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C A P I T U L O 2

Bases qumicas de la vida


2-1 Enlaces covalentes
La perspectiva humana: Radicales libres como causa de
envejecimiento y enfermedad
Enlaces no covalentes
cidos, bases y amortiguadores
Naturaleza de las molculas biolgicas
2-5 Cuatro familias de molculas biolgicas
2-6 Formacin de estructuras macromoleculares com-
plejas
La va experimental: Construccin de la estructura de
una protena
2-A. Complejo formado por dos macromolculas diferentes. Una
parte de la molcula de DNA (mostrada en azul) se une para formar un
complejo a una protena que consta de dos subunidades de polipptidos, una
roja y la otra amarilla. Las partes de la proteina que se observan dentro de
los surcos del DNA han reconocido una secuencia especfica de nucletidos
en la molcula del cido nucleico y se enlazan a ella. (Cortesa de A.R. Ferr-
D'Amar y Stephen K. Burley, Tie Rockefeller University.)
E
ste captulo se inicia con una breve exposicin de las
bases atmicas de la materia, un tema que puede pare-
cer fuera de lugar en un libro de texto de biologa. Pero el
nivel de organizacin celular slo es un pequeo avance
despus del nivel atmico, como veremos al examinar la
importancia de los movimientos de algunos tomos de las
molculas durante actividades como contraccin muscular
o transporte de sustancias a travs de membranas celula-
res. Las actividades de-las clulas y sus organelos se deri-
van directamente de la actividad de las molculas que las
constituyen. Consideremos un proceso como la divisin ce-
lular, que puede seguirse en sus detalles ms minuciosos
bajo el simple microscopio de luz. Para entender las activi-
dades que tienen lugar cuando una clula se divide es ne-
cesario conocer, por ejemplo, algo acerca de las interaccio-
nes entre DNA y molculas de protena cuyo resultado es
la condensacin de los cromosomas en paquetes con forma
de bastoncillos que pueden ser separados en clulas dife-
rentes; la construccin molecular de microtbulos que con-
tienen protenas que permite a estas estructuras en forma
de bastoncillos huecos desensamblarse en determinado
momento y volverse a ensamblar en el siguiente instante
en un sitio por completo diferente de la clula; y las pro-
piedades de las molculas de lpidos que confieren a la
membrana celular externa su plasticidad, de modo que
pueda ser empujada a la mitad de la clula y seccionarla
en dos. Es imposible incluso tratar de entender la fisiologa
celular bsica sin un conocimiento razonable de la estruc-
tura y las propiedades de los principales tipos de molcu-
las biolgicas. Este es el objetivo del presente captulo: su-
ministrar la informacin necesaria acerca de la qumica de
la vida para que el lector comprenda las bases de la vida.
Iniciaremos considerando los tipos de enlaces que pueden
formar los tomos entre s.
30
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 31
2-1 Enlaces covalentes
Los tomos que constituyen una molcula se mantienen
unidos por enlaces covalentes, en los cuales los pares de
tomos comparten pares de electrones. La formacin de un
enlace covalente entre dos tomos obedece el principio fun-
damental de que un tomo es ms estable cuando su capa
electrnica ms externa est completa. Por consiguiente, el
nmero de enlaces que un tomo puede formar depende
del nmero de electrones necesarios para completar dicha
capa externa. En la figura 2-1 se muestra la estructura elec-
trnica de algunos tomos. La capa exterior (nica) de los
tomos de hidrgeno o de helio se llena cuando contiene
dos electrones; la capa externa de los otros tomos de la
figura 2-1 se llena cuando contiene 8 electrones. As, un
tomo de oxgeno con seis electrones en su capa externa
puede llenar esta capa combinndose con dos tomos de
hidrgeno para formar una molcula de agua. Los tomos
de oxgeno y de hidrgeno se unen mediante un enlace
covalente simple (representado por H:O o HO). En la
formacin de un enlace covalente se libera energa que pos-
teriormente debe reabsorberse cuando se rompe el enlace.
La energa requerida para desdoblar los enlaces covalentes
CH, CC o CO es muy grande, en general entre 80 y
Primera capa
de electrones
Segunda capa
de electrones
O . , ^L7Fi

Na
Tercera capa
de electrones
Si Cl
4-18
Ar
T
*

+ 4 +2 -1-1
EN CADA COLUMNA SE PRESENTAN LOS ELECTRONES NECESARIOS
PARA QUE LOS TOMOS ALCANCEN ESTABILIDAD
Elementos
inertes
FIGURA 2-1. Representacin de la disposicin de los electrones en algunos tomos comunes. Los electrones rodean al ncleo de un tomo
formando una "nube" u orbitales, generalmente definidos por sus lmites, los cuales pueden tener forma esfrica o de mancuerna. Cada orbi-
tal contiene un mximo de dos electrones y por esa razn los electrones se agrupan en pares (puntos oscuros en la figura). La capa ms inter-
na contiene un solo orbital {por lo tanto, dos electrones); la segunda capa contiene cuatro orbitales {por lo tanto, 8 electrones); la tercera capa
tambin contiene cuatro orbitales, y as sucesivamente. El nmero de electrones en la capa ms externa es el determinante principal de las
propiedades qumicas de un elemento. Los tomos con nmero similar de electrones en su capa externa tienen propiedades semejantes. Por
ejemplo, litio (Li) y sodio (Na) tienen un electrn en su capa ms externa y ambos son metales muy reactivos. Los tomos de carbono (C) y de
slice (Si) se unen cada uno con cuatro diferentes tomos. Sin embargo, debido a su tamao, un tomo de carbono se puede unir a otros tomos
de carbono y formar molculas orgnicas de cadena larga, en tanto que el slice no puede formar molculas comparables. El nen (Ne) y el argn
(Ar) tienen llenas sus capas externas y por consiguiente estos tomos son muy poco reactivos; se les conoce como gases inertes.
32 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
100 kilocaloras por mol (kcal/mol)1 de molculas, por lo
que estos enlaces son estables en casi cualquier situacin.
En muchos casos, dos tomos pueden unirse mediante
enlaces en los cuales se comparte ms de un par de electro-
nes. Cuando se comparten dos pares de electrones, como
ocurre en la molcula de oxgeno ( O - ) , el enlace covalente
es un doble enlace, y si se comparten tres pares de electrones
(como en el nitrgeno molecular, N2), es un triple enlace. No
hay enlaces cudruples. El tipo de enlace entre los tomos
tiene importantes consecuencias para definir la forma de
las molculas. Por ejemplo, los tomos con un solo enlace
pueden girar entre s, en tanto que los tomos con doble (y
triple) enlace carecen de esa capacidad.
Cuando los tomos unidos son del mismo tipo, como
en H2, el par de electrones de la capa externa se comparten
por igual entre los dos tomos de la pareja. Sin embargo,
cuando dos tomos diferentes se enlazan en forma covalente,
es inevitable que el ncleo de un tomo con carga positiva
ejerza mayor fuerza de atraccin sobre los electrones exter-
nos que la fuerza ejercida por el tomo al cual estn enlaza-
dos. En consecuencia, los tomos compartidos tienden a
localizarse ms cerca del tomo con mayor fuerza de atrac-
cin, o sea, el tomo ms electronegativo. La electronega-
tividad de un tomo depende de dos factores: 1) El nmero
de cargas positivas en su ncleo (ms protones, ms electro-
negatividad) y 2) la distancia del ncleo a los electrones
externos (a mayor distancia menor electronegatividad). En
el cuadro 2-1 se ordena la electronegatividad de tomos
comunes en una escala de O a 4. Entre los tomos ms fre-
cuentes en las molculas biolgicas, nitrgeno y oxgeno
son fuertemente electronegativos.
y el otro carga parcial positiva. Esto generalmente se expre-
sa de la siguiente manera:
extremos con
carga negativa
extremos con
carga positiva
Molculas como las del agua, con distribucin asimtrica
de carga elctrica, se dice que son molculas polares. Las
molculas polares de importancia biolgica contienen uno
o ms tomos electronegativos, de ordinario O, N, S o P. Las
molculas que carecen de enlaces polarizados, como las que
contienen casi exclusivamente tomos de carbono e hidr-
geno, se dice que son no polares. La presencia de enlaces
polarizados tiene gran importancia para determinar la re-
actividad de las molculas. Las molculas que carecen de
tomos electronegativos, como ceras y grasas, tienden a ser
relativamente inertes. Algunas molculas de mayor inters
biolgico, incluyendo protenas y fosfolpidos, que estudia-
remos ms adelante, contienen porciones polares y no pola-
res que se comportan de manera muy diferente.
Molculas polares y no polares
Examinemos una molcula de agua. Los tomos de oxgeno
del agua atraen a los electrones con mucha mayor fuerza
que los tomos de hidrgeno. Como resultado, se dice que
os enlaces OH de la molcula de agua estn polarizados,
de modo que uno de los tomos tiene carga parcial negativa
1 Una calora es la cantidad de energa trmica requerida para ele-
var la temperatura de un gramo de agua un grado centgrado. La
Calora (gran calora) es igual a 1 000 caloras (o kilocalora). La ener-
ga expresada en caloras tambin puede expresarse en joules, trmino
histrico utilizado para medir energa en forma de trabajo. Una kilo-
calora equivale a 4 186 joules. Una mola es igual al nmero de
Avogadro (6 x 1023) de molculas. Una mola de cualquier sustancia
es su peso molecular expresado en gramos.
CUADRO 2-1. Electronegatividad de los tomos
+ 1*
H
2.2
+ 4
C
2.5
Si
1.9
+ 5
N
3.0
P
2.2
+ 6
0
3.5
5
2.5
+ 7
F
4.0
CI
3.0
* Los nmeros + corresponden al rengln del tomo en la tabla
peridica.
Ionizacin
Hay tomos tan fuertemente electronegativos que durante
una reaccin qumica pueden capturar electrones de otros
tomos, por ejemplo, cuando' los elementos sodio (un metal
de color plateado) y cloro (un gas txico) se mezclan, el
nico electrn en la capa ms externa de cada tomo de Na
se desplaza a la capa externa del tomo de cloro deficiente
de un electrn. Como consecuencia, estos dos elementos se
transforman en tomos cargados, o sea iones.
2Na' 2NaO 2 0-
Puesto que el ion cloro tiene un electrn extra (en relacin
con el nmero de protones de su ncleo), posee carga nega-
tiva (Cl~) y se denomina anin. El tomo de sodio que ha
perdido un electrn tiene una carga positiva extra (Na+ ) y
se denomina catin. Cuando ambos iones se presentan en
forma cristalina forman cloruro de sodio, la sal de mesa
comn.
Los iones Na+ y Cl~ mencionados antes son relativa-
mente estables porque sus capas ms externas estn com-
pletas. Una disposicin diferente de electrones dentro del
tomo puede producir especies muy reactivas denomina-
das radicales Ubres. En el ensayo siguiente La perspectiva hu-
mana se considera la estructura de los radicales libres y su
importancia en biologa.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 33
2-2 Enlaces no covalentes
Las uniones covalentes son enlaces fuertes formados entre
los tomos de una molcula. Las interacciones entre mol-
culas (o entre las diferentes partes de una molcula biolgi-
ca grande) estn gobernadas por una gran variedad de
uniones ms dbiles denominadas enlaces no covalentes.
Los enlaces no covalentes no dependen de electrones
compartidos, sino ms bien de fuerzas de atraccin entre
regiones con diferente carga elctrica, negativa o positiva,
dentro de la misma molcula o entre dos molculas cerca-
nas. Los enlaces no covalentes individuales son dbiles (casi
1 a 5 kilocaloras por mol) y por lo tanto se rompen y se
vuelven a formar con rapidez. Esta caracterstica permite a
los enlaces no covalentes mediar interacciones dinmicas
que ocurren entre las molculas del interior de la clula. Sin
enlaces no covalentes no podran ocurrir actividades vitales
como las reacciones metablicas, la duplicacin del DNA y
el movimiento de materiales dentro de la clula.
Aunque individualmente los enlaces no covalentes son
dbiles, cuando un gran nmero de ellos ocurren juntos,
como entre las dos cadenas del DNA o entre las diferentes
partes de una protena grande, sus fuerzas de atraccin son
aditivas y consideradas en conjunto confieren gran estabili-
dad a la estructura. Los enlaces no covalentes son de varios
tipos.
Enlaces inicos: atraccin
entre tomos cargados
Un cristal de sal de mesa se mantiene unido por atraccin
electrosttica entre los iones Na+ cargados positivamente y
los iones Cl~ cargados negativamente. Este tipo de atrac-
cin entre componentes con carga neta se denomina enlace
inico (o puente salino). Los enlaces inicos dentro de un
cristal de sal pueden ser muy fuertes, pero la presencia de
agua impide la formacin de enlaces inicos fuertes. Por
ejemplo, si se disuelve en agua un cristal de sal, cada uno de
los iones individuales queda rodeado por molculas de agua
que impiden la aproximacin de iones con carga opuesta
(fig. 2-2). Puesto que las clulas se componen principalmen-
te de agua, el enlace entre iones libres es de poca importancia.
En contraste, pueden formarse enlaces inicos dbiles entre
grupos con carga opuesta que forman parte de molculas
biolgicas ms grandes. Por ejemplo, cuando los radicales
fosfato de la molcula de DNA cargados negativamente se
aproximan mucho a grupos cargados positivamente de la
superficie de una protena (fig. 2-3), los grupos con carga
opuesta forman enlaces inicos que ayudan a mantener
unido al complejo. (Inversamente, los grupos con carga si-
milar se repelen entre s y evitan una aproximacin estre-
cha.) En una clula, la fuerza de los enlaces inicos gene-
ralmente es dbil debido a la presencia de agua, pero en
la profundidad del ncleo de una protena, donde casi
siempre no hay agua, estos enlaces pueden ejercer gran in-
fluencia.
Enlaces de hidrgeno
Cuando un tomo de hidrgeno se enlaza en forma covalente
a un tomo electronegativo, en particular a un tomo de
oxgeno o de nitrgeno, el nico par de electrones compar-
tidos se desplaza mucho hacia el ncleo del tomo electro-
negativo, dejando con carga parcial positiva al tomo de
FIGURA 2-2. Disolucin de un cristal de sal.
Cuando se coloca un cristal de sal en agua, los
iones Na+ y Cl~ quedan rodeados por mol-
culas de agua que separan los enlaces inicos
entre los dos iones. A medida que la sal se di-
suelve, los tomos de oxgeno con carga nega-
tiva de las molculas de agua se asocian a los
iones sodio con carga positiva y los tomos de
hidrgeno con carga positiva de las molculas
de agua se asocian a los iones cloro con carga
negativa.
34 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
L A P E R S P E C T I V A H U M A N A
Radicales libres como causa de envejecimiento y enfermedad
Por qu los seres humanos tienen un
periodo de vida mximo de casi 100
aos, en tanto que sus parientes cerca-
nos, los chimpancs, slo viven como
la mitad de ese tiempo? Muchos bilo-
gos piensan que el envejecimiento es
resultado de un dao gradual que se
va acumulando sobre los tejidos de
nuestro cuerpo. El dao ms destructi-
vo probablemente ocurra en el DNA.
Las alteraciones del DNA tienden a
producir fallas en los mensajes genti-
cos que paulatinamente promueven el
deterioro celular. Cmo ocurre enton-
ces el dao celular y por qu razn es
ms rpido en el chimpanc que en el
ser humano? La respuesta puede resi-
dir a nivel atmico.
Los tomos son estables cuando
sus capas estn llenas de electrones. Las
capas de electrones constan de orbita-
les, cada uno de los cuales slo puede
sostener un mximo de dos electrones.
Los tomos o molculas que tienen
orbitales con un solo electrn impar
tienden a ser muy inestables y se les
denomina radicales libres. Los radica-
les libres pueden formarse al romper-
se un enlace covalente de modo que
cada porcin conserve la mitad de los
electrones compartidos, o tambin se
generan cuando un tomo o molcula
acepta un solo electrn transferido
durante una reaccin de oxidorreduc-
cin. Por ejemplo, el agua puede con-
vertirse en radicales Ubres cuando se
expone a la radiacin solar
H2O -> HO- + H-
radical
hidroxilo
(" " indica radical libre)
Los radicales-libres son en extremo
reactivos debido a su inestabilidad y
pueden alterar qumicamente muchos
tipos de molculas, incluyendo prote-
nas, cidos nucleicos y lpidos. La for-
macin de radicales hidroxilo tal vez
sea una de las principales razones de
que la luz del sol sea tan nociva para la
piel.
En 1956, Denham Harman, de la
Universidad de Nebraska, propuso que
el envejecimiento era resultado del
dao a los tejidos causado por radicales
libres. Puesto que el tema de los radi-
cales libres no era familiar para los bi-
logos y los mdicos, la propuesta
no despert gran inters. Despus, en
1969, Joe McCord e Irwin Fridovich, de
la Universidad de Duke, descubrieron
una enzima, la superxido dismutasa
(SOD), cuya nica funcin era destruir
radicales superxido (O2*~), un tipo
de radical libre formado cuando el ox-
geno capta un electrn extra. La SOD
cataliza la siguiente reaccin:
<V - + O2- ~ + 2H+ -H2O2 + O2
perxido de
hidrgeno
El perxido de hidrgeno, una sustan-
cia muy destructiva, es descompuesto
de inmediato por otra enzima, la cata-
lasa.
Investigaciones subsecuentes han
revelado que los radicales superxido
se forman dentro de las clulas duran-
te el proceso oxidativo normal y que
en las clulas de diversos organismos,
desde bacterias hasta el ser humano,
hay enzimas capaces de destruir estas
nocivas sustancias. La importancia de
la SOD se aprecia mejor en estudios
de bacterias mulantes que carecen de
esta enzima; estas clulas no pueden
sobrevivir en presencia de oxgeno.
Aunque el potencial destructivo de
los radicales libres, como el superxi-
do, es incuestionable, la importancia de
estos agentes como factor de envejeci-
miento an est sujeta a controversia.
La hiptesis de Harman en relacin con
radicales libres y envejecimiento per-
mite hacer ciertas predicciones. Por
ejemplo, sera de esperar que los ani-
males con periodos de vida ms largos
produjeran menor cantidad de radica-
les libres, posean una mejor capacidad
para destruir radicales libres, o mayor
eficiencia para reparar el dao celular
producido por las reacciones entre ra-
dicales libres. Los datos relacionados
con estas predicciones son contradic-
torios. En tanto que algunos estudios
muestran correlacin entre concentra-
cin elevada de SOD o actividad de
enzimas reparadoras y aumento del
periodo mximo de vida, otros estu-
dios, en su mayor parte, no concuer-
dan con eso.
El papel de los radicales libres en
el envejecimiento todava es dudoso,
pero cada vez gana mayor aceptacin
la idea de que estos reactivos agentes
desempean un papel importante en
la aparicin de ciertas enfermedades,
como cncer, aterosclerosis y esclero-
sis lateral amiotrfica (ELA, o enferme-
dad de Lou Gehrig). Como se analiza
en los ltimos captulos, el cncer casi
siempre es resultado de la mutacin
de ciertos genes claves. Puesto que la
mutacin gentica es resultado de
alteraciones en el DNA y los radicales
Ubres pueden daar al DNA, no es
sorprendente que los radicales libres
promuevan la formacin y crecimien-
to del cncer. La aterosclerosis es una
enfermedad cardiovascular causada
por el depsito de placas de lpidos
sobre la pared interna de las arterias,
Hay suficientes datos que sugieren que
la formacin de estas placas ocurre en
sitios donde el revestimiento celular de
los vasos ha sufrido dao, hecho que
puede ser causado por radicales libres,
La esclerosis lateral amiotrfica es una
enfermedad degenerativa caracteri-
zada por parlisis gradual de las mo-
toneuronas que estimulan los mscu-
los del cuerpo. Aunque la mayor parte
de los casos de ELA ocurren de manera
espordica, o sea, la enfermedad no se
hereda de padres portadores de un gen
defectuoso, casi 10% de los casos sigue
un patrn familiar. El vnculo entre
dao por radicales libres y ELA fue su-
ge.'ido por primera vez en 1993 cuan-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 35
do se descubri que los miembros de
cierto nmero de familias afectadas por
la enfermedad posean un gen que co-
difica una superxido dismutasa (SOD)
defectuosa. A partir de esta observa-
cin, los investigadores introdujeron
un gen que codifica una SOD imitante
en el ratn y demostraron que los rato-
nes desarrollan una enfermedad neuro-
degenerativa grave cuyos sntomas re-
cuerdan estrechamente a los de ELA.
Puesto que los animales manipulados
genticamente continan produciendo
SOD normal (codificado por los genes
normales que conservan) junto con la
enzima mutante (codificada por el gen
aadido), al parecer el dao no es re-
sultado de la prdida de actividad de
una enzima. Se especula que la enzi-
ma mutante quiz posea alguna nue-
va actividad nociva que tiende a pro-
ducir nuevos tipos de radicales libres
que daan a las neuronas.
En otra va de investigacin se han
empleado sustancias denominadas
antioxidantes capaces de destruir radi-
cales libres. Los antioxidantes comu-
nes incluyen glutatin, vitaminas E
y C, y ^-caroteno (el pigmento de co-
lor naranja de las zanahorias y de otros
vegetales y compuestos precursores de
vitamina A). Aunque estas sustancias
pueden ser muy benficas en la dieta
debido a su capacidad para destruir
radicales libres, estudios en ratas y
ratones no suministraron datos convin-
centes de que retardan el proceso
de envejecimiento o que prolongan la
vida. En realidad, un estudio reciente,
efectuado en Finlandia, en el cual
durante ocho aos se control cuida-
dosamente a casi 30 000 fumadores
empedernidos, se observ que los
sujetos a quienes se administr com-
plemento de ^-caroteno mostraron
un porcentaje 18 veces ms elevado
de ocurrencia de cncer pulmonar
que aquellos que no recibieron el anti-
oxidante. Este dato es muy difcil de
explicar y la mayora de los investiga-
dores en este campo se resisten a
hacer conclusiones, sobre todo porque
otros estudios sugieren que las dietas
ricas en antioxidantes se relacionan
con disminucin del cncer en pobla-
ciones humanas. Estos datos slo ilus-
tran la complicada relacin entre dieta
humana y salud, y la dificultad de
emplear seres humanos en estudios
experimentales.
Para simplificar el tema, tam-
bin se efectuaron estudios en cultivos
de clulas. Ni la adicin de antioxi-
dantes al medio de cultivo, ni la re-
duccin de oxgeno en la atmsfera
(que podra disminuir la formacin
de radicales libres) parece incremen-
tar la capacidad de crecimiento de las
clulas.
hidrgeno. En consecuencia, el ncleo desnudo del tomo
de hidrgeno, cargado positivamente, puede aproximarse
lo bastante para establecer una interaccin de atraccin con
el par de electrones externos no compartidos de un segun-
do tomo electronegativo (fig. 2-4). Esta dbil atraccin re-
cproca se denomina enlace de hidrgeno.
Los enlaces de hidrgeno se forman entre la mayor par-
te de las molculas polares y tienen particular importancia
para determinar la estructura y propiedades del agua (que
estudiaremos despus). Los enlaces de hidrgeno tambin
se forman entre grupos polares presentes en molculas bio-
lgicas grandes, como ocurre entre las dos cadenas de la
molcula de DNA (fig. 2-3). La fuerza de los enlaces de
hidrgeno es aditiva, por lo tanto su gran nmero entre las
cadenas de la doble hlice de DNA le confiere gran estabi-
lidad. Sin embargo, puesto que los enlaces de hidrgeno
individuales son dbiles (2 a 5 kcal/mol), las dos cadenas
pueden separarse para permitir el acceso de las enzimas a
sitios particulares de la molcula de DNA.
Interacciones hidrofbicas y fuerzas
de van der Waals
Debido a su capacidad para interactuar con el agua, se dice
que las molculas polares, como azcares y aminoci-
dos, que pronto describiremos, son hidroflicas o "amantes
del agua". Molculas no polares, como esteroides o grasas,
son prcticamente insolubles en agua debido a que carecen
de regiones cargadas que seran atradas hacia los polos de
las molculas de agua. Cuando los compuestos no polares
se mezclan con agua, la sustancia no polar hidrofbica ("que
le teme al agua"), se ven forzados a formar agregados para
reducir al mnimo la exposicin a sus vecinos polares (fig.
2-5). El agrupamiento de molculas no polares se denomina
interaccin hidrofbica. Es la razn por la cual las gotas de
grasa reaparecen con rapidez sobre la superficie de una
sopa de res o de pollo aun despus de agitar el lquido con
una cuchara. Como se expone en la pgina 54, tambin es la
causa de que los grupos no polares tiendan a localizarse en
el interior de la mayor parte de las protenas solubles y en el
exterior de casi todas las membranas protenicas (sec-
cin 4-2).
Las interacciones hidrofbicas del tipo que acabamos
de describir no se consideran verdaderos enlaces, puesto
que no son consecuencia de una atraccin entre molculas
hidrofbicas. Adems de este tipo de interaccin, los gru-
pos hidrofbicos pueden formar enlaces dbiles entre s
basados en atracciones electrostticas. Las molculas pola-
res se renen debido a que siempre contienen dentro de sus
estructuras una carga distribuida asimtricamente. Un exa-
men ms detallado de los enlaces covalentes en una mol-
cula no polar (como H2 o ChL;) revela que los electrones no
siempre se distribuyen de manera simtrica. La distribu-
cin de electrones en cualquier momento dado alrededor
de un tomo es estadstica, y por lo tanto vara de un instan-
te a otro. En consecuencia, en un momento dado, la densi-
dad de electrones puede ser mayor en un lado del tomo,
36 CAPITULO 2 Bases qumicas de a vida
Enlace de
hidrgeno
\A
Enlace de hidrgeno
FIGURA 2 - . H . Los enlaces inicos no covalentes desempean un
papel importante para trasladar la molcula de protena de la derecha
(tomos amarillos) a la molcula de DNA de la izquierda. Los enlaces
inico^ se forman entre tomos de nitrgeno con carga positiva en
la protena y los tomos de oxgeno con carga negativa en el DNA. La
molcula de DNA en s consta de dos cadenas separadas reunidas por
enlaces de hidrgeno no covalentes (que analizaremos en la siguiente
seccin). Un solo enlace no covalente es relativamente dbil y fcil de
romper, pero, un gran nmero de estos enlaces entre dos molculas,
como entre dos cadenas de DNA, constituyen un complejo muy esta-
ble. (Fotografa cortesa de Stephen Harrison.)
aunque el tomo comparta por igual los electrones con al-
gn otro tomo. Esta asimetra transitoria en la distribucin
de electrones da como resultado una separacin moment-
nea de cargas (dipolos) entre la molcula. Si dos molculas
con dipolos transitorios se encuentran muy prximas entre
FIGURA 2- 4. Enlaces de hidrgeno. Se forman entre un tomo
electronegativo, como nitrgeno u oxgeno, que posee carga negativa
parcial, y un tomo de hidrgeno con carga positiva parcial. Se mues-
tran varios ejemplos de enlaces de hidrgeno.
s y orientadas de la manera apropiada experimentan una
fuerza de atraccin denominada fuerza de van der Waals,
que puede servir para unirlas. Ms an, la separacin tran-
sitoria de cargas en una molcula tambin puede inducir
una separacin similar de cargas en molculas vecinas. As
FIGURA 2 - 5. En una interaccin hidrofbica, las molculas no
polares (hidrofbicas) se renen en agregados para reducir al mnimo
su superficie expuesta a las molculas de agua que las rodean.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 37
Separacin (A)
2 4
of
( a)
( b )
F I G U R A 2-6. Fuerzas de van der Waals. a) Conforme se aproximan
dos tomos, experimentan una db il fuerza de atraccin que se incre-
menta hasta una distancia especfica, generalmente cerca de 2 A. Si los
tomos se aproximan ms, sus nub es electrnicas se rechazan entre s
y esto provoca la separacin de los tomos, b) Aunque individualmen-
te las fuerzas de van der Waals son muy db iles, se puede formar un
gran nmero de dichas fuerzas de atraccin cuando dos macromo-
lculas tienen una superficie complementaria, corno se indica esque-
mticamente en esta figura.
nica que confiere a esta molcula propiedades extraordi-
narias.2 Entre las ms importantes se hallan:
1. El agua es una molcula muy asimtrica con un tomo
O en un lado y dos tomos H en el lado opuesto.
2. Cada uno de los dos enlaces covalentes de la molcula
est altamente polarizado.
3. Los tres tomos de la molcula de agua pueden formar
enlaces de hidrgeno.
Las propiedades de la molcula del agua que apoyan la
vida se originan en estas caractersticas.
Cada molcula de agua puede formar enlaces de hidr-
geno hasta con otras cuatro molculas de agua, generando
una red de molculas ntimamente interconectadas ( fig. 2-7).
Cada enlace de hidrgeno se forma cuando el hidrgeno
con carga parcialmente positiva de una molcula se alinea
junto a un tomo de oxgeno con carga parcialmente nega-
tiva de otra molcula de agua. Deb ido a su gran nmero
de enlaces de hidrgeno, las molculas de agua tienden de
manera inusitada a adherirse entre s. Esta caracterstica es
ms evidente al considerar las propiedades trmicas del
agua. Por ejemplo, cuando se calienta agua, la mayor parte
de la energa trmica se consume para romper enlaces de
hidrgeno en vez de contrib uir al movimiento de las mol-
culas ( que se mide como incremento de temperatura) . De
manera similar, la evaporacin desde el estado lquido al
2 Una manera de apreciar la estructura del agua es compararla con
H^S. Igual que el oxgeno, el azufre tiene seis electrones en su capa
externa y forma enlaces simples con dos tomos de hidrgeno. Pero
el tomo de azufre es ms grande y por lo tanto menos electronegativo
que el oxgeno y su capacidad para formar enlaces de hidrgeno es
muy reducida. A temperatura amb iente, el F2S es un gas, no un lqui-
do. En realidad, la temperatura deb e descender a -86C antes que el
f-yS se congele para formar un slido.
se pueden generar fuerzas adicionales de atraccin entre
molculas no polares. Incluso en el instante de mxima fuer-
za de atraccin, un solo enlace de van der Waals es muy
db il ( casi 1 kcal/mol) y muy sensib le a la distancia que
separa los dos tomos ( fig. 2-6, a) . Sin emb argo, como vere-
mos en los ltimos captulos, las molculas b iolgicas que
interactan, por ejemplo, un anticuerpo y una protena so-
b re la superficie de un virus, a menudo poseen formas com-
plementarias entre s. Como resultado, muchos tomos de
las molculas interactuantes tienen oportunidad de aproxi-
marse muy cerca ( fig. 2-6, b) , y por lo tanto las fuerzas de
van der Waals contituyen un factor importante en las in-
teracciones b iolgicas.
Las propiedades del agua apoyan la vida
La vida sob re la tierra depende totalmente del agua y el
agua puede ser indispensab le para la existencia de vida en
cualquier otro punto del universo. Aunque slo contiene
tres tomos, una molcula de agua tiene una estructura
F I G U R A 2-7. Formacin de enlaces de hidrgeno entre molculas
de agua vecinas. La longitud de un enlace qumico se relaciona con
su fuerza, o sea, la energa necesaria para romperlo. El enlace de hi-
drgeno entre un tomo de H y un tomo de O es ms largo que el
enlace covalente entre un tomo de H y un tomo de O deb ido a que
es un enlace mucho ms db il.
38 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
Agua
E n l ac e de
hid rge n o
FI GURA 2-8. Vista esquemtica de los tipos de enlace de hidr-
geno que pueden formarse entre una molcula de azcar y el agua en
la cual se disuelve. Se muestran las molculas de azcar udlizando un
modelo de espacio lleno, una manera comn de representar la estruc-
tura de una molcula.
estado gaseoso requiere romper los enlaces de hidrgeno
que mantienen unidas a las molculas de agua con sus ve-
cinas, y por esta razn se necesita tanta energa para convertir
agua en vapor. Los mamferos sacan provecho de esta pro-
piedad cuando sudan, puesto que el calor requerido para
evaporar el sudor se absorbe del cuerpo, que de esta mane-
ra se enfra.
El pequeo volumen de agua lquida presente en una
clula contiene una mezcla notablemente compleja de sus-
tancias disueltas, o solutos. En realidad, el agua tiene capa-
cidad para disolver numerosas sustancias, mayor que cual-
quier otro solvente. Pero el agua es mucho ms que un
simple solvente; es un factor determinante de la estructura
de las molculas biolgicas y de los tipos de interacciones
en las cuales pueden participar. El agua es el lquido matriz
alrededor del cual se construye la estructura insoluble de la
clula. Tambin es el medio a travs del cual los materiales
se transportan de un compartimiento a otro de la clula; es
reactante o producto en muchas reacciones celulares; prote-
ge a la clula de muchas maneras: del calor, del fro o de la
radiacin nociva excesivos.
El agua es un factor de tal importancia en la clula
debido a su capacidad para formar interacciones dbiles
con mltiples tipos diferentes de grupos qumicos. Recor-
demos, de la pgina 32, cmo las molculas de agua, con
sus enlaces OH fuertemente polarizados, forman una capa
alrededor de los iones y los separan entre s. De manera
similar, las molculas de agua forman enlaces de hidrgeno
con molculas orgnicas, como azcares y aminocidos, que
contienen grupos polares (fig. 2-8). Debido a su capacidad
para formar enlaces dbiles no covalentes con el agua, las
molculas polares tienden a separarse entre s incrementan-
do su solubilidad.
2-3 cidos, bases y amortiguadores
Los protones no slo se encuentran dentro de los ncleos
atmicos, sino que tambin se liberan al medio siempre que
un tomo de hidrgeno pierde un electrn. Consideremos
el cido actico, ingrediente caracterstico del vinagre, que
puede sufrir la siguiente reaccin descrita como disocia-
cin.
H .-Q:
H:CC:
H ':0:
H
Acido
actico
H
o
H
Ion
acetato
+ H+
Protn
(ion hidrgeno)
Una molcula capaz de liberar (donar) un ion hidrgeno se
denomina cido. El protn liberado por la molcula de ci-
do actico en la reaccin previa no permanece en estado
libre; se combina con otra molcula. Las posibles reacciones
en las cuales participa un protn incluyen:
Combinacin con una molcula de agua para formar
un ion hidronio (H.3O+).
H+ + H2O -> H3O+
Combinacin con un ion hidroxilo (OH~) para formar
una molcula de agua.
H20 H+ + OH
Combinacin con un grupo amino ( NHa) en una pro-
tena para formar una amina con carga neta
H+ NH2 NH3
Cualquier molcula capaz de aceptar un ion hidrgeno se
define como una base. Los cidos y las bases existen en
pares, o parejas. Cuando el cido pierde un protn (como
cuando el cido actico dona un ion hidrgeno), se forma
una base (en este caso, ion acetato), denominada la base con-
jugada del cido. De manera similar, cuando una base (como
un grupo NH2) acepta un protn, se forma un cido (en
este caso NH3+), el cual se denomina cido conjugado de
dicha base. As, el cido siempre contiene una carga positi-
va ms que su base conjugada. El agua es ejemplo de una
molcula anfotrica, o sea, aquella que puede servir como
cido o como base.*
H3O H+ + H2O ^OH- + H+
Acido Molcula Base
anfotrica
En la pgina 51 analizaremos otro importante grupo de
molculas anfotricas, los aminocidos.
Los cidos varan mucho respecto de la facilidad con la
cual la molcula cede un protn. Cuanto ms fcil se pierda
el protn, o sea, cuanto menor sea la fuerza de atraccin de
la base conjugada por su protn, ms fuerte es el cido. El
cloruro de hidrgeno es un cido muy fuerte que transfiere
con rapidez su protn a las molculas de agua cuando se
disuelve. La base conjugada de un cido fuerte, como el HC1,
es una base dbil (cuadro 2-2). Por lo contrario, el cido
actico es un cido relativamente dbil porque en su mayor
parte permanece sin disociarse cuando se disuelve en agua.
CAPITULO 2 * Bases qumicas de la vida 39
CUADRO 2-2. Fuerza de cidos y bases
cidos Bases
Muy dbil
Dbil
Fuerte
H2O
NIV
H2S
CH3COOH
H2C03
H30+
HCI
H2SO4
OH-
NH3
S2-
CH3CO-
HC03-
H2O
ci-
so42-
Fuerte
Dbil
Muy dbil
Se puede considerar el grado de disociacin de un cido
como la competencia por protones entre los componentes
de una solucin. El agua es un buen competidor, o sea, una
base ms fuerte en comparacin con el ion cloro, de modo
que el HCI se disocia por completo. Por lo contrario, el ion
acetato es una base ms fuerte que el agua y por lo tanto
permanece principalmente sin disociarse.
La acidez de una solucin se mide por la concentracin
de iones hidrgeno3 y se expresa en trminos de pH.
pH = -log [H+]
Por ejemplo, una solucin con pH de 5 tiene una concentra-
cin de iones hidrgeno de 10~5 M. Debido a que la escala
es logartmica, un incremento de una unidad de pH corres-
ponde a un incremento de 10 veces la concentracin de
OH~ (o una disminucin de 10 veces la concentracin de
H+). Por ejemplo, la concentracin de H+ en el cido del
estmago es casi un milln de veces mayor que la concen-
tracin de este ion en la sangre.
Cuando una molcula de agua se disocia en un ion
hidroxilo y un protn, H2 - H+ + OH~ (o con mayor
precisin, 2 H2 -> HsO+ + OH~), la constante de equili-
brio para la reaccin se puede expresar como:
= [H+] [OH-]
eq [H20]
Puesto que la concentracin de agua pura siempre es de
55.51 M, podemos generar una nueva constante, KW, o pro-
ducto inico constante para el agua.
igual a 10~14 a 25C. La concentracin de ambas especies en
el agua pura es de aproximadamente 10~7 M. El grado su-
mamente bajo de disociacin del agua indica que es un
cido muy dbil. En presencia de un cido, la concentracin
de iones hidrgeno se eleva y la concentracin de iones
hidroxilo desciende (como resultado de la combinacin con
3 En solucin acuosa los protones no existen en estado libre, sino
ms bien como iones hidronio (HsO"1"). En aras de la sencillez, nos
referimos a ellos simplemente como protones o iones hidrgeno.
protones para formar agua), de modo que el producto ini-
co permanece en lO^14,
La mayor parte de los procesos biolgicos son muy
sensibles al pH debido a que los cambios en la concentra-
cin de ion hidrgeno afectan el estado inico de las mol-
culas biolgicas. Por ejemplo, conforme aumenta la concen-
tracin de ion hidrgeno, los grupos NH2 del aminocido
histidina se protonan para formiar NH3+, que puede alte-
rar la forma y actividad de toda protena. Incluso cambios
ligeros en pH pueden impedir reacciones biolgicas. Los
organismos, y las clulas que los forman, estn protegidos
de variaciones de pH por amortiguadores, compuestos que
reaccionan con iones hidrgeno o hidroxilo libres, y por lo
tanto resisten los cambios de pH. Las soluciones amor-
tiguadoras de ordinario contienen un cido dbil junto con
su base conjugada. Por ejemplo, la sangre est amortiguada
por cido carbnico y iones carbonato que normalmente
mantienen el pH sanguneo en una cifra cercana a 7.4.
HCCy +H+ ^ H2CO3
Ion Ion Acido
bicarbonato hidrgeno carbnico
Si la concentracin de ion hidrgeno se eleva (como ocurre
durante el ejercicio), los iones bicarbonato se combinan con
el exceso de protones y los eliminan de la solucin. Inversa-
mente, el exceso de iones OH (que se generan durante la
hiperventilacin) es neutralizado por protones derivados
del cido carbnico. El pH del lquido intracelular est re-
gulado de manera similar por un sistema amortiguador de
fosfatos que consiste en H2PO4~ y HPO42~.
2-4 Naturaleza de las molculas
biolgicas
La masa de un organismo es agua. Si se evapora el agua, la
mayor parte del peso seco consta de molculas que contienen
tomos de carbono. Cuando se descubri esto se pens que
las molculas que contienen carbono slo estaban presentes
en los organismos vivos y por lo tanto se les denomin
molculas orgnicas, para distinguirlas de las molculas inor-
gnicas observadas en el mundo inanimado. Conforme los
qumicos aprendieron a sintetizar ms y ms molculas com-
puestas de carbono en el laboratorio, se perdi la mstica
relacionada con los compuestos orgnicos. Los compuestos
producidos por organismos vivientes se denominan bio-
qumicos.
La qumica de la vida se centra alrededor de la qumica
del tomo de carbono. La cualidad esencial del carbono que
le permite desempear este papel es el increble nmero de
molculas que puede formar. El tomo de carbono posee
cuatro electrones en su capa externa y por lo tanto puede
enlazarse a otros cuatro tomos (vase fig. 2-1). Adems,
cada tomo de carbono puede formar enlaces con otros to-
mos de carbono y de esta manera construir molculas con
esqueletos que contienen largas cadenas de tomos de car-
bn. Los esqueletos de carbono pueden ser lineales, ramifica-
dos o cclicos.
40 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
c c
/ \ c ccc
Lineal
C
Cclico Ramificado
El colesterol, cuya estructura se muestra en la figura 2-9,
ilustra varios arreglos de tomos de carbono.
Tanto el tamao como la estructura electrnica del car-
bono le confieren caractersticas particularmente adecua-
das para generar numerosas molculas, de las cuales se
conocen varios cientos de miles. En contraste, el slice, que se
encuentra justo por debajo del carbono en la tabla peridica
y que tambin posee cuatro electrones en su capa externa
(vase fig. 2-1), es demasiado grande para que la carga po-
sitiva de su ncleo atraiga electrones de la capa externa de
los tomos vecinos con fuerza suficiente para mantener
unida la estructura de molculas grandes.
Hidro c arburos
Podemos entender la naturaleza de las molculas biolgi-
cas iniciando el estudio con el grupo ms simple de molcu-
las orgnicas, los hidrocarburos, que slo contienen tomos
de carbono y de hidrgeno. La molcula de etano ^Hg) es
un hidrocarburo simple que consta de dos tomos de carbo-
no unidos entre s y adems tres tomos de hidrgeno.
H H
: H
H H
Colesterol
F I CTI RA 2-') El colesterol, cuya estructura ilustra cmo los tomos
de carbono (representados por esferas negras) pueden formar enlaces
covalentes hasta con otros cuatro tomos de carbono. Como resulta-
do, los tomos de carbono se pueden unir entre s para formar esque-
letos de un nmero prcticamente ilimitado de molculas orgnicas.
El esqueleto de carbono de una molcula de colesterol incluye cuatro
anillos, caracterstica de los esteroides (p. ej., estrgenos, testosterona,
cortisol). La molcula de colesterol se muestra aqu como un modelo
de esferas y palitos, otra manera de mostrar la estructura molecular.
Conforme se aaden ms tomos de carbono, el esque-
leto de las molculas orgnicas aumenta de longitud y su
estructura es cada vez ms compleja. Un hidrocarburo
con la frmula C4Hio puede existir con dos molculas dife-
rentes
H
H
H H H H H
-H
H
:H H-
H H H H
Butano
H H
Isobutano
H
Estas molculas tienen propiedades diferentes como resul-
tado de la manera de unirse los diferentes tomos entre s.
Dos molculas que tienen la misma frmula (p. ej., C4Hio)
pero estructuras diferentes se dice que son ismeros estructu-
rales entre s. Las molculas constituidas por un mayor n-
mero de tomos tienen un nmero cada vez mayor de
ismeros estructurales.
Grupos funcionales
Los hidrocarburos no se encuentran en cantidad significati-
va en la mayor parte de las clulas vivas (aunque constitu-
yen la masa de los combustibles fsiles formados a partir de
los restos de plantas y animales antiguos). Las molculas
orgnicas de importancia biolgica contienen cadenas de
tomos de carbono, como los hidrocarburos, pero en las
cuales ciertos tomos de hidrgeno son sustituidos por dife-
rentes grupos funcionales. Los grupos funcionales son
agrupamientos particulares de tomos que casi siempre se
comportan como una unidad y confieren a las molculas
orgnicas sus propiedades fsicas, reactividad qumica y so-
lubilidad en solucin acuosa. En el cuadro 2-3 se presenta
una lista de los grupos funcionales ms comunes. Dos de
las uniones ms frecuentes entre grupos funcionales son los
enlaces ster, los cuales se forman entre cidos carboxlicos
y alcoholes, y los enlaces amido, formados entre cidos
carboxlicos y aminas.
?
COH + HOC-
Acido Alcohol
: o c
Ester
La mayor parte de los grupos del cuadro 2-3 contiene
uno o ms tomos electronegativos (N, P, O o S) y est
constituido por molculas orgnicas ms polares, ms solu-
bles en agua y ms reactivas. Muchos de los grupos funcio-
nales pueden ionizarse y por lo tanto convertirse en part-
culas con carga negativa o positiva. Se puede demostrar
fcilmente el efecto de sustituir varios grupos funcionales.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 41
CUADRO 2-3. Grupos funcionales
Metilo Hidroxilo Carboxilo Amino Fosfato Carbomlo Sulfhidrilo
El hidrocarburo etano (CHaCHa) es un gas inflamable txi-
co. Si se sustituye uno de los hidrgenos con un grupo hi-
droxilo (OH), la molcula resultante (CH3CH2OH) se
convierte en algo agradable al paladar, o sea alcohol etlico.
Si se sustituye un grupo carboxlo (COOH) la molcula se
convierte en cido actico (CHsCOOH), mejor conocido
como vinagre. Si se sustituye un grupo sulfhidrilo {SH) se
obtiene CHsCHsSH, compuesto de olor ftido intenso, el
etilmercaptano, empleado por los bioqumicos en el estudio
de reacciones enzimticas.
Clasificacin de las molculas
biolgicas segn su funcin
Las molculas orgnicas comnmente observadas dentro
de las clulas vivas se pueden dividir en varias categoras,
segn su papel en el metabolismo.
1. Macromolculas. Las molculas que forman la
estructura y ejecutan las actividades de las clulas son
molculas grandes, altamente organizadas, llamadas ma-
cromolculas, que en todos los casos contienen docenas a
millones de tomos de carbono. Debido a su tamao y a las
intrincadas formas que las macromolculas pueden adop-
tar, algunas de estas gigantescas molculas pueden ejecutar
tareas complejas con gran precisin y eficiencia. La presen-
cia de macromolculas, ms que cualquier otra caractersti-
ca, confiere a los organismos las propiedades de la vida y
las singulariza qumicamente dentro del mundo inanimado.
Las macromolculas se pueden dividir en cuatro cate-
goras principales: protenas, cidos nucleicos, polisacridos
y lpidos. Los primeros tres tipos sonpolmeros compuestos
de gran nmero de elementos de bajo peso molecular o
monmeros. Estas macromolculas se construyen a partir de
monmeros mediante un proceso que recuerda.el acopla-
miento de vagones de ferrocarril (ftg. 2-10). La estructura
bsica y funcin de cada familia de macromolculas es muy
similar en todos los organismos, desde bacterias hasta el ser
humano. Hay que observar con atencin las secuencias es-
pecficas de los monmeros que constituyen las diferentes
macromolculas para apreciar la diversidad entre los orga-
nismos.
2. Elementos unitarios para construir macromolculas.
Dentro de una clula, la mayor parte de las macromolcu-
las tienen un periodo de vida breve en comparacin con la
propia clula; con excepcin del DNA celular, las macro-
molculas se rompen y sustituyen continuamente por nue-
vas macromolculas. En consecuencia, casi todas las clulas
contienen un almacn (o fondo comn) de precursores de
bajo peso molecular listos para incorporarse a las macro-
molcuas. Estos incluyen azcares, precursores de polisa-
cridos; aminocidos, precursores de protenas; nucleti-
dos, precursores de cidos nucleicos, y cidos grasos que se
incorporan a fpidos.
3. Intermediarios metablicos (metabolitos). Las mo-
lculas empleadas por una clula poseen una estructura
qumica compleja y deben sintetizarse paso a paso en se-
cuencias iniciadas con materias primas especficas. Cada
serie de reacciones qumicas dentro de la clula se denomina
va metablica. La clula convierte un compuesto A en un
compuesto B, luego en un compuesto C, y as sucesivamen-
te, hasta formar algn tipo de producto final que la propia
clula puede utilizar (por ejemplo un aminocido para cons-
truir una protena). Los compuestos formados a lo largo de
las vas metablicas pueden generar productos que no tie-
nen por s mismos una funcin y a los cuales se es deno-
mina intermediarios metablicos.
4. Molculas con diversas funciones. Evidentemente,
sta es una categora muy amplia de molculas, pero no tan
grande como se podra esperar; gran parte de la masa del
peso seco de una clula est formada de macromolculas y
sus precursores directos. Las molculas de funcin diversa
incluyen sustancias como vitaminas, cuya funcin primaria
es la de coadyuvantes de protenas; ciertas hormonas esfe-
roides o aminocidos; molculas que participan en el alma-
cenamiento de energa, como ATP o fosfato de creatina;
molculas reguladoras como el AMP cclico, y productos de
desperdicio metabco como la urea.
2-5 Cuatro familias de molculas
biolgicas
Las molculas descritas antes se pueden dividir en cuatro
clases o familias de molculas orgnicas: carbohidratos, l-
pidos, aminocidos y protenas, y nucletidos y cidos nu-
cleicos.
Carbohidratos
Los carbohidratos son un grupo de sustancias que incluyen
azcares simples (o monosacridos) y todas las molculas
ms grandes construidas con bloques de azcares. La prin-
cipal funcin de los carbohidratos es almacenar energa
42 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
Transportador Extremo del polmero en crecimiento
Monmero
Polmero con subunidad aadida
Transportador
reciclado
Transportador libre
Monmero
( a )
Hidrlisis
T
H- t - OH
( b )
H2O
FIGURA 2-10. Monmeros y polmeros, a) Los polisacridos, protenas y cidos nucleicos constan de monmeros (subunidades) unidos por
enlaces covalentes. Los monmeros libres no reaccionan entre s para convertirse en macromolculas. Ms bien, cada monmero primero debe
activarse fijndose a una molcula transportadora que luego transfiere el monmero al extremo de la macromolcula en crecimiento, b ) Una
macromolcula se puede descomponer mediante hidrlisis de los enlaces que juntan a los monmeros. Hidrlisis es la separacin de un enlace
por una molcula de agua. Todas estas reacciones son catalizadas por enzimas especficas.
qumica y como material de construccin durable para es-
tructuras biolgicas. Casi todos los azcares tienen la fr-
mula general (CH.2O)n. Los valores de n para los azcares
importantes en el metabolismo celular varan de 3 a 7. Los
azcares con tres carbonos se conocen como triosas; los de
cuatro carbonos como tetrosas; los de cinco carbonos como
pentosas; los de seis, hexosas, y los de siete, heptosas.
Estructura de los azcares simples
Cada molcula de azcar contiene un esqueleto de tomos
de carbono unidos en disposicin lineal mediante enlaces
sencillos. Cada tomo de carbono del esqueleto se une a un
solo grupo hidroxilo, excepto los que poseen un grupo
carb onilo (C=O). Si el grupo carbonilo se localiza en una po-
sicin interna (forma un grupo cetona), el azcar es una
cetosa, como la fructuosa mostrada en la figura 2-11, a. Si el
carbonilo se localiza en un extremo del azcar, forma un
grupo aldehido y la molcula se conoce como una aldosa,
segn se ejemplifica con la glucosa, que se muestra en la
figura 2-11, b - f . Aunque las frmulas de cadena recta mos-
tradas en la figura 2-11, a,b , son tiles para comparar las
estructuras de varios azcares, no reflejan el hecho de que
los azcares con cinco o mas tomos de carbono sufran una
autorreaccin (fig. 2-11, c) que las convierte en molculas
cerradas o con un anillo. Los azcares con anillos de ordina-
rio se representan como estructuras planas Aplanares) (g.
2-11, d) situadas perpendicularmente al plano del papel con
la lnea gruesa situada ms cerca del lector. Los grupos H y
OH se ubican en el plano del papel proyectndose hacia
arriba o hacia abajo del anillo del azcar. En realidad, el
anillo del azcar no es una estructura planar, sino que casi
siempre existe en una conformacin tridimensional que re-
cuerda una silla (fig. 2-11, e,j) .
Estereoisomerismo
Como se mencion antes, un tomo de carbono puede for-
mar uniones simples con otros cuatro tomos. La disposi-
cin de los grupos alrededor del tomo de carbono se pue-
de representar como en la figura 2-12, a, con el carbono
colocado en el centro de un tetraedro y los grupos enlazados
proyectndose en sus cuatro esquinas. La figura 2-12, b ,
muestra una molcula de gliceraldehido, la nica aldotriosa.
El segundo tomo de carbono del gliceraldehido se une a
cuatro grupos diferentes (H, OH, CHO y CH2OH).
Si los cuatro grupos enlazados a un tomo de carbono son
todos diferentes, como en el gliceraldehido, entonces exis-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 43
D-Fructuosa
H
I
H - C - OH
1
C = 0
f
HO - C - H
I
H - C - OH
I
H - C- OH
I
H - C- OH
!
H
D- Glucosa
H
I
c - o
I
H - C- OH
I
H O - C - H
I
H -C-O H
I
H - C- OH
I
H - C- OH
I
H
D- Gluc os a
( f or mac i n de un anillo)
CH2OH
H
OH H
HO
\n n /
A' i/
3C 2C
I I
OH
cr-D-glucosa
( pr o y ec c i n Haworth)
a- D- gluc os a
( c o n f o r m a c i n en si lla)
a- 0- glucosa
( s i lla c on modelo
de esf er as y pali t os)
H'
(a) (O (d) (f)
FIGURA 2-11. Estructuras de los azcares, a) La frmula de cadena recta de la fructosa, una cetohexosa [ceto indica el carbonilo (amarillo)
localizado internamente y hexosa debido a que contiene seis carbonos], b) Frmula de cadena recta de la glucosa, una aldohexosa (aldo porque
el carbonilo se localiza al final de la molcula), c) Autorreaccin en la cual la glucosa se convierte de cadena abierta en un anillo cerrado (anillo
de pranosa). d) La glucosa comnmente se muestra en forma de anillo plano (planar) con la lnea gruesa situada ms prxima al lector y los
grupos H y OH proyectndose hacia arriba o hacia abajo del anillo. Las bases de la designacin cr-D-glucosa se analizan en la siguiente seccin.
e) Conformacin de la glucosa en silla, que muestra su estructura tridimensional con mayor precisin que el anillo plano del inciso d.f) Modelo
de esferas y varillas de la glucosa en conformacin de silla, mostrando la posicin de los diferentes tomos de la molcula.
ten dos posibles configuraciones que no pueden superpo-
nerse. Estas dos molculas (llamadas estereoismeros o
enantimeros) tienen prcticamente la misma reactividad
qumica, pero estructuralmente son imgenes en espejo entre
s. Por convencin, la molcula se llama D-gliceraldehido si
el grupo hidroxilo del carbono 2 se proyecta a la derecha y
L-gliceraldehido si se proyecta a la izquierda (fig. 2-12, c).
Debido a que acta corno sitio de estereoisomerismo, el
carbono 2 se denomina tomo de carbono asimtrico.
Conforme el esqueleto de las molculas de azcar
aumenta de longitud, ocurre lo mismo con el nmero de
tomos de carbono asimtrico y, por consiguiente, con el
numero de ismeros. Las aldotetrosas tienen dos carbonos
asimtricos y por lo tanto pueden existir en cuatro con-
figuraciones diferentes (fig. 2-13). De manera similar, hay
ocho aldopentosas diferentes y 16 aldohexosas distintas. La
designacin de cada uno de estos azcares como D o L se
basa por convencin en la disposicin de los grupos unidos
al tomo de carbono asimtrico ms alejado del aldehido, al
cual se designa Cl. Si el grupo hidroxilo de este carbono se
proyecta a la derecha, la aldosa es un D-azcar; si se proyec-
ta a la izquierda es un L-azcar. Las enzimas presentes en
las clulas vivas pueden distinguir entre las formas D y L de
un azcar. En condiciones tpicas, slo uno de los estereo-
ismeros (como la D-glucosa y la L-fucosa) es utilizado por
las clulas.
En la figura 2-11, c, se muestra la autorreaccin me-
diante la cual una molcula de glucosa de cadena recta se
convierte en un anillo de seis miembros (piranosa). A dife-
rencia de su precursor de cadena abierta, el Cl del anillo
posee cuatro grupos diferentes y por lo tanto se convierte
en nuevo centro de asimetra dentro de la molcula del
azcar. Debido a este tomo extra de carbono asimtrico,
cada tipo de piranosa existe como estereoismero a y ( 3 (fig.
2-14). Por convencin, la molcula es una ce-piranosa cuan-
do el grupo OH del primer carbono se proyecta por debajo
del plano del anillo y una /3-piranosa cuando el grupo
hidroxilo se proyecta hacia arriba. La diferencia entre las
dos formas tiene consecuencias biolgicas importantes; por
ejemplo, explica la forma compacta de las molculas de
glucgeno y almidn, y la conformacin extendida de la
celulosa (que analizaremos ms adelante).
Unin de azcares entre s
Los azcares se unen entre s mediante enlaces glucosdicos
covalentes para formar molculas ms grandes. Estos enla-
ces se forman por una reaccin entre el tomo de carbono
Cl de un azcar y el grupo hidroxilo de otro azcar, gene-
rando un enlace COC entre los dos azcares (como
en la figura 2-15). Las molculas compuestas slo de dos
unidades de azcar, como las mostradas en la figura 2-15,
son disacridos. Los disacridos sirven principalmente como
almacn de energa rpidamente'disponible. La sucrosa, o
azcar de mesa, es uno de los principales componentes de
la savia de las plantas y lleva energa qumica de una parte
de la planta a otra. La lactosa, presente en la leche de la
mayor parte de los mamferos, suministra a los mamferos
recin nacidos el combustible para su crecimiento y de-
sarrollo inicial. La lactosa de la dieta se hidroliza mediante
una enzima lactasa, presente en la membrana plasmtica
de las clulas que revisten el intestino. Muchas personas
pierden esta enzima despus de la infancia y se dan cuenta
que la ingestin de productos lcteos, que contienen lacto-
sa, les causa malestar digestivo.
Los azcares tambin se pueden unir para formar ca-
denas ms pequeas llamadas oligosacridos (aligo = esca-
44 CAPITULO 2 Bases qumicas de a vida
( a)
D-gliceraldehdo L-gliceraldehido
FIGURA 2-12. Estereoisomerismo del gliceraldehido. a) Los cua-
tro grupos unidos al tomo de carbono (marcados a, b, c, y d) ocupan
las cuatro aristas de un tetraedro que tiene un tomo de carbono en
su centro, b) El gliceraldehido es la nica aldosa de tres carbonos: su
segundo tomo de carbono se enlaza a cuatro grupos diferentes (H,
OH, CHO y CH2OH). Como resultado, el gliceraldehido puede
existir en dos configuraciones posibles que no se pueden superponer
entre s, ms bien son imgenes en espejo, como se indica en la figura.
Estos dos estereoismeros (o enantimeros) se pueden distinguir por
la configuracin de los cuatro grupos que rodean al tomo de carbono
asimtrico (o quiral) . Las soluciones de estos dos ismeros giran el
plano de luz polarizada en direcciones opuestas y por lo tanto se dice
que son "pticamente activos", c) Frmulas de cadena recta del
gliceraldehido. Por convencin, se muestra el D-ismero con el tomo
OH a la derecha.
so). Casi siempre estas cadenas se unen mediante enlaces
covalentes a Hipidos y protenas convirtindolos en gluco-
lpidos y glucoprotenas, respectivamente. Los oligosacri-
dos son de particular importancia como glucolpidos y glu-
coprotenas de la membrana plasmtica donde se proyectan
por encima de la superficie celular (vase fig. 4-15). Puesto
que los oligosacridos se componen de muchas unidades
de azcar en combinaciones diferentes, estos carbohidratos
pueden desempear un papel informativo, o sea, pueden
servir para distinguir un tipo de clula de otro y ayudar a
mediar interacciones especficas de una clula con sus veci-
nos (seccin 7-1).
CHO
HCOH
I
HCOH
I
CH?OH
D-eritrosa
CHO
HOCH
I
HCOH
1
CH2OH
D-treosa
CHO
!
HCOH
I
HOCH
1
CH2OH
L-eritrosa
CHO
HOCH
!
HOCH
I
CH2OH
L-treosa
FIGURA 2-13. Aldotetrosas. Las aldotetrosas pueden existir en
cuatro configuraciones debido a que poseen dos tomos de carbono
asimtricos.
Polisacridos
A mediados del siglo X IX se descubri que la sangre de las
personas que sufran diabetes tena sabor dulce debido a
una elevada concentracin de glucosa, el azcar clave del
metabolismo energtico. Claude Bernard, prominente fisi-
logo francs de esa poca, estudi la causa de la diabetes
investigando la fuente del azcar sanguneo. En aquella
poca se asuma que todo azcar presente en la sangre de
un ser humano o de un animal deba haberse consumido
previamente en la dieta. Trabajando con perros, Bernard
encontr que aun si los animales consuman una dieta total-
mente carente de carbohidratos, su sangre todava contena
una cantidad normal de glucosa. Claramente, la glucosa
poda formarse en el cuerpo a partir de otros tipos de com-
puestos.
Despus de nuevas investigaciones, Bernard encontr
que la glucosa penetra a la sangre procedente del hgado.
Observ que el tejido heptico contiene un polmero insolu-
b!e de la glucosa al que llam glucgeno. Bernard concluy
que varios materiales nutrientes (como las protenas) llega-
ban al hgado donde qumicamente eran convertidas en
glucosa y se almacenaban como glucgeno. A continua-
cin, conforme el cuerpo necesitaba azcar como combusti-
ble, el glucgeno del hgado se transformaba en glucosa y
se liberaba al torrente sanguneo para satisfacer las necesi-
dades de glucosa de los tejidos con deplecin. En la hiptesis
de Bernard, el equilibrio entre la formacin y la descom-
posicin de glucgeno en el hgado era el principal factor
determinante para mantener la concentracin relativamente
constante (homeosttica) de glucosa en la sangre.
La hiptesis de Bernard era correcta. La molcula a la
cual llam glucgeno es un tipo de polisacrido: un polmero
de unidades de azcar juntas mediante enlaces glucosdicos.
Glucgeno y almidn: polisacridos nurricionales. El
glucgeno es un polmero que slo contiene un tipo de
monmero: la glucosa (fig. 2-16, a) . Casi todas las unidades
de azcar de una molcula de glucgeno estn unidas entre
s mediante enlaces glucosdicos a( 1>4) (enlace tipo 2 en la
figura 2-16, a) . Ms o menos cada 10 unidades de azcar
hay puntos de ramificacin; cada punto de ramificacin
contiene un azcar unido a tres unidades vecinas en vez de
dos, como en los segmentos no ramificados del polmero.
El vecino extra, que forma la rama, est unido mediante
un enlace glucosdico a(l->6) (enlace tipo 1 en la figura
2-16, o).
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 45
FIGURA 2-14. Formacin de una piranosa
a y una/i. Cuando una molcula de glucosa
sufre una autorreaccin para formar un anillo
de piranosa (o sea un anillo de seis miem-
bros), se generan dos estereoismeros. Los
dos ismeros estn en equilibrio a travs de la
forma de cadena abierta de la molcula. Por
convencin, la molcula es una piranosa a
cuando el grupo OH del primer carbono se
proyecta por debajo del plano del anillo y una
piranosa / cuando el grupo hidroxilo se pro-
yecta hacia arriba.
CH2OH
0. OH
CHOH
CH2OH
0. H
H OH
/f-D-glucopiranosa
a-D-glucopiranosa
En la mayor parte de los animales, el glucgeno sirve
como almacn del exceso de energa qumica; por ejemplo,
el msculo esqueltico del ser humano por lo general contie-
ne suficiente glucgeno para sostener una actividad modera-
da durante casi 30 minutos. En condiciones tpicas y depen-
diendo de varios factores, el peso molecular del glucgeno
vara de uno a cuatro millones de daltons. El glucgeno se
almacena en las clulas en forma muy concentrada; se ob-
serva como granulos irregulares teidos de color oscuro en
las micrografas electrnicas (fig. 2-16, a, lado derecho).
La mayor parte de las plantas almacenan su excedente
de energa qumica en forma de almidn, un polmero de la
Sucrosa
CH2OH
Lactosa
CH2OH
OH H
CH2OH
H OH H OH
( b )
FIGURA 2-15. Disacridos. Sucrosa y lactosa son dos de los di-
sacridos ms comunes. La sucrosa se compone de glucosa y fructosa
juntas por una unin a(l2), en tanto que la lactosa se compone de
glucosa y galactosa juntas porua unin /(l->4). Estos disacridos no
se forman en la clula por reaccin simple, sino que requieren la trans-
ferencia de uno de los azcares a partir de un transportador (espec-
ficamente un azcar nucletido, como la UDP-glucosa o la UDP-ga-
lactosa).
glucosa igual que el glucgeno. Las patatas y los cereales,
por ejemplo, contienen principalmente almidn. En reali-
dad, el almidn es una mezcla de dos polmeros diferentes,
amilosa y amilopectina. La anulosa es una molcula helicoi-
dal no ramificada cuyos azcares estn unidos por enlaces
a(l-4) (fig. 2-16, b ) , en tanto que la amilopectina es rami-
ficada. La amilopectina difiere del glucgeno por ser mu-
cho menos ramificada y con peso molecular total tambin
mucho ms bajo (unos 500 000 daltons). El almidn se al-
macena en forma de granos incluidos en la membrana que
rodea los organelos ( plsmdos) dentro de la clula vegetal
(fig. 2-16, b , lado derecho). Aunque los animales no sinteti-
zan almidn, poseen una enzima ( amilasa) que hidroliza
rpidamente las molculas de almidn.
Celulosa, quitina y glucosaminglicanes: polisacridos
estructurales. Algunos polisacridos constituyen almace-
nes de energa fcilmente digerible, en tanto que otros for-
man materiales estructurales resistentes y durables. El algo-
dn y el lino, por ejemplo, constan sobre todo de celulosa,
un polisacrido estructural que constituye el principal com-
ponente de la pared de las clulas vegetales. Las telas de
algodn deben su durabilidad a molculas de celulosa no
ramificadas y largas que se ordenan en agregados lado con
lado para formar cordones moleculares (lado derecho de la
figura 2-16, c) , idealmente construidos para resistir fuerzas
de tensin (tnsiles). Igual que el glucgeno y el almidn, la
celulosa slo contiene monmeros de glucosa; sus pro-
piedades difieren de manera espectacular de las de otros
polisacridos debido a que las unidades de glucosa estn
unidas por enlaces /3(l-4) (enlace 3 en la figura 2-16, c) en
vez de enlaces a(l-4). Irnicamente, los animales multice-
lulares (con raras excepciones) carecen de la enzima necesa-
ria para descomponer la celulosa, que es el material orgni-
co ms abundante sobre la tierra y rico en energa qumica,
Los animales que "pueden vivir" digiriendo celulosa, como
las termitas y las ovejas, pueden hacerlo porque albergan
bacterias y protozoarios (fig. 2-17) que sintetizan la enzima
necesaria, celulosa.
No todos los polisacridos biolgicos contienen mon-
meros de glucosa. La quitina es un polmero no ramificado
del azcar Af-acetilglucosamina, similar en estructura a la
glucosa, pero que tiene un grupo acetilamina en vez de un
grupo hidroxilo enlazado al segundo tomo del anillo.
46 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
(a)
Glucgeno
(b)
Almidn
Celulosa
FIGURA 2-16. Tres polisacridos con idnticos monomeros de azcar, pero con propiedades espectacularmente diferentes. Glucgeno (a),
almidn (b) y celulosa (c), cada uno compuesto totalmente de subunidades de glucosa, pero sus propiedades fsicas y qumicas son muy diferentes
debido a las distintas formas en que los monomeros se unen (los nmeros dentro de los crculos indican tres tipos diferentes de uniones). Las
molculas de glucgeno son las ms ampliamente ramificadas, las molculas de almidn adoptan disposicin helicoidal y las de celulosa no
estn ramificadas, pero s muy extendidas. El glucgeno y el almidn son almacenes de energa, en tanto que las molculas de celulosa se unen
formando haces apretados de fibras adecuados para su papel estructural. Las micrografas electrnicas muestran granulos de glucgeno en una
clula heptica, granos de almidn (amiloplastos) en una semilla vegetal y fibras de celulosa en la pared de una clula vegetal. (Fotografas de
los recuadros: arriba, Don Faivcett/Visuals Unlimited; centro, Jeremy Burgess/Photo Researchers; abajo, Cabisco/Visuals Unlimied.)
CH2OH
HNCOCH,
A/-Acetlglucosamna
La quitina es un material estructural ampliamente distri-
buido entre los invertebrados, particularmente en la cubier-
ta externa de insectos, araas y crustceos. Es correosa, re-
sistente pero flexible, no muy diferente a ciertos plsticos.
Los insectos deben gran parte de su xito a este polisacrido
altamente adaptable que los cubre (fig. 2-18).
Otro grupo de polisacridos con una estructura ms
compleja son los glucosaminglicanes (o GAG). A diferen-
cia de otros polisacridos, poseen la estructura AB
AB, donde A y B representan dos azcares diferentes.
Estos polisacridos se encuentran principalmente en los es-
pacios que rodean la clula, y su estructura y funcin sern
consideradas con mayor detalle en la seccin 7-1, donde se
analiza el tema del espacio extracelular.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 47
FIGURA 2-17. Frotista flagelado aislado del intestino de una ter-
mita. Estos microorganismos poseen la celulasa Requerida para dige-
rir las partculas de madera ingeridas por el insecto. (Tomado de Ee
Grave/Phototake.)
Lpidos
Los lpidos son un grupo de diversas molculas biolgicas
no polares cuya nica propiedad comn es su capacidad
para disolverse en solventes orgnicos, como cloroformo y
benzeno, y su incapacidad para disolverse en agua, propie-
Fracci n
glicerol
Fragmento
de ci do graso
O H H H H H H H H H H H H H H H H H
I I i I i t I I < I I I I I I I I I I
HO-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-H
I l I I l I I I I I I I I ! I I I
H H H H H H H H H H H H H H H H H
Triestearato
(c )
Acei t e de linaza
FIGURA 2-18. La quitina es el componente primario del reluciente
esqueleto externo de este saltamontes. (Segn Robert y Linda Mitchell.)
(d)
FIGURA 2-19. Grasas y cidos grasos, a) Estructura bsica de un
triacilglicerol (tambin llamado triglcrido o grasa neutra). El radical
glicerol indicado en color naranja est unido mediante tres enlaces
ster al grupo carboxilo de tres cidos grasos cuyos extremos se in-
dican en verde, b) Acido esterico, un cido graso saturado de 18
carbonos comn en grasas de animales, c) Modelo de espacios llenos
del triestearato, un triacilglicerol que contiene tres cadenas idnticas
de cido esterico, d) Modelo de espacio lleno del aceite de linaza, un
triacilglicerol que contiene dos cidos grasos insaturados diferentes
derivados de las semillas del lino. Los sitios de insaturacin, que
producen enrollamientos en la molcula, se indica por barras de color
amarillo-naranja.
48 CAPITULO 2 - Bases qumicas de la vida
dad que explica muchas de sus variadas funciones biolgi-
cas. Los lpidos importantes en la funcin celular incluyen
grasas, esferoides y fosfolpidos. Aunque ninguna de estas
molculas lpidas es lo bastante grande para llamarse
rnacromolcula, con frecuencia se agregan (como en las go-
tas de grasa o en las membranas) para formar complejos
suficientemente grandes que pueden verse con el microsco-
pio de luz.
Grasas
Las grasas constan de una molcula de glicerol unida me-
diante un enlace ster a tres cidos grasos; la molcula as
formada se denomina triacilgHcerol (fig. 2-19, a). Iniciare-
mos considerando la estructura de los cidos grasos. Los
cidos grasos son hidrocarburos de cadena larga no ramifica-
da con un solo grupo carboxilo en un extremo (fig. 2-19, b).
Puesto que los dos extremos de la molcula de un cido
graso tienen estructura muy diferente, tambin tienen pro-
piedades diferentes, La cadena del hidrocarburo es hi-
drofbica, en tanto que el grupo carboxilo (COOH) que
posee una carga negativa a pH fisiolgico es hidroflica. Las
molculas que tienen regiones hidrofbicas e hidroflicas se
denominan anfipticas; estas molculas tienen propieda-
des biolgicas importantes poco comunes. Las propiedades
de los cidos grasos se pueden apreciar considerando el
empleo de un producto familiar, el jabn, que contiene ci-
dos grasos. Antiguamente, los jabones se elaboraban calen-
tando grasa de animales en un lcali fuerte (NaOH o KOH)
para romper los enlaces entre los cidos grasos y el glicerol.
En la actualidad, la mayor parte de los jabones se elaboran
por sntesis. Los jabones deben su gran capacidad para di-
solver grasas al hecho de que el extremo hidrofbico de
cada cido graso puede integrarse a la grasa, en tanto que el
extremo hidroflico puede interactuar con el agua que lo
rodea. Como resultado, los materiales grasos se convierten
en complejos (micelas) dispersables por el agua (fig. 2-20).
Los cidos grasos difieren entre s en la longitud de su
cadena hidrocarbonada y la presencia o ausencia de dobles
enlaces. En condiciones tpicas, los cidos grasos presentes
en las clulas tienen una longitud que vara de 14 a 20 car-
bonos. Los cidos grasos que carecen de dobles enlaces,
como el cido esterico (fig. 2-19, b) se describe como satu-
rados; los que poseen dobles enlaces son no saturados. Que
las unidades para construir el cido graso sean saturadas o
no saturadas y el grado de insaturacin (nmero de dobles
enlaces) tienen consecuencias importantes. Los dobles enla-
ces (de configuracin cis)
Agua
H H C H
\C como opuesto a CC
C C H C
ris trans
producen enrollamientos en una cadena de cidos grasos.
Por consiguiente, cuanto ms dobles enlaces posea la cade-
na de cidos grasos, ms difcil ser empacar estas largas
cadenas. Esto disminuye la temperatura de fusin de un
cido graso que contiene lpidos. El triestearato, cuyos ci-
dos grasos carecen de dobles enlaces (fig. 2-19, c), es un
FIGURA 2-20. Los jabones constan de cidos grasos. En este di-
bujo esquematizado de una micela de jabn, los extremos no polares
de los cidos grasos se dirigen hacia adentro, donde interactan con
la materia grasa que deben disolver. Las cabezas con carga negativa
se localizan en la superficie de la micela donde interactan con el agua
que las rodea. Las membranas de protenas, que tambin tienden a ser
insoluoles en agua, se pueden solubilizar en esta forma mediante la
extraccin de membranas con detergentes.
componente comn de las grasas animales y se conserva en
estado slido a temperaturas muy por arriba de la ambien-
tal. Por lo contrario, la abundancia de dobles enlaces en las
grasas vegetales explica su estado lquido, tanto dentro de
las clulas vegetales como en los armarios de las tiendas, as
como el principio de la etiqueta de "poliinsaturadas". Las
grasas lquidas a temperatura ambiente se denominan acei-
tes. La figura 2-19, d, muestra la estructura del aceite de
linaza, un lpido muy voltil extrado de las semillas de lino
que se conserva en estado lquido a temperatura mucho
ms baja que el triestearato. Grasas slidas, como la marga-
rina, estn formadas por aceites vegetales insaturados me-
diante la reduccin qumica de los dobles enlaces por to-
mos de hidrgeno (proceso denominado hidrogenacin).
Una molcula de grasa puede contener tres cidos grasos
idnticos (como en la figura 2-19, c), o puede ser una grasa
mixta que contiene ms de una especie de cido graso (como
en la figura 2-19, d). La mayor parte de las grasas naturales,
como el aceite de oliva o la mantequilla, son mezclas de
molculas que poseen diferentes especies de cidos grasos.
Las grasas son muy ricas en energa qumica; un gramo
de grasa contiene el doble de la energa de un gramo de
carbohidrato (por razones que se analizan en la seccin 3-1).
Los carbohidratos funcionan principalmente como fuente
de energa rpidamente disponible a corto plazo, en tanto
que las reservas de grasa almacenan energa a largo plazo.
Se estima que una persona de estatura promedio contiene
cerca de 0.5 de kilogramo (kg) de carbohidratos, principal-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 49
mente en forma de glucgeno. Esta cantidad de carbohidra-
tos suministra unas 2 000 kcal de energa total. En el curso
de un da de ejercicio extenuante una persona puede agotar
casi toda la reserva de carbohidratos de su cuerpo. Por lo
contrario, la persona promedio contiene cerca de 16 kg de
grasa (equivalente a 144 000 kcal de energa), y como todos
sabemos, puede tomar mucho tiempo agotar nuestra reser-
va de este material.
Puesto que las grasas carecen de grupos polares, son
sumamente insolubles en agua y se almacenan en las clu-
las en forma de gotas de lpidos secos. Como las gotas de
lpidos no contienen agua como los granulos de glucosa,
representan un almacn de combustible muy concentrado.
En muchos animales, las grasas se almacenan en clulas
especiales (adipocitos) cuyo citoplasma se llena con una sola
gota de grasa. Los adipocitos muestran una notable capaci-
dad para cambiar de volumen y adaptarse a cantidades
variables de grasa.
Esteroides
Los esteroides se construyen alrededor de un esqueleto ca-
racterstico de cuatro anillos de hidrocarburo. Unos de los
esteroides ms importantes es el colesterol, componente de
las membranas celulares de animales y precursor para las
sntesis de numerosas hormonas esteroides, como testoste-
rona, progesterona y estrgenos (fig. 2-21). El colesterol est
ausente principalmente en clulas vegetales, y por esta ra-
zn los aceites vegetales se consideran "libres de coleste-
rol", pero las membranas celulares de las plantas a veces
Col est er ol
Test ost er ona
Est r geno
FI GURA 2-21. Estructura de los esteroides. Todos los esteroides
comparten el mismo esqueleto bsico de cuatro anillos. Diferencias
aparentemente mnimas de estructura qumica entre colesterol,
testosterona y estrgenos generan profundas diferencias biolgicas.
contienen grandes cantidades de compuestos relacionados
con colesterol.
Fosfolpidos
En la figura 2-22 se muestra la estructura de un fosfolpido
comn. La molcula recuerda una grasa (triacilglicerol) pero
slo tiene dos cadenas de cidos grasos en vez de tres; es un
diacglicerol. El tercer grupo hidroxilo del esqueleto del gli-
cerol est unido mediante un enlace covalente a un grupo
fosfato (en vez de un tercer cido graso), que a su vez man-
tiene un enlace covalente con un pequeo grupo polar como
la colina, segn se muestra en la figura 2-22. As, las mol-
culas de grasa, a diferencia de los fosfolpidos, contienen
dos extremos con propiedades muy diferentes: un extremo
que contiene el grupo fosfato y tiene carcter claramente
hidroflico, en tanto que el otro extremo compuesto de dos
colas de cido graso tiene carcter distintivamente hidro-
fbico. Puesto que la nica y principal funcin celular de
los fosfolpidos se deriva de su presencia en la membrana
celular, y dado que las propiedades de las membranas celula-
res dependen de sus elementos fosfolpidos, estudiaremos
la estructura de otros fosfolpidos y sus funciones en rela-
cin con las membranas celulares en la seccin 4-2.
Protenas
Las protenas son las macromolculas que ejecutan prcti-
camente todas las actividades de la clula; son las molcu-
las encargadas de que las cosas ocurran. Se estima que una
clula tpica de un mamfero puede tener hasta 10 000 pro-
tenas diferentes en diversas disposiciones y funciones. Como
enzimas, las protenas aceleran grandemente la velocidad
de las reacciones metablicas; como fibras estructurales, las
protenas suministran apoyo mecnico dentro de las clulas
y en su permetro exterior (fig. 2-23, a); como hormonas,
factores de crecimiento y activadores de gen, las protenas
Fosfato
Col i na
o H C - O - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - C - H
H H H H H H H . H H H H H H H H H H
? H H H ' H H H ' H H H H H H H H H H H
H 2 c - o- c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - c - H
H H H H H H H H . H H H H H H H H H
Grupo de la
cabeza pol ar
Esqueleto
del gl i cerol
Cadenas de
ci dos grasos
FIGURA 2-22. Fosfatidilcolina, un fosfolpido comn. La molcu-
la consta de un esqueleto de glicerol cuyos grupos hidroxilo se enla-
zan en forma covalente a dos cidos grasos y un grupo fosfato. El
grupo fosfato posee carga negativa y tambin se enlaza a un grupo
colina pequeo con carga positiva. El extremo de la molcula que
contiene la fosforilcolina es muy hidrosoluble, en tanto que el extremo
opuesto, que consta de un cido graso, es insoluble en agua. La es-
tructura y funcin de la fosfatidilcolina y de otros fosfolpidos se
analiza en deltalle en la seccin 4-2.
50 CAPITULO 2 Bases qumicas de a vida
( a) ( b)
FIGURA 2-23. Dos ejemplos de los miles de estructuras biolgicas compuestas de manera predominante por protenas. Estas incluyen:
a) plumas, empleadas para aislamiento trmico, para volar y para reconocer el sexo de la aves, y b) el cristalino del ojo, como el de esta araa,
que le sirve para enfocar los rayos de luz. ( a: Tomado de Frans Lanting/Allstcck, Inc/Tony Stone Images. New York; b: Mantis Wildlife Films/Oxford
Sdeniific FUms/Animals Animis.)
ejecutan una gran variedad de funciones reguladoras; como
receptores y transportadores en la membrana, las protenas
determinan cules clulas reaccionan y qu tipos de sustan-
cias penetran o salen de la clula; como elementos contrc-
tiles, las protenas constituyen el mecanismo biolgico del
movimiento. Entre sus muchas y diversas funciones, las
protenas actan como anticuerpos, sirven como toxinas,
forman cogulos sanguneos, absorben o refractan la luz
( fig, 2-23, b) y transportan sustancias de una parte del cuer-
po a otra.
Cmo puede un tipo de molcula tener tan variadas
funciones? La explicacin reside en las formas prcticamen-
te ilimitadas que pueden adoptar las protenas como grupo.
En otras palabras, las protenas son capaces de una varie-
dad tan amplia de actividades debido a la gran diversidad
de estructuras que pueden formar. Sin embargo, dentro de
este grupo cada protena tiene una estructura nica alta-
mente ordenada que le permite efectuar una funcin parti-
cular. Lo ms importante es que las protenas tienen formas
que les permiten interactuar de manera selectiva con otras
molculas. En otras palabras, las protenas muestran un alto
grado de especificidad, propiedad que les ayuda a mante-
ner el orden y la complejidad caractersticos de la vida.
Unidades estructurales de las protenas
Las protenas son polmeros formados por monmeros
aminocidos. Cada protena tiene una secuencia nica
de aminocidos que confiere a la molcula sus propiedades
nicas. Gran parte de las propiedades de una protena se
pueden entender examinando las propiedades qumicas de
los aminocidos que las constituyen. En las protenas se
encuentran comnmente 20 aminocidos diferentes, sean
protenas de un virus o de un ser humano. Hay dos aspectos
de la estructura de los aminocidos que deben considerarse:
las que son comunes a todos ellos y las que son nicas para
cada uno. Empezaremos con las propiedades compartidas.
Estructura de los aminocidos. Todos los aminocidos
poseen un grupo amino y un grupo carboxilo separados
entre s por un solo tomo de carbono, el carbono a { fig.
2-24, a,b) . En la pgina 43 vimos que el tomo de carbono de
las molculas de azcar se enlaza a cuatro grupos diferen-
tes en dos configuraciones (estereoismeros) que no pue-
den superponerse entre s. Lo mismo es cierto para los ami-
nocidos. Con excepcin de la glicina, el carbono a de los
aminocidos se enlaza a cuatro grupos diferentes, de modo
que cada aminocido existe en una forma D y una L ( fig.
2-25). Los aminocidos aislados de las protenas, cualquiera
que sea su origen, son aminocidos L. Por qu no se en-
cuentran aminocidos D de las protenas? Esta es una pre-
gunta interesante y debatida desde hace mucho tiempo.
Durante el proceso de sntesis de protenas, cada ami-
nocido se une a otros dos aminocidos formando un
polmero largo, continuo, no ramificado, denominado ca-
dena de polipptidos. Los aminocidos que componen una
cadena de polipptidos se juntan por enlaces peptdicos
como resultado de la unin del grupo carboxilo de un ami-
nocido con el grupo amino de su vecino, eliminando una
molcula de agua ( fig. 2-24, c). Una cadena de polipptidos
compuesta de una cadena de aminocidos unidos por enla-
ces peptdicos tiene el siguiente esqueleto:
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 51
(a)
C a d e n a l a t e r a l
R ' ^
Gr u p o a min o Gr upo ca r boxil o
o-A!a n in a L-Al a n in a
( b )
FIGURA 2-25. Estereoisomerismo de aminocidos. Puesto que el
carbono a de todos los aminocidos, excepto la glicina, se encuentra
unido a cuatro grupos diferentes, puede haber dos estereoismeros.
Se muestran las formas D y L de la alanina.
R R
H NC C OH HNC C OH
I I I + I I I
H H O H H O
- C '
II
O
E n l a ce pe pt d ico
(c)
FIGURA 2-24. Estructura de los aminocidos. Modelo de esferas
y palitos ( a) y frmula qumica ( b ) de un aminocido generalizado en
el cual R puede ser cualquiera de un gran nmero de grupos qumicos
(vase figura 2-26). En solucin neutra, el grupo a carboxilo pierde su
protn y existe cargado negativamente (COO~), y el grupo a amino
acepta un protn y existe cargado positivamente (NH3+). c) La con-
densacin de dos aminocidos produce un enlace peptdico dibuj ado
aqu en su estado sin carga. En la clula, esta reaccin ocurre sobre un
ribosoma conforme se transfiere un aminocido del transportador
(una molcula RNAt) sobre el extremo de una cadena de polipptidos
en crecimiento.
E n l a ce pe pt d ico
Una vez incorporados a una cadena de polipptidos los
aminocidos se llaman residuos. El residuo del extremo de
la cadena, el N-terminal, contiene un aminocido con un
grupo a-amino libre (no enlazado), en tanto que el residuo
del extremo opuesto, el C-terminal, tiene un grupo a-car-
boxilo libre.
Propiedades de los grupos R. El esqueleto de una ca-
dena de polipptidos est compuesto por la parte comn de
cada aminocido entre ellos. l resto de cada aminocido,
el grupo R o cadena lateral (vase fig. 2-26), es muy varia-
ble entre los 20 bloques de construccin y esta variabilidad
confiere a las protenas su versatilidad. Si se consideran
todos los aminocidos en conjunto, hay una gran variedad
de reacciones orgnicas en las cuales pueden participar y
formar una variedad mucho mayor de tipos de enlace. Las
variadas caractersticas de los grupos R de los aminocidos
son importantes en las interacciones intramoleculares que
determinan la estructura de la molcula y en las interaccio-
nes mfermoleculares que determinan las actividades que
puede efectuar la protena.
Los aminocidos se clasifican convenientemente segn
las caractersticas polar y no polar de sus grupos R. Por lo
regular pertenecen a cuatro categoras: polar con carga, po-
lar sin carga, no polar y aquellos con propiedades nicas
(fig. 2-26).
1. Polar con carga. Los aminocidos de este grupo in-
cluyen cido asprtico, cido glutmico, usina y arginina.
Estos cuatro aminocidos contienen grupos R capaces de
contener carga neta; o sea, los grupos R contienen cidos y
bases orgnicos relativamente fuertes. Las reacciones de
ionizacin del cido glutmico y de la Usina se muestran en
la figura 2-27. A pH fisiolgico, os grupos R de estos ami-
nocidos casi siempre presentan carga neta. Por consiguien-
te, son capaces de formar enlaces inicos con otras especies
cargadas dentro de las clulas. Por ejemplo, los residuos de
arginina con carga positiva de las protenas histona se unen
mediante enlaces inicos con los grupos fosfato cargados
negativamente de DNA (vase fig. 2-3). La histidina tam-
bin se considera un aminocido polar cargado, aunque en
la mayor parte de los casos slo presenta carga parcial a pH
fisiolgico. En realidad, debido a su capacidad para ganar o
perder un protn en el intervalo de pH fisiolgico, la histi-
dina es un residuo particularmente importante en la regin
activa de muchas protenas.
52 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
Polar con carga neta
H
H2-NH2
C-NH
Aci do asprt i co
(Asp o D )
Acido glutmico
(Glu o E )
Usina
(L is o K )
Arginina
( Arg o R )
Propiedades del grupo R :
L os grupos hidroflicos R actan como cidos o bases con tendencia a mostrar cai ga completa ( + o
en condiciones f i si ol gi cas. L os grupos R forman enl aces inicos y con f r ecuenci a participan en
reacciones qumicas.
Polar sin carga neta
OH
CH,
-( -OH H-(f
Histidina
( H i s o H )
Serina
( S e r o S )
Treonina
( T r o T )
Glutamina
(G!n o Q)
Aspar ag na
(Asn o N)
Propiedades del grupo R :
L os grupos hidroflicos R tienden a mostrar car ga parcial + o - que les permite participar en r eacci ones
qumicas, forman enlaces H y se asoci an al agua
Tirosina
(Tir o Y)

No polar
H
H2N-C-C-OH
Al ant na
( Al a o A)
XCH3
H2N-C~C-OH
a ma
( Va l o V)
L eucma
(Leu o L)
Isoieucina
le o )
Metionina
(Me o M)
Feni fal ani na
(Fen o F)
H,N-C~C-OH
Triptfano
(Trp o W)
Propiedades del grupo R :
L os grupos hidrofbicos R constan casi por completo de tomos de Cy H. E stos aminocidos tienden a
formar el ncleo ms interno de las protenas solubles, ocultos del medio acuoso. D esempean un papel
importante en las membranas porque se asoci an a la bicapa de lpidos.
Grupos R con propiedades nicas
H
CH 5CH o
i I
2
Glicina
( Gii o G)
E l grupo R slo contiene un tomo de
hidrgeno y puede adaptarse a un am-
biente hidroflico o hidrofbico. L a glicina
a menudo resi de en sitios donde dos
polipptidos entran en contacto ntimo.
Cistena
( Gis o C}
Aunque el grupo R es polar, presenta
caractersticas de grupo no cargado,
tiene la propiedad especi al de formar
un enlace covalente con otra cistena
para formar una unin disulfuro.
Prolina
(Pro o P)
Aunque el grupo R es de carct er hi-
drofbico tiene la propiedad especial
de crear enrollamientos en las cadenas
de polipptidos y romper estructuras
secundarias ordenadas.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 53
Vo
CH
-N-C-C-
I I II
H H O
( a)
H
+NH,
I z
CH,
I 2
CH?
I 2
CH2
CH2
-N-C-C-
I 1 II
H H O
V"
CH
-N-C-C-
I 1 II
H H O
NH-
I 2
CH2
CH2
CH,,
I 2
CH2
-N-C-C-
1 I 1 1
H H O
+
+
( b )
FIGURA 2-27. Ionizacin de aminocidos polares cargados, a) El
grupo R del cido glutmico pierde un protn cuando su grupo cido
carboxlico se ioniza. El grado de ionizacin del grupo carboxilo de-
pende del pH del medio: cuanto mayor sea la concentracin de hidr-
genos (pH ms bajo), menor es el porcentaje de grupos carboxilo
presentes en estado ionizado. Inversamente, una elevacin del pH
incrementa la ionizacin del protn del grupo carboxilo, aumentando
el porcentaje de grupos R con carga negativa del cido glutmico. El
pH al cual 50% ce los grupos R se ionizan y 50% no lo estn se de-
nomina pK, que para el grupo R del cido glutmico libre es de 4.4.
A pH fisiolgico prcticamente todos los residuos de cido glutmico
poseen carga negativa, b ) El grupo R de la Usina se ioniza cuando su
grupo amino gana un protn. Cuanto mayor sea la concentracin de
ion hdroxilo (pH ms alto) menor el porcentaje de grupos amino con
carga positiva. El pH al cual 50% de los grupos R de lisina estn
cargados y 50% no lo estn es 10.0, ei pK para el grupo R de lisina
libre. A pH fisiolgico, prcticamente todos Jos residuos de usina po-
seen carga positiva.
2. Polar sin carga. Los grupos R de estos aminocidos
slo son dbilmente cidos o bsicos. Aunque estos grupos
no tienen carga completa a pH fisiolgico, contienen to-
mos con carga parcial negativa o positiva y por lo tanto
pueden formar enlaces de hidrgeno con otras molculas,
incluyendo el agua. Estos aminocidos casi siempre son muy
reactivos. En esta categora se incluyen asparagina y gluta-
mina (amidas del cido asprtico y del cido glutmico),
treonina, serina y tirosna
3. No polar. En el otro extremo, aparte de los inclui-
dos en la primera categora se encuentran los aminocidos
cuyas cadenas laterales son hidrofbicas y no tienen capaci-
dad para formar enlaces electrostticos o interactuar con el
agua. Los aminocidos de esta categora son alanina, valina,
leucina, isoleucina, triptfano, fenilalanina y metionina. Las
cadenas laterales de los aminocidos no polares por lo ge-
neral carecen de oxgeno y nitrgeno. Varan sobre todo en
forma y tamao, esto permite a algunos de ellos introducir-
se apretadamente en un espacio particular dentro del n-
cleo de una protena, reunindose entre s como consecuen-
cia de las fuerzas de van der Waals y de interacciones
hidrofbicas.
4. Los otros tres aminocidos, glicina, prolina y cisterna,
tienen propiedades nicas que los distinguen de los dems.
El grupo R de la glicina consta de un solo tomo de hidr-
geno y slo por esta razn la glicina es un aminocido muy
importante. Debido a la falta de una cadena lateral, los re-
siduos de glicina permiten que los esqueletos de dos poli-
pptidos (o de dos segmentos del mismo polipptido) se
aproximen entre s muy estrechamente. Adems, la glicina
es ms flexible que otros aminocidos y es til en las por-
ciones del esqueleto que necesitan moverse o formar arti-
culaciones. La prolina es nica porque tiene sus grupos
a-amino como parte de un anillo (convirtindola en un
iminocido). La prolina es un aminocido hidrofbico que
no adopta con facilidad una estructura secundaria ordena-
da (que analizaremos posteriormente). La cistena contiene
un grupo sulfhidrilo (SH) reactivo que con frecuencia apa-
rece unido a otro residuo de cistena mediante un enlace
covalente, como un puente disulfuro (SS).
Cisterna
H H O
I I II
-N-C-C-
I
CH?
I
SH
SH
I
CH2
I
-N-C-C-
I I II
H H O
O xidacin
Reduccin
H H O
I I II
N-C-C-
I
CH,
I
S
I
S
I
CH2
-N-C-C
I I II
H H O
2H' + 2e*
FIGURA 2-26Estructura qumica de los aminocidos. Estos 20
aminocidos representan a los que se encuentran con mayor frecuen-
cia en las protenas y, ms especficamente, a los codificados por
DNA. Puede haber otros aminocidos corno consecuencia de la mo-
dificacin de alguno de los aqu mostrados. Los aminocidos se dis-
ponen en cuatro grupos, como se describe en el texto, y se muestran
en su estado no ionizado.
Los puentes de disulfuro casi siempre se forman entre dos
cistenas distantes entre s en el esqueleto del polipptido o
incluso en dos polipptidos separados. Estos puentes disul-
furo ayudan a estabilizar las intrincadas formas de prote-
nas, particularmente las que se presentan fuera de las clu-
las donde estn sujetas a tensin fsica adicional.
54 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
No todos los aminocidos descritos antes se encuen-
tran en todas las protenas, ni todos los aminocidos pre-
sentes estn distribuidos de manera equivalente. Tambin
hay algunos otros aminocidos en las protenas, pero son
resultado de la alteracin de uno de los 20 aminocidos
bsicos despus de incorporarse a la cadena del polipptido.
El carcter inico, polar o no polar, de la cadena lateral
de los aminocidos es muy importante en la estructura y
funcin de la protena. Las protenas ms solubles (es decir,
que no forman parte de la membrana) estn construidas
de modo que los residuos polares se siten en la superficie de
la molcula donde puedan unirse con las molculas de agua
circunvecinas y contribuir a la solubilidad de la protena en
solucin acuosa (fig. 2-28, a). Por lo contrario, los residuos
no polares se encuentran empacados en el ncleo central de
la molcula, lejos del medio acuoso (fig. 2-28, b). En muchas
enzimas, grupos polares reactivos se proyectan en el inte-
rior no polar y confieren a la protena su actividad cataltica.
Por ejemplo, un medio no polar incrementa mucho las inte-
racciones inicas entre grupos cargados que en un ambien-
te acuoso se reduciran por competencia con el agua. Algu-
nas reacciones que proceden a una velocidad imperceptible
en el agua ocurren en milsimas de segundo dentro de una
protena.
Cuando se consideren las protenas de la membrana en
el captulo 4 ser ms evidente la importancia de la localiza-
cin de los residuos hidrofbico e hidroflico. El arreglo de
hidrofbco adentro e hidroflico afuera es una adaptacin
al medio acuoso. Si se altera mucho este ambiente, como
ocurre dentro de las membranas biolgicas, la organizacin
de las protenas puede invertirse.
Muchas protenas contienen otras sustancias adems
de aminocidos; stas se denominan protenas conjugadas.
Las protenas conjugadas incluyen las unidas mediante en-
laces covalentes o no covalentes a los cidos nucleicos, las
nudeoprotenas; a lpidos, las lipoprotenas; a carbohidratos,
las glucoprotenas; o a diferentes materiales de bajo peso
molecular, incluyendo metales y grupos que contienen me-
tales.
Estructura de las protenas
En ninguna otra parte de la biologa se ilustra mejor la rela-
cin ntima entre forma y funcin que en las protenas. Las
protenas son molculas enormes, complejas, pero su es-
tructura en cualquier ambiente dado es completamente de-
finible y predecible. Cada aminocido de una protena se
localiza en un sitio especfico dentro de estas molculas
gigantes confiriendo a la protena la estructura y reacti-
vidad necesarias para la funcin que debe desempear. La
estructura de la protena se puede describir a diferentes
niveles de organizacin, cada uno remarcando un aspecto
diferente y a su vez cada uno dependiente de diferentes
FI URA 2-28. Disposicin de los aminocidos hidroflicos e hidrofbicos en la protena soluble citocromo c. ) Las cadenas laterales
hidroflicas, mostradas en color verde, se localizan principalmente en la superficie de la protena donde entran en contacto con el medio acuoso
que las rodea, b ) Los residuos hidrofbicos, mostrados en rojo, se localizan sobre todo en el centro de la protena, en especial en la vecindad
del grupo hem central. (Copyright rving Geis.)
CAPITULO 2 - Bases qumicas de la vida 55
tipos de interacciones. De ordinario se describen cuatro ni-
veles: primario, secundario, terciario y cuaternario. El primero,
la estructura primaria, se refiere a la secuencia de aminoci-
dos de una protena, en tanto que los otros tres niveles se
relacionan con la organizacin de la molcula en el espacio.
Estructura primaria. La estructura primaria de un po-
lipptido es la secuencia lineal de aminocidos especficos
que constituyen !a cadena. Con 20 diferentes bloques de
construccin, el nmero de polipptidos variados que pue-
de formarse es 20", donde n es el nmero de aminocidos
en la cadena. Puesto que la mayor parte de los polipptidos
contienen ms de 100 aminocidos (y algunos miles), la
variedad de posibles secuencias es prcticamente ilimitada.
La informacin del orden preciso de los aminocidos en
cada protena que un organismo puede producir se incluye
en la herencia gentica de dicho organismo.
Como veremos despus, la secuencia de aminocidos
suministra la mayor parte, si es que no toda, la informacin
requerida para determinar la configuracin tridimensional
de la molcula y por lo tanto su funcin. Por consiguiente,
la secuencia de aminocidos es de la mayor importancia y
los cambios que se originan en dicha secuencia como re-
sultado de mutaciones genticas del DNA no se pueden
tolerar fcilmente. El primer ejemplo y mejor estudiado de
esta relacin es el cambio en la secuencia de aminocidos
de la hemoglobina que da como resultado la enfermedad
anemia drepanoctica. Esta anemia grave, hereditaria, es re-
sultado de un solo cambio en la secuencia de aminocidos
dentro de la molcula ffig. 2-29, a, b); en el sitio donde nor-
malmente se encuentra un cido glutmico hay una valina.
Esto corresponde a la sustitucin de un aminocido polar
con carga por uno no polar (vase fig. 2-26). Todos los pro-
blemas relacionados con la forma del eritrocito (fig. 2-29, c]
y la disminucin de la capacidad para transportar oxgeno
en las personas con anemia drepanoctica son consecuencia
de este nico cambio. En muchos otros casos los cambios de
los aminocidos tienen poco efecto, segn puede observar-
se por las diferencias en la secuencia de aminocidos de una
misma protena entre organismos relacionados. El grado de
tolerancia de los cambios en la secuencia primaria depen-
den de la magnitud de la alteracin en la forma de la prote-
na o de los residuos funcionales criticos.
La secuencia de aminocidos de una protena fue de-
terminada por primera vez a principios de los aos 1950
por Frederick Sanger y sus colaboradores, en la Universi-
dad de Cambridge, empleando una hormona, la protena
insulina. Para trabajar se eligi la insulina de ternera debi-
do a su disponibilidad y a su pequeo tamao: dos cadenas
de polipptidos de 21 y 30 aminocidos cada una. La se-
cuenciacin de la insulina fue una verdadera proeza en el
reciente campo de la biologa molecular. Revel que las
protenas, las molculas ms complejas de la clula, tenan
una subestructura especfica definible que no era regular ni
repetitiva, como la de los polsacridos. En la actualidad se
ha logrado la secuenciacin de varios mies de protenas, o
que ha suministrado informacin valiosa acerca de sus es-
tructuras, mecanismos de accin y evolucin.
Estructura secundaria. Toda la materia existe en el es-
pacio y por lo tanto tiene una estructura tridimensionai. Las
protenas se forman mediante uniones entre un gran nme-
ro de tomos; por consiguiente, su forma es compleja. El
trmino conformacin se refiere al arreglo tridimensional
de los tomos de la molcula, o sea, su organizacin es-
pacial. La estructura secundaria describe la conformacin
de partes de la cadena de polipptidos. Los primeros estu-
dios acerca de la estructura secundaria de las protenas fue-
ron efectuados por Linus Pauling y Robert Corey del Cali-
( a) ( b)
FIGURA 2-29. Bases moleculares de la anemia drepanoctica. a,b) Cromatografas que muestran la separacin de pptidos obtenidos
mediante tratamiento de la hemoglobina normal ( a) o de la hemoglobina de un drepanocito ( b) con la enzima proteoltica tripsina. Las dos
cromatografas son idnticas, con excepcin de un pptido (marcado) que contiene un solo aminocido diferente, c) Micrografa de exploracin
electrnica de eritrocitos de una persona con anemia drepanoctica. Comprese con la micrografa de un eritrocito de sangre normal de la f igura
4-31, a. Debido a su forma anormal, estos drepanocitos de la sangre pueden taponar vasos de pequeo calibre, causar dolor y provocar crisis
que ponen en peligro la vida. ( a,b: segn Carrada Baglioni, Biochim. Biophys. Acta 48:2394, 1961; c. cortesa de J.T. Thormvaite, B.F. Cameron y R.C.
Uif.)
56 CAPITULO 2 Bases qumicas de a vida
3. 6 r es i duos
(a)
( b )
F I G U R A 2-30. La hlice alfa, a) Trayecto helicoidal alrededor de
un eje central que adopta el esqueleto de un polipptido en una regin
de la hlice alfa. Cada vuelta completa (360) de la hlice corresponde
a 3.6 residuos de aminocidos, b ) Disposicin de los tomos del esque-
leto de una hlice alfa y el enlace de hidrgeno que se forma entre
aminocidos. Debido a la rotacin helicoidal, los enlaces peptdicos
de cada cuarto aminocido se ponen en estrecha vecindad. El acerca-
miento del grupo carbonilo (C=O) de un enlace pcptido al grupo
mina (HN) de otro enlace pptido da como resultado la formacin
de un enlace de hidrgeno entre ellos. Los enlaces de hidrgeno (ba-
rras de color naranja) son prcticamente paralelos al eje del cilindro
y por lo tanto sostienen las vueltas de la cadena, c) Vista desde abajo
del centro de una hlice a con las cadenas laterales proyectndose
hacia afuera del esqueleto del polipptido. La cara de la hlice proyec-
tada hacia el medio externo acuoso consta de residuos de aminoci-
dos polares, en tanto que la cara expuesta al ambiente interior de la
protena consta de residuos hidrofbicos. Una hlice con este tipo de
estructura se denomina antiptica.
fornia Institute of Technology. Estudiando la estructura de
pptidos simples que consisten en unos pocos aminocidos
unidos, Pauiing y Corey concluyeron que las cadenas de
polipptidos existen en conformaciones preferidas que su-
ministran el nmero mximo posible de enlaces de hidr-
geno entre aminocidos vecinos. Se propusieron dos con-
formaciones.
En una conformacin el esqueleto del polipptido adop-
ta la forma de una espiral cilindrica denominada hlice alfa
(a) (fg. 2-30, a) . El esqueleto corresponde a! interior de
la hlice y las cadenas laterales se proyectan hacia afuera. La
estructura helicoidal se estabiliza mediante un gran nme-
ro de enlaces de hidrgeno entre los tomos de un pptido
enlazado y los situados justo arriba y debajo a lo largo de
la espiral (fig. 2-30, b ) . Los patrones de difraccin de rayos
X de protenas verdaderas, determinados durante el dece-
nio de 1950, revelaron la existencia de hlices a, primero en
la protena queratina del cabello y despus en varias prote-
nas que se enlazan a oxgeno, como la mioglobina y la he-
moglobina (vase fig. 2-35). Las superficies opuestas de una
hlice a pueden tener propiedades contrastantes. En las hi-
drosolubles, la superficie externa de una hlice alfa con fre-
cuencia contiene residuos polares en contacto con el solven-
te, en tanto que la superficie enfrentada al interior contiene
grupos R no polares (fig. 2-30, c). Esta disposicin de resi-
duos polares y no polares con frecuencia se invierte en las
hlices alfa de protenas de la membrana que atraviesan la
bicapa lipida hidrofbica (vase fig. 4-16).
Una hlice a se encuentra enrollada y fija mediante
enlaces no covalentes dbiles, y por lo tanto puede exten-
derse cuando es sometida a fuerzas de estiramiento. Esto se
puede ilustrar con la lana, cuyas fibras de protena consis-
ten principalmente en hlices alfa. Cuando las fibras de lana
se estiran, se rompen los enlaces de hidrgeno y las fibras se
alargan. Cuando se libera la tensin, los enlaces vuelven a
formarse y la fibra se acorta a su longitud original. El cabe-
llo humano es menos extensibe que la lana, debido a que
los polipptidos tambin estn estabilizados por puentes
disulfuro covalentes.
La otra conformacin propuesta por Pauiing y Corey
fue la lmina plegada beta ($), que consiste en varios poli-
pptidos paralelos entre s. A diferencia de la forma cilin-
drica helicoidal de la hlice a, el esqueleto de cada polipp-
tido (o fibra /) en una lmina /3 asume una conformacin
con pliegues o dobleces (fig. 2-31, a) . Igual que la hlice alfa,
la lmina/? tambin se caracteriza por un gran nmero de
enlaces de hidrgeno, pero estas uniones no covalentes son
perpendiculares al eje largo de la cadena de polipptidos y
se proyecta rransversalmente desde un lado de la cadena
hacia el otro (fig. 2-31, b ) . Como la hlice alfa, la lmina /}
tambin se encuentra en muchas protenas diferentes. As,
la cadena de aminocidos casi est completamente extendi-
da y por lo tanto la lmina /3 resiste las fuerzas de tensin
(tnsiles). La seda es una protena que consiste sobre todo
en lminas /?; las fibras de seda deben su resistencia a esta
caracterstica arquitectnica.
Las porciones de una cadena de polipptidos no orga-
nizada en hlices a o lminas / pueden consistir en bisa-
gras, vueltas, asas o extensiones digitiformes. Con frecuen-
cia estas son las partes ms sensibles de una cadena de
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 57
FIGURA 2- 31. Lmina J plegada, a) Cada polipptido de una l-
mina fi asume una conformacin extendida pero plegada a la cual se
le denomina banda /!. Los pliegues son resultado de la localizacin de
los carbonos a arriba y abajo del plano de la lmina. Los grupos R
sucesivos se proyectan hacia arriba y hacia abajo del esqueleto, b) Una
lmina j plegada consta de algunas bandas fi situadas paralelamente
entre s y reunidas en disposicin regular de enlaces hidrgeno entre
los grupos carbonilo e imino de esqueletos vecinos. Los segmentos
vecinos del esqueleto del polipptido pueden situarse en posicin
paralela (en la misma direccin N-terminal -> C-terminal) o anipa-
ralela (en direccin opuesta N-terminal > C-terminal).
polipptido y los sitios de mayor actividad biolgica. En la
figura 2-32 se muestran los diferentes tipos de estructura
secundaria de la manera ms simple; las hlices alfa se re-
presentan mediante listones helicoidales, las fibras fi se
muestran como flechas aplanadas que conectan los segmen-
tos como delgados alambres.
Estructura terciaria. En tanto la estructiura secundaria
se relaciona principalmente con la conformacin de ami-
nocidos adyacentes en la cadena de polipptidos, la es-
tructura terciaria describe la conformacin de la protena
ntegra. La mayor parte de las protenas se pueden clasifi-
car segn su conformacin ntegra como protenas fibrosas,
que tienen una forma muy alargada, o protenas globula-
res, que poseen una forma compacta. La mayor parte de las
protenas que actan como materiales estructurales fuera
de las clulas vivientes son protenas fibrosas, como la col-
gena y la elastina de los tejidos conectivos; la queratina de
cabellos, piel y uas; y la seda. Estas protenas constan
de fibras largas o de hojas aplanadas que resisten fuerzas de
tensin o de corte a las cuales estn expuestas. Por lo con-
trario, la mayor parte de las protenas dentro de las clulas
son protenas globulares.
Colgena: una abundante protena fibrosa. La col-
gena consta de fibras que actan como cables para resistir
las fuerzas de tensin que se desarrollan en los espacios que
rodean a las clulas (analizados ampliamente en la seccin
7-1). Se estima que una fibra de colgena de 1 mm de di-
metro es capaz de sostener un peso mayor de 10 kilogramos
(22 libras). La colgena es un elemento caracterstico de los
tejidos conectivos en todo el reino animal y est presente en
los vertebrados como uno de los principales componentes
FIGURA 2-32. Modelo de listn de la ribonucleasa. Se muestran
las regiones de una hlice a como espirales y bandas por medio de
listones aplanados con flechas que indican la direccin N-terminal ~>
C-terminal del polipptido. (Segn un dibujo efectuado por eme S.
Richardson.)
de la piel, cartlago, hueso, tendones y la crnea. Las fibras de
colgena son polmeros construidos a partir de monmeros
compuestos de tres cadenas alargadas de polipptidos heli-
coidales (llamadas cadenas a) enrolladas sobre s mismas
para formar una triple hlice (fig. 2-33, a), muy diferente de
una hlice alfa. Los monmeros de colgena se organizan
en disposicin escalforme para formar microbrillas (fig.
2-33, b}, que a su vez se organizan en fibras de mayor cali-
bre que muestran un patrn caracterstico de bandas en el
microscopio electrnico (fig. 2-33, c).
La composicin de los aminocidos de las cadenas a de
colgena es poco comn. Cada cadena tiene casi 1 000 ami-
nocidos de longitud y la glicina constituye prcticamente
cada tercer residuo. Las glicinas se localizan en el punto
donde cada cadena gira hacia el borde interno, o sea, donde
hay la menor cantidad de espacio disponible para una ca-
dena lateral de aminocidos. En realidad, la glicina es el
nico aminocido que puede adaptarse a la organizacin
triple helicoidal de la colgena.
Hay otras dos caractersticas poco comunes de las ca-
denas a de la colgena: contienen grandes cantidades de
prolina, y gran parte de los residuos de prolina y lisina son
hidroxilados. Las prolinas son importantes para generar la
hlice tipo colgena y los aminocidos hidroxilados son
importantes para mantener la estabilidad de la triple hlice
formando puentes hidrgeno de una cadena a otra dentro
58 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
(a) (c)
FIGURA 2-33. Colgena, un ejemplo de protena fibrosa. Esta figura muestra varios niveles de organizacin de la colgena, a) El monmero
bsico de colgena es una triple hlice compuesta de tres cadenas de polippridos helicoidales distintos, b) Los monmeros se alinean en filas
en las cuales las molculas de una fila se encuentran escalonadas en relacin con las de la fila vecina, c) Micrografa electrnica de fibras de
colgena humana que muestran su patrn caracterstico de bandas como resultado de la disposicin de los monmeros de colgena. Las bandas
se repiten a lo largo de la fila con una periodicidad de 64 a 70 nm. (c: Cortesa de erme Cross y Francis O. Schrnitt.)
de un monmero. La hidroxilacin de los residuos de pro-
lina y lisina tiene lugar enzmticamente despus que los
aminocidos se han incorporado a la cadena del polippti-
do. La falta de hidroxilacin de las cadenas de colgena
tiene consecuencias graves para la estructura y funcin de
los tejidos conectivos. Esto es evidente en los sntomas del
escorbuto, una enfermedad producida por deficiencia de
vitamina C (cido ascrbico), caracterizada por inflamacin
de las encas y prdida de los dientes, cicatrizacin deficien-
te de las heridas, huesos quebradizos y debilitamiento del
revestimiento de los vasos sanguneos, que provoca sangra-
do interno. Las enzimas que aaden grupos hidroxilo a los
aminocidos lisina y prolina de la colgena requieren cido
ascrbico como coenzima.
Mioglobina: la primera protena globular en la cual
se determin la estructura terciaria. A diferencia de las
protenas fibrosas que muestran una estructura muy exten-
dida, las cadenas de polipptidos de la mayor parte de las
protenas estn plegadas y torcidas formando estructuras
complejas. Puntos distantes de la secuencia lineal de ami-
nocidos se aproximan y unen mediante diferentes tipos de
enlace. No fue sino hasta 1957 que se dispuso de un modelo
de estructura terciaria para una protena globular. El traba-
jo lo realiz John Kendrew y sus colegas, en la Universidad
de Cambridge, empleando la protena mioglobina y con la
tcnica de cristalografa de rayos X. En esta tcnica (des-
crita aqu en la seccin 17-8) se bombardea un cristal de la
protena con un delgado haz de rayos X y se permite que
la radiacin dispersada (difraccin) por los tomos de la
protena incida sobre una placa fotogrfica donde se for-
man puntos como los mostrados en la figura 2-34. Segn la
intensidad y posicin de los puntos, un investigador puede
trabajar en retrospectiva para deducir la estructura capaz
de producir dicho patrn. Cuanto ms informacin se ana-
liza, ms detalles se obtienen para describir la molcula.
La mioglobina funciona en el tejido muscular corno si-
tio para almacenar oxgeno; la molcula de oxgeno se une
a un tomo de hierro en el centro de un grupo hem. (El
grupo hem es un ejemplo de grupo prosttico, o sea, una
parte de la protena no compuesta de aminocidos, aadida
a la cadena de polipptidos despus de ensamblarse en el
ribosoma.) El grupo hem de la mioglobina confiere al tejido
muscular su color rojo. La primera publicacin, en 1957,
acerca de la estructura de la mioglobina suministr un per-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 59
FI GURA 2-34. Patrn de difraccin de rayos X de la mioglobina.
(Cortesa de John C. Kendrew.)
fil de baja resolucin suficiente para revelar que la molcula
era compacta (globular) y que la cadena de polipptidos
estaba doblada sobre s misma en un arreglo complicado
(fig. 2-35, a). No se encontraron datos de regularidad o sime-
tra dentro de la molcula. El perfil relativamente burdo de
la protena revel la presencia de ocho prolongaciones de la
hlice a en forma de bastn cuya longitud oscilaba entre 7
y 24 aminocidos. En conjunto, casi 75% de los 153 ami-
nocidos de la cadena de polipptidos se encuentra en la
conformacin de hlice alfa. Este es un porcentaje inusita-
damente alto en comparacin con el de otras protenas exa-
minadas hasta ahora. No se encontraron lminas/3 plegadas.
Anlisis subsecuentes de la mioglobina empleando nue-
vos datos de difraccin de rayos X suministraron una des-
cripcin mucho ms detallada de la molcula (fig. 2-35, fc).
Por ejemplo, se demostr que el grupo hem est situado
dentro de una bolsa de grupos R hidrofbicos que promue-
ven el enlace del oxgeno sin oxidar el tomo de hierro
(prdida de electrones). La mioglobina no contiene enlaces
disuifuro; la estructura terciaria de la protena se mantiene
exclusivamente por interacciones no covalentes. Se piensa
que todos los enlaces no covalentes (enlaces de hidrgeno,
enlaces inicos e interacciones hidrofbicas) observados ocu-
rren entre las cadenas laterales dentro de las protenas (fig.
2-36). El modelo de mioglobina dibujado en la figura 2-35,
c, muestra la posicin relativa de cada tomo de la molcu-
la. A diferencia de la mioglobina, la mayor parte de las
protenas globulares contienen hlices a y lminas /3. Sin
embargo, algunas protenas (como la isomerasa triosa fos-
fato, mostrada en la figura 2-38, b) consta principalmente de
lminas/? plegadas. Cada protena tiene una estructura ter-
ciaria nica que puede correlacionarse con su secuencia de
aminocidos y su funcin biolgica.
Dominios y motivos de las protenas. Un anlisis es-
tructural ms reciente ha revelado que muchas protenas,
particularmente las grandes, se componen de dos o ms
regiones compactas distintas que funcionan de manera
semiindependiente. En la mayor parte de los casos, las re-
giones individuales, o dominios, se unen entre s mediante
una porcin flexible de la cadena de polipptidos que sirve
como bisagra (fig. 2-37). Los dominios de un polipptido
con frecuencia representan partes que se unen a factores
diferentes (como una coenzima y un sustrato), o slo partes
que se mueven de manera relativamente independiente en-
tre s. Se cree que algunos polipptidos con ms de un do-
minio se originaron durante la evolucin por la fusin de
genes que codificaban diferentes protenas ancestrales, y
cada dominio representa una parte que alguna vez fue una
molcula separada.
A primera vista, la arquitectura tridimensional de las
protenas parece casi irremediablemente compleja. Sin em-
bargo, conforme se fueron determinando las estructuras
terciaras, los bioqumicos descubrieron subestructuras re-
currentes, o motivos. En la figura 2-38 se muestran dos
ejemplos. En la espiral enrollada que se encuentra en varias
protenas fibrosas, pares de hlices a se enrollan una sobre
otra igual que las dos fibras trenzadas de un cable. Las
hlices a que interactan como espirales enrolladas tienen
una estructura primaria distintiva caracterizada por una
secuencia de siete aminocidos repetida regularmente. Los
residuos primero y cuarto (denominados a y d) de la se-
cuencia repetida son hidrofbicos y se sitan a un lado de la
hlice donde pueden formar interacciones hidrofbicas con
sus contrapartes de la hlice vecina. Es como si una hlice
tuviera una fila de "botones" y la otra hlice una fila de
"agujeros" en los cuales se pueden introducir los botones.
En conjunto, las hlices trenzadas forman una estructura
rgida parecida a una barra.
Uno de los motivos ms complejos es el barril a//?,
originalmente descubierto en la enzima isomerasa triosa
fosfato (fig. 2-38, b), y desde entonces se ha encontrado en
casi 20 enzimas diferentes. Cada una de las ocho duelas del
barril consta de una cadena /?. Reunidas las ocho cadenas/3
paralelas forman el barril cerrado que se sita en el ncleo
de la protena. El barril se conecta al resto de la protena por
secciones de hlice alfa. Pueden ocurrir motivos comunes
en protenas evolutivamente relacionadas que desempean
funciones similares o pueden aparecer en protenas no rela-
cionadas que tienen funciones muy diferentes.
Cambios dinmicos dentro de las protenas. Las pro-
tenas no son rgidas e inflexibles, ms bien poseen gran
capacidad de movimiento interno. Los pequeos cambios
en la disposicin de las uniones dentro de una protena
generan movimiento interno en la molcula que puede cap-
tarse mediante simuladores computadorizados (fig. 2-39,
a). Los estudios de protenas tambin revelan la ocurrencia
de cambios en los enlaces de hidrgeno, movimientos
ondulatorios de las cadenas laterales externas y rotacin
completa alrededor de una sola unin de los anilios arom-
ticos de la tirosina y ios residuos de fenilalanina. Los movi-
mientos predecibles (no al azar) dentro de una protena
60 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
Hem
FIGURA 2-35. Estructura tridimensional de la mioglobina de
ballena, a) Primer modelo relativamente burdo de la protena basado
en los datos de difraccin de rayos X a baja resolucin. Se observa la
conformacin general de la molcula, pero hay poca informacin
respecto de los tipos de interacciones entre los residuos de aminoci-
dos, (En este primer diagrama, el plano del grupo hem es incorrecto.)
b) Modelo de mioglobina a mayor resolucin que en el inciso a. Se
observa que la mayor parte de los aminocidos residen dentro de las
regiones de la hlice alfa. Las regiones no helicoidales ocupan princi-
palmente los ngulos donde cambia la direccin de la cadena de poli-
pptido. Se indica la posicin del grupo hem. c) Modelo fsico de la
mioglobina que ilustra la enorme complejidad de una protena, (b :
Copyright por Jrving Geis; c: cortesa de ]. Kendreiv.)
relacionados con las funciones de la molcula se describen
como cambios de conformacin. Prcticamente toda acti-
vidad en la cual participa una protena se acompaa de
cambios de conformacin dentro de la molcula. Por ejem-
plo, en la mioglobina, el C> 2 una vez liberado de su sitio de
enlace en el grupo hem, sale desde el interior de la protena
y se requiere un cambio de conformacin para abrir una va
de salida a la molcula de 2- En general, es ms fcil estu-
diar los cambios de conformacin empleando un inhibidor
parecido a la molcula que normalmente se enlaza a la pro-
FIGURA 2-36. Tipos de enlace covalente que mantienen la conforma-
cin de las protenas.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 61
FIGURA 2-37. Dominios de una protena. Dibujo de una
fosfogliceratocinasa nativa de msculo de caballo que
muestra dos distintos dominios conectados por una bisa-
gra. Las hlices a se definen con cilindros y las fibras fi por
flechas, que adems denotan su direccin. (Segn R.D.
Banks y cois. Reproducido con permiso de Nature 279:775, 1979.
Copyright 1979, Macmillan Magazines Limited.)
tena. Los cambios que ocurren en una molcula de mio-
globina durante la unin y liberacin de monxido de car-
bono, un gas que inhibe el enlace de OT, se muestra en la
figura 2-39, b. En las figuras 3-14 y 9-39 se muestran otros
dos ejemplos de cambios de conformacin que ocurren en-
tre las protenas. La importancia de los cambios de confor-
macin se puede apreciar considerando que los movimien-
tos de nuestro cuerpo son resultado del efecto aditivo de
millones de cambios de conformacin que tienen lugar en-
tre las protenas contrctiles de los msculos.
Estructura cuaternaria. Aunque numerosas protenas,
como la mioglobina, se componen de una sola cadena de
polipptidos, muchas otras estn formadas por ms de una
cadena o subunidad. Las subunidades pueden unirse me-
diante enlaces covalentes de disulfuro, pero con mayor fre-
cuencia se mantienen juntas por enlaces no covalentes, como
puede ocurrir, por ejemplo, entre las "placas" hidrofbicas
de las superficies de polipptidos vecinos. Se dice que las
protenas compuestas de subunidades tienen una estructu-
ra cuaternaria. Segn la protena, las cadenas de polippti-
dos pueden ser idnticas o no idnticas. Una protena com-
puesta de dos subunidades idnticas se describe como
homodmero, en tanto que una protena compuesta de dos
subunidades no idnticas es un heterodmero. En la figura
2-40, a, se muestra una protena homodmera representada
como un listn. Las dos subunidades de la protena se pre-
sentan con colores diferentes y se indican los residuos hi-
drofbicos que forman los sitios de contacto. Una protena
de mltiples subunidades bastante bien estudiada es la he-
moglobina, la protena que transporta 2 en los eritrocitos.
La molcula de la hemoglobina humana consta de dos po-
lipptidos de globina a y dos polipptidos de globina/? (fig.
2-40, b); cada uno enlaza una sola molcula de oxgeno.
Individualmente, cada polipptido de la globina tiene una
estructura terciaria similar a la mioglobina, hecho que apo-
ya la nocin de que evolucionaron a partir de un polippti-
do ancestral comn con una funcin comn, como la de
enlazar protena a 2-
Multiprotenas complejas. Aunque la hemoglobina
consta de cuatro subunidades, todava se considera una pro-
tena simple con una sola funcin. Se conocen muchos ejem-
plos en los cuales diferentes protenas, cada una con una fun-
cin especfica, se renen fsicamente para formar una
multiprotena compleja mucho ms grande. Una de las
primeras multiprotenas complejas que se describieron y
estudiaron fue la piruvato deshidrogenasa de la bacteria E.
coli, que consta de 60 cadenas de polipptidos correspon-
dientes a tres enzimas diferentes ffig. 2-41). Las enzimas
95nm
(a)
(b)
FI GURA 2-38. Motivos de la protena, a) La espiral enrollada,
corno se observa en a porcin en forma de barra de una molcula de
miosina, consta de dos hlices a. enrolladas una sobre la otra para
formar un dominio en forma de bastn. Esta parte del filamento de
miosina desempea un papel clave en la formacin de los filamentos
musculares gruesos (seccin 9-6). b) Barril a//? de la enzima isomerasa
triosa fosfato segn se ve desde arriba. El dibujo a la derecha muestra
la disposicin de las cadenas /? en los barriles vistas lateralmente, (b:
Segn el dibujo de Jane S. Richardson.)
62 CAPITULO 2 Bases qumicas de a vida
Arg CD3
(a) ( b )
FIGURA 2-39. Movimientos dinmicos de una molcula de mioglobina. a) Movimientos internos de ia mioglobina simulados por medio
de clculos computadorizados. Se superponen varias "tomas instantneas" de la molcula calculadas a intervalos de 5xlO'12 segundos. El
esqueleto del polipptido se muestra en azul, el grupo hem en amarillo y una de las histidinas que juegan un papel crucial en la funcin de
la hemoglobina aparece de color naranja. Se cree que estos tipos de movimientos tienen un papel importante en las actividades de la protena,
incluyendo la entrada y la salida de la molcula de O- b ) Sitio activo de una molcula de mioglobina que muestra tres diferentes etapas: 1) con
una molcula de monxido de carbono enlazada al grupo hem de la protena ( azul) , 2) en el momento que se libera la molcula de monxido
de carbono ( rojo) y 3) con el sitio no ocupado ( verde) . Las diferencias de conformacin entre estos tres estados se notan comparando la posicin de
los tres colores. Este tipo de imagen se puede captar utilizando cristalografa de rayos X a baja temperatura, ( a: Cortesa de Martin Karplus; b : cortesa
de J oel Berendzen.)
que constituyen este complejo catalizan una serie de reac-
ciones para acoplar dos vas metablicas, la gluclisis y el
ciclo del cido tricarboxlico (vase fig. 5-8). Debido a que
as enzimas estn asociadas fsicamente, el producto de una
enzima se puede orientar directamente a la siguiente enzi-
ma de la secuencia sin diluirse en el medio acuoso de la
clula.
Las multiprotenas complejas formadas dentro de la
clula, como la piruvato deshidrogenasa, no son estructu-
ras necesariamente estables. En realidad, la mayor parte de
las protenas interactan con otras protenas en patrones
sumamente dinmicos, reunindose y separndose en todo
momento segn las condiciones dentro de la clula. Las
protenas que interactan tienden a mostrar superficies com-
plementarias. A menudo la prolongacin de una molcula
se adapta dentro de un agujero sobre su pareja. Una vez
que las dos molculas se ponen en contacto estrecho, su
interaccin se estabiliza mediante la formacin de uniones
no covalentes. Estos principios de interaccin protena-pro-
tena se ilustran con los modelos moleculares presentados
en la figura 2-42. Conforme se van descubriendo activida-
des moleculares ms y ms complejas, cada vez es ms
evidente la importancia de las interacciones transitorias entre
protenas. Por ejemplo, procesos tan diversos como sntesis
de DNA, formacin de ATP y procesamiento de RNA son
efectuados por complejos que constan de una gran cantidad
de protenas en interaccin.
Estructura y funcin de los anticuerpos
Antes de abandonar el tema de la estructura y funcin de
las protenas merece consideracin especial un ltimo gru-
po de stas, las inmunoglobulinas o simplemente anticuer-
pos. Los anticuerpos son protenas solubles producidas por
los vertebrados que sirven como arsenal molecular en la
guerra del cuerpo contra patgenos invasores. La interac-
cin de los anticuerpos con la superficie de un virus o de
una clula bacteriana neutraliza la capacidad del patgeno
para infectar una clula husped y facilita la ingestin de
dicho patgeno y su destruccin por los fagocitos errantes.
El sistema inmunolgico puede producir millones de mo-
lculas de diferentes anticuerpos, que consideradas en con-
junto pueden reconocer y unirse a prcticamente todo tipo
de sustancia extraa, o antgeno, a la cual se puede expo-
ner el cuerpo.
Una de las caractersticas ms notables de la respuesta
inmunolgica es su especificidad. Consideremos una pro-
tena comn en los mamferos, como la actina del msculo
esqueltico. Aunque todos los mamferos producen esta
protena, su secuencia de aminocidos vara algo de una
especie a otra. Incluso ligeras diferencias de esta protena
entre dos especies diferentes son suficientes para permitir
que una preparacin activa de msculo de un miembro de
una especie sea reconocida como extraa si se inyecta a un
miembro de otra especie. Los anticuerpos producidos en
respuesta a la inyeccin son muy especficos; slo se combi-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 63
C9 A'
FIGURA 2-40. Protenas con estructura cuaternaria, q. ) Esquema
del factor de transformacin del crecimiento $2 (TGF-/2), una pro-
tena que ocurre como dmero compuesto de dos subunidades idn-
ticas. Las dos subunidades estn coloreadas de amarillo y azul, res-
pectivamente. La cadena lateral de cistena y los enlaces disulfuro se
muest ran en blanco. Las esferas que aparecen en amarillo y azul son
los residuos hidrofbkos que forman la inferase entre las dos subuni-
dades. b ) Esquema de una molcula de hemoglobina que consta de
dos cadenas de globina f y dos cadenas de globina fi unidas por
enlaces no covalentes. Cuando se ensamblan los cuatro polipptidos
de globina en una molcula completa de hemoglobina, la cintica de
la unin y liberacin de O es muy diferente de la que muestran los
polipptidos aislados. Esto se debe a que la unin del C> 2 a un poli-
pptido provoca un cambio de conformacin en los otros polippti-
dos que altera su afinidad por las molculas de C> 2. (a: Reimpreso con
permiso de S. Daopin y cois. , Science 257:372 3992, cortesa de David R.
Davies. Copyright 1992 American Assodation for the Advcmcement of
Science; b : copyright por Irving Geis. )
nan con actina y con ningn otro tipo de protena presente
en la solucin de prueba.
Los bilogos celulares y moleculares sacan ventaja de
la especificidad de los anticuerpos y los emplean como he-
rramienta analtica para identificar protenas especficas
de inters y determinar su localizacin dentro de la clula.
En todo este libro se hace notar el empleo de anticuerpos en
20 nm (b )
FIGURA 2-41. Piruvato deshidrogenasa; una multiprotena com-
pleja, a) Micrografa electrnica de un complejo de piruvato deshidro-
genasa teido aislado de E. cali. Cada complejo contiene 60 cadenas
de polipptidos que f or man tres enzimas diferentes. Su peso molecu-
lar se aproxima a cinco millones de daltons. b ) Modelo del complejo
de piruvato deshidrogenasa. El ncleo del complejo consta de un
agrupamiento cuboide de molculas de dihidrolipoil transacetilasa.
El dmero piruvato deshidrogenasa (esferas negras) se dist ribuye
simtricamente a lo largo de las aristas del cubo y los dmeros
dihidrolipoil deshidrogenasa (esferas grises pequeas) se colocan en
las caras del cubo. (Cortesa de Lester /. Reed. )
esta bsqueda a travs de las fotografas a color que mues-
tran molculas de anticuerpos dentro de las clulas unidas
mediante enlaces covalentes a colorantes fluorescentes de
brillantes colores. En el presente anlisis slo se intentar
responder preguntas acerca de las molculas de anticuer-
pos. Cmo pueden enlazarse a otras molculas con tan alto
grado de especificidad?
Los anticuerpos estn formados por dos tipos de cade-
nas de polipptidos, as cadenas pesadas de mayor tamao
(peso molecular de 50 000 a 70 000 daltons) y las cadenas
ligeras ms pequeas (peso molecular de 23 000 daltons o
23 kD). Los dos tipos de cadenas se renen entre s para
formar pares mediante enlaces disulfuro. Se han identifica-
do cinco clases diferentes de inmunoglobulinas (IgA, IgD,
IgE, IgG e IgM). Las diferentes inmunoglobulinas aparecen
en distintos momentos luego de la exposicin a una sustan-
cia extraa o en diferentes lquidos corporales (cuadro 2-4).
Hay dos tipos de cadenas ligeras: cadenas kappa (/c) y
cadenas lambda (A), ambas presentes en las cinco clases de
inmunoglobulinas. Por lo contrario, cada tipo de inmuno-
globulina tiene su propia cadena pesada nica que define
dicho tipo. El anlisis siguiente se restringe a las IgG que
son las inmunoglobulinas ms abundantes. Una molcula
individual de IgG est compuesta de dos cadenas ligeras
idnticas y dos cadenas pesadas idnticas dispuestas como
se muestra en la figura 2-43, y se describe a continuacin.
Para determinar la base de la especificidad de los anti-
cuerpos fue necesario establecer la secuencia de aminoci-
dos de algunos anticuerpos especficos. Normalmente, el
primer paso para lograr este objetivo sera purificar las pro-
tenas particulares que van a formar la secuencia. Sin em-
bargo, en condiciones normales es imposible obtener una
preparacin purificada del anticuerpo especfico a partir de
la sangre debido a que cada individuo produce un gran
nmero de diferentes molculas de anticuerpos de estruc-
64 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
FIGURA 2-42. Interacciones protena-protena. a) Modelo que
ilustra las superficies moleculares complementarias de porciones de
protena que interactan entre s. La molcula de color rojo es un
dominio de la enzima fosfatidilinositol 3-OH cinasa, cuyas funciones
se analizan en el captulo 15. Este dominio se une especficamente a
una variedad de pptidos que contienen prolina, como el que se
muestra en e! modelo de espacio lleno en la parte superior de la figura.
Se indican los residuos de prolina del pptido que ocupan las bolsas
de la superficie de la enzima. El esqueleto del pptido presenta color
amarillo y las cadenas laterales color verde, b) Vista amplificada de los
tipos de interaccin no covalente que ocurren entre dos pptidos que
poseen superficies complementarias. Las lneas punteadas indican en-
laces de hidrgeno formados: 1) entre residuos de aminocidos en las
dos protenas y 2) entre residuos de aminocidos y una molcula de
agua (esfera de color magenta) que se colocan entre los dos pptidos.
( a: Tomado de Hongato Yu y cois., Cell 76: 940, 1994, con permiso de co-
pyright de Cell Press; b: reimpreso con permiso de Masazumi Matsumura y
cois., Science 257: 930, 1992, cortesa de an A. Wilson. Copyright 1992
American Association for the Advancement of Science.)
tura muy similar, lo bastante para impedir su separacin. El
problema se resolvi al descubrir que la sangre de pacientes
que sufren un tipo de cncer linfoide, denominado mielo-
ma, contiene gran cantidad de una sola especie de anti-
cuerpo.
Como se describe en el captulo 16, el cncer es una
enfermedad monoclonal; o sea, las clulas del tumor se ori-
ginan a partir de la proliferacin de una sola clula desca-
rriada. Puesto que un solo lnf ocito normalmen te slo produce
una especie molecular de anticuerpo, el paciente con mielo-
ma mltiple produce grandes cantidades del anticuerpo
especfico sintetizado por la clula particular malignizada.
Aunque un paciente individual slo produce una especie
de anticuerpo, diferentes pacientes dan lugar a diferentes
anticuerpos. Como resultado, los investigadores pudieron
purificar cantidades sustanciales de varios anticuerpos pro-
cedentes de diversos pacientes y comparar sus secuencias
de aminocidos. Pronto se revel un patrn importante. Se
observ que la mitad de cada cadena kappa ligera (110 ami-
nocidos en el extremo amno del polipptido) era constan-
te en la secuencia de aminocidos de todas las cadenas
kappa, en tanto que la otra mitad variaba de un paciente a
otro. De manera similar, la comparacin de las secuencias
de aminocidos de varias cadenas lambda procedentes de
diferentes pacientes revel que tambin constaban de una
seccin de secuencia constante y una seccin cuya secuen-
cia variaba de una rnmunoglobulina a la siguiente. Las ca-
denas pesadas de IgG purificadas tambin contenan una
porcin variable (V) y una constante (C).
Aunque casi la mitad de cada cadena ligera constaba
de una regin variable (V^), slo una cuarta parte de cada
cadena ligera era variable (Vn) entre diferentes pacientes;
los restantes tres cuartos de la cadena pesada (CH) eran
constantes para todas las IgG. La porcin constante de la
cadena pesada se puede dividir en tres secciones de longi-
tud aproximadamente igual claramente homologas entre s
(fig. 2-43). Parecera que cada una de las tres secciones de la
parte C de la cadena pesada IgG (y tambin de las cadenas
pesadas de las otras clases de Ig y las porciones C de ambas
cadenas ligeras kappa y lambda) se originaran durante la
evolucin por duplicacin de un gen ancestral que codifica-
ba para una unidad Ig de unos 110 aminocidos. Tambin
se piensa que las regiones variables (VH o VL) se originaron
por evolucin de la misma unidad Ig ancestral. Los anlisis
estructurales indican que cada una de las unidades homo-
logas de una cadena ligera o pesada se pliega independien-
temente para formar su propio dominio compacto. Los dos
dominios de una cadena ligera se muestran en la figura 2-
44. En la molcula IgG intacta, cada uno de los dominios de
las cadenas ligeras se relaciona con uno de los dominios
de las cadenas pesadas, como se muestra en la figura 2-43.
Un examen ms estrecho de los polipptidos de las in-
muno globulinas revela que las porciones variables de las
cadenas ligeras y pesadas contiene subregiones especial-
mente variables, o sea hipervariables, de una molcula de
anticuerpo a otra (marcadas Hv en la figura 2-44). Las por-
ciones hipervariables de las cadenas contienen delecciones
e inserciones de aminocidos y tambin sustituciones de un
aminocido por otro. Las cadenas ligeras y pesadas contie-
nen ambas tres fragmentos hipervariables.
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 65
CUADRO 2-4. Tipos de inmunoglobulinas humanas
Tipo
IgA
IgD
IgE
IgG
IgM
Cadena
pesada
a

E
Y
n
Cadena
ligera
KOX
K OK
K O/l
K O
K O-l
Peso molecular
(kD)
360-720
160
190
150
950
Propiedades
Presente en lgrimas, moco nasal, leche materna, secreciones intestinales
Presente en varias membranas plasmticas celulares; funcin desconocida
Se enlaza a casi todas las clulas; libera hstamina, causa de reacciones alrgicas
Anticuerpos solubles primarios de origen sanguneo; atraviesan la placenta
Presente en membranas plasmticas de clulas B, media la respuesta inmunolgica
inicial; activa el complemento microbicida
La especificidad de la molcula de un anticuerpo par-
ticular es determinada por los aminocidos presentes en
los dos sitios para combinacin de antgenos situados en los
extremos de la molcula en forma de Y (fig. 2-43). Los dos
sitios de combinacin de una molcula IgG son idnticos y
cada uno se forma por la asociacin de la porcin variable
de una cadena ligera con la porcin variable de una cadena
pesada a la cual est unida. La construccin de anticuerpos
a partir de pares de cadenas ligeras y pesadas permite a un
individuo producir una tremenda variedad de anticuerpos
a partir de un nmero relativamente moderado de polipp-
tidos diferentes. Por ejemplo, s hay 1 000 cadenas ligeras
diferentes y 1 000 cadenas pesadas distintas, se puede for-
mar un milln (103 X 103) de anticuerpos diferentes, cada
uno con un sitio distinto para combinarse con un antgeno.
El sitio de combinacin de una molcula de anticuerpo
tiene una estructura estereoqumica complementaria a la
del antgeno al cual se va a enlazar. Como sera de esperar,
las porciones hipervariables de cada cadena desempean
un papel prominente en la formacin de la superficie del
sitio de combinacin y explican el mayor grado de espe-
cificidad que pueden mostrar las poblaciones de anticuer-
pos. La figura 2-45 muestra la naturaleza precisa de la inte-
raccin entre un antgeno particular y un anticuerpo, segn
se puede determinar mediante estudios de difraccin de
rayos X. El anlisis de la estructura de los sitios para combi-
nacin de diferentes anticuerpos revela una gran variedad
de formas y tamaos, todas originadas en diferencias de
conformacin de las regiones hipervariables de cadenas lige-
ras y pesadas. Los dominios variables de un anticuerpo
determinan la especificidad del sitio de combinacin de la
molcula, en tanto que los dominios constantes proporcio-
nan un marco estructural para toda la molcula y tambin
efectan una gran variedad de importantes funciones ef ec-
toras. Estas incluyen fijacin del anticuerpo en la membrana
plasmtica, activacin del sistema de complemento mediante
el cual las clulas bacterianas son puncionadas y destrui-
das, paso de anticuerpos a travs de la placenta del feto en
desarrollo y estimulacin de la proliferacin de linfocitos.
F I G U1 A 2-4%. Estructura de un anticuerpo. Este modelo en forma
de listn de una molcula de IgG muestra que contiene cuatro cade-
nas de polipptidos, dos cadenas ligeras idnticas y dos cadenas pe-
sadas idnticas. Una de las cadenas pesadas se muestra en azul, la otra
en amarillo, en tanto que ambas cadenas ligeras se muestran en rojo.
Los dominios de cada cadena (dos por cadena ligera y cuatro por
cadena pesada) son evidentes. Las regiones variables de una cadena
ligera y de una pesada (dominios VL y VH) se juntan en la porcin N-
terminal de los dos polipptidos, formando un sitio para combinar
antgenos. Cada molcula de IgG tiene dos sitios de combinacin que
poseen estructuras idnticas. (Cortesa de Alexander McPherson.)
COOH
Domi ni o Domi ni o
F I G URA 2-44. Dominios de un anticuerpo. Dibujo esquemtico de
una cadena ligera lambda humana sintetizada por las clulas de un
paciente con mieloma mltiple. El polipptido sufre un plegamiento,
de modo que las porciones constante y variable se presentan en do-
minios separados. Las flechas gruesas representan fibras /? ensambla-
das en lminas /i. Cada dominio tiene dos lminas 0 que se pueden
distinguir por los colores rojo y naranja. Los tres segmentos hiperva-
riables (Hv) de la cadena se agrupan en un extremo de dominio varia-
ble que forma parte del sitio para la combinacin del antgeno en
anticuerpo. (Segn Manarme Schif f cr y cois., reimpreso con permiso de
Biochemistry 12:4628, 1973. Copyright 1973, American Chemical So-
ciety.)
66 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
A s n S O
105
Ser 93
FIGURA 2-45. Interaccin antgeno-anticuerpo. Dibujo e sque m-
tico de un de r ivado de vitamina KI (color nar anja) unido a la r e gin
par a combinacin de una molcula de IgG. LI y 1,3 indican e l lugar
apr oximado de las regiones hipe r var iable s pr ime r a y te r ce r a de la
cade na lige r a. HI, H y HB indican las r e gione s hipe r var iable s de
la cade na pe sada. (Segn L. M, Anzel y cois., Proc. Nati. Acad. Sci.
U.S.A. 71:1429, 1974.)
que gobie r nan la r e lacin e ntr e e str uctur a pr imar ia y e s-
tr uctur a te r ciar ia de una pr ote na.
En aos recientes se logr ar on gr ande s avance s e n la
snte sis de genes ar tificiale s cuyos pr oductos pptidos pue -
de n ple gar se e n e str uctur as se cundar ias r e lativame nte sim-
ples, como hace s de hlices a o lminas /J. S in e mbar go, los
inte ntos par a crear una e str uctur a ms comple ja de poli-
pptidos a par tir de la inicial son mucho ms difcile s. Otr a
mane r a de conoce r e l e stado actual de conocimie nto de las
pr ote nas por par te de los bioqumicos e s suministr ar le s la
secuencia pr imar ia de una pr ote na cuya e str uctur a te r cia-
r ia e st a punto de conoce r se y pe r mitir le s que hagan pr e -
diccione s r e spe cto de l aspe cto tr idime nsional que te ndr
dicha pr ote na; lue go se pue de n compar ar las pre diccio-
ne s con la ve r dade r a e str uctur a. Hasta ahor a, e stas pr e dic-
ciones no han sido muy pr e cisas, lo cual sir ve par a r e cor dar -
nos e l alto nive l de comple jidad de las pr ote nas y nue str a
limitada comprensin de la mane r a como la natur ale za trans-
for ma un me nsaje ge ntico line al e n una pr ote na funcional
tr idime nsional.
Un mtodo alte r nativo par a la pr oduccin de nue vas
pr ote nas e s modificar las pr oducidas por las clulas. Avan-
ce s recientes e n la te cnologa de l DNA han pe r mitido a los
inve stigador e s aislar un ge n individual de los cr omosomas
humanos, alte r ar su conte nido de infor macin e n for ma
precisa y lue go sinte tizar la pr ote na modificada con la se -
cue ncia de aminocidos alte r ada. Esta tcnica, a la cual se
de nomina mutagne sis dir igida al sitio, tiene gr an var ie -
dad de usos, tanto e n inve stigacin bsica como e n biologa
aplicada. Por ejemplo, si un inve stigador desea saber el pape l
de un r e siduo par ticular e n e l ple gamie nto de un polippti-
do, se pue de mutar al gene de mane r a que sustituya a un
r e siduo con dife r e ncias de carga, car acte r sticas hidr ofbicas
o pr opie dade s par a for mar enlaces de hidr ge no, y a con-
tinuacin se pue de de te r minar la capacidad de l polipptido
modificado par a logr ar su e str uctur a te r ciar ia nor mal. Como
ve r e mos a lo lar go de este libro, la mutagne sis dir igida al
sitio e s una invaluable he r r amie nta e n e l anlisis de las fun-
ciones e spe cficas de par te s mnimas de casi todas las pr ote -
nas de inte rs biolgico.
Ingeniera de protenas
Los avance s e n biologa mole cular pe r mitie r on disear y
pr oducir e n masa nue vas pr ote nas dife r e nte s de las sinte ti-
zadas por los organismos vivos. Con las tcnicas actuale s
par a sinte tizar DNA e s posible cr e ar un ge n ar tificial que se
pue de e mple ar par a pr oducir pr ote nas que te ngan una se -
cuencia de se ada de aminocidos. El pr oble ma r e side e n sa-
be r cul de todas las posible s protenas, e ntr e una var ie dad
pr cticame nte infinita, se podr a manufactur ar que tuvie r a
alguna funcin til. Por e je mplo, conside r e mos una compa-
a de biote cnologa que quie r e manufactur ar una pr ote na
que se e nlace a la supe r ficie de l vir us de l SIDA par a e limi-
nar lo de una solucin acuosa o de l tor r e nte sangune o. Asu-
mie ndo que un pr ogr ama de simulacin e n computador a
pue de pr e de cir la for ma que de be te ne r tal protena par a
e nlazar se a la supe r ficie de l vir us, qu secuencia de ami-
nocidos se de be r e unir par a pr oducir dicha pr ote na? La
r e spue sta r e quie r e un conocimie nto de tallado de las r e glas
cidos nucleicos
Los cidos nucle icos son macr omolculas constr uidas e n
for ma de cade na lar ga (hebra) de monme r os llamados nu-
cle tidos. La funcin pr incipal de los cidos nucle icos e s
almace nar y tr ansmitir infor macin ge ntica, pe r o tambin
pue de n de se mpe ar funcione s e str uctur ale s o catalticas.
Hay dos tipos de cidos nucle icos e n los or ganismos vivos,
cido de soxir r ibonucle ico (DNA) y cido r ibonucle ico
(RNA). Como se me ncion en el captulo 1, el DNA es
e l mate r ial ge ntico de todos los or ganismos ce lular e s y e l
RNA e fe cta este pape l par a muchos vir us. En las clulas,
la infor macin almace nada e n la plantilla de DNA se e m-
ple a par a dirigir las actividade s ce lular e s dur ante la for ma-
cin de mensajes de RNA. En e l pr e se nte anlisis de scr ibir e -
mos la e str uctur a bsic. de los cidos nucle icos e mple ando
el RNA como molcula r e pr e se ntativa. En el captulo 10
se de scr ibir la e str uctur a ms comple ja de la doble cade na
CAPITULO 2 Bases qumicas d e la vid a 67
Fosfato
N-H
(a)
OH OH
Azcar
Esq u e l e to de
f osf at o d e azcar
B ase
( b )
F I G U R A 2-46. Nucletidos y fibras de nucletido. a) Los ncleo-
ticlos son los monmeros a part i r de los cuales se construyen las ca-
denas de cidos nucleicos. Un nuclet i do consta de tres partes: un
azcar, una base ni t rogenada y un fosfato. Los nuclet i dos de RNA
contienen el azcar ribosa que posee un grupo hidroxilo enlazado al
segundo t omo de carbono. En contraste, los nucletidos de DNA
cont i enen el azcar desoxirribosa, que tiene un tomo de hidrgeno
en vez de un grupo hi droxi lo fi j ado al segundo tomo de carbono.
Cada nucletido est polarizado, tiene un extremo 5' (correspondien-
te al lado 5' del azcar) y un ext remo 3'. b ) Los nuclet i dos se renen
para formar cadenas medi ant e enlaces covalentes que unen al grupo
hidroxilo 3' de un azcar con el grupo fosfat o 5' del azcar adyacente.
2) un grupo fosfato, y 3) una base nitrogenada (as llamada
porque en los anillos de su molcula se encuentran tomos
de nitrgeno). El fosfat o est unido al carbono 5' del azcar
y la base nitrogenada se j unt a al carbono 1' de los azcares.
Durant e el ensamblado de una cadena de cido nucleico, el
grupo hidroxilo fij ado al carbono 3' del azcar de un nu-
cletido queda unido mediante una unin ster al grupo
fosfat o unido al carbono 5' del siguiente nucletido de la
cadena. As, los nucletidos de una cadena de RNA (o DNA)
estn conectados por enlaces azcar-fosfato (fig. 2-46, b ) ,
que se describen como enlaces 3 '-5'-fosfod ister debido a que
el tomo de fosfato est esterificado con los dos tomos de
oxgeno, uno de cada azcar adyacente.
Una cadena de RNA (o de DNA) contiene cuatro tipos
diferentes de nucletido que se distinguen por su base ni-
trogenada. Dos tipos de bases se encuentran en los cidos
nucleicos; pirimidinas y purinas (fig. 2-47). Las pirimidinas
son molculas ms pequeas que constan de un solo anillo;
las purinas son ms grandes y poseen dos anillos. El RNA
contiene dos diferentes purinas, adenina y guanina, y dos
pirimidinas diferentes, citosina y uracilo. En el DNA, el
uracilo se sustituye por timina, una pirimidina con un gru-
po metilo extra pegado al anillo (fig. 2-47).
En condiciones tpicas el RNA consta de una sola cade-
na, pero a menudo se pliega para formar molculas con
extensos segmentos de doble cadena. Esto lo ilustra el RNA
presente dentro de una subunidad pequea del ribosoma
bacteriano (fig. 2-48). Los RNA ribosmicos son molculas
que no contienen informacin gentica; ms bien sirven
como armazones estructurales sobre las cuales pueden unirse
as protenas del ribosoma y como elementos que se fijan a
diferentes componentes solubles requeridos para la sntesis
de protenas. Un RNA ribosrrco de subunidad grande
acta como catalizador en la reaccin para unir aminoci-
dos mediante enlaces covalentes durante la sntesis de pro-
tenas. Los RNA catalizadores se denominan ribosomas, y
N=<
NH CH, O
H-fNH
H O
H
Adenina
H O
Tirnina
H O
Uracilo
de DNA, donde se puede vincular con su papel central en
las bases qumicas de la vida.
En una cadena de RNA cada nucletido consta de tres
part es {fig. 2-46, ); 1) un azcar de cinco carbonos, ribosa;
F I G U R A 2-47. Bases nitrogenadas en los cidos nucleicos. De J as
cuat ro bases estndar que se encuentran en el RNA, adenina y gua-
ni na son purinas y uracilo y citosina son pirimidinas. En el DNA, las
pi ri mi di nas son citosina y timina, que difieren del uraciio por un
grupo metilo uni do al ani llo.
68 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
FIGURA 2-48. El RNA puede asumir formas complejas, como la
ilustrada en el RNA ribosmico aqu mostrado, el cual es un compo-
nente integral de la subunidad ribosmica ms pequea. La cadena de
RNA se pliega sobre s misma en un patrn muy ordenado, de modo
que la mayor parte de la molcula forma una doble cadena. Las som-
bras de color naranja indican regiones donde dos porciones de la
cadena se enlazan entre s por un enlace de hidrgeno.
en La va experimental del captulo 11 se estudian en detalle
su estructura y funcin.
Los nucletidos no slo son elementos importantes para
construir cidos nucleicos, sino que tambin tienen funcio-
nes significativas por s mismos. La mayor parte de la ener-
ga utilizable por todo organismo viviente en cualquier
momento se deriva del nucletido trifosfato de adenosina
(ATP). La estructura del ATP y su papel clave en el metabo-
lismo celular se estudian en el siguiente captulo.
Un inunde de RNA
En los ltimos 50 aos los estudios de investigacin han
revelado notables avances en diferentes tipos de protenas,
y la importancia del DNA como almacn y para controlar la
actividad de las clulas. Por lo contrario, el RNA ha sido
relegado principalmente a un papel de mensajero, un inter-
mediario del flujo de informacin gentica procedente del
DNA (a travs del RNA) hacia las protenas. Este concepto
cambi en los ltimos aos cuando se supo que en el ribo-
soma el RNA se encarga de unir aminocidos para formar
un polipptido y es tambin el RNA de las partculas nu-
cleares el que probablemente se encargue de cortar y unir
los mensajes genticos. Estos datos llevaron a especular que
en algn momento, en las primeras etapas de la evolucin
biolgica, no existan sobre el planeta ni DNA ni protenas.
En vez de ellos, las molculas de RNA efectuaban una do-
ble tarea; servan como material gentico y catalizaban las
reacciones enzimticas necesarias. Slo en una etapa poste-
rior de ia evolucin se "encargaron" estas actividades al
DNA y a las protenas (vase seccin 11-3).
2-6 Formacin de estructuras
macromoleculares complejas
Como se describe en La va experimental al final de este ca-
ptulo, mediante varios estudios se ha establecido que la
compleja estructura tridimensional de una protena puede
formarse en forma espontnea por autoensamblado o con
ayuda de un pequeo nmero de "chaperones" inespecficos
presentes en la clula. Por lo tanto, la secuencia de ami-
nocidos de una protena es el determinante primario de la
forma tridimensional final de la protena.
Hasta qu grado se pueden aplicar los conocimientos
adquiridos del estudio de la arquitectura de protenas a
estructuras ms complejas en la clula? Estructuras como
membranas, ribosomas y elementos citoesquelticos que
constan de diferentes tipos de subunidades, tambin pue-
den ensamblarse por s solas? Hasta qu punto se puede
explicar la organizacin subcelular simplemente colocando
pedazos unidos para formar el arreglo ms estable? El en-
samblado de los organelos celulares todava es mal com-
prendido, pero de los siguientes ejemplos se puede concluir
que diferentes tipos de subunidades son capaces de au-
toensamblarse para formar arreglos de orden ms elevado.
Ensamblado de las partculas virales
del mosaico del tabaco y de sus subunidades
ribosmicas
La prueba ms convincente de que un proceso particular de
ensamblado puede ser autodirigido es demostrar que bajo
condiciones fisiolgicas puede ocurrir fuera de la clula (in
vitro) cuando las nicas macromolculas presentes son aque-
llas que constituyen la estructura final. En 1955, Heinz
Fraenkel-Conrat y Robley Williams, de la Universidad de
California en Berkeley, demostraron que las partculas del
VMT, que constan de una molcula de RNA larga (unos
6 600 nucletidos) arrollados dentro de una cpsula helicoi-
dal formada por 2 130 subunidades protenicas idnticas
tenan capacidad de autoensamblarse. En sus experimentos
purificaron protenas del VMT y de RNA por separado, las
mezclaron bajo condiciones adecuadas y recuperaron part-
culas infecciosas maduras luego de un breve periodo de
incubacin. Aunque la secuencia de hechos que conducen
al ensamblado del VMT fue motivo de controversia en aos
recientes, hay poco desacuerdo acerca de que los dos com-
ponentes contienen toda la informacin necesaria para la
formacin de partculas.
Los ribosomas, como las partculas del VMT, se forman
de RNA y protenas. A diferencia del VMT ms simple, los
ribosomas contienen varios tipos diferentes de RNA y un
conjunto considerable de diferentes protenas. Todos los ri-
bosomas, cualquiera que sea su origen, se componen de dos
subunidades de diferente tamao. Aunque los ribosomas
en general se consideran estructuras simtricas, en realidad
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 69
FIGURA 2-19. Formas aparentes de las subunidades ribosmicas. Modelos de las subuni-
dades ribosmicas pequea (305) y grande (SOS) de la bacteria E. coli mostrando la ubicacin de
algunas protenas ribosmicas. Las dos subunidades no se muestran en la misma escala. (Cortesa
de H. G. Wittmann.)
19
11
tienen una forma muy irregular, como se indica en la figura
2-49. La unidad ribosmica grande (o SOS) de E. coli contie-
ne dos molculas de RNA y 32 protenas diferentes. La sub-
unidad ribosmica pequea (o SOS) contiene una molcula
de RNA y 21 protenas diferentes.
Uno de los acontecimientos fundamentales en el estu-
dio de los ribosomas ocurri a mediados del decenio de
1960, cuando Masayasu Nornura y sus colaboradores, de la
Universidad de Wisconsin, lograron reconstituir subuni-
dades 30S completas y totalmente funcionales mezclando
las 21 protenas purificadas de la subunidad pequea con
RNA ribosmico purificado del mismo tipo de subuni-
dad. Al parecer, los componentes de la subunidad pequea
contienen completa la informacin necesaria para ensam-
blar toda la partcula. El anlisis de los intermediarios que
se forman en diferentes etapas de la reconstruccin in vitro
indica que el ensamblado de la subunidad ocurre de mane-
ra secuencial, paso a paso, muy parecido al proceso in vivo.
Este ensamblado del VMT sugiere que la incorporacin de
protenas individuales parece modificar la conformacin
de la partcula en crecimiento hacindola ms reactiva a la
fij acin de protenas adicionales. Cuando menos una de las
protenas de la subunidad pequea (516) parece funcionar
exclusivamente en el ensamblado del ribosoma; la deleccin
de esta protena en la mezcla de reconstitucin disminuye
mucho la tasa del proceso de ensamblado, pero no bloquea
la formacin de los ribosomas funcionales completos. Mu-
chas otras protenas de la subunidad pequea funcionan
principalmente para estabilizar la estructura ensamblada.
La reconstitucin de una subunidad grande del ribosoma
bacteriano se logr en el decenio siguiente.
Debe recordarse que en tanto la reconstitucin in vitro
del ribosoma tarda aproximadamente dos horas a 50C, la
bacteria puede ensamblar la misma estructura en unos po-
cos minutos a temperaturas tan baj as corno 10C Puede ser
que la bacteria utilice "trucos" especiales no disponibles al
investigador que inicia con componentes purificados. Por
ejemplo, la formacin del ribosoma dentro de la clula pue-
de incluir la participacin de factores accesorios que funcio-
nan en el plegamiento de la protena como los chaperones
descritos en la pgina 72. En realidad, la formacin de ribo-
somas dentro de una clula encala implica la asociacin
transitoria de varias protenas que no terminan en la part-
cula final y tambin la eliminacin de casi la mitad de los
nucletidos del precursor de RNA ribosmico grande (sec-
cin 11-3). Como resultado, los componentes del ribosoma
eucariota maduro ya no poseen la informacin para re-
constituirse por s mismos in vitro.
70 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
L A V I A E X P E R I M E N T A L
Construccin de la estructura de una protena
A fines del decenio de 1950 se dilucid la estructura terciaria
de la mioglobina al demostrar la complejidad de la arquitectu-
ra de las protenas. De inmediato se origin una pregunta
importante: cmo puede una estructura tan compleja, plega-
da y retorcida, organizarse en la clula? En 1958, Francis Crick
sugiri que "el plegamiento simplemente es una funcin del
orden de los aminocidos".1 En otras palabras, una vez que se
sintetiza un polipptido a partir de una secuencia particular
de aminocidos codificados en el DNA, el polipptido se plie-
ga espontneamente en su organizacin tridimensional apro-
piada. Como se analiza en el siguiente captulo, los aconteci-
mientos tienden a progresar hacia estados de menor energa.
Segn la hiptesis de Crick, la estructura terciaria particular
que adopta un polipptido es la que posee la menor energa y
confiere a la estructura la mayor estabilidad. La primera prue-
ba de esta hiptesis fue realizada por Christian Anfinsen y sus
colegas en los National Institutes of Health al usar la pro-
teinrribonucleasa A.
La ribonucleasa A es una pequea enzima que consta de
una sola cadena de polipptidos de 124 aminocidos con cua-
tro enlaces disutfuro que unen varias partes de la cadena (fig.
VE 2-1). Como era imposible aislar cadenas de ribonucleasa
antes que sufriera su plegamiento dentro de la clula, Anfinsen
tuvo que seguir el siguiente mtodo. Purific la enzima activa
a partir de clulas, a continuacin trat la protena con agentes
capaces de destruir las estructuras secundaria y terciaria del
polipptido, y luego estudi la capacidad de la protena para
restablecer su conformacin activa (nativa). El desplegarniento
o desorganizacin de una protena se denomina desnaturaliza-
cin y se puede efectuar mediante varios agentes, incluyendo
detergentes, solventes orgnicos, radiaciones, calor y compues-
tos como la urea y el cloruro de guanidina, los cuales bloquean
diferentes interacciones que estabilizan la estructura terciaria
de una protena. Para desnaturalizar la ribonucleasa Anfinsen
trat primero la molcula con/?-mercaptoetanol, agente reduc-
tor que rompe los puentes disulfuro y los convierte en grupos
sulfhidrilo (SH) de cisterna; y con urea concentrada capaz de
romper enlaces no covalentes. Juntos estos agentes pueden
desorganizar por completo la protena. Una vez eliminados
el mercaptoetanol y la urea, Anfinsen observ que las molcu-
las activas de la enzima se reconstruyeron (fig. VE 2-1}, mo-
lculas estructural y funcionalmente indistinguibles de las pre-
sentes al principio del experimento.2 Anfinsen concluy que la
secuencia de aminocidos de un polipptido contiene toda
la informacin requerida para ensamblar la conformacin tri-
dimensional de las protenas, y por lo tanto el proceso de ple-
gamiento ocurre por autoensamblado.
La conclusin de que el replegamiento de la ribonucleasa
ocurre por autoensamblado se apoya en la presuncin de que
la urea provoca desorganizacin total de la protema, lo cual es
imposible de verificar. Si el polipptido retiene un mnimo de
Desplegamiento
(urea + mercaptoeanol)
K IC U K A VE 2-1 .Una molcula nativa de ribonucleasa (con enlaces
disulfuro intramoleculares) es reducida y desplegada con /3-mercap-
toetanol y urea M8. Luego de eliminar estos reactivos la protena sufre
replegamiento espontneo. (Tomado de C./. Epstein, R.F. Goldberger y
C.B. Anfinsen, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 23:439, 1963.)
orden en presencia de la urea, podra argirse que eso facilita
el replegamiento de la molcula despus de quitar el agente des-
naturalizador. Posteriormente se confirm la capacidad de la
ribonucleasa para autoensamblarse con la demostracin de que
la ribonucleasa se puede sintetizar en el laboratorio, aminoci-
do por aminocido, y que el producto sintetizado todava tiene
capacidad para plegarse sobre s mismo y producir una mol-
cula de enzima activa.3
Cuando Anfinsen y otros investigadores intentaron am-
pliar sus observaciones a otras protenas lograron resultados
mixtos.4 Algunos polipptidos desnaturalizados se volvieron
a plegar a sus conformaciones nativas, otros no. Incluso las
protenas que se autoensarnblaron, lo hicieron mucho ms len-
tamente de lo que ocurre dentro de la clula. Adems, el auto-
ensamblado ocurri mucho ms extensamente cuando la pro-
tena estaba presente en concentracin mucho menor (0.01 a
0.1 mg/ml) y temperaturas ms bajas que las observadas en
la clula. Anfinsen concluy que la concentracin y tempera-
tura menores reducan la probabilidad de formacin de agre-
gados moleculares interactivos. Aunque el plegamiento de los
polipptidos fue menos eficaz en el tubo de ensaye que en a
clula, los resultados de estos estudios sugieren fuertemente
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 71
FIGURA VE 2-2. Etapas propuestas en el proceso de plegamento
de una protena. Los segmentos enrollados representan una hlice a
y las flechas representan fibras / f. (Segn Jane S. Richardson, Adv. Prot.
Chem. 34:326, 1981.)
que la estructura terciara de un polipptido puede originarse
de manera espontnea a partir de su estructura primaria.
En los ltimos 30 aos se han publicado cientos de traba-
jos acerca de las vas de plegamiento de protenas. En un poli-
pptido determinado de 100 aminocidos hay ms de 1 000
enlaces que pueden girar y los clculos indican que si el plega-
miento ocurre de manera totalmente al azar, podra requerirse
mayor tiempo que la edad del universo en la bsqueda de
todas las conformaciones posibles. Claramente, debe haber
alguna direccin ("abreviaturas" moleculares) para el proce-
so. Los estudios de Jane Richardson y sus colegas, en la Uni-
versidad de Duke, y de otros indican que el proceso de plega-
miento ocurre en pasos ordenados (fig. VE 2-2) con formacin
de intermediarios bien definidos.5 Una vez que se logra un
intermediario plegado aparecen guas que dirigen el proceso
hacia la siguiente etapa intermedia y por lo tanto eliminan la
necesidad de probar muchas conformaciones inestables. El pro-
ceso puede compararse a caminar por una playa rocosa o subir
una cuesta empinada. A cada paso la persona busca una roca
plana o un apoyo firme que lo gue hacia el siguiente sitio.
Las primeras etapas del plegamiento generan, en condi-
ciones tpicas, gran parte de la estructura secundaria de la
protena, las hlices a y las lminas/?, que forman una arma-
zn estable para los pasos subsecuentes. Se piensa que durante
la evolucin se seleccionaron secuencias de aminocidos que
forman con mayor rapidez a estos intermediaros relativamen-
te estables. El plegamiento subsecuente de la mayor parte de
las protenas solubles se gua por interacciones hidrofbicas
que obligan a los residuos no polares a juntarse en el ncleo
central de la protena formando una molcula compacta
estabilizada por fuerzas de van der Waals. El ltimo paso,
cuando se requiere, es la formacin de puentes disulfuro.
Durante el decenio de 1980 se lograron nuevos conocimientos
en el proceso de plegamiento dependientes de los resultados
obtenidos a partir de una lnea de investigacin inesperada.
En 1962, el bilogo italiano F.M. Ritossa estudiaba el desa-
rrollo de la mosca de la fruta Drosopha y public un dato
curioso.6 Cuando la temperatura a la cual se desarrollaban las
larvas de la mosca de la fruta se elevaba de los 25C normales
a 32C, se activaban algunos sitios nuevos en los cromosomas
gigantes de las larvas. Como veremos en el captulo 10, los
cromosomas gigantes de las larvas de estos insectos suminis-
tran una manera de visualizar la expresin del gen. Los resul-
tados sugieren que el incremento de temperatura induce la
expresin de nuevos genes, dato que se confirm 10 aos ms
tarde con la caracterizacin de varias protenas nuevas presen-
tes en la larva luego de elevar la termperatura.7 Pronto se
observ que esta respuesta, denominada respuesta al choque
de calor, no se limita a la mosca de la fruta, sino que tambin
puede iniciarse en muchas otras clulas diferentes de prctica-
mente cualquier tipo de organismo, desde bacterias hasta plan-
tas y mamferos.8 Un examen ms detenido revel que las
protenas caracterizadas no slo se encontraban en las clulas
sometidas al choque de calor, sino tambin en concentracin
menor en clulas bajo condiciones normales. Cul es la fun-
cin de estas protenas por choque de calor?
La estructura de muchas protenas es muy sensible a la
temperatura; una ligera elevacin de temperatura puede ini-
ciar el desdoblamiento de estas protenas. Este desdoblamien-
to expone residuos hidrofbicos previamente ocultos en el
ncleo de la protena. Igual que las molculas de grasa en un
plato de sopa se renen en gotas, lo mismo ocurre a protenas
con placas hidrofbicas en su superficie. Cuando se somete
una clula al choque de calor, las protenas solubles tienden a
desnaturalizarse y formar agregados. En 1985 se public un
trabajo donde se demostraba que luego de la elevacin de la
temperatura penetraba al ncleo de las clulas afectadas un
tipo de protenas de choque de calor y se enlazaban a los agre-
72 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
gados de protenas nucleares, donde actuaban como "pata de
cabra molecular" que favorece la disgregacin.9 Estudios adi-
cionales indican que las protenas producidas por el choque de
calor funcionan durante e! proceso normal de plegamiento
enlazndose a las placas hidrofbicajs expuestas sobre la su-
perficie de intermediarios parcialmente plegados, evitando su
agregacin. Debido al papel auxiliar de estas protenas en el
proceso de plegamiento para evitar interacciones indeseables,
se les denomin chapetones moleculares.10
Se han descrito diferentes tipos de chaperones molecu-
lares, y se ha demostrado que actan en secuencias muy pare-
cidas a un equipo de relevos. Un tipo de chapern se une a
un polpptido conforme se sintetiza sobre el ribosoma; luego el
polipptido pasa a otro tipo de chapern que lo protege du-
rante la siguiente etapa de plegamiento. La molcula chapern
F I G U R A VE 2-3. Modelo de uno de los dos anillos del complejo
GroEL. Cada anillo se compone de siete subunidades. Las hlices a se
muestran en azul, la fibras/ en verde y los segmentos de conexin en
naranj a. La proena forma un cilindro hueco, segn se indica en la
siguiente figura. (Tomado de K. Braig y cois., Nature 371:589, 1994,
cortesa de Paul B. Siglcr. Copyright 1994, Macmillan Magazines Limited.)
mejor estudiada se denomina GroEL y se encuentra en el cito-
plasma de la bacteria E. coli; una-protena homologa denomi-
nada hsp60 se observ en mitocondrias y cloroplastos. Las
clulas bacterianas que poseen un muante GroEL no funcio-
nal carecen de varias actividades enzimticas. Estas enzimas
se sintetizan en los ribosomas de la clula, pero son incapaces
de plegarse en la forma nativa, requisito para lograr un estado
activo.11
GroEL es un complejo molecular enorme de 14 subuni-
dades idnticas de polipptidos dispuestos en dos anillos
apilados que recuerdan una "dona doble". La determinacin
de la estructura tridimensional GroEL revel que en cada ani-
llo se agrupan 7 subunidades que rodean una cavidad central
( fig. VE 2-3).12 Se cree que en el proceso de plegamiento las
protenas de as etapas intermedias quedan secuestradas den-
tro de la cavidad central para evitar un plegamiento errneo o
que se unan a otras protenas. Una vez dentro de la cavidad
GroEL, los polipptidos parcialmente plegados pueden sufrir
ciclos alternados entre dos estados: enlazados a las paredes de
la cmara y libres dentro del espacio de la cmara (fig. VE 2-4).
Cada vez que el polipptido se libera de las paredes de la
cmara presumiblemente avanza otro paso hacia su conforma-
cin final. Cuando concluyen los pasos de plegamiento, el po-
lipptido pierde su capacidad para enlazarse a la pared de la
cmara y abandona el complejo GroEL.
Puesto que los chaperones moleculares como GroEL slo
suministran el ambiente para el plegamiento del polipptido y
no poseen informacin indispensable para el proceso, todava
el plegamiento de un polipptido se considera "autoensam-
blado". Los chaperones moleculares no slo ayudan al autoen-
samblado, sino que tambin participan en desplazar protenas
a travs de las membranas para colocarlas en su posicin apro-
piada dentro de organelos especficos, como mitocondrias y
cloroplastos.13 Dado que los mismos chaperones pueden faci-
litar el plegamiento de una gran variedad de polipptidos, se
presume que los intermediarios parcialmente plegados deben
compartir caractersticas comunes que les permiten enlazarse
a los mismos chaperones. Una vez que la protena asume su
conformacin final, estos sitios de enlace al parecer se ocultan
en el interior de la protena y sta pierde su capacidad de
interactuar de nuevo con un chapern.
SINOPSIS
Los enlaces covalentes juntan tomos para formar molcu-
las. Los enlaces covalentes son estructuras estables formadas
cuando los tomos comparten los electrones de su capa exter-
na, y cada participante gana una capa llena. Los enlaces cova-
lentes pueden ser simples, dobles o triples segn el nmero de
pares de electrones compartidos. Si los electrones en el enlace
son compartidos de manera desigual por los tomos que for-
man los electrones, el tomo con mayor atraccin por electro-
nes (el ms electronegativo) posee carga parcial negativa, en
tanto que el otro tomo posee carga parcial positiva. Las mol-
culas sin enlaces polarizados tienen carcter no polar o hidro-
fbico que las hace insolubles en agua. Las molculas con en-
laces polarizados tienen carcter polar o hidroflico que las
hace hidrosolubles. Las molculas polares de importancia bio-
lgica contienen uno o ms tomos electronegativos, de ordi-
nario O, N, S o P (p. 37).
Dbiles fuerzas de atraccin forman enlaces no covalentes
dentro de la misma molcula o entre dos molculas cercanas
entre regiones con carga positiva y negativa. Los enlaces no
covalentes desempean un papel clave para conservar la es-
tructura de las molculas biolgicas y mediar sus actividades
dinmicas. Los enlaces no covalentes incluyen enlaces inicos,
enlaces de hidrgeno y fuerzas de van der Waals. Los enlaces
inicos se forman entre grupos con carga positiva y negativa;
los enlaces de hidrgeno se establecen entre un tomo de hidr-
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 73
O
GroEL
e
Enlace
a GroEL
O
Liberacin
Y plegamiento
O
Enlace
a GroEl
e
Liberacin
y plegamiento
Plegamiento completo,
no se enlaza, liberado
FIGURA VE 2-4. Modelo esquematizado de las etapas del plegamiento de una protena que pueden ocurrir dentro del complejo GroEL. Los
segmentos amarillos del polipptido representan secuencias de residuos hidrofbicos expuestos sobre el polipptido parcialmente plegado.
Placas hidrofbicas de este tipo pueden actuar como sitios de enlace para otros popptidos parcialmente plegados, lo que conduce a la
formacin de agregados. Esto se puede evitar mediante interacciones entre estos sitios y la pared interna de la cmara del GroEL. Durante su
estancia en la cavidad GroEL, el polipptido parcialmente plegado puede alternar entre dos estados: enlazado a la pared de la cmara y libre.
Se piensa que estos cambios en las propiedades de enlace del GroEL son resultado de cambios de conformacin provocados por hidrlisis de
ATP. El plegamiento producido por la internalizacin de las placas hidrofbicas ocurre por pasos durante los periodos en que el polipptido
se libera de la pared de la cmara. Se puede notar que otra protena llamada GroES (no mostrada) a veces se enlaza a la parte de arriba o de
abajo de GroEL y excluye la cmara durante el proceso de plegado.
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geno unido mediante enlace covalente (con carga parcial posi-
tiva) y un tomo de nitrgeno o de oxgeno unido mediante
enlace covalente (con carga parcial negativa); las fuerzas de
van der Waals se ejercen entre dos tomos con carga transito-
ria debido a asimetra momentnea en la distribucin de los
electrones que rodean a los tomos. Molculas no polares o
porciones no polares de molculas ms grandes en medios
acuosos tienden a juntarse para establecer interacciones hi-
drofbicas. Ejemplos de diferentes tipos de interacciones no
covalentes incluyen la asociacin de DNA y protenas median-
te enlaces inicos, el agrupamiento de cadenas pares de DNA
a travs de enlaces de hidrgeno y la formacin de un ncleo
hidrofbico en protenas solubles corno resultado de interac-
ciones hidrofbicas y fuerzas de van der Waals (;> . 33).
El agua posee propiedades nicas de las cuales depende la
vida. Los enlaces covalentes para constituir una molcula de
agua estn muy polarizados. Como resultado, el agua es un
excelente solvente capaz de formar enlaces de hidrgeno prc-
ticamente con toda molcula polar. El agua tambin es un de-
terminante principal de la estructura de las molculas biolgi-
cas y de los tipos de interacciones en las cuales participan. El
pH de una solucin es una medida de la concentracin de
iones hidrgeno (o hidronio). La mayor parte de los procesos
biolgicos son muy sensibles a pH porque los cambios en la
concentracin de ion hidrgeno alteran el estado inico de las
molculas biolgicas. Las clulas estn protegidas de las varia-
ciones de pH por amortiguadores, compuestos que reaccionan
con iones hidrgeno o hidroxilo (p. 37).
74 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
Los tomos de carbono desempean un papel clave en la
formacin de molculas biolgicas. Cada tomo de carbono
tiene capacidad para enlazarse hasta con otros cuatro tomos,
incluyendo otros tomos de carbono. Esta propiedad le permi-
te formar molculas grandes cuyo esqueleto consiste en una
cadena de tomos de carbono. Las molculas que slo contie-
nen hidrgeno y carbono se denominan hidrocarburos. La
mayor parte de las molculas de importancia biolgica contie-
nen grupos funcionales que incluyen uno o ms tomos
electronegativos que hacen a la molcula ms polar, ms hi-
drosoluble y ms reactiva ( p , 39).
Algunas molculas biolgicas son molculas pequeas; otras
son macromolculas formadas a partir de elementos de cons-
truccin ms pequeos. Las macromolculas constituyen el
material de un organismo y efectan las funciones requeridas.
Casi todas las macromolculas son polmeros construidos por
unin de subunidades monmeras en cadenas largas. Las
macromolcuas se descomponen por hidrlisis ( p . 41).
Las molculas biolgicas son miembros de cuatro familias
distintas: carbohidratos, lpidos, protenas y cidos nucleicos.
Los carbohidratos incluyen azcares simples y molculas ms
grandes (polisacridos) construidos con monmeros de az-
car. La funcin primaria de los carbohidratos es almacenar
energa qumica y servir como material de construccin dura-
ble para estructuras biolgicas. Los azcares biolgicos sim-
ples constan de un esqueleto de tres a siete tomos de carbono,
cada carbono se une a un grupo hidroxilo, excepto uno que
posee un grupo carbonilo. Los azcares con cinco o ms to-
mos de carbono pueden formar molculas en forma de anillo
mediante autorreaccin. Los tomos de carbono situados a lo
largo del esqueleto del azcar unidos a cuatro grupos diferen-
tes son sitios de estereoisomerismo y generan pares de ismeros
que no pueden superponerse. El carbono asimtrico ms aleja-
do del carbonilo determina si el azcar es D o L. Los azcares
se unen entre s mediante enlaces glucosdicos para formar
disacacridos, oligosacridos y polisacridos. En animales, el
azcar se almacena principalmente como glucgeno, un poli-
sacrido ramificado que constituye una fuente de energa rpi-
damente disponible. En las plantas, las reservas de glucosa se
almacenan como almidn, una mezcla de anulosa no ramificada
y amilopectina ramificada. La mayor parte de los azcares,
tanto en el glucgeno como en el almidn, estn juntos por
uniones a(l>4). La celulosa es un polisacrido estructural ela-
borado por clulas vegetales que constituye el principal com-
ponente de la pared celular. En la celulosa, los monmeros de
la glucosa se juntan mediante uniones /?(l->4), que pueden
romperse por accin de la celulosa, enzima ausente en casi
todos los animales. La quitina es un polisacrido estructural
compuesto de monmeros de N-acetilglucosamina ( p . 44).
Los lpidos corresponden a diversos arreglos de molculas
hidrofbicas que poseen estructura y funciones muy dife-
rentes. Las grasas constan de una molcula de glicerol esteri-
ficado que forma tres cidos grasos. Los cidos grasos difieren
en la longitud de la cadena, nmero y posicin de los dobles
enlaces (sitios de insaturacin). Las grasas son muy ricas en
energa qumica; un gramo de grasa contienen ms del doble
de la energa que un gramo de carbohidratos. Los esteroides
son un grupo de lpidos que contienen un esqueleto de hidro-
carburos caracterstico de cuatro anillos. Los esteroides inclu-
yen el colesterol y tambin numerosas hormonas {p. ej., testos-
terona, estrgenos y progesterona) sintetizadas a partir de
colesterol. Los fosfolpidos son molculas de lpidos que con-
tienen fosfato, tanto en su extremo hidrofbico como en el
hidroflico y desempean un papel vital en la estructura y
funcin de las membranas celulares ( v. 49).
Las protenas son macromolculas de funcin diversa que
contienen aminocidos unidos por enlaces peptdicos para
formar cadenas de polipptidos. Los diversos arreglos de
protenas incluyen enzimas, materiales estructurales, recepto-
res de membrana, factores reguladores de genes, hormonas,
agentes de transporte y anticuerpos. El orden en el cual se
pueden incorporar los 20 aminocidos diferentes a una pro-
tena est codificado en la secuencia de nucletidos del DNA.
Los 20 aminocidos comparten una organizacin estructural
comn que consiste en un carbono a unido a un grupo amino,
un grupo carboxilo y un grupo R de estructura variable. En el
presente esquema, los grupos R se clasifican en cuatro catego-
ras: con carga neta a pH fisiolgico; polares sin carga pero
capaces de formar enlaces de hidrgeno; no polares que inter-
actan a travs de fuerzas de van der Waals, y tres aminocidos
(proiina, cisterna y glicina) con propiedades nicas ( p . 50).
La estructura de una protena se puede describir en cuatro
niveles de complejidad creciente. La estructura primaria es
descrita por la secuencia de aminocidos de un polipptido; la
estructura secundaria correspondiente al arreglo tridimensio-
nal (conformacin) de las secciones de un esqueleto de poli-
pptidos; la estructura terciaria dada por la conformacin de
todo el polipptido, y la estructura cuaternaria que corresponde
al arreglo de las subunidades si la protena consta de ms
de una cadena de polipptidos. La hlice a y la lmina plegada
fi son estables, y la mxima estabilidad se observa en estruc-
turas secundarias unidas con enlaces de hidrgeno comunes
en muchas protenas. La estructura terciaria de una protena
es muy compleja y nica para cada tipo individual de prote-
na. La mayor parte de las protenas poseen una forma globular
en la cual e polipptido se pliega para formar una molcula
compacta con residuos especficos situados estratgicamente
para permitir a la protena efectuar su funcin especfica. El
anlisis de un gran nmero de protenas revela que muchas
contienen dominios que les confieren independencia estruc-
tural y funcional ( p , 54).
Las actividades de las protenas se acompaan de cambios
de conformacin. Algunos movimientos se pueden clasificar
como vibraciones moleculares al azar, en tanto que otros son
cambios dirigidos en la posicin relativa entre grupos particu-
lares de la protena ( p . 62)
Los cidos nucleicos son molculas principalmente de infor-
macin que constan de cadenas de nucletidos monmeros.
Cada nucletido en una cadena consta de un azcar, fosfato y
base nitrogenada. Los nucletidos estn unidos por enlaces
entre los grupos hidroxilo 3' del azcar de un nucletido y el
CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida 75
grupo fosfato 5' del nucletido adyacente. El RNA y el DNA
estn ensamblados a partir de cuatro nucletidos diferentes;
los nucletidos se distinguen por sus bases, que pueden ser
una pirimidina (citosina o uracilo/t imina) o una purina
fadenina o guanina). El DNA es una cadena doble de cido
nucleico, y el RNA por lo general es una cadena nica, aunque
a menudo la cadena nica se pliega sobre s misma para for-
mar secciones de doble cadena. En los cidos nucleicos, la
informacin est codificada en la secuencia especfica de nu-
cletidos que componen una cadena (p, 66).
La informacin requerida para que una cadena de polippti-
dos adopte su conformacin nativa est codificada en la es-
tructura primaria. Algunas protenas adoptan su conforma-
cin final por s mismas, otras requieren la ayuda de chapero-
nes inespecficos. Algunos complejos macromoleculares, como
VMT y las subunidades ribosmicas de las bacterias, tambin
son capaces de autoensamblado, corno se puede observar en
experimentos con partculas funcionalmente activas que pue-
den reconstituirse a partir de mezclas de componentes purifi-
cados (p. 68).
PREGUNTAS DE REPASO
1. Describir algunas de las propiedades que distinguen a los
enlaces covalentes de los no covalentes.
2. Por qu las molculas polares, como las del azcar de
mesa, se disuelven con facilidad en el agua? Por qu se
forman gotas de grasa sobre la superficie de una solucin
acuosa? Por qu el sudor enfra al cuerpo?
3. Si se aade cido clorhdrico al agua, cul es el efecto
sobre la concentracin de ion hidrgeno?; sobre el pH?;
sobre la carga inica de cualquier protena en la solucin?
4. Qu propiedades del tomo de carbono son cruciales para
la vida?
5. Qu macromolculas son polmeros? Cul es la estructura
bsica de cada tipo de monmero? Cmo varan entre s
los diferentes monmeros de cada tipo de rnacromolcula?
6. Describir la estructura de los nucletidos y cmo se juntan
estos rnonmeros para formar una cadena de polinucle-
tidos. Por qu sera sumamente simplista describir el RNA
como un cido nucleico de una sola cadena?
7. Cul es la relacin entre una base y su cido conjugado?
8. Los tomos de oxgeno tienen ocho protones en su ncleo.
Cuntos electrones tienen? Cuntos orbitales se encuen-
t ran en la capa ms interna de electrones? Cuntos elec-
trones hay en la capa externa? Cuntos electrones ms
puede contener la capa externa antes de llenarse?
9. Nombrar tres polisacridos compuestos de monrneros de
glucosa. En qu difieren estas macromolculas entre s?
10. Describir las propiedades de tres tipos diferentes de mol-
culas de lpidos. Cules son sus respectivos papeles biol-
gicos?
11. Cul es la principal propiedad que distingue a los dife-
rentes aminocidos entre s? Qu papel desempean estas
diferencias en la estructura y funcin de las protenas?
12. Cules son las propiedades de la glicina, la prolina y la
cistena que distinguen a estos aminocidos de todos los
dems?
13. Cules son las propiedades diferentes de una hlice a
respecto de una lmina /?? Cmo afecta cada una de estas
estructuras secundarias a las propiedades de una protena
corno a-queratina o seda?
14. Puesto que las protenas actan como mecanismos mole-
culares, explicar porqu los cambios de conformacin son
tan importantes en la funcin de las protenas.
15. Qu tipo de pruebas sugieren que las subunidades ribos-
micas bacterianas son capaces de autoensamblado pero las
subunidades eucariotas no lo son?
PREGUNTAS ANALTICAS
1. La anemia drepanoctica es resultado de la sustitucin de
una valina por un cido glutmico. Cul sera el efecto
esperado si la mutacin fuera colocar una leucina en ese
sitio? Un cido asprtico?
2. Elabore una lista con los siguientes compuestos respecto
de la solubilidad esperada en agua: CHaC^Cr^CF^OH,
glucosa, CH3{CH2)5CH3.
3. Cuntos ismeros estructurales se pueden formar a partir
de una molcula con la frmula CsH^? Con C^g?
4. El gliceraldehido es la nica aldotetrosa de tres carbonos y
puede haber dos estereoismeros. Cul es la estructura de
la dihidroxiacetona, la nica cetotriosa? Cuntos estereo-
ismeros la forman?
5. Se conocen bacterias que cambian el tipo de cidos grasos
que producen conforme se modifica la temperatura de su
ambiente externo. Qu tipo de cambio se esperara en los
cidos grasos cuando la temperatura desciende? Por qu
este cambio sera adaptativo?
6. Cul de los siguientes compuestos, si\es el caso, consta de
cadenas no ramificadas: polipptidos, cidos grasos, celu-
losa, glucgeno?
7. Identificar el carbono a en el esqueleto del polipptido
CCNCCNCCNH2.
8. Cul de las siguientes afirmaciones es cierta? Incremen-
tando el pH de una solucin: 1) se suprime la disociacin
de un cido carboxlico; 2) aumenta la carga de un grupo
amino; 3) aumenta la disociacin de un cido carboxlico;
4) se suprime la carga de un grupo amino.
9. Cul de los cuatro tipos de aminocidos posee grupos R
con el mayor potencial para formar enlaces de hidrgeno?
Cul tiene el mayor potencial para formar enlaces inicos?
Para formar interacciones hidrofbicas?
10. Si las tres enzimas del complejo piruvato deshidrogenase
existieran como protenas fsicamente separadas en vez de
complejo, qu efecto tendra eso sobre la velocidad de las
reacciones catalizadas por estas enzimas? Por qu?
76 CAPITULO 2 Bases qumicas de la vida
11. Est usted de acuerdo en que la ribonucleasa ni la mio-
globina tienen estructura cuaternaria? Por qu s o por
qu no?
12. Cuntos tripptidos diferentes son posibles? Cuntos
carboxilos terminales estn presentes en las cadenas de
polipptidos de una molula de hemoglobina?
13. Usted aisl un pentapptido compuesto de cuatro residuos
de glicina y un residuo de lisina en el C terminal del pp-
tido. Utilizando la informacin suministrada en el pie de la
figura 2-27, si el pK del grupo R de lisina es 10 y el pK
del grupo carboxilo terminal es 4, cul es la estructura del
pptido a pH 7? A pH 12?
14. Por qu sera de esperar que la histidina con pK 6.5 parti-
cipe en muchas reacciones enzimticas?
15. Sera de esperar que una solucin salina muy concentrada
fuera capaz de desnaturalizar ribonucleasa? En caso afir-
mativo, por qu s y en caso negativo por qu no?
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