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Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

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6. IMPEDIMENTOS ESTRICOS

6.1. Geometra y espacio conformacional de la cadena polipeptdica. Mapas de
Ramachandran.

Uno de los hechos caractersticos de las cadenas polipeptdicas es la
configuracin del grupo peptdico formando un plano que contiene los tomos, C

, C y
O de un resto aminocido y N, H y C

del resto siguiente, figura 6.1.


























Figura 6.1. Formacin de un enlace peptdico entre un resto de Gly y un resto de
Ala. (Figura extrada del libro Bioqumica de Christopher K. Mathews y K. E. van
Holde, editorial McGraw Hill Interamerica).

As, podemos considerar una cadena polipeptca como formada por una sucesin
de planos peptdicos, cuya orientacin relativa est determinada por los ngulos diedros
(Psi) y (Phi), figura 6.2.
El origen de estos planos est en el carcter parcial de doble enlace del enlace
peptdico. Esta propiedad del enlace peptdico se explica en trminos de resonancia
entre las dos formas lmites indicadas en la figura 6.3. Estas dos formas lmites
presentan un enlace C- O, y C - N, respectivamente, y en trminos de orbitales
moleculares podemos considerar la existencia de un orbital molecular extendido a los
tres tomos O, Cy N del grupo petdico. La consecuencia inmediata del carcter
parcial de doble enlace del enlace peptdico es la imposibilidad de rotar libremente, por
lo que el ngulo diedro est restringido a un valor prximo a 180. Esto da lugar a la
posibilidad de las dos formas ismeras cis y trans del grupo peptdico. Los
impedimentos estricos de los grupos unidos a los C

son mayores en la configuracin


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cis ( = 0) que en la trans ( = 180), por lo que la forma trans es poco frecuente en
las cadenas polipeptdicas, figura 6.4.





Figura 6.2. Parte superior: Tetrapptido Glu-Gly-Ala-Lys indicando los planos de
los grupos peptdicos y los ngulos diedros de la cadena. Parte inferior detalle de
dos grupos peptdicos consecutivos indicando los dos ngulos diedros y que
determinan la orientacin relativa de los planos peptdicos. (Figuras extradas del
libro Bioqumica de Christopher K. Mathews y K. E. van Holde, editorial McGraw
Hill Interamerica).



No obstante, los residuos de Pro, por su naturaleza cclica presenta las dos
formas ismeras con energies parecidas por lo que la prolina se encuentra en forma cis
con mas frecuencia que el resto de los aminocidos.

En la figura 6.5 y en la tabla 6.1 se dan las longitudes de enlace y los ngulos del
grupo peptdico. Es de destacar como, coherentemente con el carcter parcial de doble
enlace, la longitud de enlace C- N en el grupo peptdico es intermedia entre la longitud
del enlace doble C = N y del enlace simple C N.

En la tabla 6.2 se muestran los valores caractersticos de los angulos diedros ,
y para las diferentes conformaciones de las protenas. En la figura 6.6 se representan
las posiciones cero y criterio de signos para los ngulos diedros , , y .












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Figura 6.3. Parte superior: Equilibrio entre las dos formas resonantes del grupo
peptdico. Parte inferior: Orbitales moleculares en el plano del grupo peptdico,
deslocalizacin de electrones entre los tomos O, C y N.





















Figura 6.4. Formas Cis y trans del grupo peptdico y caso particular de la prolina.
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Figura 6.5 Parmetros geomtricos del grupo peptdico. Las longitudes de enlace estn
dadas en nm. (Figura extrada del libro Bioqumica de Christopher K. Mathews y
K. E. van Holde, editorial McGraw Hill Interamerica).


Tabla 6.1. Longitudes de enlace y ngulos en el grupo peptdico.
























En general:
Enlace Longitud ()
C

- N 1490
C = N 1270
C = O (Aldehidos y cetonas) 1220


En el grupo peptdico

Enlace Longitud ()
C

- C 1510
C- N 1325
N - C

1455
C= O 1240
N - H 1020
C

- C

1540
C

- H

1070
ngulos de enlaces:

C

- C- N : 116
C- N - C


: 122
C

- C- O : 1205
O - C- N : 1235
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Tabla 6.2 Parametros geomtricos de las principales conformaciones en protenas.


























Figura 6.6. Posiciones cero y criterio de signos para los ngulos diedros.











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Mapas de Ramachandran.

Los mapas de Ramachandran (G. N. Ramachandran, 1963, bioqumico ind que
los invent) son representaciones del espacio conformacional accesible para una cadena
polipeptdica, como un mapa bidimensional donde las dos coordenadas son los ngulos
diedros y , respectivamente. En teora una cadena puede adoptar un nmero infinito
de conformaciones de su esqueleto, correspondindole a cada una un valor concreto de
los ngulos diedros; no obstante muchas hipotticas conformaciones pueden excluirse
por consideraciones de impedimentos estricos. Ramachandran y colaboradores usan un
modelo de esferas rgidas para explorar el espacio conformacional permitido, aunque
consideran dos distancias de contacto entre parejas de tomos diferentes: distancia de
contacto normal, la que se encuentra con frecuencia en las estructuras cristalinas de
las protenas y las distancias extremas poco frecuentes. La figura 6.7 muestra estos
mapas de contorno para la glicina y para el resto de los aminocidos con carbono beta
(exceptuando la prolina) y en la tabla 6.3 se dan las distancias de contacto para las
parejas de tomos especificadas.
Figura 6.7. Mapas de contorno de Ramachandran de la Glicina (Izquierda) y de los
restos aminocidos con carbono beta (derecha), en una cadena polipeptdica. La
regin de color ms intenso corresponden al lmite normal de distancias de
contacto y las menos intensas al lmite extremo. (Figura extrada del libro
Bophysical Chemistry de Charles R. Cantor y Paul R. Schimmel, editorial W. H.
Freeman and Company).

Tabla 6.3. Distancias de contacto frecuentes y poco frecuentes
encontradas en las estructuras cristalinas de protenas.









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Un hecho destacable es que todos los restos aminocidos con carbono beta
presentan un mapa de Ramachandran parecido, asi en la figura 6.8 se han superpuesto
los mapas de Ramachandran de 2500 restos aminocidos de 13 protenas, donde
podemos ver como la mayora de stos (con carbono beta) definen las mismas regiones
antes especificadas en la figura anterior. Esto nos lleva a la importante conclusin de
que los impedimentos estricos recaen en el carbono beta siendo irrelevante para el caso
el resto de la cadena lateral.

Figura 6.8. Mapa de Ramachandran de 2500 restos aminocidos en un
conjunto de 13 protenas.



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Nota: Recomiendo analizar la figura 6.9, pgina 187, del libro Bioqumica de
Mathews y van Holde en la que se muestra un mapa de Ramachandran con la
localizacin de diferentes conformaciones, tanto reales como hipotticas, del esqueleto
polipeptdico.
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6.2. Diagramas de contornos de energa potencial.


Explorar el espacio conformacional con un modelo de esferas rgidas, es decir
los mapas de Ramachandran, es una descripcin aproximada de las conformaciones
permitidas pero no indica que parte de la regin estericamente permitida es la que
preferentemente adopta una determinada conformacin. Para poder estimar esta
preferencia es preciso calcular la energa potencial de una molcula aislada debida
exclusivamente a las interacciones intramoleculares.

Consideraremos por conveniencia que la energa potencial de la macromolcula
est compuesta de dos trminos, uno asociado a los enlaces covalentes en los que
participa cada tomo y otro debido a las interacciones no covalentes que hemos
estudiado anteriormente, figura



















Figura 6.9. La energa potencial de una macromolcula aislada puede
considerarse como la suma extendida a todos los tomos que forman la
macromolcula de la energa potencial de los enlaces covalentes, V
ecs
y de
la energa potencial debido a las interacciones no covalentes en las que
participa cada tomo.
















Potenciales moleculares

Potenciales asociados
a los enlaces covalentes
Potenciales de las
interacciones no
covalentes
( )

=
+ =
N
i
incs ecs total
V V V
1
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Potenciales asociados a los enlaces covalentes.

Energa potencial de un enlace covalente como funcin de la distancia
interatomica, r :

( )
2
0
r r K V
enlace enlace
=
[1]

r
0
: distancia de equilibrio del enlace. Corresponde al mnimo de la curva
de energa potencial.
K
enlace
: Constante de fuerza del enlace.

Energa potencial de un enlace covalente como funcin del ngulo de
enlace de tres tomos consecutivos:

( )
2
0


= K V
[2]

0
: ngulo de equilibrio del enlace. Corresponde al mnimo de la curva
de energa potencial.
K

: Constante de fuerza para deformar el ngulo.



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Figura 6.10. Curvas de energa potencial correspondientes a las ecuaciones
1 y 2, para el cambio de longitud del enlace covalente o el cambio del ngulo
formado por tres tomos covalentemente unidos.
Energa potencial de rotacin del enlace covalente central como funcin
del ngulo diedro formado por cuatro tomos (Pitzer, 1951):

( ) [ ]

+ =

=
n
V
V
n
n
cos 1
2
3
1


V
n
: Constante de fuerza de torsin del ngulo diedro.
n : nmero de mximos o mnimos en una vuelta completa.
: ngulo de fase que define la posicin de los mnimos.



































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Figura 6.11. Panel superior: Definiciones de ngulos formados por cuatro tomos
en torno al enlace de los tomos centrales. ngulo de torsin, y ngulo diedro
(ngulo complementario del ngulo de torsin). Panel inferior: Energas
potenciales para rotacin alrededor del ngulo diedro en: (a) un enlace simple,
n=3, =180 y (b) un enlace doble, n=2, =180.










































Figura 6.12. Diagramas de contornos de energa para un resto de Gly
(arriba) y de Ala (abajo) en una cadena polipeptdica calculados con la ecuacin
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global: ( )

=
+ =
N
i
incs ecs total
V V V
1
. Las curvas de nivel estan dibujadas con intervalos de 1
kcal. Las X indican las posiciones de ms baja energa. (Figura extrada del libro
Bophysical Chemistry de Charles R. Cantor y Paul R. Schimmel, editorial W. H.
Freeman and Company).



6.3. Geometra y espacio conformacional de la cadena polinucleotdica.

La figura 6.13 es una representacin esquemtica de una cadena polinucleotdica
de ADN y ARN, que se caracteriza por un esqueleto formado por grupos fosfatos y
pentosas alternantes unidos por los enlaces fosfodiester. La unidad que se repite
(indicada con un rectngulo de trazo discontinuo)abarca una molcula de pentosa y un
grupo fosfato y contiene 6 enlaces, mas el enlace que une las bases al esqueleto con el
carbono en la posicin 1 de la ribosa. En la figura 6.14 se muestran estas bases, pricas
y pirimidinicas, as como la ribosa y desoxiribosa, con el sistema de numeracin
convencional.


Figura 6.13. Representacin esquemtica de la cadena polinucleotdica del ADN y
ARN. Las unidades monmeras son los nucleotidos que se diferencian por las
nucleobases de las que reciben el nombre. El rectngulo de trazo discontinuo
indica la unidad que se repite a lo largo de la cadena. (Figura extrada del libro
Principles of Physical Biochemistry de K.E. an Holde, W. Curtis Jonson y P.
Shing Ho).

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Si comparamos el esqueleto de una cadena polinucleotdica con el de una cadena
polipeptdica llegaremos a la conclusin de que hay una mayor complejidad y mayor
dificultad de explorar el espacio conformacional en la primera. La tabla 6.4 muestra los
parmetros estructurales, longitudes de enlace y ngulos, del esqueleto para la forma
cristalina del cido poliriboadenilico. Estos parmetros presentan esencialmente el
mismo valor para diferentes ARNs.
Comenzamos por considerar las caractersticas conformacionales de las unidades
componentes de los cidos nucleicos, bases y azucares, para finalizar considerando el
espacio conformacional permitido para la cadena.















Figura 6.14. Estructuras de los principales componentes de los cidos
nucleicos: las bases en los nucleosidos pricos y pirimidinicos, as como la ribosa y
desoxiribosa. (Figura extrada del libro Bophysical Chemistry de Charles R.
Cantor y Paul R. Schimmel, editorial W. H. Freeman and Company).


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Tabla 6.4 Longitudes de enlace y ngulos, del esqueleto para la forma
cristalina del cido poliriboadenilico.

El anillo de ribosa o desoxirribosa aunque es una molcula cerrada tiene cierta
flexibilidad. Pueden considerarse cuatro conformaciones extremasen las que el O
1
, el
C
1
y el C
4
estn contenidos en un mismo plano y los car bonos C
2
y C
3
quedan por
encima y por debajo de dicho plano. Las cuatro conformaciones reciben el nombre de
C
2
-endo, C
3
-endo, C
2
- exo y C
3
-exo, figura 6.15.

Figura 6.15. Conformaciones de la ribosa y desoxirribosa. (Figura extrada
del libro Bophysical Chemistry de Charles R. Cantor y Paul R. Schimmel, editorial
W. H. Freeman and Company).

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La orientacin relativa de las bases respecto al azucar viene dada por el ngulo
diedro , ngulo de rotacin del enlace glicosdico, cuyo origen o valor cero
corresponde a la posicin cis de los enlaces O
1
- C
1
y N
9
C
8
para las bases pricas y
O
1
- C
1
y N
1
C
6
para las bases pirimidinicas.
En general los planos de la base y el azucar tienden a colocarse en dos
conformaciones extremas: syn y anti,
con = 210 y = 0, respectivamente.
La preferencia por una u otra
conformacin depende de la
nconformacin de la ribosa, los clculos
y los datos de Rayos X muestran que las
pirimidinas tienden a adoptar la
conformacin anti, mientras que las
purinas son suelen adoptar ambas
formas.











Figura 6.16. Ismeros rotacionales en torno al enlace
glicosdico que une la base al esqueleto.
En lo que al esqueleto polinucleotdico se refiere hay que destacar la existencia
de 6 ngulos diedros: , , , , y , figura 6.17. Frente a los dos ngulos
diedros que caracteriza al esqueleto polipeptdico, y , seis ngulos diedros dan lugar
a una mayor complejidad al explorar el espacio conformacional, es decir analizar los
impedimentos estricos del esqueleto es mucho ms complicado. No obstante hay
ciertas caractersticas de la cadena polinucleotdica que simplifican el problema. La mas
relevante para el caso es la presencia peridica del la pentosa. Los valores de los
ngulos diedros y son:

5 145 ; 5 7 83 = = para las formas, C
2
- exo y C
3
-endo

10 95 ; 5 7 153 = = para las formas C
2
-endo y C
3
-exo

La relativa rigidez de estos ngulos diedros hace que los valores que puedan
tomar los cinco ngulos diedros restantes anteriores y posteriores sean independientes;
en otras palabras las pentosas introducen rigidez en la cadena. Esta caracterstica nos
permite reducir el problema al estudio de las posibles conformaciones de la unidad
repetitiva variando los 6 ngulos diedros.
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Figura 6.17 Diagrama esquemtico de un segmento de la cadena de cido
poliriboadenlico especificando los ngulos diedros de rotacin. (Figura extrada
del libro Bophysical Chemistry de Charles R. Cantor y Paul R. Schimmel, editorial
W. H. Freeman and Company).

Distinguimos dos tipos de interacciones estricas: a) de primer orden y b) de
segundo orden.
a) Las interacciones de primer orden son las que se producen entre tomos
cuyas distancias relativas dependen de un solo ngulo diedro; por ejemplo,
los contactos o colisiones entre los tomos C3y O5, O6y O7 dependen
solamente del ngulo y limitan considerablemente el dominio de valores
permitidos de . Las interacciones de primer orden que dependen de
son anlogas y tambin excluyen amplias regiones, grfica de la parte
superior de la figura 6.18.
b) Los contactos o interacciones de segundo grado dependen simultneamente
de dos ngulos diedros, as por ejemplo los contactos entre los tomos C3 y
C5 dependen de y . Estos contactos eliminan el rea inscrita por la
curva cerradas de trazo continuo que aparece en la mencionada grfica.

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Figura 6.18. Regiones excluidas por interacciones de primer orden
(coloreadas) entre los ngulos y , grfica en la parte superior, y entre los
ngulos y . Las regiones excluidas por contactos de segundo orden se
encierran en las lneas curvas cerradas. (Figura extrada del libro Bophysical
Chemistry de Charles R. Cantor y Paul R. Schimmel, editorial W. H. Freeman and
Company).
Un anlisis similar con los ngulos y da como resultado la grfica de la
parte inferior de la figura 6.18, donde tambin se ha indicado el espacio conformacional
excluido por las interacciones de segundo grado.
Cabe considerar otras interacciones, tales como los de segundo orden que
dependen de y , o las de las bases entre s, o de las bases con el esqueleto; sin
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embargo cada una de estos impedimentos estricos caen en las regiones ya excluidas
por las interacciones estudiadas.