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Manual de usuario OsiriX 3.

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Importacin de imgenes DICOM a OsiriX
Como ya se ha dicho, este programa est pensado para el visionado y tratamiento de
imgenes DICOM, por lo tanto para saber de lo que es capaz OsiriX, tendremos que
cargar imgenes de este tipo en la interfaz de usuario que nos ofrece, cmo hacemos
esto?, bien hay dos formas posibles:

1. Va red: En el caso de que se trabaje en un entorno con PACS, sera la manera
ms sencilla de importar imgenes DICOM a nuestro sistema OsiriX, puesto
que este programa puede quedarse escuchando un puerto Ethernet y recibir
pasivamente imgenes. Estas son enviadas desde una estacin de trabajo PACS
a un ordenador Apple con OsiriX activo.

2. Va local: Con archivos DICOM en el disco duro o en un CD, bastara hacer
uso del botn Import de la barra de herramientas. Aunque tambin existe la
posibilidad de arrastrar carpetas, llenas de imgenes, sobre la ventana del
programa llamada Local Database.

Figura 22. Ventana Local Database

Como podemos observar en la parte central de la Figura 22 cada una de las series de
imgenes les corresponde unos datos dependiendo del paciente al que pertenezcan. En
este caso las imgenes se han extrado de webs que mantienen el anonimato de la
procedencia de las mismas por lo tanto en donde debera aparecer el nombre del
paciente, aparece una descripcin de la serie. Para esto, en dichas webs se ha
manipulado el archivo de la serie de imgenes DICOM que aporta informacin sobre la
serie.

Si en el visor inferior derecho que se muestra en la figura 1, clicamos sobre el cuadro
Auto-play, se mostrar la secuencia de todas las imgenes seleccionadas en el
apartado superior, dando la sensacin de video, cuando en realidad es un pase de
imgenes a una velocidad considerable.
Entorno de trabajo
Una vez cargadas las imgenes con las que trabajaremos, seleccionamos una serie de
ellas con las que interactuar directamente, pasando a un nuevo entorno dentro del
mismo programa que posee todos los controles que necesitamos para obtener distintas
visualizaciones de una misma serie de imgenes. El entorno de trabajo en cuestin es el
mostrado en la Figura 23, est formado por una barra de herramientas compuesta por
iconos y la barra de estado del sistema operativo Mac con opciones de OsiriX.
Figura
23. Entorno de trabajo de OsiriX

Todas las opciones que nos ofrecen los desplegables de la barra de estado del S.O.
tambin se hallan en la barra de herramientas de la interfaz de la aplicacin, aunque no
se pueda apreciar en la figura 2. La barra de herramientas ofrece la opcin
(Format/Customize Toolbar) de configuracin de tal manera que podamos tener en
ella los iconos que ms utilicemos y recurrir a la barra de estado para las operaciones
menos frecuentes, ocupando de esta manera menos pantalla en herramientas poco
utilizadas y ms en lo que realmente nos interesa, que en este caso es la visualizacin de
las series de imgenes. Ofreciendo de esta manera interfaces sencillas, tiles e
intuitivas, cosa que es denominador comn en la mayora de las aplicaciones creadas
para Mac OS. En la Figura 24 podemos contemplar una captura del desplegable de
configuracin de la Toolbar. A continuacin se detallarn los controles ms
importantes y que hemos utilizado para el ejemplo que mostraremos en la
experimentacin.









Figura 24. Toolbar

De izquierda a derecha:

Este icono nos servir para volver a la ventana de la base de datos local, en el caso
de que se quieran aadir ms series de imgenes a un mismo paciente o un nuevo
paciente con una serie propia.

Nos permitir navegar a travs de las distintas series de imgenes de un mismo
paciente.

Creado para la misma funcin que el anterior, slo que en lugar de navegar a
travs de las series de un paciente, lo haremos por los diferentes pacientes que
tengamos en nuestra base de datos local.

Con este icono cambiaremos la funcionalidad de nuestro ratn. Entre sus
diferentes funciones destacan: cambio de contraste en las imgenes, capacidad de
moverlas, hacer zoom sobre ellas, rotarlas, movernos entre las diferentes capas y
medir distancias sobre las imgenes, pero hay ms.

Este control ofrece la opcin de variar el tinte sobre las imgenes, la opacidad de
las mismas, etc. dependiendo todo ello de lo que se quiera visualizar (msculos,
huesos, cerebro, etc.) y con el fin de obtener una informacin ms ntida de las
imgenes.

Desplegable que ofrece distintas operaciones a realizar con el conjunto de
imgenes: MPR (aplicacin del algoritmo de visualizacin por secciones),
renderizacin del volumen 3D formado por las imgenes, 3D MIP (algoritmo de
proyeccin mxima), renderizacin de superficie 3D y endoscopa 3D.

Nos permitir observar el conjunto de imgenes en plano axial, coronal o sagital
con independencia del tipo de secciones por las que est compuesta la serie de
imgenes.

Desplegable que nos ofrece varios algoritmos que poder aplicar al conjunto de
imgenes, entre ellos est el MIP que sera, de ellos, el nico que nos interesa en
este trabajo. El cursor desplazable sirve para fijar el nmero de frames o
imgenes que tendr en cuenta para la aplicacin del algoritmo MIP, es decir,
para cada pixel mostrado en la imagen 2D actual, cuantas imgenes tendr en
cuenta para establecer el valor de intensidad de dicho pixel.
ms.

Los iconos de este conjunto son muy variados, tenemos el icono Quicktime para
exportar la serie de imgenes a una pelcula de formato .mov, el icono
Browse que sirve para que, en el visor de imgenes del entorno de trabajo, se
vayan sucediendo las distintas imgenes de la serie seleccionada, y unos cuantos
iconos
Ventana de MPR 2D
A esta ventana y a la que le sigue se podr acceder a trabes del desplegable de la barra
de herramientas del entorno de trabajo, en el que figura la inscripcin 2D/3D. En esta
ventana podremos observar desde 3 planos distintos en 2D (XY, YZ, XZ) un mismo
cuerpo, es lo que conocemos como algoritmo de visualizacin por secciones. La
ventana en cuestin se muestra en la Figura 25 y como podemos observar, la barra de
herramientas en esta ventana mantiene muchos de los iconos de la del entorno de
trabajo, ampliando algunos como las funciones del ratn.

Figura 25. Ventana MPR 2D

La ventana est dividida en 3 visores que muestran el cuerpo a estudio desde 3 planos
posibles: plano axial (superior izquierdo), plano sagital (inferior izquierdo) y plano
coronal (derecho). Podremos cambiar la visin ofrecida por el visor de la derecha,
moviendo el crculo rojo que podemos observar en el resto de visores. Al mover dicho
crculo, en el visor del plano sagital, arriba y abajo comprobamos que la imagen del
plano coronal no vara, esto es porque estamos desplazndonos por la vertical del
cuerpo, slo observamos variacin en el plano axial, segn esta perspectiva, estamos
profundizando o quitando capas de representacin. El movimiento del crculo en el
visor del plano axial es ms complejo ya que, no slo permite desplazamiento del
mismo por la superficie de la imagen, sino tambin admite girar el eje, observndose
dicho giro en el resto de visores. Podremos por tanto invertir los planos de los visores
inferior izquierdo y derecho, entre s.
Ventana de reconstruccin 3D
Por ltimo, en este apartado estudiaremos la ventana en la cual se generan los
volmenes 3D a partir de una serie de imgenes, correspondientes a cortes de un objeto
real con volumen. Como se coment para la ventana MPR, algunos controles se
mantienen como en la barra de herramientas del entorno de trabajo, con la salvedad de
que las funciones del ratn han aumentado para especializarse en operaciones con
volmenes, y otros controles son completamente nuevos. A continuacin pasar a
detallar los controles nuevos, que usaremos, y su funcin.









Figura 26. Ventana de reconstruccin 3D

Con este control desplazable podremos definir el nivel de detalle con el que queremos
visualizar el volumen 3D generado.

Este icono ofrece la posibilidad de tomar una instantnea del volumen 3D mostrado en
el visor de la ventana.

Al clicar sobre este icono aparecer el volumen 3D encerrado en un cubo, con una serie
de puntos verdes en cada una de las caras del mismo, y al arrastrar cualquiera de estos
puntos en direccin normal a la cara del cubo, dependiendo del sentido del arrastre,
podremos cortar el volumen. Una vez cortado, podremos comprobar la superficie de
seccin con todo detalle.

Dota al visor de una leyenda que da idea de las transformaciones aplicadas al volumen
3D, en caso de que se rote, gire, etc.

Botones de radio que ofrecen dos variantes de renderizacin, o bien la tpica, o bien una
renderizacin a la que le aplicamos un algoritmo MIP.

Esta ventana ofrece las siguientes 3 alternativas de renderizacin 3D:
1. Proyeccin de intensidad mxima (MIP): Esta reconstruccin usa una tcnica
de ray-tracing para identificar qu pixel tiene la intensidad mxima en cada
rayo. Esta tcnica es prctica para la renderizacin 3D de MRIs o CTs, y CTs
de huesos.




Figura 27. Reconstruccin 3D MIP



2. Renderizacin de volmenes: Esta reconstruccin usa una tcnica de ray-
tracing para aplicar transparencia/opacidad a cada pxel dependiendo de su
posicin y de su intensidad. Esta tcnica genera buenas imgenes de tejidos
blandos para MRI y CT. Es de hecho la tcnica 3D ms usada.


Figura 28. Renderizacin de volumen

3. Renderizacin de superficie: Esta reconstruccin produce superficies basadas


en curvas de intensidad iso-contour definidas por el usuario. Esta tcnica es
til para endoscopia virtual y CTs de huesos. El usuario puede definir 2 tipos de
superficies a renderizar.




Figura 29. Renderizacin de superficie


El ray-tracing o trazado de rayos es un algoritmo para la sntesis de imgenes
tridimensionales. Este algoritmo extiende la idea de trazar los rayos para determinar las
superficies visibles con un proceso de sombreado (clculo de la intensidad del pixel)
que tiene en cuenta efectos globales de iluminacin como pueden ser reflexiones,
refracciones o sombras arrojadas.