arrelia 6 maladie de lyme"
")- autres formes :
doncule :
bourgeon
cellule [
pdoncule
*ilamenteuse :
:actries responsables des disfonctionnements au niveau des stations d7puration"
/actries mettant des hyphes :
Bormation de myclium
&ctinomyctes dans le sol6 sporulent pour former des conidies ou conidiospores"
*arr 6K dans lacs sals
/)- Structure de la cellule bactrienne :
:actries avec s/uelette et anatomie"
$our une cellule bactrienne : # rgions principales :
1) - "n2eloppe cellulaire :
3out ce /ui est e!terne la membrane cellulaire"
<e l7e!trieur vers l7intrieur, on trouve :tout ce /ui est e!terne a la membrane
cellulaire"
<e l7e!trieur vers l7intrieur on trouve :
a)- la couche S : lment facultatif
forme de protines , a un rFle de protection contre les variations ioni/ues et de
$( , contre les atta/ues en%ymati/ues", et peut contribuer la virulence de
certains pathognes"
b)- la capsule : lment facultatif
constitue essentiellement de polysaccharides 6 oses , galactoseU associs a des
acides uroni/ues"
e!p" : Streptococcus mutans 6 capsule de de!tran , dgrade le sucrose , et le
fructose est utilis comme source d7nergie"
:acillus anthracis 6peut survivre a la phagocytose , car sa capsule peut rsister
au! atta/ues en%ymati/ues, comme lyso%yme"
,a capsule a un rFle important dans le diagnostic, et l7pidmiologie"
4Fle protecteur important contre phagocytose, to!ines, virus, dcication, et
dshydratation"
4Fle d7inhibition du systme immunitaire de l7hFte 6K pathognicit"
4Fle d7adhsion au! tissus animau! ou vgtau!"
4Fle JJ surfaces solide 6K bio film"
<ans environnement a/uati/ues masse de colonies bactriennes , permettant le
flottement des bactries emp>cher l7atta/ue par les proto%oaires protection)"

c)- la paroi : lment obligatoire
une sorte d7e!os/uelette donne la forme la cellule , protection contre la lyse
osmoti/ue"
)lle renforce la membrane plasmi/ue pour maintenir une pression osmoti/ue
compatible avec la vie cellulaire"
*ompose de peptidoglycannes "
Borme site privilgi d7atta/ue par les antibioti/ues"
Borme aussi des ligands , pour des liaisons avec des sites rcepteurs des virus"
,a composition de la paroi , dtermine le type de bactries :
- 9ramF
- 9ram-
Ir=ce a une coloration faite par S *hristian Iram T"
9ramF : vont retenir le colorant S violet de gentiane T , ou cristal violet", /ui
pntre normalement dans toutes les cellules"
&pres dcoloration l7alcool, la paroi /ui est plus paisse /ue celle de Iram- 10-
-Hnm) barre le passage de l7alcool 6K donc pas de dcoloration"
9ram- : ne vont pas retenir le colorant , aprs aCout de l7alcool 6K dcoloration
car la paroi est fine 1#nm) y7a moins de peptidoglycannes"
rincipe de la coloration de 9ram :
1- fi!ation des cellules avec de la chaleur sur lame) , puis dposer 1 goutte de
colorant 1 min) , toutes les cellules seront colores"
2- &Cout de mordant , /ui va prcipiter le colorant dans les cellules 0 min)"
#- <coloration l7alcool 2H secondes)"
Iram@ 6K violets"
Iram- 6K incolores"
N- coloration avec colorant secondaire S safranine T
Iram@ 6K violets
Iram- 6K roses"
8n peut aussi faire agir un en%yme S lyso%yme T , pour dtruire les
peptidoglycannes , et on obtient 2 formes bactriennes :
- Sphroplastes : 2 membranes"
peptidoglycanne

lyso%yme
- protoplastes : 1 membrane
Si une des 2 formes se retrouvent dan 1 milieu :
- hypertoni/ue 6 elle va clater , donc action de bactricide du lyso%yme"
- 2sotoni/ue 6 reste normale et continue se multiplier 6 Bormes ,
*omparaison des Iram@ et des Iram- :
*omposs 9ramF 9ram-
osamines @@@@@@@ @
&cides amins
nombre
2N-#0R
N-1H aa
0HR
N-1Haa
&cide diaminopimli/ue @@@@@@@ @
&cide teichoi/ue @@@@@@@ -
8ses
lipides
2H-.HR
1-2,0R
2H-.HR
1H-22R
1) osamines :
G-actylglucosamine : G&I
G-actylmurani/ue : G&'
$arfois, on trouve du galactosamine"
,es constituants maCeures sont G&I et G&'"
!) acides amins :
# maCeurs
- ,-alanine et <-alanine"
- &cide <-glutami/ue"
- ,-lysine ou , ou mso , acide diaminopimli/ue)"
,-ala
\
<-glu
Seuls aa attachs au ttrapeptide
,-lys
\
<-ala
3) acide teichoi+ue:
che% Iram@
localis au niveau du feuillet e!terne , de la membrane plasmi/ue rFle
antigni/ue"
2 types d7acides teichoi/ue au niveau des structures chimi/ues :
- polyribitol phosphate
- polyglycrol phosphate"
*ontiennent de grande /uantits de <-alanine , et associs au <&I"
Luand ils sont associs au! lipides membranaires , on parle d7acides
lipoteichoi/ues 6 maintien de la paroi des Iram@ asse% serre"
$)- les oses :
leurs nature et types d7associations au! chaEnes polysiosidi/ues , confre au!
bactries et &g , leurs strospcificit"
4)- Lipides :
grand composant de paroi Iram- , et rentre dans composition des
lipopolysaccharides endoto!ines), petite /uantit che% Iram@"
5)- les acides mycoli+ues :
lipides"
)ssentiellement che% 'ycobactrium Iram@ avec paroi paisse) 66M acido
alcoolo rsistantes"
)!p : tuberculosis , leprae , peut aller de .H 5H * , avec des ramifications
mthylnations)"
*he% *orynbactries 6 on trouve des chaEnes plus courtes d7acides gras acide
*orynmycoli/ue"
eptidoglycanne :
G&I [ 1-N) G&'
,iaison ther
ttrapeptide
$onts pentaglycine
,iaison directe"
,ysine ou mso <&$
liaison glucosidi/ue G&I [ 1-N) G&'"
8rdre invariable des aa dans le ttrapeptide"
Bormes < et , des aa"
$ontage entre les ttrapeptides
<-alanine avec ,-lysine ou mso <&$ d7un autre ttrapeptide 6K gr=ce soit :
- 1 pont pentapeptide de glucine comme staphylococcus aureus"
- ,iaison directe comme )" coli"
cette diffrence dtermine un rseau lache de peptidoglycanne , pour les
co/ues sphri/ues) ou plus compacte pour les bacilles )" coli)"
&u niveau des G&I , vient se greffer l7acide teichoi/ue "
&ssemblage l7e!trieur des membranes par en%yme pri plasmi/ue"
- transgycosylases : liaison G&I ]G&'"
,A<
- :ranspeptidases : ponts entre les tetrapeptides"
2l e!iste des antibioti/ues au niveau du peptidoglycanne :
- Cycloserine : inhibe la synthse de la paroi , en inhibant la synthse des
prcurseurs au niveau du cytoplasme comptition avec <-alalnine)"
- /acitracine : inhibition du transfert des prcurseurs de la paroi sur un
lipide porteur transport travers la membrane plasmi/ue"
- G-lactamine et glycopeptides : inhibe la synthse de la paroi , en blo/uant
la formation de ponts entre les tetrapeptides voisins e! : la pnicilline ,
ampicilline ), action sur Iram@"
- Lyso(yme : action au niveau de la liaison [ 1-N) entre G&I et G&'
coupure"
d)- la membrane e%terne :
composition similaire /ue la membrane plasmi/ue, et fonctionne comme une
membrane slective , mais moins /ue la membrane plasmi/ue"
Dne double couche phospholipidi/ue , avec une large fraction ,$S "
$rotines maCeures 6 porines 8'$), forment des pores au niveau de la
membrane e!terne, par les/uels des molcules se diffusent"
,ipoprotines de :raun"
- LS :
souvent to!i/ues , et librs /u7aprs lyse cellulaire"
8n distingue # partie :
Lipide A :
units disaccharidi/ues de glucosamines , lies entre elles par des ponts
pyrophosphates, au!/uelles sont rattaches des chaEnes d7acides gras"
Core :
partie centrale de ,$S , de nature polysaccharidi/ue , commun tous les Iram-,
dont la composition est selon l7espce"
Antig)ne . :
*haEne latrale , &g somati/ue che% antro bactries 6 polysaccharide 8"
*he% $roteus vulgaris , il y7a des souches flagelles mobiles, formant un film
aprs cultivation la surface d7une glose 6 (auch film), d7ou le terme d7&g("
Souches non flagelles 6 pas de film 6 8hn , d7ou le terme &g8"
- Lipoprotines de /raun :
$orte son e!trmit terminale des constituants lipidi/ues"
1J# sont lis au! peptidoglycannes, et 2J# sont libres"
cette liaison assure une rigidit l7ensemble de la structure"
- orines :
$rotines trimri/ues , connues sous le terme de 8'$ , groupes pour former des
pores au niveau des membranes e!ternes"
$ermet la diffusion de petites molcules hydrophiles ou hydrophobes"
8'$ & : permet le passage d7ions spcifi/ues , pili 6 site d7attachement de
bactriophages"
,es grosses molcules dangereuses , ne peuvent traverser les pores d78'$"
e)- "space pri plasmi+ue :
rduit che% Iram@
synthse de diffrents e!o en%ymes ou to!ines, capables de fragmenter les
lments nutritifs , et les rendre accessibles au! mtabolites cellulaires comme les
protases , pnicillinase"
*es en%ymes sont secrts l7e!trieur des cellules"
*he% Iram- , espce importante , donc la plupart des en%ymes sont stocPes au
niveau de cette espce"
- en%yme hydrolyti/ues : dgradation des nutriments "
- protines de liaison :$ : transport des substances l7intrieur de la cellule
appeles aussi protines affines" &bsentes che% Iram@"
- *himiorcpteurs : rponse au! chimiotactisme cet ensemble de
protine est librs par choc thermi/ue , ou lors de la transformation des
cellules en sphroplastes"
G: : certaines archaea S mthanobactrium T , contiennent un
pseudopeptidoglycanne sans G&' , mais a la place on trouve G&3)"G&3 li
G&I par liaison [ 1-#)"
,e lyso%yme ne peut pas dtruire le pseudopeptisoglycanne , de m>me /ue les
antibioti/ues" ,es aa de types , , pas d7inhibition par la pnicilline sur les ponts "
f)- cas particuliers : bactries sans parois
- les mycoplasmes :
pas de s/uelette , et capable de vivre sans paroi "
petite taille environ H,1um
connus sous le terme $$,8 S pleuro pneumonia liPe organisms T" leur enveloppe
e!terne est constitue de # couches mal connues :
- ureoplasma
- spiroplasma
- aneroplasma
ces bactries sont sensibles au! chocs thermi/ues , dtergeant U, et insensibles
au! agents anti bactrien"
*ultivs sur milieu comple!e non dfinis), contenant du srum animal on ne
connaEt pas leurs besoins nutritifs"
- :hermoplasma : archaea sans paroi "
- Streptoco+ues :
dans certains cas , sous pression d7antibiothrapie , des pathognes peuvent vivre
sans paroi "
aprs arr>t de l7antibioti/ue , ils reprennent synthse de la paroi , et infectent
d7autres tissus"

g)- *lagelles bactriens :
2 types de mouvements :

- 9lissement : sur un support solide, comme le cas des cyanobactries, et
my!obactries" 'canisme mal connu"
- *lagelles : le reste des bactries"
Soit flagelle apparent ou interne la cellule spirochtes"
$our un flagelle ordinaire , les flagelles sont de longues tiges proti/ues , rigides ,
responsables du mouvement des bactries"
12 20 um d7paisseur"
. 2H um de longueur"
$our les observer , il faut une coloration , soit base de Buschine , ou
d7imprgnation l7argent"
,e meilleur moyen reste le microscope lectroni/ue"
'ode d7insertion :
<onotriche
Lophotriche
Amphitriche
ritriche
Bont partie des caractristi/ues gnti/ues des bactries, et permettent de les
classer "
Structure comple!e : anneau interne mobile rotor, et un anneau e!terne
stator et /ui est visibles che% les Iram-"
*ontiennent une protine maCeure #H-NH+da) appele flagelline , /ui appartient
a la classe des Pratomyosines"
Croissance :
$rolongement des e!trmits , les flagellines traversent l7espace creu! du flagelle,
et vont s7assembler l7e!trmit auto assemblage du flagelle"
*onction :
'obilit par modification de la forme et de la position des sous units proti/ues
analogie avec contraction musculaire)"
,e flagelle va tourner rotation absente che% les eucaryotes"
,7nergie ncessaire proviendrait d7un gradient de (@ de l7e!trieur vers
l7intrieur de la cellule"
<placement d7une bactrie 6 2umJsec
e!ige une nergie d7environ 2R du mtabolisme cellulaire"
roprits antigni+ues :
Spcificit des antignes flagellaires repose sur le nombre et la s/uence des
acides amins de diffrentes souches d7une m>me espce"
<onnes e!ploites pour caractrisation immunologi/ues des souches
bactriennes"
- :actisme :
*apacit pour une cellule se dplacer dans une direction donne" 2l y7a :
- hototactisme : dplacement vers , ou loignement de la lumire , les
bactries possdent un sens pour dtecter la lumire"
,e stigma est sensible la lumire oriente le mouvement de la cellule
vers , ou contre la lumire"
- <agntotactisme : capacit de s7orienter dans un champ magnti/ue , ces
bactries ont une sorte d7aimants /ui leurs permet de dtecter le nord ou
le sud "
*e sont des particules minrales l7intrieur d7une vacuole appeles 6
magntites Be#8N"
<7autres particules appeles 6 greigites Be#SN"
,es vacuoles sont appeles 6 magntosomes"
,a chaEne de magntosomes constitue un dipFle au sein de la cellule "
- Chimiotactisme : 2 types
$ositif : /uand les bactries se rapprochent d7un lment nutritif 6 sucresU
Ggatif : /uand les bactries s7loignent d7un lment to!i/ue 6 phnol,
acide U
- sans substance attractive la bactrie nage de faOon rgulire , mais
interrompue par des pivotement et changements brus/ues de direction"
- avec une substance attractive , la bactrie se dirige vers l7origine du signal ,
la rponse cellulaire est une rponse un gradient d7information , et non
un gradient d7nergie"
Sa sensibilit se fait par des rcepteurs chimi/ues spcifi/ues prsents sur
la membrane plasmi/ue 2H che% *oli)"
)! : rcepteur de galactose peut reconnaEtre le glucose ou le saccharose"
spcificit non absolue"
*ette liaison peut se traduire par un signal cytoplasmi/ue direct , ou une
tape prliminaire de transfert , partir de l7espace pri plasmi/ue , par
l7intermdiaire de protines de liaison du substrat"
Signal mit par mthylation de la partie cytoplasmi/ue du rcepteur ,
catalyse par la mthyltransfrase" rcepteur '*$ 6 protine mthylable
de chimiota!ie)"
)nsuite phosphorylation en cascade de mdiateurs intercellulaire , /ui va
coupl cette activation des rcepteurs la modification de la rotation
flagellaire modifiant le dplacement de la bactrie"

h)- les illis : facultatifs
peuvent >tre librs par chauffage , ou traitement l7acide , et on peut reformer
un pili $( neutre"
1)- pilis communs :
des centaines par cellule , courts et rigide , ce sont des tiges proti/ues creuses ,
impli/ues dans l7adhsion cellulaire des surfaces solides "
utiles au! bactries pathognes , en gnral si la bactrie perd sa capacit a
renouveler son pili , elle perd sa pathognicit"
& l7e!trmit , on trouve de l7adhsine spciale , /ui peut avoir des interactions
avec les glycoprotines cellulaires eucaryoti/ues par e!ple), permettant la
fi!ation des bactries au! mu/ueuses vibrion cholerae au niveau de l7intestin)"
!)- ilis se%uels :
plus long /ue les communs 2Hum), se terminent par un ronflement 1 N par
cellule , surtout che% Iram-"
3ransfert du matriel gnti/ue au moment de la conCugaison bactrienne "
,es cellules contenants le gne responsable de la protine du pili sont appeles :
bactries B@ "
Ine gnralement port par un plasmide se!uel , contenant gne responsable du
transfert"
& leurs e!trmits peuvent se fi!er certains phages transduction "
$euvent tre spars par simple agitation "
$ilis forms par $iline 6 19+<"
!)- membrane plasmi+ue :
structure gnrale d7une membrane , 2 couches hydrophiles spares par une
couche lipidi/ue hydrophobe "
composants chimi/ues :
#H-NHR 6 lipides"
.H-9HR 6 protines
glucides "
environ 1H types de protines , mais lipides moins diversifis /uel/ues types )"
,es acides gras , soit a longues chaEnes satures , ou branchs avec groupement
mthyle , ou radicau! de cyclopropane ou groupe hydro!yle"
2dentification des bactries , sur la base de la composition phospholipidi/ue de la
membrane cellules cultives dans un milieu dans conditions standards ) 66M
libration des acides gras membranaires par saponification "
'ethylation des acides gras pour augmenter leur volatilit puis chromatographie
en phase ga%euse"
*omparer les profils d7acides gras obtenus de l7espce identifier et ceu!
d7autres bactries e!istantes)"
2nconvnient n7est pas applicable a toutes les bactries"
2 catgories de protines :
- protines e!trins/ues : priphri/ues faiblement lies la membrane , et
aucun groupement li la %one hydrophobe"
- $rotines intrins/ues : traversent la double couche lipidi/ue , apparaissent
sur les 2 faces"
*onctions :
1)- 3espiration cellulaire :
semblable celle des mitochondries, et fait intervenir des flavoprotine , des
protines fer-soufre , et cytochrome : et 8"
a l7origine d7un gradient lectrochimi/ue caractris par une forte concentration
de (@ Q et une diffrence de $( d7environ 2 units entre l7e!trieur et l7intrieur,
et une ddp 6 9Hm;" ,a phosphorylation est assure par une force proton motrice
gr=ce une protine &3$ase passage des ions (@ gr=ce la sous units BH de
l7&3$ase " B1 hydrolyse de l7&3$"
!)- transfert des substances :
la membrane plasmi/ue rgie l7entre et la sortie des mtabolites, elle est
permables l7eau et a de nombreuses molcules organi/ues, et emp>che le
passage de macromolcules"
- #iffusion :
- simple et passive : pour les petites molcules hydrophobes ou polaires , et
non charges"
- *anal proti/ue ou diffusion facilite : pour des molcules de taille
importante hydrophiles ou par protines porteuses , changement de
conformation lors du transport"
- :ransport actif :
*ontre gradient de concentration , ncessite un apport nergi/ue "
a)- Actif primaire & uniport
- ar A:ase ioni+ue :
couplage osmoti/ue , permettant le transfert de l7ion de faOon
concomitante l7hydrolyse de l7&3$"
&3$ase assurant le transport des ions +@ , est une protine intra
membranaire"
- ar A:ases non ioni+ues :
*ouplage du transport de nombreu! soluts organi/ues l7hydrolyse de
l7&3$"
,es soluts traversent la membrane e!terne par les porines , puis ils sont pris
en charge par des transporteurs spcifi/ues de substrats , au niveau de
l7espace pri plasmi/ue"
*es molcules ces molcules subissent un changement de conformation
fi!ation au! transporteurs de la membrane plasmi/ue activit &3$ ase
importante)"
- ar transport de groupes :
Bait intervenir l7hydrolyse du $)$ , permettant le transport de nombreu!
sucres l7intrieur de la cellule "
$hosphorylation de soluts l7aide de diffrents transporteurs :
;ntra Sucre-$ "%tra
$)$ )1 (pr-$ )222
$yruvate )1-$ (pr )222-$ glucose
<ode :S membrane
plasmi/ue
- :ransport par syst)me A: synthtase :
&u niveau de la chaEne respiratoire membranaire, le transfert d7lectrons le
long de la chaEne , entraEne une sortie active de (@ , crant un gradient de (@
e!t" K 2nt)"
permettant par transport de ces protons vers l7intrieur , la synthse
d7&3$"
*he% anarobies strictes , mode de transport similaire , transport des ions
Ga@ , le gradient permet la rentre des Ga@ couple la synthse d7&3$"
b)- Cotransport & symport ou antiport :
secondaire
Symport : transport de2 composs dans le m>me sens
Antiport : sortie des ions +@ par e!emple , et entre des ions (@
*omme pour le transport du !ylose , mannose U, impli/ue en gnral des
permases"
3)- Le cytoplasme :
on trouve des lments nutritifs provenant de l7e!trieur, et intermdiaires
chimi/ues catabolisme ou anabolisme dans la cellule)"
:eaucoup de protines , en particulier des en%ymes"
&4G et ribosomes synthse de protines "
<chets issus de raction mtaboli/ues 6 alcool , acide lacti/ue, ure U
8rganites spcialiss"
1 gnome circulaire : chromosome bactrien"
$lasmides"
1)-9ranulation et substances de rser2e :
amidon, glycogne , fer, soufre, magntite, greigite UU
cha/ue espce bactrienne synthtise une substance de rserve "
cette accumulation de rserves , lors/ue les conditions e!ternes le permettent , est
un mcanisme vital pour la bactrie "
l ^nergie non utilise pour la synthse de protines , va servir pour
l7accumulation de carbone sous forme de polyalcanoates"
Soufre on trouvera des molcules de (2S comme source d7nergie"
Sidro bactries : utilisent Be@@ comme source d7nergie , pour raction
d7o!ydorduction , peuvent accumuler des granules de Ber sous forme de Be#8N"
!)- 0acuoles ga( :
principalement che% # groupes de bactries : S photosynthti/ues T
- *yanobactries"
- :actries pourpres"
- :actries vertes"
*es vacuoles leurs permettent de flotter , et de remonter la surface de l7eau,
pour une meilleure capture de la lumire"
*es vacuoles sont entoures d7une membrane un seul feuillet d7environ 1 nm
d7paisseur"
3)- chromatophores et pigments :
ultra structure diffrente des chloroplastes, et les pigments sont de nature
photosynthti/ue , diffrentes des vgtau! suprieurs"
bactriochlorophylle contenue dans des chromatophores , che% bactries
pourpres , sont entoure d7une membrane unitaire en liaison avec la membrane
plasmi/ue"
che% bactries vertes , entoure d7une membrane non unitaire distincte de la
membrane plasmi/ue"
(olobactruium : bactrio rodopsine dans membrane plasmi/ue"
pigments similaires la rhodopsine"
&utres pigments rencontrs :
;itamine +2 , carotnoAdes , phycocyanine, !anthophylles"
$)- lasmides :
Structure :
)lment nutritif e!tra chromosomi/ue , capable d7auto reproduction"
&ucune forme e!tra cellulaire"
Gon essentiel pour la croissance , et dveloppement de la bactrie "
$'6 # 1HH Pb
<couvert pas ,ederberg en 1502"
$lasmides de rsistance au! antibioti/ues 1505), travau! sur dysenterie
bactrienne , cause par Shigella dysenteriae"
:ransfert :
Ine de rsistance au! antibioti/ues , /ui peuvent assurer leur propre transfert
d7autres espces bactriennes par le phnomne de conCugaison"
Bacteurs identi/ues mis en vidence che% bactries , comme Staphylococcus,
capable de synthtiser la pnicillinase /ui va dgrader la pnicilline"
Ines transmis par le bactriophage phnomne de transduction"
3plication :
)troitement rguls au niveau de sites membranaires"
2ncompatibilit plasmidi/ue de plasmides de nature diffrente dans une m>me
cellule dtection utilis pour la classification des plasmides )"
- :ransfert par conHugaison : Iram-
$lasmides conCugatifs :
1 # copies induction de la synthse du pili se!uel , transfert entre bactries
d7une m>me espce ou bactries loignes"
$lasmides non conCugatifs :
*rypti/ues ne codant pour aucune fonction connue , mais se rpli/uent de faOon
normale 1H-10 par cellule), leur transfert ne peut se faire /ue par mobilisation"
- :ransfert par transduction :
)ntre bactries relativement proches sur les/uelles , un phage peut se fi!er
transfert de rsistance au! antibioti/ues che% staphylococcus et streptococcus)"
- :ransfert par transformation :
<ans bactries rendues comptentes , &<G rpli/u et e!prim normalement"
roprits :
- 4sistance au! antibioti/ues"
- $roduction de substances pathognes"
- $roduction de bactriocines par des gnes caractres mtaboli/ues"
- 3sistance au% antibioti+ues :
$ar production d7en%yme phosphorylation , mthylation , actylation de
l7antibioti/ue"
'odification de la cible de l7antibioti/ue"
:lo/uer la voie mtaboli/ue de l7antibioti/ue"
2mpermabilit des cellules l7antibioti/ue"
- 3sistance au% mtau% lourds :
Staphylococcus rsistant au! composes /ui normalement les dtruits, par
transformation de ces composs"
)! : 'ercure "(g@@ ou *(#(I@@ , la bactrie va utiliser la rductase
mercuri/ue, pour transformer en (g_ volatile non to!i/ue)"
- roduction de substances r6le pathog)ne :
*he% )"*oli : diffrents groupes responsables de diarrhes
- )"coli antro pathogne :diarrhes che% nourrissants"
- )"coli antro to!i/ues : diarrhes de voyageurs
- )"coli antro invasifs : pouvoir pathogne comparable celui des shigelles",
sous la dpendance de diffrent dterminants plasmidi/ue , ou facteurs de
colonisation gne codant pour adhsine, bactries s7attachent
l7pithlium intestinal et vont l7envahir)"
- roduction de bactriocines :
*ode aussi par dterminants plasmidi/ue "
:actriocines 6 substance de nature peptidi/ue , /ui s7apparente au!
antibioti/ues, par leur mode d7action mais ils sont actifs surtout sur les souches
/ui sont plus proches de l7espce /ui les a produite"
2ls s7apparentent aussi par leur pouvoir bactricide , se diffrencient des
antibioti/ues par leur nature proti/ue"
&ction surtout au niveau des circuits rgulateur de la cellule , soit au niveau de la
membrane , augmentant la permabilit des membranes lyse cellulaire, ou en
dtruisant les ribosomes ou l7&<G au niveau du nucloide"

)" coli produit de la colicine action sur d7autres souches de )"coli
diffrentes de celle /ui la produite"
,es plasmides responsable de cette colicine sont appeles 6 $" col, ils peuvent tre
conCugatifs , ports des gnes de rsistance en m>me temps /ue la production de
bactriocine" Son nom drive soit du gne ou de l7espce /ui la produite"
:"subtilis subtilisine"
;"cholerae vibriocine"
- lasmides mtaboli+ues :
Dn grand nombre de caractres biochimi/ues sont d7origine plasmidi/ue"
*he% )"coli 6 l7utilisation du citrate de sodium, hydrolyse de l7ure, et production
d7(2S"
*he% Salmonella6 dgradation de lactose , de saccharose, et production d7un
certain nombre de pigments ou d7en%yme che% staphylococcus)"
*he% staphylococcus 6 production de coagulases, hmolysines, fibrinolysines
lyse des caillou! sanguins "
<7autres types dans fi!ation de l7a%ote atmosphri/ue plasmide 3i
rgulation de la croissance vgtale , gnes responsables de la synthse
d7hormones de croissance comme au!ines et cytoPinines"
2nconvnients 6 handicape , et source d7erreur non ngligeable dans
l7identification des diffrentes souches bactriennes"
$)- Appareil nuclaire :
nucloide
mise en vidence par raction de Beulgen traitement des cellules par (*, dilu
hydrolyse lgre de l7&<G partiellement dgrad) on libre le
dso!yribose , dmas/uant des fonctions aldhydes libres"
*oloration la fuschine les aldhydes colors en rouge fonc"
*he% les co/ues 6 cellules mononuclaires 1 chromosome)
*he% les bacilles 6 cellules souvent multinuclaires 2 chromosomes ou un
multiples de 2) la machinerie synthtise un nouveau chromosome nucloide
es divise sans /ue la cellule ait subit une bipartition)"
&<G 6 composant du nucloide"
:ases purines et pirimidines
- $articularits :
<7habitude on a touCours &@IJ3@* 61
,e rapport &@3JI@* 6 cte coefficient de chargaff?
- *he% )"coli 6 le coefficient 6 0HR donc autant de &3 /ue de I*"
- $roteus 6 #H-NHR"
- $seudomonas 6 .H-9HR"
;ariabilit suivant les gnes et les espces bactriennes"
)n gnral , on utilise le I*R d7une espce :
I@*
I*R 6 ` 1HH
I@*@&@3
aI*R 6 0HR m>me espce
0R M aI*R M 1HR m>me genre
aI*R K 1H R genres diffrents"
$ermet d7avoir une ide sur la classification des espces"
Si I*R identi/ues 6 peut tre trompeur, il faut /ue la s/uence soit le m>me
pour dire /u7il s7agit de la m>me souche bases peuvent tre disposes de
manires trs diffrentes)"
1)- Chromosome bactrien :
gnralement superenroul"
&<G non associ des histones , mais associ des polyamines"
<roul6 longueur de l7&<G 6 1,N mm"
<imension de )"coli 6 2 # um de largeur, sur 1 um"
*hromosome circulaire mais il e!iste une certaine variabilit certains peuvent
tre linaires"

!)- 3plication :
mode semi-conservatif, et bi-directionnel"
)!prience 'enselsen et Stahl voir dans un livre)"
)!prience de cairns avec thymidine tritie)"
&<G se rpli/ue de faOon semi-conservative et bi-directionnelle, alors
/u7avant ils pensaient /ue c7tait unidirectionnel"
)n%ymes impli/ues6
- polymrase
- hlicases 6 droule l7&<G , aide par gyrases"
- Iyrases 6 enlve les nbuds"
- $rotine SS: 6 protge le sb des nuclases"
- $rimases @ comple!e proti/ue primosome /ui va synthtiser une
amorce d7&<G , pour /ue la polymrase puissent se fi!er"
H
discontinue continue
Bourche de rplication

07
#7
#7
07
unidirectionnelle
unidirectionnelle
07
#7
#7
07
fourche de
rplication
continue discontinue
brin tardif
SS: amorce &4G
07
polymrase 222
primosome
Iyrase
nbuds)
#7
brin prcoce
,a polymrase synthtise dans le sens 076K #7 brin prcoce)"
,7autre brin va tre synthtis sous forme de fragment d78PasaPi"
,a polymrase 2 va dgrader l7amorce d7&4G #76K 07 , et la remplacer par un
fragment d7&<G"
,a ligase va lier les fragments d78PasaPi entre eu! "
,e gnome bactrien 6 une erreur tout les 1HHHHHH pb , /ui peu tre corriger par
l7&<G polymrase 222 dgradation de la base et la remplacer par la bonne)"
;itesse de rplication est de 90H-1HHH pb Jseconde"
4)- Les spores bactriennes :
formes de rsistance de bactries produites par bactries Iram@"
Se dveloppent dans formes vgtatives , endospores produites en condition
hostile"
- <essiccation e!cessive"
- &ccumulation de to!ines"
Bragment
d78PasaPi
- )n prsence d7agents dsinfectants"
4sistance au! D; , dshydratation, produits chimi/ues agressifs et
dsinfectants , peuvent survivre pendant plusieurs centaines d7annes , on peut les
retrouver dans le sol"
*aractrisent # genres principau! bactriens :
- *lostridies clostridium)"
- :acillus
- Sarcina sporosarcina)
3ous Iram@, mobiles par des cils pritriches), leur teneur en I* est #H-NHR,
habitat naturel 6sol"
&lternance de phase vgtative de croissance , et de processus de sporulation"
Spores retour la vie active"
- ;dentification des genres bactriens :
'orphologie de la spore "
$osition de la spore dans la bactrie "
Centrale
Subterminale
:erminale
)n gnral : centrale che% :acillus
Subterminale che% *lostridium
- Structure :
)ntoure d7un certain nombre de membranes"
e!osporium
tuni/ue
corte!
paroi sporale
*ore sporale
<ans le core sporale on trouve :
&<G , &4G , protines, ribosomes, mais pas d7&4Gm, ni d7acides amins"
<e l7e!trieur vers l7intrieur :
- "%osporium :
form de lipoprotines et sucre , et pas essentielle la survie de la spore"
- :uni+ue :
2H #HR de l7ensemble de la spore , /ui sont constitues de protines de type
Pratines , riches en liaisons dsulfures responsables de la rsistance au! agents
chimi/ues 6 dsinfectants , rayons U"
- Corte% :
12 2HR , form de peptidoglycannes un peu inhabituels, peu de liaisons internes
, et trs sensibles au! lyso%ymes"
*ontient du dipicolinate de *a , l7autolyse du corte! est une tape trs importante
dans la germination de la spore , responsable de la rsistance de la spore au!
pressions et D;"
- aroi sporale :
contient des peptidoglycannes normau! , et entoure le core sporale"
- Core sporale :
contient &<G , &4Gt , protines , ribosomes , pas d7&4Gm, ni d7acides amins
au moment de la germination "

- Sporulation :
<clenche par conditions physi/ues , chimi/ues variables suivant les spces,
peut tre dclenche par puisement des rserves"
$rocessus comple!e /ui peut se drouler en plusieurs tapes :
- Bormation d7un filament a!ial de matriel nuclaire"
- 2nvagination de la membrane cellulaire /ui isole une partie de l7&<G
Septum de la pr spore" ,a membrane continue se dvelopper autour de
la pr spore , et dans l7espace entre les 2 membranes rsultante de
l7invagination) corte! ou il y7a accumulation du dipicolinate de *a"
- ,es protines s7accumulent autour du corte! tuni/ue"
- ,es spores arrivent maturit"
- ,es en%ymes dtruisent le sporange librent ainsi les spores"
$eut tre trs longue , la germination est aussi comple!e /ue la sporulation"
- 9ermination :
# phases :
- &ctivation
- Iermination"
- *roissance de la forme vgtatives"
$eut tre activer par la chaleur , abrasion , prsence des nutrimentsU"
Dne fois active , la germination est caractrise par un gonflement , puis rupture
de la tuni/ue , et perte de la rsistance la chaleur, et augmentation de l7activit
mta"
,e protoplaste synthtise de nouveau! composs bactrie active"
- roprits de la spore :
- :hermo rsistance :
4sistent gnralement une temprature de 9H--H_* , durant 1H minutes ou 0
minutes 12H_*"
$roblme de strilisation dans les hFpitau! , et agroalimentaire"
)n rapport avec le prsence de dipicolinate de *a corte!), /ui est produit partir
de l7acide diaminopimli/ue paroi)"
,e *a est important dans la thermo rsistance"
,e dipicolinate de *a assure la spore son impermabilit et dshydratation trs
pousse"
,7acide G-succinyl glutami/ue , ine!istants dans la cellule vgtative synthtis
dans le premier stade de la sporulation rFle dans thermo rsistance "le contenu
en eau! che% les spores est de 10-2HR au lieu de -HR che% cellules normales)"
,a dshydratation progressive de la spore constitue un des vnements maCeur de
thermo rsistance"
- 3sistance au% agents physico-chimi+ues :
D;, rayons ?, ultra pressions , antisepti/ues , dsinfectants , lgrement
sporostati/ues alors /u7elles manifestent en gnral un pouvoir bactricide
lev sur les formes vgtatives de l7espce bactrienne produisant la
spore"
- Synth)se d@antibioti+ues :
de nombreuses bactries sporulantes sont capables de synthtiser des
antibioti/ues comme bacillus licheniformis produit la bacitracine"
/acillus polyme%a produit polyme%ine?
*ette synthse se fait la fin de la phase e!ponentielle de croissance de la
bactrie, au moment de l7engagement irrversible de la sporulation"
- Cas particuliers & conidies d@actinomyc)tes :
&ctinomyctes 6 donnent naissance des conidies organes essentiels de
reproduction"
5)- Les bactries intracellulaires :
a)- Les 3icIettsies
parasites d7invertbrs , parasites de cellules animales , H,#-H,. um , forme
cocoide ou bacille , paroi forme de $I et de nature bactrienne normale"
$arasitent naturellement les arthropodes ti/ues non nuisibles au! arthropodes,
mais si sont transmis l7homme par pi/cre , peuvent tre mortels 6 typhus ,
fivre mditerranenne , fivre pourpre des montagnes rocheuses"
b)- Les Chlamydies :
G7infectent /ue les vertbrs , pas de $I au niveau de la paroi"
2 groupes principau! :

- 9roupes ornithose psittacose :
4esponsable des :roncho-pneumopathie , transmise par les pigeons et perro/uets"
- Lymphogranulomatose 2nrienne :
*onConctivite inclusion"
2nfection strictement humaine"
Gutrition et croissance bactrienne
1)- /esoins lmentaires :
les microorganismes se multiplient partir des nutriments prsents dans milieu de
culture "
eau : fournisseur de liaisons ( , lment producteur d7nergie , producteur de la
matire biolments)"
A)-Les macrollments : Gcessaires environ le gJl
Gcessaire au! bactries des /uantits importantes 6 *, G , (, 8 , S , $

1)- Source de carbone :
a)- les autotrophes :
Gcessitent des milieu! inorgani/ues avec *82 comme seule source de carbone"
b)- Les htrotrophes :
)!igent composs organi/ues pour se reproduire , /uoi /ue le *82 est ncessaire
la synthse de certains mtabolites essentiels pour ractions de carbo!ylation,
capable de dgrader beaucoup de molcules simples ou molcules comple!es 6
acide nucli/ue, protines, hydrocarburesU
!)- Source de soufre et phosphore :
Soufre : acides amins cystine, mthionine)"
2ncorpor sous forme de sulfate , ou composs soufrs organi/ues , et rarement
sous forme de soufre rduit "
$hosphore : co-en%ymes, acides nucli/ues , incorpors sous formes de phosphate
inorgani/ue"
3)- Source d@a(ote :
sous forme d7ammoniac , sel d7ammonium, a%ote organi/ue BG(2"
Soit incorpor par dsamination ou trans" animation, sous forme de nitrite , nitrate
nitrite ammonium matire vivante"
Luel/ues bactries sont capables de fi!er l7a%ote atmosphri/ue comme
4hi%obium, lichens, certaines bactries libres 6a%otobactries ou clostridies 6
fertilisation des sols "
/)-les microlments :
Gcessaires environ le mgJl"
4Fle dans l7/uilibre physico-chimi/ue de la cellule , importants dans activits
en%ymati/ues "
Stabilit des ribosomes et membranes cellulaires "
*ytochrome membranaire , et cofacteurs en%ymati/ues 6 Ga , $ , *l, 'g"
C)-.ligo-lments :
&pports sous forme de traces par les produits chimi/ues /ui servent prparer
les milieu! de culture "
4Fle de cofacteurs ou activateurs en%ymati/ues"
)! : ,actobacillus e!ige 'g2@ et 'n2@ pour se dvelopper"
Synthse d7antibioti/ues e!ige des ions tels /ue le Be comme oligo-lments "
*ertaines bactries sont incapables de se dvelopper m>me si on leur fournit tous
les composs essentiels , elles ont besoins de composs spcifi/ues ncessaires
la synthse de diffrents composs indispensables la vie cellulaire 6 facteurs de
croissance"
#)-Source d@nergie :
deu! grands groupes :

1)- hototrophes :
$uisent leur nergie de la lumire bactries va synthtiser de l7&3$ au dpend
de l7&<$ et du $ ou phosphate inorgani/ue de la bactrie , selon des mcanismes
distincts de la synthse che% les vgtau! "
.*82 @ 12(2S *.(128. @ .82
$hotolyse de l7eau
$as che% les bactries sauf cyanobactries " selon source de ( et d7lctrons , on a
2 groupes :
a)- hoto lithotrophes :
*apables de se dvelopper sur milieu! strictement minrau! , bactries pourpres
sulfureuses 6 au lieu d7utiliser (28 , elles utilisent (2S
.*82 @ 12(2S *.(128. @ .S @ .(28
:actries vertes sulfureuses"
b)- hoto organotrophes :
'atire organi/ue comme source d7hydrogne ou d7lectrons"
/actries 2ertes et pourpres non sulfureuses :
& 6 compos organi/ue
.*82 @ 12(2& *.(128. @ 12& @ .(28
& 6 actate, propionate"
*es bactries diffrent par :
- ,a nature de la bactriochlorophylle"
- ,a nature des accepteurs et des donneurs d7lectrons"
$res/ue toutes les bactries vertes et pourpres sont des anarobies strictes, et
ano!ygni/ues le processus ne libre Camais d7o!ygne)"
Cyanobactries :
,es cyanobactries et les plantes suprieures sont o!ygni/ues"
Seules les cyanobactries : ,a photosynthse analogue celle des chloroplastes"
# mcanismes de photosynthse et les 2 premiers sont analogues avec plantes
vertes"
/actries utilisatrices de -!S :
solfobactries vertes, utilisent l7nergie lumineuse pour transfrer le proton de
(2S au G&<$"
/actries +ui n@utilisent pas de dri2s soufrs :
3ransporteurs membranaires de type de ceu! de la chaEne respiratoire
ubi/uinone, cytochrome b, c1, c2 ), /ui recyclent les lectrons de la
bactriochlorophylle tout en assurant le pompage de (@ /ui seront l7origine de
la synthse d7&3$"
-alobactrium :
$ossde dans la membrane plasmi/ue de la bactriorhodopsine comme pigment
de la rtine ), /ui capte les (@ par le groupe rtinal et utilise cette nergie pour
pomper les (@ au travers de la membrane plasmi/ue, crant l aussi un gradient
lectrochimi/ue important, l7origine de la synthse d7&3$" `
4sume :
:actries non
sulfureuses
:actries
sulfureuses
:actries
vertes
sulfureuses"
:actries
vertes non
sulfureuses"
:actriochloro
phylle
& ou b & ou b &, c, d, ou e &, c, ou d
<onneur (2S
(@)"
- @) @ @ - @)
Dtilisation de
S
- @ @ -
(2S donneur @ @ @ @
8rgani/ue
<onneur
@ @ - @
Source de *
substrat
*82 ou
organi/ue
*82 ou
organi/ue
2dem idem
!)- /actries chimiotrophes ou chimiosynthti+ues :
)nergie d7o!ydation de produits chimi/ues 6 organi/ues ou minrau!"

a)- /actries chimiolithotrophes :
,e donneur d7lectrons est un minral"
8n trouve :
- Les paratrophes : 2ntracellulaires, nergie par parasitisme, ils forment un
groupe restreint intervenant au cours des cycles de la matire vivante dans
le sol et dans les eau!"
- /actries o%ydant l@- : (ydrognomonas"
- /actries o%ydant :
,7ammoniac 6 nitrosomonas"
,es nitrites 6 nitrobacter"
*omposs rduits du soufre 6 thiobacillus"

a-1)- /actries arobies :
,7accepteur d7(2 et l782 atmosphri/ue, le donneur est minral"
a-1-1)- -ydrognobactries :
:actries hydrognoo!ydabtes pseudomonasU), (2 est transform en lectron
et (@"
,es (@ sont pris par des dshydrognase /ui permettent la formation du G&< en
G&<(2"
a-1-!)- /actries nitrifiantes :
Strictement arobies, se dveloppent dans les couches superficielles des terres,
meubles ou dans les eau! pollues ou elles participent activement l7puration"
G(N @ #J2 82 G82 @ 2( @ (28"
(G8# @ d 82 (G8# @ nergie"
Gitrification"
- Sont autotrophes, chimiolithotrophes, anarobies"
- 3au! de croissance faible"
- 3rs difficile cultiver et caractriser"
- Sensibles au! variations de temprature et de $("
a-1-3)- les /actries o%ydants le soufre & sulfobactries :
(2S @ d 82 (28 @ S @ nergie hydrogne sulfur)"
S @ (28 @ #J2 82 (2S8N @ nergie soufre)"
S28#-- @ (28 @ 282 2S8N-- @ 2(@ @ nergie
&ppartiennent 2 groupes trs diffrents :
- ,es :egrathoa thiothri! 6 proche cyanobactries mais pas phototrophes"
- ,es 3hiobacillus
4sistance leve l7acidit"
$( 6 1
4edoutables agents de corrosion, interviennent dans bio li!iviation des minrau!"
8!ydation de diffrents soufres sulfates"
a-1-$)- Les Sidrobactries :
8!ydation de composs ferreu!"
#Be@@ @ (28 @ d 82 2Be@@@ @ #8(- @ nergie"
- /actries filamenteuses et gaines :
Sphaerotilus non chimiolithtrophes, auto puration des eau! pollues
responsables du bulPing)"
- /actries du genre 9olinella & pdoncules?
<ans milieu! naturels contenant du fer, eau! pures des canalisations"
a-!)-/actries anarobies :
&ccepteurs d7lectrons autre /ue le 82, plus fr/uemment nitrates ou sulfates"
,7(2 ga%eu! ou compos comme sulfures, ou thiosulfates donneur de ("
a-!-1)- 3ducteurs des nitrates : :actries dnitrifiantes"
4duction des nitrates en nitrites ou ammoniac par les microorganismes )" *oli,
$seudomonas, :acillus )"
,e groupe des dnitrifiants strictosensus c7est dire rduisant du G8# G2
plus rsistants ), comprend entre autre des lithtrophes comme 3"denitrifians 6
o!ydant composs rduits du soufre G8# G82 G2"
#nitrification :
Gitrates G molculaire"
G8#- G82- G8 G28 G2"
Gitrites, nitrates comme accepteurs finau! d7lectrons"
<tabolisme anamo% :
<nitrification dans les conditions d7anarobiose"
- :actries capables de convertir l7ammoniac en a%ote molculaire en une
seule tape"
0G(N@ @ G82- G2 @ 5(28 @ 2(@"
)!p: Iemmata obscuriglobus , $lanctomyces , nosettes, isosphneraU
a-!-!)- 3ducteurs des sulfates :#sulfo bactries
S8N-- @ N(2 (2S @ 2()8 @ 28( @ nergie"
Dtilisent sulfates pour produire S et (2S"
&gents naturels dans rduction du soufre"
4esponsable de la corrosion des mtau! ferreu!"
a-!-3)- Archaea mthanognes :
$roduire du mthane partir du *82 ou carbonate"
*82 @ N(2 *(#*88( @ 2(28 @ nergie"
b)-/actries chimioorganotrophes :
<onneur d7( est organi/ue, et l7accepteur peut >tre :
- 82: respiration arobie"
- 8rgani/ue : fermentation"
- Dne substance minrale : respiration anarobie, accepteur de (2 serait un
sulfate ou nitrate"
&robie ou anarobie, substance organi/ue compltement dcompos"
Bermentation : dcomposition pas totale"
Substrats :
- $olysaccharides monosaccharides
- $rotines ou peptides acides amins
)n fonction du produit mtabolis, on a diffrents types de fermentation :
- Alcooli+ue : (e!oses 2 thanols @ *82, levures"
- Lacti+ue : (e!oses 2 lactates, streptococcus, et /uel/ues lactobacilles"
Ilucose lactate @ thanol @ *82, leuconostoc, /uel/ues lactobacilles"
- ropioni+ue : Ilucose propionate @ actate @ *82"
- /utyri+ue : clostrodiums, Ilucose butyrate @ actate @(2 @ *82"
- Acide mi%te : Ilucose thanol @ 2,#-butanediol @ succinate @ lactate @
actate @ formate @ (2 @ *82" )ntrobactries, )"*oli, Salmonella,
Shigella"
")- /esoins spcifi+ues & facteurs de croissance :
)n complment, les bactries e!igent pour leur dveloppement des substances
organi/ues d7une chaEne de biosynthse /u7elles sont incapables de synthtiser ,
et on les appelles : Bacteurs de *roissance"
<ans les cas contraires, on doit les lui fournir par apport e!trieur"
- hototrophes : $as de facteurs de croissance, et sont capables de se
dvelopper sur milieu minimum glucose, +2($8N, G(N*l , 'gS8N ,
Ga*l2"")
- Au%otrophes : )!igent les facteurs de croissances, comme )"*oli /ui est
capable de se dvelopper dans un milieu avec une source de * , de G , et
de sels minrau!" $"vulgaris 6 )ntrobactrie totalement incapable
moins /u7on raCoute au milieu de la nicotinamide, cette substance est
synthtiser che% )"*oli et pas che% $" vulgaris"
,ature et proprits :
# catgories : ;itamine <, $urines et pyrimidines"
&ction des doses infimes : nicotinamide est un lment de la G&< /uand
elle est en faible /uantit, elle inhibe la croissance"
Spcificit troite : - Syntrophie 6 facteurs d7une espce microbienne
synthtise par une autre espce /ui satisfait ses besoins"
Bermentation
bactrienne
:iomasse
bactrienne
$roduits du
mtabolisme
- (2S
- *(N
- (2
- *82
- S*B&
- ,actate
- Succinate
- G(#
- $hnol
- thanol
- Geutralisme 6 $as de relations : comptition"
- Synergie 6 deu! bactries profitent l7une de l7autre symbiose"
- $arasitisme 6 une espce bactrienne en profite"
*)- *acteurs physi+ues :
3emprature, $(, et pression"
1)- :emprature :
&git sur la vitesse de ractions chimi/ues et biochimi/ues, donc sur la
multiplication des microorganismes"
)n fonction de la temprature optimale, on distingue diffrents types de
microorganismes :
- sychrophiles : 3emprature optimale de 1H_*, et peuvent se dvelopper
H_* "3rs rpandus dans la nature, Iram- $seudomonas, Sydrobacter),
problme /uand elles sont pathognes, elles contaminent des produits
alimentaires congels), le sang conserv basse temprature ,istria"
- Chryophiles : )n dessous de H_*"
- <sophiles : comme )"*oli 6 #H-#9_* optimale, et peuvent se dvelopper
entre 2H-NH_*",a plus grande maCorit :
$athognes saprophytes : flore normale dans cavits naturelles, sur rev>tements
cutans"
- :hermophiles : temprature optimale N0-00_*" <ans sources chaudes,
:acillus, *lostridium dans fonds marins U), bactries pouvant supporter
des tempratures leves et pressions leves 2HH atm) appeles
bactries basophiles"
- -yperthermophiles : 3hermus a/uaticus 3a/ polymrase, optimale
environ 9H_*"
!)- Le - :
Bacteur dterminant dans la croissance bactrienne, diffrents types de sols :
- &cides environ H"
- :asi/ues environ 1H,0"
)n fonction du $(, le tau! de croissance des bactries va varier, il augmente entre
$( minimal et $( optimal" ,7action du $( se situe 2 niveau! :
- <ilieu : ,a disponibilit des nutriments peut >tre modifie en fonction de
l7/uilibre ioni/ue, et aussi l7activit en%ymati/ue va varier en fonction
du $("
- La permabilit membranaire : transporteurs protines) membranaires
affects par le $( du milieu"
8n distingue diffrents microorganismes en fonction du $( :
Acidophiles : lactobacilles : 1-1,0"
,eutrophiles : 0,0--"
/asophiles : &lcalophiles : --12"
$our la plupart des bactries, la marge du $( est asse% large "
)!p :
)"*oli se dveloppe dans $( N,N-5"
3hiobacillus : o!yde les sulfures (28, se dveloppent un $( trs acide
d7environ 2"
&lcalophiles : vibrio : $( 6 5"
roprits du - :
&ider mettre en place des milieu! de culture optimale pour les bactries"
)viter les variations brus/ues de $( dsintgration de bactries ), dans milieu de
culture on a recours des solutions tampons en gnral carbonates alcalins
insolubles /ui vont absorber les ions (@ ou 8(-"
*es tampons vont couvrir une large %one de $( :
- 3ampons carbonates"
- 3ampons phosphates"
- 3ampons protines ou peptides"
2ls neutralisent les mtabolites acides et les transforment en sels" &cide fort agit
sur un sel acide faible" &cide faible sels @ (28 action avec Ga8("
3)- .%yg)ne :
important pour bactries arobies ou anarobies strictes, diffrents types :

- Arobies strictes : 82 libre pour leur dveloppement, et 82 accepteur
d7lectrons &3$"
- Anarobies strictes : Sensibles la prsence d782 ne peuvent pas se
multiplier), pas de catalase, supero!ydase pour liminer (282"
Bermentation, mthanogense, photosynthse, respiration anarobie
nitrite, sulfate, U", &ccepteur d7lectrons) pour produire de l7&3$"
- Aroanarobies : arobies facultatifs
$euvent se dvelopper avec ou sans 82 6 bactries versatiles"
Soit 82 respiration"
$as 82 respiration anarobie ou fermentation"
- <icro arophiles : :actries se dveloppant avec une faible tension d782,
ne poussent pas sans 82"
- Anarobies arotolrants : anarobies fermentation, mais sont
insensibles la prsence d782"
3ponse l@.! :
3outes les cellules ont des en%ymes /ui agissent avec 82"
$our leur protection : supero!ydase dismutase, catalase etJou pero!ydase"
1)- 282 @ 2(@ 82 @ (282" Supero%ydase?
2)- 82 @ 2(282 2(28 @ 282 Catalase?
#)- 82 @ (282 2(28 G&<(,(@ G&<@) ero%ydase?
,es anarobies stricts n7ont aucune de ces # en%ymes"
4action catalase 6 test pour identifier les microorganismes, pas de valeur che%
Iram-, et important che% Iram@"
2(282 2(28 @ 82 sous forme ga%euse)"
,7eau o!ygne accumule tuerait les bactries anarobies stricts) dgag par
la catalase"
"tudes de bactries :
$our cultiver les bactries 6 on regarde leurs e!igences vis vis de l782"
&narobies strictes 6 difficiles cultiver, car il faut liminer l782 du milieu
tubes section trs troite, milieu! gloss, milieu! sous paraffine ou vaseline,
ou des enceintes hermti/ues, Carres ou hotes anarobies)"
$our liminer l782 :
- Solubiliser l782, par chauffage en prsence d7a%ote par e!emple"
- Dtilisation de molcules rductrices /ui vont piger l782 comme la
cystine ou morceau! d7organes avec de la cystine cervelle, foie,
reinU)"
- Dtilisation de thioglycoate de sodium, pour contrFler cet 82,on utilise la
resa%urine : $lus il y7a de 82 bleu, poins il y7a de 82 incolore"
- Dtilisation d7une Carre : culture de bactries en absence totale d782
vendue dans le commerce)" <ans cette Carre on trouve : $alladium pour
liminer 82 (28, le plus utilis c7est une enceinte anarobie vendue)
avec un ga% pur vendu) *82 ou G2"
$)- ression :
ression mcani+ue : :arophiles 6 pression allant Cus/uX 1HHH :arr"
ression osmoti+ue : :actries la plupart insensibles cette pression
:actries protges par une paroi rigide"
,ibration de protoplastes"
:actries marines, rsistantes, elles sont adaptes un milieu contenant
#0gJl de chlorure de Ga"
8n distingue :
- /actries non halophiles : eGa*lf M H,2 ' $seudomonas, entro
bactriesU)"
- /actries halo-tolrantes: Staphylococcus et certains lactobacilles"
- /actries halophiles : les moins halophiles ont une eselsf de H,2'"
- -alophiles e%trJmes : e f de .,2 '
&ccumulent des /uantits importantes de +, pour rester hypertoni/ues par
rapport l7environnement"
4)- -umidit :
Dtilise :
- solvants des nutriments 6 transport et solubilit "
- &gents chimi/ues 6 hydrolyse" ,es microorganismes ont un certain seuil
d7humidit S &1 T"
Si &1 faible il y7a diminution de la croissance cause de la diminution de
l7activit en%ymati/ue"
S" aureus : croissance diminue de 1H% pour &1 6 H,5"
*ertains microorganismes sont capables de s7adapter : micrococcus, sarcina
et staphylococcus"
- Krophiles : 4sistent la dessiccation du milieu dsert)"
&1 entre H et 1"
&1 6 G2J G1 @ G2)"
G1 : nombre de molcules de solvant"
G2 : nombre de molcules de soluts"
Luand on prpare un milieu, on doit prendre en compte ce &1 pour la
conservation"
,es sucrs sont rarement contamins par les microorganismes &1 trs
faible)"
9)- <ilieu% de culture : gnralits
*aractristi/ues varient de m>me /ue la composition" Dtiliss des fins varies :
recherche, diagnostics, fermentation industrielle, isolement et maintenance de
culture"
1)- Composition des milieu% :
a)- <ilieu% naturels :
,a plupart des pathognes re/uirent des milieu! comple!es sang, srum,
e!traits de tissus), composition mal dfinie"
)!p" : :ouillon nutritif pour bactries, contient :
- )!traits de viande de bbuf substance *, G, vitamines, sels minrau!"
- $eptone typsi/ue protines, acides amins, polypeptides par digestion
en%ymati/ue"
- *hlorure de Ga"
- )au distille"
8n trouve :
- $eptone pepsi/ue 6 pepsine en milieu acide"
- JJ trypsi/ue 6 suc pancrati/ue"
- JJ pancrati/ue"
- JJ panpaini/ue"
b)- <ilieu% synthti+ues :
:actries lithoautotrophes"
*himi/uement dfinis 6 thiobacillus"
*omposs /u7on connaEt, avec /uantits bien dfinies, importants pour tudier les
e!igences nutritives de certaines bactries, pour la culture physiologie"
c)- <ilieu% semi-synthti+ues :
'ilieu! synthti/ues au!/uels on aCoute des e!traits de levures, de viandes, ou
peptone"
)!p : Ilose )': eosine methylene blue) 6 contient de la pepetone 6 la fois
slectif et diffrentiel, utilis pour isoler bactries Iram- entri/ues"
*ontiennent en plus certains composs favorisant la croissance"
)osine 6 indicateur color, permet de faire la diffrence entre les ractions dans le
milieu" $lus le milieu est acide plus la couleur est noire"
- :actries fermentant le lactose )"*oli , )ntro bactries noires"
- :actries ne fermentant pas le lactose Salmonella translucides et
pourpres"

!)- 8tilisation :
,es milieu! sont classs en fonction de leur utilisation :

a)- <ilieu% slectifs :
8n aCoute des inhibiteurs de croissance de certaines bactries mais pas d7autres "
*roissance d7un microorganisme au dpend d7un autre "
*ontiennent :
- <es agents slectifs ou inhibiteurs 6 cristal violet , antibioti/ues, vert
brillant U"
- <es fois la concentration des substances donne l7 effet inhibiteur tel /ue le
milieu hypertoni/ue"
)!p :
'ilieu de *hapman"
'ilieu <rygalsPi"
'ilieu 'acon +ey agar"

b)- <ilieu% d@enrichissement :
,i/uides avec agents slectifs ou nutriments "
$our croissance de certaines bactries , souvent parce /u7elles sont les seules
utiliser ces composs du milieu naturel"
2l peut y avoir un effet slectif enrichir le milieu en germe recherch"
)!p :
'ilieu de 'uller +auffmann"
c)- <ilieu% diffrentiels :
$ermet de diffrencier entre diffrentes colonies , donc entre diffrentes bactries
bas sur certains critres observables "
,a glose de sang :
:actries hmolyti/ues entoures d7un anneau de dcoloration diffrencient les
streptoco/ues scrtion hmolysines)"

d)- <ilieu% d@isolement :

- <ilieu solide : utilis pour l7isolement et l7numration 6 dnombrement
des bactries , les premiers sont les milieu! solides sur les /uels de
nombreu! microorganismes peuvent se dvelopper "
,a plus rpandue est la glose nutritive bouillon nutritif, et un agent de
solidification &garJglose)"
2solement par puisement en surface , par la mthode des stries :
- on dpose une petite /uantit la priphrie de la surface du
milieu solide coul en boite de ptri"
- Stries parallles et serres vers le centre de la boite"
- 2ncubation colonies isoles l ou on a puiss les dpFt"
2 ou # puisements pour s7assurer /u7on est en prsence d7un clone uni/ue"
- <ilieu li+uide :
$as trs utilis , c7est une succession de tubes de bouillon nutritif "
2soler une bactrie partir d7un mlange "
<ilution du milieu d7ou on va isoler la souche bactrienne dilution en
cascade de 1H en 1H)"
)stimation /u7a un certain moment on aura des cultures provenant d7une
cellule uni/ue"
<nombrement aprs culture :
3ube 6 eau pas de bouillon nutritif)"
,a dilution 6 ensemencer milieu solide
Dtilisation de H,1ml et taler sur boite de $tri"
,e nombre de colonies apparues aprs incubation est le nombre de
microorganismes dans le volume analys"
Suspension analyse en # e!emplaires : 8n compte les bactries prsentes
dans la boite #H-#HH) rsultat en units formant des colonies DB*) et pas
en nombre de cellule"
e)- <ilieu% d@identification :
'ettre en vidence plusieurs /uantits d7un microorganisme"
8rganisme isol prcdemment"
Dn certain nombre de critres :
- &pparence des colonies"
- &spect des colonies , et caractres primaires isols pour orienter le
diagnosti/ue par l bactriologiste"
- 'obilit "
- 'orphologie 6 taille , contour , relief , surface"
- $roduction d7une capsule "
- $roduction de matriel e!tra cellulaire"
- $igmentation"
- $rsence de Bimbriae"
- *aractres biochimi/ues 6 activit en%ymati/ue , production de ga% (2S),
fermentation d7un sucre ,utilisation""
!)- Croissance d@un population bactrienne :
&ccroissement ordonn de tous les composants d7un organisme 6 une
augmentation de bactrie, synonyme de multiplication"
$aralllement on a :
- un appauvrissement du milieu en substrats catabolisables"
- Dn enrichissement en divers mtabolites"
,es modifications induites concernent : le $( Q potentiel d7o!ydorduction,
conductivit , la pression osmoti/ue, la temprature superficielle et la
viscosit"
a)- :echni+ues d@tude de la croissance :
*es techni/ues sont fondes sur l7volution du nombre de leur masse par unit de
volume ou de poids"

a-1)- <esure du nombre de cellules :
a-1-1)-<icroscope :
8n utilise :
- chambre de comptage de $etroff-(ausser"
20 carrs couvrants une surface de 1mm2 et une profondeur de H,H2mm , on
compte le nombre moyen de bactries par carr"
,e nombre total de bactries dans 1mm2 de la chambre est : le nombreJcarr) `
20 carrs"
,e nombre de bactries JH,H2mm2 6 nombre de bactriesJ carr) ` 20"
JJ Jmm# 6 JJ ` 20 ` 0H"
JJ Jcm# est 1HHH fois cette valeur"
$as de distinction entre cellules mortes et cellules vivantes, impossible en
prsence d7agrgats de cellules ou d7espces filamenteuses"
,a mobilit pose un problme , il faut veiller fi!er l7chantillon avec du 2R
formaldhyde"
- (matimtre"
a-1-!) L "pifluorescence :
Biltrer les cellules sur un filtre de polycarbonate, coloration J fluorochrome
comme l7orange acridine puis e!aminer en D;"
;isualisation en microscopie fluorescence , et trait en systme d7analyse
d7image"
:actries vivantes fluorescent dans le vert, et bactries mortes dans le rouge"
a-1-3) Cytomtrie en flu% :
$ermet de sparer diffrentes catgories de cellules , selon /u7elles contiennent ou
non une molcule particulire" *es cellules sont :
- 2ncubes avec une sonde fluorescente /ui rsonnait le molcule cible ou
une proprit physico-chimi/ue"
- :ombardes par un ou plusieurs faisceau! lasers fin de donner une charge
ngative au! cellules fluo spares des non fluo automati/uement dans un
champs lectri/ue"
- $ermet de dnombrer les cellules en suspension dans une solution
d7lectrolytes"
- $ermet de dnombrer les cellules aprs coloration par un fluorochrome"
- 8n obtient un histogramme de rponses "
- *ette mthode ne fait pas la distinction entre cellules mortes et vivantes"
a-1-$)- #nombrement apr)s culture :
'thode communment utilise"
*7est la mthode en boite de $tri"
a-!) <esure de la biomasse cellulaire :

a-!-1)- #termination du poids sec :
)!prim en g de matire sche J litre"
3otalise toute la masse cellulaire vivante et morte"permet de dterminer : vitesse
de croissance , tau! de production de mtabolites"
'8 rcolts par centri ou filtration sur membrane "
,avage l7aide d7un tampon appropri , culot dessch , ensuite refroidissement
temprature ambiante"
a-!-!)- <esure du trouble & turbidimtrie :
'esure le R de lumire absorbe par rapport l7intensit su faisceau de lumire
incidente 2H"les cellules bactriennes dispersent la lumire incidente"
$ar dfinition on a :
,og 2H J2 )6 &bsorbance &)"
,og 2H J 2) 6 P ` c ` l
+ coefficient d7absorption"
, traCet opti/ue"
$lus la population augmente , plus la lumire est diffracte te la mesure de
l7absorbance de l7absorbance est leve"
8n trace une courbe talon 6 trouble J nombre de bactries"
*ette techni/ue est inapplicable avec des milieu! trs colors ou troubles"
)lle est incapable de diffrencier les cellules mortes des cellules vivantes , et de
mesurer des concentrations de bactries M 1HHH HHH"
a-3)- <esure des constituants cellulaires :
Dn chantillon de cellules laves et collectes partir d7un volume connu de
milieu , peu tre analys pour son contenu en protine totale ou en a%ote "
,a /uantit d7&3$ est une indication de la masse microbienne vivante"
,e constituant cellulaire doit tre ubi/uiste et disparaEtre rapidement des cellules
aprs leur mort"
$rsent dans les cellules concentration constante /uel /ue soit l7tat
physiologi/ue des cellules"
,es mthodes les plus prometteuses sont fondes sur le dosage de l7&3$ par
bioluminescence ou des nuclotides flavini/ues"
8!ydation de la lucifrine par lucifrase :
,ucifrine @ &3$ @ 82
,ucifrase 'g @@
8!ylucifrine @ &'$ @ $$i @ *82 @ $hotons
&vantages :
- rapidit 0 min)"
- Spcificit pour des '8 viables"
- Sensibilit dtecte 1H HHH bactries J ml)"
B'G et B&< coen%ymes de dshydrognases sont universels"
B'G(2
,ucifrase bactrienne
82 @ 4- *(8
B'G @ (28 @ 4-*88( @ $hotons "
,e rendement /uanti/ue de la raction est optimal 2H-22_* et $( 6 9"
a-$)- <esure de l@acti2it cellulaire :
8n peut mesurer soit :
- la consommation d7un substrat prsent dans l milieu"
- $roduits d7e!crtion acides amins , acides organi/ues)"
- ,a concentration physico-chimi/ue du milieu $( , $otentiel d7o!y-red) "
- Dtilisation d7indicateurs colors r%asurine , bleu de mthylne U)"
- ,e temps ncessaire au virage de l7indicateur est inversement proportionnel
au nombre de microbes prsents"
- 2l faut avoir des courbes talons 6 variations du $( J nombre de cellule"
- ,a diminution du $( est fonction du nombre de bactries prsentes"
b)- Croissance en milieu non renou2el :
4echerche repousser les limites de la croissance , obtenir une croissance
continue" ,a croissance des bactries dans un bouillon nutritif est limite on
travaille avec une /uantit limite de nutriments , le milieu finit par s7puiser)"
b-1)- Constantes de la croissance :
,a courbe de croissance est obtenue en traOant l7volution de la biomasse en
fonction du temps" *ette croissance est dfinie par 2 constantes :
- Le temps de gnration 9 : I est une constante 6 tJn n 6 nombre de
divisions)"
- Le tau% de croissance &M : c7est le nombre de gnration J unit de temps"
g 6 nJt , l7unit est l7heure"
)!ception mathmati/ue de la croissance :

Gn 6 2hn ` GH 6 2hi@ ` GH"
Sous forme logarithmi/ue :
,og Gn J GH) 6 i ` t ` log2
hysiologie des phases :
1)- hase de latence : ;itesse spcifi/ue nulle , la biomasse
n7augmente pas , la phase dure plus ou moins longtemps "
!)- hase e%ponentielle : ,es bactries se multiplient sans entrave ,
libration des mtabolites secondaires d7intr>t industriel antibioti/uesU)" ,a
vitesse est constante et ma!imale dans les conditions utilises "
3)- hase stationnaire : milieu de moins en moins favorable la
croissance bactrienne , le nombre de cellules viables reste constant , cette phase
peut durer plusieurs heures /uel/ues Cours"
$)- hase de dclin : ,es bactries ne7 se divisent plus , tau! de
mortalit peut tre constant , et nombre de cellules dtruites est proportionnel au
temps "
3)- *acteurs influenNant la croissance bactrienne :
a)- La temprature :
on peut observer # types de courbes de croissance /ui correspondent au! #
principales catgories de 'o celle des bactries msophiles /ui vient d7tre
dcrite"
*elle des bactries thermophiles caractrise par :
- Dne phase de latence trs courte"
- Dne multiplication e!plosive avec i e!po trs lev"
- Dne phase de dgnrescence brutale /ui conduit l7autolyse cellulaire"
*elle des bactries psychrophiles : elle s7oppose point par point la prcdente :
- $hase de latence longue 2-- Cours)"
- $hase e!po progressive avec lenteur , i e!po est faible"
- $hase ma! stationnaire peut s7tendre sur de longues priodes"
- ,a dgnrescence est longue"
$our une bactrie donne i e!po varie selon la temprature , pour )"*oli, il est de
H,0 div J h 1-_c , et #,# div J h ##_*"
b)- Le - :
*omme pour la temprature , il e!iste un $( optimal pour la culture "
c)- L@humidit :
diminution du tau! d7humidit ralentissement de la croissance par action sur
les raction biochimi/ues faisant intervenir l7eau"
d)- Le substrat :
la vitesse spcifi/ue de croissance d7une espce bactrienne dpend du milieu
dans le/uel on la cultive 6 du substrat"
$lus la concentration de glucose augmente plus la vitesse spcifi/ue de
croissance en phase e!po augmente"
g e!po 6 i e!po ma! @ eSf) J +s @ eSf)
eSf : concentration du facteur limitant"
+s : constante de saturation
Dne valeur leve de +s , e!prime une faible affinit"
i e!po
--------------------------- saturation
de i e!po
ie!poJ2 -----
+s esubstratf