1

Filogenetin analiz



2
Filogenetin analiz
Klausimai:
Kas tai yra?
Kokie duomenys yra naudojami?
Kokie daniausiai naudojami metodai?
Kaip vertinti patikimum?
2
3
Kas tai yra?
Filogenez bendru protviu grindiamas
organizm evoliucinis sryis
Filogenetika tyrinjim sritis, kurios tikslas
aptikti ri evoliucinius sryius
(Graikikai: phylon = ris and genetic = gimimas)
4
Susijusios sritys
Filogenetika tiria evoliucinius sryius tarp
populiacij
Filogenomika filogenetini metod taikymas pilnai
sekvenuot genom analizei
Filogeografija tiria populiacijos evoliucijos
proces (reikalingi isams populiaciniai duomenys)
Delsuc F, Brinkmann H, Philippe H.
Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nat Rev Genet. 2005 6(5):361-75.

Brito, P.H., Edwards, S.V.,
Multilocus phylogeography and phylogenetics using sequence-based markers. Genetica. 2008.
3
5
Filogenetika kas tai?
Evoliucin biologija
Graf
teorija
Kompiuteriniai
algoritmai
Filogenetika
6
Filogenetika, kur tai taikoma?
Galima iskirti dvi filogenetikos ris:
Klasikin lygina fizines ir morfologines savybes
Molekulin naudoja informacij gaut tiriant DNR ir baltymus
Molekulin filogenetika taikoma:
Iekant panaumo tarp tiriam genetini sek
Iekant bendros struktros
Iekant bendros funkcijos
Iekant susijusi genetini sek ar poseki
Iekant bendro protvio
Iekant informatyvi sek element
Tiriant iraiking genetini sek pasikartojim danius
Tiriant evoliucijos konservatyvum
4
7
Filogenetinis medis
Orangutan Gorilla Chimpanzee Human
From the Tree of the Life Website,
University of Arizona
Did the Florida Dentist infect his patients with HIV?
DENTIST
DENTIST
Patient D
Patient F
Patient C
Patient A
Patient G
Patient B
Patient E
Patient A
Local control 2
Local control 3
Local control 9
Local control 35
Local control 3
Yes:
The HIV sequences from
these patients fall within
the clade of HIV sequences
found in the dentist.
No
No
From Ou et al. (1992) and Page & Holmes (1998)
Phylogenetic tree
of HIV sequences
from the DENTIST,
his Patients, & Local
HIV-infected People:

5
9
Datos nustatymas (angl. dating)
akn turintis filogenetinis medis yra tiktinas
genetini pokyi chronologijos variantas
Vienoje pokyiai vienoje evoliucijos akoj
(angl. clade) vaizduojami ariau medio lap
yra vyk vliau nei esantys ariau aknies
10
Filogenetiniai mediai
Mediai esybi ryiams vaizduoti
Intuityvus, patrauklus vaizdavimas
Naudojamas daugelyje disciplin




6
11
Filogenetiniai mediai svokos
12
Filogenetiniai mediai svokos
7
13
Filogenetiniai mediai svokos
14
Filogenetiniai mediai galimi variantai
n = duomen skaiius
Medi skaiius turini aknis for n = 3.
akn turini medi NR = (2n-3)!/2
n-2
(n-2)!
aknies neturini medi NU = (2n-5)!/2
n-3
(n-3)!
1
1
3
2
3
2
3 -> ((1, 2), 3)
2 -> ((1, 3), 2)
1 -> ((3, 2), 1)
Newicko formatas
n NR NU
2 1 1
3 3 1
5 105 15
10 34x10
6
2x10
6
15 213x10
12
7x10
12
20 8x10
21
0.2x10
21
8
15
Filogenetins analizs ingsniai
Galima iskirti iuos filogenetins analizs
ingsnius:
Duomen sek filogenetinei analizei parinkimas
Duomen sek sulygiavimas
(angl. multiple sequence alignment)
Medio konstravimas
Medio vertinimas
Jonathan Pevsner Bioinformatics and Functional Genomics 2003
16
Duomen sek filogenetinei analizei
parinkimas
Filogenetinei analizei parenkamos homologins
sekos:
Nukleotidins sekos
Baltym sekos
Baltym sek analiz informatyvesn tiriant
labiau nutolusius objektus
Nukleotid sek analiz informatyvesn tiriant
labiau susijusius objektus
9
17
Duomen sek filogenetinei analizei
parinkimas
Baltym sekose:
Yra 20 galim bsen (aminorgi)
Nukleotidini sekose:
Sinonimins ir nesinonimins pakaitos
Nekoduojanios sritys
Pseudogenai
Galima vertinti vairi pakait danius
(pvz.: tranzicijos vs transversijos)
18
Duomen sek sulygiavimas
Prie atliekant palyginamj analiz sekos
turi bti sulygiuojamos
Maksimizuojant sutampanias lygiuojamas
bazes (panaumo metodas)
Minimizuojant nesutampanias lygiuojamas
bazes (atstumo metodas)
Tarpai atsirandantys dl ikrit ar intarp, kur
sekos nesutampa minimizuojami
10
19
Duomen sek sulygiavimas,
panaumo matai
Paprasiausi panaumo matai:
Hemingo (angl. Hamming) atstumas skaiius
pozicij, kuriose sekos skiriasi (tinka tik vienodo
ilgio sekoms)
Leventeino (angl. Levenshtein) arba redagavimo
(angl. edit) atstumas skaiius redagavimo
operacij vienoje sekoje, kad sekos tapt lygiom
(tinka ir skirtingo ilgio sekoms)
Pvz.:

20
Duomen sek sulygiavimas,
panaumo matai
Sek palyginimas
11
21
Duomen sek sulygiavimas,
panaumo matai
Sudtingesni modeliai leidia atsivelgti daugiau
vairi kriterij, pavyzdiui, kad kintant nukleotid
sekoms tranzicijos yra danesns negu
transversijos:



Amino rgi sekoms pakait matricos gali bti
sudaromas vertinant pakait danius
(Pvz.: Dayhoff, BLOSUM matricos)
Arthur M. Lesk Introduction to Bioinformatics 2 ed. 2005.
22
Sulygiavimo su ClustaW pavyzdys
12
23
Filogenetinio medio formavimas
24
Genetiniai atstumai
Genetinis atstumas tai statistika leidianti
vertinti, kaip populiacijos ar atskiros
molekuls yra susij tarpusavyje.
Taip pat tai atstumas genolapyje
apibriamas rekombinacij daniu ir
matuojamas santimorganomis (cM)
13
25
Genetiniai atstumai
Kuo didesnis evoliucinis atstumas tarp populiacij
ar molekuli, tuo didesn genetinio atstumo
statistikos reikm
Genetinio atstumo statistikos veriai leidia
pasakyti ne tik, kad C ir D yra kil i ankstesnio
protvio nei A ir B, bet kad j protvis yra,
pavyzdiui, dvigubai senesnis
Pagal genetinius atstumus galima sudarinti
filogenetinius medius
26
Genetiniai atstumai tarp sulygiuot sek
Hemingo atstumas


Juke-Cantor atstumas


Kimura atstumas
skaiius srii kuriose tiriamos sekos skiriasi
tiriam nukleotid ar amino rgi sek ilgis
)
3
4
1 ln(
4
3
H JC
D D
N
n
D
H

)
2 1
1
ln(
4
1
)
2 1
1
ln(
2
1
80
Q Q P
D
K

N
n
Q
jos Transverti

N
n
P
s Tranzicijo

14
27
Genetiniai atstumai tarp sulygiuot sek
1. AGGCC ATGAA TTAAG AATAA
2. AGCCC ATGTA TAAAG AGTAA
2 , 0
20
4

H
D
23 , 0 )
10
2
3
4
1 ln(
4
3

JC
D
23 , 0 )
20
3
2 1
1
ln(
4
1
)
20
3
20
1
2 1
1
ln(
2
1
80

K
D
28
Genetiniai atstumai tarp populiacij
Paprasiausias genetinio atstumo matas tarp
dviej populiacij X ir Y, yra suma pasirinktos
genetins srities (angl. locus) aleli dani
skirtum
io mato trkumas, kad daniams esant arti
0% arba 100% yra suteikiamas
nepakankamas svoris.
2
) (

i
i i
y x d
x
i
, y
i
i-tojo alelio danis
atitinkamai populiacijoje X ir Y
15
29
Genetiniai atstumai tarp populiacij
) 1 ( p p
V
F
p
ST

Danai naudojami klasikiniai genetinio

atstumo matai yra F
ST
ir D
) ln(
2 2

i
i i
i
i i
y x
y x
D
V
p
gen dani populiacijose dispersija
p gen dani populiacijose vidurkis
x
i
, y
i
i-tojo alelio danis atitinkamai
populiacijoje X ir Y
30
Populiacijos ir molekulinius genetinius
atstumus skaiiuojanti programin ranga
* Mark Jobling, Matthew Hurles, Chris Tyler-Smith
Human Evolutionary Genetics: Origins, Peoples and Disease 2003
16
31
Filogenetiniai mediai metodai
Filogenetiniai metodai yra klasifikuojami
Pagal tiriam duomen tip
Medio konstravimo bd

Tiriami duomenys yra dviej klasi
Atstum
Element (angl. characters)

Skiriamos dvi medi konstravimo metod klass
Blokini sudarymo (angl. clustering) metodai
Paiekos metodai
32
Filogenetiniai metodai UPGMA
Paingsninis blokini sudarymo metodas
Privalumas
Patogus pateikimas iuo metu egzistuojani
takson
Trkumas
Yra vadovaujamasi prielaida, kad evoliucijos
procesas visus taksonus veikia vienodai
Nepasvert por-grupi metodas su
aritmetiniu vidurkiu (UPGMA)
Algoritmo pavyzd galima rasti: http://www.icp.be/~opperd/private/upgma.html
17
33
Filogenetiniai metodai UPGMA
Jonathan Pevsner
Bioinformatics and Functional Genomics
2003
34
Filogenetiniai metodai UPGMA
1. Pasirenkama maiausia D
ij
reikm


2. Maiausi atstum turinios reikms
sujungiamos ir atstumai iki bendro
protvio priskiriami lygs D
ij
/2
D
ij
Lokys Meknas ebenktis Ruonis
Lokys - 0.26 0.34 0.29
Meknas - 0.42 0.44
ebenktis - 0.44
Ruonis -
Lokys Meknas

0.13 0.13

18
35
Filogenetiniai metodai UPGMA
3. Suskaiiuoti nauj bendro tako atstum iki kit ri.
Imant aritmetin vidurki vis bendr tak sudarani
element atstum iki kit ri.
Lokys Meknas

0.13 0.13

365 . 0
2
44 . 0 29 . 0
2
38 . 0
2
42 . 0 34 . 0
2
) (
) (

RM RL
LM R
M L
LM
D D
D
D D
D
D
ij
Lokys Meknas ebenktis Ruonis
Lokys - 0.26 0.34 0.29
Meknas - 0.42 0.44
ebenktis - 0.44
Ruonis -
36
Filogenetiniai metodai UPGMA
Pradedame algoritm i pradi ir
tsiame kol visi elementai bus sujungti:
Pasirenkama maiausia D
ij
reikm


Maiausi atstum turinios reikms
sujungiamos ir atstumai iki bendro
protvio priskiriami lygs D
ij
/2

D
ij

Lokys /
Meknas
ebenktis Ruonis

Lokys /
Meknas
- 0.38 0.365
ebenktis - 0.44
Ruonis -
Lokys Meknas Ruonis

0.13
0.1825 0.1825

19
37
Filogenetiniai metodai UPGMA
D
ij

Lokys /
Meknas
ebenktis Ruonis
Lokys /
Meknas
- 0.38 0.365
ebenktis - 0.44
Ruonis -
Lokys Meknas Ruonis

0.13
0.1825 0.1825

205 . 0
2
44 . 0 38 . 0
2
) (

R LM
LMR
D D
D
D
ij

LMR ebenktis
LMR - 0.41
ebenktis -
Lokys Meknas Ruonis

0.13
0.1825
0.205
0.205
ebenktis
38
20
39
40
21
41
Udavinys
Duotos 5 skirtingos sekos:

1: G G G A G G A T C A
2: G G G A G T A T C A
3: G G A T A G A C A T
4: G A T C A T G T A T
5: G T T C A T A T C T

Sudarykite atstum matric ir nubraiykite UPGMA
filogenetin med.
42
Filogenetiniai metodai UPGMA
2
3
4
1
1 4 3 2
Tikras medis
UPGMA
Atgal prie trkum:
Metodas traktuoja, kad molekulinis laikrodis eina
pastoviai (mutacijos gyjamos vienodu tempu)
iuo metodu sudaromi tik akn turintys mediai
22
43
Filogenetiniai metodai
Kaimyn-Jungimo (angl. Neighbor-Joining)
Blokini sudarymo metodas siekiantis rasti
minimali ak ilgi sumos (S) reikm
Labai greitas paingsninis metodas
Pradedamas nuo vaigdinio medio
Visos galimos takson poros peririmos
Pora davusi maiausi S reikm sujungiama
Atstumas iki sujungto elemento yra vidurkis
atstum iki sudtinio elemento nari
44
Filogenetiniai metodai
Kaimyn-Jungimo (angl. Neighbor-Joining)
Pavyzdys
23
45
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
Tarkime tiriamos rys vystsi, kaip pavaizduota
evoliuciniame medyje ir atitinkama atstum matrica yra:






I atstum matricos matome, kad UPGMA metodas nra
tinkamas, nes evoliucija skirtingose evoliucijos medio
akose vyko skirtingais tempais, todl Kaimyn-Jungimo
metodas turt duoti tikslesn rezultat
A B C D E
B
5
C
4 7
D
7 10 7
E
6 9 6 5
F
8 11 8 9 8
46
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
Algoritmas:
1. Suskaiiuojami kiekvienos
ries nuotolis nuo kit
d
ij
A B C D E
B
5
C
4 7
D
7 10 7
E
6 9 6 5
F
8 11 8 9 8

j
ij i
d r
d
ij
i-tosios ries
nuotolis nuo j-tosios
r
A
= 5+4+7+6+8=30
r
B
= 42
r
C
= 32
r
D
= 38
r
E
= 34
r
F
= 44
2. Suskaiiuojame nauj atstum
matric pagal formul
2

N
r r
d M
j i
ij ij
M
ij
naujos atstum
matricos elementas
N ri (angl. taxa)
skaiius
24
47
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
13
2 6
42 30
5
2

N
r r
d M
B A
AB AB
d
ij
A B C D E
B
5
C
4 7
D
7 10 7
E
6 9 6 5
F
8 11 8 9 8
2. Suskaiiuojame nauj atstum
matric pagal formul
2

N
r r
d M
j i
ij ij
r
A
= 30
r
B
= 42
r
C
= 32
r
D
= 38
r
E
= 34
r
F
= 44
Pavyzdiui
M
ij
A B C D E
B
-13
C
-11,5 -11,5
D
-10 -10 -10,5
E
-10 -10 -10,5 -13
F
-10,5 -10,5 -11 -11,5 -11,5
48
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
3. Suporuojame tuos du elementus, kuri
tarpusavio atstumas maiausias
(ms atveju A ir B arba D ir E)
pasirinkime A ir B.
F A B


E C
D
M
ij
A B C D E
B
-13
C
-11,5 -11,5
D
-10 -10 -10,5
E
-10 -10 -10,5 -13
F
-10,5 -10,5 -11 -11,5 -11,5
Dabar pradsime nuo
vaigdinio medio
25
49
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
3. Taip pat suskaiiuojame
atstumus iki i element
bendro protvio
d
ij
A B C D E
B
5
C
4 7
D
7 10 7
E
6 9 6 5
F
8 11 8 9 8
1
) 2 ( 2 2




N
r r d
S
B A AB
AU
r
A
= 30
r
B
= 42
r
C
= 32
r
D
= 38
r
E
= 34
r
F
= 44
4
AU AB BU
S d S
4. Suskaiiuojama vis element atstumus iki
naujo elemento (jungianio A ir B)
3
2

AB
BC AC CU
d
d d d
Analogikai su likusiais elementais
d
DU
= 6
d
EU
= 5
d
FU
= 7
Suskaiiav naujus atstumus suraome
juos nauj atstum matric
50
Kaimyn-Jungimo metodas: pavyzdys
Naujai suskaiiuota atstum matrica
Vis tai galime pavaizduoti mediu:
d
ij
U C D E
C
3
D
6 7
E
5 6 5
F
7 8 9 8
D C

A
1

4

E F B
N = N 1
Ir vis procedr kartojame i pradi
26
51
Kaimyn-Jungimo metodas
Privalumai
Greitas, tinkamas dideliems duomen kiekiams ir
kokybs vertinimui Bootstrap metodu
Toleruoja skirtingus akos ilgius vienoje genetinje
linijoje
Trkumai
Sekos informacija neinaudojama
Grainamas tik vienas galimas medis
52
Kaimyn-Jungimo metodas - pavyzdys
Filogenetinis medis buvo sudarytas naudojant
Phylip programin rang
http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
Neighbor Joining (Kaimyn-Jungimo) Metodu

Medis pavaizduotas TreeView programine ranga
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
27
53
Elementais grindiami filogenetiniai
metodai maksimalaus yktumo metodas
Maksimaliai yktus (angl. parsimony) medis
Maiausias evoliucini pokyi skaiius
paaikinantis duomenis
ak ilgis individuali evoliucijos ingsni toje
akoje skaiius
Iekant maksimaliai yktaus medio yra
peririmos visos galimos medi topologijos,
todl is metodas nra tinkamas esant
dideliems duomen

54
Elementais grindiami filogenetiniai
metodai maksimalaus yktumo metodas
Maksimalaus yktumo metodas gali
naudoti informacij apie skirting mutacij
danius:
Transversijos vyksta reiau nei tranzicijos

inomos daniausiai kintanios
(angl. hypermutable) sritys

28
55
Elementais grindiami filogenetiniai
metodai maksimalaus yktumo metodas
Maksimalaus yktumo metodas yra jautrus
nevienodiems evoliucijos daniams
56
Maksimalaus yktumo metodas: pavyzdys
Tarkime, turime homologines
sekas
Galim aknies neturini
medi skaiius yra 3
Taigi perrenkame juos tirdami,
kuris i j reikalauja maiausiai
evoliucini ingsni
Seka Sritis
1 2 3 4 5 6 7 8 9
1 A A G A G T G C A
2 A G C C G T G C G
3 A G A T A T C C A
4 A G A G A T C C G
29
57
Maksimalaus yktumo metodas: pavyzdys
Labiausiai yktus medis
58
Maksimalaus yktumo metodas
Privalumai:
Nesumaina sekos informacijos iki vieno skaiiaus
Bandoma apibrti ir protvi sekas
vertinami skirtingi mediai
Trkumai:
Palyginus su atstum matricom grindiamais
metodais yra ltas
Nenaudoja visos sek informacijos, tik informatyvias
sritis
Neatsivelgiama grtamsias mutacijas
Nepateikia informacijos apie medio ak ilgius
30
59
Elementais grindiami filogenetiniai
metodai maksimalaus yktumo metodas
Maksimaliai ykt med galima sivaizduoti,
kaip hipotez siekiani paaikinti duomenis
Alternatyvs mediai = alternatyvius hipotezs
Hipotezs tikrinamos naudojant tiktinumus
Fiksuojamas evoliucijos modelis
Vertiname tikimybes, kad tikrinamas modelis
sugeneruos tiriamus duomenis
60
Programin ranga filogenetinei analizei
Joe Felsenstein, University of Washington
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
31
61
Filogenezs patikimumo vertinimas
Patikimumas dar gali bti vertintas naudojant Bootstrap
metod
Idja jei duomenys stipriai atitinka med, tai atsitiktinai pasirinktas j
poaibis turi irgi atitikti tiriam med
Naujo medio sudarymui duomenys atsitiktinai paimami i turim
duomen tai kartojama daug kart


Turimas duomen rinkinys
Naujas duomen rinkinys
Gavus naujus
duomenis yra vl
sudaromas
filogenetinis medis ir
po daugelio
simuliacij irima
kiek kart, kuri medio
aka pasikartojo
62
Bootstrap metodo taikymo pavyzdys
Tarkime tiriamos sekos



Suskaiiuojame atstum matric ir nubraiome
filogenetin med
32
63
Bootstrap metodo taikymo pavyzdys
Patikrinsime savo medio tiktinum
Bootstrap metodu
Atsitiktinai sugeneruosime tris duomen
rinkinius
Jiems sudarysime filogenetinius medius
vertinsime kiek kart atliekant simuliacijas
pasirod virni deriniai
64
Bootstrap metodo taikymo pavyzdys
Pradins sekos
Sugeneruotos sekos
33
65
Bootstrap metodo taikymo pavyzdys
Pradins sekos
Sugeneruotos sekos



Rezultatas
66
Viso genomo analiz
Delsuc F, Brinkmann H, Philippe H. Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nat Rev Genet. 2005