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UNIVERSIDAD DE VALPARAISO

FACULTAD DE CIENCIAS
DEPARTAMENTO DE BIOLOGA Y CIENCIAS AMBIENTALES







BIORREMEDIACIN DE SUELOS:
UTILIZACIN DE MICROORGANISMOS COMO
HERRAMIENTA DE MINERALIZACIN DE POLUTANTES
ORGNICOS

Autores: Ricardo lvarez
Freddy Zapata
Profesora: Dra. Marcela Zahr Tajmuch




02 de agosto de 2013

INTRODUCCIN
La biorremediacin de suelos contaminados se ha transformado lentamente
en una disciplina de vanguardia en el que hacer de cientficos y tecnlogos que,
con el afn de remediar pasivos ambientales, han debido desarrollar esta nueva e
interesante biotecnologa. (Navia y Seeger, 2005)
La biorremediacin es una tecnologa que utiliza el potencial metablico de
los microorganismos para descontaminar los sitios polucionados. Una de las
caractersticas que tiene la biorremediacin, es que se realiza en el ambiente
abierto, no estril y por lo tanto en presencia de una gran variedad de
microorganismos. Entre estas estn las bacterias, hongos y protozoos, unos
cumplen un rol central en la biorremediacin, al ser capaces de degradar el
contaminante mientras que otros pueden interferir en el proceso. Lo anterior,
indica que es necesario conocer la ecologa microbiana del sitio contaminado para
mejorar el proceso de biorremediacin. (Brigmon et al., 2002; Philp y Atlas, 2005)
El termino microbiologa microbiana se utiliza para describir la presencia,
actividades y contribuciones de los microorganismos en los medios donde habitan.
(Prescott et al., 2004)
Esta tcnica se basa en favorecer los procesos microbiolgicos que de una
manera natural se producen en el suelo y que conllevan la degradacin de los
contaminantes. En aquellas condiciones en la que los procesos bilgicos naturales
no son suficientes para llevar a cabo la depuracin, lo que se hace es aadir al
suelo otro tipo especfico de microorganismos o aumentar la concentracin de los
existentes con el fin de favorecer los procesos de degradacin.
En principio, la mayora de contaminantes son potencialmente
biodegradables, excepto si los microorganismos estn expuestos a condiciones
extremas de pH o de toxicidad. Normalmente, los procesos conducentes a la
biodegradacin son bastante lentos (por lo comn duran varios meses), por este
motivo se suele aadir oxigeno, agua o nutrientes, as como tambin se ajusta el
1: Son aquellos compuestos que por tener una estructura muy estable qumicamente se resisten a cualquier
mecanismo de degradacin, ya sea fsico o qumico.

2: Son compuestos cuya estructura qumica en la naturaleza es poco frecuente o inexistente debido a que son
compuestos sintetizados por el hombre en el laboratorio.

pH y se aumenta la temperatura, de esta manera los procesos bioqumicos se
aceleran considerablemente.
Por lo general la mayora de los compuestos orgnicos se degradan bajo
condiciones aerobias. No obstante, determinados compuestos, como por ejemplo
compuestos alifticos clorados, son recalcitrantes
1
en ambientes aerobios, pero se
degradan con cierta facilidad en condiciones anaerobias. Otros compuestos, como
por ejemplo los PCBs (policloruro de bifenilos), se degradan primero en
condiciones anaerobias, producindose una rpida descloracin y luego la
degradacin prosigue, pero en ambiente aerobio.
Adems de estas consideraciones, tambin se debe tener en cuenta el
fenmeno de aclimatacin de los microorganismos. Se entiende por aclimatacin
la exposicin de los microorganismos a un ambiente particular en el presente
caso, a la presencia de contaminantes. En este caso, aquellas bacterias que
contengan las enzimas especficas que degradan a los contaminantes se
desarrollarn con mayor rapidez que las restantes, con lo que al cabo de un
tiempo predominarn y, en consecuencia, el ritmo de degradacin aumentar.
(Domenech, 2000)
Adems, la mayora de los microorganismos presentes en comunidades complejas
an no se identifican, aunque en algunos proyectos de biorremediacin esto no es
necesario. Si, debemos conocer las formas de interaccionar que se dan entre los
microorganismos, puesto que algunas veces promoviendo estas interacciones,
podemos lograr una completa degradacin del contaminante. (Bae et al., 1997;
Chavz-Gomz et al., 2003; Johnsen et al., 2005) ya que los consorcios
microbianos juegan un rol muy importante en la biorremediacin. Estos aportan
biodiversidad de microorganismos y tambin variadas vas metablicas, con lo
cual se podra acceder a muchas fuentes de energa distintas que se encuentren
disponibles, lo cual redundara en la degradacin de una amplia variedad de
compuestos, incluyendo los xenobiticos
2

(Kanaly et al., 2000; Wu et al., 2000;
Mrquez-Rocha et al., 2000; Solano-Serena et al. 1998). Por lo anterior, en el

proceso de biorremediacin no existen especies responsables nicas de la
degradacin - salvo contadas excepciones-, sino un conjunto de microorganismos
con capacidades para tolerar y extraer energa del contaminante. (Leal H E. 2006
La composicin y concentracin de individuos en una comunidad
microbiana, y la tasa de transformacin de los contaminantes est afectada por los
factores de sustrato, ambiental y microbiolgico. Entre los factores ambientales se
encuentran la humedad, aireacin, temperatura, pH y disponibilidad de nutrientes.
Entre las propiedades de sustrato destaca la toxicidad, concentracin, solubilidad,
volatilidad; separacin de la fase slida y estructura. En los factores
microbiolgicos se encuentra la presencia de microorganismos con rutas
metablicas para degradar el contaminante, aclimatacin de las poblaciones
microbianas y factores ecolgicos (Lui y Suflita, 1993; Providenti et al., 1993,
Alexander,. 1999; Philp y Atlas, 2005).
En los ltimos aos, un alto nmero de compuestos altamente txicos han
sido introducidos al medio ambiente por los desechos industriales y/o la actividad
agrcola. Los compuestos orgnicos ms tpicos incluyen pesticidas, gasolina,
solventes, alcanos, hidrocarburos aromticos policiclicos, compuestos fosforados y
nitrogenados, explosivos, y algunos colorantes inorgnicos que representan su
toxicidad por los metales pesados que forman parte de estos compuestos.
Muchos de estos, con distintos propsitos, han sido vertidos de forma
intencional y accidentalmente al medio, causando efectos negativos de polucin al
suelo y agua, con efectos negativos irreversibles en la calidad y salud del medio
ambiente (Reid, 2000).
La importancia de esta investigacin radica en el hecho de que el suelo ha
sido considerado como uno de los principales sumideros de contaminantes


Biorremediacin de compuestos orgnicos persistentes: Policloruros
de Bifenilo (PCBs)
Los COPs son especies que poseen una combinacin particular de
propiedades fsicas y qumicas de tal manera que, al liberarse en el medio
permanecen intactos durante largo de tiempo y son ampliamente distribuidos en
el medio ambiente. Adems poseen un alto nivel de toxicidad para los seres vivos
pudiendo provocar entre otras patologas: cncer, dao al sistema nervioso
central, trastornos reproductivos y alteracin al sistema inmunolgico. (Stockholm
Convention)(Anexo II: Figura 1).
La principales dificultades para la biorremediacin de suelos contaminados
con COPs es el insuficiente conocimiento de las vas degradativas de estos
compuestos recalcitrantes. Debido a esto, es que los microorganismos que
presentan caractersticas degradadoras se aslan y caracterizan. Se purifican sus
enzimas involucradas, o se clonan los genes que codifican estas encimas (Singh,
2002; Watanabe, 2002). Una de ellas, es la publicada por Larkin et al. (2005), en
donde estudian la versatilidad catablica de Rhodococcus, ya que su ventaja
frente a otras bacterias, es su gran genoma y la estrategia de hiperrecombinacin
de sus genes. De esta forma, esta bacteria adquiere y almacena muchos genes
que luego recombina para adaptarse a su nuevo hbitat y compuesto; adems de
esto es suplementado con plsmidos lineares que almacena mltiples copias de
muchos genes biodegradadores. (Larkin et al., 2005)
Tambin se ha potenciado el uso de microorganismos manipulados
genticamente, conocidos como GEM. De acuerdo a varios reportes se ha podido
categorizar su uso en tres tipos: i) El contaminante blanco es recalcitrante, y por lo
tanto slo con la introduccin de GEMs es posible su mineralizacin, ii) slo se
requiere un efecto temporal de los GEMs, por lo que lo introducidos no sobreviven
por mucho tiempo, y iii) un GEMs acta como un donador de genes catablicos a
receptores bacterianos autctonos desconocidos, que contribuyen a la
degradacin del contaminante (Erb et al., 1997; Soda et al., 1998).

Dentro de los COPS los PCBs (CAS: 1336-36-3) (Anexo II: Figura 2) son
una serie de compuestos organoclorados que constituyen una familia de 209
congneres, los cuales se diferencian y forman mediante la cloracin de diferentes
posiciones del bifenilo. La Biorremediacin de PCBs mediada por bacteria es una
tcnica que combina ambientes anaerbicos y aerbicos.
La descloracin reductiva y a veces especfica de PCBs en ambientes
anxicos es catalizada por comunidades naturales mixtas, tales como los
consorcios metanognicos y realizada por microorganismos anaerbicos. El
mecanismo de descloracin implica la liberacin de cloro e insercin de un
hidrgeno y la utilizacin posterior del cloro como aceptor de electrones,
involucrando la adicin del electrn al enlace carbono-cloro. A travs de un
proceso llamado halorespiracin. Este proceso de remocin es selectivo desde
posiciones para y meta, mientras que la posicin orto en general se conserva
(Wiegel y Wu, 2000).
. Los PCBs menos clorados (3 Cl) son capaces de biodegradarse
rpidamente por bacterias aerbicas pertenecientes a los gneros Pseudomonas,
Burkholderia, Alcaligenes, Arthrobacter, Achromobacter, Moraxella y
Rhodococcus. Esta degradacin implica la actividad de enzimas dioxigenasas, en
la cual, entre sus productos de degradacin se encuentran principalmente
metabolitos como dihidroxi-PCB que finalmente producen (cloro)-cido benzoico
(CB As) y acetil Coa. (Anexo II, figura 3). Cabe destacar que la especies
sealadas anteriormente son nativas, las cuales adems solo son capaces de
transformar PCBs a CB As, para lo cual en la biorremediacin se deben de utilizar
bacterias para la degradacin de ambos analitos o mediante ingeniera gentica,
recombinando los genes catablicos respectivos en un solo organismo. (Anexo II
figura 4 y 5)
En 2002 Di Marzio et al. evalan la eficiencia en la biodegradacin de
PCBs presentes en suelos contaminados utilizando reactores batch anaerbicos y
aerbicos (Anexo II, figura 6 y 7.) comprobando que en un plazo de 10-15 das a
21C se logran degradaciones por sobre el 70%. (Di Marzio et al., 2002).

Biorremediacin de Hidrocarburos: Petrleo
Los hidrocarburos son compuestos orgnicos formados nicamente por
tomos de carbono e hidrgeno. La estructura molecular consiste un armazn de
tomos de carbono a los que se le unen los tomos de hidrgenos. Los
hidrocarburos son los compuestos bsicos de la qumica orgnica.
Los hidrocarburos podemos clasificarlos en 2 grandes grupos aromticos y
alifticos:
- Los hidrocarburos alifticos se pueden presentar en cadenas abiertas o
formando cadenas cerradas. Dentro de los hidrocarburos que presentan
cadenas abiertas podemos encontrar 2 grupos representativos conocidos
como: saturados e insaturados.
Cuando hablamos de un hidrocarburo saturado simplemente hablamos
de cadenas abiertas con enlaces simples (enlaces ), lo que condice
que son estructuras medianamente estables, de enlaces de ruptura
compleja por la fuerza de unin de estos enlaces.
Los hidrocarburos insaturados son aquellos que contienen enlaces
covalentes dobles o triples (adems de contener enlaces contiene uno
o dos enlaces ).
- Los hidrocarburos aromticos son compuestos orgnicos cclicos
conjugados que cumplen la regla de Hckel. Para que se la aromaticidad
dentro de este grupo se deben cumplir ciertas premisas. Una de estas es
que los enlaces dobles resonantes de la molcula estn conjugados y que
adems den al menos dos formas resonantes.
Los hidrocarburos presentan en general una baja toxicidad, el problema
principal que presentan es su reactividad fotoqumica de la cual se generan
compuestos oxidados, dicho grupo est conformado por cidos orgnicos,
alcoholes, aldehdos, cetonas, esteres, teres, fenoles y perxidos. Estos
compuestos son los principales componentes que se generan en los vertidos de

desechos industriales, la cual es una de las causas de contaminacin por
hidrocarburos ms frecuente e importante en el mundo.
El petrleo (CAS: 68476-34-6) es un hidrocarburo que constituye la causa ms
comn de las contaminaciones por estos compuestos exgenos, sus casusas se
deben a vertimientos directos al suelo, intencionados o accidentales, o bien su
presencia se debe a fugas de tanques soterrados de almacenamiento de dichos
productos. El comportamiento fsico qumico del petrleo depender del tipo de
suelo (tamao de grano, porosidad, permeabilidad, etc.). Tambin depender de la
composicin qumica del petrleo y de las propiedades fsicas del mismo (presin
de vapor, punto de ebullicin, etc.)
Una vez que el petrleo incide a las capas inferiores del suelo se puede
desplazar por tres mecanismos distintos: por difusin a zonas ms bajas de
concentracin, por adveccin hacia zonas de menor presin de vapor y por
dispersin mecnica. Gracias a estos tres mecanismos de desplazamientos los
componentes del petrleo pueden volatilizarse y escapar a la atmosfera,
adsorberse en los granos que forman los horizontes ms superficiales del suelo,
disolverse en el medio acuoso encerrado en los poros, o bien en la capa hdrica
que recubre las partculas. (Anexo III Figura 1).
Por otra parte, algunos componentes pueden disolverse en las aguas
subterrneas o bien flotar en ellas si la densidad del componente orgnico es
menor a la del agua. Finalmente, tambin hay que tener en cuenta que, con el
tiempo, el petrleo se va biodegradando originando compuesto ms simples y
qumicamente ms simples, as como tambin puede sufrir reacciones qumicas
abiticas.
Las metodologas utilizadas para la remediacin de suelos contaminados con
petrleo y sus derivados puede involucrar una serie de procesos fsico qumicos
(redox, neutralizacin, hidrolizacin, etc.), usando tambin procesos trmicos
(incrementado volatilidad, combustionando, descomponiendo, etc.) y por procesos
biolgicos. Las ventajas del uso de procesos biolgicos a travs de biofilms en el

tratamiento de derrames frente a otros tratamientos se deben a su alta eficiencia
con mnimos efectos secundarios, ya que, por ejemplo los procesos qumicos
provocan la remocin de metales del suelo. (Anexo III Figura 2)
Los organismos individualmente no estn restringidos a cierto tipo de petrleo,
muchas especies de bacterias, cianobacterias, hongos y levaduras coexisten en
un ecosistema natural y actan de manera independiente o en combinacin para
metabolizar hidrocarburos aromticos. Comnmente las bacterias que
biodegradan el petrleo son encontradas bajo tierra; sin embargo, rompen de
manera natural el acumulamiento de estos compuestos interviniendo lentamente
para prevenir un nivel de contaminacin inaceptable. (Anexo III Figura 3)
Dentro de las poblaciones bacterianas nativas comunes en la degradacin del
petrleo e hidrocarburos encontramos gneros como: Pseudomonas, Bacillus,
Bacterium, Clostridium, Thiobacillus, Methanobacterium y Enterobacter. (Anexo III
Figura 4)
Una de las tcnicas ms utilizadas para la biorremediacin de hidrocarburos es
el landfarming.(Anexo III Figura 5) Una tcnica de bajo costo y ampliamente
utilizada que consiste en la estimulacin de la microflora natural mediante el
agregado de fertilizante, arado y riego superficial. En el fondo, se trata
bioestimulacin de las poblaciones necesarias que interesa activar. La principal
desventaja de esta metodologa es el tiempo que requiere para biorremediar el
sitio. Esta tcnica ha sido optimizada mediante la combinacin de una
intervencin ms agresiva como una adicin de nutrientes que genere un
crecimiento exponencial de bacterias, acompaado de alteraciones en las
condiciones medio ambientales (bioestimulacin) para hacer ms efectiva y
persistente la limpieza del suelo.
Para la biorremediacin del petrleo habr que tomar su tiempo para analizar
el problema de contaminacin, ya que si nos apresuramos en una solucin, esta
podra causar an ms contaminacin producto del metabolismo de bacterias
utilizadas errneamente.

CONCLUSIN
El suelo es un medio receptivo por excelencia, puesto que interacciona
qumicamente con la litosfera, la hidrsfera y la atmsfera y, sobretodo, recibe el
impacto de los seres vivos que, directa o indirectamente, pueden romper el
equilibrio dinmico establecido en su seno. Los microorganismos actan como los
entes fiscalizadores y reguladores por naturaleza de estos procesos, ayudando a
la depuracin natural de contaminantes presentes en el medio. La biorremediacin
utiliza estos organismos para revertir situaciones de alto impacto ambiental, o
agregando microorganismos especficos para ayudar en la biodegradacin de
polutantes y recuperar tierras y napas subterrneas, siendo una tcnica de bajo
costo, limpia y efectiva.














ANEXO I Introduccin
Figura N 1: Microorganismos de biorremediacin identificados
frecuentemente como miembros de consorcios microbianos activos
1
.
Alcaligenes denitrificans Micobacterium vaccae Pseudomonas mendocina
Arthobacter globiforms Nitrosomas europaca Pseudomonas mendocina
Arthrobacter sp. Nocordia coralina Pseudomonas paucimobilis
Bacillus megaterium Nocordoa erythropolis Pseudomonas putida
Bacillus sp. Nocardia sp. Pseudomonas sp.
Beijerinckia sp. Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas testoteroni
Flavobacterium sp. Pseudomonas cepacia Pseudomonas vesicularis
Methanobacteriaceae* Pseudomonas fluorescens
Mycobacterium sp. Pseudomonas glatheri
1
identificados en el sistema suelo y aguas subterraneas*: Los gneros no han sido identificados en operaciones de
campo. Fuente: Cookson 1995.

ANEXO II Bioremediacin compuestos orgnicos persistentes
Figura N 1: Listado de compuestos orgnicos persistentes establecidos en el
convenio de Estocolmo.
Compuesto Origen Medida
cido sulfnico de perfluorooctano Industria Restriccin
Aldrin Pesticida Eliminacin
Alfa Hexaclorociclohexano Pesticida Eliminacin
Beta Hexaclorociclohexano Pesticida Eliminacin
Clordano Pesticida Eliminacin
Clordecona Pesticida Eliminacin
Dicloro Difenil Tricloroetano (DDT) Pesticida Restriccin
Dieldrin Pesticida Eliminacin
Dioxinas (PCDD) Produccin intencional Reduccin
Endosulfan e isomeros Pesticida Eliminacin
Endrina Pesticida Eliminacin
ter de heptabromodifenilo Industria Eliminacin
ter de hexabromodifenilo Industria Eliminacin
ter de pentabromodifenilo Industria Eliminacin
ter de tetrabromodifenilo Industria Eliminacin
Fluoruro de sulfonilo perfluorooctano Industria Restriccin
Furanos (PCDF) Produccin intencional Reduccin

Heptacloro Pesticida Eliminacin
Hexabromobifenilo Industria Eliminacin
Hexaclorobenceno Pesticida Eliminacin
Hexaclorobenceno Produccin intencional Reduccin
Lindano Pesticida Eliminacin
Mirex Pesticida Eliminacin
Mirex Pesticida Eliminacin
Pentaclorobenceno Pesticida Eliminacin
Pentaclorobenceno Produccin intencional Reduccin
Policloruros de Bifenilo Industria Eliminacin
Policloruros de Bifenilo Produccin intencional Reduccin
Toxafeno Pesticida Eliminacin

Fuente: Stockholm Convention, 2013.
Figura N 2: Estructura general de los Policloruros de Bifenilo (PCBs).

Fuente : Wikipedia
Figura N 3: Proceso anaerbico/aerbico de biodegradacin de PCBs mediada
por bacterias.

Fuente: Di Marzio et al., 2002

Figura N 4: Bacterias aerbicas aisladas en laboratorio participantes en la degradacin
de PCBs.

Fuente: Elaboracin propia
Figura N 5: Bacterias GEMs construidas para la degradacin y mineralizacin de PCBs.

Fuente: Elaboracin propia
Bacteria Cepa Tipo Enzima de importancia Observacin
Burkholderia xenovarans LB 400 Gram negativa Enzima 2,3-dioxigenasa
Ataca amplio rango de PCB's
(desde mono a hexaclorados),
de preferencia posicin orto
Alcaligenes eutrophus H850 Gram negativa
Enzima 2,3-dioxigenasa;
3,4-dioxigenasa
Efectividad en 2,5,2',5' CB y el
2,4,5,2',5'-CB
Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 Gram negativa
Eficiente en congeneres
paradiclorados
Pseudomonas paucimobilis Q1 Gram negativa
Eficiente en bifenilos
sustituidos y variados
compuestos aromticos de un
anillo
Ralstonia eutropha A5 Gram negativa
aquellas codificadas en
genes catablicos
contenidos en Tn4371
Eficiente en 4-CB
Burkholderia sp. SK3 Gram negativa
Eficiente en Diclorobifenilos
orto-sustituido
Alcaligenes sp. SK4 Gram negativa
Eficiente en Diclorobifenilos
orto-sustituido
Comamonas testosteroni VP44 Gram negativa
Crece a bajas concentraciones
de 2-CB y 4-CB acumulando CB
As
Rhodococcus globerulus P6 Gram Positiva
Degrada amplio rango de PCB's,
incluidos congneres para-
diclorados
Microbacterium sp. B51 Gram Positiva
Degrada PCB's sustituidos en
posiciones orto y para
Bacteria GEM Cepa GEM Origen del gen conjugado Observacin
Pseudomonas cepacia JHR22
Pseudomonas cepacia JH230, cepa capaz de
degradar CB As
Mineraliza algunos bifenilos
mono y diclorados
Pseudomonas sp. CB15
Pseudomonas sp. HF1, cepa degradadora de
3-CBA, y Acinebacter sp. P6, cepa
degradadora de PCBs
Es capaz de mineralizar 3-CB
Pseudomonas fluorescens F113pcb
Se inserta locus bph de Burkholderia
xenovarans F140 en la cepa F113, bacteria
propia de la rizsfera
Degrada PCB's y crece en la
rizosfera, lugar del cual
obtiene nutrientes
Burkholderia xenovarans LB400 (pR041)
Se inserta opern ohb RABC de
Pseudomonas aeruginosa en el genoma de
la cepa LB400
Degrada completamente
PCB's en posicin
orto, principal producto de las
degradaciones anaerbicas

Figura N 6: Modelo de estanque batch para la bioremediacin mediada por
bacterias de suelos contaminados con PCBs.

Fuente: Di Marzio et al., 2002.
Figura N 7: Degradacin de PCBs con menos de 3 tomos de cloro mediante bacterias
aerbicas.

Fuente: Di Marzio et al., 2002.

Figura 8: Vas de degradacin de PCB/Bifenilo y organizacin del locus bph en
Burkholderia xenovarans LB400. A, va superior de (Cloro) Bifenilo. B, va inferior de
(Cloro)Bifenilo. C, locus bph: genes y protenas. Sustratos y metabolitos de la va: 1,
(Cloro)Bifenilo; 2, (Cloro)Bifenilo-2,3-dihidrodiol; 3, (Cloro)2,3-dihidroxibifenilo; 4, cido
(Cloro)2-hidroxi-6-oxo-6-fenilhexa-2,4-dienoico; 5a, cido 2-hidroxipenta-2,4-dienoico; 5b,
(Cloro)benzoato; 6, cido 2-hidroxi-2-oxovelrico; 7a, acetaldehdo; 7b, piruvato; 8, acetil-
Coa.

Fuente: Navia y Seeger










ANEXO III Biorremediacin de hidrocarburos
Figura N 1: Comportamiento del petrleo en el suelo

Fuente: Domenech, 2000
Figura N 2: Utilizacin de biofilms en la biorremediacin de suelos contaminados
con petrleo.





Figura N 3: Vas metablicas de degradacin del petrleo.

Figura N 4:
(a) Bacterias aerbicas participantes en la biodegradacin del petrleo.



(b) Anaerbica










Figura N 5:
(a) Tcnica aerobia de biorremediacin de suelos


(b) Tcnica anaerobia de biorremediacin de suelos



Figura N 6:
(a) Reacciones de degradacin de hidrocarburos aromticos saturados va
anaerbia.

(b) Va aerobia








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