Vernica Gonzlez Nez

Universidad de Salamanca
8. BIOSINTESIS DE PROTEINAS
ESQUEMA. Biosntesis de protenas
1. El cdigo gentico
2. Elementos participantes en la traduccin
- mRNA
- tRNAs y aminoacil-tRNA sintetasas
- Ribosomas
3. Etapas de la biosntesis de protenas
- Iniciacin
- Elongacin
- Traduccin
4. Inhibidores de la biosntesis de protenas
Conjunto de reglas que determinan cmo la secuencia de nucletidos
de una molcula de mRNA especifica la secuencia de aminocidos de
un polipptido
A su vez, el mRNA se ha formado por la transcripcin del DNA
EL CODIGO GENETICO (I)
3' ATACGTCCCTTTAGTTAAGACACTTGCTATGAGGATC 5'
5' TATGCAGGGAAATCAATTCTGTGAACGATACTCCTAG 3'
DNA
5' UAUGCAGGGAAAUCAAUUCUGUGAACGAUACUCCUAG 3'
mRNA
MetGlnGlyAsnGlnPheCysGluArgTyrSerSTOP Protena
Transcripcin
(por complementariedad de bases)
Traduccin
?
El cdigo gentico (II)
El cdigo gentico (III)
GGG GAG GCG GUG
GGA
Glu / E
GAA GCA GUA
GGC GAC GCC GUC
Gly / G
GGU
Asp / D
GAU
Ala / A
GCU
Val / V
GUU
G
AGG AAG ACG Met / M AUG
Arg / R
AGA
Lys / K
AAA ACA AUA
AGC AAC ACC AUC
Ser / S
AGU
Asn / N
AAU
Thr / T
ACU
Ile / I
AUU
A
CGG CAG CCG CUG
CGA
Gln / Q
CAA CCA CUA
CGC CAC CCC CUC
Arg / R
CGU
His / H
CAU
Pro / P
CCU
Leu / L
CUU
C
Trp / W UGG STOP UAG UCG UUG
STOP UGA STOP UAA UCA
Leu / L
UUA
UGC UAC UCC UUC
Cys / C
UGU
Tyr / Y
UAU
Ser / S
UCU
Phe / F
UUU
U
G A C U
Segunda base
P
r
i
m
e
r
a
b
a
s
e
Leyenda de los aminocidos: amarillo = apolar aliftico; morado = apolar aromtico;
blanco =Gly;azul =polarsincarga;verde =bsico;naranja =cido
1. Organizado en tripletes o codones: 3 nucletidos especifican un aminocido
Lectura del mRNA SIEMPRE en sentido 5 3 y de la protena en
sentido N-terminal C-terminal
2. Cdigo direccional y co-lineal, sin solapamientos ni puntuaciones
3. Ausencia de ambigedades: cada triplete especifica un solo aminocido
Caractersticas del cdigo gentico (I)
5' UAU GCA GGG AAA UCA AUU CUG UGC 3 mRNA
Protena
N-t Tyr Ala Gly Lys Ser Ile Leu Cys C-t
Caractersticas del cdigo gentico (II)
5. Hiptesis del balanceo de la tercera base del codon
A menudo, los mltiples codones que especifican un aminocido solo varan
en la tercera base
Causa: formacin de puentes de hidrgeno alternativos
A,U, C seapareacon I
A G seapareacon U
U seapareacon A
G seapareacon C
C U seapareacon G
Baseenlaposicin
3 delcodon
Baseenlaposicin
5 delanticodon
4. El cdigo es degenerado
4 bases en tripletes: 4
3
= 64 tripletes distintos relacin con 20 aminocidos?
Solucin: un mismo aminocido est codificado por ms de un triplete
(excepciones: Trp y Met)
Caractersticas del cdigo gentico (III)
6. El cdigo gentico tiene una cierta lgica interna
Los tripletes que codifican el mismo aminocido (o parecidos) son similares
en su secuencia
- pirimidina en la 2 posicin del triplete: codifica aminocido apolar
- purina en la 2 posicin del triplete: codifica aminocido polar cargado
7. Existe una seal de inicio: AUG Met
(a veces, UUG Leu, AUU Ile, GUG Val)
8. Existen 3 seales de terminacin o STOP: UAA (ocre)
UAG (mbar)
UGA (opalo)
Met (iniciacin) Ile AUU,AUC,AUA Ratn
Met (iniciacin) Ile AUA Humano,bovino
STOP Arg AGA,AGC Humano,bovino
Ser Arg AGA Drosophila
Thr Leu CUX Levadura
Trp STOP UGA Todos
Significadoenel
cdigomitocondrial
Significadoenel
cdigonuclear
Codon Organismo
Caractersticas del cdigo gentico (IV)
9. El cdigo gentico es (casi) universal
Excepciones presentes en las mitocondrias y determinados protozoos
5' TATGCAGGGAAATCAATTCTGTGAACGATACTCCTAG 3'
3' ATACGTCCCTTTAGTTAAGACACTTGCTATGAGGATC 5'
DNA
5' UAUGCAGGGAAAUCAAUUCUGUGAACGAUACUCCUAG 3'
mRNA
Transcripcin
(por complementariedad de bases)
Ejemplo anterior (I)
Traduccin
N-t Met Gln Gly Asn Gln Phe Cys Glu Arg Tyr Ser STOP C-t
Protena
5' U AUG CAG GGA AAU CAA UUC UGU GAA CGA UAC UCC UAG 3'
mRNA
NH
2
-Met-Gln-Gly-Asn-Gln-Phe-Cys-Glu-Arg-Tyr-Ser-COOH
Ejemplo anterior (II)
NH
2
-Met-Gln-Gly-Asn-Gln-Phe-Cys-Glu-Arg-Tyr-Ser-COOH
Delecin de un nucletido
N-t Met Gln Gly Ile Asn Ser Val Asn Asp Thr Pro C-t
Protena
5' U AUG CAG GGA AUC AAU UCU GUG AAC GAU ACU CCU AG 3'
mRNA
(A)
Delecin de dos nucletidos
N-t Met Gln Gly Ser Ile Leu STOP C-t
Protena
mRNA
5' U AUG CAG GGA UCA AUU CUG UGA ACG AUA CUC CUA G 3'
(AA)
EL mRNA
5 3
Cap
5UTR
AUG STOP
ORF 3UTR ColadepoliA
Estructura de un mRNA eucaritico
Cap (= casquete): 7Me-Gpp
5UTR: regin 5 no traducida
ORF: pauta de lectura abierta que codifica para una protena
comienza en un codon iniciador AUG y termina en un codon de STOP
3UTR: regin 3 no traducida
Cola de poli-A
Procariontes
Secuencia Shine-Dalgarno en 5UTR: 5 GGAGG-(N)
3-9
-AUG
complementaria a la secuencia en 3 del rRNA 16S
G A
A
U
Adicin de Cap = 7Me-GpppNp por la guanilil-transferasa
Estructura de la Cap
Metilacin de la guanina en posicion 7
Metilaciones adicionales
- 2-OH de las siguientes dos ribosas
- 6-amino de la primera adenina
GTP + 5 mRNA 5CAP-mRNA + PPi + Pi Enzima: guanilil transferasa
Poliadenilacin en 3
- Secuencia consenso de poliadenilacin en el mRNA: AAUAAA
- AAUAAA(N)
10-30
: Adicin de 100 200 adenosinas = cola de poli-A
- Catalizado por la poli(A)-polimerasa
- Importancia para determinar la estabilidad del mRNA
tRNAs
Problema: Los mRNAs estn formados por 4 bases nitrogenadas distintas
Las protenas estn formadas por 20 aminocidos distintos
No hay una relacin directa entre las purinas / pirimidinas y los aminocidos
Cmo se traduce la secuencia de tripletes en secuencia de
aminocidos?
Solucin: Se necesita un adaptador: tRNA
Los tRNAs poseen un anticodon complementario a los codones del mRNA
Los tRNAs portan el aminocido codificado por el codon complementario
al anticodon
Los tRNAs leen la secuencia de tripletes e incorporan el aminocido
codificado por cada uno de los tripletes
Estructura de un tRNA
Unindel
aminocido
Anticodon complementario
aloscodones delmRNA
Brazo delanticodon
Lazo variable
Brazo TC
Brazo aceptor
Brazo D
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Bases modificadas que aparecen en los tRNAs
Caractersticas de los tRNAs (I)
Si hay 61 codones y 20 aminocidos, se necesitaran 61 tRNAs distintos
Realidad: slo hay 31 tRNAs diferentes (+ tRNA iniciador)
Debido a la degeneracin del cdigo gentico y al balanceo de la
tercera base del codon, no se necesitan 61 tRNAs
Caractersticas de los tRNAs
Sntesis delostRNAs
1.Transcripcin delosgenesque codifican para tRNAs por laRNApolimerasa III
Obtencin deltranscrito primario
2.Procesamiento por laRNasa P en5 &por laRNasa D en3
Adicin deCCA en3 por lanucleotidiltransferasa
Modificacin debases(ej.pseudouridina)
Obtencin delproducto intermedio
3.Splicing: eliminacin delintron enelanticodon
Obtencin deltRNA maduro
aminoacil-tRNA
Estructura de un
aminoacil-tRNA
= activado
Brazo aceptor
Brazo delanticodon
Brazo TC Brazo D
5
pG
Extremo 3
deltRNA
Grupo aminoacilo
C
C
Aminoacil-tRNA sintetasas (I)
Activacin de los aminocidos y formacin de los aminoacil-tRNA
Unin del aminocido al brazo aceptor del tRNA correspondiente
Necesidad de aporte (ATP) 2 ATP / reaccin
Enzimas: aminoacil-tRNA-sintetasas
Reaccin en 2 pasos:
+ ATP aminoacil-AMP + PPi
aminoacil-AMP + tRNA aminoacil-tRNA + AMP
+ tRNA + ATP aminoacil-tRNA + AMP + PPi
(AMP + ATP 2ADP)
(PPi 2Pi Enzima: Pirofosfohidrolasa)
Aminoacil-tRNA sintetasas (II)
Actividad correctora de las aminoacil-tRNA sintetasas: deacilasa
Valil-AMP + tRNA
Ile
Val + tRNA
Ile
+ AMP
Aminoacil-tRNA sintetasa
2mecanismos catalticos para laaminoacilacin
Secorresponden concada una delas clases deaminoacil tRNA sintetasas
Clase I
Producelaaminoacilacin en2OHdelaribosa
Transesterificacin del2OHal3OH
Clase II
Producelaaminoacilacin en3OHdelaribosa
Al menos 1 aminoacil-tRNA sintetasa por cada aminocido
Cada enzima reconoce todos los tRNAs que codifican para el mismo :
tRNAs isoaceptores
2 clases de aminoacil-tRNA sintetasas ( mecanismos catalticos)
Clase I: para Arg, Cys, Gln, Glu, Ile, Leu, Met, Trp Tyr, Val
Clase II: para Ala, Asn, Asp, Gly, His, Lys, Phe, Pro, Ser, Thr
Aminoacil-tRNA sintetasas (III)
Phe
c
Gly
Ala
b
Asp
Asn
Lys
a
His
Pro
Ser
Thr
c
Arg
Gln
Glu
b
Tyr
Trp
a
Leu
Ile
Val
Cys
Met
Miembrosporsubclase
Surcomayor Surcomenor Formadeacercarsealbrazoaceptor
1...P...
2...FRXE...
3...GXGXGXER...
HIGH
KMSKS
Secuenciasespecficasdeldominio
cataltico
3'OH 2'OH Sitiodeaminoacilacin
ClaseII ClaseI Caractersticas
Reconocimiento especfico de los aminocidos y de los tRNAs
Seleccin del
Discriminacin por Q, tamao y G de unin
- formacin de puentes de hidrgeno especficos entre la enzima y el
- interacciones hidrofbicas entre la enzima y el
- impedimentos estricos: los no pueden acceder al sitio activo
Seleccin del tRNA
No solo a nivel del anticodon
- Interacciones especficas entre las superficies de la enzima y del tRNA
Aminoacil-tRNA sintetasas (IV)
RIBOSOMAS (I)
Orgnulo que realiza la sntesis de protenas
Ribosoma procaritico
70S,2500KDa
Subunidad mayor
50S,1600KDa
34protenas
2rRNAs:23S,2900nt
5S,120nt
Subunidad menor
30S,900KDa
21protenas
rRNA 16S,1540nt
Ribosoma eucaritico
80S,4200KDa
Subunidad mayor
60S,2800KDa
49protenas
3rRNAs:28S,4700nt
5.8S,160nt
5S,120nt
Subunidad menor
40S,1400KDa
33protenas
rRNA 18S,1900nt
Ribosomas (II)
Eucariontes
- las subunidades se forman en el ncleo
- ensamblaje en el citoplasma
- ausencia de selectividad: traducen cualquier mRNA maduro
Localizacin
- libres en el citoplasma
- asociados al ER (eucariontes): RER - reticulo endoplasmtico rugoso
Procariontes
Trancripcin y traduccin estn acopladas en espacio y tiempo
rRNAs
- papel estructural y cataltico
- constituyen la mayor parte del Pm ribosomal
- determinan la posicin de las protenas ribosomales
Sitios funcionales de los ribosomas
Polisomas
EstructuraformadacuandovariosribosomastraducenunmismomRNA
Polipptido
naciente
Tnel enla
subunidad mayor
Sitio A
(aceptor)
Sitio P
(peptidil)
Sitio E
(salida)
5 3
mRNA
T
y
r
S
e
r
G
l
y
A
s
p
UCGAUG
AGCUAC
PasodelostRNAs
por elribosoma
Ciclo del ribosoma
1.UnindelmRNA,tRNA iniciador sobre elsitio Pylasubunidad menor delribosoma
Necesidad delapresencia defactores deiniciacin
2.Unindelasubunidad mayorycomienzo delatraduccin
3.Entrada delsegundo aminoaciltRNA sobre elsitio A
4.Formacin delprimerenlacepeptdico entre losdosprimeros aminocidos
5.Traslocacin delribosoma ysalida deltRNA descargado por elsitio E
Elsitio Aqueda libre para unir unnuevo aminoaciltRNA
6.Repeticin delciclo deentrada detRNA,transpeptidacin ytraslocacin hasta llegar
auncodon deSTOP
Necesidad defactores deelongacin
7.Elcodon deSTOPes reconocido por unfactordeterminacin
8.Separacin delpolipptido recin sintetizado,mRNA,tRNA ydelas dossubunidades
ribosmicas
ETAPAS EN LA BIOSINTESIS DE PROTEINAS
3 Fases: iniciacin, elongacin y terminacin
Iniciacin
1. Unin del mRNA y del tRNA iniciador (f-Met-tRNA
f
Met
) a la subunidad
pequea del ribosoma
2. Unin de la subunidad grande y ensamblaje del complejo macromolecular
Elongacin
Catlisis de los enlaces peptdicos entre los aminocidos unidos a los tRNAs
del sitio peptidil (P) y aceptor (A)
Gasto de en forma de GTP durante la elongacin
Terminacin: al llegar a un codon de STOP
Liberacin del polipptido recin sintetizado
Separacin de las 2 subunidades del ribosoma
tRNA iniciador
Porta formil-Met f-Met-tRNA
f
Met
Distinto de los tRNAs que incorporan
Met durante la elongacin: Met-tRNA
m
Met
Formilacin de la Met por la enzima
Formil-transferasa
Posteriormente la N-formil-Met es
eliminada en el 50% de las protenas
por una Deformilasa
Iniciacin en procariontes (I)
A
C
C
5
pC
CAU
CHONHMet
Interaccin entre las secuencias
5 rica en purinas del mRNA: Secuencia Shine-Dalgarno
5 GGAGG-(N)3-9-AUG
(sitio de reconocimiento del ribosoma)
3 rica en pirimidinas del 16S rRNA: complementaria a la sec. Shine-Dalgarno
Iniciacin en procariontes (II)
Ejemplo
trpL GUAAAAAGGGUAUCGACAAUGAAAGCA
3 16S rRNA AUUCCUCCACUAG
Iniciacin en procariontes (III)
Formacin del complejo iniciador
1. Interaccin de la subunidad 30S con IF-1 & IF-3
2. Interaccin de IF-2 & f-Met-tRNA
f
Met
3. Los complejos anteriores interaccionan con el mRNA y GTP
Ensamblaje del complejo iniciador 30S
- subunidad pequea 30S del ribosoma
- factores de iniciacin IF-1, IF-2 & IF-3
- GTP: aporte
- f-Met-tRNA
f
Met
- mRNA
4. Separacin de los IFs y unin de la subunidad grande 50S del ribosoma
- proceso favorecido por la hidrlisis de GTP GDP + Pi
- el f-Met-tRNA
f
Met
ocupa el sitio P
- sitio A libre para aceptar un aminoacil-tRNA
Ensamblaje del complejo iniciador 70S
Elongacin en procariontes (I)
Necesidad de factores de elongacin (EFs)
1. EF-Tu se une a los aminoacil-tRNA & GTP formando un complejo
1 aminoacil-tRNA 2 EF-Tu 2 GTP
2. El complejo anterior entra en el sitio A del ribosoma: interaccin del
codon del mRNA con el anticodon del tRNA
3. Hidrlisis del GTP GDP + Pi
Separacin de EF-Tu GDP del ribosoma
4. Reciclaje de EF-Tu con ayuda de EF-Ts: intercambio de GDP por GTP
EF-Tu GDP + EF-Ts EF-Tu EF-Ts + GDP
EF-Tu EF-Ts + GTP EF-Tu GTP + EF-Ts
Elongacin en procariontes (II)
Transpeptidacin
Sntesis de un enlace peptdico entre el peptidil-tRNA del sitio P y el
aminoacil tRNA del sitio A
Catalizado por la actividad peptidil-transferasa
- reaccin clave en la sntesis de protenas
- actividad peptidil-transferasa est localizada en el rRNA 23S
contiene un centro activo formado por una secuencia de bases altamente
conservadas en todos los organismos
- no necesita de aporte de , ya que los aminocidos estn activados
Elongacin en procariontes (III)
Una vez catalizada la transferencia del aminocido entrante sobre la cadena
polipeptdica naciente:
- el peptidil-tRNA se localiza sobre el sitio A
- el tRNA descargado se localiza sobre el sitio P
- el tRNA descargado que ocupa el sitio P pasa al sitio E y se separa del
ribosoma
Necesidad de factores de elongacin (EFs)
EF-G GTP + tRNA separacin del ribosoma EF-G + GDP + Pi + tRNA
- traslocacin del peptidil-tRNA del sitio A al sitio P: el ribosoma se mueve
sobre el mRNA
El sitio A queda libre para aceptar un nuevo aminoacil-tRNA
Terminacin en procariontes
Codon de STOP sobre el sitio A del ribosoma
Necesidad de factores de liberacin (RF)
1. Los RFs reconocen el codon de STOP
RF-1 reconoce UAA & UAG
RF-2 reconoce UAA & UGA
RF-1/2 + RF-3 + GTP se unen al ribosoma
2. La actividad peptidil-transferasa se transforma en hidrolasa
separacin del polipptido recin sintetizado (entrada de H
2
O)
3. Hidrlisis del GTP GDP + Pi
4. Separacin del tRNA, mRNA y de las dos subunidades del ribosoma
Balance de la Biosntesis de protenas (I)
Iniciacin:4ATP
1.Activacin delfMettRNA
fMet
:ATPAMP+PiBalance:2ATP
2.Formacin delcomplejo 70S:IF2 GTP IF2+GDP+PiBalance:1ATP
3.Separacin deltRNA descargado
EFG GTP+tRNA EFG+GDP+Pi+tRNA Balance:1ATP
Elongacin: 5ATP/ incorporado
1.Activacin delos:ATPAMP+Pi;Balance:2ATP
2.Entrada deunaminoaciltRNA enelribosoma
aminoaciltRNA 2EFTu 2GTP;Balance:2ATP
3.Separacin deltRNA descargado
EFG GTP+tRNA EFG+GDP+Pi+tRNA;Balance:1ATP
Terminacin: 1GTP Balance:1ATP
Balance total: 5 ATP /
utilizada en: activacin de
producin de cambios conformacionales que facilitan el proceso
La biosntesis de protenas consume un alto % de la producida por
las reacciones catablicas celulares
Balance de la Biosntesis de protenas (II)
Ejemplo
Polipptido de 437 aminocidos: 1 Met iniciadora + 436 + STOP
- iniciacin: 4 ATP / Met iniciadora
- elongacin: 5 ATP / * 436 = 2180
- terminacin: 1 ATP
Total: 2185 ATP / protena
Ejercicio
Cuntas molculas de Glc deberan degradarse completamente para que
esta protena se sintetizara?
Biosntesis de protenas en eucariontes
Proceso ms complejo
Necesita de un mayor nmero de factores
mRNA eucaritico: Casquete o Cap = 5'-metil-GTP
cola de poli-A (+ proteinas PBP)
Reconocimiento simultneo de ambas estructuras
Proceso de iniciacin en eucariontes
Necesita de un mayor nmero de factores: 11 IFs
Primer tRNA = tRNA
i
Met
: slo acta en la iniciacin
no porta formil-Met, sino Met
Necesidad de aporte en forma de ATP
Las protenas del complejo iniciador escanean el mRNA hasta encontrar
el codon AUG de iniciacin
Regulacin de la iniciacin por fosforilacin de la protena ribosmica S6
y de eIF-4F (+) & eIF-2a (-)
Inhibidores de la Biosntesis de protenas (I)
1. Aplicaciones como herramientas de investigacin
Puromicina
Se une al sitio A del ribosoma, aceptando el polipptido naciente
terminacin prematura de la sntesis de protenas
Cicloheximida
Inhibe la actividad peptidil-transferasa en eucariontes
2. Antibiticos: si slo afectan a la maquinaria de procariontes
Estreptomicina
Antibitico aminoglicsido
Produce alteraciones en la lectura del mRNA protenas mutantes
disminucin de la tasa de crecimiento bacteriano
Tetraciclina
Inhibe la unin de aminoacil-tRNAs sobre la subunidad pequea
Cloranfenicol
Inhibe la actividad peptidil-transferasa de procariontes y mitocondrias
Eritromicina
Inhibe la traslocacin
Inhibidores de la Biosntesis de protenas (II)
3. Otros: toxinas (eucariontes)
Toxina diftrica
ADP-ribosilasa-NAD
+
-dependiente. Produce la ADP-ribosilacin de EF-2
EF-2 no puede hidrolizar GTP bloqueo de la traduccin
Ricina
Inactiva la subunidad grande del ribosoma
bloqueo total de la biosntesis de protenas
Inhibidores de la Biosntesis de protenas (III)