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Metabolismo del RNA Cloroplasto

Palabras clave
Procesamiento ARN, empalmes, RNA edicin, ribonucleasa, pentatricopeptide, repetir las
protenas helicoidal

Resumen
El genoma del cloroplasto codifica protenas necesarias para photosynthe-sis, la expresin gnica, y otras
funciones esenciales organellar. Cianobacterias derivadas de un ancestro, el cloroplasto procariotas y
eucariotas combina las caractersticas de la expresin de los genes y es regulada por muchos ncleo-protenas
codificadas. Este examen abarca cuatro grandes cloroplastos procesos transcripcional: RNA procesamiento,
edicin, empalmes, y su volumen de negocios. ARN procesamiento incluye la generacin de transcripcin 5
!
Y 3
!

Termini, as como el desdoblamiento de las transcripciones polycistronic. Edicin convierte los residuos
especficos de C a U y a menudo cambia el aminocido que est especificado por el editado codn. Los
cloroplastos de los intrones de los grupos I y II, que se sometan a protena de ci, o trans-splicing in vivo. Cada
uno de estos ARN-protenas implica procesos de pentatri copeptide-motif de familia, que no se produzcan en
procariotas. Planta de ARN-protenas puede apuntalar la adaptacin de los cloroplastos de las clulas
eucariotas.

INTRODUCCIN
Descripcin general
Cloroplasto metabolismo del RNA conserva muchos procariotas caractersticas, pero el predominio de los
intrones, el ARN edicin y complejos patrones de transformacin de polycistronic precursores son diferencias
notables. De hecho, cloroplasto expresin gnica supone un mosaico de endosimbiosis ancestrales maquinaria
y componentes adquiridos ms tarde. Este personaje es encarnado en dos ARN polimerasas, uno que es
eubacterias y uno que probablemente fue adquirida por transferencia horizontal de genes (136); arnm con
canonical Shine-Dalgarno ribosoma sitios de unin, pero muchos de los que no hagan uso de ellos (143);
procariotas son fcilmente reconocibles y ribonucleasa ortlogos que pueden ser regulados por la forma
helicoidal repetir las familias de protenas que no han sido encontrados en procariotas. Los investigadores
suelen preguntar por qu la expresin de unos pocos genes, menos de 100 en un tpico genoma del
cloroplasto, es tan complejo. Una explicacin es que la expresin de los genes de los cloroplastos tienen que
ser coordinadas con las contrapartes en el aparato fotosinttico; sin embargo, esta lgica no explica una serie
de observaciones. Por ejemplo, en Chlamydomonas los cloroplastos, las transcripciones que codifican para las
protenas del mismo complejo, tales como peta, petB, requieren diferentes factores trans para la estabilidad
del ARN. Ms en general, el concepto de bacterias el opern, coregulated conjunto de genes de una sola
unidad de transcripcin, ha sido en gran medida abandonado en el limite. Transcripciones Polycistronic se
segmentan en fragmentos ms pequeos, y muchos de estos fragmentos de empalme an requieren y/o ARN
edicin a ser funcional. Una visin general del cloroplasto arnm metabolismo es en la Figura 1 y est previsto
como un teln de fondo contextual. El modelo no tiene en cuenta para las especies de las diferencias
especficas y es principalmente de resultados en Arabidopsis y maz, y Chlamydomonas . Las tareas de las
protenas en la Figura 1 , as como los posteriores las cifras, se han beneficiado de la aplicacin de la genmica
y tcnicas conexas, que incluyen gentica inversa, la secuenciacin del genoma, y de la protemica. Sin
embargo, tambin la biologa ARN cloroplasto contina con la construccin de una larga historia de gentica
clsica, basada en el aislamiento de clorosis, variado, o de fluorescencia de la clorofila mutantes, as como
acetato de cepas de Chlamydomonas. Los genes mutantes en estas cepas han sido aislados a un ritmo rpido,
y redes de protenas para el ARN de los procesos, especialmente intron empalme, se aclararon. Cloroplasto
expresin gnica de los estudios tambin se han beneficiado del desarrollo de robustas en sistemas in vitro
para disecar los procesos tales como la transcripcin, el ARN maduracin, ARN edicin y traduccin inicio.
Aunque las tcnicas no se describen aqu debido a las limitaciones de espacio, la influencia de los factores
genticos, la genmica y tcnicas bioqumicas son evidentes a lo largo de este examen.

Repetir las protenas helicoidal
Repetir las protenas helicoidal impacto todos los los procesos que se analizan en este estudio. La SPP
(pentatricopeptide repeat) repite las protenas contienen experimentarlo tirndose de un conservado 35
aminocido motif. La familia sufri una enorme expansin durante la tierra y emergencia de la planta consta de
ms de 450 miembros (102). PPR las protenas pueden ser divididos en subgrupos que difieren en la
secuencia de las repeticiones y la presencia de dominios C-terminal (130). Modelamiento estructural indica que
el PPR se repite puede apilar las matrices de forma similar a tetratricopeptide hlices (TPR) se repite, por lo que
pertenecen a la superfamilia de protenas helicoidal repetir (139). Varios miembros de la SPP familia estn
asociados con su ARN objetivos definidos genticamente en vivo y enlazar ARN in vitro. La mayora PPR las
protenas son conocidas o previstas para localizar a las mitocondrias o plstidos (28). El PPR familia
en Chlamydomonas consta de slo una docena de miembros, entre los que se incluye uno que es necesario
para la estabilidad de una chloroplastmRNA (83). Sin embargo, en esta alga, otra familia de protenas con
aminocidos 38 repeticiones [octatricopeptide repeticiones (RPP)] ha ampliado a ms de 70 miembros, entre
los que se incluyen algunas de las que participan en cloroplasto de ARN (83) .modelos estructurales sugieren
que OPR las protenas pertenecen a la superfamilia y helicoidal que repita el recientemente reconocido planta
organellar reconocimiento ARN (PORRA) las protenas con dominio en las plantas terrestres pueden mostrar
una superficie de alfa-hlices (73). El hecho de que las protenas con LAS POLTICAS COMERCIALES
motivos tambin participan en el ARN transformacin plantea la posibilidad de que sus dominios TPR
inRNAbinding pueden estar involucrados directamente, en lugar de en las interacciones protena-protena tpica
de canonical TPR se repite (124). La estructura cristalina de la protena helicoidal repita Nothofagus Pumilio
muestra que tres aminocidos de cada tandem Puf (Nothofagus Pumilio-familia) el ARN vinculante reconoce
una base repetir el sustrato de ARN. Las mutaciones en estos tres residuos pueden llevar a nuevas secuencia
de ARN vinculante especificidad (157). Por analoga, el carcter modular de las protenas helicoidal puede
repetir han servido de base para la rpida evolucin de las nuevas caractersticas secuencia cuando las familias
ampliadas y fueron reclutados para assistRNAprocessing orgnulos en planta.

MADURACIN ARN
Esta revisin se centra en la maduracin del cloroplasto arnm, mientras que otros estudios han examinado
rRNA y tRNA de maduracin. Para obtener ms informacin, consulte los lectores de otros exmenes de ARN
cloroplasto maduracin, que abarcan temas adicionales y anteriores literatura en ms detalle (9, 133), y crticas
recientes sobre ribonucleasas bacteriana (23, 84).

5! Maduracin Final
La poblacin de arnm contiene cloroplastos maduros primarios y procesados las transcripciones. En muchos
casos , la madura 5! Final se genera a partir de ARN, en lugar de transcripcin inicio.

Formacin de 5! Extremos. Tenemos que distinguir estas transcripciones primarios y elaborados para definir y
comparar elementos cis como promotores y ARN lugares de tratamiento. Los mtodos incluyen el etiquetado
especficamente las transcripciones principal enzima con la limitacin o mediante tcnicas ms nuevas que
combineRT-PCR con tabaco tratamientos fosfatasa cida (e. g., 10, 94). Curiosamente, ningn ejemplo de
transcripcin primaria ha demostrado ha sido publicada en Chlamydomonas cloroplastos, que sugiere que la
mayora las transcripciones someterse a 5! Procesamiento de esta especie. La combinacin de uno o ms
promotores de muchos genes, junto con muchos otros sitios de ARN, transcripcin diversidad genera
considerables en el cloroplasto ( Figura 1). La matriz de acumular transcripciones de grupos de genes est
muy bien ilustrada por la planta psbB opern, en la que una sola codificacin regin sonda puede identificar 15
especies o ms (159). Un fenmeno comn (no se muestra en la Figura 1 ) es la presencia de dos espaciados
5! Extremos. En las plantas superiores y Chlamydomonas (14, 101), la transcripcin ya es de carcter
principal, y la ms corta es producto de una escisin. A pesar de que no hay demostrado diferencias
funcionales entre estos pares de transcripciones, las relaciones de larga y corta las versiones varan
sustancialmente entre los genes. En Chlamydomonas, predominan las versiones ms cortas porque estn
protegidas por 5 ! -final protenas (ver ms abajo).

Posibles mecanismos para 5! Formacin final.
Dos mecanismos pueden conducir a la formacin de 5! Extremos que son el resultado de RNA processing: a 5
! " 3! Exonucleolytic camino o un sitio de clivaje especfico por una endoribonucleasa. El modelo fue favorecido
endonucleolytic inicialmente porque un 5 ! " 3! Enzima de origen procaritico no han sido identificados,
mientras que arnm endoribonucleasa actividades eran bien conocidas en las bacterias y cloroplastos. Sin
embargo, los investigadores estn reconsiderando esta opinin porque Chlamydomonas cloroplasto RNAs
pueden ser degradados por una 5 ! " 3! (30) y una actividad similar funciona en 3! Maduracin final (58). ! " 3!
Las actividades de transformacin son a veces se conoce como actividades de la red porque una ola polar de
endonucleolytic divisiones pueden ser difciles de distinguir de una base por reseccin de un verdadero
exonucleasa. Aunque Rnasa E puede catalizar endonucleolytic sucesivas divisiones en una red 5! A 3!
Direccin, bacterianas y del cloroplasto (128) las enzimas fragmentan triphosphorylated sustratos muy mal en in
vitro, y por esta razn es probable que no las transcripciones proceso primario. Otro de los candidatos 5 ! " 3!
Actividad Rnasa J, que fue descubierto como dos enzimas relacionadas en Bacillus subtilis.Aunque Arnasa J
fue reportado inicialmente como una endonucleasa, posteriormente se comprob que poseen 5 ! " 3! Actividad
exonucleasa (89). Anlisis Estructural actividad exonucleasa revel que sera resistido por triphosphorylated
sustratos, y un modo de accin podra entraar un clivaje endonucleolytic para quitar un trifosfato, seguida de
una rpida transicin a exonucleolytic actividad (25). Este es un modelo razonable de arnm cloroplasto 5!
Maduracin final, ya sea en la 5! Final de un gen o un clster donde exonucleolytic intercistronically actividad
depender de la generacin anterior de un 5! La medida final de 5! Procesamiento es probable que se definan
por determinados ARN-protenas de unin y/o las estructuras secundarias, como se expone a continuacin. Las
propiedades bioqumicas de los cloroplastos Rnasa E dominio cataltico son similares a la Escherichia
coli equivalente (128). La Arabidopsis Rnasa E T-DNA insercin lnea tiene un fenotipo amarillentas, con
algunas pruebas de anomalas cloroplasto ARN (97). La Arabidopsis locus que codifica Arnasa J especifica un
cloroplasto protena (175), y la insercin alelos son embriones y letal. A diferencia
de Arabidopsis, Chlamydomonas aparece para codificar Arnasa J pero no Arnasa E. Arnasa J puede jugar un
papel en el maz cloroplasto arnm maduracin anormal sobre la base de la 5! Termina en un mutante que
carece de una protena PPR, que pueden bloquear el progreso de la ribonucleasa J exonucleolytic actividad
(115). Por otra parte, PPR protenas u otros factores sequencespecific pueden actuar como acompaantes de
gua por divisiones endoribonucleases cloroplasto. Ambos modelos se basan en la hiptesis de que, al igual
que en otros sistemas, nucleasas secuencia tienen relativamente baja especificidad, aunque prefieren sustratos
con ciertos atributos qumicos o estructurales.

3 ! Maduracin Final
Como se ha indicado anteriormente en la seccin sobre 5! Final maduracin, ms 3! Extremos son generados
por el procesamiento, en lugar de directamente por finalizacin de la transcripcin.

Mecanismo de 3 ! Formacin final. La mayora tienen cloroplastos arnm especfico 3! Extremos, lo que
implica 3! Procesamiento porque la transcripcin es ineficiente. Endonucleolytic Exonucleolytic o mecanismos
pueden participar en el 3! Formacin final. En el caso ms simple , que sigue la terminacin o estocsticos
procesamiento Apunctuated trn, un precursor mRNA se genera que se convierte en un sustrato para la 3 ! "
5! Polynucleotide exoribonuclease actividad de fosforilasa (PNPase), que es sensible a estructura secundaria y,
por tanto, las detenciones efectuadas en un 3 ! -terminal IR (164). Este modelo puede tener 3! Formaci
final, siempre y cuando no intervengan las estructuras secundarias la exonucleasa calado. Si se cala se
produce, ya sea en una endonucleolytic clivaje es necesaria, o el proceso de transformacin puede ser
intermedio poliadenilada (vase ms adelante), que podra reactivar exonucleolytic procesamiento y superar la
estructura secundaria.
Endoribonucleases son necesarios para que el intercistronic divisiones que generan pequeas transcripciones
de grandes precursores. Para polycistronic clusters, un modelo fue propuesto recientemente, que se basa en el
maz ppr10 mutante, en el que se producen las divisiones entre los genes determinstico de precursores
transcripciones, y una combinacin de 5 ! " 3! Y 3 ! " 5! Exonucleolytic fresado y secuencia de ARN especfico
de superposicin definir protenas 5! Y 3! Extremos, respectivamente (115). El PPR10-segn hiptesis es
coherente con los datos correspondientes a un Physcomitrella PPR protena necesaria para clivaje entre clpP y
5 !- rps12 ( 48) y Arabidopsis HCF152, una protena que acta como mediadora PPR intercistronic psbH y
procesamiento entre petB (91). A pesar de ser ms ejemplos son necesarios para determinar la capacidad de
penetracin de este mecanismo, PPR las protenas son representado en la figura 1 se definen como si ARN
termina en el cloroplasto.

Protenas mediacin 3 ! Formacin final.
Exoribonucleases, endoribonucleases y ARN-protenas participar en 3! Final maduracin ( Cuadro1 ).Dos
exoribonucleases han sido estudiados en los cloroplastos: PNPase y RNR1. Las plantas poseen mayor PNP los
genes duplicados, y en Arabidopsis, estos codifican isoformas cloroplastos y mitocondrias, mientras que
en Chlamydomonas, una isoforma mitocondrial no ha sido identificado. Similar a la enzima bacteriana,
cloroplasto PNPase es fcilmente reversible, y responde a la relacin de Pi, NDPS (164). El total agotamiento
de la isoforma cloroplasto de Arabidopsis es tolerada; sin embargo, las plantas presentan clorosis frrica y no
limitado a elaborar races laterales privacin de fsforo (88, 127). Casi total agotamiento resultados
incompletos en 3! Final de maduracin rbcL y psbA arnm (156). El segundo fenotipo sugiere que PNPase es el
principal mensajero 3! Endmaturing exoribonuclease. En Chlamydomonas, el agotamiento de PNPase no
causa fenotipos aberrantes de ARN, aunque cloroplasto RN vida media mayor, intolerantes y las clulas se
convirti privacin de fsforo (166). RNR1 (RNase R) es un miembro de la familia de protenas
RNR. Chlamydomonas cloroplastos de RNase II (166), mientras que las plantas superiores no. Mientras que
Arnasa II acta en los arnm, al menos en las bacterias, Arnasa R acta sobre ribosomal RNAs. Arabidopsis
rnr1 mutantes se han pronunciado los defectos en cuatro cloroplasto rarn (10), pero sin defectos evidentes de
arnm metabolismo. Sin embargo, RNR1 puede ser responsable de los arnm residual 3! Retestado PNPase en
plantas deficientes, similar a PNPase rRNA en maduracin (10). Dos candidatos para endoribonucleases 3!
Arnasa maduracin final y Rnasa E J, cuya participacin en 5! Finalizar el proceso se describe ms arriba.
Arnasa E procesos 5S rRNA en bacterias pero es ms generalmente se consideran como una degradacin
enzimtica. Arnasa J no se encuentra en E. coli,pero en otras bacterias, Arnasa J ha sido implicado en
maduracin rRNA (85, 89) as como degradacin del ARN (27). Como se mencion en la introduccin, las
bacterias usualmente traducir polycistronic mensajes, mientras que los cloroplastos a menudo. Por lo tanto, las
enzimas como la Rnasa E y Arnasa J podrn mantener sus actividades degradativas en cloroplastos pero
pueden haber sido adaptados para procesamiento de ARN. UN cloroplasto homlogo de Rnasa III pueden estar
tambin implicados en procesamiento de rnas mensajeros. Esta gran familia de dsRNA dependiente de
procariotas endoribonucleases incluye enzimas y de las enzimas relacionadas con el silenciamiento por ARN,
como Dicer. Las enzimas procariotas Rnasa III arnr participar en proceso (32). Sin embargo, Rnasa III
bacteriana tambin se unir segmentos estructurados de arnm, por ejemplo, para activar su traduccin o
potencializar su desintegracin. Arabidopsis codifica cuatro procariotas Rnasa III as como las protenas.






Gen
Especficos
de la central
Protena Smbolo Actividad Dominios
Familia de
protenas
Caractersti
cas
Referencia
s
Exonucleases
Polynucleotide PNP Polynucleotide Arnasa PH 2, Polyribonucleotide Pp y mito 53, 112
La fosforilasa Polimerasa; 3.-5
!
KH, S1 Nucleotidyltransferase Isoformas
Exoribonuclease
RNase R RNR1 -5 3 !
!
RNB RNase R Doble objetivo 69
Exoribonuclease A mito y
Cp
RNase II RNB -5 3 !
!
RNB RNase R
Puede estar
ausente 166
Exoribonuclease En superior
Plantas
Endoribonucleases
CSP41a/b CSP41a, Endoribonucleasa, Rossman De nucletidos azcar Ausente en 11, 162
CSP41b Posible Pliegue Epimerasa, La mayora
Transcripcin Hydroxysteriod Procariotas
Factor Deshidrogenasa
Arnasa E RNE Endoribonucleasa Varios Arnasa E/G nico 128

cidos
nucleicos. N-terminal
Obligatorio El dominio,
Posible
Alternativa

El empalme
de
Arnm
Arnasa J1 RNJ Endoribonucleasa, Metallo- -
Mutante es
nulo 174
5-3 !
!
Lactamasa Embrin-
Exoribonuclease Letal
CRR2 CRR2 Endoribonucleasa DYW!,, PPR PPR-DYW!, 104
Arnasa P RNP Procesos tRNA 5
!
ARN No 145
Final Componente
Rnasa Z TRZ Procesos tRNA 3 ! Metallo- -
Mutante es
nulo 16
Final Lactamasa Embrin-
Letal

Uno de estos, RTL2, fue localizado en el nu-sufre alteraciones morfolgicas y el citoplasma y puede funcionar en
maduracin rRNA (22). Otro miembro de esta familia de aia, RNC1 maz, se ha revelado en cloroplasto ARN splicing
(158). Las restantes protenas, At1g55140 y AT13740 a3g de Arabidopsis , son similares y pronosticado por algunos
algoritmos a cloroplasto. Aunque son similares a RNC1 catalizador por carecer los residuos que se encuentran
normalmente en Arnasa III (108), que son los que ms similar a una Rnasa III gen subfamilia llamado "mini -III" familia,
donde al menos el B. subtilis miembro es catalticamente activo in vitro (118). Otros ARN-protenas tambin son trans-
factores de arnm 3 !

Finalizar el proceso. La Figura 1 muestra las protenas PPR como si de una multa de 3
!

Extremos; en el caso de CRR2, lo cual es necesario para clivaje entre el rps 7 y ndhB en Arabidopsis (47), el C-
terminal DYW!, no de actividad principal posee endoribonucleasa (104). Adems de la SPP familia mutante, se cuenta
con datos sobre dos miembros de una familia que llevan doble reconocimiento motivos ARN (MRR), CP31a y CP31b
(146). En mutantes, el principal objetivo ef-vacin edicin de ARN, pero algunos de los efectos de transcripcin se
observ acumulacin. Los datos de tabaco los cloroplastos tambin implica esta familia de protenas en la
estabilizacin, y posiblemente de diversas cloroplasto RNAs, localizada en el estroma (99).

ESTABILIDAD DEL ARN
Vida ARN
Numerosos estudios han puesto de manifiesto la gran variedad de vida entre cloroplasto arnm (63, 67, 123). Una
caracterstica distintiva de los cloroplastos nonprokaryotic es su larga vida media ARN, que van desde 30 minutos a
varios das, aproximadamente un orden de magnitud ms que en las bacterias. Se puede especular que el ARN-
protenas de unin que no estn presentes en procariotas, especialmente PPR protenas, impiden algunas formas de
decadencia que, en caso contrario ARN acortar vidas.

El RNA Decay Pathway
La Figura 2 ilustra un sistema generalizado de cloroplasto degradacin del ARN, que se basa en tres pasos:
endonucleolytic escote, polyadenylation y exonucleolytic caries. El primer paso genera sustratos para la segunda, por
superar las estructuras secundarias o amarrados ARN-protenas de unin. El segundo paso promueve la actividad de
PNPase, que tiene una alta afinidad por poli(A) secuencias (81). Este polyadenylation-mediated pathway, que es
anlogo al ARN bacteriana caries, se ha revisado recientemente (133). Slo hallazgos ms recientes y las cuestiones
no resueltas se examinan aqu. Las limitaciones de espacio tambin impide una discusin de la relaciones de variables
entre el ARN estado traslacional y la estabilidad.

Proteccin de ARN Superar la estacin termini.
Endonucleolytic clivaje es el paso limitante de la frecuencia de caries en cloroplasto ARN. Aunque estas divisiones no
degradar la transcripcin, que biolgicamente inactivo. Como se mencion anteriormente, cloroplasto arnm estn
protegidos en sus 3! Termina por el SII en muchos casos, pero que forzosamente PPR protenas u otros ARN-
protenas pueden desempear este papel en otros casos: donde 3! Extremos se han asignado, slo algunos coinciden
con lo previsto de los bucles. En cualquier caso, endonucleolytic divisin elimina este elemento protector.
Transcripcin 5! termina por lo general no tienen una fuerte tallo-bucle sino que ms bien son protegidos por protenas
especficas. Estos fueron descubiertos por primera vez en Chlamydomonas , TPR, PPR, y nuevas protenas. Pruebas
de que dichos factores pueden regular acumulacin de arnm MCA1, una protena que protege PPR la peta arnm 5!
Final: MCA1 abundancia parece dictar peta arnm acumulacin y el citocromo f sntesis (83). Similar al tipo MCD1, una
nueva protena que protege petD arnm (59, 98), MCA1 se une una corta secuencia de una forma inmediata 5! Fin de la
transcripcin. Estos 5! estabilidad final factores se encuentran en alto peso molecular , y dilucidar los componentes de
estos complejos sean informativos. Una importante sugerencia vino de la conclusin de que el factor de traslacin
RB38 se une a la psbD 5! UTR en NAC2-manera dependiente (134); NAC2 es una protena que protege LAS
POLTICAS COMERCIALES del arnm psbD 5! Final (13). Las plantas superiores poseen algunos factores similares,
como el TPR HCF107 protena, que es necesario para la acumulacin de las transcripciones con sus 5! En
fin psbH (124) y es ortlogos a MBB1, que protege el 5! Final de psbB arnm en Chlamydomonas (152). ARN
Cloroplasto acumulacin est comprometida en otras mutantes, pero su relevancia en las vas caries ARN es difcil de
evaluar sin realizar un anlisis detallado. La endonucleasa que inicialmente se unir las transcripciones pueda acceder
a la 5! O 3! UTR fuera de la zona protegida o desplazados en caso de que no los ribosomas son presente.
Ribonucleasas E y J (que ya se ha descrito anteriormente) y el plegado Rossman protenas CSP41a y CSP41b son
candidatos para esta actividad; CSP41a se unir preferentemente en tallo-lazo in vitro (163). CSP41b mutantes
deficientes en gran medida CSP41a; sin embargo, las plantas slo presentan efectos menores sobre ARN cloroplasto
acumulacin (11). Este es un argumento contra CSP41 como una limitante de la frecuencia de caries enzima de ARN,
aunque algunos de los efectos del CSP41un agotamiento en cloroplasto halflives ARN se ha demostrado previamente
(12).

Polyadenylation. Endonucleasa de clivaje polyadenylation crea sustratos, lo cual es un paso que acelera RNA decay.
Como se mencion anteriormente, PNPase tiene una alta afinidad por poli(A) secuencias; sin embargo, PNPase es
tambin un poli(A) polimerasa (PAP) cuando el NDP:Pi es suficientemente elevado. Contiene dos exoribonucleolytic
PNPase Arnasa PH dominios, de los cuales el segundo, desde la N-terminal cataliza degradacin del ARN y de la
polimerizacin. PNPase tambin contiene una S1 (que es un nombre de dominio RNAbinding protena ribosomal S1)
que le confiere una alta afinidad para el poli(A) (165). Cmo las actividades de la reversible PNPase estn reguladas
en vivo no se conoce, por ejemplo, si se polimeriza y degrada processively en el mismo sustrato. Si PNPase
polyadenylating es la nica enzima en el cloroplasto es claro, y probablemente la situacin vara segn las especies.
Una forma indirecta de evaluar todo esto se deriva del hecho de que no es un PNPase y, por tanto, genera colas que
reflejan los nucletidos composicin de su medio ambiente. La primera secuencia de espinacas colas cloroplastos, por
ejemplo, slo se aproximadamente el 70% (80). El otro candidato para una enzima polyadenylating eubacterianas es
un tipo de PAP, que tiene casi absoluta especificidad como.Colas en Chlamydomonas cloroplastos, por ejemplo, tienen
una alta proporcin de (71). Cuando ambas enzimas, como en E. coli , uno puede predominar. De hecho, el
polyadenylation actividad de E. coli PNPase slo es revelado en un PAP de fondo. Por lo
tanto, Chlamydomonas cloroplastos, que se sabe que han PNPase, podra tener un dominante PAP. Sin embargo, el
agotamiento de Chlamydomonas PNPase dej algunos poli(A) colas en el cloroplasto, lo que sugiere que PNPase
sintetiza muy ricos colas en este organismo (172). Esto indica que una limitacin del uso composicin como una cola
de lectura de enzima. PAP pertenece a la superfamilia de nucleotidyltransferases, y, por tanto, discernir cloroplasto
localizados los miembros no es un asunto sencillo. Un examen de los genes de la familia y posibles organellar
seleccin fue publicado recientemente por Chlamydomonas (171), as como un anlisis bioqumico de la Arabidopsis
varios candidatos protenas (172). Potencial cloroplasto Pap eran probables protenas mitocondriales, tRNA
nucleotidyltransferases, o ambos. As, en la actualidad, PNPase es el nico confirmado polyadenylation enzima que se
encuentra en los cloroplastos.

La degradacin de los productos intermedios. Tres exonucleases endonucleasa que pueden degradar los
productos de clivaje PNPase, RNR1, Arnasa II (en algunos organismos; en el cuadro 1 ). PNPase es estimulada por
poli(A) extensiones, pero es poco probable que todos los productos de clivaje endonucleasa poliadenilada. Aunque los
roles de estas enzimas en cloroplasto degradacin del ARN estn mal definidas, PNPase pueden ser el principal
jugador en poliadenilada transcripciones. Cualquiera de estas las ribonucleasas puede calar cuando se enfrenten con
las estructuras secundarias, lo que lleva a una nueva ronda de polyadenylation o a la exigencia de clivaje
endonucleasa de degradacin total. En E. coli , la enzima oligoribonuclease es necesaria para completar la
degradacin del ARN mononucleotides (39). Oligoribonuclease homologs estn codificados en planta y
Chlamydomonas genomas nucleares, aunque su subcelulares funciones bioqumicas y an no se han establecido. Si
polyadenylation es necesaria para la adecuada ARN cada en el cloroplasto es una pregunta interesante. Dado que es
una polimerizacin PNPase y enzimas, la cuestin es difcil de resolver. Como se mencion anteriormente,
Chlamydomonas PNPase deficiente en el caso de falla de polyadenylate y, a pesar de la normal cpRNA niveles, no
puede sobrevivir fsforo privaciones.
La Arabidopsis PNPase mutantes son amarillentas, pero si alguno de estos fenotipos crecimiento se debe a una falta
de polyadenylation, disminucin de la capacidad de proceso y/o degradar RNA, o un desequilibrio metablico
independiente ser un desafo para disecar.

ARN Maduracin: La Perspectiva
Los cloroplastos tienen una especie de seleccin dependiente de ribonucleasas, conocidos de procariotas, sino
tambin alrededor de 100 IPP o repetir otras protenas helicoidal, que no tienen equivalentes en sus ancestros
procariotas. Cloroplasto ribonucleasas pueden preferir monoversus di- o trifosfato 5! Extremos, composiciones base en
particular, o ciertas estructuras secundarias, pero ARN-protenas que puedan hendir precisamente. El modelo de la
figura 1 refleja este punto de vista, pero no se aplica universalmente. Como se mencion anteriormente, la abundancia
de protenas puede prolongar RNAbinding halflives mRNA, y/o las vidas ms largas del cloroplasto arnm frente a las
bacterias pueden tener sus races en el nivel de actividad. ARN ya vida en los cloroplastos pueden reducir la energa
necesaria para la transcripcin y el ARN caries, y son coherentes con el ajuste ms lento del cloroplasto expresin de
los genes a los cambios del medio ambiente, en contraposicin a los cambios abruptos se dan con frecuencia en
procariotas. Es evidente que el tratamiento de las transcripciones polycistronic tiene un papel que desempear en
potenciar traduccin inicio de algunos mensajes (ver la discusin en 115), pero los cloroplastos tambin expresar
polycistronic mensajes que no se procesan. Tal vez las presiones evolutivas conducirn finalmente a la elaboracin de
los mensajes.

EMPALME DE ARN

Los intrones Plasto
Orgnulo genomas vegetales puerto dos tipos principales de intrones, grupo I y grupo II, que se define por sus
diferentes mecanismos de empalme y conserva elementos estructurales (36, 49, 62, 117). El empalme se considera
RNA-catalizada porque algunos miembros de ambos grupos pueden selfsplice in vitro. Auto-empalme, sin embargo,
requiere condiciones nonphysiological; muchos orgnulo los intrones dependen de la ayuda de factores de protenas
para la eficacia in vivo de empalme. Grupo I los intrones se empalman en dos etapas de trans-esterificacin: un ataque
nucleof por una guanina en el nucletido 5 !final del intron, seguido por un ataque de los ahora libres 3 !OH del anterior
en el exn 5 !final del exn posterior. Slo hay un grupo QUE ME pegintron en tierra de los cloroplastos (trnL). Hay
cinco en C. reinhardtii, uno en rrnL, y cuatro en psbA, pero su nmero y posiciones varan ampliamente en otras
especies (149). Los cinco C. reinhardtii grupo I los intrones son catalizadores in vitro (revisado en 57), pero
el trnL intron de las plantas terrestres ha perdido esta capacidad (41). Grupo II los intrones se han conservado una
estructura helicoidal que consta de seis dominios conectados a un ncleo central (36). Particulares caractersticas
estructurales permite la clasificacin de los intrones ms grupo II en subgrupos IIA o IIB. Estos los intrones son
generalmente empalmado en dos etapas de transesterificacin. El 2! OH de un abultado adenosina en la hlice de 6
dominio realiza el primer ataque nucleof icos en la 5! Final del intron. Esto da lugar a una estructura ramificada, de
modo que, despus de la segunda trans-esterificacin, el intrn se libera como lariat. Una va alternativa se utiliza para
la trnV intron, que carece de un student adenosina en el dominio 6; el primer paso es hidroltico, lineal y un intrn es
liberada (154). Que nosotros sepamos, ninguno de los intrones del grupo II en tierra de plstidos puede ser obligado a
selfsplicing in vitro, pero algunos adquiridos horizontalmente cloroplasto los intrones han conservado esta capacidad de
otras especies (103, 135). Grupo II los intrones fueron adquiridos en una etapa temprana de la evolucin de la tierra de
plstidos, que comparten un conjunto de aproximadamente 20 intrones, con unos cuantos intron o gen las prdidas de
algunos linajes (129, 151). Por lo tanto, hay 20 grupo II intrones en los genomas de plasto Arabidopsis y tabaco y 17
en maz. En las plantas terrestres, el rps 12-1 es fragmentada, que el ARN se deben empalmar en trans de dos
precursores. En C. reinhardtii, psaA es interrumpido con dos intrones (74). Mientras que psaA-2 se empalma en trans
de dos precursores (21), el sistema es an ms complejo para psaA-1 , quese integra a partir de tres expedientes: dos
precursores que contienen exones e intrones secuencias complementarias, y un pequeo ARN no
codificante, tscA (42). Hay muchos otros ejemplos de la trans-splicing de intrones multipartita grupo II en plstidos y de
las mitocondrias (40). Grupo II los intrones puede haber degenerado en el transcurso de plasto evolucin, como lo
sugiere su incapacidad de auto-empalme, una prdida de la movilidad, la falta de intron-codificado maturases,
desviaciones de estructura del consenso, y una dependencia de numerosos receptores de factores codificados para
empalmar (50).

Factores de Splicing

Cloroplasto codificados en factores de splicing.
Algunos grupos I y II los intrones codificar maturases que estn involucrados en el intrn y el intron homing de
empalme. Muchos grupo I intrones en Chlamydomonas especies incluyen marcos de lectura abierta . La eliminacin
del grupo I intron-protenas codificadas en C. reinhardtii no causa un aparente defecto de empalme, lo cual indica que
no estn involucrados en el empalme de su anfitrin intron (revisado en 57). Sin embargo, en varios casos, el intron-
protena codificada es una endonucleasa que pueden desencadenar recombinacin homloga y el intron insercin
escalonado con un ADN de doble cadena (41). El nico grupo I intron en tierra de los cloroplastos (trnL) no contiene un
marco de lectura abierta . El grupo II trnK intron en el gen de las plantas terrestres codifica una protena conservada
MatK. Esta protena comparte similitud con secuencia cannica maturases grupo II de los dominios que estn
involucrados en el RNA splicing dominios pero carece de otras que desempea un papel en el intrn movilidad (117).
Pruebas indirectas sugieren que es un maturase MatK que facilita el empalme de la trnK intron en el cual es codificado
y que ha evolucionado a promover el empalme de otro grupo IIA los intrones. En primer lugar, MatK enlaza intron ARN
in vitro (79). En segundo lugar, en la cebada y el maz mutantes que son deficientes en el plasto los ribosomas, la
incapacidad de traducir MatK se correlaciona con defectos en el empalme de la trnK intron y otra clase IIA los intrones
(64, 155). En tercer lugar, algunos plasto trnK genomas, el gen se ha perdido, pero se ha conservado matK, lo que
sugiere que tiene otras funciones adems de empalme trnK (34, 35, 150). En cuarto lugar, las plantas parsitas del
gnero Cuscuta, la presencia de matK es paralela a la presencia del grupo IIA los intrones (excepto clp intron 2, que
fue adquirida en una etapa posterior de la evolucin) (90, 151). Estas correlaciones sugieren que es un maturase MatK
y est implicado en el empalme de los intrones ms grupo IIA. De hecho, anlisis coimmunoprecipitation MatK mostr
recientemente que est asociado en vivo con todos excepto los intrones grupo IIA clpP intron 2 (174). Los intentos de
mutar matK por transformacin de cloroplastos de tabaco heteropl como resultado de las lneas (31). Esto indica
que matK es esencial, probablemente porque algunos los intrones se encuentran en los genes necesarios para la
traduccin, que es indispensable para viabilidad celular en el tabaco (77, 121).

Nucleus-encoded factores de splicing.
En C. reinhardtii, evidencia gentica indica que por lo menos catorce loci nucleares son necesarios para el desarrollo
de las redes transeuropeas -el empalme de la divisin grupo II los intrones de aaps (43, 113, 119). Mutaciones en slo
dos loci afectan a trans-splicing de intrones; los otros son especficos para un intron. Algunos pueden actuar
indirectamente debido a que ellos afectan la maduracin de la TSCA de polycistronic precursor, pero si juegan un papel
directo en el empalme de la TSCA ensambla como parte de intron 1 es desconocido (3, 44, 92). Las protenas que se
unen al ARN intrones se han encontrado tambin en Chlamydomonas, pero una funcin directa en el splicing no ha
sido demostrado (40). En Chlamydomonas, factores que son esenciales para el grupo I intron empalme no se han
reportado, pero un supresor pantalla gentica revel que las mutaciones en dos loci pueden facilitar el empalme de los
intrones mutantes (78). Un nuevo y poderoso mtodo para identificar los RNAs asociados con el ARN-protena se
denomina ARN inmunoprecipitacin de chip (RIP-Chip; 131). Immunoprecipitates obtenidos a partir de ARN se
hibridan a un microarreglo que contiene secuencias de toda la plasto genoma para identificar los sujetos las
transcripciones. En el caso del maz, RIP-chip anlisis ha revelado el espectro de factores de splicing, con la que los
intrones son asociados. Junto con el desarrollo de un maz cloroplasto coleccin mutante de gentica reversa, se han
alcanzado progresos rpidos para identificar los elementos necesarios para procesar maz cloroplasto intron (141).
Aproximadamente 12 diferentes ncleo-protenas codificadas son conocidas en la actualidad se participa directamente
en el cloroplasto (Figura 3; revisado en 73 y 129). Varios de ellos pertenecen a una familia de protenas que contienen
hasta cuatro unin al ARN de dominios denominados los MRC (110). En procariotas, las protenas que contienen un
CRM nico dominio participar en ribosoma maduracin (5). La mayora de las protenas son conocidas o previstas
para localizar a los cloroplastos y las mitocondrias (5). Cinco participar en el empalme de subconjuntos especficos del
cloroplasto grupo II los intrones (Figura 3) manera no redundante. Ortlogos en maz, la Arabidopsis y arroz son
similares a las especificidades cloroplasto intron splicing (1, 2). Curiosamente, el CRM dominio protena CFM2 tambin
es necesario para el empalme de la plasto grupo I intron trnL. CFM3 es doblemente a las mitocondrias, en la que se
podr participar en la biognesis de la subunidad ribosmica pequea directa o indirectamente (2). Por lo tanto,
theCRMdomain parece ser un verstil mdulo de unin ARN que ha sido contratado durante la evolucin de las
protenas que sirven diferentes funciones. Tres PPR protenas participar en cloroplasto empalme; dos contienen ARN y
dominio interaccin adems de PPR se repite. PPR4, con 16 SPP se repite y un dominio RRM, especficamente, se
requiera para el desarrollo de las redes transeuropeas -el empalme de rps12-1 en Arabidopsis y maz (132). LA
FISCALA51 tiene siete PPR se repite y dos dominios que son tpicas del maturases los intrones del grupo I
(LAGLIDADG). Arabidopsis mutantes otp51 muestran una fuerte defecto en el empalme de ycf3-2, y un defecto parcial
en el empalme de otro grupo IIA los intrones (26). PPR5 tiene 10 repeticiones y es necesaria para proteger el
unspliced precursores de formacin de la degradacin (6). Tambin puede ser implicados en el splicing ms
directamente (160) porque en in vitro, se une a un sitio del intron que contiene importantes elementos conservados.
Otra familia de ARN-protenas de unin fue descubierto con la identificacin de WTF1, una protena asociada con la
CAF1 y CAF2 en cloroplasto intron cido ribonucleico protenas (RNPs) de maz (73). WTF1 contiene un dominio
conservado (Porra, tambin llamado DUF860), que se conserva en los 15 a 17 miembros de esta familia
en Arabidopsis y arroz. WTF1 se une RNA in vitro y se asocia con un subconjunto especfico de cloroplasto intrones en
vivo. El empalme de los intrones es defectuoso en el maz mutante wtf1 plantas. Modelado en in silico sugiere que
WTF1 pueden contener array alfa hlices similares a los que forman el ARN predijo dominio de PPR protenas (73).
En C. reinhardtii, la trans-el empalme de los dos los intrones de aaps requiere RAA1, una gran protena que contiene
cinco RPP repite ( Figura 3b; 92). Similar 37 o 38 aminocidos RPP se repite (PPPEW repite) se encuentran en una
familia de unos 70 miembros que incluye otros factores implicados en cloroplasto expresin de genes (82). Adems de
los factores de splicing descritos anteriormente y que pertenecen a familias numerosas de ARN-protenas, otros
parecen haber sido reclutados de las protenas involucradas en otros tipos de transaccionescon RNA. El trans-splicing
de aaps-2 en C. reinhardtii requiere RAA2, que comparte similitud con secuencia-pseudouridina-sintasas. Sin
embargo, la funcin de ARM2 en trans empalme no se vio afectada por la mutacin de los residuos que estn
altamente conservadas, cuyos homlogos de bacterias-pseudouridina-sintasas estn involucrados con la catlisis
(113). Del mismo modo, CRS2, lo cual es necesario para el empalme de los intrones ms grupo IIB en plantas, es
decir, que estn relacionadas con peptidil-rrna hidrolasas (PTH). Sin embargo, althoughits sitio activo est bien
conservado, CRS2 no pudo rescatar un E. coli pthts mutante, incluso cuando las mutaciones se introdujeron a fin de
que sea ms similar a la enzima bacteriana (109). Otro ejemplo es el de RNC1, una protena que se requiere para un
empalme un gran subconjunto los intrones del grupo II en el maz. Aunque RNC1 contiene dos dominios ribonucleasa
III, aminocidos que son esenciales para la catlisis no se han conservado, y la protena recombinante se une RNA
nucleasas pero carece de actividad in vitro (158). Otro caso interesante es el del maz ZmWHY1, que se une
al atpF intron y facilita su maduracin por corte y empalme (116). Los miembros de la familia son de lo contrario Whirly
descrito como factores de transcripcin en el ncleo y se asocian a organelle DNA. En Chlamydomonas, RAT1, que es
necesaria para la transformacin y psaA-1 empalmes, tiene un NAD dominio de ARN que puede enlazar (3).

Funciones de Factores de Splicing
A pesar de que ninguno de los intrones en tierra de plstidos pueden ser inducidos a auto-empalme in vitro, el
empalme es catalizada por ARN, y factores de splicing accesorio funciones sin participar directamente en la catlisis.
Segn lo detallado anteriormente, muchos de los conocidos factores de splicing son ARN-protenas. Otros se
relacionan con protenas que actan sobre el ARN, pero su actividad enzimtica es prescindible para empalmar o que
se ha perdido. Por lo tanto, la mayora de factores que parecen enlazar ARN. stos pueden estabilizar la estructura del
activo intron ribosoma o ayudar en su plegamiento apropiado para formar la estructura catalticamente competente y
evitar la formacin de pliegues inactivos. En trans -splicing, tambin pueden facilitar el montaje de los intrones de los
distintos precursores. El modo de accin fue investigado en detalle para protena theCRMdomain CRS1, que es
especialmente necesario para empalmar el atpF intron. CRS1 se une con una alta especificidad para dos sitios en
dominios I y IV y plegable induce intron in vitro (5, 66). Pruebas bioqumicas y genticas sugiere que cada intron
enlaza muchos factores en una forma combinatoria ( Figura 3). De hecho, en las plantas y en Chlamydomonas,
intrones y factores de splicing montar en ribonucleoprotena (RNP) complejos que se encuentran normalmente de ms
de 500 kDa (41, 129).

El Reglamento y el significado de empalme
Al igual que otros aspectos de procesamiento organellar ARN, intron empalme es extraordinariamente compleja, con un
inesperado nmero de factores. Una cuestin importante es la de si el empalme tiene un papel regulador durante el
desarrollo o bajo condiciones ambientales particulares. En las plantas terrestres, empalmes precursores se acumulan
en cantidades significativas en comparacin con empalme, productos. Indica la relacin entre el empalme eficiencia,
aunque esto puede depender de sus respectivas tasas de rotacin. Aumenta en la medida de splicing de algunos los
intrones son evidentes cuando se comparan con los cloroplastos maduros a raz o amyloplasts plstidos (4, 153). El
empalme de los intrones cloroplasto pcas es tambin durante el desarrollo de hojas de maz pero no es cambiado por
la luz (4). En Chlamydomonas, el empalme de los intrones del grupo I psbA aumenta cuando las clulas se transfieren
de oscuro a claro (29). Psba arnm maduros porque ya son grandes agrupaciones de la oscuridad, el efecto de esta
regulacin puede ser almacenados sino que podran ser importantes si slo un subgrupo de psbA arnm est activo en
la traduccin o en las condiciones en que los niveles de arnm psbA son limitantes (76). Debido a su movilidad, grupo I
y grupo II los intrones se puede comparar con la genmica parsitos, que tienen relativamente benignos efectos sobre
la expresin de genes que interrumpir debido a que son eliminados mediante un empalme de madura las
transcripciones. Esto plantea la cuestin de si los intrones jugar ningn rol esencial. En C. reinhardtii, la supresin del
grupo I los intrones en el cloroplasto RNA ribosmico gen o genes psbA no tiene efecto aparente sobre el crecimiento
celular (61, 65, 93). Trans-splicing mutantes pueden ser rescatado cuando el cloroplasto es transformado con una
intronless copia de aaps (119). Por lo tanto, el empalme se puede omitir los intrones, y parece que no tiene una
funcin esencial, por lo menos bajo condiciones de laboratorio relativamente suaves que han sido probados.

EDICIN ARN

Descripcin general
Salvo en el caso de Marchantiidae (tipo hepaticae), representantes de todos los grupos principales de las plantas
terrestres editar particular Cs en orgnulo arnm (38). Y helechos Hornwort los orgnulos son inusual debido a que
exhiben una amplia C-a-U, as como U-a-C edicin (33, 161). La ausencia de la edicin en las algas clorofitas
como Chlamydomonas ha tenido como consecuencia el uso de Arabidopsis, tabaco y maz para la mayora de los
estudios del mecanismo molecular de arnm cloroplasto edicin. Los detalles adicionales acerca de ARN edicin en
cloroplastos (137, 142) y indentado (144) y su evolucin son disponibles en revisiones anteriores
(130, 147). Una tpica plantas vasculares ediciones 30 a 40 Cs en cloroplasto arnm, mientras que un helecho hornwort
y editar 350 y 942, respectivamente (75, 161), y la Arabidopsis edita ms de 500 Cs en indentado (144). El Cs que se
editan en las plantas vasculares no se han conservado de una especie a otra, porque un C que requiere la edicin de U
en una especie es a menudo genmicas codificado como T en otro. Por ejemplo, de los 34 C objetivos de la edicin
que han sido identificadas en las transcripciones de los 18 diferentes Arabidopsis genes, 21 son codificados como
genmica y Ts 3, tal como las transcripciones Cs en arroz (148). Aunque hay algunos ejemplos de edicin dentro de
los intrones o regiones el no codificante de las transcripciones, ms conocido en los cloroplastos edicin de eventos
resultado de la restauracin de un codn de un aminocido (86, 148). De hecho, a menudo podemos predecir destinos
de edicin de cloroplasto genomas de codones que contienen a C, que codifica un aminocido nonconserved
cloroplasto, mientras que otros genomas contienen una T en el mismo lugar (96). UNA transcripcin editada
parcialmente, en la que no todos los habituales C objetivos se han convertido en Estados Unidos, puede ser un
intermediario en el proceso de edicin. Edicin de empalme puede ocurrir antes y antes de que el desdoblamiento de
las transcripciones polycistronic (37). En general, la edicin de las transcripciones cloroplasto es superior a la de las
mitocondrias. Edicin no se produce con el reconocible 5! A 3! O 3! A 5! Polaridad, lo que sugiere que los objetivos
sean reconocido individualmente y que la edicin no es una actividad narrable. La conversin de C a U puede ocurrir
por desaminacin transaminacin o transglycosylation en lugar de nucletidos o escisin y sustitucin (revisado en
129).

Ci-Elementos
No hay una sola secuencia consenso que pueden ser identificados en los nucletidos destinado para la edicin. La
mayor parte de la edicin objetivos plantas vasculares en los cloroplastos se encuentran en la segunda posicin de un
codn. Algunos C-que contiene codones son ms propensos a ser editado que otros, tal vez debido a alguna
caracterstica de la edicin aparato que resulta en una preferencia por una pirimidina inmediatamente 5! Y una purina
inmediatamente 3! Al editar nucletidos (86).

Transgnicos anlisis in vivo.
La seleccin de los C destino de la edicin en plantas vasculares proximal plstidos requiere ciertos elementos cis. La
cantidad mnima de la secuencia que rodean C objetivos que es necesario especificar la edicin sustrato fue definido
inicialmente a travs de la transformacin de tabaco plstidos con transgenes que expres RNAs con diferentes
longitudes de secuencias 5! Y 3! Al lpid C2 objetivo (20). Aunque edicin se produjo con slo 16 nt nt 5 anterior y
posterior de lpid C2 in vivo (20), otros objetivos ms amplios que las secuencias. Por ejemplo, dos destinos en ndhB no
fueron editados incluso con 42 nt 42 nt anterior y posterior del Cs (7). Experimentos que manipulan la distancia entre
supuestos 5! Ci-elementos y la C objetivo molecular indican que un gobernante puede ayudarle a seleccionar el
correcto C para la edicin. Cambiar el nmero de nucletidos de la cei -el elemento y el buen C dio lugar a los cambios
de edicin a otras Cs (51, 56). Cloroplasto los transgenes tambin han proporcionado informacin indirecta acerca de
la trans-factores necesarios para el reconocimiento de los objetivos. Las transcripciones de los transgenes que carecen
de traduccin las seales pueden ser editadas, lo que indica que la carga del cloroplasto los ribosomas en las
transcripciones no es un requisito previo para la edicin. De las caractersticas del emplazamiento factores parecen
estar en limitar las cantidades porque de alto nivel de expresin de los transgenes que llevan destinos de edicin
edicin resultados en reduccin de la gen endgeno que lleva el mismo destino de edicin (19). No todos los
transgenes en edicin reducida (7); el nivel de expresin del transgen afecta a qu nivel de competencia se produce
con las transcripciones endgena (52). Cuando una parte de la transcripcin se expres rpoB en altos niveles, no slo
fue la edicin de la endgena eficiencia rpoB sitio edicin reducida, pero dos sitios adicionales mostraron poca edicin
(17). Este efecto de competencia sugiere que el mismo trans-factor limitante para varios sitios debido a la
encuadernacin del factor de cantidades excesivas de rpoB transgen transcripciones. La observacin de algunos 5!
Secuencia las similitudes entre los miembros de los grupos de sitios que presentan edicin de la competencia en vivo
llev a la hiptesis de que los mismos factores pueden interactuar con ms de una C (17). Posteriormente, como se
discutir ms adelante, nuclear-encoded han identificado genes cuya alteracin como resultado de la falta de edicin
de varias C objetivos (18, 104).

Anlisis con la edicin de los extractos en cloroplasto competente in vitro.
Aunque todos los estudios de edicin utilizando cloroplasto los transgenes se llevaron a cabo en el tabaco porque
realizar transformacin de cloroplastos en otras especies es ms difcil, por lo que el desarrollo del cloroplasto extractos
que son capaces de sustratos exgenos edicin ha permitido el anlisis de requisitos de edicin de Arabidopsis , el
guisante, maz y tabaco (54, 60, 95). Sin embargo, no conocer las condiciones necesarias para editar todos C
objetivos en cloroplasto extractos in vitro, tal vez porque edicin individual actividades que requieren diferentes
condiciones de funcionamiento. Muy similar a la edicin de transgen transcripciones, ms generalmente, se requiere
secuencia 5! En comparacin con el 3! Del C destino de la edicin en in vitro. Edicin mutado sustratos se puede
generar rpidamente para la realizacin de pruebas en cloroplasto extractos, que allowsmuchmore un extenso anlisis
que es posible con laboriosamente creado transplastomic plantas. Mutar los nucletidos en bloques de cinco anterior y
posterior edicin de varios sitios ha confirmado la importancia de 5! Secuencias, tpicamente dentro de 20 nt de la C
(60, 95, 125). UNA particular secuencia nt de -11/-6 ante el tabaco psbE C214 constituye una crtica ci-el elemento
para editar este sitio, de acuerdo con los datos del anlisis de una serie de sustratos en que cerca los nucletidos se
mut a cada una de las otras 3 noches (51). Esta secuencia no se encuentra proximal a cualquier otro editado C, lo
que sugiere que una trans-factor es especfico para este nico objetivo. En contraste, los experimentos con otros
sustratos edicin ARN in vitro proporcionan pruebas de que trans-factores a veces comparte betweenCtargets,
coherente con sobreexpresin de transgnicos. Las secuencias que rodean el maz rpoB C467 y el rps14 C80, que
presentan cierta similitud, fueron capaces de competir edicin de cada actividad en vitro.Por ejemplo, agregar ms
ARN especificado por las secuencias que rodea el rpoB sitio C467 edicin result en una menor edicin in vitro
de rps14 C 80 y viceversa. Un anlisis de la mutacin y sustratos competidores revel que el RNA secuencias que
medien la competencia son importantes para la edicin eficiencia, lo que proporciona evidencia indirecta de una trans-
factor comn (55).

Nucleus-Encoded Trans-actuando Factores Edicin
Todos edicin cloroplasto trans-factor nuclear codifica protenas. Edicin de tres Cs en el rpoB las transcripciones de la
cebada albostrians mutante se produce a pesar de la falta de cloroplasto los ribosomas (169), que se requieren para
producir cloroplastos de protenas codificadas. Un anlisis ms amplio se ha realizado con tejido iojap mutantes de
maz, que tambin le falta cloroplasto los ribosomas. La edicin de los 28 C los objetivos examinados se produce en
blanco tejido mutante, aunque la edicin de algunos Cs disminuye y otras aumentan en relacin con tejido verde
hermano (45). El anlisis de mutantes iojap muestra la dificultad de concluir si una mutacin tiene un efecto directo o
indirecto sobre el ARN edicin eficiencia. En cloroplasto biognesis mutantes, si la posibilidad de editar es deficiente,
las alteraciones en las funciones de edicin eficiencia puede ser un efecto secundario de otro defecto de cloroplasto
expresin gnica. Sin embargo, a pesar de las graves defectos en el cloroplasto biognesis en el maz mutantes que
son incapaces de sintetizar cloroplasto de protenas codificadas, importantes niveles de edicin se realizan en todos
objetivos conocidos. Por lo tanto, cuando se encuentra un mutante que presenta una prdida completa de la edicin de
uno o ms objetivos cloroplasto, la mutacin se presume de interrumpir un gen que codifica para una edicin especfica
del sitio trans-factor.
Supuesto trans-factores han sido identificados mediante el enlace cruzado de protenas en cloroplasto sustratos
extractos de la edicin. 25 Kd, 56 kD y 70 kD las protenas el tabaco lpid, psbEy petB objetivos, respectivamente (60,
95). La identificacin de los 56 kD como una actividad factor fue reforzado por el hecho de que carece de un guisante
56 kD protena capaz de enlazar el psbE sitio, y en vivo, los guisantes no editar el psbE objetivo en el tabaco, porque
lleva una codificacin genmicas T (95). 95 Kd protena se une al tabaco ndhF C290 y a ndhB C1481-que contiene
sustratos (70), lo que sugiere que estos sitios comparten el factor reconocimiento. Debido a la ausencia de una
secuencia del genoma completo el tabaco, los investigadores no han identificado el tabaco los genes que codifican
estos ARN-protenas y avances ms rpidos en la definicin factores cloroplasto edicin se ha realizado a travs del
uso de Arabidopsis mutantes. La primera edicin de cloroplasto trans-factor, el PPR protena CRR4, se identific
en Arabidopsis mutantes defectuoso de NAD(P)H deshidrogenasa (NDH) actividad (72), el cual funciona en continuo
flujo de electrones (138). Crr4 mutantes falta editar de la ndhD C2 objetivo, lo que se traduce en las transcripciones que
contienen una ACG en lugar de un codn de inicio AGO ( Cuadro2 ).La designacin de CRR4 como un sitio especfico
de factor edicin fue reforzada por el hecho de que E. colirecombinante - expres CRR4 se enlaza especficamente de
las transcripciones que contienen slo 36 nt alrededor del ndhD C2 destino de edicin (107). Las mutaciones que
affectNDH, lo cual puede ser fcilmente detectada mediante fluorescencia de la clorofila anlisis, han sido fructferos en
la identificacin edicin trans-factores. Crr21, crr22 y crr28 mutantes todos tienen defectos en la edicin de uno o ms
objetivos en ndh transcripciones en Arabidopsis (104, 106). Un anlisis de la edicin en otros tres tipos de mutantes
biognesis cloroplasto edicin revela defectos de rpoA y clpP en clb19 ( 18), de rpoB en ys1 ( 170), y
para psbF en lpa66 ( 15). Knock-out los alelos que estn disponibles para muchos genes que codifican protenas del
PPR se muestra en el Cuadro 2 resultado en una prdida completa de la edicin de destinos de edicin. La mayora
PPR protena edicin factores es probable que sean chloroplastRNAbinding protenas que se unen a los pases de la
cei -elementos que rodean C objetivos y, a continuacin, contratar o dirigir una edicin correcta a la enzima de
conversin C a U. PPR protenas tambin estn involucrados en la mitocondria edicin (68, 168). Como se ha
sealado ms arriba, algunos PPR protenas implicados en el splicing se unen sustratos de RNA. Sin embargo, en el
caso de edicin trans-slo CRR4 se ha demostrado que cloroplastos interactuar directamente con las transcripciones
que someterse a edicin (106, 107). Edicin algunos defectos detectados en mutantes pueden ser el resultado de
otras perturbaciones de expresin gnica cloroplasto. Arabidopsis mutantes atecb2 falta la edicin de C794 en accD,
que codifica para la subunidad ! -carboxilasa de acetil-coa carboxilasa. El mismo C objetivo de accD se ve afectada en
raros 1 mutantes (167). Sin embargo, a diferencia vigorosa 1 mutantes raros, atecb2 mutantes albinos son letales y la
plntula. Este fenotipo puede ser causada por la falta de accD C794 edicin sola, dada la buena salud de
fenotipo raro1 mutantes que no editar el mismo C. La falta de edicin accD secundaria podra ser un defecto de los
resultados de la modificacin de algn otro aspecto de cloroplasto biognesis causado por la prdida de ATECB2. Por
otra parte, RARA VEZ ATECB2 y1 podran trabajar juntos en reconocimiento de accD C794; en este caso, ATECB2
debe tener otra funcin cuya perturbacin provoca un grave problema en cloroplastos. Pruebas bioqumicas y
genticas apoyo la participacin de algunos abundantes cloroplastos ARN-protenas edicin en el ARN. A la
inmunodeplecin de tabaco CP31, una reaccin rpida protenas mencionadas anteriormente en el contexto ofRNA
procesamiento, la edicin de lpid ndhB transcripciones y se redujo a in vitro. Actividad Edicin se recuper cuando
CP31 recombinante fue aadido al extracto (60). Posteriormente, la Arabidopsis mutantes en el p alogos CP31A y
CP 31B se ha reducido en los servicios de edicin C objetivos mltiples, pero no una prdida completa de la edicin en
todos los C objetivos (146). Defectos Edicin fueron ms pronunciados en el doble mutante; sin embargo, no todos los
sitios se vieron afectadas, incluso en un solo expediente. Ni la base de la especificidad ni el papel de estas protenas
en la edicin se entiende. Tal vez las protenas CP31 participar en una edicin compleja que acta en algunos, pero no
todos, C.

Tabla 2 Factores que afectan a protenas ARN cloroplasto de Arabidopsis eficiencia edicin
Protena
nombre Tipo Fenotipo de mutantes homocigotos
Destinos de
edicin
Referencia
s
CRR4 PPR-E
NDH de equipamiento mecnico (prdida de un
slido crecimiento a la madurez Ndhd C2 72

CRR21 PPR-E Ndhd C383 106

CRR22 PPR-DYW!, Ndhd C887 104

Ndhb C746

Rpob C551

CRR28 PPR-DYW!, Ndhb C467 104
Ndhd C878

CLB19 PPR-E
Amarillo plido, las plntulas letal, crecimiento y
maduracin de Rpoa C200 18
Sacarosa en la cultura, la reduccin proteica RpoA Clpp C559
YS1 PPR-DYW!, La plntula Virescent amarillo seguida por un fuerte Rpob C338 170
crecimiento
Hasta la fecha de vencimiento
LPA66 PPR-DYW!,
Reduccin de la tasa de crecimiento, de color verde
claro hojas, alta Psbf C77 15
Fluorescencia de la clorofila
ATECB2 PPR-DYW!, Albino, plntula letal ACCD C794 167
RARO1 PPR-DYW!, Un slido crecimiento a la madurez ACCD C794 120

OTP80 PPR-E Rpl23 C89 46

OTP81 PPR-DYW!, Rps12 intron 1-C58 46
OTP82 PPR-DYW!, Slido crecimiento y maduracin, sin efecto de NDH Ndhg C50 46, 105
Actividad Ndhb C836
OTP84 PPR-DYW!, Slido crecimiento y maduracin, disminuido NDH Ndhf C290 46
Actividad, ningn efecto sobre photosystem II Psbz C50
Ndhb C1481
OTP85 PPR-DYW!, Slido crecimiento y maduracin, sin efecto de NDH Ndhd C674 46
Actividad
OTP86 PPR-DYW!, Un slido crecimiento a la madurez Rps14 C 80 46

CP31A MRR Varios 146

CP31B MRR Varios 146

Estrategias para la identificacin de los genes ARN necesariopara edicin.
Los genes que codifican YS1, CLB19, LPA66, y los cuatro CRR protenas se identificaron a travs de un ensayo de
medida edicin de transcripciones en mutantes que exhiben fluorescencia de la clorofila cloroplasto biognesis o
defectuoso. Todos los siete de estas protenas se encuentran en el PPR familia de protenas que contiene el dominio
(130); cinco contienen theDYW dominio. Por lo tanto, muchos otros factores trans edicin puede ser PPR los miembros
de la familia, pero mediante gentica inversa para examinar PPR-encoding genes para su posible papel en
chloroplastRNA edicin ha sido un poco difcil debido al gran tamao de la familia de genes. LA genmica comparativa
estrategia fue utilizada para identificar RARO1 (Cuadro 2 ).Debido a que una nuclear factor trans-codificacin tiende a
perderse con el tiempo evolutivo sin el correspondiente destino de edicin, PPR los genes presentes en Arabidopsis,
pero ausente en el maz o el arroz, es probable que se involucre en el ARN eventos metablicos que no se dan en los
pastos. La funcin de RAROS1 no es necesario en el caso del maz y el arroz, porque hierba cloroplasto genomas no
codifican la accD gen. Una estrategia similar genmica comparativa se puede aplicar a otros aspectos del metabolismo
del RNA, mediante la bsqueda de los genes que codifican protenas de ARN en una especie sin identificar ortlogos
en otras especies y, a continuacin, examinar los mutantes de defectos metablicos en el ARN los eventos que se
producen en una especie pero no en otros. Recientemente, otros factores cloroplasto edicin fueron identificados a
travs de un estudio de gentica reversa del PPR-E andPPR-DYW!, protenas predice que ser destinado a plstidos.
Entre los 16 dichos genes mutantes homocigotos para la que se obtuvieron, seis genes mutados edicin result en una
alteracin de uno a tres C objetivos (46, 105). Ahora hay cinco factores conocidos PPR edicin cuya alteracin afecta
a ms de una edicin. Reconocimiento de la putativa ci-elementos presentes en los mltiples sitios operados por el
mismo trans-factor puede explicarse si un factor nico que pueda distinguir entre purinas y pirimidinas y, a veces, entre
uno de los cuatro nucletidos (46).

El papel de la C-terminal de PPR dominios las protenas.
Los quince PPR las protenas en el Cuadro 2 contiene un C-terminal E dominio y once terminar DYW!, con un dominio.
Aunque PPR motivos en la conocida edicin factores es el responsable de el reconocimiento especfico de las
secuencias particular RNA, la funcin de C-terminal E y dominios DYW!, no se entiende. El dominio de CRR4 fue
necesaria para la eficaz edicin de ndhDC2in vivo, pero no fue necesario para la de alta afinidad de truncatedCRR4 a
la RNA sustrato (106). E los dominios son tambin necesarios para la edicin de factor actividades CRR22 y CRR28
(104). Las secuencias que codifican a los dominios de E4 y CRR CRR21 fueron cambiados para cada uno de los
dems, y al transformarse en crr4 o crr21 mutantes, cada uno de los dos genes quimricos podra restaurar la edicin
del C objetivo normalmente por la CRR4 o CRR21 protena (106). Los residuos de la coincidencia de dominio DYW!,
elementos conservados de los sitios activos de citidina deaminasas (122), pero ninguna evidencia apoya la idea de
que los dominios DYW!, exposicin desaminasa actividad. Por el contrario, como ya se ha mencionado, una DYW!,
motivo de CRR2, una protena necesaria para ndhB desdoblamiento de las transcripciones, ha endoribonucleasa
actividad in vitro (100). CRR2 actividad que exige la presencia de theDYWmotif en vivo, mientras que CRR22 y CRR28
los genes que falta el motivo DYW!, puede restaurar actividad edicin insercin de Arabidopsis mutantes (104).
Debido a que la composicin del cloroplasto aparato edicin no es conocida, uno o ms motivos DYW!, en una edicin
compleja puede proporcionar la desaminasa actividad que convierte a uridine citidina. Por otro lado, una relacin
protena puede ser contratado por PPR factores de actividad enzimtica. El genoma de la Arabidopsis contiene
un nmero de genes, que PPR-DYW!, los genes, los que tienen la caracterstica de las firmas conocidas deaminasas
citidina. Por otra parte, la actividad enzimtica responsable de la edicin puede tener caractersticas nicas que no son
fcilmente reconocidos por anlisis bioinformtico.

Consecuencias funcionales de edicin
Actualmente, no existe evidencia de que el reglamento desarrollo edicin de ARN es importante para el tejido de
cambios especficos en cloroplasto composicin de protenas. Todos los sitios analizados 27 edicin en maz los
cloroplastos eran por lo menos 80% editado en las hojas, y 18 fueron editados por encima del 95% (111). Algunos
destinos de edicin, en especial los de ndh genes, fueron editadas en menos del 30% es decir en los tejidos. Sin
embargo, en el caso de expresin de los genes plasto, bajo la edicin de algunos de los expedientes es decir en los
tejidos es probablemente menos importante que la reduccin, a veces en dos rdenes de magnitud, en la acumulacin
de expedientes es decir en los tejidos (111). A diferencia de los animales edicin ARN (140), no hay evidencia de que
los resultados de edicin del diferencial protena til diversidad en orgnulos vegetales. En cambio, el objetivo de la
ARN edicin orgnulos en planta se considera que la reparacin defectuosa de las transcripciones en el nivel de ARN
(24). Previamente a la identificacin de factores trans edicin mutantes, la mayora de la informacin acerca de la
importancia de la edicin lleg a expresar el codn genmica sin editar en una especie que normalmente contiene la
conserva T codn. Cuando un transgen que contiene el codn de petB que es editado en maz es introducido
en Chlamydomonas, edicin en la que no se produce, el transformado las algas son microbiano (173). Cuando el
genoma del cloroplasto de tabaco se combina con el genoma nuclear de Atropa belladonna ,edicin no se produce en
una CCC codn en atpA que normalmente est editado en el tabaco pero genmicas codificados como en Atropa CTC,
que probablemente lleva al albino de fenotipo cybrids (131). Cuando las secuencias de las espinacas psbF sitio edicin
se colocan en el tabaco, lo que normalmente no editar el psbF objetivo, sin editar se produce y las plantas se ven
afectadas en el crecimiento y la fotosntesis (8). Uno de los problemas de las pruebas de las transcripciones codones
de sistemas heterlogos es que el efecto de la falta de edicin puede variar en gravedad, desde que en la especie,
debido a la existencia de posibles cambios compensatorios en otras partes de la protena o de interaccin protena
compleja. La edicin de una serina a un codn de accD la leucina puede ser un ejemplo de una edicin que es
necesaria para una sola especie, pero no en otro. Normalmente las ediciones un guisante serina codn codn de
leucina en la accD transcripcin y transcripciones protena recombinante que se expresa en E. Coli no mostraron
actividad enzimtica in vitro (126). Sin embargo las plantas Arabidopsis raro1 que no puede modificar la
serina codn son viables (120), aunque acetil-coa carboxilasa cataliza el primer paso de una va importante: sntesis de
cidos grasos. Un fuerte crecimiento y floracin es una caracterstica inesperada de 12 de los 16 mutantes
homocigotos Arabidopsis edicin aisladas hasta la fecha, dado que el codn creadas mediante la edicin es a veces
genmicas codificados en otras especies y generalmente conservada evolutivamente. Las mutaciones que impiden la
edicin de 21 metas en 13 de los 18 conocida Arabidopsis transcripciones editado hasta la fecha no se ha informado,
tal vez la falta de edicin adicional de las transcripciones se encontrarn que tienen ms efectos perjudiciales para las
plantas. Las plantas que falta NDH actividad crecen bien y semillas en las condiciones de invernadero, por lo que la
edicin de los fenotipos mutantes que afectan a NDH no son inesperadas (46, 72, 106). Aunque ys1 mutantes se
virescent, las plntulas hojas color verde y las plantas maduras a la floracin. Mutantes que falta accD actividad edicin
crecen bien, y las semillas son viables (120). Aunque lpa66 mutantes presentan deficiencia en el crecimiento y la
fotosntesis, las plantas sobreviven hasta la madurez (15). Slo atecb2 mutantes y clb19 mutantes son letales cuando
las plntulas homocigotas (18). As, los datos actuales revelan que editar eventos en 19 sitios conocidos edicin en
Arabidopsis son probablemente no esenciales para el crecimiento y madurez. Adems, de los objetivos para los cuales
C trans-factores an no son conocidos, hay otros cinco sitios de ndh transcripciones y son probablemente tambin no
crtica, dado el vigor de las plantas que llevan otras mutaciones que afectan a NDH actividad. Si la edicin de 24 de los
34 C objetivos en Arabidopsis cloroplastos es por lo tanto no esenciales, entonces por qu tiene edicin en estos
objetivos se han mantenido? Tal vez en escenarios naturales, en el que las condiciones ambientales no son ptimas,
pero hay importantes ventajas selectivas que los individuos que son capaces de alterar codones de ndh,
rpoB, transcripciones y la accD para codificar los aminocidos conservados.

ARN Edicin: Perspectiva
Cuando muchos C objetivos de la edicin en cloroplastos y mitocondrias fueron descubiertos, era difcil imaginar que
sera suficiente sitio de ARN especfico de protenas disponibles para ofrecer el alto grado de especificidad que se
realiza en vivo. Ahora los cloroplastos y las mitocondrias () son conocidos por tener amplias nuclearencoded PPR
protenas que puede manejar ms de 500 Ctargets de la edicin en un orgnulo de plantas vasculares las
transcripciones, dado que algunos factores son objetivos compartidos entre C. Sin embargo, an queda mucho por
aprender sobre ARN orgnulo edicin. Hasta la fecha, a excepcin de sustrato sitio elementos cis y trans-especfica,
factores, ningn otro componente de los aparatos edicin son conocidos en cualquier orgnulo. Una de las principales
tareas del futuro es entender cmo la estructura de las protenas individuales PPR les permite reconocer los ARN
especfico y cmo colaborar con otras protenas para llevar a cabo el nucletido conversin.

CONSIDERACIONES EVOLUTIVAS
Uno de los aspectos ms llamativos del estudio de la biologa de los orgnulos es su semiautonomy; es decir, cmo
una vida libre de prokaryote ha adaptado a la vida en una clula eucariota. Una obvia adaptacin es el gen prdida
masiva que elimina redundancia y dio el ncleo organellar control final de los procesos. La pltora de cloroplasto
protenas que participan en metabolismo del RNA de Rnasas, intronbinding protenas, edicin especificidad factores-
parece ser innecesariamente compleja en comparacin con el ancestro y cianobacterias es ms difcil de estimar. Si se
acepta que un genoma organellar es necesaria, y algunos podran argumentar lo contrario, y disea un diseo eficiente
de expresin gnica, el plan puede especificar un promotor y terminador por grupo de genes funcionalmente
relacionados. Este opern concepto, al que le falta los intrones, procesamiento y ARN intercistronic edicin, requiere
unas cuantas protenas reguladoras. En lugar de ello, ms de 100 ncleo-protenas codificadas intervenir en cloroplasto
expresin gnica en el nivel de ARN. Por qu entonces no cloroplasto metabolismo del RNA presentan la notable
complejidad? Una lnea de razonamiento hace hincapi en el papel de los cloroplastos como un simbitico y sostiene
que un exquisito control de las actividades y la eficacia de los cloroplastos puede ser esencial para integrar el orgnulo
en la respuestas de las algas eucariotas o clula de la planta con su entorno, o a su estado de desarrollo. Tambin
existe la necesidad de expresin en coordenadas del cloroplasto, y ncleo-protenas codificadas que participan en
complejos macromoleculares en el cloroplasto. De hecho, existe una abundante literatura sobre medio ambiente y el
desarrollo los procesos reglamento del cloroplasto. Tambin en apoyo de estas ideas es la existencia de sealizacin
retrgrada, lo que apunta a una constante comunicacin bidireccional entre ncleo y organelos. Un segundo aspecto
de endosimbiosis vida tambin puede haber incidido en el desarrollo de complejas metabolismo del RNA. Genomas
Uniparentally heredado cloroplasto tienen menos oportunidades de recombinacin con genomas de otros individuos de
vida libre de bacterias. Maier et al. (87) postula que la naturaleza del cloroplasto metabolismo del RNA ha sido
moldeada por la herencia clonal de sus genomas y la consiguiente acumulacin de mutaciones perjudiciales. Proponen
que la multitud de ncleo-protena codificada factores han evolucionado para suprimir el efecto de mutaciones en el
genoma en el nivel de ARN. Este parsito de la expresin de los genes vista complejidad tambin fue presentado en el
momento en orgnulos edicin ARN fue descubierto por primera vez (24). Estos argumentos evolutivos no pueden ser
mutuamente excluyentes con los escenarios normativos evocados ms arriba. A pesar de que algunos mutantes
sobreviven hasta la madurez a pesar de perder la capacidad de llevar a cabo uno o ms eventos de procesamiento
ARN, la evolucin y el mantenimiento de eventos no crticos en metabolismo del RNA puede ser un subproducto de
seleccin fuerte para el mantenimiento de maduracin esencial ARN, empalmes, edicin, y a la degradacin. Por
ejemplo, una vez se requiere edicin ARN en mltiples ubicaciones para corregir mutaciones en el genoma, el proceso
de edicin, se han establecido y, a continuacin, seleccin podra ocurrir para la mejora de la eficiencia y especificidad.
Del mismo modo, una vez que los miembros de las familias de protenas helicoidal repita se convirti en indispensable
ARN requiere procesar los sucesos, a continuacin, tal vez su verstil estructura modular puede les han permitido
evolucionar a fin de mejorar cloroplasto gimnasio. Pre-existentes RNAmodifying las protenas tambin son contratados
para ayudar en la expresin gnica, por ejemplo, como factores de splicing. En resumen, los cloroplastos y las
mitocondrias) han desarrollado una rica y nica fuente de ARN-protenas de unin que puede reconocer una
sorprendente variedad de ligandos RNA. Evolucin ha seleccionado los miembros del PPR, RRM, PORR, RPP y
familias para llevar a cabo diversas funciones en metabolismo del RNA. Comprender cmo estos grupos de ARN-
protenas Arn distinguir los diferentes podra permitir la ingeniera gentica de nuevas actividades que reconocen
nuevos objetivos. Esto, a su vez, podra proporcionar un tipo de control de expresin de los genes y protenas generan
diversidad que sera inalcanzable con otros mtodos disponibles actualmente.







PUNTOS DE RESUMEN

1. Cloroplasto mRNAs son a menudo transformados de precursores ya editadas.
2. Procariotas como enzimas de mediacin 5! Y 3 ! Final maduracin, as como un
polyadenylationstimulated
Va ARN caries.
3. Las combinaciones de factores que facilitan el empalme asociar a subconjuntos de cloroplasto
premRNAs
Para formar grandes complejos que forman.
4. Algunos cloroplasto C-a-U RNA edicin de eventos parecen ser esenciales para la propia supervivencia
de las plantas,
Mientras que otros parecen estar en sintona fina de cloroplasto las secuencias de las protenas pero no
son necesarios
Para el crecimiento a la madurez.
5. Ci-elementos, normalmente se encuentra dentro de los 50 nt de un C objetivo de edicin, permite la
edicin
Aparato para reconocer la correcta C para la conversin a EE.UU.
6. La complejidad del cloroplasto arnm metabolismo requiere numerosos ncleo-codificado
Factores que a menudo son derivados de los ARN-enzimas de modificacin o contratados en
Ampliar familias de ARN-protenas.
7. Los miembros de la SPP familia de protenas en las plantas vasculares son necesarios para estabilizar
determinadas
Arnm, a fin de facilitar el empalme de los intrones especficos, o para seleccionar particular C objetivos
para la
Editar aparato.

PROBLEMAS EN EL FUTURO
1. Cul es la seal que inicia cloroplasto arnm caries?
2. Cmo amplias e importantes son las funciones de polyadenylation en los cloroplastos?
3. Junto con conocidos factores de splicing, qu otras protenas participan en grandes RNP
Complejos? Cmo funcionan para promover el empalme?
4. Cmo repetir helicoidal motif-que contienen las protenas interactan con determinados expedientes?
5. Cul es la composicin del aparato edicin, especialmente la identidad de la enzima
Llevar a cabo C a U conversin?
6. Fuerzas selectivas que mecanismos bioqumicos y resultado en el desarrollo de nuevas C
Objetivos de la edicin y las prdidas de otros sitios edicin?
7. Qu aspectos han de plastidmRNAmetabolism fisiolgicamente importante que funciones?
Son reguladores? Cules son los accidentes de la evolucin?

DECLARACIN DE DIVULGACIN
Los autores no son conscientes de las afiliaciones, asociaciones, fondos o activos financieros que
Puede ser percibida como algo que afecta la objetividad de este examen.

AGRADECIMIENTOS
Las investigaciones de los autores fue apoyada por los laboratorios premio DOE DE FG02-
07ER20015, BARD proyecto ES-4152-08, y el FBS 2005184 premio a D. B. S. ; y U. S. National