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Cdigo Gentico y Traduccin


Unidad 7
Facultad de Qumica, UNAM
1630 Gentica y Biologa Molecular
Dogma Central de la Biologa Molecular.
Flujo de la Informacin Gentica
Replicacin
Transcripcin.
Sntesis de RNA
Traduccin
Sntesis de
Protenas
2
Comparacin de la expresin gnica entre eucariontes y procariontes
Eucariontes Procariontes
Transcripcin
Transcripcin
Traduccin
Traduccin
Ncleo
Cdigo gentico:
DNA ------- Bases
RNAm ------- Bases
Protena ------- Aminocidos
En DNA y RNA hay 4 bases pero en protenas:
20 aminocidos
Combinaciones de bases para determinar un
aminocido:
Combinaciones de 2 bases: 4
2
= 16 (no alcanzan!!)
Combinaciones de 3 bases: 4
3
= 64 !! (ahora sobran!!)
Codn: Secuencia de tres bases en el RNAm que
especifica un aminocido en la secuencia de la
protena o causa la terminacin de la traduccin.
3
Nirenberg y Matthaei descifraron el cdigo gentico usando un lisado de
E. coli para sintetizar protenas in vitro al cual le agregaban RNAm
sinttico poli-U, poli-A, poli-CA.....
RNA
Protena
Solamente 61 de las 64 combinaciones posibles codifican para
aminocidos
Cdigo Gentico
Primera
posicin
Segunda posicin
18 de los 20 aminocidos estn determinados por ms de un
codn. El cdigo gentico es redundante.
61 codones determinan aminocidos 3
codones son non-sense y funcionan
como seales de trmino (stop) de la
traduccin
4
Solamente Met y Trp estn determinados por un codn.
Codones sinnimos:
Para muchos aminocidos determinados por mas de un codn, las
2 primeras bases no varan y solamente hay cambio en la 3
a
posicin.
Qu caracterstica comn tiene esa 3
a
base en los aminocidos
determinados por dos codones?
Esta propiedad minimiza los efectos de alguna mutacin.
Sustitucin por transicin en el que hay un cambio de una
purina por otra purina.
AAG - AAA
El cdigo gentico est altamente conservado
filogenticamente.
De hecho, por muchos aos, se consider que era UNIVERSAL,
hasta que se encontraron las excepciones que son mnimas.
La mayor parte de estas excepciones se identificaron en los
genomas mitocondriales y en algunos protozuarios.
Micoplasma Trp
Trmino UGA
Nuclear protozuarios Glu
Trmino UAA/ UAG
Mitocondria plantas Trp
Arg CGG
Mitocondria animal
Ser Arg AGA/ AGG
Genoma Excepcin Cdigo
gentico
Codn
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Para los aminocidos determinados por mas de un codn, estos no son
usados con la misma frecuencia.
Para los aminocidos determinados por mas de un codn, estos no son
usados con la misma frecuencia.
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En el proceso de traduccin participan los RNAt, RNAr y RNAm.
Estructura de un RNAm maduro.
CAP
Regin 5 no traducida
5-UTR
Regin 3 no traducida
3-UTR
Regin codificante
AUG
UAA
UAG
UGA
Codones de
trmino
Cola de Poli-A
Marco de lectura abierto (Open Reading Frame)
La misma
secuencia de
RNAm.
Tres secuencias de
polipptidos
distintas!!!
Marco de Lectura 1
Marco de Lectura 2
Marco de Lectura 3
Solamente uno de los marcos de lectura es el correcto para la
traduccin.
Cmo es reconocido este marco por el aparto traduccional?
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Los RNAt son las molculas adaptadoras (traductoras) que
decodifican la informacin en el RNAm acarreando al
aminocido correspondiente.
Estructura y Funcin del RNAt
Los RNAt son las molculas adaptadoras (traductoras) que
decodifican la informacin en el RNAm acarreando al
aminocido correspondiente.
Los RNAt se sintetizan como precursores que son procesados
para generar molculas de 75 a 80 nts de longitud.
Generalmente tienen bases modificadas como:
Ribotimidina Dihidrouridina
Pseudouridina Inosina
Inosina
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Estructura Secundaria
del RNAt
Asa D Brazo D
* El brazo variable (3- 21
nts) puede formar un tallo de
hasta 7 pb.
Brazo T. Tallo de 4-5 pb
*
RNAt + Aminocido -- Aminoacil RNAt
La reaccin ocurre en dos etapas:
1. Activacin del aminocido: Formacin del aminoacil adenilato
Aminocido + ATP Aminocido-AMP + PPi
Se forma el aminoacil adenilato que tiene un enlace de alta energa.
La hidrlisis del pirofosfato inorgnico que se produce genera energa
para la reaccin.
Funcin de los RNAt
R
9
2. Formacin del aminoacil-RNAt
Aminoacil adenilato + RNAt Aminoacil-RNAt
+ AMP
El aminocido se une al extremo 3-OH
del RNAt. En el brazo aceptor.
Aminoacil RNAt sintetasas
A pesar de que catalizan la misma reaccin, estas enzimas
pueden ser muy diferentes.
Algunas son monmeros, dmeros y tetrmeros.
La misma enzima
realiza los dos pasos
de la reaccin.
Tiene sitios de unin
para:
el aminocido
ATP
RNAt
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Aminoacil RNAt
sintetasas.
Reconocen secuencias en la
regin interna del RNAt.
Tienen muy alta especificidad
pues distinguen entre 40 RNAt
que tienen una estructura similar,
solamente con algunos cambios
en la secuencia de bases.
Reconocen elementos de
identidad en el RNAt que
incluyen:
Regin anticodn
Pares de bases en el tallo
aceptor.
C G C
5 3
RNAm
El codn del RNAm es reconocido por la secuencia
anticodn del RNAt
La interaccin ocurre por apareamiento de bases complementarias.
Las dos molculas de RNA son antiparalelas.
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Hiptesis del bamboleo (wobble)
Debido a que el cdigo gentico es redundante:
Algunos aminocidos estn determinados por 6 codones
Algunos aminocidos estn determinados por 4 codones
Algunos aminocidos estn determinados por 3 codones
Algunos aminocidos estn determinados por 2 codones
Algunos codones que determinan al mismo aminocido son
reconocidos por el mismo RNAt
Esto implica que hay
apareamientos de bases tipo
Watson-Crick para las dos
primeras posiciones del codn,
pero no para la tercera.
C G C
5 3
RNAm
I/U
Hiptesis del bamboleo (wobble)
La inosina es
una purina
que forma
interacciones
dbiles con
C, U, A
Muchos RNAt tienen inosina en la posicin 5 del anticodn
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La sntesis de protenas se lleva a cabo en los
ribosomas
El ribosoma procarionte se puede disociar en dos subunidades.
Cada una de stas se compone de RNAr y muchas protenas
2.76 x 10
6
Da
Estructura de los Ribosomas
Lectura de los codones Polimerizacin de
Aminocidos
21 protenas + RNAr 16S 31 protenas + RNAr 23S y 5S
Subunidad Pequea 30S Subunidad Grande 50S
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Sitio de unin al ribosoma
En los RNAm procariontes hay una secuencia altamente
conservada que est entre 8 y 13 nts del codn de inicio.
Esta secuencia es rica en purinas y el consenso es:
5 - AGGAGGU- 3
Esta secuencia se aparea por interacciones de puentes de
hidrgeno con la secuencia 3-UCCUCCA-5 que se encuentra
en el RNAr 16S de la subunidad pequea del ribosoma.
Se llama Secuencia de Shine-Dalgarno o sitio de unin al
ribosoma. Sirve para posicionar de manera correcta al RNAm
en el ribosoma con respecto al codn de incio.
5
5- UTR
El codn que marca el inicio de la traduccin es AUG que codifica
para el aminocido metionina
En procariontes, el codn de
inicio AUG codifica para
formil metionina:
En eucariontes, el codn de
inicio AUG codifica para
metionina:
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Formacin del complejo de iniciacin
Ensamblaje del ribosoma en el RNAm
Se requiere de:
Subunidad pequea del ribosoma
Subunidad grande del ribosoma
RNAm
Aminoacil-RNAt (formil-Met)
Factores de iniciacin (IF)
IF1 e IF3 => se unen a la subunidad 30S y
previenen la unin de 50S en ausencia de
RNAm
IF2-GTP ayudan a la unin del aminoacil-RNAt
de iniciacin
Formacin del complejo de
Iniciacin.
Los factores IF1 e IF3 se unen a la
subunidad 30S del ribosoma y previenen
la unin de la subunidad 50S
RNAt
En procariontes, el
codn de inicio es
reconocido por un
aminoacil-RNAt que
acarrea formil-Met
El grupo formilo se aade despus de la carga del RNAt, por una
enzima (transformilasa) que usa formiltetrahidrofolato.
Solamente el RNAt
f-Met
se usa para formar el complejo de iniciacin.
Todos los dems aminoacil-RNAt requieren que el ribosoma est
completamente ensamblado.
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Formacin del complejo
de Iniciacin.
La unin de AA-RNAt(fMet) al codn de
inicio es un proceso dependiente de la
hidrlisis de GTP. El IF2 se une a GTP
acompaa al AA-RNAt
f-Met
Al disociarse IF1, se une la subunidad
50S del ribosoma.
Queda formado el complejo de iniciacin.
Fase de elongacin
Factores de elongacin EF
EF-Tu / EF-Ts/ EF-G
Aminoacil-RNAt del resto de los aminocidos.
GTP
Complejo de Iniciacin
La fase de elongacin se divide en tres etapas
Ocupacin del sitio aminoacil
Formacin del enlace peptdico
Translocacin
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Sitio A (Aminoacil) del
ribosoma
Sitio P (Peptidil) del
ribosoma
En el ribosoma se pueden distinguir tres sitios E, P y A, de los
cuales el sitio P y A pueden ser ocupados por AA-RNAt
El AA-RNAt
f-Met
ocupa el sitio Peptidil en el ribosoma.
5' 3'
P A
FASE DE ELONGACION
Ocupacin del sitio Aminoacil por el siguiente AA-RNAt
EF-Tu
GTP
EF-Ts
GDP
EF-Ts regenera el GTP
Sitio P (Peptidil)
Sitio A (Aminoacil)
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5' 3'
P A
FASE DE ELONGACION
Formacin del enlace peptdico
El grupo amino del AA-RNAt
del sitio A est bien
posicionado para atacar el
enlace ster entre el RNAt
que ocupa el sitio P y el
aminocido.
Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico
El grupo amino del AA-RNAt del sitio A est bien posicionado
para atacar el enlace ster entre el RNAt que ocupa el sitio P el
aminocido que acarrea.
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Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico
Intermediario tetradrico
Se forma un intermediario
tetradrico que es estabilizado
por la peptidil transferasa.
Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico
El intermediario se cierra para
formar el enlace peptdico y liberar
al RNAt que est ocupando el sitio P
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5' 3'
P
A
El sitio P queda vaco.
El centro cataltico
responsable de la
actividad de la peptidil
transferasa se
encuentra altamente
conservado
filogenticamente.
La actividad de peptidil
transferasa se encuentra en
el RNA ribosomal 23S con
participacin de algunas
protenas de la subunidad
grande del ribosoma.
20
5' 3'
Elongacin
Translocacin
P
A
EF-G
La translocacin es mediada por el factor EF-G, guado por la
hidrlisis de GTP
5' 3'
P
A
Elongacin
Translocacin
EF-G
El RNAt que acarrea a la cadena polipeptdica creciente ahora ocupa el
sitio P. El sitio A queda desocupado para el siguiente AA-RNAt segn el
codn que est posicionado en el sitio A.
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Terminacin. El ribosoma llega al codn de trmino del
marco de lectura del RNAm
UAA (codn de trmino)
STOP
Factor de liberacin o de
terminacin (RF)
Los codones UAA, UAG y UGA
no son reconocidos por ningn
RNAt
RF1=> UAA y UAG / RF2 => UAA y UGA
Ruptura del enlace
ster
El mecanismo que se ha propuesto para la liberacin se basa en la
semejanza estructural entre un AA-RNAt y los factores de liberacin.
El factor de liberacin se une al sitio A del ribosoma y acarrea una
molcula de agua a la regin de elongacin de la cadena
polipeptdica.
La actividad de peptidil transferasa emplea
esa molcula de agua para romper el enlace
ster y liberar al polipptido.
H
H
O
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Polisomas. Un solo RNAm puede ser traducido por varios
ribosomas de manera simultnea.
Varios inhibidores de la sntesis de protenas se han usado como
antibiticos:
ANTIBITICO ACCIN
Estreptomicina Inhibe la iniciacin y causa una lectura incorrecta
del RNAm (Procariontes)
Tetraciclina Se une a la subunidad 30S del ribosoma e inhibe
la unin del aminoacil-RNAt (Procariontes)
Cloramfenicol Inhibe a la peptidil transferasa (Procariontes)
Eritromicina Se une a la subunidad 50S e inhibe la
translocacin (Procariontes)
Puromicina Causa terminacin prematura de la traduccin.
Acta como anlogo estructural del aminoacil-
RNAt
Cicloheximida Inhibe a la peptidil transferasa (Eucariontes)
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Traduccin en Eucariontes.
Los ribosomas en
eucariontes son ms
grandes y estn
formados por un nmero
mayor de protenas que
los ribosomas
procariontes.
La principal diferencia en la traduccin entre procariontes y
eucariontes radica en la fase de iniciacin.
Los RNAm eucariontes carecen de una secuencia consenso de
unin al ribosoma (Shine-Dalgarno).
Hiptesis del scanning o barrido.
La subunidad 40S del ribosoma se une al extremo 5 del RNAm
y hace un barrido hasta encontrar el codn AUG. La subunidad
40S
Este codn se debe encontrar en el contexto correcto que es:
5-CCRCCAUGG-3
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En eucariontes hay varios factores de iniciacin que se pueden
clasificar por su funcin:
eIF6, eIF3, eIF4C que se unen a las subunidades del ribosoma.
eIF4(A,B,E,F) que se unen a la estructura del cap en el extremo
5 del RNAm
eIF2, eIF2B que acarrean al AA-RNAt iniciador
El proceso de elongacin es similar a los procariontes y la
actividad de peptidil transferasa se encuentra en....
El proceso de terminacin es similar al de los procariontes y se
reconocen los mismos codones de trmino:
UAA
UAG
UGA
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Transporte de las protenas en la clula.
La localizacin final de una protena en la clula frecuentemente est
determinada por alguna secuencia corta de aminocidos presente en la
protena.
En procariontes, los destinos
posibles de una protena:
Secretada hacia el
exterior de la clula
Membrana plasmtica
Citosol
Las bacterias Gram-
tienen varios sistemas
de secreccin.
Secrecin de protenas en bacterias.
La protena que se va a secretar
tiene una secuencia de varios
aminocidos en N-terminal que
funciona como seal.
La protena SecB se une a la
protena recien sintetizada y
previene que se pliegue y
adquiera su estructura terciaria.
Las protenas SecY y SecE son
protenas transmembranales que
forman un poro mediante el cual
es transportada la protena que es
secretada.
Es un proceso dependiente de la
hidrlisis de ATP
La protena se pliega y el pptido
seal es procesado por una
proteasa.
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En eucariontes, las protenas pueden tener varios destinos:
Ncleo, mitocondria, peroxisomas, cloroplastos, retculo
endoplsmico, aparato de Golgi, lisosomas.
Las protenas contienen ciertas secuencias de aminocidos que
son reconocidas por receptores en el organelo blanco o por otras
protenas que las transportan.
Hay dos mecanismos generales:
Direccionamiento post-traduccional: ncleo, mitocondria,
cloroplasto peroxisoma.
Direccionamiento co-traduccional: retculo endoplsmico, aparato
de Golgi, lisosomas, membrana plasmtica, secrecin.
Transporte de protenas al ncleo.
Protenas del metabolismo del
DNA y RNA requieren estar en el
ncleo. Tambin las histonas y
otras protenas que se unen a la
cromatina.
El transporte de protenas hacia
adentro del ncleo ocurre por los
poros nucleares donde hay
protenas que reconocen la
secuencia de localizacin nuclear
(NLS) en la protena que se va a
internalizar. Esta NLS es una
secuencia rica en aminocidos
bsicos. -PKKKRLV-
Hay protenas que carecen del NLS pero son cotransportadas al ncleo
junto con otra protena.
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Direccionamiento cotraduccional. La va secretora.
1. La protena entra al RE conforme es
sintetizada en el ribosoma.
2. Las protena sale del RE en una
vescula
3. Las protena viaja a travs de la
cisterna del aparato de Golgi
4. La protena entra en una vescula
secretora que se fusiona a la membrana
plasmtica.
5. Las protena es secretada.
Degradacin y reciclaje de protenas.
Las protenas tienen una vida media determinada por lo que son
hidrolizadas por varias vas.
Protenas oxidadas
Protenas mal plegadas
Protenas que forman agregados
Protenas de sealizacin o regulatorias
Degradacin de protenas por va lisosomal que contienen
muchas proteasas.
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Degradacin y reciclaje de protenas.
Ubiquitinacin.
La ubiquitina es una protena de 76 a.a. que se une a protenas
que van a ser degradadas.
1. Una enzima activadora se une al extremo C-terminal de la ubiquitina
(ATP)
2. La ubiquitina activada es transferida a una segunda enzima que
reconoce a la protena blanco
3. La ubiquitina activada se une covalentemente a residuos de Lys de
la protena blanco.
4. La protena marcada con ubiquitina es reconocida por proteasas en
el citosol que la degradan.
5. Estas proteasas forman un complejo de unas 28 subunidades que
tiene un alto P.M. (proteasoma).
Degradacin y reciclaje de protenas.
Ubiquitinacin.
Una enzima activadora se une
al extremo C-terminal
de la ubiquitina (ATP)
La ubiquitina activada es
transferida a una segunda
enzima que reconoce a la
protena blanco
La ubiquitinaactivada
se une
covalentemente
a residuos de
Lys de la
protena blanco.
La protena marcada
con ubiquitina es
reconocida por
proteasas en el
citosol que la
degradan.
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Estas proteasas forman un complejo de unas 28 subunidades que tiene
un alto P.M. (proteasoma)